Normal Chrom Pos Ref Alt Gene Transcript RNA CDS Protein Effect DIS_sample_PD9770b_depth DIS_MtAll_PD9770b DIS_MtAllPct_PD9770b DIS_sample_PD9770a_depth DIS_MtAll_PD9770a DIS_MtAllPct_PD9770a DIS_sample_PD9770c_depth DIS_MtAll_PD9770c DIS_MtAllPct_PD9770c DIS_sample_PD9770d_depth DIS_MtAll_PD9770d DIS_MtAllPct_PD9770d VAL_sample_PD9770b_depth VAL_MtAll_PD9770b VAL_MtAllPct_PD9770b VAL_sample_PD9770a_depth VAL_MtAll_PD9770a VAL_MtAllPct_PD9770a VAL_sample_PD9770c_depth VAL_MtAll_PD9770c VAL_MtAllPct_PD9770c VAL_sample_PD9770d_depth VAL_MtAll_PD9770d VAL_MtAllPct_PD9770d in.discovery in.validation subclonal.CN.a subclonal.CN.c subclonal.CN.d nMaj1.a nMaj1.c nMaj1.d nMin1.a nMin1.c nMin1.d frac1.a frac1.c frac1.d nMaj2.a nMaj2.c nMaj2.d nMin2.a nMin2.c nMin2.d frac2.a frac2.c frac2.d mutation.copy.number.a subclonal.fraction.a no.chrs.bearing.mut.a mutation.copy.number.c subclonal.fraction.c no.chrs.bearing.mut.c mutation.copy.number.d subclonal.fraction.d no.chrs.bearing.mut.d val.no.chrs.bearing.mut.a val.mutation.copy.number.c val.subclonal.fraction.c val.no.chrs.bearing.mut.c val.mutation.copy.number.d val.subclonal.fraction.d val.no.chrs.bearing.mut.d discovery.DP.cluster validation.DP.cluster pbinom_dis_b pbinom_val_b pbinom_dis_a pbinom_val_a pbinom_dis_c pbinom_val_c pbinom_dis_d pbinom_val_d VAL_LOCUS val_status_a val_status_c val_status_d current.conf.status val.platform PD9770b 1 2466508 C T HES5 CCDS41233.1 r.? - - upstream 4 0 0 53 11 20.8 28 12 42.9 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.125050691 1.062525346 2 2.148438878 1.074219439 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.07E-15 1 6.9E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4056041 C A - - - - - - 14 0 0 66 11 16.7 45 21 46.7 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 0.853085253 2 2.338743487 1.169371743 2 0.680956072 0.680956072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.07E-14 1 1.6E-36 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4630915 C G - - - - - - 42 0 0 49 5 10.2 34 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4732073 G A AJAP1 CCDS54.1 r.? - - intronic 14 0 0 52 10 19.2 26 5 19.2 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.961585253 0.980792627 2 0.961539078 0.961539078 1 1.433591731 1.433591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-13 1 0.000000188 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4833080 T C AJAP1 CCDS54.1 r.? - - intronic 21 0 0 43 5 11.6 31 8 25.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.185124424 1.185124424 1 1.292068136 1.292068136 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000257 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4861468 C T - - - - - - 25 0 0 73 7 9.6 36 5 13.9 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980792627 0.980792627 1 0.696114228 0.696114228 1 1.433591731 1.433591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.54E-08 1 0.00000104 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 5102991 G A - - - - - - 45 0 0 46 12 26.1 43 18 41.9 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.666529954 1.333264977 2 2.098358717 1.049179359 2 1.075193798 1.075193798 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.12E-18 1 2.06E-30 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 5473358 G A - - - - - - 19 0 0 46 5 10.9 22 10 45.5 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.113608295 1.113608295 1 2.278647295 1.139323647 2 1.842165375 0.921082687 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000361 1 5.98E-18 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 5629560 G A - - - - - - 40 0 0 63 7 11.1 29 6 20.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 1.036659319 1.036659319 1 1.025018088 1.025018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-08 1 6.72E-09 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 6316920 C T GPR153 CCDS64.1 r.? - - intronic 17 0 0 45 5 11.1 26 4 15.4 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0.771234469 0.771234469 1 1.627126615 1.627126615 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000856 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 6927580 G T CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 34 0 0 59 8 13.6 33 14 42.4 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389456221 1.389456221 1 2.123398798 1.061699399 2 0.774139535 0.774139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.9E-10 1 4.57E-24 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 7739919 C T CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 2 0 0 50 7 14 32 11 34.4 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.430322581 1.430322581 1 1.722757515 0.861378758 2 1.390583979 1.390583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.46E-09 1 5.72E-18 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 8242431 G C - - - - - - 43 0 0 72 8 11.1 45 5 11.1 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0.55588978 0.55588978 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.52E-09 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 10400312 T G KIF1B CCDS111.1 r.? - - intronic 40 0 0 53 11 20.8 31 15 48.4 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.125050691 1.062525346 2 2.42387976 1.21193988 2 2.458609819 1.22930491 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.07E-15 1 8.51E-27 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 17197978 C A ENSG00000196690 ENST00000356370 r.? - - intronic 3 0 0 126 12 9.5 73 1 1.4 45 3 6.7 1 0 0 2 0 0 1 1 100 1 0 0 TRUE TRUE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.970576037 0.970576037 1 0.070112224 0.070112224 1 0.48025323 0.48025323 1 1 5.008016032 5.008016032 1 0 0 1 3 5 1 1 2.81E-12 1 0.306438632 0.005 0.001516071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 20148927 A G - - - - - - 54 0 0 85 28 32.9 37 21 56.8 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.361258065 1.680629032 2 2.844553106 1.422276553 2 1.863669251 0.931834625 2 0 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 6.45E-43 1 5.69E-39 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 20416153 C T PLA2G5 CCDS202.1 r.? - - intronic 15 0 0 54 8 14.8 28 6 21.4 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 1.071715431 1.071715431 1 1.469431525 1.469431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.31E-10 1 5.36E-09 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 24197046 G C CNR2 CCDS245.1 r.5224c>g c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 69 17 24.6 29 10 34.5 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.513281106 1.256640553 2 1.727765531 0.863882766 2 2.207731266 1.103865633 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.56E-24 1 1.79E-16 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 24232466 C G CNR2 CCDS245.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 6 12 26 6 23.1 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225990783 1.225990783 1 1.156851703 1.156851703 1 0.860155039 0.860155039 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 3.3E-09 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 26447392 G A PDIK1L CCDS274.1 r.? - - intronic 14 0 0 46 8 17.4 26 8 30.8 24 12 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.777686636 1.777686636 1 1.542468938 1.542468938 1 3.583979328 1.791989664 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-11 1 5.63E-13 1 6.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 29309980 G C EPB41 CCDS331.1 r.? - - intronic 30 0 0 67 15 22.4 36 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.288516129 1.144258065 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.27E-21 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 30245369 C T - - - - - - 32 0 0 64 11 17.2 34 16 47.1 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.757253456 0.878626728 2 2.358775551 1.179387776 2 0.207870801 0.207870801 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.85E-14 1 3.09E-28 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 30831052 G A - - - - - - 39 0 0 67 10 14.9 37 7 18.9 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.522271889 1.522271889 1 0.94651503 0.94651503 1 1.390583979 1.390583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.87E-12 1 7.05E-10 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 32567008 T A TMEM39B CCDS351.2 r.? - - intronic 37 0 0 64 13 20.3 48 12 25 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.073967742 1.036983871 2 1.252004008 1.252004008 1 1.433591731 1.433591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-17 1 1.44E-17 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 32689297 C T EIF3I CCDS357.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 11 18.6 48 17 35.4 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.900285714 0.950142857 2 1.772837675 0.886418838 2 1.390583979 1.390583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-14 1 2.8E-27 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 34119368 C T CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 9 15 44 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532488479 1.532488479 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.29E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 34515300 T C CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 38 0 0 56 6 10.7 43 21 48.8 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 2.443911824 1.221955912 2 1.469431525 1.469431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 4.52E-37 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 35520001 C T - - - - - - 36 0 0 44 6 13.6 36 9 25 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389456221 1.389456221 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.37E-08 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 37001502 G A - - - - - - 25 0 0 70 12 17.1 35 6 17.1 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.747036866 0.873518433 2 0.856370741 0.856370741 1 2.623472868 1.311736434 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.99E-15 1 2.24E-08 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 37034061 T G - - - - - - 30 0 0 61 12 19.7 37 19 51.4 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.012668203 1.006334101 2 2.57412024 1.28706012 2 1.591286822 1.591286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.39E-16 1 3.09E-34 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 39088272 C T - - - - - - 37 0 0 51 5 9.8 39 0 0 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 0 0 1 0.186366925 0.186366925 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000606 1 1 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 39451556 C T - - - - - - 44 0 0 60 6 10 38 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 41977728 C T HIVEP3 CCDS44124.1 r.? - - intronic 26 0 0 46 9 19.6 27 6 22.2 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.002451613 1.001225806 2 1.111779559 1.111779559 1 0.963819121 0.963819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-12 1 4.23E-09 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 42380285 G T HIVEP3 CCDS44124.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 11 22.9 30 12 40 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.339599078 1.169799539 2 2.003206413 1.001603206 2 2.777105943 0.925701981 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.31E-16 1 1.94E-20 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 42803022 G A FOXJ3 CCDS30689.1 r.? - - upstream 36 0 0 61 7 11.5 36 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.69E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 43305067 G C ERMAP CCDS475.1 r.? - - intronic 51 0 0 60 14 23.3 45 14 31.1 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.380465438 1.190232719 2 1.557492986 0.778746493 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.54E-20 1 8.81E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 43331577 T G - - - - - - 54 0 0 64 8 12.5 31 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 46028105 C T AKR1A1 CCDS523.1 r.? - - intronic 10 0 0 53 9 17 43 21 48.8 39 17 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.736820276 1.736820276 1 2.443911824 1.221955912 2 3.561229974 1.187076658 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.1E-12 1 4.52E-37 1 3.51E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 46354584 C T MAST2 CCDS41326.1 r.? - - intronic 19 0 0 48 5 10.4 34 7 20.6 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.062525346 1.062525346 1 1.031651303 1.031651303 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 3.73E-10 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 46957340 C T - - - - - - 21 0 0 57 15 26.3 44 13 29.5 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.686963134 1.343481567 2 1.477364729 1.477364729 1 1.935806202 0.967903101 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.53E-22 1 5.49E-20 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 50615388 G A ELAVL4 CCDS44140.1 r.? - - intronic 21 0 0 55 9 16.4 37 11 29.7 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 1.487380762 1.487380762 1 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 3.7E-17 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 50750526 C T - - - - - - 27 0 0 56 14 25 28 8 28.6 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.554147465 1.277073733 2 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.91E-20 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 51175564 G A FAF1 CCDS554.1 r.? - - intronic 47 0 0 69 8 11.6 35 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.185124424 1.185124424 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 51282556 C A FAF1 CCDS554.1 r.? - - intronic 51 0 0 69 7 10.1 40 6 15 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031875576 1.031875576 1 0.751202405 0.751202405 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-08 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 52671138 C A ZFYVE9 CCDS563.1 r.? - - intronic 33 0 0 66 11 16.7 21 9 42.9 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 0.853085253 2 2.148438878 1.074219439 2 2.85878553 0.95292851 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.07E-14 1 5.44E-16 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 52899170 T A ZCCHC11 CCDS30716.1 r.? - - intronic 35 0 0 59 15 25.4 30 9 30 52 24 46.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.595013825 1.297506912 2 1.50240481 1.50240481 1 3.773596899 1.257865633 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.9E-22 1 2.54E-14 1 2.22E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 56239855 C T - - - - - - 47 0 0 73 14 19.2 36 14 38.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.961585253 0.980792627 2 1.948118236 0.974059118 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.71E-18 1 2.09E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 56539817 C A - - - - - - 38 0 0 63 9 14.3 27 6 22.2 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46097235 1.46097235 1 1.111779559 1.111779559 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.62E-11 1 4.23E-09 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 57008167 G T PPAP2B CCDS604.1 r.? - - intronic 37 0 0 55 9 16.4 31 2 6.5 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 0.325521042 0.325521042 1 2.450387597 0.816795866 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 0.010558179 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 58113547 G A DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 5 10 34 7 20.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000549 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 58686048 T G DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 44 0 0 51 11 21.6 31 10 32.3 51 22 43.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.20678341 1.103391705 2 1.617589178 1.617589178 1 3.520390181 1.173463394 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.94E-15 1 3.94E-16 1 3.24E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 59412492 C G - - - - - - 49 0 0 72 7 9.7 31 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991009217 0.991009217 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 59414656 G A - - - - - - 45 0 0 66 6 9.1 30 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000011 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 60033305 G A FGGY CCDS44155.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 10 18.5 31 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.890069124 0.945034562 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.91E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 61064956 C A - - - - - - 53 0 0 53 5 9.4 51 7 13.7 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.960359447 0.960359447 1 0.686098196 0.686098196 1 1.837790698 0.918895349 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000734 1 7.46E-09 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 61292518 T C - - - - - - 37 0 0 64 15 23.4 36 13 36.1 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.390682028 1.195341014 2 1.807893788 0.903946894 2 2.548403101 0.8494677 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.87E-21 1 2.53E-21 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 62117642 A T - - - - - - 14 0 0 35 21 60 19 16 84.2 24 18 75 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.129953917 3.064976959 2 4.216749499 2.108374749 2 6.125968992 2.041989664 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-39 1 1.46E-34 1 4.99E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 62240201 C T INADL CCDS617.2 r.? - - intronic 31 0 0 67 15 22.4 33 8 24.2 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.288516129 1.144258065 2 1.21193988 1.21193988 1 2.401379845 0.800459948 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.27E-21 1 4.85E-12 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 64436979 A G ROR1 CCDS626.1 r.? - - intronic 41 0 0 83 13 15.7 34 4 11.8 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.604004608 1.604004608 1 0.590945892 0.590945892 1 2.24618863 1.123094315 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.66E-16 1 0.0000257 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65339940 G C JAK1 CCDS41346.1 r.? - - intronic 46 0 0 50 4 8 44 7 15.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.817327189 0.817327189 1 0.796274549 0.796274549 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000119787 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65364543 A C JAK1 CCDS41346.1 r.? - - intronic 41 0 0 46 7 15.2 27 3 11.1 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.552921659 1.552921659 1 0.55588978 0.55588978 1 1.968478036 0.984239018 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 0.000334187 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 67359365 T C WDR78 CCDS635.1 r.? - - intronic 41 0 0 65 15 23.1 43 18 41.9 43 20 46.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.360032258 1.180016129 2 2.098358717 1.049179359 2 3.798100775 1.266033592 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5E-21 1 2.06E-30 1 8.21E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 67777890 A G IL12RB2 CCDS638.1 r.? - - intronic 51 0 0 43 5 11.6 38 8 21.1 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.185124424 1.185124424 1 1.056691383 1.056691383 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 1.67E-11 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 69111621 T G - - - - - - 37 0 0 66 13 19.7 38 8 21.1 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.012668203 1.006334101 2 1.056691383 1.056691383 1 2.140005168 1.070002584 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.95E-17 1 1.67E-11 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 69113418 G A - - - - - - 52 0 0 76 20 26.3 35 13 37.1 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.686963134 1.343481567 2 1.857973948 0.928986974 2 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.96E-29 1 1.63E-21 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 70248777 G A LRRC7 CCDS645.1 r.? - - intronic 41 0 0 58 10 17.2 25 12 48 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.757253456 0.878626728 2 2.403847695 1.201923848 2 3.438710594 1.146236865 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.1E-13 1 1.2E-21 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 71086679 T A - - - - - - 48 0 0 51 11 21.6 42 11 26.2 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.20678341 1.103391705 2 1.3121002 1.3121002 1 2.3115323 1.15576615 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.94E-15 1 1.81E-16 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 71160682 A T - - - - - - 52 0 0 66 5 7.6 42 4 9.5 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776460829 0.776460829 1 0.475761523 0.475761523 1 1.421224806 1.421224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000217 1 0.0000601 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72191602 A C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 48 0 0 62 7 11.3 44 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72374711 G T NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 10 16.7 36 12 33.3 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 1.706170507 1 1.667669339 0.833834669 2 2.205348837 1.102674419 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.86E-13 1 2.73E-19 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72374805 A C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 8 16.3 33 11 33.3 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.665304147 1.665304147 1 1.667669339 0.833834669 2 1.837790698 0.918895349 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.47E-10 1 8.54E-18 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72528727 G T NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 41 0 0 74 11 14.9 38 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.522271889 1.522271889 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.53E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72911813 T G - - - - - - 13 0 0 67 8 11.9 40 9 22.5 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.215774194 1.215774194 1 1.126803607 1.126803607 1 1.453896641 1.453896641 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 4.64E-13 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 73544397 T G - - - - - - 36 0 0 64 5 7.8 32 5 15.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.796894009 0.796894009 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000186 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 74505025 C A LRRIQ3 CCDS41350.1 r.? - - intronic 29 0 0 55 5 9.1 27 2 7.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0.370593186 0.370593186 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000883 1 0.00807567 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 74578961 G A LRRIQ3 CCDS41350.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 12 19.7 39 22 56.4 51 19 37.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.012668203 1.006334101 2 2.824521042 1.412260521 2 3.046648579 1.015549526 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.39E-16 1 1.12E-40 1 7.94E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 75092941 A T C1orf173 CCDS30755.1 r.? - - intronic 44 0 0 64 7 10.9 35 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.113608295 1.113608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 75621362 T C LHX8 CCDS30756.1 r.? - - intronic 34 0 0 75 7 9.3 38 5 13.2 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.950142857 0.950142857 1 0.661058116 0.661058116 1 1.741912145 1.741912145 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000115 1 0.00000137 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 76661354 T A ST6GALNAC3 CCDS672.1 r.? - - intronic 46 0 0 71 7 9.9 40 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.011442396 1.011442396 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.85E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 78701298 T G - - - - - - 44 0 0 64 17 26.6 27 13 48.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.717612903 1.358806452 2 2.408855711 1.204427856 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.43E-25 1 2.29E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 80350735 A G - - - - - - 40 0 0 40 5 12.5 29 18 62.1 52 21 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 1.277073733 1.277073733 1 3.109977956 1.554988978 2 3.962264433 0.990566108 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000178 1 1.25E-34 1 7.89E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 82428114 C G LPHN2 CCDS689.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 6 14 32 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 1.430322581 1.430322581 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 82943808 A G - - - - - - 40 0 0 70 7 10 31 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 7.11E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 84092067 C T - - - - - - 50 0 0 55 17 30.9 28 11 39.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 3.156926267 1.578463134 2 1.968150301 0.98407515 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.35E-26 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 84969337 T G SPATA1 CCDS44168.1 r.? - - upstream 38 0 0 65 5 7.7 36 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 0.786677419 0.786677419 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 87441543 T C HS2ST1 CCDS711.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 4 8.9 26 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 0.909276498 0.909276498 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 88628222 A G - - - - - - 50 0 0 75 15 20 37 4 10.8 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 2.043317972 1.021658986 2 0.540865731 0.540865731 1 1.824210853 0.912105426 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.25E-20 1 0.0000362 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 89849019 A G GBP6 CCDS723.1 r.? - - intronic 41 0 0 55 6 10.9 41 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 1.113608295 1.113608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 91042898 A G - - - - - - 33 0 0 72 14 19.4 44 19 43.2 102 64 62.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 1.982018433 0.991009217 2 2.163462926 1.081731463 2 9.32752432 1.003874497 9.291524335 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.39E-18 1 2.39E-32 1 6.51E-120 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 93568459 C T MTF2 CCDS742.1 r.? - - intronic 21 0 0 75 13 17.3 38 19 50 152 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 24 2 2 22 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.767470046 0.883735023 2 2.504008016 1.252004008 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.16E-16 1 6.16E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 96967871 A T - - - - - - 46 0 0 53 10 18.9 36 17 47.2 143 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.119935484 1.059967742 2 2.363783567 1.181891784 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.57E-13 1 6E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 97467682 G T - - - - - - 29 0 0 33 7 21.2 15 7 46.7 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.377917051 1.188958525 2 2.338743487 1.169371743 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.98E-10 1 4.85E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 98043324 T G DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 43 0 0 65 5 7.7 35 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.863677419 0.863677419 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 98508366 C T MIR137 ENST00000385223 r.? - - downstream 45 0 0 78 13 16.7 29 7 24.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 1.206931864 1.206931864 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.99E-16 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 98795681 C T - - - - - - 35 0 0 74 11 14.9 28 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.671271889 1.671271889 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.53E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 98898981 C G - - - - - - 54 0 0 55 6 10.9 52 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222608295 1.222608295 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 99130110 A C SNX7 CCDS755.2 r.? - - intronic 39 0 0 76 16 21.1 37 5 13.5 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.366700461 1.18335023 2 0.676082164 0.676082164 1 1.720930233 1.720930233 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.25E-21 1 0.00000119 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 99952719 G C - - - - - - 36 0 0 76 12 15.8 38 9 23.7 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.772221198 0.886110599 2 1.1868998 1.1868998 1 0.96124031 0.96124031 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.63E-15 1 2.79E-13 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 100944421 A G CDC14A CCDS769.1 r.? - - intronic 43 0 0 86 6 7 34 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000522 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 101372945 T C SLC30A7 CCDS776.1 r.? - - intronic 38 0 0 65 15 23.1 28 11 39.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.591032258 1.295516129 2 1.968150301 0.98407515 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5E-21 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102005182 C A - - - - - - 35 0 0 66 10 15.2 25 8 32 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704921659 1.704921659 1 1.60256513 1.60256513 1 0.542635659 0.542635659 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-12 1 3.92E-13 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102357608 C G OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - intronic 55 0 0 56 12 21.4 36 13 36.1 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.40035023 1.200175115 2 1.807893788 0.903946894 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.11E-16 1 2.53E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102453721 A C OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - intronic 43 0 0 83 5 6 41 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000656 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102458747 C G OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - intronic 43 0 0 54 7 13 33 13 39.4 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 1.973158317 0.986579158 2 1.42118863 1.42118863 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-08 1 6.37E-22 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102465166 C G OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - upstream 53 0 0 68 13 19.1 29 7 24.1 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.142368664 1.071184332 2 1.206931864 1.206931864 1 0.976744186 0.976744186 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.96E-17 1 1.11E-10 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102531743 C G - - - - - - 28 0 0 55 13 23.6 34 14 41.2 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.647115207 1.323557604 2 2.063302605 1.031651303 2 0.888888889 0.888888889 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-18 1 7.74E-24 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 103480877 G A COL11A1 CCDS779.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 12 25 21 5 23.8 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 NA 2 1 NA 0 0 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304147465 1.152073733 2 0.715907816 0.715907816 1 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.44E-17 1 5.95E-08 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 104344302 C T - - - - - - 51 0 0 67 18 26.9 30 11 36.7 22 8 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.479262673 1.239631336 2 1.103941884 1.103941884 1 2.973136951 0.99104565 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-26 1 2.44E-18 1 1.17E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 104776217 T A - - - - - - 43 0 0 62 16 25.8 20 6 30 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.377880184 1.188940092 2 0.90240481 0.90240481 1 2.115501292 1.057750646 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.36E-23 1 5.7E-10 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105279702 G A - - - - - - 48 0 0 67 15 22.4 18 9 50 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.064516129 1.032258065 2 1.504008016 1.504008016 1 1.421224806 1.421224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.27E-21 1 9.12E-17 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105352589 C G - - - - - - 45 0 0 64 11 17.2 26 4 15.4 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.585253456 1.585253456 1 0.463234469 0.463234469 1 2.229852713 1.114926357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.85E-14 1 0.00000856 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105545509 T C - - - - - - 40 0 0 55 7 12.7 17 4 23.5 23 7 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 0.706883768 0.706883768 1 2.483059432 0.827686477 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-08 1 0.00000141 1 1.79E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 109346203 C T STXBP3 CCDS790.1 r.? - - intronic 26 0 0 53 13 24.5 19 7 36.8 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.258064516 1.129032258 2 1.1069499 1.1069499 1 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.53E-19 1 3.73E-12 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 112640765 T C - - - - - - 45 0 0 63 10 15.9 17 8 47.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.465437788 1.465437788 1 1.416775551 1.416775551 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.81E-13 1 9.12E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 112689509 C G - - - - - - 44 0 0 50 4 8 17 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.737327189 0.737327189 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 115182066 G A DENND2C CCDS875.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 6 14.6 20 7 35 23 10 43.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.34562212 1.34562212 1 1.052805611 1.052805611 1 3.553062016 0.888265504 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.05E-08 1 5.72E-12 1 1.05E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 115963350 A T - - - - - - 28 0 0 73 16 21.9 22 4 18.2 27 10 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.01843318 1.00921659 2 0.547458918 0.547458918 1 3.022144703 1.007381568 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.15E-22 1 0.00000425 1 7.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 119092660 T A - - - - - - 30 0 0 52 7 13.5 22 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 119639204 A T WARS2 CCDS30817.1 r.? - - intronic 52 0 0 52 11 21.2 36 21 58.3 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.380785037 5 2 2 4 0 0 1 1 0.619214963 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.380785037 NA 1.953917051 0.976958525 2 2.558671023 1.074717366 2.380785037 2.826113695 0.942037898 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-15 1 2.47E-39 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 144901739 T A PDE4DIP CCDS30824.1 r.? - - intronic 40 0 0 72 4 5.6 49 1 2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.300645451 5 2 1 4 0 1 1 1 0.699354549 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.300645451 NA 0.516129032 0.516129032 1 0.08617323 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000490365 1 0.217776325 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 145475528 G T ANKRD34A CCDS30829.1 r.3493g>u c.? p.? 3'UTR variant 28 0 0 59 4 6.8 48 7 14.6 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.626728111 0.626728111 1 1.067585085 1.067585085 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00022841 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 145475529 G T ANKRD34A CCDS30829.1 r.3494g>u c.? p.? 3'UTR variant 30 0 0 61 4 6.6 48 7 14.6 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.608294931 0.608294931 1 1.067585085 1.067585085 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000259828 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 146596691 G C - - - - - - 28 0 0 44 4 9.1 42 7 16.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.838709677 0.838709677 1 1.221141844 1.221141844 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000723 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 146826983 T A - - - - - - 35 0 0 55 4 7.3 37 2 5.4 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.67281106 0.67281106 1 0.394860237 0.394860237 1 0.228702842 0.228702842 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000173903 1 0.014826063 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 147240262 A G GJA5 CCDS929.1 r.? - - intronic 48 0 0 75 11 14.7 53 18 34 51 11 21.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 1.35483871 1.35483871 1 2.486157048 1.078962604 2.30421058 1.76427907 0.882139535 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.78E-13 1 2.09E-28 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 148209200 G C - - - - - - 98 0 0 148 5 3.4 118 5 4.2 105 8 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.313364055 0.313364055 1 0.307113518 1.009542526 0.30421058 0.620764858 0.620764858 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000955691 1 0.000342222 1 7.08E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 149066410 T C - - - - - - 40 0 0 80 23 28.7 62 29 46.8 56 24 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 2.64516129 1.322580645 2 3.422122055 1.035685218 3.30421058 3.504054264 0.876013566 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.19E-34 1 6.51E-50 1 2.23E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 150666236 A T GOLPH3L CCDS966.1 r.? - - intronic 37 0 0 69 6 8.7 47 3 6.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.801843318 0.801843318 1 0.467982503 0.467982503 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000143 1 0.001719595 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 150667327 C G GOLPH3L CCDS966.1 r.34-1g>c c.? p.? 5'UTR ess splice 39 0 0 93 22 23.7 76 20 26.3 52 0 0 159 0 0 140 25 17.9 264 80 30.3 170 0 0 TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 2.184331797 1.092165899 2 1.923115599 0.9615578 2 0 0 1 2 2.215604664 0.961546085 2.30421058 0 NA 0 4 NA 1 1 2.05E-30 5.08E-31 7.96E-29 3.79E-116 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 152185695 C A HRNR CCDS30859.1 r.8486g>u c.8410G>T p.G2804C missense 19 0 0 53 5 9.4 49 10 20.4 55 0 0 163 0 0 186 29 15.6 166 46 27.7 159 0 0 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.022218332 1.022218332 1 1.225635271 1.225635271 1 0 0 1 1.658073249 1.664220441 0.83211022 2 0 0 1 4 4 1 1 0.00000734 6.44E-34 6.72E-14 1.93E-65 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 152702090 T C - - - - - - 45 0 0 66 9 13.6 50 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.478954183 1.478954183 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.59E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 153113106 C G SPRR2B CCDS30865.1 r.? - - intronic 8 0 0 59 14 23.7 29 7 24.1 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.577295157 0.969610284 2.658073249 1.447931864 1.447931864 1 1.813286822 1.813286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-20 1 1.11E-10 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 154079574 A C NUP210L CCDS41399.1 r.? - - intronic 29 0 0 67 5 7.5 46 8 17.4 45 2 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.815599733 0.815599733 1 1.04539479 1.04539479 1 0.359390181 0.359390181 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000233 1 8.61E-11 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 154951221 C T CKS1B CCDS1077.1 r.255c>u c.208C>T p.R70W missense 31 0 0 48 8 16.7 38 18 47.4 58 27 46.6 246 0 0 145 29 20 200 89 44.5 163 75 46 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.816068739 1.816068739 1 2.847799599 0.949266533 3 3.806268734 0.951567183 4 2 2.673567134 0.891189045 3 3.757260982 0.939315245 4 6 5 1 1 1.23E-10 2.85E-37 1.16E-31 2.53E-147 1.68E-46 7.46E-126 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 155577127 A C MSTO1 CCDS1114.1 r.? - - upstream 27 0 0 55 6 10.9 45 9 20 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.185338279 1.185338279 1 1.201603206 1.201603206 1 0.645268734 0.645268734 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000367 1 1.47E-12 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 155665083 C A DAP3 CCDS1120.1 r.? - - intronic 36 0 0 71 8 11.3 41 10 24.4 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.228836931 1.228836931 1 1.465955912 1.465955912 1 1.127178295 1.127178295 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.14E-09 1 9.51E-15 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 155935800 A C ARHGEF2 CCDS1125.1 r.? - - intronic 16 0 0 59 9 15.3 43 18 41.9 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.663823456 1.663823456 1 2.517358717 0.839119572 3 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.96E-11 1 2.06E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 156028792 G T RAB25 CCDS41413.1 r.? - - upstream 36 0 0 74 7 9.5 47 7 14.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.033092995 1.033092995 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000105 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 157835113 C G - - - - - - 45 0 0 44 11 25 43 25 58.1 56 29 51.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.718665778 1.022795658 2.658073249 3.490657315 1.163552438 3 4.231002584 1.057750646 4 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.22E-16 1 1.66E-46 1 1.21E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 157945856 T C - - - - - - 49 0 0 75 6 8 40 6 15 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.869973049 0.869973049 1 0.901202405 0.901202405 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000234 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158000364 C T KIRREL CCDS1172.2 r.? - - intronic 42 0 0 67 7 10.4 45 10 22.2 46 3 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.130964963 1.130964963 1 1.333779559 1.333779559 1 0.530917313 0.530917313 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.23E-08 1 2.66E-14 1 0.001615827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158322213 T C CD1E CCDS41418.1 r.? - - upstream 37 0 0 57 8 14 34 7 20.6 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.522452835 1.522452835 1 1.237651303 1.237651303 1 1.127178295 1.127178295 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-10 1 3.73E-10 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158849346 A T - - - - - - 36 0 0 57 6 10.5 33 6 18.2 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.141839627 1.141839627 1 1.093458918 1.093458918 1 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 1.54E-08 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158997447 C T IFI16 CCDS1180.3 r.? - - intronic 42 0 0 54 10 18.5 45 7 15.6 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.011812675 1.005906338 2 0.937250501 0.937250501 1 1.88679845 0.943399225 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.91E-13 1 0.000000003 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 159853525 A T CCDC19 CCDS30914.1 r.? - - intronic 45 0 0 50 5 10 43 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.087466311 1.087466311 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160032725 G A KCNJ10 CCDS1193.1 r.? - - intronic 23 0 0 57 5 8.8 33 9 27.3 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.956970354 0.956970354 1 1.640188377 1.640188377 1 1.698935401 1.698935401 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000105 1 6.76E-14 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160899385 C A - - - - - - 13 0 0 31 5 16.1 19 2 10.5 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.750820761 1.750820761 1 0.630841683 0.630841683 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000476 1 0.004039874 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 161454822 C T - - - - - - 48 0 0 69 7 10.1 44 7 15.9 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.098340974 1.098340974 1 0.955274549 0.955274549 1 0.653436693 0.653436693 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-08 1 2.55E-09 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 161563421 T C FCGR2B ENST00000367962 r.? - - intronic 13 0 0 55 8 14.5 42 2 4.8 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.576826151 1.576826151 1 0.28838477 0.28838477 1 0.579925065 0.579925065 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 0.018854633 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 162158297 C G NOS1AP CCDS1237.1 r.? - - intronic 31 0 0 73 15 20.5 47 17 36.2 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.229305938 1.114652969 2 2.174901804 1.087450902 2 2.156341085 1.078170543 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-20 1 1.81E-27 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 162606747 C T DDR2 CCDS1241.1 r.? - - intronic 40 0 0 41 11 26.8 45 23 51.1 45 27 60 134 0 0 77 14 18.2 111 67 60.4 160 88 55 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.914409714 1.096436945 2.658073249 3.070096192 1.023365397 3 4.900775194 1.225193798 4 2 3.628841683 1.209613894 3 4.492377261 1.123094315 4 6 5 1 1 1.34E-16 3.82E-18 4.42E-41 9.92E-124 1.17E-50 9.39E-157 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 164788765 C T PBX1 CCDS1246.1 r.? - - intronic 26 0 0 62 13 21 34 0 0 60 0 0 193 3 1.6 141 12 8.5 208 0 0 179 0 0 TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.283679253 0.859148353 2.658073249 0 0 1 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 5 NA 1 0.073516411 8.08E-18 1.07E-11 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 165737115 T C TMCO1 CCDS1251.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 8 15.7 35 5 14.3 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.707322108 1.707322108 1 0.859146293 0.859146293 1 1.690767442 1.690767442 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.05E-10 1 0.000000895 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 165907660 T A - - - - - - 40 0 0 69 5 7.2 47 7 14.9 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.782975744 0.782975744 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000269 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166395023 C T - - - - - - 46 0 0 59 9 15.3 39 8 20.5 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.663823456 1.663823456 1 1.231643287 1.231643287 1 1.600919897 1.600919897 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-11 1 2.09E-11 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166770254 C T - - - - - - 37 0 0 74 8 10.8 45 8 17.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.174463616 1.174463616 1 1.069426854 1.069426854 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.39E-09 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 169672640 C T SELL ENST00000236147 r.? - - intronic 38 0 0 66 6 9.1 57 10 17.5 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.989594343 0.989594343 1 1.051402806 1.051402806 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000011 1 3.4E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 170424104 T G - - - - - - 39 0 0 68 4 5.9 36 4 11.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.641605124 0.641605124 1 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000394372 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 170428956 A G - - - - - - 39 0 0 67 6 9 54 18 33.3 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.97871968 0.97871968 1 2.000669339 1.000334669 2 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000012 1 3.12E-28 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 172044326 C T DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 49 0 0 83 15 18.1 50 15 30 56 17 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.968314023 0.984157011 2 1.80240481 0.901202405 2 2.483059432 0.827686477 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.7E-19 1 5.83E-23 1 6.22E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 172300323 T A DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 35 0 0 69 13 18.8 30 11 36.7 50 7 14 139 0 0 88 22 25 207 51 24.6 162 33 20.4 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.044436665 1.022218332 2 2.204941884 1.102470942 2 1.143514212 1.143514212 1 2.658073249 1.477971944 0.738985972 2 1.666263566 0.833131783 2 6 5 1 1 3.64E-17 5.27E-31 2.44E-18 2.06E-69 6.46E-09 1.77E-42 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 172300385 T G DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 14 23 37 12 32.4 61 6 9.8 153 0 0 79 17 21.5 196 40 20.4 151 31 20.5 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.501172515 0.940972005 2.658073249 1.946597194 0.973298597 2 0.800459948 0.800459948 1 2.658073249 1.225635271 1.225635271 1 1.674431525 0.837215762 2 6 5 1 1 1.1E-19 4.55E-23 4.03E-19 3.54E-51 0.000000685 4.08E-40 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 172570173 G A C1orf9 CCDS1303.1 r.? - - intronic 30 0 0 56 11 19.6 51 22 43.1 45 23 51.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.13143397 1.065716985 2 2.58945491 0.863151637 3 4.173826873 1.043456718 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.91E-15 1 3.24E-37 1 4.42E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 173392460 G A AL022310.2 ENST00000421168 r.? - - intronic 35 0 0 57 6 10.5 38 8 21.1 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.141839627 1.141839627 1 1.267691383 1.267691383 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000456 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 174109768 G C - - - - - - 46 0 0 55 7 12.7 38 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.381082215 1.381082215 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.28E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 174112127 T C - - - - - - 46 0 0 59 5 8.5 47 11 23.4 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.924346364 0.924346364 1 1.405875752 1.405875752 1 1.045498708 1.045498708 1 0 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 7.21E-16 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 174520617 C G RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 36 0 0 64 4 6.2 49 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.674229113 0.674229113 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 175884290 C A - - - - - - 48 0 0 72 5 6.9 43 4 9.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.750351755 0.750351755 1 0.558745491 0.558745491 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000331 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176205953 T A - - - - - - 44 0 0 70 6 8.6 45 6 13.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.935221027 0.935221027 1 0.799066132 0.799066132 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000156 1 0.000000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176205955 T A - - - - - - 43 0 0 68 6 8.8 45 6 13.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.956970354 0.956970354 1 0.799066132 0.799066132 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000131 1 0.000000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176582419 A T PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 42 0 0 65 9 13.8 41 9 22 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.500703509 1.500703509 1 1.321763527 1.321763527 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.85E-11 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176641803 G C PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 50 0 0 72 6 8.3 41 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.902597038 0.902597038 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 177143323 A T FAM5B CCDS1320.1 r.? - - intronic 40 0 0 60 7 11.7 39 5 12.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.272335584 1.272335584 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 177695443 C T - - - - - - 43 0 0 66 7 10.6 48 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.15271429 1.15271429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 180940390 C T STX6 CCDS1341.1 r.? - - downstream 38 0 0 64 11 17.2 38 13 34.2 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.870442055 0.935221027 2 2.054741483 1.027370741 2 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.85E-14 1 5.88E-21 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 181128725 C T - - - - - - 15 0 0 36 6 16.7 23 3 13 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.816068739 1.816068739 1 0.781042084 0.781042084 1 1.813286822 1.813286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000205387 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 183149515 C G - - - - - - 41 0 0 55 5 9.1 50 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.989594343 0.989594343 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 183964258 T C GLT25D2 CCDS1360.1 r.? - - intronic 48 0 0 63 7 11.1 41 7 17.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.207087605 1.207087605 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.38E-08 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 185141965 G A C1orf26 CCDS1367.1 r.? - - intronic 20 0 0 68 17 25 38 19 50 40 26 65 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.718665778 1.022795658 2.658073249 3.004008016 1.001336005 3 5.309173127 1.327293282 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.69E-24 1 6.16E-34 1 3.23E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 186250527 C G - - - - - - 28 0 0 63 7 11.1 34 3 8.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.207087605 1.207087605 1 0.528705411 0.528705411 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.38E-08 1 0.000666058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 187124777 C G - - - - - - 41 0 0 60 7 11.7 34 4 11.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.272335584 1.272335584 1 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 187329107 T G - - - - - - 50 0 0 77 6 7.8 37 7 18.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.848223723 0.848223723 1 1.13551503 1.13551503 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000273 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 188200751 A G - - - - - - 59 0 0 85 13 15.3 48 19 39.6 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.663823456 1.003468006 1.658073249 2.379174349 1.189587174 2 2.777105943 0.925701981 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.45E-16 1 1.92E-31 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 188481570 T G - - - - - - 44 0 0 70 11 15.7 37 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.707322108 1.029702463 1.658073249 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.06E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 188818090 A G - - - - - - 44 0 0 64 8 12.5 44 7 15.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.359332889 1.359332889 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.35E-09 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189650617 G C - - - - - - 43 0 0 66 9 13.6 56 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.478954183 1.478954183 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.59E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189660590 T G - - - - - - 35 0 0 57 7 12.3 29 1 3.4 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.337583563 1.337583563 1 0.204272545 0.204272545 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-08 1 0.135292269 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189978311 C T - - - - - - 52 0 0 75 19 25.3 43 15 34.9 51 25 49 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.751289767 1.035069206 2.658073249 2.096797595 1.048398798 2 4.002299742 1.000574935 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.19E-27 1 4.05E-24 1 6.52E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 190104401 G C FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 50 0 0 77 7 9.1 48 8 16.7 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.989594343 0.989594343 1 1.003338677 1.003338677 1 0.261374677 0.261374677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000138 1 1.23E-10 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 191297640 G C - - - - - - 27 0 0 59 5 8.5 41 7 17.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.924346364 0.924346364 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 191581392 C G - - - - - - 51 1 2 54 12 22.2 46 22 47.8 52 24 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.414175211 0.908242544 2.658073249 2.871831663 0.957277221 3 3.773596899 0.943399225 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.225579006 1 6.9E-17 1 1.68E-38 1 2.22E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 192247055 A C - - - - - - 28 0 0 72 9 12.5 43 6 14 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.359332889 1.359332889 1 0.841122244 0.841122244 1 2.360540052 1.180270026 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.25E-10 1 8.13E-08 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 192276321 G C - - - - - - 44 0 0 68 7 10.3 42 7 16.7 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.1200903 1.1200903 1 1.003338677 1.003338677 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000058 1 1.81E-09 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 192671483 A T - - - - - - 53 0 0 61 4 6.6 43 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.717727765 0.717727765 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000259828 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 192771399 C T - - - - - - 43 0 0 72 6 8.3 52 3 5.8 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.902597038 0.902597038 1 0.34846493 0.34846493 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000184 1 0.002300591 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 193590160 C T - - - - - - 41 0 0 69 13 18.8 30 9 30 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.044436665 1.022218332 2 1.80240481 0.901202405 2 2.099165375 1.049582687 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.64E-17 1 2.54E-14 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 194615986 C G - - - - - - 40 0 0 65 4 6.2 42 6 14.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.674229113 0.674229113 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000331785 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 195620429 A C - - - - - - 40 0 0 69 7 10.1 45 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.098340974 1.098340974 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 200839063 G C GPR25 CCDS1405.1 r.? - - upstream 31 0 0 63 11 17.5 35 13 37.1 49 23 46.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.903066044 0.951533022 2 2.228973948 1.114486974 2 3.83077261 0.957693152 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.37E-14 1 1.63E-21 1 6.14E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 200839064 C A GPR25 CCDS1405.1 r.? - - upstream 32 0 0 63 12 19 35 13 37.1 48 23 47.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.066185991 1.033092995 2 2.228973948 1.114486974 2 3.912452196 0.978113049 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.15E-16 1 1.63E-21 1 3.27E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 201205148 G C - - - - - - 44 0 0 68 9 13.2 49 9 18.4 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.435455531 1.435455531 1 1.10547495 1.10547495 1 0.922979328 0.922979328 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.38E-11 1 3.35E-12 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 203845691 C G - - - - - - 43 0 0 61 6 9.8 48 8 16.7 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.065716985 1.065716985 1 1.003338677 1.003338677 1 1.772447028 0.886223514 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 1.23E-10 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 204360881 C G - - - - - - 28 0 0 46 4 8.7 39 6 15.4 47 2 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.946095691 0.946095691 1 0.925234469 0.925234469 1 0.351222222 0.351222222 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 4.43E-08 1 0.02328732 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 205494763 G A CDK18 CCDS1454.1 r.? - - intronic 31 0 0 57 5 8.8 47 7 14.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.956970354 0.956970354 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000105 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 205607809 C G - - - - - - 44 0 0 56 7 12.5 45 16 35.6 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.359332889 1.359332889 1 2.138853707 1.069426854 2 1.282369509 1.282369509 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 8.61E-26 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 205814779 T C PM20D1 CCDS1460.1 r.? - - intronic 19 0 0 59 5 8.5 40 7 17.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.924346364 0.924346364 1 1.051402806 1.051402806 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 207135259 G A FCAMR CCDS41460.1 r.? - - intronic 24 0 0 64 10 15.6 49 8 16.3 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.696447445 1.696447445 1 0.979306613 0.979306613 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 1.47E-10 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 207135260 C A FCAMR CCDS41460.1 r.? - - intronic 25 0 0 64 10 15.6 49 8 16.3 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.696447445 1.696447445 1 0.979306613 0.979306613 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 1.47E-10 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 207284728 G A C4BPA CCDS1477.1 r.? - - intronic 41 0 0 74 7 9.5 43 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.033092995 1.033092995 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 207663675 C T CR2 CCDS31007.1 r.? - - downstream 49 0 0 77 17 22.1 42 15 35.7 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.403300547 0.904151362 2.658073249 2.144861723 1.072430862 2 2.164509044 1.082254522 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.82E-23 1 2.65E-24 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 209292128 G C - - - - - - 43 0 0 74 4 5.4 42 8 19 35 6 17.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.587231808 0.587231808 1 1.141523046 1.141523046 1 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00054411 1 3.96E-11 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 211021317 G A KCNH1 CCDS31015.1 r.? - - intronic 28 0 0 67 12 17.9 36 10 27.8 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.946564697 0.973282348 2 1.670228457 1.670228457 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-15 1 2.21E-15 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 213223298 T C RPS6KC1 CCDS1513.1 r.? - - upstream 17 0 0 48 5 10.4 35 3 8.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.130964963 1.130964963 1 0.516689379 0.516689379 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000447 1 0.000725791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 214630500 T C PTPN14 CCDS1514.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 5 8.9 41 8 19.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.967845017 0.967845017 1 1.171563126 1.171563126 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000965 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 217675590 C G GPATCH2 CCDS1518.1 r.? - - intronic 51 0 0 74 9 12.2 45 6 13.3 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.326708899 1.326708899 1 0.799066132 0.799066132 1 0.947483204 0.947483204 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.61E-10 1 0.000000108 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 218193271 G T - - - - - - 35 0 0 59 9 15.3 39 9 23.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.663823456 1.663823456 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.96E-11 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 218598590 C T TGFB2 CCDS44318.1 r.? - - intronic 16 0 0 61 9 14.8 45 22 48.9 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.60945014 1.60945014 1 2.93791984 0.979306613 3 2.082829457 1.041414729 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 8.79E-39 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 219471171 T C - - - - - - 25 0 0 72 7 9.7 46 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.054842322 1.054842322 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 219516664 C A - - - - - - 33 0 0 66 8 12.1 35 10 28.6 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.315834236 1.315834236 1 1.718292585 0.859146293 2 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.73E-09 1 1.6E-15 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 219736401 C T - - - - - - 45 1 2.2 65 25 38.5 37 19 51.4 46 25 54.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 4.186745298 1.575105313 2.658073249 3.08812024 1.029373413 3 4.43520155 1.108800388 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.201934322 1 1.6E-40 1 3.09E-34 1 1.87E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 220626415 C T - - - - - - 40 0 0 71 9 12.7 38 11 28.9 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.381082215 1.381082215 1 1.736316633 0.868158317 2 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-10 1 5.19E-17 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 221331701 C G - - - - - - 51 0 0 69 6 8.7 41 9 22 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.946095691 0.946095691 1 1.321763527 1.321763527 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 5.92E-13 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 222233712 G A - - - - - - 44 0 0 74 7 9.5 35 8 22.9 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.033092995 1.033092995 1 1.375835671 1.375835671 1 0.612596899 0.612596899 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000105 1 8.15E-12 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 224636044 G A - - - - - - 32 0 0 67 6 9 60 11 18.3 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.97871968 0.97871968 1 1.099466934 1.099466934 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000012 1 1.34E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 224771179 C G - - - - - - 44 0 0 56 7 12.5 51 15 29.4 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.359332889 1.359332889 1 1.766356713 0.883178357 2 2.140005168 1.070002584 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 8.22E-23 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 226703960 G C - - - - - - 42 0 0 67 8 11.9 41 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.29408491 1.29408491 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 230981177 C A C1orf198 CCDS1587.1 r.? - - intronic 30 0 0 73 5 6.8 43 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.739477092 0.739477092 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000354 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 231203486 G A - - - - - - 29 0 0 73 8 11 29 11 37.9 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.196212942 1.196212942 1 2.277038076 1.138519038 2 1.76427907 1.76427907 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.93E-09 1 1.56E-18 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 231943933 C T DISC1 CCDS31055.1 r.? - - intronic 29 0 0 73 8 11 43 6 14 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.196212942 1.196212942 1 0.841122244 0.841122244 1 1.143514212 1.143514212 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.93E-09 1 8.13E-08 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 232289968 G A - - - - - - 37 0 0 80 7 8.8 32 6 18.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.956970354 0.956970354 1 1.129507014 1.129507014 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000018 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 232437997 C T - - - - - - 49 0 0 72 6 8.3 51 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.902597038 0.902597038 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 232438337 G A - - - - - - 41 0 0 81 8 9.9 45 7 15.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.076591648 1.076591648 1 0.937250501 0.937250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.08E-09 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 233799973 G T KCNK1 CCDS1599.1 r.? - - intronic 26 0 0 70 6 8.6 39 7 17.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.935221027 0.935221027 1 1.07543487 1.07543487 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000156 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 234323299 C T SLC35F3 CCDS1600.1 r.? - - intronic 46 0 0 63 5 7.9 46 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.859098386 0.859098386 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 236543099 T A EDARADD ENST00000439430 r.? - - intronic 31 0 0 66 4 6.1 46 6 13 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.66335445 0.66335445 1 0.781042084 0.781042084 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000351793 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 236855175 G A ACTN2 CCDS1613.1 r.? - - intronic 30 0 0 62 5 8.1 45 10 22.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.880847712 0.880847712 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237109769 G A - - - - - - 38 0 0 73 7 9.6 39 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.043967659 1.043967659 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 9.54E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237297054 C T RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 38 0 0 69 7 10.1 37 9 24.3 45 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 1 0 0 TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.098340974 1.098340974 1 1.459947896 1.459947896 1 0 0 1 0 6.008016032 6.008016032 1 0 0 1 4 NA 1 1 6.43E-08 1 2.14E-13 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237416008 C T RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 32 0 0 74 9 12.2 36 6 16.7 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.326708899 1.326708899 1 1.003338677 1.003338677 1 0.228702842 0.228702842 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.61E-10 1 2.68E-08 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237488374 T C RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 34 0 0 58 9 15.5 41 3 7.3 47 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.685572782 1.685572782 1 0.43858517 0.43858517 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.67E-11 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237525429 G T RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 28 0 0 77 7 9.1 27 4 14.8 55 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.989594343 0.989594343 1 0.889186373 0.889186373 1 0.147023256 0.147023256 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000138 1 0.00001 1 0.240951649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237834941 C A RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 39 0 0 65 5 7.7 42 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.83734906 0.83734906 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 238730567 C A - - - - - - 24 0 0 74 22 29.7 47 18 38.3 50 23 46 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 3.229774944 1.215081242 2.658073249 2.30107014 1.15053507 2 3.757260982 0.939315245 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.78E-33 1 1.52E-29 1 1.13E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 238857574 G C - - - - - - 38 0 0 59 4 6.8 39 4 10.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.739477092 0.739477092 1 0.618825651 0.618825651 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 239419088 G C - - - - - - 1 0 0 65 5 7.7 35 6 17.1 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.83734906 0.83734906 1 1.027370741 1.027370741 1 0.236870801 0.236870801 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 2.24E-08 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 240466459 G T FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 38 0 0 72 8 11.1 43 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.207087605 1.207087605 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 240561666 A T FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 34 0 0 64 7 10.9 31 5 16.1 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.185338279 1.185338279 1 0.967290581 0.967290581 1 0.383894057 0.383894057 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 0.000000476 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 240993289 C G RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 43 0 0 74 11 14.9 42 9 21.4 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.620324803 1.620324803 1 1.285715431 1.285715431 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-13 1 7.51E-13 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 241543751 G C - - - - - - 23 0 0 70 11 15.7 30 3 10 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.707322108 1.029702463 1.658073249 0.600801603 0.600801603 1 1.298705426 1.298705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.06E-14 1 0.000458697 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 243852893 G C AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 46 0 0 78 12 15.4 39 18 46.2 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.674698119 1.01002662 1.658073249 2.775703407 0.925234469 3 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.82E-15 1 2.15E-31 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244265823 G A - - - - - - 6 0 0 57 8 14 35 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.522452835 1.522452835 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.19E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 245789678 T C KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 33 0 0 79 17 21.5 47 20 42.6 50 20 40 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.338052569 0.879604266 2.658073249 2.55941483 0.853138277 3 3.267183463 1.089061154 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.55E-23 1 8.18E-34 1 3.9E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 245833312 C T KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 41 0 0 53 12 22.6 33 21 63.6 31 16 51.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.457673863 0.924607275 2.658073249 3.821098196 1.273699399 3 4.214666667 1.053666667 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.39E-17 1 1.6E-40 1 4.27E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 246101237 A G SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 39 0 0 59 12 20.3 29 9 31 45 10 22.2 166 0 0 99 8 8.1 151 51 33.8 202 47 23.3 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.207556611 1.103778306 2 1.86248497 0.931242485 2 1.813286822 0.906643411 2 1 2.030709419 1.015354709 2 1.903134367 0.951567183 2 6 5 1 1 2.2E-16 4.46E-08 1.79E-14 1.62E-77 2.66E-14 8.59E-63 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 246101259 A G SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 37 0 0 56 13 23.2 28 9 32.1 42 8 19 149 0 0 86 6 7 127 43 33.9 176 45 25.6 TRUE TRUE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 2.522921842 0.949154371 2.658073249 1.928573146 0.964286573 2 1.551912145 1.551912145 1 1 2.036717435 1.018358717 2 2.090997416 1.045498708 2 6 5 1 1 1.89E-18 0.00000522 1.24E-14 1.13E-65 3.96E-11 2.92E-62 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 246536133 G C SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 4 6.8 48 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.739477092 0.739477092 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 246573867 C A SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 5 8.9 41 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.967845017 0.967845017 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247190058 A C - - - - - - 46 0 0 74 9 12.2 42 6 14.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.326708899 1.326708899 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.61E-10 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247705079 A C C1orf150 ENST00000366491 r.? - - intronic 33 0 0 68 4 5.9 32 10 31.2 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.641605124 0.641605124 1 1.874501002 0.937250501 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000394372 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 248083829 C T OR2T8 CCDS31100.1 r.? - - upstream 34 0 0 69 6 8.7 50 6 12 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.946095691 0.946095691 1 0.720961924 0.720961924 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000143 1 0.000000206 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 248143474 C T OR2L13 CCDS1637.1 r.? - - intronic 33 0 0 57 5 8.8 41 7 17.1 48 2 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.956970354 0.956970354 1 1.027370741 1.027370741 1 0.343054264 0.343054264 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000105 1 1.51E-09 1 0.024220359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 2091497 C T - - - - - - 33 0 0 70 15 21.4 42 14 33.3 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 7 6.474209519 3 4 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 2.711232161 1.064363328 2.547280698 2.999669339 0.99988978 3 2.063423989 1.031711995 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.7E-20 1 2.83E-22 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 2257666 C T - - - - - - 34 0 0 63 11 17.5 39 14 35.9 60 31 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 7 6.474209519 3 4 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 2.217129104 1.108564552 2 3.233877756 1.077959252 3 4.985000946 1.114163502 4.474209519 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.37E-14 1 8.19E-23 1 4.63E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 2287065 C T - - - - - - 21 0 0 43 10 23.3 41 4 9.8 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 7 6.474209519 3 4 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 2.951949035 0.983983012 3 0.882785571 0.882785571 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.61E-14 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 3444321 T C - - - - - - 40 0 0 71 5 7 42 4 9.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 5 6.474209519 3 3 4 2 2 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0.886851641 0.886851641 1 0.665761523 0.665761523 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000309 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 3803662 C A - - - - - - 38 0 0 75 15 20 51 20 39.2 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 5 6.474209519 3 3 4 2 2 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 2.533861833 0.994732082 2.547280698 2.747142285 0.915714095 3 1.860938458 0.930469229 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.25E-20 1 6.38E-33 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5054977 A G AKR1C2 CCDS7062.1 r.? - - intronic 43 0 0 122 11 9 73 4 5.5 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.999493088 0.999746544 2 0.825440882 0.825440882 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.12E-11 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5075770 G C - - - - - - 32 0 0 111 53 47.7 86 55 64 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.59731336 0.963392124 11 9.605130261 0.960513026 10 1.822369785 1.822369785 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-90 1 5.53E-104 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5794965 G C C10orf18 CCDS41485.1 r.? - - intronic 26 0 0 117 5 4.3 127 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.955313364 0.955313364 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000329073 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6113356 G A - - - - - - 27 0 0 129 9 7 167 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 2.11516129 1.057580645 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.33E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6131429 A C RBM17 CCDS7077.1 r.121a>c c.? p.? 5'UTR variant 1 0 0 157 9 5.7 90 4 4.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.722345622 1.722345622 1 1.144352705 1.144352705 1 0 NA 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000000127 1 0.001134224 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6508748 G A PRKCQ CCDS7079.1 r.? - - intronic 53 0 0 211 10 4.7 206 10 4.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.420179724 1.420179724 1 1.274392786 1.274392786 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000152 1 0.000000122 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 7377605 G T SFMBT2 CCDS31138.1 r.? - - intronic 38 0 0 140 20 14.3 176 21 11.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 4.32097235 1.080243088 4 3.094953908 1.031651303 3 0 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.45E-23 1 1.84E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 7377902 G C SFMBT2 CCDS31138.1 r.? - - intronic 36 0 0 178 12 6.7 181 15 8.3 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 2.024511521 1.01225576 2 2.158665331 1.079332665 2 0 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.64E-10 1 4.33E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 7378258 G C SFMBT2 CCDS31138.1 r.? - - intronic 42 0 0 170 19 11.2 173 20 11.6 59 0 0 184 0 0 336 25 7.4 852 147 17.3 198 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 3.384258065 1.128086022 3 3.01692986 1.005643287 3 0 NA 0 2 4.499386774 0.899877355 5 0 NA 0 NA NA 1 1 6.43E-20 2.48E-21 3.48E-21 8.87E-172 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 7378428 G C SFMBT2 CCDS31138.1 r.? - - intronic 52 0 0 211 15 7.1 204 30 14.7 56 0 0 27 0 0 91 11 12.1 176 33 18.8 38 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 2.14537788 1.07268894 2 3.823178357 0.955794589 4 0 NA 0 4 4.889507014 0.977901403 5 0 NA 0 NA NA 1 1 4.09E-13 1.6E-12 3.12E-34 3.43E-41 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 7934186 T G TAF3 CCDS41487.1 r.? - - intronic 47 0 0 151 95 62.9 155 126 81.3 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 19.00623502 1.000328159 19 21.14451703 1.006881764 21 2.179130008 1.089565004 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.25E-177 1 2.32E-259 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8510948 A T - - - - - - 49 0 0 162 7 4.3 163 9 5.5 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.299313364 1.299313364 1 1.430440882 1.430440882 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000202 1 0.000000175 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8724677 C A - - - - - - 36 0 0 137 46 33.6 156 71 45.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.15277419 1.015277419 10 11.83364729 0.986137275 12 0 NA 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 6.13E-70 1 8.68E-119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8724736 C G - - - - - - 34 0 0 151 47 31.1 168 77 45.8 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 9.397359447 1.04415105 9 11.91167134 0.992639279 12 0 NA 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.38E-69 1 5.43E-129 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8725014 C G - - - - - - 28 0 0 171 58 33.9 149 75 50.3 57 0 0 117 0 0 159 62 39 459 202 44 170 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.24342396 1.024342396 10 13.08203206 1.006310159 13 0 NA 0 12 11.44352705 1.040320641 11 0 NA 0 NA NA 1 1 4.7E-88 1.31E-98 8.52E-130 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725081 C A - - - - - - 43 0 0 156 55 35.3 163 83 50.9 54 0 0 148 0 0 220 84 38.2 670 287 42.8 239 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.66645622 0.969677838 11 13.23808016 1.018313858 13 0 NA 0 12 11.13143086 1.01194826 11 0 NA 0 NA NA 1 1 1.05E-84 4.96E-132 4.94E-144 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725209 C G - - - - - - 35 0 0 147 55 37.4 129 54 41.9 61 0 0 215 0 0 315 86 27.3 819 316 38.6 308 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.30100461 1.027364055 11 10.89735872 0.990668974 11 0 NA 0 8 10.03909419 1.003909419 10 0 NA 0 NA NA 1 1 1.93E-86 3.31E-120 3.33E-88 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725228 C T - - - - - - 42 0 0 151 57 37.7 140 57 40.7 62 1 1.6 212 0 0 306 82 26.8 775 291 37.5 304 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.39165438 1.035604943 11 10.58526253 0.962296593 11 0.154274691 NA 0 8 9.753006012 0.975300601 10 0 NA 0 NA NA 1 1 8.55E-90 6.13E-114 3.88E-92 0 0.267123145 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725235 C A - - - - - - 39 0 0 163 61 37.4 143 58 40.6 63 0 0 215 0 0 301 79 26.2 761 280 36.8 290 1 0.3 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.30100461 1.027364055 11 10.55925451 0.959932228 11 0 NA 0 8 9.5709499 0.95709499 10 0.028926505 NA 0 NA NA 1 1 1.08E-95 5.07E-109 1.33E-93 0 1 0.766281325 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725293 C G - - - - - - 44 0 0 190 70 36.8 178 90 50.6 60 1 1.7 210 0 0 270 79 29.3 688 259 37.6 266 1 0.4 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.11970507 1.010882279 11 13.16005611 1.012312009 13 0.163916859 NA 0 9 9.779014028 0.977901403 10 0.038568673 NA 0 NA NA 1 1 5.66E-109 2.59E-113 1.18E-155 0 0.259739042 0.736403598 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725337 C A - - - - - - 53 0 0 192 72 37.5 173 83 48 61 0 0 201 0 0 263 77 29.3 724 295 40.7 269 2 0.7 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.3312212 1.030111018 11 12.4838477 0.960295977 13 0 NA 0 9 10.58526253 0.962296593 11 0.067495177 NA 0 NA NA 1 1 1.01E-112 1.63E-110 4.17E-141 0 1 0.389337154 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725467 C G - - - - - - 38 0 0 154 58 37.7 153 64 41.8 45 0 0 162 1 0.6 271 88 32.5 733 335 45.7 267 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.39165438 1.035604943 11 10.8713507 0.988304609 11 0 NA 0 10 11.88566333 0.990471944 12 0 NA 0 NA NA 1 0.556044868 2.87E-91 1.05E-130 3.35E-104 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725721 C G - - - - - - 40 0 0 181 65 35.9 163 69 42.3 61 0 0 165 0 0 279 89 31.9 671 294 43.8 239 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.84775576 0.986159615 11 11.00139078 1.000126435 11 0 NA 0 10 11.39151102 1.035591911 11 0 NA 0 NA NA 1 1 1.99E-100 2.36E-131 1.15E-112 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8725901 C G - - - - - - 39 0 0 159 55 34.6 165 82 49.7 50 0 0 186 1 0.5 235 83 35.3 561 216 38.5 185 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.45494009 1.045494009 10 12.92598397 0.994306459 13 0 NA 0 11 10.01308617 1.001308617 10 0 NA 0 NA NA 1 0.606365624 3.75E-84 5.02E-127 3.96E-141 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726042 C T - - - - - - 42 0 0 172 50 29.1 162 81 50 57 0 0 140 0 0 209 63 30.1 571 239 41.9 235 1 0.4 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 8.79302765 0.977003072 9 13.00400802 1.000308309 13 0 NA 0 9 10.89735872 0.990668974 11 0.038568673 NA 0 NA NA 1 1 3.47E-72 1.14E-91 1.01E-139 0 1 0.692089871 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726056 C T - - - - - - 45 0 0 175 55 31.4 156 80 51.3 53 0 0 137 0 0 222 64 28.8 589 251 42.6 246 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 9.488009217 0.948800922 10 13.34211222 1.026316325 13 0 NA 0 9 11.07941483 1.00721953 11 0 NA 0 NA NA 1 1 2.04E-81 1.18E-91 3.14E-139 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726217 C G - - - - - - 40 0 0 144 44 30.6 147 65 44.2 54 0 0 244 0 0 361 99 27.4 823 340 41.3 226 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 9.246276498 1.027364055 9 11.49554309 0.957961924 12 0 NA 0 8 10.74131062 0.976482784 11 0 NA 0 NA NA 1 1 7.79E-65 2.53E-138 7.97E-108 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726273 C A - - - - - - 38 0 0 138 48 34.8 154 75 48.7 50 0 0 305 0 0 487 145 29.8 1039 417 40.1 301 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.51537327 0.955943025 11 12.66590381 0.974300293 13 0 NA 0 9 10.42921443 1.042921443 10 0 NA 0 NA NA 1 1 8.57E-74 9.98E-208 2.49E-128 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726357 C G - - - - - - 44 0 0 171 67 39.2 156 71 45.5 48 0 0 293 0 0 491 148 30.1 992 368 37.1 306 1 0.3 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.84490323 0.987075269 12 11.83364729 0.986137275 12 0 NA 0 9 9.648973948 0.964897395 10 0.028926505 NA 0 NA NA 1 1 1.34E-106 6.54E-213 8.68E-119 0 1 0.78429376 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726407 T C - - - - - - 41 0 0 181 62 34.3 171 80 46.8 56 0 0 186 0 0 336 105 31.2 674 254 37.7 212 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.36429032 1.036429032 10 12.1717515 1.014312625 12 0 NA 0 9 9.805022044 0.980502204 10 0 NA 0 NA NA 1 1 2.5E-94 1.57E-153 6.76E-135 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8726603 C T - - - - - - 40 0 0 164 57 34.8 169 85 50.3 36 0 0 1 0 0 6 1 16.7 7 4 57.1 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.51537327 0.955943025 11 13.08203206 1.006310159 13 0 NA 0 1 14.85057715 0.990038477 15 NA NA 0 NA NA 1 1 2.71E-87 0.029627491 7.8E-147 2.16E-08 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726639 C T - - - - - - 45 0 0 178 61 34.3 190 99 52.1 42 0 0 1 0 0 2 1 50 4 3 75 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.36429032 1.036429032 10 13.55017635 0.967869739 14 0 NA 0 15 19.50601202 0.975300601 20 NA NA 0 NA NA 1 1 7.54E-93 0.009975 7.71E-173 0.000000498 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726741 C G - - - - - - 42 0 0 163 51 31.3 151 73 48.3 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 9.457792627 1.050865847 9 12.56187174 0.966297826 13 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.68E-75 1 1.23E-124 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726799 C G - - - - - - 40 0 0 159 64 40.3 159 76 47.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 12.17728571 1.01477381 12 12.43183166 1.035985972 12 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.63E-103 1 3.48E-129 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726811 C A - - - - - - 35 0 0 158 61 38.6 163 80 49.1 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.66360369 0.971966974 12 12.76993587 0.982302759 13 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.02E-96 1 3.89E-137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726829 C T - - - - - - 34 0 0 160 60 37.5 169 81 47.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.3312212 1.030111018 11 12.45783968 1.038153307 12 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.22E-94 1 1.06E-137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726916 C G - - - - - - 52 0 0 157 61 38.9 140 67 47.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 11.75425346 0.979521121 12 12.45783968 1.038153307 12 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.29E-97 1 3.9E-114 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8726994 C G - - - - - - 43 0 0 181 60 33.1 191 90 47.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 10.00169124 1.000169124 10 12.24977555 1.020814629 12 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.58E-90 1 6.46E-152 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8727536 C G - - - - - - 36 0 0 139 38 27.3 153 72 47.1 42 0 0 156 0 0 280 96 34.3 652 281 43.1 183 0 0 FALSE FALSE NA NA 6.474209519 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 4.33E-54 3.85E-145 8.02E-122 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8727605 C G - - - - - - 37 0 0 156 48 30.8 152 67 44.1 42 0 0 225 0 0 335 105 31.3 851 384 45.1 221 1 0.5 FALSE FALSE NA NA 6.474209519 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0.048210841 NA 0 NA NA 1 1 9.5E-71 1.08E-153 5.68E-111 0 1 0.669705878 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 8727637 C T - - - - - - 40 0 0 153 51 33.3 141 57 40.4 51 0 0 247 1 0.4 355 99 27.9 908 402 44.3 252 0 0 FALSE FALSE NA NA 6.474209519 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0.7100648 3.62E-77 3.75E-139 6.48E-92 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 9237527 C G - - - - - - 39 0 0 106 8 7.5 96 9 9.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.59124424 1.59124424 1 1.24704683 1.24704683 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.62E-08 1 1.71E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9448685 A T ENSG00000224998 ENST00000421635 r.? - - upstream 46 0 0 126 7 5.6 82 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.188129032 1.188129032 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9471622 T A - - - - - - 39 0 0 92 6 6.5 99 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.379078341 1.379078341 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000771 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9864148 G A - - - - - - 44 0 0 122 9 7.4 79 6 7.6 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.57002765 1.57002765 1 1.008250628 1.008250628 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.43E-08 1 0.00000318 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9959235 C A - - - - - - 45 0 0 111 12 10.8 68 17 25 64 31 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 2.291391705 1.145695853 2 3.31661391 1.10553797 3 4.666809397 1.043046683 4.474209519 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.09E-13 1 2.69E-24 1 7.05E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10395013 G T - - - - - - 28 0 0 117 34 29.1 86 31 36 36 0 0 180 0 0 277 65 23.5 543 154 28.4 182 0 0 FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 6.17402765 1.029004608 6 4.77592403 1.007247326 4.741560394 0 NA 0 5 3.767673401 1.006979176 3.741560394 0 NA 0 NA NA 1 1 1.32E-49 1.88E-86 8.27E-49 1.02E-216 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 10729214 A T - - - - - - 43 0 0 117 9 7.7 74 7 9.5 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.633677419 1.633677419 1 1.260313286 1.260313286 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 9.92E-09 1 0.000000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10844786 C G - - - - - - 40 0 0 126 7 5.6 103 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.188129032 1.188129032 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 11010868 A C - - - - - - 36 0 0 111 5 4.5 87 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0.954746544 0.954746544 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000258017 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 11360451 A G CELF2 CCDS44354.1 r.? - - intronic 21 0 0 112 7 6.2 73 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.315428571 1.315428571 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000179 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12569777 C G CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 31 0 0 190 38 20 152 22 14.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 6.243317972 1.040552995 6 2.996036824 0.998678941 3 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.44E-48 1 2.31E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12569792 C G CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 35 0 0 184 33 17.9 150 18 12 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 5.587769585 0.931294931 6 2.479478751 1.057034589 2.345693108 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-40 1 1.63E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12655743 C T CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 29 0 0 150 43 28.7 117 36 30.8 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 8.95916129 0.995462366 9 6.363995461 1.002884216 6.345693108 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.19E-62 1 1.8E-53 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 13008167 A T CCDC3 CCDS7093.1 r.? - - intronic 37 0 0 142 7 4.9 111 1 0.9 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 1.529612903 1.529612903 1 0.185960906 0.185960906 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000862 1 0.426726373 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 13511253 G C BEND7 CCDS7099.1 r.? - - intronic 33 0 0 126 5 4 102 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 1.248663594 1.248663594 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000462224 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 13556899 T C BEND7 ENST00000396900 r.? - - intronic 35 0 0 152 104 68.4 108 81 75 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 21.35214747 1.016768927 21 15.49674219 1.009843093 15.34569311 1.967002308 0.983501154 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.98E-200 1 7.59E-162 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 15306305 C G FAM171A1 CCDS31154.1 r.? - - intronic 25 0 0 47 7 14.9 19 8 42.1 38 18 47.4 129 0 0 101 13 12.9 83 38 45.8 122 56 45.9 TRUE TRUE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.373271889 1.373271889 1 1.687374749 1.687374749 1 4.570387715 1.021496132 4.474209519 1 1.835671343 0.917835671 2 4.425755192 0.989170305 4.474209519 6 5 1 1 4.12E-09 6.62E-15 2.81E-14 1.84E-64 1.16E-31 2.56E-94 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 16255768 A G - - - - - - 51 0 0 47 8 17 33 8 24.2 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.566820276 1.566820276 1 0.96993988 0.96993988 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.03E-10 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 17669724 G T - - - - - - 37 0 0 64 8 12.5 27 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.152073733 1.152073733 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 19268651 T G - - - - - - 27 0 0 45 5 11.1 16 3 18.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.023041475 1.023041475 1 0.753507014 0.753507014 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000323 1 0.0000667 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 20416379 T G PLXDC2 CCDS7132.1 r.? - - intronic 47 0 0 71 7 9.9 28 3 10.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.912442396 0.912442396 1 0.428857715 0.428857715 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.85E-08 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 22019811 G C MLLT10 CCDS7135.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 5 12.2 41 9 22 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.124423963 1.124423963 1 0.881763527 0.881763527 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000202 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23095132 A G - - - - - - 49 0 0 67 9 13.4 29 15 51.7 60 30 50 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.235023041 1.235023041 1 2.072144289 1.036072144 2 4.821084088 1.077527565 4.474209519 0 4.008016032 4.008016032 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-11 1 2.22E-27 0.000025 9.52E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23843861 A T - - - - - - 24 0 0 50 5 10 24 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.921658986 0.921658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23876729 C G - - - - - - 55 0 0 64 8 12.5 34 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.152073733 1.152073733 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 26597991 T C GAD2 CCDS7149.1 r.? - - downstream 36 0 0 56 13 23.2 35 14 40 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 2.138248848 1.069124424 2 1.603206413 0.801603206 2 2.805870939 0.935290313 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.89E-18 1 1.28E-23 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 30044883 T A AL160060.2 ENST00000502624 r.? - - intronic 37 0 0 50 10 20 22 10 45.5 45 17 37.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.843317972 0.921658986 2 1.823647295 0.911823647 2 3.64473957 1.049084562 3.474209519 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.36E-14 1 5.98E-18 1 7.37E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 31353178 C T - - - - - - 29 0 0 51 14 27.5 34 19 55.9 59 29 49.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 2.534562212 1.267281106 2 2.240480962 1.120240481 2 4.743946742 1.060287124 4.474209519 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.64E-21 1 3.3E-35 1 9.52E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 31377135 C G - - - - - - 23 0 0 42 5 11.9 27 8 29.6 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.096774194 1.096774194 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000228 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 32803102 C G CCDC7 CCDS7173.1 r.? - - intronic 49 0 0 59 6 10.2 27 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.940092166 0.940092166 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 33129589 G C C10orf68 CCDS31177.1 r.? - - intronic 39 0 0 73 5 6.8 29 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.626728111 0.626728111 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000354 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 33257306 G T ITGB1 ENST00000475184 r.? - - intronic 42 0 0 44 5 11.4 21 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.050691244 1.050691244 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 36878529 T G - - - - - - 29 0 0 56 5 8.9 22 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.820276498 0.820276498 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 42652255 A T - - - - - - 140 0 0 282 8 2.8 151 10 6.6 172 10 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0.432970353 0.432970353 1 0.924529058 0.924529058 1 0.720361912 0.720361912 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00010447 1 6.45E-09 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 42842214 C T - - - - - - 43 0 0 107 20 18.7 102 13 12.7 64 14 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 2.89162343 0.963874477 3 1.779018036 0.889509018 2 2.71998722 0.989832888 2.747925689 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.51E-25 1 7.55E-15 1 2.31E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 42885023 C A - - - - - - 39 0 0 118 25 21.2 98 26 26.5 70 5 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 3.278204102 1.092734701 3 3.712124248 0.928031062 4 0.881822341 0.881822341 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.97E-33 1 4.02E-37 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 43203382 G C - - - - - - 41 0 0 81 9 11.1 77 6 7.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 1.716418186 1.716418186 1 1.092625251 1.092625251 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.68E-10 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 43533905 G A - - - - - - 2 0 0 102 7 6.9 91 7 7.7 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 1.066962656 1.066962656 1 1.078617234 1.078617234 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000953 1 0.000000438 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 43936291 G A ZNF487 ENST00000437590 r.? - - intronic 36 0 0 104 10 9.6 89 0 0 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 1.484469782 1.484469782 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.66E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44153474 G A - - - - - - 41 0 0 119 12 10.1 97 9 9.3 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 1.561785917 1.561785917 1 1.302745491 1.302745491 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.41E-12 1 1.88E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44607526 G A - - - - - - 31 0 0 89 8 9 88 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 1.391690421 1.391690421 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.92E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 45531792 C G - - - - - - 50 0 0 128 6 4.7 106 0 0 83 0 0 185 0 0 195 7 3.6 413 0 0 262 0 0 TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0.726771664 0.726771664 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 NA 0 5 NA 1 1 0.0000503 0.0000657 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 45681593 G T - - - - - - 45 0 0 139 8 5.8 158 10 6.3 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.288562212 1.288562212 1 0.88250501 0.88250501 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000615 1 9.96E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 49710146 A T ARHGAP22 CCDS7227.1 r.? - - intronic 42 0 0 167 14 8.4 129 4 3.1 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.866193548 0.933096774 2 0.434248497 0.434248497 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.57E-13 1 0.004191822 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 49729661 A T ARHGAP22 CCDS7227.1 r.? - - intronic 41 0 0 116 8 6.9 87 7 8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.5329447 1.5329447 1 1.120641283 1.120641283 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000154 1 0.000000322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 50507899 G C C10orf71 CCDS44387.1 r.? - - intronic 13 0 0 132 10 7.6 81 8 9.9 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.688460829 1.688460829 1 1.386793587 1.386793587 1 1.701544517 1.701544517 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.75E-09 1 9.08E-09 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 50745305 G A ERCC6 CCDS7229.1 r.? - - intronic 2 0 0 126 8 6.3 105 14 13.3 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.399645161 1.399645161 1 1.863066132 0.931533066 2 1.552504121 1.552504121 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000291 1 3.66E-16 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 51043741 C A PARG ENST00000402038 r.? - - intronic 30 0 0 122 9 7.4 116 9 7.8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.64402765 1.64402765 1 1.092625251 1.092625251 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.43E-08 1 9.2E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 51810134 T C AL442003.3 ENST00000505015 r.? - - intronic 16 0 0 69 15 21.7 55 16 29.1 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.821 0.9642 5 4.076332665 1.019083166 4 0.832142209 0.832142209 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.34E-20 1 3.78E-24 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 52711456 C G - - - - - - 41 0 0 103 6 5.8 64 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.940562212 0.940562212 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000148 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53060492 A C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 36 0 0 89 7 7.9 70 6 8.6 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.281110599 1.281110599 1 0.860689379 0.860689379 1 0.981182604 0.981182604 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000376 1 0.00000156 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53238884 C A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 39 0 0 104 15 14.4 87 15 17.2 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 2.33518894 1.16759447 2 1.721378758 0.860689379 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 9.59E-18 1 5.73E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53894515 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 38 0 0 125 27 21.6 112 35 31.2 82 0 0 138 0 0 176 39 22.2 390 127 32.6 265 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 3.50278341 0.875695853 4 3.122501002 1.040833667 3 0 0 1 4 3.262613226 1.087537742 3 0 NA 0 4 NA 1 1 8.51E-36 1.8E-51 2.63E-52 5.24E-188 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53894803 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 43 0 0 143 28 19.6 107 32 29.9 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 1 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 3.178451613 1.059483871 3 2.992396794 0.997465598 3 0 0 1 1 10.00801603 10.00801603 1 0 NA 0 4 NA 1 1 9.23E-36 1 3.04E-47 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53895219 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 48 0 0 122 32 26.2 106 37 34.9 96 0 0 184 0 0 215 38 17.7 450 117 26 375 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.248746544 1.062186636 4 3.492797595 0.873199399 4 0 0 1 3 2.602084168 0.867361389 3 0 NA 0 4 NA 1 1 3.8E-45 3.88E-46 2.53E-57 4.86E-160 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53895293 G A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 45 0 0 119 37 31.1 98 28 28.6 84 0 0 208 0 0 201 25 12.4 488 129 26.4 398 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 5.043359447 1.008671889 5 2.862292585 0.954097528 3 0 0 1 2 2.642116232 0.880705411 3 0 NA 0 4 NA 1 1 4.15E-55 6.59E-27 6.85E-41 2.56E-177 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53895301 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 47 0 0 120 37 30.8 98 25 25.5 84 0 0 210 1 0.5 203 24 11.8 494 134 27.1 387 0 0 TRUE TRUE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.994709677 0.998941935 5 2.552044088 0.850681363 3 0 0 1 2 2.712172345 0.904057448 3 0 0 1 4 4 1 0.650982698 5.98E-55 2.37E-25 2.85E-35 7.76E-186 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53895511 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 44 0 0 133 34 25.6 107 34 31.8 79 1 1.3 206 0 0 240 44 18.3 505 146 28.9 387 0 0 TRUE TRUE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.151447005 1.037861751 4 3.182549098 1.060849699 3 0.161460429 0.161460429 1 3 2.892316633 0.964105544 3 0 0 1 4 4 1 1 1.94E-47 6.55E-54 3.79E-51 5.67E-207 0.326987115 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53895543 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 38 0 0 135 34 25.2 99 31 31.3 89 1 1.1 210 0 0 264 49 18.6 538 159 29.6 415 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.086580645 1.021645161 4 3.132509018 1.044169673 3 0.136620363 0.136620363 1 3 2.962372745 0.987457582 3 0 NA 0 4 NA 1 1 3.44E-47 3.98E-60 1.53E-46 5.33E-227 0.359890627 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 53913271 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 40 0 0 83 9 10.8 67 6 9 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.751391705 1.751391705 1 0.900721443 0.900721443 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.6E-10 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 54332670 G C - - - - - - 39 0 0 100 17 17 67 13 19.4 80 15 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 2.756820276 0.918940092 3 1.94155511 0.970777555 2 2.334966198 0.849719557 2.747925689 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.43E-21 1 2.41E-17 1 1.49E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55135568 C T - - - - - - 44 0 0 96 8 8.3 67 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.345976959 1.345976959 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000035 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55473511 A C - - - - - - 41 0 0 109 11 10.1 78 15 19.2 92 18 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.637875576 1.637875576 1 1.921539078 0.960769539 2 2.434326462 0.885877836 2.747925689 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 1.2E-11 1 9.92E-20 1 1.58E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55695955 G C PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 48 0 0 104 12 11.5 82 10 12.2 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.634907834 1.634907834 1 1.220977956 1.220977956 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.76E-13 1 1.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55854079 G A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 41 0 0 97 10 10.3 69 14 20.3 86 8 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.464308756 1.464308756 1 2.031627255 1.015813627 2 1.155063066 1.155063066 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.27E-11 1 7.3E-19 1 1.47E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55900465 G T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 28 0 0 78 11 14.1 57 14 24.6 68 15 22.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 2.004539171 1.002269585 2 2.461971944 0.820657315 3 2.744827286 0.998872457 2.747925689 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.79E-13 1 3.84E-20 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56153926 G T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 39 0 0 85 15 17.6 71 8 11.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 2.502119816 0.834039939 3 1.130905812 1.130905812 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.95E-19 1 3.14E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57061616 C A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 37 0 0 90 7 7.8 55 4 7.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.108894009 1.108894009 1 0.73058517 0.73058517 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000406 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57647070 C T - - - - - - 48 0 0 90 11 12.2 56 0 0 79 1 1.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.734423963 0.867211982 2 0 0 1 0.161460429 0.161460429 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.41E-12 1 1 1 0.326987115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58281557 C G - - - - - - 46 0 0 213 9 4.2 160 8 5 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.353096774 1.353096774 1 1.200400802 1.200400802 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000164 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59070206 G C - - - - - - 40 0 0 181 7 3.9 150 4 2.7 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.256447005 1.256447005 1 0.648216433 0.648216433 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000411 1 0.007105714 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59134186 G A - - - - - - 41 0 0 227 10 4.4 153 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.417529954 1.417529954 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000299 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59790709 C A - - - - - - 17 0 0 210 10 4.8 174 13 7.5 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.546396313 1.546396313 1 1.800601202 0.900300601 2 0 NA 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000146 1 7.86E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59821754 C T - - - - - - 34 0 0 207 10 4.8 186 6 3.2 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.546396313 1.546396313 1 0.768256513 0.768256513 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000127 1 0.000384836 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 60810227 T C - - - - - - 32 0 0 98 5 5.1 47 0 0 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0.70426469 0.70426469 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000144245 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 61849579 C G ANK3 CCDS7258.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 6 9.1 55 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 1.256629152 1.256629152 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000011 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 62922475 T C - - - - - - 28 0 0 79 6 7.6 62 10 16.1 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 1.049492479 1.049492479 1 1.289290581 1.289290581 1 2.59578689 0.944635039 2.747925689 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000318 1 8.29E-13 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63740995 A C ARID5B CCDS31208.1 r.? - - intronic 43 0 0 88 15 17 59 12 20.3 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 2.347548965 0.905507933 2.592521698 1.625627255 1.625627255 1 2.334966198 0.849719557 2.747925689 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.87E-19 1 2.2E-16 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63756941 T G ARID5B CCDS31208.1 r.? - - intronic 35 0 0 97 9 9.3 52 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 1.284247375 1.284247375 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.88E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63980987 G C RTKN2 CCDS7263.1 r.? - - intronic 41 0 0 74 5 6.8 66 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0.939019586 0.939019586 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000378 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63982376 T C RTKN2 CCDS7263.1 r.? - - intronic 58 0 0 91 19 20.9 52 11 21.2 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 2.886104316 0.962034772 3 1.697699399 0.848849699 2 1.776064714 1.016098525 1.747925689 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.46E-25 1 2.44E-15 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 64925487 C G JMJD1C CCDS41532.1 r.? - - downstream 46 0 0 84 8 9.5 60 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 1.311865598 1.311865598 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.21E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66423217 A T - - - - - - 41 0 0 71 24 33.8 60 32 53.3 80 51 63.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 4.667479707 1.016321754 4.592521698 4.268272545 1.067068136 4 7.911561 1.130223 7 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.52E-37 1 2.11E-57 1 2.01E-96 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66513726 A C - - - - - - 32 0 0 81 5 6.2 56 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0.856164917 0.856164917 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000584 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66974961 T C - - - - - - 48 0 0 91 9 9.9 70 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 1.803442396 1.803442396 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.06E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 67815135 T C CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 42 0 0 113 6 5.3 87 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.965479263 0.965479263 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000025 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 68988149 G A CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 27 0 0 85 10 11.8 55 14 25.5 73 18 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 1.965673746 0.982836873 2 2.807044088 0.935681363 3 3.067748143 1.022582714 3 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.17E-11 1 2.19E-20 1 1.62E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 70407785 T A TET1 CCDS7281.1 r.? - - intronic 31 0 0 67 20 29.9 55 23 41.8 88 57 64.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 4.980817374 0.996163475 5 4.601350701 0.92027014 5 8.048181363 1.149740195 7 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.42E-30 1 1.91E-38 1 3.32E-108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71733915 G C - - - - - - 48 0 0 135 14 10.4 134 18 13.4 97 15 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.518525346 0.839508449 3 0.712170445 0.712170445 1 1.92510511 0.962552555 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.32E-14 1 2.02E-20 1 3.21E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71733937 G C - - - - - - 50 0 0 147 13 8.8 119 21 17.6 101 21 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.131059908 1.065529954 2 0.935388047 0.935388047 1 2.583366857 0.940115254 2.747925689 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.12E-13 1 3.45E-26 1 8.38E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71734135 G C - - - - - - 39 0 0 132 13 9.8 137 23 16.8 105 16 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.373225806 1.186612903 2 0.892870409 0.892870409 1 1.887845011 0.943922506 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.26E-13 1 5.26E-28 1 3.14E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71767204 C G - - - - - - 33 0 0 113 8 7.1 99 12 12.1 78 11 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 1.71937788 1.71937788 1 0.643079282 0.643079282 1 1.751224648 1.001887357 1.747925689 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000125 1 1.51E-13 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71767410 C G - - - - - - 31 0 0 132 9 6.8 118 18 15.3 100 19 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 1.646728111 1.646728111 1 0.813149836 0.813149836 1 2.359806264 0.858759126 2.747925689 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.85E-08 1 1.86E-21 1 1.72E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71767675 C A - - - - - - 32 0 0 125 14 11.2 129 11 8.5 87 13 14.9 1 0 0 0 0 NA 3 2 66.7 1 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.712258065 0.904086022 3 0.451749909 1.472991309 0.306688781 1.850584912 1.058732029 1.747925689 1 3.54490811 3.54490811 1 0 NA 0 6 NA 1 1 4.45E-15 1 7.56E-11 0.0000748 8.85E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71767936 C A - - - - - - 34 0 0 134 13 9.7 118 14 11.9 106 20 18.9 217 0 0 322 25 7.8 623 83 13.3 512 87 17 TRUE TRUE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.349009217 1.174504608 2 0.632449873 0.632449873 1 2.347386231 0.854239341 2.747925689 2 0.70685574 0.70685574 1 2.111405604 1.055702802 2 6 5 1 1 2.75E-13 8.79E-22 1.96E-15 5.19E-88 1.23E-25 8.12E-102 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 71767948 C T - - - - - - 32 0 0 132 13 9.8 122 15 12.3 105 21 20 217 0 0 327 26 8 631 84 13.3 532 90 16.9 TRUE TRUE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 2.373225806 1.186612903 2 0.653708692 0.653708692 1 2.484006593 0.903956975 2.747925689 2 0.70685574 0.70685574 1 2.098985571 1.049492786 2 6 5 1 1 2.26E-13 7.45E-23 1.14E-16 5.09E-89 2.04E-27 4.43E-105 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 71768008 C G - - - - - - 37 0 0 122 8 6.6 96 11 11.5 101 19 18.8 255 0 0 368 26 7.1 667 71 10.6 520 85 16.3 TRUE TRUE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 1.598294931 1.598294931 1 0.611191054 0.611191054 1 2.334966198 0.849719557 2.747925689 2 0.56335871 0.56335871 1 2.024465374 1.012232687 2 6 5 1 1 0.000000227 1.48E-21 2.92E-12 1.79E-68 2.1E-24 5.36E-98 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 71768025 C G - - - - - - 42 0 0 123 7 5.7 95 11 11.6 103 17 16.5 255 0 0 359 24 6.7 667 68 10.2 502 86 17.1 TRUE TRUE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 1.380345622 1.380345622 1 0.616505758 0.616505758 1 2.04930544 1.02465272 2 2 0.542099891 0.542099891 1 2.123825637 1.061912819 2 6 5 1 1 0.00000334 1.84E-19 2.59E-12 2.27E-64 5.84E-21 5.42E-101 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 71768999 C G - - - - - - 24 0 0 136 17 12.5 122 6 4.9 85 20 23.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 3.027073733 1.009024578 3 0.260420536 0.849136166 0.306688781 2.918707747 0.972902582 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.02E-19 1 0.0000385 1 9.82E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 72279157 T C KIAA1274 CCDS31215.1 r.? - - intronic 27 0 0 116 6 5.2 73 5 6.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.259262673 1.259262673 1 0.361399927 1.178393047 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000029 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 72435871 C G ADAMTS14 CCDS7307.1 r.? - - intronic 23 0 0 116 6 5.2 93 8 8.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.259262673 1.259262673 1 0.457064614 1.490320619 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000029 1 2.73E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 73115011 A T SLC29A3 CCDS7310.1 r.? - - intronic 11 0 0 102 6 5.9 75 9 12 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.428778802 1.428778802 1 0.637764578 0.637764578 1 2.423447028 0.807815676 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000014 1 1.82E-10 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 74149628 C T CBARA1 ENST00000398761 r.? - - intronic 35 0 0 138 10 7.2 85 12 14.1 60 0 0 196 0 0 223 16 7.2 582 28 4.8 278 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.74359447 1.74359447 1 0.749373379 0.749373379 1 0 0 1 2 0.255105831 0.831806857 0.306688781 0 NA 0 4 NA 1 1 2.7E-09 5.93E-14 2.29E-14 1.14E-18 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 74149688 C G CBARA1 ENST00000398761 r.? - - intronic 43 0 0 123 8 6.5 83 11 13.3 70 0 0 254 0 0 286 17 5.9 716 50 7 358 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.574078341 1.574078341 1 0.70685574 0.70685574 1 0 0 1 1 0.372029337 1.213051666 0.306688781 0 NA 0 4 NA 1 1 0.000000241 2.12E-13 5.66E-13 1.07E-39 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 74228330 A C CBARA1 ENST00000398761 r.? - - intronic 53 0 0 106 7 6.6 79 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.598294931 1.598294931 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000124 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 74385853 C T CBARA1 ENST00000398761 r.9g>a c.? p.? 5'UTR variant 2 0 0 90 6 6.7 73 3 4.1 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.622511521 1.622511521 1 0.217902897 0.71050169 0.306688781 2.624470284 0.874823428 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000679 1 0.005990531 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75095832 G C TTC18 CCDS7324.2 r.? - - intronic 44 0 0 124 6 4.8 90 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.162396313 1.162396313 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000421 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75175658 G A ANXA7 CCDS7326.1 r.? - - upstream 18 0 0 131 8 6.1 95 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.477211982 1.477211982 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000391 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75656993 C G - - - - - - 37 0 0 127 13 10.2 70 7 10 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 2.470092166 0.823364055 3 0.531470481 0.531470481 1 2.959509044 0.986503015 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.37E-13 1 7.11E-08 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 76107092 G A ADK CCDS7344.1 r.? - - intronic 13 0 0 93 10 10.8 86 16 18.6 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 2.615391705 0.871797235 3 0.988535095 0.988535095 1 2.523958656 0.841319552 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.41E-11 1 1.06E-20 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 76826334 T G - - - - - - 22 0 0 136 15 11 95 14 14.7 73 18 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 2.663824885 0.887941628 3 0.781261608 0.781261608 1 2.758485788 0.919495263 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.98E-16 1 8.54E-17 1 1.62E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 76946981 A C - - - - - - 20 0 0 114 8 7 82 6 7.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.69516129 1.69516129 1 0.387973451 1.265039595 0.306688781 1.049788114 1.049788114 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000134 1 0.00000395 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77003262 C T - - - - - - 25 0 0 129 8 6.2 86 1 1.2 43 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.501428571 1.501428571 1 0.063776458 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000348 1 0.350192164 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77230959 C A C10orf11 ENST00000354343 r.? - - intronic 32 0 0 117 7 6 98 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.452995392 1.452995392 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000024 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77285588 C T C10orf11 ENST00000354343 r.? - - intronic 53 0 0 116 6 5.2 94 6 6.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.259262673 1.259262673 1 0.340141108 1.109075809 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000029 1 0.00000873 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77668738 A G C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - intronic 31 0 0 149 15 10.1 78 9 11.5 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 2.445875576 0.815291859 3 0.611191054 0.611191054 1 2.836661499 0.945553833 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.38E-15 1 2.61E-10 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 78217784 C G C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - intronic 51 0 0 124 5 4 96 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0.968663594 0.968663594 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000429646 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 78866441 C G KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 13 0 0 124 6 4.8 93 8 8.6 36 0 0 267 0 0 440 12 2.7 579 36 6.2 283 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.162396313 1.162396313 1 0.457064614 1.490320619 0.306688781 0 0 1 1 0.329511698 1.07441719 0.306688781 0 NA 0 4 NA 1 1 0.0000421 0.00000323 2.73E-08 2.61E-27 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 80721277 G T - - - - - - 24 0 0 209 63 30.1 212 71 33.5 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 1.780426112 1.051446475 1.693311219 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.14E-91 1 6.19E-107 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 80837993 C G ZMIZ1 CCDS7357.1 r.? - - intronic 52 0 0 248 9 3.6 207 4 1.9 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.100979391 0.100979391 1 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000565 1 0.020886837 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 80925272 C G ZMIZ1 CCDS7357.1 r.? - - intronic 6 0 0 203 16 7.9 208 11 5.3 62 3 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.281679355 0.918453404 0.306688781 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.37E-14 1 0.000000012 1 0.003793816 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 80925274 G C ZMIZ1 CCDS7357.1 r.? - - intronic 6 0 0 201 10 5 209 8 3.8 62 2 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.201958783 0.658513762 0.306688781 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000097 1 0.0000126 1 0.038789653 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 82045929 A C MAT1A CCDS7365.1 r.? - - intronic 33 0 0 241 25 10.4 227 29 12.8 60 6 10 248 0 0 595 18 3 876 44 5 278 7 2.5 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.680282216 0.680282216 1 NA NA 1 1 0.265735241 0.866465476 0.306688781 NA NA 1 NA NA 1 1 6.64E-25 2.62E-09 2.63E-31 3.58E-29 0.000000621 0.00056857 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82045932 A G MAT1A CCDS7365.1 r.? - - intronic 32 0 0 119 24 20.2 83 25 30.1 33 7 21.2 243 1 0.4 295 28 9.5 330 57 17.3 185 11 5.9 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 1.599726149 0.944732505 1.693311219 NA NA 1 1 0.919443933 0.919443933 1 NA NA 1 NA NA 1 0.704192881 3.28E-31 1.28E-26 2.44E-37 9.4E-68 2.98E-10 3.54E-09 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82045941 T C MAT1A CCDS7365.1 r.? - - intronic 36 0 0 241 10 4.1 224 4 1.8 70 1 1.4 233 0 0 560 24 4.3 855 43 5 269 4 1.5 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.095664687 0.095664687 1 NA NA 1 1 0.265735241 0.866465476 0.306688781 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000516 4.02E-15 0.026884527 1.44E-28 0.295930304 0.047279701 YES 1_1 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82045942 T A MAT1A CCDS7365.1 r.? - - intronic 36 0 0 240 9 3.8 223 4 1.8 71 1 1.4 233 0 0 557 23 4.1 846 29 3.4 269 4 1.5 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.095664687 0.095664687 1 NA NA 1 1 0.180699964 0.180699964 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000433 3.22E-14 0.026506209 1.96E-15 0.299450652 0.047279701 YES 1_1 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82111875 C T DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 50 0 0 296 129 43.6 249 107 43 83 22 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 2.28532307 1.142661535 2 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.3E-211 1 1.19E-174 1 1.23E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 82117750 G T DYDC2 CCDS7367.1 r.126g>u c.? p.? 5'UTR variant 13 0 0 128 97 75.8 146 114 78.1 53 19 35.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.150784459 1.38359482 3 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.64E-194 1 7.21E-231 1 1.93E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 82118195 C G DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 40 0 0 146 92 63 133 107 80.5 38 11 28.9 279 0 0 502 308 61.4 643 474 73.7 195 68 34.9 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.278337375 1.426112458 3 NA NA 1 1 3.916937447 1.305645816 3 NA NA 1 NA NA 1 1 6.32E-172 0 1.63E-219 0 5.19E-17 6.28E-104 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82118213 C G DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 48 0 0 152 96 63.2 143 116 81.1 37 9 24.3 287 1 0.3 516 311 60.3 697 527 75.6 204 71 34.8 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.310225603 1.436741868 3 NA NA 1 1 4.017916839 1.339305613 3 NA NA 1 NA NA 1 0.762740192 1.78E-179 0 1.1E-238 0 2.14E-13 2.3E-108 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82118262 C A DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 41 1 2.4 167 101 60.5 130 100 76.9 23 6 26.1 287 0 0 529 332 62.8 762 573 75.2 241 94 39 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.087008001 1.362336 3 NA NA 1 1 3.996658019 1.33221934 3 NA NA 1 NA NA 0.18577148 1 8.33E-186 0 1.78E-201 0 1.47E-09 1.27E-148 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82118404 C G DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 33 0 0 147 91 61.9 134 110 82.1 50 14 28 88 0 0 201 142 70.6 292 225 77.1 80 40 50 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.363372652 1.454457551 3 NA NA 1 1 4.097637411 1.365879137 3 NA NA 1 NA NA 1 1 5.5E-169 5.67E-276 1.38E-227 0 4.84E-21 8.04E-70 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 82118468 C G DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 37 0 0 168 105 62.5 131 114 87 43 17 39.5 14 0 0 35 24 68.6 78 58 74.4 23 12 52.2 FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.623793187 1.541264396 3 NA NA 1 1 3.954140381 1.318046794 3 NA NA 1 NA NA 1 1 2.12E-195 2.36E-47 4.14E-242 6.23E-116 2.84E-28 3.14E-22 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 83730513 C T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 33 0 0 59 10 16.9 26 14 53.8 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 2.859311189 0.95310373 3 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.91E-13 1 5.57E-26 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 86423944 T G - - - - - - 28 0 0 45 5 11.1 19 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.023041475 1.023041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 86657570 T C - - - - - - 47 0 0 68 15 22.1 37 19 51.4 28 16 57.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.036866359 1.01843318 2 2.731758274 1.014275014 2.693311219 3.216186051 1.304957131 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.06E-20 1 3.09E-34 1 4.39E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 89695881 T G PTEN ENST00000371953 r.? - - intronic 49 0 0 52 5 9.6 23 5 21.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.884792627 0.884792627 1 1.153290944 1.153290944 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000668 1 9.75E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 90410801 C T - - - - - - 45 0 0 54 11 20.4 32 12 37.5 38 18 47.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.880184332 0.940092166 2 1.993014305 0.996507152 2 2.6698287 1.083274396 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.84E-15 1 5.03E-20 1 1.16E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 91045992 C G LIPA CCDS7401.1 r.? - - intronic 30 1 3.3 36 5 13.9 26 0 0 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.281105991 1.281105991 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 0.139615808 1 0.00000104 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 91922981 G T - - - - - - 39 0 0 61 14 23 36 15 41.7 34 18 52.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.119815668 1.059907834 2 2.216231907 1.108115954 2 2.97961895 1.208970792 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.1E-19 1 1.54E-25 1 7.79E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 93360655 G A - - - - - - 36 0 0 49 16 32.7 25 13 52 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 3.013824885 1.506912442 2 2.763646503 1.0261148 2.693311219 2.13473645 1.067368225 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.37E-25 1 6E-24 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 94844892 C G - - - - - - 44 0 0 55 8 14.5 34 7 20.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.33640553 1.33640553 1 1.094829192 1.094829192 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 3.86E-10 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 95709278 C G - - - - - - 48 0 0 48 5 10.4 36 11 30.6 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.958525346 0.958525346 1 1.626299673 1.626299673 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000447 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 97839727 C A - - - - - - 25 0 0 57 8 14 36 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.290322581 1.290322581 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 5.19E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 100161506 A G PYROXD2 CCDS7474.1 r.? - - intronic 40 0 0 52 14 26.9 28 13 46.4 26 13 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.479262673 1.239631336 2 2.466023033 0.915610129 2.693311219 2.816275 1.142694511 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.04E-21 1 4.26E-23 1 1.2E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 100401297 T A HPSE2 CCDS7477.1 r.? - - intronic 47 0 0 56 12 21.4 23 14 60.9 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.97235023 0.986175115 2 3.236655231 1.078885077 3 1.87563915 0.937819575 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.11E-16 1 4.78E-27 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 102123775 C T SCD CCDS7493.1 r.4546c>u c.? p.? 3'UTR variant 39 0 0 55 6 10.9 31 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 80530255 C T LRRTM1 CCDS1966.1 r.1347g>a c.690G>A p.P230P silent 3 0 0 52 8 15.4 35 5 14.3 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.573354839 1.573354839 1 0.716146293 0.716146293 1 1.698935401 1.698935401 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.42E-10 1 0.000000895 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 103111740 T C BTRC CCDS7512.1 r.? - - upstream 42 0 0 47 5 10.6 29 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.976958525 0.976958525 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 104653714 T C AS3MT CCDS41567.1 r.? - - intronic 23 0 0 49 7 14.3 17 9 52.9 30 13 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.31797235 1.31797235 1 2.811478846 1.043874479 2.693311219 2.43889415 0.989573446 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.58E-09 1 4.58E-17 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 105176139 G T PDCD11 CCDS31276.1 r.? - - intronic 42 0 0 68 15 22.1 22 10 45.5 33 16 48.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.036866359 1.01843318 2 2.41819069 0.89785045 2.693311219 2.73178675 1.108413675 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.06E-20 1 5.98E-18 1 1.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 106780116 T C SORCS3 CCDS7558.1 r.? - - intronic 40 0 0 53 6 11.3 27 10 37 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.041474654 1.041474654 1 1.966440781 0.98322039 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000293 1 7.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 107320411 C T - - - - - - 29 0 0 61 13 21.3 30 15 50 30 13 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.963133641 0.98156682 2 2.657352407 0.986648846 2.693311219 2.43889415 0.989573446 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.41E-18 1 4.41E-27 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 109391594 C T - - - - - - 41 0 0 55 16 29.1 31 19 61.3 39 17 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.68202765 1.341013825 2 3.25791405 1.08597135 3 2.4557918 0.996429613 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.78E-24 1 2.54E-36 1 3.51E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 109441472 G C - - - - - - 24 0 0 25 4 16 14 0 0 11 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.474654378 1.474654378 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 110936177 G A - - - - - - 36 0 0 52 17 32.7 31 15 48.4 35 14 40 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 3.013824885 1.506912442 2 2.57231713 0.955076083 2.693311219 2.25302 0.914155609 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-26 1 8.51E-27 1 1.28E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 111515245 C T - - - - - - 41 0 0 61 17 27.9 20 11 55 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.571428571 1.285714286 2 2.923087647 0.974362549 3 2.13473645 1.067368225 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.33E-25 1 7.87E-21 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 111522676 C T - - - - - - 40 0 0 64 11 17.2 32 17 53.1 33 18 54.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.585253456 1.585253456 1 2.822108256 1.047821075 2.693311219 3.06973975 1.245537017 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.85E-14 1 4.02E-31 1 3.68E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 115426895 A G NRAP CCDS7579.1 r.? - - upstream 42 0 0 42 4 9.5 25 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.875576037 0.875576037 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 117637955 C T ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 43 0 0 53 16 30.2 23 12 52.2 27 17 63 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.783410138 1.391705069 2 2.774275912 1.030061395 2.693311219 3.548506501 1.439795083 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.9E-24 1 3.14E-22 1 6.14E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 118286417 G C - - - - - - 40 0 0 67 11 16.4 28 4 14.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.511520737 1.511520737 1 0.760002788 0.760002788 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.85E-14 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 119194075 G C - - - - - - 40 0 0 48 13 27.1 27 12 44.4 29 16 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.497695853 1.248847926 2 2.359728937 0.876144175 2.693311219 3.1091676 1.26153474 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2E-19 1 3.96E-21 1 9.74E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 119542759 C T - - - - - - 28 0 0 59 9 15.3 25 17 68 25 15 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.410138249 1.410138249 1 3.613999273 1.204666424 3 3.379530001 1.371233413 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-11 1 7.95E-34 1 9.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 119572699 G T - - - - - - 40 0 0 53 13 24.5 32 18 56.2 27 13 48.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 2.258064516 1.129032258 2 2.986864105 0.995621368 3 2.70925655 1.099272119 2.464591345 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.53E-19 1 1.68E-33 1 2.29E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 124948950 G C - - - - - - 21 0 0 61 7 11.5 26 8 30.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.059907834 1.059907834 1 1.636929082 1.636929082 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.69E-08 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 134344612 C T - - - - - - 34 0 0 57 6 10.5 31 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.967741935 0.967741935 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 135437452 A G FRG2B CCDS44502.1 r.? - - downstream 37 0 0 59 6 10.2 23 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 321778 T C IFITM3 CCDS41585.1 r.? - - upstream 7 0 0 15 3 20 11 1 9.1 11 2 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 1.843317972 1 0.364729459 0.364729459 1 0.940568475 0.940568475 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000544 1 0.05364542 1 0.001334363 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 530447 A G HRAS CCDS7699.1 r.? - - downstream 1 0 0 37 8 21.6 30 5 16.7 15 2 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.99078341 0.995391705 2 0.669338677 0.669338677 1 0.687338501 0.687338501 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.33E-11 1 0.000000401 1 0.002513772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 3894002 C T STIM1 CCDS7749.1 r.? - - intronic 30 0 0 53 8 15.1 35 15 42.9 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 1.719438878 0.859719439 2 1.622739018 1.622739018 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-10 1 9.02E-26 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 4477124 G A - - - - - - 31 0 0 58 12 20.7 25 16 64 25 9 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.907834101 0.953917051 2 2.565130261 1.28256513 2 1.860465116 0.930232558 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.76E-16 1 2.99E-31 1 3.71E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 5063215 A G OR52J3 CCDS31370.1 r.? - - upstream 33 0 0 51 6 11.8 28 11 39.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 1.575150301 1.575150301 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 6919727 C T - - - - - - 40 0 0 55 12 21.8 23 10 43.5 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.00921659 1.004608295 2 1.743486974 0.871743487 2 2.335917313 1.167958656 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.78E-17 1 1.05E-17 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 8416158 A C STK33 CCDS7789.1 r.? - - intronic 50 0 0 55 6 10.9 26 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 12364424 G C MICALCL CCDS41620.1 r.? - - intronic 30 0 0 60 8 13.3 32 9 28.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 1.126252505 1.126252505 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 7.93E-10 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 16670618 G C - - - - - - 45 0 0 58 10 17.2 26 7 26.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.585253456 1.585253456 1 1.078156313 1.078156313 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.1E-13 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 16830167 C T PLEKHA7 CCDS31434.1 r.? - - intronic 45 0 0 59 11 18.6 29 8 27.6 27 11 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.714285714 0.857142857 2 1.106212425 1.106212425 1 2.103359173 1.051679587 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-14 1 1.53E-12 1 5.92E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 17960744 G T SERGEF CCDS7828.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 5 10.2 30 15 50 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 2.004008016 1.002004008 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000496 1 4.41E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 18890889 T C MRGPRX1 ENST00000412783 r.? - - intronic 39 0 0 45 4 8.9 21 6 28.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000791 1 7.95E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 23048924 T A - - - - - - 42 0 0 40 6 15 21 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382488479 1.382488479 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25387487 G T - - - - - - 40 0 0 50 9 18 30 5 16.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.658986175 1.658986175 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.07E-12 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25950499 C G - - - - - - 42 0 0 53 9 17 26 9 34.6 27 10 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 1.386773547 1.386773547 1 1.912144703 0.956072351 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.1E-12 1 5.65E-15 1 7.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 26312003 T G - - - - - - 43 0 0 52 12 23.1 36 16 44.4 22 7 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.129032258 1.064516129 2 1.779559118 0.889779559 2 1.643410853 1.643410853 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.19E-17 1 1.01E-27 1 1.25E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 27100639 T C BBOX1 CCDS7862.1 r.? - - intronic 45 0 0 73 11 15.1 29 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.31E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 29144448 T C - - - - - - 35 0 0 71 10 14.1 27 9 33.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.299539171 1.299539171 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.42E-12 1 8.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 30573687 C T MPPED2 CCDS44560.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 8 16.7 31 13 41.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 1.679358717 0.839679359 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.23E-10 1 2.32E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 34162428 C T NAT10 CCDS7889.1 r.? - - intronic 33 0 0 60 5 8.3 25 7 28 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 1.122244489 1.122244489 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000136 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 35035694 A T - - - - - - 35 0 0 54 8 14.8 36 9 25 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 38672848 T A - - - - - - 36 0 0 45 14 31.1 33 18 54.5 28 11 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.866359447 1.433179724 2 2.184368737 1.092184369 2 2.031007752 1.015503876 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.81E-22 1 3.68E-33 1 9.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 39872852 T C - - - - - - 16 0 0 37 5 13.5 17 1 5.9 11 1 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 0.236472946 0.236472946 1 0.470284238 0.470284238 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.081683532 1 0.05364542 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 40883577 C G - - - - - - 40 0 0 48 6 12.5 35 0 0 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 42151461 C T - - - - - - 35 0 0 63 19 30.2 30 14 46.7 25 15 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.783410138 1.391705069 2 1.871743487 0.935871743 2 3.100775194 1.550387597 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.48E-29 1 8.24E-25 1 9.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 42586550 G A - - - - - - 49 0 0 58 5 8.6 42 8 19 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.792626728 0.792626728 1 0.761523046 0.761523046 1 1.167958656 1.167958656 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 3.96E-11 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 43292441 C T AC090588.1 ENST00000511537 r.? - - upstream 48 0 0 47 9 19.1 21 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.760368664 1.760368664 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.24E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 44576356 C A - - - - - - 33 0 0 46 7 15.2 29 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400921659 1.400921659 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 45024851 G C - - - - - - 34 0 0 57 4 7 30 8 26.7 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.64516129 0.64516129 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000199821 1 2.07E-12 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 46351285 G A DGKZ CCDS7918.1 r.? - - upstream 24 0 0 52 6 11.5 35 6 17.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 48921679 C T - - - - - - 2 0 0 49 5 10.2 24 6 25 26 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000496 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 49720901 A G ENSG00000205035 ENST00000357667 r.? - - intronic 21 0 0 43 6 14 23 2 8.7 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 0.348697395 0.348697395 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 8.13E-08 1 0.00589844 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 50278835 G T - - - - - - 31 0 0 62 14 22.6 21 10 47.6 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.082949309 1.041474654 2 1.907815631 0.953907816 2 1.777777778 0.888888889 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.42E-19 1 3.28E-18 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 50472240 A G - - - - - - 45 0 0 53 8 15.1 37 9 24.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 0.973947896 0.973947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.83E-10 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 51474759 T A - - - - - - 38 0 0 71 14 19.7 42 16 38.1 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.209668203 1.104834101 2 1.908054108 0.954027054 2 1.665553317 1.665553317 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-18 1 2.25E-26 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55155464 G C - - - - - - 28 0 0 58 5 8.6 29 7 24.1 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.964626728 0.964626728 1 1.206931864 1.206931864 1 2.065061038 1.415481494 1.458910658 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000115 1 1.11E-10 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55200147 T C - - - - - - 54 0 0 61 11 18 36 7 19.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.018986175 1.009493088 2 0.97155511 0.97155511 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.62E-14 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 203421236 G C BMPR2 CCDS33361.1 r.3387g>c c.2848G>C p.D950H missense 34 0 0 65 19 29.2 65 27 41.5 61 0 0 240 0 0 207 50 24.2 310 138 44.5 241 0 0 FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.15124424 1.03781106 4 3.738326653 0.934581663 4 0 NA 0 4 4.008567134 1.002141784 4 0 NA 0 NA NA 1 1 1.89E-28 1.33E-67 8.98E-45 1.79E-227 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 59540943 C A STX3 CCDS7975.1 r.? - - intronic 38 0 0 72 7 9.7 26 7 26.9 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.991009217 0.991009217 1 1.347156313 1.347156313 1 0.202567295 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.66E-08 1 4.73E-11 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 60463643 G C MS4A8B CCDS7990.1 r.? - - upstream 38 0 0 79 15 19 31 15 48.4 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.941152074 0.970576037 2 2.42387976 1.21193988 2 1.091612647 1.091612647 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.22E-19 1 8.51E-27 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 62460579 C T LRRN4CL CCDS8030.1 r.? - - upstream 27 0 0 71 5 7 28 9 32.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.71516129 0.71516129 1 1.607573146 1.607573146 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000309 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 64324482 G A SLC22A11 CCDS8074.1 r.? - - intronic 11 0 0 44 9 20.5 30 3 10 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.094400922 1.047200461 2 0.500801603 0.500801603 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.18E-12 1 0.000458697 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 65286518 C T - - - - - - 19 0 0 68 5 7.4 32 7 21.9 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.75602765 0.75602765 1 1.096755511 1.096755511 1 1.31106055 1.31106055 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000251 1 2.36E-10 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 65528180 C T - - - - - - 36 0 0 39 11 28.2 38 16 42.1 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.881078341 1.440539171 2 2.108374749 1.054187375 2 1.091612647 1.091612647 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.2E-17 1 3.06E-27 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 67561736 T A ENSG00000160172 ENST00000319373 r.? - - intronic 25 0 0 52 6 11.5 30 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.174907834 1.174907834 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 67953709 G A SUV420H1 CCDS31623.1 r.? - - intronic 26 0 0 52 8 15.4 36 12 33.3 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.573354839 1.573354839 1 1.667669339 0.833834669 2 1.164761948 1.164761948 1 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 2.42E-10 1 2.73E-19 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 68084695 A T LRP5 CCDS8181.1 r.? - - intronic 2 0 0 53 4 7.5 33 0 0 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.76624424 0.76624424 1 0 0 1 0.33198529 0.33198529 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 141164731 T A ZBTB38 CCDS43157.1 r.3607u>a c.3501T>A p.N1167K missense 32 0 0 57 12 21.1 18 7 38.9 47 5 10.6 228 0 0 162 24 14.8 138 59 42.8 205 47 22.9 TRUE TRUE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.155700461 1.07785023 2 1.948118236 0.974059118 2 0.865803618 0.865803618 1 2 2.143430862 1.071715431 2 1.870462532 0.935231266 2 6 5 1 1 1.4E-16 8.79E-28 2.37E-12 6.55E-97 0.00000402 1.86E-62 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 69185995 A C - - - - - - 18 0 0 64 10 15.6 24 11 45.8 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.593788018 1.593788018 1 2.293671343 1.146835671 2 0.832776659 0.832776659 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.16E-12 1 1.15E-19 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 69872802 C T - - - - - - 19 0 0 44 6 13.6 20 6 30 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.389456221 1.389456221 1 1.50240481 1.50240481 1 1.873747482 1.284346969 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.37E-08 1 5.7E-10 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 71034810 C T - - - - - - 15 0 0 56 8 14.3 33 4 12.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.46097235 1.46097235 1 0.60596994 0.60596994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 71797372 A C LRTOMT CCDS44668.1 r.? - - intronic 48 0 0 50 15 30 32 12 37.5 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 3.064976959 1.532488479 2 1.878006012 0.939003006 2 0.804642312 0.804642312 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.83E-23 1 5.03E-20 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 71813565 G A LRTOMT CCDS44668.1 r.? - - intronic 42 0 0 77 12 15.6 34 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.593788018 1.593788018 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.64E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 71973895 T C - - - - - - 50 0 0 70 13 18.6 30 12 40 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.900285714 0.950142857 2 2.003206413 1.001603206 2 1.536135323 1.536135323 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.44E-17 1 1.94E-20 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73322544 G C - - - - - - 21 0 0 55 5 9.1 25 7 28 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.929709677 0.929709677 1 1.402244489 1.402244489 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73358931 G C PLEKHB1 CCDS44672.1 r.? - - intronic 1 0 0 57 7 12.3 28 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73971822 G T - - - - - - 25 0 0 68 5 7.4 34 1 2.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.75602765 0.75602765 1 0.145232465 0.145232465 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000251 1 0.156694864 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 75496893 G C DGAT2 CCDS31642.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 17 26.6 45 21 46.7 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.717612903 1.358806452 2 2.338743487 1.169371743 2 0.804642312 0.804642312 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.43E-25 1 1.6E-36 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 76322483 G A - - - - - - 27 0 0 63 8 12.7 38 8 21.1 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.297506912 1.297506912 1 1.056691383 1.056691383 1 1.406717329 1.406717329 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.18E-09 1 1.67E-11 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 78218627 G A NARS2 CCDS8261.1 r.? - - intronic 10 0 0 52 16 30.8 31 16 51.6 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 3.146709677 1.573354839 2 2.584136273 1.292068136 2 0.467030153 0.467030153 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.33E-24 1 4.27E-29 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 79059344 T C ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 32 0 0 58 12 20.7 33 17 51.5 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.114834101 1.057417051 2 2.579128257 1.289564128 2 0.624582494 0.624582494 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.76E-16 1 8.25E-31 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 79208168 T G - - - - - - 56 0 0 72 12 16.7 28 13 46.4 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.706170507 0.853085253 2 2.323719439 1.161859719 2 1.080358908 1.080358908 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.84E-15 1 4.26E-23 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 79944761 C G - - - - - - 47 0 0 75 7 9.3 39 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.950142857 0.950142857 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 80702858 C A - - - - - - 45 0 0 68 11 16.2 38 20 52.6 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.655087558 1.655087558 1 2.634216433 1.317108216 2 1.31106055 1.31106055 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.76E-14 1 2.94E-36 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 81117476 G A - - - - - - 39 0 0 59 7 11.9 29 7 24.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.215774194 1.215774194 1 1.206931864 1.206931864 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 81295583 G C - - - - - - 43 0 0 57 7 12.3 32 6 18.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 0.941507014 0.941507014 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-08 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 81679124 A G AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 48 0 0 69 6 8.7 46 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.888843318 0.888843318 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 81796922 T C AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 40 0 0 58 12 20.7 30 10 33.3 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.114834101 1.057417051 2 1.667669339 1.667669339 1 1.23228438 1.23228438 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.76E-16 1 2.68E-16 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 82262817 T G - - - - - - 31 0 0 61 6 9.8 42 3 7.1 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.001225806 1.001225806 1 0.355569138 0.355569138 1 1.930016175 1.322915947 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000685 1 0.001240292 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 82978504 G A CCDC90B CCDS8266.1 r.? - - intronic 44 0 0 85 7 8.2 33 1 3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.837760369 0.837760369 1 0.150240481 0.150240481 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000274 1 0.15245715 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 83473353 C G DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 6 12.2 48 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.246423963 1.246423963 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 83726523 C A DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 29 0 0 51 6 11.8 28 8 28.6 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.205557604 1.205557604 1 1.432292585 1.432292585 1 2.200105902 1.508047042 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000232 1 1.11E-12 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 83886144 A C DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 40 0 0 69 4 5.8 38 6 15.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.592562212 0.592562212 1 0.791266533 0.791266533 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000416985 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 84368844 T A DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 52 0 0 64 9 14.1 27 6 22.2 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.440539171 1.440539171 1 1.111779559 1.111779559 1 1.187269425 1.187269425 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.2E-11 1 4.23E-09 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 85250970 A T DLG2 CCDS44690.1 r.? - - intronic 35 0 0 67 9 13.4 36 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.369023041 1.369023041 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 85737788 C G PICALM CCDS8272.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 12 20 33 5 15.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.043317972 1.021658986 2 0.761218437 0.761218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.74E-16 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 87905501 G T RAB38 CCDS8281.1 r.? - - intronic 39 0 0 69 9 13 38 6 15.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.328156682 1.328156682 1 0.791266533 0.791266533 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.45E-11 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 88357650 G T GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 48 0 0 68 11 16.2 46 17 37 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.655087558 1.655087558 1 1.852965932 0.926482966 2 1.665553317 1.665553317 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.76E-14 1 1.16E-27 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 88361352 C G GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 34 0 0 57 7 12.3 24 5 20.8 50 15 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 1.041667335 1.041667335 1 1.688060794 1.157069341 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.66E-08 1 0.000000123 1 5.83E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 89973288 C T - - - - - - 23 0 0 73 11 15.1 39 9 23.1 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.542705069 1.542705069 1 1.156851703 1.156851703 1 1.64304584 1.64304584 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.31E-13 1 3.62E-13 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 90633617 C T - - - - - - 36 0 0 57 7 12.3 38 3 7.9 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 0.395633267 0.395633267 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-08 1 0.000925091 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 92835450 A G - - - - - - 41 0 0 40 11 27.5 24 8 33.3 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.809562212 1.404781106 2 1.667669339 1.667669339 1 0.866537874 0.866537874 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.88E-17 1 2.68E-13 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 93207540 G C C11orf75 CCDS8292.1 r.? - - downstream 46 0 0 70 6 8.6 33 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.878626728 0.878626728 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 94150160 G C MRE11A CCDS8298.1 r.? - - downstream 15 0 0 67 13 19.4 29 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.982018433 0.991009217 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.41E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 95906099 C T MAML2 CCDS44714.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 5 8.2 37 12 32.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.837760369 0.837760369 1 1.622597194 0.811298597 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 4.03E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 96693232 T C - - - - - - 42 0 0 60 13 21.7 36 12 33.3 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.217 1.1085 2 1.667669339 0.833834669 2 0.787761704 0.787761704 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.07E-18 1 2.73E-19 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 97821362 T A - - - - - - 34 0 0 82 5 6.1 33 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.623211982 0.623211982 1 0 0 1 1.080358908 1.080358908 1 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000619 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 98021543 G A - - - - - - 37 0 0 55 10 18.2 33 11 33.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.859419355 0.929709677 2 1.667669339 0.833834669 2 1.491120368 1.491120368 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.33E-13 1 8.54E-18 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 98931546 T G - - - - - - 43 0 0 62 9 14.5 44 13 29.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.48140553 1.48140553 1 1.477364729 1.477364729 1 0.939687176 0.939687176 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.12E-11 1 5.49E-20 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99055854 A T - - - - - - 48 0 0 77 7 9.1 39 4 10.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.929709677 0.929709677 1 0.515825651 0.515825651 1 1.491120368 1.491120368 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000138 1 0.0000447 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99058758 T G - - - - - - 39 0 0 50 6 12 39 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.225990783 1.225990783 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99130254 G T - - - - - - 33 0 0 61 7 11.5 30 9 30 31 11 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.174907834 1.174907834 1 1.50240481 1.50240481 1 1.997538607 1.369198721 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.69E-08 1 2.54E-14 1 3.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99258037 G A - - - - - - 37 0 0 65 9 13.8 24 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.409889401 1.409889401 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.85E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 101137332 C T - - - - - - 44 0 0 68 8 11.8 28 3 10.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.205557604 1.205557604 1 0.535857715 0.535857715 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.21E-09 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 102524518 C T - - - - - - 27 0 0 52 7 13.5 32 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.379239631 1.379239631 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 102626215 T C ENSG00000225678 ENST00000416164 r.? - - upstream 44 0 0 53 5 9.4 42 7 16.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.960359447 0.960359447 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 102742462 G T MMP12 ENST00000326227 r.? - - intronic 43 0 0 68 9 13.2 46 8 17.4 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.348589862 1.348589862 1 0.87139479 0.87139479 1 2.368911981 1.623753976 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.38E-11 1 8.61E-11 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 103652999 G A - - - - - - 36 0 0 51 14 27.5 37 17 45.9 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.809562212 1.404781106 2 2.298679359 1.149339679 2 0.680851187 0.680851187 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.64E-21 1 1.1E-29 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 105249148 A G - - - - - - 28 0 0 64 8 12.5 43 12 27.9 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.277073733 1.277073733 1 1.397236473 1.397236473 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.35E-09 1 3.24E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 105554829 G A GRIA4 CCDS41706.1 r.? - - intronic 20 0 0 51 7 13.7 35 14 40 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.399672811 1.399672811 1 2.003206413 1.001603206 2 1.575523408 1.575523408 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.46E-09 1 1.28E-23 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 106960664 T C - - - - - - 29 0 0 57 6 10.5 31 0 0 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.072741935 1.072741935 1 0 0 1 0.270089727 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 107579424 C T SLN CCDS31667.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 10 18.9 36 18 50 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.930935484 0.965467742 2 2.504008016 1.252004008 2 1.024090215 1.024090215 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.57E-13 1 3.18E-32 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 107721381 C G SLC35F2 CCDS41709.1 r.? - - intronic 16 0 0 61 8 13.1 28 12 42.9 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.338373272 1.338373272 1 2.148438878 1.074219439 2 1.057851431 1.057851431 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 6.9E-21 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 108729212 C T DDX10 CCDS8342.1 r.? - - intronic 38 0 0 53 7 13.2 27 5 18.5 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.348589862 1.348589862 1 0.926482966 0.926482966 1 1.519254715 1.519254715 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.85E-09 1 0.00000023 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 110001032 T G ZC3H12C CCDS44727.1 r.? - - intronic 37 0 0 65 17 26.2 40 21 52.5 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.676746544 1.338373272 2 2.629208417 1.314604208 2 1.564269669 1.564269669 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.14E-24 1 5.72E-38 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 111178140 C T C11orf93 CCDS44728.1 r.? - - intronic 36 0 0 71 10 14.1 41 7 17.1 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.440539171 1.440539171 1 0.856370741 0.856370741 1 0.990328999 0.990328999 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.42E-12 1 1.51E-09 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 114944392 G A - - - - - - 45 0 0 57 5 8.8 40 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.899059908 0.899059908 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 114944459 G A - - - - - - 45 0 0 79 6 7.6 47 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.776460829 0.776460829 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000318 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 115613808 C T - - - - - - 21 0 0 62 11 17.7 28 5 17.9 23 8 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.808336406 0.904168203 2 0.89643487 0.89643487 1 1.958150521 1.342200436 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-14 1 0.000000279 1 1.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 115880424 T A - - - - - - 30 0 0 49 5 10.2 26 4 15.4 31 8 25.8 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.042092166 1.042092166 1 0.771234469 0.771234469 1 1.451732283 1.451732283 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000496 0.005 0.00000856 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 117744295 G A FXYD6 CCDS8387.1 r.? - - intronic 9 0 0 66 9 13.6 27 4 14.8 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.389456221 1.389456221 1 0.741186373 0.741186373 1 1.536135323 1.536135323 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.59E-11 1 0.00001 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 118758241 C T CXCR5 CCDS8402.1 r.? - - intronic 26 0 0 73 9 12.3 41 5 12.2 31 12 38.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 0.610977956 0.610977956 1 2.177598425 1.49261945 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-10 1 0.00000202 1 3.16E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 118825949 C T UPK2 CCDS8404.1 r.? - - upstream 13 0 0 60 8 13.3 36 5 13.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.358806452 1.358806452 1 0.696114228 0.696114228 1 0.939687176 0.939687176 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.93E-10 1 0.00000104 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 121653702 C G - - - - - - 45 0 0 60 15 25 33 16 48.5 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.554147465 1.277073733 2 2.428887776 1.214443888 2 1.125373863 1.125373863 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.31E-21 1 1.64E-28 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122675697 G A UBASH3B CCDS31694.1 r.? - - intronic 33 0 0 58 8 13.8 30 4 13.3 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.409889401 1.409889401 1 0.666066132 0.666066132 1 1.164761948 1.164761948 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.99E-10 1 0.0000154 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122841699 G C - - - - - - 37 0 0 61 4 6.6 35 7 20 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.674294931 0.674294931 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000259828 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122911272 A T - - - - - - 11 0 0 42 4 9.5 30 8 26.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.970576037 0.970576037 1 1.337140281 1.337140281 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 123419974 C T GRAMD1B ENST00000456860 r.? - - intronic 9 0 0 59 5 8.5 26 4 15.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.868410138 0.868410138 1 0.771234469 0.771234469 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 124324342 C T - - - - - - 49 0 0 72 9 12.5 32 8 25 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.277073733 1.277073733 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 124454331 A G - - - - - - 50 0 0 65 7 10.8 45 11 24.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.103391705 1.103391705 1 1.221955912 1.221955912 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.22E-08 1 4.24E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 125808623 A T - - - - - - 2 0 0 62 4 6.5 27 6 22.2 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.664078341 0.664078341 1 1.111779559 1.111779559 1 1.249164988 1.249164988 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000276647 1 4.23E-09 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126489998 C T - - - - - - 40 0 0 43 6 14 37 7 18.9 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.430322581 1.430322581 1 0.94651503 0.94651503 1 0.804642312 0.804642312 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.13E-08 1 7.05E-10 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126665587 G C - - - - - - 24 0 0 64 5 7.8 38 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.796894009 0.796894009 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000186 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126934639 G C - - - - - - 50 0 0 64 20 31.2 46 17 37 24 6 25 186 0 0 130 26 20 185 78 42.2 114 32 28.1 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 3.187576037 1.593788018 2 1.852965932 0.926482966 2 1.406717329 1.406717329 1 2 2.113382766 1.056691383 2 1.581150277 1.083788283 1.458910658 6 5 1 1 1.52E-30 1.4E-33 1.16E-27 5.78E-127 1.95E-09 3.18E-46 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 126934818 G A - - - - - - 48 0 0 73 18 24.7 27 14 51.9 43 4 9.3 214 0 0 133 24 18 234 87 37.2 158 22 13.9 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.523497696 1.261748848 2 2.599160321 1.29958016 2 0.523298846 0.523298846 1 2 1.862981964 0.931490982 2 0.782134835 0.782134835 1 6 5 1 1 1.62E-25 5.86E-30 1.15E-25 1.94E-135 0.000066 5.6E-25 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 126934876 G C - - - - - - 53 0 0 56 11 19.6 40 18 45 36 4 11.1 202 0 0 137 33 24.1 221 84 38 148 26 17.6 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.002451613 1.001225806 2 2.253607214 1.126803607 2 0.624582494 0.624582494 1 2 1.903046092 0.951523046 2 0.990328999 0.990328999 1 6 5 1 1 5.91E-15 3.93E-45 3.9E-31 7.97E-132 0.0000324 5.31E-32 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 126934907 G C - - - - - - 49 0 0 47 11 23.4 46 20 43.5 35 5 14.3 177 0 0 118 29 24.6 191 74 38.7 131 25 19.1 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.390682028 1.195341014 2 2.178486974 1.089243487 2 0.804642312 0.804642312 1 2 1.938102204 0.969051102 2 1.074732039 1.074732039 1 6 5 1 1 7.21E-16 3.88E-40 4.72E-34 4.18E-117 0.000000895 8.52E-32 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 126935120 G A - - - - - - 39 0 0 63 13 20.6 35 17 48.6 33 7 21.2 2 0 0 1 0 0 3 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.104617512 1.052308756 2 2.433895792 1.216947896 2 1.192896295 1.192896295 1 1 0 0 1 0 NA 0 6 NA 1 1 1.01E-17 1 3.18E-30 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126935307 G C - - - - - - 34 0 0 63 18 28.6 24 13 54.2 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.9219447 1.46097235 2 2.714344689 1.357172345 2 1.406717329 1.406717329 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.98E-27 1 2.9E-24 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126935354 G C - - - - - - 28 0 0 50 12 24 27 12 44.4 21 6 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.451981567 1.225990783 2 2.223559118 1.111779559 2 1.609284624 1.609284624 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.49E-17 1 3.96E-21 1 7.95E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126935713 G C - - - - - - 32 0 0 66 12 18.2 32 12 37.5 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.859419355 0.929709677 2 1.878006012 0.939003006 2 0.602075017 0.602075017 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.36E-16 1 5.03E-20 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126936249 G T - - - - - - 39 0 0 54 9 16.7 30 15 50 34 8 23.5 7 0 0 4 0 0 7 7 100 4 1 25 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.706170507 1.706170507 1 2.504008016 1.252004008 2 1.322314289 1.322314289 1 1 5.008016032 2.504008016 2 1.406717329 1.406717329 1 6 5 1 1 8.48E-12 1 4.41E-27 7.81E-17 6.32E-12 0.019850499 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126936350 G C - - - - - - 53 0 0 61 16 26.2 35 16 45.7 34 8 23.5 104 0 0 60 10 16.7 78 35 44.9 77 12 15.6 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.676746544 1.338373272 2 2.288663327 1.144331663 2 1.322314289 1.322314289 1 1 2.248599198 1.124299599 2 0.877791613 0.877791613 1 6 5 1 1 2.5E-23 5.86E-13 5.66E-28 4.28E-59 6.32E-12 6.64E-15 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 126936422 G C - - - - - - 48 0 0 62 13 21 24 15 62.5 41 4 9.8 226 0 0 156 31 19.9 182 70 38.5 136 21 15.4 TRUE TRUE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.145483871 1.072741935 2 3.13001002 1.56500501 2 0.551433193 0.551433193 1 2 1.928086172 0.964043086 2 0.866537874 0.866537874 1 6 5 1 1 8.08E-18 1.23E-39 3.82E-29 1.36E-110 0.0000546 6.74E-25 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 127522564 G T - - - - - - 47 0 0 58 8 13.8 43 7 16.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.409889401 1.409889401 1 0.816306613 0.816306613 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.99E-10 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 128252768 T G - - - - - - 51 0 0 72 9 12.5 36 10 27.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.277073733 1.277073733 1 1.392228457 1.392228457 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 129870777 G A PRDM10 CCDS44771.1 r.? - - intronic 19 0 0 64 5 7.8 36 8 22.2 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.796894009 0.796894009 1 1.111779559 1.111779559 1 0.866537874 0.866537874 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000186 1 1.04E-11 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131049947 T C - - - - - - 32 0 0 47 6 12.8 35 7 20 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.307723502 1.307723502 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131071036 C A - - - - - - 40 0 0 65 15 23.1 23 12 52.2 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 2.360032258 1.180016129 2 2.614184369 1.307092184 2 0.208194165 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5E-21 1 3.14E-22 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131819036 G A OPCML CCDS8491.1 r.? - - intronic 30 0 0 62 7 11.3 40 1 2.5 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.154474654 1.154474654 1 0.125200401 0.125200401 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.02E-08 1 0.181679879 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131838311 C G OPCML CCDS8491.1 r.? - - intronic 45 0 0 63 5 7.9 23 3 13 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.807110599 0.807110599 1 0.651042084 0.651042084 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 0.000205387 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 132108940 G A OPCML CCDS8491.1 r.? - - intronic 41 0 0 65 12 18.5 36 4 11.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.890069124 0.945034562 2 0.55588978 0.55588978 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.7E-16 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 133354942 C A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 9 15 45 7 15.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.532488479 1.532488479 1 0.781250501 0.781250501 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.29E-11 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 133441509 T G - - - - - - 43 0 0 58 5 8.6 43 8 18.6 32 10 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.878626728 0.878626728 1 0.931490982 0.931490982 1 1.755583226 1.203352115 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000115 1 4.85E-11 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 148462 C T FAM138D ENST00000355746 r.614g>a c.? p.? 3'UTR variant 23 0 0 63 9 14.3 44 15 34.1 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.60397235 1.60397235 1 2.048733467 1.024366733 2 2.550263069 1.275131534 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.62E-11 1 6.12E-24 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 244048 C T AC026369.1 CCDS34117.1 r.? - - downstream 3 0 0 45 5 11.1 28 1 3.6 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.245041475 1.245041475 1 0.216288577 0.216288577 1 0.742990028 0.742990028 1 1 6.008016032 6.008016032 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.130947004 0.005 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 856444 T A - - - - - - 35 0 0 65 9 13.8 38 15 39.5 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.547889401 1.547889401 1 2.373166333 1.186583166 2 2.04824278 1.02412139 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.85E-11 1 4.24E-25 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 169644769 C T SAMD7 CCDS3209.1 r.1108c>u c.719C>T p.T240M missense 21 0 0 58 8 13.8 27 6 22.2 27 8 29.6 275 0 0 265 54 20.4 220 77 35 222 33 14.9 TRUE TRUE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.409889401 1.409889401 1 1.111779559 1.111779559 1 2.417715762 0.805905254 3 2 1.752805611 0.876402806 2 1.21702584 1.21702584 1 6 5 1 1 5.99E-10 1.84E-68 4.23E-09 1.33E-117 7.97E-13 1.18E-37 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 3424714 T A - - - - - - 10 0 0 62 6 9.7 35 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.088009217 1.088009217 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000756 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 4151463 A G - - - - - - 41 0 0 60 11 18.3 35 12 34.3 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.052635945 1.026317972 2 2.060749499 1.030374749 2 1.532835283 1.532835283 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.34E-14 1 1.83E-19 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 7095396 G A C1S CCDS31735.1 r.? - - upstream 45 0 0 58 11 19 48 15 31.2 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.131152074 1.065576037 2 1.874501002 0.937250501 2 1.485980056 1.485980056 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.96E-15 1 2.86E-23 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 7636903 C A CD163 CCDS8578.1 r.? - - intronic 30 0 0 62 7 11.3 58 9 15.5 33 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.267474654 1.267474654 1 0.931242485 0.931242485 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 3.02E-08 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 8186340 G A FOXJ2 CCDS8587.1 r.982g>a c.? p.? 5'UTR variant 19 0 0 66 5 7.6 36 0 0 37 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.852460829 0.852460829 1 0 0 1 0 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 8449824 C G - - - - - - 45 0 0 44 5 11.4 32 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.278691244 1.278691244 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 8624232 A G CLEC6A CCDS31739.1 r.? - - intronic 49 0 0 69 5 7.2 37 9 24.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.80759447 0.80759447 1 1.459947896 1.459947896 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000269 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 8747089 A G - - - - - - 39 0 0 64 5 7.8 34 3 8.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.874894009 0.874894009 1 0.528705411 0.528705411 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000186 1 0.000666058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 8775874 C G - - - - - - 48 0 0 62 11 17.7 54 18 33.3 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.985336406 0.992668203 2 2.000669339 1.000334669 2 1.512754471 1.512754471 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-14 1 3.12E-28 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 9251401 C T A2M CCDS44827.1 r.? - - intronic 14 0 0 69 12 17.4 37 6 16.2 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.951686636 0.975843318 2 0.973298597 0.973298597 1 0.883555709 0.883555709 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.65E-15 1 3.18E-08 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 9446752 C A DDX11L8 ENST00000341155 r.? - - intronic 4 0 0 108 11 10.2 70 8 11.4 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.144092166 1.144092166 1 0.684913828 0.684913828 1 0.488633081 0.488633081 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.08E-11 1 2.8E-09 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 13036403 C G - - - - - - 20 0 0 76 6 7.9 40 17 42.5 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.886110599 0.886110599 1 2.553406814 1.276703407 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000253 1 6.07E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 13426689 C T - - - - - - 31 0 0 68 5 7.4 27 12 44.4 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.83002765 0.83002765 1 2.667559118 1.333779559 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000251 1 3.96E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 13790557 G C GRIN2B CCDS8662.1 r.? - - intronic 46 0 0 61 5 8.2 38 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.919760369 0.919760369 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 13848530 G C GRIN2B CCDS8662.1 r.? - - intronic 39 0 0 62 8 12.9 44 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.446940092 1.446940092 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 14524720 C T ATF7IP CCDS8663.1 r.? - - intronic 42 0 0 60 11 18.3 42 11 26.2 62 15 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.052635945 1.026317972 2 1.5741002 1.5741002 1 1.619852133 1.098685426 1.474354801 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.34E-14 1 1.81E-16 1 2.28E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 14876148 G A - - - - - - 40 0 0 67 6 9 28 10 35.7 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.009493088 1.009493088 1 2.144861723 1.072430862 2 1.572996906 1.572996906 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000012 1 1.18E-16 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 17092963 T A - - - - - - 49 0 0 67 7 10.4 51 5 9.8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.166525346 1.166525346 1 0.588785571 0.588785571 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.23E-08 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 17571331 T A - - - - - - 48 0 0 52 14 26.9 37 15 40.5 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 3.017262673 1.508631336 2 2.433246493 1.216623246 2 1.305252752 1.305252752 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.04E-21 1 2.58E-25 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 17761267 T C - - - - - - 45 0 0 56 9 16.1 47 12 25.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.805870968 0.902935484 2 1.532044088 1.532044088 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.2E-11 1 1.09E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18024385 C T - - - - - - 35 0 0 59 7 11.9 50 10 20 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.334774194 1.334774194 1 1.201603206 1.201603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.12E-08 1 8.36E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18092107 G A - - - - - - 33 0 0 59 10 16.9 41 9 22 32 14 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.895603687 0.947801843 2 1.321763527 1.321763527 1 2.931798489 1.465899244 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.91E-13 1 5.92E-13 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18930133 G T - - - - - - 39 0 0 67 15 22.4 38 10 26.3 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.512516129 1.256258065 2 1.580108216 1.580108216 1 1.298559148 1.298559148 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.27E-21 1 4.06E-15 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19041422 G A - - - - - - 42 0 0 68 9 13.2 40 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.480589862 1.480589862 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.38E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19207703 A G - - - - - - 47 0 0 74 13 17.6 52 14 26.9 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.974119816 0.987059908 2 1.616156313 0.808078156 2 2.121872422 1.060936211 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.62E-17 1 9.04E-21 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19382806 A G PLEKHA5 CCDS44840.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 11 18.6 43 15 34.9 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.086285714 1.043142857 2 2.096797595 1.048398798 2 0.669360386 0.669360386 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.1E-14 1 4.05E-24 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19551435 A T - - - - - - 25 0 0 54 4 7.4 32 6 18.8 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.83002765 0.83002765 1 1.129507014 1.129507014 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000161898 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19950167 G A - - - - - - 10 0 0 62 9 14.5 35 8 22.9 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.62640553 1.62640553 1 1.375835671 1.375835671 1 1.673400964 1.673400964 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.12E-11 1 8.15E-12 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 20283815 T A - - - - - - 36 0 0 70 8 11.4 37 14 37.8 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.278691244 1.278691244 1 2.27103006 1.13551503 2 0.502020289 0.502020289 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.8E-09 1 3.35E-23 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 20366216 G A - - - - - - 43 0 0 65 18 27.7 36 11 30.6 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 3.106995392 1.553497696 2 1.838452906 0.919226453 2 0.957185351 0.957185351 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.52E-26 1 2.62E-17 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 20627537 G C PDE3A CCDS31754.1 r.? - - intronic 33 0 0 65 6 9.2 35 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 1.031926267 1.031926267 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 22381951 G A ST8SIA1 CCDS8697.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 10 20 36 17 47.2 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 2.243317972 1.121658986 2 2.835783567 1.417891784 2 2.950240532 0.983413511 3 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.36E-14 1 6E-30 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 22732378 C A - - - - - - 38 0 0 55 7 12.7 31 3 9.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.424506912 1.424506912 1 0.582777555 0.582777555 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.28E-08 1 0.000505952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 23135736 G A - - - - - - 7 0 0 57 5 8.8 38 5 13.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.987059908 0.987059908 1 0.793058116 0.793058116 1 0 0 1 0 NA NA 1 0 NA 0 4 NA 1 1 0.0000105 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 23177424 C G - - - - - - 53 0 0 64 8 12.5 36 9 25 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.402073733 1.402073733 1 1.502004008 1.502004008 1 1.995497969 0.997748985 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.35E-09 1 1.63E-13 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 23529807 C T - - - - - - 40 0 0 57 6 10.5 36 17 47.2 40 19 47.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.177741935 1.177741935 1 2.835783567 1.417891784 2 4.085610066 1.189986162 3.433325694 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000456 1 6E-30 1 2.27E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 24724834 C T - - - - - - 39 0 0 68 12 17.6 35 12 34.3 43 18 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.974119816 0.987059908 2 2.060749499 1.030374749 2 3.603938143 1.049693057 3.433325694 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.37E-15 1 1.83E-19 1 2.06E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 25621703 C T - - - - - - 45 0 0 67 13 19.4 39 16 41 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 2.176018433 1.088009217 2 2.463286573 1.231643287 2 2.391157049 0.982670366 2.433325694 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.41E-17 1 5.16E-27 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 26183730 G T RASSF8 CCDS8705.1 r.? - - intronic 38 0 0 74 21 28.4 57 17 29.8 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 3.185511521 1.59275576 2 1.790388778 0.895194389 2 1.986896685 0.993448342 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.6E-31 1 8.82E-26 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 26899599 G C ITPR2 CCDS41764.1 r.? - - intronic 30 0 0 73 12 16.4 34 16 47.1 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.839520737 0.919760369 2 2.829775551 1.414887776 2 2.683600717 1.102853072 2.433325694 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.39E-15 1 3.09E-28 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 27038080 A G - - - - - - 27 0 0 60 5 8.3 62 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.930976959 0.930976959 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 27777681 T A PPFIBP1 CCDS8713.1 r.? - - intronic 39 0 0 75 7 9.3 41 7 17.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.043142857 1.043142857 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000115 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 27799976 C T PPFIBP1 CCDS8713.1 r.? - - intronic 20 0 0 55 9 16.4 41 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.839520737 0.919760369 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.01E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 27854277 C T REP15 CCDS31762.1 r.? - - downstream 33 0 0 64 10 15.6 44 16 36.4 51 16 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.749788018 0.874894009 2 2.186917836 1.093458918 2 2.700803286 0.900267762 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 5.57E-26 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 27898512 T A MRPS35 CCDS8714.1 r.? - - intronic 39 0 0 73 9 12.3 43 21 48.8 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 1.379640553 1.379640553 1 2.931911824 1.465955912 2 2.038504391 1.019252196 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-10 1 4.52E-37 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 28909112 G A - - - - - - 34 0 0 70 5 7.1 50 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.79637788 0.79637788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29646146 G A OVCH1 ENST00000318184 r.? - - intronic 34 0 0 62 5 8.1 35 5 14.3 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.908543779 0.908543779 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000016 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 30247519 C G - - - - - - 48 0 0 71 6 8.5 35 4 11.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.953410138 0.953410138 1 0.684913828 0.684913828 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000169 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 30317086 C T - - - - - - 39 0 0 54 7 13 41 4 9.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.458156682 1.458156682 1 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.13E-08 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 30490355 A C - - - - - - 47 0 0 68 7 10.3 27 4 14.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.155308756 1.155308756 1 0.889186373 0.889186373 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000058 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 31748709 C A DENND5B CCDS44857.1 r.? - - upstream 39 0 0 52 4 7.7 29 2 6.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.863677419 0.863677419 1 0.414553106 0.414553106 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000139698 1 0.009279585 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 32705576 C T FGD4 CCDS8727.1 r.? - - intronic 21 0 0 62 12 19.4 47 11 23.4 35 13 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 2.176018433 1.088009217 2 1.405875752 1.405875752 1 2.807138645 1.170395624 2.398452785 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.19E-16 1 7.21E-16 1 1.63E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 33355350 G T - - - - - - 40 0 0 63 6 9.5 47 7 14.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.065576037 1.065576037 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000832 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 34222918 C T AC046130.1 ENST00000501954 r.? - - intronic 21 0 0 66 8 12.1 27 6 22.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.357207373 1.357207373 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.73E-09 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 34404214 G T - - - - - - 36 0 0 71 9 12.7 35 4 11.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.424506912 1.424506912 1 0.684913828 0.684913828 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.1E-10 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 34794151 A C - - - - - - 45 0 0 67 10 14.9 41 9 22 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.671271889 1.671271889 1 1.321763527 1.321763527 1 2.882802759 1.201942676 2.398452785 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.87E-12 1 5.92E-13 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 38604516 C G - - - - - - 31 0 0 49 4 8.2 25 6 24 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.919760369 0.919760369 1 1.441923848 1.441923848 1 2.451517307 1.02212448 2.398452785 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 2.55E-09 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 38692822 C G - - - - - - 31 0 0 52 6 11.5 27 6 22.2 37 13 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.289907834 1.289907834 1 1.333779559 1.333779559 1 2.655810416 1.10730152 2.398452785 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000261 1 4.23E-09 1 3.89E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 38837104 T C - - - - - - 26 0 0 57 8 14 28 10 35.7 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.570322581 1.570322581 1 2.144861723 1.072430862 2 2.232091375 0.93063803 2.398452785 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.19E-10 1 1.18E-16 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 40417323 A T SLC2A13 CCDS8736.2 r.? - - intronic 38 0 0 57 4 7 33 9 27.3 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.78516129 0.78516129 1 1.640188377 1.640188377 1 1.959700563 0.979850282 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000199821 1 6.76E-14 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 41036696 C G - - - - - - 18 0 0 48 5 10.4 40 8 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.062525346 1.062525346 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000447 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 42754947 G T PPHLN1 CCDS31777.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 8 16.7 31 9 29 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 2 3 NA 1 2 NA 1 1 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.162324649 1.162324649 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.23E-10 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 44363257 G A TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 6 11.8 42 6 14.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000232 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 45446344 T C DBX2 CCDS31781.1 r.? - - upstream 38 0 0 61 9 14.8 23 5 21.7 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 0.869739479 0.869739479 1 1.572829457 1.572829457 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 9.75E-08 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 47339819 G A - - - - - - 29 0 0 46 6 13 18 6 33.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000123 1 2.75E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 48872343 C A C12orf54 CCDS8764.1 r.? - - upstream 45 0 0 54 5 9.3 21 7 33.3 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000806 1 8.54E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 50465226 G T ACCN2 CCDS8796.1 r.? - - intronic 9 0 0 52 6 11.5 16 5 31.2 22 8 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 1.250501002 1.250501002 1 2.245136951 1.122568475 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 0.000000013 1 1.17E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119003 G C - - - - - - 41 0 0 62 4 6.5 36 10 27.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599078341 0.599078341 1 1.670228457 1.670228457 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000276647 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119506 G T - - - - - - 27 0 0 39 7 17.9 26 8 30.8 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.649769585 1.649769585 1 1.850468938 0.925234469 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.04E-09 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119628 G C - - - - - - 30 0 0 39 4 10.3 39 14 35.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 2.156877756 1.078438878 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000447 1 8.19E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 57851353 C T INHBE CCDS8939.1 r.1999c>u c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 45 6 13.3 30 6 20 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.491806452 1.491806452 1 1.201603206 1.201603206 1 0.851178295 0.851178295 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000108 1 8.37E-09 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 60361184 C T - - - - - - 37 0 0 54 9 16.7 45 18 40 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 2.403206413 0.801068804 3 0.986873385 0.986873385 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.48E-12 1 5.76E-30 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 60732796 C T - - - - - - 50 0 0 66 5 7.6 43 8 18.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852460829 0.852460829 1 1.117490982 1.117490982 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62018680 G A - - - - - - 39 0 0 69 10 14.5 44 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.54E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62525617 C A - - - - - - 43 0 0 68 12 17.6 33 12 36.4 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 0.987059908 2 2.186917836 1.093458918 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.37E-15 1 7.86E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62565072 G A - - - - - - 35 0 0 57 10 17.5 43 21 48.8 39 13 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 0.981451613 2 2.931911824 0.977303941 3 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.4E-13 1 4.52E-37 1 8.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62681754 G A USP15 CCDS8963.1 r.? - - intronic 41 0 0 66 16 24.2 38 22 57.9 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.714414747 0.904804916 3 3.478641283 1.159547094 3 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.03E-22 1 4.91E-41 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62681755 C T USP15 CCDS8963.1 r.? - - intronic 43 0 0 66 17 25.8 38 22 57.9 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.893880184 0.964626728 3 3.478641283 1.159547094 3 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.52E-24 1 4.91E-41 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 63641944 G A - - - - - - 46 0 0 66 16 24.2 45 15 33.3 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.714414747 0.904804916 3 2.000669339 1.000334669 2 1.733196382 1.733196382 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.03E-22 1 9.14E-24 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 67505223 A G - - - - - - 27 0 0 61 23 37.7 47 27 57.4 36 11 30.6 203 0 0 207 46 22.2 158 77 48.7 132 42 31.8 TRUE TRUE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 4.437806629 1.248405245 3.554780507 4.022601202 1.005650301 4 1.887395349 0.943697674 2 2.554780507 3.412903808 1.137634603 3 1.961410853 0.980705426 2 6 5 1 1 3.73E-37 1.79E-60 6.6E-50 9.76E-132 2.62E-17 7.84E-63 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 68026321 T A - - - - - - 40 0 0 91 9 9.9 47 8 17 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 1.165365667 1.165365667 1 1.191362725 1.191362725 1 0.259054264 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.06E-09 1 1.03E-10 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 68698760 G A MDM1 CCDS8983.1 r.? - - intronic 39 0 0 77 24 31.2 61 35 57.4 49 18 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 3.672667555 1.033162961 3.554780507 4.022601202 1.005650301 4 2.263640827 1.131820413 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.53E-36 1 3.12E-64 1 3.8E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 68732963 G C - - - - - - 28 0 0 57 13 22.8 45 26 57.8 33 16 48.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 2.683872444 1.050529561 2.554780507 4.050633267 1.012658317 4 2.991459948 1.495729974 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.44E-18 1 3.32E-48 1 1.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 68825438 C G - - - - - - 35 0 0 74 5 6.8 51 0 0 24 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.800453185 0.800453185 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000378 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 69493639 T C - - - - - - 36 0 0 69 6 8.7 48 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 1.024109222 1.024109222 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 69635711 A G MIR1279 CCDS8988.1 r.? - - intronic 34 0 0 79 5 6.3 47 7 14.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.741596333 0.741596333 1 1.044194389 1.044194389 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000518 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72001062 G C ZFC3H1 CCDS41813.1 r.? - - downstream 39 0 0 84 6 7.1 52 8 15.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.835767296 0.835767296 1 1.079234469 1.079234469 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000455 1 2.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72370577 T A TPH2 CCDS31859.1 r.? - - intronic 50 0 0 70 6 8.6 45 2 4.4 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 1.012337852 1.012337852 1 0.308352705 0.308352705 1 0.474932817 0.474932817 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.021467209 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72863141 G T TRHDE CCDS9004.1 r.? - - intronic 53 0 0 73 22 30.1 41 20 48.8 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 3.543182481 0.996737344 3.554780507 3.419911824 1.139970608 3 1.603669251 0.801834625 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.79E-33 1 2.32E-35 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 73764748 A G - - - - - - 42 0 0 52 13 25 49 30 61.2 33 14 42.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 2.942842592 0.980947531 3 4.288905812 1.072226453 4 2.61521447 1.307607235 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.47E-19 1 1.6E-56 1 4.57E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 74206560 A G - - - - - - 44 0 0 85 12 14.1 42 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 1.659763222 1.067522531 1.554780507 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.29E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75681413 G C CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 31 0 0 60 18 30 54 20 37 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1.901808767 3 1 1 2 1 0 1 1 0.098191233 1 NA 1 NA NA 1 NA NA 0.901808767 NA 2.764976959 2.764976959 1 1.446635176 1.446635176 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.89E-27 1 2.61E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75700436 C T CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 37 0 0 53 11 20.8 45 20 44.4 36 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.917050691 1.917050691 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.07E-15 1 2.68E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75700440 C T CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 37 0 0 51 10 19.6 43 20 46.5 37 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.806451613 1.806451613 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.04E-13 1 8.21E-35 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75700928 C G CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 36 0 0 86 18 20.9 46 17 37 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.926267281 1.926267281 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.22E-24 1 1.16E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75701677 C T CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 46 0 0 84 13 15.5 44 23 52.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 1.428571429 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.49E-16 1 2.17E-41 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75701740 C T CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 35 0 0 85 20 23.5 53 24 45.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.165898618 2.165898618 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 9.82E-28 1 4.04E-41 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75702004 C G CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 37 0 0 93 21 22.6 41 22 53.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.082949309 2.082949309 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.25E-28 1 5.33E-40 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75703035 C T CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 35 0 0 74 13 17.6 50 20 40 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.622119816 1.622119816 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 9.62E-17 1 3.9E-33 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75703813 C G CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 47 0 0 76 29 38.2 53 20 37.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.520737327 3.520737327 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.22E-46 1 1.65E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75704138 C A CAPS2 CCDS9008.2 r.? - - intronic 55 0 0 99 24 24.2 51 21 41.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 NA 3 1 NA 2 1 NA 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.230414747 2.230414747 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.52E-33 1 4.73E-35 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 77388229 T C - - - - - - 45 0 0 94 6 6.4 53 9 17 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.757175837 0.757175837 1 1.191362725 1.191362725 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000873 1 7.1E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 78010969 T G - - - - - - 37 0 0 72 8 11.1 58 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.313226843 1.313226843 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 78542711 C G NAV3 CCDS41815.1 r.? - - intronic 38 0 0 79 9 11.4 41 7 17.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.34871946 1.34871946 1 1.198370741 1.198370741 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.93E-10 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 78598705 C A NAV3 CCDS41815.1 r.6942-10c>a c.6769-10C>A p.? splice region 36 0 0 83 11 13.3 47 0 0 32 0 0 219 0 0 154 5 3.2 230 0 0 130 0 0 FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.573506037 1.573506037 1 0 0 1 0 NA 0 0.614282597 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 5.66E-13 0.001140514 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 79194544 G A - - - - - - 38 0 0 78 7 9 41 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.064778521 1.064778521 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000151 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 79508318 A T SYT1 CCDS9017.1 r.? - - intronic 42 0 0 72 22 30.6 50 31 62 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 3.620246972 1.001650224 3.614282597 4.34496994 1.086242485 4 1.887395349 0.943697674 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.36E-33 1 1.29E-58 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 80142175 A C - - - - - - 33 0 0 71 7 9.9 47 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.171256373 1.171256373 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.85E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 80220235 C T PPP1R12A CCDS44947.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 21 35 53 25 47.2 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 4.14080536 1.145678361 3.614282597 3.307783567 1.102594522 3 1.659180879 1.659180879 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.16E-33 1 2.35E-43 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 80501963 C G - - - - - - 46 0 0 74 8 10.8 45 0 0 33 0 0 154 0 0 92 8 8.7 173 0 0 115 0 0 FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.277734226 1.277734226 1 0 0 1 0 NA 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 4.39E-09 0.000000025 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 80824558 C T - - - - - - 29 0 0 64 21 32.8 52 31 59.6 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 3.880526166 1.073664292 3.614282597 4.176777555 1.044194389 4 2.10944186 1.05472093 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-32 1 8.07E-58 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 81561718 C G ACSS3 CCDS9022.1 r.? - - intronic 36 0 0 65 7 10.8 38 21 55.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.277734226 1.277734226 1 3.875432866 0.968858216 4 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.22E-08 1 1.27E-38 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 82395576 C A - - - - - - 34 0 0 67 6 9 58 17 29.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.064778521 1.064778521 1 2.053348697 1.026674349 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000012 1 1.24E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 82601868 G T - - - - - - 29 0 0 69 9 13 58 10 17.2 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.53801342 1.53801342 1 1.205378758 1.205378758 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.45E-11 1 4.1E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 82828456 T G C12orf26 CCDS9024.1 r.? - - intronic 40 0 0 70 16 22.9 46 20 43.5 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 2.709269793 1.036333944 2.614282597 3.048486974 1.016162325 3 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.93E-22 1 4.72E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 83491834 C A TMTC2 CCDS9025.1 r.? - - intronic 36 0 0 81 6 7.4 59 6 10.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.875484562 0.875484562 1 0.714817635 0.714817635 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000368 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 83565010 C G - - - - - - 38 0 0 60 4 6.7 52 3 5.8 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.792668455 0.792668455 1 0.40646493 0.40646493 1 0.419421189 0.419421189 1 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000243755 1 0.002300591 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 83594842 C T - - - - - - 43 0 0 64 17 26.6 49 27 55.1 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 3.147012074 1.049004025 3 3.861416834 0.965354208 4 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.43E-25 1 3.33E-49 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 83822296 G A - - - - - - 52 0 0 73 24 32.9 49 21 42.9 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 3.892357039 1.076937659 3.614282597 3.006438878 1.002146293 3 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.58E-37 1 1.63E-35 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 83852452 C G - - - - - - 45 0 0 78 7 9 64 4 6.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.064778521 1.064778521 1 0.434496994 0.434496994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000151 1 0.000312605 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 84370995 A C - - - - - - 43 0 0 70 26 37.1 66 33 50 35 0 0 93 0 0 99 38 38.4 179 81 45.3 77 0 0 FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 4.389253682 1.214419062 3.614282597 3.504008016 0.876002004 4 0 NA 0 3.614282597 3.174631263 1.058210421 3 0 NA 0 NA NA 1 1 1.35E-41 9.49E-61 7.16E-58 5.2E-135 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 84571216 A T - - - - - - 44 0 0 58 6 10.3 42 2 4.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.218579863 1.218579863 1 0.33638477 0.33638477 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000506 1 0.018854633 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 85508876 G C LRRIQ1 CCDS41816.1 r.? - - intronic 40 0 0 78 6 7.7 57 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.910977179 0.910977179 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000295 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 85624504 A G LRRIQ1 CCDS41816.1 r.? - - intronic 23 0 0 92 8 8.7 55 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.029285904 1.029285904 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000025 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 86039568 C G - - - - - - 45 0 0 84 7 8.3 53 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.981962414 0.981962414 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000253 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 86871926 G A - - - - - - 40 0 0 58 21 36.2 43 26 60.5 34 12 35.3 195 0 0 144 33 22.9 255 149 58.4 159 47 29.6 TRUE TRUE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 4.28277583 1.184958762 3.614282597 4.239849699 1.059962425 4 2.177289406 1.088644703 2 2.614282597 4.092681363 1.023170341 4 1.825715762 0.912857881 2 6 5 1 1 1.34E-33 2.46E-44 5.78E-49 6.34E-270 1.21E-19 2.37E-68 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 87038114 C G - - - - - - 36 0 0 78 10 12.8 66 19 28.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 NA 3 3 NA 2 1 NA 1 0.385717403 NA 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 1.514351675 1.514351675 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.02E-12 1 2.64E-28 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 87051137 C G - - - - - - 49 0 0 70 9 12.9 56 17 30.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 1.526182547 1.526182547 1 1.889002492 0.944501246 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.65E-11 1 6.22E-26 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 87145003 T C - - - - - - 47 0 0 72 25 34.7 36 15 41.7 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 4.105312743 1.13585826 3.614282597 2.591164603 0.863721534 3 2.121777778 1.060888889 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.63E-39 1 1.54E-25 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 88090317 C T - - - - - - 41 0 0 60 11 18.3 45 24 53.3 30 14 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 2.16504966 1.08252483 2 3.311968185 1.033114969 3.205807955 2.880436693 1.440218346 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.34E-14 1 2.03E-43 1 8.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 88136979 A C - - - - - - 39 0 0 57 4 7 46 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 0.828161072 0.828161072 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 88907625 T A KITLG CCDS31868.1 r.? - - intronic 31 0 0 87 5 5.7 42 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 0.67435973 0.67435973 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 89414656 G A AC006199.1 ENST00000500381 r.? - - upstream 26 0 0 87 6 6.9 68 10 14.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 0.8163302 0.8163302 1 0.913432126 0.913432126 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000558 1 2.18E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 89695074 A G - - - - - - 35 0 0 76 12 15.8 59 10 16.9 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 1.869277848 0.934638924 2 1.050136254 1.050136254 1 0.474932817 0.474932817 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.63E-15 1 4.91E-13 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 91156701 G C - - - - - - 31 0 0 87 5 5.7 51 14 27.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.650010542 4.205807955 3 2 3 2 2 1 1 0.349989458 0.794192045 1 3 4 NA 2 1 NA 0.650010542 0.205807955 NA 0.676396223 0.676396223 1 1.708801596 0.854400798 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000821 1 6.64E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 91231704 C T - - - - - - 24 0 0 67 12 17.9 46 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.650010542 4.205807955 3 2 3 2 2 1 1 0.349989458 0.794192045 1 3 4 NA 2 1 NA 0.650010542 0.205807955 NA 2.124121472 1.062060736 2 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.14E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 91558156 A T DCN CCDS9039.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 7 11.3 37 3 8.1 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.650010542 4.205807955 3 2 3 2 2 1 1 0.349989458 0.794192045 1 3 4 NA 2 1 NA 0.650010542 0.205807955 NA 1.340925846 1.340925846 1 0.503319743 0.503319743 1 0.487268734 0.487268734 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.02E-08 1 0.000855237 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 91704436 G A - - - - - - 56 0 0 69 16 23.2 39 7 17.9 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4.650010542 4.205807955 3 2 3 2 2 1 1 0.349989458 0.794192045 1 3 4 NA 2 1 NA 0.650010542 0.205807955 NA 2.753051294 1.038883148 2.650010542 1.112274494 1.112274494 1 0.659971576 0.659971576 1 0 0 NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.27E-22 1 1.04E-09 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 92161388 A G - - - - - - 44 0 0 85 5 5.9 41 6 14.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.205807955 3 4 3 2 1 1 1 1 0.794192045 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.205807955 NA 0.720778802 0.720778802 1 0.907218302 0.907218302 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000735 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 94505701 G T - - - - - - 39 0 0 54 10 18.5 19 3 15.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.705069124 1.705069124 1 0.633266533 0.633266533 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.91E-13 1 0.000114071 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 96602177 T G ELK3 CCDS9060.1 r.? - - intronic 28 0 0 72 5 6.9 30 5 16.7 32 13 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6359447 0.6359447 1 0.669338677 0.669338677 1 2.504191214 1.252095607 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000331 1 0.000000401 1 3.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 97166118 C G - - - - - - 36 0 0 45 7 15.6 29 6 20.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437788018 1.437788018 1 0.829659319 0.829659319 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000003 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 97523154 C G - - - - - - 34 0 0 52 8 15.4 22 5 22.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.419354839 1.419354839 1 0.909819639 0.909819639 1 0.727819121 0.727819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.42E-10 1 7.67E-08 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 99321864 A C ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 49 0 0 54 8 14.8 29 0 0 37 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.31E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 99645416 C G ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 47 0 0 59 7 11.9 26 6 23.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.096774194 1.096774194 1 0.925851703 0.925851703 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.12E-08 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100029826 A T ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 45 0 0 45 5 11.1 22 6 27.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 1.094188377 1.094188377 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 1.09E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100237682 C A ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 40 0 0 47 10 21.3 44 17 38.6 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.963133641 1.963133641 1 1.547094188 1.547094188 1 0.141863049 0.141863049 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.27E-14 1 4.61E-28 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 101646423 C T - - - - - - 28 0 0 61 5 8.2 22 5 22.7 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755760369 0.755760369 1 0.909819639 0.909819639 1 1.233591731 1.233591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000147 1 7.67E-08 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 103246445 T C PAH ENST00000307000 r.? - - intronic 34 0 0 55 7 12.7 25 4 16 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 0.641282565 0.641282565 1 1.184248062 1.184248062 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-08 1 0.00000727 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 103435792 A T - - - - - - 42 0 0 47 6 12.8 32 5 15.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.179723502 1.179723502 1 0.625250501 0.625250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000141 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 106696576 T G TCP11L2 CCDS9104.1 r.? - - upstream 1 0 0 30 5 16.7 13 0 0 8 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 106813002 G A POLR3B CCDS9105.1 r.? - - intronic 44 0 0 69 8 11.6 41 11 26.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.069124424 1.069124424 1 1.074148297 1.074148297 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.49E-09 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 109284566 C T DAO CCDS9122.1 r.? - - intronic 22 0 0 59 8 13.6 37 11 29.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 1.190380762 1.190380762 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.9E-10 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 109939771 C T UBE3B CCDS9129.1 r.? - - intronic 31 0 0 61 11 18 26 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.658986175 1.658986175 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.62E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 111328650 G C CCDC63 CCDS9151.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 5 14.7 23 1 4.3 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.35483871 1.35483871 1 0.172344689 0.172344689 1 0.197374677 0.197374677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000771 1 0.108890944 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112547562 T G NAA25 CCDS9159.1 r.? - - upstream 14 0 0 64 7 10.9 32 6 18.8 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0.753507014 0.753507014 1 1.714692506 0.857346253 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 1.27E-08 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112572500 T A TRAFD1 CCDS9160.1 r.? - - intronic 22 0 0 54 7 13 34 6 17.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 0.705410822 0.705410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.13E-08 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178952085 A G PIK3CA CCDS43171.1 r.3297a>g c.3140A>G p.H1047R missense 40 0 0 78 13 16.7 37 14 37.8 45 7 15.6 138 0 0 90 24 26.7 136 44 32.4 141 28 19.9 TRUE TRUE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 0.853085253 2 1.89303006 0.94651503 2 1.27420155 1.27420155 1 2 1.622597194 0.811298597 2 1.625423773 0.812711886 2 6 5 1 1 1.99E-16 1.91E-34 3.35E-23 4.01E-66 0.000000003 6.02E-36 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 112672221 C T C12orf51 CCDS44978.1 r.? - - intronic 43 0 0 58 7 12.1 33 2 6.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 0.244488978 0.244488978 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.88E-08 1 0.011909843 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112672432 C T C12orf51 CCDS44978.1 r.? - - intronic 56 0 0 78 8 10.3 41 5 12.2 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 0.488977956 0.488977956 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.71E-09 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112672706 C T C12orf51 CCDS44978.1 r.? - - intronic 42 0 0 55 6 10.9 43 7 16.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0.653306613 0.653306613 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000367 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 113153948 G A - - - - - - 44 0 0 54 7 13 22 8 36.4 42 18 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 1.458917836 1.458917836 1 2.646054264 1.323027132 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.13E-08 1 1.17E-13 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 113620007 G T DDX54 CCDS44984.1 r.? - - intronic 23 0 0 48 8 16.7 29 10 34.5 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 1.382765531 1.382765531 1 1.683852713 1.683852713 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.23E-10 1 1.79E-16 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 114343656 G A RBM19 CCDS9172.1 r.? - - intronic 37 0 0 64 9 14.1 27 8 29.6 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.299539171 1.299539171 1 1.186372745 1.186372745 1 1.646844961 0.823422481 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.2E-11 1 7.97E-13 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 114867612 G A - - - - - - 29 0 0 71 10 14.1 21 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.299539171 1.299539171 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.42E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116483288 G A MED13L CCDS9177.1 r.? - - intronic 39 0 0 55 5 9.1 21 8 38.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 1.527054108 1.527054108 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000883 1 7.5E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116757986 C T - - - - - - 38 0 0 50 7 14 37 10 27 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.430322581 1.430322581 1 1.352164329 1.352164329 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.46E-09 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 119697176 C T - - - - - - 25 0 0 54 5 9.3 28 3 10.7 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.950142857 0.950142857 1 0.535857715 0.535857715 1 0.795666667 0.795666667 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 0.000372895 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 120765092 G A PLA2G1B CCDS9195.1 r.? - - intronic 40 0 0 68 10 14.7 33 4 12.1 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.50183871 1.50183871 1 0.60596994 0.60596994 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.18E-12 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 122110020 G A MORN3 CCDS31917.1 r.? - - upstream 21 0 0 51 7 13.7 32 2 6.2 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399672811 1.399672811 1 0.310496994 0.310496994 1 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.46E-09 1 0.011224977 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 126708428 G C - - - - - - 33 0 0 51 5 9.8 24 5 20.8 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 0.833667335 0.833667335 1 1.085560724 1.085560724 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000606 1 0.000000123 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127052779 C T - - - - - - 26 0 0 35 7 20 14 6 42.9 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.243317972 1.121658986 2 1.719438878 1.719438878 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.65E-10 1 4.53E-11 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127689320 G A - - - - - - 42 0 0 60 9 15 28 8 28.6 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682488479 1.682488479 1 1.146292585 1.146292585 1 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.29E-11 1 1.11E-12 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127821352 G A - - - - - - 45 0 0 59 10 16.9 18 4 22.2 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.895603687 0.947801843 2 0.889779559 0.889779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.91E-13 1 0.00000181 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 128530238 A C - - - - - - 33 0 0 59 8 13.6 25 7 28 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 1.122244489 1.122244489 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 6.9E-10 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 129738017 C T TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 51 0 0 49 7 14.3 24 2 8.3 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60397235 1.60397235 1 0.332665331 0.332665331 1 1.665348837 1.665348837 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.58E-09 1 0.006413403 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 129738026 A T TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 49 0 0 51 7 13.7 23 2 8.7 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536672811 1.536672811 1 0.348697395 0.348697395 1 1.949074935 0.974537468 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.46E-09 1 0.00589844 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 130159382 C G TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 4 6.8 33 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 130376227 T C TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 40 0 0 53 5 9.4 40 12 30 36 13 36.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 1.20240481 1.20240481 1 2.226633075 1.113316537 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1.2E-18 1 2.53E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 70284711 A G UGT2B28 ENST00000381079 r.1147a>g c.1138A>G p.I380V missense 44 0 0 59 7 11.9 37 14 37.8 29 13 44.8 155 0 0 89 14 15.7 142 61 43 127 59 46.5 TRUE TRUE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.096774194 1.096774194 1 1.89303006 0.94651503 2 3.599873509 0.899968377 4 1 2.153446894 1.076723447 2 3.736475852 0.934118963 4 6 5 1 1 2.12E-08 3.28E-17 3.35E-23 2.66E-100 7.69E-23 1.09E-99 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 131460348 T A GPR133 CCDS9272.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 8 14.8 25 9 36 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 1.442885772 1.442885772 1 1.202751938 1.202751938 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.31E-10 1 3.71E-15 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 131875842 T A - - - - - - 17 0 0 44 8 18.2 33 9 27.3 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041419355 1.020709677 2 1.094188377 1.094188377 1 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.9E-11 1 6.76E-14 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 132080575 C T - - - - - - 33 0 0 58 8 13.8 26 8 30.8 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 1.234468938 1.234468938 1 0.882018088 0.882018088 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.99E-10 1 5.63E-13 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 132443834 G A EP400 CCDS31929.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 8 16 35 13 37.1 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.794654378 1.794654378 1 1.486973948 1.486973948 1 2.245136951 1.122568475 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 1.63E-21 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 132871780 C T GALNT9 CCDS41866.1 r.? - - intronic 2 0 0 43 8 18.6 23 6 26.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.086285714 1.043142857 2 1.046092184 1.046092184 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.85E-11 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 133126625 G T FBRSL1 CCDS45010.1 r.? - - intronic 2 0 0 36 5 13.9 23 3 13 28 8 28.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559105991 1.559105991 1 0.521042084 0.521042084 1 1.764036176 1.764036176 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000104 1 0.000205387 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 19369062 G A - - - - - - 45 0 0 53 6 11.3 40 10 25 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.252004008 1.252004008 1 0.702842377 0.702842377 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000293 1 7.22E-15 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 19929771 T G - - - - - - 15 0 0 33 4 12.1 16 0 0 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 0 0 1 1.436692506 1.436692506 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 20123241 A G - - - - - - 29 0 0 46 7 15.2 26 3 11.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400921659 1.400921659 1 0.575921844 0.575921844 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.53E-09 1 0.000298167 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 20879698 C A - - - - - - 50 0 0 55 8 14.5 39 8 20.5 31 10 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.33640553 1.33640553 1 1.026643287 1.026643287 1 1.669250646 1.669250646 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.86E-10 1 2.09E-11 1 3.94E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 21429355 G A XPO4 CCDS41872.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 7 13 31 4 12.9 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 0.646034068 0.646034068 1 0.863049096 0.863049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-08 1 0.0000177 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 21814664 G C - - - - - - 29 0 0 74 9 12.2 32 8 25 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 1.252004008 1.252004008 1 0.542635659 0.542635659 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.61E-10 1 3.69E-12 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 22101605 G T EFHA1 CCDS9297.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 7 10.3 30 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 22383628 C T - - - - - - 40 0 0 53 5 9.4 29 10 34.5 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 1.727765531 0.863882766 2 1.333333333 1.333333333 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1.79E-16 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 23122155 T G - - - - - - 27 0 0 60 8 13.3 34 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 23131870 C T - - - - - - 25 0 0 44 5 11.4 32 7 21.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 1.096755511 1.096755511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000288 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 24308425 A G MIPEP CCDS9303.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 8 21.1 44 10 22.7 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.944700461 1.944700461 1 1.136819639 1.136819639 1 1.121447028 1.121447028 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.67E-11 1 2.08E-14 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 28437730 G C AL390738.2 ENST00000499662 r.? - - intronic 31 0 0 51 5 9.8 46 6 13 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.903225806 0.903225806 1 0.651042084 0.651042084 1 0 0 1 1 0 0 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000606 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 29794441 G T MTUS2 CCDS45022.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 5 10.2 35 10 28.6 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 1.432292585 1.432292585 1 0.366925065 0.366925065 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000496 1 1.6E-15 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 29860231 T C MTUS2 CCDS45022.1 r.? - - intronic 34 0 0 53 6 11.3 31 7 22.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000293 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 34701824 G A - - - - - - 41 0 0 72 6 8.3 45 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 34815990 T A - - - - - - 40 0 0 58 9 15.5 39 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 1.428571429 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.67E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 37504486 G A - - - - - - 28 0 0 50 8 16 34 6 17.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474654378 1.474654378 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.74E-10 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 37610679 G A FAM48A CCDS9362.1 r.? - - intronic 19 0 0 51 6 11.8 33 8 24.2 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 1.21193988 1.21193988 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 38108428 G T - - - - - - 42 0 0 60 7 11.7 33 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.078341014 1.078341014 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 38813577 A G - - - - - - 33 0 0 67 9 13.4 44 7 15.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.235023041 1.235023041 1 0.796274549 0.796274549 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-11 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 39317671 C G FREM2 CCDS31960.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 6 12.5 30 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 40952775 A G - - - - - - 39 0 0 57 9 15.8 33 9 27.3 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.456221198 1.456221198 1 1.367188377 1.367188377 1 1.250645995 1.250645995 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.42E-11 1 6.76E-14 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 41913155 C T NAA16 CCDS9379.1 r.? - - intronic 41 0 0 56 6 10.7 38 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 42306508 C G KIAA0564 CCDS41881.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 5 10.9 26 4 15.4 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0.771234469 0.771234469 1 0.186046512 0.186046512 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000361 1 0.00000856 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 42884777 T C AKAP11 CCDS9383.1 r.? - - intronic 28 0 0 55 5 9.1 38 9 23.7 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 1.1868998 1.1868998 1 0.956072351 0.956072351 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000883 1 2.79E-13 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 43936821 G A ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 31 0 0 47 5 10.6 41 18 43.9 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.976958525 0.976958525 1 2.198519038 1.099259519 2 0.899224806 0.899224806 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000402 1 6.91E-31 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 44664050 G A - - - - - - 39 0 0 43 8 18.6 31 9 29 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.714285714 1.714285714 1 1.452324649 1.452324649 1 0 0 1 1 5.008016032 5.008016032 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.85E-11 1 3.57E-14 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 46166414 A G FAM194B CCDS45045.1 r.? - - intronic 42 0 0 52 8 15.4 29 8 27.6 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.419354839 1.419354839 1 1.382212425 1.382212425 1 1.002583979 1.002583979 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.42E-10 1 1.53E-12 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48204955 T G - - - - - - 31 0 0 43 8 18.6 20 6 30 16 1 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.714285714 1.714285714 1 1.50240481 1.50240481 1 0.320413437 0.320413437 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-11 1 5.7E-10 1 0.077068876 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48537388 A T SUCLA2 CCDS9406.1 r.? - - intronic 42 0 0 48 5 10.4 47 7 14.9 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 0.746194389 0.746194389 1 1.11627907 1.11627907 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 4.12E-09 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 49325517 G A - - - - - - 32 0 0 46 9 19.6 32 11 34.4 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.806451613 1.806451613 1 1.722757515 0.861378758 2 1.121447028 1.121447028 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-12 1 5.72E-18 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 51557741 G A - - - - - - 32 0 0 22 4 18.2 11 1 9.1 8 2 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677419355 1.677419355 1 0.455729459 0.455729459 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000425 1 0.05364542 1 0.000686131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 53433205 G A - - - - - - 48 0 0 56 10 17.9 36 11 30.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.649769585 1.649769585 1 1.532452906 1.532452906 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.82E-13 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 54804241 T A - - - - - - 57 0 0 56 6 10.7 34 9 26.5 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 1.327124248 1.327124248 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000409 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 54852321 A G - - - - - - 29 0 0 48 5 10.4 28 10 35.7 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 1.787861723 0.893930862 2 1.720930233 1.720930233 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 1.18E-16 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 55000239 T C - - - - - - 43 0 0 50 6 12 39 15 38.5 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105990783 1.105990783 1 1.928086172 0.964043086 2 1.478036176 1.478036176 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 6.85E-25 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56042176 G C - - - - - - 41 0 0 58 7 12.1 26 6 23.1 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 1.156851703 1.156851703 1 0.444444444 0.444444444 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.88E-08 1 3.3E-09 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56045083 C A - - - - - - 43 0 0 49 7 14.3 30 6 20 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 1.001603206 1.001603206 1 0.956072351 0.956072351 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.58E-09 1 8.37E-09 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56180222 T A - - - - - - 16 0 0 61 8 13.1 30 11 36.7 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.207373272 1.207373272 1 1.837941884 0.918970942 2 1.002583979 1.002583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.09E-10 1 2.44E-18 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57756264 G A - - - - - - 35 0 0 54 6 11.1 31 5 16.1 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 0.806290581 0.806290581 1 0.832041344 0.832041344 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000329 1 0.000000476 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 58323054 T G - - - - - - 43 0 0 49 6 12.2 32 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 58453548 G T - - - - - - 33 0 0 62 5 8.1 24 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.746543779 0.746543779 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 60631736 A T DIAPH3 CCDS41898.1 r.? - - intronic 37 0 0 57 9 15.8 25 5 20 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.456221198 1.456221198 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.42E-11 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 60937654 C A - - - - - - 37 0 0 55 4 7.3 37 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.67281106 0.67281106 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000173903 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62021474 C A - - - - - - 48 0 0 55 6 10.9 35 8 22.9 20 7 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 1.146835671 1.146835671 1 1.80878553 1.80878553 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000367 1 8.15E-12 1 5.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62577018 A C - - - - - - 42 0 0 58 6 10.3 29 9 31 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 1.55248497 1.55248497 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000506 1 1.79E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62698918 G A - - - - - - 44 0 0 62 7 11.3 34 6 17.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.02E-08 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62984133 A G - - - - - - 42 0 0 53 5 9.4 41 5 12.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 0.610977956 0.610977956 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000734 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 64267957 C T - - - - - - 1 0 0 51 6 11.8 23 5 21.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 1.086739479 1.086739479 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 9.75E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 65974038 C A - - - - - - 33 0 0 40 6 15 16 7 43.8 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382488479 1.382488479 1 2.193511022 1.096755511 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.18E-08 1 8.59E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67026789 T C PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 6 12.2 37 12 32.4 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 1.622597194 0.811298597 2 1.622739018 1.622739018 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000182 1 4.03E-19 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67050865 G C PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 46 0 0 56 5 8.9 35 13 37.1 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 1.857973948 0.928986974 2 0.899224806 0.899224806 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 1.63E-21 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67089412 A T PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 59 0 0 50 12 24 33 7 21.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.211981567 2.211981567 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.49E-17 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67365192 G A PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 45 0 0 44 5 11.4 44 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67600769 G A PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 8 13.6 39 7 17.9 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 0.89643487 0.89643487 1 1.19379845 1.19379845 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.9E-10 1 1.04E-09 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 68242215 G C - - - - - - 39 0 0 44 5 11.4 41 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 68286665 G A - - - - - - 51 0 0 58 7 12.1 35 14 40 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 2.003206413 1.001603206 2 1.131782946 1.131782946 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.88E-08 1 1.28E-23 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 69942907 A G - - - - - - 31 0 0 50 7 14 28 8 28.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.46E-09 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 69947500 T A - - - - - - 45 0 0 53 4 7.5 31 4 12.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 0.646034068 0.646034068 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 70038472 T G - - - - - - 36 0 0 56 6 10.7 32 4 12.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000409 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 71561199 C T - - - - - - 29 0 0 60 6 10 32 13 40.6 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 2.033254509 1.016627255 2 1.245478036 1.245478036 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000621 1 3.88E-22 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 72339860 G C DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 24 0 0 48 9 18.8 34 7 20.6 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.732718894 1.732718894 1 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.75E-12 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 73640585 G C KLF5 CCDS9448.1 r.? - - intronic 46 0 0 52 6 11.5 34 6 17.6 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 75656606 A C - - - - - - 55 0 0 40 7 17.5 34 10 29.4 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612903226 1.612903226 1 1.472356713 1.472356713 1 1.395348837 1.395348837 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-09 1 1.15E-15 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 75881437 C T TBC1D4 CCDS41901.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 5 10 35 9 25.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000549 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 76216051 C T LMO7 CCDS9454.1 r.? - - intronic 46 0 0 44 7 15.9 36 11 30.6 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.465437788 1.465437788 1 1.532452906 1.532452906 1 0.888888889 0.888888889 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.55E-09 1 2.62E-17 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 77141885 C A - - - - - - 45 0 0 55 8 14.5 29 14 48.3 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.33640553 1.33640553 1 2.418871743 1.209435872 2 1.591731266 1.591731266 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 4.41E-25 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 78215741 C A SCEL CCDS9458.1 r.? - - intronic 44 0 0 53 6 11.3 42 11 26.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.3121002 1.3121002 1 0.573643411 0.573643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 1.81E-16 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 78484466 G A EDNRB CCDS9461.1 r.? - - intronic 33 0 0 49 5 10.2 35 16 45.7 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 2.288663327 1.144331663 2 1.379844961 1.379844961 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000496 1 5.66E-28 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79174635 C A POU4F1 CCDS31996.1 r.2409g>u c.? p.? 3'UTR variant 24 0 0 45 5 11.1 38 0 0 30 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 0.005 0.00000323 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79176992 G C POU4F1 CCDS31996.1 r.? - - intronic 8 0 0 38 4 10.5 29 0 0 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.967741935 0.967741935 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79338442 C G - - - - - - 42 0 0 72 6 8.3 33 13 39.4 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 1.973158317 0.986579158 2 0.956072351 0.956072351 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000184 1 6.37E-22 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 80383463 C A - - - - - - 36 0 0 68 6 8.8 33 5 15.2 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.811059908 0.811059908 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000131 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 80987238 G C - - - - - - 41 0 0 60 10 16.7 35 5 14.3 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0.716146293 0.716146293 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.86E-13 1 0.000000895 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 81160323 C T - - - - - - 30 0 0 55 6 10.9 33 13 39.4 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 1.973158317 0.986579158 2 1.090439276 1.090439276 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000367 1 6.37E-22 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 81921994 A T - - - - - - 30 0 0 48 5 10.4 31 4 12.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 0.646034068 0.646034068 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000447 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 82391596 G A - - - - - - 54 0 0 52 9 17.3 26 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.594470046 1.594470046 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.92E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 82476384 T C - - - - - - 41 0 0 59 10 16.9 33 0 0 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.557603687 1.557603687 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 4.91E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 82991820 G C - - - - - - 42 0 0 60 10 16.7 31 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.86E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 84158871 A G - - - - - - 28 0 0 46 7 15.2 26 8 30.8 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400921659 1.400921659 1 1.542468938 1.542468938 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 5.63E-13 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 84365918 C G - - - - - - 46 0 0 54 8 14.8 28 7 25 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 85813973 C G - - - - - - 39 0 0 56 9 16.1 42 12 28.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.483870968 1.483870968 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.2E-11 1 2.35E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 86182070 T G - - - - - - 40 0 0 58 5 8.6 29 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.792626728 0.792626728 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87079377 T C - - - - - - 42 0 0 61 9 14.8 35 10 28.6 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 1.432292585 1.432292585 1 0.366925065 0.366925065 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 1.6E-15 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87165937 C G - - - - - - 33 0 0 59 6 10.2 28 4 14.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000561 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87958900 C A - - - - - - 41 0 0 50 6 12 29 11 37.9 21 10 47.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105990783 1.105990783 1 1.898038076 0.949019038 2 2.45994832 2.45994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 1.56E-18 1 3.28E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 89054925 A T - - - - - - 39 0 0 52 4 7.7 34 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.709677419 0.709677419 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 89399227 T C - - - - - - 46 0 0 52 7 13.5 31 7 22.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 8.58E-09 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 89465654 T A - - - - - - 47 0 0 60 7 11.7 25 13 52 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.078341014 1.078341014 1 2.604168337 1.302084168 2 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.39E-08 1 6E-24 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 90222544 C T - - - - - - 30 0 0 45 6 13.3 39 9 23.1 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 1.156851703 1.156851703 1 0.950904393 0.950904393 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000108 1 3.62E-13 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 90604106 C T - - - - - - 36 0 0 57 8 14 29 13 44.8 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 2.243591182 1.121795591 2 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-10 1 7.69E-23 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91117347 A T - - - - - - 45 0 0 42 6 14.3 25 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91118260 T G - - - - - - 35 0 0 51 7 13.7 30 7 23.3 31 11 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262672811 1.262672811 1 1.166867735 1.166867735 1 1.834625323 1.834625323 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.46E-09 1 1.44E-10 1 3.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91119048 G A - - - - - - 46 0 0 50 5 10 43 8 18.6 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 0.931490982 0.931490982 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 4.85E-11 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91121494 T C - - - - - - 36 0 0 57 8 14 33 10 30.3 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 1.517428858 1.517428858 1 0.217054264 0.217054264 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-10 1 8.14E-16 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91813897 C T - - - - - - 49 0 0 71 7 9.9 44 19 43.2 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.912442396 0.912442396 1 2.163462926 1.081731463 2 0.888888889 0.888888889 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.85E-08 1 2.39E-32 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 92215941 C A GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 9 16.4 36 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.01E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 92493467 G T GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 39 0 0 62 8 12.9 44 12 27.3 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188940092 1.188940092 1 1.367188377 1.367188377 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-09 1 4.44E-18 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 93809443 G T - - - - - - 36 0 0 66 6 9.1 33 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000011 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 94124696 C T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 2 0 0 48 5 10.4 35 2 5.7 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 0.285456914 0.285456914 1 0.940568475 0.940568475 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.013332991 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 95143113 A G - - - - - - 39 0 0 55 6 10.9 34 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 95201754 G T - - - - - - 10 0 0 60 9 15 23 6 26.1 17 2 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382488479 1.382488479 1 1.307092184 1.307092184 1 0.609819121 0.609819121 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-11 1 1.47E-09 1 0.003234386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 95524777 G T AL139381.2 ENST00000505287 r.? - - intronic 42 0 0 73 6 8.2 27 11 40.7 26 10 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755760369 0.755760369 1 2.038262525 1.019131263 2 1.989664083 1.989664083 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000002 1 5.92E-19 1 4.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 95588036 G A AL139381.2 ENST00000505287 r.? - - downstream 41 0 0 73 11 15.1 28 4 14.3 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 0.716146293 0.716146293 1 0.516795866 0.516795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.31E-13 1 0.0000116 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 96153635 G C CLDN10 CCDS9475.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 4 8.7 40 8 20 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801843318 0.801843318 1 1.001603206 1.001603206 1 1.147286822 1.147286822 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 2.61E-11 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 98125522 T C - - - - - - 44 0 0 55 7 12.7 41 26 63.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 3.175082164 1.587541082 2 1.095607235 1.095607235 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-08 1 8.79E-50 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 98395220 C T - - - - - - 30 0 0 53 8 15.1 24 5 20.8 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 1.041667335 1.041667335 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-10 1 0.000000123 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 100613346 C T ZIC5 CCDS9494.2 r.? - - downstream 14 0 0 45 9 20 26 4 15.4 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 1.843317972 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.47E-12 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 102991448 G T FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 46 0 0 54 5 9.3 35 10 28.6 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 1.432292585 1.432292585 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 1.6E-15 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 103220999 G C - - - - - - 42 0 0 48 7 14.6 34 5 14.7 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.34562212 1.34562212 1 0.736178357 0.736178357 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 105761205 G T - - - - - - 48 0 0 58 6 10.3 41 7 17.1 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 0.856370741 0.856370741 1 1.11627907 1.11627907 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000506 1 1.51E-09 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 106023524 T C - - - - - - 33 0 0 65 8 12.3 26 13 50 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133640553 1.133640553 1 2.504008016 1.252004008 2 1.245478036 1.245478036 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-09 1 1.2E-23 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 106769105 G T - - - - - - 46 0 0 49 4 8.2 34 4 11.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755760369 0.755760369 1 0.590945892 0.590945892 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000110643 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 106910244 G A - - - - - - 41 0 0 49 6 12.2 35 4 11.4 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 0.570913828 0.570913828 1 0.294573643 0.294573643 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000182 1 0.0000289 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 107055474 C G - - - - - - 37 0 0 62 8 12.9 34 4 11.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188940092 1.188940092 1 0.590945892 0.590945892 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.04E-09 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 107767298 C T - - - - - - 43 0 0 52 6 11.5 27 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 108692557 G A - - - - - - 37 0 0 63 6 9.5 35 10 28.6 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.875576037 0.875576037 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000832 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 109021704 T G - - - - - - 35 0 0 67 11 16.4 41 15 36.6 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 1.832933868 0.916466934 2 0.470284238 0.470284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-14 1 1.71E-24 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 109394813 T C MYO16 CCDS32008.1 r.? - - intronic 36 0 0 68 6 8.8 36 8 22.2 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.811059908 0.811059908 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000131 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 110397026 C A - - - - - - 1 0 0 55 4 7.3 25 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.67281106 0.67281106 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000173903 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 112095278 G A - - - - - - 42 0 0 57 7 12.3 31 5 16.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133640553 1.133640553 1 0.806290581 0.806290581 1 0.764857881 0.764857881 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-08 1 0.000000476 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 112166876 G A - - - - - - 2 0 0 55 7 12.7 33 9 27.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 1.367188377 1.367188377 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.28E-08 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 112201334 C G - - - - - - 2 0 0 47 5 10.6 25 8 32 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.976958525 0.976958525 1 1.60256513 1.60256513 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000402 1 3.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 113580806 G A MCF2L ENST00000375608 r.? - - intronic 14 0 0 43 6 14 26 11 42.3 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 2.118390782 1.059195391 2 1.19379845 1.19379845 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.13E-08 1 3.52E-19 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20142659 C T - - - - - - 45 0 0 109 11 10.1 97 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.334875576 1.334875576 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.2E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20346412 A T OR4K2 CCDS32023.1 r.? - - downstream 82 0 0 147 8 5.4 99 7 7.1 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0.713695853 0.713695853 1 0.482390211 0.613562288 0.786212289 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000939 1 0.000000778 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20574387 A G - - - - - - 33 0 0 51 6 11.8 34 13 38.2 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.087557604 1.087557604 1 2.595395219 0.931513808 2.786212289 0.94235935 0.94235935 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000232 1 1.03E-21 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 22574403 A T TRAC ENST00000446346 r.? - - intronic 33 0 0 51 12 23.5 40 12 30 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 2.165898618 2.165898618 1 2.038268496 1.019134248 2 1.828289996 1.239592847 1.474911702 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.24E-17 1 1.2E-18 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 24196308 A G - - - - - - 30 0 0 63 7 11.1 44 9 20.5 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.023041475 1.023041475 1 1.392816806 1.392816806 1 0.727930276 0.727930276 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-08 1 1.18E-12 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 24473637 T C DHRS4L2 CCDS9606.2 r.? - - intronic 9 0 0 25 7 28 8 1 12.5 10 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 2.580645161 2.580645161 1 0.84927854 0.84927854 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.47E-11 1 0.039306956 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 24987393 C G - - - - - - 51 0 0 70 6 8.6 41 3 7.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0.792626728 0.792626728 1 0.495978667 0.495978667 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000156 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 25112101 C T - - - - - - 29 0 0 73 14 19.2 35 13 37.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.769585253 1.769585253 1 2.520658707 0.904690112 2.786212289 0.778716109 0.778716109 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.71E-18 1 1.63E-21 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 25372878 A C STXBP6 CCDS9634.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 9 16.4 37 12 32.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.511520737 1.511520737 1 2.201329976 1.100664988 2 1.196288516 1.196288516 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 4.03E-19 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 25745758 G T - - - - - - 31 0 0 61 13 21.3 42 19 45.2 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.963133641 1.963133641 1 3.070991201 1.102210055 2.786212289 1.354288886 1.354288886 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.41E-18 1 7.64E-33 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 26800123 C T - - - - - - 41 0 0 63 7 11.1 41 14 34.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.023041475 1.023041475 1 2.316831857 1.158415929 2 0.727930276 0.727930276 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-08 1 1.9E-22 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 28157691 C A - - - - - - 44 0 0 56 7 12.5 42 6 14.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.152073733 1.152073733 1 0.97157465 0.97157465 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.46E-08 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 28261931 A G - - - - - - 27 0 0 53 8 15.1 27 11 40.7 34 8 23.5 131 0 0 54 6 11.1 106 36 34 75 15 20 TRUE TRUE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.391705069 1.391705069 1 2.765250927 0.992476753 2.786212289 1.326074534 1.326074534 1 1 2.310037629 1.155018815 2 1.128574072 1.128574072 1 6 5 1 1 2.83E-10 0.000000329 5.92E-19 2.66E-55 6.32E-12 5.25E-20 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 28339612 T G - - - - - - 36 0 0 57 4 7 37 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.64516129 0.64516129 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 28359376 A C - - - - - - 35 0 0 54 6 11.1 30 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.023041475 1.023041475 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 29331067 G A - - - - - - 50 0 0 62 9 14.5 35 17 48.6 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.33640553 1.33640553 1 1.947895792 0.973947896 2 1.066502498 1.066502498 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-11 1 3.18E-30 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 30029894 A G - - - - - - 42 0 0 52 5 9.6 30 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.884792627 0.884792627 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 30649103 G A AL121840.1 ENST00000508469 r.? - - intronic 40 0 0 52 7 13.5 26 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.244239631 1.244239631 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 32807894 C G AKAP6 CCDS9644.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 6 11.5 39 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.059907834 1.059907834 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 33877228 G T NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 35 0 0 58 8 13.8 27 7 25.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.271889401 1.271889401 1 1.038076152 1.038076152 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.99E-10 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 34682709 A T - - - - - - 48 0 0 52 6 11.5 30 0 0 37 0 0 1 0 0 2 2 100 2 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.059907834 1.059907834 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000000261 0.000025 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 36986274 A T NKX2-1 CCDS41945.1 r.1497u>a c.? p.? 3'UTR variant 10 0 0 55 4 7.3 32 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.67281106 0.67281106 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000173903 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40135089 G T - - - - - - 39 0 0 60 8 13.3 39 22 56.4 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.225806452 1.225806452 1 2.260521042 1.130260521 2 1.41071759 1.41071759 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 1.12E-40 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40716594 C T - - - - - - 40 0 0 75 14 18.7 32 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.723502304 1.723502304 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.57E-18 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 42132282 A T LRFN5 CCDS9678.1 r.? - - intronic 48 0 0 62 12 19.4 30 0 0 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.788018433 1.788018433 1 0 NA 0 1.523574997 1.523574997 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.19E-16 1 1 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 42409248 A G - - - - - - 40 0 0 58 10 17.2 26 8 30.8 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.585253456 1.585253456 1 1.234468938 1.234468938 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.1E-13 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 44633807 C T - - - - - - 43 0 0 59 6 10.2 22 0 0 46 8 17.4 127 1 0.8 83 10 12 86 0 0 104 19 18.3 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.940092166 0.940092166 1 0 NA 0 0.981859442 0.981859442 1 1 0 NA 0 1.032645276 1.032645276 1 NA NA 1 0.470907927 0.000000561 1.7E-11 1 1 8.61E-11 3.83E-24 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 44930557 T A - - - - - - 13 0 0 40 8 20 24 4 16.7 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.843317972 1.843317972 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.61E-11 1 0.00000613 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 48479157 T C - - - - - - 46 0 0 60 5 8.3 28 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.764976959 0.764976959 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 48516812 A C - - - - - - 38 0 0 62 8 12.9 25 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.188940092 1.188940092 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 48840702 G T - - - - - - 43 0 0 54 4 7.4 18 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.68202765 0.68202765 1 0 NA 0 0.727930276 0.727930276 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000161898 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 49765508 T C - - - - - - 38 0 0 55 5 9.1 28 12 42.9 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.838709677 0.838709677 1 1.719438878 0.859719439 2 1.128574072 1.128574072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000883 1 6.9E-21 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 50072079 T A PPIL5 CCDS9686.1 r.? - - intronic 49 0 0 68 15 22.1 25 15 60 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 2.036866359 2.036866359 1 2.404809619 1.20240481 2 1.128574072 1.128574072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.06E-20 1 9.52E-29 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 50396242 C A - - - - - - 22 0 0 52 7 13.5 26 13 50 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.244239631 1.244239631 1 2.004008016 1.002004008 2 1.41071759 1.41071759 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.58E-09 1 1.2E-23 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 52102869 T C FRMD6 CCDS9704.1 r.? - - intronic 41 0 0 51 6 11.8 21 12 57.1 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.087557604 1.087557604 1 2.288577154 1.144288577 2 1.359931756 1.359931756 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000232 1 6.88E-23 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 53622640 G C DDHD1 CCDS9714.1 r.? - - upstream 39 0 0 57 10 17.5 19 10 52.6 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.612903226 1.612903226 1 2.108216433 1.054108216 2 2.070933422 1.404106713 1.474911702 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.4E-13 1 8.66E-19 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 56934935 C G - - - - - - 50 0 0 46 6 13 25 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.198156682 1.198156682 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000123 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 57179268 G A - - - - - - 41 0 0 54 6 11.1 33 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.023041475 1.023041475 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 57522253 G T - - - - - - 31 0 0 61 4 6.6 18 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.608294931 0.608294931 1 0 NA 0 0.705358795 0.705358795 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000259828 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 58075938 G A - - - - - - 44 0 0 60 8 13.3 28 11 39.3 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.225806452 1.225806452 1 1.575150301 1.575150301 1 1.551789349 1.551789349 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 9.7E-19 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 58765047 T C ARID4A CCDS9732.1 r.? - - upstream 2 0 0 45 5 11.1 24 6 25 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.023041475 1.023041475 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 60860005 T C - - - - - - 43 0 0 62 7 11.3 30 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.041474654 1.041474654 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 63160147 G C - - - - - - 39 0 0 64 6 9.4 23 9 39.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.866359447 0.866359447 1 1.567134269 1.567134269 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000914 1 1.5E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 63412549 G T KCNH5 CCDS9756.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 6 11.5 31 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.059907834 1.059907834 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 128595321 T G INTU CCDS34061.1 r.1237u>g c.1134T>G p.Y378* nonsense 45 0 0 67 11 16.4 35 16 45.7 28 6 21.4 164 0 0 107 19 17.8 156 48 30.8 84 11 13.1 TRUE TRUE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347520737 1.347520737 1 2.288663327 1.144331663 2 1.105943152 1.105943152 1 1 1.542468938 0.771234469 2 0.677002584 0.677002584 1 6 5 1 1 4.85E-14 6.82E-24 5.66E-28 9.5E-71 5.36E-09 6.49E-13 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 64928175 T C AKAP5 CCDS9764.1 r.? - - upstream 17 0 0 47 7 14.9 26 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.373271889 1.373271889 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.12E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 157563436 G A ENSG00000251283 ENST00000511399 r.171c>u c.39C>T p.C13C silent 33 0 0 68 12 17.6 33 14 42.4 37 7 18.9 181 2 1.1 112 16 14.3 167 70 41.9 131 16 12.2 TRUE TRUE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446119816 1.446119816 1 2.123398798 1.061699399 2 0.976744186 0.976744186 1 1 2.098358717 1.049179359 2 0.630490956 0.630490956 1 6 5 1 0.22925958 1.37E-15 9.24E-19 4.57E-24 6.84E-114 7.05E-10 1.23E-17 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 68453876 C G RAD51L1 CCDS9789.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 4 7.7 35 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.709677419 0.709677419 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73305678 G C DPF3 CCDS45133.1 r.? - - intronic 10 0 0 23 6 26.1 20 7 35 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 2.405529954 2.405529954 1 1.402805611 1.402805611 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.47E-09 1 5.72E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73542347 A G RBM25 CCDS32113.1 r.? - - intronic 39 0 0 44 8 18.2 33 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.677419355 1.677419355 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.9E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73551492 T G RBM25 CCDS32113.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 7 17.5 27 16 59.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.612903226 1.612903226 1 2.376753507 1.188376754 2 1.495360645 1.495360645 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-09 1 1.89E-30 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73663401 T G PSEN1 CCDS9812.1 r.? - - intronic 15 0 0 45 10 22.2 35 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 2.046082949 2.046082949 1 0 NA 0 0.908502128 0.908502128 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.66E-14 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73856784 T C - - - - - - 50 0 0 51 10 19.6 32 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.806451613 1.806451613 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.04E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 75126223 G A KIAA0317 CCDS41971.1 r.? - - downstream 10 0 0 65 10 15.4 28 8 28.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.419354839 1.419354839 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.36E-12 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 77789912 A T POMT2 CCDS9857.1 r.? - - upstream 34 0 0 43 5 11.6 33 19 57.6 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.069124424 1.069124424 1 2.308617234 1.154308617 2 1.365574627 1.365574627 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 1.46E-35 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 79002835 A C - - - - - - 33 0 0 54 5 9.3 24 0 0 15 3 20 140 0 0 103 14 13.6 111 0 0 113 10 8.8 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.857142857 0.857142857 1 0 NA 0 1.128574072 1.128574072 1 1 0 NA 0 0.496572592 1.045610351 0.474911702 NA NA 1 1 0.00000806 2.77E-16 1 1 0.0000544 3.8E-10 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 80945642 A G - - - - - - 52 0 0 49 5 10.2 29 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.940092166 0.940092166 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 81680738 C A GTF2A1 CCDS9873.1 r.? - - intronic 17 0 0 46 8 17.4 28 16 57.1 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.603686636 1.603686636 1 2.288577154 1.144288577 2 1.828289996 1.239592847 1.474911702 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-11 1 4.39E-30 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 82622189 G A - - - - - - 56 0 0 52 6 11.5 26 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.059907834 1.059907834 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 82628160 G A - - - - - - 40 0 0 54 7 13 26 15 57.7 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.198156682 1.198156682 1 2.312625251 1.156312625 2 1.09471685 1.09471685 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.13E-08 1 2.24E-28 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 83260983 T A - - - - - - 52 0 0 61 7 11.5 26 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.059907834 1.059907834 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.69E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 83765843 A G - - - - - - 31 0 0 57 5 8.8 23 8 34.8 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.811059908 0.811059908 1 1.394789579 1.394789579 1 1.128574072 1.128574072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000105 1 1.79E-13 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 84367972 G C - - - - - - 51 0 0 51 4 7.8 28 8 28.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.718894009 0.718894009 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000129466 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 85724942 C G - - - - - - 53 0 0 60 8 13.3 27 9 33.3 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.225806452 1.225806452 1 1.334669339 1.334669339 1 0.643287221 0.643287221 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 8.44E-15 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 86230936 G A - - - - - - 40 0 0 54 10 18.5 35 20 57.1 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.705069124 1.705069124 1 2.288577154 1.144288577 2 1.41071759 1.41071759 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.91E-13 1 2.88E-37 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 86461238 T A - - - - - - 29 0 0 59 8 13.6 21 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.253456221 1.253456221 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.9E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 87032212 T G - - - - - - 46 0 0 53 7 13.2 30 8 26.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.216589862 1.216589862 1 1.070140281 1.070140281 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.85E-09 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 88015314 A G - - - - - - 33 0 0 48 5 10.4 26 14 53.8 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.958525346 0.958525346 1 2.156312625 1.078156313 2 2.138647866 1.450017559 1.474911702 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 5.57E-26 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 90262443 A G C14orf143 CCDS9887.1 r.1665u>c c.? p.? 3'UTR variant 43 0 0 55 7 12.7 30 11 36.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.170506912 1.170506912 1 1.470941884 1.470941884 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.28E-08 1 2.44E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 92669369 C T - - - - - - 24 0 0 50 5 10 19 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.921658986 0.921658986 1 0 NA 0 0.902859257 0.902859257 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 94631240 T A - - - - - - 9 0 0 38 7 18.4 21 11 52.4 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.695852535 1.695852535 1 2.100200401 1.0501002 2 1.173717035 1.173717035 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-10 1 1.64E-20 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 99255392 C A - - - - - - 41 0 0 66 5 7.6 28 0 0 33 2 6.1 243 4 1.6 141 19 13.5 159 0 0 141 28 19.9 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.700460829 0.700460829 1 0 NA 0 0.344215092 0.344215092 1 1 0 NA 0 1.122931201 1.122931201 1 NA NA 1 0.034688077 0.0000217 1.69E-21 1 1 0.011909843 6.02E-36 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 99340499 G T - - - - - - 50 0 0 60 9 15 30 8 26.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.382488479 1.382488479 1 1.070140281 1.070140281 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.29E-11 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 100349719 T G EML1 CCDS32154.1 r.? - - intronic 21 0 0 46 6 13 29 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.198156682 1.198156682 1 0 NA 0 1.128574072 1.128574072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000123 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 100891813 C T WDR25 CCDS32157.1 r.? - - intronic 16 0 0 62 5 8.1 28 8 28.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.746543779 0.746543779 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 101352518 C G RTL1 ENST00000384837 r.? - - downstream 36 0 0 59 7 11.9 20 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.096774194 1.096774194 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 103969665 T A MARK3 CCDS45165.1 r.3029u>a c.? p.? 3'UTR variant 21 0 0 58 12 20.7 34 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.907834101 1.907834101 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.76E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 104084642 C T C14orf153 ENST00000445352 r.? - - intronic 10 0 0 60 9 15 30 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.382488479 1.382488479 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.29E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 105282340 G A - - - - - - 1 0 0 56 7 12.5 25 0 0 22 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.152073733 1.152073733 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 105713035 C T BRF1 CCDS10001.1 r.? - - intronic 12 0 0 40 4 10 27 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.921658986 0.921658986 1 0 NA 0 0.902859257 0.902859257 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000495 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 106209500 C A - - - - - - 1 0 0 97 8 8.2 52 8 15.4 47 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.755760369 0.755760369 1 0.617234469 0.617234469 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000038 1 2.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 107075402 C T - - - - - - 40 0 0 49 5 10.2 18 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.940092166 0.940092166 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 917195 A T TRIP13 CCDS3858.1 r.1632a>u c.1276A>T p.K426* nonsense 19 0 0 71 9 12.7 47 6 12.8 33 0 0 246 0 0 264 26 9.8 170 18 10.6 155 0 0 FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 0.769026052 0.769026052 1 0 NA 0 1 0.636849699 0.636849699 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.1E-10 3.01E-25 0.000000141 1.6E-18 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 22459221 C T - - - - - - 61 0 0 99 15 15.2 43 0 0 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.552921659 1.552921659 1 0 NA 0 0.444413437 0.444413437 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.43E-18 1 1 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 22540140 G A - - - - - - 63 0 0 76 10 13.2 33 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.348589862 1.348589862 1 0 NA 0 0.795643411 0.795643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.9E-12 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 23907729 T C - - - - - - 36 0 0 63 7 11.1 24 12 50 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.134041475 1.134041475 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.38E-08 1 6.25E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 24702612 G A - - - - - - 30 0 0 62 8 12.9 23 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.317940092 1.317940092 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 24776353 C T - - - - - - 38 0 0 62 5 8.1 32 0 0 25 0 0 199 0 0 193 21 10.9 147 0 0 102 0 0 FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.827543779 0.827543779 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000016 1.32E-21 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 25259993 T C - - - - - - 34 0 0 64 5 7.8 28 11 39.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.796894009 0.796894009 1 1.682977751 0.841488876 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000186 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 25530169 T C - - - - - - 44 0 0 60 8 13.3 24 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.358806452 1.358806452 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 25552720 A T - - - - - - 47 0 0 60 5 8.3 37 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.847976959 0.847976959 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 26460577 G T - - - - - - 26 0 0 47 6 12.8 21 8 38.1 31 11 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.307723502 1.307723502 1 1.631589118 1.631589118 1 2.544625323 0.848208441 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000141 1 7.5E-14 1 3.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 26462324 A T - - - - - - 53 0 0 56 6 10.7 20 17 85 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.093175115 1.093175115 1 3.640028215 1.600455533 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000409 1 8.57E-37 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 26590849 A C - - - - - - 43 0 0 76 12 15.8 30 0 0 28 0 0 208 0 0 91 10 11 126 1 0.8 104 0 0 FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.614221198 1.614221198 1 0 NA 0 0 0 1 1 0.034259089 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 5.63E-15 4.34E-11 1 0.468249173 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 27070012 C T - - - - - - 48 0 0 57 7 12.3 37 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.256640553 1.256640553 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 28157940 C T OCA2 CCDS10020.1 r.? - - intronic 43 0 0 57 5 8.8 35 17 48.6 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.899059908 0.899059908 1 2.081239662 1.040619831 2 1.92101292 0.96050646 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000105 1 3.18E-30 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 28442137 A T HERC2 CCDS10021.1 r.? - - intronic 43 0 0 66 7 10.6 32 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.082958525 1.082958525 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 29223899 G A APBA2 CCDS10022.1 r.? - - intronic 12 0 0 66 8 12.1 29 15 51.7 19 8 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.236207373 1.236207373 1 2.213993632 0.973453542 2.274370103 3.017710594 1.005903531 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.73E-09 1 2.22E-27 1 2.81E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 29454712 G A FAM189A1 CCDS45198.1 r.? - - intronic 17 0 0 53 6 11.3 32 12 37.5 23 11 47.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.154474654 1.154474654 1 1.605894801 0.8029474 2 3.426284238 1.142094746 3 0 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 5.03E-20 1 6.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 29996695 C T TJP1 CCDS42007.1 r.? - - intronic 48 0 0 73 8 11 36 17 47.2 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.123824885 1.123824885 1 2.021286256 1.010643128 2 1.390583979 1.390583979 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.93E-09 1 6E-30 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 30666795 G A CHRFAM7A CCDS32184.1 r.? - - intronic 22 0 0 31 6 19.4 13 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.982018433 1.982018433 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 31479640 A G - - - - - - 44 0 0 63 7 11.1 36 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.134041475 1.134041475 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 32020428 T G - - - - - - 33 0 0 59 4 6.8 32 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.694728111 0.694728111 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 32660800 C T - - - - - - 20 0 0 27 4 14.8 14 3 21.4 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.5120553 1.5120553 1 0.916430633 0.916430633 1 1.956852713 1.956852713 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00001 1 0.0000437 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 33006132 C G GREM1 CCDS10029.1 r.? - - upstream 42 0 0 55 5 9.1 30 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.929709677 0.929709677 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 34414180 C T - - - - - - 30 0 0 61 6 9.8 28 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.001225806 1.001225806 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000000685 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 35073245 G C AC087457.1 ENST00000503496 r.? - - intronic 48 0 0 58 6 10.3 31 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.052308756 1.052308756 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 37427854 G C - - - - - - 41 0 0 52 8 15.4 29 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.573354839 1.573354839 1 0 NA 0 0.845819121 0.845819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.42E-10 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 37735804 C G - - - - - - 32 0 0 70 8 11.4 25 14 56 34 13 38.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.164691244 1.164691244 1 2.398136236 1.054417763 2.274370103 2.738160207 0.912720069 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.8E-09 1 2.58E-26 1 1.03E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 38044551 G A - - - - - - 24 0 0 55 9 16.4 31 0 0 32 4 12.5 187 0 0 180 30 16.7 128 0 0 129 14 10.9 FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.675520737 1.675520737 1 0 NA 0 0.895994832 0.895994832 1 2 0 NA 0 0.781307494 0.781307494 1 NA NA 1 1 1.01E-11 5.97E-36 1 1 0.0000201 6.96E-15 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 42373475 A G PLA2G4D CCDS32203.1 r.? - - intronic 5 0 0 56 7 12.5 27 13 48.1 15 7 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.277073733 1.277073733 1 2.059827731 1.029913866 2 3.347436693 1.115812231 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 2.29E-23 1 4.85E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 42523303 A G TMEM87A CCDS32205.1 r.? - - intronic 49 0 0 80 6 7.5 42 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.76624424 0.76624424 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000342 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 42550091 T C TMEM87A CCDS32205.1 r.? - - intronic 40 0 0 52 12 23.1 34 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.360032258 1.180016129 2 0 NA 0 0.946170543 0.946170543 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.19E-17 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 43535143 G A TGM5 CCDS32212.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 19 27.9 25 0 0 30 4 13.3 192 0 0 220 27 12.3 112 0 0 126 13 10.3 FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.850428571 1.425214286 2 0 NA 0 0.953338501 0.953338501 1 1 0 NA 0 0.738299742 0.738299742 1 NA NA 1 1 5.06E-28 8.98E-29 1 1 0.0000154 1.23E-13 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 167689658 G A ODZ2 ENST00000388903 r.7667g>a c.7667G>A p.R2556H missense 2 0 0 65 10 15.4 29 0 0 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.573354839 1.573354839 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.36E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 43761952 T G TP53BP1 CCDS10096.1 r.? - - intronic 42 0 0 68 6 8.8 35 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.899059908 0.899059908 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 43797149 C T TP53BP1 CCDS10096.1 r.? - - intronic 22 0 0 41 5 12.2 32 0 0 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.246423963 1.246423963 1 0 NA 0 0.236542636 0.236542636 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000202 1 1 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 44922132 G T SPG11 CCDS10112.1 r.? - - intronic 17 0 0 52 7 13.5 25 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.379239631 1.379239631 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 45396073 C G DUOX2 CCDS10117.1 r.? - - intronic 38 0 0 60 10 16.7 26 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.706170507 1.706170507 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.86E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 46342527 T A - - - - - - 41 0 0 62 10 16.1 30 15 50 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.644870968 1.644870968 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 1.591286822 1.591286822 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 4.41E-27 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 46591862 C G - - - - - - 29 0 0 59 9 15.3 34 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.563138249 1.563138249 1 0 NA 0 1.060857881 1.060857881 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.96E-11 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 46880183 C T - - - - - - 4 0 0 49 9 18.4 26 0 0 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.879852535 0.939926267 2 0 NA 0 1.347576227 1.347576227 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.35E-12 1 1 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 47956148 C T - - - - - - 36 0 0 62 6 9.7 29 9 31 37 20 54.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.991009217 0.991009217 1 1.327539702 1.327539702 1 3.877865633 1.292621878 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 1.79E-14 1 1.4E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 49613862 G A GALK2 CCDS32236.1 r.? - - intronic 31 0 0 55 8 14.5 28 19 67.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.48140553 1.48140553 1 2.907740186 1.278481537 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.86E-10 1 1.26E-37 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 49775112 G C FGF7 CCDS10131.1 r.? - - intronic 46 0 0 81 10 12.3 24 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.256640553 1.256640553 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.33E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 50781420 G A USP8 CCDS10137.1 r.? - - intronic 39 0 0 54 7 13 23 14 60.9 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.328156682 1.328156682 1 2.607973156 1.146679317 2.274370103 1.161209302 1.161209302 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.13E-08 1 4.78E-27 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 53402634 T A - - - - - - 35 0 0 61 12 19.7 36 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.012668203 1.006334101 2 0 NA 0 0.774139535 0.774139535 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.39E-16 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 53566751 G A - - - - - - 46 0 0 61 6 9.8 31 16 51.6 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.001225806 1.001225806 1 2.209711246 0.971570653 2.274370103 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 4.27E-29 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 55095211 C T - - - - - - 31 0 0 72 9 12.5 27 15 55.6 34 17 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.277073733 1.277073733 1 2.381006691 1.046886207 2.274370103 3.583979328 1.194659776 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.25E-10 1 5.01E-28 1 1.64E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 55427898 C A - - - - - - 18 0 0 55 15 27.3 33 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.789129032 1.394564516 2 0 NA 0 1.326072351 1.326072351 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.01E-22 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 56220357 G A NEDD4 CCDS45265.1 r.? - - intronic 25 0 0 49 7 14.3 26 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.46097235 1.46097235 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 57055323 C T - - - - - - 54 0 0 65 5 7.7 26 13 50 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.786677419 0.786677419 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 2.630640827 0.876880276 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 1.2E-23 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 57249286 C G TCF12 CCDS10159.1 r.? - - intronic 28 0 0 61 8 13.1 29 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.338373272 1.338373272 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.09E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 58102934 G T - - - - - - 49 0 0 57 6 10.5 36 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.072741935 1.072741935 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 58538278 G C - - - - - - 28 0 0 48 7 14.6 22 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.49162212 1.49162212 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.81E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 59027927 C A ADAM10 CCDS10167.1 r.? - - intronic 37 0 0 56 5 8.9 39 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.909276498 0.909276498 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 60995459 A C RORA CCDS10177.1 r.? - - intronic 39 0 0 55 6 10.9 39 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.113608295 1.113608295 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 61695934 C T - - - - - - 22 0 0 75 6 8 32 16 50 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.817327189 0.817327189 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000234 1 8.51E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64190703 T C - - - - - - 26 0 0 62 11 17.7 36 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.808336406 0.904168203 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.96E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64696933 T G TRIP4 CCDS10194.1 r.? - - intronic 33 0 0 56 7 12.5 38 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.277073733 1.277073733 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 65030621 C G RBPMS2 CCDS32271.1 r.? - - downstream 3 0 0 63 9 14.3 23 10 43.5 24 8 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.46097235 1.46097235 1 1.862837969 0.931418984 2 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.62E-11 1 1.05E-17 1 2.68E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 66981552 G A - - - - - - 27 0 0 72 5 6.9 25 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.7049447 0.7049447 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 68370601 C A PIAS1 CCDS45290.1 r.? - - intronic 40 0 0 71 8 11.3 46 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.154474654 1.154474654 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.14E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 69401726 G C - - - - - - 47 0 0 68 8 11.8 39 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.205557604 1.205557604 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.21E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 70159622 T C - - - - - - 34 0 0 79 8 10.1 31 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.334875576 1.334875576 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.43E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 70378374 A T TLE3 CCDS45293.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 5 8.3 29 17 58.6 32 12 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.096976959 1.096976959 1 2.509478275 1.103372873 2.274370103 2.687984496 0.895994832 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000136 1 3.74E-32 1 5.03E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 70419964 C G - - - - - - 31 0 0 58 5 8.6 30 16 53.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.136626728 1.136626728 1 2.28251181 1.003579763 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000115 1 2.08E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 70694193 T G - - - - - - 38 0 0 66 10 15.2 27 16 59.3 36 15 41.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.008921659 1.004460829 2 2.539454978 1.116553095 2.274370103 2.98903876 0.996346253 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-12 1 1.89E-30 1 1.54E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 71793943 G A THSD4 CCDS10238.2 r.? - - intronic 40 0 0 74 7 9.5 31 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.255576037 1.255576037 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 72962338 C G GOLGA6B CCDS10245.2 r.? - - downstream 99 0 0 216 11 5.1 83 0 0 105 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.674046083 0.674046083 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.76E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 73793983 G A C15orf60 CCDS45296.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 14 28.6 23 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 3.7799447 0.944986175 4 0 NA 0 1.304568475 1.304568475 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.5E-21 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 75740156 C T SIN3A CCDS10279.1 r.? - - intronic 51 0 0 59 7 11.9 32 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.572774194 1.572774194 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 76178234 C G UBE2Q2 CCDS10286.1 r.? - - intronic 41 0 0 70 8 11.4 36 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.506691244 1.506691244 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.8E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 77215838 T G - - - - - - 40 0 0 67 6 9 33 26 78.8 28 11 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.189493088 1.189493088 1 3.374520275 1.483716423 2.274370103 2.817007752 0.939002584 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000012 1 6.15E-54 1 9.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 78204051 C T ENSG00000225033 ENST00000449104 r.? - - downstream 44 0 0 74 11 14.9 41 0 0 33 0 0 168 0 0 82 16 19.5 105 0 0 125 0 0 FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.969271889 0.984635945 2 0 NA 0 0 0 1 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1.53E-13 4.67E-21 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 78892427 T A CHRNA5 CCDS10304.1 r.? - - downstream 31 0 0 53 13 24.5 28 0 0 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 3.238064516 1.079354839 3 0 NA 0 0.537596899 0.537596899 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.53E-19 1 1 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 79570656 T G - - - - - - 45 0 0 55 4 7.3 30 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.96481106 0.96481106 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 79969852 C T - - - - - - 29 0 0 47 11 23.4 23 16 69.6 33 15 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 3.092682028 1.030894009 3 2.98054075 1.310490648 2.274370103 3.261421189 1.087140396 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.21E-16 1 3.62E-32 1 2.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 80240235 A C - - - - - - 9 0 0 64 13 20.3 30 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.682967742 0.894322581 3 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.26E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 81481943 A T - - - - - - 35 0 0 62 10 16.1 31 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.127870968 1.063935484 2 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.29E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 81938252 C T - - - - - - 21 0 0 55 12 21.8 24 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.88121659 0.96040553 3 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.78E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 82331590 G C MEX3B CCDS10319.1 r.? - - downstream 36 0 0 52 5 9.6 37 16 43.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.268792627 1.268792627 1 1.84999081 0.924995405 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000668 1 1.78E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 83282242 G C CPEB1 CCDS42072.1 r.? - - intronic 23 0 0 50 6 12 32 12 37.5 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.585990783 1.585990783 1 1.605894801 0.8029474 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000206 1 5.03E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 84800998 G A - - - - - - 48 0 0 65 11 16.9 37 17 45.9 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.233603687 1.116801843 2 1.965615236 0.982807618 2 1.992692506 0.996346253 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.41E-14 1 1.1E-29 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 85415946 G A ALPK3 CCDS10333.1 r.10150g>a c.? p.? 3'UTR variant 30 0 0 67 7 10.4 33 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.374525346 1.374525346 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 87207598 C T AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 46 0 0 65 20 30.8 30 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 4.070709677 1.017677419 4 0 NA 0 1.089529716 1.089529716 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.18E-30 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 87317629 T C - - - - - - 48 0 0 72 8 11.1 24 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.467041475 1.467041475 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 89256961 T C - - - - - - 37 0 0 65 23 35.4 32 0 0 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 4.678672811 1.169668203 4 0 NA 0 0.573436693 0.573436693 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.21E-36 1 1 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 89273253 G T - - - - - - 38 1 2.6 65 10 15.4 25 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.035354839 1.017677419 2 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0.173434892 1 1.36E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 89672301 C A ABHD2 CCDS10348.1 r.? - - intronic 52 0 0 72 11 15.3 34 20 58.8 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.022138249 1.011069124 2 2.518043048 1.107138651 2.274370103 2.687984496 0.895994832 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.12E-13 1 1.24E-37 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 90428035 C T AP3S2 CCDS10357.1 r.? - - intronic 10 0 0 65 16 24.6 27 0 0 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 3.251281106 1.083760369 3 0 NA 0 0.401405685 0.401405685 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.85E-23 1 1 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 90817680 C G NGRN CCDS32329.1 r.? - - downstream 23 0 0 54 9 16.7 34 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.207170507 1.103585253 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.48E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 92220293 G A - - - - - - 44 0 0 59 6 10.2 27 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.348092166 1.348092166 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 92502504 G T SLCO3A1 CCDS10371.1 r.? - - intronic 30 0 0 49 7 14.3 31 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.88997235 1.88997235 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 93243969 G C - - - - - - 41 0 0 83 22 26.5 27 0 0 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 3.502396313 0.875599078 4 0 NA 0 0.508925065 0.508925065 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.23E-31 1 1 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 93513483 G A CHD2 CCDS10374.2 r.? - - intronic 28 0 0 64 6 9.4 36 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.242359447 1.242359447 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 93756006 C T - - - - - - 31 0 0 77 9 11.7 33 21 63.6 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.546341014 1.546341014 1 2.723597582 1.197517316 2.274370103 1.791989664 1.791989664 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.32E-10 1 1.6E-40 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 96717234 G T - - - - - - 55 0 0 69 7 10.1 36 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.334875576 1.334875576 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 97046568 A G - - - - - - 49 0 0 57 5 8.8 37 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.163059908 1.163059908 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 97394686 G A - - - - - - 35 0 0 52 9 17.3 27 0 0 34 0 0 242 0 0 186 33 17.7 161 0 0 170 0 0 FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.286470046 1.143235023 2 0 NA 0 0 0 1 2 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 5.92E-12 2.43E-40 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 97676493 A G - - - - - - 31 0 0 71 13 18.3 36 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.418635945 0.806211982 3 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.42E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 97844892 G C - - - - - - 30 0 0 47 8 17 33 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.246820276 1.123410138 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 98202597 T C - - - - - - 37 0 0 56 7 12.5 21 11 52.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.652073733 1.652073733 1 2.243970335 0.986633764 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.46E-08 1 1.64E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 98238071 G C - - - - - - 14 0 0 65 4 6.2 34 17 50 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.819428571 0.819428571 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000331785 1 1.64E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 99841767 T G LRRC28 CCDS10380.1 r.? - - intronic 51 0 0 74 9 12.2 38 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 1.490423963 1.490423963 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.61E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 101603994 T G LRRK1 CCDS42086.1 r.? - - intronic 10 0 0 72 5 6.9 40 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 0.8429447 0.8429447 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 101712568 G T CHSY1 ENST00000254190 r.? - - downstream 20 0 0 61 6 9.8 39 21 53.8 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 1.197225806 1.197225806 1 3.317445834 1.105815278 3 1.361912145 1.361912145 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000685 1 2.73E-38 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 102434106 G C - - - - - - 5 0 0 15 3 20 16 0 0 8 1 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 2.443317972 2.443317972 1 0 NA 0 0.895994832 0.895994832 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000544 1 1 1 0.039306956 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 102506207 C A WASH1 ENST00000423286 r.? - - intronic 25 0 0 181 21 11.6 138 10 7.2 106 10 9.4 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.35E-22 1 2.7E-09 1 2.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 917072 C T LMF1 CCDS45373.1 r.? - - intronic 22 0 0 58 9 15.5 36 12 33.3 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.738571429 1.738571429 1 2.000669339 1.000334669 2 2.115609819 1.05780491 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.67E-11 1 2.73E-19 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 2002792 T C RPL3L CCDS10450.1 r.? - - intronic 3 0 0 70 7 10 42 4 9.5 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0.570761523 0.570761523 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.11E-08 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 4161720 C T ADCY9 CCDS32382.1 r.? - - intronic 45 0 0 76 11 14.5 38 15 39.5 36 16 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 2.373166333 1.186583166 2 2.738573643 1.369286822 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.08E-13 1 4.24E-25 1 1.01E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 4583914 G C C16orf5 CCDS42114.1 r.? - - intronic 22 0 0 51 11 21.6 29 12 41.4 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42278341 1.211391705 2 2.487318637 1.243659319 2 2.134113695 1.067056848 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.94E-15 1 1.17E-20 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 5446566 T G - - - - - - 34 0 0 68 7 10.3 48 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 5529632 C A - - - - - - 13 0 0 53 8 15.1 34 10 29.4 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.693705069 1.693705069 1 1.766356713 0.883178357 2 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.83E-10 1 1.15E-15 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 5532677 A G - - - - - - 34 0 0 70 15 21.4 38 15 39.5 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.40035023 1.200175115 2 2.373166333 1.186583166 2 1.831883721 0.91594186 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.7E-20 1 4.24E-25 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6063680 C T - - - - - - 42 0 0 58 7 12.1 30 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357207373 1.357207373 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.88E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6180037 C G - - - - - - 45 0 0 83 15 18.1 39 14 35.9 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.030202765 1.015101382 2 2.156877756 1.078438878 2 1.504981912 1.504981912 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.7E-19 1 8.19E-23 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6501745 A G - - - - - - 34 0 0 67 6 9 30 4 13.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.009493088 1.009493088 1 0.799066132 0.799066132 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000012 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6546198 C T - - - - - - 39 0 0 65 12 18.5 42 17 40.5 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 2.433246493 1.216623246 2 1.085560724 1.085560724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.7E-16 1 1.73E-28 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6559523 G T - - - - - - 47 0 0 76 14 18.4 45 15 33.3 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.063852535 1.031926267 2 2.000669339 1.000334669 2 1.289103359 1.289103359 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.14E-18 1 9.14E-24 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6587430 A T - - - - - - 45 0 0 62 5 8.1 44 15 34.1 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 2.048733467 1.024366733 2 0.160366925 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000016 1 6.12E-24 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6634302 A G - - - - - - 42 0 0 70 8 11.4 41 5 12.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278691244 1.278691244 1 0.732977956 0.732977956 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.8E-09 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6667537 A C - - - - - - 31 0 0 72 4 5.6 46 7 15.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.628129032 0.628129032 1 0.913218437 0.913218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000490365 1 3.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6758126 C T - - - - - - 45 0 0 69 8 11.6 49 7 14.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301124424 1.301124424 1 0.859146293 0.859146293 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.49E-09 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6877072 G A - - - - - - 39 0 0 71 10 14.1 40 8 20 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.581539171 1.581539171 1 1.201603206 1.201603206 1 0.96220155 0.96220155 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.42E-12 1 2.61E-11 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6921800 G A - - - - - - 47 0 0 34 6 17.6 43 6 14 25 5 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 1.974119816 1 0.841122244 0.841122244 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.86E-08 1 8.13E-08 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6993666 G A - - - - - - 16 0 0 56 15 26.8 39 17 43.6 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.006046083 1.503023041 2 2.61949499 1.309747495 2 1.369286822 1.369286822 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.09E-22 1 3.51E-29 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 7925906 C A - - - - - - 37 0 0 82 11 13.4 41 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.503023041 1.503023041 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.94E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 8445498 A G - - - - - - 45 0 0 66 8 12.1 39 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357207373 1.357207373 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.73E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 8899231 T C PMM2 CCDS10536.1 r.? - - intronic 17 0 0 59 7 11.9 45 8 17.8 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334774194 1.334774194 1 1.069426854 1.069426854 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.12E-08 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 9236421 C T - - - - - - 23 0 0 57 5 8.8 49 9 18.4 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 1.10547495 1.10547495 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 10370537 A T - - - - - - 35 0 0 71 6 8.5 42 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000169 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 12841207 T G CPPED1 CCDS42120.1 r.? - - intronic 29 0 0 54 5 9.3 43 15 34.9 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043142857 1.043142857 1 2.096797595 1.048398798 2 1.782540052 0.891270026 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000806 1 4.05E-24 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 14114197 G T - - - - - - 35 0 0 65 6 9.2 39 10 25.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031926267 1.031926267 1 1.538052104 1.538052104 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000001 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 15116710 T G PDXDC1 CCDS32393.1 r.? - - intronic 77 0 0 143 7 4.9 103 0 0 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.549612903 0.549612903 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000902 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 15571076 A G C16orf45 CCDS10561.1 r.? - - intronic 45 0 0 54 12 22.2 39 16 41 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.490082949 1.245041475 2 2.463286573 1.231643287 2 0.814170543 0.814170543 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.9E-17 1 5.16E-27 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 17048015 T C - - - - - - 42 0 0 73 11 15.1 42 15 35.7 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.693705069 0.846852535 2 2.144861723 1.072430862 2 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.31E-13 1 2.65E-24 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 17223250 C T XYLT1 CCDS10569.1 r.? - - intronic 18 0 0 50 11 22 37 19 51.4 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.46764977 1.233824885 2 3.08812024 1.54406012 2 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.52E-15 1 3.09E-34 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 17304322 T C XYLT1 CCDS10569.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 8 15.1 45 17 37.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.693705069 1.693705069 1 2.27103006 1.13551503 2 0.542780362 0.542780362 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.83E-10 1 7.37E-28 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 17414045 G T XYLT1 CCDS10569.1 r.? - - intronic 49 0 0 72 12 16.7 42 12 28.6 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 1.718292585 0.859146293 2 1.850387597 0.925193798 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.84E-15 1 2.35E-18 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 18166685 A G - - - - - - 29 0 0 65 5 7.7 37 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.863677419 0.863677419 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 19744469 T A IQCK CCDS10580.1 r.? - - intronic 29 0 0 61 9 14.8 38 13 34.2 33 14 42.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 2.054741483 1.027370741 2 2.61521447 1.307607235 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.68E-11 1 5.88E-21 1 4.57E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 23195013 C T SCNN1G CCDS10608.1 r.? - - intronic 29 0 0 72 5 6.9 43 4 9.3 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7739447 0.7739447 1 0.558745491 0.558745491 1 0.22821447 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000331 1 0.000066 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24139300 T C PRKCB CCDS10619.1 r.? - - intronic 31 0 0 66 9 13.6 41 5 12.2 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 0.732977956 0.732977956 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.59E-11 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24255678 A C - - - - - - 40 0 0 75 8 10.7 42 3 7.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.200175115 1.200175115 1 0.426569138 0.426569138 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.89E-09 1 0.001240292 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24514859 G T - - - - - - 42 0 0 67 7 10.4 47 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.166525346 1.166525346 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24690087 G A - - - - - - 29 0 0 62 10 16.1 42 18 42.9 29 16 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.805870968 0.902935484 2 2.577438878 1.288719439 2 3.404713178 1.702356589 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.29E-13 1 1.2E-30 1 9.74E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24926971 C T ARHGAP17 CCDS32409.1 r.? - - downstream 11 0 0 60 5 8.3 34 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25038589 T A AC133552.2 ENST00000500975 r.? - - downstream 48 0 0 78 14 17.9 62 20 32.3 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.007769585 1.003884793 2 1.940589178 0.970294589 2 1.356950904 1.356950904 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.63E-18 1 7.19E-31 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25182593 G T LCMT1 CCDS45445.1 r.? - - intronic 29 0 0 57 14 24.6 45 18 40 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.759281106 1.379640553 2 2.403206413 1.201603206 2 0.684643411 0.684643411 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.84E-20 1 5.76E-30 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25260186 A T ZKSCAN2 CCDS32410.1 r.? - - intronic 36 0 0 86 11 12.8 41 12 29.3 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.435723502 1.435723502 1 1.760348697 0.880174349 2 1.461806202 1.461806202 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.47E-13 1 1.69E-18 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25604415 A G - - - - - - 35 0 0 72 6 8.3 46 8 17.4 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 1.04539479 1.04539479 1 1.33227907 1.33227907 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000184 1 8.61E-11 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25604424 A G - - - - - - 33 0 0 79 7 8.9 46 6 13 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 0.781042084 0.781042084 1 1.33227907 1.33227907 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000165 1 0.000000123 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25619822 C T - - - - - - 39 0 0 49 15 30.6 42 7 16.7 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.432276498 1.716138249 2 1.003338677 1.003338677 1 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.1E-23 1 1.81E-09 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25620165 A T - - - - - - 34 0 0 56 12 21.4 22 3 13.6 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.40035023 1.200175115 2 0.81709018 0.81709018 1 1.727028424 1.727028424 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.11E-16 1 0.000179267 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26200311 C T - - - - - - 36 0 0 74 5 6.8 44 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000378 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26318507 A G - - - - - - 47 0 0 63 8 12.7 34 9 26.5 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 1.592124248 1.592124248 1 0.814170543 0.814170543 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.18E-09 1 9.15E-14 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26549450 G A - - - - - - 13 0 0 76 7 9.2 36 2 5.6 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031926267 1.031926267 1 0.336448898 0.336448898 1 0.400917313 0.400917313 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000126 1 0.014070883 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26637451 G C - - - - - - 34 0 0 74 22 29.7 33 14 42.4 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.331327189 1.665663594 2 2.547398798 1.273699399 2 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.78E-33 1 4.57E-24 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26695133 T G - - - - - - 43 0 0 69 17 24.6 39 16 41 26 14 53.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.759281106 1.379640553 2 2.463286573 1.231643287 2 3.318361757 1.659180879 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.56E-24 1 5.16E-27 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26729968 A G - - - - - - 34 0 0 75 14 18.7 35 12 34.3 48 19 39.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.097502304 1.048751152 2 2.060749499 1.030374749 2 2.442511628 1.221255814 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.57E-18 1 1.83E-19 1 1.92E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26818953 A T - - - - - - 48 0 0 55 11 20 35 16 45.7 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.243317972 1.121658986 2 2.745663327 1.372831663 2 0.604459948 0.604459948 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.77E-15 1 5.66E-28 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 27722090 A G KIAA0556 CCDS32415.1 r.? - - intronic 46 0 0 66 6 9.1 48 13 27.1 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020709677 1.020709677 1 1.628172345 0.814086172 2 1.122568475 1.122568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000011 1 2E-19 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 28177368 G T XPO6 CCDS42135.1 r.? - - intronic 41 0 0 74 4 5.4 40 9 22.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.605695853 0.605695853 1 1.351803607 1.351803607 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00054411 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 29022417 A T - - - - - - 9 0 0 62 7 11.3 38 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 29707316 C T QPRT CCDS10651.1 r.? - - intronic 30 0 0 55 10 18.2 48 17 35.4 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041419355 1.020709677 2 2.126837675 1.063418838 2 0.456428941 0.456428941 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.33E-13 1 2.8E-27 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 30267309 G T ENSG00000198064 ENST00000420114 r.? - - intronic 9 0 0 17 3 17.6 15 5 33.3 15 2 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 1.974119816 1 2.000669339 2.000669339 1 0.953338501 0.953338501 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000807 1 0.000000009 1 0.002513772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 30899388 G T MIR762 CCDS10693.1 r.? - - intronic 3 0 0 51 6 11.8 32 4 12.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323557604 1.323557604 1 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 32159215 T G - - - - - - 56 0 0 83 6 7.2 67 8 11.9 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.80759447 0.80759447 1 0.714953908 0.714953908 1 1.576950904 1.576950904 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000424 1 1.96E-09 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 32430916 T C - - - - - - 84 0 0 135 7 5.2 90 3 3.3 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.583262673 0.583262673 1 0.198264529 0.198264529 1 0.738299742 0.738299742 1 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000619 1 0.01062894 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 32448405 A G - - - - - - 88 0 0 164 11 6.7 100 4 4 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 0.240320641 0.240320641 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 9.94E-10 1 0.001673268 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 33302594 A T - - - - - - 67 0 0 98 6 6.1 86 2 2.3 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684211982 0.684211982 1 0.138184369 0.138184369 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000111 1 0.069370687 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 33489018 A G - - - - - - 86 0 0 124 10 8.1 77 11 14.3 85 16 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 0.859146293 0.859146293 1 1.347576227 1.347576227 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.49E-10 1 2.41E-13 1 8.67E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 33605265 C G - - - - - - 61 0 0 145 7 4.8 90 7 7.8 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.538396313 0.538396313 1 0.468625251 0.468625251 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000988 1 0.000000406 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 34340890 G A - - - - - - 34 0 0 60 7 11.7 37 11 29.7 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 1.784380762 0.892190381 2 1.261560724 1.261560724 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.39E-08 1 3.7E-17 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 34665465 C G - - - - - - 47 0 0 74 10 13.5 52 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.514239631 1.514239631 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.24E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 46491873 T G - - - - - - 144 0 0 248 13 5.2 114 3 2.6 164 2 1.2 2 0 0 3 0 0 4 0 0 5 0 0 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.583262673 0.583262673 1 0.156208417 0.156208417 1 0.086015504 0.086015504 1 1 0 0 1 0 0 1 5 NA 1 1 6.42E-10 1 0.019926248 1 0.198250328 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 47251306 T C ITFG1 CCDS10728.1 r.? - - intronic 44 0 0 67 12 17.9 49 12 24.5 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.007769585 1.003884793 2 1.471963928 1.471963928 1 2.687984496 1.343992248 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-15 1 1.9E-17 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 47806612 A T - - - - - - 38 0 0 77 14 18.2 50 13 26 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041419355 1.020709677 2 1.562084168 1.562084168 1 2.100211886 1.050105943 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.82E-18 1 3.65E-19 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 48128223 A G ABCC12 CCDS10730.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 6 8.8 34 10 29.4 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 1.766356713 0.883178357 2 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000131 1 1.15E-15 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 49288886 G C - - - - - - 42 0 0 59 11 18.6 39 5 12.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.086285714 1.043142857 2 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.1E-14 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 49505397 C A - - - - - - 26 0 0 73 16 21.9 38 11 28.9 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.45643318 1.22821659 2 1.736316633 0.868158317 2 2.265074935 1.132537468 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.15E-22 1 5.19E-17 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 49875812 C T - - - - - - 14 0 0 65 14 21.5 35 12 34.3 21 9 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.41156682 1.20578341 2 2.060749499 1.030374749 2 3.075054264 1.537527132 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.93E-19 1 1.83E-19 1 5.44E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 49933478 G T - - - - - - 20 0 0 62 6 9.7 36 15 41.7 41 17 41.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 2.505342685 1.252671343 2 2.974702842 1.487351421 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 1.54E-25 1 1.03E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 118880180 T A PLN CCDS5120.1 r.288u>a c.96T>A p.F32L missense 31 0 0 57 4 7 33 0 0 33 0 0 138 0 0 91 6 6.6 184 0 0 158 0 0 FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.78516129 0.78516129 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000199821 0.00000724 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 16 52280982 A C - - - - - - 45 0 0 67 7 10.4 43 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.166525346 1.166525346 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 52677814 A G - - - - - - 51 0 0 78 15 19.2 48 16 33.3 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.153585253 1.076792627 2 2.000669339 1.000334669 2 1.498103359 1.498103359 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.92E-20 1 2.96E-25 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 54533238 A C ENSG00000227093 ENST00000449142 r.? - - intronic 18 0 0 55 4 7.3 34 10 29.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.81881106 0.81881106 1 1.766356713 0.883178357 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000173903 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 55328950 G T - - - - - - 35 0 0 64 6 9.4 44 7 15.9 37 8 21.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 0.955274549 0.955274549 1 1.54827907 1.54827907 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000914 1 2.55E-09 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 55504838 G C - - - - - - 14 0 0 57 7 12.3 40 2 5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379640553 1.379640553 1 0.300400802 0.300400802 1 0.967674419 0.967674419 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-08 1 0.017193422 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 56522884 G A BBS2 CCDS32451.1 r.? - - intronic 44 0 0 72 12 16.7 41 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.84E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 56714266 C A MT1X CCDS10768.1 r.? - - upstream 43 0 0 62 10 16.1 40 9 22.5 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.805870968 0.902935484 2 1.351803607 1.351803607 1 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 4.64E-13 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 58426731 A T GINS3 CCDS45498.1 r.? - - intronic 3 0 0 43 6 14 46 12 26.1 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.570322581 1.570322581 1 1.568092184 1.568092184 1 2.322418605 1.161209302 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.13E-08 1 8.12E-18 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 59462734 C T - - - - - - 35 0 0 88 7 8 47 9 19.1 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.897327189 0.897327189 1 1.147531062 1.147531062 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000348 1 2.24E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 59951060 A G AC009094.1 ENST00000500445 r.? - - intronic 47 0 0 63 14 22.2 29 7 24.1 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.490082949 1.245041475 2 1.447931864 1.447931864 1 1.713142119 0.856571059 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.81E-19 1 1.11E-10 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 59974336 C T AC009094.1 ENST00000500445 r.? - - intronic 48 0 0 60 6 10 35 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61091527 T G - - - - - - 43 0 0 77 6 7.8 34 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000273 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61736410 T A CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 25 0 0 50 6 12 26 3 11.5 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.345990783 1.345990783 1 0.690921844 0.690921844 1 0.150527132 0.150527132 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000206 1 0.000298167 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61968901 T C CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 42 0 0 83 17 20.5 40 10 25 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.299400922 1.149700461 2 1.502004008 1.502004008 1 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-22 1 7.22E-15 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62051182 G C CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 54 0 0 58 5 8.6 39 6 15.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0.925234469 0.925234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000115 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62525795 G A - - - - - - 36 0 0 58 6 10.3 41 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62589062 G C - - - - - - 44 0 0 71 5 7 31 3 9.7 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 0.582777555 0.582777555 1 0.551932817 0.551932817 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000309 1 0.000505952 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62602552 T A - - - - - - 38 0 0 71 5 7 41 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000309 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63059687 C A - - - - - - 44 0 0 67 6 9 36 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.009493088 1.009493088 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63164268 A G - - - - - - 35 0 0 61 5 8.2 37 6 16.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000147 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 64047529 G A - - - - - - 53 0 0 81 7 8.6 42 5 11.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000197 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 64258053 T A - - - - - - 37 0 0 81 7 8.6 40 3 7.5 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0.450601202 0.450601202 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000197 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 64334379 C A - - - - - - 49 0 0 59 14 23.7 55 20 36.4 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.658331797 1.329165899 2 2.186917836 1.093458918 2 1.863669251 0.931834625 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-20 1 4.08E-32 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 64825739 C G - - - - - - 25 0 0 66 9 13.6 34 5 14.7 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 0.883178357 0.883178357 1 0.931834625 0.931834625 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.59E-11 1 0.000000771 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 67510170 A G ATP6V0D1 CCDS10838.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 8 12.9 42 16 38.1 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446940092 1.446940092 1 2.289054108 1.144527054 2 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-09 1 2.25E-26 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 68525193 G T - - - - - - 13 0 0 52 7 13.5 43 7 16.3 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.514239631 1.514239631 1 0.979306613 0.979306613 1 1.154041344 1.154041344 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.58E-09 1 2.15E-09 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 69004137 G A TMCO7 CCDS45516.1 r.? - - intronic 38 0 0 69 6 8.7 40 12 30 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.975843318 0.975843318 1 1.80240481 0.901202405 2 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 1.2E-18 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 69295386 T G SNTB2 CCDS10873.1 r.? - - intronic 40 0 0 58 11 19 32 9 28.1 46 19 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131152074 1.065576037 2 1.688252505 1.688252505 1 2.960366925 1.480183463 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 4.94E-14 1 6.97E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 70019178 C G ENSG00000226232 ENST00000437824 r.? - - intronic 40 0 0 68 5 7.4 47 8 17 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.83002765 0.83002765 1 1.021362725 1.021362725 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000251 1 1.03E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 70838079 T C HYDIN2 CCDS42189.1 r.? - - downstream 44 0 0 57 12 21.1 36 12 33.3 44 11 25 239 0 0 185 23 12.4 269 105 39 165 41 24.8 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.366700461 1.18335023 2 2.000669339 1.000334669 2 1.791989664 0.895994832 2 1 2.343126253 1.171563126 2 1.777653747 0.888826873 2 6 5 1 1 1.4E-16 7.1E-25 2.73E-19 7.58E-166 3.22E-16 2.67E-56 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 16 70967106 C T HYDIN2 CCDS42189.1 r.? - - intronic 47 0 0 99 6 6.1 82 5 6.1 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684211982 0.684211982 1 0.366488978 0.366488978 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000118 1 0.0000619 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 71106766 C T HYDIN2 CCDS42189.1 r.? - - intronic 74 0 0 152 8 5.3 86 5 5.8 93 9 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.594479263 0.594479263 1 0.34846493 0.34846493 1 0.69529199 0.69529199 1 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000121 1 0.0000777 1 1.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 71770207 G C AP1G1 CCDS32480.1 r.? - - intronic 13 0 0 47 6 12.8 26 9 34.6 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.435723502 1.435723502 1 2.078773547 1.039386774 2 0.494589147 0.494589147 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000141 1 5.65E-15 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 72044208 T A DHODH CCDS42192.1 r.? - - intronic 52 0 0 59 5 8.5 47 17 36.2 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 2.174901804 1.087450902 2 1.999860465 0.999930233 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 1.81E-27 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 72190474 G A PMFBP1 CCDS32483.1 r.? - - intronic 12 0 0 59 12 20.3 32 12 37.5 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.276967742 1.138483871 2 2.253006012 1.126503006 2 2.007028424 1.003514212 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.2E-16 1 5.03E-20 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 72308313 T A - - - - - - 21 0 0 64 4 6.2 44 2 4.5 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0.270360721 0.270360721 1 0.207870801 0.207870801 1 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000312605 1 0.020580492 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 73512226 G A - - - - - - 16 0 0 50 14 28 45 10 22.2 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.140645161 1.570322581 2 1.333779559 1.333779559 1 1.555447028 1.555447028 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.84E-21 1 2.66E-14 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 73673702 A G - - - - - - 40 0 0 77 12 15.6 55 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 0.874894009 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 6.64E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76161688 A G - - - - - - 32 0 0 60 7 11.7 42 14 33.3 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 2.000669339 1.000334669 2 1.569782946 1.569782946 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.39E-08 1 2.83E-22 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76324687 C T CNTNAP4 ENST00000307431 r.? - - intronic 50 0 0 72 10 13.9 39 4 10.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559105991 1.559105991 1 0.618825651 0.618825651 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.95E-12 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76523879 G C CNTNAP4 ENST00000307431 r.? - - intronic 39 0 0 73 7 9.6 44 11 25 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.076792627 1.076792627 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 9.54E-08 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76834371 C T - - - - - - 40 0 0 72 15 20.8 46 4 8.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.333050691 1.166525346 2 0.522697395 0.522697395 1 0 0 1 1 6.008016032 6.008016032 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.7E-20 1 0.0000862 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76834383 A G - - - - - - 40 0 0 74 13 17.6 45 5 11.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 0.987059908 2 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 1 6.008016032 6.008016032 1 NA NA 1 4 NA 1 1 9.62E-17 1 0.00000323 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 77610824 T C - - - - - - 39 0 0 67 8 11.9 36 6 16.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334774194 1.334774194 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.96E-09 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 78992417 G T WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 54 0 0 58 6 10.3 49 7 14.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 79157257 C G WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 38 0 0 80 7 8.8 46 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000018 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 80401019 A C - - - - - - 43 0 0 70 9 12.9 45 12 26.7 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446940092 1.446940092 1 1.604140281 1.604140281 1 1.748981912 0.874490956 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.65E-11 1 6.03E-18 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 80428516 T C - - - - - - 37 0 0 63 12 19 38 8 21.1 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131152074 1.065576037 2 1.267691383 1.267691383 1 1.65579845 1.65579845 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.15E-16 1 1.67E-11 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 82467577 C A - - - - - - 43 0 0 67 17 25.4 41 17 41.5 35 13 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.849013825 1.424506912 2 2.493326653 1.246663327 2 2.659312661 1.329656331 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.03E-24 1 1.03E-28 1 1.63E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83164342 G A CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 36 0 0 71 15 21.1 35 9 25.7 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.366700461 1.18335023 2 1.54406012 1.54406012 1 1.748981912 0.874490956 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.15E-20 1 1.23E-13 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83278579 G A CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 41 0 0 68 10 14.7 39 14 35.9 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.64883871 1.64883871 1 2.156877756 1.078438878 2 1.591286822 1.591286822 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.18E-12 1 8.19E-23 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83430534 G A CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 25 0 0 66 13 19.7 37 16 43.2 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.209668203 1.104834101 2 2.595462926 1.297731463 2 2.609136951 1.304568475 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.95E-17 1 1.78E-27 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83884383 C T ENSG00000229561 ENST00000412414 r.? - - intronic 23 0 0 64 17 26.6 43 17 39.5 43 12 27.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.983612903 1.491806452 2 2.373166333 1.186583166 2 1.999860465 0.999930233 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.43E-25 1 2.84E-28 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 84176566 C T HSDL1 CCDS10942.1 r.? - - intronic 39 0 0 71 6 8.5 34 7 20.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.237651303 1.237651303 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000169 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 85549923 G T - - - - - - 8 0 0 37 8 21.6 27 4 14.8 28 7 25 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42278341 1.211391705 2 0.889186373 0.889186373 1 1.791989664 1.791989664 1 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.33E-11 1 0.00001 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 86716151 C T - - - - - - 2 0 0 67 8 11.9 34 13 38.2 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334774194 1.334774194 1 2.295062124 1.147531062 2 2.322418605 1.161209302 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 1.03E-21 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 86941436 G C - - - - - - 45 0 0 74 8 10.8 33 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.211391705 1.211391705 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 4.39E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 31378489 T G NEUROD6 CCDS5434.1 r.717a>c c.394A>C p.K132Q missense 25 0 0 78 5 6.4 41 7 17.1 36 1 2.8 263 0 0 324 26 8 249 44 17.7 172 0 0 FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.717861751 0.717861751 1 1.027370741 1.027370741 1 0.172702842 NA 0 1 1.063418838 1.063418838 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000487 5.89E-23 1.51E-09 3.73E-53 0.165106833 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 2973772 G A - - - - - - 24 0 0 48 9 18.8 24 8 33.3 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.484718894 0.828239631 3 1.334669339 1.334669339 1 1.447028424 1.447028424 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.75E-12 1 2.68E-13 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 4134763 G C ANKFY1 CCDS42236.1 r.? - - intronic 24 0 0 71 24 33.8 27 14 51.9 26 14 53.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.467207373 0.893441475 5 2.080160321 1.04008016 2 2.780361757 1.390180879 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.52E-37 1 1.15E-25 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 6226128 G A - - - - - - 33 0 0 51 15 29.4 26 13 50 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.885677419 0.971419355 4 2.004008016 1.002004008 2 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.22E-23 1 1.2E-23 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55224515 G C EGFR CCDS5514.1 r.1374g>c c.1197G>C p.K399N missense 38 0 0 248 12 4.8 261 0 0 1333 1 0.1 187 0 0 593 17 2.9 1312 2 0.2 5814 10 0.2 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.650396313 0.883465438 3 0 NA 0 0.082167959 NA 0 2 0.070016032 NA 0 0.164335917 NA 0 NA NA 1 1 7.09E-09 1.56E-08 1 0.989424685 0.998746378 0.999986717 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 9186455 G A STX8 CCDS32565.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 18 30.5 33 10 30.3 32 17 53.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.031059908 1.007764977 4 1.214428858 1.214428858 1 2.744186047 1.372093023 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.03E-27 1 8.14E-16 1 4.02E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 10185027 C T - - - - - - 53 0 0 62 9 14.5 35 11 31.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.91640553 0.958202765 2 1.258517034 1.258517034 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 3.12E-11 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 10934315 C A - - - - - - 6 0 0 54 6 11.1 25 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.467041475 1.467041475 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 12330707 A T - - - - - - 39 0 0 64 6 9.4 34 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.242359447 1.242359447 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 15011777 C T - - - - - - 21 0 0 64 7 10.9 26 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.440608295 1.440608295 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 15178781 G A - - - - - - 31 0 0 58 17 29.3 14 7 50 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.872460829 0.968115207 4 2.004008016 1.002004008 2 1.720930233 1.720930233 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.24E-25 1 2.6E-13 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 15833034 C T - - - - - - 45 0 0 85 14 16.5 27 7 25.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.180737327 1.090368664 2 1.038076152 1.038076152 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.66E-17 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 16724840 T C - - - - - - 4 0 0 112 14 12.5 49 5 10.2 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.652073733 0.826036866 2 0.408817635 0.408817635 1 0.366925065 0.366925065 1 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 9.28E-16 1 0.00000496 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 17755160 G C TOM1L2 CCDS42270.1 r.? - - intronic 22 0 0 61 9 14.8 31 10 32.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.9560553 0.97802765 2 1.294589178 1.294589178 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.68E-11 1 3.94E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55224516 G A EGFR CCDS5514.1 r.1375g>a c.1198G>A p.E400K missense 38 0 0 248 13 5.2 257 0 0 1339 2 0.1 189 0 0 590 15 2.5 1325 0 0 5827 14 0.2 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.871262673 0.957087558 3 0 NA 0 0.082167959 NA 0 1 0 NA 0 0.164335917 NA 0 NA NA 1 1 6.42E-10 0.000000486 1 1 0.990598257 0.999341378 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 20494263 T C - - - - - - 31 0 0 64 5 7.8 27 6 22.2 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 0.889779559 0.889779559 1 1.658914729 1.658914729 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000186 1 4.23E-09 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 21556731 C T - - - - - - 77 0 0 197 11 5.6 88 18 20.5 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.516129032 0.516129032 1 0.821643287 0.821643287 1 0.811369509 0.811369509 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.81E-09 1 6.62E-24 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 21861106 G T - - - - - - 36 0 0 45 5 11.1 21 5 23.8 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 0.953907816 0.953907816 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 5.95E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 22030766 T C - - - - - - 53 0 0 47 9 19.1 22 10 45.5 16 8 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.760368664 1.760368664 1 1.823647295 0.911823647 2 2.583979328 1.291989664 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.24E-12 1 5.98E-18 1 4.85E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071465 C G - - - - - - 35 0 0 62 8 12.9 31 1 3.2 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.188940092 1.188940092 1 0.184421401 0.184421401 1 1.397751938 1.397751938 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.04E-09 1 0.143917729 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071475 C T - - - - - - 38 0 0 56 8 14.3 34 1 2.9 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.31797235 1.31797235 1 0.167131894 0.167131894 1 1.397751938 1.397751938 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.48E-10 1 0.156694864 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071627 C T - - - - - - 29 0 0 72 8 11.1 47 5 10.6 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.023041475 1.023041475 1 0.61089589 0.61089589 1 1.576950904 1.576950904 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.52E-09 1 0.00000402 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26072188 C T - - - - - - 25 0 0 63 8 12.7 36 9 25 36 9 25 121 0 0 79 4 5.1 123 22 17.9 132 27 20.5 TRUE TRUE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.170506912 1.170506912 1 1.440792193 1.440792193 1 1.791989664 0.895994832 2 1 1.03160721 1.03160721 1 1.469431525 0.734715762 2 6 5 1 1 1.18E-09 0.000696582 1.63E-13 1.68E-27 1.63E-13 4.26E-35 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 26072201 C T - - - - - - 23 0 0 64 8 12.5 31 10 32.3 42 9 21.4 98 1 1 61 4 6.6 106 15 14.2 120 23 19.2 TRUE TRUE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.152073733 1.152073733 1 1.861503513 1.060593458 1.755152738 1.533943152 1.533943152 1 1 0.818369965 0.818369965 1 1.376248062 1.376248062 1 6 5 1 0.388126122 1.35E-09 0.000259828 3.94E-16 1.29E-17 7.51E-13 2.01E-29 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 26088097 G C NOS2 CCDS11223.1 r.? - - intronic 2 0 0 66 7 10.6 25 6 24 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.976958525 0.976958525 1 1.383160505 1.383160505 1 1.433591731 1.433591731 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000047 1 2.55E-09 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26180065 C T - - - - - - 45 0 0 56 5 8.9 30 7 23.3 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.820276498 0.820276498 1 1.342818324 1.342818324 1 1.791989664 0.895994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 1.44E-10 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26180733 C T - - - - - - 38 0 0 45 7 15.6 36 8 22.2 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.437788018 1.437788018 1 1.279423467 1.279423467 1 1.791989664 0.895994832 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000003 1 1.04E-11 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26181451 C T - - - - - - 29 0 0 60 5 8.3 38 9 23.7 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.764976959 0.764976959 1 1.365870999 1.365870999 1 1.54827907 1.54827907 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000136 1 2.79E-13 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26184724 C T - - - - - - 36 0 0 52 6 11.5 31 5 16.1 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.059907834 1.059907834 1 0.927870172 0.927870172 1 2.50878553 1.254392765 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000261 1 0.000000476 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26189231 C T - - - - - - 36 0 0 65 15 23.1 31 7 22.6 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 2.129032258 1.064516129 2 1.302476142 1.302476142 1 1.612790698 1.612790698 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5E-21 1 1.85E-10 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 27449619 C T MYO18A CCDS45642.1 r.? - - intronic 12 0 0 71 10 14.1 29 3 10.3 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.755152738 NA 2 2 NA 0 1 NA 1 0.244847262 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.299539171 1.299539171 1 0.593606383 0.593606383 1 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.42E-12 1 0.000414371 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 27449862 C T MYO18A CCDS45642.1 r.? - - intronic 1 0 0 51 6 11.8 27 3 11.1 31 6 19.4 3 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 3.755152738 NA 2 2 NA 0 1 NA 1 0.244847262 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.087557604 1.087557604 1 0.639711734 0.639711734 1 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.000334187 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 27504615 G C - - - - - - 20 0 0 58 5 8.6 33 7 21.2 38 7 18.4 171 0 0 158 18 11.4 140 23 16.4 114 26 22.8 TRUE TRUE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 0.792626728 0.792626728 1 1.221791779 1.221791779 1 1.631960183 1.631960183 1 1 0.945159678 0.945159678 1 2.022211531 1.011105765 2 6 5 1 1 0.0000115 4.22E-19 2.98E-10 8.92E-28 8.61E-10 3.31E-35 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 27504695 G A - - - - - - 15 0 0 64 6 9.4 45 8 17.8 49 12 24.5 133 0 0 124 10 8.1 101 15 14.9 93 27 29 TRUE TRUE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 0.866359447 0.866359447 1 1.025844041 1.025844041 1 2.172990461 0.945349848 2.298609838 1 0.858712147 0.858712147 1 2.572111157 1.118985534 2.298609838 6 5 1 1 0.000000914 9.49E-10 7.14E-11 6.06E-18 1.9E-17 1.06E-39 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 27572313 G A CRYBA1 CCDS11249.1 r.? - - upstream 30 0 0 59 8 13.6 31 8 25.8 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 1.253456221 1.253456221 1 1.486897543 1.486897543 1 2.660804646 0.886934882 3 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.9E-10 1 2.78E-12 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28050059 G A SSH2 CCDS11253.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 13 20.3 36 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 1.870967742 0.935483871 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.26E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28312937 G A EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 45 0 0 54 7 13 48 9 18.8 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 1.198156682 1.198156682 1 1.083475729 1.083475729 1 2.40359353 1.045672689 2.298609838 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-08 1 2.75E-12 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28388682 C G EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 43 0 0 70 7 10 39 4 10.3 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 0.412825651 0.412825651 1 0.950904393 0.950904393 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.11E-08 1 0.0000447 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28389043 C T EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 41 0 0 66 9 13.6 42 5 11.9 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 0.476953908 0.476953908 1 1.534883721 1.534883721 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.59E-11 1 0.00000228 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 30080344 C G - - - - - - 33 0 0 42 7 16.7 21 4 19 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0.761523046 0.761523046 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.81E-09 1 0.00000349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 30641449 G A RHBDL3 CCDS32613.1 r.? - - intronic 22 0 0 53 10 18.9 37 21 56.8 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.741935484 0.870967742 2 2.276553106 1.138276553 2 1.105943152 1.105943152 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.57E-13 1 5.69E-39 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56711482 T A TGS1 CCDS34894.1 r.2029u>a c.1552T>A p.F518I missense 39 0 0 72 6 8.3 33 11 33.3 57 0 0 144 0 0 81 12 14.8 153 39 25.5 160 1 0.6 TRUE TRUE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.953240614 0.953240614 1 1.667669339 0.833834669 2 0 0 1 2 1.277044088 1.277044088 1 0.043007752 0.043007752 1 4 4 1 1 0.00000184 1.26E-14 8.54E-18 4.03E-54 1 0.551571797 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 31891260 C A ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 8 14.8 27 8 29.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 31891728 A T ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 35 0 0 52 9 17.3 24 7 29.2 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.594470046 1.594470046 1 1.170340681 1.170340681 1 2.020671835 1.010335917 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.92E-12 1 2.51E-11 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 32523401 G A - - - - - - 41 0 0 52 7 13.5 31 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.244239631 1.244239631 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 33493337 A T UNC45B CCDS11292.1 r.? - - intronic 31 0 0 54 4 7.4 30 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0.68202765 0.68202765 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000161898 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 33694372 C T SLFN11 CCDS11294.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 7 16.3 25 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.502304147 1.502304147 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.15E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 34213534 T A - - - - - - 11 0 0 47 10 21.3 23 15 65.2 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.963133641 0.98156682 2 2.613226453 1.306613226 2 1.506482854 1.506482854 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.27E-14 1 1.44E-29 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 34953553 C T MRM1 CCDS32631.1 r.? - - upstream 31 0 0 51 8 15.7 26 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.447004608 1.447004608 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.05E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 35198577 C A - - - - - - 55 0 0 53 7 13.2 21 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.216589862 1.216589862 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 9.85E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 36877314 C T MLLT6 CCDS11327.1 r.? - - intronic 40 0 0 58 18 31 31 18 58.1 25 9 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 2.857142857 1.428571429 2 2.328657315 1.164328657 2 1.950841106 0.975420553 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.42E-27 1 7.4E-34 1 3.71E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 38804654 G A SMARCE1 CCDS11370.1 r.107c>u c.? p.? 5'UTR variant 3 0 0 69 6 8.7 31 9 29 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0.801843318 0.801843318 1 1.162324649 1.162324649 1 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000143 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 39862446 T C - - - - - - 3 0 0 56 5 8.9 27 1 3.7 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0.820276498 0.820276498 1 0.148296593 0.148296593 1 0.243855138 0.243855138 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 0.126579904 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 41272950 G A BRCA1 CCDS11453.1 r.? - - intronic 1 0 0 49 9 18.4 30 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.695852535 1.695852535 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.35E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 41982912 G A MPP2 CCDS11471.1 r.? - - intronic 26 0 0 55 11 20 27 15 55.6 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.843317972 0.921658986 2 2.228456914 1.114228457 2 1.143409648 1.143409648 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.77E-15 1 5.01E-28 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 44767988 A T NSF CCDS42354.1 r.? - - intronic 5 0 0 16 3 18.8 12 2 16.7 8 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.732718894 1.732718894 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000667 1 0.001595918 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 50211462 C T CA10 CCDS32684.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 7 15.9 26 7 26.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.465437788 1.465437788 1 1.078156313 1.078156313 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.55E-09 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 50589024 T C - - - - - - 41 0 0 40 7 17.5 32 16 50 31 12 38.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 1.612903226 1.612903226 1 2.004008016 1.002004008 2 2.097154189 1.048577095 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-09 1 8.51E-29 1 3.16E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 51825794 C A - - - - - - 45 0 0 66 5 7.6 35 7 20 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.776460829 0.776460829 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000217 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 52358804 C T - - - - - - 45 0 0 59 14 23.7 32 9 28.1 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.421331797 1.210665899 2 1.407252505 1.407252505 1 1.692562884 0.846281442 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-20 1 4.94E-14 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 52535659 G A - - - - - - 30 0 0 63 9 14.3 30 5 16.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.46097235 1.46097235 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.62E-11 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 52595816 C T - - - - - - 42 0 0 44 9 20.5 41 15 36.6 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.094400922 1.047200461 2 1.832933868 0.916466934 2 1.934357582 0.967178791 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.18E-12 1 1.71E-24 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 52603046 C A - - - - - - 34 0 0 58 9 15.5 38 14 36.8 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.583571429 1.583571429 1 1.8429499 0.92147495 2 2.644629506 1.107408025 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 5.28E-23 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 54393255 A T ANKFN1 CCDS32686.1 r.? - - intronic 43 0 0 51 10 19.6 41 5 12.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.002451613 1.001225806 2 0.610977956 0.610977956 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.04E-13 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 54445127 G C ANKFN1 CCDS32686.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 4 6.7 24 4 16.7 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.684511521 0.684511521 1 0.836338677 0.836338677 1 2.395278724 1.002995268 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000243755 1 0.00000613 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 57017393 A T PPM1E CCDS11613.1 r.? - - intronic 40 0 0 63 5 7.9 41 8 19.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.807110599 0.807110599 1 0.976563126 0.976563126 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000173 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59088578 C G BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 48 0 0 78 8 10.3 31 6 19.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.052308756 1.052308756 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.71E-09 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59384745 T C BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 56 0 0 70 8 11.4 36 7 19.4 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.164691244 1.164691244 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.8E-09 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59669257 A G - - - - - - 35 0 0 84 9 10.7 39 11 28.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.093175115 1.093175115 1 1.412260521 1.412260521 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.13E-10 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59908749 T G BRIP1 CCDS11631.1 r.? - - intronic 47 0 0 82 4 4.9 35 5 14.3 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.500612903 0.500612903 1 0.716146293 0.716146293 1 2.251713122 0.942878833 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000801325 1 0.000000895 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 60486294 C G ENSG00000172421 CCDS45751.1 r.? - - intronic 34 0 0 78 10 12.8 27 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.307723502 1.307723502 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 9.02E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 63162130 C T RGS9 CCDS42373.1 r.? - - intronic 45 0 0 68 7 10.3 40 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.052308756 1.052308756 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 64434850 A T PRKCA CCDS11664.1 r.? - - intronic 44 0 0 51 10 19.6 40 8 20 44 14 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.002451613 1.001225806 2 1.001603206 1.001603206 1 2.402834808 1.006159291 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-13 1 2.61E-11 1 6.1E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 67201594 A T ABCA10 CCDS11684.1 r.? - - intronic 62 0 0 71 12 16.9 48 14 29.2 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.726603687 0.863301843 2 1.462340681 1.462340681 1 1.609445957 1.609445957 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.38E-15 1 2.51E-21 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 67597395 G T - - - - - - 17 0 0 60 16 26.7 26 8 30.8 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.727829493 1.363914747 2 1.542468938 1.542468938 1 0.75560843 0.75560843 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.86E-23 1 5.63E-13 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 68571653 G C - - - - - - 49 0 0 56 7 12.5 38 13 34.2 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.277073733 1.277073733 1 1.712741483 0.856370741 2 2.244157038 0.93971481 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 5.88E-21 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 68955598 C T - - - - - - 45 0 0 56 11 19.6 29 16 55.2 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.002451613 1.001225806 2 2.76442485 1.382212425 2 1.465880355 1.465880355 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.91E-15 1 9.74E-30 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 73954092 G A ACOX1 CCDS11735.1 r.? - - intronic 36 0 0 60 18 30 37 14 37.8 46 21 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 3.064976959 1.532488479 2 1.89303006 0.94651503 2 3.453130527 1.445958478 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.89E-27 1 3.35E-23 1 2.94E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 74929391 G A MGAT5B CCDS11751.1 r.? - - intronic 6 0 0 64 6 9.4 32 5 15.6 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.960359447 0.960359447 1 0.781250501 0.781250501 1 2.516176073 1.053619635 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000914 1 0.000000562 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 75442194 G A Aug-05 CCDS45791.1 r.? - - intronic 20 0 0 66 9 13.6 40 9 22.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.389456221 1.389456221 1 1.126803607 1.126803607 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.59E-11 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 76502262 G A DNAH17 ENST00000300671 r.? - - intronic 10 0 0 27 7 25.9 15 2 13.3 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 2.646096774 1.323048387 2 0.666066132 0.666066132 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.36E-11 1 0.002513772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 76662569 G C - - - - - - 38 0 0 75 9 12 39 5 12.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.225990783 1.225990783 1 0.641026052 0.641026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.82E-10 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 78016197 G A CCDC40 CCDS42395.1 r.? - - intronic 31 0 0 64 7 10.9 43 10 23.3 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.113608295 1.113608295 1 1.166867735 1.166867735 1 3.181111492 1.332053653 2.388125647 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 1.61E-14 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 78572481 C G RPTOR CCDS11773.1 r.? - - intronic 24 0 0 65 7 10.8 35 10 28.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 1.103391705 1.103391705 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.22E-08 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 80224884 C G CSNK1D CCDS11806.1 r.? - - intronic 6 0 0 58 7 12.1 27 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.88E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 102250507 G A SEC31B CCDS7495.1 r.2704c>u c.2606C>T p.P869L missense 23 0 0 67 13 19.4 29 20 69 26 14 53.8 94 1 1.1 121 20 16.5 50 17 34 45 20 44.4 TRUE TRUE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.788018433 0.894009217 2 3.667146321 1.222382107 3 3.0303119 1.229539293 2.464591345 2 1.806999636 1.067139706 1.693311219 2.5008522 1.014712725 2.464591345 6 5 1 0.375734132 2.41E-17 2.08E-24 9.15E-40 6.43E-27 5.57E-26 2.68E-34 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 18 3861020 A G DLGAP1 CCDS11836.1 r.? - - intronic 48 0 0 53 6 11.3 30 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.041474654 1.041474654 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000293 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4066440 C G - - - - - - 38 0 0 47 5 10.6 26 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0.976958525 0.976958525 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4234741 C T - - - - - - 41 0 0 51 6 11.8 26 6 23.1 22 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.087557604 1.087557604 1 0.925851703 0.925851703 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4705141 T C - - - - - - 32 0 0 52 10 19.2 18 13 72.2 29 15 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.769585253 0.884792627 2 2.893787575 1.446893788 2 2.916256825 1.179348089 2.472770213 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-13 1 1.02E-26 1 2.22E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4876704 A G - - - - - - 39 0 0 52 9 17.3 24 16 66.7 34 14 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.594470046 1.594470046 1 2.673346693 1.336673347 2 2.323980294 0.939828651 2.472770213 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.92E-12 1 1.08E-31 1 7.74E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 10301973 G C - - - - - - 33 0 0 51 4 7.8 24 5 20.8 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0.718894009 0.718894009 1 0.833667335 0.833667335 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000129466 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 11389849 G C - - - - - - 42 0 0 52 8 15.4 30 8 26.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.419354839 1.419354839 1 1.070140281 1.070140281 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.42E-10 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 11393107 G C - - - - - - 34 0 0 66 8 12.1 26 8 30.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.115207373 1.115207373 1 1.234468938 1.234468938 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.73E-09 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 12207753 G A - - - - - - 3 0 0 46 7 15.2 23 0 0 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.400921659 1.400921659 1 0 0 1 0.417413936 0.417413936 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 14167874 G T - - - - - - 39 0 0 57 11 19.3 28 17 60.7 50 20 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.778801843 0.889400922 2 2.432865731 1.216432866 2 2.256291548 0.912455001 2.472770213 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.29E-15 1 1.56E-32 1 3.9E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 14507320 C T POTEB CCDS45835.1 r.? - - downstream 30 0 0 43 7 16.3 30 8 26.7 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 1.502304147 1.502304147 1 1.070140281 1.070140281 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.15E-09 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22525390 C T - - - - - - 45 0 0 62 13 21 19 10 52.6 48 18 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.935483871 0.967741935 2 2.108216433 1.054108216 2 3.062984496 1.020994832 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.08E-18 1 8.66E-19 1 2.42E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22556378 C T - - - - - - 44 0 0 43 13 30.2 28 14 50 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.783410138 1.391705069 2 2.004008016 1.002004008 2 2.417715762 0.805905254 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.88E-20 1 2.29E-25 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 23435855 C T - - - - - - 33 0 0 59 21 35.6 31 18 58.1 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.281105991 1.640552995 2 2.328657315 1.164328657 2 2.270692506 1.135346253 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.06E-33 1 7.4E-34 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 23495082 G A - - - - - - 51 0 0 67 15 22.4 34 21 61.8 34 12 35.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.064516129 1.032258065 2 2.476953908 1.238476954 2 2.883289406 0.961096469 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.27E-21 1 4.16E-40 1 1.21E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 23743860 C T PSMA8 CCDS32808.1 r.? - - intronic 32 0 0 53 6 11.3 29 10 34.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.382765531 1.382765531 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000293 1 1.79E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 25809042 G A - - - - - - 22 0 0 44 10 22.7 21 7 33.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.092165899 1.046082949 2 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.08E-14 1 8.54E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 25886965 C T - - - - - - 34 0 0 54 11 20.4 35 1 2.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.880184332 0.940092166 2 0.116232465 0.116232465 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.84E-15 1 0.16091139 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 27572448 G C - - - - - - 47 0 0 50 13 26 31 15 48.4 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.396313364 1.198156682 2 1.93987976 0.96993988 2 1.992981912 0.996490956 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.65E-19 1 8.51E-27 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 28031537 A T - - - - - - 55 0 0 50 5 10 22 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 30921123 A G C18orf34 CCDS42424.1 r.? - - intronic 29 0 0 57 8 14 24 4 16.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.19E-10 1 0.00000613 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 31212971 G A ASXL3 CCDS45847.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 9 17.3 21 10 47.6 49 16 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.594470046 1.594470046 1 1.907815631 0.953907816 2 2.670922481 0.890307494 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.92E-12 1 3.28E-18 1 4.37E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 34540377 G A KIAA1328 CCDS45855.1 r.? - - intronic 24 0 0 55 7 12.7 20 6 30 40 17 42.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 1.20240481 1.20240481 1 3.471382429 1.157127476 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-08 1 5.7E-10 1 6.07E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 37071701 T A AC105201.1 ENST00000510201 r.? - - intronic 27 0 0 46 8 17.4 20 11 55 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.603686636 1.603686636 1 2.204408818 1.102204409 2 2.450387597 0.816795866 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-11 1 7.87E-21 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 37896941 A G - - - - - - 52 0 0 52 11 21.2 27 17 63 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.953917051 0.976958525 2 2.5250501 1.26252505 2 1.854126615 0.927063307 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-15 1 6.14E-33 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 39198904 T A - - - - - - 48 0 0 50 8 16 31 9 29 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474654378 1.474654378 1 1.162324649 1.162324649 1 1.404888889 1.404888889 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.74E-10 1 3.57E-14 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 39625371 A G PIK3C3 CCDS11920.1 r.? - - intronic 43 0 0 56 6 10.7 33 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 40171039 T C - - - - - - 34 0 0 77 21 27.3 22 11 50 49 21 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.516129032 1.258064516 2 2.004008016 1.002004008 2 3.504054264 1.168018088 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-30 1 3.27E-20 1 1.63E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 40274639 C T - - - - - - 50 0 0 61 6 9.8 24 9 37.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.903225806 0.903225806 1 1.503006012 1.503006012 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000685 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 45003399 G A - - - - - - 36 0 0 44 6 13.6 19 5 26.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 1.054108216 1.054108216 1 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 9.37E-08 1 3.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 49348594 T C - - - - - - 45 0 0 48 5 10.4 23 4 17.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 0.69739479 0.69739479 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000447 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 50569936 A G DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 46 0 0 43 5 11.6 26 13 50 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.069124424 1.069124424 1 2.004008016 1.002004008 2 2.417715762 0.805905254 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 1.2E-23 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 50814009 G T DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 47 0 0 45 8 17.8 29 10 34.5 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.640552995 1.640552995 1 1.382765531 1.382765531 1 3.177335917 1.059111972 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.14E-11 1 1.79E-16 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 51857179 C A STARD6 CCDS11955.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 8 13.3 33 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 52685804 C G - - - - - - 48 0 0 55 6 10.9 23 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 52898893 G C TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 36 0 0 54 11 20.4 26 13 50 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.880184332 0.940092166 2 2.004008016 1.002004008 2 2.393211886 1.196605943 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.84E-15 1 1.2E-23 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 54985877 G T - - - - - - 40 0 0 52 6 11.5 29 14 48.3 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 1.935871743 0.967935872 2 2.24618863 1.123094315 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 4.41E-25 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 55729581 C T NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 38 0 0 53 14 26.4 27 13 48.1 23 10 43.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.433179724 1.216589862 2 1.927855711 0.963927856 2 3.553062016 1.184354005 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.22E-20 1 2.29E-23 1 1.05E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 57280502 G T CCBE1 CCDS32838.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 6 12.8 24 8 33.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.179723502 1.179723502 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000141 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 57516389 G A - - - - - - 10 0 0 43 10 23.3 32 8 25 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.147465438 1.073732719 2 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.61E-14 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 57832857 C T - - - - - - 41 0 0 46 11 23.9 28 14 50 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.202764977 1.101382488 2 2.004008016 1.002004008 2 2.270692506 1.135346253 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.55E-16 1 2.29E-25 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 58901908 A T - - - - - - 40 0 0 54 7 13 32 10 31.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 1.250501002 1.250501002 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.13E-08 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 59981520 G C - - - - - - 43 0 0 60 8 13.3 23 6 26.1 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 1.046092184 1.046092184 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.93E-10 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 59981981 G C - - - - - - 39 0 0 58 7 12.1 24 7 29.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 1.170340681 1.170340681 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.88E-08 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 61933185 C A - - - - - - 42 0 0 43 5 11.6 18 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.069124424 1.069124424 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62068352 T A - - - - - - 40 0 0 54 13 24.1 26 11 42.3 49 18 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.221198157 1.110599078 2 1.695390782 0.847695391 2 2.997640827 0.999213609 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.12E-18 1 3.52E-19 1 3.8E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62380976 C G - - - - - - 51 0 0 53 6 11.3 32 11 34.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.378757515 1.378757515 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000293 1 5.72E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62429929 A T - - - - - - 36 0 0 51 7 13.7 23 12 52.2 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262672811 1.262672811 1 2.092184369 1.046092184 2 1.870462532 0.935231266 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.46E-09 1 3.14E-22 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63093819 A G - - - - - - 38 0 0 53 8 15.1 28 16 57.1 41 16 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 2.288577154 1.144288577 2 3.185503876 1.061834625 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-10 1 4.39E-30 1 1.4E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63286201 G C - - - - - - 41 0 0 55 6 10.9 21 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63365056 C T - - - - - - 12 0 0 47 9 19.1 31 16 51.6 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.760368664 1.760368664 1 2.068136273 1.034068136 2 2.450387597 0.816795866 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.24E-12 1 4.27E-29 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 64212701 C G CDH19 CCDS11994.1 r.? - - intronic 37 0 0 73 12 16.4 34 6 17.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 0.705410822 0.705410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.39E-15 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 65492399 G C AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 33 0 0 62 8 12.9 28 4 14.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188940092 1.188940092 1 0.573146293 0.573146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.04E-09 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 66590306 C T CCDC102B CCDS11996.2 r.? - - intronic 31 0 0 49 5 10.2 31 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67257531 T G DOK6 CCDS32841.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 4 8.3 30 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 68556958 A T - - - - - - 54 0 0 56 7 12.5 27 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69837810 A G - - - - - - 40 0 0 42 12 28.6 30 18 60 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.6359447 1.31797235 2 2.404809619 1.20240481 2 2.107333333 1.053666667 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.35E-18 1 3.12E-34 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69879109 T C - - - - - - 42 0 0 46 6 13 30 11 36.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 1.470941884 1.470941884 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000123 1 2.44E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69914993 T G - - - - - - 36 0 0 47 8 17 30 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.03E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 71032446 C T - - - - - - 38 0 0 62 7 11.3 26 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 72379617 C G ZNF407 CCDS45885.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 10 22.2 30 15 50 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.046082949 1.023041475 2 2.004008016 1.002004008 2 2.360540052 1.180270026 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.66E-14 1 4.41E-27 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 73067758 T C - - - - - - 32 0 0 52 5 9.6 22 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.884792627 0.884792627 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 73222900 G C - - - - - - 38 0 0 39 10 25.6 25 8 32 35 21 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.359447005 1.179723502 2 1.28256513 1.28256513 1 4.900775194 1.633591731 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.44E-15 1 3.92E-13 1 1.03E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 75525236 G A - - - - - - 39 0 0 63 18 28.6 34 19 55.9 49 15 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.6359447 1.31797235 2 2.240480962 1.120240481 2 2.499395349 0.833131783 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.98E-27 1 3.3E-35 1 4.1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 75587550 C A - - - - - - 50 0 0 52 8 15.4 24 10 41.7 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.419354839 1.419354839 1 1.671342685 0.835671343 2 2.450387597 0.816795866 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.42E-10 1 1.8E-17 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 75929785 C G - - - - - - 38 0 0 77 8 10.4 26 5 19.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 0.769539078 0.769539078 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.05E-09 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 77005974 C A ATP9B CCDS12014.1 r.? - - intronic 2 0 0 53 5 9.4 33 3 9.1 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 0.364729459 0.364729459 1 0.963819121 0.963819121 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000734 1 0.000609557 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 77006011 G A ATP9B CCDS12014.1 r.? - - intronic 1 0 0 60 15 25 37 13 35.1 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304147465 1.152073733 2 1.406813627 1.406813627 1 1.837790698 0.918895349 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.31E-21 1 3.89E-21 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 1141063 G C SBNO2 CCDS45894.1 r.? - - intronic 2 0 0 52 9 17.3 36 4 11.1 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.286470046 1.143235023 2 0.66688978 0.66688978 1 1.145994832 1.145994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.92E-12 1 0.0000324 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 1141066 G A SBNO2 CCDS45894.1 r.? - - intronic 1 0 0 48 9 18.8 36 4 11.1 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.484718894 0.828239631 3 0.66688978 0.66688978 1 1.145994832 1.145994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.75E-12 1 0.0000324 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 2127301 G A AP3D1 CCDS42459.1 r.? - - intronic 3 0 0 49 5 10.2 24 0 0 26 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348092166 1.348092166 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 2303365 G T LINGO3 CCDS45905.1 r.? - - intronic 1 0 0 47 5 10.6 24 1 4.2 18 1 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400958525 1.400958525 1 0.252336673 NA 0 0.513405685 0.513405685 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.113346489 1 0.086275114 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 2871342 A C ZNF556 CCDS12097.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 9 18 30 5 16.7 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.378986175 1.189493088 2 1.003338677 1.003338677 1 1.952775194 0.976387597 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.07E-12 1 0.000000401 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 3184823 G C NCLN CCDS32869.1 r.? - - upstream 29 0 0 57 5 8.8 38 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.163059908 1.163059908 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 4875124 G A - - - - - - 8 0 0 27 6 22.2 12 5 41.7 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.934082949 0.97802765 3 2.505342685 1.252671343 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.23E-09 1 2.4E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 6121891 C T - - - - - - 38 0 0 59 7 11.9 35 7 20 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.572774194 1.572774194 1 1.201603206 1.201603206 1 1.265178295 1.265178295 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.12E-08 1 4.65E-10 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 8181247 C G FBN3 CCDS12196.1 r.? - - intronic 41 0 0 65 5 7.7 32 6 18.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.017677419 1.017677419 1 1.129507014 1.129507014 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000201 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 8569592 G A PRAM1 CCDS45954.1 r.? - - upstream 18 0 0 37 5 13.5 31 8 25.8 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.784239631 1.784239631 1 1.550068136 1.550068136 1 2.713715762 0.904571921 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000119 1 2.78E-12 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 8857158 C T - - - - - - 13 0 0 24 4 16.7 8 7 87.5 18 8 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.207170507 2.207170507 1 5.257014028 2.628507014 2 4.070573643 1.356857881 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000613 1 6.22E-16 1 1.63E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 8915200 G C - - - - - - 36 0 0 55 12 21.8 22 3 13.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.88121659 0.96040553 3 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.78E-17 1 0.000179267 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 11216936 A T LDLR CCDS12254.1 r.? - - intronic 11 0 0 58 8 13.8 29 6 20.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.823889401 1.823889401 1 1.243659319 1.243659319 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.99E-10 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 11371557 T A DOCK6 CCDS45975.1 r.? - - intronic 7 0 0 19 4 21.1 11 0 0 14 1 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.788700461 0.92956682 3 0 NA 0 0.650925065 0.650925065 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.067769881 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 13265372 G A IER2 CCDS12295.1 r.1700g>a c.? p.? 3'UTR variant 18 0 0 66 7 10.6 25 0 0 32 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.082958525 1.082958525 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 15447384 A G - - - - - - 26 0 0 59 5 8.5 27 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.868410138 0.868410138 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000125 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 15941567 T C - - - - - - 37 0 0 64 8 12.5 34 12 35.3 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 2.120829659 1.06041483 2 1.70524031 1.70524031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.35E-09 1 1.21E-19 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 17710869 T C UNC13A CCDS46013.1 r.? - - downstream 17 0 0 53 10 18.9 20 2 10 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.930935484 0.965467742 2 0.600801603 0.600801603 1 1.311018088 1.311018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.57E-13 1 0.004473894 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 18280840 A G PIK3R2 CCDS12371.1 r.3523a>g c.? p.? 3'UTR variant 4 0 0 55 9 16.4 23 2 8.7 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 0.522697395 0.522697395 1 1.237674419 1.237674419 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 0.00589844 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 18832562 C T CRTC1 CCDS42525.1 r.? - - intronic 23 0 0 58 8 13.8 29 8 27.6 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.409889401 1.409889401 1 1.658212425 1.658212425 1 2.062790698 1.031395349 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.99E-10 1 1.53E-12 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 19670344 A T PBX4 CCDS12406.1 r.? - - downstream 5 0 0 58 5 8.6 29 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 20608969 G A ENSG00000231205 ENST00000502675 r.? - - upstream 45 0 0 55 6 10.9 27 0 0 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.113608295 1.113608295 1 0 0 1 2.053622739 1.02681137 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 21603862 T G ZNF493 CCDS42536.1 r.? - - intronic 32 0 0 56 13 23.2 20 4 20 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.370248848 1.185124424 2 1.201603206 1.201603206 1 1.411865633 1.411865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.89E-18 1 0.00000284 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 23070085 C A - - - - - - 34 0 0 64 6 9.4 18 7 38.9 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 6 2 1 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 1.559118236 1.559118236 1 2.686211886 0.895403962 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000914 1 2.37E-12 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 28826308 C G - - - - - - 49 0 0 50 5 10 37 13 35.1 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 1.757813627 0.878906814 2 2.411173127 0.803724376 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 3.89E-21 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 31922477 G T ENSG00000232700 ENST00000441786 r.? - - intronic 39 0 0 58 10 17.2 33 14 42.4 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.929253456 0.964626728 2 2.123398798 1.061699399 2 1.98027907 0.990139535 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.1E-13 1 4.57E-24 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 32658193 G A - - - - - - 30 0 0 52 5 9.6 33 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 1.076792627 1.076792627 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 34447788 G A - - - - - - 27 0 0 55 13 23.6 47 19 40.4 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 2.647115207 1.323557604 2 2.023238477 1.011619238 2 2.441009451 1.015428377 2.403920854 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-18 1 1.16E-31 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 35048638 C T - - - - - - 52 0 0 58 6 10.3 30 11 36.7 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 1.155308756 1.155308756 1 1.837941884 0.918970942 2 3.251424588 0.95519982 3.403920854 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000506 1 2.44E-18 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 36006065 G A DMKN CCDS12463.1 r.? - - upstream 23 0 0 44 7 15.9 28 4 14.3 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 1.783437788 1.783437788 1 0.716146293 0.716146293 1 1.95280756 0.97640378 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000116 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 41527492 G A CYP2B6 CCDS12570.1 r.? - - downstream 30 0 0 57 7 12.3 32 14 43.8 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.379640553 1.379640553 1 2.193511022 1.096755511 2 2.316126442 0.907408495 2.552462815 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-08 1 2.65E-24 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 42115189 C T - - - - - - 44 0 0 48 5 10.4 44 0 0 38 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.166525346 1.166525346 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000447 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 42392512 G T ARHGEF1 CCDS12590.1 r.? - - intronic 13 0 0 59 9 15.3 26 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.716138249 1.716138249 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.96E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 43433495 G T PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 34 0 0 52 5 9.6 37 0 0 32 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.076792627 1.076792627 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 43488896 G T PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 28 0 0 52 4 7.7 22 1 4.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.863677419 0.863677419 1 0.225360721 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000139698 1 0.104413009 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 44691130 A G - - - - - - 33 0 0 69 11 15.9 34 5 14.7 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.783437788 0.891718894 2 0.736178357 0.736178357 1 0.810644255 0.810644255 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.82E-14 1 0.000000771 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 44962712 G T - - - - - - 15 1 6.7 49 5 10.2 27 1 3.7 38 2 5.3 24 3 12.5 26 2 7.7 16 1 6.2 12 3 25 FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.144092166 1.144092166 1 0.185296593 NA 0 0.409182338 0.409182338 1 1 0.310496994 NA 0 1.930105368 1.930105368 1 NA NA 0.072431031 0.000233853 0.00000496 0.007502227 0.126579904 0.077068876 0.015598339 0.0000266 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 49256947 G T FUT1 CCDS12733.1 r.? - - intronic 9 0 0 60 6 10 35 14 40 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.121658986 1.121658986 1 2.003206413 1.001603206 2 1.99186874 0.99593437 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000621 1 1.28E-23 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 49768477 G C - - - - - - 30 0 0 45 4 8.9 22 3 13.6 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.998276498 0.998276498 1 0.68109018 0.68109018 1 0.324257702 0.324257702 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.000179267 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 51043469 C A LRRC4B CCDS42595.1 r.? - - intronic 27 0 0 48 7 14.6 22 12 54.5 32 12 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.63762212 1.63762212 1 2.729368737 1.364684369 2 2.895158052 1.134260619 2.552462815 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.81E-09 1 1.51E-22 1 5.03E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 51636958 T G SIGLEC9 CCDS12825.1 r.? - - downstream 30 0 0 54 4 7.4 40 9 22.5 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.83002765 0.83002765 1 1.126803607 1.126803607 1 1.930105368 1.930105368 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000161898 1 4.64E-13 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 53818552 T G - - - - - - 40 0 0 48 4 8.3 34 16 47.1 38 12 31.6 11 0 0 3 1 33.3 6 5 83.3 4 0 0 TRUE TRUE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.930976959 0.930976959 1 2.358775551 1.179387776 2 2.439653185 0.955803615 2.552462815 1 4.171677355 2.085838677 2 0 0 1 6 5 1 1 0.000102016 0.014925125 3.09E-28 1.87E-11 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 54204774 G A MIR523 ENST00000385281 r.? - - downstream 34 0 0 57 7 12.3 41 9 22 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.379640553 1.379640553 1 1.101763527 1.101763527 1 2.478255292 0.97092709 2.552462815 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-08 1 5.92E-13 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 55842092 C T - - - - - - 24 0 0 72 12 16.7 28 7 25 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.873170507 0.936585253 2 1.252004008 1.252004008 1 1.320192072 1.320192072 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.84E-15 1 8.44E-11 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 55919084 C T UBE2S CCDS33114.1 r.242g>a c.? p.? 5'UTR variant 1 0 0 45 5 11.1 18 4 22.2 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.245041475 1.245041475 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000181 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 55947222 A C SHISA7 CCDS46193.1 r.? - - intronic 46 0 0 59 10 16.9 42 4 9.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.895603687 0.947801843 2 0.475761523 0.475761523 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.91E-13 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 56371200 G A NLRP4 CCDS12936.1 r.? - - intronic 14 0 0 60 8 13.3 34 4 11.8 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.491806452 1.491806452 1 0.590945892 0.590945892 1 1.590406823 1.590406823 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 0.0000257 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 56561753 C T NLRP5 CCDS12938.1 r.? - - intronic 17 0 0 51 5 9.8 37 11 29.7 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.099225806 1.099225806 1 1.487380762 1.487380762 1 2.231201805 1.115600903 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000606 1 3.7E-17 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 56950023 C A ZNF667 CCDS12944.1 r.? - - downstream 50 0 0 47 6 12.8 37 19 51.4 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 1.435723502 1.435723502 1 2.57412024 1.28706012 2 2.123115905 1.061557952 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000141 1 3.09E-34 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 167029 G C - - - - - - 33 0 0 91 12 13.2 82 37 45.1 30 0 0 226 1 0.4 195 30 15.4 445 217 48.8 169 0 0 TRUE TRUE 6 3 4.540352023 3 2 3 3 1 1 1 1 0.459647977 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.540352023 1.744589862 0.872294931 2 2.25861523 1.129307615 2 0 0 1 2 2.443911824 1.221955912 2 0 0 1 4 4 1 0.677881069 5.35E-14 7.54E-35 1.69E-62 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 167755 G A - - - - - - 46 0 0 90 16 17.8 85 42 49.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 4.540352023 3 2 3 3 1 1 1 1 0.459647977 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.540352023 2.352552995 1.176276498 2 2.47395992 1.23697996 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.31E-20 1 6.11E-73 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 235319 G T SH3YL1 CCDS42646.1 r.? - - intronic 11 0 0 64 14 21.9 47 21 44.7 40 1 2.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 4.540352023 3 2 3 3 1 1 1 1 0.459647977 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.540352023 2.89443318 0.96481106 3 2.238583166 1.119291583 2 0.192707767 0.192707767 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.31E-19 1 5.29E-36 1 0.181679879 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 861547 T C - - - - - - 21 0 0 67 7 10.4 32 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 1.374525346 1.374525346 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 876555 G T - - - - - - 24 0 0 67 13 19.4 36 12 33.3 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 2.564018433 0.854672811 3 1.667669339 0.833834669 2 1.767611096 1.767611096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.41E-17 1 2.73E-19 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 975510 G C SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 45 0 0 56 5 8.9 28 0 0 83 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 1.176276498 1.176276498 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1029290 C T SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 43 0 0 63 6 9.5 39 7 17.9 87 10 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 1.255576037 1.255576037 1 0.89643487 0.89643487 1 1.575777334 1.575777334 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000832 1 1.04E-09 1 2.75E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1277827 A G SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 35 0 0 85 14 16.5 43 9 20.9 72 41 56.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 2.180737327 1.090368664 2 1.046675351 1.046675351 1 7.7966722 1.034802694 7.534452943 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-17 1 9.45E-13 1 8.7E-75 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1485746 G T TPO CCDS1643.1 r.? - - intronic 1 0 0 62 6 9.7 40 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 1.282009217 1.282009217 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000756 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1962085 G A MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 22 0 0 57 13 22.8 29 12 41.4 57 14 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 3.013382488 1.004460829 3 2.073318637 1.036659319 2 3.370793253 0.953695892 3.534452943 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-18 1 1.17E-20 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 2022825 C T MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 48 0 0 65 10 15.4 32 5 15.6 93 56 60.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 2.035354839 1.017677419 2 0.781250501 0.781250501 1 8.248851783 1.094817613 7.534452943 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.36E-12 1 0.000000562 1 1.37E-103 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 2198331 T C MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 44 0 0 62 7 11.3 47 14 29.8 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.493474654 1.493474654 1 1.492388778 1.492388778 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.02E-08 1 1.79E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 2289074 C T MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 26 0 0 64 6 9.4 29 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.242359447 1.242359447 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 3270025 A T TSSC1 CCDS1651.1 r.? - - intronic 25 0 0 62 12 19.4 23 3 13 95 70 73.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 2.564018433 0.854672811 3 0.651042084 0.651042084 1 11.73872134 1.173872134 10 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.19E-16 1 0.000205387 1 4.16E-139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 3331859 C T TSSC1 CCDS1651.1 r.? - - intronic 17 0 0 49 7 14.3 29 7 24.1 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.88997235 1.88997235 1 1.206931864 1.206931864 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.58E-09 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 4460059 G C - - - - - - 47 0 0 57 6 10.5 36 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.387741935 1.387741935 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 4568074 G C ENSG00000228584 ENST00000446457 r.? - - intronic 46 0 0 77 9 11.7 45 10 22.2 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.546341014 1.546341014 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.32E-10 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 5399494 C T - - - - - - 38 0 0 73 6 8.2 27 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.083760369 1.083760369 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000002 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 6901722 T G - - - - - - 41 0 0 63 9 14.3 49 6 12.2 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.88997235 0.944986175 2 0.732977956 0.732977956 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.62E-11 1 0.000000182 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 7182367 C G RNF144A CCDS1657.1 r.3797c>g c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 69 11 15.9 30 3 10 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 2.101437788 1.050718894 2 0.600801603 0.600801603 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.82E-14 1 0.000458697 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 7491768 A T ENSG00000234603 ENST00000441133 r.? - - intronic 43 0 0 69 10 14.5 50 19 38 84 51 60.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 1.91640553 0.958202765 2 2.283046092 1.141523046 2 9.668119205 0.96681192 10 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.54E-12 1 5E-31 1 9.29E-95 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 8015164 G A - - - - - - 40 1 2.5 56 13 23.2 37 18 48.6 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 3.066248848 1.022082949 3 2.919895792 1.459947896 2 1.529060039 1.529060039 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.181679879 1 1.89E-18 1 6.16E-32 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 9342909 C G ASAP2 CCDS1661.1 r.? - - upstream 28 0 0 78 10 12.8 41 7 17.1 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.691723502 1.691723502 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.02E-12 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 10243975 C T - - - - - - 14 0 0 64 13 20.3 50 17 34 67 29 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.682967742 0.894322581 3 2.042725451 1.021362725 2 4.835726098 0.96714522 5 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-17 1 6.43E-27 1 1.22E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 11873628 T C LPIN1 ENST00000396099 r.? - - intronic 21 1 4.8 52 13 25 21 7 33.3 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 8 2 2 6 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304147465 1.152073733 2 1.334669339 1.334669339 1 2.602134367 0.867378122 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.099912572 1 6.47E-19 1 8.54E-12 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 12680681 G T - - - - - - 46 0 0 72 6 8.3 39 5 12.8 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847976959 0.847976959 1 0.641026052 0.641026052 1 1.788782946 1.788782946 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000184 1 0.00000156 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 12680975 G C - - - - - - 46 0 0 69 11 15.9 38 7 18.4 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.624437788 1.624437788 1 0.92147495 0.92147495 1 1.331377261 1.331377261 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.82E-14 1 8.61E-10 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 12681047 G T - - - - - - 44 0 0 72 5 6.9 46 12 26.1 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7049447 0.7049447 1 1.307092184 1.307092184 1 1.911302326 0.955651163 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000331 1 8.12E-18 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 12681106 G C - - - - - - 34 0 0 70 8 11.4 36 14 38.9 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164691244 1.164691244 1 1.948118236 0.974059118 2 1.102674419 1.102674419 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.8E-09 1 2.09E-23 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 14343992 G C - - - - - - 47 0 0 58 4 6.9 35 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7049447 0.7049447 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000213772 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 16783474 C A FAM49A CCDS1688.1 r.? - - intronic 57 0 0 76 11 14.5 43 15 34.9 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 1.747797595 0.873898798 2 2.809777778 0.936592593 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.08E-13 1 4.05E-24 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 17876008 T A SMC6 CCDS1690.1 r.? - - intronic 18 0 0 39 5 12.8 19 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.307723502 1.307723502 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 18034385 C T - - - - - - 5 0 0 117 20 17.1 68 11 16.2 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.747036866 0.873518433 2 0.811298597 0.811298597 1 1.535576227 1.535576227 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.02E-24 1 5.76E-14 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 18043799 T G - - - - - - 31 0 0 60 9 15 27 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532488479 1.532488479 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.29E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21493890 C A - - - - - - 46 0 0 58 17 29.3 39 20 51.3 26 11 42.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.993460829 1.496730415 2 2.569112224 1.284556112 2 3.455046512 1.151682171 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.24E-25 1 6E-36 1 3.52E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21494039 A C - - - - - - 48 0 0 55 5 9.1 34 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21587034 T G - - - - - - 31 0 0 62 8 12.9 34 8 23.5 56 9 16.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.317940092 1.317940092 1 1.176883768 1.176883768 1 1.315041344 1.315041344 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-09 1 6.32E-12 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21685400 C T - - - - - - 37 0 0 58 8 13.8 25 5 20 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.409889401 1.409889401 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.99E-10 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21726957 C T - - - - - - 47 0 0 76 13 17.1 31 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.747036866 0.873518433 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.39E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21786243 G A - - - - - - 40 0 0 71 8 11.3 29 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.14E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22520058 C A - - - - - - 38 0 0 75 8 10.7 37 5 13.5 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 0.676082164 0.676082164 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.89E-09 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22605351 G T - - - - - - 41 0 0 55 13 23.6 34 9 26.5 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.411115207 1.205557604 2 1.327124248 1.327124248 1 2.336036176 1.168018088 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-18 1 9.15E-14 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22917852 A G - - - - - - 30 0 0 61 9 14.8 31 7 22.6 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 1.131811623 1.131811623 1 0.931147287 0.931147287 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 1.85E-10 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 23818234 C T KLHL29 ENST00000486442 r.? - - intronic 17 0 0 58 13 22.4 31 9 29 36 15 41.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.288516129 1.144258065 2 1.452324649 1.452324649 1 3.40603876 1.135346253 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-18 1 3.57E-14 1 1.54E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 24296703 A G TP53I3 CCDS1708.1 r.? - - downstream 40 0 0 56 10 17.9 35 19 54.3 48 17 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.828769585 0.914384793 2 2.719352705 1.359676353 2 2.891457364 0.963819121 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.82E-13 1 7.18E-35 1 2.8E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 24512525 G C ITSN2 CCDS1710.2 r.? - - intronic 47 0 0 57 11 19.3 31 12 38.7 52 17 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.971801843 0.985900922 2 1.938102204 0.969051102 2 2.670922481 0.890307494 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.29E-15 1 3.16E-20 1 1.42E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 26364348 A G RAB10 CCDS1720.1 r.? - - downstream 19 0 0 60 10 16.7 33 5 15.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 1.706170507 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.86E-13 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 26540131 C G GPR113 CCDS46238.1 r.? - - intronic 8 0 0 63 7 11.1 39 10 25.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 1.282052104 1.282052104 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.38E-08 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 29969235 G A ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 45 0 0 66 10 15.2 60 8 13.3 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.552921659 1.552921659 1 0.666066132 0.666066132 1 2.483059432 0.827686477 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.6E-12 1 7.93E-10 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 29979882 C A ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 34 0 0 60 6 10 45 7 15.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000621 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 30724413 C T LCLAT1 CCDS1772.1 r.? - - intronic 34 0 0 55 15 27.3 54 14 25.9 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.789129032 1.394564516 2 1.297076152 1.297076152 1 1.323209302 1.323209302 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.01E-22 1 1.64E-20 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 31432973 C T CAPN14 CCDS46254.1 r.? - - intronic 27 0 0 58 8 13.8 40 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.409889401 1.409889401 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.99E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33133192 T G - - - - - - 21 0 0 38 4 10.5 20 0 0 15 2 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.072741935 1.072741935 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 0.002513772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33851139 G T - - - - - - 43 1 2.3 49 4 8.2 35 8 22.9 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.837760369 0.837760369 1 1.146835671 1.146835671 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.193893409 1 0.000110643 1 8.15E-12 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33926670 A G - - - - - - 26 0 0 68 7 10.3 31 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052308756 1.052308756 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33926679 A G - - - - - - 27 0 0 73 8 11 34 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123824885 1.123824885 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.93E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 34219932 T G - - - - - - 51 0 0 63 14 22.2 38 13 34.2 46 17 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.268082949 1.134041475 2 1.712741483 0.856370741 2 3.022144703 1.007381568 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.81E-19 1 5.88E-21 1 1.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 34260045 G A - - - - - - 33 0 0 55 9 16.4 40 15 37.5 44 17 38.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 1.878006012 0.939003006 2 3.152832041 1.050944014 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 1.09E-24 1 4.61E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 34677270 C A - - - - - - 44 0 0 55 5 9.1 32 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35591650 G T - - - - - - 22 0 0 69 5 7.2 27 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73559447 0.73559447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35844305 A T - - - - - - 41 0 0 63 14 22.2 26 4 15.4 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.268082949 1.134041475 2 0.771234469 0.771234469 1 2.85878553 0.95292851 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.81E-19 1 0.00000856 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 36288798 A G - - - - - - 45 0 0 49 5 10.2 27 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 36750421 C A CRIM1 CCDS1783.1 r.? - - intronic 48 0 0 58 9 15.5 28 5 17.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583571429 1.583571429 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.67E-11 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 38236342 C T FAM82A1 CCDS1792.1 r.? - - intronic 35 0 0 61 20 32.8 36 12 33.3 38 18 47.4 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.351041475 1.675520737 2 1.667669339 0.833834669 2 3.871612403 1.290537468 3 0 5.008016032 2.504008016 2 NA NA 1 6 NA 1 1 4.89E-31 1 2.73E-19 0.000025 1.16E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 38482673 A T - - - - - - 43 0 0 76 7 9.2 34 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.939926267 0.939926267 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000126 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 39665877 C G MAP4K3 CCDS1803.1 r.? - - upstream 31 0 0 55 11 20 42 17 40.5 42 20 47.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.043317972 1.021658986 2 2.028246493 1.014123246 2 3.88794832 1.295982773 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.77E-15 1 1.73E-28 1 4.41E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 40070081 G C - - - - - - 21 0 0 60 6 10 43 6 14 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0.701122244 0.701122244 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000621 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 40778041 C T SLC8A1 CCDS46264.1 r.? - - intronic 31 0 0 59 9 15.3 33 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.563138249 1.563138249 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.96E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 41314523 T A - - - - - - 56 0 0 54 9 16.7 37 8 21.6 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 1.706170507 1 1.081731463 1.081731463 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.48E-12 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 44588244 C T PREPL CCDS33190.1 r.? - - intronic 34 0 0 59 10 16.9 28 12 42.9 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.726603687 1.726603687 1 2.148438878 1.074219439 2 3.675581395 1.225193798 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.91E-13 1 6.9E-21 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 45639977 C T SRBD1 CCDS1823.1 r.? - - intronic 40 0 0 61 8 13.1 32 9 28.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.338373272 1.338373272 1 1.407252505 1.407252505 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.09E-10 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 45671440 A G SRBD1 CCDS1823.1 r.? - - intronic 58 0 0 59 6 10.2 44 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 46731710 A C - - - - - - 39 0 0 54 11 20.4 16 7 43.8 43 19 44.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.084184332 1.042092166 2 2.193511022 1.096755511 2 3.610237726 1.203412575 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.84E-15 1 8.59E-13 1 1.36E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 48236006 C A - - - - - - 28 0 0 65 7 10.8 39 4 10.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103391705 1.103391705 1 0.515825651 0.515825651 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.22E-08 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 48236041 C T - - - - - - 31 0 0 60 9 15 34 2 5.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532488479 1.532488479 1 0.295472946 0.295472946 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.29E-11 1 0.012612579 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 48494028 A C - - - - - - 49 0 0 71 8 11.3 43 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.14E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 49520057 G C - - - - - - 34 0 0 56 4 7.1 27 3 11.1 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.72537788 0.72537788 1 0.55588978 0.55588978 1 1.723439276 1.723439276 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.000334187 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50292395 C T NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 49 0 0 65 6 9.2 75 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 9 5 2 7 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.939926267 0.939926267 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50547326 G T NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 6 15.8 49 5 10.2 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 9 5 2 7 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.614221198 1.614221198 1 1.122817635 1.122817635 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00000496 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 51009554 C T NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 34 0 0 66 17 25.8 32 15 46.9 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.635880184 1.317940092 2 2.348759519 1.17437976 2 3.218175711 1.072725237 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.52E-24 1 1.59E-26 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 51665390 C G - - - - - - 47 0 0 68 5 7.4 38 5 13.2 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75602765 0.75602765 1 0.661058116 0.661058116 1 2.295196382 1.147598191 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000251 1 0.00000137 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 51750403 G A - - - - - - 49 0 0 66 8 12.1 43 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236207373 1.236207373 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.73E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 52337685 G A - - - - - - 37 0 0 44 6 13.6 29 8 27.6 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389456221 1.389456221 1 1.382212425 1.382212425 1 1.813286822 1.813286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.37E-08 1 1.53E-12 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 52358877 A T - - - - - - 46 0 0 58 17 29.3 41 17 41.5 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.993460829 1.496730415 2 2.078326653 1.039163327 2 2.589242894 0.863080965 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.24E-25 1 1.03E-28 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 52493579 A T - - - - - - 34 0 0 59 4 6.8 37 7 18.9 29 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.694728111 0.694728111 1 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 53329589 C G - - - - - - 46 0 0 50 14 28 29 12 41.4 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.860645161 1.430322581 2 2.073318637 1.036659319 2 2.79344186 0.931147287 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.84E-21 1 1.17E-20 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 55750744 G C CCDC104 CCDS1854.2 r.? - - intronic 36 0 0 70 13 18.6 43 9 20.9 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.900285714 0.950142857 2 1.046675351 1.046675351 1 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.44E-17 1 9.45E-13 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57102042 A G - - - - - - 8 0 0 53 9 17 26 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.736820276 1.736820276 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.1E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57726364 C G - - - - - - 45 0 0 56 6 10.7 44 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57865381 G A - - - - - - 38 0 0 69 7 10.1 22 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031875576 1.031875576 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57947715 A G - - - - - - 42 0 0 67 12 17.9 39 12 30.8 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.828769585 0.914384793 2 1.542468938 1.542468938 1 3.675581395 1.225193798 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-15 1 8.43E-19 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 58624381 T C - - - - - - 38 0 0 71 10 14.1 35 7 20 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.440539171 1.440539171 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.42E-12 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 58634546 T C - - - - - - 16 0 0 50 6 12 36 6 16.7 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225990783 1.225990783 1 0.836338677 0.836338677 1 2.197180879 1.098590439 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 2.68E-08 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59433827 A G - - - - - - 34 0 0 71 5 7 27 4 14.8 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71516129 0.71516129 1 0.741186373 0.741186373 1 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000309 1 0.00001 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59648062 A G - - - - - - 31 0 0 46 7 15.2 32 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.552921659 1.552921659 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59718200 C A - - - - - - 30 0 0 49 7 14.3 26 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46097235 1.46097235 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59769803 A C - - - - - - 48 0 0 53 7 13.2 35 14 40 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 2.003206413 1.001603206 2 1.76427907 1.76427907 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 1.28E-23 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 60136112 A G - - - - - - 44 0 0 65 5 7.7 49 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 61479117 C G USP34 CCDS42686.1 r.? - - intronic 32 0 0 53 9 17 37 7 18.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.736820276 1.736820276 1 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.1E-12 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 61715705 G C XPO1 CCDS33205.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 7 14.6 39 6 15.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.49162212 1.49162212 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.81E-09 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 64832453 G T - - - - - - 38 0 0 76 6 7.9 39 11 28.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 1.412260521 1.412260521 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000253 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 66366033 C A - - - - - - 41 0 0 46 10 21.7 25 7 28 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.217 1.1085 2 1.682244489 1.682244489 1 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-14 1 3.47E-11 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 66734938 C G MEIS1 CCDS46309.1 r.? - - intronic 44 0 0 58 6 10.3 43 10 23.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052308756 1.052308756 1 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 67150581 G C - - - - - - 40 0 0 50 4 8 44 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.817327189 0.817327189 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 69326565 T C ANTXR1 CCDS1892.1 r.? - - intronic 48 0 0 70 7 10 49 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.11E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 70886676 C T ADD2 CCDS1906.1 r.? - - downstream 49 0 0 66 15 22.7 59 23 39 44 17 38.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.319165899 1.159582949 2 2.343126253 1.171563126 2 3.152832041 1.050944014 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.45E-21 1 1.45E-37 1 4.61E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 72471711 C T EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 49 0 0 59 6 10.2 40 15 37.5 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 2.253006012 1.126503006 2 2.278860465 1.139430233 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000561 1 1.09E-24 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 72822834 G C EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 27 0 0 55 8 14.5 51 22 43.1 41 17 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 2.58945491 1.294727455 2 3.389702842 1.129900947 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 3.24E-37 1 1.03E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 72822836 T C EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 27 0 0 54 8 14.8 50 21 42 43 18 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 2.523366733 1.261683367 2 3.422374677 1.140791559 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.31E-10 1 2.79E-35 1 2.06E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 72880086 G A EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 5 15.6 29 6 20.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.593788018 1.593788018 1 1.243659319 1.243659319 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000562 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 76805222 C T - - - - - - 21 0 0 34 8 23.5 29 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.400898618 1.200449309 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.32E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77600060 T G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 31 0 0 58 5 8.6 30 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 79279357 C T - - - - - - 28 0 0 61 15 24.6 33 11 33.3 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.513281106 1.256640553 2 1.667669339 0.833834669 2 2.85878553 0.95292851 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.73E-21 1 8.54E-18 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 79408433 G T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - upstream 39 0 0 64 10 15.6 34 7 20.6 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.593788018 1.593788018 1 1.031651303 1.031651303 1 1.911302326 0.955651163 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 3.73E-10 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 80325573 G A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 3 0 0 49 5 10.2 32 18 56.2 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 2.81450501 1.407252505 2 2.646418605 0.882139535 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000496 1 1.68E-33 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 58980177 C T MPEG1 CCDS41650.1 r.248g>a c.162G>A p.L54L silent 23 0 0 54 5 9.3 33 9 27.3 24 0 0 250 0 0 218 20 9.2 199 42 21.1 171 1 0.6 FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.950142857 0.950142857 1 1.367188377 1.367188377 1 0 NA 0 1 1.056691383 1.056691383 1 0.033761216 NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 3.65E-19 6.76E-14 2.52E-54 1 0.575627916 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 81779917 G C - - - - - - 57 0 0 63 11 17.5 35 13 37.1 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.787903226 0.893951613 2 1.857973948 0.928986974 2 2.850617571 0.950205857 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.37E-14 1 1.63E-21 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 82511221 C T - - - - - - 34 0 0 58 9 15.5 50 17 34 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583571429 1.583571429 1 1.702725451 0.851362725 2 1.674431525 1.674431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 6.43E-27 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83148350 G A - - - - - - 41 0 0 67 7 10.4 44 4 9.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.062525346 1.062525346 1 0.455729459 0.455729459 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.23E-08 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83221883 G A - - - - - - 35 0 0 42 8 19 39 5 12.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.941152074 0.970576037 2 0.641026052 0.641026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.96E-11 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83330692 T A - - - - - - 50 0 0 59 8 13.6 40 8 20 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389456221 1.389456221 1 1.001603206 1.001603206 1 2.164509044 1.082254522 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.9E-10 1 2.61E-11 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83844026 T C - - - - - - 45 0 0 57 6 10.5 37 20 54.1 44 19 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.072741935 1.072741935 1 2.709336673 1.354668337 2 3.52855814 1.176186047 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 1.4E-36 1 2.39E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 84810153 C T DNAH6 CCDS46348.1 r.? - - intronic 39 0 0 55 13 23.6 35 13 37.1 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.411115207 1.205557604 2 1.857973948 0.928986974 2 2.581074935 0.860358312 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-18 1 1.63E-21 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 84837748 C T DNAH6 CCDS46348.1 r.? - - intronic 46 0 0 72 7 9.7 49 10 20.4 46 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991009217 0.991009217 1 1.021635271 1.021635271 1 0.17969509 0.17969509 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.66E-08 1 6.72E-14 1 0.205924651 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 85112808 G C C2orf89 CCDS46349.1 r.? - - upstream 38 0 0 67 9 13.4 26 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.369023041 1.369023041 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 85214428 G C KCMF1 CCDS46350.1 r.? - - intronic 37 0 0 63 8 12.7 50 7 14 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.297506912 1.297506912 1 0.701122244 0.701122244 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.18E-09 1 6.46E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 85221922 G A KCMF1 CCDS46350.1 r.? - - intronic 31 0 0 61 5 8.2 36 7 19.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.837760369 0.837760369 1 0.97155511 0.97155511 1 1.731607235 1.731607235 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000147 1 5.74E-10 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 86449147 T G REEP1 CCDS1989.1 r.? - - intronic 20 0 0 46 4 8.7 37 8 21.6 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.888843318 0.888843318 1 1.081731463 1.081731463 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 1.33E-11 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 86809411 A G VPS24 ENST00000439940 r.? - - intronic 25 0 0 61 6 9.8 41 12 29.3 35 8 22.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 1.467348697 1.467348697 1 1.870462532 0.935231266 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 1.69E-18 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 86996252 G A RMND5A CCDS1991.1 r.? - - intronic 27 0 0 56 10 17.9 38 10 26.3 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.828769585 0.914384793 2 1.317108216 1.317108216 1 1.88679845 1.88679845 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.82E-13 1 4.06E-15 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 87352771 C T - - - - - - 16 0 0 33 4 12.1 14 1 7.1 18 1 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236207373 1.236207373 1 0.355569138 0.355569138 1 0.457405685 0.457405685 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000228 1 0.067769881 1 0.086275114 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 88980788 C A - - - - - - 21 0 0 52 8 15.4 33 5 15.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 2 2 3 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.727354839 1.727354839 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.42E-10 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 89026329 G A RPIA CCDS2004.2 r.? - - intronic 29 0 0 61 13 21.3 29 16 55.2 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 2 2 3 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.389133641 1.19456682 2 2.76442485 1.382212425 2 1.984813953 0.992406977 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.41E-18 1 9.74E-30 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 89518470 C G - - - - - - 22 0 0 47 8 17 27 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 2 2 3 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.906820276 0.953410138 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 89849451 T A - - - - - - 81 0 0 84 6 7.1 64 5 7.8 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 3 5 2 2 3 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 0.390625251 0.390625251 1 0.718780362 0.718780362 1 0 NA NA 0 0 0 1 3 NA 1 1 0.00000455 1 0.0000186 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 91776571 A C - - - - - - 6 0 0 363 29 8 211 34 16.1 179 22 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.897327189 0.897327189 1 0.967290581 0.967290581 1 0.934893018 0.934893018 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-25 1 5.31E-40 1 9.51E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 91862406 C A - - - - - - 39 0 0 53 6 11.3 47 15 31.9 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.267474654 1.267474654 1 1.916557114 0.958278557 2 1.520151249 1.520151249 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 1.97E-23 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 91969119 C A - - - - - - 4 0 0 72 6 8.3 54 1 1.9 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.930976959 0.930976959 1 0.114152305 0.114152305 1 0.737273356 0.737273356 1 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000184 1 0.237137336 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 92143519 A T - - - - - - 49 0 0 68 14 20.6 48 14 29.2 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.310617512 1.155308756 2 1.754340681 0.877170341 2 2.135812504 1.067906252 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.84E-19 1 2.51E-21 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 95486016 G A - - - - - - 41 0 0 65 6 9.2 44 7 15.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.031926267 1.031926267 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000001 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 97732448 T C - - - - - - 31 0 0 61 9 14.8 30 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.6600553 1.6600553 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.68E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 98397442 C G TMEM131 CCDS46368.1 r.? - - intronic 13 0 0 61 7 11.5 38 3 7.9 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.289907834 1.289907834 1 0.474633267 0.474633267 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.69E-08 1 0.000925091 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 99026248 G A - - - - - - 41 0 0 59 6 10.2 38 7 18.4 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.144092166 1.144092166 1 1.10547495 1.10547495 1 0.782877893 0.782877893 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000561 1 8.61E-10 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 100537475 G A AFF3 CCDS42723.1 r.? - - intronic 41 0 0 63 9 14.3 39 5 12.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.60397235 1.60397235 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.62E-11 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 102736457 C G IL1R1 ENST00000409589 r.? - - intronic 46 0 0 67 5 7.5 51 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.84124424 0.84124424 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 103788056 C G - - - - - - 40 0 0 60 6 10 40 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 103981546 C T - - - - - - 45 0 0 73 8 11 36 8 22.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.233824885 1.233824885 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.93E-09 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 104238443 T A - - - - - - 23 0 0 76 11 14.5 42 13 31 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.62640553 1.62640553 1 1.86248497 0.931242485 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.08E-13 1 2.72E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 104336435 G A - - - - - - 36 0 0 66 8 12.1 31 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.357207373 1.357207373 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.73E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 104503969 G T - - - - - - 38 0 0 84 12 14.3 37 17 45.9 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.60397235 1.60397235 1 2.757679359 1.378839679 2 2.029401917 1.014700958 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.98E-14 1 1.1E-29 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 105005954 G A - - - - - - 14 0 0 60 14 23.3 49 21 42.9 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.613465438 1.306732719 2 2.577438878 1.288719439 2 2.037002673 1.018501337 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.54E-20 1 1.63E-35 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 105954275 A C C2orf49 CCDS2068.1 r.? - - intronic 12 0 0 47 4 8.5 18 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.953410138 0.953410138 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 106815463 G A UXS1 CCDS46378.1 r.? - - upstream 26 0 0 58 11 19 57 20 35.1 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.131152074 1.065576037 2 2.108813627 1.054406814 2 1.360535367 1.360535367 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 9.67E-32 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 107056264 G T RGPD3 CCDS46379.1 r.? - - intronic 10 0 0 12 5 41.7 6 1 16.7 8 1 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 4.677317972 2.338658986 2 1.003338677 1.003338677 1 0.95009453 0.95009453 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.4E-09 1 0.029627491 1 0.039306956 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 107079499 A C RGPD3 CCDS46379.1 r.? - - intronic 36 0 0 48 10 20.8 33 15 45.5 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.333050691 1.166525346 2 2.733647295 1.366823647 2 2.219420823 0.912291608 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.37E-14 1 2.91E-26 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 107589144 C T - - - - - - 45 0 0 61 6 9.8 51 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.099225806 1.099225806 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000685 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 109125672 C G GCC2 CCDS46382.1 r.6651c>g c.? p.? 3'UTR variant 32 0 0 58 8 13.8 39 13 33.3 44 15 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.547889401 1.547889401 1 2.000669339 1.000334669 2 2.591857879 1.065381639 2.432797586 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.99E-10 1 8.79E-21 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 109905627 C G SH3RF3 ENST00000309415 r.? - - intronic 48 0 0 59 4 6.8 39 8 20.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.762728111 0.762728111 1 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 110856363 C T MALL CCDS2085.1 r.? - - intronic 32 0 0 68 9 13.2 45 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.480589862 1.480589862 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.38E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 111907540 C T BCL2L11 CCDS2089.1 r.? - - intronic 47 0 0 58 9 15.5 43 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.738571429 1.738571429 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.67E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 112720147 A G MERTK CCDS2094.1 r.? - - intronic 40 0 0 77 9 11.7 47 6 12.8 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.312341014 1.312341014 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.32E-10 1 0.000000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 113469623 A G - - - - - - 22 0 0 60 10 16.7 60 17 28.3 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 1.700268537 0.850134269 2 1.854584523 0.927292262 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.86E-13 1 2.41E-25 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 113774866 T A IL1F8 CCDS2109.1 r.? - - downstream 46 0 0 58 14 24.1 42 10 23.8 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.703198157 1.351599078 2 1.429907816 1.429907816 1 2.14341326 1.07170663 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.04E-20 1 1.24E-14 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 114341453 G A MIR1302-3 ENST00000408128 r.? - - upstream 3 0 0 84 7 8.3 46 2 4.3 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.930976959 0.930976959 1 0.258344689 0.258344689 1 0.744874112 0.744874112 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000253 1 0.022369545 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 114415784 C G - - - - - - 22 0 0 49 11 22.4 37 17 45.9 23 10 43.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.512516129 1.256258065 2 2.757679359 1.378839679 2 3.306328966 1.359064554 2.432797586 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.19E-15 1 1.1E-29 1 1.05E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 114496770 G C SLC35F5 CCDS2119.1 r.? - - intronic 50 0 0 57 6 10.5 40 7 17.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.177741935 1.177741935 1 1.051402806 1.051402806 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000456 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115201342 C G DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 8 11.4 47 7 14.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.278691244 1.278691244 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.8E-09 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115519903 A G DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 47 0 0 62 14 22.6 32 12 37.5 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.534949309 1.267474654 2 2.253006012 1.126503006 2 1.824181498 0.912090749 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.42E-19 1 5.03E-20 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115553261 T C DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 50 0 0 70 7 10 40 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.11E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115884384 A G DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 5 8.8 42 8 19 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.987059908 0.987059908 1 1.141523046 1.141523046 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000105 1 3.96E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 116195953 C G DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 44 0 0 79 10 12.7 55 19 34.5 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.424506912 1.424506912 1 2.072765531 1.036382766 2 2.196618554 0.902918749 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-11 1 4.51E-30 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 116688800 G A - - - - - - 34 0 0 64 14 21.9 36 11 30.6 45 18 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.45643318 1.22821659 2 1.838452906 0.919226453 2 3.040302497 1.249714532 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.31E-19 1 2.62E-17 1 5.76E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 116793079 A G - - - - - - 35 0 0 67 10 14.9 36 15 41.7 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.671271889 1.671271889 1 2.505342685 1.252671343 2 2.090207967 1.045103983 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.87E-12 1 1.54E-25 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 117306617 C G - - - - - - 40 0 0 78 6 7.7 37 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.863677419 0.863677419 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000295 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 118554175 G C - - - - - - 43 0 0 61 10 16.4 60 17 28.3 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.839520737 0.919760369 2 1.700268537 0.850134269 2 2.880686616 1.184104519 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.98E-13 1 2.41E-25 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 119734019 C T MARCO CCDS2124.1 r.? - - intronic 29 0 0 51 13 25.5 49 15 30.6 26 8 30.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.860230415 1.430115207 2 1.838452906 0.919226453 2 2.341032923 0.96228019 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.87E-19 1 4.1E-23 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 121009794 C T RALB CCDS2131.1 r.? - - upstream 20 0 0 54 6 11.1 43 10 23.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.245041475 1.245041475 1 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000329 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 121079841 C G - - - - - - 13 0 0 60 4 6.7 55 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.751511521 0.751511521 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000243755 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 121586326 C T GLI2 CCDS33283.1 r.? - - intronic 28 0 0 65 8 12.3 54 9 16.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.379640553 1.379640553 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.53E-09 1 8.48E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 122070175 C A - - - - - - 28 0 0 77 11 14.3 42 10 23.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.60397235 1.60397235 1 1.429907816 1.429907816 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.41E-13 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 124163483 G A - - - - - - 43 0 0 71 6 8.5 40 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.953410138 0.953410138 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000169 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 124425075 A T - - - - - - 34 0 0 60 16 26.7 54 17 31.5 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.994829493 1.497414747 2 1.89252505 0.946262525 2 2.728671491 1.121618792 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.86E-23 1 3.02E-26 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 125890177 G T - - - - - - 41 0 0 71 10 14.1 41 14 34.1 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.581539171 1.581539171 1 2.048733467 1.024366733 2 1.770976205 0.885488102 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.42E-12 1 1.9E-22 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 125993960 T G - - - - - - 43 0 0 50 8 16 34 6 17.6 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.794654378 1.794654378 1 1.057410822 1.057410822 1 2.075006454 1.037503227 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 1.86E-08 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 126603793 T G - - - - - - 40 0 0 85 15 17.6 50 18 36 37 14 37.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.974119816 0.987059908 2 2.162885772 1.081442886 2 2.87308586 1.180980233 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.95E-19 1 5.92E-29 1 3.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 126943274 A G - - - - - - 40 0 0 45 5 11.1 41 17 41.5 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.245041475 1.245041475 1 2.493326653 1.246663327 2 2.789477541 1.146613083 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 1.03E-28 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 127707499 G A - - - - - - 31 0 0 63 11 17.5 57 24 42.1 45 18 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.962903226 0.981451613 2 2.529374749 1.264687375 2 3.040302497 1.249714532 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.37E-14 1 3.83E-40 1 5.76E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 128672829 G A - - - - - - 20 0 0 68 6 8.8 33 6 18.2 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.987059908 0.987059908 1 1.093458918 1.093458918 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000131 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 130382313 T C - - - - - - 24 0 0 54 9 16.7 27 12 44.4 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 2.667559118 1.333779559 2 2.044603429 1.022301715 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.48E-12 1 3.96E-21 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 132156181 A G - - - - - - 15 0 0 60 7 11.7 27 7 25.9 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.312341014 1.312341014 1 1.556076152 1.556076152 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.39E-08 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 132432458 C T - - - - - - 50 0 0 78 6 7.7 45 0 0 45 0 0 142 0 0 71 5 7 100 0 0 131 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.863677419 0.863677419 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 NA 0 5 NA 1 1 0.00000295 0.0000309 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 132432494 C T - - - - - - 40 0 0 80 8 10 47 0 0 48 0 0 110 0 0 52 4 7.7 89 0 0 120 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 NA 0 5 NA 1 1 8.22E-09 0.000139698 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 132442755 G T - - - - - - 47 0 0 76 5 6.6 41 1 2.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.740294931 0.740294931 1 0.144192385 0.144192385 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000043 1 0.18577148 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 132442758 A T - - - - - - 48 0 0 74 5 6.8 41 1 2.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.762728111 0.762728111 1 0.144192385 0.144192385 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000378 1 0.18577148 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 134700567 G C - - - - - - 39 0 0 59 7 11.9 39 2 5.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.334774194 1.334774194 1 0.306408818 0.306408818 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.12E-08 1 0.016387522 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136052084 C G ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 49 0 0 61 16 26.2 63 19 30.2 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.938746544 1.469373272 2 1.814420842 0.907210421 2 1.900189061 0.95009453 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.5E-23 1 9.48E-29 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136313864 G C R3HDM1 CCDS2177.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 6 11.8 36 4 11.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.323557604 1.323557604 1 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000232 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136954547 C A - - - - - - 39 0 0 79 5 6.3 46 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.706645161 0.706645161 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000518 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136982089 C T - - - - - - 32 0 0 82 14 17.1 37 12 32.4 37 13 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.918036866 0.959018433 2 1.946597194 0.973298597 2 2.667865441 1.096624502 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.77E-18 1 4.03E-19 1 3.89E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 138391807 A T THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 50 0 0 66 7 10.6 41 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.188958525 1.188958525 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 138576557 G A - - - - - - 22 0 0 71 11 15.5 38 10 26.3 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.738571429 0.869285714 2 1.580108216 1.580108216 1 1.816580742 0.908290371 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.49E-14 1 4.06E-15 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 139997695 C T - - - - - - 37 0 0 65 12 18.5 47 17 36.2 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.075069124 1.037534562 2 2.174901804 1.087450902 2 1.976196623 0.988098312 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.7E-16 1 1.81E-27 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140566509 G A - - - - - - 39 0 0 77 11 14.3 37 13 35.1 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.60397235 1.60397235 1 2.108813627 1.054406814 2 2.599458635 1.068505925 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.41E-13 1 3.89E-21 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140638449 A C - - - - - - 41 0 0 46 15 32.6 45 15 33.3 55 20 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 3.656608295 1.828304147 2 2.000669339 1.000334669 2 2.766675272 1.137240224 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.35E-23 1 9.14E-24 1 4.08E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140953677 C G - - - - - - 56 0 0 69 8 11.6 52 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.301124424 1.301124424 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 141370657 T C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 4 13.3 32 17 53.1 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.491806452 1.491806452 1 3.190256513 1.595128257 2 1.573356542 1.573356542 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000154 1 4.02E-31 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 141405368 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 40 0 0 71 4 5.6 32 7 21.9 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.628129032 0.628129032 1 1.315755511 1.315755511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000464961 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142101952 C A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 52 0 0 59 7 11.9 34 8 23.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.334774194 1.334774194 1 1.411883768 1.411883768 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.12E-08 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142117417 C T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 21 0 0 37 5 13.5 20 6 30 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.514239631 1.514239631 1 1.80240481 1.80240481 1 2.38663746 0.981025908 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000119 1 5.7E-10 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142258470 G A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 35 0 0 62 7 11.3 37 14 37.8 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.267474654 1.267474654 1 2.27103006 1.13551503 2 2.531051829 1.040387348 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.02E-08 1 3.35E-23 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142432413 A G LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 51 0 0 68 6 8.8 43 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 143796670 G A KYNU CCDS2183.1 r.? - - intronic 46 0 0 73 13 17.8 49 21 42.9 35 15 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.996552995 0.998276498 2 2.577438878 1.288719439 2 3.260724428 1.340318836 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.97E-17 1 1.63E-35 1 9.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 144215979 G C ARHGAP15 CCDS2184.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 7 12.1 61 0 0 34 0 0 212 0 0 211 13 6.2 260 0 0 179 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.357207373 1.357207373 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 NA 0 5 NA 1 1 1.88E-08 8.81E-11 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 144572090 C G - - - - - - 35 0 0 77 7 9.1 37 7 18.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.020709677 1.020709677 1 1.13551503 1.13551503 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000138 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 144723614 T A GTDC1 CCDS33300.1 r.? - - intronic 45 0 0 66 11 16.7 35 13 37.1 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 2.228973948 1.114486974 2 1.854584523 0.927292262 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.07E-14 1 1.63E-21 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 144864550 G A GTDC1 CCDS33300.1 r.? - - intronic 42 0 0 69 14 20.3 47 19 40.4 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.276967742 1.138483871 2 2.427238477 1.213619238 2 2.728671491 1.121618792 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.3E-19 1 1.16E-31 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 146858299 T A - - - - - - 46 0 0 73 8 11 45 17 37.8 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.233824885 1.233824885 1 2.27103006 1.13551503 2 2.363835191 0.971653049 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.93E-09 1 7.37E-28 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 146879297 G A - - - - - - 31 0 0 67 14 20.9 35 13 37.1 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.344267281 1.172133641 2 2.228973948 1.114486974 2 2.32583141 0.956031617 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.66E-19 1 1.63E-21 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147438859 C G - - - - - - 38 0 0 70 5 7.1 45 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.79637788 0.79637788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147533706 C A - - - - - - 40 0 0 66 11 16.7 41 13 31.7 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 1.904541082 0.952270541 2 1.61896108 1.61896108 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.07E-14 1 1.89E-20 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 149342967 C G - - - - - - 46 0 0 71 4 5.6 57 8 14 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.628129032 0.628129032 1 0.841122244 0.841122244 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000464961 1 5.19E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 152099321 G C - - - - - - 23 0 0 56 6 10.7 33 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.200175115 1.200175115 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 153167314 T C - - - - - - 26 0 0 64 7 10.9 42 9 21.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.222608295 1.222608295 1 1.285715431 1.285715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.78E-08 1 7.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 153449611 C T FMNL2 CCDS46429.1 r.? - - intronic 30 0 0 66 11 16.7 37 11 29.7 42 15 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 1.784380762 0.892190381 2 2.713469979 1.11537022 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.07E-14 1 3.7E-17 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 154172044 A G - - - - - - 48 0 0 61 6 9.8 49 10 20.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.099225806 1.099225806 1 1.225635271 1.225635271 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000685 1 6.72E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 154618315 G C - - - - - - 44 0 0 66 6 9.1 34 4 11.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.020709677 1.020709677 1 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000011 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 155730490 C T - - - - - - 34 0 0 66 11 16.7 32 13 40.6 49 17 34.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.873170507 0.936585253 2 2.439254509 1.219627255 2 2.637462416 1.084127357 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.07E-14 1 3.88E-22 1 4.26E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 156467829 T A - - - - - - 42 0 0 75 14 18.7 48 19 39.6 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.097502304 1.048751152 2 2.379174349 1.189587174 2 2.196618554 0.902918749 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.57E-18 1 1.92E-31 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 156578048 C T - - - - - - 59 0 0 63 17 27 36 8 22.2 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 3.028479263 1.514239631 2 1.333779559 1.333779559 1 2.113010235 1.056505118 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.22E-25 1 1.04E-11 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 157595804 A G - - - - - - 35 0 0 69 16 23.2 50 17 34 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.602248848 1.301124424 2 2.042725451 1.021362725 2 2.090207967 1.045103983 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.27E-22 1 6.43E-27 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 157969588 C T - - - - - - 38 0 0 55 6 10.9 33 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.222608295 1.222608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 157971258 T C - - - - - - 41 0 0 63 18 28.6 34 4 11.8 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 3.2079447 1.60397235 2 0.708945892 0.708945892 1 1.725371667 0.862685834 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.98E-27 1 0.0000257 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 158444638 G A ACVR1C CCDS2205.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 10 15.2 32 10 31.2 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.704921659 1.704921659 1 1.874501002 0.937250501 2 2.26502536 0.931037326 2.432797586 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-12 1 5.7E-16 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 159160502 C G CCDC148 CCDS33304.1 r.? - - intronic 47 0 0 52 9 17.3 43 13 30.2 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.940470046 0.970235023 2 1.814420842 0.907210421 2 1.43654293 1.43654293 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.92E-12 1 3.88E-20 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 160058175 C A TANC1 CCDS42766.1 r.? - - intronic 36 0 0 57 6 10.5 42 8 19 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.177741935 1.177741935 1 1.141523046 1.141523046 1 1.200919486 1.200919486 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000456 1 3.96E-11 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 160430900 G T BAZ2B CCDS2209.2 r.? - - intronic 29 0 0 61 4 6.6 51 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.740294931 0.740294931 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000259828 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 161516972 C G - - - - - - 47 0 0 47 10 21.3 43 12 27.9 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.389133641 1.19456682 2 1.676236473 0.838118236 2 1.778576961 0.88928848 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.27E-14 1 3.24E-18 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 162018619 T G TANK CCDS2215.1 r.? - - intronic 52 0 0 76 5 6.6 35 8 22.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.740294931 0.740294931 1 1.375835671 1.375835671 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000043 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 162360012 C T - - - - - - 43 0 0 65 7 10.8 48 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.211391705 1.211391705 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 162850354 G A DPP4 CCDS2216.1 r.? - - intronic 35 0 0 80 12 15 46 15 32.6 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.682488479 0.84124424 2 1.958613226 0.979306613 2 2.014200404 1.007100202 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.07E-14 1 1.35E-23 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 162983577 G A - - - - - - 31 0 0 55 15 27.3 46 16 34.8 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 3.062129032 1.531064516 2 2.090789579 1.04539479 2 1.565755786 1.565755786 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.01E-22 1 1.31E-25 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 163527651 C T KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 39 0 0 81 21 25.9 36 7 19.4 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.905096774 1.452548387 2 1.16555511 1.16555511 1 2.151014017 1.075507008 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.88E-30 1 5.74E-10 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 166112254 G T SCN2A CCDS33314.1 r.? - - intronic 45 0 0 69 12 17.4 53 22 41.5 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.951686636 0.975843318 2 2.493326653 1.246663327 2 1.816580742 0.908290371 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.65E-15 1 9.5E-37 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 166262665 G A - - - - - - 34 0 0 66 8 12.1 29 0 0 49 0 0 129 0 0 107 11 10.3 148 0 0 168 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.357207373 1.357207373 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 NA 0 5 NA 1 1 1.73E-09 9.74E-12 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 166358644 G A CSRNP3 ENST00000421875 r.? - - intronic 36 0 0 67 6 9 46 11 23.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.009493088 1.009493088 1 1.435915832 1.435915832 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000012 1 5.55E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 166358645 C A CSRNP3 ENST00000421875 r.? - - intronic 35 0 0 68 6 8.8 47 11 23.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.987059908 0.987059908 1 1.405875752 1.405875752 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000131 1 7.21E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 167365760 C T - - - - - - 51 0 0 61 8 13.1 41 14 34.1 44 14 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.469373272 1.469373272 1 2.048733467 1.024366733 2 2.417040485 0.993523053 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 1.9E-22 1 6.1E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 167694778 A C - - - - - - 51 0 0 73 15 20.5 47 14 29.8 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.299400922 1.149700461 2 1.790388778 0.895194389 2 1.520151249 1.520151249 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.38E-20 1 1.79E-21 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 167729724 A T - - - - - - 42 0 0 59 12 20.3 46 11 23.9 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 2.276967742 1.138483871 2 1.435915832 1.435915832 1 2.531051829 1.040387348 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.2E-16 1 5.55E-16 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 168876217 A T STK39 CCDS42770.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 6 10 48 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 170203798 G A LRP2 CCDS2232.1 r.? - - intronic 33 0 0 64 6 9.4 40 5 12.5 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.054359447 1.054359447 1 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000914 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 172108910 T G - - - - - - 36 0 0 46 7 15.2 51 9 17.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704921659 1.704921659 1 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.53E-09 1 4.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 174251281 C T - - - - - - 21 0 0 66 7 10.6 41 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188958525 1.188958525 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 174859692 A G - - - - - - 40 0 0 75 9 12 47 8 17 60 27 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.345990783 1.345990783 1 1.021362725 1.021362725 1 3.225581395 1.612790698 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-10 1 1.03E-10 1 5.59E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 174879958 G A - - - - - - 35 0 0 58 5 8.6 26 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 175764022 C A CHN1 CCDS46455.1 r.? - - intronic 46 0 0 64 12 18.8 46 20 43.5 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.108718894 1.054359447 2 2.613486974 1.306743487 2 2.573297158 1.286648579 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.3E-16 1 4.72E-34 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 176005064 A G ATF2 CCDS2262.1 r.? - - intronic 52 0 0 74 14 18.9 41 15 36.6 50 18 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.119935484 1.059967742 2 2.198933868 1.099466934 2 2.580465116 1.290232558 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.1E-18 1 1.71E-24 1 5.92E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 176018981 T A ATF2 CCDS2262.1 r.? - - intronic 25 0 0 61 9 14.8 39 4 10.3 44 2 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 0.618825651 0.618825651 1 0.32255814 0.32255814 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 0.0000447 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177028552 G A HOXD3 CCDS2270.1 r.? - - intronic 11 0 0 63 6 9.5 34 7 20.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.065576037 1.065576037 1 1.237651303 1.237651303 1 0 0 1 1 NA NA 1 0 0 1 4 NA 1 1 0.000000832 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177883559 G C - - - - - - 34 0 0 56 5 8.9 41 7 17.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000965 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 178052843 G C - - - - - - 52 0 0 57 4 7 41 11 26.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 1.610148297 1.610148297 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000199821 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 179108702 T C OSBPL6 CCDS2277.1 r.? - - intronic 26 0 0 75 5 6.7 47 11 23.4 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 1.405875752 1.405875752 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000403 1 7.21E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 181296061 C A - - - - - - 49 0 0 83 8 9.6 45 10 22.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.076792627 1.076792627 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000011 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 183072146 G A PDE1A CCDS2285.1 r.? - - intronic 29 0 0 68 6 8.8 29 12 41.4 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 2.487318637 1.243659319 2 2.0285323 1.01426615 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000131 1 1.17E-20 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 183138199 A T PDE1A CCDS2285.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 12 18.8 34 10 29.4 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.108718894 1.054359447 2 1.766356713 0.883178357 2 2.236403101 1.11820155 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.3E-16 1 1.15E-15 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 183376416 T G PDE1A CCDS2285.1 r.? - - intronic 19 0 0 44 5 11.4 33 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278691244 1.278691244 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 183887840 G A NCKAP1 CCDS2288.1 r.? - - intronic 40 0 0 59 10 16.9 32 9 28.1 44 19 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.895603687 0.947801843 2 1.688252505 1.688252505 1 3.09655814 1.54827907 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.91E-13 1 4.94E-14 1 2.39E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 184188440 G C - - - - - - 41 0 0 59 14 23.7 45 15 33.3 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.658331797 1.329165899 2 2.000669339 1.000334669 2 1.70597416 1.70597416 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-20 1 9.14E-24 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 185239113 C T - - - - - - 43 0 0 70 5 7.1 37 8 21.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.297731463 1.297731463 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000289 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 185705552 C A ZNF804A CCDS2291.1 r.? - - intronic 35 0 0 76 11 14.5 33 16 48.5 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 2.913887776 1.456943888 2 1.670134367 1.670134367 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.08E-13 1 1.64E-28 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 185947684 C T - - - - - - 36 0 0 71 17 23.9 26 9 34.6 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.680764977 1.340382488 2 2.078773547 1.039386774 2 2.730992248 1.365496124 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.12E-24 1 5.65E-15 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 186965719 G C - - - - - - 35 0 0 60 8 13.3 35 14 40 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.491806452 1.491806452 1 2.403206413 1.201603206 2 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 1.28E-23 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 187857450 C T - - - - - - 36 0 0 68 5 7.4 42 5 11.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.83002765 0.83002765 1 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000251 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192261379 G A MYO1B CCDS46477.1 r.? - - intronic 37 0 0 75 7 9.3 46 10 21.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043142857 1.043142857 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000115 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192409600 C G - - - - - - 32 0 0 58 6 10.3 41 7 17.1 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 193374899 A C - - - - - - 35 0 0 67 15 22.4 54 16 29.6 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.512516129 1.256258065 2 1.778372745 0.889186373 2 2.437105943 1.218552972 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.27E-21 1 2.69E-24 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 193713593 G A - - - - - - 35 0 0 63 12 19 41 13 31.7 48 16 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131152074 1.065576037 2 1.904541082 0.952270541 2 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.15E-16 1 1.89E-20 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194034753 T A - - - - - - 53 0 0 72 6 8.3 42 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194429492 C A - - - - - - 30 0 0 74 8 10.8 37 16 43.2 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.211391705 1.211391705 1 2.595462926 1.297731463 2 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.39E-09 1 1.78E-27 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194712690 C G - - - - - - 42 0 0 80 6 7.5 42 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84124424 0.84124424 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000342 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195107750 C A - - - - - - 39 0 0 67 18 26.9 46 17 37 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.017262673 1.508631336 2 2.222965932 1.111482966 2 2.121715762 1.060857881 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-26 1 1.16E-27 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195768705 C T - - - - - - 4 0 0 74 11 14.9 42 19 45.2 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.671271889 1.671271889 1 2.715623246 1.357811623 2 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-13 1 7.64E-33 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195865878 T A - - - - - - 48 0 0 66 7 10.6 55 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188958525 1.188958525 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 196267636 G A - - - - - - 40 0 0 62 14 22.6 36 11 30.6 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.534949309 1.267474654 2 1.838452906 0.919226453 2 1.878005168 0.939002584 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.42E-19 1 2.62E-17 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 196834188 C A DNAH7 CCDS42794.1 r.? - - intronic 45 0 0 74 10 13.5 53 7 13.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.514239631 1.514239631 1 0.793058116 0.793058116 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.24E-12 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 198170149 C T ANKRD44 ENST00000409153 r.? - - intronic 39 0 0 64 11 17.2 53 13 24.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.929253456 0.964626728 2 1.471963928 1.471963928 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.85E-14 1 8.53E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 198301188 C G SF3B1 CCDS33356.1 r.? - - upstream 32 0 0 63 11 17.5 33 8 24.2 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 0.981451613 2 1.45393988 1.45393988 1 2.179059432 1.089529716 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.37E-14 1 4.85E-12 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 199369851 A T - - - - - - 47 0 0 55 6 10.9 31 14 45.2 58 25 43.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222608295 1.222608295 1 2.715623246 1.357811623 2 3.089390181 1.54469509 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000367 1 1.49E-24 1 4.44E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 199840098 G C - - - - - - 47 0 0 74 6 8.1 35 5 14.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000216 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 200009526 A C - - - - - - 38 0 0 71 9 12.7 33 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.1E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 200011639 G C - - - - - - 50 0 0 70 7 10 46 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.11E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 200242017 G A SATB2 CCDS2327.1 r.? - - intronic 21 0 0 60 7 11.7 43 6 14 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0.841122244 0.841122244 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 200329850 C T SATB2 CCDS2327.1 r.? - - upstream 20 0 0 73 6 8.2 47 11 23.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 1.405875752 1.405875752 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000002 1 7.21E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 201732473 G T CLK1 CCDS2331.1 r.? - - upstream 13 0 0 67 17 25.4 54 26 48.1 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3 3 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.103013825 1.034337942 3 3.370855711 1.12361857 3 2.623472868 1.311736434 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.03E-24 1 2.44E-45 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 202106919 C A CASP8 CCDS42799.1 r.? - - intronic 33 0 0 70 21 30 52 14 26.9 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3 3 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.664976959 1.221658986 3 1.885156313 0.942578156 2 2.437105943 1.218552972 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.45E-31 1 9.04E-21 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 203051091 C G ENSG00000182329 ENST00000498697 r.? - - intronic 16 0 0 86 31 36 55 22 40 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.11797235 1.02359447 5 3.603206413 0.900801603 4 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.27E-49 1 2.65E-36 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 68331787 G C SAPS3 CCDS8182.1 r.1221g>c c.862G>C p.E288Q missense 48 0 0 65 8 12.3 39 0 0 48 0 0 227 1 0.4 127 12 9.4 176 1 0.6 140 2 1.4 FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.256640553 1.256640553 1 0 0 1 0 NA 0 1 0.030048096 0.030048096 1 0.07877617 NA 0 NA NA 1 0.679491664 1.53E-09 3.09E-12 1 0.586131654 1 0.155542249 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 203916807 G A NBEAL1 CCDS46495.1 r.? - - intronic 41 0 0 83 6 7.2 52 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02359447 1.02359447 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000424 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 204319774 A C RAPH1 CCDS2359.1 r.? - - intronic 42 0 0 89 6 6.7 62 7 11.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952511521 0.952511521 1 1.017905812 1.017905812 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000637 1 3.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 204493403 C G - - - - - - 34 0 0 91 11 12.1 53 9 17 44 15 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.720207373 0.860103687 2 1.531362725 1.531362725 1 2.444273902 1.222136951 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-12 1 7.1E-12 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 205104309 G C - - - - - - 43 0 0 49 6 12.2 37 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.734423963 1.734423963 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 205261074 A G - - - - - - 43 0 0 94 7 7.4 56 3 5.4 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.05202765 1.05202765 1 0.486432866 0.486432866 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000547 1 0.00284314 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 205444994 G A PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 42 0 0 78 10 12.8 62 7 11.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.819723502 0.909861751 2 1.017905812 1.017905812 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.02E-12 1 3.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 205904994 C G PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 14 24.1 23 12 52.2 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.462198157 1.231099078 2 2.614184369 1.307092184 2 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.04E-20 1 3.14E-22 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 206249070 G A PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 36 0 0 76 9 11.8 36 5 13.9 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.205557604 1.205557604 1 0.696114228 0.696114228 1 1.748981912 0.874490956 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.06E-10 1 0.00000104 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 206586405 G C NRP2 CCDS2364.1 r.? - - intronic 26 0 0 60 6 10 34 2 5.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0.295472946 0.295472946 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000621 1 0.012612579 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 208390899 A C CREB1 CCDS2375.1 r.? - - upstream 37 0 0 53 10 18.9 34 12 35.3 44 14 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.930935484 0.965467742 2 1.767829659 0.88391483 2 2.279410853 1.139705426 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.57E-13 1 1.21E-19 1 6.1E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 209174449 C T PIKFYVE CCDS2382.1 r.? - - intronic 48 0 0 48 9 18.8 41 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.920718894 0.960359447 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.75E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210389690 G A MAP2 CCDS33369.1 r.? - - intronic 47 0 0 64 11 17.2 41 14 34.1 45 16 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.757253456 0.878626728 2 1.707733467 0.853866733 2 2.551793282 1.275896641 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.85E-14 1 1.9E-22 1 8.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210757265 C G UNC80 CCDS46504.1 r.? - - intronic 44 0 0 59 6 10.2 22 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.042092166 1.042092166 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210985801 G C C2orf67 CCDS33370.1 r.? - - intronic 37 0 0 57 4 7 35 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71516129 0.71516129 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 212253895 G T ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 24 0 0 48 7 14.6 29 5 17.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.49162212 1.49162212 1 0.861378758 0.861378758 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 212320412 T C ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 47 0 0 65 7 10.8 30 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103391705 1.103391705 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 214997182 A G SPAG16 CCDS2396.1 r.? - - intronic 51 0 0 63 7 11.1 35 6 17.1 53 17 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0.856370741 0.856370741 1 2.300914729 1.150457364 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-08 1 2.24E-08 1 2.08E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 215298872 C G VWC2L CCDS46509.1 r.? - - intronic 57 0 0 66 5 7.6 40 6 15 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776460829 0.776460829 1 0.751202405 0.751202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000217 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 216080844 G A - - - - - - 42 0 0 49 12 24.5 29 7 24.1 59 23 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.503064516 1.251532258 2 1.206931864 1.206931864 1 2.795503876 1.397751938 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.9E-17 1 1.11E-10 1 1.45E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 216308410 G T - - - - - - 26 0 0 57 6 10.5 39 16 41 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.072741935 1.072741935 1 2.053286573 1.026643287 2 2.164723514 1.082361757 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 5.16E-27 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 217168709 C A Feb-00 CCDS33376.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 4 9.8 31 7 22.6 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000546 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 217940544 G A - - - - - - 44 0 0 51 7 13.7 46 8 17.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399672811 1.399672811 1 0.87139479 0.87139479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 7.46E-09 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 219472080 T G PLCD4 CCDS46516.1 r.? - - upstream 42 0 0 59 5 8.5 35 4 11.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.868410138 0.868410138 1 0.570913828 0.570913828 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 221792988 C T - - - - - - 28 0 0 61 9 14.8 34 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.68E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 224267229 G A - - - - - - 42 0 0 71 10 14.1 39 1 2.6 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.440539171 1.440539171 1 0.130208417 0.130208417 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.42E-12 1 0.177567718 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 226363005 A G KIAA1486 CCDS46529.1 r.? - - intronic 45 0 0 60 12 20 51 22 43.1 57 14 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.043317972 1.021658986 2 2.15845491 1.079227455 2 1.763317829 0.881658915 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.74E-16 1 3.24E-37 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 226405375 T C KIAA1486 CCDS46529.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 7 13.2 41 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 9.85E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 227486786 T C - - - - - - 32 0 0 55 9 16.4 32 13 40.6 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 2.033254509 1.016627255 2 1.713142119 0.856571059 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 3.88E-22 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 227569024 C G - - - - - - 52 0 0 71 4 5.6 33 5 15.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.572129032 0.572129032 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000464961 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 228239072 G A TM4SF20 CCDS2466.1 r.? - - intronic 46 0 0 54 10 18.5 30 7 23.3 51 21 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.890069124 0.945034562 2 1.166867735 1.166867735 1 2.953198966 1.476599483 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.91E-13 1 1.44E-10 1 4.73E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 228570354 C T SLC19A3 CCDS2468.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 6 13 29 4 13.8 47 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.328156682 1.328156682 1 0.691106212 0.691106212 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000123 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 229744123 C T - - - - - - 38 0 0 66 14 21.2 38 16 42.1 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.165917051 1.082958525 2 2.108374749 1.054187375 2 1.791989664 0.895994832 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.71E-19 1 3.06E-27 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 229812292 C G - - - - - - 37 0 0 58 7 12.1 31 8 25.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236207373 1.236207373 1 1.292068136 1.292068136 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.88E-08 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 230165203 G A - - - - - - 43 0 0 75 8 10.7 32 10 31.2 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 1.562501002 1.562501002 1 1.433591731 1.433591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.89E-09 1 5.7E-16 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 230476649 A G DNER CCDS33390.1 r.? - - intronic 50 0 0 60 8 13.3 33 3 9.1 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.358806452 1.358806452 1 0.455729459 0.455729459 1 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 0.000609557 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 230859002 T C FBXO36 CCDS2472.1 r.? - - intronic 37 0 0 58 11 19 25 11 44 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.941152074 0.970576037 2 2.203527054 1.101763527 2 2.071540052 1.035770026 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 2.04E-19 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 234552676 G C UGT1A10 CCDS33403.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 10 14.9 23 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.522271889 1.522271889 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.87E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 235215288 G A - - - - - - 38 0 0 55 8 14.5 31 10 32.3 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 1.617589178 1.617589178 1 2.171891473 1.085945736 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 3.94E-16 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 236176409 C A - - - - - - 16 0 0 53 7 13.2 22 3 13.6 39 13 33.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 0.68109018 0.68109018 1 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 0.000179267 1 8.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 238666081 G C LRRFIP1 CCDS2521.1 r.? - - intronic 37 0 0 57 4 7 36 5 13.9 51 16 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71516129 0.71516129 1 0.696114228 0.696114228 1 2.250739018 1.125369509 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 0.00000104 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 239428859 T G - - - - - - 30 0 0 65 12 18.5 36 14 38.9 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.890069124 0.945034562 2 1.948118236 0.974059118 2 2.214899225 1.107449612 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.7E-16 1 2.09E-23 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 240188477 C T HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 8 0 0 64 9 14.1 33 14 42.4 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.440539171 1.440539171 1 2.123398798 1.061699399 2 2.071540052 1.035770026 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.2E-11 1 4.57E-24 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 240197169 A T HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 3 0 0 64 5 7.8 37 9 24.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.796894009 0.796894009 1 1.216947896 1.216947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000186 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 241752352 C T KIF1A CCDS46561.1 r.? - - intronic 5 0 0 184 17 9.2 112 8 7.1 122 7 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.939926267 0.939926267 1 0.355569138 0.355569138 1 0.408573643 0.408573643 1 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.44E-16 1 0.000000117 1 0.00000317 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 242077142 G A PASK CCDS2545.1 r.? - - intronic 3 0 0 57 8 14 34 6 17.6 46 18 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.430322581 1.430322581 1 0.881410822 0.881410822 1 2.802671835 1.401335917 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-10 1 1.86E-08 1 9.41E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 243065392 C G - - - - - - 29 0 0 49 6 12.2 24 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.246423963 1.246423963 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 102722 A G - - - - - - 34 0 0 64 8 12.5 42 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.527073733 1.527073733 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 465064 T A CSNK2A1P CCDS13003.1 r.? - - intronic 32 0 0 66 8 12.1 46 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.478207373 1.478207373 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.73E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 1112670 A G PSMF1 CCDS13010.1 r.? - - intronic 49 0 0 55 8 14.5 53 20 37.7 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.77140553 1.77140553 1 2.265022044 1.132511022 2 1.514413235 1.514413235 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.86E-10 1 1.65E-32 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 2382347 G A TGM6 CCDS13025.1 r.? - - intronic 31 0 0 64 7 10.9 23 3 13 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.331608295 1.331608295 1 0.781042084 0.781042084 1 1.082805463 1.082805463 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 0.000205387 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 2397017 G A TGM6 CCDS13025.1 r.? - - intronic 30 0 0 55 6 10.9 42 13 31 44 15 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.331608295 1.331608295 1 1.86248497 0.931242485 2 2.582074565 1.074026243 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000367 1 2.72E-20 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 3435440 G A - - - - - - 38 0 0 52 18 34.6 40 13 32.5 43 14 32.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 4.226940092 1.408980031 3 1.95260521 0.976302605 2 2.468493573 1.026781687 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.39E-28 1 1.3E-20 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 3882131 T C PANK2 CCDS13072.1 r.? - - intronic 37 0 0 65 6 9.2 36 5 13.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.123926267 1.123926267 1 0.835114228 0.835114228 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000001 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 4116691 C T - - - - - - 18 0 0 61 15 24.6 34 11 32.4 40 16 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.005281106 1.001760369 3 1.946597194 0.973298597 2 3.02882647 1.259854831 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.73E-21 1 1.26E-17 1 8.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 4238250 C T - - - - - - 41 0 0 72 16 22.2 52 19 36.5 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.712082949 0.90402765 3 2.192925852 1.096462926 2 1.968737205 0.984368603 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.82E-22 1 1.24E-30 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 5470369 G A - - - - - - 44 0 0 56 7 12.5 46 11 23.9 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.527073733 1.527073733 1 1.435915832 1.435915832 1 2.718371757 1.13071971 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-08 1 5.55E-16 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6205683 T C - - - - - - 11 0 0 66 5 7.6 52 12 23.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.928460829 0.928460829 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000217 1 4.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6415850 T G - - - - - - 51 0 0 69 9 13 29 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.588156682 1.588156682 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6465467 T G - - - - - - 40 0 0 51 7 13.7 35 7 20 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.673672811 1.673672811 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 7.46E-09 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 7175211 C A - - - - - - 10 0 0 40 9 22.5 31 15 48.4 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.748732719 0.91624424 3 2.90787976 1.45393988 2 2.294336051 0.954340034 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.64E-13 1 8.51E-27 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 8150442 C G PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 46 0 0 51 15 29.4 38 9 23.7 39 18 46.2 274 0 0 160 41 25.6 252 78 31 168 47 28 TRUE TRUE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.591677419 1.197225806 3 1.4238998 1.4238998 1 3.498294573 1.455132329 2.404107518 3 1.86248497 0.931242485 2 2.120178529 1.060089264 2 6 5 1 1 8.22E-23 6.42E-57 2.79E-13 3.93E-114 2.15E-31 4.73E-67 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 8355921 C A PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 36 0 0 60 5 8.3 46 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.013976959 1.013976959 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 8601062 C T PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 9 15.3 50 18 36 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.869138249 0.934569124 2 2.162885772 1.081442886 2 2.082318198 1.041159099 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-11 1 5.92E-29 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 8699680 G A PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 41 0 0 45 5 11.1 35 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.356041475 1.356041475 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 8991575 C G - - - - - - 49 0 0 66 9 13.6 35 9 25.7 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.661456221 1.661456221 1 1.54406012 1.54406012 1 1.99902547 0.999512735 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.59E-11 1 1.23E-13 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 9690279 C T PAK7 CCDS13107.1 r.? - - intronic 44 0 0 65 15 23.1 38 12 31.6 46 17 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.822032258 0.940677419 3 1.898533066 0.949266533 2 2.801664485 1.165365718 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5E-21 1 5.86E-19 1 1.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 10670016 G A - - - - - - 45 0 0 59 7 11.9 52 27 51.9 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.453774194 1.453774194 1 3.118160321 1.55908016 2 1.408404308 1.408404308 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.12E-08 1 3.15E-48 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11599626 C A - - - - - - 11 0 0 47 10 21.3 27 11 40.7 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.602133641 0.86737788 3 2.445262525 1.222631263 2 1.150954058 1.150954058 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.27E-14 1 5.92E-19 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 12492612 G A - - - - - - 51 0 0 72 7 9.7 49 5 10.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.185009217 1.185009217 1 0.612817635 0.612817635 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 8.66E-08 1 0.00000496 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13089554 C T SPTLC3 CCDS13115.2 r.? - - intronic 50 0 0 56 12 21.4 39 12 30.8 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.61435023 0.871450077 3 1.850468938 0.925234469 2 1.84001208 0.92000604 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.11E-16 1 8.43E-19 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13655313 G A - - - - - - 32 0 0 59 6 10.2 38 10 26.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.246092166 1.246092166 1 1.580108216 1.580108216 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000561 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 14744270 G A MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 47 0 0 64 7 10.9 43 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.331608295 1.331608295 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 15288444 T G MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 39 0 0 62 4 6.5 45 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.794078341 0.794078341 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000276647 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 15582659 C T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 32 0 0 57 8 14 34 13 38.2 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.710322581 1.710322581 1 2.295062124 1.147531062 2 2.392772911 0.995285316 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.19E-10 1 1.03E-21 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 15618092 T A MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 40 0 0 32 9 28.1 41 9 22 48 20 41.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.432861751 1.14428725 3 1.321763527 1.321763527 1 3.157551595 1.313398661 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.94E-14 1 5.92E-13 1 1.4E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 15709562 A G MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 39 0 0 69 9 13 42 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.588156682 1.588156682 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 16452801 T C KIF16B CCDS13122.1 r.? - - intronic 43 0 0 72 9 12.5 39 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.527073733 1.527073733 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 18485370 G A SEC23B CCDS13137.1 r.? - - upstream 2 0 0 72 10 13.9 36 7 19.4 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.698105991 1.698105991 1 1.16555511 1.16555511 1 1.764291419 1.764291419 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.95E-12 1 5.74E-10 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 19057894 C G - - - - - - 47 0 0 77 8 10.4 48 15 31.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.270525346 1.270525346 1 1.874501002 0.937250501 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 6.05E-09 1 2.86E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 19599381 G T SLC24A3 CCDS13140.1 r.? - - intronic 40 0 0 73 9 12.3 43 0 0 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.502640553 1.502640553 1 0 0 1 0.15901339 0.15901339 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.42E-10 1 1 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 20502588 A G RALGAPA2 CCDS46584.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 13 19.1 27 9 33.3 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.333368664 1.166684332 2 2.000669339 1.000334669 2 2.317052249 0.963788945 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.96E-17 1 8.44E-15 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 21389815 T G - - - - - - 26 0 0 65 7 10.8 39 8 20.5 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.319391705 1.319391705 1 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 1 6.008016032 6.008016032 1 NA NA 0 4 NA 1 1 4.22E-08 1 2.09E-11 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 21882414 G T - - - - - - 53 0 0 60 13 21.7 54 14 25.9 54 17 31.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.651 0.883666667 3 1.556076152 1.556076152 1 2.385200845 0.992135679 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.07E-18 1 1.64E-20 1 3.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 22448487 A T - - - - - - 26 0 0 64 6 9.4 44 5 11.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.148359447 1.148359447 1 0.684913828 0.684913828 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000914 1 0.00000288 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 22503828 G A - - - - - - 28 0 0 69 9 13 42 18 42.9 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.588156682 1.588156682 1 2.577438878 1.288719439 2 2.574502499 1.070876606 2.404107518 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.45E-11 1 1.2E-30 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 22617879 G A - - - - - - 43 0 0 73 10 13.7 43 5 11.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.673672811 1.673672811 1 0.69692986 0.69692986 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.56E-12 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 22779028 C T - - - - - - 40 0 0 62 9 14.5 26 7 26.9 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.77140553 1.77140553 1 1.616156313 1.616156313 1 1.514413235 1.514413235 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.12E-11 1 4.73E-11 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 23961340 C G GGTLC1 CCDS13163.1 r.? - - downstream 1 0 0 58 8 13.8 47 3 6.4 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.685889401 1.685889401 1 0.384513026 0.384513026 1 0.946508272 0.946508272 1 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.99E-10 1 0.001719595 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 26074776 C T FAM182A ENST00000415411 r.? - - downstream 45 0 0 75 13 17.3 42 11 26.2 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.940470046 0.970235023 2 1.5741002 1.5741002 1 1.5447015 1.5447015 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.16E-16 1 1.81E-16 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 26102415 G T - - - - - - 69 0 0 103 9 8.7 59 11 18.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.975843318 0.975843318 1 1.117490982 1.117490982 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.21E-09 1 1.1E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 2102462 T C DCP1B CCDS31727.1 r.367a>g c.287A>G p.Q96R missense 36 0 0 48 12 25 39 13 33.3 38 10 26.3 167 1 0.6 102 21 20.6 184 66 35.9 147 47 32 TRUE TRUE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.804147465 1.402073733 2 2.000669339 1.000334669 2 1.760417814 0.880208907 2 2 2.156877756 1.078438878 2 2.141953234 1.070976617 2 6 5 1 0.567033311 1.44E-17 1.05E-27 8.79E-21 6.61E-102 4.06E-15 3.11E-70 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 31661973 G A C20orf185 CCDS13212.1 r.? - - downstream 14 0 0 61 11 18 41 13 31.7 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.018986175 1.009493088 2 1.904541082 0.952270541 2 2.339768448 0.973237857 2.404107518 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 1.62E-14 1 1.89E-20 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 32831637 G A - - - - - - 9 0 0 50 6 12 48 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.345990783 1.345990783 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 33310522 G A NCOA6 CCDS13241.1 r.? - - intronic 34 0 0 60 8 13.3 46 13 28.3 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.491806452 1.491806452 1 1.700268537 0.850134269 2 1.620422161 1.620422161 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.93E-10 1 1.07E-19 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112623282 G A C12orf51 CCDS44978.1 r.8240c>u c.8222C>T p.T2741I missense 19 0 0 50 5 10 35 4 11.4 27 0 0 199 0 0 247 21 8.5 134 32 23.9 138 1 0.7 TRUE TRUE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 0.456913828 0.456913828 1 0 0 1 1 0.957915832 0.957915832 1 0.043175711 0.043175711 1 4 4 1 1 0.00000549 2.33E-19 0.0000289 1.12E-43 1 0.499291294 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 37140957 A G RALGAPB CCDS13305.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 19 35.2 47 18 38.3 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.948239631 1.974119816 2 2.30107014 1.15053507 2 2.188327124 0.910245115 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.97E-30 1 1.52E-29 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 37655531 G A DHX35 CCDS13310.1 r.? - - intronic 47 0 0 63 9 14.3 42 6 14.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.60397235 1.60397235 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.62E-11 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 37673854 C T - - - - - - 15 0 0 32 6 18.8 21 8 38.1 20 7 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.108718894 1.054359447 2 2.289054108 1.144527054 2 2.650223161 1.102372977 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.27E-08 1 7.5E-14 1 5.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 38340875 G C - - - - - - 39 0 0 64 6 9.4 55 19 34.5 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.054359447 1.054359447 1 2.072765531 1.036382766 2 2.839524815 1.181113904 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000914 1 4.51E-30 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 39277006 C A - - - - - - 24 0 0 55 5 9.1 50 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 1.250305374 1.250305374 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40021880 C G AL031667.1 ENST00000500201 r.? - - upstream 4 0 0 74 7 9.5 35 5 14.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 1.305263852 1.305263852 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000105 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40383454 C T - - - - - - 24 0 0 84 14 16.7 41 11 26.8 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 2.294516456 0.92633989 2.476970366 1.610148297 1.610148297 1 1.817295882 0.908647941 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.4E-17 1 1.34E-16 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40477331 G A - - - - - - 35 0 0 72 8 11.1 45 6 13.3 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 1.525097764 1.525097764 1 0.799066132 0.799066132 1 0.166585456 0.166585456 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.52E-09 1 0.000000108 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40787303 C G PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 35 0 0 100 12 12 60 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 1.648754339 1.648754339 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.71E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40787541 C A PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 55 0 0 70 14 20 47 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 2.747923899 0.915974633 3 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.08E-19 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 41691879 A C PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 44 0 0 71 17 23.9 45 12 26.7 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 3.283769059 0.944434008 3.476970366 1.604140281 1.604140281 1 2.521498036 1.048829146 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.12E-24 1 6.03E-18 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 42577453 C T TOX2 CCDS42875.1 r.? - - intronic 17 0 0 85 8 9.4 51 11 21.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 1.291524233 1.291524233 1 1.297731463 1.297731463 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.34E-08 1 1.94E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 43412903 G C RIMS4 CCDS13338.1 r.? - - intronic 27 0 0 60 11 18.3 40 3 7.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 2.514350368 1.015091017 2.476970366 0.450601202 0.450601202 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.34E-14 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 131285802 G C STX2 CCDS9270.1 r.738c>g c.571C>G p.L191V missense 44 0 0 60 7 11.7 37 5 13.5 35 15 42.9 208 0 0 123 12 9.8 104 28 26.9 127 40 31.5 TRUE TRUE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0.541082164 0.541082164 1 2.646054264 1.323027132 2 1 1.078156313 1.078156313 1 1.942906977 0.971453488 2 6 5 1 1 2.39E-08 2.1E-12 0.00000119 4.62E-40 9.02E-26 1.04E-59 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 44832477 A C CDH22 CCDS13395.1 r.? - - intronic 45 0 0 73 18 24.7 47 17 36.2 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 3.393686015 0.976046862 3.476970366 2.174901804 1.087450902 2 1.938448941 0.96922447 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.62E-25 1 1.81E-27 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 46712522 A C - - - - - - 46 0 0 60 7 11.7 40 15 37.5 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.546341014 1.546341014 1 2.253006012 1.126503006 2 1.552273566 1.552273566 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.39E-08 1 1.09E-24 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 46900791 G C - - - - - - 25 0 0 61 5 8.2 38 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.083760369 1.083760369 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 47827059 C G - - - - - - 37 0 0 70 5 7.1 55 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.93837788 0.93837788 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 48067084 A G KCNB1 CCDS13418.1 r.? - - intronic 28 0 0 66 16 24.2 31 9 29 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.198414747 1.066138249 3 1.742324649 1.742324649 1 2.317052249 0.963788945 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.03E-22 1 3.57E-14 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 48783582 T C - - - - - - 21 0 0 55 9 16.4 36 14 38.9 54 17 31.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.167520737 1.083760369 2 2.337118236 1.168559118 2 2.385200845 0.992135679 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.01E-11 1 2.09E-23 1 3.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 49016806 C T - - - - - - 18 0 0 65 6 9.2 35 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.215926267 1.215926267 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 49710297 T C - - - - - - 26 0 0 67 14 20.9 39 12 30.8 43 14 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.762267281 0.92075576 3 1.850468938 0.925234469 2 2.468493573 1.026781687 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.66E-19 1 8.43E-19 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 52387935 T G - - - - - - 26 0 0 63 11 17.5 39 19 48.7 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.312903226 1.156451613 2 2.925903808 1.462951904 2 0.666341823 0.666341823 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.37E-14 1 1.2E-33 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 52545183 C T - - - - - - 3 0 0 55 6 10.9 30 10 33.3 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.440608295 1.440608295 1 2.000669339 1.000334669 2 1.893016544 0.946508272 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000367 1 2.68E-16 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 53616666 T G - - - - - - 29 0 0 50 8 16 30 7 23.3 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.114654378 1.057327189 2 1.399867735 1.399867735 1 2.332196382 0.97008822 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 1.44E-10 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 53628927 T C - - - - - - 38 0 0 81 8 9.9 46 6 13 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.308442396 1.308442396 1 0.781042084 0.781042084 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 9.08E-09 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 53639850 T G - - - - - - 42 0 0 69 10 14.5 33 12 36.4 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.91640553 0.958202765 2 2.186917836 1.093458918 2 2.41548911 1.004734227 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.54E-12 1 7.86E-20 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 54235439 G C - - - - - - 31 0 0 59 4 6.8 44 8 18.2 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.898728111 0.898728111 1 1.093458918 1.093458918 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00022841 1 5.9E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 54458248 T A - - - - - - 28 0 0 66 6 9.1 45 10 22.2 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.202709677 1.202709677 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000011 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 54668089 C A - - - - - - 33 0 0 57 8 14 47 5 10.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.850322581 1.850322581 1 0.636849699 0.636849699 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 5.19E-10 1 0.00000402 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 54670402 A G - - - - - - 36 0 0 71 16 22.5 38 14 36.8 37 16 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.973732719 0.99124424 3 2.2109499 1.10547495 2 3.271132587 1.360643217 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.77E-22 1 5.28E-23 1 1.78E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 55438759 C T - - - - - - 40 0 0 71 14 19.7 59 24 40.7 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.603668203 0.867889401 3 2.445262525 1.222631263 2 1.991453404 0.995726702 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-18 1 1.09E-39 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 57939374 G A - - - - - - 10 0 0 60 14 23.3 37 13 35.1 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 3.079465438 1.026488479 3 2.108813627 1.054406814 2 2.067174066 1.033587033 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.54E-20 1 3.89E-21 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 58718015 C G - - - - - - 40 0 0 67 4 6 42 12 28.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.792995392 0.792995392 1 1.718292585 0.859146293 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000372648 1 2.35E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 58902135 A G - - - - - - 32 0 0 67 7 10.4 36 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.374525346 1.374525346 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59265502 T A ENSG00000237240 ENST00000456299 r.? - - intronic 28 0 0 62 13 21 36 14 38.9 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.775483871 0.92516129 3 2.337118236 1.168559118 2 1.847584147 0.923792073 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.08E-18 1 2.09E-23 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59615447 C T - - - - - - 21 0 0 66 10 15.2 42 13 31 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.008921659 1.004460829 2 1.86248497 0.931242485 2 2.332196382 0.97008822 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.6E-12 1 2.72E-20 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59826628 G A CDH4 CCDS13488.1 r.? - - upstream 10 0 0 59 9 15.3 43 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.022138249 1.011069124 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.96E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60020256 G C CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 21 0 0 76 7 9.2 41 9 22 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.215926267 1.215926267 1 1.321763527 1.321763527 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000126 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60055842 C A CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 16 0 0 75 16 21.3 38 12 31.6 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.815133641 0.93837788 3 1.898533066 0.949266533 2 2.756232087 1.146467896 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.88E-22 1 5.86E-19 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60362304 G C CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 31 0 0 62 7 11.3 49 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.493474654 1.493474654 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 61317291 G A - - - - - - 8 0 0 62 12 19.4 43 14 32.6 35 11 31.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 2.564018433 0.854672811 3 1.958613226 0.979306613 2 2.377628779 0.988986042 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.19E-16 1 4.18E-22 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 9908994 G A ENSG00000227328 ENST00000416067 r.? - - intronic 3 1 33.3 303 31 10.2 95 11 11.6 95 17 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 0.58092986 0.58092986 1 0.925064599 0.925064599 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.014925125 1 2.6E-30 1 2.59E-12 1 1.35E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 10596873 A G - - - - - - 1 0 0 107 20 18.7 57 6 10.5 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.097502304 1.048751152 2 0.525841683 0.525841683 1 0.671834625 0.671834625 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.51E-25 1 0.000000456 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 14452734 G A - - - - - - 42 0 0 45 6 13.3 29 9 31 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.491806452 1.491806452 1 1.55248497 1.55248497 1 0.682170543 0.682170543 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000108 1 1.79E-14 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 14637015 C T - - - - - - 46 0 0 64 10 15.6 25 5 20 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 0.874894009 2 1.001603206 1.001603206 1 1.379844961 1.379844961 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.16E-12 1 0.000000153 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 14703647 G A - - - - - - 38 0 0 76 6 7.9 42 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000253 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 16173445 G A - - - - - - 46 0 0 67 15 22.4 29 3 10.3 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.512516129 1.256258065 2 0.515825651 0.515825651 1 1.426356589 1.426356589 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.27E-21 1 0.000414371 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 17302372 C T - - - - - - 52 0 0 81 13 16 36 10 27.8 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.794654378 0.897327189 2 1.392228457 1.392228457 1 1.090439276 1.090439276 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.34E-16 1 2.21E-15 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 17387442 T C - - - - - - 28 0 0 44 8 18.2 17 3 17.6 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041419355 1.020709677 2 0.881410822 0.881410822 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.9E-11 1 0.0000807 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 17431273 T G - - - - - - 42 0 0 69 7 10.1 27 5 18.5 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132875576 1.132875576 1 0.926482966 0.926482966 1 1.11627907 1.11627907 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.43E-08 1 0.00000023 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 17812608 A T - - - - - - 27 0 0 56 13 23.2 28 4 14.3 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.602248848 1.301124424 2 0.716146293 0.716146293 1 1.214470284 1.214470284 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.89E-18 1 0.0000116 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 19223193 A G CHODL ENST00000427223 r.? - - intronic 44 0 0 63 14 22.2 25 12 48 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1.431516776 2 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 2.046082949 1.023041475 2 1.923847695 0.961923848 2 1.531625319 1.531625319 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.81E-19 1 1.2E-21 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 19911390 C G - - - - - - 42 0 0 67 10 14.9 26 6 23.1 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1.431516776 2 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 1.373271889 1.373271889 1 0.925851703 0.925851703 1 0.170180591 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.87E-12 1 3.3E-09 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 20979133 G A - - - - - - 49 0 0 61 8 13.1 25 5 20 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1.431516776 2 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 1.207373272 1.207373272 1 0.801603206 0.801603206 1 0.708319217 0.708319217 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 0.000000153 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 24671319 A G - - - - - - 23 0 0 45 10 22.2 35 17 48.6 28 10 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 2 1.431516776 1 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 1.824082949 1.824082949 1 1.947895792 0.973947896 2 1.642012729 1.642012729 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.66E-14 1 3.18E-30 1 1.18E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 25548837 C T - - - - - - 28 0 0 56 6 10.7 28 10 35.7 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 1.787861723 0.893930862 2 0.739018088 0.739018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 1.18E-16 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 26159619 A C - - - - - - 45 0 0 58 5 8.6 32 8 25 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.792626728 0.792626728 1 1.252004008 1.252004008 1 1.080103359 1.080103359 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 3.69E-12 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 27746391 G A - - - - - - 46 0 0 67 9 13.4 51 5 9.8 97 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 14.52352703 3 2 13 1 1 1 1 1 0.476472966 NA NA 13 NA NA 2 NA NA 0.523527034 1.503023041 1.503023041 1 0.490785571 0.490785571 1 1.096872113 1.096872113 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-11 1 0.00000606 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974612 C G - - - - - - 53 0 0 81 14 17.3 94 52 55.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.940470046 0.970235023 2 4.981432866 0.996286573 5 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.14E-18 1 1.73E-93 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974632 C G - - - - - - 52 0 0 87 14 16.1 99 53 53.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.805870968 0.902935484 2 4.819288577 0.963857715 5 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.35E-17 1 3.51E-94 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974650 C A - - - - - - 48 0 0 98 14 14.3 94 49 52.1 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60397235 0.801986175 2 4.693176353 0.938635271 5 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.34E-16 1 2.13E-86 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974698 C A - - - - - - 29 0 0 97 17 17.5 84 42 50 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 0.981451613 2 4.504008016 0.900801603 5 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.97E-21 1 3.11E-73 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974717 C G - - - - - - 26 0 0 89 14 15.7 84 46 54.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.761004608 0.880502304 2 4.936392786 0.987278557 5 NA NA 1 0 9.008016032 9.008016032 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.28E-17 1 1.36E-82 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974735 C G - - - - - - 32 0 0 83 15 18.1 83 45 54.2 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.030202765 1.015101382 2 4.882344689 0.976468938 5 NA NA 1 0 9.008016032 9.008016032 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.7E-19 1 1.49E-80 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 28974758 C G - - - - - - 37 0 0 65 12 18.5 84 43 51.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 NA 3 5 NA 1 2 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 4.612104208 0.922420842 5 NA NA 1 0 9.008016032 9.008016032 1 NA NA 1 NA NA 1 1 7.7E-16 1 1.53E-75 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 30117629 T G - - - - - - 51 0 0 66 7 10.6 61 10 16.4 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.188958525 1.188958525 1 1.477314629 1.477314629 1 1.643821257 1.643821257 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000047 1 6.98E-13 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 30400173 T C USP16 CCDS13583.1 r.? - - intronic 41 0 0 68 5 7.4 63 4 6.3 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.83002765 0.83002765 1 0.56750501 0.56750501 1 1.417687116 1.417687116 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000251 1 0.000294233 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 30495817 A T C21orf7 CCDS13584.1 r.? - - intronic 32 0 0 75 13 17.3 51 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.940470046 0.970235023 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.16E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 30660546 C T - - - - - - 47 0 0 74 8 10.8 65 22 33.8 51 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.211391705 1.211391705 1 3.044709419 1.01490314 3 0.173949339 0.173949339 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.39E-09 1 2.36E-34 1 0.225579006 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31346297 C T - - - - - - 51 0 0 68 21 30.9 85 56 65.9 51 24 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 3.465926267 1.155308756 3 7.913282565 0.989160321 8 4.096506943 1.160645217 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.15E-32 1 5.39E-107 1 1.2E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31581034 G A - - - - - - 30 0 0 53 26 49.1 58 37 63.8 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 5.507345622 1.835781874 3 7.661114228 0.957639279 8 3.400709586 0.963508025 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.27E-45 1 2.2E-70 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31686346 T G - - - - - - 43 0 0 75 7 9.3 79 24 30.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.043142857 1.043142857 1 3.650436874 0.912609218 4 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000115 1 5.2E-36 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31698198 T C - - - - - - 48 0 0 70 29 41.4 79 56 70.9 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 4.643668203 1.547889401 3 8.513683367 1.064210421 8 3.035415973 1.011805324 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.18E-48 1 6.03E-110 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 35452757 A G SLC5A3 CCDS33549.1 r.? - - intronic 42 0 0 58 5 8.6 43 10 23.3 48 18 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.878626728 0.878626728 1 1.399867735 1.399867735 1 3.261550114 0.924080587 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 1.61E-14 1 2.42E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 36260802 C A RUNX1 CCDS42922.1 r.186g>u c.? p.? 5'UTR variant 3 0 0 45 11 24.4 17 1 5.9 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 2.492847926 1.246423963 2 0.354472946 0.354472946 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.24E-16 1 0.081683532 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 36411967 G C RUNX1 CCDS13639.1 r.? - - intronic 41 0 0 57 6 10.5 40 9 22.5 41 17 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.072741935 1.072741935 1 1.351803607 1.351803607 1 3.609448793 1.022649183 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 4.64E-13 1 1.03E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 37400957 A G - - - - - - 23 0 0 62 6 9.7 46 10 21.7 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.991009217 0.991009217 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000756 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 38222916 T C HLCS CCDS13647.1 r.? - - intronic 9 0 0 54 5 9.3 32 1 3.1 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.950142857 0.950142857 1 0.186248497 0.186248497 1 1.495964319 1.495964319 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 0.14819814 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 38400239 A G - - - - - - 36 0 0 69 6 8.7 41 7 17.1 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.888843318 0.888843318 1 1.027370741 1.027370741 1 1.739493394 1.739493394 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 1.51E-09 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 39056120 T C KCNJ6 CCDS42927.1 r.? - - intronic 23 1 4.3 65 32 49.2 41 21 51.2 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 5.026562212 2.513281106 2 3.076104208 1.538052104 2 3.426801987 0.97090067 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.108890944 1 7.16E-56 1 1.17E-37 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 39427321 C T DSCR4 ENST00000328264 r.? - - intronic 32 0 0 55 9 16.4 47 19 40.4 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.675520737 1.675520737 1 2.427238477 1.213619238 2 2.58314769 1.021205455 2.529508314 0 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 1.16E-31 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 40328535 C T - - - - - - 31 0 0 58 9 15.5 39 11 28.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.583571429 1.583571429 1 1.694260521 0.847130261 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.67E-11 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 42134783 C G DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 31 0 0 65 4 6.2 53 21 39.6 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.633428571 0.633428571 1 2.379174349 1.189587174 2 2.061299672 1.030649836 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000331785 1 1.3E-34 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 43295722 C T PRDM15 CCDS42932.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 6 11.8 29 13 44.8 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.205557604 1.205557604 1 2.691591182 1.345795591 2 2.226551545 1.113275772 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000232 1 7.69E-23 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 43661312 C T ABCG1 CCDS42937.1 r.? - - intronic 30 0 0 62 6 9.7 39 12 30.8 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.991009217 0.991009217 1 1.850468938 0.925234469 2 1.739493394 0.869746697 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 8.43E-19 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 45699981 T C - - - - - - 4 0 0 48 6 12.5 49 7 14.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 1.277073733 1.277073733 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000016 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 63453899 G A KCNH5 CCDS9756.1 r.709c>u c.440C>T p.T147M missense 44 0 0 52 7 13.5 26 11 42.3 23 7 30.4 160 0 0 117 10 8.5 122 62 50.8 115 26 22.6 TRUE TRUE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.244239631 1.244239631 1 1.695390782 0.847695391 2 1.715432589 1.715432589 1 1 2.036072144 1.018036072 2 1.275288701 1.275288701 1 6 5 1 1 8.58E-09 5.36E-10 3.52E-19 6.08E-108 1.79E-11 4.26E-35 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 21 46921583 C G COL18A1 ENST00000359759 r.? - - intronic 6 0 0 67 5 7.5 64 3 4.7 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.76624424 0.76624424 1 0.282376754 0.282376754 1 0.28701641 0.28701641 1 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000233 1 0.004148608 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 47026090 G A - - - - - - 10 0 0 56 22 39.3 46 12 26.1 41 20 48.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 4.015119816 2.007559908 2 1.568092184 1.568092184 1 4.244363882 1.20253687 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.34E-36 1 8.12E-18 1 2.32E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 16233828 G T - - - - - - 5 0 0 19 4 21.1 9 3 33.3 5 1 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.0000103 1 0.024751247 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 16326789 C T - - - - - - 15 0 0 29 5 17.2 14 5 35.7 9 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.101253456 2.101253456 1 1.787861723 1.787861723 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000336 1 6.03E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 17817271 G A - - - - - - 34 0 0 65 12 18.5 44 15 34.1 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.260069124 1.130034562 2 1.707733467 0.853866733 2 1.14724031 1.14724031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.7E-16 1 6.12E-24 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 17858085 C T CECR2 ENST00000400585 r.? - - intronic 4 0 0 46 9 19.6 32 16 50 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.394451613 1.197225806 2 2.504008016 1.252004008 2 1.541989664 1.541989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-12 1 8.51E-29 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 18345694 G A ENSG00000093100 CCDS46661.1 r.5301c>u c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 47 5 10.6 45 1 2.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.294958525 1.294958525 1 0.110176353 0.110176353 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000402 1 0.201934322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 18774068 C G - - - - - - 13 0 0 24 4 16.7 9 0 0 9 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.040170507 2.040170507 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 19567919 G T - - - - - - 34 0 0 66 12 18.2 48 18 37.5 27 11 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.223419355 1.111709677 2 1.878006012 0.939003006 2 2.103359173 1.051679587 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.36E-16 1 2.42E-29 1 5.92E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 19762711 G T TBX1 CCDS13765.1 r.? - - intronic 16 0 0 59 13 22 42 8 19 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.68764977 0.895883257 3 0.951523046 0.951523046 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.99E-18 1 3.96E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 21538139 A T - - - - - - 0 0 NA 99 11 11.1 36 4 11.1 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.356041475 1.356041475 1 0.55588978 0.55588978 1 0.418604651 0.418604651 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.11E-12 1 0.0000324 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 22235587 G A - - - - - - 11 0 0 56 8 14.3 41 0 0 22 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.74697235 1.74697235 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 25320123 C T SGSM1 CCDS46675.1 r.? - - intronic 20 0 0 57 6 10.5 38 6 15.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.282741935 1.282741935 1 0.791266533 0.791266533 1 0.217054264 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 3.76E-08 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 25780900 G A LRP5L CCDS33626.1 r.? - - intronic 14 0 0 71 7 9.9 19 5 26.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.209442396 1.209442396 1 1.317108216 1.317108216 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.85E-08 1 3.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 27227740 G A - - - - - - 23 0 0 63 7 11.1 30 7 23.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.356041475 1.356041475 1 1.166867735 1.166867735 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.38E-08 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 28495757 C T TTC28 CCDS46678.1 r.? - - intronic 30 0 0 72 16 22.2 42 11 26.2 25 12 48 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.712082949 0.90402765 3 1.3121002 1.3121002 1 2.480620155 1.240310078 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.82E-22 1 1.81E-16 1 1.2E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 28674459 A C TTC28 CCDS46678.1 r.? - - intronic 39 0 0 63 6 9.5 41 1 2.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.160576037 1.160576037 1 0.120192385 0.120192385 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000832 1 0.18577148 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 29094083 T A CHEK2 CCDS33629.1 r.? - - intronic 25 0 0 48 9 18.8 29 10 34.5 30 13 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.296718894 1.148359447 2 1.727765531 0.863882766 2 2.237726098 1.118863049 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.75E-12 1 1.79E-16 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 29178032 C T CCDC117 CCDS13846.1 r.? - - intronic 10 0 0 53 14 26.4 31 12 38.7 24 12 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.225179724 1.075059908 3 1.938102204 0.969051102 2 2.583979328 1.291989664 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.22E-20 1 3.16E-20 1 6.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 30810437 C T SEC14L2 CCDS13876.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 14 24.6 33 11 33.3 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.005281106 1.001760369 3 1.667669339 0.833834669 2 1.240310078 1.240310078 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.84E-20 1 8.54E-18 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 31813055 A T DRG1 CCDS13897.1 r.? - - intronic 14 0 0 52 17 32.7 41 8 19.5 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.994824885 1.331608295 3 0.976563126 0.976563126 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.42E-26 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 34329582 G A - - - - - - 47 0 0 63 8 12.7 37 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.678506912 1.678506912 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.18E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 34874076 T A - - - - - - 46 0 0 64 14 21.9 45 23 51.1 34 14 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.89443318 0.96481106 3 2.559096192 1.279548096 2 2.129198966 1.064599483 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.31E-19 1 4.42E-41 1 7.74E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 35763268 G A - - - - - - 29 0 0 80 13 16.2 33 5 15.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.141087558 1.070543779 2 0.761218437 0.761218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.82E-16 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 36274413 C G RBM9 CCDS43013.1 r.? - - intronic 29 0 0 63 5 7.9 34 3 8.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.044110599 1.044110599 1 0.440705411 0.440705411 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 0.000666058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 36616733 C A - - - - - - 29 0 0 51 8 15.7 39 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075004608 1.037502304 2 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.05E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 37346171 G A - - - - - - 38 0 0 78 9 11.5 40 11 27.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.519907834 1.519907834 1 1.377204409 1.377204409 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.61E-10 1 9.88E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 37890977 T G CARD10 CCDS13948.1 r.? - - intronic 4 0 0 63 4 6.3 37 1 2.7 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.832645161 0.832645161 1 0.135216433 0.135216433 1 0.23255814 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000294233 1 0.169281299 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 40251665 C T ENTHD1 CCDS13998.1 r.? - - intronic 38 0 0 49 6 12.2 33 5 15.2 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612423963 1.612423963 1 0.761218437 0.761218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 40854875 A C MKL1 CCDS14003.1 r.? - - intronic 10 0 0 58 5 8.6 31 5 16.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136626728 1.136626728 1 0.806290581 0.806290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 43457517 T A TTLL1 CCDS14043.1 r.? - - intronic 7 0 0 81 7 8.6 49 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136626728 1.136626728 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000197 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 43803525 T G MPPED1 CCDS46723.1 r.? - - upstream 7 0 0 61 3 4.9 53 1 1.9 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.647612903 0.647612903 1 0.095152305 0.095152305 1 0.19121447 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003623631 1 0.233303855 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 44758304 C A ENSG00000220702 ENST00000406912 r.? - - upstream 44 0 0 69 12 17.4 41 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.299686636 1.149843318 2 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.65E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 46921261 G C CELSR1 CCDS14076.1 r.? - - intronic 9 0 0 48 8 16.7 36 4 11.1 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.207170507 1.103585253 2 0.55588978 0.55588978 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.23E-10 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 46962343 A C AL078611.1 ENST00000509577 r.? - - intronic 47 0 0 56 7 12.5 38 11 28.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.652073733 1.652073733 1 1.447316633 1.447316633 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.46E-08 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 48491394 G C - - - - - - 46 0 0 56 8 14.3 22 3 13.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.88997235 0.944986175 2 0.68109018 0.68109018 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 0.000179267 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 48927368 C T FAM19A5 CCDS46728.1 r.? - - intronic 1 0 0 68 8 11.8 28 8 28.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559557604 1.559557604 1 1.432292585 1.432292585 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.21E-09 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 49257923 G C - - - - - - 27 0 0 71 9 12.7 41 0 0 34 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.678506912 1.678506912 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.1E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 49762056 C T - - - - - - 2 0 0 56 5 8.9 27 5 18.5 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.176276498 1.176276498 1 0.926482966 0.926482966 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000965 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 49815842 A C - - - - - - 37 0 0 62 9 14.5 28 5 17.9 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.91640553 0.958202765 2 0.89643487 0.89643487 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.12E-11 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 50134767 T C - - - - - - 47 0 0 72 9 12.5 32 4 12.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.652073733 1.652073733 1 0.626002004 0.626002004 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 339991 T G CHL1 CCDS2556.1 r.? - - intronic 42 0 0 71 9 12.7 36 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.297506912 1.297506912 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.1E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 980870 C T - - - - - - 41 0 0 50 12 24 45 35 77.8 25 16 64 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.451981567 0.817327189 3 4.674236473 1.168559118 4 3.94749354 1.31583118 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.49E-17 1 8.84E-72 1 2.99E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 1998199 C G - - - - - - 44 0 0 70 6 8.6 40 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 2080219 G A - - - - - - 37 0 0 60 7 11.7 46 17 37 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.195341014 1.195341014 1 2.222965932 1.111482966 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 1.16E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 2237481 G A CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 44 0 0 68 11 16.2 51 30 58.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.655087558 1.655087558 1 3.532713427 0.883178357 4 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.76E-14 1 9.63E-56 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 3305061 C T - - - - - - 49 0 0 43 17 39.5 29 18 62.1 37 19 51.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.035552995 1.345184332 3 3.730977956 0.932744489 4 3.170330749 1.056776916 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.84E-28 1 1.25E-34 1 3.09E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 4062771 G C - - - - - - 35 0 0 67 19 28.4 43 32 74.4 39 18 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.901511521 0.967170507 3 4.469963928 1.117490982 4 2.849596899 0.949865633 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.67E-28 1 1.27E-64 1 2.15E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 5428998 G T - - - - - - 31 0 0 58 17 29.3 51 32 62.7 45 21 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.993460829 0.997820276 3 3.767026052 0.941756513 4 2.880436693 0.960145564 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.24E-25 1 1.03E-60 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 8238677 T A - - - - - - 37 0 0 58 5 8.6 40 12 30 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 1.80240481 0.901202405 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000115 1 1.2E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 11067019 C A SLC6A1 CCDS2603.1 r.? - - intronic 35 0 0 52 13 25 49 33 67.3 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.554147465 0.851382488 3 4.04339479 1.010848697 4 2.312984496 1.156492248 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.47E-19 1 3.61E-64 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 11191656 T C HRH1 CCDS2604.1 r.? - - upstream 34 0 0 57 20 35.1 44 34 77.3 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.586023041 1.195341014 3 4.644196393 1.161049098 4 2.399335917 1.199667959 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.67E-32 1 1.38E-69 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 14347036 G A - - - - - - 37 0 0 51 12 23.5 52 11 21.2 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 3.340898618 1.113632873 3 2.287019166 1.030100756 2.220189775 1.813286822 0.906643411 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.24E-17 1 2.44E-15 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 15253457 G C CAPN7 CCDS2624.1 r.? - - intronic 56 0 0 69 19 27.5 71 42 59.2 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 3.909562212 0.977390553 4 6.386393144 1.064398857 6 2.3115323 1.15576615 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.95E-28 1 1.35E-77 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 15945686 A G - - - - - - 42 0 0 70 23 32.9 52 38 73.1 38 27 71.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.361258065 1.120419355 3 4.767220832 1.056216131 4.513489893 4.385418605 1.461806202 3 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.7E-35 1 6.01E-76 1 8.5E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 16068575 C T - - - - - - 41 0 0 58 5 8.6 58 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.878626728 0.878626728 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 16285618 G C - - - - - - 40 0 0 57 10 17.5 34 0 0 36 0 0 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.787903226 0.893951613 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.4E-13 0.005 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 18594427 C G - - - - - - 16 0 0 91 7 7.7 34 5 14.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.786677419 0.786677419 1 0.958661371 0.958661371 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000438 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 18638657 T G - - - - - - 38 0 0 54 7 13 42 2 4.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.328156682 1.328156682 1 0.313032284 0.609617226 0.513489893 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.13E-08 1 0.018854633 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 19674745 G C - - - - - - 34 0 0 65 13 20 62 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 2.043317972 1.021658986 2 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.57E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 20574427 A G - - - - - - 37 0 0 55 5 9.1 51 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.929709677 0.929709677 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 20926175 C T - - - - - - 35 0 0 55 17 30.9 35 24 68.6 33 15 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.156926267 1.052308756 3 4.473753065 0.991195986 4.513489893 2.806421189 0.93547373 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.35E-26 1 2.36E-47 1 2.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 21305649 C A - - - - - - 42 0 0 51 8 15.7 60 5 8.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.604004608 1.604004608 1 0.541284992 0.541284992 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.05E-10 1 0.0000136 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 25320626 G A RARB ENST00000404969 r.? - - intronic 39 0 0 52 5 9.6 39 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.980792627 0.980792627 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 25619651 C T RARB CCDS2642.1 r.? - - intronic 27 0 0 68 8 11.8 37 4 10.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.205557604 1.205557604 1 0.70432264 0.70432264 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.21E-09 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 26503813 G A - - - - - - 25 0 0 54 8 14.8 37 5 13.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.5120553 1.5120553 1 0.8804033 0.8804033 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 28038658 C T - - - - - - 37 0 0 55 9 16.4 49 1 2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.675520737 1.675520737 1 0.130430119 0.130430119 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.01E-11 1 0.217776325 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 28216149 G A - - - - - - 24 0 0 55 14 25.5 41 32 78 32 16 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 2.605230415 0.868410138 3 5.086774622 1.127015844 4.513489893 3.083979328 1.027993109 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.19E-20 1 7.81E-66 1 8.51E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 29403515 G A RBMS3 CCDS33725.1 r.? - - intronic 49 0 0 72 9 12.5 41 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.277073733 1.277073733 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.25E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 29479206 T C RBMS3 CCDS33725.1 r.? - - intronic 41 0 0 56 16 28.6 36 21 58.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 2.9219447 0.973981567 3 3.802037955 0.950509489 4 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.26E-24 1 2.47E-39 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 29692054 G A RBMS3 CCDS33725.1 r.? - - intronic 29 0 0 64 20 31.2 51 42 82.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.187576037 1.062525346 3 5.373720883 1.190591097 4.513489893 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.52E-30 1 6.62E-88 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 29885056 C T RBMS3 CCDS33725.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 8 14.8 59 24 40.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.5120553 1.5120553 1 2.654252912 1.056003017 2.513489893 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 1.09E-39 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 32383495 T G CMTM8 CCDS2652.1 r.? - - intronic 13 0 0 75 23 30.7 42 30 71.4 35 18 51.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.136493088 1.045497696 3 4.656355231 1.031652965 4.513489893 3.170330749 1.056776916 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-34 1 9.72E-60 1 1.6E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 32492570 C T CMTM7 CCDS33730.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 18 35.3 49 33 67.3 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.606456221 1.202152074 3 4.388973488 0.972412389 4.513489893 2.337656331 1.168828165 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.1E-29 1 3.61E-64 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 34190512 A T - - - - - - 25 0 0 43 13 30.2 50 34 68 26 12 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.085410138 1.028470046 3 4.434624029 0.982526633 4.513489893 2.849596899 0.949865633 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.88E-20 1 2.65E-66 1 2.21E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 34399813 A G - - - - - - 31 0 0 54 8 14.8 31 2 6.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 1.5120553 1.5120553 1 0.423897885 0.423897885 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 0.010558179 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 35455066 T C - - - - - - 42 0 0 56 18 32.1 44 26 59.1 43 17 39.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 3.279525346 1.093175115 3 3.854210002 0.9635525 4 2.436343669 0.812114556 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.76E-28 1 1.41E-48 1 2.84E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 41494614 C G ULK4 CCDS43071.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 10 23.3 22 7 31.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 2.380465438 1.190232719 2 0.956549098 0.956549098 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.61E-14 1 1.25E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 42172097 C A TRAK1 CCDS43072.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 7 14.9 16 4 25 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.522271889 1.522271889 1 0.752004008 0.752004008 1 1.567420028 1.567420028 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.12E-09 1 0.00000108 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 47382875 G A KLHL18 CCDS33749.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 9 18.8 28 11 39.3 37 14 37.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.920718894 0.960359447 2 1.182150301 1.182150301 1 1.779233546 1.156090864 1.539008395 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.75E-12 1 9.7E-19 1 3.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 48130344 G C MAP4 CCDS33750.1 r.419c>g c.? p.? 5'UTR variant 1 0 0 43 6 14 16 6 37.5 22 9 40.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.430322581 1.430322581 1 1.128006012 1.128006012 1 1.925149524 1.250902549 1.539008395 1 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 8.13E-08 1 1.2E-10 1 9.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 49567109 T C DAG1 CCDS2799.1 r.? - - intronic 51 0 0 55 8 14.5 26 0 0 36 0 0 243 0 0 157 27 17.2 129 0 0 118 0 0 TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.48140553 1.48140553 1 0 0 1 0 0 1 2 0 NA 0 0 0 1 5 NA 1 1 3.86E-10 6.62E-33 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 3 50201615 C T SEMA3F CCDS2811.1 r.? - - intronic 5 0 0 36 6 16.7 21 0 0 17 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.706170507 1.706170507 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.68E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 53566495 G C CACNA1D CCDS2872.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 6 14.3 23 5 21.7 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.46097235 1.46097235 1 0.652739479 0.652739479 1 1.374434379 1.374434379 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.02E-08 1 9.75E-08 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 54815102 G T CACNA2D3 ENST00000474759 r.? - - intronic 42 0 0 54 6 11.1 26 9 34.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.134041475 1.134041475 1 1.040773547 1.040773547 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000329 1 5.65E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 63328076 G A SYNPR CCDS46859.1 r.? - - intronic 49 0 0 40 5 12.5 20 5 25 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.277073733 1.277073733 1 0.752004008 0.752004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000178 1 4.55E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 63479568 C T SYNPR CCDS46859.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 7 22.6 16 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 2.308949309 1.154474654 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.85E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 66046300 G C - - - - - - 38 0 0 45 7 15.6 29 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.593788018 1.593788018 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000003 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 67790808 G A - - - - - - 48 0 0 47 7 14.9 20 6 30 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.522271889 1.522271889 1 0.90240481 0.90240481 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.12E-09 1 5.7E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 68618633 T A - - - - - - 39 0 0 54 11 20.4 19 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 2.084184332 1.042092166 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.84E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 68954178 C A FAM19A4 CCDS2907.1 r.? - - intronic 26 0 0 49 8 16.3 19 7 36.8 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.665304147 1.665304147 1 1.1069499 1.1069499 1 1.567420028 1.567420028 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.47E-10 1 3.73E-12 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 76451868 C A ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 40 0 0 38 5 13.2 16 0 0 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.348589862 1.348589862 1 0 NA 0 1.506229457 1.506229457 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000137 1 1 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 76700493 G A ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 35 0 0 48 7 14.6 15 7 46.7 21 6 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.49162212 1.49162212 1 1.404743487 1.404743487 1 1.346192577 1.346192577 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.81E-09 1 4.85E-13 1 7.95E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 77631369 C T ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 53 0 0 61 5 8.2 15 4 26.7 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.837760369 0.837760369 1 0.803140281 0.803140281 1 1.087309389 1.087309389 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000147 1 0.000000816 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 79046656 C G ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 4 8.7 20 9 45 24 8 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.888843318 0.888843318 1 1.353607214 1.353607214 1 1.567420028 1.567420028 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 3.12E-16 1 2.68E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 79250916 T A ROBO1 ENST00000464233 r.? - - intronic 35 0 0 46 6 13 20 3 15 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.328156682 1.328156682 1 0.451202405 0.451202405 1 1.030825784 1.030825784 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000123 1 0.0001337 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 79939266 C G - - - - - - 33 0 0 51 5 9.8 19 8 42.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.001225806 1.001225806 1 1.266374749 1.266374749 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000606 1 2.81E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 80604067 G C - - - - - - 31 0 0 44 4 9.1 15 9 60 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.929709677 0.929709677 1 1.804809619 1.804809619 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000723 1 9.51E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 81893971 C A - - - - - - 42 0 0 50 7 14 22 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.430322581 1.430322581 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 82029841 G A - - - - - - 53 0 0 42 7 16.7 22 8 36.4 22 8 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.706170507 1.706170507 1 1.094917836 1.094917836 1 1.713336007 1.713336007 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.81E-09 1 1.17E-13 1 1.17E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 84962487 G T ENSG00000237789 ENST00000446809 r.? - - downstream 26 0 0 48 9 18.8 20 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.920718894 0.960359447 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.75E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 87991366 G C - - - - - - 27 0 0 48 9 18.8 20 6 30 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.920718894 0.960359447 2 0.90240481 0.90240481 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.75E-12 1 5.7E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 89590852 C T - - - - - - 18 0 0 12 4 33.3 10 0 0 9 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 3.402124424 1.701062212 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000003 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 89754993 A T - - - - - - 41 0 0 60 4 6.7 36 7 19.4 23 7 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.684511521 0.684511521 1 0.58355511 0.58355511 1 1.430917984 1.430917984 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000243755 1 5.74E-10 1 1.79E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 96459722 C T - - - - - - 48 0 0 56 6 10.7 31 9 29 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 1.452324649 1.452324649 1 1.919470284 0.959735142 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 3.57E-14 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 96604929 G C EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 28 0 0 61 7 11.5 25 5 20 47 20 42.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.001603206 1.001603206 1 3.479550388 1.159850129 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.69E-08 1 0.000000153 1 8.18E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97038182 G A EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 45 0 0 61 6 9.8 32 8 25 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 1.252004008 1.252004008 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 3.69E-12 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97468706 C A EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - downstream 44 0 0 66 8 12.1 22 2 9.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236207373 1.236207373 1 0.455729459 0.455729459 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.73E-09 1 0.005403392 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97582176 G C ENSG00000233280 ENST00000419587 r.? - - intronic 33 0 0 69 13 18.8 39 4 10.3 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.920718894 0.960359447 2 0.515825651 0.515825651 1 1.315041344 1.315041344 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.64E-17 1 0.0000447 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97815481 T C OR5AC2 ENST00000394195 r.? - - intronic 48 0 0 72 7 9.7 32 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991009217 0.991009217 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 98565654 C T DCBLD2 CCDS46878.1 r.? - - intronic 52 0 0 68 9 13.2 27 5 18.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 0.926482966 0.926482966 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.38E-11 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 99627152 G A FILIP1L CCDS43118.1 r.? - - intronic 54 0 0 52 6 11.5 36 8 22.2 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.111779559 1.111779559 1 0.506413437 0.506413437 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 1.04E-11 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 100671473 G A ABI3BP CCDS46880.1 r.? - - intronic 53 0 0 61 13 21.3 31 10 32.3 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176133641 1.08806682 2 1.617589178 1.617589178 1 1.723439276 1.723439276 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.41E-18 1 3.94E-16 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 102223986 A T - - - - - - 55 0 0 72 8 11.1 41 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 102623876 T A - - - - - - 25 0 0 63 6 9.5 32 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.970576037 0.970576037 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000832 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104097030 T A - - - - - - 40 0 0 63 6 9.5 40 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.970576037 0.970576037 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000832 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104123660 C T - - - - - - 18 0 0 52 6 11.5 36 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104400429 G C - - - - - - 33 0 0 67 10 14.9 27 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.522271889 1.522271889 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.87E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104743632 G C - - - - - - 31 0 0 63 7 11.1 30 2 6.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0.335537074 0.335537074 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.38E-08 1 0.009909649 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 105300350 C T ALCAM CCDS33810.1 r.? - - downstream 47 0 0 67 11 16.4 24 7 29.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 1.462340681 1.462340681 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.85E-14 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 105637275 G C - - - - - - 41 0 0 61 6 9.8 36 12 33.3 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 1.667669339 0.833834669 2 1.462064599 1.462064599 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 2.73E-19 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 107901605 C T IFT57 CCDS2951.1 r.? - - intronic 35 0 0 56 7 12.5 32 10 31.2 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 1.562501002 1.562501002 1 2.499395349 0.833131783 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 5.7E-16 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 108374366 G A DZIP3 CCDS2952.1 r.? - - intronic 19 0 0 70 9 12.9 33 6 18.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.317940092 1.317940092 1 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.65E-11 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109195893 C T - - - - - - 42 0 0 62 13 21 36 21 58.3 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.145483871 1.072741935 2 2.919673347 1.459836673 2 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.08E-18 1 2.47E-39 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109302280 T C - - - - - - 42 0 0 71 11 15.5 34 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583571429 1.583571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 9.49E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109315319 G A - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 31 6 19.4 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.082958525 1.082958525 1 0.97155511 0.97155511 1 2.564739018 0.854913006 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000402 1 1.03E-08 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109316385 G A - - - - - - 29 0 0 74 7 9.5 31 6 19.4 48 18 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.970576037 0.970576037 1 0.97155511 0.97155511 1 3.062984496 1.020994832 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000105 1 1.03E-08 1 2.42E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109373949 G A - - - - - - 40 0 0 55 5 9.1 38 5 13.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0.661058116 0.661058116 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000883 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109618820 G A - - - - - - 41 0 0 72 7 9.7 43 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991009217 0.991009217 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109817436 C T - - - - - - 42 0 0 56 7 12.5 35 13 37.1 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 1.857973948 0.928986974 2 2.989472868 0.996490956 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-08 1 1.63E-21 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 110373360 C T - - - - - - 38 0 0 57 12 21.1 38 18 47.4 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.155700461 1.07785023 2 2.373799599 1.1868998 2 0.441069767 0.441069767 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.4E-16 1 1.16E-31 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 112598826 G T - - - - - - 43 0 0 60 8 13.3 39 9 23.1 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.358806452 1.358806452 1 1.156851703 1.156851703 1 3.675581395 1.225193798 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 3.62E-13 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 112828349 C T - - - - - - 40 0 0 56 6 10.7 35 8 22.9 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 1.146835671 1.146835671 1 1.992981912 0.996490956 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 8.15E-12 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 112851273 C G - - - - - - 47 0 0 51 5 9.8 40 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000606 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 112851504 C G - - - - - - 44 0 0 51 5 9.8 35 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001225806 1.001225806 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000606 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113006135 C G BOC CCDS2971.1 r.4475c>g c.? p.? 3'UTR variant 22 0 0 70 6 8.6 31 7 22.6 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 1.131811623 1.131811623 1 2.18901292 1.09450646 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 1.85E-10 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113391228 C T KIAA2018 CCDS43133.1 r.? - - intronic 24 0 0 57 8 14 29 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.430322581 1.430322581 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.19E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113639352 G A GRAMD1C CCDS33826.1 r.? - - intronic 37 0 0 52 6 11.5 35 9 25.7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 114360972 T G ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 7 13.5 37 17 45.9 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379239631 1.379239631 1 2.298679359 1.149339679 2 0.196031008 0.196031008 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.58E-09 1 1.1E-29 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 115088762 T G - - - - - - 42 0 0 64 4 6.2 29 3 10.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.633428571 0.633428571 1 0.515825651 0.515825651 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000312605 1 0.000414371 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 115123141 C A - - - - - - 37 0 0 52 6 11.5 37 9 24.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.216947896 1.216947896 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 116386424 G A LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 42 0 0 76 6 7.9 32 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000253 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 116839821 G A LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 39 0 0 65 18 27.7 38 13 34.2 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.829995392 1.414997696 2 1.712741483 0.856370741 2 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.52E-26 1 5.88E-21 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 117180663 T A - - - - - - 28 0 0 53 6 11.3 35 6 17.1 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0.856370741 0.856370741 1 2.107333333 1.053666667 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 2.24E-08 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 117876535 C T - - - - - - 43 0 0 60 6 10 28 7 25 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 1.252004008 1.252004008 1 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000621 1 8.44E-11 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118046526 T A - - - - - - 52 0 0 52 4 7.7 38 11 28.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000139698 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118205534 G A - - - - - - 38 0 0 55 8 14.5 33 12 36.4 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 1.822917836 0.911458918 2 0.841299742 0.841299742 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 7.86E-20 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118499630 C G - - - - - - 43 0 0 59 7 11.9 37 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.215774194 1.215774194 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118781833 C T IGSF11 CCDS2983.1 r.? - - intronic 45 0 0 48 5 10.4 43 5 11.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.062525346 1.062525346 1 0.58092986 0.58092986 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000447 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 120013983 C T - - - - - - 48 0 0 55 9 16.4 32 12 37.5 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 1.878006012 0.939003006 2 1.306873385 1.306873385 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 5.03E-20 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 121424968 G C GOLGB1 CCDS3004.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 4 8.3 45 7 15.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847976959 0.847976959 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000102016 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 121829605 T A CD86 CCDS3009.1 r.? - - intronic 40 0 0 69 11 15.9 36 7 19.4 57 23 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.624437788 1.624437788 1 0.97155511 0.97155511 1 3.299855297 1.099951766 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.82E-14 1 5.74E-10 1 5.38E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 124078820 G T KALRN CCDS3027.1 r.? - - intronic 30 0 0 67 6 9 32 6 18.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919493088 0.919493088 1 0.941507014 0.941507014 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000012 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 124437264 G A KALRN CCDS3028.1 r.? - - intronic 31 0 0 60 6 10 27 0 0 29 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 132308679 T C ACAD11 CCDS3074.1 r.? - - intronic 40 0 0 59 8 13.6 29 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389456221 1.389456221 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.9E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 132447287 T C - - - - - - 34 0 0 58 6 10.3 32 9 28.1 34 16 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052308756 1.052308756 1 1.407252505 1.407252505 1 3.847108527 1.282369509 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000506 1 4.94E-14 1 3.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 134979718 G A EPHB1 CCDS46921.1 r.? - - downstream 53 0 0 69 7 10.1 40 4 10 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031875576 1.031875576 1 0.500801603 0.500801603 1 0.596260982 0.596260982 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-08 1 0.0000495 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 135117459 T G - - - - - - 36 0 0 66 4 6.1 31 6 19.4 37 13 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.623211982 0.623211982 1 0.97155511 0.97155511 1 2.866953488 0.955651163 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000351793 1 1.03E-08 1 3.89E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 136965249 A C - - - - - - 40 0 0 62 5 8.1 29 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827543779 0.827543779 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137493619 G A - - - - - - 38 0 0 52 6 11.5 41 9 22 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.101763527 1.101763527 1 1.813286822 1.813286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 5.92E-13 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137548059 T C - - - - - - 35 0 0 65 7 10.8 32 6 18.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103391705 1.103391705 1 0.941507014 0.941507014 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.22E-08 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137694673 C A - - - - - - 36 0 0 56 12 21.4 29 12 41.4 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.18635023 1.093175115 2 2.073318637 1.036659319 2 2.254356589 1.127178295 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.11E-16 1 1.17E-20 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137983356 G A TXNDC6 CCDS3099.1 r.? - - intronic 17 0 0 57 16 28.1 33 13 39.4 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.870861751 1.435430876 2 1.973158317 0.986579158 2 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.28E-24 1 6.37E-22 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 140002555 A G CLSTN2 CCDS3112.1 r.? - - intronic 47 0 0 60 9 15 36 7 19.4 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532488479 1.532488479 1 0.97155511 0.97155511 1 3.03848062 1.012826873 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-11 1 5.74E-10 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 141108956 C T ZBTB38 ENST00000514251 r.? - - intronic 54 0 0 69 7 10.1 39 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031875576 1.031875576 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 67525372 G A GPHN CCDS9777.1 r.2134g>a c.1013G>A p.S338N missense 46 0 0 57 11 19.3 23 11 47.8 38 13 34.2 174 0 0 94 11 11.7 96 50 52.1 119 18 15.1 TRUE TRUE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.778801843 1.778801843 1 1.915831663 0.957915832 2 1.929861663 1.308459116 1.474911702 1 2.088176353 1.044088176 2 0.852073424 0.852073424 1 6 5 1 1 7.29E-15 2.3E-12 6.25E-20 4.2E-88 5.88E-21 2.18E-21 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 3 142915879 A C - - - - - - 37 0 0 69 5 7.2 40 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73559447 0.73559447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 143742581 C A - - - - - - 1 0 0 61 4 6.6 32 1 3.1 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.674294931 0.674294931 1 0.155248497 0.155248497 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000259828 1 0.14819814 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 144410266 T C - - - - - - 46 0 0 56 6 10.7 34 5 14.7 41 16 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093175115 1.093175115 1 0.736178357 0.736178357 1 3.185503876 1.061834625 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 0.000000771 1 1.4E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 145596501 A C - - - - - - 34 0 0 74 8 10.8 27 4 14.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103391705 1.103391705 1 0.741186373 0.741186373 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.39E-09 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 146209762 C A PLSCR2 CCDS3134.1 r.? - - intronic 47 0 0 61 12 19.7 41 20 48.8 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.012668203 1.006334101 2 2.443911824 1.221955912 2 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.39E-16 1 2.32E-35 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 146401492 T A - - - - - - 35 0 0 63 9 14.3 37 7 18.9 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46097235 1.46097235 1 0.94651503 0.94651503 1 2.646418605 0.882139535 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.62E-11 1 7.05E-10 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 147073974 G A - - - - - - 33 0 0 60 15 25 29 15 51.7 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.554147465 1.277073733 2 2.589144289 1.294572144 2 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.31E-21 1 2.22E-27 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 147645794 T C - - - - - - 37 0 0 72 5 6.9 21 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7049447 0.7049447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 148223635 C G - - - - - - 27 0 0 53 7 13.2 33 13 39.4 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 1.973158317 0.986579158 2 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 6.37E-22 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 148255172 G C - - - - - - 36 0 0 50 4 8 45 8 17.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.817327189 0.817327189 1 0.891426854 0.891426854 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000119787 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 149620095 C T RNF13 CCDS3146.1 r.? - - intronic 38 0 0 69 9 13 32 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.328156682 1.328156682 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 150758430 T C - - - - - - 46 0 0 76 10 13.2 28 4 14.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.348589862 1.348589862 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.9E-12 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 151576581 A G - - - - - - 49 0 0 80 8 10 36 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.22E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 152471684 A C - - - - - - 43 0 0 52 7 13.5 27 7 25.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379239631 1.379239631 1 1.297076152 1.297076152 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 8.58E-09 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 152800804 C G - - - - - - 33 0 0 63 7 11.1 36 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 153425559 T G - - - - - - 51 0 0 57 13 22.8 29 12 41.4 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.329382488 1.164691244 2 2.073318637 1.036659319 2 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-18 1 1.17E-20 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154310057 G A - - - - - - 43 0 0 82 18 22 46 20 43.5 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.24764977 1.123824885 2 2.178486974 1.089243487 2 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.65E-24 1 4.72E-34 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154647452 G T - - - - - - 34 0 0 49 12 24.5 21 6 28.6 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.503064516 1.251532258 2 1.432292585 1.432292585 1 1.543744186 1.543744186 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.9E-17 1 7.95E-10 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154666822 C G - - - - - - 33 0 0 50 6 12 33 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225990783 1.225990783 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154878393 C T MME CCDS3172.1 r.? - - intronic 46 0 0 65 5 7.7 36 2 5.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 0.280448898 0.280448898 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000201 1 0.014070883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 155835906 A T KCNAB1 CCDS3174.1 r.? - - upstream 52 0 0 58 5 8.6 31 4 12.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 0.646034068 0.646034068 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000115 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 158567976 T G - - - - - - 43 0 0 57 8 14 37 5 13.5 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.430322581 1.430322581 1 0.676082164 0.676082164 1 1.837790698 0.918895349 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-10 1 0.00000119 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 158626621 C T - - - - - - 48 0 0 48 6 12.5 33 7 21.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000016 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 160428930 T G - - - - - - 56 0 0 54 8 14.8 28 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.31E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 161064275 T C C3orf57 CCDS33887.1 r.? - - intronic 52 0 0 58 6 10.3 18 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052308756 1.052308756 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 162144184 C G - - - - - - 53 0 0 68 15 22.1 27 13 48.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.257866359 1.12893318 2 2.408855711 1.204427856 2 1.200689922 1.200689922 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.06E-20 1 2.29E-23 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 162498232 T C - - - - - - 39 0 0 55 10 18.2 36 9 25 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859419355 0.929709677 2 1.252004008 1.252004008 1 1.592751938 1.592751938 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.33E-13 1 1.63E-13 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 162511088 T G - - - - - - 38 0 0 62 15 24.2 35 13 37.1 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.472414747 1.236207373 2 1.857973948 0.928986974 2 2.229852713 1.114926357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.28E-21 1 1.63E-21 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164659584 G T - - - - - - 46 0 0 64 7 10.9 39 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.113608295 1.113608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164793040 A C SI CCDS3196.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 6 12 28 5 17.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225990783 1.225990783 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000206 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164806803 A T - - - - - - 37 0 0 62 10 16.1 39 17 43.6 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.644870968 1.644870968 1 2.18349499 1.091747495 2 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 3.51E-29 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165278537 T A - - - - - - 50 0 0 63 4 6.3 37 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.643645161 0.643645161 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000294233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165411093 C A - - - - - - 37 0 0 65 5 7.7 30 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165704855 G C - - - - - - 34 0 0 49 6 12.2 33 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.246423963 1.246423963 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165847672 C A - - - - - - 43 0 0 64 8 12.5 25 6 24 22 9 40.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 1.201923848 1.201923848 1 3.34069509 1.11356503 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.35E-09 1 2.55E-09 1 9.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 166031457 G A - - - - - - 44 0 0 69 15 21.7 34 15 44.1 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.217 1.1085 2 2.20853507 1.104267535 2 1.535576227 1.535576227 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.34E-20 1 5.18E-26 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167931473 C A - - - - - - 46 0 0 62 10 16.1 49 20 40.8 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.644870968 1.644870968 1 2.043270541 1.021635271 2 1.682599483 1.682599483 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 2.35E-33 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 168449806 G A - - - - - - 47 0 0 67 8 11.9 47 7 14.9 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.215774194 1.215774194 1 0.746194389 0.746194389 1 0.212366925 0.212366925 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 4.12E-09 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 168549766 C T - - - - - - 34 0 0 63 5 7.9 44 3 6.8 41 16 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 0.34054509 0.34054509 1 3.185503876 1.061834625 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000173 1 0.00142027 1 1.4E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 168711172 C G - - - - - - 41 0 0 54 7 13 40 11 27.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.328156682 1.328156682 1 1.377204409 1.377204409 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.13E-08 1 9.88E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 168966103 C T MECOM ENST00000494292 r.? - - intronic 49 0 0 59 11 18.6 26 9 34.6 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.900285714 0.950142857 2 1.732773547 1.732773547 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-14 1 5.65E-15 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 169609521 G A - - - - - - 27 0 0 50 10 20 49 23 46.9 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.043317972 1.021658986 2 2.348759519 1.17437976 2 2.393211886 1.196605943 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.36E-14 1 6.14E-40 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 20084172 C G ENSG00000215567 ENST00000413399 r.458c>g c.458C>G p.A153G missense 61 0 0 80 6 7.5 55 3 5.5 51 0 0 312 0 0 171 5 2.9 298 17 5.7 239 0 0 TRUE TRUE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.76624424 0.76624424 1 0.235531237 0.858443521 0.274370103 0 0 1 1 0.24409601 0.889659649 0.274370103 0 0 1 4 2 1 1 0.00000342 0.0018077 0.002700822 4.12E-13 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 3 170330906 C G CLDN11 ENST00000486975 r.? - - intronic 47 0 0 60 8 13.3 27 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.358806452 1.358806452 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 170517820 G C CLDN11 ENST00000486975 r.? - - intronic 43 0 0 62 12 19.4 50 21 42 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.982018433 0.991009217 2 2.103366733 1.051683367 2 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.19E-16 1 2.79E-35 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 170728798 C T SLC2A2 CCDS3215.1 r.? - - intronic 49 0 0 62 7 11.3 38 9 23.7 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 1.1868998 1.1868998 1 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.02E-08 1 2.79E-13 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 170967702 C T TNIK CCDS46956.1 r.? - - intronic 39 0 0 55 9 16.4 36 16 44.4 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 2.223559118 1.111779559 2 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 1.01E-27 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 172248517 T C - - - - - - 32 0 0 62 9 14.5 38 19 50 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 2.504008016 1.252004008 2 1.747943152 1.747943152 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-11 1 6.16E-34 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 172382370 G A NCEH1 CCDS33893.1 r.? - - intronic 39 0 0 62 7 11.3 39 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 172465894 T A ECT2 CCDS3220.1 r.? - - upstream 24 0 0 52 5 9.6 27 9 33.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980792627 0.980792627 1 1.667669339 1.667669339 1 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000668 1 8.44E-15 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 173025548 T C - - - - - - 43 0 0 60 10 16.7 38 11 28.9 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 1.706170507 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.86E-13 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 174014084 C T - - - - - - 42 0 0 64 14 21.9 34 10 29.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.23743318 1.11871659 2 1.472356713 1.472356713 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.31E-19 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 174592246 C G NAALADL2 CCDS46960.1 r.? - - intronic 41 0 0 45 12 26.7 45 11 24.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.727829493 1.363914747 2 1.221955912 1.221955912 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.03E-18 1 4.24E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 176009650 C T - - - - - - 42 0 0 67 8 11.9 43 7 16.3 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.215774194 1.215774194 1 0.816306613 0.816306613 1 3.095656331 1.031885444 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 2.15E-09 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 177182412 G T - - - - - - 41 0 0 60 4 6.7 36 6 16.7 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684511521 0.684511521 1 0.836338677 0.836338677 1 2.197180879 1.098590439 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000243755 1 2.68E-08 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 177429449 C G - - - - - - 37 0 0 65 6 9.2 30 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.939926267 0.939926267 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 177584615 G A - - - - - - 56 0 0 66 7 10.6 35 9 25.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.082958525 1.082958525 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000047 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178170506 T G KCNMB2 ENST00000437510 r.? - - intronic 43 0 0 56 11 19.6 45 12 26.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.002451613 1.001225806 2 1.337140281 1.337140281 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.91E-15 1 6.03E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178446257 G A KCNMB2 CCDS3223.1 r.? - - intronic 41 0 0 81 7 8.6 32 2 6.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878626728 0.878626728 1 0.310496994 0.310496994 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000197 1 0.011224977 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178877193 C G PIK3CA CCDS43171.1 r.? - - intronic 49 0 0 57 13 22.8 32 10 31.2 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.329382488 1.164691244 2 1.562501002 1.562501002 1 1.486568475 1.486568475 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-18 1 5.7E-16 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 43638115 C T ADAL CCDS32214.1 r.909c>u c.489C>T p.A163A silent 37 0 0 66 6 9.1 40 23 57.5 36 11 30.6 229 0 0 106 8 7.5 168 79 47 144 54 37.5 TRUE TRUE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.929709677 0.929709677 1 2.462372028 1.082661096 2.274370103 2.193395349 1.096697674 2 1 2.012721484 1.006360742 2 2.687984496 0.895994832 3 6 5 1 1 0.0000011 7.62E-08 9.75E-43 1.82E-133 2.62E-17 5.77E-85 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 3 179728292 G T PEX5L CCDS3236.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 5 12.5 38 10 26.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000178 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 180033360 T C - - - - - - 58 0 0 61 12 19.7 33 10 30.3 39 19 48.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.012668203 1.006334101 2 1.517428858 1.517428858 1 3.977795866 1.325931955 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.39E-16 1 8.14E-16 1 1.2E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 180157280 A G - - - - - - 29 0 0 55 8 14.5 41 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.86E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 182301649 G A - - - - - - 45 0 0 72 6 8.3 32 6 18.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847976959 0.847976959 1 0.941507014 0.941507014 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000184 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 183835208 G C - - - - - - 37 0 0 67 8 11.9 40 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.215774194 1.215774194 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 184827662 G A C3orf70 CCDS33900.1 r.? - - intronic 33 0 0 60 15 25 41 16 39 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.554147465 1.277073733 2 1.953126253 0.976563126 2 2.107333333 1.053666667 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.31E-21 1 1.4E-26 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 185725855 G A - - - - - - 38 0 0 67 11 16.4 29 13 44.8 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 2.243591182 1.121795591 2 1.486568475 1.486568475 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-14 1 7.69E-23 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 186344132 G A - - - - - - 36 0 0 62 7 11.3 33 4 12.1 38 12 31.6 4 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 0.60596994 0.60596994 1 2.581074935 0.860358312 3 0 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.02E-08 1 0.0000228 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 186982851 C T MASP1 CCDS33907.1 r.? - - intronic 40 0 0 75 6 8 40 8 20 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.817327189 0.817327189 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000234 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 187433736 G A ENSG00000228804 ENST00000449623 r.? - - intronic 39 0 0 76 22 28.9 24 14 58.3 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.95259447 1.476297235 2 2.919673347 1.459836673 2 1.88679845 0.943399225 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.34E-32 1 1.14E-26 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 187886463 A G LPP ENST00000448637 r.? - - intronic 44 0 0 61 10 16.4 31 15 48.4 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 2.42387976 1.21193988 2 1.992981912 0.996490956 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.98E-13 1 8.51E-27 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 188686057 C G TPRG1 CCDS3292.1 r.? - - intronic 43 0 0 56 5 8.9 38 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.909276498 0.909276498 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 189703262 C T LEPREL1 CCDS3294.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 10 20 31 14 45.2 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.043317972 1.021658986 2 2.263623246 1.131811623 2 2.385043928 1.192521964 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.36E-14 1 1.49E-24 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 190272737 T A IL1RAP CCDS3298.1 r.? - - intronic 35 0 0 59 10 16.9 30 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.726603687 1.726603687 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 4.91E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 190514704 T G - - - - - - 37 0 0 66 6 9.1 31 6 19.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000011 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 190659497 A C - - - - - - 36 0 0 48 4 8.3 41 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847976959 0.847976959 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 191001905 T C UTS2D CCDS3300.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 13 21.3 31 15 48.4 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176133641 1.08806682 2 2.42387976 1.21193988 2 1.76427907 1.76427907 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.41E-18 1 8.51E-27 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 191256275 C A - - - - - - 44 0 0 63 9 14.3 43 11 25.6 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46097235 1.46097235 1 1.282052104 1.282052104 1 1.919470284 0.959735142 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.62E-11 1 2.42E-16 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 191449798 C A - - - - - - 40 0 0 83 7 8.4 31 7 22.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.858193548 0.858193548 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000233 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 191928095 A C FGF12 CCDS3301.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 4 9.3 43 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.950142857 0.950142857 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000066 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 192133836 A C FGF12 CCDS46983.1 r.? - - intronic 30 0 0 63 5 7.9 24 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 709309 G A PCGF3 CCDS3339.2 r.? - - intronic 4 1 25 74 10 13.5 42 5 11.9 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.344431113 1.344431113 1 0.476953908 0.476953908 1 1.22997416 1.22997416 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.019850499 1 5.24E-12 1 0.00000228 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 3538355 C T LRPAP1 ENST00000500728 r.? - - upstream 12 0 0 33 5 15.2 12 1 8.3 15 1 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.513729846 1.513729846 1 0.332665331 0.332665331 1 0.34625323 0.34625323 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000066 1 0.058377193 1 0.072431031 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 3564267 C T - - - - - - 1 0 0 78 10 12.8 44 3 6.8 36 5 13.9 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.27471987 1.27471987 1 0.27254509 0.27254509 1 0.718346253 0.718346253 1 0 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.02E-12 1 0.00142027 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 3576608 G A ENSG00000216560 ENST00000404649 r.? - - upstream 13 0 0 91 15 16.5 34 4 11.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.643193583 0.821596792 2 0.472945892 0.472945892 1 0.558139535 0.558139535 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.17E-18 1 0.0000257 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 4735757 C T - - - - - - 23 0 0 46 8 17.4 27 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.732822324 1.732822324 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.61E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 6170342 G A JAKMIP1 CCDS47005.1 r.? - - intronic 23 0 0 62 5 8.1 27 8 29.6 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.806658668 0.806658668 1 1.186372745 1.186372745 1 1.720930233 1.720930233 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000016 1 7.97E-13 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 6441253 A C PPP2R2C CCDS3387.1 r.? - - intronic 35 0 0 56 6 10.7 27 10 37 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.065586142 1.065586142 1 1.482965932 1.482965932 1 0.542635659 0.542635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 7.62E-17 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 6866969 G A KIAA0232 CCDS43209.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 11 17.7 30 6 20 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.762698571 0.881349285 2 0.801603206 0.801603206 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-14 1 8.37E-09 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 6952421 C A TBC1D14 CCDS3394.2 r.? - - intronic 26 0 0 66 12 18.2 32 3 9.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.812492316 0.906246158 2 0.376753507 0.376753507 1 0.80620155 0.80620155 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.36E-16 1 0.000556213 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 6981700 G T TBC1D14 CCDS3394.2 r.? - - intronic 37 0 0 51 10 19.6 32 16 50 17 4 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.951914802 0.975957401 2 2.004008016 2.004008016 1 1.214470284 1.214470284 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-13 1 8.51E-29 1 0.00000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 7083126 C T - - - - - - 40 0 0 69 8 11.6 24 6 25 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.155214883 1.155214883 1 1.002004008 1.002004008 1 0.444444444 0.444444444 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.49E-09 1 1.95E-09 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 9988742 T A SLC2A9 CCDS3406.1 r.? - - intronic 38 0 0 74 21 28.4 18 7 38.9 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.828284713 1.414142356 2 1.559118236 1.559118236 1 0.940568475 0.940568475 1 0 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 5.6E-31 1 2.37E-12 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 10689399 C A CLNK CCDS47024.1 r.? - - upstream 49 0 0 70 10 14.3 21 4 19 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.424101105 1.424101105 1 0.761523046 0.761523046 1 1.255813953 1.255813953 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.95E-12 1 0.00000349 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 10838711 G C - - - - - - 41 0 0 61 6 9.8 28 6 21.4 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.975957401 0.975957401 1 0.857715431 0.857715431 1 0.50129199 0.50129199 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 5.36E-09 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 11728543 G A - - - - - - 50 0 0 62 20 32.3 24 9 37.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 3.216675923 1.608337962 2 1.503006012 1.503006012 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.19E-31 1 2.39E-15 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 11937904 C G - - - - - - 51 0 0 58 10 17.2 16 3 18.8 24 9 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.712904826 1.712904826 1 0.753507014 0.753507014 1 1.937984496 1.937984496 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.1E-13 1 0.0000667 1 2.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 12295312 A T - - - - - - 43 0 0 61 4 6.6 29 7 24.1 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.657277433 0.657277433 1 0.965931864 0.965931864 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000259828 1 1.11E-10 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 12427152 T C - - - - - - 41 0 0 66 5 7.6 29 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.756864923 0.756864923 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 12604112 G A - - - - - - 39 0 0 63 6 9.5 25 7 28 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.946081154 0.946081154 1 1.122244489 1.122244489 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000832 1 3.47E-11 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 14024218 C T - - - - - - 37 0 0 45 10 22.2 20 5 25 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.210842275 1.105421138 2 1.002004008 1.002004008 1 0.573643411 0.573643411 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.66E-14 1 4.55E-08 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 14633435 G A - - - - - - 46 0 0 63 5 7.9 26 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.78674117 0.78674117 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 15586788 A G CC2D2A CCDS47026.1 r.? - - intronic 47 0 0 65 8 12.3 26 6 23.1 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.224926126 1.224926126 1 0.925851703 0.925851703 1 1.074935401 1.074935401 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.53E-09 1 3.3E-09 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 17541361 A C AC006160.2 ENST00000511740 r.? - - downstream 31 0 0 55 13 23.6 18 5 27.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.350264761 1.175132381 2 1.114228457 1.114228457 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-18 1 2.54E-08 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 20920509 A T KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 35 0 0 51 4 7.8 28 5 17.9 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.776782421 0.776782421 1 0.71743487 0.71743487 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 0.000000279 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 21421418 G A KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 6 12.5 22 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.244843623 1.244843623 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 21426738 C T KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 43 0 0 59 5 8.5 36 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.846493664 0.846493664 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 21487202 T C KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 41 0 0 47 6 12.8 35 10 28.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.27471987 1.27471987 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000141 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 25417845 T A ANAPC4 CCDS3434.1 r.? - - intronic 45 0 0 55 5 9.1 40 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.906246158 0.906246158 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 25429904 C T - - - - - - 7 0 0 66 7 10.6 31 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.055627393 1.055627393 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 25598081 G A - - - - - - 26 0 0 45 5 11.1 30 9 30 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.105421138 1.105421138 1 1.20240481 1.20240481 1 0.620155039 0.620155039 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 2.54E-14 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 26575557 A T TBC1D19 ENST00000512840 r.? - - upstream 34 0 0 50 4 8 28 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.796699919 0.796699919 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 26720512 C T TBC1D19 CCDS3439.1 r.? - - intronic 42 0 0 54 5 9.3 31 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.926163656 0.926163656 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 26764007 T C - - - - - - 37 0 0 65 22 33.8 25 10 40 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 3.366057158 1.683028579 2 1.603206413 1.603206413 1 1.105943152 1.105943152 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.36E-34 1 2.98E-17 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 28326198 T C - - - - - - 46 0 0 61 8 13.1 25 3 12 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.304596117 1.304596117 1 0.480961924 0.480961924 1 1.204134367 1.204134367 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.09E-10 1 0.00026475 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 28766469 T C - - - - - - 46 0 0 52 6 11.5 30 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.145256134 1.145256134 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 29953718 C G - - - - - - 41 0 0 56 13 23.2 22 11 50 21 6 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.310429765 1.155214883 2 2.004008016 2.004008016 1 1.478036176 1.478036176 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.89E-18 1 3.27E-20 1 7.95E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 30652111 A G - - - - - - 43 0 0 68 18 26.5 26 6 23.1 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.639068482 1.319534241 2 0.925851703 0.925851703 1 1.173126615 1.173126615 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.83E-26 1 3.3E-09 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 32096670 A C - - - - - - 43 0 0 61 11 18 21 9 42.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.792574818 0.896287409 2 1.719438878 1.719438878 1 0.620155039 0.620155039 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.62E-14 1 5.44E-16 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 32465982 C G - - - - - - 43 0 0 59 5 8.5 32 8 25 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.846493664 0.846493664 1 1.002004008 1.002004008 1 1.131782946 1.131782946 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 3.69E-12 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 32809016 C T - - - - - - 41 1 2.4 75 19 25.3 24 7 29.2 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.519563494 1.259781747 2 1.170340681 1.170340681 1 1.591731266 1.591731266 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.18577148 1 4.19E-27 1 2.51E-11 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 33853970 G C - - - - - - 30 0 0 52 5 9.6 26 4 15.4 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.956039903 0.956039903 1 0.617234469 0.617234469 1 1.348837209 1.348837209 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000668 1 0.00000856 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 35646480 A G - - - - - - 42 0 0 59 10 16.9 21 4 19 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.683028579 1.683028579 1 0.761523046 0.761523046 1 1.147286822 1.147286822 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.91E-13 1 0.00000349 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 36168480 A G ARAP2 CCDS3441.1 r.? - - intronic 39 0 0 53 6 11.3 39 5 12.8 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.125338636 1.125338636 1 0.513026052 0.513026052 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000000293 1 0.00000156 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 37895260 C G TBC1D1 CCDS33972.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 4 8.3 32 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.826576166 0.826576166 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 40020223 G A - - - - - - 11 0 0 48 11 22.9 22 10 45.5 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 2.280553518 1.140276759 2 1.823647295 1.823647295 1 0.826873385 0.826873385 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.31E-16 1 5.98E-18 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 40972159 A T APBB2 CCDS3837.1 r.? - - intronic 38 0 0 61 6 9.8 22 6 27.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.975957401 0.975957401 1 1.094188377 1.094188377 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000685 1 1.09E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 42889087 C T - - - - - - 40 0 0 61 7 11.5 18 5 27.8 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.145256134 1.145256134 1 1.114228457 1.114228457 1 0.888888889 0.888888889 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.69E-08 1 2.54E-08 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 43027183 C A GRXCR1 CCDS43225.1 r.? - - intronic 39 0 0 66 9 13.6 33 0 0 34 0 0 152 0 0 65 2 3.1 88 1 1.1 117 1 0.9 TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.354389862 1.354389862 1 0 0 1 0 0 1 0.742159126 0.044088176 NA 0 0.046511628 0.046511628 1 5 NA 1 1 5.59E-11 0.042252341 1 0.356673997 1 0.443711032 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 4 43400747 G A - - - - - - 17 0 0 28 5 17.9 14 5 35.7 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.782616069 1.782616069 1 1.430861723 1.430861723 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000279 1 6.03E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 43504529 A C - - - - - - 37 0 0 64 7 10.9 25 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.08550364 1.08550364 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 43722148 A T - - - - - - 40 0 0 64 8 12.5 23 7 30.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.244843623 1.244843623 1 1.218436874 1.218436874 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.35E-09 1 1.79E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 44352643 T C KCTD8 CCDS3467.1 r.? - - intronic 38 0 0 56 9 16.1 21 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.603358587 1.603358587 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.2E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 46997489 C A GABRA4 CCDS3473.1 r.? - - upstream 36 0 0 57 5 8.8 28 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.876369911 0.876369911 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 47417709 C T GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 46 0 0 61 7 11.5 24 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.145256134 1.145256134 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.69E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 47500099 T A ATP10D CCDS3476.1 r.? - - intronic 41 0 0 56 8 14.3 26 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.424101105 1.424101105 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.48E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 47708999 C T CORIN CCDS3477.1 r.? - - intronic 23 0 0 57 5 8.8 28 6 21.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.876369911 0.876369911 1 0.857715431 0.857715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000105 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 48208911 G A TEC CCDS3481.1 r.? - - intronic 43 0 0 67 5 7.5 28 5 17.9 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.746906174 0.746906174 1 0.71743487 0.71743487 1 0.532299742 0.532299742 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000233 1 0.000000279 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 48536275 G C FRYL CCDS43227.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 6 10.5 30 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 1.045668644 1.045668644 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 53961935 C T SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 58 0 0 56 5 8.9 30 8 26.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.820276498 0.820276498 1 1.337140281 1.337140281 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000965 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 55029954 T G FIP1L1 ENST00000507166 r.? - - intronic 37 0 0 67 10 14.9 56 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.373271889 1.373271889 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1.87E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 55591719 A C KIT CCDS3496.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 8 19.5 49 11 22.4 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.797235023 1.797235023 1 1.121795591 1.121795591 1 0.78747233 0.78747233 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.22E-11 1 1.19E-15 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 55923327 C T - - - - - - 42 0 0 54 8 14.8 50 21 42 60 35 58.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.3640553 1.3640553 1 2.103366733 1.051683367 2 4.684656821 1.171164205 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.31E-10 1 2.79E-35 1 1.34E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 56109888 T G - - - - - - 53 0 0 58 5 8.6 40 20 50 47 23 48.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.792626728 0.792626728 1 2.504008016 1.252004008 2 3.929326219 0.982331555 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000115 1 1.19E-35 1 1.71E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 57733813 A G - - - - - - 36 0 0 50 6 12 41 10 24.4 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.105990783 1.105990783 1 1.221955912 1.221955912 1 0.691047147 0.691047147 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000206 1 9.51E-15 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 58774494 C T - - - - - - 42 0 0 59 10 16.9 27 6 22.2 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.726603687 1.726603687 1 1.111779559 1.111779559 1 1.494590341 1.494590341 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.91E-13 1 4.23E-09 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 59184316 C A - - - - - - 35 0 0 63 10 15.9 29 7 24.1 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.624437788 1.624437788 1 1.206931864 1.206931864 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 9.81E-13 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60793854 C G - - - - - - 33 0 0 53 8 15.1 32 3 9.4 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.542705069 1.542705069 1 0.470753507 0.470753507 1 1.462448613 1.462448613 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.83E-10 1 0.000556213 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60854697 C G - - - - - - 39 0 0 65 7 10.8 36 9 25 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.103391705 1.103391705 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.22E-08 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60862356 C T - - - - - - 36 0 0 59 7 11.9 40 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.215774194 1.215774194 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 61136072 T A - - - - - - 41 0 0 58 4 6.9 37 8 21.6 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.7049447 0.7049447 1 1.081731463 1.081731463 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000213772 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 61235775 G T - - - - - - 46 0 0 47 5 10.6 28 4 14.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.082958525 1.082958525 1 0.716146293 0.716146293 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 61485365 T C - - - - - - 40 0 0 51 5 9.8 25 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.001225806 1.001225806 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 62671388 A C LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 38 0 0 56 6 10.7 47 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.986175115 0.986175115 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63049200 C A - - - - - - 37 0 0 56 9 16.1 39 8 20.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.483870968 1.483870968 1 1.026643287 1.026643287 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.2E-11 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63497609 G T - - - - - - 37 0 0 52 10 19.2 42 8 19 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.769585253 1.769585253 1 0.951523046 0.951523046 1 0.916039241 0.916039241 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.28E-13 1 3.96E-11 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63609876 G A - - - - - - 37 0 0 59 6 10.2 35 8 22.9 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.940092166 0.940092166 1 1.146835671 1.146835671 1 1.494590341 1.494590341 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000561 1 8.15E-12 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66446711 C T EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 40 0 0 57 14 24.6 38 15 39.5 50 25 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 2.267281106 2.267281106 1 1.978166333 0.989083166 2 4.01771597 1.004428992 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.84E-20 1 4.24E-25 1 3.34E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66465762 C T EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 43 0 0 55 9 16.4 33 7 21.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.511520737 1.511520737 1 1.061699399 1.061699399 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.01E-11 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66768220 C A - - - - - - 31 0 0 64 6 9.4 28 5 17.9 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.866359447 0.866359447 1 0.89643487 0.89643487 1 0.82764949 0.82764949 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000914 1 0.000000279 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66844269 C G - - - - - - 43 0 0 63 6 9.5 42 6 14.3 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.875576037 0.875576037 1 0.716146293 0.716146293 1 1.374058862 1.374058862 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000832 1 7.02E-08 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66925446 G C - - - - - - 39 0 0 35 4 11.4 23 3 13 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.050691244 1.050691244 1 0.651042084 0.651042084 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.000205387 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67090717 A G - - - - - - 29 0 0 34 4 11.8 30 11 36.7 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.087557604 1.087557604 1 1.837941884 0.918970942 2 3.013286977 1.004428992 3 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000257 1 2.44E-18 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67246095 T A - - - - - - 51 0 0 46 7 15.2 40 20 50 58 32 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.400921659 1.400921659 1 2.504008016 1.252004008 2 4.435558431 1.108889608 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.53E-09 1 1.19E-35 1 4.55E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67638589 T C - - - - - - 39 0 0 82 9 11 33 12 36.4 73 32 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.013824885 1.013824885 1 1.822917836 0.911458918 2 3.51951919 0.879879797 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.12E-10 1 7.86E-20 1 9.69E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67639329 A T - - - - - - 38 0 0 54 7 13 33 12 36.4 43 24 55.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.198156682 1.198156682 1 1.822917836 0.911458918 2 4.483771022 1.120942756 4 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-08 1 7.86E-20 1 4.35E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 70125568 G T - - - - - - 35 0 0 35 6 17.1 26 14 53.8 45 19 42.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.576036866 1.576036866 1 2.694312625 1.347156313 2 3.390952279 1.082497481 3.132526716 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.24E-08 1 5.57E-26 1 4.11E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 99670477 G A SYNM ENST00000336292 r.2029g>a c.1909G>A p.V637I missense 31 0 0 69 13 18.8 34 0 0 32 0 0 235 1 0.4 201 45 22.4 208 0 0 106 0 0 FALSE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 2.296718894 1.148359447 2 0 NA 0 0 NA 0 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0.692089871 3.64E-17 2.35E-59 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 4 71695677 T C GRSF1 CCDS47069.1 r.? - - intronic 22 0 0 49 6 12.2 42 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.124423963 1.124423963 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 74713458 G C PPBPL1 CCDS47073.1 r.? - - upstream 35 0 0 66 6 9.1 27 6 22.2 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 1.111779559 1.111779559 1 0.647635659 0.647635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000011 1 4.23E-09 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 75953724 G A PARM1 CCDS47077.1 r.? - - intronic 37 0 0 71 8 11.3 37 19 51.4 32 17 53.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.041474654 1.041474654 1 2.57412024 1.28706012 2 4.182350277 1.127802325 3.708407213 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.14E-09 1 3.09E-34 1 4.02E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 76086581 T A - - - - - - 46 0 0 57 7 12.3 32 0 0 45 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.133640553 1.133640553 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 76691825 A T USO1 ENST00000264904 r.? - - intronic 41 0 0 69 5 7.2 45 13 28.9 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0.66359447 0.66359447 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000269 1 7.68E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 76944879 T A ART3 CCDS47080.1 r.? - - intronic 45 0 0 74 10 13.5 47 19 40.4 61 24 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.244239631 1.244239631 1 2.023238477 1.011619238 2 3.095411787 1.031803929 3 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.24E-12 1 1.16E-31 1 2.97E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 77256351 T C CCDC158 CCDS43242.1 r.? - - intronic 38 0 0 55 6 10.9 26 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 77529106 T A SHROOM3 CCDS3579.2 r.? - - intronic 36 0 0 49 6 12.2 31 5 16.1 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.124423963 1.124423963 1 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000182 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 78582764 T C - - - - - - 35 0 0 60 8 13.3 29 6 20.7 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.225806452 1.225806452 1 1.036659319 1.036659319 1 0.59072744 0.59072744 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.93E-10 1 6.72E-09 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79120149 G A FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 31 0 0 61 8 13.1 36 9 25 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.207373272 1.207373272 1 1.252004008 1.252004008 1 1.102691222 1.102691222 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 1.63E-13 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79862225 A C PAQR3 CCDS34020.1 r.? - - upstream 17 0 0 45 5 11.1 38 15 39.5 36 17 47.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 1.023041475 1.023041475 1 1.978166333 0.989083166 2 3.71764469 1.002490955 3.708407213 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 4.24E-25 1 6E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 85960048 C G - - - - - - 37 0 0 59 9 15.3 52 15 28.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.410138249 1.410138249 1 1.442308617 1.442308617 1 0.795666667 0.795666667 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-11 1 1.15E-22 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 86170980 G C - - - - - - 39 0 0 51 6 11.8 40 8 20 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 1.001603206 1.001603206 1 0.993041344 0.993041344 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000232 1 2.61E-11 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 87030124 G C MAPK10 CCDS3612.1 r.? - - intronic 42 0 0 65 7 10.8 25 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.995391705 0.995391705 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 87219919 C G MAPK10 CCDS3612.1 r.? - - intronic 47 0 0 55 9 16.4 26 5 19.2 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 0.961539078 0.961539078 1 1.356950904 1.356950904 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 0.000000188 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 88403424 C G SPARCL1 CCDS3622.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 4 8.5 31 5 16.1 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 0.806290581 0.806290581 1 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000939 1 0.000000476 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 88917284 T A - - - - - - 34 0 0 56 5 8.9 34 1 2.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 0.145232465 0.145232465 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 0.156694864 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 89103478 C G ABCG2 ENST00000515655 r.? - - intronic 37 0 0 59 8 13.6 47 6 12.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 0.641026052 0.641026052 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.9E-10 1 0.000000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 90732690 G C SNCA CCDS43252.1 r.? - - intronic 31 0 0 68 4 5.9 34 3 8.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 3 1 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.484778802 0.484778802 1 0.440705411 0.440705411 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000394372 1 0.000666058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91145314 C A FAM190A ENST00000509176 r.? - - intronic 46 0 0 76 9 11.8 37 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.969557604 0.969557604 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.06E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91146815 G A FAM190A ENST00000509176 r.? - - intronic 37 0 0 42 7 16.7 30 3 10 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.372170507 1.372170507 1 0.500801603 0.500801603 1 1.791989664 1.791989664 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.81E-09 1 0.000458697 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91411424 T G FAM190A CCDS47100.1 r.? - - intronic 47 0 0 76 8 10.5 32 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.862741935 0.862741935 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.44E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 92615152 C G - - - - - - 48 0 0 55 6 10.9 34 0 0 49 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895608295 0.895608295 1 0 0 1 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 92748770 G A - - - - - - 31 0 0 75 12 16 35 8 22.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314654378 1.314654378 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.77E-15 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 92895768 G T - - - - - - 28 0 0 58 6 10.3 31 10 32.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.846308756 0.846308756 1 1.617589178 1.617589178 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 3.94E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 94478262 A C GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 34 0 0 62 5 8.1 37 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.665543779 0.665543779 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 94625056 T A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 36 0 0 53 7 13.2 31 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.084589862 1.084589862 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 9.85E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 97556408 A G - - - - - - 43 0 0 51 6 11.8 31 5 16.1 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.969557604 0.969557604 1 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 98272973 T A - - - - - - 36 0 0 57 10 17.5 39 7 17.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437903226 1.437903226 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.4E-13 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 99841823 T C EIF4E CCDS34031.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 7 11.9 37 11 29.7 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.977774194 0.977774194 1 1.487380762 1.487380762 1 0.716795866 0.716795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.12E-08 1 3.7E-17 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100896332 T G - - - - - - 47 0 0 63 9 14.3 35 10 28.6 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.17497235 1.17497235 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.62E-11 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 102227094 G C PPP3CA CCDS34037.1 r.? - - intronic 44 0 0 71 5 7 41 8 19.5 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.57516129 0.57516129 1 0.976563126 0.976563126 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000309 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 103081438 G T - - - - - - 36 0 0 58 6 10.3 29 8 27.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.846308756 0.846308756 1 1.382212425 1.382212425 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000506 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 104182831 T G - - - - - - 41 0 0 66 5 7.6 38 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.624460829 0.624460829 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 104639632 G A TACR3 CCDS3664.1 r.? - - intronic 41 0 0 70 9 12.9 38 6 15.8 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059940092 1.059940092 1 0.791266533 0.791266533 1 1.369509044 1.369509044 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.65E-11 1 3.76E-08 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 105067236 A C - - - - - - 35 0 0 70 6 8.6 37 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.706626728 0.706626728 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 105602994 C T - - - - - - 49 0 0 71 8 11.3 47 13 27.7 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.928474654 0.928474654 1 1.387220441 1.387220441 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.14E-09 1 1.47E-19 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 107288906 G A - - - - - - 42 0 0 58 14 24.1 33 13 39.4 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.980198157 1.980198157 1 1.973158317 0.986579158 2 1.534883721 1.534883721 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.04E-20 1 6.37E-22 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 107874054 A G DKK2 CCDS3675.1 r.? - - intronic 42 0 0 49 6 12.2 25 0 0 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002423963 1.002423963 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 109256782 C T - - - - - - 23 0 0 59 9 15.3 33 9 27.3 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.257138249 1.257138249 1 1.367188377 1.367188377 1 1.855297158 1.855297158 1 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-11 1 6.76E-14 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 110724052 T G CFI CCDS34049.1 r.? - - upstream 44 0 0 68 6 8.8 28 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.723059908 0.723059908 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 111704683 C A - - - - - - 7 0 0 56 4 7.1 45 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.58337788 0.58337788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 111992254 G A - - - - - - 33 0 0 67 6 9 41 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.739493088 0.739493088 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 112258824 G T - - - - - - 24 0 0 85 5 5.9 42 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.484778802 0.484778802 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000735 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 113081852 A G C4orf32 CCDS3695.1 r.? - - intronic 28 0 0 69 11 15.9 34 6 17.6 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.306437788 1.306437788 1 0.881410822 0.881410822 1 0.992248062 0.992248062 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.82E-14 1 1.86E-08 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115119865 A C - - - - - - 46 0 0 61 4 6.6 28 2 7.1 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.542294931 0.542294931 1 0.355569138 0.355569138 1 1.204134367 1.204134367 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.008668191 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115603731 T C UGT8 CCDS3705.1 r.? - - downstream 42 0 0 64 9 14.1 28 9 32.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.158539171 1.158539171 1 1.607573146 1.607573146 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 0 4 NA 1 1 4.2E-11 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115630077 C G - - - - - - 45 0 0 49 4 8.2 33 2 6.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673760369 0.673760369 1 0.305488978 0.305488978 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000110643 1 0.011909843 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115917916 T A NDST4 CCDS3706.1 r.? - - intronic 47 0 0 64 6 9.4 38 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772359447 0.772359447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 116105064 C T - - - - - - 41 0 0 61 5 8.2 28 6 21.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673760369 0.673760369 1 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000147 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 116500028 G A - - - - - - 44 0 0 54 7 13 37 6 16.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.068156682 1.068156682 1 0.811298597 0.811298597 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.13E-08 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 118222749 G A - - - - - - 17 0 0 43 12 27.9 19 10 52.6 17 3 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.292428571 2.292428571 1 2.634216433 1.317108216 2 0.909560724 0.909560724 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.24E-18 1 8.66E-19 1 0.0000807 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 119562403 T G - - - - - - 30 0 0 23 3 13 19 1 5.3 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.068156682 1.068156682 1 0.26542485 0.26542485 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000205387 1 0.090843738 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 120411404 T C PDE5A CCDS3713.1 r.? - - downstream 44 0 0 76 11 14.5 44 8 18.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19140553 1.19140553 1 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.08E-13 1 5.9E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 120698765 C T - - - - - - 33 0 0 43 8 18.6 35 6 17.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.528285714 1.528285714 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 4.85E-11 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 120960093 C T - - - - - - 45 0 0 54 5 9.3 41 8 19.5 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764142857 0.764142857 1 0.976563126 0.976563126 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000806 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 121629319 T C PRDM5 CCDS3716.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 9 15 45 9 20 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.232488479 1.232488479 1 1.001603206 1.001603206 1 0.821705426 0.821705426 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.29E-11 1 1.47E-12 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 122165382 T C - - - - - - 29 0 0 64 15 23.4 40 13 32.5 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.922682028 1.922682028 1 1.62760521 0.813802605 2 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.87E-21 1 1.3E-20 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 122851022 A T TRPC3 CCDS3725.1 r.? - - intronic 40 0 0 58 4 6.9 32 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.5669447 0.5669447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000213772 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 122904912 C G - - - - - - 31 0 0 59 6 10.2 29 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838092166 0.838092166 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 123004624 A T - - - - - - 35 0 0 67 5 7.5 24 6 25 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.61624424 0.61624424 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000233 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 123486458 C G - - - - - - 36 0 0 64 5 7.8 29 4 13.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.640894009 0.640894009 1 0.691106212 0.691106212 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000186 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 123759039 C G FGF2 CCDS34059.1 r.? - - intronic 46 0 0 80 9 11.2 41 12 29.3 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.920258065 0.920258065 1 1.467348697 1.467348697 1 1.260981912 1.260981912 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.29E-10 1 1.69E-18 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 124883431 A G - - - - - - 37 0 0 61 5 8.2 24 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673760369 0.673760369 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 125038219 G C - - - - - - 35 0 0 75 10 13.3 39 7 17.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.092806452 1.092806452 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 6.02E-12 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 125615346 G A ANKRD50 CCDS34060.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 17 26.6 33 12 36.4 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.185612903 2.185612903 1 1.822917836 0.911458918 2 1.65374677 1.65374677 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.43E-25 1 7.86E-20 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 126271062 G A FAT4 CCDS3732.3 r.? - - intronic 19 0 0 72 6 8.3 30 8 26.7 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.681976959 0.681976959 1 1.337140281 1.337140281 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000184 1 2.07E-12 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 126425004 G C - - - - - - 46 0 0 42 6 14.3 34 6 17.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.17497235 1.17497235 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 7.02E-08 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 127066327 G A - - - - - - 41 0 0 41 5 12.2 27 8 29.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002423963 1.002423963 1 1.482372745 1.482372745 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000202 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 127314520 T G - - - - - - 46 0 0 59 8 13.6 36 9 25 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117456221 1.117456221 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 6.9E-10 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 51176029 C T SALL1 CCDS10747.1 r.122g>a c.104G>A p.R35H missense 32 0 0 51 10 19.6 24 9 37.5 32 10 31.2 307 0 0 366 45 12.3 252 68 27 206 33 16 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.198451613 1.099225806 2 2.253006012 1.126503006 2 2.236403101 1.11820155 2 2 1.622164329 0.811082164 2 1.146873385 1.146873385 1 6 5 1 1 1.04E-13 6.66E-47 2.39E-15 5.05E-95 5.7E-16 8.77E-39 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 4 129310561 G A - - - - - - 40 0 0 53 6 11.3 37 9 24.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.928474654 0.928474654 1 1.216947896 1.216947896 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000293 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 129773916 G C PHF17 CCDS34062.1 r.? - - intronic 30 0 0 64 8 12.5 27 7 25.9 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.027073733 1.027073733 1 1.297076152 1.297076152 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.35E-09 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130154286 C T - - - - - - 50 0 0 62 7 11.3 32 5 15.6 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.928474654 0.928474654 1 0.781250501 0.781250501 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.02E-08 1 0.000000562 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130156208 C G - - - - - - 37 0 0 51 5 9.8 41 8 19.5 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.805225806 0.805225806 1 0.976563126 0.976563126 1 0.382428941 0.382428941 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000606 1 3.22E-11 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 131901538 T A - - - - - - 55 0 0 61 5 8.2 28 5 17.9 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673760369 0.673760369 1 0.89643487 0.89643487 1 1.19379845 1.19379845 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000147 1 0.000000279 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 132237756 C A - - - - - - 49 0 0 51 8 15.7 31 10 32.3 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290004608 1.290004608 1 1.617589178 1.617589178 1 0.80620155 0.80620155 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.05E-10 1 3.94E-16 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 133123431 T A - - - - - - 43 0 0 64 5 7.8 35 3 8.6 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.640894009 0.640894009 1 0.430689379 0.430689379 1 0.366925065 0.366925065 1 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000186 1 0.000725791 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134326236 T C - - - - - - 26 0 0 66 5 7.6 32 6 18.8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.624460829 0.624460829 1 0.941507014 0.941507014 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000217 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134891136 C G - - - - - - 30 0 0 50 5 10 26 7 26.9 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.821658986 0.821658986 1 1.347156313 1.347156313 1 0.764857881 0.764857881 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000549 1 4.73E-11 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 135887965 T C - - - - - - 42 0 0 56 8 14.3 31 3 9.7 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.17497235 1.17497235 1 0.485777555 0.485777555 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 4.48E-10 1 0.000505952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 136315376 T C - - - - - - 51 0 0 71 8 11.3 37 5 13.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.928474654 0.928474654 1 0.676082164 0.676082164 1 0.832041344 0.832041344 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.14E-09 1 0.00000119 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 136930399 A C - - - - - - 30 0 0 57 7 12.3 32 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.010640553 1.010640553 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 136989276 C T - - - - - - 39 0 0 70 6 8.6 42 0 0 26 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.706626728 0.706626728 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 137249347 C T - - - - - - 25 0 0 76 10 13.2 47 15 31.9 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.084589862 1.084589862 1 1.597557114 0.798778557 2 0.940568475 0.940568475 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.9E-12 1 1.97E-23 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 138536558 C T - - - - - - 26 0 0 56 6 10.7 40 14 35 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.879175115 0.879175115 1 1.752805611 0.876402806 2 1.436692506 1.436692506 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000409 1 1.25E-22 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 138835195 T C - - - - - - 40 0 0 62 7 11.3 32 5 15.6 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.928474654 0.928474654 1 0.781250501 0.781250501 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.02E-08 1 0.000000562 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 139110468 C T SLC7A11 CCDS3742.1 r.? - - intronic 47 0 0 62 6 9.7 34 11 32.4 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.797009217 0.797009217 1 1.622597194 1.622597194 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000756 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 142543323 G A - - - - - - 42 0 0 88 8 9.1 28 4 14.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747709677 0.747709677 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.76E-08 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 142789747 T G - - - - - - 41 0 0 65 7 10.8 40 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887391705 0.887391705 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144231774 C T - - - - - - 17 0 0 65 15 23.1 35 13 37.1 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.898032258 1.898032258 1 1.857973948 0.928986974 2 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5E-21 1 1.63E-21 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144527896 C G FREM3 ENST00000329798 r.? - - intronic 34 0 0 58 8 13.8 31 6 19.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133889401 1.133889401 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 5.99E-10 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144841257 A C - - - - - - 38 0 0 56 5 8.9 35 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.731276498 0.731276498 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144930251 C A GYPB CCDS3085.1 r.? - - intronic 41 0 0 55 13 23.6 33 14 42.4 23 7 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.939115207 1.939115207 1 2.123398798 1.061699399 2 1.571059432 1.571059432 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-18 1 4.57E-24 1 1.79E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 145064689 C T GYPA CCDS34069.1 r.? - - upstream 33 0 0 54 6 11.1 20 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.912041475 0.912041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 145090112 A G - - - - - - 47 0 0 57 5 8.8 40 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.723059908 0.723059908 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 145103177 G A - - - - - - 43 0 0 58 9 15.5 31 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273571429 1.273571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.67E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 147749756 G C TTC29 CCDS47141.1 r.? - - intronic 50 0 0 71 11 15.5 40 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273571429 1.273571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 9.49E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 151171141 C T DCLK2 CCDS34076.1 r.? - - intronic 8 0 0 53 5 9.4 31 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772359447 0.772359447 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 152405089 G A FAM160A1 CCDS47146.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 9 13.4 47 18 38.3 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.101023041 1.101023041 1 1.91807014 0.95903507 2 1.550387597 1.550387597 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.43E-11 1 1.52E-29 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 154702461 C T SFRP2 CCDS34082.1 r.1315g>a c.? p.? 3'UTR variant 21 0 0 48 6 12.5 37 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.027073733 1.027073733 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 154919994 C A - - - - - - 49 0 0 57 4 7 29 1 3.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.57516129 0.57516129 1 0.170272545 0.170272545 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000199821 1 0.135292269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 155183853 A C DCHS2 CCDS3785.1 r.? - - intronic 36 0 0 57 12 21.1 27 16 59.3 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733700461 1.733700461 1 2.969753507 1.484876754 2 1.550387597 1.550387597 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.4E-16 1 1.89E-30 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 1687707 C T SMYD4 CCDS11013.1 r.2070g>a c.1933G>A p.V645I missense 23 0 0 47 5 10.6 27 9 33.3 23 0 0 303 1 0.3 373 34 9.1 156 30 19.2 182 0 0 TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400958525 1.400958525 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 1 0.769539078 0.769539078 1 0 NA 0 4 NA 1 0.781025539 0.00000402 2.2E-31 8.44E-15 6E-38 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 4 157796925 T A PDGFC ENST00000502773 r.? - - intronic 33 0 0 49 4 8.2 23 3 13 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673760369 0.673760369 1 0.651042084 0.651042084 1 0.23255814 0.23255814 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 0.000205387 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 159398279 C A RXFP1 ENST00000460056 r.? - - intronic 36 0 0 49 5 10.2 42 7 16.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838092166 0.838092166 1 0.836338677 0.836338677 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000496 1 1.81E-09 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 161840061 T C - - - - - - 43 0 0 74 20 27 36 13 36.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.218479263 2.218479263 1 1.807893788 0.903946894 2 0.532299742 0.532299742 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.34E-29 1 2.53E-21 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 162027415 G A - - - - - - 42 0 0 60 5 8.3 42 9 21.4 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.681976959 0.681976959 1 1.071715431 1.071715431 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000136 1 7.51E-13 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 162333966 G A FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 6 12 38 10 26.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.985990783 0.985990783 1 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000206 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 162704353 C T FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 38 0 0 67 6 9 36 6 16.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.739493088 0.739493088 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000012 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163631439 A G - - - - - - 31 0 0 54 6 11.1 23 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.912041475 0.912041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163891630 A G - - - - - - 31 0 0 70 6 8.6 26 2 7.7 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.706626728 0.706626728 1 0.385617234 0.385617234 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000156 1 0.007502227 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163975400 A T - - - - - - 31 0 0 51 7 13.7 16 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.125672811 1.125672811 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163975520 G C - - - - - - 40 0 0 62 4 6.5 30 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.534078341 0.534078341 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000276647 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 164072946 C T NAF1 CCDS3803.1 r.? - - intronic 39 0 0 56 7 12.5 30 4 13.3 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.027073733 1.027073733 1 0.666066132 0.666066132 1 0.149870801 0.149870801 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.46E-08 1 0.0000154 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 164092756 G C NAF1 CCDS3803.1 r.? - - upstream 34 0 0 64 10 15.6 29 4 13.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.281788018 1.281788018 1 0.691106212 0.691106212 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.16E-12 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 164968260 A T Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 11 19 37 16 43.2 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.561152074 1.561152074 1 2.163462926 1.081731463 2 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 1.78E-27 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 166414950 C T CPE CCDS3810.1 r.? - - intronic 38 0 0 61 14 23 27 11 40.7 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.889815668 1.889815668 1 2.038262525 1.019131263 2 0.888888889 0.888888889 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-19 1 5.92E-19 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 167204709 G A - - - - - - 40 0 0 63 15 23.8 32 10 31.2 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.955548387 1.955548387 1 1.562501002 1.562501002 1 1.410852713 1.410852713 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.97E-21 1 5.7E-16 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 167537255 A C - - - - - - 43 0 0 64 7 10.9 36 16 44.4 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895608295 0.895608295 1 2.223559118 1.111779559 2 1.447028424 1.447028424 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 1.01E-27 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 168739734 G A - - - - - - 52 0 0 65 5 7.7 34 1 2.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.632677419 0.632677419 1 0.145232465 0.145232465 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000201 1 0.156694864 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 168764333 G A - - - - - - 31 0 0 62 6 9.7 41 8 19.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.797009217 0.797009217 1 0.976563126 0.976563126 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000756 1 3.22E-11 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 170352470 C A NEK1 CCDS47162.1 r.? - - intronic 29 0 0 53 8 15.1 39 14 35.9 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.240705069 1.240705069 1 1.797877756 0.898938878 2 1.322997416 1.322997416 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.83E-10 1 8.19E-23 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 171498301 G A - - - - - - 32 0 0 73 9 12.3 39 9 23.1 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.010640553 1.010640553 1 1.156851703 1.156851703 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-10 1 3.62E-13 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 171582993 G A - - - - - - 37 0 0 56 10 17.9 36 19 52.8 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.470769585 1.470769585 1 2.644232465 1.322116232 2 1.410852713 1.410852713 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.82E-13 1 1.51E-34 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 173157459 C A GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 19 0 0 68 8 11.8 21 8 38.1 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.969557604 0.969557604 1 1.908054108 0.954027054 2 1.002583979 1.002583979 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.21E-09 1 7.5E-14 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 175313541 A G - - - - - - 4 0 0 51 27 52.9 27 14 51.9 21 10 47.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.346576037 4.346576037 1 2.599160321 1.29958016 2 2.45994832 2.45994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.52E-48 1 1.15E-25 1 3.28E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 176624353 C T GPM6A CCDS3824.1 r.? - - intronic 29 0 0 55 7 12.7 30 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043506912 1.043506912 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.28E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 176952642 G C - - - - - - 29 0 0 70 9 12.9 29 0 0 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059940092 1.059940092 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 9.65E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 177676227 C T VEGFC ENST00000280193 r.? - - intronic 39 0 0 62 11 17.7 27 6 22.2 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.454336406 1.454336406 1 1.111779559 1.111779559 1 1.379844961 1.379844961 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-14 1 4.23E-09 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 177761766 G C - - - - - - 34 0 0 77 5 6.5 42 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.534078341 0.534078341 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000458 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 178953022 A G - - - - - - 24 0 0 50 8 16 27 2 7.4 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314654378 1.314654378 1 0.370593186 0.370593186 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.74E-10 1 0.00807567 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 179206980 G A - - - - - - 43 0 0 52 7 13.5 26 6 23.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.109239631 1.109239631 1 1.156851703 1.156851703 1 0.80620155 0.80620155 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.58E-09 1 3.3E-09 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 180412829 C A - - - - - - 39 0 0 51 4 7.8 30 9 30 27 7 25.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.640894009 0.640894009 1 1.50240481 1.50240481 1 1.338501292 1.338501292 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 2.54E-14 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181415146 T G - - - - - - 48 0 0 65 5 7.7 29 5 17.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.632677419 0.632677419 1 0.861378758 0.861378758 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000201 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181419716 G A - - - - - - 47 0 0 72 13 18.1 28 13 46.4 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.487202765 1.487202765 1 2.323719439 1.161859719 2 0.671834625 0.671834625 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.58E-17 1 4.26E-23 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181683254 G T - - - - - - 44 0 0 62 6 9.7 32 8 25 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.797009217 0.797009217 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000756 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181862306 G A - - - - - - 33 0 0 63 11 17.5 28 5 17.9 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437903226 1.437903226 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.37E-14 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182056000 C A - - - - - - 33 0 0 68 10 14.7 27 3 11.1 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20783871 1.20783871 1 0.55588978 0.55588978 1 1.348837209 1.348837209 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.18E-12 1 0.000334187 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182805763 C T - - - - - - 38 0 0 68 7 10.3 27 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.846308756 0.846308756 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 186418490 G A PDLIM3 CCDS3844.1 r.? - - downstream 11 0 0 50 18 36 32 14 43.8 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.95797235 2.95797235 1 2.193511022 1.096755511 2 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 5.92E-29 1 2.65E-24 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 187590279 G A FAT1 CCDS47177.1 r.? - - intronic 26 0 0 54 5 9.3 31 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764142857 0.764142857 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 188852022 G T - - - - - - 43 0 0 47 7 14.9 50 10 20 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.224271889 1.224271889 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.12E-09 1 8.36E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 188867691 C T - - - - - - 13 0 0 51 7 13.7 44 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.125672811 1.125672811 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 7.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 189282349 A T - - - - - - 22 0 0 52 10 19.2 29 6 20.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.577585253 1.577585253 1 1.036659319 1.036659319 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.28E-13 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 190767349 T G - - - - - - 4 0 0 142 18 12.7 78 9 11.5 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043506912 1.043506912 1 0.575921844 0.575921844 1 0.516795866 0.516795866 1 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.92E-20 1 2.61E-10 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 363835 C T AHRR CCDS43297.1 r.? - - intronic 47 0 0 78 17 21.8 44 12 27.3 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.44521659 1.222608295 2 1.640188377 0.820094188 2 1.702356589 1.702356589 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.59E-23 1 4.44E-18 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 552553 C G - - - - - - 61 0 0 92 7 7.6 68 4 5.9 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852460829 0.852460829 1 0.354472946 0.354472946 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000472 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 614772 G A CEP72 CCDS34126.1 r.? - - intronic 14 0 0 62 11 17.7 38 19 50 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.985336406 0.992668203 2 3.004008016 1.502004008 2 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-14 1 6.16E-34 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 882868 A C BRD9 CCDS34127.1 r.? - - intronic 5 0 0 62 4 6.5 35 5 14.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.729078341 0.729078341 1 0.859146293 0.859146293 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000276647 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 7577022 G A TP53 CCDS11118.1 r.1106c>u c.916C>T p.R306* nonsense 17 0 0 40 11 27.5 21 12 57.1 29 9 31 313 3 1 388 106 27.3 165 72 43.6 178 70 39.3 TRUE TRUE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.634562212 0.908640553 4 2.288577154 1.144288577 2 1.602067183 1.602067183 1 4 1.74749499 0.873747495 2 2.031007752 1.015503876 2 6 5 1 0.207357271 9.88E-17 8.99E-148 6.88E-23 1.02E-118 1.79E-14 1.95E-111 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 1540113 G C - - - - - - 6 0 0 155 9 5.8 109 9 8.3 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.650562212 0.650562212 1 0.498665331 0.498665331 1 0.542780362 0.542780362 1 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000114 1 5.31E-09 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 2052983 C T - - - - - - 9 0 0 65 12 18.5 37 8 21.6 20 7 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 1.297731463 1.297731463 1 2.15878553 1.079392765 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.7E-16 1 1.33E-11 1 5.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 2553352 A C - - - - - - 43 0 0 73 13 17.8 43 21 48.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.996552995 0.998276498 2 2.931911824 1.465955912 2 0.974537468 0.974537468 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.97E-17 1 4.52E-37 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 2597607 G A - - - - - - 38 0 0 54 9 16.7 26 6 23.1 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 1.387851703 1.387851703 1 1.578997416 1.578997416 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.48E-12 1 3.3E-09 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 2768856 A C - - - - - - 36 0 0 66 4 6.1 43 6 14 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684211982 0.684211982 1 0.841122244 0.841122244 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000351793 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 3026235 G A - - - - - - 4 0 0 54 5 9.3 29 4 13.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043142857 1.043142857 1 0.829106212 0.829106212 1 0 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 3307811 G C - - - - - - 19 0 0 70 6 8.6 38 12 31.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 1.898533066 0.949266533 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 5.86E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 3347553 G T - - - - - - 37 0 0 56 12 21.4 39 11 28.2 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.40035023 1.200175115 2 1.694260521 0.847130261 2 1.998418605 0.999209302 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.11E-16 1 7.2E-17 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 3472313 T C - - - - - - 47 0 0 64 10 15.6 46 5 10.9 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 0.874894009 2 0.654873747 0.654873747 1 0.259054264 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.16E-12 1 0.00000361 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 4484728 C A - - - - - - 22 0 0 68 9 13.2 35 7 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.480589862 1.480589862 1 1.201603206 1.201603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.38E-11 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 4820461 G T ENSG00000224867 ENST00000416839 r.? - - intronic 37 0 0 54 10 18.5 37 13 35.1 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 2.108813627 1.054406814 2 1.733196382 1.733196382 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.91E-13 1 3.89E-21 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 4955864 C T - - - - - - 45 0 0 69 17 24.6 36 6 16.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.759281106 1.379640553 2 1.003338677 1.003338677 1 0.993041344 0.993041344 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.56E-24 1 2.68E-08 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5113282 A G - - - - - - 38 0 0 68 6 8.8 29 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5261381 C T ADAMTS16 CCDS43299.1 r.? - - intronic 26 0 0 59 8 13.6 29 5 17.2 22 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 1.033378758 1.033378758 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.9E-10 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5344075 G C - - - - - - 29 0 0 72 9 12.5 28 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5381760 C A - - - - - - 42 0 0 68 6 8.8 39 3 7.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0.462617234 0.462617234 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000131 1 0.000998458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5643533 A G - - - - - - 47 0 0 62 10 16.1 36 15 41.7 35 16 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.805870968 0.902935484 2 2.505342685 1.252671343 2 2.818757106 1.409378553 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.29E-13 1 1.54E-25 1 5.66E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 6048288 C A - - - - - - 33 0 0 69 9 13 47 10 21.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 1.279707415 1.279707415 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.45E-11 1 4.27E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 7283810 C A - - - - - - 44 0 0 71 12 16.9 41 12 29.3 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.895603687 0.947801843 2 1.760348697 0.880174349 2 1.665348837 1.665348837 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.38E-15 1 1.69E-18 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 7327647 T G - - - - - - 34 0 0 68 8 11.8 49 21 42.9 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323557604 1.323557604 1 2.577438878 1.288719439 2 0.703147287 0.703147287 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.21E-09 1 1.63E-35 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 7515693 A G ADCY2 CCDS3872.2 r.? - - intronic 43 0 0 59 12 20.3 39 12 30.8 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.276967742 1.138483871 2 1.850468938 0.925234469 2 1.69618863 0.848094315 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.2E-16 1 8.43E-19 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 9415378 A G SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 35 0 0 71 8 11.3 33 6 18.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 1.093458918 1.093458918 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.14E-09 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 10099909 G A - - - - - - 38 0 0 77 11 14.3 39 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60397235 1.60397235 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.41E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 10174723 C G - - - - - - 50 0 0 62 5 8.1 50 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 11108083 C T CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 33 0 0 69 11 15.9 33 11 33.3 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.783437788 0.891718894 2 2.000669339 1.000334669 2 0.795666667 0.795666667 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.82E-14 1 8.54E-18 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 11307305 C A CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 36 0 0 69 8 11.6 40 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301124424 1.301124424 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 11307346 G A CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 34 0 0 60 5 8.3 49 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12003953 C G - - - - - - 35 0 0 70 9 12.9 37 10 27 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446940092 1.446940092 1 1.622164329 1.622164329 1 1.899731266 0.949865633 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.65E-11 1 3.01E-15 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12875105 G A - - - - - - 40 0 0 57 8 14 38 3 7.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.570322581 1.570322581 1 0.474633267 0.474633267 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.19E-10 1 0.000925091 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12979571 C T - - - - - - 39 0 0 85 15 17.6 39 12 30.8 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 0.987059908 2 1.850468938 0.925234469 2 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.95E-19 1 8.43E-19 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14136329 A G - - - - - - 31 0 0 63 17 27 43 12 27.9 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.028479263 1.514239631 2 1.676236473 0.838118236 2 0.832674419 0.832674419 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.22E-25 1 3.24E-18 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14182728 C G TRIO CCDS3883.1 r.? - - intronic 32 0 0 71 6 8.5 46 8 17.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.04539479 1.04539479 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000169 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14530559 G T TRIO ENST00000513206 r.? - - intronic 33 0 0 57 9 15.8 46 17 37 47 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.772221198 1.772221198 1 2.222965932 1.111482966 2 0.129527132 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.42E-11 1 1.16E-27 1 0.209895027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14589418 G C FAM105A CCDS3884.1 r.? - - intronic 33 0 0 64 9 14.1 48 5 10.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.581539171 1.581539171 1 0.624833667 0.624833667 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.2E-11 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14634933 C G - - - - - - 22 0 0 51 6 11.8 25 2 8 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323557604 1.323557604 1 0.480641283 0.480641283 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.006948068 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 15358328 C T - - - - - - 53 0 0 74 11 14.9 47 6 12.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.671271889 1.671271889 1 0.769026052 0.769026052 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.53E-13 1 0.000000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 15805240 C G FBXL7 ENST00000504595 r.? - - intronic 39 0 0 60 6 10 34 9 26.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 1.592124248 1.592124248 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16095032 G A Feb-07 CCDS47192.1 r.? - - intronic 37 0 0 67 8 11.9 49 11 22.4 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334774194 1.334774194 1 1.345795591 1.345795591 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.96E-09 1 1.19E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16146095 C T Feb-07 CCDS47192.1 r.? - - intronic 40 0 0 63 11 17.5 40 7 17.5 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 0.981451613 2 1.051402806 1.051402806 1 0.450260982 0.450260982 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.37E-14 1 1.26E-09 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16497352 C A FAM134B CCDS43304.1 r.? - - intronic 46 0 0 64 6 9.4 33 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16615334 G A FAM134B CCDS43304.1 r.? - - intronic 3 0 0 56 8 14.3 34 11 32.4 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60397235 1.60397235 1 1.946597194 0.973298597 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 17836490 A T - - - - - - 41 0 0 45 7 15.6 41 10 24.4 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 1.749788018 1 1.465955912 1.465955912 1 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000003 1 9.51E-15 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 18063259 T C - - - - - - 53 0 0 53 14 26.4 49 14 28.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.961179724 1.480589862 2 1.718292585 0.859146293 2 0.703147287 0.703147287 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.22E-20 1 3.5E-21 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 18720480 T A - - - - - - 65 0 0 81 5 6.2 31 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000584 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 19021274 C T - - - - - - 43 0 0 82 10 12.2 42 5 11.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368423963 1.368423963 1 0.714953908 0.714953908 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.51E-11 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 19977515 C G CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 38 0 0 71 7 9.9 42 12 28.6 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.110442396 1.110442396 1 1.718292585 0.859146293 2 0.949865633 0.949865633 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.85E-08 1 2.35E-18 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 20382914 T C CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 41 0 0 59 14 23.7 41 16 39 35 15 42.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.658331797 1.329165899 2 2.343126253 1.171563126 2 2.646054264 1.323027132 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.58E-20 1 1.4E-26 1 9.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 20389255 G C CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 39 0 0 53 14 26.4 43 15 34.9 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.961179724 1.480589862 2 2.096797595 1.048398798 2 1.412462532 1.412462532 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.22E-20 1 4.05E-24 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 20773843 C T - - - - - - 31 0 0 61 8 13.1 39 4 10.3 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.469373272 1.469373272 1 0.618825651 0.618825651 1 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 0.0000447 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 20869040 G C - - - - - - 61 0 0 84 6 7.1 45 5 11.1 55 2 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 0.66688978 0.66688978 1 0.222046512 0.222046512 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000455 1 0.00000323 1 0.031164417 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 21048214 T A - - - - - - 44 0 0 61 13 21.3 41 8 19.5 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.389133641 1.19456682 2 1.171563126 1.171563126 1 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.41E-18 1 3.22E-11 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 21706407 C A - - - - - - 46 0 0 62 11 17.7 38 13 34.2 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.985336406 0.992668203 2 2.054741483 1.027370741 2 2.097105943 1.048552972 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-14 1 5.88E-21 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 22341970 G C CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 42 0 0 71 17 23.9 38 11 28.9 52 16 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.680764977 1.340382488 2 1.736316633 0.868158317 2 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.12E-24 1 5.19E-17 1 1.33E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 22580714 C T CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 6 8.8 35 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 23327536 T A - - - - - - 34 0 0 68 15 22.1 44 9 20.5 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.478866359 1.23943318 2 1.231643287 1.231643287 1 1.304568475 1.304568475 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.06E-20 1 1.18E-12 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 23565672 G A - - - - - - 39 0 0 55 8 14.5 44 4 9.1 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 0.546729459 0.546729459 1 1.318904393 1.318904393 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.86E-10 1 0.0000723 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 23740064 T C - - - - - - 25 0 0 53 11 20.8 48 9 18.8 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.333050691 1.166525346 2 1.129507014 1.129507014 1 1.65579845 1.65579845 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.07E-15 1 2.75E-12 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 23876944 A G - - - - - - 38 0 0 59 6 10.2 40 9 22.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 1.351803607 1.351803607 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000561 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 24440859 G A - - - - - - 42 0 0 64 16 25 43 15 34.9 29 9 31 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.804147465 1.402073733 2 2.096797595 1.048398798 2 2.222067183 1.111033592 2 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.94E-23 1 4.05E-24 1 1.79E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25013649 T A - - - - - - 49 0 0 64 8 12.5 40 10 25 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.35E-09 1 7.22E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27167558 C T - - - - - - 61 0 0 59 6 10.2 36 0 0 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 0 0 1 0.186366925 0.186366925 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27183841 T A - - - - - - 43 0 0 76 6 7.9 41 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000253 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27769018 C A - - - - - - 35 0 0 74 6 8.1 41 7 17.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000216 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27769062 G C - - - - - - 37 0 0 67 5 7.5 40 5 12.5 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84124424 0.84124424 1 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000233 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27990493 C T - - - - - - 28 0 0 70 13 18.6 31 9 29 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.086285714 1.043142857 2 1.742324649 1.742324649 1 1.899509044 0.949754522 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.44E-17 1 3.57E-14 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 28332398 A C - - - - - - 37 0 0 74 9 12.2 40 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368423963 1.368423963 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 5 NA 1 1 1.61E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 28392624 C T - - - - - - 37 0 0 58 9 15.5 30 8 26.7 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.738571429 1.738571429 1 1.604140281 1.604140281 1 1.898552972 0.949276486 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 2.07E-12 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 28896377 C G - - - - - - 40 0 0 62 7 11.3 40 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29058206 A G - - - - - - 47 0 0 66 13 19.7 44 11 25 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.209668203 1.104834101 2 1.502004008 1.502004008 1 2.010232558 1.005116279 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.95E-17 1 3.22E-16 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29267190 G C - - - - - - 19 0 0 52 10 19.2 41 13 31.7 67 4 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.153585253 1.076792627 2 1.904541082 0.952270541 2 0.670077519 0.670077519 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-13 1 1.89E-20 1 0.000372648 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29773003 C T - - - - - - 41 0 0 83 8 9.6 36 9 25 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.076792627 1.076792627 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000011 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29850045 G C - - - - - - 34 0 0 75 8 10.7 38 10 26.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.200175115 1.200175115 1 1.580108216 1.580108216 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.89E-09 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30212411 T C - - - - - - 39 0 0 59 6 10.2 34 0 0 64 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 0 0 1 0.178687339 0.178687339 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000561 1 1 1 0.274433592 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30946335 C A - - - - - - 45 0 0 64 10 15.6 56 21 37.5 70 37 52.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 0.874894009 2 2.253006012 1.126503006 2 5.907850129 0.984641688 6 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 5.43E-34 1 6.21E-66 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 31621833 C A - - - - - - 24 0 0 64 6 9.4 50 19 38 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 2.283046092 1.141523046 2 1.116795866 1.116795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000914 1 5E-31 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 31758179 G C PDZD2 CCDS34137.1 r.? - - intronic 8 0 0 52 10 19.2 32 11 34.4 40 22 55 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.153585253 1.076792627 2 2.066757515 1.033378758 2 6.142377261 1.023729543 6 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-13 1 5.72E-18 1 2.48E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 32297009 C A MTMR12 CCDS34138.1 r.? - - intronic 5 0 0 57 8 14 49 12 24.5 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.570322581 1.570322581 1 1.471963928 1.471963928 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.19E-10 1 1.9E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 32912081 T C - - - - - - 7 0 0 12 3 25 6 1 16.7 10 1 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.804147465 2.804147465 1 1.003338677 1.003338677 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000266 1 0.029627491 1 0.04888987 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 33935867 C A RXFP3 CCDS3900.1 r.? - - upstream 36 0 0 74 14 18.9 36 2 5.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.119935484 1.059967742 2 0.336448898 0.336448898 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.1E-18 1 0.014070883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34189584 C T AC138409.2 ENST00000502234 r.? - - downstream 3 0 0 380 32 8.4 253 19 7.5 264 22 8.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.942193548 0.942193548 1 0.450601202 0.450601202 1 0.677940568 0.677940568 1 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.52E-28 1 1.18E-16 1 5.1E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34256916 C T - - - - - - 36 0 0 66 10 15.2 23 9 39.1 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704921659 1.704921659 1 2.349134269 1.174567134 2 2.43405168 0.81135056 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.6E-12 1 1.5E-15 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34336874 C G - - - - - - 15 0 0 22 3 13.6 20 5 25 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 1.502004008 1.502004008 1 1.535576227 1.535576227 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000179267 1 4.55E-08 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34544336 G A - - - - - - 33 0 0 71 7 9.9 46 5 10.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.110442396 1.110442396 1 0.654873747 0.654873747 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.85E-08 1 0.00000361 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 36330882 T A - - - - - - 25 0 0 86 15 17.4 42 13 31 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.951686636 0.975843318 2 1.86248497 0.931242485 2 2.082829457 1.041414729 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.76E-19 1 2.72E-20 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 36414747 G A - - - - - - 42 0 0 73 14 19.2 43 8 18.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.153585253 1.076792627 2 1.117490982 1.117490982 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.71E-18 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 37085676 G T - - - - - - 37 0 0 68 20 29.4 38 12 31.6 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.297677419 1.64883871 2 1.898533066 0.949266533 2 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.23E-30 1 5.86E-19 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 37841241 G A GDNF CCDS3922.1 r.? - - upstream 34 0 0 69 8 11.6 44 7 15.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301124424 1.301124424 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.49E-09 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 37844202 A C GDNF CCDS3922.1 r.? - - upstream 26 0 0 68 4 5.9 39 4 10.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.661778802 0.661778802 1 0.618825651 0.618825651 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000394372 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38124820 T G - - - - - - 45 0 0 69 17 24.6 42 15 35.7 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.759281106 1.379640553 2 2.144861723 1.072430862 2 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.56E-24 1 2.65E-24 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38279321 C G EGFLAM CCDS3924.1 r.? - - intronic 51 0 0 72 4 5.6 39 5 12.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.628129032 0.628129032 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000490365 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38397711 C G EGFLAM CCDS3924.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 6 12.5 45 16 35.6 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 2.138853707 1.069426854 2 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000016 1 8.61E-26 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38785875 C T - - - - - - 36 0 0 57 5 8.8 46 0 0 37 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38810700 G A ENSG00000205785 ENST00000381785 r.? - - upstream 2 0 0 72 7 9.7 46 16 34.8 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 2.090789579 1.04539479 2 2.581074935 0.860358312 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.66E-08 1 1.31E-25 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 39025229 C T RICTOR CCDS34148.1 r.? - - intronic 38 0 0 76 8 10.5 53 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.177741935 1.177741935 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.44E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 39746330 C G - - - - - - 54 0 0 69 7 10.1 41 3 7.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132875576 1.132875576 1 0.43858517 0.43858517 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-08 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 40883869 T C - - - - - - 60 0 0 72 13 18.1 37 14 37.8 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.030202765 1.015101382 2 2.27103006 1.13551503 2 1.935806202 0.967903101 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-17 1 3.35E-23 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 40978970 T A C7 CCDS47201.1 r.? - - intronic 27 0 0 69 8 11.6 27 1 3.7 53 3 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301124424 1.301124424 1 0.222296593 0.222296593 1 0.465573643 0.465573643 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.49E-09 1 0.126579904 1 0.002429596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 41234688 C T C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 6 10.3 45 14 31.1 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 1.868492986 0.934246493 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 8.81E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 42331968 A T - - - - - - 40 0 0 67 4 6 42 3 7.1 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 0.426569138 0.426569138 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000372648 1 0.001240292 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 42600550 T A GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 34 0 0 67 6 9 29 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.009493088 1.009493088 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 43001768 T A - - - - - - 51 0 0 66 9 13.6 45 9 20 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525456221 1.525456221 1 1.201603206 1.201603206 1 1.845958656 0.922979328 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.59E-11 1 1.47E-12 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 43005381 T A - - - - - - 20 0 0 62 6 9.7 41 13 31.7 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 1.904541082 0.952270541 2 1.731607235 1.731607235 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 1.89E-20 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 43300737 T A HMGCS1 CCDS34154.1 r.? - - intronic 43 0 0 61 11 18 44 6 13.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.018986175 1.009493088 2 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.62E-14 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 43472210 A G C5orf28 CCDS3945.1 r.? - - intronic 45 0 0 64 5 7.8 44 5 11.4 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 0.684913828 0.684913828 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000186 1 0.00000288 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44048592 C G - - - - - - 26 0 0 67 9 13.4 40 3 7.5 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.503023041 1.503023041 1 0.450601202 0.450601202 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-11 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44160564 C G - - - - - - 38 0 0 55 5 9.1 38 10 26.3 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020709677 1.020709677 1 1.580108216 1.580108216 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000883 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 45585638 T C HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 45 0 0 62 12 19.4 34 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 4.19E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 45646321 T C HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 45 0 0 61 6 9.8 48 13 27.1 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 1.628172345 0.814086172 2 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 2E-19 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 45721579 C A - - - - - - 42 0 0 61 6 9.8 50 10 20 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000685 1 8.36E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 51526691 T G - - - - - - 40 0 0 52 8 15.4 30 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.419354839 1.419354839 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.42E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 51715884 A G - - - - - - 44 0 0 52 12 23.1 25 13 52 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.129032258 1.064516129 2 2.084168337 1.042084168 2 0.791912145 0.791912145 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.19E-17 1 6E-24 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 52366848 A G ITGA2 CCDS3957.1 r.? - - intronic 43 0 0 47 13 27.7 22 11 50 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.552995392 1.276497696 2 2.004008016 1.002004008 2 0.758568475 0.758568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.47E-19 1 3.27E-20 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 53224630 C G - - - - - - 37 0 0 51 4 7.8 24 3 12.5 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 0.501002004 0.501002004 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.000233853 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 53731234 C T - - - - - - 35 0 0 49 12 24.5 17 9 52.9 20 7 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.258064516 1.129032258 2 2.120240481 1.06012024 2 1.45878553 1.45878553 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.9E-17 1 4.58E-17 1 5.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 54021160 T G - - - - - - 31 0 0 40 5 12.5 27 7 25.9 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 1.038076152 1.038076152 1 0.437635659 0.437635659 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000178 1 6.36E-11 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 54304686 T C - - - - - - 45 0 0 66 8 12.1 24 15 62.5 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 2.50501002 1.25250501 2 0.833591731 0.833591731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.73E-09 1 3.82E-29 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 54489155 G A - - - - - - 51 0 0 64 14 21.9 35 22 62.9 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.01843318 1.00921659 2 2.521042084 1.260521042 2 0.800248062 0.800248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.31E-19 1 3.31E-42 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 56959367 G T - - - - - - 34 0 0 49 6 12.2 38 10 26.3 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 1.054108216 1.054108216 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 59049800 C T PDE4D CCDS47213.1 r.? - - intronic 36 0 0 72 12 16.7 29 7 24.1 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0.965931864 0.965931864 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.84E-15 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 60117871 G A ELOVL7 CCDS47029.1 r.? - - intronic 37 0 0 63 12 19 21 8 38.1 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751152074 0.875576037 2 1.527054108 1.527054108 1 0.800248062 0.800248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.15E-16 1 7.5E-14 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 60785709 G C ZSWIM6 CCDS47215.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 7 14.6 31 10 32.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.34562212 1.34562212 1 1.294589178 1.294589178 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.81E-09 1 3.94E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 61542854 C T - - - - - - 11 0 0 57 17 29.8 34 16 47.1 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.746543779 1.373271889 2 1.887775551 0.943887776 2 0.520994832 0.520994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.82E-26 1 3.09E-28 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 62605173 T C - - - - - - 40 0 0 49 16 32.7 25 9 36 24 8 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.013824885 1.506912442 2 1.442885772 1.442885772 1 1.387930233 1.387930233 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.37E-25 1 3.71E-15 1 2.68E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 63165734 G C - - - - - - 32 0 0 44 8 18.2 32 14 43.8 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677419355 1.677419355 1 1.755511022 0.877755511 2 0.771072351 0.771072351 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.9E-11 1 2.65E-24 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 63393104 C G - - - - - - 48 0 0 66 13 19.7 29 6 20.7 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.815668203 0.907834101 2 0.829659319 0.829659319 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.95E-17 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 65331985 T G ERBB2IP CCDS34172.1 r.? - - intronic 42 0 0 74 9 12.2 36 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.61E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 65556099 C G AC092373.1 ENST00000510964 r.? - - intronic 15 0 0 20 4 20 9 2 22.2 7 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 1.843317972 1 0.889779559 0.889779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000284 1 0.000879235 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 66397092 A G MAST4 CCDS47225.1 r.? - - intronic 24 0 0 68 9 13.2 28 2 7.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.216589862 1.216589862 1 0.284569138 0.284569138 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.38E-11 1 0.008668191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 67439205 G T - - - - - - 38 0 0 59 5 8.5 26 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 67461163 G C - - - - - - 9 0 0 62 17 27.4 18 9 50 19 5 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.525345622 1.262672811 2 2.004008016 1.002004008 2 1.096173127 1.096173127 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.56E-25 1 9.12E-17 1 3.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 70119490 T G - - - - - - 7 0 0 9 3 33.3 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.069124424 3.069124424 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000103 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 71144665 T C - - - - - - 49 0 0 54 11 20.4 35 19 54.3 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.880184332 0.940092166 2 2.176352705 1.088176353 2 0.971134367 0.971134367 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.84E-15 1 7.18E-35 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73997376 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 41 0 0 54 8 14.8 42 11 26.2 49 22 44.9 201 0 0 67 8 11.9 146 35 24 165 66 40 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.5120553 1.5120553 1 1.3121002 1.3121002 1 1.871413437 1.871413437 1 1 1.201923848 1.201923848 1 1.667183463 1.667183463 1 6 5 1 1 3.31E-10 1.96E-09 1.81E-16 1.09E-47 1.04E-37 8.88E-106 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997469 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 44 0 0 55 5 9.1 30 8 26.7 43 15 34.9 104 0 0 44 4 9.1 78 16 20.5 94 41 43.6 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 1.337140281 1.337140281 1 1.454617571 1.454617571 1 1 1.026643287 1.026643287 1 1.817229974 1.817229974 1 6 5 1 1 0.00000883 0.0000723 2.07E-12 1.96E-21 4.05E-24 2.67E-68 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997603 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 9 13.4 40 7 17.5 47 16 34 5 0 0 1 0 0 2 1 50 4 2 50 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.369023041 1.369023041 1 0.876402806 0.876402806 1 1.417105943 1.417105943 1 1 2.504008016 2.504008016 1 2.083979328 2.083979328 1 6 5 1 1 6.43E-11 1 1.26E-09 0.009975 1.98E-25 0.000149002 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 74662438 T C COL4A3BP CCDS47235.1 r.? - - downstream 10 0 0 63 29 46 46 21 45.7 28 17 60.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 4.699631336 2.349815668 2 2.288663327 1.144331663 2 3.385196855 2.402600667 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.2E-49 1 2.94E-36 1 1.56E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 74856264 G A POLK CCDS4030.1 r.? - - intronic 33 0 0 63 12 19 26 4 15.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.941152074 0.970576037 2 0.771234469 0.771234469 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.15E-16 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 78154579 A G ARSB CCDS4043.1 r.? - - intronic 48 0 0 57 6 10.5 43 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.072741935 1.072741935 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 78789070 T C HOMER1 CCDS43335.1 r.? - - intronic 31 0 0 69 14 20.3 33 15 45.5 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.073967742 1.036983871 2 2.278647295 1.139323647 2 0.998270572 0.998270572 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.3E-19 1 2.91E-26 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 81481078 A G ATG10 CCDS4057.1 r.? - - intronic 55 0 0 66 17 25.8 31 14 45.2 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.635880184 1.317940092 2 2.263623246 1.131811623 2 0.892308891 0.892308891 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.52E-24 1 1.49E-24 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 81978405 C T - - - - - - 34 0 0 56 12 21.4 33 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.18635023 1.093175115 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.11E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82320008 C G - - - - - - 47 0 0 67 8 11.9 39 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.215774194 1.215774194 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82426602 G A XRCC4 CCDS4058.1 r.? - - intronic 46 0 0 81 9 11.1 32 9 28.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.134041475 1.134041475 1 1.407252505 1.407252505 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.68E-10 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82960029 C G HAPLN1 CCDS4061.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 5 8.2 24 8 33.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.837760369 0.837760369 1 1.667669339 1.667669339 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 83955677 C T - - - - - - 40 0 0 57 7 12.3 32 8 25 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.256640553 1.256640553 1 1.252004008 1.252004008 1 2.046733518 1.452643237 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.66E-08 1 3.69E-12 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 84018361 C T - - - - - - 45 0 0 74 7 9.5 37 18 48.6 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.970576037 0.970576037 1 2.433895792 1.216947896 2 0.619039293 0.619039293 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000105 1 6.16E-32 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 84622097 A G - - - - - - 38 0 0 63 12 19 28 9 32.1 26 4 15.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.941152074 0.970576037 2 1.607573146 1.607573146 1 0.858847307 0.858847307 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.15E-16 1 1.24E-14 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 84947614 G C - - - - - - 33 0 0 49 7 14.3 32 8 25 25 9 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.46097235 1.46097235 1 1.252004008 1.252004008 1 2.007695004 1.424936145 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.58E-09 1 3.69E-12 1 3.71E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 85438487 A C - - - - - - 41 0 0 51 12 23.5 38 18 47.4 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.400898618 1.200449309 2 2.373799599 1.1868998 2 0.797501071 0.797501071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.24E-17 1 1.16E-31 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 86937797 G A - - - - - - 37 0 0 62 8 12.9 32 9 28.1 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.317940092 1.317940092 1 1.407252505 1.407252505 1 1.015001363 1.015001363 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.04E-09 1 4.94E-14 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 87306396 T G - - - - - - 38 0 0 51 5 9.8 45 8 17.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.001225806 1.001225806 1 0.891426854 0.891426854 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 87793341 A G - - - - - - 41 0 0 65 7 10.8 30 5 16.7 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.103391705 1.103391705 1 0.836338677 0.836338677 1 1.857117879 1.318065934 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.22E-08 1 0.000000401 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 87932247 G C - - - - - - 47 0 0 60 6 10 33 11 33.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.021658986 1.021658986 1 1.667669339 0.833834669 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 8.54E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 88063536 T A MEF2C CCDS47244.1 r.? - - intronic 48 0 0 62 8 12.9 33 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.317940092 1.317940092 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 88150710 C T MEF2C CCDS47244.1 r.? - - intronic 42 0 0 77 20 26 48 25 52.1 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.656313364 1.328156682 2 2.609176353 1.304588176 2 0.98153978 0.98153978 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.07E-28 1 8.26E-45 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 88201817 T A MEF2C CCDS47244.1 r.? - - upstream 43 0 0 71 4 5.6 24 1 4.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.572129032 0.572129032 1 0.210336673 0.210336673 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000464961 1 0.113346489 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 88428326 G T - - - - - - 51 0 0 62 15 24.2 31 15 48.4 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.472414747 1.236207373 2 2.42387976 1.21193988 2 0.725000974 0.725000974 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.28E-21 1 8.51E-27 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 89202177 T A - - - - - - 45 0 0 67 10 14.9 32 15 46.9 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.522271889 1.522271889 1 2.348759519 1.17437976 2 1.059616808 1.059616808 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.87E-12 1 1.59E-26 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 89819116 A G LYSMD3 CCDS43338.1 r.? - - intronic 51 0 0 61 7 11.5 41 10 24.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.174907834 1.174907834 1 1.221955912 1.221955912 1 1.18230928 1.18230928 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.69E-08 1 9.51E-15 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 91502825 C T - - - - - - 45 0 0 57 7 12.3 25 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.256640553 1.256640553 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 91721447 G A - - - - - - 33 0 0 57 12 21.1 32 13 40.6 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.155700461 1.07785023 2 2.033254509 1.016627255 2 0.211923362 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.4E-16 1 3.88E-22 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 93286659 A T MIR2277 CCDS4069.1 r.? - - intronic 33 0 0 64 14 21.9 29 12 41.4 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.23743318 1.11871659 2 2.073318637 1.036659319 2 0.975962849 0.975962849 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.31E-19 1 1.17E-20 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 93846747 G A C5orf36 ENST00000513200 r.? - - intronic 43 0 0 67 10 14.9 29 15 51.7 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.522271889 1.522271889 1 2.589144289 1.294572144 2 1.265963239 1.265963239 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.87E-12 1 2.22E-27 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 97451985 A G - - - - - - 41 0 0 38 6 15.8 31 5 16.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.614221198 1.614221198 1 0.806290581 0.806290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.76E-08 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 97453101 C A - - - - - - 31 0 0 67 5 7.5 35 9 25.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.76624424 0.76624424 1 1.28706012 1.28706012 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000233 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 97529848 C G - - - - - - 42 0 0 62 7 11.3 30 5 16.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.154474654 1.154474654 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.02E-08 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 98144669 G C - - - - - - 38 0 0 56 6 10.7 38 9 23.7 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.093175115 1.093175115 1 1.1868998 1.1868998 1 1.650771448 1.650771448 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000409 1 2.79E-13 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 98434527 T A - - - - - - 48 0 0 59 5 8.5 37 8 21.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 1.081731463 1.081731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 98434528 C A - - - - - - 48 0 0 59 5 8.5 37 8 21.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 1.081731463 1.081731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 98678544 G C - - - - - - 29 0 0 47 4 8.5 32 6 18.8 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 0.941507014 0.941507014 1 1.288270961 1.288270961 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 1.27E-08 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 104351611 C G ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 41 0 0 72 17 23.6 27 9 33.3 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.411115207 1.205557604 2 1.667669339 1.667669339 1 1.288270961 1.288270961 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.97E-24 1 8.44E-15 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 105418536 G A - - - - - - 28 0 0 68 6 8.8 39 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.899059908 0.899059908 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 105975708 C T - - - - - - 43 0 0 61 8 13.1 35 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.338373272 1.338373272 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.09E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 106933336 T C EFNA5 CCDS4097.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 9 14.8 46 7 15.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.5120553 1.5120553 1 0.761218437 0.761218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.68E-11 1 3.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 106954270 G C EFNA5 CCDS4097.1 r.? - - intronic 49 0 0 59 6 10.2 29 6 20.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.042092166 1.042092166 1 1.036659319 1.036659319 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000561 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 107127334 C G - - - - - - 38 0 0 49 6 12.2 46 9 19.6 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.246423963 1.246423963 1 0.981571142 0.981571142 1 0.540962265 0.540962265 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000182 1 1.82E-12 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 109541592 C T - - - - - - 39 0 0 50 7 14 22 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.430322581 1.430322581 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 110347810 T A - - - - - - 41 0 0 51 10 19.6 39 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.002451613 1.001225806 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 110405815 C T TSLP CCDS4101.1 r.? - - upstream 29 0 0 51 10 19.6 39 15 38.5 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.002451613 1.001225806 2 1.928086172 0.964043086 2 0.959232058 0.959232058 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.04E-13 1 6.85E-25 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 112082297 G A APC CCDS4107.1 r.? - - intronic 43 0 0 61 9 14.8 37 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.5120553 1.5120553 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.68E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 112612292 T C MCC CCDS4111.1 r.? - - intronic 25 0 0 53 12 22.6 34 15 44.1 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.308949309 1.154474654 2 2.20853507 1.104267535 2 0.953655127 0.953655127 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.39E-17 1 5.18E-26 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 112949223 G A - - - - - - 22 0 0 60 5 8.3 32 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.847976959 0.847976959 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 113629701 T G - - - - - - 37 0 0 71 6 8.5 42 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000169 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 113629702 G T - - - - - - 37 0 0 69 6 8.7 42 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.888843318 0.888843318 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 113943735 G C - - - - - - 49 0 0 65 9 13.8 36 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.409889401 1.409889401 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.85E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 114277170 G T - - - - - - 47 0 0 53 9 17 35 10 28.6 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.736820276 1.736820276 1 1.432292585 1.432292585 1 0.619039293 0.619039293 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.1E-12 1 1.6E-15 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 114989743 T A - - - - - - 43 0 0 55 5 9.1 28 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.929709677 0.929709677 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 116095866 G A - - - - - - 17 0 0 63 8 12.7 37 8 21.6 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.297506912 1.297506912 1 1.081731463 1.081731463 1 1.784617782 1.784617782 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.18E-09 1 1.33E-11 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 116271923 T C - - - - - - 34 0 0 68 9 13.2 43 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.348589862 1.348589862 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.38E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 116621902 C T - - - - - - 49 0 0 57 5 8.8 36 8 22.2 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.899059908 0.899059908 1 1.111779559 1.111779559 1 2.002118074 1.420977989 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000105 1 1.04E-11 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117252972 C A - - - - - - 34 0 0 38 5 13.2 25 3 12 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.348589862 1.348589862 1 0.600961924 0.600961924 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000137 1 0.00026475 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117530551 G A - - - - - - 41 0 0 62 15 24.2 35 10 28.6 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.472414747 1.236207373 2 1.432292585 1.432292585 1 0.797501071 0.797501071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.28E-21 1 1.6E-15 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117765591 G A - - - - - - 43 0 0 65 13 20 39 12 30.8 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.043317972 1.021658986 2 1.542468938 1.542468938 1 0.959232058 0.959232058 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.57E-17 1 8.43E-19 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 118812196 T C HSD17B4 CCDS4126.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 5 10 30 14 46.7 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.021658986 1.021658986 1 2.338743487 1.169371743 2 0.98153978 0.98153978 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000549 1 8.24E-25 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 119175184 G A - - - - - - 39 0 0 72 8 11.1 31 6 19.4 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.134041475 1.134041475 1 0.97155511 0.97155511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.52E-09 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 120415486 G C - - - - - - 40 0 0 69 13 18.8 36 18 50 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.920718894 0.960359447 2 2.504008016 1.252004008 2 1.08192453 1.08192453 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.64E-17 1 3.18E-32 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 122877298 G A CSNK1G3 CCDS43355.1 r.? - - intronic 38 0 0 55 9 16.4 35 15 42.9 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.675520737 1.675520737 1 2.148438878 1.074219439 2 1.310578683 1.310578683 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.01E-11 1 9.02E-26 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 123709179 A G - - - - - - 38 0 0 67 5 7.5 35 7 20 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.76624424 0.76624424 1 1.001603206 1.001603206 1 1.595002142 1.595002142 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000233 1 4.65E-10 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 124868751 A G - - - - - - 47 0 0 54 7 13 33 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.328156682 1.328156682 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 127446644 C G SLC12A2 CCDS4144.1 r.? - - intronic 28 0 0 57 6 10.5 27 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.072741935 1.072741935 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 128178582 C A SLC27A6 ENST00000508645 r.? - - intronic 36 0 0 64 8 12.5 45 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.277073733 1.277073733 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129655071 C G - - - - - - 40 0 0 67 7 10.4 36 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.062525346 1.062525346 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 130030759 G A - - - - - - 47 0 0 54 10 18.5 29 9 31 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.890069124 0.945034562 2 1.55248497 1.55248497 1 0.959232058 0.959232058 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.91E-13 1 1.79E-14 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 130297417 T G - - - - - - 31 0 0 59 5 8.5 28 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 131174801 T A - - - - - - 26 0 0 59 5 8.5 29 4 13.8 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.868410138 0.868410138 1 0.691106212 0.691106212 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 132954000 A G - - - - - - 47 0 0 71 14 19.7 39 11 28.2 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.012668203 1.006334101 2 1.412260521 1.412260521 1 1.4778866 1.4778866 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.13E-18 1 7.2E-17 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 134884357 G A - - - - - - 7 0 0 57 9 15.8 30 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.614221198 1.614221198 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.42E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 135585557 T C TRPC7 CCDS47267.1 r.? - - intronic 49 0 0 52 6 11.5 48 9 18.8 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.174907834 1.174907834 1 0.941507014 0.941507014 1 0.870001169 0.870001169 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000261 1 2.75E-12 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 135954341 C T - - - - - - 32 0 0 59 7 11.9 33 16 48.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.215774194 1.215774194 1 2.428887776 1.214443888 2 0.897885821 0.897885821 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.12E-08 1 1.64E-28 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 137238753 G A PKD2L2 CCDS43367.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 6 10.7 41 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.093175115 1.093175115 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 137910585 T A HSPA9 CCDS4208.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 10 17.9 37 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.828769585 0.914384793 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.82E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 138623252 G C SNHG4 CCDS4210.1 r.? - - intronic 7 0 0 57 5 8.8 33 4 12.1 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.899059908 0.899059908 1 0.60596994 0.60596994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 140670392 A G - - - - - - 45 0 0 59 9 15.3 37 15 40.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.563138249 1.563138249 1 2.028246493 1.014123246 2 0.524231473 0.524231473 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-11 1 2.58E-25 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 141453885 A C - - - - - - 38 0 0 57 5 8.8 37 6 16.2 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.899059908 0.899059908 1 0.811298597 0.811298597 1 1.595002142 1.595002142 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000105 1 3.18E-08 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 143389393 A T - - - - - - 46 0 0 72 12 16.7 32 15 46.9 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.706170507 0.853085253 2 2.348759519 1.17437976 2 1.193463142 1.193463142 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.84E-15 1 1.59E-26 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 143523563 T C - - - - - - 25 0 0 58 11 19 34 5 14.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.941152074 0.970576037 2 0.736178357 0.736178357 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.96E-15 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 144028307 T C - - - - - - 39 0 0 62 6 9.7 23 4 17.4 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.991009217 0.991009217 1 0.87139479 0.87139479 1 2.030002727 1.440768769 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000756 1 0.00000513 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 144295230 G A - - - - - - 34 0 0 68 12 17.6 29 9 31 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.798119816 0.899059908 2 1.55248497 1.55248497 1 1.115386114 1.115386114 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.37E-15 1 1.79E-14 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 144582622 G T - - - - - - 37 0 0 68 10 14.7 34 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.50183871 1.50183871 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.18E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 146343734 C T PPP2R2B CCDS4284.1 r.? - - intronic 50 0 0 67 12 17.9 25 10 40 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.828769585 0.914384793 2 2.003206413 1.001603206 2 1.918464115 1.36160565 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.14E-15 1 2.98E-17 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 146849971 T G DPYSL3 ENST00000343218 r.? - - intronic 33 0 0 57 7 12.3 39 0 0 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.256640553 1.256640553 1 0 0 1 0.507500682 0.507500682 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.66E-08 1 1 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 146862182 G C DPYSL3 ENST00000343218 r.? - - intronic 50 0 0 60 11 18.3 38 17 44.7 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.869635945 0.934817972 2 2.238583166 1.119291583 2 1.221347794 1.221347794 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.34E-14 1 1.99E-29 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 146912691 A T - - - - - - 32 0 0 70 4 5.7 34 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.582345622 0.582345622 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 147334016 G A - - - - - - 30 0 0 58 7 12.1 34 0 0 24 0 0 217 0 0 172 28 16.3 142 0 0 155 0 0 FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.236207373 1.236207373 1 0 0 1 0 NA 0 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.88E-08 2.34E-33 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 147728862 G C - - - - - - 38 0 0 66 9 13.6 49 23 46.9 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.389456221 1.389456221 1 2.348759519 1.17437976 2 0.948078197 0.948078197 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.59E-11 1 6.14E-40 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 148676601 G A AFAP1L1 CCDS34274.1 r.? - - intronic 28 0 0 57 5 8.8 36 7 19.4 32 12 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.899059908 0.899059908 1 0.97155511 0.97155511 1 2.091348963 1.484308485 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000105 1 5.74E-10 1 5.03E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 156017453 G C SGCD CCDS47325.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 6 11.3 39 11 28.2 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.154474654 1.154474654 1 1.412260521 1.412260521 1 1.148847697 1.148847697 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000293 1 7.2E-17 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 156169012 G A SGCD CCDS47325.1 r.? - - intronic 11 0 0 54 13 24.1 23 8 34.8 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.462198157 1.231099078 2 1.742789579 1.742789579 1 1.048462947 1.048462947 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.12E-18 1 1.79E-13 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 161878512 C T - - - - - - 34 0 0 40 6 15 25 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.532488479 1.532488479 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 162092818 G T - - - - - - 38 0 0 64 16 25 28 14 50 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.554147465 1.277073733 2 2.504008016 1.252004008 2 0.931347405 0.931347405 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.94E-23 1 2.29E-25 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 163212146 C G - - - - - - 41 0 0 55 7 12.7 40 8 20 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.297506912 1.297506912 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.28E-08 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 163285083 C T - - - - - - 25 0 0 68 5 7.4 39 3 7.7 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.75602765 0.75602765 1 0.385617234 0.385617234 1 1.299424822 1.299424822 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000251 1 0.000998458 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 163682409 C T - - - - - - 45 0 0 60 6 10 42 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.021658986 1.021658986 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 164836611 T C - - - - - - 27 0 0 50 9 18 32 0 0 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.838986175 0.919493088 2 0 0 1 0.362500487 0.362500487 1 1 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 4.07E-12 1 1 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 164879363 A G - - - - - - 32 0 0 60 8 13.3 35 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.358806452 1.358806452 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 164940186 A T - - - - - - 32 0 0 62 11 17.7 32 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.808336406 0.904168203 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.96E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 165640782 G A - - - - - - 14 0 0 51 7 13.7 32 15 46.9 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.399672811 1.399672811 1 2.348759519 1.17437976 2 1.160001558 1.160001558 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.46E-09 1 1.59E-26 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 166501933 A T - - - - - - 38 0 0 51 8 15.7 31 4 12.9 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.604004608 1.604004608 1 0.646034068 0.646034068 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.05E-10 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 166827117 A C - - - - - - 49 0 0 64 8 12.5 43 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.277073733 1.277073733 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 168553110 C T SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 39 0 0 78 14 17.9 28 11 39.3 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.828769585 0.914384793 2 1.968150301 0.98407515 2 1.115386114 1.115386114 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.63E-18 1 9.7E-19 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 168789287 G A - - - - - - 45 0 0 76 16 21.1 34 18 52.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.155700461 1.07785023 2 2.649240481 1.32462024 2 0.658077807 0.658077807 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.25E-21 1 7.79E-33 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 169274317 C A DOCK2 CCDS4371.1 r.? - - intronic 44 0 0 56 8 14.3 41 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.46097235 1.46097235 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 170304491 C T RANBP17 CCDS34287.1 r.? - - intronic 36 0 0 59 14 23.7 35 12 34.3 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.421331797 1.210665899 2 1.717749499 0.858874749 2 1.628463726 1.628463726 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.58E-20 1 1.83E-19 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 170419087 A G RANBP17 CCDS34287.1 r.? - - intronic 42 0 0 63 5 7.9 21 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.807110599 0.807110599 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 171362213 G C FBXW11 CCDS34289.1 r.? - - intronic 4 0 0 60 7 11.7 32 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.195341014 1.195341014 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 172036638 A G - - - - - - 37 0 0 58 6 10.3 34 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.052308756 1.052308756 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 173730280 C T - - - - - - 8 0 0 51 25 49 29 10 34.5 34 19 55.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 5.006129032 2.503064516 2 1.727765531 0.863882766 2 3.117504187 2.212609181 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.52E-44 1 1.79E-16 1 3.3E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 174406417 T G - - - - - - 50 0 0 65 9 13.8 33 3 9.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.409889401 1.409889401 1 0.455729459 0.455729459 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.85E-11 1 0.000609557 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175337104 C A - - - - - - 6 0 0 61 22 36.1 32 9 28.1 25 9 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 3.68818894 1.84409447 2 1.407252505 1.407252505 1 2.007695004 1.424936145 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.38E-35 1 4.94E-14 1 3.71E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175352453 C T THOC3 ENST00000432305 r.? - - intronic 72 0 0 113 9 8 58 15 25.9 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.817327189 0.817327189 1 1.297076152 1.297076152 1 0.741731766 0.741731766 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.3E-09 1 7.42E-22 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175450601 C T THOC3 ENST00000514861 r.? - - intronic 7 0 0 30 10 33.3 18 10 55.6 11 3 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 3.402124424 1.701062212 2 2.784456914 1.392228457 2 1.522502045 1.522502045 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.68E-16 1 4.12E-19 1 0.00002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175774404 C T KIAA1191 CCDS4399.1 r.1651g>a c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 59 7 11.9 29 8 27.6 17 5 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 1.215774194 1.215774194 1 1.382212425 1.382212425 1 1.639617587 1.639617587 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.12E-08 1 1.53E-12 1 1.84E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 179980622 T C CNOT6 CCDS4455.1 r.? - - intronic 52 0 0 57 13 22.8 37 11 29.7 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.329382488 1.164691244 2 1.487380762 1.487380762 1 1.015001363 1.015001363 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.44E-18 1 3.7E-17 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 1086871 G T ENSG00000176515 ENST00000314040 r.? - - intronic 16 0 0 51 11 21.6 30 18 60 40 14 35 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.99078341 0.995391705 2 2.404809619 1.20240481 2 2.50878553 0.836261843 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.94E-15 1 3.12E-34 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 2006196 A G GMDS CCDS4474.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 6 11.8 33 11 33.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000232 1 8.54E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 2318060 C T - - - - - - 29 0 0 47 9 19.1 22 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.760368664 1.760368664 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.24E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 3575638 T A - - - - - - 41 0 0 53 9 17 30 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 7.1E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 3575640 T A - - - - - - 40 0 0 52 9 17.3 27 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.594470046 1.594470046 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 5.92E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 4370843 C G - - - - - - 13 0 0 38 11 28.9 29 12 41.4 35 15 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.66359447 1.331797235 2 1.659318637 0.829659319 2 3.075054264 1.025018088 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.19E-17 1 1.17E-20 1 9.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 5217600 C A AL121978.1 ENST00000512904 r.? - - intronic 45 0 0 54 5 9.3 25 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 7962152 C A - - - - - - 2 0 0 52 7 13.5 21 7 33.3 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 1.334669339 1.334669339 1 2.386930233 1.193465116 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.58E-09 1 8.54E-12 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 11760984 G C C6orf105 CCDS4521.1 r.? - - intronic 34 0 0 55 10 18.2 29 15 51.7 46 18 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677419355 1.677419355 1 2.072144289 1.036072144 2 2.802671835 0.934223945 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.33E-13 1 2.22E-27 1 9.41E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 13208948 C G PHACTR1 ENST00000379350 r.? - - intronic 38 0 0 66 9 13.6 23 7 30.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 1.218436874 1.218436874 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.59E-11 1 1.79E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 14387975 G C - - - - - - 35 0 0 42 15 35.7 26 15 57.7 42 18 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.290322581 1.64516129 2 2.312625251 1.156312625 2 3.075054264 1.025018088 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.65E-24 1 2.24E-28 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 14623501 C T - - - - - - 39 0 0 54 18 33.3 31 20 64.5 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.069124424 1.534562212 2 2.585170341 1.29258517 2 1.741813953 1.741813953 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-28 1 7.66E-39 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 16999835 T C - - - - - - 47 0 0 41 4 9.8 35 11 31.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.903225806 0.903225806 1 1.258517034 1.258517034 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000546 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 18025826 T G - - - - - - 39 0 0 53 7 13.2 29 13 44.8 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.216589862 1.216589862 1 1.795591182 0.897795591 2 2.322418605 1.161209302 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 7.69E-23 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 19138097 C T ENSG00000196333 ENST00000358740 r.? - - intronic 36 0 0 56 5 8.9 28 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 19364318 A G - - - - - - 39 0 0 69 6 8.7 29 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801843318 0.801843318 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 19701700 T C - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 14 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 19754272 C T - - - - - - 43 0 0 53 12 22.6 28 14 50 33 16 48.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.082949309 1.041474654 2 2.004008016 1.002004008 2 3.476459948 1.158819983 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.39E-17 1 2.29E-25 1 1.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 21162394 G T CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 47 0 0 66 11 16.7 33 19 57.6 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 2.308617234 1.154308617 2 2.788335917 0.929445306 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.07E-14 1 1.46E-35 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 21193372 G A CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 11 22.4 34 14 41.2 32 13 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.064516129 1.032258065 2 1.651302605 0.825651303 2 2.910191214 0.970063738 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.19E-15 1 7.74E-24 1 3.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 23092728 G C - - - - - - 29 0 0 62 6 9.7 27 4 14.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.894009217 0.894009217 1 0.593186373 0.593186373 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000756 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 23805938 G C - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 20 4 20 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.02E-08 1 0.00000284 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 23842405 A G - - - - - - 33 0 0 46 6 13 25 10 40 28 12 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 1.603206413 1.603206413 1 3.075054264 1.025018088 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000123 1 2.98E-17 1 6.9E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 26049769 T A HIST1H3C CCDS4576.1 r.? - - downstream 38 0 0 57 9 15.8 20 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.456221198 1.456221198 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.42E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 30687741 G A ZNF207 CCDS42294.1 r.587g>a c.432G>A p.Q144Q silent 43 0 0 47 8 17 23 4 17.4 22 0 0 325 0 0 201 36 17.9 177 51 28.8 162 0 0 TRUE TRUE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 0.69739479 0.69739479 1 0 0 1 2 1.154308617 1.154308617 1 0 0 1 4 4 1 1 1.03E-10 5.11E-44 0.00000513 2.28E-73 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 26983417 T A - - - - - - 36 0 0 60 4 6.7 27 0 0 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.617511521 0.617511521 1 0 0 1 0.172031008 0.172031008 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000243755 1 1 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 27841312 C T HIST1H3I CCDS4636.1 r.? - - upstream 12 0 0 45 18 40 10 4 40 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.686635945 1.843317972 2 1.603206413 1.603206413 1 2.36870801 1.184354005 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.76E-30 1 0.000000128 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 29957056 G A - - - - - - 41 0 0 75 14 18.7 25 18 72 50 21 42 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.723502304 0.861751152 2 2.885771543 1.442885772 2 3.430542636 1.143514212 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.57E-18 1 1.77E-36 1 2.79E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 30384646 G T - - - - - - 4 0 0 55 4 7.3 27 6 22.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.67281106 0.67281106 1 0.889779559 0.889779559 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000173903 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 33109120 G A - - - - - - 50 0 0 58 7 12.1 43 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.115207373 1.115207373 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 1.88E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 33125944 T A COL11A2 CCDS43452.1 r.? - - downstream 25 0 0 54 13 24.1 26 12 46.2 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.221198157 1.110599078 2 1.851703407 0.925851703 2 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.12E-18 1 2.21E-21 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 35481673 G T TULP1 CCDS4807.1 r.? - - upstream 35 0 0 45 5 11.1 21 7 33.3 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 1.334669339 1.334669339 1 2.409547804 0.803182601 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000323 1 8.54E-12 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 37304968 A C TBC1D22B CCDS4832.1 r.? - - downstream 29 0 0 52 6 11.5 29 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 37419471 A G FTSJD2 CCDS4835.1 r.? - - intronic 35 0 0 56 11 19.6 27 14 51.9 49 15 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.806451613 0.903225806 2 2.080160321 1.04008016 2 2.499395349 0.833131783 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.91E-15 1 1.15E-25 1 4.1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 38709152 G A DNAH8 CCDS4838.1 r.? - - intronic 32 0 0 56 12 21.4 33 22 66.7 47 17 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97235023 0.986175115 2 2.673346693 1.336673347 2 2.956801034 0.985600345 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.11E-16 1 4.38E-43 1 1.81E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 40279200 C T - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 26 6 23.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 0.925851703 0.925851703 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000288 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 40772213 G A - - - - - - 38 0 0 51 11 21.6 31 19 61.3 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.99078341 0.995391705 2 2.456913828 1.228456914 2 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.94E-15 1 2.54E-36 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 41244060 C T TREM1 CCDS4854.1 r.? - - intronic 46 0 0 66 12 18.2 27 16 59.3 37 10 27 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677419355 0.838709677 2 2.376753507 1.188376754 2 2.205348837 1.102674419 2 2 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.36E-16 0.000025 1.89E-30 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 43344037 G A - - - - - - 33 0 0 44 6 13.6 24 9 37.5 38 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253456221 1.253456221 1 1.503006012 1.503006012 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.37E-08 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 43383090 G T - - - - - - 22 0 0 41 10 24.4 17 8 47.1 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.248847926 1.124423963 2 1.887775551 0.943887776 2 2.409547804 0.803182601 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.51E-15 1 9.12E-15 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 43425018 C T DLK2 CCDS4897.1 r.? - - upstream 19 0 0 50 10 20 25 13 52 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 0.921658986 2 2.084168337 1.042084168 2 2.932297158 0.977432386 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.36E-14 1 6E-24 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 44349207 C T SPATS1 ENST00000288390 r.? - - downstream 11 0 0 45 9 20 32 11 34.4 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 0.921658986 2 1.378757515 1.378757515 1 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.47E-12 1 5.72E-18 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 44442014 G A - - - - - - 1 0 0 44 5 11.4 18 2 11.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 0.44488978 0.44488978 1 0.988322997 0.988322997 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 0.003626632 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 45221146 C G SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 44 0 0 51 9 17.6 32 9 28.1 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.622119816 1.622119816 1 1.407252505 1.407252505 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.92E-12 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 45655292 C G - - - - - - 29 0 0 60 6 10 40 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 46970143 A G GPR110 CCDS34471.1 r.? - - intronic 50 0 0 67 6 9 44 5 11.4 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.829493088 0.829493088 1 0.570913828 0.570913828 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000012 1 0.00000288 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 48342066 A G - - - - - - 30 0 0 60 5 8.3 40 13 32.5 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 1.62760521 0.813802605 2 1.690767442 1.690767442 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000136 1 1.3E-20 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 50422970 C T - - - - - - 45 0 0 66 14 21.2 30 14 46.7 34 16 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.953917051 0.976958525 2 2.338743487 1.169371743 2 3.847108527 1.282369509 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.71E-19 1 8.24E-25 1 3.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 51496962 G A PKHD1 CCDS4935.1 r.? - - intronic 35 0 0 75 16 21.3 27 10 37 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.963133641 0.98156682 2 1.852965932 0.926482966 2 3.218175711 1.072725237 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.88E-22 1 7.62E-17 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 52033242 G A - - - - - - 38 0 0 60 8 13.3 46 19 41.3 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 2.068310621 1.034155311 2 2.393211886 1.196605943 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.93E-10 1 6.97E-32 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 53077655 T C - - - - - - 24 0 0 53 11 20.8 20 10 50 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.917050691 0.958525346 2 2.504008016 1.252004008 2 2.515731266 0.838577089 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.07E-15 1 1.72E-18 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 55533735 C T - - - - - - 50 0 0 47 9 19.1 39 17 43.6 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.760368664 1.760368664 1 2.18349499 1.091747495 2 1.845958656 1.845958656 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.24E-12 1 3.51E-29 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 56885212 C T BEND6 CCDS43476.1 r.? - - intronic 19 0 0 49 8 16.3 38 6 15.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.414236321 5 2 2 3 0 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 1.502304147 1.502304147 1 0.856715872 0.856715872 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.47E-10 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 57565131 C A - - - - - - 93 0 0 133 7 5.3 129 0 0 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.414236321 5 NA 2 3 NA 1 2 NA 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 58024708 A T - - - - - - 51 0 0 53 7 13.2 49 6 12.2 41 2 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 1.348589862 1.348589862 1 0.661514787 0.661514787 1 0.400229974 0.400229974 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 0.000000182 1 0.018015855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 62375121 A G - - - - - - 42 0 0 62 6 9.7 43 10 23.3 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0.991009217 0.991009217 1 1.263384798 1.263384798 1 1.282369509 1.282369509 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 1.61E-14 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 62975244 C A KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 42 0 0 75 12 16 60 17 28.3 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 1.634654378 1.634654378 1 1.534497416 0.967670931 1.585763679 2.205348837 1.102674419 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.77E-15 1 2.41E-25 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63150939 G A - - - - - - 28 0 0 53 9 17 54 24 44.4 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 1.736820276 1.736820276 1 2.407480045 1.203740022 2 3.218175711 1.072725237 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.1E-12 1 7.24E-41 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63249385 C T - - - - - - 43 0 0 68 12 17.6 55 0 0 39 0 0 95 1 1.1 58 5 8.6 140 0 0 97 0 0 TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 1.798119816 0.899059908 2 0 0 1 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 5 NA 1 0.378855462 1.37E-15 0.0000115 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 63613766 C T - - - - - - 45 0 0 55 13 23.6 62 29 46.8 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.411115207 1.205557604 2 3.747751503 1.249250501 3 3.675581395 1.225193798 3 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.46E-18 1 6.51E-50 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63786118 G T - - - - - - 28 0 0 49 7 14.3 65 28 43.1 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46097235 1.46097235 1 3.45145491 1.15048497 3 2.360540052 1.180270026 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.58E-09 1 6.12E-47 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63808430 T C - - - - - - 51 0 0 64 10 15.6 60 28 46.7 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.593788018 1.593788018 1 3.739743487 1.246581162 3 2.001149871 1.000574935 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 3.31E-48 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 64141841 C T - - - - - - 34 0 0 63 8 12.7 50 16 32 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.297506912 1.297506912 1 2.56256513 0.854188377 3 2.817945736 0.939315245 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.18E-09 1 6.4E-25 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 64434916 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 50 0 0 69 7 10.1 63 6 9.5 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031875576 1.031875576 1 0.760761523 0.760761523 1 1.470232558 1.470232558 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.43E-08 1 0.000000832 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65013506 C T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 10 0 0 48 8 16.7 51 21 41.2 31 12 38.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.706170507 1.706170507 1 3.299302605 1.099767535 3 3.161 1.053666667 3 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.23E-10 1 4.73E-35 1 3.16E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65707168 G A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 44 0 0 62 10 16.1 65 9 13.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.644870968 1.644870968 1 1.105106212 1.105106212 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 8.29E-13 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65723309 G A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 43 0 0 61 10 16.4 50 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.675520737 1.675520737 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 6.98E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 66500327 G A - - - - - - 41 0 0 55 6 10.9 46 8 17.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.113608295 1.113608295 1 1.39339479 1.39339479 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000367 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 67018659 C A - - - - - - 39 0 0 53 6 11.3 63 8 12.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.154474654 1.154474654 1 1.017018036 1.017018036 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000293 1 1.18E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 68940383 G C - - - - - - 43 0 0 58 4 6.9 30 4 13.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.7049447 0.7049447 1 0.615539075 0.615539075 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000213772 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 69651614 G C BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 43 0 0 51 9 17.6 26 11 42.3 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.798119816 1.798119816 1 1.957691944 1.208379232 1.620097311 2.409547804 0.803182601 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.92E-12 1 3.52E-19 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 71316579 T C - - - - - - 53 0 0 67 8 11.9 37 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.215774194 1.215774194 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 71493637 T A SMAP1 CCDS43478.1 r.? - - intronic 38 0 0 61 6 9.8 25 3 12 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.001225806 1.001225806 1 0.555373601 0.555373601 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000685 1 0.00026475 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72218450 C A - - - - - - 41 0 0 67 9 13.4 26 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.369023041 1.369023041 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72422294 C G - - - - - - 53 0 0 55 7 12.7 27 9 33.3 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.297506912 1.297506912 1 1.541161743 1.541161743 1 1.723439276 1.723439276 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.28E-08 1 8.44E-15 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72553051 G C - - - - - - 46 0 0 58 14 24.1 47 10 21.3 39 13 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.462198157 1.231099078 2 0.985788142 0.985788142 1 2.719930233 0.906643411 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.04E-20 1 4.27E-14 1 8.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72957614 G T RIMS1 CCDS47449.1 r.? - - intronic 52 0 0 70 5 7.1 35 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.72537788 0.72537788 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72998691 G C RIMS1 CCDS47449.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 9 19.6 40 10 25 35 16 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.002451613 1.001225806 2 1.157028336 1.157028336 1 3.732757106 1.244252369 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-12 1 7.22E-15 1 5.66E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 73986455 T A KHDC1 CCDS43480.1 r.? - - intronic 43 0 0 57 4 7 33 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.71516129 0.71516129 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 74907977 G C - - - - - - 35 0 0 50 5 10 35 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.021658986 1.021658986 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75065555 G A - - - - - - 38 0 0 55 8 14.5 26 12 46.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.48140553 1.48140553 1 2.138188365 1.319790083 1.620097311 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.86E-10 1 2.21E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75349138 C T - - - - - - 45 0 0 62 17 27.4 23 2 8.7 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.799345622 1.399672811 2 0.402645861 0.402645861 1 2.973136951 0.99104565 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.56E-25 1 0.00589844 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75367267 G T - - - - - - 35 0 0 70 5 7.1 30 10 33.3 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.72537788 0.72537788 1 1.541161743 1.541161743 1 1.192521964 1.192521964 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000289 1 2.68E-16 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75693068 T A - - - - - - 56 0 0 70 13 18.6 37 9 24.3 50 21 42 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.900285714 0.950142857 2 1.124631542 1.124631542 1 3.430542636 1.143514212 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.44E-17 1 2.14E-13 1 2.79E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75846994 C T COL12A1 CCDS43482.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 6 12 39 9 23.1 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.225990783 1.225990783 1 1.069094182 1.069094182 1 1.323209302 1.323209302 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 3.62E-13 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 77336369 G C - - - - - - 35 0 0 62 4 6.5 26 6 23.1 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.664078341 0.664078341 1 1.069094182 1.069094182 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000276647 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 77389762 A T - - - - - - 46 0 0 64 7 10.9 28 11 39.3 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.113608295 1.113608295 1 1.818848544 1.122678577 1.620097311 2.801609819 0.93386994 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.78E-08 1 9.7E-19 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 77804958 A G - - - - - - 36 0 0 64 15 23.4 31 8 25.8 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.390682028 1.195341014 2 1.194053243 1.194053243 1 1.633591731 1.633591731 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.87E-21 1 2.78E-12 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 78891360 G A - - - - - - 45 0 0 50 6 12 25 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.225990783 1.225990783 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 79039790 G A - - - - - - 30 0 0 52 11 21.2 30 3 10 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.165917051 1.082958525 2 0.462811334 0.462811334 1 1.935806202 0.967903101 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-15 1 0.000458697 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 80689008 C G - - - - - - 38 0 0 62 10 16.1 33 5 15.2 35 15 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.644870968 1.644870968 1 0.703473228 0.703473228 1 3.504054264 1.168018088 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 0.00000066 1 9.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 80895100 A G BCKDHB CCDS4994.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 9 13.4 35 0 0 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.369023041 1.369023041 1 0 NA 0 0.677940568 0.677940568 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 81634230 G C - - - - - - 46 0 0 82 12 14.6 39 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.49162212 1.49162212 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.46E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 81814736 G C - - - - - - 42 0 0 52 6 11.5 42 18 42.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.174907834 1.174907834 1 1.985460624 1.225519363 1.620097311 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 1.2E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 83018219 T C - - - - - - 33 0 0 64 6 9.4 30 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.960359447 0.960359447 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 83555714 G A - - - - - - 31 0 0 57 13 22.8 32 9 28.1 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.329382488 1.164691244 2 1.300499849 1.300499849 1 2.850617571 0.950205857 3 0 NA NA 0 8.167958656 2.722652885 3 6 NA 1 1 2.44E-18 1 4.94E-14 1 4.05E-24 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 83604381 C G UBE2CBP CCDS34491.1 r.? - - intronic 41 0 0 54 7 13 31 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.328156682 1.328156682 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 83725283 G A UBE2CBP CCDS34491.1 r.? - - intronic 49 0 0 59 5 8.5 34 15 44.1 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.868410138 0.868410138 1 2.040997984 1.259799624 1.620097311 1.666263566 1.666263566 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 5.18E-26 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 84415194 C T SNAP91 CCDS47455.1 r.? - - intronic 35 0 0 64 14 21.9 29 8 27.6 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.23743318 1.11871659 2 1.277359283 1.277359283 1 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.31E-19 1 1.53E-12 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 85005193 C G - - - - - - 43 0 0 44 5 11.4 27 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.164691244 1.164691244 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 87194195 G A - - - - - - 36 0 0 62 13 21 26 6 23.1 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.145483871 1.072741935 2 1.069094182 1.069094182 1 2.817945736 0.939315245 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.08E-18 1 3.3E-09 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 87508116 C T - - - - - - 41 0 0 59 12 20.3 43 15 34.9 42 13 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.073967742 1.036983871 2 1.615211557 0.996984283 1.620097311 2.532067183 0.844022394 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.2E-16 1 4.05E-24 1 2.72E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 87730907 A C HTR1E CCDS5006.1 r.? - - downstream 45 0 0 55 7 12.7 30 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.297506912 1.297506912 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.28E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 87767693 T C - - - - - - 5 0 0 56 23 41.1 27 10 37 43 18 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 4.199018433 2.099509217 2 1.712401937 1.056974742 1.620097311 3.422374677 1.140791559 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.22E-38 1 7.62E-17 1 2.06E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 89076804 A G - - - - - - 37 0 0 55 8 14.5 32 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.48140553 1.48140553 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.86E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 91320231 G A - - - - - - 16 0 0 54 5 9.3 15 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.950142857 0.950142857 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 91595972 A G - - - - - - 46 0 0 58 8 13.8 23 9 39.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.409889401 1.409889401 1 1.809592317 1.1169652 1.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.99E-10 1 1.5E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 91908637 T G - - - - - - 44 0 0 65 10 15.4 34 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.573354839 1.573354839 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.36E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 92961263 T C - - - - - - 37 0 0 63 9 14.3 32 0 0 49 0 0 145 1 0.7 59 11 18.6 108 0 0 140 0 0 FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.46097235 1.46097235 1 0 NA 0 0 0 1 2 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0.516555406 3.62E-11 1.1E-14 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 93203295 A C - - - - - - 45 0 0 59 6 10.2 29 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.042092166 1.042092166 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000561 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 93234139 C T - - - - - - 45 0 0 53 7 13.2 24 2 8.3 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.348589862 1.348589862 1 0.384133408 0.384133408 1 2.180844961 1.090422481 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 0.006413403 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 93480505 A C - - - - - - 38 0 0 60 14 23.3 37 12 32.4 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.380465438 1.190232719 2 1.499508723 1.499508723 1 2.107333333 1.053666667 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.54E-20 1 4.03E-19 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94002619 C G EPHA7 CCDS5031.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 4 8.5 32 7 21.9 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.868410138 0.868410138 1 1.013556822 1.013556822 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000939 1 2.36E-10 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94680542 G A - - - - - - 35 0 0 62 7 11.3 45 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.154474654 1.154474654 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94927434 G T - - - - - - 29 0 0 49 5 10.2 30 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.042092166 1.042092166 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 95140761 A C - - - - - - 49 0 0 56 4 7.1 34 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.72537788 0.72537788 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 95369802 C T - - - - - - 30 0 0 48 8 16.7 28 8 28.6 35 16 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.706170507 1.706170507 1 1.323640416 1.323640416 1 3.732757106 1.244252369 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.23E-10 1 1.11E-12 1 5.66E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 95846688 G A - - - - - - 39 0 0 52 11 21.2 22 3 13.6 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.165917051 1.082958525 2 0.629423415 0.629423415 1 3.062984496 1.020994832 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.44E-15 1 0.000179267 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 96444197 G C - - - - - - 35 0 0 74 7 9.5 38 15 39.5 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.970576037 0.970576037 1 1.828104771 1.128391954 1.620097311 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000105 1 4.24E-25 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97042356 A T FHL5 CCDS5035.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 5 11.1 15 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.134041475 1.134041475 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97447405 T G KLHL32 CCDS5038.1 r.? - - intronic 36 0 0 54 11 20.4 38 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.084184332 1.042092166 2 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.84E-15 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97744025 C G - - - - - - 46 0 0 62 5 8.1 33 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.827543779 0.827543779 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97999743 T A - - - - - - 44 0 0 58 5 8.6 25 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.878626728 0.878626728 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98629109 A G - - - - - - 54 0 0 53 7 13.2 32 8 25 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.348589862 1.348589862 1 1.157028336 1.157028336 1 1.984813953 0.992406977 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 3.69E-12 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98898377 T A - - - - - - 44 0 0 56 5 8.9 33 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.909276498 0.909276498 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 100006647 T G CCNC CCDS34502.1 r.? - - intronic 39 0 0 66 7 10.6 36 7 19.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.082958525 1.082958525 1 0.897853989 0.897853989 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000047 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 100148597 A C - - - - - - 41 0 0 51 9 17.6 32 5 15.6 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.798119816 1.798119816 1 0.721985682 0.721985682 1 3.111992248 1.037330749 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.92E-12 1 0.000000562 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 100366861 A G MCHR2 CCDS5044.1 r.? - - downstream 34 0 0 54 11 20.4 26 7 26.9 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.084184332 1.042092166 2 1.244962489 1.244962489 1 1.976645995 0.988322997 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.84E-15 1 4.73E-11 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102254502 T G GRIK2 CCDS5049.1 r.? - - intronic 29 0 0 63 7 11.1 47 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.245041475 1.245041475 1 0 NA 0 1.470232558 1.470232558 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102299941 A T GRIK2 CCDS5049.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 7 12.5 39 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.402073733 1.402073733 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102665870 A G - - - - - - 42 0 0 67 9 13.4 41 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.503023041 1.503023041 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102692996 C G - - - - - - 49 0 0 67 8 11.9 63 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.334774194 1.334774194 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 103435347 C A - - - - - - 36 0 0 43 17 39.5 34 13 38.2 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 4.430552995 1.476850998 3 1.767939297 1.091255004 1.620097311 2.409547804 0.803182601 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.84E-28 1 1.03E-21 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 104128184 C A - - - - - - 31 0 0 50 8 16 37 10 27 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.794654378 1.794654378 1 1.249590603 1.249590603 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.74E-10 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 105001181 G A - - - - - - 42 0 0 79 6 7.6 33 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.852460829 0.852460829 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000318 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 108066867 T C SCML4 CCDS5060.2 r.? - - intronic 20 0 0 44 7 15.9 36 12 33.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.783437788 1.783437788 1 1.541161743 1.541161743 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.55E-09 1 2.73E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 108128797 G A SCML4 CCDS5060.2 r.? - - intronic 43 0 0 54 15 27.8 44 15 34.1 34 17 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 3.118211982 1.039403994 3 1.57818665 0.974130775 1.620097311 4.083979328 1.361326443 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.2E-22 1 6.12E-24 1 1.64E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 108481270 C T OSTM1 ENST00000440575 r.? - - intronic 43 0 0 70 5 7.1 42 8 19 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.79637788 0.79637788 1 0.879341535 0.879341535 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000289 1 3.96E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 109783477 C T ZBTB24 CCDS34509.1 r.? - - downstream 34 0 0 64 19 29.7 44 19 43.2 42 13 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 3.331327189 1.110442396 3 1.999344964 1.234089428 1.620097311 2.532067183 0.844022394 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.34E-28 1 2.39E-32 1 2.72E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 110917855 C T - - - - - - 34 0 0 72 10 13.9 39 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.559105991 1.559105991 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.95E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 110917856 A C - - - - - - 36 0 0 71 10 14.1 36 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.581539171 1.581539171 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.42E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 111043072 C T CDK19 CCDS5085.1 r.? - - intronic 12 0 0 72 11 15.3 43 12 27.9 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.716138249 0.858069124 2 1.291243623 1.291243623 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.12E-13 1 3.24E-18 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 111389988 G C - - - - - - 34 0 0 75 5 6.7 48 12 25 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.751511521 0.751511521 1 1.157028336 1.157028336 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000403 1 1.44E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 112254869 G A - - - - - - 40 0 0 63 5 7.9 34 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.886110599 0.886110599 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 113002418 A G - - - - - - 32 0 0 59 7 11.9 38 0 0 38 0 0 158 0 0 95 10 10.5 161 0 0 147 0 0 FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.334774194 1.334774194 1 0 NA 0 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 2.12E-08 6.7E-11 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 113604134 A T - - - - - - 30 0 0 63 4 6.3 46 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.706645161 0.706645161 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000294233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 113991391 G A - - - - - - 37 0 0 70 15 21.4 40 11 27.5 18 8 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 2.40035023 0.800116743 3 1.272731169 1.272731169 1 3.626573643 1.208857881 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.7E-20 1 9.88E-17 1 1.63E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 114410282 A C - - - - - - 48 0 0 68 5 7.4 38 0 0 53 2 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.83002765 0.83002765 1 0 NA 0 0.310382429 0.310382429 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000251 1 1 1 0.029108399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115440933 G A - - - - - - 44 0 0 80 6 7.5 34 11 32.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.84124424 0.84124424 1 1.499508723 1.499508723 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000342 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115506580 A G - - - - - - 41 0 0 55 6 10.9 43 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.222608295 1.222608295 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 116655198 C G DSE CCDS5107.1 r.? - - intronic 35 0 0 69 7 10.1 41 11 26.8 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.132875576 1.132875576 1 1.240334376 1.240334376 1 2.148173127 1.074086563 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-08 1 1.34E-16 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 116657557 A G DSE CCDS5107.1 r.? - - intronic 23 0 0 72 8 11.1 45 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.245041475 1.245041475 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117136296 T G GPRC6A CCDS5112.1 r.? - - intronic 50 0 0 66 5 7.6 40 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.852460829 0.852460829 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117196201 C T RFX6 CCDS5113.1 r.? - - upstream 55 0 0 92 10 10.9 51 16 31.4 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.222608295 1.222608295 1 1.45322759 1.45322759 1 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-11 1 9.28E-25 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117350093 T A - - - - - - 44 0 0 57 6 10.5 34 10 29.4 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.177741935 1.177741935 1 1.360665323 1.360665323 1 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 1.15E-15 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 118507528 C A SLC35F1 CCDS34524.1 r.? - - intronic 32 0 0 69 8 11.6 40 0 0 37 0 0 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.301124424 1.301124424 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 118655836 G A - - - - - - 47 0 0 65 6 9.2 34 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 1.031926267 1.031926267 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 119631115 T C MAN1A1 CCDS5122.1 r.? - - intronic 34 0 0 58 16 27.6 44 16 36.4 37 15 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 3.095778802 1.031926267 3 1.684633257 1.039834611 1.620097311 3.308023256 1.102674419 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1E-23 1 5.57E-26 1 2.58E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 120652369 C G - - - - - - 33 0 0 74 29 39.2 45 21 46.7 42 17 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.396903226 1.465634409 3 2.805743487 1.402871743 2 3.308023256 1.102674419 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.68E-47 1 1.6E-36 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 121059550 C T - - - - - - 49 0 0 49 19 38.8 35 12 34.3 34 12 35.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.352036866 1.450678955 3 2.060749499 1.030374749 2 2.883289406 0.961096469 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-31 1 1.83E-19 1 1.21E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 121547795 C G C6orf170 CCDS43501.1 r.? - - intronic 42 0 0 62 5 8.1 31 10 32.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 1.940589178 0.970294589 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 3.94E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 121586644 T G C6orf170 CCDS43501.1 r.? - - intronic 30 0 0 66 6 9.1 34 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020709677 1.020709677 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000011 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 121801702 C G - - - - - - 38 0 0 68 6 8.8 17 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 NA 0 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 121832168 A T - - - - - - 42 0 0 74 7 9.5 36 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.065576037 1.065576037 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 122420972 A G - - - - - - 39 0 0 58 6 10.3 21 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 122462842 G C - - - - - - 48 0 0 65 18 27.7 47 15 31.9 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.106995392 1.035665131 3 1.916557114 0.958278557 2 2.483059432 0.827686477 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.52E-26 1 1.97E-23 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 122640706 G A - - - - - - 43 0 0 66 5 7.6 29 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852460829 0.852460829 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123238165 C T - - - - - - 41 0 0 60 5 8.3 29 2 6.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 0.414553106 0.414553106 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000136 1 0.009279585 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123389439 A G CLVS2 CCDS34525.1 r.? - - downstream 47 0 0 79 7 8.9 35 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000165 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123708725 T C TRDN ENST00000334268 r.? - - intronic 44 0 0 69 6 8.7 37 8 21.6 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.975843318 0.975843318 1 1.297731463 1.297731463 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 1.33E-11 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124496982 A C NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 8 11.8 40 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323557604 1.323557604 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.21E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124700076 T A NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 13 0 0 27 4 14.8 19 4 21.1 18 8 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 1.267691383 1.267691383 1 3.626573643 1.208857881 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00001 1 0.00000228 1 1.63E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124700113 C A NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 17 0 0 23 4 17.4 19 6 31.6 17 4 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.951686636 1.951686636 1 1.898533066 1.898533066 1 1.919470284 1.919470284 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000513 1 4.01E-10 1 0.00000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 125188547 C T - - - - - - 47 0 0 89 7 7.9 31 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000376 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 127488412 G A RSPO3 CCDS5135.1 r.? - - intronic 30 0 0 55 5 9.1 31 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020709677 1.020709677 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 127956351 A T - - - - - - 42 0 0 69 11 15.9 31 3 9.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.783437788 0.891718894 2 0.582777555 0.582777555 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.82E-14 1 0.000505952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 128269314 A G - - - - - - 20 0 0 47 5 10.6 33 2 6.1 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188958525 1.188958525 1 0.366488978 0.366488978 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000402 1 0.011909843 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 129290529 T C LAMA2 CCDS5138.1 r.? - - intronic 38 0 0 73 8 11 27 9 33.3 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.233824885 1.233824885 1 2.000669339 1.000334669 2 1.666263566 1.666263566 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.93E-09 1 8.44E-15 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 129403954 A T LAMA2 CCDS5138.1 r.? - - intronic 36 0 0 64 18 28.1 30 12 40 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.151861751 1.050620584 3 2.403206413 1.201603206 2 3.691917313 1.230639104 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-26 1 1.94E-20 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 129487582 G C LAMA2 CCDS5138.1 r.? - - intronic 41 0 0 64 14 21.9 40 14 35 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.45643318 0.81881106 3 2.102805611 1.051402806 2 1.674431525 1.674431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.31E-19 1 1.25E-22 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 129801331 T C LAMA2 CCDS5138.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 6 10.9 30 5 16.7 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222608295 1.222608295 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000367 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 130480944 G T SAMD3 CCDS34539.1 r.? - - intronic 57 0 0 73 17 23.3 46 13 28.3 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.613465438 0.871155146 3 1.700268537 0.850134269 2 2.131837209 1.065918605 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-23 1 1.07E-19 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 130663379 A G SAMD3 ENST00000368134 r.? - - intronic 46 0 0 64 8 12.5 45 3 6.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 0.402537074 0.402537074 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.35E-09 1 0.001516071 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 130846667 T G - - - - - - 39 0 0 67 13 19.4 36 12 33.3 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.000669339 1.000334669 2 3.691917313 1.230639104 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.41E-17 1 2.73E-19 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 132603826 T A - - - - - - 40 0 0 57 11 19.3 31 9 29 39 15 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164801843 1.082400922 2 1.742324649 1.742324649 1 3.144664083 1.048221361 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.29E-15 1 3.57E-14 1 6.85E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 132735150 C A - - - - - - 42 0 0 67 18 26.9 53 10 18.9 41 18 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.017262673 1.005754224 3 1.13551503 1.13551503 1 3.58573385 1.195244617 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-26 1 1.57E-13 1 6.91E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 134649310 G T - - - - - - 29 0 0 60 16 26.7 35 9 25.7 47 19 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.994829493 0.998276498 3 1.54406012 1.54406012 1 3.299855297 1.099951766 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.86E-23 1 1.23E-13 1 1.16E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 134877925 G A - - - - - - 52 0 0 66 12 18.2 28 8 28.6 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041419355 1.020709677 2 1.718292585 1.718292585 1 2.278860465 1.139430233 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.36E-16 1 1.11E-12 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 136995062 C G MAP3K5 CCDS5179.1 r.? - - intronic 47 0 0 73 8 11 37 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.233824885 1.233824885 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.93E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 137557105 C T - - - - - - 27 0 0 71 20 28.2 36 9 25 44 19 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.163078341 1.054359447 3 1.502004008 1.502004008 1 3.52855814 1.176186047 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.68E-29 1 1.63E-13 1 2.39E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 137644280 T G - - - - - - 48 0 0 75 5 6.7 32 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 138608506 A T KIAA1244 CCDS5189.2 r.? - - intronic 27 0 0 67 13 19.4 33 10 30.3 44 15 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 1.820428858 0.910214429 2 2.785273902 0.928424634 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.41E-17 1 8.14E-16 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 139543239 G C - - - - - - 30 0 0 49 11 22.4 32 8 25 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.512516129 0.837505376 3 1.502004008 1.502004008 1 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.19E-15 1 3.69E-12 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 139645946 C G - - - - - - 16 0 0 60 7 11.7 30 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 140367170 G A - - - - - - 41 0 0 46 6 13 41 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000123 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 140758738 G T - - - - - - 44 0 0 68 8 11.8 40 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323557604 1.323557604 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.21E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 141611593 A C - - - - - - 38 0 0 69 9 13 36 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 141625769 A C - - - - - - 47 0 0 61 5 8.2 28 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142226699 G A - - - - - - 34 0 0 50 5 10 37 5 13.5 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0.811082164 0.811082164 1 1.331377261 1.331377261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 0.00000119 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142935474 A C - - - - - - 44 0 0 61 20 32.8 44 9 20.5 35 14 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.679041475 1.226347158 3 1.231643287 1.231643287 1 3.267183463 1.089061154 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.89E-31 1 1.18E-12 1 1.28E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 143038480 G A - - - - - - 32 0 0 50 7 14 37 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.570322581 1.570322581 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 144243031 G T C6orf94 CCDS47495.1 r.? - - intronic 47 0 0 64 10 15.6 27 5 18.5 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.749788018 0.874894009 2 1.111482966 1.111482966 1 1.486568475 1.486568475 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.16E-12 1 0.00000023 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 144311180 A T PLAGL1 CCDS5202.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 7 11.7 43 4 9.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0.558745491 0.558745491 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 146087698 G T - - - - - - 50 0 0 54 9 16.7 32 7 21.9 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 1.315755511 1.315755511 1 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.48E-12 1 2.36E-10 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 146270970 T G SHPRH CCDS43513.1 r.? - - intronic 40 0 0 59 4 6.8 45 12 26.7 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 1.604140281 1.604140281 1 1.698935401 0.8494677 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 6.03E-18 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 146439300 G C GRM1 CCDS47497.1 r.? - - intronic 15 0 0 40 7 17.5 29 5 17.2 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 1.962903226 1 1.033378758 1.033378758 1 2.229852713 1.114926357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.26E-09 1 0.000000336 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 147697332 G C STXBP5 CCDS5211.1 r.? - - intronic 43 0 0 73 5 6.8 34 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000354 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 148469696 A C - - - - - - 40 0 0 57 4 7 35 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 149048390 A T - - - - - - 50 0 0 61 19 31.1 30 11 36.7 51 21 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.488359447 1.162786482 3 2.204941884 1.102470942 2 3.365198966 1.121732989 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.64E-29 1 2.44E-18 1 4.73E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 149267440 A G UST CCDS5213.1 r.? - - intronic 12 0 0 62 5 8.1 21 8 38.1 37 14 37.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 2.289054108 1.144527054 2 3.087488372 1.029162791 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000016 1 7.5E-14 1 3.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 149677951 G T TAB2 CCDS5214.1 r.? - - intronic 32 0 0 63 17 27 32 8 25 46 18 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.028479263 1.009493088 3 1.502004008 1.502004008 1 3.193671835 1.064557278 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.22E-25 1 3.69E-12 1 9.41E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 149695073 C T TAB2 CCDS5214.1 r.? - - intronic 49 0 0 90 9 10 21 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.58E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 151091329 T G PLEKHG1 CCDS34552.1 r.? - - intronic 41 0 0 56 6 10.7 28 5 17.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.200175115 1.200175115 1 1.07543487 1.07543487 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000409 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 151793637 G C C6orf211 CCDS5233.1 r.? - - downstream 27 0 0 51 11 21.6 23 10 43.5 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42278341 0.80759447 3 2.613486974 1.306743487 2 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.94E-15 1 1.05E-17 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 152646725 A C SYNE1 CCDS5236.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 7 10.3 40 4 10 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0.600801603 0.600801603 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000058 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 153092966 G C - - - - - - 33 0 0 61 5 8.2 35 11 31.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 1.886517034 0.943258517 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000147 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 153604129 A T - - - - - - 28 0 0 63 6 9.5 35 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.065576037 1.065576037 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000832 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 153786802 A T - - - - - - 41 0 0 66 18 27.3 38 12 31.6 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.062129032 1.020709677 3 1.898533066 0.949266533 2 2.654586563 0.884862188 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.08E-26 1 5.86E-19 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 154240398 G T - - - - - - 36 0 0 80 7 8.8 48 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000018 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155195535 G A - - - - - - 35 0 0 47 5 10.6 59 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188958525 1.188958525 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155235538 G T - - - - - - 39 0 0 53 5 9.4 32 9 28.1 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 1.688252505 1.688252505 1 2.826113695 0.942037898 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000734 1 4.94E-14 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155799561 A G - - - - - - 40 0 0 66 14 21.2 37 8 21.6 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.377917051 1.188958525 2 1.297731463 1.297731463 1 3.03848062 1.012826873 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.71E-19 1 1.33E-11 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 156366157 G T - - - - - - 17 0 0 56 6 10.7 26 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.200175115 1.200175115 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 156539874 A T - - - - - - 37 0 0 64 4 6.2 30 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 157727033 G C C6orf35 CCDS43519.1 r.? - - intronic 28 0 0 54 16 29.6 35 8 22.9 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.320110599 1.106703533 3 1.375835671 1.375835671 1 1.992981912 0.996490956 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.69E-24 1 8.15E-12 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 157975840 A C ZDHHC14 CCDS5252.1 r.? - - intronic 35 0 0 83 16 19.3 34 10 29.4 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164801843 1.082400922 2 1.766356713 0.883178357 2 2.540235142 0.846745047 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.75E-21 1 1.15E-15 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 158303662 G A SNX9 CCDS5253.1 r.? - - intronic 46 0 0 80 20 25 44 15 34.1 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.804147465 0.934715822 3 2.048733467 1.024366733 2 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.53E-28 1 6.12E-24 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 159736448 G C - - - - - - 3 0 0 70 9 12.9 29 9 31 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446940092 1.446940092 1 1.86248497 0.931242485 2 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.65E-11 1 1.79E-14 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 160820061 C T SLC22A3 CCDS5277.1 r.? - - intronic 35 0 0 69 14 20.3 28 10 35.7 31 13 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.276967742 1.138483871 2 2.144861723 1.072430862 2 3.422374677 1.140791559 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.3E-19 1 1.18E-16 1 2.32E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161013759 T C LPA CCDS43523.1 r.? - - intronic 39 0 0 75 5 6.7 43 11 25.6 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 1.538052104 1.538052104 1 1.584583979 1.584583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 2.42E-16 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161188727 T C - - - - - - 28 0 0 71 6 8.5 33 7 21.2 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.273699399 1.273699399 1 1.870462532 0.935231266 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000169 1 2.98E-10 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161189997 G A - - - - - - 36 0 0 60 6 10 36 12 33.3 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 2.000669339 1.000334669 2 2.360540052 1.180270026 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000621 1 2.73E-19 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161281960 C T - - - - - - 36 0 0 73 15 20.5 24 6 25 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.299400922 1.149700461 2 1.502004008 1.502004008 1 1.911302326 0.955651163 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-20 1 1.95E-09 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161805323 C T PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 30 0 0 72 17 23.6 48 21 43.8 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.647115207 0.882371736 3 2.631511022 1.315755511 2 2.817945736 0.939315245 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.97E-24 1 9.35E-36 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161949890 G A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 15 23.4 37 11 29.7 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.624682028 0.874894009 3 1.784380762 0.892190381 2 2.564739018 0.854913006 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.87E-21 1 3.7E-17 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162407555 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 30 0 0 65 8 12.3 37 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379640553 1.379640553 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162407859 C G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 36 0 0 70 8 11.4 37 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278691244 1.278691244 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.8E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162408492 C G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 44 0 0 64 8 12.5 24 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162408867 C G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 42 0 0 72 4 5.6 29 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.628129032 0.628129032 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000490365 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162664950 A G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 53 0 0 57 14 24.6 30 10 33.3 39 16 41 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.759281106 0.919760369 3 2.000669339 1.000334669 2 3.348863049 1.116287683 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.84E-20 1 2.68E-16 1 5.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 165195808 A T - - - - - - 41 0 0 60 9 15 27 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682488479 1.682488479 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.29E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 165670942 T A - - - - - - 35 0 0 59 6 10.2 37 10 27 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 1.622164329 1.622164329 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000561 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 166215553 G C - - - - - - 47 0 0 65 5 7.7 22 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.863677419 0.863677419 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 166970707 A T RPS6KA2 CCDS5294.1 r.? - - intronic 3 0 0 65 9 13.8 25 2 8 29 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 0.480641283 0.480641283 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.85E-11 1 0.006948068 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 167740800 T C TTLL2 CCDS5301.1 r.? - - intronic 37 0 0 75 7 9.3 30 8 26.7 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043142857 1.043142857 1 1.604140281 1.604140281 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000115 1 2.07E-12 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 168652305 G C - - - - - - 52 0 0 90 13 14.4 47 8 17 43 0 0 4 0 0 1 0 0 2 0 0 4 0 0 TRUE FALSE 9 4 5 7 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.33518894 1.16759447 2 1.021362725 1.021362725 1 0 0 1 1 0 NA 0 0 NA 0 4 NA 1 1 1.4E-15 1 1.03E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 168748674 C G - - - - - - 3 0 0 83 5 6 39 4 10.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 5 7 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.972995392 0.972995392 1 0.618825651 0.618825651 1 0.988322997 0.988322997 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000656 1 0.0000447 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 169526861 C G - - - - - - 17 0 0 67 30 44.8 26 7 26.9 27 10 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 5 7 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.265032258 1.037861751 7 1.616156313 1.616156313 1 3.022144703 1.007381568 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.78E-51 1 4.73E-11 1 7.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 937581 G A ADAP1 CCDS5318.1 r.2322c>u c.? p.? 3'UTR variant 2 0 0 54 6 11.1 28 5 17.9 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 1.07543487 1.07543487 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 2276862 T G MAD1L1 CCDS43539.1 r.? - - upstream 13 0 0 53 4 7.5 37 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84124424 0.84124424 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 2447184 G C CHST12 CCDS5333.1 r.? - - intronic 47 0 0 66 13 19.7 45 21 46.7 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.209668203 1.104834101 2 2.805743487 1.402871743 2 2.053930233 1.026965116 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.95E-17 1 1.6E-36 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 2575126 G A C7orf27 CCDS5334.1 r.? - - downstream 7 0 0 46 6 13 21 2 9.5 16 1 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 0.570761523 0.570761523 1 0.382413437 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000123 1 0.004928472 1 0.077068876 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 5684684 G A RNF216 CCDS34595.1 r.? - - intronic 27 0 0 58 9 15.5 47 15 31.9 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.738571429 1.738571429 1 1.916557114 0.958278557 2 1.683852713 1.683852713 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.67E-11 1 1.97E-23 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6886592 C T - - - - - - 36 0 0 65 9 13.8 45 9 20 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 1.201603206 1.201603206 1 0.616795866 0.616795866 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.85E-11 1 1.47E-12 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6917098 C T - - - - - - 19 0 0 30 10 33.3 21 16 76.2 11 5 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.735124424 1.867562212 2 4.578108216 2.289054108 2 2.806421189 1.403210594 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.68E-16 1 3.03E-33 1 1.41E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 7368805 G A - - - - - - 38 0 0 66 10 15.2 36 4 11.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704921659 1.704921659 1 0.66688978 0.66688978 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.6E-12 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 8453266 A G - - - - - - 35 0 0 60 6 10 41 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 8677886 C G NXPH1 CCDS47540.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 6 10 44 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 8807986 A G - - - - - - 34 0 0 81 8 9.9 40 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.110442396 1.110442396 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.08E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9397429 G T - - - - - - 32 0 0 51 5 9.8 26 6 23.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 1.387851703 1.387851703 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9447213 C G - - - - - - 39 0 0 76 5 6.6 47 5 10.6 26 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.740294931 0.740294931 1 0.636849699 0.636849699 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000043 1 0.00000402 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9450155 A T - - - - - - 58 0 0 77 9 11.7 46 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.32E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9478710 C G - - - - - - 43 0 0 57 5 8.8 35 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 10196893 C A - - - - - - 39 0 0 85 5 5.9 38 11 28.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.661778802 0.661778802 1 1.736316633 0.868158317 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000735 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 10303614 G A - - - - - - 41 0 0 72 7 9.7 42 6 14.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 0.859146293 0.859146293 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.66E-08 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 10822079 A C - - - - - - 40 0 0 61 14 23 44 19 43.2 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.579815668 1.289907834 2 2.595462926 1.297731463 2 1.313775194 1.313775194 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.1E-19 1 2.39E-32 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 10862641 C G - - - - - - 32 0 0 60 7 11.7 37 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 12293995 C G - - - - - - 39 0 0 70 4 5.7 41 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.639345622 0.639345622 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 13462602 A C - - - - - - 31 0 0 53 4 7.5 41 6 14.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84124424 0.84124424 1 0.877170341 0.877170341 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14066543 G C - - - - - - 25 0 0 74 9 12.2 51 11 21.6 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368423963 1.368423963 1 1.297731463 1.297731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.61E-10 1 1.94E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14185414 A C DGKB CCDS47547.1 r.5944u>g c.? p.? 3'UTR variant 45 0 0 78 5 6.4 51 12 23.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.717861751 0.717861751 1 1.411883768 1.411883768 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000487 1 3.24E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14216999 G A DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 36 0 0 72 20 27.8 35 12 34.3 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.118211982 1.559105991 2 2.060749499 1.030374749 2 0.770994832 0.770994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.32E-29 1 1.83E-19 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14465590 G C DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 48 0 0 72 12 16.7 35 14 40 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 2.403206413 1.201603206 2 2.103273902 1.051636951 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.84E-15 1 1.28E-23 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 15257626 C T TMEM195 CCDS34604.1 r.? - - intronic 32 0 0 64 11 17.2 35 9 25.7 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.929253456 0.964626728 2 1.54406012 1.54406012 1 0.937529716 0.937529716 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.85E-14 1 1.23E-13 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 15303969 T C TMEM195 CCDS34604.1 r.? - - intronic 46 0 0 84 12 14.3 47 12 25.5 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.60397235 1.60397235 1 1.532044088 1.532044088 1 1.097896641 1.097896641 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.98E-14 1 1.09E-17 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 16835861 G A AGR2 CCDS5364.1 r.? - - intronic 42 0 0 64 5 7.8 44 8 18.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 1.093458918 1.093458918 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000186 1 5.9E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18331863 A G HDAC9 ENST00000433709 r.? - - intronic 41 0 0 66 14 21.2 42 15 35.7 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.377917051 1.188958525 2 2.144861723 1.072430862 2 1.067056848 1.067056848 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.71E-19 1 2.65E-24 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18517780 C T HDAC9 ENST00000433709 r.? - - intronic 8 0 0 72 14 19.4 33 11 33.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.000669339 1.000334669 2 0.770994832 0.770994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.39E-18 1 8.54E-18 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18731582 G A HDAC9 CCDS47554.1 r.? - - intronic 41 0 0 64 6 9.4 52 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054359447 1.054359447 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18993091 A T HDAC9 CCDS47554.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 8 13.8 36 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.99E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19536045 G C - - - - - - 44 0 0 58 13 22.4 50 14 28 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.512516129 1.256258065 2 1.682244489 0.841122244 2 1.813379845 0.906689922 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.12E-18 1 4.84E-21 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19637877 G A - - - - - - 46 0 0 72 11 15.3 41 10 24.4 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.716138249 0.858069124 2 1.465955912 1.465955912 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.12E-13 1 9.51E-15 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19643622 G A - - - - - - 41 0 0 73 12 16.4 49 15 30.6 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.839520737 0.919760369 2 1.838452906 0.919226453 2 1.850387597 0.925193798 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.39E-15 1 4.1E-23 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19782144 C G TMEM196 CCDS34607.2 r.? - - intronic 48 0 0 74 14 18.9 33 7 21.2 38 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.119935484 1.059967742 2 1.273699399 1.273699399 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.1E-18 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 20528062 C A - - - - - - 43 0 0 63 8 12.7 35 9 25.7 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 1.54406012 1.54406012 1 1.936739018 0.968369509 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.18E-09 1 1.23E-13 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 20955848 A C - - - - - - 47 0 0 66 18 27.3 38 13 34.2 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.062129032 1.531064516 2 2.054741483 1.027370741 2 2.004586563 1.002293282 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.08E-26 1 5.88E-21 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 21105492 C A - - - - - - 37 0 0 62 18 29 44 12 27.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.25281106 1.62640553 2 1.640188377 0.820094188 2 0.770994832 0.770994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.72E-27 1 4.44E-18 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 21292331 G A - - - - - - 38 0 0 78 10 12.8 44 5 11.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.435723502 1.435723502 1 0.684913828 0.684913828 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.02E-12 1 0.00000288 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 23138376 G A AC006039.1 ENST00000504702 r.? - - intronic 56 0 0 56 7 12.5 36 7 19.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 1.16555511 1.16555511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.46E-08 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 23367606 C G IGF2BP3 CCDS5382.1 r.? - - intronic 45 0 0 55 9 16.4 31 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.839520737 0.919760369 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.01E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 24914906 C A OSBPL3 CCDS5390.1 r.? - - intronic 33 0 0 62 5 8.1 33 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 24925435 G C OSBPL3 CCDS5390.1 r.? - - intronic 52 0 0 71 8 11.3 41 12 29.3 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 1.760348697 0.880174349 2 1.33227907 1.33227907 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.14E-09 1 1.69E-18 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 26220659 C T NFE2L3 CCDS5396.1 r.? - - intronic 37 0 0 58 5 8.6 39 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 27669499 G C HIBADH CCDS5414.1 r.? - - intronic 31 0 0 68 9 13.2 45 5 11.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.480589862 1.480589862 1 0.66688978 0.66688978 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.38E-11 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 28877673 G T - - - - - - 18 0 0 36 8 22.2 21 9 42.9 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.490082949 1.245041475 2 2.577438878 1.288719439 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-11 1 5.44E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 30258155 G A - - - - - - 51 0 0 79 10 12.7 48 10 20.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 1.249667335 1.249667335 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.03E-11 1 5.37E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 30388226 C G ZNRF2 CCDS5426.1 r.? - - intronic 40 0 0 57 9 15.8 40 15 37.5 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.772221198 1.772221198 1 2.253006012 1.126503006 2 0.659971576 0.659971576 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-11 1 1.09E-24 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 31017154 A T ASXL1 CCDS13201.1 r.909a>u c.485A>T p.K162M missense 27 0 0 65 10 15.4 29 11 37.9 52 18 34.6 311 0 0 262 37 14.1 235 66 28.1 231 81 35.1 TRUE TRUE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.727354839 1.727354839 1 2.277038076 1.138519038 2 2.619934896 1.089774428 2.404107518 2 1.688252505 0.844126253 2 2.657795227 1.105522614 2.404107518 6 5 1 1 1.36E-12 3.67E-41 1.56E-18 1.35E-93 1.39E-28 1.06E-123 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 31390131 A G - - - - - - 49 0 0 62 12 19.4 42 15 35.7 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.144861723 1.072430862 2 1.733196382 1.733196382 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.19E-16 1 2.65E-24 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 31725760 G A C7orf16 CCDS5436.1 r.? - - upstream 42 0 0 91 10 11 42 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.233824885 1.233824885 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.34E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 32294739 G T PDE1C ENST00000396193 r.? - - intronic 33 0 0 56 5 8.9 35 4 11.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 0.684913828 0.684913828 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000965 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 32764074 G C AVL9 ENST00000404479 r.? - - intronic 25 0 0 54 10 18.5 43 7 16.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 0.979306613 0.979306613 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.91E-13 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33442559 T C BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 10 14.9 42 10 23.8 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.671271889 1.671271889 1 1.429907816 1.429907816 1 1.504981912 1.504981912 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.87E-12 1 1.24E-14 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33559826 G C BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 29 0 0 58 7 12.1 34 6 17.6 29 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357207373 1.357207373 1 1.057410822 1.057410822 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.88E-08 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 34351500 T A - - - - - - 46 0 0 72 8 11.1 46 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 34699781 A C NPSR1 CCDS5444.1 r.? - - intronic 46 0 0 61 8 13.1 33 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.469373272 1.469373272 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.09E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 34708404 C G NPSR1 CCDS5444.1 r.? - - intronic 38 0 0 69 10 14.5 43 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.54E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 36039406 G T - - - - - - 52 0 0 78 8 10.3 45 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.155308756 1.155308756 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.71E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 36844891 T A - - - - - - 44 0 0 59 4 6.8 42 7 16.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 37517447 C G - - - - - - 36 0 0 63 5 7.9 40 6 15 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0.901202405 0.901202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 38446229 C A AMPH CCDS5456.1 r.? - - intronic 39 0 0 54 9 16.7 43 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.48E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 39029038 C G POU6F2 ENST00000403058 r.? - - intronic 42 0 0 61 6 9.8 52 11 21.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 1.273699399 1.273699399 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000685 1 2.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 40497827 C T C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 46 0 0 63 6 9.5 43 9 20.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.065576037 1.065576037 1 1.255675351 1.255675351 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000832 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41270926 A C - - - - - - 29 0 0 57 4 7 45 1 2.2 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 0.132176353 0.132176353 1 0.178870801 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 0.201934322 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41577122 G T ENSG00000236089 ENST00000443116 r.? - - intronic 28 0 0 69 7 10.1 49 6 12.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132875576 1.132875576 1 0.732977956 0.732977956 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.43E-08 1 0.000000182 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41924435 G C - - - - - - 43 0 0 63 7 11.1 39 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 43186441 G C HECW1 CCDS5469.2 r.? - - intronic 37 0 0 54 6 11.1 33 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 43262154 G T HECW1 CCDS5469.2 r.? - - intronic 39 0 0 65 7 10.8 39 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.211391705 1.211391705 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 44676628 C G OGDH CCDS34627.1 r.? - - intronic 30 0 0 73 9 12.3 43 17 39.5 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379640553 1.379640553 1 2.373166333 1.186583166 2 0.770994832 0.770994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.42E-10 1 2.84E-28 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 44783358 C G ZMIZ2 ENST00000413916 r.? - - upstream 44 0 0 61 11 18 40 15 37.5 32 10 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.018986175 1.009493088 2 2.253006012 1.126503006 2 1.924403101 0.96220155 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.62E-14 1 1.09E-24 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 46270079 A G - - - - - - 36 0 0 82 7 8.5 45 7 15.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 0.937250501 0.937250501 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000214 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 46583684 T C - - - - - - 48 0 0 63 8 12.7 37 7 18.9 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 1.13551503 1.13551503 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.18E-09 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 48766119 A G - - - - - - 39 0 0 70 7 10 41 16 39 23 7 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 2.343126253 1.171563126 2 1.875059432 1.875059432 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.11E-08 1 1.4E-26 1 1.79E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 49042782 G A - - - - - - 44 0 0 72 10 13.9 43 14 32.6 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559105991 1.559105991 1 1.958613226 0.979306613 2 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.95E-12 1 4.18E-22 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 50208908 C A - - - - - - 47 0 0 64 8 12.5 42 11 26.2 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 1.5741002 1.5741002 1 1.78870801 0.894354005 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.35E-09 1 1.81E-16 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 50893420 G C - - - - - - 32 0 0 67 13 19.4 30 10 33.3 46 13 28.3 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.000669339 1.000334669 2 1.7455323 0.87276615 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.41E-17 0.005 2.68E-16 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 51639075 T C - - - - - - 32 0 0 63 12 19 41 9 22 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131152074 1.065576037 2 1.321763527 1.321763527 1 0.616795866 0.616795866 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.15E-16 1 5.92E-13 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 52536433 C A - - - - - - 34 0 0 71 6 8.5 35 6 17.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.027370741 1.027370741 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000169 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 52999981 G A - - - - - - 41 0 0 82 6 7.3 51 7 13.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.81881106 0.81881106 1 0.823098196 0.823098196 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000395 1 7.46E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 53588916 T C - - - - - - 41 0 0 61 5 8.2 48 4 8.3 32 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 0.498665331 0.498665331 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 0.000102016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 53653640 C G - - - - - - 44 0 0 69 4 5.8 37 9 24.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.650562212 0.650562212 1 1.459947896 1.459947896 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000416985 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 54372900 T A - - - - - - 9 0 0 62 6 9.7 27 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000756 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 35695678 C G RBL1 CCDS13289.1 r.581g>c c.514G>C p.D172H missense 37 0 0 65 11 16.9 36 7 19.4 39 6 15.4 110 0 0 91 8 8.8 143 21 14.7 164 18 11 TRUE TRUE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.895603687 0.947801843 2 1.16555511 1.16555511 1 1.166098191 1.166098191 1 1 0.883178357 0.883178357 1 0.832927279 0.832927279 1 6 5 1 1 3.41E-14 0.000000023 5.74E-10 2.03E-24 4.43E-08 8.34E-19 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 44669254 G A SLC12A5 CCDS46610.1 r.999+1g>a c.923+1G>A p.? ess splice 26 0 0 59 11 18.6 38 17 44.7 45 18 40 252 0 0 340 83 24.4 212 72 34 179 60 33.5 TRUE TRUE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 2.555569226 1.031731853 2.476970366 2.685583166 1.342791583 2 3.02882647 1.259854831 2.404107518 3.476970366 2.042725451 1.021362725 2 2.536642168 1.055128421 2.404107518 6 5 1 1 1.1E-14 1.7E-111 1.99E-29 6.09E-109 5.76E-30 1.16E-90 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 55305400 G A EGFR ENST00000442591 r.? - - intronic 8 0 0 93 11 11.8 94 3 3.2 422 24 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.515557604 0.930793943 7 1.120256513 1.120256513 1 4.683573643 0.936714729 5 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.04E-12 1 0.011950808 1 7.42E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55333972 T A - - - - - - 40 0 0 330 8 2.4 252 0 0 1360 1 0.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.325198157 1.325198157 1 0 NA 0 0.082167959 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000302241 1 1 1 0.998905061 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55421857 C T - - - - - - 35 0 0 274 17 6.2 228 0 0 1092 22 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.423428571 1.141142857 3 0 NA 0 1.643359173 0.821679587 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.06E-13 1 1 1 7.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55521940 A G - - - - - - 44 0 0 287 12 4.2 247 0 0 1440 3 0.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.319096774 1.159548387 2 0 NA 0 0.164335917 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.55E-08 1 1 1 0.974777736 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55534919 G A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - downstream 12 0 0 290 12 4.1 210 0 0 1175 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.263880184 1.131940092 2 0 NA 0 0 NA 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.98E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55534948 G A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - downstream 6 0 0 282 13 4.6 216 0 0 1169 1 0.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.539963134 0.846654378 3 0 NA 0 0.082167959 NA 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.03E-09 1 1 1 0.997147791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55534950 G A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - downstream 6 0 0 278 12 4.3 216 0 0 1159 3 0.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.374313364 1.187156682 2 0 NA 0 0.246503876 NA 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.51E-08 1 1 1 0.928718985 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55568222 G A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - intronic 28 0 0 298 10 3.4 184 0 0 1170 1 0.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.877364055 0.938682028 2 0 NA 0 0.082167959 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000346 1 1 1 0.997162052 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55613324 C A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - intronic 13 0 0 291 10 3.4 211 0 0 968 2 0.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.877364055 0.938682028 2 0 NA 0 0.164335917 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000281 1 1 1 0.954190037 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55647572 C G - - - - - - 47 0 0 269 9 3.3 227 0 0 1179 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.822147465 1.822147465 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000108 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55687045 A C - - - - - - 24 0 0 289 7 2.4 202 0 0 1005 28 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.325198157 1.325198157 1 0 NA 0 2.300702842 1.150351421 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000713718 1 1 1 8.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55737705 C G - - - - - - 24 0 0 109 6 5.5 124 0 0 615 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.036912442 1.012304147 3 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000204 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55744517 C A - - - - - - 44 0 0 213 9 4.2 190 0 0 1280 18 1.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.319096774 1.159548387 2 0 NA 0 1.150351421 1.150351421 1 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00000164 1 1 1 0.000119373 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55826241 G A - - - - - - 18 0 0 275 219 79.6 215 186 86.5 932 896 96.1 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 43.95240553 0.998918307 44 30.28193387 1.009397796 30 78.96340827 1.025498809 77 45 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0 0.000025 0 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55842178 G C - - - - - - 31 0 0 239 7 2.9 212 0 0 1009 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.601281106 1.601281106 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000230484 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56038609 C G GBAS CCDS5521.1 r.? - - intronic 29 0 0 176 8 4.5 168 0 0 371 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134746544 1.134746544 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000036 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56412126 C T - - - - - - 31 0 0 127 7 5.5 150 12 8 244 14 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.386912442 1.386912442 1 2.800641283 0.933547094 3 4.683573643 0.936714729 5 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000413 1 2.23E-11 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56503929 C T - - - - - - 14 0 0 126 8 6.3 199 29 14.6 249 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.588645161 1.588645161 1 5.111170341 1.022234068 5 0 NA 0 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000291 1 5.02E-33 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56532952 G C - - - - - - 39 0 0 140 6 4.3 219 0 0 325 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.084313364 1.084313364 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000827 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56536655 T A - - - - - - 28 0 0 156 6 3.8 222 4 1.8 289 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958230415 0.958230415 1 0.630144289 0.630144289 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00014967 1 0.026131105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56568672 G T - - - - - - 36 0 0 112 7 6.2 199 6 3 272 2 0.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.563428571 1.563428571 1 1.050240481 1.050240481 1 0.575175711 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000179 1 0.000549336 1 0.394595293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56899795 G A - - - - - - 4 0 0 100 10 10 145 47 32.4 123 26 21.1 102 0 0 319 20 6.3 246 72 29.3 349 80 22.9 TRUE TRUE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.094799086 1.094799086 1 2.270597194 1.135298597 2 2.606760775 0.926472026 2.813642185 0.731400998 2.053348697 1.026674349 2 2.829138472 1.005507554 2.813642185 6 5 1 1 1.12E-10 6.11E-16 1.45E-70 1.93E-103 2.92E-34 4.37E-105 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 57314291 G C - - - - - - 39 0 0 78 10 12.8 83 0 0 93 3 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.40134283 1.40134283 1 0 0 1 0.395338127 0.395338127 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 9.02E-12 1 1 1 0.011611924 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57316909 G C - - - - - - 47 0 0 86 9 10.5 85 0 0 114 1 0.9 153 0 0 134 12 9 329 0 0 312 8 2.6 TRUE TRUE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.14953904 1.14953904 1 0 0 1 0.111188848 0.111188848 1 1 0 0 1 0.321212228 0.321212228 1 5 4 1 1 6.35E-10 5.86E-12 1 1 0.435282554 0.00020771 YES 1_1 0_0 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 57317027 G A - - - - - - 49 0 0 83 6 7.2 84 0 0 107 4 3.7 170 0 0 187 24 12.8 417 0 0 465 14 3 TRUE TRUE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 0.788255342 0.788255342 1 0 0 1 0.457109709 0.457109709 1 1 0 0 1 0.370629494 0.370629494 1 5 4 1 1 0.00000424 3.14E-26 1 1 0.002142254 0.000000156 YES 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 57317744 G C - - - - - - 38 0 0 91 11 12.1 84 0 0 92 4 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.324706894 1.324706894 1 0 0 1 0.531235608 0.531235608 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.6E-12 1 1 1 0.001230545 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57566664 T A - - - - - - 45 0 0 54 4 7.4 64 4 6.2 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 0.810151324 0.810151324 1 0.434496994 0.434496994 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000161898 1 0.000312605 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57643571 A T - - - - - - 56 0 0 86 9 10.5 68 31 45.6 106 64 60.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.14953904 1.14953904 1 3.195655311 1.065218437 3 7.462007148 0.954997295 7.813642185 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.35E-10 1 8.53E-53 1 2.83E-118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57857663 C T - - - - - - 48 0 0 56 7 12.5 28 5 17.9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 3 8 1 2 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.368498857 1.368498857 1 1.25443487 1.25443487 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.46E-08 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57874766 G A - - - - - - 29 0 0 45 10 22.2 36 12 33.3 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 3 8 1 2 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 2.430453971 0.889819537 2.731400998 2.333669339 1.166834669 2 1.457809344 1.457809344 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.66E-14 1 2.73E-19 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57883890 T A - - - - - - 15 0 0 57 10 17.5 36 7 19.4 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 3 8 1 2 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.9158984 0.9579492 2 1.35955511 1.35955511 1 1.111888482 1.111888482 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.4E-13 1 5.74E-10 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57883891 C G - - - - - - 15 0 0 56 10 17.9 35 7 20 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 3 8 1 2 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 1.959690364 0.979845182 2 1.401603206 1.401603206 1 1.124242799 1.124242799 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.82E-13 1 4.65E-10 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57883892 T C - - - - - - 15 0 0 57 11 19.3 36 7 19.4 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 3 8 1 2 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 2.112962236 1.056481118 2 1.35955511 1.35955511 1 1.087179849 1.087179849 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.29E-15 1 5.74E-10 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 62493160 C T - - - - - - 14 0 0 55 5 9.1 41 13 31.7 31 12 38.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.996267168 0.996267168 1 2.221541082 1.110770541 2 2.915374613 1.232555458 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000883 1 1.89E-20 1 3.16E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 62518715 T A - - - - - - 28 0 0 55 14 25.5 35 12 34.3 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.791737669 1.022090008 2.731400998 2.403749499 0.801249833 3 1.702518508 1.702518508 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.19E-20 1 1.83E-19 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 62984020 T G - - - - - - 81 0 0 165 12 7.3 131 12 9.2 138 6 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.799203333 0.799203333 1 0.644737475 0.644737475 1 0.323930513 0.886729983 0.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.8E-11 1 4.47E-12 1 0.0000764 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 63228481 A G - - - - - - 6 0 0 50 5 10 54 1 1.9 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.094799086 1.094799086 1 0.133152305 0.133152305 1 0.647861025 0.647861025 1 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000549 1 0.237137336 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 64813833 A G - - - - - - 40 0 0 61 20 32.8 49 22 44.9 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 3.590941002 1.314688325 2.731400998 3.146599198 1.048866399 3 1.883316934 0.941658467 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.89E-31 1 1.04E-37 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 66128841 A C KCTD7 ENST00000451741 r.? - - intronic 21 0 0 65 14 21.5 45 21 46.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.353818035 0.861762164 2.731400998 3.272743487 1.090914496 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.93E-19 1 1.6E-36 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 66135560 G A KCTD7 ENST00000451741 r.? - - intronic 29 0 0 63 8 12.7 62 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.390394839 1.390394839 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.18E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 66624982 G C TYW1 CCDS5538.1 r.? - - intronic 1 0 0 64 8 12.5 58 12 20.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.368498857 1.368498857 1 1.450659319 1.450659319 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.35E-09 1 1.76E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 66837485 C T - - - - - - 8 0 0 60 6 10 58 15 25.9 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.094799086 1.094799086 1 1.815076152 0.907538076 2 2.09424843 1.047124215 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000621 1 7.42E-22 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 66885118 A T - - - - - - 47 0 0 69 10 14.5 43 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.587458675 1.587458675 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 2.54E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 67316112 T C - - - - - - 34 0 0 62 7 11.3 40 12 30 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.237122967 1.237122967 1 2.10240481 1.051202405 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.02E-08 1 1.2E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 67999072 C T - - - - - - 41 0 0 62 17 27.4 32 19 59.4 44 15 34.1 180 0 0 124 18 14.5 236 82 34.7 168 41 24.4 TRUE TRUE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.999749496 1.098245735 2.731400998 4.162761523 1.387587174 3 2.568844297 1.086050158 2.365309078 1.731400998 2.431781563 0.810593854 3 1.838117327 0.919058664 2 6 5 1 1 4.56E-25 4.73E-21 6.23E-36 8.26E-125 6.12E-24 6.12E-56 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 69877843 G T AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 11 0 0 54 16 29.6 37 19 51.4 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 3.240605294 1.186426049 2.731400998 3.60212024 1.200706747 3 0.225998032 0.225998032 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.69E-24 1 3.09E-34 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 70480022 C G - - - - - - 31 0 0 58 5 8.6 51 16 31.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.941527214 0.941527214 1 2.200517034 1.100258517 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000115 1 9.28E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 70498655 A T - - - - - - 19 0 0 61 5 8.2 50 16 32 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.897735251 0.897735251 1 2.24256513 1.121282565 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000147 1 6.4E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 70861052 T C WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 36 0 0 61 9 14.8 34 13 38.2 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.620302647 1.620302647 1 2.677062124 0.892354041 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.68E-11 1 1.03E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 71435206 G C CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 25 0 0 62 9 14.5 41 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.587458675 1.587458675 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 3.12E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 71523652 T C CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 25 0 0 65 12 18.5 58 25 43.1 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.025378309 1.012689155 2 3.02045491 1.006818303 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 7.7E-16 1 4.44E-42 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 71845101 G A CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 45 0 0 82 16 19.5 43 22 51.2 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.134858218 1.067429109 2 3.588104208 1.196034736 3 1.423787602 1.423787602 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.67E-21 1 2.27E-39 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 72387419 A T POM121 CCDS5542.1 r.? - - intronic 43 0 0 58 10 17.2 50 24 48 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.883054428 0.941527214 2 3.363847695 1.121282565 3 1.845650595 0.922825297 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.1E-13 1 6.39E-42 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 73640575 C T LAT2 CCDS5566.2 r.2190c>u c.? p.? 3'UTR variant 14 0 0 65 7 10.8 55 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.182383013 1.182383013 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 75733674 T A AC006330.1 ENST00000514862 r.? - - intronic 26 0 0 60 4 6.7 49 3 6.1 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.733515388 0.733515388 1 0.427488978 0.427488978 1 1.024524412 1.024524412 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000243755 1 0.001939399 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 76992539 G C PION CCDS34672.2 r.? - - intronic 40 0 0 64 10 15.6 49 16 32.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.707886574 1.707886574 1 2.291621242 1.145810621 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.16E-12 1 4.37E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78446440 G C MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 38 0 0 67 8 11.9 49 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.302810912 1.302810912 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 1.96E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78714093 T G MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 51 0 0 66 14 21.2 53 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 2.320974062 0.849737576 2.731400998 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 3.71E-19 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78839172 C G MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 43 0 0 58 6 10.3 29 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.127643059 1.127643059 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 79442377 A C - - - - - - 34 0 0 57 4 7 44 16 36.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.76635936 0.76635936 1 2.550917836 0.850305945 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000199821 1 5.57E-26 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 80748681 C T - - - - - - 40 0 0 71 11 15.5 41 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.696938583 0.980095648 1.731400998 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 9.49E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 80918544 A G - - - - - - 31 0 0 58 6 10.3 44 13 29.5 45 16 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.127643059 1.127643059 1 2.067364729 1.033682365 2 2.681843314 1.133823625 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000506 1 5.49E-20 1 8.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 81138208 A C - - - - - - 45 0 0 72 22 30.6 47 22 46.8 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 3.350085203 1.22650801 2.731400998 3.279751503 1.093250501 3 2.154514572 1.077257286 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.36E-33 1 3.14E-38 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 81169700 C G - - - - - - 39 0 0 67 9 13.4 46 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.467030775 1.467030775 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 82041103 T A CACNA2D1 CCDS5598.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 13 29.5 50 28 56 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 3.229657304 1.182417853 2.731400998 3.924488978 1.308162993 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.49E-20 1 2.97E-51 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 82469037 G C PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 42 0 0 51 9 17.6 54 19 35.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.926846391 0.963423196 2 2.466821643 0.822273881 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.92E-12 1 2.97E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 83397907 A G - - - - - - 42 0 0 61 5 8.2 46 12 26.1 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.897735251 0.897735251 1 1.829092184 0.914546092 2 2.222313982 0.939544858 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000147 1 8.12E-18 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 83461538 C T - - - - - - 41 0 0 60 10 16.7 55 3 5.5 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.828314474 1.055974021 1.731400998 0.385440882 0.385440882 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.86E-13 1 0.002700822 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 83953463 A C SEMA3A ENST00000424555 r.? - - intronic 45 0 0 68 7 10.3 38 9 23.7 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.127643059 1.127643059 1 1.6608998 1.6608998 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000058 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 84786870 G A SEMA3D ENST00000444867 r.? - - intronic 42 0 0 75 8 10.7 42 8 19 42 17 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.171435022 1.171435022 1 1.331523046 1.331523046 1 3.050973432 1.289883618 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.89E-09 1 3.96E-11 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85020828 G C - - - - - - 50 0 0 66 8 12.1 50 5 10 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.324706894 1.324706894 1 0.700801603 0.700801603 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.73E-09 1 0.00000549 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85051169 G A - - - - - - 46 0 0 86 15 17.4 71 36 50.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 NA 4.365309078 2 NA 2 1 NA 2 0.268599002 NA 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 1.90495041 0.952475205 2 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.76E-19 1 2.71E-63 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85332261 A T - - - - - - 47 0 0 81 32 39.5 68 41 60.3 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 5.615552995 0.935925499 6 6.637833667 0.948261952 7 2.320246462 0.98094853 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.65E-52 1 2.71E-76 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85728761 A C - - - - - - 44 0 0 95 7 7.4 78 16 20.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.05202765 1.05202765 1 2.256643287 1.128321643 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000588 1 1.96E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85762950 G T - - - - - - 38 0 0 86 10 11.6 84 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.649124424 1.649124424 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85821015 A C - - - - - - 33 0 0 76 8 10.5 87 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.492741935 1.492741935 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.44E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85948080 A C - - - - - - 49 0 0 80 4 5 86 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.710829493 0.710829493 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000730349 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 87190004 C A ABCB1 CCDS5608.1 r.? - - intronic 45 0 0 95 7 7.4 70 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.05202765 1.05202765 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000588 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 88523537 T G ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 4 5.7 68 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.810345622 0.810345622 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 89417960 C T - - - - - - 35 0 0 84 38 45.2 75 48 64 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 6.425898618 1.070983103 6 7.045130261 1.00644718 7 1.566919689 1.566919689 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.35E-64 1 5.71E-91 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 90132680 T C CDK14 ENST00000449528 r.? - - intronic 39 0 0 99 6 6.1 79 18 22.8 54 17 31.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.867211982 0.867211982 1 2.509827655 0.836609218 3 2.372979336 1.003242814 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000118 1 7.86E-25 1 3.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 90459601 C T CDK14 CCDS5619.1 r.? - - intronic 21 0 0 82 36 43.9 63 44 69.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 6.241082949 1.040180492 6 7.68359519 1.097656456 7 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.7E-60 1 3.18E-86 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 90660382 C T CDK14 CCDS5619.1 r.? - - intronic 45 0 0 77 7 9.1 89 24 27 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.293709677 1.293709677 1 2.972164329 0.990721443 3 0.180798426 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000138 1 1.41E-34 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 91141624 C G - - - - - - 32 0 0 81 21 25.9 57 19 33.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 3.682096774 0.920524194 4 3.665669339 0.916417335 4 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.88E-30 1 1.01E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 91702369 T C AKAP9 CCDS5622.1 r.? - - intronic 30 0 0 73 6 8.2 68 16 23.5 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.165760369 1.165760369 1 2.586883768 0.862294589 3 2.229847249 0.942729756 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000002 1 1.75E-22 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 91747563 G T CYP51A1 CCDS5623.1 r.? - - intronic 45 0 0 93 8 8.6 79 17 21.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.222626728 1.222626728 1 2.366723447 1.183361723 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.73E-08 1 4.55E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 92830607 A G HEPACAM2 CCDS43616.1 r.? - - intronic 27 0 0 62 5 8.1 71 10 14.1 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.151543779 1.151543779 1 1.552130261 1.552130261 1 2.109314966 1.054657483 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000016 1 3.42E-12 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 92948761 C T CCDC132 CCDS43617.1 r.? - - intronic 35 0 0 111 9 8.1 79 19 24.1 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.151543779 1.151543779 1 2.652931864 0.884310621 3 1.988782682 0.994391341 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.24E-09 1 1.27E-26 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 94190332 G C CASD1 CCDS5636.1 r.? - - downstream 35 0 0 92 9 9.8 65 4 6.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 1.326630679 1.326630679 1 0.558496994 0.558496994 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.17E-09 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 94704120 G A PPP1R9A CCDS34683.1 r.? - - intronic 25 0 0 74 36 48.6 58 29 50 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 6.579005204 1.315801041 5 4.504008016 0.900801603 5 1.612119295 1.612119295 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.06E-62 1 4.87E-51 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 95383900 A C - - - - - - 38 0 0 80 12 15 57 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 2.030557162 1.015278581 2 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.07E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 96739563 T A - - - - - - 14 0 0 60 18 30 46 24 52.2 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 4.061114324 1.015278581 4 4.702184369 0.940436874 5 1.574452957 1.574452957 1 0 9.008016032 9.008016032 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.89E-27 1 4.23E-43 0.005 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 99265001 G C CYP3A5 CCDS5672.1 r.? - - intronic 51 0 0 71 10 14.1 68 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 14 4.365309078 5 11 2 1 3 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 1.908723732 0.954361866 2 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.42E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 101384681 C A - - - - - - 33 0 0 75 8 10.7 65 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 2.163175115 1.081587558 2 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.89E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102272510 A C UPK3BL CCDS47675.1 r.? - - downstream 6 0 0 150 23 15.3 152 10 6.6 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 3.093138249 1.031046083 3 1.056529058 1.056529058 1 2.064115359 1.03205768 2 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 4.75E-27 1 6.87E-09 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102294837 T G SPDYE6 ENST00000507450 r.? - - intronic 5 0 0 14 5 35.7 10 2 20 5 2 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 7.217322581 1.031046083 7 3.201603206 3.201603206 1 3.013307094 3.013307094 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.03E-09 1 0.001095391 1 0.000247509 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102772858 C G NAPEPLD CCDS5729.1 r.? - - intronic 30 0 0 71 4 5.6 80 16 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 1.132129032 1.132129032 1 3.201603206 1.067201069 3 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000464961 1 3.04E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 103270163 C G RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 35 0 0 67 8 11.9 59 10 16.9 50 18 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 2.405774194 0.801924731 3 2.705354709 0.901784903 3 2.711976384 1.146563216 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.96E-09 1 4.91E-13 1 5.92E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 103822499 A G ORC5L CCDS5734.1 r.? - - intronic 48 0 0 73 20 27.4 46 22 47.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 3.073345622 1.024448541 3 4.070159416 1.017539854 4 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.18E-29 1 1.68E-38 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 104946066 A T SRPK2 CCDS34724.1 r.? - - intronic 37 0 0 77 7 9.1 68 16 23.5 50 15 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.020709677 1.020709677 1 2.001019797 1.000509898 2 2.25998032 0.955469347 2.365309078 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000138 1 1.75E-22 1 5.83E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 108207117 G T THAP5 CCDS47687.1 r.? - - intronic 43 0 0 85 11 12.9 54 6 11.1 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.446940092 1.446940092 1 0.945162542 0.945162542 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.42E-13 1 0.000000329 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 109126400 A T - - - - - - 37 0 0 56 14 25 54 27 50 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 2.804147465 0.934715822 3 4.257488929 0.944647213 4.506961826 2.455845281 1.03827669 2.365309078 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.91E-20 1 1.27E-47 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 109351454 T A - - - - - - 56 0 0 73 10 13.7 64 16 25 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.536672811 1.536672811 1 2.128744464 1.064372232 2 1.333388389 1.333388389 1 0 NA NA 0 7.533267735 7.533267735 1 6 NA 1 1 4.56E-12 1 5.94E-23 1 1.96E-14 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 109692017 A C - - - - - - 38 0 0 74 8 10.8 66 17 25.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.211391705 1.211391705 1 2.196864287 1.098432144 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.39E-09 1 1.52E-24 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 109745717 T C - - - - - - 46 0 0 57 6 10.5 60 18 30 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.177741935 1.177741935 1 2.554493357 1.018959815 2.506961826 1.59705276 1.59705276 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000456 1 2.89E-27 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 110533531 T G IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 32 0 0 76 7 9.2 72 14 19.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.031926267 1.031926267 1 1.651905704 1.096182847 1.506961826 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000126 1 1.39E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 111629492 A G DOCK4 CCDS47688.1 r.? - - intronic 36 0 0 66 5 7.6 50 14 28 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.852460829 0.852460829 1 2.3841938 0.95102916 2.506961826 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 4.84E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 114112819 T C FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 37 0 0 68 22 32.4 42 30 71.4 59 15 25.4 131 0 0 115 39 33.9 271 148 54.6 193 61 31.6 TRUE TRUE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 3.634175115 1.211391705 3 6.07969419 1.348956221 4.506961826 1.913450005 0.956725002 2 3 4.64917791 1.031554757 4.506961826 2.380512604 1.006427712 2.365309078 6 5 1 1 7.67E-34 9.54E-60 9.72E-60 8.83E-262 9.9E-22 2.73E-90 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 114246296 A T FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 54 0 0 80 7 8.8 71 21 29.6 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.987059908 0.987059908 1 2.520433446 1.005373684 2.506961826 1.92851654 0.96425827 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000018 1 2.05E-31 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 114868297 G T - - - - - - 47 0 0 74 6 8.1 61 21 34.4 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.908543779 0.908543779 1 2.929152383 0.976384128 3 2.071648627 1.035824314 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000216 1 4.8E-33 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 115425239 G A - - - - - - 31 0 0 71 16 22.5 56 32 57.1 52 21 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 2.523732719 0.84124424 3 4.862052357 1.078787118 4.506961826 3.043440165 1.286698721 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.77E-22 1 9.02E-59 1 7.89E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 117957832 C A - - - - - - 24 0 0 62 8 12.9 68 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.446940092 1.446940092 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 118064120 G A - - - - - - 45 0 0 69 16 23.2 77 47 61 47 17 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 2.602248848 0.867416283 3 5.194136493 1.1524696 4.506961826 2.72704292 1.152933012 2.365309078 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.27E-22 1 1.3E-87 1 1.81E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 118742897 C T - - - - - - 38 1 2.6 57 19 33.3 49 24 49 41 14 34.1 221 0 0 158 39 24.7 294 141 48 181 62 34.3 TRUE TRUE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 3.735124424 1.245041475 3 4.17233915 1.043084788 4 2.568844297 1.086050158 2.365309078 3 4.087189372 1.021797343 4 2.583910833 1.092419953 2.365309078 6 5 0.173434892 1 1.01E-29 1.66E-53 3.34E-42 1.94E-238 1.9E-22 2.5E-94 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 118839363 G T - - - - - - 42 0 0 84 7 8.3 61 15 24.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.930976959 0.930976959 1 2.094684553 1.047342276 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000253 1 1.73E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 120392178 C T KCND2 CCDS5776.1 r.? - - downstream 35 0 0 48 8 16.7 42 18 42.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 2.148438878 1.074219439 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.23E-10 1 1.2E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 121404389 C G - - - - - - 28 0 0 53 7 13.2 46 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.216589862 1.216589862 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 5 NA 1 1 9.85E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125825335 C T - - - - - - 45 0 0 60 9 15 27 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382488479 1.382488479 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.29E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125879571 C T - - - - - - 39 0 0 50 8 16 37 13 35.1 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474654378 1.474654378 1 1.757813627 0.878906814 2 2.785273902 0.928424634 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.74E-10 1 3.89E-21 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 128167825 G A - - - - - - 23 0 0 35 4 11.4 33 9 27.3 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 1.367188377 1.367188377 1 2.564739018 0.854913006 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000289 1 6.76E-14 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 128436509 G A CCDC136 CCDS47704.1 r.? - - intronic 34 0 0 55 9 16.4 33 18 54.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 2.729368737 1.364684369 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.01E-11 1 3.68E-33 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 129140274 G A - - - - - - 17 0 0 42 5 11.9 39 6 15.4 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.096774194 1.096774194 1 0.771234469 0.771234469 1 1.94397416 0.97198708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 4.43E-08 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 130801928 G C MKLN1 ENST00000421797 r.? - - intronic 2 0 0 36 5 13.9 19 10 52.6 17 1 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.281105991 1.281105991 1 2.634216433 1.317108216 2 0.481909561 0.481909561 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000104 1 8.66E-19 1 0.081683532 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 131977538 G A PLXNA4 CCDS43646.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 5 10.2 37 13 35.1 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 1.757813627 0.878906814 2 2.973136951 0.99104565 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000496 1 3.89E-21 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 132393457 A G ENSG00000183470 ENST00000332558 r.? - - intronic 37 0 0 41 8 19.5 41 12 29.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.797235023 1.797235023 1 1.467348697 1.467348697 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.22E-11 1 1.69E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 132842378 C T - - - - - - 44 0 0 57 6 10.5 42 7 16.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.967741935 0.967741935 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000456 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 134956643 G A ENSG00000224824 ENST00000417802 r.? - - downstream 17 0 0 39 8 20.5 35 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.889400922 1.889400922 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 2.09E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 136354959 G C - - - - - - 30 0 0 32 7 21.9 28 9 32.1 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.01843318 2.01843318 1 1.607573146 1.607573146 1 2.79344186 0.931147287 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.36E-10 1 1.24E-14 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 139437116 T G HIPK2 ENST00000406875 r.? - - intronic 32 0 0 52 6 11.5 50 15 30 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 1.50240481 1.50240481 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 5.83E-23 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 139778829 A G - - - - - - 13 0 0 53 6 11.3 19 2 10.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 0.525841683 0.525841683 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000293 1 0.004039874 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 141681994 C A MGAM ENST00000465654 r.? - - intronic 36 0 0 41 8 19.5 24 4 16.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.797235023 1.797235023 1 0.836338677 0.836338677 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.22E-11 1 0.00000613 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 142412018 C T - - - - - - 45 0 0 47 8 17 23 4 17.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 0.87139479 0.87139479 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.03E-10 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 145208172 C T - - - - - - 38 0 0 52 6 11.5 33 2 6.1 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059907834 1.059907834 1 0.305488978 0.305488978 1 2.229852713 1.114926357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000261 1 0.011909843 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 147016669 C G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 5 11.9 29 5 17.2 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.096774194 1.096774194 1 0.861378758 0.861378758 1 0.963819121 0.963819121 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 0.000000336 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 147357816 G T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 38 0 0 52 7 13.5 24 9 37.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 1.878006012 0.939003006 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.58E-09 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 148452299 C G CUL1 CCDS34772.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 5 10.9 36 13 36.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 1.807893788 0.903946894 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000361 1 2.53E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 151410602 G A PRKAG2 CCDS43683.1 r.? - - intronic 44 0 0 70 11 15.7 28 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447004608 1.447004608 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.06E-14 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 152512821 T C ACTR3B CCDS5934.1 r.? - - intronic 19 0 0 45 6 13.3 23 0 0 37 1 2.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.225806452 1.225806452 1 0 0 1 0.220534884 0.220534884 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000108 1 1 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153677538 C A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 40 0 0 58 11 19 38 6 15.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751152074 1.751152074 1 0.791266533 0.791266533 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 8.96E-15 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153751072 T C DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 23 0 0 43 5 11.6 26 9 34.6 29 12 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.069124424 1.069124424 1 1.732773547 1.732773547 1 3.381534884 1.127178295 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 5.65E-15 1 1.17E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153875056 C A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 39 0 0 57 10 17.5 39 18 46.2 34 14 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612903226 1.612903226 1 2.313703407 1.156851703 2 3.365198966 1.121732989 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.4E-13 1 2.15E-31 1 7.74E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153922360 T A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 38 0 0 80 9 11.2 30 9 30 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.032258065 1.032258065 1 1.50240481 1.50240481 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.29E-10 1 2.54E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154033071 C T DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 38 0 0 59 9 15.3 31 15 48.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.410138249 1.410138249 1 2.42387976 1.21193988 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.96E-11 1 8.51E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154086157 G A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 38 0 0 49 9 18.4 41 9 22 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.695852535 1.695852535 1 1.101763527 1.101763527 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.35E-12 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154193801 G C DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 36 0 0 45 5 11.1 24 9 37.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 1.878006012 0.939003006 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154240426 G A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 40 0 0 70 12 17.1 36 10 27.8 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.576036866 1.576036866 1 1.392228457 1.392228457 1 1.600919897 1.600919897 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.99E-15 1 2.21E-15 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154924116 G T - - - - - - 26 0 0 54 6 11.1 29 7 24.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 1.206931864 1.206931864 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000329 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 155057624 G C - - - - - - 7 0 0 49 10 20.4 39 14 35.9 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.880184332 1.880184332 1 1.797877756 0.898938878 2 2.646418605 0.882139535 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.72E-14 1 8.19E-23 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 155407031 A T ENSG00000216895 ENST00000401694 r.? - - intronic 48 0 0 64 8 12.5 38 10 26.3 51 21 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 1.317108216 1.317108216 1 3.365198966 1.121732989 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.35E-09 1 4.06E-15 1 4.73E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 155869480 G T - - - - - - 32 0 0 45 7 15.6 41 11 26.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437788018 1.437788018 1 1.342148297 1.342148297 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000003 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 156471877 C T LMBR1 CCDS5945.1 r.? - - downstream 19 0 0 46 7 15.2 26 12 46.2 23 11 47.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400921659 1.400921659 1 2.313703407 1.156851703 2 3.904284238 1.301428079 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 2.21E-21 1 6.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 156518951 T C LMBR1 CCDS5945.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 5 12.2 40 17 42.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 2.128406814 1.064203407 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000202 1 6.07E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 157188238 G A DNAJB6 CCDS5946.1 r.? - - intronic 49 0 0 50 7 14 30 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 157964312 G A PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 7 20 29 15 51.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843317972 1.843317972 1 2.589144289 1.294572144 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.65E-10 1 2.22E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 158001841 G T PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 5 12.2 30 13 43.3 42 15 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 2.168470942 1.084235471 2 2.91596124 0.97198708 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000202 1 1.35E-22 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 158682737 C G WDR60 CCDS47757.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 7 17.5 13 2 15.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612903226 1.612903226 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.26E-09 1 0.001879825 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 932517 G A C8orf68 ENST00000450568 r.? - - intronic 39 0 0 72 25 34.7 43 31 72.1 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.226716217 4 6 5 4 1 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 4.933156682 0.986631336 5 5.216241951 1.04324839 5 3.017710594 1.005903531 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.63E-39 1 6.74E-62 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 1813177 G C ARHGEF10 CCDS34794.1 r.? - - intronic 21 0 0 54 9 16.7 55 9 16.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.226716217 4 6 5 4 1 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 2.374170507 1.187085253 2 1.186496089 1.186496089 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.48E-12 1 1.01E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 1855272 G A ARHGEF10 CCDS34794.1 r.? - - intronic 12 0 0 56 5 8.9 34 4 11.8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 5.226716217 1 1 5 1 0 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 0.731276498 0.731276498 1 0.853698405 0.853698405 1 0.596018088 0.596018088 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000965 1 0.0000257 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 1857453 C T ARHGEF10 CCDS34794.1 r.2153-8c>u c.1968-8C>T p.? splice region 15 0 0 57 7 12.3 35 9 25.7 33 6 18.2 223 0 0 293 32 10.9 172 28 16.3 143 33 23.1 TRUE TRUE 1 5.226716217 1 1 5 1 0 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 1.010640553 1.010640553 1 1.859326188 1.048521509 1.773283783 0.758568475 0.758568475 1 1 1.179261357 1.179261357 1 0.96279845 0.96279845 1 6 5 1 1 1.66E-08 3.74E-32 1.23E-13 2.34E-33 1.54E-08 1.91E-44 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 1857808 C G ARHGEF10 CCDS34794.1 r.? - - intronic 2 0 0 50 5 10 26 6 23.1 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 3 0 0 TRUE FALSE 1 5.226716217 1 1 5 1 0 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 0.821658986 0.821658986 1 1.671223149 1.671223149 1 0.416795866 0.416795866 1 1 0 0 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.00000549 1 3.3E-09 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 1858077 C A ARHGEF10 CCDS34794.1 r.? - - intronic 22 0 0 50 6 12 29 5 17.2 25 5 20 249 0 0 265 17 6.4 165 36 21.8 144 16 11.1 TRUE TRUE 1 5.226716217 1 1 5 1 0 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 0.985990783 0.985990783 1 1.244373947 1.244373947 1 0.833591731 0.833591731 1 1 1.57717163 0.88940735 1.773283783 0.462643411 0.462643411 1 6 3 1 1 0.000000206 6.17E-14 0.000000336 2.27E-47 0.000000153 5.74E-17 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 2363141 A T - - - - - - 11 0 0 47 8 17 24 1 4.2 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.396820276 1.396820276 1 0.126336673 0.126336673 1 0.208397933 0.208397933 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.03E-10 1 0.113346489 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 2363151 A G - - - - - - 12 0 0 47 9 19.1 23 1 4.3 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569368664 1.569368664 1 0.129344689 0.129344689 1 0.200062016 0.200062016 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.24E-12 1 0.108890944 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 2831204 C G CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 28 0 0 44 6 13.6 24 6 25 8 2 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.981456221 0.981456221 1 0.752004008 0.752004008 1 1.041989664 1.041989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.37E-08 1 1.95E-09 1 0.000686131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 3279456 G A CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 7 0 0 37 13 35.1 13 6 46.2 16 5 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 0 0.043446688 0 0 0 0 0 0 0 1 0.956553312 1 NA 1 NA NA 0 NA NA 0.043446688 NA 2.533023041 2.533023041 1 0.947775777 0.947775777 1 0.988403101 0.988403101 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.89E-21 1 2.6E-11 1 0.000000013 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 6392982 G A MCPH1 CCDS43689.1 r.? - - intronic 37 0 0 64 9 14.1 24 9 37.5 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.158539171 1.158539171 1 1.128006012 1.128006012 1 1.33374677 1.33374677 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.2E-11 1 2.39E-15 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 9323351 C T - - - - - - 37 0 0 44 5 11.4 20 6 30 15 5 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936691244 0.936691244 1 0.90240481 0.90240481 1 1.387930233 1.387930233 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 5.7E-10 1 0.000000009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 10785330 C T XKR6 CCDS5978.2 r.? - - intronic 9 0 0 51 9 17.6 15 2 13.3 14 5 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446119816 1.446119816 1 0.400066132 0.400066132 1 1.48796124 1.48796124 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.92E-12 1 0.002513772 1 6.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 10785461 C T XKR6 CCDS5978.2 r.? - - intronic 7 0 0 44 5 11.4 21 4 19 22 7 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936691244 0.936691244 1 0.571523046 0.571523046 1 1.325410853 1.325410853 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 0.00000349 1 1.25E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 10785786 C T XKR6 CCDS5978.2 r.? - - intronic 9 0 0 46 6 13 18 6 33.3 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.068156682 1.068156682 1 1.001669339 1.001669339 1 1.041989664 1.041989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000123 1 2.75E-10 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 10786613 C T XKR6 CCDS5978.2 r.? - - intronic 27 0 0 45 7 15.6 19 6 31.6 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.281788018 1.281788018 1 0.950533066 0.950533066 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000003 1 4.01E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 12899220 T C - - - - - - 43 0 0 58 7 12.1 28 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.994207373 0.994207373 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.88E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 17404674 G C SLC7A2 CCDS6002.2 r.? - - intronic 31 0 0 89 44 49.4 61 41 67.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.448056444 5 5 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 6.034995392 1.206999078 5 4.709386774 0.941877355 5 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.37E-76 1 2.57E-79 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 20402889 C T - - - - - - 27 0 0 54 6 11.1 16 3 18.8 45 28 62.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0.912041475 0.912041475 1 0.565507014 0.565507014 1 5.359161392 0.983683163 5.448056444 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000329 1 0.0000667 1 3.78E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 20637694 A G - - - - - - 33 0 0 43 5 11.6 31 8 25.8 56 31 55.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0.953124424 0.953124424 1 0.776068136 0.776068136 1 4.773272365 0.954654473 5 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000257 1 2.78E-12 1 2.3E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 21676423 C T - - - - - - 37 0 0 46 8 17.4 20 0 0 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.429686636 1.429686636 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.61E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672071 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 40 0 0 92 32 34.8 61 38 62.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.251373272 1.062843318 4 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.88E-50 1 1.22E-71 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672164 G A PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 38 0 0 86 32 37.2 48 31 64.6 19 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.544571429 0.908914286 5 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.14E-51 1 1.82E-59 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672207 G T PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 40 0 0 89 30 33.7 65 44 67.7 23 0 0 2 0 0 0 0 NA 3 3 100 0 0 NA FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.116990783 1.029247696 4 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.14E-46 1 3.11E-85 0.000000125 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672268 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 44 0 0 82 29 35.4 66 40 60.6 31 0 0 11 0 0 4 2 50 15 11 73.3 4 0 0 FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.324672811 1.081168203 4 NA NA 1 0 NA 0 5 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.81E-45 0.000149002 1.32E-74 6.54E-23 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672298 G A PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 44 0 0 83 31 37.3 53 28 52.8 29 0 0 28 0 0 17 8 47.1 29 21 72.4 12 0 0 FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.556788018 0.911357604 5 NA NA 1 0 NA 0 5 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 2.15E-49 9.12E-15 2.98E-50 1.97E-42 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 27672326 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 41 0 0 80 33 41.2 57 29 50.9 28 0 0 45 0 0 31 8 25.8 52 30 57.7 26 0 0 FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.033235023 1.006647005 5 NA NA 1 0 NA 0 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 2.95E-54 2.78E-12 2.45E-51 2.26E-55 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27672340 G T PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 40 1 2.5 77 30 39 52 30 57.7 29 0 0 68 1 1.5 39 9 23.1 63 34 54 33 0 0 FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.764470046 0.952894009 5 NA NA 1 0 NA 0 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0.181679879 0.288836448 1.57E-48 3.62E-13 2.26E-55 3.84E-61 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27672430 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 53 0 0 98 32 32.7 44 25 56.8 29 0 0 145 0 0 91 24 26.4 152 89 58.6 83 0 0 FALSE FALSE 5 NA 1 5 NA 1 0 NA 0 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.994824885 0.998706221 4 NA NA 1 0 NA 0 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.11E-48 2.58E-34 3.83E-46 4.74E-162 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27672450 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 58 0 0 96 34 35.4 46 24 52.2 24 0 0 159 0 0 92 19 20.7 149 82 55 83 0 0 FALSE FALSE 5 5 1 5 5 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.324672811 1.081168203 4 3.658184369 0.914546092 4 0 NA 0 3 3.854408818 0.963602204 4 0 NA 0 NA NA 1 1 4.59E-53 3.08E-25 4.23E-43 3.26E-146 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27672454 G A PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 60 0 0 98 36 36.7 49 27 55.1 22 0 0 158 0 0 92 20 21.7 151 84 55.6 82 0 0 FALSE FALSE 5 5 1 5 5 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.483488479 0.896697696 5 3.861416834 0.965354208 4 0 NA 0 3 3.896456914 0.974114228 4 0 NA 0 NA NA 1 1 8.66E-57 5.65E-27 3.33E-49 2.65E-150 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27672476 G C PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 57 0 0 95 36 37.9 60 34 56.7 26 0 0 153 1 0.7 90 20 22.2 158 90 57 82 0 0 FALSE FALSE 5 5 1 5 5 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.630087558 0.926017512 5 3.97354509 0.993386273 4 0 NA 0 3 3.994569138 0.998642285 4 0 NA 0 NA NA 1 0.535558142 2.19E-57 3.48E-27 3.58E-62 2.9E-162 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 27689523 C A PBK CCDS6063.1 r.? - - intronic 36 0 0 82 35 42.7 66 50 75.8 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 1 5 5 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.216483871 1.043296774 5 5.312076152 1.06241523 5 0.758568475 0.758568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.12E-58 1 7.02E-101 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 29001555 A C KIF13B ENST00000357808 r.? - - intronic 26 0 0 73 4 5.5 43 2 4.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0.671912442 0.671912442 1 0.329376754 0.329376754 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000516741 1 0.019709573 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 29380430 A C - - - - - - 4 0 0 62 5 8.1 46 0 0 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0.989543779 0.989543779 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 32441586 T C NRG1 CCDS6086.1 r.? - - intronic 37 0 0 67 6 9 47 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.883868972 0.883868972 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 32734346 G C - - - - - - 47 0 0 71 9 12.7 34 11 32.4 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.247237327 1.247237327 1 1.486732438 1.486732438 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.1E-10 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 33092205 T C - - - - - - 46 0 0 69 6 8.7 45 5 11.1 85 5 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.854406673 0.854406673 1 0.50934352 0.50934352 1 0.894909561 0.894909561 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 0.00000323 1 0.0000735 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 33959758 G C - - - - - - 37 0 0 52 5 9.6 21 7 33.3 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.94279357 0.94279357 1 1.528030561 1.528030561 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000668 1 8.54E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 34154327 T G - - - - - - 59 0 0 72 18 25 33 9 27.3 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 2.455191588 0.942790014 2.604176489 1.25270974 1.25270974 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.22E-25 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 34339015 G C - - - - - - 49 0 0 74 10 13.5 48 16 33.3 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.325803457 1.325803457 1 1.528030561 0.966701487 1.580664332 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.24E-12 1 2.96E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 34415824 C T - - - - - - 36 0 0 60 6 10 35 0 0 138 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.982076635 0.982076635 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 34710851 A G - - - - - - 46 0 0 52 5 9.6 36 18 50 129 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.94279357 0.94279357 1 2.294340182 0.889050216 2.580664332 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000668 1 3.18E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35365370 C G UNC5D CCDS6093.2 r.? - - intronic 34 0 0 41 6 14.6 21 0 0 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.433831887 1.433831887 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35661825 T C - - - - - - 23 0 0 43 8 18.6 24 11 45.8 89 66 74.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.826662541 1.826662541 1 2.101615607 1.050807803 2 11.25462532 1.023147757 11 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-11 1 1.15E-19 1 1.42E-131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 36544586 G C - - - - - - 52 0 0 46 7 15.2 32 15 46.9 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 1.492756485 1.492756485 1 2.152091091 1.076045545 2 1.57793895 1.57793895 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 1.59E-26 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 36637488 G A KCNU1 ENST00000399881 r.? - - upstream 24 0 0 55 5 9.1 24 0 0 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0.893689738 0.893689738 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 37017237 G A - - - - - - 44 0 0 63 7 11.1 26 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 1.090105065 1.090105065 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 37433205 T C - - - - - - 44 0 0 53 10 18.9 32 18 56.2 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 1.85612484 0.92806242 2 2.578838365 0.999292443 2.580664332 1.609497729 1.609497729 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.57E-13 1 1.68E-33 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 38236963 A C WHSC1L1 CCDS43729.1 r.? - - intronic 34 0 0 56 14 25 33 21 63.6 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 2.455191588 0.942790014 2.604176489 2.918400712 1.130871875 2.580664332 1.704174066 0.893097087 1.908162158 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.91E-20 1 1.6E-40 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 41615934 G C ANK1 CCDS47849.1 r.? - - intronic 18 0 0 67 7 10.4 23 6 26.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.0213597 1.0213597 1 1.197645575 1.197645575 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 5.23E-08 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 42136867 G A IKBKB CCDS6128.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 9 13.4 21 6 28.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 1.315982691 1.315982691 1 1.312362584 1.312362584 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-11 1 7.95E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 47397482 C T - - - - - - 26 0 0 58 9 15.5 34 8 23.5 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.780148135 1.780148135 1 1.176883768 1.176883768 1 1.97118863 0.985594315 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 6.32E-12 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 47801495 C T - - - - - - 47 0 0 58 5 8.6 32 4 12.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.987695094 0.987695094 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000115 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 47980750 A G - - - - - - 50 0 0 58 6 10.3 34 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.182937148 1.182937148 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 47980760 C G - - - - - - 50 0 0 70 4 5.7 35 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.654635121 0.654635121 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49488750 G A - - - - - - 38 0 0 54 5 9.3 49 14 28.6 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.068088881 1.068088881 1 1.432292585 1.432292585 1 2.193395349 1.096697674 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 3.5E-21 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49533705 T A - - - - - - 31 0 0 59 6 10.2 31 6 19.4 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.171452321 1.171452321 1 0.97155511 0.97155511 1 1.935348837 0.967674419 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000561 1 1.03E-08 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49541467 G C - - - - - - 25 0 0 69 9 13 40 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.493027468 1.493027468 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.45E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49822864 T C - - - - - - 24 0 0 60 5 8.3 37 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.953240614 0.953240614 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49904234 A T - - - - - - 35 0 0 63 5 7.9 33 7 21.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.907301308 0.907301308 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000173 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50426514 A G - - - - - - 37 0 0 64 7 10.9 28 8 28.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.251846108 1.251846108 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.78E-08 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50745277 T A - - - - - - 45 0 0 55 13 23.6 43 21 48.8 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.710419096 1.194945376 2.268236816 2.443911824 1.221955912 2 1.97118863 0.985594315 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-18 1 4.52E-37 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51460143 T A SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 39 0 0 74 9 12.2 32 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.401148855 1.401148855 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.61E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51668608 T C SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 47 0 0 80 8 10 35 8 22.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.148482668 1.148482668 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 8.22E-09 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52172623 A G - - - - - - 50 0 0 60 6 10 31 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.148482668 1.148482668 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000621 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52373193 T A PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 33 0 0 52 6 11.5 29 3 10.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.320755068 1.320755068 1 0.515825651 0.515825651 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000261 1 0.000414371 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52779751 C A PCMTD1 CCDS6148.1 r.? - - intronic 49 0 0 71 14 19.7 34 8 23.5 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.262510855 0.99747559 2.268236816 1.176883768 1.176883768 1 2.286578811 1.143289406 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.13E-18 1 6.32E-12 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 53145381 C A ST18 CCDS6149.1 r.? - - intronic 39 0 0 61 6 9.8 40 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.125513014 1.125513014 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000685 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 53837218 G A - - - - - - 39 0 0 75 7 9.3 44 11 25 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.068088881 1.068088881 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000115 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 53844462 T A - - - - - - 34 0 0 67 12 17.9 25 3 12 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.055783975 1.027891988 2 0.600961924 0.600961924 1 1.999860465 0.999930233 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-15 1 0.00026475 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 54241812 A G - - - - - - 38 0 0 60 7 11.7 32 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.343724721 1.343724721 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 55488435 A G RP1 ENST00000427058 r.? - - intronic 26 0 0 64 6 9.4 35 7 20 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.079573708 1.079573708 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000914 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 55620266 T G RP1 ENST00000427058 r.? - - intronic 38 0 0 59 7 11.9 31 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.366694375 1.366694375 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56180780 C A XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 53 0 0 69 7 10.1 36 7 19.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.159967494 1.159967494 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.43E-08 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56282354 A T XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 9 18.8 20 10 50 45 16 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.159147415 0.951905639 2.268236816 2.504008016 1.252004008 2 2.551793282 1.275896641 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.75E-12 1 1.72E-18 1 8.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56433055 G T XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 6 10.2 42 7 16.7 32 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.171452321 1.171452321 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000561 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56471038 G C - - - - - - 30 0 0 80 8 10 32 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.148482668 1.148482668 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.22E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56488441 G A - - - - - - 30 0 0 77 14 18.2 42 8 19 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.090238455 1.045119228 2 0.951523046 0.951523046 1 1.605622739 1.605622739 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.82E-18 1 3.96E-11 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 57463639 G A AC012349.1 ENST00000499425 r.? - - intronic 28 0 0 50 8 16 26 6 23.1 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.837572268 1.837572268 1 1.156851703 1.156851703 1 1.791989664 0.895994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.74E-10 1 3.3E-09 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 58286701 G T - - - - - - 33 0 0 69 5 7.2 32 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.826907521 0.826907521 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 58462607 A C - - - - - - 45 0 0 54 6 11.1 27 7 25.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.274815761 1.274815761 1 1.297076152 1.297076152 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000329 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 58487712 G C - - - - - - 19 0 0 63 16 25.4 28 4 14.3 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.917145976 1.286085278 2.268236816 0.716146293 0.716146293 1 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.48E-23 1 0.0000116 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 60159925 G C - - - - - - 38 0 0 63 5 7.9 28 3 10.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.907301308 0.907301308 1 0.535857715 0.535857715 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000173 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 60413043 G A - - - - - - 39 0 0 60 15 25 39 14 35.9 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.871206669 1.265831967 2.268236816 1.797877756 0.898938878 2 2.0285323 1.01426615 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.31E-21 1 8.19E-23 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 60877968 A G - - - - - - 41 0 0 71 9 12.7 31 6 19.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.458572988 1.458572988 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.1E-10 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 61211656 G T - - - - - - 38 0 0 76 11 14.5 33 4 12.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.665299868 1.665299868 1 0.60596994 0.60596994 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.08E-13 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 61228437 T C - - - - - - 61 0 0 61 13 21.3 21 8 38.1 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.446268082 1.078488836 2.268236816 1.908054108 0.954027054 2 2.50878553 1.254392765 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.41E-18 1 7.5E-14 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 63893171 T A ENSG00000213006 ENST00000391688 r.? - - downstream 40 0 0 60 9 15 33 11 33.3 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.722724002 1.722724002 1 1.667669339 0.833834669 2 1.670134367 1.670134367 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-11 1 8.54E-18 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64444920 A C - - - - - - 43 0 0 64 13 20.3 32 6 18.8 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.331419816 1.027855557 2.268236816 0.941507014 0.941507014 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.26E-17 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64465836 T A - - - - - - 46 0 0 64 4 6.2 29 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.712059254 0.712059254 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64633763 C A - - - - - - 49 0 0 72 10 13.9 32 5 15.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.596390908 1.596390908 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.95E-12 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65210741 A T - - - - - - 41 0 0 68 7 10.3 45 7 15.6 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.182937148 1.182937148 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000058 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65225642 A G - - - - - - 44 0 0 58 9 15.5 27 6 22.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.780148135 1.780148135 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.67E-11 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65270620 A C - - - - - - 42 0 0 67 4 6 39 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.689089601 0.689089601 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000372648 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 66309417 G C - - - - - - 47 0 0 69 12 17.4 38 5 13.2 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.998359842 0.999179921 2 0.661058116 0.661058116 1 2.164723514 1.082361757 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.65E-15 1 0.00000137 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 66349050 C A - - - - - - 36 0 0 56 4 7.1 27 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.815422694 0.815422694 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 66829699 T C - - - - - - 36 0 0 81 8 9.9 37 6 16.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.136997841 1.136997841 1 0.811298597 0.811298597 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.08E-09 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 67781723 G C C8orf45 CCDS6197.2 r.? - - upstream 27 0 0 82 7 8.5 36 8 22.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.976210268 0.976210268 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.000000214 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 67907368 G A LRRC67 CCDS34902.1 r.? - - intronic 49 0 0 77 8 10.4 37 9 24.3 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.194421974 1.194421974 1 1.216947896 1.216947896 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.05E-09 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 68084009 C T CSPP1 CCDS47870.1 r.? - - intronic 25 0 0 74 8 10.8 38 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.240361281 1.240361281 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.39E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 68707478 G A - - - - - - 45 0 0 79 11 13.9 41 11 26.8 54 22 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.596390908 1.596390908 1 1.342148297 1.342148297 1 4.545359173 0.909071835 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.23E-13 1 1.34E-16 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 68937795 T G PREX2 CCDS6201.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 4 5.9 35 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.677604774 0.677604774 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000394372 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 69219516 A C - - - - - - 52 0 0 65 8 12.3 32 5 15.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.412633681 1.412633681 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.53E-09 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 70529375 C A SULF1 CCDS6204.1 r.? - - intronic 29 0 0 52 4 7.7 35 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.884331654 0.884331654 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71001002 T G - - - - - - 18 0 0 69 13 18.8 45 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.159147415 0.951905639 2.268236816 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.64E-17 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71009653 C T - - - - - - 37 0 0 68 7 10.3 33 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.182937148 1.182937148 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71936700 G C - - - - - - 24 0 0 60 4 6.7 38 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.769483387 0.769483387 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000243755 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72288307 A C - - - - - - 43 0 0 79 10 12.7 42 12 28.6 63 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.458572988 1.458572988 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.03E-11 1 2.35E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72808893 C G AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 48 0 0 70 5 7.1 32 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.815422694 0.815422694 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72809008 G A AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 52 0 0 69 8 11.6 37 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.332239895 1.332239895 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73050239 T C - - - - - - 49 0 0 71 8 11.3 31 7 22.6 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.297785415 1.297785415 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.14E-09 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73770393 A C KCNB2 CCDS6209.1 r.? - - intronic 40 0 0 64 6 9.4 37 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.079573708 1.079573708 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000914 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73835272 G C KCNB2 CCDS6209.1 r.? - - intronic 41 0 0 70 16 22.9 35 18 51.4 52 15 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.630025309 1.159502081 2.268236816 2.57412024 1.28706012 2 3.216372093 1.072124031 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.93E-22 1 1.6E-32 1 1.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 74732645 A T UBE2W CCDS47875.1 r.? - - intronic 37 0 0 76 14 18.4 37 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.113208109 1.056604054 2 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.14E-18 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 74838757 T G - - - - - - 32 0 0 77 4 5.2 42 1 2.4 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.597210987 0.597210987 1 0.120192385 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000632383 1 0.189842622 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 74874327 C T TCEB1 CCDS34910.1 r.? - - intronic 29 0 0 59 8 13.6 40 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.561936428 1.561936428 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.9E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75385477 G C - - - - - - 42 0 0 80 11 13.8 34 8 23.5 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.584906082 1.584906082 1 1.176883768 1.176883768 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 3.73E-13 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75433462 G T - - - - - - 31 0 0 65 10 15.4 28 6 21.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.768663308 0.884331654 2 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.36E-12 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75592082 G C - - - - - - 31 0 0 70 4 5.7 40 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.654635121 0.654635121 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75593612 T C - - - - - - 29 0 0 70 7 10 26 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.148482668 1.148482668 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.11E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75798333 T G - - - - - - 50 0 0 68 7 10.3 28 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.182937148 1.182937148 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 76335959 A G HNF4G ENST00000354370 r.? - - intronic 15 0 0 86 10 11.6 33 6 18.2 55 20 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.332239895 1.332239895 1 0.911458918 0.911458918 1 2.609136951 1.304568475 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.45E-11 1 1.54E-08 1 4.08E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 76813668 A T - - - - - - 53 1 1.9 59 15 25.4 23 10 43.5 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.917145976 1.286085278 2.268236816 2.178486974 1.089243487 2 2.207731266 1.103865633 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 0.233303855 1 9.9E-22 1 1.05E-17 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 77280121 C T - - - - - - 38 0 0 73 8 11 33 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.263330935 1.263330935 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.93E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 77596905 G A ZFHX4 CCDS47878.1 r.? - - intronic 32 0 0 69 11 15.9 28 9 32.1 36 19 52.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.826087442 0.913043721 2 1.607573146 1.607573146 1 3.784682171 1.892341085 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.82E-14 1 1.24E-14 1 1.51E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 77978405 A G - - - - - - 39 0 0 90 15 16.7 40 7 17.5 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.917966055 0.958983028 2 0.876402806 0.876402806 1 0.15769509 0.15769509 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 9.83E-19 1 1.26E-09 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 78682680 A G - - - - - - 40 0 0 58 8 13.8 36 13 36.1 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.584906082 1.584906082 1 1.807893788 0.903946894 2 2.472945736 1.236472868 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.99E-10 1 2.53E-21 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 79487678 A G PKIA CCDS6222.1 r.? - - intronic 41 0 0 75 17 22.7 37 14 37.8 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.607055656 1.149375426 2.268236816 1.89303006 0.94651503 2 1.863669251 0.931834625 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.72E-23 1 3.35E-23 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 80169123 T C - - - - - - 32 0 0 76 10 13.2 38 3 7.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.515997121 1.515997121 1 0.395633267 0.395633267 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 6.9E-12 1 0.000925091 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 81393416 G C ZBTB10 CCDS47880.1 r.? - - upstream 26 0 0 56 11 19.6 26 6 23.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.251026029 0.992412262 2.268236816 1.156851703 1.156851703 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 5.91E-15 1 3.3E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 82512192 C T - - - - - - 42 0 0 50 8 16 31 6 19.4 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.837572268 1.837572268 1 0.97155511 0.97155511 1 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 1.03E-08 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 83316010 G T - - - - - - 40 0 0 88 12 13.6 26 7 26.9 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.561936428 1.561936428 1 1.347156313 1.347156313 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 3.53E-14 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84231089 G A - - - - - - 41 0 0 76 7 9.2 35 10 28.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.056604054 1.056604054 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000126 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84306232 T G - - - - - - 39 0 0 78 7 9 33 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.033634401 1.033634401 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000151 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84454465 C A - - - - - - 41 0 0 87 18 20.7 49 11 22.4 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.377359122 1.048108868 2.268236816 1.121795591 1.121795591 1 3.239917313 1.619958656 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.29E-24 1 1.19E-15 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84463496 C G - - - - - - 40 0 0 76 6 7.9 32 8 25 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.907301308 0.907301308 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000253 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84504540 A T - - - - - - 32 0 0 73 8 11 23 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.263330935 1.263330935 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 3.93E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 84976402 T A - - - - - - 30 0 0 67 5 7.5 29 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.861362001 0.861362001 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 85422483 G A - - - - - - 41 0 0 85 14 16.5 39 6 15.4 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.894996402 0.947498201 2 0.771234469 0.771234469 1 2.609136951 1.304568475 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.66E-17 1 4.43E-08 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 85628685 A G RALYL ENST00000399361 r.? - - intronic 50 0 0 75 15 20 28 11 39.3 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.296965336 1.012665573 2.268236816 1.968150301 0.98407515 2 1.892341085 0.946170543 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.25E-20 1 9.7E-19 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 87677927 T A CNGB3 CCDS6244.1 r.? - - intronic 35 0 0 81 17 21 38 16 42.1 49 20 40.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.411813602 1.063298852 2.268236816 2.108374749 1.054187375 2 2.924527132 1.462263566 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.24E-23 1 3.06E-27 1 2.35E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 87720298 C T CNGB3 CCDS6244.1 r.? - - intronic 34 0 0 83 19 22.9 42 13 31 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.630025309 1.159502081 2.268236816 1.55248497 1.55248497 1 1.97118863 0.985594315 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.6E-26 1 2.72E-20 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 88245624 C T CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 45 0 0 67 15 22.4 27 7 25.9 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.572601176 1.134185442 2.268236816 1.297076152 1.297076152 1 1.512439276 1.512439276 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.27E-21 1 6.36E-11 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 88560841 A C - - - - - - 34 0 0 62 5 8.1 29 6 20.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.930270961 0.930270961 1 1.036659319 1.036659319 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 89103104 T A MMP16 CCDS6246.1 r.? - - intronic 35 0 0 60 7 11.7 34 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.343724721 1.343724721 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 89352156 T C - - - - - - 53 0 0 59 13 22 42 7 16.7 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.526661869 1.113932131 2.268236816 0.836338677 0.836338677 1 1.727478036 1.727478036 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.99E-18 1 1.81E-09 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90199219 C A - - - - - - 48 0 0 78 19 24.4 42 17 40.5 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.802297709 1.235451999 2.268236816 2.028246493 1.014123246 2 1.576950904 1.576950904 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.67E-27 1 1.73E-28 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90387021 G T - - - - - - 21 0 0 74 15 20.3 36 6 16.7 41 8 19.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.331419816 1.027855557 2.268236816 0.836338677 0.836338677 1 1.397751938 1.397751938 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.22E-20 1 2.68E-08 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90429792 A T - - - - - - 50 0 0 79 6 7.6 32 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.872846828 0.872846828 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000318 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 91187759 T C - - - - - - 28 0 0 72 13 18.1 16 3 18.8 39 16 41 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.078753629 1.039376814 2 0.941507014 0.941507014 1 2.938863049 1.469431525 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-17 1 0.0000667 1 5.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 92104171 G T OTUD6B CCDS6253.2 r.? - - downstream 36 0 0 70 9 12.9 26 6 23.1 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.481542641 1.481542641 1 1.156851703 1.156851703 1 0.172031008 0.172031008 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.65E-11 1 3.3E-09 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 92604207 A G - - - - - - 46 0 0 71 12 16.9 35 0 0 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.940935709 0.970467854 2 0 NA 0 0.15769509 0.15769509 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.38E-15 1 1 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 92819393 C G - - - - - - 43 0 0 63 4 6.3 40 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.723544081 0.723544081 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000294233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 93607365 G A - - - - - - 41 0 0 72 12 16.7 40 6 15 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.917966055 0.958983028 2 0.751202405 0.751202405 1 2.429937984 1.214968992 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.84E-15 1 5.18E-08 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 93892502 T C ENSG00000212999 ENST00000391681 r.? - - upstream 48 0 0 70 19 27.1 31 11 35.5 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 3.11238803 1.372161852 2.268236816 1.777845691 0.888922846 2 3.225581395 1.612790698 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.5E-28 1 3.77E-18 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 94516316 A G AC011118.2 ENST00000501400 r.? - - intronic 39 0 0 63 11 17.5 32 11 34.4 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.009844669 1.004922334 2 1.722757515 0.861378758 2 1.576950904 1.576950904 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.37E-14 1 5.72E-18 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 94984602 A C - - - - - - 28 0 0 72 19 26.4 34 15 44.1 40 16 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 3.031994243 1.336718557 2.268236816 2.20853507 1.104267535 2 2.867183463 1.433591731 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.75E-27 1 5.18E-26 1 8.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 95394735 A T RAD54B CCDS6262.1 r.? - - intronic 41 0 0 75 17 22.7 37 15 40.5 56 26 46.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 2.607055656 1.149375426 2.268236816 2.028246493 1.014123246 2 3.325932817 1.662966408 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.72E-23 1 2.58E-25 1 8.57E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 95506707 C A KIAA1429 CCDS34923.1 r.? - - intronic 23 0 0 65 9 13.8 29 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.584906082 1.584906082 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.85E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 97235707 A G UQCRB CCDS6269.1 r.? - - downstream 39 0 0 60 5 8.3 33 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.953240614 0.953240614 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 98548436 G C - - - - - - 36 0 0 49 14 28.6 23 4 17.4 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 3.28466043 1.44811177 2.268236816 0.87139479 0.87139479 1 2.609136951 1.304568475 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.5E-21 1 0.00000513 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100035631 T A VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 45 0 0 167 7 4.2 118 15 12.7 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437096774 1.437096774 1 2.668018036 0.889339345 3 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000246 1 6.81E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100127143 T A VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 46 0 0 130 6 4.6 93 1 1.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.573963134 1.573963134 1 0.231088176 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000549 1 0.372597118 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100216557 C T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 42 0 0 191 9 4.7 151 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.608179724 1.608179724 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000664 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100507359 A T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 40 0 0 194 9 4.6 168 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.573963134 1.573963134 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000756 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100854682 A T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 31 0 0 180 7 3.9 121 4 3.3 54 2 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334447005 1.334447005 1 0.693264529 0.693264529 1 0.41321447 0.41321447 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000397 1 0.003337749 1 0.030129377 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101339529 G A - - - - - - 20 0 0 155 6 3.9 118 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334447005 1.334447005 1 0 NA 0 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000144524 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101578842 T G - - - - - - 48 0 0 206 6 2.9 170 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.992281106 0.992281106 1 0 NA 0 0 NA 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000658033 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101854997 G T - - - - - - 41 0 0 161 98 60.9 141 103 73 53 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA 8 NA NA 5 NA NA 3 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 9.38E-181 1 2.99E-203 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 102626880 C T GRHL2 CCDS34931.1 r.? - - intronic 48 0 0 75 6 8 46 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.137327189 1.137327189 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000234 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 104053249 C A ATP6V1C1 CCDS6296.1 r.? - - intronic 52 0 0 105 11 10.5 66 9 13.6 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.492741935 1.492741935 1 1.08909018 1.08909018 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.9E-12 1 5.59E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 104194645 G C BAALC CCDS6297.1 r.? - - intronic 43 0 0 100 6 6 62 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852995392 0.852995392 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000125 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 104885713 C G RIMS2 ENST00000507740 r.? - - intronic 37 0 0 78 9 11.5 55 0 0 61 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.634907834 1.634907834 1 0 NA 0 0.178687339 0.178687339 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.61E-10 1 1 1 0.263440347 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 105663214 C G - - - - - - 48 0 0 88 21 23.9 48 15 31.2 49 0 0 71 0 0 77 12 15.6 88 22 25 96 0 0 TRUE TRUE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.397764977 1.132588326 3 2.498501002 0.832833667 3 0 0 1 2 2.002004008 1.001002004 2 0 0 1 4 4 1 1 3.45E-29 6.64E-15 2.86E-23 5.27E-31 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 105663398 C G - - - - - - 35 0 0 97 29 29.9 59 15 25.4 61 0 0 85 0 0 37 7 18.9 107 23 21.5 128 0 0 TRUE TRUE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.250760369 1.062690092 4 2.034036072 1.017018036 2 0 0 1 3 1.721723447 0.860861723 2 0 0 1 4 4 1 1 5.88E-43 7.05E-10 9.9E-22 1.14E-30 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 105663407 C T - - - - - - 36 0 0 96 29 30.2 60 15 25 62 0 0 73 0 0 34 7 20.6 101 22 21.8 115 0 0 TRUE TRUE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.293410138 1.073352535 4 2.002004008 1.001002004 2 0 0 1 3 1.745747495 0.872873747 2 0 0 1 4 4 1 1 4.14E-43 3.73E-10 1.31E-21 1.53E-29 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 105663692 C T - - - - - - 46 0 0 113 28 24.8 62 16 25.8 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.525714286 0.881428571 4 2.066068136 1.033034068 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 6.41E-39 1 3.36E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 105664385 C T - - - - - - 36 0 0 84 20 23.8 61 17 27.9 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.383548387 1.127849462 3 2.234236473 1.117118236 2 0.234527132 0.234527132 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.54E-28 1 3.33E-25 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 105664527 C T - - - - - - 42 0 0 101 27 26.7 54 17 31.5 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.795829493 0.948957373 4 2.52252505 0.840841683 3 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.36E-38 1 3.02E-26 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 105815491 T C - - - - - - 41 0 0 83 43 51.8 49 30 61.2 59 30 50.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.364193548 1.47283871 5 4.900905812 0.980181162 5 5.673322997 1.134664599 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.48E-76 1 1.6E-56 1 4.78E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106234459 A G - - - - - - 46 0 0 88 8 9.1 48 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.293709677 1.293709677 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.76E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106453101 C T ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 8 0 0 73 26 35.6 34 19 55.9 42 17 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.061105991 1.012221198 5 4.476480962 0.895296192 5 4.523023256 0.904604651 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.09E-41 1 3.3E-35 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106563580 G A ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 39 0 0 93 7 7.5 66 7 10.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06624424 1.06624424 1 0.848849699 0.848849699 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000508 1 0.000000047 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106658541 C G ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 27 0 0 80 10 12.5 56 13 23.2 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.777073733 0.888536866 2 1.857859719 0.92892986 2 2.456950904 0.818983635 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.17E-11 1 1.89E-18 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106989249 C T - - - - - - 44 0 0 79 6 7.6 70 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.080460829 1.080460829 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000318 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 107295986 A C OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 44 0 0 81 7 8.6 58 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222626728 1.222626728 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000197 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 107589946 G A OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 11 0 0 76 14 18.4 57 12 21.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.615852535 0.871950845 3 1.689691383 0.844845691 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.14E-18 1 1.4E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 107590308 G A OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 38 0 0 93 16 17.2 61 18 29.5 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.445253456 0.815084485 3 2.362364729 1.181182365 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.04E-20 1 4.08E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 108418911 C A ANGPT1 CCDS6306.1 r.? - - intronic 36 0 0 78 7 9 42 0 0 58 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279493088 1.279493088 1 0 NA 0 0.189855297 0.189855297 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000151 1 1 1 0.252280541 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 108729447 G A - - - - - - 34 0 0 69 12 17.4 40 17 42.5 40 17 42.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.473686636 0.824562212 3 2.553406814 0.851135605 3 4.746382429 0.949276486 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.65E-15 1 6.07E-29 1 6.07E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109110984 G T - - - - - - 39 0 0 69 18 26.1 56 31 55.4 60 30 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.710529954 0.927632488 4 3.328440882 1.109480294 3 5.583979328 1.116795866 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.16E-26 1 2.3E-56 1 9.52E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109751226 A T - - - - - - 39 0 0 69 8 11.6 45 0 0 60 4 6.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.649124424 1.649124424 1 0 NA 0 0.74825323 0.74825323 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 0.000243755 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 110721028 C T - - - - - - 50 0 0 76 14 18.4 41 20 48.8 61 24 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.615852535 0.871950845 3 2.931911824 0.977303941 3 4.389007752 1.097251938 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.14E-18 1 2.32E-35 1 2.97E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 110908396 T A - - - - - - 45 0 0 72 5 6.9 37 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.9809447 0.9809447 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 111183928 A T - - - - - - 32 0 0 64 18 28.1 37 23 62.2 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.994861751 0.998715438 4 3.736985972 1.245661991 3 3.830609819 0.957652455 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.1E-26 1 6.81E-44 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 112330264 C T - - - - - - 44 0 0 67 6 9 44 6 13.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279493088 1.279493088 1 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 0 6.008016032 2.002672011 3 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000012 1 9.37E-08 0.000025 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 113744683 G T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 37 0 0 81 6 7.4 58 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.05202765 1.05202765 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000368 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 113942695 G T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 43 0 0 52 9 17.3 36 15 41.7 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.459470046 0.819823349 3 2.505342685 0.835114228 3 3.540242894 0.885060724 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.92E-12 1 1.54E-25 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114103436 T A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 34 0 0 73 5 6.8 29 4 13.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.966728111 0.966728111 1 0.829106212 0.829106212 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000354 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114307960 G C CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 50 0 0 69 6 8.7 39 4 10.3 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236843318 1.236843318 1 0.618825651 0.618825651 1 1.74220155 1.74220155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 0.0000447 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114406503 C G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 48 0 0 83 11 13.3 60 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.890806452 0.945403226 2 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.66E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114968620 G C - - - - - - 34 0 0 61 4 6.6 48 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.938294931 0.938294931 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000259828 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 115096714 G T - - - - - - 47 0 0 82 10 12.2 48 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.734423963 1.734423963 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.51E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 115105746 G A - - - - - - 45 0 0 79 24 30.4 33 19 57.6 65 26 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.321843318 1.080460829 4 3.460617234 1.153539078 3 4.467183463 0.893436693 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.2E-36 1 1.46E-35 1 1.24E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 116634698 G T TRPS1 CCDS6318.2 r.? - - intronic 40 0 0 82 14 17.1 44 22 50 60 31 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.431036866 0.810345622 3 3.004008016 1.001336005 3 5.773834625 1.154766925 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.77E-18 1 4.51E-39 1 4.63E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 116762497 G C TRPS1 ENST00000422939 r.? - - intronic 49 0 0 73 7 9.6 49 9 18.4 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.364792627 1.364792627 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.54E-08 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 117586805 C A - - - - - - 32 0 0 56 11 19.6 34 10 29.4 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.786451613 0.928817204 3 1.766356713 0.883178357 2 2.456950904 0.818983635 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.91E-15 1 1.15E-15 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 118007892 G T SLC30A8 CCDS6322.1 r.? - - intronic 41 0 0 70 13 18.6 42 4 9.5 59 20 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.644285714 0.881428571 3 0.570761523 0.570761523 1 3.785937984 0.946484496 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.44E-17 1 0.0000601 1 2.21E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 118435840 C A - - - - - - 43 0 0 82 9 11 41 6 14.6 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.563824885 1.563824885 1 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.12E-10 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 119026868 G A EXT1 CCDS6324.1 r.? - - intronic 41 0 0 93 12 12.9 30 17 56.7 65 24 36.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.833940092 0.916970046 2 3.40654509 1.13551503 3 4.120976744 1.030244186 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.99E-14 1 8.59E-32 1 1.94E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 119272038 T C SAMD12 CCDS47913.1 r.? - - intronic 40 0 0 77 15 19.5 52 3 5.8 48 17 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.772235023 0.924078341 3 0.34846493 0.34846493 1 3.953457364 0.988364341 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.05E-20 1 0.002300591 1 2.8E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 120415909 T G - - - - - - 46 0 0 64 16 25 25 16 64 41 18 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.554147465 0.888536866 4 3.845130261 1.281710087 3 4.90273385 0.98054677 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.94E-23 1 2.99E-31 1 6.91E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 120431106 G C NOV CCDS6328.1 r.? - - intronic 39 0 0 79 9 11.4 43 8 18.6 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620691244 1.620691244 1 1.117490982 1.117490982 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.93E-10 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 121227267 G T COL14A1 CCDS34938.1 r.? - - intronic 30 0 0 89 19 21.3 39 18 46.2 56 26 46.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.028133641 1.00937788 3 2.775703407 0.925234469 3 5.181932817 1.036386563 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.55E-25 1 2.15E-31 1 8.57E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 121567088 G A SNTB1 CCDS6334.1 r.? - - intronic 38 0 0 59 7 11.9 29 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.691774194 1.691774194 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 122611657 C T - - - - - - 47 0 0 69 15 21.7 35 18 51.4 53 27 50.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.085 1.028333333 3 3.08812024 1.029373413 3 5.684490956 1.136898191 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.34E-20 1 1.6E-32 1 6.4E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 122974941 C T - - - - - - 49 0 0 91 17 18.7 36 5 13.9 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.658502304 0.886167435 3 0.835114228 0.835114228 1 2.311767442 1.155883721 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 6.18E-22 1 0.00000104 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 123246837 A C - - - - - - 45 0 0 72 6 8.3 49 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.179976959 1.179976959 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 124657729 G C KLHL38 CCDS43766.1 r.? - - downstream 17 0 0 67 6 9 48 3 6.2 45 2 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279493088 1.279493088 1 0.372496994 0.372496994 1 0.491390181 0.491390181 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000012 1 0.001827434 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 125478086 C T AC090192.2 ENST00000499418 r.2293g>a - - non-coding variant 23 0 0 76 6 7.9 43 3 7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123110599 1.123110599 1 0.420561122 0.420561122 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.00000253 1 0.001328364 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 125810169 C T ENSG00000235517 ENST00000422573 r.? - - intronic 52 0 0 72 15 20.8 45 17 37.8 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.957050691 0.985683564 3 2.27103006 1.13551503 2 2.557462532 0.852487511 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.7E-20 1 7.37E-28 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 126709896 T G - - - - - - 46 0 0 78 11 14.1 38 5 13.2 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.004539171 1.002269585 2 0.793058116 0.793058116 1 2.423447028 0.807815676 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.79E-13 1 0.00000137 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 127180230 C T - - - - - - 50 0 0 93 11 11.8 42 5 11.9 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677557604 1.677557604 1 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.04E-12 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 128042787 T C - - - - - - 42 0 0 72 6 8.3 40 0 0 54 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.179976959 1.179976959 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 128528565 A C - - - - - - 29 0 0 67 5 7.5 49 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06624424 1.06624424 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000233 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 128529406 T A - - - - - - 39 0 0 76 9 11.8 55 12 21.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677557604 1.677557604 1 1.309747495 1.309747495 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.06E-10 1 8.78E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 129263848 C T - - - - - - 47 0 0 64 6 9.4 35 6 17.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.336359447 1.336359447 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000914 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 129870666 C T - - - - - - 35 0 0 77 9 11.7 34 4 11.8 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.663341014 1.663341014 1 0.708945892 0.708945892 1 2.389943152 1.194971576 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.32E-10 1 0.0000257 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 129895506 T C - - - - - - 49 0 0 68 10 14.7 36 5 13.9 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.08983871 1.044919355 2 0.835114228 0.835114228 1 2.501622739 0.833874246 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.18E-12 1 0.00000104 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 130062340 T A - - - - - - 38 0 0 65 5 7.7 45 8 17.8 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094677419 1.094677419 1 1.069426854 1.069426854 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000201 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 130239186 G A AC103833.1 ENST00000509893 r.? - - intronic 35 0 0 64 15 23.4 38 16 42.1 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.326682028 1.108894009 3 2.529374749 0.843124916 3 3.015348837 1.005116279 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.87E-21 1 3.06E-27 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 130979003 G A FAM49B CCDS6361.1 r.? - - intronic 55 0 0 90 15 16.7 53 7 13.2 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.374170507 1.187085253 2 0.793058116 0.793058116 1 2.937173127 0.979057709 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.83E-19 1 9.85E-09 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131327491 G A ASAP1 CCDS6362.1 r.? - - intronic 36 0 0 77 9 11.7 34 8 23.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.663341014 1.663341014 1 1.411883768 1.411883768 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.32E-10 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131922377 G A ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 15 0 0 80 19 23.8 39 19 48.7 47 26 55.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.383548387 1.127849462 3 2.925903808 0.975301269 3 6.175881137 1.235176227 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.65E-26 1 1.2E-33 1 1.69E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132258242 T G - - - - - - 43 0 0 75 4 5.3 42 13 31 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.753479263 0.753479263 1 1.86248497 0.931242485 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000572493 1 2.72E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132487919 C T - - - - - - 49 0 0 70 9 12.9 49 6 12.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.833940092 0.916970046 2 0.732977956 0.732977956 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 9.65E-11 1 0.000000182 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132490534 T C - - - - - - 44 0 0 67 6 9 33 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279493088 1.279493088 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132777429 T C - - - - - - 26 0 0 68 9 13.2 36 11 30.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.876589862 0.938294931 2 1.838452906 0.919226453 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.38E-11 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133096244 G A OC90 CCDS47920.1 r.? - - intronic 29 0 0 67 10 14.9 23 3 13 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.118271889 1.059135945 2 0.781042084 0.781042084 1 2.858997416 0.952999139 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.87E-12 1 0.000205387 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133246405 C A KCNQ3 CCDS34943.1 r.? - - intronic 40 0 0 74 17 23 39 11 28.2 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.269815668 1.089938556 3 1.694260521 0.847130261 2 2.41227907 0.804093023 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.34E-23 1 7.2E-17 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133535297 A G - - - - - - 43 0 0 69 7 10.1 56 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.435875576 1.435875576 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133686614 C T LRRC6 CCDS6365.1 r.? - - intronic 19 0 0 57 8 14 28 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.990322581 0.99516129 2 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.19E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133875068 G A TG CCDS34944.1 r.? - - upstream 40 0 0 75 18 24 49 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.411981567 1.137327189 3 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.78E-25 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 135213025 G T - - - - - - 31 0 0 68 7 10.3 47 5 10.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.464308756 1.464308756 1 0.636849699 0.636849699 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000058 1 0.00000402 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 135625724 G A ZFAT CCDS43768.1 r.? - - intronic 35 0 0 70 8 11.4 40 8 20 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620691244 1.620691244 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 2.8E-09 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 136437712 G T - - - - - - 34 0 0 79 5 6.3 51 12 23.5 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895645161 0.895645161 1 1.411883768 1.411883768 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000518 1 3.24E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 136642903 G T KHDRBS3 CCDS6374.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 5 7.7 32 8 25 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094677419 1.094677419 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000201 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 136957483 G A - - - - - - 33 0 0 75 9 12 45 1 2.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.705990783 1.705990783 1 0.132176353 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.82E-10 1 0.201934322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137699391 G A - - - - - - 39 0 0 56 8 14.3 32 2 6.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.03297235 1.016486175 2 0.372496994 0.372496994 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.48E-10 1 0.011224977 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137856357 T G - - - - - - 50 0 0 76 13 17.1 41 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.431036866 0.810345622 3 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.39E-16 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138605059 C T - - - - - - 50 0 0 74 7 9.5 38 8 21.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350576037 1.350576037 1 1.267691383 1.267691383 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000105 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138699277 T C - - - - - - 51 0 0 73 8 11 39 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.563824885 1.563824885 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.93E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139296165 G A FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 42 0 0 72 11 15.3 41 18 43.9 46 19 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.175138249 1.087569124 2 2.637519038 0.879173013 3 4.612366925 0.922473385 5 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.12E-13 1 6.91E-31 1 6.97E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139799920 A G COL22A1 CCDS6376.1 r.? - - intronic 32 0 0 68 7 10.3 33 7 21.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.464308756 1.464308756 1 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000058 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139905230 C G COL22A1 CCDS6376.1 r.? - - intronic 28 0 0 57 6 10.5 51 8 15.7 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.492741935 1.492741935 1 0.943258517 0.943258517 1 3.048852713 1.016284238 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 2.05E-10 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139906856 G C COL22A1 CCDS6376.1 r.? - - intronic 46 0 0 67 8 11.9 45 7 15.6 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.691774194 1.691774194 1 0.937250501 0.937250501 1 2.959509044 0.986503015 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 0.000000003 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 140029474 G C - - - - - - 44 0 0 69 12 17.4 44 24 54.5 49 23 46.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.473686636 0.824562212 3 3.274368737 1.091456246 3 5.23777261 1.047554522 5 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.65E-15 1 9.53E-44 1 6.14E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 140195508 T G - - - - - - 44 0 0 63 6 9.5 28 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350576037 1.350576037 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000832 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 140823847 C A TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 36 0 0 87 18 20.7 40 6 15 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.942834101 0.9809447 3 0.901202405 0.901202405 1 3.32805168 1.10935056 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.29E-24 1 5.18E-08 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 141059331 G A TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 24 0 0 67 6 9 33 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279493088 1.279493088 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 141653885 A G - - - - - - 22 0 0 69 6 8.7 47 3 6.4 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.236843318 1.236843318 1 0.384513026 0.384513026 1 0.268031008 0.268031008 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000143 1 0.001719595 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 142600048 C A - - - - - - 11 0 0 67 8 11.9 31 10 32.3 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.691774194 1.691774194 1 1.940589178 0.970294589 2 1.786873385 1.786873385 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-09 1 3.94E-16 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 142890896 G A - - - - - - 36 0 0 72 8 11.1 47 7 14.9 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578041475 1.578041475 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.52E-09 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 145815009 C T ENSG00000147799 CCDS34971.1 r.? - - intronic 1 0 0 78 6 7.7 35 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094677419 1.094677419 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000295 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 946837 G A DMRT1 CCDS6442.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 9 21.4 17 5 29.4 34 15 44.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.914377327 1.107153373 1.729098581 0.884356713 0.884356713 1 2.279069767 1.139534884 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.51E-13 1 1.84E-08 1 5.18E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 3048934 A T - - - - - - 44 0 0 64 5 7.8 19 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0.697763699 0.697763699 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000186 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 6431636 T C UHRF2 CCDS6469.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 5 11.4 38 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.019808483 1.019808483 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 6579380 A C GLDC CCDS34987.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 13 23.2 19 7 36.8 38 20 52.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 2.075399719 1.200278423 1.729098581 1.1069499 1.1069499 1 2.718346253 1.359173127 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.89E-18 1 3.73E-12 1 2.94E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 7164576 T C KDM4C CCDS6471.1 r.? - - intronic 18 0 0 54 8 14.8 24 6 25 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.32396189 1.32396189 1 0.752004008 0.752004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 7164577 A T KDM4C CCDS6471.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 8 14.3 24 6 25 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.279233447 1.279233447 1 0.752004008 0.752004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 4.48E-10 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 7734597 G T - - - - - - 36 0 0 58 11 19 23 7 30.4 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.699680804 0.98298664 1.729098581 0.914436874 0.914436874 1 1.896640827 0.948320413 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 1.79E-11 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 10296997 G C PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 4 11.8 14 0 0 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.055591236 1.055591236 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 11115852 T G - - - - - - 31 0 0 42 6 14.3 18 8 44.4 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.279233447 1.279233447 1 1.335559118 1.335559118 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.02E-08 1 1.63E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 11890539 G C - - - - - - 40 0 0 60 5 8.3 26 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0.742492141 0.742492141 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 13496714 G T - - - - - - 49 0 0 55 8 14.5 19 8 42.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 1.297124824 1.297124824 1 1.266374749 1.266374749 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 3.86E-10 1 2.81E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 14649796 C G ZDHHC21 CCDS6475.1 r.? - - intronic 43 0 0 54 6 11.1 22 12 54.5 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 1 0 NA 1 0 NA 0 0 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.639368737 1.639368737 1 0.703286822 0.703286822 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 1.51E-22 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 16741742 G A BNC2 CCDS6482.2 r.? - - intronic 22 0 0 46 5 10.9 25 8 32 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 1.28256513 1.28256513 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000361 1 3.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 18350287 G A - - - - - - 34 0 0 53 6 11.3 28 9 32.1 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.286573146 1.286573146 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000293 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 21266085 T C - - - - - - 39 0 0 36 7 19.4 20 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 1.788018433 1.788018433 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.74E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 21836140 C T MTAP CCDS6509.1 r.? - - intronic 45 0 0 55 15 27.3 12 4 33.3 23 7 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 2.516129032 1.258064516 2 1.04557398 1.04557398 1 1.571059432 1.571059432 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 3.01E-22 1 0.0000003 1 1.79E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 21851707 G A MTAP CCDS6509.1 r.? - - intronic 30 0 0 59 17 28.8 19 7 36.8 28 13 46.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 2.65437788 1.32718894 2 1.155469143 1.155469143 1 2.397932817 1.198966408 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.74E-25 1 3.73E-12 1 4.26E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22094807 C G - - - - - - 42 0 0 54 5 9.3 23 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 0.857142857 0.857142857 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22587112 G T - - - - - - 45 0 0 54 5 9.3 38 26 68.4 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 4.109482966 1.027370741 4 1.534883721 1.534883721 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 3.81E-51 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 24769310 T G - - - - - - 44 0 0 62 8 12.9 48 27 56.2 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188940092 1.188940092 1 3.37650501 1.12550167 3 1.410852713 1.410852713 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-09 1 1.5E-49 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 24774946 G T - - - - - - 43 0 0 52 15 28.8 39 24 61.5 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.65437788 1.32718894 2 3.69492986 0.923732465 4 1.772609819 0.88630491 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.15E-22 1 1.39E-45 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 24793561 T C - - - - - - 53 0 0 47 8 17 23 13 56.5 32 12 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 3.394529058 1.131509686 3 1.937984496 0.968992248 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-10 1 1.33E-24 1 5.03E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 26491997 C T - - - - - - 12 0 0 43 11 25.6 43 19 44.2 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.359447005 1.179723502 2 2.655543086 0.885181029 3 1.348837209 1.348837209 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.42E-16 1 1.36E-32 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 26932761 T A PLAA CCDS35000.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 9 17 36 8 22.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 7.1E-12 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 28696620 C T - - - - - - 35 0 0 58 15 25.9 44 34 77.3 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.387096774 1.193548387 2 4.644196393 1.161049098 4 1.720930233 0.860465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.42E-22 1 1.38E-69 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 29175759 G A - - - - - - 28 0 0 51 15 29.4 45 29 64.4 26 14 53.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.709677419 1.35483871 2 3.869162325 0.967290581 4 2.780361757 1.390180879 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.22E-23 1 1.11E-55 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 29432628 G C - - - - - - 50 0 0 70 7 10 35 14 40 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 2.403206413 0.801068804 3 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 7.11E-08 1 1.28E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 32112093 C G - - - - - - 41 0 0 58 8 13.8 41 6 14.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.271889401 1.271889401 1 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 5.99E-10 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 32615764 G A - - - - - - 38 0 0 57 10 17.5 40 25 62.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612903226 1.612903226 1 3.75501002 0.938752505 4 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.4E-13 1 1.12E-47 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 33148103 A G B4GALT1 CCDS6535.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 16 25.8 54 39 72.2 31 11 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.377880184 1.188940092 2 4.337787575 1.084446894 4 1.834625323 0.917312661 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.36E-23 1 1.46E-77 1 3.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 35122383 A C - - - - - - 20 0 0 64 6 9.4 43 2 4.7 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 0.282376754 0.282376754 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000914 1 0.019709573 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 35353510 G A UNC13B CCDS6579.1 r.? - - intronic 40 0 0 55 10 18.2 38 32 84.2 24 8 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.677419355 1.677419355 1 5.058749499 1.264687375 4 1.720930233 1.720930233 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.33E-13 1 6.24E-68 1 2.68E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 38198237 C T - - - - - - 24 0 0 58 9 15.5 48 31 64.6 21 8 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 1.428571429 1 3.881178357 0.970294589 4 1.968992248 0.984496124 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.67E-11 1 1.82E-59 1 7.5E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 40806142 G T - - - - - - 17 0 0 51 4 7.8 43 2 4.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 2 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 0.235376754 0.235376754 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000129466 1 0.019709573 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 44205392 A G - - - - - - 36 0 0 54 5 9.3 33 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 2 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 45433928 G A - - - - - - 22 0 0 66 5 7.6 46 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.700460829 0.700460829 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 46297922 T G - - - - - - 6 0 0 10 3 30 8 0 0 7 2 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.764976959 2.764976959 1 0 0 1 1.764036176 1.764036176 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000146 1 1 1 0.000516315 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 47176548 G A - - - - - - 10 0 0 117 12 10.3 61 10 16.4 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 0.821314629 0.821314629 1 0.684643411 0.684643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.15E-12 1 6.98E-13 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 47199987 C T - - - - - - 11 0 0 97 7 7.2 75 2 2.7 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.66359447 0.66359447 1 0.135216433 0.135216433 1 0.542780362 0.542780362 1 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000677 1 0.054571821 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 65735481 C A - - - - - - 9 0 0 16 3 18.8 4 0 0 7 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.732718894 1.732718894 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000667 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 66328478 A T - - - - - - 47 0 0 53 7 13.2 19 5 26.3 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.216589862 1.216589862 1 1.317108216 1.317108216 1 1.196583979 1.196583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 3.43E-08 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 67920757 G C BX649567.1 ENST00000513863 r.? - - downstream 7 0 0 18 3 16.7 10 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 69232334 G C CBWD6 CCDS43827.1 r.? - - intronic 33 0 0 77 9 11.7 39 2 5.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.078341014 1.078341014 1 0.255408818 0.255408818 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.32E-10 1 0.016387522 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 70122609 G T - - - - - - 6 0 0 53 5 9.4 35 8 22.9 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 1.146835671 1.146835671 1 0.308397933 0.308397933 1 0 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 0.00000734 1 8.15E-12 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 72723003 T C MAMDC2 CCDS6631.1 r.? - - intronic 49 0 0 49 8 16.3 39 9 23.1 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.502304147 1.502304147 1 1.156851703 1.156851703 1 1.208919897 1.208919897 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.47E-10 1 3.62E-13 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 73166058 A C TRPM3 CCDS43835.1 r.? - - intronic 38 0 0 51 4 7.8 46 21 45.7 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 2.288663327 1.144331663 2 2.399335917 1.199667959 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000129466 1 2.94E-36 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 73788498 A G TRPM3 ENST00000357533 r.? - - intronic 44 0 0 45 5 11.1 32 12 37.5 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 1.878006012 0.939003006 2 1.813379845 0.906689922 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000323 1 5.03E-20 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74059992 T C TRPM3 ENST00000357533 r.? - - intronic 36 0 0 64 9 14.1 39 8 20.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.299539171 1.299539171 1 1.026643287 1.026643287 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.2E-11 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74065151 A T TRPM3 ENST00000357533 r.? - - upstream 48 0 0 48 6 12.5 34 3 8.8 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 0.440705411 0.440705411 1 0.709315245 0.709315245 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000016 1 0.000666058 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74196826 C T - - - - - - 15 0 0 43 5 11.6 25 9 36 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.069124424 1.069124424 1 1.802885772 0.901442886 2 1.338447028 1.338447028 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 3.71E-15 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 76194214 T C - - - - - - 45 0 0 60 7 11.7 26 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.078341014 1.078341014 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.39E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 76558742 A G - - - - - - 40 0 0 58 11 19 32 14 43.8 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751152074 1.751152074 1 2.193511022 1.096755511 2 1.572829457 1.572829457 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.96E-15 1 2.65E-24 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 77437976 G A TRPM6 CCDS6647.1 r.? - - intronic 51 0 0 72 6 8.3 36 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000184 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 77933037 T G - - - - - - 51 0 0 68 9 13.2 28 11 39.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.216589862 1.216589862 1 1.968150301 0.98407515 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 7.38E-11 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 81893745 T C - - - - - - 38 0 0 56 10 17.9 31 8 25.8 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.649769585 1.649769585 1 1.292068136 1.292068136 1 1.918235142 0.959117571 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.82E-13 1 2.78E-12 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 83053039 C T - - - - - - 31 0 0 59 6 10.2 32 7 21.9 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 1.096755511 1.096755511 1 0.579788114 0.579788114 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000561 1 2.36E-10 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 84058189 A T - - - - - - 27 0 0 55 5 9.1 30 11 36.7 39 15 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 1.837941884 0.918970942 2 2.374664083 1.187332041 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000883 1 2.44E-18 1 6.85E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 84750846 C T - - - - - - 37 0 0 59 5 8.5 34 4 11.8 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 0.590945892 0.590945892 1 1.05472093 1.05472093 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 0.0000257 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 85789045 C T - - - - - - 47 0 0 42 5 11.9 37 12 32.4 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.096774194 1.096774194 1 1.622597194 0.811298597 2 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 4.03E-19 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 86274288 T C UBQLN1 CCDS6663.1 r.? - - downstream 40 0 0 50 5 10 28 9 32.1 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 1.607573146 1.607573146 1 1.393958656 1.393958656 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 1.24E-14 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 87524383 A G NTRK2 CCDS6671.1 r.? - - intronic 61 0 0 49 6 12.2 40 12 30 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 1.50240481 1.50240481 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000182 1 1.2E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 88068209 C G - - - - - - 43 0 0 53 6 11.3 36 7 19.4 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 0.97155511 0.97155511 1 1.05472093 1.05472093 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 5.74E-10 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 88906293 C A ZCCHC6 CCDS35057.1 r.? - - intronic 30 0 0 52 7 13.5 34 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244239631 1.244239631 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 89556522 T C GAS1 CCDS6674.1 r.? - - downstream 43 0 0 58 9 15.5 46 8 17.4 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 1.428571429 1 0.87139479 0.87139479 1 0.653803618 0.653803618 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 8.61E-11 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 89872985 C A - - - - - - 36 0 0 58 5 8.6 36 18 50 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.792626728 0.792626728 1 2.504008016 1.252004008 2 2.053930233 1.026965116 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 3.18E-32 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 91038010 C G SPIN1 CCDS43843.1 r.? - - intronic 24 0 0 54 6 11.1 27 4 14.8 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 0.741186373 0.741186373 1 0.789498708 0.789498708 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000329 1 0.00001 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 91461755 C T - - - - - - 39 0 0 58 15 25.9 34 13 38.2 34 15 44.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.387096774 2.387096774 1 1.913062124 0.956531062 2 2.720069767 1.360034884 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.42E-22 1 1.03E-21 1 5.18E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 96088687 G A C9orf129 CCDS43850.1 r.? - - intronic 31 0 0 55 9 16.4 38 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.01E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 98814551 C T - - - - - - 37 0 0 48 5 10.4 33 17 51.5 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 2.579128257 1.289564128 2 1.69618863 0.848094315 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 8.25E-31 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 98861893 C T - - - - - - 28 0 0 52 5 9.6 27 5 18.5 37 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.884792627 0.884792627 1 0.926482966 0.926482966 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000668 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 100324893 T G TMOD1 CCDS6726.1 r.? - - intronic 18 0 0 42 6 14.3 38 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.02E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 100979087 A T TBC1D2 CCDS35080.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 4 9.3 35 8 22.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000066 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 101494975 G C ANKS6 CCDS43856.1 r.6490c>g c.? p.? 3'UTR variant 22 0 0 51 8 15.7 39 11 28.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447004608 1.447004608 1 1.412260521 1.412260521 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.05E-10 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 101690825 C G - - - - - - 53 0 0 64 9 14.1 48 24 50 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.299539171 1.299539171 1 2.504008016 1.252004008 2 2.343824289 1.171912145 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.2E-11 1 1.71E-42 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 101934586 A G - - - - - - 27 0 0 58 6 10.3 29 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 102479074 C A - - - - - - 42 0 0 46 7 15.2 36 5 13.9 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.400921659 1.400921659 1 0.696114228 0.696114228 1 1.05472093 1.05472093 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 0.00000104 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 102482038 C A - - - - - - 45 0 0 46 5 10.9 45 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 106238610 C G - - - - - - 51 0 0 63 9 14.3 30 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.62E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 106335496 G C - - - - - - 37 0 0 60 9 15 35 8 22.9 34 16 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382488479 1.382488479 1 1.146835671 1.146835671 1 2.905108527 1.452554264 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-11 1 8.15E-12 1 3.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 107772666 T C - - - - - - 39 0 0 65 8 12.3 34 14 41.2 44 20 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133640553 1.133640553 1 2.063302605 1.031651303 2 2.806421189 1.403210594 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-09 1 7.74E-24 1 1.5E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 107915341 G A - - - - - - 18 0 0 53 8 15.1 36 4 11.1 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 0.55588978 0.55588978 1 1.196583979 1.196583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-10 1 0.0000324 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 109067330 C G - - - - - - 39 0 0 48 8 16.7 46 6 13 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.539170507 1.539170507 1 0.651042084 0.651042084 1 0.801834625 0.801834625 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.23E-10 1 0.000000123 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 109286941 T C - - - - - - 35 0 0 53 6 11.3 49 19 38.8 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041474654 1.041474654 1 1.94311022 0.97155511 2 1.764036176 0.882018088 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 3.12E-31 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 110341512 T G - - - - - - 34 0 0 56 4 7.1 38 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65437788 0.65437788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 113476666 G A MUSK CCDS48005.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 8 14.8 45 18 40 33 10 30.3 3 0 0 3 0 0 0 0 NA 3 2 66.7 TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 2.003206413 1.001603206 2 1.868891473 0.934445736 2 0 NA NA 1 4.114028424 4.114028424 1 6 NA 1 1 3.31E-10 1 5.76E-30 1 8.14E-16 0.0000748 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 113741737 G C LPAR1 CCDS6777.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 6 12 30 10 33.3 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105990783 1.105990783 1 1.667669339 1.667669339 1 1.270599483 1.270599483 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 2.68E-16 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 114955925 C G - - - - - - 46 0 0 62 6 9.7 38 9 23.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.894009217 0.894009217 1 1.1868998 1.1868998 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000756 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 114961391 C G - - - - - - 29 0 0 53 4 7.5 42 6 14.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 115779194 G A - - - - - - 25 0 0 50 7 14 38 10 26.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.290322581 1.290322581 1 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 6.46E-09 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 116802988 A G ZNF618 CCDS48008.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 4 11.4 31 5 16.1 21 6 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.050691244 1.050691244 1 0.806290581 0.806290581 1 1.764036176 1.764036176 1 0 NA NA 1 6.167958656 3.083979328 2 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000476 1 7.95E-10 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 117538338 C A - - - - - - 42 0 0 64 7 10.9 32 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.004608295 1.004608295 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 117817739 C A TNC CCDS6811.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 9 14.8 40 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 2.68E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 119087620 T A PAPPAS CCDS6813.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 8 17 37 6 16.2 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.566820276 1.566820276 1 0.811298597 0.811298597 1 1.282935401 1.282935401 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-10 1 3.18E-08 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 119699115 G T ASTN2 CCDS48009.1 r.? - - intronic 42 0 0 54 6 11.1 36 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 121575987 C A - - - - - - 35 0 0 42 4 9.5 33 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.875576037 0.875576037 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 122141084 C T - - - - - - 35 0 0 53 8 15.1 22 6 27.3 17 4 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.391705069 1.391705069 1 1.367188377 1.367188377 1 1.449470284 1.449470284 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.83E-10 1 1.09E-09 1 0.00000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 122239000 G C - - - - - - 40 0 0 58 5 8.6 38 9 23.7 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.792626728 0.792626728 1 1.1868998 1.1868998 1 0.635299742 0.635299742 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 2.79E-13 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 122466973 A C - - - - - - 44 0 0 52 4 7.7 26 4 15.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.709677419 0.709677419 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000139698 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 122466975 C A - - - - - - 46 0 0 53 4 7.5 27 4 14.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 0.741186373 0.741186373 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 123252410 C G CDK5RAP2 CCDS6823.1 r.? - - intronic 24 0 0 61 8 13.1 33 8 24.2 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.207373272 1.207373272 1 1.21193988 1.21193988 1 0.986873385 0.986873385 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.09E-10 1 4.85E-12 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 123342757 G T CDK5RAP2 CCDS6823.1 r.? - - upstream 27 0 0 54 7 13 34 2 5.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 0.295472946 0.295472946 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.13E-08 1 0.012612579 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 124067142 G A GSN CCDS6829.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 6 10.5 38 9 23.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.967741935 0.967741935 1 1.1868998 1.1868998 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000456 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 124189783 T C - - - - - - 55 0 0 61 9 14.8 49 16 32.7 39 16 41 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.3640553 1.3640553 1 1.637621242 0.818810621 2 2.528863049 1.264431525 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-11 1 4.37E-25 1 5.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127820719 G A SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 35 0 0 69 9 13 39 3 7.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.198156682 1.198156682 1 0.616617234 0.616617234 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 8.45E-11 1 0.000998458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127820720 G A SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 8 11.8 39 3 7.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.087557604 1.087557604 1 0.616617234 0.616617234 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.21E-09 1 0.000998458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127821684 G C SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 41 0 0 58 4 6.9 33 9 27.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6359447 0.6359447 1 2.186188377 1.093094188 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000213772 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 130072823 G A GARNL3 CCDS6869.2 r.? - - intronic 32 0 0 72 5 6.9 41 4 9.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6359447 0.6359447 1 0.784785571 0.784785571 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000331 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 130340526 G T FAM129B CCDS35144.1 r.? - - intronic 20 0 0 63 8 12.7 35 4 11.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.170506912 1.170506912 1 0.912913828 0.912913828 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1.18E-09 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 132534967 T C - - - - - - 35 0 0 69 6 8.7 43 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801843318 0.801843318 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 132835629 G C GPR107 CCDS48041.1 r.? - - intronic 36 0 0 77 7 9.1 37 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000138 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 133852330 C G - - - - - - 31 0 0 73 18 24.7 44 12 27.3 38 14 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.276497696 2.276497696 1 2.186188377 1.093094188 2 2.269808786 1.134904393 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.62E-25 1 4.44E-18 1 5.28E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 134899742 C T MED27 CCDS6945.1 r.? - - intronic 32 0 0 72 7 9.7 35 0 0 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.894009217 0.894009217 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 135240884 C T - - - - - - 32 0 0 67 11 16.4 40 15 37.5 45 22 48.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511520737 1.511520737 1 3.003006012 1.001002004 3 3.016131783 1.508065891 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.85E-14 1 1.09E-24 1 8.79E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 135617719 C G C9orf98 CCDS6954.1 r.? - - intronic 38 0 0 70 5 7.1 54 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65437788 0.65437788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 137026831 G C WDR5 CCDS6981.1 r.? - - downstream 7 0 0 50 5 10 28 8 28.6 23 12 52.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 2.290292585 1.145146293 2 3.219674419 1.609837209 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000549 1 1.11E-12 1 3.14E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 137930856 C A - - - - - - 17 0 0 72 7 9.7 37 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.894009217 0.894009217 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 138603060 C T KCNT1 CCDS35175.1 r.? - - intronic 4 0 0 71 6 8.5 34 6 17.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 1.409410822 1.409410822 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000169 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 138872039 C A - - - - - - 4 0 0 53 4 7.5 55 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 140749402 T C - - - - - - 26 0 0 56 6 10.7 46 2 4.3 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.986175115 0.986175115 1 0.344344689 0.344344689 1 0.18503876 0.18503876 1 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000409 1 0.022369545 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 2993994 C G ARSF CCDS14123.1 r.? - - intronic 31 0 0 63 7 11.1 45 0 0 37 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 3107118 G C - - - - - - 32 0 0 65 22 33.8 26 9 34.6 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.791207373 1.895603687 2 2.078773547 1.039386774 2 0.537596899 0.537596899 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.36E-34 1 5.65E-15 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 3987418 G A - - - - - - 21 0 0 69 5 7.2 42 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.80759447 0.80759447 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4673698 G A - - - - - - 41 0 0 59 5 8.5 34 7 20.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.237651303 1.237651303 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4959609 A G - - - - - - 48 0 0 65 6 9.2 33 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031926267 1.031926267 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4995797 A T - - - - - - 35 0 0 67 6 9 43 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.009493088 1.009493088 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5238588 T G - - - - - - 37 0 0 56 4 7.1 38 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5523896 G A - - - - - - 49 0 0 75 9 12 43 9 20.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.345990783 1.345990783 1 1.255675351 1.255675351 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.82E-10 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5896737 G T NLGN4X CCDS14126.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 7 11.7 44 7 15.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.312341014 1.312341014 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.39E-08 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5946002 C T NLGN4X CCDS14126.1 r.? - - intronic 32 0 0 64 5 7.8 34 5 14.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 0.883178357 0.883178357 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000186 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 6738808 G A - - - - - - 26 0 0 66 16 24.2 32 9 28.1 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.714414747 1.357207373 2 1.688252505 1.688252505 1 1.992692506 0.996346253 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-22 1 4.94E-14 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 7052985 G A HDHD1A CCDS48075.1 r.? - - intronic 30 0 0 60 9 15 37 16 43.2 41 18 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682488479 1.682488479 1 2.595462926 1.297731463 2 3.14673385 1.573366925 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.29E-11 1 1.78E-27 1 6.91E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 7696114 C A - - - - - - 37 0 0 63 5 7.9 51 3 5.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0.354472946 0.354472946 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000173 1 0.002175924 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 8970964 T G - - - - - - 50 0 0 65 4 6.2 37 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000331785 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 9796874 G A SHROOM2 CCDS14135.1 r.? - - intronic 50 0 0 55 9 16.4 39 11 28.2 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.839520737 0.919760369 2 1.694260521 0.847130261 2 1.942516796 0.971258398 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 7.2E-17 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 9864761 C A SHROOM2 CCDS14135.1 r.? - - intronic 16 0 0 72 10 13.9 31 1 3.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559105991 1.559105991 1 0.192256513 0.192256513 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.95E-12 1 0.143917729 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 10474040 C T MID1 CCDS14138.1 r.? - - intronic 39 0 0 68 6 8.8 31 3 9.7 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 0.582777555 0.582777555 1 1.003514212 1.003514212 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000131 1 0.000505952 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 10495351 C T MID1 CCDS14138.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 10 16.1 40 6 15 39 19 48.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.805870968 0.902935484 2 0.901202405 0.901202405 1 3.490795866 1.745397933 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.29E-13 1 5.18E-08 1 1.2E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 10597852 G C MID1 CCDS14138.1 r.? - - intronic 45 0 0 59 7 11.9 40 17 42.5 55 22 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334774194 1.334774194 1 2.553406814 1.276703407 2 2.867183463 1.433591731 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.12E-08 1 6.07E-29 1 2.65E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 11139100 C T HCCS CCDS14139.1 r.797c>u c.595C>T p.R199C missense 39 0 0 75 14 18.7 34 12 35.3 40 11 27.5 259 0 0 174 15 8.6 247 91 36.8 269 69 25.7 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.097502304 1.048751152 2 2.120829659 1.06041483 2 1.97118863 0.985594315 2 1 2.2109499 1.10547495 2 1.842165375 0.921082687 2 6 5 1 1 2.57E-18 2.41E-14 1.21E-19 3.86E-141 9.88E-17 1.15E-94 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 11820748 C T - - - - - - 49 0 0 61 11 18 34 12 35.3 56 17 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.018986175 1.009493088 2 2.120829659 1.06041483 2 2.179059432 1.089529716 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.62E-14 1 1.21E-19 1 6.22E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12077772 G A - - - - - - 39 0 0 80 11 13.8 46 9 19.6 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 1.177571142 1.177571142 1 2.229235142 1.114617571 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.73E-13 1 1.82E-12 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12381267 C G FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 11 16.2 42 15 35.7 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.817087558 0.908543779 2 2.144861723 1.072430862 2 1.892341085 0.946170543 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.76E-14 1 2.65E-24 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12472220 T G FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 55 0 0 59 9 15.3 52 9 17.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.716138249 1.716138249 1 1.039386774 1.039386774 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.96E-11 1 5.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12531838 T G FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 46 0 0 62 16 25.8 44 19 43.2 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.893880184 1.446940092 2 2.595462926 1.297731463 2 1.97118863 0.985594315 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.36E-23 1 2.39E-32 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12805485 G C PRPS2 CCDS14150.1 r.? - - upstream 35 0 0 62 7 11.3 37 9 24.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 1.459947896 1.459947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.02E-08 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 13481303 G A - - - - - - 53 0 0 92 9 9.8 48 12 25 60 24 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099225806 1.099225806 1 1.502004008 1.502004008 1 2.867183463 1.433591731 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.17E-09 1 1.44E-17 1 1.81E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 14217681 C T - - - - - - 34 0 0 60 6 10 23 5 21.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000621 1 9.75E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 15001213 C A - - - - - - 37 0 0 59 18 30.5 31 6 19.4 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.421059908 1.710529954 2 1.16555511 1.16555511 1 2.66648062 1.33324031 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.03E-27 1 1.03E-08 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 15004674 A C - - - - - - 52 0 0 66 4 6.1 44 4 9.1 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684211982 0.684211982 1 0.546729459 0.546729459 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000351793 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 16453901 A C - - - - - - 41 0 0 66 5 7.6 33 7 21.2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852460829 0.852460829 1 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000217 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 16959403 C G - - - - - - 38 0 0 62 13 21 47 15 31.9 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.355483871 1.177741935 2 1.916557114 0.958278557 2 2.021364341 1.010682171 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.08E-18 1 1.97E-23 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 17444847 A T NHS CCDS14181.1 r.? - - intronic 31 0 0 74 10 13.5 33 14 42.4 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.514239631 1.514239631 1 2.547398798 1.273699399 2 2.437105943 1.218552972 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.24E-12 1 4.57E-24 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 17921026 C A - - - - - - 36 0 0 64 8 12.5 44 6 13.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.402073733 1.402073733 1 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.35E-09 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 18001926 G A - - - - - - 37 0 0 63 8 12.7 33 12 36.4 49 19 38.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.424506912 1.424506912 1 2.186917836 1.093458918 2 2.781167959 1.390583979 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.18E-09 1 7.86E-20 1 3.12E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 18839068 G A PPEF1 CCDS14188.1 r.? - - intronic 8 0 0 58 9 15.5 31 10 32.3 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.738571429 1.738571429 1 1.940589178 0.970294589 2 1.54827907 1.54827907 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.67E-11 1 3.94E-16 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 18882622 T A - - - - - - 24 0 0 62 12 19.4 40 15 37.5 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.253006012 1.126503006 2 1.354744186 1.354744186 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.19E-16 1 1.09E-24 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 19460208 G A MAP3K15 CCDS35212.1 r.? - - intronic 43 0 0 71 8 11.3 24 5 20.8 50 16 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.267474654 1.267474654 1 1.249667335 1.249667335 1 2.29374677 1.146873385 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.14E-09 1 0.000000123 1 6.4E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 19683205 A T SH3KBP1 CCDS14193.1 r.? - - intronic 45 0 0 81 6 7.4 38 7 18.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.83002765 0.83002765 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000368 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 21793237 G C - - - - - - 52 0 0 71 10 14.1 43 3 7 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.581539171 1.581539171 1 0.420561122 0.420561122 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.42E-12 1 0.001328364 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 21861809 G C MBTPS2 CCDS14201.1 r.? - - intronic 28 0 0 66 7 10.6 47 8 17 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.188958525 1.188958525 1 1.021362725 1.021362725 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000047 1 1.03E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 22292455 G A ZNF645 CCDS14205.1 r.1391g>a c.? p.? 3'UTR variant 42 0 0 78 20 25.6 49 17 34.7 52 15 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.871447005 1.435723502 2 2.084781563 1.042390782 2 2.064372093 1.032186047 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.43E-28 1 4.26E-27 1 1.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 22827049 A T - - - - - - 43 0 0 63 11 17.5 49 7 14.3 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.962903226 0.981451613 2 0.859146293 0.859146293 1 2.66648062 1.33324031 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.37E-14 1 5.58E-09 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 22832112 T C - - - - - - 47 0 0 72 11 15.3 43 13 30.2 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.716138249 0.858069124 2 1.814420842 0.907210421 2 2.093043928 1.046521964 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.12E-13 1 3.88E-20 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 23373217 C T PTCHD1 CCDS35215.2 r.? - - intronic 13 0 0 47 12 25.5 37 7 18.9 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.860230415 1.430115207 2 1.13551503 1.13551503 1 2.66648062 1.33324031 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.09E-17 1 7.05E-10 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 23587678 C G - - - - - - 43 0 0 63 15 23.8 45 16 35.6 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.669548387 1.334774194 2 2.138853707 1.069426854 2 1.455095607 1.455095607 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.97E-21 1 8.61E-26 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 23887674 C T APOO CCDS14208.1 r.? - - intronic 28 0 0 58 8 13.8 34 11 32.4 26 11 42.3 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547889401 1.547889401 1 1.946597194 0.973298597 2 3.032046512 1.516023256 2 1 6.008016032 6.008016032 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.99E-10 1 1.26E-17 0.005 3.52E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 24312815 C T - - - - - - 34 0 0 77 16 20.8 32 8 25 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.333050691 1.166525346 2 1.502004008 1.502004008 1 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.56E-21 1 3.69E-12 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 25914217 G A - - - - - - 30 0 0 59 14 23.7 20 11 55 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.658331797 1.329165899 2 3.304408818 1.652204409 2 2.623472868 1.311736434 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.58E-20 1 7.87E-21 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 26036365 A T - - - - - - 49 0 0 60 5 8.3 34 8 23.5 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 1.411883768 1.411883768 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000136 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 27256900 T C - - - - - - 49 0 0 71 13 18.3 35 13 37.1 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.052635945 1.026317972 2 2.228973948 1.114486974 2 1.54827907 1.54827907 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.42E-17 1 1.63E-21 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 27666491 T G - - - - - - 24 0 0 54 10 18.5 36 20 55.6 47 17 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 3.340456914 1.670228457 2 2.594801034 1.297400517 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.91E-13 1 6.46E-37 1 1.81E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 27700389 A G - - - - - - 29 0 0 67 12 17.9 46 13 28.3 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.007769585 1.003884793 2 1.700268537 0.850134269 2 2.13605168 1.06802584 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.14E-15 1 1.07E-19 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28293497 G A - - - - - - 45 0 0 67 16 23.9 48 15 31.2 42 13 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.680764977 1.340382488 2 1.874501002 0.937250501 2 2.222067183 1.111033592 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.35E-22 1 2.86E-23 1 2.72E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28446824 T A - - - - - - 51 0 0 70 5 7.1 34 6 17.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000289 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29098081 G C IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 8 14 34 8 23.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.570322581 1.570322581 1 1.411883768 1.411883768 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 5.19E-10 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 30030846 G T - - - - - - 45 0 0 67 7 10.4 41 10 24.4 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.166525346 1.166525346 1 1.465955912 1.465955912 1 0.164863049 0.164863049 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.23E-08 1 9.51E-15 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 30512839 C T - - - - - - 50 0 0 67 10 14.9 32 7 21.9 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.671271889 1.671271889 1 1.315755511 1.315755511 1 2.0285323 1.01426615 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.87E-12 1 2.36E-10 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 30656398 G A - - - - - - 37 0 0 62 8 12.9 41 5 12.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.446940092 1.446940092 1 0.732977956 0.732977956 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.04E-09 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31520735 T G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 47 0 0 59 12 20.3 43 18 41.9 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.276967742 1.138483871 2 2.517358717 1.258679359 2 1.65579845 0.827899225 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.2E-16 1 2.06E-30 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32084530 A G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 34 0 0 66 18 27.3 41 14 34.1 42 15 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.062129032 1.531064516 2 2.048733467 1.024366733 2 2.55896124 1.27948062 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.08E-26 1 1.9E-22 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32639872 T C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 35 0 0 67 7 10.4 49 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.166525346 1.166525346 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32660614 G T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 33 0 0 67 9 13.4 34 7 20.6 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.503023041 1.503023041 1 1.237651303 1.237651303 1 1.526775194 1.526775194 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.43E-11 1 3.73E-10 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32710611 G C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 14 25.5 38 13 34.2 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.860230415 1.430115207 2 2.054741483 1.027370741 2 1.827829457 0.913914729 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.19E-20 1 5.88E-21 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32848026 C G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 47 0 0 67 13 19.4 42 17 40.5 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.433246493 1.216623246 2 2.193395349 1.096697674 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.41E-17 1 1.73E-28 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32950246 C T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 53 0 0 58 9 15.5 42 6 14.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.738571429 1.738571429 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.67E-11 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33090838 A G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 35 0 0 72 16 22.2 35 14 40 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.490082949 1.245041475 2 2.403206413 1.201603206 2 0.946170543 0.946170543 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.82E-22 1 1.28E-23 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33256808 G C DMD ENST00000288447 r.? - - intronic 39 0 0 65 5 7.7 35 9 25.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.863677419 0.863677419 1 1.54406012 1.54406012 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000201 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33615563 T C - - - - - - 44 0 0 76 7 9.2 49 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031926267 1.031926267 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.000000126 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33838667 G C - - - - - - 32 0 0 79 8 10.1 29 8 27.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132875576 1.132875576 1 1.658212425 1.658212425 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 7.43E-09 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33995554 T C - - - - - - 46 0 0 58 17 29.3 36 12 33.3 39 17 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.286460829 1.643230415 2 2.000669339 1.000334669 2 3.125229974 1.562614987 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.24E-25 1 2.73E-19 1 3.51E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33999470 A T - - - - - - 41 0 0 73 6 8.2 35 8 22.9 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 1.375835671 1.375835671 1 1.720310078 0.860155039 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000002 1 8.15E-12 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 34083920 G T - - - - - - 55 0 0 63 5 7.9 37 6 16.2 50 3 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.886110599 0.886110599 1 0.973298597 0.973298597 1 0.430077519 0.430077519 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000173 1 3.18E-08 1 0.002055544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 35180979 G T - - - - - - 45 0 0 59 4 6.8 30 2 6.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0.402537074 0.402537074 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 0.009909649 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 35348456 A G - - - - - - 34 0 0 71 7 9.9 40 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.110442396 1.110442396 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 7.85E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 36065740 C T CXorf59 CCDS14238.1 r.? - - intronic 51 0 0 74 5 6.8 42 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000378 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 36185841 G C - - - - - - 44 0 0 68 9 13.2 32 10 31.2 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.480589862 1.480589862 1 1.874501002 0.937250501 2 3.239917313 1.619958656 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.38E-11 1 5.7E-16 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 37722020 A T ENSG00000250349 ENST00000465127 r.? - - intronic 31 0 0 62 9 14.5 38 11 28.9 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62640553 1.62640553 1 1.736316633 0.868158317 2 1.870837209 0.935418605 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.12E-11 1 5.19E-17 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 37864851 G A SYTL5 CCDS14244.1 r.? - - upstream 30 0 0 65 8 12.3 37 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379640553 1.379640553 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 1.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 38790421 G C - - - - - - 43 0 0 51 8 15.7 42 7 16.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.761004608 1.761004608 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.05E-10 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 39198224 C T - - - - - - 47 0 0 67 11 16.4 33 12 36.4 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.839520737 0.919760369 2 2.186917836 1.093458918 2 2.286578811 1.143289406 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.85E-14 1 7.86E-20 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 39840919 A T - - - - - - 21 0 0 62 11 17.7 36 15 41.7 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.985336406 0.992668203 2 2.505342685 1.252671343 2 2.286578811 1.143289406 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.96E-14 1 1.54E-25 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 40093148 A C - - - - - - 17 0 0 34 12 35.3 25 7 28 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.959456221 1.979728111 2 1.682244489 1.682244489 1 2.386930233 1.193465116 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.21E-19 1 3.47E-11 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 40298353 G T - - - - - - 37 0 0 86 11 12.8 44 16 36.4 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.435723502 1.435723502 1 2.186917836 1.093458918 2 1.684470284 1.684470284 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.47E-13 1 5.57E-26 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 41742893 C G CASK CCDS48095.1 r.? - - intronic 44 0 0 75 6 8 36 5 13.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.897327189 0.897327189 1 0.835114228 0.835114228 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000234 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 42009860 G A - - - - - - 26 0 0 55 9 16.4 38 18 47.4 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.839520737 0.919760369 2 2.847799599 1.4238998 2 2.50878553 1.254392765 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.01E-11 1 1.16E-31 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43430533 T C - - - - - - 41 0 0 80 13 16.2 47 23 48.9 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.817087558 0.908543779 2 2.93791984 1.46895992 2 1.670134367 1.670134367 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.82E-16 1 1.71E-40 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43551874 A C MAOA CCDS14260.1 r.? - - intronic 47 0 0 69 6 8.7 31 8 25.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.975843318 0.975843318 1 1.550068136 1.550068136 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000143 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43712797 A C MAOB CCDS14261.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 12 17.6 57 20 35.1 39 15 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.974119816 0.987059908 2 2.108813627 1.054406814 2 2.759664083 1.379832041 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.37E-15 1 9.67E-32 1 6.85E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43819763 C T NDP CCDS14262.1 r.? - - intronic 41 0 0 63 12 19 51 19 37.3 38 15 39.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131152074 1.065576037 2 2.24098998 1.12049499 2 2.831343669 1.415671835 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.15E-16 1 7.94E-31 1 4.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 44024164 A G EFHC2 ENST00000415199 r.? - - intronic 37 0 0 55 13 23.6 29 12 41.4 55 19 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.647115207 1.323557604 2 2.487318637 1.243659319 2 2.472945736 1.236472868 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-18 1 1.17E-20 1 4.51E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 44347077 G A - - - - - - 23 0 0 44 10 22.7 32 9 28.1 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.546165899 1.273082949 2 1.688252505 1.688252505 1 1.720310078 1.720310078 1 1 6.008016032 3.004008016 2 NA NA 1 6 NA 1 1 2.08E-14 1 4.94E-14 0.000025 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 45060974 C T CXorf36 CCDS48096.1 r.? - - upstream 34 0 0 85 6 7.1 33 7 21.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000487 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 45921708 A T - - - - - - 45 0 0 69 7 10.1 47 0 0 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132875576 1.132875576 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 6.43E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 46838404 C A PHF16 CCDS14271.1 r.? - - intronic 43 0 0 78 17 21.8 48 15 31.2 54 22 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.44521659 1.222608295 2 1.874501002 0.937250501 2 2.917359173 1.458679587 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.59E-23 1 2.86E-23 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47222004 G A - - - - - - 10 0 0 54 8 14.8 36 12 33.3 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 2.000669339 1.000334669 2 1.641462532 1.641462532 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.31E-10 1 2.73E-19 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47575735 C A - - - - - - 35 0 0 63 7 11.1 39 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.38E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47935524 A T ZNF630 ENST00000276054 r.? - - upstream 45 0 0 66 21 31.8 37 7 18.9 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.566875576 1.783437788 2 1.13551503 1.13551503 1 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.42E-32 1 7.05E-10 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 49066866 G C CACNA1F CCDS35253.1 r.4581-3c>g c.4519-3C>G p.? splice region 7 0 0 43 10 23.3 40 15 37.5 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.613465438 1.306732719 2 2.253006012 1.126503006 2 1.139705426 1.139705426 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.61E-14 1 1.09E-24 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 49066906 G A CACNA1F CCDS35253.1 r.? - - intronic 11 0 0 47 10 21.3 29 6 20.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.389133641 1.19456682 2 1.243659319 1.243659319 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 4.27E-14 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 49072185 C T CACNA1F CCDS35253.1 r.? - - intronic 25 0 0 50 9 18 27 11 40.7 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.018986175 1.009493088 2 2.445262525 1.222631263 2 2.014196382 1.007098191 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.07E-12 1 5.92E-19 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 49562026 A G - - - - - - 50 0 0 84 11 13.1 50 15 30 44 18 40.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.469373272 1.469373272 1 1.80240481 0.901202405 2 2.93169509 1.465847545 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.49E-13 1 5.83E-23 1 3.47E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50110444 G A - - - - - - 51 0 0 65 10 15.4 47 15 31.9 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.727354839 1.727354839 1 1.916557114 0.958278557 2 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.36E-12 1 1.97E-23 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50191451 C G - - - - - - 40 0 0 65 12 18.5 41 12 29.3 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.075069124 1.037534562 2 1.760348697 0.880174349 2 1.827829457 0.913914729 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.7E-16 1 1.69E-18 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50384261 A C SHROOM4 CCDS35277.1 r.? - - intronic 46 0 0 63 16 25.4 34 9 26.5 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.849013825 1.424506912 2 1.592124248 1.592124248 1 1.791989664 1.791989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.48E-23 1 9.15E-14 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50741481 G A - - - - - - 36 0 0 69 9 13 41 16 39 48 22 45.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.458156682 1.458156682 1 2.343126253 1.171563126 2 3.282925065 1.641462532 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.45E-11 1 1.4E-26 1 5.76E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 51145469 C T CXorf67 ENST00000342995 r.? - - upstream 39 0 0 62 19 30.6 43 15 34.9 43 14 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.432276498 1.716138249 2 2.096797595 1.048398798 2 2.336754522 1.168377261 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.66E-29 1 4.05E-24 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 51919624 C A - - - - - - 32 0 0 53 7 13.2 28 8 28.6 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.480589862 1.480589862 1 1.718292585 1.718292585 1 0.831483204 0.831483204 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 9.85E-09 1 1.11E-12 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 52066269 T G - - - - - - 53 0 0 72 8 11.1 45 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 3.52E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 52683239 C T SSX7 CCDS14343.1 r.? - - intronic 19 0 0 43 5 11.6 32 5 15.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.301124424 1.301124424 1 0.937250501 0.937250501 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000257 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 53714272 T C HUWE1 CCDS35301.1 r.? - - upstream 30 0 0 57 6 10.5 39 9 23.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.177741935 1.177741935 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000456 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 53846377 T A - - - - - - 27 0 0 50 8 16 38 7 18.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.794654378 1.794654378 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.74E-10 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55311415 A G - - - - - - 53 0 0 68 6 8.8 51 13 25.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987059908 0.987059908 1 1.532044088 1.532044088 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000131 1 4.87E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55415226 G A - - - - - - 43 0 0 64 11 17.2 41 8 19.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.929253456 0.964626728 2 1.171563126 1.171563126 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 2.85E-14 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55669690 T G - - - - - - 47 0 0 72 7 9.7 42 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.088009217 1.088009217 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 8.66E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 56119805 A C - - - - - - 46 0 0 66 10 15.2 35 10 28.6 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704921659 1.704921659 1 1.718292585 0.859146293 2 2.0285323 1.01426615 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.6E-12 1 1.6E-15 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 56499194 G C - - - - - - 45 0 0 57 11 19.3 47 16 34 56 17 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164801843 1.082400922 2 2.042725451 1.021362725 2 2.179059432 1.089529716 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.29E-15 1 1.98E-25 1 6.22E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 57534207 C T - - - - - - 40 0 0 57 6 10.5 25 4 16 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.177741935 1.177741935 1 0.961282565 0.961282565 1 0.946170543 0.946170543 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 0.00000727 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 57990366 T G - - - - - - 42 0 0 65 11 16.9 47 13 27.7 36 16 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.895603687 0.947801843 2 1.664220441 0.83211022 2 3.182573643 1.591286822 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.41E-14 1 1.47E-19 1 1.01E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 62490065 G C - - - - - - 32 0 0 51 4 7.8 30 7 23.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000129466 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 62491679 A G - - - - - - 42 0 0 65 8 12.3 39 4 10.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379640553 1.379640553 1 0.618825651 0.618825651 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1.53E-09 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 62643323 T C - - - - - - 44 0 0 77 21 27.3 52 19 36.5 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.062129032 1.531064516 2 2.192925852 1.096462926 2 2.723824289 1.361912145 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.46E-30 1 1.24E-30 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63109945 A T - - - - - - 41 0 0 65 8 12.3 26 10 38.5 52 19 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.379640553 1.379640553 1 2.313086172 1.156543086 2 2.341671119 1.041863924 2.247578656 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.53E-09 1 4.82E-17 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63110304 A C - - - - - - 33 0 0 55 6 10.9 44 10 22.7 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.222608295 1.222608295 1 1.363819639 1.363819639 1 1.308769612 1.308769612 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000367 1 2.08E-14 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63365485 C A - - - - - - 44 0 0 77 14 18.2 44 20 45.5 45 18 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 2.041419355 1.020709677 2 2.733647295 1.366823647 2 2.566214925 1.141768684 2.247578656 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.82E-18 1 1.5E-34 1 5.76E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63488899 G T MTMR8 CCDS14379.1 r.1701c>a c.1633C>A p.P545T missense 45 0 0 76 10 13.2 42 3 7.1 30 0 0 192 0 0 138 12 8.7 203 32 15.8 167 0 0 FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.480589862 1.480589862 1 0.426569138 0.426569138 1 0 NA 0 1 0.949266533 0.949266533 1 0 NA 0 NA NA 1 1 6.9E-12 8.31E-12 0.001240292 2.02E-37 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 63554617 T G MTMR8 CCDS14379.1 r.? - - intronic 42 0 0 70 4 5.7 31 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0.639345622 0.639345622 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63762253 T C - - - - - - 44 0 0 55 5 9.1 38 4 10.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.020709677 1.020709677 1 0.630841683 0.630841683 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 64208534 T G ZC4H2 ENST00000337990 r.? - - intronic 37 0 0 72 14 19.4 44 17 38.6 39 14 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 2.176018433 1.088009217 2 2.319094188 1.159547094 2 2.303177895 1.024737394 2.247578656 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.39E-18 1 4.61E-28 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65741259 T C - - - - - - 27 0 0 65 9 13.8 34 11 32.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.547889401 1.547889401 1 1.946597194 0.973298597 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.85E-11 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65857239 A G EDA2R CCDS14386.1 r.? - - intronic 39 0 0 68 6 8.8 41 7 17.1 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0.987059908 0.987059908 1 1.027370741 1.027370741 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000131 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65954554 T C - - - - - - 40 0 0 65 11 16.9 38 18 47.4 49 19 38.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.895603687 0.947801843 2 2.847799599 1.4238998 2 2.489228477 1.107515624 2.247578656 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.41E-14 1 1.16E-31 1 3.12E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65955436 A G - - - - - - 47 0 0 70 8 11.4 40 7 17.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.278691244 1.278691244 1 1.051402806 1.051402806 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.8E-09 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67137397 G C - - - - - - 53 0 0 71 16 22.5 43 14 32.6 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 2.523732719 1.261866359 2 1.958613226 0.979306613 2 1.873336895 1.873336895 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.77E-22 1 4.18E-22 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67197399 G T - - - - - - 42 0 0 72 9 12.5 46 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.402073733 1.402073733 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.25E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67324128 A T OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 36 0 0 71 7 9.9 45 12 26.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 1.110442396 1.110442396 1 1.604140281 1.604140281 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.85E-08 1 6.03E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67505829 A T OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 40 0 0 75 4 5.3 49 17 34.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.594479263 0.594479263 1 2.084781563 1.042390782 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000572493 1 4.26E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 68852030 C G EDA CCDS14394.1 r.? - - intronic 31 0 0 75 6 8 40 7 17.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.897327189 0.897327189 1 1.051402806 1.051402806 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000234 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 68985984 C G EDA CCDS14394.1 r.? - - intronic 39 0 0 68 4 5.9 40 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.661778802 0.661778802 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000394372 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 69611635 A C KIF4A CCDS14401.1 r.? - - intronic 32 0 0 77 5 6.5 41 0 0 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.729078341 0.729078341 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000458 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 69830076 G A TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 11 0 0 18 5 27.8 7 0 0 8 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 3.118211982 1.559105991 2 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.54E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 70009927 A G TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 34 0 0 74 6 8.1 43 10 23.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.908543779 0.908543779 1 1.399867735 1.399867735 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000216 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 70451733 C T - - - - - - 33 0 0 77 8 10.4 38 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.166525346 1.166525346 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.05E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 71455811 A T ERCC6L CCDS35329.1 r.? - - intronic 32 0 0 75 13 17.3 51 18 35.3 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.940470046 0.970235023 2 2.120829659 1.06041483 2 0.715534323 0.715534323 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.16E-16 1 9.1E-29 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 72138922 C T - - - - - - 42 0 0 56 16 28.6 38 9 23.7 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 3.2079447 1.60397235 2 1.4238998 1.4238998 1 0.473436244 0.473436244 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.26E-24 1 2.79E-13 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 72533033 T G - - - - - - 27 0 0 41 6 14.6 29 8 27.6 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.63762212 1.63762212 1 1.658212425 1.658212425 1 1.48486822 1.48486822 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.05E-08 1 1.53E-12 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 72973739 A T - - - - - - 50 0 0 54 7 13 43 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.458156682 1.458156682 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74248833 G C - - - - - - 43 0 0 52 7 13.5 41 12 29.3 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.514239631 1.514239631 1 1.760348697 0.880174349 2 0.96301236 0.96301236 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.58E-09 1 1.69E-18 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 75344129 G A - - - - - - 31 0 0 69 6 8.7 31 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.975843318 0.975843318 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000143 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 75410355 G C - - - - - - 41 0 0 52 5 9.6 35 13 37.1 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.076792627 1.076792627 1 2.228973948 1.114486974 2 1.275049885 1.275049885 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000668 1 1.63E-21 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 75874468 A C - - - - - - 42 0 0 68 6 8.8 33 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.987059908 0.987059908 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76091521 C T - - - - - - 44 0 0 53 5 9.4 38 9 23.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.054359447 1.054359447 1 1.4238998 1.4238998 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76237509 C G - - - - - - 39 0 0 67 6 9 29 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.009493088 1.009493088 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76836883 T G ATRX CCDS14434.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 4 6.9 38 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.7739447 0.7739447 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000213772 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77162528 A C COX7B CCDS14437.1 r.2129a>c c.? p.? 3'UTR variant 48 0 0 60 5 8.3 37 11 29.7 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.930976959 0.930976959 1 1.784380762 0.892190381 2 1.167450738 1.167450738 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000136 1 3.7E-17 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77508965 A C - - - - - - 45 0 0 67 10 14.9 34 6 17.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.671271889 1.671271889 1 1.057410822 1.057410822 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.87E-12 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77772590 G A - - - - - - 49 0 0 57 7 12.3 37 17 45.9 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.379640553 1.379640553 1 2.757679359 1.378839679 2 0.925352659 0.925352659 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.66E-08 1 1.1E-29 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77886991 C A - - - - - - 37 0 0 60 13 21.7 38 13 34.2 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 2.434 1.217 2 2.054741483 1.027370741 2 0.850033256 0.850033256 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.07E-18 1 5.88E-21 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 78308275 G A - - - - - - 50 0 0 58 6 10.3 42 10 23.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.155308756 1.155308756 1 1.429907816 1.429907816 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000506 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 78631498 C T - - - - - - 47 0 0 62 6 9.7 36 10 27.8 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 1.088009217 1.088009217 1 1.670228457 1.670228457 1 1.301949671 1.301949671 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000756 1 2.21E-15 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 78752888 T A - - - - - - 50 0 0 52 5 9.6 43 9 20.9 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 4 2.211998663 1 2 1 1 2 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.946113722 0.946113722 1 1.255675351 1.255675351 1 1.34498933 1.34498933 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000668 1 9.45E-13 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79275024 G T TBX22 CCDS43975.1 r.? - - intronic 42 0 0 54 18 33.3 35 18 51.4 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 3.281831972 2.002629523 1.638761406 2.442129783 1.400938995 1.743209227 0.753194025 0.753194025 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.12E-28 1 1.6E-32 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79966412 G A BRWD3 CCDS14447.1 r.? - - intronic 48 0 0 61 5 8.2 26 6 23.1 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.808138804 0.808138804 1 1.097533035 1.097533035 1 0.156018762 0.156018762 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000147 1 3.3E-09 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 80804479 T A - - - - - - 43 0 0 50 6 12 25 3 12 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.182642152 1.182642152 1 0.570147031 0.570147031 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000206 1 0.00026475 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 81790327 A C - - - - - - 34 0 0 60 7 11.7 26 4 15.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.153076098 1.153076098 1 0.73168869 0.73168869 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 2.39E-08 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 82270137 G T - - - - - - 34 0 0 53 8 15.1 28 9 32.1 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.488158041 1.488158041 1 1.525143308 1.525143308 1 1.721586342 1.721586342 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.83E-10 1 1.24E-14 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 83264916 G A - - - - - - 35 0 0 42 7 16.7 36 7 19.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.645843662 1.645843662 1 0.9217377 0.9217377 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.81E-09 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 84286779 G A APOOL CCDS48138.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 8 12.5 36 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.231918908 1.231918908 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.35E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 84988212 G T - - - - - - 36 0 0 60 8 13.3 36 20 55.6 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.310761719 1.310761719 1 2.641681244 1.51541261 1.743209227 1.291189757 1.291189757 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.93E-10 1 6.46E-37 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85069115 C T - - - - - - 40 0 0 60 6 10 33 8 24.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.985535127 0.985535127 1 1.149796513 1.149796513 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000621 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85957380 C G DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 44 0 0 47 9 19.1 31 12 38.7 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.882372092 1.148655372 1.638761406 1.838724175 1.05479259 1.743209227 0.618695092 0.618695092 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.24E-12 1 3.16E-20 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 86036789 G T DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 8 13.3 43 9 20.9 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.310761719 1.310761719 1 0.993006079 0.993006079 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 7.93E-10 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 86598651 G C - - - - - - 33 0 0 51 5 9.8 29 3 10.3 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.965824424 0.965824424 1 0.448810871 0.448810871 1 1.011431976 1.011431976 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000606 1 0.000414371 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 86935649 G T - - - - - - 39 1 2.6 67 7 10.4 35 7 20 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.024956532 1.024956532 1 0.871477419 0.871477419 1 2.119703184 1.748931949 1.211998663 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 0.177567718 1 5.23E-08 1 4.65E-10 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87347477 G C - - - - - - 47 0 0 54 10 18.5 35 2 5.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.823239985 1.112571957 1.638761406 0.248371064 0.710909089 0.349371064 0.634834964 0.634834964 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.91E-13 1 0.013332991 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87640157 C G - - - - - - 49 0 0 52 12 23.1 38 15 39.5 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 2.276586143 1.389211471 1.638761406 1.721167903 1.275533431 1.349371064 1.275049885 1.275049885 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.19E-17 1 4.24E-25 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87898582 T G - - - - - - 46 0 0 74 10 13.5 28 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.330472421 1.330472421 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 5.24E-12 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 88390807 T G - - - - - - 43 0 0 63 9 14.3 34 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.409315231 1.409315231 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 3.62E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 88890091 A T - - - - - - 37 0 0 63 13 20.6 23 8 34.8 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 2.030202361 1.238863909 1.638761406 1.516370709 1.516370709 1 0.817753513 0.817753513 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.01E-17 1 1.79E-13 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 88929578 G A - - - - - - 35 0 0 52 9 17.3 28 9 32.1 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.704975769 1.704975769 1 1.398721258 1.398721258 1 1.447208519 1.447208519 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.92E-12 1 1.24E-14 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 89700727 C T - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 33 9 27.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.123510045 1.123510045 1 1.189566677 1.189566677 1 1.42568869 1.42568869 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000288 1 6.76E-14 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 89811173 G C - - - - - - 40 0 0 64 6 9.4 34 13 38.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.926403019 0.926403019 1 1.664521871 1.23355385 1.349371064 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000914 1 1.03E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 89954012 G T - - - - - - 33 0 0 68 7 10.3 22 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.015101181 1.015101181 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000058 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 90383571 A C - - - - - - 38 0 0 55 6 10.9 22 8 36.4 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.074233288 1.074233288 1 1.586088903 1.586088903 1 1.119031122 1.119031122 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000367 1 1.17E-13 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 90686639 A G PABPC5 CCDS14460.1 r.? - - upstream 40 0 0 54 10 18.5 39 8 20.5 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.823239985 1.112571957 1.638761406 0.893264355 0.893264355 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.91E-13 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 91416573 C T PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 6 13.6 28 5 17.9 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.340327772 1.340327772 1 0.77997229 0.77997229 1 1.34498933 1.34498933 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.37E-08 1 0.000000279 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 91590685 C T PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 50 0 0 66 7 10.6 25 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.044667234 1.044667234 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000047 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 91814741 C G PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 24 0 0 57 7 12.3 27 6 22.2 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.212208206 1.212208206 1 0.967339935 0.967339935 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.66E-08 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92316049 G T - - - - - - 27 0 0 56 5 8.9 29 0 0 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.877126263 0.877126263 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92316050 A G - - - - - - 28 0 0 57 6 10.5 27 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.034811883 1.034811883 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000000456 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92637317 A G - - - - - - 34 0 0 62 13 21 35 14 40 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 2.069623766 1.262919519 1.638761406 1.742954838 1.291679424 1.349371064 0.860793171 0.860793171 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.08E-18 1 1.28E-23 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92698684 T C - - - - - - 54 0 0 59 5 8.5 24 3 12.5 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.837704858 0.837704858 1 0.544673387 0.544673387 1 1.506388049 1.506388049 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000125 1 0.000233853 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 93332028 A G - - - - - - 22 0 0 54 7 13 34 9 26.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.281195665 1.281195665 1 1.15470758 1.15470758 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.13E-08 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 93349247 A G - - - - - - 30 0 0 59 8 13.6 37 8 21.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.340327772 1.340327772 1 0.941195613 0.941195613 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 6.9E-10 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94029574 G C - - - - - - 35 0 0 60 6 10 34 8 23.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.985535127 0.985535127 1 1.023985967 1.023985967 1 0.866173128 0.866173128 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000621 1 6.32E-12 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94501486 C T - - - - - - 52 0 0 50 7 14 28 0 0 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.379749177 1.379749177 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94790837 A T - - - - - - 42 0 0 45 6 13.3 43 8 18.6 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.310761719 1.310761719 1 0.810474 0.810474 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000108 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95332324 A C - - - - - - 41 0 0 54 6 11.1 26 8 30.8 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.093943991 1.093943991 1 1.342075225 1.342075225 1 1.162070781 1.162070781 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000329 1 5.63E-13 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95853783 G A - - - - - - 37 0 0 46 8 17.4 36 12 33.3 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.714831121 1.714831121 1 1.451009903 1.451009903 1 1.12441108 1.12441108 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.61E-11 1 2.73E-19 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95934742 T C DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - upstream 39 0 0 69 8 11.6 38 8 21.1 35 14 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.143220747 1.143220747 1 0.919408677 0.919408677 1 2.151982928 1.77556543 1.211998663 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.49E-09 1 1.67E-11 1 1.28E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 96206479 C T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 33 0 0 64 13 20.3 27 13 48.1 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 2.000636307 1.220822202 1.638761406 2.095903193 1.553244507 1.349371064 1.04371172 1.04371172 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.26E-17 1 2.29E-23 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 96307518 G C DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 52 0 0 51 6 11.8 29 8 27.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.16293145 1.16293145 1 1.202638838 1.202638838 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000232 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 96324027 T A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 15 0 0 65 6 9.2 33 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.906692317 0.906692317 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 96568992 A C DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 36 0 0 60 8 13.3 23 0 0 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.310761719 1.310761719 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 98190659 C A - - - - - - 45 0 0 63 5 7.9 35 8 22.9 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.77857275 0.77857275 1 0.997841645 0.997841645 1 1.48486822 1.48486822 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000173 1 8.15E-12 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 98459974 G A - - - - - - 41 0 0 61 12 19.7 37 7 18.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.9415042 1.184738787 1.638761406 0.823546161 0.823546161 1 0.645594878 0.645594878 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.39E-16 1 7.05E-10 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 99818413 C G - - - - - - 29 0 0 56 8 14.3 31 8 25.8 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.409315231 1.409315231 1 1.292068136 1.292068136 1 0.946872488 0.946872488 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.48E-10 1 2.78E-12 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 100072295 T A CSTF2 CCDS14473.1 r.? - - upstream 42 0 0 51 4 7.8 48 12 25 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.768717399 0.768717399 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000129466 1 1.44E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 100229375 C T ARL13A CCDS48142.1 r.? - - intronic 41 0 0 40 8 20 23 11 47.8 36 12 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.971070254 1.202780494 1.638761406 2.393831663 1.196915832 2 1.791525787 1.478158221 1.211998663 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.61E-11 1 6.25E-20 1 2.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 100461225 C G - - - - - - 30 0 0 52 8 15.4 22 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.517724095 1.517724095 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 2.42E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 100971906 T G - - - - - - 5 0 0 47 8 17 22 5 22.7 17 7 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.675409715 1.675409715 1 1.136819639 1.136819639 1 2.216542416 1.828832393 1.211998663 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.03E-10 1 7.67E-08 1 1.45E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103189102 C A - - - - - - 32 0 0 50 8 16 36 7 19.4 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.576856203 1.576856203 1 0.97155511 0.97155511 1 1.135170994 1.135170994 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 5.74E-10 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103521212 T A - - - - - - 19 0 0 49 4 8.2 31 4 12.9 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.808138804 0.808138804 1 0.646034068 0.646034068 1 0.672494665 0.672494665 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 0.0000177 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 104864032 A G IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 40 0 0 54 5 9.3 28 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.916547668 0.916547668 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 105287469 G C SERPINA7 CCDS14518.1 r.? - - upstream 28 0 0 67 11 16.4 38 12 31.6 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.616277608 1.616277608 1 1.582533066 1.582533066 1 0.398116842 0.398116842 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.85E-14 1 5.86E-19 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 105724700 A C - - - - - - 37 0 0 58 10 17.2 42 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.695120418 1.695120418 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 4.1E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 106505941 G C - - - - - - 41 0 0 69 13 18.8 32 8 25 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.852806038 1.130613665 1.638761406 1.252004008 1.252004008 1 1.108271208 1.108271208 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.64E-17 1 3.69E-12 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107184837 A C - - - - - - 33 0 0 60 8 13.3 24 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.310761719 1.310761719 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107599209 C T COL4A6 CCDS14542.1 r.? - - intronic 44 0 0 60 9 15 23 8 34.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.47830269 1.47830269 1 1.742789579 1.742789579 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 2.29E-11 1 1.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107703397 C G COL4A5 CCDS35366.1 r.? - - intronic 32 0 0 51 7 13.7 24 6 25 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.350183124 1.350183124 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 7.46E-09 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 110825579 C T - - - - - - 48 0 0 50 13 26 30 13 43.3 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 2.56239133 1.563614642 1.638761406 2.168470942 1.084235471 2 1.753866086 1.447085826 1.211998663 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.65E-19 1 1.35E-22 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111194748 C T TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 37 0 0 63 10 15.9 38 8 21.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.567000852 1.567000852 1 1.056691383 1.056691383 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 9.81E-13 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111397241 T C - - - - - - 39 0 0 67 6 9 47 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.886981614 0.886981614 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.0000012 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111763005 T C - - - - - - 42 0 0 66 5 7.6 33 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.749006696 0.749006696 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111923643 C G LHFPL1 CCDS14562.1 r.? - - upstream 19 0 0 53 7 13.2 36 12 33.3 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 1.300906367 1.300906367 1 1.667669339 0.833834669 2 1.307329629 1.307329629 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.85E-09 1 2.73E-19 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 113778076 A T - - - - - - 39 0 0 55 12 21.8 29 5 17.2 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.00921659 1.004608295 2 0.689378758 0.689378758 1 0.919732395 0.919732395 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.78E-17 1 0.000000336 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 114675746 T A - - - - - - 41 0 0 52 4 7.7 25 6 24 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.709677419 0.709677419 1 0.961923848 0.961923848 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000139698 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 117016273 T A - - - - - - 41 0 0 70 9 12.9 53 13 24.5 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.317940092 1.317940092 1 1.226963928 1.226963928 1 1.681796379 1.681796379 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.65E-11 1 8.53E-19 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 117564763 C T WDR44 CCDS14572.1 r.? - - intronic 25 0 0 65 9 13.8 45 7 15.6 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.409889401 1.409889401 1 0.781250501 0.781250501 1 1.373029075 1.373029075 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.85E-11 1 0.000000003 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 117901323 G C IL13RA1 CCDS14573.1 r.? - - intronic 25 0 0 52 7 13.5 41 7 17.1 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.379239631 1.379239631 1 0.856370741 0.856370741 1 2.010272234 1.005136117 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.58E-09 1 1.51E-09 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 118058062 A C - - - - - - 34 0 0 52 5 9.6 25 3 12 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.980792627 0.980792627 1 0.600961924 0.600961924 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000668 1 0.00026475 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 118328206 G C - - - - - - 41 0 0 59 7 11.9 50 8 16 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.215774194 1.215774194 1 0.801282565 0.801282565 1 1.760630584 1.101466977 1.598441552 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.12E-08 1 1.74E-10 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119699331 G A CUL4B CCDS43987.1 r.? - - upstream 27 0 0 44 5 11.4 26 7 26.9 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.164691244 1.164691244 1 1.347156313 1.347156313 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000288 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119755858 T C C1GALT1C1 CCDS14602.1 r.? - - downstream 30 0 0 67 7 10.4 35 4 11.4 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.062525346 1.062525346 1 0.570913828 0.570913828 1 1.484710866 1.484710866 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.23E-08 1 0.0000289 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119944082 G C ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 29 0 0 64 8 12.5 28 9 32.1 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.277073733 1.277073733 1 1.607573146 1.607573146 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.35E-09 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119944106 G C ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 33 0 0 59 6 10.2 35 6 17.1 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.042092166 1.042092166 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000561 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119944212 G C ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 36 0 0 57 8 14 35 7 20 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.430322581 1.430322581 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 5.19E-10 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119987049 A C - - - - - - 60 0 0 60 7 11.7 33 9 27.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.195341014 1.195341014 1 1.367188377 1.367188377 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 2.39E-08 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120344792 A G - - - - - - 48 0 0 56 6 10.7 37 8 21.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.093175115 1.093175115 1 1.081731463 1.081731463 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000409 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120402597 C G - - - - - - 35 0 0 73 8 11 50 8 16 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.123824885 1.123824885 1 0.801282565 0.801282565 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 3.93E-09 1 1.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120402709 C T - - - - - - 37 0 0 58 5 8.6 36 13 36.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.878626728 0.878626728 1 1.807893788 0.903946894 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000115 1 2.53E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120403113 C G - - - - - - 36 0 0 68 11 16.2 28 4 14.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.655087558 1.655087558 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 5.76E-14 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120539863 A C - - - - - - 39 0 0 59 5 8.5 39 7 17.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.868410138 0.868410138 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000125 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120670595 T A - - - - - - 7 0 0 55 7 12.7 20 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.170506912 1.170506912 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.28E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120811976 G A - - - - - - 53 0 0 70 7 10 32 12 37.5 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.921658986 0.921658986 1 1.503006012 1.503006012 1 0.729216399 0.729216399 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.11E-08 1 5.03E-20 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121643716 G A - - - - - - 36 0 0 43 6 14 28 8 28.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.290322581 1.290322581 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 8.13E-08 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121852345 A C - - - - - - 44 0 0 65 9 13.8 30 6 20 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.271889401 1.271889401 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 4.85E-11 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 122206278 C A - - - - - - 18 0 0 47 9 19.1 28 15 53.6 28 11 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.760368664 1.760368664 1 2.148296593 1.074148297 2 2.581820222 1.290910111 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.24E-12 1 1.07E-27 1 9.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 126656552 C T - - - - - - 47 0 0 66 18 27.3 26 14 53.8 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.516129032 1.258064516 2 2.156312625 1.078156313 2 1.366459558 1.366459558 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.08E-26 1 5.57E-26 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 127045283 G C - - - - - - 39 0 0 52 9 17.3 34 7 20.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.594470046 1.594470046 1 0.825651303 0.825651303 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 5.92E-12 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 128247175 C A - - - - - - 33 0 0 55 5 9.1 30 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.838709677 0.838709677 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 128699007 G T OCRL CCDS35393.1 r.? - - intronic 43 0 0 62 16 25.8 25 12 48 34 14 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.377880184 1.188940092 2 1.923847695 0.961923848 2 2.706641047 1.353320523 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.36E-23 1 1.2E-21 1 7.74E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 129215487 C T ELF4 CCDS14617.1 r.198g>a c.? p.? 5'UTR variant 32 0 0 63 10 15.9 26 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.465437788 1.465437788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 9.81E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 129546273 T A RBMX2 CCDS43993.1 r.? - - intronic 29 0 0 58 7 12.1 32 10 31.2 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.115207373 1.115207373 1 1.250501002 1.250501002 1 0.170807445 0.170807445 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.88E-08 1 5.7E-16 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 132417296 G A - - - - - - 43 0 0 46 8 17.4 35 4 11.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.603686636 1.603686636 1 0.456913828 0.456913828 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 8.61E-11 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 136985248 G C - - - - - - 47 0 0 59 7 11.9 29 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.096774194 1.096774194 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 2.12E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 137292123 G A - - - - - - 29 0 0 54 13 24.1 37 17 45.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.221198157 1.110599078 2 1.839679359 0.919839679 2 0.597826056 0.597826056 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.12E-18 1 1.1E-29 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 137795259 G A FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 55 0 0 62 11 17.7 39 10 25.6 41 0 0 237 1 0.4 143 12 8.4 209 65 31.1 162 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.631336406 1.631336406 1 1.026052104 1.026052104 1 0 0 1 1 1.246492986 1.246492986 1 0 NA 0 4 NA 1 0.695161275 1.96E-14 1.27E-11 5.44E-15 1.47E-95 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 137795274 G A FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 56 0 0 68 13 19.1 35 8 22.9 39 0 0 249 0 0 146 11 7.5 212 60 28.3 161 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.760368664 0.880184332 2 0.917835671 0.917835671 1 0 0 1 1 1.134268537 1.134268537 1 0 NA 0 4 NA 1 1 2.96E-17 2.88E-10 8.15E-12 1.78E-85 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 137795450 G C FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 41 0 0 60 13 21.7 40 15 37.5 39 0 0 198 0 0 97 9 9.3 193 67 34.7 142 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2 1 2 1.503006012 0.751503006 2 0 0 1 1 1.390781563 0.695390782 2 0 NA 0 4 NA 1 1 5.07E-18 1.88E-09 1.09E-24 2.88E-102 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 137795500 G A FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 47 0 0 52 12 23.1 44 20 45.5 34 0 0 172 0 0 88 5 5.7 161 61 37.9 134 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.129032258 1.064516129 2 1.823647295 0.911823647 2 0 0 1 1 1.519038076 0.759519038 2 0 NA 0 4 NA 1 1 4.19E-17 0.0000867 1.5E-34 4.24E-96 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 137795698 G C FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 39 0 0 74 10 13.5 37 10 27 43 0 0 201 0 0 116 15 12.9 218 67 30.7 168 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.244239631 1.244239631 1 1.082164329 1.082164329 1 0 0 1 1 1.230460922 1.230460922 1 0 NA 0 4 NA 1 1 5.24E-12 5.23E-17 3.01E-15 4.84E-98 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 137795978 G C FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 46 0 0 69 14 20.3 37 14 37.8 33 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.870967742 0.935483871 2 1.51503006 1.51503006 1 0 0 1 0 0 NA 0 0 NA 0 4 NA 1 1 7.3E-19 1 3.35E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 137796427 G T FGF13 CCDS14665.1 r.? - - upstream 36 0 0 60 13 21.7 41 12 29.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2 1 2 1.174348697 1.174348697 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 5.07E-18 1 1.69E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 137802374 C G FGF13 CCDS14664.1 r.? - - intronic 50 0 0 63 15 23.8 39 12 30.8 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 2.193548387 1.096774194 2 1.234468938 1.234468938 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 2.97E-21 1 8.43E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 138607319 A G - - - - - - 18 1 5.6 41 22 53.7 22 14 63.6 27 14 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 4.949308756 2.474654378 2 2.549098196 1.274549098 2 3.409579377 1.704789688 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.086275114 1 5.33E-40 1 1.88E-27 1 1.15E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 139164124 T C - - - - - - 42 0 0 46 7 15.2 29 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 1.400921659 1.400921659 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 140040806 C T - - - - - - 41 0 0 59 9 15.3 36 14 38.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.604319388 1.604319388 1 1.559118236 0.779559118 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1.96E-11 1 2.09E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 141723569 T C - - - - - - 44 0 0 57 15 26.3 28 11 39.3 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.757751628 1.215319473 2.269157772 1.968150301 0.98407515 2 2.023411268 1.011705634 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.53E-22 1 9.7E-19 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 141723570 C A - - - - - - 44 0 0 58 17 29.3 29 12 41.4 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 3.072324057 1.353949071 2.269157772 2.073318637 1.036659319 2 1.826325755 0.913162877 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.24E-25 1 1.17E-20 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 141867222 C T - - - - - - 46 0 0 59 18 30.5 39 16 41 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 3.198153028 1.40940091 2.269157772 2.053286573 1.026643287 2 1.793478169 0.896739085 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.03E-27 1 5.16E-27 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142039055 G T - - - - - - 40 0 0 48 6 12.5 28 11 39.3 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.310718454 1.310718454 1 1.968150301 0.98407515 2 1.583253622 1.583253622 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000016 1 9.7E-19 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142186907 T G - - - - - - 41 0 0 55 7 12.7 34 9 26.5 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.331689949 1.331689949 1 1.327124248 1.327124248 1 1.458432797 1.458432797 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.28E-08 1 9.15E-14 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142277824 C T - - - - - - 37 0 0 67 13 19.4 34 14 41.2 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.034235041 1.01711752 2 2.063302605 1.031651303 2 1.602962173 1.602962173 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.41E-17 1 7.74E-24 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142310406 C G - - - - - - 37 0 0 64 7 10.9 36 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.142946492 1.142946492 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142378464 C T - - - - - - 0 0 NA 14 7 50 11 4 36.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 5.242873817 2.310493295 2.269157772 1.822917836 1.822917836 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.6E-13 1 0.000000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142867113 C G - - - - - - 37 0 0 48 11 22.9 42 15 35.7 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.401236208 1.058205929 2.269157772 1.787861723 0.893930862 2 1.793478169 0.896739085 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 9.31E-16 1 2.65E-24 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 143475859 C A - - - - - - 38 0 0 51 8 15.7 32 10 31.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.646262378 1.646262378 1 1.562501002 1.562501002 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 2.05E-10 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 143949742 C A - - - - - - 54 0 0 46 5 10.9 24 4 16.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.142946492 1.142946492 1 0.836338677 0.836338677 1 0.939440946 0.939440946 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000361 1 0.00000613 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 143954896 G C - - - - - - 30 0 0 56 5 8.9 33 7 21.2 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.933231539 0.933231539 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000965 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 144606739 A G - - - - - - 38 0 0 50 7 14 29 7 24.1 31 10 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.468004669 1.468004669 1 1.206931864 1.206931864 1 2.121954025 1.060977012 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.46E-09 1 1.11E-10 1 3.94E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 144645178 T C - - - - - - 47 0 0 59 5 8.5 30 6 20 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.891288549 0.891288549 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000125 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145080454 C T MIR891B ENST00000401245 r.? - - downstream 26 0 0 54 5 9.3 36 6 16.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.97517453 0.97517453 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000806 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145224585 C G - - - - - - 37 0 0 61 16 26.2 32 12 37.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.74726588 1.210698487 2.269157772 1.878006012 0.939003006 2 0.972288531 0.972288531 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.5E-23 1 5.03E-20 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145497221 T G - - - - - - 41 0 0 75 11 14.7 33 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.541404902 1.541404902 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 1.78E-13 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145670351 T A - - - - - - 34 0 0 64 4 6.2 40 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.650116353 0.650116353 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146347457 G T - - - - - - 58 0 0 68 9 13.2 32 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.384118688 1.384118688 1 0 0 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 7.38E-11 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146673120 T G - - - - - - 34 0 0 58 8 13.8 44 13 29.5 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.447033173 1.447033173 1 1.477364729 1.477364729 1 1.366459558 1.366459558 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 5.99E-10 1 5.49E-20 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146749056 A T - - - - - - 35 0 0 59 6 10.2 34 9 26.5 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.069546259 1.069546259 1 1.327124248 1.327124248 1 1.530697485 1.530697485 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000561 1 9.15E-14 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146874036 T A - - - - - - 39 0 0 51 9 17.6 38 7 18.4 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.845491583 0.922745792 2 0.92147495 0.92147495 1 1.15623501 1.15623501 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 4.92E-12 1 8.61E-10 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 147318226 C A - - - - - - 45 0 0 57 6 10.5 28 6 21.4 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.101003502 1.101003502 1 1.071715431 1.071715431 1 1.208791147 1.208791147 1 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000000456 1 5.36E-09 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 147427890 G A - - - - - - 36 0 0 52 6 11.5 33 9 27.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.205860978 1.205860978 1 1.094188377 1.094188377 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000261 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 148803017 G C HSFX2 CCDS48179.1 r.? - - intronic 41 0 0 53 5 9.4 33 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.985660278 0.985660278 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 149395175 T C MIR2114 ENST00000516645 r.? - - upstream 43 0 0 69 9 13 39 12 30.8 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.363147192 1.363147192 1 1.234468938 1.234468938 1 1.596392656 1.596392656 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 8.45E-11 1 8.43E-19 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 150668996 G A - - - - - - 33 0 0 72 16 22.2 49 15 30.6 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.327835975 1.025859023 2.269157772 2.144452906 1.072226453 2 2.095675956 1.047837978 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.82E-22 1 4.1E-23 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 150998966 C T - - - - - - 39 0 0 72 18 25 51 17 33.3 40 10 25 199 2 1 169 54 32 219 79 36.1 174 38 21.8 TRUE TRUE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.621436908 1.155246648 2.269157772 2.333669339 1.166834669 2 1.642379276 1.642379276 1 2.269157772 2.529893788 0.843297929 3 1.432154729 0.895969406 1.598441552 6 5 1 0.262396338 1.22E-25 1.99E-80 9.59E-27 7.13E-122 7.22E-15 6.29E-50 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 150999121 T C - - - - - - 41 0 0 69 9 13 47 14 29.8 30 12 40 22 0 0 16 5 31.2 18 10 55.6 19 6 31.6 TRUE TRUE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.363147192 1.363147192 1 2.088388778 1.044194389 2 2.627806842 1.313903421 2 2.269157772 3.896456914 1.298818971 3 2.075967405 1.037983702 2 6 5 1 1 8.45E-11 0.000000013 1.79E-21 4.12E-19 1.94E-20 4.01E-10 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154012641 T G MPP1 CCDS14762.1 r.? - - intronic 50 0 0 75 5 6.7 46 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.702545091 0.702545091 1 0 0 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154174533 C A F8 CCDS35457.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 11 15.7 48 8 16.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.646262378 1.646262378 1 1.170338677 1.170338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 8.06E-14 1 1.23E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154413594 G C - - - - - - 37 0 0 65 15 23.1 61 26 42.6 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.422207703 1.067447902 2.269157772 2.98541483 0.995138277 3 1.708074447 1.068587365 1.598441552 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5E-21 1 1.53E-43 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154555980 T A CLIC2 CCDS14767.1 r.? - - intronic 46 0 0 71 21 29.6 43 15 34.9 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 3.103781299 1.367812031 2.269157772 2.445797595 0.815265865 3 1.642379276 1.642379276 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.05E-31 1 4.05E-24 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154846334 C G TMLHE CCDS14768.1 r.? - - upstream 40 0 0 64 7 10.9 47 5 10.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.142946492 1.142946492 1 0.742849699 0.742849699 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 3.78E-08 1 0.00000402 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154846386 C G TMLHE CCDS14768.1 r.? - - upstream 37 0 0 57 4 7 42 6 14.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.734002334 0.734002334 1 1.002146293 1.002146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000199821 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154849451 C G - - - - - - 45 0 0 68 14 20.6 45 7 15.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 2.160064012 0.951923238 2.269157772 1.093250501 1.093250501 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 0 4 NA 1 1 5.84E-19 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 833616 C T - - - - - - 17 0 0 54 0 0 36 5 13.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.696114228 0.696114228 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4984255 C G - - - - - - 51 0 0 57 0 0 38 7 18.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.92147495 0.92147495 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 6762928 T C DNAJC11 CCDS87.1 r.? - - upstream 29 0 0 47 0 0 48 10 20.8 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.041667335 1.041667335 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.37E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 8734898 A T RERE CCDS41243.1 r.? - - intronic 38 0 0 67 0 0 42 4 9.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.475761523 0.475761523 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 16771441 C T NECAP2 CCDS173.1 r.? - - intronic 18 0 0 44 4 9.1 36 17 47.2 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 2.363783567 1.181891784 2 2.171891473 1.085945736 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000723 1 6E-30 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 21881728 G A ALPL CCDS217.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 3 5.7 36 6 16.7 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.582345622 0.582345622 1 0.836338677 0.836338677 1 1.089529716 1.089529716 1 1 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 0.002429596 1 2.68E-08 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 35059608 G C - - - - - - 36 0 0 61 0 0 61 22 36.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.807893788 0.903946894 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.38E-35 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 35059916 T G - - - - - - 40 0 0 67 0 0 67 24 35.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.792869739 0.89643487 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.72E-38 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 41622860 A G SCMH1 CCDS30688.1 r.? - - intronic 46 0 0 75 5 6.7 34 5 14.7 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684511521 0.684511521 1 0.736178357 0.736178357 1 1.494736434 1.494736434 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000771 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 42189727 T A HIVEP3 CCDS44124.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 0 0 36 7 19.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 42575284 C T - - - - - - 44 0 0 75 0 0 46 12 26.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.307092184 1.307092184 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.12E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 45162621 C G C1orf228 ENST00000458657 r.? - - intronic 30 0 0 33 0 0 60 23 38.3 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 3.06707014 1.022356713 3 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.33E-37 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 45677928 A G - - - - - - 50 0 0 78 0 0 33 7 21.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 49945263 A G AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 29 0 0 51 0 0 41 9 22 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.101763527 1.101763527 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 51282488 C G FAF1 CCDS554.1 r.? - - intronic 33 0 0 63 3 4.8 38 7 18.4 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.490396313 0.490396313 1 0.92147495 0.92147495 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003968795 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 51282501 C T FAF1 CCDS554.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 4 6.1 39 6 15.4 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.623211982 0.623211982 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000351793 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 51593662 C T C1orf185 CCDS44142.1 r.? - - intronic 40 0 0 58 0 0 40 9 22.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.126803607 1.126803607 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 57719058 C A DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 42 0 0 62 0 0 28 5 17.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 59623765 A G - - - - - - 46 0 0 51 0 0 43 8 18.6 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.931490982 0.931490982 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65121946 G C CACHD1 CCDS628.2 r.? - - intronic 38 0 0 59 0 0 45 11 24.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.221955912 1.221955912 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.24E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65184637 G A - - - - - - 32 0 0 74 0 0 53 14 26.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.322116232 1.322116232 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.22E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65184701 G A - - - - - - 36 0 0 83 0 0 41 14 34.1 40 1 2.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.707733467 0.853866733 2 0.204198966 0.204198966 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.9E-22 1 0.181679879 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65185608 G C - - - - - - 34 0 0 70 0 0 63 18 28.6 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.98E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65187215 G A - - - - - - 43 0 0 55 0 0 51 16 31.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.572517034 0.786258517 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.28E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65187989 G T - - - - - - 38 0 0 61 0 0 38 11 28.9 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 68944356 C T DEPDC1 CCDS44159.1 r.? - - intronic 32 0 0 69 3 4.3 36 5 13.9 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.439313364 0.439313364 1 0.696114228 0.696114228 1 1.323209302 1.323209302 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.005121501 1 0.00000104 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 70504911 C A LRRC7 CCDS645.1 r.3320c>a c.3290C>A p.A1097D missense 10 0 0 40 4 10 28 6 21.4 33 6 18.2 204 0 0 313 23 7.3 149 29 19.5 151 21 13.9 TRUE TRUE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.021658986 1.021658986 1 1.071715431 1.071715431 1 1.486568475 1.486568475 1 1 0.976563126 0.976563126 1 1.135346253 1.135346253 1 6 5 1 1 0.0000495 1.25E-19 5.36E-09 6.71E-37 1.54E-08 6.69E-24 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 72194184 C G NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 35 0 0 71 0 0 21 3 14.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000155401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72510474 G A NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 31 0 0 71 0 0 44 8 18.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.9E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 74626724 T C LRRIQ3 CCDS41350.1 r.? - - intronic 42 0 0 64 0 0 26 4 15.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 79610937 C G - - - - - - 43 0 0 64 6 9.4 31 8 25.8 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.960359447 0.960359447 1 1.292068136 1.292068136 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000914 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 85440654 G A MCOLN2 CCDS30762.1 r.? - - intronic 33 0 0 76 0 0 33 9 27.3 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 0 0 1 1.367188377 1.367188377 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 93186422 G C EVI5 CCDS30774.1 r.? - - intronic 44 0 0 59 0 0 38 4 10.5 246 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 24 2 2 22 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.525841683 0.525841683 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 94886000 T A ABCD3 CCDS749.1 r.? - - intronic 49 2 4.1 54 9 16.7 37 19 51.4 186 151 81.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873170507 0.936585253 2 2.57412024 1.28706012 2 22.06038243 1.002744656 22 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.025168485 1 8.48E-12 1 3.09E-34 1 2.53135607965321e-310 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 97004053 G C - - - - - - 40 0 0 69 0 0 27 7 25.9 107 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.297076152 1.297076152 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102043949 A T - - - - - - 39 0 0 72 0 0 26 8 30.8 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.542468938 1.542468938 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102447358 T G OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - intronic 44 0 0 71 0 0 42 5 11.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.595953908 0.595953908 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105465436 T A - - - - - - 48 0 0 56 0 0 20 5 25 24 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.752004008 0.752004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.55E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 142667648 T G - - - - - - 89 0 0 221 2 0.9 65 7 10.8 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.300645451 5 2 1 4 0 1 1 1 0.699354549 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.300645451 NA 0.082949309 NA 0 0.46533544 0.46533544 1 1.331377261 1.331377261 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.302896828 1 4.22E-08 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 144563936 C G AL592284.1 CCDS3072.1 r.? - - intronic 61 0 0 81 0 0 69 5 7.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.300645451 5 2 1 4 0 1 1 1 0.699354549 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.300645451 NA 0 NA 0 0.310223627 1.031858708 0.300645451 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 145544945 T C ITGA10 CCDS918.1 r.? - - downstream 35 0 0 75 3 4 41 7 17.1 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.368663594 0.368663594 1 1.250390751 1.250390751 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006456002 1 1.51E-09 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 145734053 G C PDZK1 CCDS924.1 r.? - - intronic 32 0 0 59 0 0 46 4 8.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 0.636163715 0.636163715 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 149582922 T A - - - - - - 45 0 0 87 4 4.6 45 5 11.1 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0.423963134 0.423963134 1 0.811657154 0.811657154 1 1.462064599 1.462064599 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00099983 1 0.00000323 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 150440416 C T RPRD2 CCDS44216.1 r.? - - intronic 31 0 0 88 0 0 78 15 19.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 1.40394751 1.40394751 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.92E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 150954977 G T ANXA9 CCDS975.2 r.378g>u c.? p.? 5'UTR variant 6 0 0 85 0 0 46 6 13 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 0.95058946 0.95058946 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 154740119 G A KCNN3 CCDS30880.1 r.? - - intronic 10 0 0 55 4 7.3 34 6 17.6 45 0 0 0 0 NA 6 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.793850407 0.793850407 1 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.000173903 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158605941 G T SPTA1 CCDS41423.1 r.? - - intronic 41 0 0 62 5 8.1 48 7 14.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.880847712 0.880847712 1 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158972895 A C IFI16 ENST00000359709 r.? - - intronic 46 0 0 71 0 0 32 5 15.6 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.937250501 0.937250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 159320309 G T OR10J1 ENST00000328408 r.? - - upstream 44 0 0 54 1 1.9 41 6 14.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.206618599 NA 0 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.237137336 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160439614 T C - - - - - - 50 0 0 57 4 7 40 8 20 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.761226418 0.761226418 1 1.201603206 1.201603206 1 2.156341085 1.078170543 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 2.61E-11 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160833947 G A CD244 CCDS1210.1 r.? - - upstream 43 0 0 57 3 5.3 39 9 23.1 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.576357145 0.576357145 1 1.387851703 1.387851703 1 1.21702584 1.21702584 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002989991 1 3.62E-13 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 163427169 T A - - - - - - 33 0 0 60 1 1.7 47 7 14.9 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.184869273 NA 0 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.259739042 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 163910517 T A - - - - - - 53 0 0 58 1 1.7 40 5 12.5 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.184869273 NA 0 0.751002004 0.751002004 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.252280541 1 0.00000178 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 164612407 G A PBX1 CCDS1246.1 r.? - - intronic 42 0 0 59 4 6.8 40 7 17.5 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.739477092 0.739477092 1 1.051402806 1.051402806 1 0.677940568 0.677940568 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 1.26E-09 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 165773039 T G - - - - - - 36 0 0 74 9 12.2 50 13 26 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.326708899 1.326708899 1 1.562084168 1.562084168 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.61E-10 1 3.65E-19 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166157166 C T - - - - - - 41 0 0 70 0 0 41 7 17.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166461545 C A - - - - - - 40 0 0 62 0 0 32 6 18.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.129507014 1.129507014 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166476871 A C - - - - - - 36 0 0 40 3 7.5 23 4 17.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.815599733 0.815599733 1 1.04539479 1.04539479 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001075403 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166706149 A G - - - - - - 54 0 0 74 4 5.4 48 5 10.4 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.587231808 0.587231808 1 0.624833667 0.624833667 1 1.486568475 1.486568475 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00054411 1 0.00000447 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166992556 C T MAEL CCDS1257.1 r.? - - downstream 48 0 0 57 0 0 38 5 13.2 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.793058116 0.793058116 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 167457841 T C CD247 CCDS1260.1 r.? - - intronic 30 0 0 56 0 0 47 10 21.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.279707415 1.279707415 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.27E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 168626857 C G - - - - - - 37 0 0 77 0 0 47 14 29.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.790388778 0.895194389 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.79E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 169418281 T C - - - - - - 46 0 0 63 2 3.2 46 8 17.4 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.34798922 0.34798922 1 1.04539479 1.04539479 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.03993132 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 169452018 C T SLC19A2 CCDS1280.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 4 7 42 10 23.8 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.761226418 0.761226418 1 1.429907816 1.429907816 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 1.24E-14 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 170206238 G A - - - - - - 34 0 0 41 7 17.1 28 5 17.9 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.859567392 1.859567392 1 1.07543487 1.07543487 1 0.702444444 0.702444444 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.51E-09 1 0.000000279 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 171695654 G T VAMP4 CCDS1298.1 r.? - - intronic 33 0 0 65 0 0 36 8 22.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 171784187 G A - - - - - - 37 0 0 42 4 9.5 40 7 17.5 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.033092995 1.033092995 1 1.051402806 1.051402806 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000601 1 1.26E-09 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 172018481 T G DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 50 0 0 73 0 0 43 5 11.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.69692986 0.69692986 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176274807 G A - - - - - - 38 0 0 39 2 5.1 37 5 13.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.554607819 0.554607819 1 0.811082164 0.811082164 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.016387522 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176544071 T C PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 41 0 0 60 2 3.3 38 11 28.9 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.358863883 0.358863883 1 1.736316633 0.868158317 2 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.036544784 1 5.19E-17 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 177274147 A G - - - - - - 23 0 0 74 4 5.4 43 11 25.6 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.587231808 0.587231808 1 1.538052104 1.538052104 1 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00054411 1 2.42E-16 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 179601016 G C TDRD5 CCDS1332.1 r.? - - intronic 23 0 0 46 1 2.2 31 6 19.4 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.239242588 NA 0 1.16555511 1.16555511 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.205924651 1 1.03E-08 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 184603187 C G - - - - - - 38 0 0 63 0 0 54 5 9.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.558745491 0.558745491 1 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000806 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 186639336 T C PTGS2 CCDS1371.1 r.? - - downstream 43 0 0 53 0 0 33 4 12.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.72696994 0.72696994 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189279280 T C - - - - - - 45 0 0 67 3 4.5 36 8 22.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.48935984 0.48935984 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004717431 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189551226 G C - - - - - - 42 0 0 67 0 0 33 8 24.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.45393988 1.45393988 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 192176463 C T - - - - - - 14 0 0 60 0 0 39 5 12.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 193721727 C T - - - - - - 49 0 0 71 3 4.2 39 11 28.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.456735851 0.456735851 1 1.694260521 0.847130261 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00554578 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 194282397 C T - - - - - - 37 0 0 43 4 9.3 27 8 29.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.011343669 1.011343669 1 1.778372745 1.778372745 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000066 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 194309670 G T - - - - - - 50 0 0 44 2 4.5 44 13 29.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.48935984 0.48935984 1 1.772364729 0.886182365 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.020580492 1 5.49E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 194463629 G A - - - - - - 36 0 0 50 4 8 44 10 22.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.869973049 0.869973049 1 1.363819639 1.363819639 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000119787 1 2.08E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 196081694 G C - - - - - - 49 0 0 73 0 0 36 6 16.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 197935092 A T - - - - - - 51 0 0 74 0 0 45 8 17.8 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.069426854 1.069426854 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 199861822 A T - - - - - - 30 0 0 63 0 0 41 4 9.8 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 200647348 C T - - - - - - 21 0 0 66 3 4.5 51 9 17.6 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.48935984 0.48935984 1 1.057410822 1.057410822 1 0.383894057 0.383894057 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.004522888 1 4.92E-12 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 201319134 C T - - - - - - 7 0 0 67 0 0 43 10 23.3 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 204240112 C T PLEKHA6 CCDS1444.1 r.? - - intronic 23 0 0 69 0 0 44 9 20.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1.18E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 206798965 C G DYRK3 ENST00000391931 r.? - - upstream 43 0 0 65 0 0 51 10 19.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.177571142 1.177571142 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.04E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 206801339 T A DYRK3 ENST00000391931 r.? - - intronic 32 0 0 65 0 0 29 5 17.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.033378758 1.033378758 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 208360064 T A PLXNA2 CCDS31013.1 r.? - - intronic 29 0 0 65 2 3.1 42 5 11.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.337114556 0.337114556 1 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.042252341 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 208949353 T A - - - - - - 35 0 0 72 0 0 38 6 15.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.949266533 0.949266533 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 211734406 T G - - - - - - 45 0 0 54 2 3.7 38 7 18.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.402362535 0.402362535 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.030129377 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 212045568 C A - - - - - - 12 0 0 74 0 0 54 16 29.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.778372745 0.889186373 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.69E-24 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 214338497 G C - - - - - - 39 0 0 64 0 0 33 9 27.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.640188377 1.640188377 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 216135605 G T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 49 0 0 59 0 0 41 7 17.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 217420112 A G - - - - - - 51 0 0 71 2 2.8 41 7 17.1 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.304490567 0.462700114 0.658073249 1.027370741 1.027370741 1 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.04950591 1 1.51E-09 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 218101263 G C - - - - - - 41 0 0 79 0 0 42 5 11.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 218544131 C A TGFB2 CCDS44318.1 r.? - - intronic 42 0 0 55 2 3.6 46 6 13 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.391487872 0.391487872 1 0.781042084 0.781042084 1 2.515731266 0.838577089 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.031164417 1 0.000000123 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 219517401 T G - - - - - - 36 0 0 73 0 0 48 6 12.5 47 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 220022766 G A - - - - - - 31 0 0 62 5 8.1 41 11 26.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.880847712 0.880847712 1 1.610148297 1.610148297 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 220772497 G T MARK1 CCDS31029.2 r.? - - intronic 30 0 0 64 0 0 43 5 11.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.69692986 0.69692986 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 221409359 A T - - - - - - 35 0 0 81 0 0 56 9 16.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.967290581 0.967290581 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.2E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 222006096 G C - - - - - - 43 0 0 75 0 0 37 6 16.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 226252647 G T H3F3A CCDS1550.1 r.? - - intronic 50 0 0 60 0 0 38 10 26.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.580108216 1.580108216 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 229687484 G C ABCB10 CCDS1580.1 r.? - - intronic 41 0 0 66 2 3 40 5 12.5 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.326239893 0.326239893 1 0.751002004 0.751002004 1 1.413056848 1.413056848 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.043431387 1 0.00000178 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 232106696 G C DISC1 ENST00000439617 r.? - - intronic 44 0 0 60 0 0 37 5 13.5 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.811082164 0.811082164 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 232859743 C G - - - - - - 48 0 0 70 0 0 42 9 21.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.285715431 1.285715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 234348236 G C SLC35F3 CCDS1600.1 r.? - - intronic 44 0 0 53 4 7.5 42 8 19 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.815599733 0.815599733 1 1.141523046 1.141523046 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 3.96E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 235548637 G T TBCE CCDS1605.1 r.? - - intronic 32 0 0 68 4 5.9 31 5 16.1 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.641605124 0.641605124 1 0.967290581 0.967290581 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000394372 1 0.000000476 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237388282 T C RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 40 0 0 68 0 0 44 6 13.6 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 241402477 C G RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 9 0 0 74 1 1.4 42 4 9.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.152245284 NA 0 0.570761523 0.570761523 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.309906439 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 241563650 C T - - - - - - 25 0 0 62 0 0 51 13 25.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.532044088 1.532044088 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.87E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244093958 C T - - - - - - 7 0 0 67 5 7.5 34 8 23.5 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.815599733 0.815599733 1 1.411883768 1.411883768 1 2.164509044 1.082254522 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000233 1 6.32E-12 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244464095 T C - - - - - - 25 0 0 53 6 11.3 36 20 55.6 41 18 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 1.228836931 1.228836931 1 3.340456914 1.113485638 3 3.58573385 0.896433463 4 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 6.46E-37 1 6.91E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 246858001 C T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 50 7 14 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.841122244 0.841122244 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.46E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247793395 A T - - - - - - 55 0 0 63 0 0 43 14 32.6 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 1.958613226 0.979306613 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.18E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 248530646 T A OR2T4 CCDS31113.1 r.? - - downstream 30 0 0 47 2 4.3 30 5 16.7 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.467610514 0.467610514 1 1.003338677 1.003338677 1 1.053666667 1.053666667 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.02328732 1 0.000000401 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 862732 C T LARP4B CCDS31131.1 r.? - - intronic 20 0 0 51 0 0 32 10 31.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.594140939 2 6.474209519 3 2 4 0 0 2 0.405859061 1 0.525790481 3 NA 5 1 NA 2 0.594140939 NA 0.474209519 0 0 1 1.250501002 1.250501002 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 1813163 C A - - - - - - 41 0 0 51 0 0 46 5 10.9 56 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.452719302 7 6.474209519 3 4 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0 NA 0 0.981873747 0.981873747 1 0.173559027 0.173559027 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000361 1 0.244746891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 2002940 G C - - - - - - 33 0 0 61 0 0 49 4 8.2 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.452719302 7 6.474209519 3 4 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0 NA 0 0.738657315 0.738657315 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000110643 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5103512 G C - - - - - - 41 0 0 134 4 3 98 7 7.1 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.666497696 0.666497696 1 1.065569138 1.065569138 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004794273 1 0.000000726 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5139771 C T AKR1C3 CCDS7063.1 r.? - - intronic 38 0 0 112 4 3.6 83 7 8.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.799797235 0.799797235 1 1.260673347 1.260673347 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002527992 1 0.000000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5417921 A T UCN3 CCDS7065.1 r.? - - downstream 40 0 0 107 3 2.8 102 6 5.9 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.622064516 0.622064516 1 0.885472946 0.885472946 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.016873453 1 0.000014 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5900048 C A ANKRD16 CCDS31136.1 r.? - - downstream 28 0 0 137 1 0.7 138 12 8.7 56 1 1.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.155516129 0.155516129 1 1.305697395 1.305697395 1 0.173559027 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.49677517 1 8.31E-12 1 0.244746891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6582770 T A PRKCQ CCDS7079.1 r.? - - intronic 37 0 0 179 2 1.1 163 9 5.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.332382488 NA 0 1.430440882 1.430440882 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.225591383 1 0.000000175 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6915741 A T - - - - - - 9 0 0 47 10 21.3 44 9 20.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 6.436133641 1.07268894 6 5.331643287 1.066328657 5 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.27E-14 1 1.18E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 7590624 C A - - - - - - 49 0 0 233 5 2.1 227 14 6.2 58 0 0 124 0 0 202 6 3 594 21 3.5 129 0 0 FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.634548387 0.634548387 1 1.612496994 0.806248497 2 0 NA 0 1 0.910280561 0.910280561 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.006702478 0.000594063 1.66E-11 7.54E-12 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 7727506 A C - - - - - - 25 0 0 170 8 4.7 158 11 7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 1.420179724 1.420179724 1 1.820561122 0.910280561 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000279 1 6.69E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9519725 T G - - - - - - 37 0 0 129 0 0 107 12 11.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 1.485843031 1.485843031 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.9E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10308198 C T - - - - - - 20 0 0 33 5 15.2 38 9 23.7 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 3.224921659 1.074973886 3 3.144149986 1.048049995 3 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10395200 G T - - - - - - 35 0 0 132 38 28.8 106 47 44.3 60 0 0 158 1 0.6 250 66 26.4 456 130 28.5 195 2 1 FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 6.11037788 1.018396313 6 5.877039848 0.979506641 6 0 NA 0 6 3.780939857 1.010524877 3.741560394 0.096421682 NA 0 NA NA 1 0.547053657 4.52E-55 1.46E-91 1.7E-78 1.4E-183 1 0.25502124 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 11198389 C A CELF2 CCDS44354.1 r.? - - intronic 39 0 0 100 6 6 71 7 9.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.272995392 1.272995392 1 1.313379108 1.313379108 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000125 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12081624 T C UPF2 CCDS7086.1 r.? - - upstream 30 0 0 107 6 5.6 79 8 10.1 41 1 2.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 1.188129032 1.188129032 1 1.339912019 1.339912019 1 0.231412036 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000183 1 7.43E-09 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12215592 G T NUDT5 CCDS7089.1 r.? - - intronic 31 0 0 118 0 0 86 13 15.1 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 2.003234801 1.001617401 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.57E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12676221 G C CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 30 0 0 164 0 0 133 12 9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 0 0 1 1.859609063 0.929804532 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.36E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12803662 C T CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 22 0 0 136 0 0 152 14 9.2 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 0 0 1 1.900933709 0.950466855 2 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.97E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 16216040 G A - - - - - - 37 0 0 68 4 5.9 21 6 28.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.543778802 0.543778802 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000394372 1 7.95E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 20032650 T A - - - - - - 40 0 0 49 4 8.2 33 15 45.5 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.755760369 0.755760369 1 1.823647295 0.911823647 2 3.374758861 0.971374594 3.474209519 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 2.91E-26 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23179209 G A - - - - - - 44 1 2.3 56 4 7.1 24 4 16.7 55 2 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.65437788 0.65437788 1 0.669338677 0.669338677 1 0.347118054 0.347118054 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.197923942 1 0.000186538 1 0.00000613 1 0.031164417 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23530968 T C C10orf115 ENST00000399806 r.? - - intronic 32 0 0 56 2 3.6 34 10 29.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.331797235 0.331797235 1 1.178356713 1.178356713 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.032213353 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 42488871 G C - - - - - - 33 0 0 111 0 0 125 10 8 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 1.120641283 1.120641283 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.03E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44410571 G T - - - - - - 44 0 0 102 4 3.9 61 8 13.1 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0.603065849 0.603065849 1 1.8350501 1.8350501 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.001799146 1 9.09E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 46316344 C G AGAP4 CCDS7215.1 r.? - - downstream 15 0 0 34 4 11.8 20 3 15 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 2.621557604 2.621557604 1 2.101202405 2.101202405 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000257 1 0.0001337 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 48356760 C G ZNF488 CCDS7217.1 r.? - - intronic 46 0 0 128 0 0 136 12 8.8 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.232705411 1.232705411 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.98E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 49586433 C T MAPK8 CCDS7224.1 r.? - - intronic 68 0 0 171 0 0 139 11 7.9 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.106633267 1.106633267 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.7E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 50797854 G A - - - - - - 36 0 0 124 0 0 84 7 8.3 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.162665331 1.162665331 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 51771204 G C AGAP6 CCDS44397.1 r.? - - downstream 21 0 0 111 0 0 90 9 10 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.400801603 1.400801603 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.58E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 52589961 T G A1CF CCDS7243.1 r.? - - intronic 46 0 0 86 0 0 81 8 9.9 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0.990793587 0.990793587 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 9.08E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53853517 G A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 32 0 0 121 3 2.5 127 13 10.2 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.405414747 0.405414747 1 1.020817635 1.020817635 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.023262636 1 1.37E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53895624 G A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 53 0 0 125 34 27.2 101 31 30.7 84 0 0 236 2 0.8 241 44 18.3 512 139 27.1 397 1 0.3 TRUE TRUE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.410912442 1.102728111 4 3.072460922 1.024153641 3 0 0 1 3 2.712172345 0.904057448 3 0.037260099 0.037260099 1 4 4 1 0.33029547 1.76E-48 7.98E-54 3.17E-46 9.3E-193 1 0.863301718 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 54564588 C G - - - - - - 48 0 0 118 0 0 76 5 6.6 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0.660529058 0.660529058 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55171416 G C - - - - - - 43 0 0 92 0 0 84 7 8.3 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0.830665331 0.830665331 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55218003 C G - - - - - - 44 0 0 74 3 4.1 63 5 7.9 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.664880184 0.664880184 1 0.790633267 0.790633267 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.006220661 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55876799 G A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 14 0 0 76 3 3.9 60 7 11.7 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.554447005 0.554447005 1 1.170937876 1.170937876 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.006696581 1 2.39E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56099711 C A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 32 0 0 74 0 0 68 9 13.2 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 1.321058116 1.321058116 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.38E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56139627 A C PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 40 1 2.5 84 0 0 74 4 5.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0.540432866 0.540432866 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.181679879 1 1 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56270289 T C PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 34 0 0 85 0 0 61 9 14.8 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 1.481186373 1.481186373 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.68E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56827269 T G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 42 0 0 80 3 3.8 61 5 8.2 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.540230415 0.540230415 1 0.820657315 0.820657315 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.007711832 1 0.0000147 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57249423 G T PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 46 0 0 77 3 3.9 70 8 11.4 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.554447005 0.554447005 1 1.140913828 1.140913828 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.006942426 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57324043 T G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 26 0 0 65 4 6.2 60 7 11.7 73 4 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.881428571 0.881428571 1 1.170937876 1.170937876 1 0.683101813 0.683101813 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000331785 1 2.39E-08 1 0.000516741 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57347999 A G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 45 0 0 81 0 0 62 6 9.7 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0.970777555 0.970777555 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000756 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57494643 C T - - - - - - 44 0 0 84 0 0 76 8 10.5 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 1.050841683 1.050841683 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.44E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57562111 C G - - - - - - 43 0 0 79 0 0 56 7 12.5 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 1.251002004 1.251002004 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.46E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58928170 A G - - - - - - 6 0 0 39 6 15.4 39 12 30.8 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 4.961354839 0.992270968 5 7.394468938 1.056352705 7 0.993602637 0.993602637 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.43E-08 1 8.43E-19 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59321270 G A - - - - - - 44 0 0 201 0 0 162 10 6.2 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.488496994 1.488496994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 62673061 T G RHOBTB1 CCDS7261.1 r.? - - intronic 26 0 0 82 0 0 55 6 10.9 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 NA 0 0.872873747 0.872873747 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000367 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63685023 G A ARID5B CCDS31208.1 r.? - - intronic 37 0 0 83 0 0 65 6 9.2 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 NA 0 0.736737475 0.736737475 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 64210313 C A ZNF365 CCDS7264.1 r.? - - intronic 37 0 0 109 0 0 52 7 13.5 61 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 1.081082164 1.081082164 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 8.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 64408629 C G ZNF365 CCDS7264.1 r.? - - intronic 52 0 0 78 0 0 56 4 7.1 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 NA 0 0.568569138 0.568569138 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 67088909 C T - - - - - - 40 0 0 98 0 0 89 8 9 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.080721443 1.080721443 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.92E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 67238833 A T - - - - - - 32 0 0 116 0 0 86 10 11.6 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 1.39292986 1.39292986 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.45E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 67475554 T A - - - - - - 38 0 0 96 2 2.1 96 10 10.4 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.382548387 0.382548387 1 1.248833667 1.248833667 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.083811806 1 7.45E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69270810 G C CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 46 0 0 68 0 0 65 7 10.8 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 1.188865731 1.188865731 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69476788 G A - - - - - - 39 0 0 93 0 0 74 6 8.1 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0.891649299 0.891649299 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69603453 G C - - - - - - 14 0 0 86 4 4.7 67 11 16.4 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0.782937848 0.782937848 1 1.805314629 0.902657315 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000957637 1 4.85E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 70349157 C G TET1 CCDS7281.1 r.? - - intronic 42 0 0 84 0 0 69 11 15.9 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 NA 0 1.750274549 0.875137275 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.82E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 70350987 G A TET1 CCDS7281.1 r.? - - intronic 34 0 0 102 5 4.9 65 10 15.4 81 15 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0.816254352 0.816254352 1 1.695234469 1.695234469 1 2.297706099 1.148853049 2 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000174019 1 1.36E-12 1 1.82E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 71486890 C G - - - - - - 29 0 0 134 0 0 102 8 7.8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 9.252074311 14 3 7 3 0 2 1 0.693311219 0.747925689 NA 3 7 NA 1 3 NA 0.306688781 0.252074311 0 0 1 0.414546975 1.351686142 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.64E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 72956359 G A - - - - - - 14 0 0 120 6 5 117 16 13.7 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.210829493 1.210829493 1 0.728114559 0.728114559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000351 1 1.91E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 74149822 C G CBARA1 ENST00000398761 r.? - - intronic 42 0 0 122 8 6.6 75 5 6.7 61 0 0 195 1 0.5 243 25 10.3 482 26 5.4 304 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.598294931 1.598294931 1 0.356085222 1.161063738 0.306688781 0 0 1 3 0.28699406 0.935782714 0.306688781 0 NA 0 4 NA 1 0.623729002 0.000000227 8.18E-25 0.0000403 1.19E-18 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 74178052 T C CBARA1 ENST00000398761 r.? - - intronic 40 0 0 118 0 0 96 7 7.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0.387973451 1.265039595 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000631 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75175463 A C ANXA7 CCDS7326.1 r.? - - upstream 18 0 0 131 0 0 85 4 4.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0.249791126 0.814477547 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75268189 A C USP54 CCDS7329.2 r.? - - intronic 25 0 0 111 4 3.6 75 6 8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0.871797235 0.871797235 1 0.425176385 1.386344761 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.002447313 1 0.00000234 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77374331 C G C10orf11 ENST00000354343 r.? - - intronic 40 0 0 103 6 5.8 84 9 10.7 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 1.404562212 1.404562212 1 0.568673415 0.568673415 1 0 0 1 1 0 NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000148 1 5.13E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77422007 G A C10orf11 ENST00000354343 r.? - - intronic 36 0 0 127 0 0 81 7 8.6 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0.457064614 1.490320619 0.306688781 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000197 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 78550904 T A - - - - - - 45 0 0 126 0 0 90 10 11.1 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0.589932234 0.589932234 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.88E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 78866576 C T KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 34 0 0 129 3 2.3 103 6 5.8 63 0 0 49 0 0 74 5 6.8 165 4 2.4 54 0 0 TRUE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0.556981567 0.556981567 1 0.308252879 1.005099952 0.306688781 0 0 1 1 0.127552916 0.415903428 0.306688781 0 NA 0 4 NA 1 1 0.027422952 0.0000378 0.0000148 0.009848867 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 80349657 C G - - - - - - 42 0 0 144 2 1.4 93 5 5.4 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.28699406 0.935782714 0.306688781 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.162538846 1 0.000112692 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 81773057 C A - - - - - - 40 0 0 186 3 1.6 178 8 4.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.239161717 0.779818928 0.306688781 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.067428166 1 0.00000392 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 81793524 T C - - - - - - 15 0 0 99 7 7.1 95 5 5.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0.281679355 0.918453404 0.306688781 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000778 1 0.000124602 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 82118604 C G DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 35 0 0 142 87 61.3 109 83 76.1 52 7 13.5 1 0 0 1 0 0 2 2 100 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 4.044490363 1.348163454 3 NA NA 1 1 5.314704813 1.771568271 3 NA NA 1 NA NA 1 1 4.96E-161 1 8.25E-167 0.000025 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 82118649 C A DYDC2 CCDS7367.1 r.? - - intronic 42 1 2.4 151 92 60.9 123 90 73.2 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 3.890363923 1.296787974 3 NA NA 1 1 5.314704813 5.314704813 1 NA NA 1 NA NA 0.189842622 1 7.54E-170 1 6.46E-178 0.005 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 83693024 T G NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 29 0 0 53 0 0 13 3 23.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 1.227696812 1.227696812 1 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000344 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 86284372 G A - - - - - - 30 0 0 48 4 8.3 24 7 29.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.764976959 0.764976959 1 1.551893805 1.551893805 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000102016 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 88975010 C T ENSG00000237134 ENST00000420863 r.? - - intronic 10 0 0 33 5 15.2 25 7 28 10 1 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.400921659 1.400921659 1 1.488117348 1.488117348 1 0.563255 0.563255 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000066 1 3.47E-11 1 0.04888987 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 89015737 G A - - - - - - 24 0 0 38 0 0 21 4 19 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 1.009793915 1.009793915 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 93093789 T C - - - - - - 48 0 0 58 3 5.2 27 10 37 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.479262673 0.479262673 1 1.966440781 0.98322039 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.003141421 1 7.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 95521538 G T LGI1 CCDS7431.1 r.? - - intronic 59 0 0 47 4 8.5 35 9 25.7 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.783410138 0.783410138 1 1.365879137 1.365879137 1 1.5658489 1.5658489 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 1.23E-13 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 97848378 G A - - - - - - 33 0 0 37 2 5.4 29 9 31 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0.497695853 0.497695853 1 1.647558492 1.647558492 1 0 0 1 1 5.314704813 5.314704813 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.014826063 1 1.79E-14 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 107630296 T G - - - - - - 44 0 0 48 0 0 39 7 17.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0.951332162 0.951332162 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 108916457 T A SORCS1 CCDS7559.1 r.? - - intronic 44 0 0 57 0 0 32 6 18.8 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0.999164505 0.999164505 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 109310970 G T - - - - - - 47 0 0 67 0 0 28 10 35.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 1.897349618 0.948674809 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.18E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 109896275 G A - - - - - - 40 0 0 53 0 0 29 6 20.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 1.100143896 1.100143896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 111149372 G C - - - - - - 36 0 0 61 0 0 32 12 37.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 1.993014305 0.996507152 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.03E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 111151444 G C - - - - - - 43 0 0 53 0 0 37 8 21.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 1.14797624 1.14797624 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 117391887 G A ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 65 0 0 68 0 0 28 11 39.3 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 2.088678992 1.044339496 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 122168834 C T - - - - - - 35 1 2.9 54 0 0 38 15 39.5 30 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 2.099308401 1.049654201 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.16091139 1 1 1 4.24E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 130454891 G A - - - - - - 37 0 0 58 0 0 23 5 21.7 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 1.153290944 1.153290944 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.75E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 130788702 A G - - - - - - 38 0 0 54 0 0 24 8 33.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 1.769796703 1.769796703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 133804524 T A - - - - - - 13 0 0 38 5 13.2 24 4 16.7 11 1 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 1.216589862 1.216589862 1 0.887555704 0.887555704 1 0.51256205 0.51256205 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000137 1 0.00000613 1 0.05364542 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 135406732 C T - - - - - - 43 0 0 52 0 0 29 5 17.2 34 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0.914129228 0.914129228 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 4040381 C G STIM1 CCDS7749.1 r.? - - intronic 43 0 0 47 1 2.1 30 9 30 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.193548387 0.193548387 1 1.20240481 1.20240481 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.209895027 1 2.54E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 8615976 C T STK33 CCDS7789.1 r.? - - upstream 9 0 0 40 3 7.5 20 6 30 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 1.20240481 1.20240481 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001075403 1 5.7E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 12606355 C T - - - - - - 38 0 0 52 4 7.7 40 6 15 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.709677419 0.709677419 1 0.601202405 0.601202405 1 0.713178295 0.713178295 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000139698 1 5.18E-08 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 21508159 G A NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 41 0 0 47 4 8.5 34 13 38.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 1.531062124 1.531062124 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000939 1 1.03E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25127392 C T - - - - - - 25 0 0 37 7 18.9 16 8 50 14 8 57.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.741935484 1.741935484 1 2.004008016 1.002004008 2 2.950904393 1.475452196 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.05E-10 1 4.85E-15 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25985915 A C - - - - - - 31 0 0 59 5 8.5 28 4 14.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 0.573146293 0.573146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 28681949 A C - - - - - - 48 0 0 49 0 0 34 5 14.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.589178357 0.589178357 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 32626074 C A CCDC73 CCDS41630.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 0 0 26 4 15.4 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.617234469 0.617234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 35790174 A T TRIM44 CCDS31461.1 r.? - - intronic 46 0 0 53 2 3.8 32 8 25 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.350230415 0.350230415 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.029108399 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 46521455 G A AMBRA1 CCDS31475.1 r.? - - intronic 31 0 0 59 1 1.7 36 8 22.2 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.156682028 NA 0 1.111779559 1.111779559 1 1.641064599 1.641064599 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.256019138 1 1.04E-11 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 47340259 G C MADD CCDS7930.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 0 0 48 7 14.6 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.731170341 0.731170341 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 47999760 T C PTPRJ CCDS7945.1 r.? - - upstream 27 0 0 48 0 0 27 7 25.9 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.038076152 1.038076152 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 48757051 G C - - - - - - 48 0 0 63 0 0 31 9 29 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.162324649 1.162324649 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 49265622 C A - - - - - - 41 0 0 48 3 6.2 32 10 31.2 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.571428571 0.571428571 1 1.250501002 1.250501002 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001827434 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55085824 G T - - - - - - 40 0 0 60 4 6.7 30 7 23.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.751511521 0.751511521 1 1.166867735 1.166867735 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000243755 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55248618 C A - - - - - - 36 0 0 63 0 0 28 5 17.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55787086 C A - - - - - - 51 0 0 66 4 6.1 35 8 22.9 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.684211982 0.684211982 1 1.146835671 1.146835671 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000351793 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55815499 C A - - - - - - 40 0 0 77 6 7.8 24 5 20.8 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.874894009 0.874894009 1 1.041667335 1.041667335 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000273 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 57864944 T C OR9Q1 CCDS31543.1 r.? - - intronic 55 0 0 71 0 0 43 5 11.6 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.58092986 0.58092986 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109049469 A G DPPA4 CCDS33814.1 r.636u>c c.581T>C p.V194A missense 28 0 0 51 4 7.8 33 8 24.2 34 0 0 155 0 0 237 27 11.4 113 18 15.9 130 0 0 TRUE TRUE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.796894009 0.796894009 1 1.21193988 1.21193988 1 0 0 1 1 0.796274549 0.796274549 1 0 0 1 4 4 1 1 0.000129466 6.99E-28 4.85E-12 8.2E-22 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 11 59290503 A G - - - - - - 23 0 0 62 0 0 37 8 21.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.081731463 1.081731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 64080933 G C ESRRA CCDS41667.1 r.? - - intronic 16 0 0 54 3 5.6 33 6 18.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.572129032 0.572129032 1 0.911458918 0.911458918 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00256299 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 66067518 T C TMEM151A CCDS8133.1 r.? - - downstream 29 0 0 52 4 7.7 32 9 28.1 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.786677419 0.786677419 1 1.407252505 1.407252505 1 1.091612647 1.091612647 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000139698 1 4.94E-14 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 67326024 G A - - - - - - 14 0 0 64 0 0 38 11 28.9 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.447316633 1.447316633 1 0.180059818 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.19E-17 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 72559082 C G FCHSD2 CCDS8218.2 r.? - - intronic 35 0 0 65 0 0 41 5 12.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.610977956 0.610977956 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73526446 C T MRPL48 CCDS44676.1 r.? - - intronic 10 0 0 45 0 0 21 5 23.8 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.191907816 1.191907816 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.95E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73629811 A T PAAF1 CCDS8226.1 r.? - - intronic 25 0 0 57 0 0 40 4 10 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.500801603 0.500801603 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73871052 G A C2CD3 CCDS31636.1 r.? - - intronic 41 0 0 57 5 8.8 34 7 20.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.899059908 0.899059908 1 1.031651303 1.031651303 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 73976545 G A P4HA3 CCDS8230.1 r.? - - downstream 41 1 2.4 62 10 16.1 31 7 22.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.644870968 1.644870968 1 1.131811623 1.131811623 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.18577148 1 8.29E-13 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 77535706 C G RSF1 CCDS8253.1 r.? - - upstream 49 0 0 59 0 0 42 11 26.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.3121002 1.3121002 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.81E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 80299515 A T - - - - - - 41 0 0 73 0 0 43 6 14 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.701122244 0.701122244 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 81581102 C A - - - - - - 47 0 0 72 0 0 37 10 27 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.352164329 1.352164329 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 87791531 T C - - - - - - 33 0 0 59 4 6.8 46 13 28.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.694728111 0.694728111 1 1.417268537 1.417268537 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1.07E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 90216583 A C - - - - - - 58 0 0 46 1 2.2 24 6 25 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.224764977 0.224764977 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 93632590 G A - - - - - - 63 0 0 65 4 6.2 43 8 18.6 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.633428571 0.633428571 1 0.931490982 0.931490982 1 1.491120368 1.491120368 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000331785 1 4.85E-11 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 96808858 C T - - - - - - 41 0 0 49 0 0 36 10 27.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.392228457 1.392228457 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99546539 C G - - - - - - 35 0 0 53 0 0 36 5 13.9 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.696114228 0.696114228 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99552934 C T - - - - - - 36 0 0 66 5 7.6 35 14 40 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.776460829 0.776460829 1 2.003206413 1.001603206 2 1.609284624 1.609284624 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000217 1 1.28E-23 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 99578590 C A - - - - - - 45 0 0 62 3 4.8 39 11 28.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.490396313 0.490396313 1 1.412260521 1.412260521 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003793816 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 101210437 C G - - - - - - 17 0 0 64 0 0 32 6 18.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.941507014 0.941507014 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 102314013 C T TMEM123 CCDS41702.1 r.? - - intronic 42 0 0 63 4 6.3 36 6 16.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.643645161 0.643645161 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000294233 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 102963124 C T DCUN1D5 CCDS8325.1 r.? - - upstream 21 0 0 48 0 0 33 6 18.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.911458918 0.911458918 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 112244973 C A - - - - - - 43 0 0 68 0 0 31 5 16.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.806290581 0.806290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 112567727 G A - - - - - - 41 0 0 58 0 0 36 8 22.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 113104871 C A NCAM1 ENST00000316851 r.? - - intronic 28 0 0 46 3 6.5 21 6 28.6 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.664078341 0.664078341 1 1.432292585 1.432292585 1 1.170388817 1.170388817 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001615827 1 7.95E-10 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 116528781 C G - - - - - - 29 0 0 46 3 6.5 31 5 16.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.664078341 0.664078341 1 0.806290581 0.806290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 119364678 C T AP003395.1 ENST00000498979 r.? - - intronic 14 0 0 42 0 0 35 8 22.9 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.146835671 1.146835671 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 121819585 C G - - - - - - 36 0 0 59 0 0 34 7 20.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.031651303 1.031651303 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122308197 G C - - - - - - 38 0 0 52 6 11.5 36 11 30.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.174907834 1.174907834 1 1.532452906 1.532452906 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000261 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122762524 A T C11orf63 CCDS8438.1 r.? - - intronic 39 0 0 63 0 0 35 7 20 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 123189716 C T - - - - - - 45 0 0 54 5 9.3 39 7 17.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.950142857 0.950142857 1 0.89643487 0.89643487 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 126207100 C T DCPS CCDS8473.1 r.? - - intronic 6 0 0 64 32 50 36 18 50 20 10 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 5.108294931 2.554147465 2 2.504008016 1.252004008 2 2.813434657 1.928448902 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.65E-56 1 3.18E-32 1 1.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 127199930 C A - - - - - - 49 0 0 55 4 7.3 38 11 28.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.74581106 0.74581106 1 1.447316633 1.447316633 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 127621931 T C - - - - - - 54 0 0 66 0 0 37 5 13.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.676082164 0.676082164 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 128218241 T C - - - - - - 43 0 0 60 3 5 42 5 11.9 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.510829493 0.510829493 1 0.595953908 0.595953908 1 1.80622505 1.238064195 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003458198 1 0.00000228 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 132821565 T A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 0 0 32 8 25 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 134119044 G T VPS26B CCDS8495.1 r.? - - downstream 62 0 0 39 7 17.9 37 13 35.1 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.371132581 2 1 1 1 0 0 1 1 0.628867419 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.371132581 1.828769585 1.828769585 1 1.055813627 1.055813627 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1.04E-09 1 3.89E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 2906484 A C FKBP4 CCDS8512.1 r.? - - intronic 32 0 0 49 0 0 46 14 30.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 1.826436874 0.913218437 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.26E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 6505958 C T - - - - - - 30 0 0 63 4 6.3 49 9 18.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.706645161 0.706645161 1 1.10547495 1.10547495 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000294233 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 10917482 C T - - - - - - 42 0 0 62 0 0 47 7 14.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0.895194389 0.895194389 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 10958011 C T TAS2R7 CCDS8631.1 r.? - - upstream 54 0 0 55 0 0 37 9 24.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 1.459947896 1.459947896 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 11348916 G A - - - - - - 48 0 0 68 0 0 42 7 16.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 11363489 C G - - - - - - 37 0 0 72 0 0 39 4 10.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0.618825651 0.618825651 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 11539530 T G PRB2 CCDS41757.2 r.? - - downstream 45 0 0 72 3 4.2 35 12 34.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.471096774 0.471096774 1 2.060749499 1.030374749 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00576558 1 1.83E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 11760489 T A - - - - - - 34 0 0 74 0 0 39 11 28.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 1.694260521 0.847130261 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 14122110 A G GRIN2B CCDS8662.1 r.? - - intronic 34 0 0 67 4 6 45 8 17.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0.672995392 0.672995392 1 1.069426854 1.069426854 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000372648 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18287173 C T - - - - - - 43 1 2.3 74 15 20.3 45 17 37.8 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 2.276967742 1.138483871 2 2.27103006 1.13551503 2 1.807273041 0.90363652 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.193893409 1 4.22E-20 1 7.37E-28 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18379563 C G - - - - - - 37 0 0 77 0 0 40 7 17.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 1.051402806 1.051402806 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 21998122 T C ABCC9 CCDS8693.1 r.? - - intronic 39 0 0 61 4 6.6 32 8 25 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.740294931 0.740294931 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000259828 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 28648938 C G CCDC91 CCDS8716.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 4 5.9 41 4 9.8 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.661778802 0.661778802 1 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000394372 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 28873091 G A - - - - - - 43 0 0 65 4 6.2 44 7 15.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.695428571 0.695428571 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000331785 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29065944 A G - - - - - - 33 0 0 62 0 0 35 5 14.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 32514312 C T BICD1 CCDS8726.1 r.? - - intronic 35 0 0 57 2 3.5 30 7 23.3 32 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.392580645 0.392580645 1 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.03327602 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 33777227 A T - - - - - - 54 0 0 57 3 5.3 37 8 21.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0.594479263 0.594479263 1 1.297731463 1.297731463 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002989991 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 37905445 G T - - - - - - 44 0 0 56 6 10.7 35 6 17.1 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 1.200175115 1.200175115 1 1.027370741 1.027370741 1 1.67974334 1.67974334 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000409 1 2.24E-08 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 41506482 G T - - - - - - 41 0 0 49 4 8.2 38 9 23.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.837760369 0.837760369 1 1.1868998 1.1868998 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000110643 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 42452336 A T - - - - - - 39 0 0 45 2 4.4 28 10 35.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.449529954 0.449529954 1 1.430861723 1.430861723 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.021467209 1 1.18E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 44600729 C A TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 45 0 0 75 0 0 43 6 14 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.841122244 0.841122244 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 44683714 T C TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 0 0 36 10 27.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.670228457 1.670228457 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 47356240 A C - - - - - - 42 0 0 44 2 4.5 26 7 26.9 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.414746544 0.414746544 1 1.078156313 1.078156313 1 1.461806202 1.461806202 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.020580492 1 4.73E-11 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 53245034 A G KRT78 CCDS8840.1 r.? - - upstream 31 0 0 42 0 0 25 5 20 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119161 G C - - - - - - 30 0 0 53 0 0 24 6 25 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119188 G A - - - - - - 32 0 0 41 0 0 25 4 16 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.961282565 0.961282565 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119204 G C - - - - - - 39 0 0 42 2 4.8 22 4 18.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.442396313 0.442396313 1 1.093458918 1.093458918 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.018854633 1 0.00000425 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119355 G T - - - - - - 34 0 0 35 1 2.9 17 6 35.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.267281106 NA 0 2.120829659 1.06041483 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 1.84E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119463 G C - - - - - - 28 0 0 30 3 10 29 9 31 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 1.86248497 0.931242485 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000458697 1 1.79E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55119620 G T - - - - - - 26 0 0 45 5 11.1 39 14 35.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.023041475 1.023041475 1 2.156877756 1.078438878 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000323 1 8.19E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 55717044 A T OR6C1 CCDS31818.1 r.? - - downstream 43 0 0 65 3 4.6 43 12 27.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.515963134 0.515963134 1 1.676236473 0.838118236 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004333293 1 3.24E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 56446749 G A - - - - - - 29 0 0 61 5 8.2 43 9 20.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919760369 0.919760369 1 1.255675351 1.255675351 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 58268843 A C AC083805.2 ENST00000499481 r.? - - intronic 31 0 0 64 5 7.8 32 10 31.2 45 7 15.6 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 1.874501002 0.937250501 2 0.96220155 0.96220155 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000186 1 5.7E-16 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 59437889 T C - - - - - - 39 0 0 61 3 4.9 47 14 29.8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.549612903 0.549612903 1 1.790388778 0.895194389 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003623631 1 1.79E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 59610657 C G - - - - - - 40 0 0 61 3 4.9 34 7 20.6 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.549612903 0.549612903 1 1.237651303 1.237651303 1 0.986873385 0.986873385 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003623631 1 3.73E-10 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62838017 C T - - - - - - 47 0 0 59 3 5.1 36 6 16.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.572046083 0.572046083 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003297476 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 63092768 G C PPM1H CCDS44934.1 r.? - - intronic 35 0 0 59 0 0 44 11 25 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.502004008 1.502004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 65319105 C T - - - - - - 32 0 0 53 4 7.5 40 9 22.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 4 3 3 3 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.882852778 0.882852778 1 1.351803607 1.351803607 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 66760924 G T GRIP1 CCDS41807.1 r.? - - intronic 28 0 0 70 3 4.3 64 11 17.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.506168926 0.506168926 1 1.205378758 1.205378758 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.005331097 1 2.85E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 67706305 G A CAND1 CCDS8977.1 r.? - - intronic 48 0 0 58 0 0 73 14 19.2 39 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 1.345539078 1.345539078 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.71E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 68154489 G A - - - - - - 28 0 0 75 0 0 55 7 12.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0.890018036 0.890018036 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.28E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 70439763 C G - - - - - - 46 0 0 91 4 4.4 40 9 22.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.517940296 0.517940296 1 1.576803607 1.576803607 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001181698 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72680274 T G TRHDE CCDS9004.1 r.? - - intronic 32 0 0 71 0 0 52 9 17.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 1.212386774 1.212386774 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72941382 C A TRHDE CCDS9004.1 r.? - - intronic 37 0 0 69 4 5.8 49 6 12.2 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.682739481 0.682739481 1 0.854977956 0.854977956 1 0.203542636 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000416985 1 0.000000182 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 73574021 T C - - - - - - 30 0 0 65 0 0 41 7 17.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 1.198370741 1.198370741 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 73817289 A T - - - - - - 43 0 0 83 0 0 58 6 10.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0.721825651 0.721825651 1 0 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 73894185 G C - - - - - - 41 0 0 63 0 0 49 5 10.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0.714817635 0.714817635 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000496 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 74670827 T G - - - - - - 39 0 0 64 2 3.1 66 8 12.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.364912481 0.364912481 1 0.84796994 0.84796994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.041085601 1 1.73E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 77040557 G C - - - - - - 55 0 0 53 0 0 50 8 16 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 0 1 1.121282565 1.121282565 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 77321381 A G - - - - - - 57 0 0 60 4 6.7 52 9 17.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.792668455 0.792668455 1 1.212386774 1.212386774 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000243755 1 5.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 85850264 C T - - - - - - 25 0 0 56 3 5.4 47 7 14.9 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0.638867113 0.638867113 1 1.044194389 1.044194389 1 0.801834625 0.801834625 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00284314 1 4.12E-09 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 86251047 C G - - - - - - 20 0 0 79 0 0 55 7 12.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 0 1 0.890018036 0.890018036 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.28E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 92900612 T C - - - - - - 30 0 0 72 0 0 53 10 18.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.205807955 3 4 3 2 1 1 1 1 0.794192045 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.205807955 NA 0 0 1 1.174412734 1.174412734 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.57E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 94075522 C A CRADD CCDS9048.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 0 0 27 9 33.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100172218 G A ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 19 0 0 48 6 12.5 29 8 27.6 20 9 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152073733 1.152073733 1 1.106212425 1.106212425 1 2.775581395 1.387790698 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000016 1 1.53E-12 1 3.12E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 102412288 T C CCDC53 CCDS44959.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 4 7.3 22 6 27.3 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.67281106 0.67281106 1 1.094188377 1.094188377 1 1.831883721 0.91594186 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000173903 1 1.09E-09 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 106240073 A G - - - - - - 38 0 0 62 2 3.2 32 12 37.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294930876 0.294930876 1 1.503006012 1.503006012 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.038789653 1 5.03E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 106278854 C T - - - - - - 37 0 0 58 2 3.4 23 5 21.7 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313364055 0.313364055 1 0.869739479 0.869739479 1 1.634509044 1.634509044 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.034352256 1 9.75E-08 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 106812908 G A POLR3B CCDS9105.1 r.? - - intronic 42 0 0 53 4 7.5 36 9 25 34 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.69124424 0.69124424 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112428551 G C TMEM116 CCDS9157.1 r.? - - intronic 30 0 0 59 3 5.1 25 8 32 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.470046083 0.470046083 1 1.28256513 1.28256513 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003297476 1 3.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 112936294 T A PTPN11 CCDS9163.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 8 17.4 23 6 26.1 33 16 48.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.603686636 1.603686636 1 1.046092184 1.046092184 1 2.991459948 1.495729974 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-11 1 1.47E-09 1 1.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 114669211 G C - - - - - - 36 0 0 39 0 0 22 3 13.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.54509018 0.54509018 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 115704985 G A - - - - - - 45 0 0 45 0 0 24 9 37.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.503006012 1.503006012 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116267774 G A - - - - - - 32 0 0 56 5 8.9 25 7 28 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 1.122244489 1.122244489 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000965 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116750687 G A - - - - - - 51 0 0 55 4 7.3 28 7 25 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.74581106 0.74581106 1 1.252004008 1.252004008 1 0.141863049 0.141863049 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000173903 1 8.44E-11 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116750699 G A - - - - - - 51 0 0 54 5 9.3 29 7 24.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.950142857 0.950142857 1 1.206931864 1.206931864 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000806 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116757194 C G - - - - - - 36 0 0 58 3 5.2 35 6 17.1 36 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.531262673 0.531262673 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003141421 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 117796917 G A NOS1 CCDS41842.1 r.? - - intronic 20 0 0 64 4 6.2 31 5 16.1 16 1 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.633428571 0.633428571 1 0.806290581 0.806290581 1 0.382413437 0.382413437 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000312605 1 0.000000476 1 0.077068876 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 119726044 A G ENSG00000236755 ENST00000428727 r.? - - upstream 43 0 0 52 5 9.6 36 11 30.6 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980792627 0.980792627 1 1.532452906 1.532452906 1 0.511940568 0.511940568 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000668 1 2.62E-17 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 120927619 C G DYNLL1 CCDS9200.1 r.? - - intronic 23 0 0 69 4 5.8 42 7 16.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.592562212 0.592562212 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000416985 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 126764199 T C - - - - - - 37 0 0 45 2 4.4 26 8 30.8 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.493529954 0.493529954 1 1.234468938 1.234468938 1 0.937529716 0.937529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.021467209 1 5.63E-13 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127705711 G A - - - - - - 46 0 0 59 6 10.2 34 10 29.4 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.144092166 1.144092166 1 1.178356713 1.178356713 1 1.498813953 1.498813953 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000561 1 1.15E-15 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127954457 G A - - - - - - 25 0 0 46 3 6.5 24 5 20.8 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.729078341 0.729078341 1 0.833667335 0.833667335 1 1.141072351 1.141072351 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001615827 1 0.000000123 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 131778131 G A - - - - - - 10 0 0 56 5 8.9 36 10 27.8 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 1.114228457 1.114228457 1 2.411671835 1.205835917 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 2.21E-15 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 19565274 G T - - - - - - 40 0 0 73 0 0 37 7 18.9 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 19565275 G T - - - - - - 37 0 0 72 0 0 37 7 18.9 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 19863360 T A - - - - - - 27 0 0 52 0 0 31 7 22.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 20362308 G T - - - - - - 40 0 0 41 4 9.8 28 6 21.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.903225806 0.903225806 1 1.071715431 1.071715431 1 1.095607235 1.095607235 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000546 1 5.36E-09 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 23735050 G T - - - - - - 30 0 0 51 0 0 31 9 29 20 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.452324649 1.452324649 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 23960439 T C SACS CCDS9300.2 r.? - - intronic 54 0 0 54 4 7.4 37 10 27 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.68202765 0.68202765 1 1.352164329 1.352164329 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000161898 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 27561122 G A - - - - - - 41 0 0 58 0 0 37 11 29.7 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.487380762 1.487380762 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 28269520 C T - - - - - - 43 0 0 52 0 0 28 6 21.4 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 29067823 C T FLT1 CCDS9330.1 r.? - - intronic 14 0 0 73 4 5.5 35 11 31.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.506912442 0.506912442 1 1.572517034 1.572517034 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000516741 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 32790412 G A FRY CCDS41875.1 r.? - - intronic 43 0 0 56 4 7.1 40 9 22.5 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65437788 0.65437788 1 1.126803607 1.126803607 1 1.064599483 1.064599483 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000186538 1 4.64E-13 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 33218781 A T PDS5B CCDS41878.1 r.? - - intronic 48 0 0 53 5 9.4 39 22 56.4 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 2.824521042 1.412260521 2 0.992248062 0.992248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1.12E-40 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 33412944 C T - - - - - - 35 0 0 49 6 12.2 31 6 19.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.124423963 1.124423963 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000182 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 35053180 C G - - - - - - 21 0 0 50 1 2 44 9 20.5 19 1 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.184331797 NA 0 1.026643287 1.026643287 1 0.273901809 0.273901809 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 1.18E-12 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 35076961 T G - - - - - - 36 0 0 55 0 0 32 8 25 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 35428967 T G - - - - - - 39 0 0 67 0 0 32 10 31.2 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.562501002 1.562501002 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 37570460 T G EXOSC8 CCDS31958.1 r.? - - upstream 45 0 0 49 0 0 35 6 17.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 37883634 T C - - - - - - 54 0 0 44 0 0 37 5 13.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.676082164 0.676082164 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 39946579 C T LHFP CCDS9369.1 r.? - - intronic 40 0 0 46 0 0 45 7 15.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 41418765 C A - - - - - - 51 0 0 60 2 3.3 32 6 18.8 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304147465 0.304147465 1 0.941507014 0.941507014 1 0.759689922 0.759689922 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.036544784 1 1.27E-08 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 43013703 T C - - - - - - 36 0 0 43 0 0 35 10 28.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.6E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 46066242 C T COG3 CCDS9398.1 r.? - - intronic 40 0 0 59 0 0 31 7 22.6 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 46794377 A G LRRC63 ENST00000446175 r.? - - intronic 7 0 0 55 3 5.5 36 10 27.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.506912442 0.506912442 1 1.392228457 1.392228457 1 0.863049096 0.863049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002700822 1 2.21E-15 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 47637970 C A - - - - - - 49 0 0 46 0 0 43 7 16.3 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.816306613 0.816306613 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 47732387 C T - - - - - - 51 0 0 79 0 0 52 11 21.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48204943 A C - - - - - - 35 0 0 42 6 14.3 19 7 36.8 15 1 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 1.8429499 1.8429499 1 0.34625323 0.34625323 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.02E-08 1 3.73E-12 1 0.072431031 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48537217 G C SUCLA2 CCDS9406.1 r.? - - intronic 42 0 0 52 0 0 34 8 23.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.176883768 1.176883768 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48723805 A G - - - - - - 26 0 0 47 0 0 31 6 19.4 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48796534 G A - - - - - - 15 0 0 54 0 0 42 6 14.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 49526143 A T - - - - - - 42 0 0 54 0 0 35 4 11.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.570913828 0.570913828 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 52072311 T C - - - - - - 36 0 0 61 0 0 32 4 12.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 54203090 T C - - - - - - 39 0 0 47 0 0 26 5 19.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.961539078 0.961539078 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56415093 G T - - - - - - 42 0 0 50 0 0 36 6 16.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56962167 C G - - - - - - 29 0 0 53 0 0 29 6 20.7 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.036659319 1.036659319 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57202440 G A - - - - - - 47 0 0 50 0 0 36 7 19.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57544705 G A - - - - - - 25 0 0 44 0 0 31 7 22.6 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 58768281 A T - - - - - - 47 0 0 62 0 0 29 7 24.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.206931864 1.206931864 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 59167062 C A - - - - - - 40 0 0 61 4 6.6 30 5 16.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.608294931 0.608294931 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000259828 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 61788909 G T - - - - - - 42 0 0 66 0 0 45 13 28.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 7.68E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 61858749 A T - - - - - - 42 0 0 51 0 0 39 6 15.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62292765 T A - - - - - - 37 0 0 54 0 0 34 4 11.8 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.590945892 0.590945892 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 63221046 G T - - - - - - 38 0 0 52 3 5.8 26 9 34.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.534562212 0.534562212 1 1.732773547 1.732773547 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.002300591 1 5.65E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 63290892 G T - - - - - - 42 0 0 50 0 0 30 5 16.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 63306911 C T - - - - - - 48 0 0 49 0 0 28 4 14.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 65066885 C A - - - - - - 51 0 0 61 0 0 34 4 11.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.590945892 0.590945892 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 65476471 T A - - - - - - 38 0 0 50 0 0 34 6 17.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 65772649 C G - - - - - - 58 0 0 53 0 0 40 6 15 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.751202405 0.751202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 66988102 T C PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 39 0 0 51 0 0 26 5 19.2 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.961539078 0.961539078 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67620958 A T PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 43 0 0 49 0 0 38 4 10.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.525841683 0.525841683 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 67674834 C A PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 4 10.3 48 10 20.8 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 1.041667335 1.041667335 1 0.573643411 0.573643411 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000447 1 5.37E-14 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 70400962 T G KLHL1 CCDS9445.1 r.? - - intronic 43 0 0 55 0 0 26 8 30.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.542468938 1.542468938 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 71352426 G T - - - - - - 38 0 0 42 8 19 34 11 32.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751152074 1.751152074 1 1.622597194 1.622597194 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.96E-11 1 1.26E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 71763706 G A - - - - - - 41 0 0 61 0 0 38 7 18.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.92147495 0.92147495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 71992110 G T - - - - - - 38 0 0 48 2 4.2 33 5 15.2 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.387096774 0.387096774 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.024220359 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 75599217 G A - - - - - - 36 0 0 45 0 0 29 5 17.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.861378758 0.861378758 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 76443566 A T ENSG00000178734 ENST00000318245 r.? - - upstream 34 0 0 62 0 0 41 10 24.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.221955912 1.221955912 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.51E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 77226632 T A - - - - - - 49 0 0 36 0 0 28 7 25 29 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79901735 G C RBM26 CCDS9462.1 r.? - - intronic 34 0 0 54 3 5.6 38 7 18.4 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.516129032 0.516129032 1 0.92147495 0.92147495 1 1.105943152 1.105943152 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00256299 1 8.61E-10 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 82852545 C T - - - - - - 64 0 0 62 0 0 23 9 39.1 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.958134269 0.979067134 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.5E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 83775281 C T - - - - - - 52 0 0 52 0 0 35 11 31.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.572517034 1.572517034 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 84611789 T C - - - - - - 45 0 0 39 0 0 40 6 15 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.751202405 0.751202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 84806523 C G - - - - - - 44 0 0 53 2 3.8 44 20 45.5 17 4 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.350230415 0.350230415 1 2.278647295 1.139323647 2 1.214470284 1.214470284 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.029108399 1 1.5E-34 1 0.00000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87478181 G A - - - - - - 38 0 0 53 1 1.9 36 8 22.2 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.175115207 NA 0 1.111779559 1.111779559 1 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.233303855 1 1.04E-11 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87489720 G T - - - - - - 31 0 0 64 0 0 36 7 19.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 89197970 G C - - - - - - 40 0 0 50 0 0 38 9 23.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.1868998 1.1868998 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 91110939 G T - - - - - - 42 0 0 55 0 0 37 11 29.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.487380762 1.487380762 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 92940651 G A GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 45 0 0 65 3 4.6 37 5 13.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.423963134 0.423963134 1 0.676082164 0.676082164 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004333293 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 93025100 C G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 47 0 0 51 3 5.9 35 11 31.4 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.543778802 0.543778802 1 1.572517034 1.572517034 1 0.863049096 0.863049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002175924 1 1.82E-17 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 93722650 G C - - - - - - 53 0 0 44 0 0 33 7 21.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 93786334 T G - - - - - - 44 0 0 42 0 0 47 11 23.4 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.171875752 1.171875752 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.21E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 99586234 C G DOCK9 CCDS45062.1 r.? - - intronic 36 0 0 59 0 0 32 4 12.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 100713455 C G - - - - - - 44 0 0 51 1 2 37 5 13.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.184331797 NA 0 0.676082164 0.676082164 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.225579006 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 102327643 C G ITGBL1 CCDS9499.1 r.? - - intronic 35 0 0 58 0 0 42 10 23.8 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.191907816 1.191907816 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 102460126 G A FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 38 0 0 49 3 6.1 40 12 30 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.562211982 0.562211982 1 1.50240481 1.50240481 1 0.702842377 0.702842377 1 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001939399 1 1.2E-18 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 104545990 A G - - - - - - 33 0 0 54 5 9.3 29 13 44.8 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.857142857 0.857142857 1 2.243591182 1.121795591 2 1.214470284 1.214470284 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000806 1 7.69E-23 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 105104151 C A - - - - - - 45 0 0 53 0 0 40 10 25 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.22E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 105882144 G C - - - - - - 20 0 0 33 0 0 27 4 14.8 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.741186373 0.741186373 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 109528867 G A MYO16 CCDS32008.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 0 0 30 6 20 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 109699129 G A MYO16 CCDS32008.1 r.? - - intronic 47 0 0 65 0 0 46 6 13 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.651042084 0.651042084 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 114854113 G A RASA3 CCDS32016.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 4 7.1 38 13 34.2 21 5 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65437788 0.65437788 1 1.712741483 0.856370741 2 1.22997416 1.22997416 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000186538 1 5.88E-21 1 5.95E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20153488 G A - - - - - - 18 0 0 45 4 8.9 31 6 19.4 12 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 1.176276498 1.176276498 1 1.318080294 1.318080294 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20238480 C T - - - - - - 90 0 0 152 0 0 101 9 8.9 68 1 1.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0.604686321 0.604686321 1 0.084643055 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.7E-09 1 0.288836448 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 22312122 G A - - - - - - 41 0 0 51 0 0 62 33 53.2 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 3.614529467 1.297291481 2.786212289 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.14E-59 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 25601324 A T - - - - - - 38 0 0 73 0 0 50 5 10 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0.679422832 0.679422832 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000549 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 26320591 G A - - - - - - 31 0 0 46 2 4.3 36 5 13.9 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0.396313364 0.396313364 1 0.944397737 0.944397737 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 27497048 G A - - - - - - 31 0 0 39 4 10.3 38 11 28.9 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0.949308756 0.949308756 1 1.963531985 0.981765992 2 0.1523575 0.1523575 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000447 1 5.19E-17 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 27775563 G C - - - - - - 36 0 0 54 4 7.4 38 11 28.9 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0.68202765 0.68202765 1 1.963531985 0.981765992 2 0.564287036 0.564287036 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000161898 1 5.19E-17 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 27892012 G C - - - - - - 48 0 0 63 0 0 47 8 17 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 1.155018815 1.155018815 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.03E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 28770340 T G - - - - - - 23 0 0 62 0 0 35 12 34.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.374749499 1.374749499 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.83E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 28919410 G T - - - - - - 33 0 0 67 0 0 25 10 40 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.603206413 1.603206413 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 30442227 G T - - - - - - 19 0 0 57 0 0 31 8 25.8 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.034068136 1.034068136 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 30472357 C T - - - - - - 43 0 0 53 0 0 27 7 25.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.038076152 1.038076152 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 30593104 C T - - - - - - 39 0 0 54 1 1.9 18 5 27.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.175115207 NA 0 1.114228457 1.114228457 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.237137336 1 2.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 33642718 A T NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 51 1 2 55 10 18.2 20 12 60 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.677419355 1.677419355 1 2.404809619 1.20240481 2 1.946790274 1.319936828 1.474911702 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.225579006 1 2.33E-13 1 2.96E-23 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 34801474 C T - - - - - - 41 0 0 62 0 0 29 8 27.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.106212425 1.106212425 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 37143310 C A PAX9 CCDS9662.1 r.? - - intronic 43 0 0 59 3 5.1 26 10 38.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.470046083 0.470046083 1 1.543086172 1.543086172 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003297476 1 4.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40226759 A C - - - - - - 21 0 0 59 0 0 29 9 31 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.24248497 1.24248497 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.79E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40593575 G C - - - - - - 36 0 0 72 0 0 35 7 20 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 45153954 A C - - - - - - 36 1 2.8 49 6 12.2 25 12 48 32 13 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.124423963 1.124423963 1 1.923847695 0.961923848 2 2.291005366 1.553316963 1.474911702 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.165106833 1 0.000000182 1 1.2E-21 1 3.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 45268851 C G - - - - - - 33 0 0 40 0 0 29 6 20.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.829659319 0.829659319 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 45573351 T G PRPF39 CCDS9682.2 r.? - - intronic 46 0 0 59 0 0 24 6 25 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 47671216 A T MDGA2 CCDS41948.1 r.? - - intronic 45 0 0 63 0 0 27 8 29.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 49018218 G A - - - - - - 38 0 0 40 0 0 25 10 40 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.603206413 1.603206413 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 51477542 G A TRIM9 CCDS9703.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 24 5 20.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.833667335 0.833667335 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 52653135 C T - - - - - - 42 0 0 64 8 12.5 32 18 56.2 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 1.152073733 1.152073733 1 2.25250501 1.126252505 2 1.709789719 1.159248866 1.474911702 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.35E-09 1 1.68E-33 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 54626086 G A - - - - - - 33 0 0 47 0 0 27 6 22.2 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.889779559 0.889779559 1 0.829501943 0.829501943 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 4.23E-09 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 67623599 T G GPHN CCDS9777.1 r.? - - intronic 28 0 0 47 0 0 28 4 14.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.573146293 0.573146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 70673901 C G - - - - - - 32 0 0 57 1 1.8 24 11 45.8 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.165898618 NA 0 1.835671343 0.917835671 2 1.128574072 1.128574072 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.248523156 1 1.15E-19 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 70819856 T C COX16 CCDS9802.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 0 0 17 6 35.3 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.414829659 1.414829659 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.84E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 78728667 A C - - - - - - 42 0 0 56 0 0 20 10 50 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 2.004008016 1.002004008 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.72E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 78929414 C T - - - - - - 36 0 0 51 0 0 22 4 18.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.729458918 0.729458918 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000425 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 81239575 C T C14orf145 CCDS32130.1 r.? - - intronic 49 0 0 43 0 0 27 8 29.6 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 82177993 C G - - - - - - 36 0 0 62 0 0 25 11 44 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.763527054 0.881763527 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.04E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 84324642 G A - - - - - - 10 0 0 57 5 8.8 20 10 50 25 11 44 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.811059908 0.811059908 1 2.004008016 1.002004008 2 2.482862958 1.683397694 1.474911702 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000105 1 1.72E-18 1 2.04E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 86325862 A G - - - - - - 56 0 0 64 0 0 26 7 26.9 43 3 7 138 0 0 77 0 0 88 26 29.5 89 8 9 TRUE TRUE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.078156313 1.078156313 1 0.395000925 0.395000925 1 1 1.182364729 1.182364729 1 0.507858332 1.069374223 0.474911702 2 5 1 1 1 1 4.73E-11 1.61E-38 0.001328364 1.92E-08 YES 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 14 86436007 A C - - - - - - 42 0 0 67 0 0 29 6 20.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.829659319 0.829659319 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 87580933 C G - - - - - - 32 0 0 36 0 0 23 4 17.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0.69739479 0.69739479 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 87941323 A G - - - - - - 48 0 0 41 3 7.3 17 8 47.1 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.67281106 0.67281106 1 1.887775551 0.943887776 2 1.495360645 1.495360645 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001155993 1 9.12E-15 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 88573018 C A - - - - - - 24 0 0 43 1 2.3 29 9 31 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.211981567 0.211981567 1 1.24248497 1.24248497 1 1.190645646 1.190645646 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.193893409 1 1.79E-14 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 95120497 G C - - - - - - 19 0 0 42 0 0 20 9 45 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.803607214 0.901803607 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.12E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 97177875 G A - - - - - - 19 0 0 66 0 0 32 8 25 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 20150098 C T - - - - - - 11 0 0 42 2 4.8 23 16 69.6 16 6 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.490396313 0.490396313 1 2.98054075 1.310490648 2.274370103 2.687984496 0.895994832 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.018854633 1 3.62E-32 1 1.2E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 20719219 T C - - - - - - 6 0 0 10 2 20 5 3 60 6 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.043317972 2.043317972 1 2.569431681 2.569431681 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001095391 1 0.00000124 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 22557380 G A - - - - - - 34 0 0 112 2 1.8 28 9 32.1 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.183898618 NA 0 1.374645949 1.374645949 1 1.956852713 0.978426357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.10855951 1 1.24E-14 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 24020593 T C - - - - - - 33 0 0 48 4 8.3 28 17 60.7 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.847976959 0.847976959 1 2.599408384 1.142913539 2.274370103 2.802671835 0.934223945 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000102016 1 1.56E-32 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 24700722 G T - - - - - - 34 0 0 69 0 0 36 10 27.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 1.190503346 1.190503346 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 31151794 C A - - - - - - 50 0 0 54 5 9.3 30 17 56.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.950142857 0.950142857 1 2.428112939 1.067597985 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000806 1 8.59E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 33579111 A T - - - - - - 46 0 0 64 0 0 28 11 39.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 1.682977751 0.841488876 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.7E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 36345582 T A - - - - - - 48 0 0 47 9 19.1 33 18 54.5 41 20 48.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.951368664 0.975684332 2 2.333900444 1.02617443 2.274370103 3.497963824 1.165987941 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.24E-12 1 3.68E-33 1 2.32E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 38684252 G A - - - - - - 34 0 0 80 17 21.2 36 16 44.4 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 2.165917051 1.082958525 2 1.901379444 0.950689722 2 2.623472868 0.874490956 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 5.75E-23 1 1.01E-27 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 38927178 A C - - - - - - 29 0 0 67 0 0 40 7 17.5 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0.749417574 0.749417574 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 39112962 T C - - - - - - 50 0 0 55 4 7.3 22 9 40.9 13 6 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.74581106 0.74581106 1 1.751495929 0.875747965 2 3.311596899 1.103865633 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000173903 1 9.16E-16 1 2.6E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 44459700 C T FRMD5 CCDS10107.2 r.? - - intronic 27 0 0 60 3 5 29 15 51.7 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.510829493 0.510829493 1 2.213993632 0.973453542 2.274370103 0.895994832 0.895994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003458198 1 2.22E-27 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 49632085 C T C15orf33 CCDS32237.1 r.? - - intronic 9 0 0 57 0 0 26 15 57.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 2.4709368 1.086426873 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.24E-28 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 50285398 G A ATP8B4 CCDS32238.1 r.? - - intronic 39 0 0 65 5 7.7 43 28 65.1 38 18 47.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.786677419 0.786677419 1 2.787833374 1.225760649 2.274370103 3.397612403 1.132537468 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 5.25E-54 1 1.16E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 51919342 G A DMXL2 CCDS10141.1 r.? - - upstream 49 0 0 82 0 0 28 7 25 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 1.070596534 1.070596534 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 55266494 T G - - - - - - 27 0 0 62 5 8.1 29 16 55.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.827543779 0.827543779 1 2.363877147 1.039354652 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 9.74E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 55387261 G C - - - - - - 41 0 0 51 1 2 36 22 61.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.204331797 0.204331797 1 2.616537929 1.150445095 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.225579006 1 8.46E-42 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 56036206 C T PRTG CCDS42040.1 r.? - - upstream 32 0 0 39 0 0 29 16 55.2 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 2.363877147 1.039354652 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.74E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 60856971 G A RORA CCDS10177.1 r.? - - intronic 45 0 0 72 4 5.6 33 17 51.5 41 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.572129032 0.572129032 1 2.20542886 0.969687764 2.274370103 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000490365 1 8.25E-31 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 63776761 T A - - - - - - 17 0 0 49 0 0 20 4 20 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0.856477227 0.856477227 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000284 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 71924634 A G THSD4 CCDS10238.2 r.? - - intronic 34 0 0 60 4 6.7 30 12 40 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.885511521 0.885511521 1 1.712954454 0.856477227 2 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000243755 1 1.94E-20 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 72211879 G A MYO9A CCDS10239.1 r.? - - intronic 13 0 0 69 0 0 32 6 18.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0.805088593 0.805088593 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 82257827 C T - - - - - - 35 0 0 79 5 6.3 38 19 50 29 12 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.832645161 0.832645161 1 2.141193068 0.941444431 2.274370103 2.967534884 0.989178295 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000518 1 6.16E-34 1 1.17E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 86370128 G C - - - - - - 25 0 0 53 4 7.5 26 15 57.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.99124424 0.99124424 1 2.4709368 1.086426873 2.274370103 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 2.24E-28 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 87370895 C G - - - - - - 16 0 0 29 4 13.8 15 6 40 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 1.823889401 1.823889401 1 1.712954454 1.712954454 1 1.627126615 1.627126615 1 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000134 1 7.52E-11 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 92919432 G A - - - - - - 50 0 0 66 0 0 36 21 58.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 2.496631117 1.097724207 2.274370103 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.47E-39 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 95888680 G A - - - - - - 44 0 0 70 5 7.1 34 13 38.2 27 13 48.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.93837788 0.93837788 1 1.635871504 0.817935752 2 3.447788114 1.149262705 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000289 1 1.03E-21 1 2.29E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 379971 T C AXIN1 CCDS10405.1 r.? - - intronic 12 0 0 63 7 11.1 50 7 14 26 0 0 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.245041475 1.245041475 1 0.841122244 0.841122244 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.38E-08 0.005 6.46E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 3947814 T A - - - - - - 17 0 0 86 4 4.7 48 8 16.7 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.527179724 0.527179724 1 1.003338677 1.003338677 1 1.437134367 1.437134367 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000957637 1 1.23E-10 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 6037588 T G - - - - - - 36 0 0 53 0 0 42 7 16.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 10969443 C T CIITA CCDS10544.1 r.? - - upstream 36 0 0 71 0 0 58 13 22.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.345795591 1.345795591 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.12E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 11067781 G C CLEC16A CCDS45409.1 r.? - - intronic 14 0 0 32 0 0 18 3 16.7 14 2 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0.882018088 0.882018088 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.0000964 1 0.002185852 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 12646634 G A SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 0 0 40 5 12.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.751002004 0.751002004 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 12893383 G T CPPED1 CCDS42120.1 r.? - - intronic 31 0 0 59 4 6.8 36 5 13.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 0.835114228 0.835114228 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 13198628 T A SHISA9 CCDS45417.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 3 5.5 46 7 15.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.616912442 0.616912442 1 0.913218437 0.913218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 3.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 15809945 G C MYH11 CCDS45424.1 r.? - - intronic 35 0 0 55 3 5.5 32 4 12.5 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.616912442 0.616912442 1 0.751002004 0.751002004 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 18042299 C T - - - - - - 45 0 0 74 4 5.4 45 12 26.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.605695853 0.605695853 1 1.604140281 1.604140281 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00054411 1 6.03E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 18541605 G C NOMO2 CCDS10570.1 r.? - - intronic 7 0 0 21 10 47.6 16 4 25 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.339096774 2.669548387 2 1.502004008 1.502004008 1 1.714692506 1.714692506 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.28E-18 1 0.00000108 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 23537962 C T EARS2 CCDS42132.1 r.? - - intronic 29 0 0 72 0 0 50 11 22 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.321763527 1.321763527 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.52E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 27033954 G A - - - - - - 34 0 0 70 5 7.1 49 9 18.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.10547495 1.10547495 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 27394807 C G - - - - - - 15 0 0 65 4 6.2 49 7 14.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0.859146293 0.859146293 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000331785 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 28463857 T A NPIPL1 ENST00000422673 r.? - - downstream 11 0 0 12 0 0 10 3 30 9 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.80240481 1.80240481 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000146 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 30025365 G A DOC2A CCDS10666.1 r.? - - upstream 20 0 0 50 0 0 41 7 17.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.027370741 1.027370741 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 31559515 C G - - - - - - 41 0 0 51 0 0 37 6 16.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 32826340 C A - - - - - - 23 0 0 45 4 8.9 21 4 19 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998276498 0.998276498 1 1.141523046 1.141523046 1 0.530428941 0.530428941 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.00000349 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 46588998 C T ANKRD26P1 ENST00000329373 r.? - - intronic 32 0 0 56 4 7.1 48 6 12.5 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 0.751002004 0.751002004 1 0.200702842 0.200702842 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.00000016 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 49652015 G A ZNF423 CCDS32445.1 r.? - - intronic 29 0 0 56 0 0 30 6 20 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 51067624 A C - - - - - - 34 0 0 63 0 0 51 5 9.8 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 51945883 T C - - - - - - 49 0 0 55 0 0 44 9 20.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.18E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 52423373 G C - - - - - - 45 0 0 70 0 0 38 6 15.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.949266533 0.949266533 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 55845363 G C CES1 CCDS32450.1 r.? - - intronic 51 0 0 92 4 4.3 59 13 22 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.482313364 0.482313364 1 1.321763527 1.321763527 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001230545 1 3.99E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61391629 C A - - - - - - 45 0 0 58 0 0 34 4 11.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61419946 C T - - - - - - 25 0 0 44 4 9.1 37 5 13.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020709677 1.020709677 1 0.811082164 0.811082164 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000723 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62503727 C T - - - - - - 25 0 0 75 0 0 36 5 13.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.835114228 0.835114228 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62613073 A T - - - - - - 44 0 0 48 0 0 32 7 21.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.315755511 1.315755511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 62662365 G C - - - - - - 66 0 0 60 0 0 37 10 27 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.622164329 1.622164329 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63148673 G C - - - - - - 46 0 0 82 0 0 36 4 11.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63609560 C A - - - - - - 27 0 0 66 1 1.5 37 6 16.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168248848 0.168248848 1 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.281671117 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 65145252 T C CDH11 CCDS10803.1 r.? - - intronic 48 0 0 54 8 14.8 37 9 24.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.6600553 1.6600553 1 1.459947896 1.459947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 3.31E-10 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 65311770 G C - - - - - - 31 0 0 71 4 5.6 39 6 15.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.628129032 0.628129032 1 0.925234469 0.925234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000464961 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 66071545 C G - - - - - - 48 0 0 73 0 0 36 10 27.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.670228457 1.670228457 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 66994268 C T CES3 CCDS10826.1 r.? - - upstream 18 0 0 24 2 8.3 10 3 30 19 1 5.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 1.80240481 1.80240481 1 0.379901809 0.379901809 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006413403 1 0.0000146 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 72218012 G A - - - - - - 38 0 0 67 3 4.5 51 8 15.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504746544 0.504746544 1 0.943258517 0.943258517 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004717431 1 2.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 73327456 A G - - - - - - 38 0 0 70 5 7.1 37 9 24.3 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.459947896 1.459947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000289 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 78166848 C T WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 51 0 0 59 5 8.5 40 6 15 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 0.901202405 0.901202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 79250372 C G WWOX CCDS42196.1 r.? - - downstream 53 0 0 68 0 0 38 4 10.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.630841683 0.630841683 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 81321729 C A BCMO1 CCDS10934.1 r.? - - intronic 31 0 0 58 0 0 49 10 20.4 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.225635271 1.225635271 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.72E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 81742258 G A ENSG00000153815 ENST00000398040 r.? - - intronic 18 0 0 73 4 5.5 40 12 30 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.616912442 0.616912442 1 1.80240481 0.901202405 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000516741 1 1.2E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83150257 G A CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 21 0 0 66 3 4.5 35 6 17.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504746544 0.504746544 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004522888 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 90010699 G C DEF8 CCDS10989.1 r.? - - upstream 34 0 0 70 0 0 42 4 9.5 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.570761523 0.570761523 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 889351 G A - - - - - - 40 0 0 67 5 7.5 32 9 28.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.99124424 0.99124424 1 1.126252505 1.126252505 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000233 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 179260723 C T SQSTM1 CCDS34317.1 r.1284c>u c.1106C>T p.P369L missense 28 0 0 54 0 0 36 12 33.3 30 0 0 247 1 0.4 275 1 0.4 158 38 24.1 139 1 0.7 FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.667669339 0.833834669 2 0 NA 0 1 1.206931864 1.206931864 1 0.039038514 NA 0 NA NA 1 0.7100648 1 0.748030946 2.73E-19 1.07E-51 1 0.501794837 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 152777162 T C SYNE1 CCDS5236.1 r.3188a>g c.2586A>G p.Q862Q silent 41 0 0 75 0 0 30 13 43.3 42 0 0 152 0 0 81 0 0 135 46 34.1 150 0 0 FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.601470942 1.300735471 2 0 0 1 0 2.048733467 1.024366733 2 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1.35E-22 2.72E-70 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 9760441 G A GLP2R CCDS11150.1 r.? - - intronic 12 0 0 47 31 66 23 17 73.9 17 13 76.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.722949309 1.744589862 5 2.961923848 1.480961924 2 3.953488372 1.976744186 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.48E-60 1 7.49E-35 1 2.85E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 11819454 T G DNAH9 CCDS11160.1 r.? - - intronic 47 0 0 50 0 0 27 8 29.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 12796728 C G ENSG00000006740 CCDS45616.1 r.? - - intronic 45 0 0 51 0 0 33 6 18.2 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.729458918 0.729458918 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 14616459 T C - - - - - - 39 0 0 85 1 1.2 31 5 16.1 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.158599078 0.158599078 1 0.645290581 0.645290581 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.346926798 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 19746391 A C ULK2 CCDS11213.1 r.? - - intronic 50 0 0 56 0 0 29 11 37.9 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.519038076 1.519038076 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.56E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 21236760 C T - - - - - - 46 2 4.3 131 18 13.7 86 26 30.2 86 18 20.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262672811 1.262672811 1 1.210420842 1.210420842 1 1.080103359 1.080103359 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.022369545 1 1.32E-20 1 8.05E-39 1 4.22E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26022182 C T - - - - - - 48 0 0 53 3 5.7 26 8 30.8 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 2 2 2 2 0 1 0 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.525345622 0.525345622 1 1.775055981 1.775055981 1 0.878552972 0.878552972 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002429596 1 5.63E-13 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26024084 A C - - - - - - 40 0 0 68 3 4.4 26 7 26.9 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.405529954 0.405529954 1 1.550292399 1.550292399 1 0.594940568 0.594940568 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004916956 1 4.73E-11 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26185729 C G - - - - - - 36 0 0 69 2 2.9 30 6 20 40 16 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.267281106 0.267281106 1 1.152633754 1.152633754 1 2.867183463 1.433591731 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.04704084 1 8.37E-09 1 8.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26186233 C G - - - - - - 41 0 0 51 2 3.9 38 9 23.7 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.359447005 0.359447005 1 1.365870999 1.365870999 1 2.687984496 1.343992248 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.027109304 1 2.79E-13 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26189091 C T - - - - - - 51 0 0 76 5 6.6 33 10 30.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.608294931 0.608294931 1 1.746240137 0.994922037 1.755152738 1.899509044 0.949754522 2 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000043 1 8.14E-16 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 27503427 G C - - - - - - 18 0 0 52 2 3.8 27 9 33.3 36 11 30.6 233 0 0 166 13 7.8 212 40 18.9 182 21 11.5 TRUE TRUE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 0.350230415 0.350230415 1 1.919135201 0.9595676 2 2.714020739 0.90467358 3 1 1.089238898 1.089238898 1 1.019975114 1.019975114 1 6 5 1 1 0.028101652 4.32E-12 8.44E-15 1.07E-49 2.62E-17 3.77E-22 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 27503451 G C - - - - - - 20 0 0 49 0 0 30 9 30 35 8 22.9 187 0 0 152 11 7.2 174 30 17.2 155 17 11 FALSE TRUE 2 3.755152738 5.701390162 2 2 3 0 1 2 1 0.244847262 0.298609838 NA 3 3 NA 1 3 NA 0.755152738 0.701390162 0 NA 0 1.728950631 1.728950631 1 2.03108088 1.01554044 2 1 0.991265029 0.991265029 1 0.97562837 0.97562837 1 NA 5 1 1 1 4.43E-10 2.54E-14 2.02E-36 8.15E-12 7.73E-18 YES 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 28367740 A G EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 41 0 0 71 4 5.6 28 6 21.4 34 13 38.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.516129032 0.516129032 1 0.857715431 0.857715431 1 1.974160207 0.987080103 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000464961 1 5.36E-09 1 1.03E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 32359984 A G ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 31 0 0 51 0 0 42 7 16.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 32446269 A G ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 35 0 0 61 4 6.6 34 5 14.7 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.608294931 0.608294931 1 0.589178357 0.589178357 1 1.283064599 1.283064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.000000771 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 35175233 G A - - - - - - 7 0 0 45 4 8.9 33 8 24.2 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0.820276498 0.820276498 1 0.96993988 0.96993988 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000791 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 37207537 C A - - - - - - 12 0 0 43 0 0 28 5 17.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0.71743487 0.71743487 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 45748644 G C KPNB1 CCDS11513.1 r.? - - intronic 22 0 0 60 0 0 29 10 34.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 1.382765531 1.382765531 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.79E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 50264774 A G - - - - - - 31 0 0 49 5 10.2 17 4 23.5 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0.940092166 0.940092166 1 0.941883768 0.941883768 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000496 1 0.00000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 52088480 C T - - - - - - 41 0 0 60 4 6.7 36 11 30.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.684511521 0.684511521 1 1.532452906 1.532452906 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000243755 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 55302314 G A - - - - - - 29 0 0 54 5 9.3 31 9 29 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.950142857 0.950142857 1 1.452324649 1.452324649 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000806 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 61014294 T C - - - - - - 46 0 0 76 0 0 33 6 18.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 67901479 C G - - - - - - 20 0 0 61 2 3.3 39 9 23.1 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.337147465 0.337147465 1 1.156851703 1.156851703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.037660755 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 68873684 G A - - - - - - 40 0 0 55 2 3.6 43 6 14 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.367797235 0.367797235 1 0.701122244 0.701122244 1 1.511216861 1.511216861 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.031164417 1 8.13E-08 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 70033547 G A - - - - - - 48 0 0 72 6 8.3 39 5 12.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.847976959 0.847976959 1 0.641026052 0.641026052 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000184 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 73634280 C G RECQL5 CCDS42380.1 r.? - - intronic 20 0 0 55 0 0 37 10 27 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 1.352164329 1.352164329 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.01E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4918062 T A - - - - - - 32 0 0 56 0 0 24 3 12.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0.501002004 0.501002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000233853 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 5222843 T A - - - - - - 47 0 0 45 0 0 25 5 20 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 5770924 T A - - - - - - 39 0 0 49 2 4.1 23 6 26.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0.377880184 0.377880184 1 1.046092184 1.046092184 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.025168485 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 8593970 C T - - - - - - 37 0 0 51 0 0 22 7 31.8 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 1.274549098 1.274549098 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.25E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 13258742 C G C18orf1 CCDS32793.1 r.? - - intronic 46 0 0 67 0 0 41 9 22 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0.881763527 0.881763527 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22824798 G T ZNF521 CCDS32806.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 0 0 33 8 24.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.96993988 0.96993988 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22867490 T G ZNF521 CCDS32806.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 0 0 26 8 30.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.234468938 1.234468938 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 27577955 G T - - - - - - 20 0 0 46 2 4.3 29 7 24.1 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.396313364 0.396313364 1 0.965931864 0.965931864 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.022369545 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 29025332 C T DSG3 CCDS11898.1 r.? - - upstream 50 0 0 70 0 0 29 12 41.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.659318637 0.829659319 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.17E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 30461118 G C - - - - - - 39 0 0 57 0 0 32 10 31.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.250501002 1.250501002 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 34032997 C T FHOD3 CCDS32816.1 r.? - - intronic 45 0 0 43 3 7 33 9 27.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.64516129 0.64516129 1 1.094188377 1.094188377 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001328364 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 34886352 G T CELF4 CCDS32818.1 r.? - - intronic 8 0 0 60 3 5 25 12 48 42 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.460829493 0.460829493 1 1.923847695 0.961923848 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003458198 1 1.2E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 38057860 T A - - - - - - 43 0 0 47 0 0 20 3 15 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.601202405 0.601202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 40483510 A C RIT2 CCDS11921.1 r.? - - intronic 50 0 0 49 0 0 39 6 15.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.617234469 0.617234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 42321766 C T SETBP1 CCDS11923.2 r.? - - intronic 32 0 0 50 4 8 30 11 36.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.737327189 0.737327189 1 1.470941884 1.470941884 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000119787 1 2.44E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 49271279 C T - - - - - - 13 0 0 28 4 14.3 13 4 30.8 19 5 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31797235 1.31797235 1 1.234468938 1.234468938 1 2.148173127 2.148173127 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000116 1 0.000000431 1 3.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 50571382 C G DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 49 0 0 64 0 0 26 7 26.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.078156313 1.078156313 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 50861887 A G DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 43 0 0 47 0 0 25 7 28 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.122244489 1.122244489 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 52997288 T C TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 37 0 0 56 0 0 28 8 28.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.146292585 1.146292585 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 54923870 G C - - - - - - 29 0 0 52 0 0 33 11 33.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.54E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 55053059 T C - - - - - - 43 0 0 41 0 0 37 11 29.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.190380762 1.190380762 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 58881071 A G - - - - - - 41 0 0 55 2 3.6 30 9 30 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.331797235 0.331797235 1 1.20240481 1.20240481 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.031164417 1 2.54E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62211358 G T - - - - - - 46 0 0 52 0 0 25 8 32 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.28256513 1.28256513 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62758367 T A - - - - - - 48 0 0 71 0 0 29 10 34.5 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.382765531 1.382765531 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.79E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67619502 A G CD226 CCDS11997.1 r.? - - intronic 44 0 0 51 4 7.8 27 8 29.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000129466 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69812525 C G - - - - - - 43 0 0 61 4 6.6 34 8 23.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.608294931 0.608294931 1 0.941883768 0.941883768 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000259828 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 70832509 G C - - - - - - 41 0 0 53 0 0 35 7 20 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.801603206 0.801603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 74181033 T G ZNF516 ENST00000217537 r.? - - intronic 52 0 0 64 3 4.7 31 6 19.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.433179724 0.433179724 1 0.77755511 0.77755511 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004148608 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 268720 T A - - - - - - 38 0 0 52 0 0 34 4 11.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 5315097 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 30 0 0 52 5 9.6 19 5 26.3 47 18 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.268792627 1.268792627 1 1.580108216 1.580108216 1 3.511328165 1.170442722 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000668 1 3.43E-08 1 1.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 8612410 C G MYO1F CCDS42494.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 2 5.1 29 7 24.1 31 13 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.674046083 0.674046083 1 1.447931864 1.447931864 1 3.841374677 1.280458226 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 1.11E-10 1 2.32E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 10548955 A T PDE4A CCDS45961.1 r.? - - intronic 7 0 0 51 0 0 28 10 35.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.144861723 1.072430862 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.18E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 12603022 T C ZNF709 CCDS45990.1 r.? - - intronic 9 0 0 34 5 14.7 16 6 37.5 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.50183871 1.50183871 1 2.253006012 1.126503006 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000771 1 1.2E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 14801194 A T ZNF333 CCDS12316.1 r.? - - intronic 13 0 0 33 3 9.1 16 5 31.2 11 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.929709677 0.929709677 1 1.874501002 1.874501002 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000609557 1 0.000000013 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 16600232 C T CALR3 CCDS12344.1 r.? - - intronic 16 0 0 55 0 0 33 9 27.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.640188377 1.640188377 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 20816199 A C ZNF626 CCDS42535.1 r.? - - intronic 11 0 0 38 3 7.9 22 3 13.6 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 0.81709018 0.81709018 1 0.385054264 0.385054264 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.000179267 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 29533610 G C - - - - - - 38 0 0 52 3 5.8 27 5 18.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.650562212 0.650562212 1 0.926482966 0.926482966 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002300591 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 29671111 T C - - - - - - 57 0 0 51 0 0 40 8 20 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 29958980 T A - - - - - - 30 1 3.3 64 7 10.9 33 9 27.3 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222608295 1.222608295 1 1.367188377 1.367188377 1 2.484516796 0.828172265 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.139615808 1 3.78E-08 1 6.76E-14 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 31433847 G C - - - - - - 32 0 0 51 0 0 40 13 32.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.62760521 0.813802605 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.3E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 31561131 T A - - - - - - 37 0 0 71 0 0 34 7 20.6 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 33632382 C A WDR88 CCDS12429.1 r.? - - intronic 34 0 0 53 4 7.5 33 11 33.3 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0.84124424 0.84124424 1 1.667669339 0.833834669 2 2.001627749 1.000813875 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000150502 1 8.54E-18 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 35143037 C T - - - - - - 43 0 0 63 0 0 27 6 22.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 36804446 C G - - - - - - 29 0 0 37 3 8.1 30 6 20 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0.908543779 0.908543779 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000855237 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 43670085 C T PSG5 CCDS12617.1 r.? - - downstream 39 0 0 46 0 0 28 6 21.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 44434431 G A ZNF45 CCDS12632.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 0 0 39 7 17.9 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 45395304 C T PVRL2 CCDS42576.1 r.? - - downstream 22 1 4.5 53 0 0 25 7 28 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 1.402244489 1.402244489 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 0.104413009 1 1 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 47366392 C G - - - - - - 38 0 0 49 1 2 50 15 30 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.224331797 NA 0 1.50240481 1.50240481 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.217776325 1 5.83E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 47658571 G A SAE1 ENST00000414294 r.? - - intronic 35 0 0 45 0 0 32 5 15.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 53966132 G A ZNF813 CCDS46172.1 r.? - - upstream 18 0 0 54 4 7.4 29 14 48.3 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.83002765 0.83002765 1 2.418871743 1.209435872 2 1.930105368 0.965052684 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000161898 1 4.41E-25 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 56938937 C T ZNF583 CCDS12943.1 r.? - - downstream 31 0 0 43 1 2.3 33 6 18.2 34 3 8.8 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.257981567 0.257981567 1 0.911458918 0.911458918 1 0.67939709 0.67939709 1 1 5.008016032 5.008016032 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.193893409 1 1.54E-08 0.005 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 58902473 A T RPS5 CCDS12978.1 r.? - - intronic 32 0 0 65 5 7.7 36 14 38.9 28 10 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.863677419 0.863677419 1 1.948118236 0.974059118 2 2.756190465 1.079816109 2.552462815 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 2.09E-23 1 1.18E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 167000 G T - - - - - - 27 0 0 76 8 10.5 84 43 51.2 23 0 0 250 0 0 203 28 13.8 461 228 49.5 180 0 0 TRUE TRUE 6 3 4.540352023 3 2 3 3 1 1 1 1 0.459647977 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.540352023 1.387741935 1.387741935 1 2.564104208 1.282052104 2 0 0 1 2 2.478967936 1.239483968 2 0 0 1 4 4 1 1 5.44E-09 3.03E-31 1.53E-75 0 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 7102594 A G RNF144A CCDS1657.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 0 0 40 4 10 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0.600801603 0.600801603 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 7666934 G T - - - - - - 41 0 0 66 0 0 55 7 12.7 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0.763018036 0.763018036 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.28E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 8228648 G C - - - - - - 42 0 0 70 0 0 39 4 10.3 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0.618825651 0.618825651 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 10376869 G A - - - - - - 12 0 0 47 3 6.4 44 17 38.6 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.845861751 0.845861751 1 2.319094188 1.159547094 2 2.311767442 1.155883721 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001719595 1 4.61E-28 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 12680741 G T - - - - - - 60 0 0 72 5 6.9 34 9 26.5 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7049447 0.7049447 1 1.327124248 1.327124248 1 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000331 1 9.15E-14 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 13066419 G C - - - - - - 24 0 0 67 0 0 38 10 26.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 17027513 T C - - - - - - 46 0 0 63 0 0 28 4 14.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 20619876 A G - - - - - - 29 0 0 69 0 0 32 9 28.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.407252505 1.407252505 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.94E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22586577 T C - - - - - - 34 0 0 72 0 0 43 9 20.9 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.046675351 1.046675351 1 0.212366925 0.212366925 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22629998 G A - - - - - - 60 0 0 49 0 0 35 7 20 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 23110647 A C - - - - - - 35 0 0 57 0 0 32 7 21.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.096755511 1.096755511 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 27618926 T C PPM1G CCDS1752.1 r.? - - intronic 20 0 0 58 0 0 34 6 17.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 29291114 A C C2orf71 CCDS42669.1 r.? - - intronic 54 0 0 62 0 0 41 4 9.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.490785571 0.490785571 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33247756 A C LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 40 0 0 70 3 4.3 34 9 26.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.439313364 0.439313364 1 1.327124248 1.327124248 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.005331097 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 34015766 C A - - - - - - 38 0 0 64 0 0 39 6 15.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35044012 T C - - - - - - 36 0 0 67 0 0 28 5 17.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35284057 G C - - - - - - 48 0 0 73 0 0 37 8 21.6 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.081731463 1.081731463 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35740583 T A - - - - - - 43 0 0 61 0 0 32 4 12.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 35927595 C T - - - - - - 45 0 0 72 0 0 35 9 25.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 37879952 A G CDC42EP3 CCDS1791.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 1 2.2 34 10 29.4 44 14 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224764977 0.224764977 1 1.472356713 1.472356713 1 2.597410853 0.865803618 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.205924651 1 1.15E-15 1 6.1E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 38837378 A T - - - - - - 51 0 0 85 0 0 39 4 10.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.515825651 0.515825651 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 44246612 T C - - - - - - 36 0 0 56 4 7.1 45 5 11.1 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.72537788 0.72537788 1 0.55588978 0.55588978 1 1.21702584 1.21702584 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.00000323 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 47724011 C T MSH2 ENST00000406134 r.? - - intronic 41 0 0 60 4 6.7 48 11 22.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684511521 0.684511521 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000243755 1 9.31E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 48771999 C T STON1 CCDS1841.1 r.? - - intronic 43 0 0 73 0 0 39 9 23.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.156851703 1.156851703 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 49151712 T C - - - - - - 37 0 0 47 0 0 23 10 43.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.178486974 1.089243487 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.05E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50523491 T G NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 42 0 0 52 2 3.8 77 36 46.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 9 5 2 7 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.388230415 0.388230415 1 5.151751503 1.030350301 5 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.028101652 1 1.39E-61 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 53594467 C T - - - - - - 41 1 2.4 62 9 14.5 35 9 25.7 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.48140553 1.48140553 1 1.28706012 1.28706012 1 1.568248062 1.568248062 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.18577148 1 3.12E-11 1 1.23E-13 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 54066543 C T ASB3 ENST00000406625 r.? - - intronic 45 0 0 76 4 5.3 42 10 23.8 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.541479263 0.541479263 1 1.191907816 1.191907816 1 2.646418605 0.882139535 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00060191 1 1.24E-14 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 55624990 T C CCDC88A CCDS33203.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 0 0 33 5 15.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57718846 C A - - - - - - 37 0 0 63 0 0 49 6 12.2 41 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.610977956 0.610977956 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000182 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 58158241 G A - - - - - - 40 0 0 60 2 3.3 29 7 24.1 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.337147465 0.337147465 1 1.206931864 1.206931864 1 1.813286822 1.813286822 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.036544784 1 1.11E-10 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59763335 G C - - - - - - 30 0 0 53 0 0 22 3 13.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.68109018 0.68109018 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000179267 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 60087943 A T - - - - - - 44 0 0 44 0 0 25 5 20 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 62001841 T G - - - - - - 43 0 0 68 0 0 33 7 21.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.061699399 1.061699399 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 64341120 A T PELI1 CCDS1876.1 r.? - - intronic 46 0 0 71 0 0 41 7 17.1 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 65035245 C T - - - - - - 43 0 0 75 5 6.7 42 6 14.3 51 15 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684511521 0.684511521 1 0.716146293 0.716146293 1 2.401379845 0.800459948 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 7.02E-08 1 8.22E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 66908983 A G - - - - - - 51 0 0 60 0 0 46 10 21.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 69107375 G C - - - - - - 50 0 0 69 0 0 50 5 10 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.600801603 0.600801603 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000549 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 69220788 A G - - - - - - 50 0 0 51 7 13.7 42 11 26.2 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399672811 1.399672811 1 1.5741002 1.5741002 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 7.46E-09 1 1.81E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 71965798 G A - - - - - - 34 0 0 49 2 4.1 33 7 21.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.418880184 0.418880184 1 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.025168485 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 72505850 T G EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 36 0 0 57 0 0 33 7 21.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 73416629 A G - - - - - - 35 0 0 64 0 0 36 9 25 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 75875342 A C MRPL19 CCDS1960.2 r.? - - intronic 54 0 0 55 0 0 37 6 16.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77182802 T C LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 43 0 0 66 0 0 36 7 19.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.16555511 1.16555511 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77727076 A G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 40 0 0 53 0 0 33 7 21.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 78778301 C A - - - - - - 39 0 0 51 0 0 40 9 22.5 45 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.351803607 1.351803607 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 79172524 C T - - - - - - 28 0 0 52 4 7.7 31 5 16.1 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 0.806290581 0.806290581 1 1.462064599 1.462064599 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000139698 1 0.000000476 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 79550121 C A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 41 0 0 75 0 0 47 9 19.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.956531062 0.956531062 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.24E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 80327131 C T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 39 0 0 55 0 0 31 6 19.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 80429749 G T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 41 0 0 45 0 0 30 9 30 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.50240481 1.50240481 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.54E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83034233 C A - - - - - - 40 0 0 57 0 0 46 11 23.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.196915832 1.196915832 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.55E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 85387234 C T TCF7L1 CCDS1971.1 r.? - - intronic 27 0 0 66 4 6.1 36 11 30.6 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.623211982 0.623211982 1 1.532452906 1.532452906 1 1.323209302 1.323209302 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000351793 1 2.62E-17 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 87830072 G C - - - - - - 46 0 0 82 0 0 34 6 17.6 42 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 2 2 3 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 91848623 G A - - - - - - 86 0 0 119 5 4.2 74 6 8.1 112 7 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.471096774 0.471096774 1 0.486649299 0.486649299 1 0.471246887 1.088838991 0.432797586 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000355764 1 0.00000216 1 0.00000179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 92109927 T A - - - - - - 14 0 0 49 6 12.2 30 9 30 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.368423963 1.368423963 1 1.80240481 0.901202405 2 1.580957298 1.580957298 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000182 1 2.54E-14 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 96665784 A G - - - - - - 43 0 0 51 4 7.8 50 8 16 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.874894009 0.874894009 1 0.961282565 0.961282565 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000129466 1 1.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 97893450 C T ANKRD36 ENST00000461153 r.? - - intronic 53 0 0 77 6 7.8 41 5 12.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.874894009 0.874894009 1 0.732977956 0.732977956 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000273 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 98546877 C G TMEM131 CCDS46368.1 r.? - - intronic 49 0 0 72 0 0 34 5 14.7 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.883178357 0.883178357 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 99253602 G A MGAT4A CCDS2036.1 r.? - - intronic 30 0 0 58 3 5.2 37 5 13.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.583262673 0.583262673 1 0.811082164 0.811082164 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003141421 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 103680532 C G - - - - - - 53 0 0 88 0 0 32 10 31.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.874501002 0.937250501 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 104150562 G A - - - - - - 41 0 0 79 0 0 43 9 20.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.255675351 1.255675351 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 107657653 C T - - - - - - 45 0 0 57 0 0 38 7 18.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 112286203 A C - - - - - - 15 0 0 41 0 0 20 3 15 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.901202405 0.901202405 1 0.319231762 0.319231762 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 112821485 A C TMEM87B CCDS33275.1 r.? - - intronic 32 0 0 64 0 0 41 7 17.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115450863 C G DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 43 0 0 78 4 5.1 45 10 22.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.572046083 0.572046083 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000663934 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 117475768 C T - - - - - - 48 0 0 71 0 0 33 5 15.2 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.913218437 0.913218437 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 118448316 G C - - - - - - 43 0 0 64 0 0 48 8 16.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.23E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 120651087 T G PTPN4 CCDS2129.1 r.? - - intronic 54 0 0 76 0 0 48 7 14.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 122230767 C G CLASP1 ENST00000263710 r.? - - intronic 45 0 0 58 0 0 36 7 19.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.16555511 1.16555511 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 126917140 C A - - - - - - 44 0 0 61 0 0 53 10 18.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.13551503 1.13551503 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.57E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 127875644 C G - - - - - - 16 0 0 65 0 0 43 7 16.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.979306613 0.979306613 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 128868724 C G UGGT1 CCDS2154.1 r.? - - intronic 29 0 0 73 0 0 41 10 24.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.465955912 1.465955912 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.51E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 130600983 G C - - - - - - 41 0 0 58 6 10.3 38 6 15.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.155308756 1.155308756 1 0.949266533 0.949266533 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000000506 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 134490879 G A - - - - - - 46 0 0 66 3 4.5 59 11 18.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.504746544 0.504746544 1 1.117490982 1.117490982 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004522888 1 1.1E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 134672105 G A - - - - - - 18 0 0 32 0 0 27 4 14.8 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.889186373 0.889186373 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 135939602 C T ZRANB3 ENST00000283060 r.? - - intronic 31 0 0 76 3 3.9 39 8 20.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.437447005 0.437447005 1 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.006696581 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 137345758 T C - - - - - - 48 0 0 63 0 0 38 9 23.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.4238998 1.4238998 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 138071599 A G THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 44 1 2.3 66 7 10.6 45 19 42.2 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 1.188958525 1.188958525 1 2.535382766 1.267691383 2 2.652663929 1.090375929 2.432797586 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.197923942 1 0.000000047 1 4.11E-32 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142163184 G A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 0 0 30 8 26.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.604140281 1.604140281 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 143547075 G A - - - - - - 42 0 0 84 0 0 44 7 15.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 146897043 C G - - - - - - 42 0 0 69 3 4.3 38 8 21.1 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.482313364 0.482313364 1 1.267691383 1.267691383 1 0.174817394 0.174817394 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.005121501 1 1.67E-11 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 153631964 C T - - - - - - 44 0 0 74 0 0 46 9 19.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.177571142 1.177571142 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.82E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 153707346 G C - - - - - - 38 0 0 46 2 4.3 43 5 11.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.482313364 0.482313364 1 0.69692986 0.69692986 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 154571014 C A - - - - - - 35 0 0 66 5 7.6 37 6 16.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.852460829 0.852460829 1 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000217 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 154709101 C T - - - - - - 40 0 0 70 1 1.4 41 7 17.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.157032258 0.157032258 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.295930304 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 155689193 G A KCNJ3 CCDS2200.1 r.? - - intronic 38 0 0 83 0 0 53 8 15.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.907210421 0.907210421 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.83E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 158147763 A G GALNT5 CCDS2203.1 r.? - - intronic 38 0 0 65 0 0 49 12 24.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.471963928 1.471963928 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.9E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 164333351 C T - - - - - - 56 0 0 71 0 0 48 5 10.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.624833667 0.624833667 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 164483511 C G FIGN CCDS2221.2 r.? - - intronic 33 0 0 64 0 0 44 11 25 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 166201768 T G SCN2A CCDS33314.1 r.? - - intronic 36 0 0 62 2 3.2 42 12 28.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.358930876 0.358930876 1 1.718292585 0.859146293 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.038789653 1 2.35E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 173000277 G T - - - - - - 33 0 0 60 1 1.7 27 5 18.5 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.190682028 0.190682028 1 1.111482966 1.111482966 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.259739042 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177649226 G A - - - - - - 42 0 0 60 0 0 45 5 11.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177808363 T C - - - - - - 44 0 0 59 0 0 48 8 16.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.23E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 179030322 C G - - - - - - 33 0 0 56 0 0 46 13 28.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.700268537 0.850134269 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.07E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 179841518 G T CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 50 0 0 63 1 1.6 45 7 15.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.179465438 0.179465438 1 0.937250501 0.937250501 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.27078753 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 182812917 C T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 43 9 20.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.255675351 1.255675351 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 183925004 G C - - - - - - 36 0 0 70 0 0 47 7 14.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.895194389 0.895194389 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 184441416 G A - - - - - - 38 0 0 75 4 5.3 52 8 15.4 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.594479263 0.594479263 1 0.925234469 0.925234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000572493 1 2.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 186716610 C T - - - - - - 41 0 0 70 0 0 42 8 19 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.141523046 1.141523046 1 0 0 1 1 NA NA 1 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 3.96E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 187872332 C T - - - - - - 15 0 0 56 4 7.1 32 10 31.2 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.874501002 0.937250501 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000186538 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 189871270 C G COL3A1 CCDS2297.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 0 0 39 6 15.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.925234469 0.925234469 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 191567576 C G - - - - - - 37 0 0 77 0 0 47 6 12.8 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 191615657 G A - - - - - - 33 0 0 62 0 0 52 7 13.5 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.811082164 0.811082164 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 193044569 C G TMEFF2 CCDS2314.1 r.? - - intronic 38 0 0 73 4 5.5 48 9 18.8 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.616912442 0.616912442 1 1.129507014 1.129507014 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000516741 1 2.75E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 193907036 G A - - - - - - 50 0 0 57 4 7 38 7 18.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 0 0 1 4 NA 1 1 0.000199821 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194457106 T G - - - - - - 40 0 0 65 0 0 38 6 15.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.949266533 0.949266533 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195726361 C A - - - - - - 40 0 0 71 0 0 41 4 9.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195939285 T G - - - - - - 39 0 0 62 0 0 45 4 8.9 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.534713427 0.534713427 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 196489476 G A SLC39A10 ENST00000458054 r.? - - intronic 16 0 0 48 0 0 33 9 27.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.640188377 1.640188377 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 200553141 T G - - - - - - 21 0 0 70 0 0 40 8 20 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 4 2 3 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.401603206 1.401603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 202928841 G T - - - - - - 32 0 0 90 13 14.4 63 12 19 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 NA 4 5 NA 2 2 NA 2 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.04718894 1.02359447 2 NA NA 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.4E-15 1 5.15E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 208531745 G A - - - - - - 42 0 0 63 0 0 37 7 18.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 211113563 A C - - - - - - 39 0 0 71 0 0 29 5 17.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.861378758 0.861378758 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 211472246 C T CPS1 CCDS2393.1 r.? - - intronic 45 0 0 78 0 0 36 8 22.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 213623176 G C - - - - - - 38 0 0 46 1 2.2 39 5 12.8 54 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224764977 0.224764977 1 0.641026052 0.641026052 1 0.136191214 0.136191214 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.205924651 1 0.00000156 1 0.237137336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 216699447 G C - - - - - - 39 0 0 45 5 11.1 35 5 14.3 44 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 220218586 G A - - - - - - 28 0 0 59 0 0 36 8 22.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 220830108 C A - - - - - - 32 0 0 59 0 0 31 5 16.1 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 222529215 T C - - - - - - 44 0 0 52 0 0 32 10 31.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.562501002 1.562501002 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.7E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 225175985 G A - - - - - - 42 0 0 71 3 4.2 37 12 32.4 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.429096774 0.429096774 1 1.622597194 0.811298597 2 1.964020672 0.982010336 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00554578 1 4.03E-19 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 229043140 C T SPHKAP CCDS46537.1 r.? - - intronic 46 0 0 65 8 12.3 36 9 25 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.256640553 1.256640553 1 1.252004008 1.252004008 1 2.085875969 1.042937984 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-09 1 1.63E-13 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 229371838 G A - - - - - - 32 0 0 56 3 5.4 25 5 20 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.551695853 0.551695853 1 1.001603206 1.001603206 1 1.526775194 1.526775194 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00284314 1 0.000000153 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 230364900 C T DNER CCDS33390.1 r.? - - intronic 26 0 0 67 0 0 40 5 12.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 231622168 G A CAB39 CCDS2478.1 r.? - - intronic 40 0 0 74 3 4.1 38 7 18.4 55 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.418880184 0.418880184 1 0.92147495 0.92147495 1 0.129023256 0.129023256 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.006220661 1 8.61E-10 1 0.240951649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 232044189 C G - - - - - - 18 0 0 62 0 0 37 12 32.4 37 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.622597194 0.811298597 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.03E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 233248329 G A ALPP CCDS2490.1 r.? - - downstream 24 0 0 43 0 0 20 8 40 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.003206413 1.001603206 2 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 235059170 C T - - - - - - 35 0 0 75 0 0 46 12 26.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.307092184 1.307092184 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.12E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 236289322 C T - - - - - - 35 0 0 60 0 0 41 6 14.6 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.731170341 0.731170341 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 240923397 C T NDUFA10 CCDS2531.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 3 7.1 38 8 21.1 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.72537788 0.72537788 1 1.056691383 1.056691383 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001240292 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 241598699 T C - - - - - - 35 0 0 53 0 0 26 5 19.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.961539078 0.961539078 1 0 0 1 1 0 NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 242196461 C T HDLBP CCDS2547.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 2 5.9 41 11 26.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.602778802 0.602778802 1 1.342148297 1.342148297 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.012612579 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 2005892 G C - - - - - - 38 0 0 59 0 0 40 10 25 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.22E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 5571856 C T GPCPD1 CCDS13090.1 r.? - - intronic 44 0 0 54 3 5.6 51 12 23.5 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.684129032 0.684129032 1 1.411883768 1.411883768 1 1.817295882 0.908647941 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00256299 1 3.24E-17 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6986335 G C - - - - - - 35 0 0 55 6 10.9 36 8 22.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.331608295 1.331608295 1 1.333779559 1.333779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 7930383 C T - - - - - - 43 0 0 63 0 0 52 11 21.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.273699399 1.273699399 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 9313062 C T PLCB4 CCDS13104.1 r.? - - intronic 50 0 0 51 0 0 46 10 21.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 9566617 C A PAK7 CCDS13107.1 r.? - - intronic 39 0 0 53 2 3.8 34 11 32.4 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.464230415 0.464230415 1 1.946597194 0.973298597 2 2.135322661 1.067661331 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.029108399 1 1.26E-17 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 10780108 C A - - - - - - 46 0 0 57 0 0 40 5 12.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11531266 C T - - - - - - 34 0 0 51 1 2 49 9 18.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.244331797 0.244331797 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.225579006 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11626743 G A - - - - - - 32 0 0 56 0 0 45 5 11.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.66688978 0.66688978 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11653305 C A - - - - - - 40 0 0 66 0 0 36 8 22.2 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.333779559 1.333779559 1 1.264535051 1.264535051 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13404299 A T TASP1 CCDS13116.1 r.? - - intronic 45 0 0 64 0 0 40 6 15 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.901202405 0.901202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13915878 C T SEL1L2 CCDS42852.1 r.? - - intronic 29 0 0 68 3 4.4 43 5 11.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.537529954 0.537529954 1 0.69692986 0.69692986 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004916956 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 14726602 C A MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 39 0 0 53 0 0 30 4 13.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.799066132 0.799066132 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 16446128 C T KIF16B CCDS13122.1 r.? - - intronic 31 0 0 55 0 0 46 13 28.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.700268537 0.850134269 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.07E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 18530541 C T SEC23B CCDS13137.1 r.? - - intronic 15 0 0 35 0 0 30 7 23.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 21085636 C A - - - - - - 20 0 0 51 2 3.9 46 14 30.4 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.476447005 0.476447005 1 1.826436874 0.913218437 2 2.105034396 1.052517198 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.027109304 1 1.26E-21 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 26181575 T G - - - - - - 47 0 0 69 6 8.7 35 4 11.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.975843318 0.975843318 1 0.684913828 0.684913828 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000143 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 31138376 C T C20orf112 ENST00000201961 r.? - - intronic 14 0 0 56 0 0 41 10 24.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 NA 0 1.465955912 1.465955912 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.51E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 34191729 G A - - - - - - 16 0 0 75 0 0 43 9 20.9 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 NA 0 1.255675351 1.255675351 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 34433742 G T PHF20 CCDS13268.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 4 8.7 28 7 25 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.975843318 0.975843318 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000862 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 35952846 T A - - - - - - 52 0 0 67 0 0 53 8 15.1 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.907210421 0.907210421 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.83E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 37057419 G A SNORA71C ENST00000364642 r.? - - downstream 21 0 0 52 0 0 40 7 17.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.051402806 1.051402806 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 38667462 G T - - - - - - 35 0 0 65 4 6.2 38 6 15.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.695428571 0.695428571 1 0.949266533 0.949266533 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000331785 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 40604282 G T - - - - - - 38 0 0 72 3 4.2 44 9 20.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0.577064019 0.577064019 1 1.231643287 1.231643287 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00576558 1 1.18E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 41420344 C A PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 38 0 0 79 5 6.3 38 7 18.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0.865596028 0.865596028 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000518 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 48991289 C T - - - - - - 29 0 0 71 0 0 45 7 15.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.937250501 0.937250501 1 0 NA 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 50498083 G A - - - - - - 12 0 0 54 0 0 42 7 16.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 57399302 A C ENSG00000234857 ENST00000445014 r.? - - intronic 34 0 0 62 0 0 38 9 23.7 44 0 0 231 0 0 398 0 0 200 29 14.5 188 0 0 TRUE TRUE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.4238998 1.4238998 1 0 0 1 1 0.871162325 0.871162325 1 0 0 1 2 2 1 1 1 1 2.79E-13 5.85E-33 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 57399305 C G ENSG00000234857 ENST00000445014 r.? - - intronic 34 0 0 58 0 0 40 9 22.5 41 0 0 232 1 0.4 400 0 0 199 27 13.6 186 0 0 FALSE TRUE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.351803607 1.351803607 1 0 NA 0 1 0.81709018 0.81709018 1 0 0 1 NA 2 1 0.687424645 1 1 4.64E-13 5.51E-30 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 58914136 G T - - - - - - 35 0 0 56 5 8.9 43 13 30.2 30 13 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 1.176276498 1.176276498 1 1.814420842 0.907210421 2 3.278704653 1.363792854 2.404107518 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 3.88E-20 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59352580 C A ENSG00000237240 ENST00000456299 r.? - - intronic 47 0 0 61 0 0 25 4 16 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0.961282565 0.961282565 1 0.181729588 0.181729588 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000727 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59854267 G T CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 18 0 0 65 0 0 43 11 25.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 1.538052104 1.538052104 1 0 0 1 1 NA NA 1 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 2.42E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60205732 T C CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 20 0 0 64 4 6.2 34 4 11.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.819428571 0.819428571 1 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000312605 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60545619 G C MIR1257 CCDS33500.1 r.? - - downstream 15 0 0 64 3 4.7 43 9 20.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.621179724 0.621179724 1 1.255675351 1.255675351 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.004148608 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 9671964 C A - - - - - - 111 0 0 167 3 1.8 64 9 14.1 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.201898618 0.201898618 1 0.706130261 0.706130261 1 0.351421189 0.351421189 1 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.052143958 1 4.2E-11 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 14452482 G A - - - - - - 38 0 0 59 4 6.8 33 7 21.2 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 1.061699399 1.061699399 1 1.074935401 1.074935401 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00022841 1 2.98E-10 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 14583846 G C - - - - - - 35 0 0 45 3 6.7 20 3 15 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 0.751202405 0.751202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.0001337 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 15098292 C T - - - - - - 25 0 0 38 2 5.3 22 5 22.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.594479263 0.594479263 1 1.136819639 1.136819639 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.015598339 1 7.67E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 19891320 T C - - - - - - 43 0 0 52 0 0 30 7 23.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1.431516776 2 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 0 0 1 0.933867735 0.933867735 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 21874982 C A - - - - - - 29 0 0 65 0 0 25 7 28 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1.431516776 2 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 0 0 1 1.122244489 1.122244489 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.47E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 22958545 G A - - - - - - 37 0 0 54 0 0 24 7 29.2 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 2 1.431516776 1 2 1 0 0 0 1 1 0.568483224 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.431516776 0 NA 0 1.170340681 1.170340681 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 25415146 C A - - - - - - 37 0 0 60 0 0 46 11 23.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.196915832 1.196915832 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.55E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 25656587 G C - - - - - - 34 0 0 50 0 0 36 4 11.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.55588978 0.55588978 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 26014915 A C - - - - - - 38 0 0 58 0 0 28 6 21.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 26855910 G C - - - - - - 37 0 0 52 0 0 44 10 22.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.136819639 1.136819639 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.08E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 26890329 T G - - - - - - 39 0 0 48 0 0 27 6 22.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 29345024 T C - - - - - - 47 0 0 66 0 0 56 8 14.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.288146293 1.288146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.48E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 29399736 G C - - - - - - 38 0 0 63 0 0 65 28 43.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 3.88245491 0.970613727 4 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.12E-47 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 30240111 C T N6AMT1 CCDS33526.1 r.? - - downstream 28 0 0 72 0 0 45 9 20 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 5.529508314 3 5 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.801603206 0.900801603 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.47E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31133905 A G GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 37 0 0 71 0 0 79 11 13.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.669114228 1.669114228 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31874061 C T KRTAP19-5 CCDS13597.1 r.375g>a c.? p.? 3'UTR variant 20 0 0 54 1 1.9 38 7 18.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.213115207 NA 0 2.20947495 1.104737475 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.237137336 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 33974810 C G C21orf59 CCDS13617.1 r.? - - intronic 21 0 0 58 0 0 43 9 20.9 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.255675351 1.255675351 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 34199399 T A - - - - - - 42 0 0 49 0 0 50 10 20 46 1 2.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.201603206 1.201603206 1 0.191344273 0.191344273 1 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 8.36E-14 1 0.205924651 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 34394280 C G OLIG2 CCDS13620.1 r.? - - upstream 34 0 0 53 4 7.5 40 15 37.5 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.76624424 0.76624424 1 2.253006012 1.126503006 2 2.174366743 1.087183371 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000150502 1 1.09E-24 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 35602538 T A - - - - - - 26 0 0 47 3 6.4 31 11 35.5 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.653861751 0.653861751 1 2.132845691 1.066422846 2 1.782980729 1.782980729 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001719595 1 3.77E-18 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 36773887 C T - - - - - - 43 0 0 47 2 4.3 37 15 40.5 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.439313364 0.439313364 1 2.433246493 1.216623246 2 1.52205672 1.52205672 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.02328732 1 2.58E-25 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 38015632 C A - - - - - - 39 0 0 54 4 7.4 34 6 17.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.75602765 0.75602765 1 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.000161898 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 39677253 A T KCNJ15 CCDS13656.1 r.? - - downstream 33 0 0 68 0 0 44 11 25 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 41026039 C T B3GALT5 CCDS13667.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 0 0 42 7 16.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 41515950 C A DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 18 0 0 48 0 0 30 7 23.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.399867735 1.399867735 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.44E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 42257636 T G - - - - - - 27 0 0 59 0 0 34 6 17.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 43389921 C T - - - - - - 12 0 0 49 2 4.1 38 12 31.6 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0.418880184 0.418880184 1 1.898533066 0.949266533 2 1.339409914 1.339409914 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.025168485 1 5.86E-19 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 16281153 G A POTEH CCDS46658.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 0 0 19 4 21.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.056691383 1.056691383 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 16338525 A T - - - - - - 13 0 0 24 2 8.3 24 4 16.7 5 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.013976959 1.013976959 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006413403 1 0.00000613 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 16577390 T G - - - - - - 17 0 0 27 5 18.5 15 8 53.3 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.260069124 2.260069124 1 2.669272545 1.334636273 2 1.159576227 1.159576227 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000023 1 2.44E-15 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 25505821 A G KIAA1671 CCDS46676.1 r.? - - intronic 39 0 0 59 3 5.1 39 10 25.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.623046083 0.623046083 1 1.282052104 1.282052104 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003297476 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 33814624 C T LARGE CCDS13912.1 r.? - - intronic 19 0 0 59 4 6.8 29 6 20.7 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.898728111 0.898728111 1 1.036659319 1.036659319 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 43769665 C T - - - - - - 35 0 0 64 1 1.6 43 7 16.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.211465438 0.211465438 1 0.816306613 0.816306613 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.274433592 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 49553581 C A - - - - - - 17 0 0 55 3 5.5 44 7 15.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726912442 0.726912442 1 0.796274549 0.796274549 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 222226 A G - - - - - - 46 0 0 50 0 0 38 5 13.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.793058116 0.793058116 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 687095 G A - - - - - - 28 0 0 54 0 0 44 11 25 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 904927 A G - - - - - - 50 0 0 56 0 0 40 11 27.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.652204409 1.652204409 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.88E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 1162800 A T CNTN6 CCDS2557.1 r.? - - intronic 64 0 0 95 0 0 66 6 9.1 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.546729459 0.546729459 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 1648041 G T - - - - - - 41 0 0 60 0 0 49 19 38.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.33111022 1.16555511 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.12E-31 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 2696238 G T CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 43 1 2.3 59 9 15.3 52 13 25 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.563138249 1.563138249 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 0.193893409 1 1.96E-11 1 6.47E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 4556100 T C ITPR1 CCDS46740.1 r.? - - intronic 48 0 0 62 3 4.8 46 11 23.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.490396313 0.490396313 1 1.435915832 1.435915832 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003793816 1 5.55E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 5030342 G A BHLHE40 CCDS2565.1 r.? - - downstream 12 0 0 53 0 0 56 10 17.9 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.07543487 1.07543487 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.82E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 5036265 G A - - - - - - 38 0 0 55 0 0 51 9 17.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 6640592 T A - - - - - - 44 0 0 52 1 1.9 29 4 13.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.194115207 NA 0 0.829106212 0.829106212 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 7276916 G C GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 40 0 0 65 0 0 55 7 12.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.763018036 0.763018036 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.28E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 17005642 C T PLCL2 CCDS33713.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 0 0 44 20 45.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 NA 0 2.967285196 0.989095065 3 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.5E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 18824681 C T - - - - - - 44 0 0 75 3 4 38 17 44.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.408663594 0.408663594 1 2.915113149 0.971704383 3 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.006456002 1 1.99E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 20925861 C A - - - - - - 44 0 0 49 0 0 43 9 20.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 NA 0 1.362994738 1.362994738 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 21140198 C G - - - - - - 27 0 0 78 0 0 54 21 38.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 NA 0 2.536865805 1.009300181 2.513489893 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.12E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 21606661 G A ZNF385D CCDS2636.1 r.? - - intronic 51 0 0 67 0 0 50 9 18 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 NA 0 1.173871067 1.173871067 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 22839474 T A - - - - - - 33 0 0 63 0 0 38 12 31.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 2.060795872 1.030397936 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 5.86E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 25897186 C T ENSG00000230891 ENST00000451284 r.? - - downstream 37 0 0 64 1 1.6 59 27 45.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.163465438 0.163465438 1 2.986849714 0.995616571 3 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.274433592 1 3.09E-46 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 28644828 C G - - - - - - 50 0 0 71 0 0 37 4 10.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0.70432264 0.70432264 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 36803849 A T - - - - - - 49 0 0 71 0 0 63 23 36.5 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 NA 0 2.380349663 0.947029733 2.513489893 0.166534884 0.166534884 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.25E-37 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 51496855 G A VPRBP ENST00000273612 r.? - - intronic 39 0 0 37 5 13.5 17 6 35.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 1.379239631 1.379239631 1 1.061829659 1.061829659 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000119 1 1.84E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 53327900 G A DCP1A CCDS46847.1 r.? - - intronic 29 0 0 52 4 7.7 18 5 27.8 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.786677419 0.786677419 1 0.836228457 0.836228457 1 1.6286106 1.6286106 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000139698 1 2.54E-08 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 63950714 T G ATXN7 CCDS46861.1 r.? - - intronic 37 1 2.7 44 0 0 21 8 38.1 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.146054108 1.146054108 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 0.169281299 1 1 1 7.5E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 67408278 C T SUCLG2 ENST00000493112 r.? - - downstream 36 0 0 44 0 0 18 6 33.3 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.001669339 1.001669339 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.75E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 68113906 T C FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 42 0 0 42 0 0 15 8 53.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.603272545 1.603272545 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 74376707 T A CNTN3 CCDS33790.1 r.? - - intronic 51 0 0 58 0 0 20 3 15 25 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0.451202405 0.451202405 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 77005824 G T ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 18 0 0 46 0 0 24 9 37.5 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.128006012 1.128006012 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.39E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 78334896 G A - - - - - - 37 0 0 60 0 0 22 7 31.8 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0.956549098 0.956549098 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.25E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 79707939 G A ROBO1 ENST00000464233 r.? - - intronic 35 0 0 49 0 0 22 8 36.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.094917836 1.094917836 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.17E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 80188318 G T - - - - - - 29 0 0 51 4 7.8 18 9 50 25 12 48 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.796894009 0.796894009 1 1.504008016 1.504008016 1 2.259344185 1.468051891 1.539008395 1 NA NA 1 4.706967052 3.058441439 1.539008395 6 NA 1 1 0.000129466 1 9.12E-17 1 1.2E-21 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 81202701 A G - - - - - - 45 0 0 47 0 0 23 8 34.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.046789579 1.046789579 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 81460441 C A - - - - - - 37 0 0 59 4 6.8 23 7 30.4 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0.694728111 0.694728111 1 0.914436874 0.914436874 1 1.412090116 1.412090116 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00022841 1 1.79E-11 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 88067627 C T - - - - - - 33 0 0 57 0 0 28 10 35.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 1.073861723 1.073861723 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.18E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 88607169 A C - - - - - - 40 0 0 56 0 0 19 5 26.3 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0.791108216 0.791108216 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 3.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 93651927 G A PROS1 CCDS2923.1 r.? - - intronic 27 0 0 54 0 0 36 9 25 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 94409050 A G - - - - - - 40 0 0 49 0 0 38 7 18.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.92147495 0.92147495 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 95470979 C A - - - - - - 34 0 0 67 0 0 24 6 25 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 96499531 T C - - - - - - 37 0 0 57 4 7 24 4 16.7 30 11 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71516129 0.71516129 1 0.836338677 0.836338677 1 2.997640827 0.999213609 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 0.00000613 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 99292089 C T - - - - - - 42 0 0 65 0 0 47 18 38.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.91807014 0.95903507 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.52E-29 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 103537196 G A - - - - - - 46 0 0 61 2 3.3 35 8 22.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.337147465 0.337147465 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.037660755 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104152391 G A - - - - - - 55 0 0 51 3 5.9 35 8 22.9 34 17 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.602778802 0.602778802 1 1.146835671 1.146835671 1 4.083979328 1.361326443 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002175924 1 8.15E-12 1 1.64E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 105517889 C T CBLB CCDS2948.1 r.? - - intronic 49 0 0 64 0 0 33 8 24.2 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.21193988 1.21193988 1 0.163359173 0.163359173 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109216184 G A - - - - - - 42 0 0 57 0 0 27 5 18.5 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.926482966 0.926482966 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113882189 C T DRD3 CCDS2978.1 r.? - - intronic 51 0 0 57 3 5.3 31 8 25.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.541479263 0.541479263 1 1.292068136 1.292068136 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002989991 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 116007558 C T LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 43 0 0 58 3 5.2 36 7 19.4 36 18 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.531262673 0.531262673 1 0.97155511 0.97155511 1 4.083979328 1.361326443 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003141421 1 5.74E-10 1 3.18E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 120081976 G A - - - - - - 26 0 0 29 3 10.3 28 5 17.9 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052308756 1.052308756 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000414371 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 120108743 C T MIR198 CCDS2998.1 r.? - - downstream 34 0 0 56 0 0 39 5 12.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.641026052 0.641026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 120854086 T A STXBP5L CCDS43137.1 r.? - - intronic 41 0 0 61 0 0 35 4 11.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.570913828 0.570913828 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 134570362 T C EPHB1 CCDS46921.1 r.? - - intronic 26 0 0 59 4 6.8 27 5 18.5 33 10 30.3 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.694728111 0.694728111 1 0.926482966 0.926482966 1 2.474891473 0.824963824 3 0 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 0.00000023 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 135099018 A C - - - - - - 34 0 0 46 0 0 32 5 15.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 136367767 T C STAG1 CCDS3090.1 r.? - - intronic 31 0 0 67 4 6 42 10 23.8 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.612995392 0.612995392 1 1.191907816 1.191907816 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000372648 1 1.24E-14 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137174063 C T - - - - - - 20 0 0 28 2 7.1 16 5 31.2 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.72537788 0.72537788 1 1.562501002 1.562501002 1 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.000000013 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137191864 A C - - - - - - 40 0 0 65 0 0 41 7 17.1 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 141014441 G A ACPL2 CCDS3116.1 r.? - - downstream 40 0 0 62 0 0 39 10 25.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.282052104 1.282052104 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 145071303 A C - - - - - - 44 0 0 54 3 5.6 46 13 28.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.572129032 0.572129032 1 1.417268537 1.417268537 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00256299 1 1.07E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 145072861 G T - - - - - - 46 0 0 57 4 7 31 4 12.9 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71516129 0.71516129 1 0.646034068 0.646034068 1 1.813286822 0.906643411 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 0.0000177 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 146755247 T C - - - - - - 45 0 0 55 0 0 35 5 14.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 151060423 C T MED12L CCDS33876.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 0 0 24 5 20.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.041667335 1.041667335 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 153092005 G A - - - - - - 51 0 0 67 4 6 35 9 25.7 52 19 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.612995392 0.612995392 1 1.28706012 1.28706012 1 2.98130491 0.993768303 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000372648 1 1.23E-13 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 156537079 C T - - - - - - 51 0 0 63 0 0 42 7 16.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 157554242 C T - - - - - - 40 0 0 58 4 6.9 43 9 20.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.7049447 0.7049447 1 1.046675351 1.046675351 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000213772 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 157784863 C A - - - - - - 38 0 0 66 0 0 35 7 20 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 163212075 G A - - - - - - 29 0 0 53 3 5.7 27 9 33.3 43 20 46.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.582345622 0.582345622 1 1.667669339 1.667669339 1 3.798100775 1.266033592 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002429596 1 8.44E-15 1 8.21E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165567542 T A - - - - - - 42 0 0 67 0 0 36 5 13.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.696114228 0.696114228 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167244535 G T WDR49 CCDS3201.1 r.? - - intronic 35 0 0 67 0 0 39 6 15.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167550012 G A - - - - - - 53 0 0 64 0 0 30 5 16.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 105405097 C T AHNAK2 CCDS45177.1 r.16811g>a c.16691G>A p.G5564E missense 38 0 0 55 0 0 20 7 35 25 0 0 254 1 0.4 165 0 0 94 30 31.9 133 0 0 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 1.402805611 1.402805611 1 0 0 1 1 1.278557114 1.278557114 1 0 NA 0 NA NA 1 0.720061578 1 1 5.72E-12 2.21E-45 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 3 173283068 A C NLGN1 CCDS3222.1 r.? - - intronic 51 0 0 83 3 3.6 54 8 14.8 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.367797235 0.367797235 1 0.741186373 0.741186373 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.008529565 1 3.31E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 173782498 C A NLGN1 CCDS3222.1 r.? - - intronic 43 0 0 36 3 8.3 31 9 29 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847976959 0.847976959 1 1.452324649 1.452324649 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000788827 1 3.57E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 174921560 T G NAALADL2 CCDS46960.1 r.? - - intronic 45 0 0 77 0 0 37 9 24.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.216947896 1.216947896 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178357588 G C KCNMB2 CCDS3223.1 r.? - - intronic 38 0 0 61 5 8.2 33 10 30.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.837760369 0.837760369 1 1.517428858 1.517428858 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000147 1 8.14E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 178696538 A G - - - - - - 38 0 0 60 0 0 35 8 22.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 179548996 G A PEX5L CCDS3236.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 4 7.5 30 5 16.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.76624424 0.76624424 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 188140501 C G LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 3 6.4 31 11 35.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.653861751 0.653861751 1 1.777845691 0.888922846 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001719595 1 3.77E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 189756712 T C LEPREL1 CCDS3294.1 r.? - - intronic 22 0 0 64 0 0 30 6 20 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 193286579 G A - - - - - - 42 0 0 56 0 0 34 7 20.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 329319 C T ZNF141 ENST00000240499 r.? - - upstream 27 0 0 38 2 5.3 20 5 25 12 2 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.527813696 0.527813696 1 1.002004008 1.002004008 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.015598339 1 4.55E-08 1 0.001595918 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 5904896 G A C4orf50 CCDS3384.1 r.? - - intronic 24 0 0 53 3 5.7 22 5 22.7 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.567648692 0.567648692 1 0.909819639 0.909819639 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002429596 1 7.67E-08 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 7807502 G C AFAP1 CCDS47010.1 r.? - - intronic 29 0 0 52 3 5.8 29 12 41.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.577607441 0.577607441 1 1.659318637 1.659318637 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.002300591 1 1.17E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 8173647 G A - - - - - - 21 0 0 49 3 6.1 26 10 38.5 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.607483688 0.607483688 1 1.543086172 1.543086172 1 1.173126615 1.173126615 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 4.82E-17 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 14511177 T C - - - - - - 43 0 0 64 4 6.2 36 6 16.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.617442437 0.617442437 1 0.669338677 0.669338677 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000312605 1 2.68E-08 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 14793809 G C - - - - - - 59 0 0 58 4 6.9 24 8 33.3 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.68715368 0.68715368 1 1.334669339 1.334669339 1 1.147286822 1.147286822 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000213772 1 2.68E-13 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 17057047 G T - - - - - - 32 0 0 52 0 0 27 9 33.3 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 1.334669339 1.334669339 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 18966750 C T - - - - - - 32 0 0 54 0 0 24 5 20.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0.833667335 0.833667335 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 18990133 G C - - - - - - 32 0 0 60 2 3.3 28 7 25 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.328638717 0.328638717 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.036544784 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 27016633 A G STIM2 CCDS3440.1 r.? - - intronic 46 0 0 62 2 3.2 27 6 22.2 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.318679968 0.318679968 1 0.889779559 0.889779559 1 0.620155039 0.620155039 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.038789653 1 4.23E-09 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 31216451 G A - - - - - - 45 0 0 64 0 0 23 6 26.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 1.046092184 1.046092184 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 32001631 T C - - - - - - 45 0 0 71 3 4.2 28 6 21.4 24 9 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.418267457 0.418267457 1 0.857715431 0.857715431 1 1.937984496 1.937984496 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00554578 1 5.36E-09 1 2.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 36858410 T G - - - - - - 39 0 0 52 0 0 31 5 16.1 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0.645290581 0.645290581 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 38298797 C T - - - - - - 32 0 0 52 2 3.8 26 8 30.8 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.378432462 0.378432462 1 1.234468938 1.234468938 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.028101652 1 5.63E-13 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 39469510 A G LIAS CCDS3453.1 r.? - - intronic 42 0 0 57 0 0 26 7 26.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 1.078156313 1.078156313 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 42703839 C A - - - - - - 8 0 0 64 0 0 32 5 15.6 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0.625250501 0.625250501 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 43635412 G A - - - - - - 43 0 0 52 4 7.7 23 7 30.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.766823672 0.766823672 1 1.218436874 1.218436874 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000139698 1 1.79E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 45778030 T A - - - - - - 41 0 0 57 0 0 22 5 22.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0.909819639 0.909819639 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.67E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 49075403 T G - - - - - - 35 0 0 53 0 0 27 7 25.9 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 3 2 2 2 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 1.297076152 1.297076152 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 53431060 G C - - - - - - 38 0 0 53 6 11.3 37 8 21.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 1.041474654 1.041474654 1 1.081731463 1.081731463 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000293 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 53480999 T C USP46 CCDS47053.1 r.? - - intronic 47 0 0 47 3 6.4 28 11 39.3 45 21 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.589861751 0.589861751 1 1.968150301 0.98407515 2 3.752546716 0.938136679 4 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001719595 1 9.7E-19 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 53863220 C T SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 39 11 28.2 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 1.412260521 1.412260521 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 54332650 A T LNX1 CCDS3492.1 r.? - - intronic 17 0 0 52 0 0 31 7 22.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 1.131811623 1.131811623 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 55952892 C A KDR CCDS3497.1 r.? - - intronic 12 0 0 32 0 0 18 6 33.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 1.667669339 1.667669339 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.75E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 58973419 A G - - - - - - 48 0 0 58 0 0 33 8 24.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 0 1 1.21193988 1.21193988 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 59106221 C T - - - - - - 38 0 0 55 0 0 25 6 24 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 1.201923848 1.201923848 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66780792 A G - - - - - - 42 0 0 51 0 0 43 10 23.3 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 1.166867735 1.166867735 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68673205 A G - - - - - - 26 0 0 62 0 0 35 5 14.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0.716146293 0.716146293 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68872992 G C - - - - - - 49 0 0 54 0 0 37 5 13.5 63 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0.676082164 0.676082164 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 71124198 G C - - - - - - 38 0 0 45 3 6.7 30 11 36.7 40 18 45 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.617511521 0.617511521 1 1.837941884 0.918970942 2 3.615944373 0.903986093 4 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001516071 1 2.44E-18 1 3.9E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 72190885 T C SLC4A4 CCDS47071.1 r.? - - intronic 48 0 0 57 3 5.3 40 12 30 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.488479263 0.488479263 1 1.50240481 1.50240481 1 1.406200589 1.406200589 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002989991 1 1.2E-18 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 73121842 T A - - - - - - 48 0 0 42 0 0 41 8 19.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.976563126 0.976563126 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 73665241 G A - - - - - - 31 0 0 54 0 0 40 9 22.5 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.126803607 1.126803607 1 1.122568475 1.122568475 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 74103368 C G ANKRD17 CCDS34004.1 r.? - - intronic 41 0 0 46 3 6.5 29 4 13.8 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599078341 0.599078341 1 0.691106212 0.691106212 1 1.165744186 1.165744186 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001615827 1 0.0000134 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 74644804 G A - - - - - - 40 0 0 56 0 0 26 8 30.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.542468938 1.542468938 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 74721154 A C PF4V1 CCDS3561.1 r.? - - downstream 32 0 0 48 2 4.2 34 8 23.5 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.387096774 0.387096774 1 1.176883768 1.176883768 1 0.937529716 0.937529716 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.024220359 1 6.32E-12 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 77890409 T C Aug-07 CCDS34018.1 r.? - - intronic 37 0 0 71 0 0 42 15 35.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 1.787861723 0.893930862 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.65E-24 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 80079293 G A - - - - - - 19 0 0 51 0 0 28 6 21.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 81855460 T C C4orf22 CCDS3587.1 r.? - - intronic 45 0 0 52 3 5.8 33 6 18.2 79 4 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0.534562212 0.534562212 1 0.911458918 0.911458918 1 0.401694659 0.5670392 0.708407213 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002300591 1 1.54E-08 1 0.000696582 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 81872383 A T C4orf22 CCDS3587.1 r.? - - intronic 51 0 0 50 0 0 28 8 28.6 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 82143849 G A - - - - - - 35 0 0 55 3 5.5 28 10 35.7 55 24 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0.506912442 0.506912442 1 1.787861723 0.893930862 2 3.434095519 0.926029781 3.708407213 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002700822 1 1.18E-16 1 1.28E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 82194009 C G - - - - - - 34 0 0 51 0 0 31 4 12.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0.646034068 0.646034068 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 82759029 T C - - - - - - 31 0 0 59 0 0 40 9 22.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 1.126803607 1.126803607 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 83364844 G A ENOPH1 CCDS3594.1 r.? - - intronic 14 0 0 43 0 0 35 6 17.1 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 84173494 G T - - - - - - 34 0 0 59 0 0 37 8 21.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 1.081731463 1.081731463 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 85099761 C G - - - - - - 64 0 0 49 0 0 31 6 19.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 85293653 T G - - - - - - 45 0 0 52 0 0 27 7 25.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.297076152 1.297076152 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.36E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 86277421 G T - - - - - - 44 0 0 64 0 0 31 5 16.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 87096734 T A MAPK10 CCDS3612.1 r.? - - intronic 41 0 0 54 0 0 31 5 16.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 88659410 C T - - - - - - 28 0 0 53 0 0 21 5 23.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.191907816 1.191907816 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.95E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 89102802 C A ABCG2 ENST00000515655 r.? - - intronic 26 0 0 45 3 6.7 40 8 20 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.617511521 0.617511521 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.001516071 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 89219487 C G - - - - - - 35 0 0 48 1 2.1 29 4 13.8 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.193548387 NA 0 0.691106212 0.691106212 1 0.912857881 0.912857881 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.0000134 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 89794769 A C FAM13A CCDS34029.1 r.? - - intronic 26 0 0 59 0 0 29 4 13.8 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 3 1 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.691106212 0.691106212 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 92095004 T C FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 42 0 0 56 0 0 37 11 29.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.487380762 1.487380762 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 93788337 T A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 33 0 0 74 0 0 26 5 19.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.961539078 0.961539078 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 94323386 G C GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 42 0 0 48 0 0 38 11 28.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100537141 T G MTTP CCDS3651.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 0 0 40 11 27.5 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.377204409 1.377204409 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.88E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100681544 T C - - - - - - 56 0 0 67 4 6 36 10 27.8 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.492995392 0.492995392 1 1.392228457 1.392228457 1 1.591286822 1.591286822 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000372648 1 2.21E-15 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 101091331 C T - - - - - - 28 0 0 63 0 0 32 8 25 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.69E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 107423188 G A - - - - - - 47 0 0 65 5 7.7 29 8 27.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.632677419 0.632677419 1 1.382212425 1.382212425 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000201 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 108406854 G T - - - - - - 50 0 0 65 2 3.1 24 8 33.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.254714286 0.254714286 1 1.667669339 1.667669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.042252341 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 110239302 T G - - - - - - 22 0 0 60 0 0 30 4 13.3 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.666066132 0.666066132 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 113414872 G A - - - - - - 13 0 0 56 4 7.1 35 8 22.9 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.58337788 0.58337788 1 1.146835671 1.146835671 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000186538 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 113542961 G A C4orf21 CCDS3700.1 r.? - - intronic 8 0 0 48 1 2.1 33 7 21.2 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.172548387 NA 0 1.061699399 1.061699399 1 0.19121447 0.19121447 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.213845552 1 2.98E-10 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 113681698 T A - - - - - - 22 0 0 42 2 4.8 32 5 15.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.394396313 0.394396313 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.018854633 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115097296 G C - - - - - - 35 0 0 57 0 0 33 10 30.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.517428858 1.517428858 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.14E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 116072647 A G - - - - - - 36 0 0 69 0 0 41 6 14.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.731170341 0.731170341 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 118665385 G C - - - - - - 34 0 0 60 0 0 35 5 14.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 120356420 C T - - - - - - 12 0 0 20 4 20 15 5 33.3 7 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.643317972 1.643317972 1 1.667669339 1.667669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.00000284 1 0.000000009 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 120356426 G T - - - - - - 11 0 0 20 4 20 15 5 33.3 6 1 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.643317972 1.643317972 1 1.667669339 1.667669339 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000284 1 0.000000009 1 0.029627491 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 121572866 G C - - - - - - 30 0 0 46 3 6.5 29 8 27.6 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.534078341 0.534078341 1 1.382212425 1.382212425 1 0.826873385 0.826873385 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001615827 1 1.53E-12 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 126808537 A G - - - - - - 31 0 0 67 0 0 21 6 28.6 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.432292585 1.432292585 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.95E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 128092596 A C - - - - - - 46 0 0 72 0 0 30 5 16.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 128197024 C T - - - - - - 35 0 0 48 0 0 31 7 22.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130550201 T G - - - - - - 46 0 0 53 0 0 35 6 17.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130737556 T C - - - - - - 36 0 0 76 0 0 21 4 19 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.951523046 0.951523046 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130964280 A T - - - - - - 51 0 0 57 0 0 33 5 15.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 131334947 C A - - - - - - 44 0 0 49 0 0 30 5 16.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 132508632 T C - - - - - - 47 0 0 60 0 0 28 6 21.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134448948 T C - - - - - - 37 0 0 60 5 8.3 22 6 27.3 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.681976959 0.681976959 1 1.367188377 1.367188377 1 1.338501292 1.338501292 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000136 1 1.09E-09 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134492475 C T - - - - - - 29 0 0 53 1 1.9 25 8 32 14 2 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.156115207 NA 0 1.60256513 1.60256513 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.233303855 1 3.92E-13 1 0.002185852 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134669705 C A - - - - - - 26 0 0 50 0 0 39 10 25.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.282052104 1.282052104 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 135154776 G A - - - - - - 40 0 0 50 3 6 36 7 19.4 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.492995392 0.492995392 1 0.97155511 0.97155511 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002055544 1 5.74E-10 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 135557092 T C - - - - - - 45 0 0 59 4 6.8 32 12 37.5 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.558728111 0.558728111 1 1.878006012 0.939003006 2 0.413436693 0.413436693 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00022841 1 5.03E-20 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 137072870 C A - - - - - - 43 0 0 49 0 0 32 7 21.9 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.096755511 1.096755511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 138006361 T A - - - - - - 35 0 0 56 10 17.9 31 13 41.9 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.470769585 1.470769585 1 2.098358717 1.049179359 2 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.82E-13 1 2.32E-22 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 138362586 C A - - - - - - 44 0 0 67 0 0 37 11 29.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.487380762 1.487380762 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 143051908 A T INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 1 1.7 31 6 19.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.139682028 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.259739042 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144410918 C T - - - - - - 42 0 0 51 0 0 32 11 34.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.722757515 0.861378758 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.72E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 146905823 C G - - - - - - 32 0 0 50 2 4 30 5 16.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.328663594 0.328663594 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.026131524 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 148088125 C A - - - - - - 26 0 0 62 0 0 24 5 20.8 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.041667335 1.041667335 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000123 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 149308915 T C NR3C2 CCDS3772.1 r.? - - intronic 46 0 0 56 0 0 36 7 19.4 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 156462769 A T - - - - - - 20 0 0 69 0 0 38 4 10.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.525841683 0.525841683 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 156791460 G C ACCN5 CCDS3793.1 r.? - - upstream 39 0 0 55 3 5.5 46 8 17.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451912442 0.451912442 1 0.87139479 0.87139479 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.002700822 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 161944113 C T - - - - - - 14 0 0 47 0 0 28 6 21.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 162009355 G C - - - - - - 34 0 0 49 2 4.1 25 4 16 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336880184 0.336880184 1 0.801282565 0.801282565 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.025168485 1 0.00000727 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163870344 C A - - - - - - 46 0 0 63 1 1.6 39 4 10.3 29 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.131465438 NA 0 0.515825651 0.515825651 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.27078753 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 166783416 C G - - - - - - 32 0 0 60 0 0 42 9 21.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.071715431 1.071715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 168369964 A G - - - - - - 40 0 0 52 1 1.9 31 5 16.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.156115207 NA 0 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 168668522 C A - - - - - - 51 0 0 58 0 0 33 5 15.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 171327934 A G - - - - - - 41 0 0 61 0 0 33 6 18.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 172550984 C T - - - - - - 9 0 0 40 4 10 31 5 16.1 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.821658986 0.821658986 1 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000495 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 172828382 T G GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 39 0 0 76 0 0 58 16 27.6 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.382212425 1.382212425 1 0.124031008 0.124031008 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1E-23 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 173347430 A G GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 1 1.5 35 5 14.3 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.123248848 NA 0 0.716146293 0.716146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.281671117 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 176854202 C T GPM6A CCDS3824.1 r.? - - intronic 47 0 0 70 5 7.1 28 5 17.9 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.58337788 0.58337788 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 179270791 C A - - - - - - 40 0 0 49 0 0 31 6 19.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 180346362 G A - - - - - - 35 0 0 66 0 0 31 5 16.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181851565 A C - - - - - - 35 0 0 54 2 3.7 31 5 16.1 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304013825 0.304013825 1 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.030129377 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182807450 C G - - - - - - 16 0 0 67 0 0 35 11 31.4 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.572517034 1.572517034 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 188029163 A G - - - - - - 41 0 0 53 5 9.4 38 8 21.1 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772359447 0.772359447 1 1.056691383 1.056691383 1 0.609819121 0.609819121 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1.67E-11 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 364539 A C AHRR CCDS43297.1 r.? - - intronic 54 0 0 65 0 0 46 8 17.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.04539479 1.04539479 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 29848290 G A RAB11FIP4 CCDS11267.1 r.899g>a c.670G>A p.D224N missense 9 0 0 48 3 6.2 39 15 38.5 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.571428571 0.571428571 1 1.543086172 0.771543086 2 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001827434 1 6.85E-25 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 5736583 G A - - - - - - 32 0 0 75 0 0 35 8 22.9 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.375835671 1.375835671 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 6774965 C T - - - - - - 19 0 0 50 0 0 36 5 13.9 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.835114228 0.835114228 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 7365794 G C - - - - - - 31 0 0 66 0 0 31 5 16.1 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.967290581 0.967290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 9656606 G T - - - - - - 41 0 0 75 0 0 40 6 15 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.901202405 0.901202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 10233078 C A FAM173B ENST00000280330 r.? - - intronic 14 0 0 73 0 0 42 8 19 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.141523046 1.141523046 1 0.222046512 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.96E-11 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12206573 C T - - - - - - 40 0 0 55 3 5.5 43 7 16.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.616912442 0.616912442 1 0.979306613 0.979306613 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12293178 A T - - - - - - 49 0 0 56 4 7.1 53 12 22.6 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79637788 0.79637788 1 1.357811623 1.357811623 1 0.400917313 0.400917313 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000186538 1 5.39E-17 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16896417 G A MYO10 ENST00000427430 r.? - - intronic 19 0 0 64 4 6.2 40 6 15 34 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 0.901202405 0.901202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000312605 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 18539314 C A - - - - - - 30 0 0 36 0 0 35 6 17.1 19 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.027370741 1.027370741 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 19283331 G A - - - - - - 38 1 2.6 67 7 10.4 38 10 26.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.166525346 1.166525346 1 1.580108216 1.580108216 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.173434892 1 5.23E-08 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 20940211 A G - - - - - - 39 0 0 75 1 1.3 44 5 11.4 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.145815668 0.145815668 1 0.684913828 0.684913828 1 1.05472093 1.05472093 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.313356907 1 0.00000288 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 23952826 T C C5orf17 ENST00000507936 r.? - - intronic 38 0 0 75 0 0 37 6 16.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.973298597 0.973298597 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 24460469 A G - - - - - - 48 0 0 79 0 0 52 9 17.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.039386774 1.039386774 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 24955549 C G - - - - - - 39 0 0 81 2 2.5 35 5 14.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.280414747 0.280414747 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.062493051 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25303716 A G - - - - - - 58 0 0 71 0 0 35 5 14.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25386426 T G - - - - - - 47 0 0 70 0 0 25 4 16 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.961282565 0.961282565 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 26417911 G C - - - - - - 45 0 0 66 0 0 44 7 15.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 26555727 G A - - - - - - 30 0 0 72 0 0 43 6 14 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.841122244 0.841122244 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 26693603 T A - - - - - - 44 0 0 72 0 0 55 6 10.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.654873747 0.654873747 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000367 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27587203 G T - - - - - - 29 0 0 63 0 0 43 4 9.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.558745491 0.558745491 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29406226 G T - - - - - - 40 0 0 63 4 6.3 56 13 23.2 80 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.706645161 0.706645161 1 1.393859719 1.393859719 1 0.692413437 0.692413437 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000294233 1 1.89E-18 1 0.000055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30161273 T G - - - - - - 40 0 0 71 0 0 53 7 13.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.793058116 0.793058116 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 31133786 C T - - - - - - 42 0 0 63 3 4.8 40 10 25 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.538396313 0.538396313 1 1.502004008 1.502004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003968795 1 7.22E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 31167669 G C - - - - - - 44 0 0 66 0 0 49 12 24.5 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.471963928 1.471963928 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.9E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 32627945 A T - - - - - - 38 0 0 61 0 0 42 9 21.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.285715431 1.285715431 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 37688199 G C WDR70 CCDS34147.1 r.? - - intronic 48 0 0 88 0 0 45 8 17.8 60 0 0 61 0 0 51 0 0 95 12 12.6 97 0 0 FALSE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.069426854 1.069426854 1 0 0 1 0 0.75701002 0.75701002 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 7.14E-11 9.09E-14 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 37688293 G A WDR70 CCDS34147.1 r.? - - intronic 44 0 0 57 0 0 41 10 24.4 48 0 0 75 0 0 53 0 0 97 12 12.4 105 0 0 TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.465955912 1.465955912 1 0 0 1 0 0.744993988 0.744993988 1 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 9.51E-15 1.18E-13 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 37688350 G T WDR70 CCDS34147.1 r.? - - intronic 37 0 0 53 0 0 35 7 20 55 0 0 39 0 0 25 0 0 60 11 18.3 60 0 0 TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 0 1.099466934 1.099466934 1 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 4.65E-10 1.34E-14 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 37977331 T G - - - - - - 39 0 0 82 2 2.4 44 7 15.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.269198157 0.269198157 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.063849088 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 40762490 G C PRKAA1 CCDS3932.2 r.2079c>g c.? p.? 3'UTR variant 32 0 0 67 0 0 42 6 14.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44026229 G C - - - - - - 45 0 0 64 0 0 47 8 17 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.021362725 1.021362725 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.03E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44623877 C T - - - - - - 49 0 0 79 0 0 46 5 10.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.654873747 0.654873747 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000361 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44871651 T G - - - - - - 32 0 0 70 2 2.9 48 10 20.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.325281106 0.325281106 1 1.249667335 1.249667335 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.048267597 1 5.37E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 52789822 T A - - - - - - 36 0 0 54 0 0 33 8 24.2 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.96993988 0.96993988 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 55530501 G T ANKRD55 CCDS34161.1 r.? - - upstream 58 0 0 66 0 0 20 10 50 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.004008016 1.002004008 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.72E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 59358534 C T PDE4D CCDS47032.1 r.? - - intronic 48 0 0 50 0 0 26 5 19.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.769539078 0.769539078 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 59679310 G T PDE4D CCDS47032.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 0 0 30 10 33.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.334669339 1.334669339 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.68E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 63384780 G T - - - - - - 37 0 0 42 0 0 29 8 27.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.106212425 1.106212425 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.53E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73996925 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 34 0 0 54 6 11.1 39 8 20.5 38 18 47.4 9 0 0 9 0 0 6 2 33.3 5 2 40 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.134041475 1.134041475 1 1.026643287 1.026643287 1 1.975612403 1.975612403 1 1 1.667669339 1.667669339 1 1.667183463 1.667183463 1 6 5 1 1 0.000000329 1 2.09E-11 0.000370028 1.16E-31 0.000247509 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73997055 C T HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 6 12.5 32 6 18.8 53 22 41.5 83 0 0 49 0 0 53 9 17 51 21 41.2 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277073733 1.277073733 1 0.941507014 0.941507014 1 1.729702842 1.729702842 1 1 0.851362725 0.851362725 1 1.717198966 1.717198966 1 6 5 1 1 0.00000016 1 1.27E-08 7.1E-12 9.5E-37 4.73E-35 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997086 C T HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 7 12.3 30 6 20 48 21 43.8 105 0 0 57 0 0 73 11 15.1 70 29 41.4 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.256640553 1.256640553 1 1.001603206 1.001603206 1 1.825565891 1.825565891 1 1 0.756210421 0.756210421 1 1.725534884 1.725534884 1 6 5 1 1 1.66E-08 1 8.37E-09 1.31E-13 9.35E-36 6.18E-48 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997124 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 43 0 0 61 8 13.1 33 9 27.3 53 26 49.1 125 0 0 55 1 1.8 80 13 16.2 83 36 43.4 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.338373272 1.338373272 1 1.367188377 1.367188377 1 2.0464677 2.0464677 1 1 0.811298597 0.811298597 1 1.808894057 1.808894057 1 6 5 1 1 9.09E-10 0.240951649 6.76E-14 2.82E-16 1.27E-45 4.75E-60 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997199 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 45 0 0 62 5 8.1 33 10 30.3 55 25 45.5 163 0 0 69 0 0 107 22 20.6 138 53 38.4 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827543779 0.827543779 1 1.517428858 1.517428858 1 1.896421189 1.896421189 1 1 1.031651303 1.031651303 1 1.600496124 1.600496124 1 6 5 1 1 0.000016 1 8.14E-16 6.15E-29 7.96E-43 4.2E-84 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997269 T C HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 51 0 0 64 4 6.2 38 9 23.7 46 17 37 182 0 0 85 2 2.4 131 31 23.7 163 66 40.5 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.633428571 0.633428571 1 1.1868998 1.1868998 1 1.542144703 1.542144703 1 1 1.1868998 1.1868998 1 1.688023256 1.688023256 1 6 5 1 1 0.000312605 0.067975933 2.79E-13 3.16E-42 1.16E-27 3.21E-106 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997535 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 39 0 0 49 3 6.1 40 14 35 44 13 29.5 27 0 0 15 1 6.7 28 5 17.9 24 13 54.2 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.623211982 0.623211982 1 1.752805611 0.876402806 2 1.229547804 1.229547804 1 1 0.89643487 0.89643487 1 2.259033592 2.259033592 1 6 5 1 1 0.001939399 0.072431031 1.25E-22 0.000000279 5.49E-20 2.9E-24 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 75098809 C T - - - - - - 48 0 0 49 0 0 35 7 20 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 75411435 G A SV2C ENST00000502798 r.? - - intronic 52 0 0 71 4 5.6 38 6 15.8 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.572129032 0.572129032 1 0.791266533 0.791266533 1 1.394232642 1.394232642 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000464961 1 3.76E-08 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 77203714 C G - - - - - - 48 0 0 52 0 0 35 11 31.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.572517034 1.572517034 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 80788690 G C SSBP2 CCDS4056.1 r.? - - intronic 46 0 0 57 0 0 45 7 15.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.781250501 0.781250501 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82257809 C A - - - - - - 39 0 0 62 0 0 33 10 30.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.517428858 1.517428858 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.14E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82257810 A G - - - - - - 39 0 0 63 0 0 34 10 29.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.472356713 1.472356713 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 82823026 A G VCAN CCDS4060.1 r.? - - intronic 53 0 0 71 4 5.6 44 10 22.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.572129032 0.572129032 1 1.136819639 1.136819639 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000464961 1 2.08E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 83351890 C G EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 0 0 26 4 15.4 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 85879549 C G - - - - - - 30 0 0 51 0 0 29 6 20.7 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.036659319 1.036659319 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 87722164 A G - - - - - - 40 0 0 79 0 0 38 7 18.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.92147495 0.92147495 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 90012146 T C GPR98 CCDS47246.1 r.? - - intronic 38 0 0 59 0 0 24 6 25 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 91180266 A T - - - - - - 28 1 3.6 58 13 22.4 42 21 50 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 2.288516129 1.144258065 2 2.504008016 1.252004008 2 0.373654348 0.373654348 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.130947004 1 3.12E-18 1 2.32E-37 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 92486799 C T - - - - - - 36 0 0 67 0 0 26 4 15.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.771234469 0.771234469 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 94634986 A T - - - - - - 53 0 0 63 0 0 36 8 22.2 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 95061222 A G - - - - - - 27 0 0 62 4 6.5 30 4 13.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.664078341 0.664078341 1 0.666066132 0.666066132 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000276647 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 102447694 T C GIN1 CCDS43349.1 r.? - - intronic 49 0 0 77 0 0 36 7 19.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 105632109 T A - - - - - - 20 0 0 50 0 0 33 5 15.2 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.761218437 0.761218437 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 110743528 A G CAMK4 CCDS4103.1 r.? - - intronic 26 0 0 70 5 7.1 30 5 16.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.72537788 0.72537788 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 111250484 T A C5orf13 CCDS47255.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 0 0 29 4 13.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.691106212 0.691106212 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 111781505 A G - - - - - - 45 0 0 59 3 5.1 38 6 15.8 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.521046083 0.521046083 1 0.791266533 0.791266533 1 1.67307917 1.67307917 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003297476 1 3.76E-08 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 111874348 G A - - - - - - 39 0 0 70 0 0 36 5 13.9 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.696114228 0.696114228 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 113374550 C A - - - - - - 25 0 0 72 5 6.9 51 10 19.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.7049447 0.7049447 1 0.981571142 0.981571142 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000331 1 1.04E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 115482820 G A COMMD10 CCDS34215.1 r.? - - intronic 49 0 0 56 0 0 33 8 24.2 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.21193988 1.21193988 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 116262832 G C - - - - - - 50 0 0 46 0 0 38 9 23.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.1868998 1.1868998 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117329848 A T ENSG00000230431 ENST00000438991 r.? - - intronic 46 0 0 51 0 0 38 6 15.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.791266533 0.791266533 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117953756 C T - - - - - - 35 0 0 63 0 0 40 6 15 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.751202405 0.751202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 118175545 T C DTWD2 ENST00000510708 r.1998a>g c.? p.? 3'UTR variant 52 0 0 55 0 0 41 6 14.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.731170341 0.731170341 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 118205484 T C DTWD2 ENST00000304058 r.? - - intronic 38 0 0 49 0 0 39 7 17.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 118531104 C T DMXL1 CCDS4125.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 0 0 34 5 14.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.736178357 0.736178357 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 118818313 C T HSD17B4 CCDS4126.1 r.? - - intronic 41 0 0 82 0 0 36 6 16.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 122377613 C T - - - - - - 45 0 0 56 4 7.1 39 9 23.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.72537788 0.72537788 1 1.156851703 1.156851703 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000186538 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 127219895 C T - - - - - - 8 0 0 51 0 0 43 8 18.6 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.931490982 0.931490982 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129233286 T C - - - - - - 46 0 0 55 4 7.3 24 5 20.8 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.74581106 0.74581106 1 1.041667335 1.041667335 1 1.238078586 1.238078586 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000173903 1 0.000000123 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129539551 G A - - - - - - 38 0 0 60 4 6.7 49 17 34.7 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.684511521 0.684511521 1 1.737781563 0.868890782 2 0.373654348 0.373654348 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000243755 1 4.26E-27 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129565982 G C - - - - - - 51 0 0 79 0 0 43 11 25.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.282052104 1.282052104 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.42E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129631833 G A - - - - - - 49 0 0 53 0 0 40 9 22.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.126803607 1.126803607 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 129950182 C T - - - - - - 37 0 0 65 0 0 45 11 24.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.221955912 1.221955912 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.24E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 130804230 G A RAPGEF6 ENST00000509018 r.? - - intronic 22 0 0 53 0 0 31 6 19.4 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.97155511 0.97155511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 134845786 C G - - - - - - 34 0 0 69 0 0 24 8 33.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.667669339 1.667669339 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 135127132 C T - - - - - - 43 0 0 49 2 4.1 26 6 23.1 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.418880184 0.418880184 1 1.156851703 1.156851703 1 1.595002142 1.595002142 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.025168485 1 3.3E-09 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 135487118 G C SMAD5 ENST00000231589 r.? - - intronic 35 0 0 57 0 0 47 4 8.5 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.425681363 0.425681363 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 136758378 A T SPOCK1 CCDS4191.1 r.? - - intronic 44 0 0 58 0 0 36 12 33.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.667669339 0.833834669 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.73E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 140095772 C T - - - - - - 18 0 0 54 0 0 35 6 17.1 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.856370741 0.856370741 1 0 NA 0 1 5.008016032 2.504008016 2 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.24E-08 0.000025 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 144132297 C T - - - - - - 43 0 0 52 0 0 36 11 30.6 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.532452906 1.532452906 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 145916477 C G - - - - - - 39 0 0 44 0 0 26 8 30.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.542468938 1.542468938 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 147151805 T A JAKMIP2 CCDS4285.1 r.? - - intronic 37 0 0 68 1 1.5 27 5 18.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.153248848 0.153248848 1 0.926482966 0.926482966 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.288836448 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 147180347 G A - - - - - - 42 0 0 48 4 8.3 46 9 19.6 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.847976959 0.847976959 1 0.981571142 0.981571142 1 1.555963628 1.555963628 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000102016 1 1.82E-12 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 149824122 G A RPS14 CCDS4307.1 r.? - - intronic 24 0 0 60 0 0 30 5 16.7 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 151548212 G A - - - - - - 53 0 0 60 2 3.3 33 7 21.2 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.337147465 0.337147465 1 1.061699399 1.061699399 1 1.4778866 1.4778866 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.036544784 1 2.98E-10 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 155194277 C A - - - - - - 34 0 0 65 1 1.5 36 7 19.4 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.153248848 0.153248848 1 0.97155511 0.97155511 1 0.250961876 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.278061424 1 5.74E-10 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 159073469 T C - - - - - - 37 0 0 67 0 0 31 4 12.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.646034068 0.646034068 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 160614921 A T - - - - - - 42 0 0 43 0 0 34 10 29.4 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.472356713 1.472356713 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 161239288 G T - - - - - - 52 0 0 51 3 5.9 52 13 25 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.602778802 0.602778802 1 1.252004008 1.252004008 1 0.870001169 0.870001169 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002175924 1 6.47E-19 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 161448755 G C - - - - - - 36 0 0 45 0 0 33 4 12.1 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.60596994 0.60596994 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 161554273 A T GABRG2 CCDS47333.1 r.? - - intronic 37 0 0 62 0 0 40 6 15 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.751202405 0.751202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 162672386 G A - - - - - - 37 0 0 67 0 0 52 12 23.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.156851703 1.156851703 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 165073077 C G - - - - - - 36 0 0 54 0 0 24 7 29.2 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.462340681 1.462340681 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 165469810 G A - - - - - - 6 0 0 52 3 5.8 31 8 25.8 9 1 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.592562212 0.592562212 1 1.292068136 1.292068136 1 0.619039293 0.619039293 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002300591 1 2.78E-12 1 0.044110422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 166333448 G T - - - - - - 40 0 0 75 0 0 36 10 27.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.392228457 1.392228457 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 169354607 G T DOCK2 CCDS4371.1 r.? - - intronic 19 0 0 61 0 0 35 7 20 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 169460595 G A DOCK2 CCDS4371.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 26 9 34.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.732773547 1.732773547 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.65E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 170051114 C T KCNIP1 CCDS4374.1 r.? - - intronic 20 0 0 76 0 0 28 5 17.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 170714425 C T RANBP17 CCDS34287.1 r.? - - intronic 17 0 0 55 0 0 31 7 22.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 1.131811623 1.131811623 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 171568359 T C STK10 CCDS34290.1 r.? - - intronic 21 0 0 56 5 8.9 40 11 27.5 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.909276498 0.909276498 1 1.377204409 1.377204409 1 1.76788699 1.254735439 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000965 1 9.88E-17 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 172380389 C T ERGIC1 CCDS34292.1 r.? - - downstream 25 0 0 59 0 0 39 4 10.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.515825651 0.515825651 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 173114604 A G - - - - - - 48 0 0 48 0 0 31 5 16.1 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0.806290581 0.806290581 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 173759799 A G - - - - - - 13 0 0 69 4 5.8 24 6 25 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.592562212 0.592562212 1 1.252004008 1.252004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000416985 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 30349619 T G LRRC37B CCDS32609.1 r.1596u>g c.1454T>G p.L485R missense 28 0 0 48 0 0 27 9 33.3 22 0 0 225 1 0.4 186 0 0 121 18 14.9 134 0 0 TRUE TRUE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 1 0.597194389 0.597194389 1 0 0 1 2 2 1 0.676262381 1 1 8.44E-15 2.99E-21 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 983066 G A - - - - - - 29 0 0 52 5 9.6 26 5 19.2 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.884792627 0.884792627 1 0.769539078 0.769539078 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000668 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 3328238 G A SLC22A23 CCDS47363.1 r.? - - intronic 32 1 3.1 51 4 7.8 25 6 24 29 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.718894009 0.718894009 1 0.961923848 0.961923848 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 0.14819814 1 0.000129466 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 3577891 C G - - - - - - 23 0 0 60 0 0 31 8 25.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.034068136 1.034068136 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 8804995 G A - - - - - - 39 0 0 59 0 0 30 10 33.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.334669339 1.334669339 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.68E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 19140916 T C ENSG00000196333 ENST00000358740 r.? - - intronic 31 0 0 56 3 5.4 16 4 25 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.497695853 0.497695853 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00284314 1 0.00000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 23590220 C A - - - - - - 45 0 0 76 0 0 21 9 42.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.719438878 0.859719439 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.44E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 28839085 A C - - - - - - 45 0 0 52 0 0 27 10 37 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.482965932 1.482965932 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 31373518 A G MICA ENST00000399172 r.? - - intronic 52 0 0 50 2 4 24 4 16.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368663594 0.368663594 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.026131524 1 0.00000613 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 34515005 T G SPDEF CCDS4794.1 r.? - - intronic 7 0 0 20 1 5 18 4 22.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.460829493 0.460829493 1 0.889779559 0.889779559 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.09538952 1 0.00000181 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 44925438 C A SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 29 0 0 56 0 0 39 10 25.6 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.282052104 1.282052104 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 45782599 C T - - - - - - 52 0 0 53 0 0 36 8 22.2 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.111779559 1.111779559 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 46634124 G C SLC25A27 CCDS43470.1 r.? - - intronic 45 0 0 68 0 0 43 4 9.3 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.465745491 0.465745491 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 47666714 C T GPR115 CCDS4922.2 r.? - - intronic 35 0 0 54 0 0 33 5 15.2 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.761218437 0.761218437 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 49282802 G A - - - - - - 54 0 0 51 0 0 43 6 14 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.701122244 0.701122244 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 49440158 G C CENPQ CCDS4925.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 0 0 40 5 12.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 52027179 G A - - - - - - 40 0 0 57 0 0 31 6 19.4 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0.163359173 0.163359173 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 53797834 G C C6orf142 ENST00000505762 r.? - - intronic 50 0 0 67 0 0 38 7 18.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.92147495 0.92147495 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 54312234 A G - - - - - - 35 0 0 53 0 0 35 5 14.3 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.716146293 0.716146293 1 1.453896641 1.453896641 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000895 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 54514219 C T - - - - - - 41 0 0 47 0 0 37 9 24.3 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.216947896 1.216947896 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.14E-13 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 55594105 T G - - - - - - 47 0 0 40 0 0 36 7 19.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.97155511 0.97155511 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 55899820 C A - - - - - - 46 0 0 55 0 0 32 5 15.6 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.781250501 0.781250501 1 2.809777778 0.936592593 3 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000562 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 56125046 A T COL21A1 ENST00000370819 r.? - - intronic 34 0 0 51 0 0 45 7 15.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.414236321 5 2 2 3 0 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 NA 0 0.845871367 0.845871367 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 57403024 G A PRIM2 ENST00000425433 r.? - - intronic 68 0 0 106 2 1.9 82 7 8.5 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.414236321 5 2 2 3 0 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0.175115207 NA 0 0.46089145 1.112629256 0.414236321 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.099065284 1 0.000000214 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63421391 A C - - - - - - 40 0 0 53 0 0 70 5 7.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.568569138 0.568569138 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 63435349 G T - - - - - - 42 0 0 54 0 0 64 7 10.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.872873747 0.872873747 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.78E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65676622 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 0 0 63 8 12.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.017018036 1.017018036 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.18E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65933437 G T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 42 0 0 47 0 0 60 11 18.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.465466934 1.465466934 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.34E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65997622 T G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 53 0 0 60 0 0 61 6 9.8 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.784785571 0.784785571 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 68166794 G C - - - - - - 40 0 0 41 0 0 51 11 21.6 36 0 0 214 0 0 107 0 0 271 50 18.5 143 0 0 FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.729731463 0.864865731 2 0 0 1 0 1.481482966 0.740741483 2 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.94E-15 3.53E-61 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 68166841 G A - - - - - - 38 0 0 50 0 0 58 12 20.7 51 0 0 261 0 0 132 0 0 311 59 19 180 0 0 FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.657659319 0.828829659 2 0 0 1 0 1.521523046 0.760761523 2 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.76E-16 1.19E-72 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 68166931 G C - - - - - - 35 0 0 64 0 0 56 9 16.1 52 0 0 171 0 0 84 0 0 188 39 20.7 158 0 0 FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.289290581 1.289290581 1 0 0 1 0 1.657659319 0.828829659 2 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.2E-11 3.05E-50 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 68166943 G C - - - - - - 45 0 0 68 0 0 55 8 14.5 53 0 0 142 0 0 72 0 0 162 37 22.8 138 0 0 FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.161162325 1.161162325 1 0 0 1 0 1.825827655 0.912913828 2 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.86E-10 1.88E-49 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 6 68240242 G C - - - - - - 46 0 0 60 0 0 42 6 14.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.145146293 1.145146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 68386049 C T - - - - - - 28 0 0 61 0 0 68 10 14.7 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.177178357 1.177178357 1 0.228702842 0.228702842 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.18E-12 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 68386435 C A - - - - - - 39 0 0 62 0 0 45 8 17.8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.425426854 1.425426854 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72398868 T G - - - - - - 47 0 0 80 0 0 32 18 56.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 2.600999699 1.605458932 1.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.68E-33 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72961436 G A RIMS1 CCDS47449.1 r.? - - intronic 27 0 0 53 2 3.8 33 14 42.4 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.388230415 0.388230415 1 1.962320058 1.21123592 1.620097311 2.205348837 1.102674419 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.029108399 1 4.57E-24 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 76469744 T A MYO6 CCDS34487.1 r.? - - intronic 51 0 0 61 0 0 31 10 32.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.49488061 1.49488061 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.94E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 79112617 T C - - - - - - 37 0 0 55 0 0 42 15 35.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.652236464 1.019837791 1.620097311 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.65E-24 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 81566427 C G - - - - - - 41 0 0 51 0 0 35 11 31.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.45322759 1.45322759 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 82226869 A G FAM46A ENST00000412306 r.? - - intronic 42 0 0 53 4 7.5 32 7 21.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.76624424 0.76624424 1 1.013556822 1.013556822 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 85143489 A G - - - - - - 45 0 0 75 0 0 31 11 35.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.642980237 1.014124414 1.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.77E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 85476565 C T TBX18 CCDS34495.1 r.? - - upstream 5 0 0 59 5 8.5 33 8 24.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.868410138 0.868410138 1 1.120003429 1.120003429 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000125 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 86919947 A T - - - - - - 46 0 0 46 0 0 29 6 20.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.958019462 0.958019462 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 87244893 G C - - - - - - 46 0 0 55 0 0 24 8 33.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.541161743 1.541161743 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.68E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 92982684 G A - - - - - - 48 0 0 73 6 8.2 28 8 28.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.837760369 0.837760369 1 1.323640416 1.323640416 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000002 1 1.11E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 93628396 G A - - - - - - 48 0 0 56 0 0 27 5 18.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.856200969 0.856200969 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 93870438 G C - - - - - - 43 0 0 63 0 0 29 10 34.5 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.596699103 1.596699103 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.79E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 96146215 C G - - - - - - 40 0 0 69 1 1.4 28 6 21.4 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.143032258 0.143032258 1 0.990416255 0.990416255 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.292392265 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 96493709 G A FUT9 CCDS5033.1 r.? - - intronic 32 0 0 60 0 0 24 7 29.2 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.351409096 1.351409096 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97493985 C T KLHL32 CCDS5038.1 r.? - - intronic 42 0 0 43 0 0 28 15 53.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 2.480668752 1.531185031 1.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.07E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97870726 C A - - - - - - 46 0 0 44 2 4.5 30 5 16.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.459746544 0.459746544 1 0.772894928 0.772894928 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.020580492 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98128140 G T - - - - - - 37 0 0 60 0 0 34 5 14.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.680332661 0.680332661 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98428726 T C - - - - - - 53 0 0 68 0 0 40 14 35 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.61983967 0.999840972 1.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.25E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98428728 A T - - - - - - 51 0 0 68 0 0 41 13 31.7 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.46711193 1.46711193 1 0.187863049 0.187863049 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.89E-20 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 99929676 T C USP45 CCDS34501.1 r.? - - intronic 46 0 0 68 0 0 34 10 29.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.360665323 1.360665323 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.15E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102038822 A G GRIK2 CCDS5049.1 r.? - - intronic 41 0 0 55 0 0 44 13 29.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.365293436 1.365293436 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.49E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102646743 T A - - - - - - 48 0 0 74 0 0 38 9 23.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.096862862 1.096862862 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102824556 A G - - - - - - 48 0 0 69 0 0 42 9 21.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.990416255 0.990416255 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 103843576 G C - - - - - - 53 0 0 59 0 0 41 11 26.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.240334376 1.240334376 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 104963080 G C - - - - - - 53 0 0 70 0 0 40 8 20 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.925622669 0.925622669 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 109573422 A C - - - - - - 50 0 0 74 0 0 51 12 23.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.087606636 1.087606636 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.24E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 112853485 A T - - - - - - 32 0 0 52 4 7.7 31 4 12.9 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.863677419 0.863677419 1 0.597026621 0.597026621 1 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000139698 1 0.0000177 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 112892829 G C - - - - - - 37 0 0 66 0 0 36 7 19.4 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.897853989 0.897853989 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115087367 G T - - - - - - 47 0 0 76 1 1.3 49 7 14.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.145815668 0.145815668 1 0.661820208 0.661820208 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.316790122 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 116205806 G A - - - - - - 29 0 0 74 0 0 52 9 17.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.800663608 0.800663608 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 116843004 A C FAM26E CCDS5108.1 r.6833a>c c.? p.? 3'UTR variant 47 0 0 60 0 0 39 12 30.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 1.42545891 1.42545891 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.43E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 120226020 T A - - - - - - 41 0 0 65 0 0 41 4 9.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0.453555108 0.731425696 0.620097311 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124170858 G A NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 32 0 0 61 0 0 28 9 32.1 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.928573146 0.964286573 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124176539 G A NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 55 0 0 79 0 0 26 10 38.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.313086172 1.156543086 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.82E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 129724316 A G LAMA2 CCDS5138.1 r.? - - intronic 50 0 0 65 1 1.5 40 13 32.5 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168248848 NA 0 1.95260521 0.976302605 2 1.421224806 1.421224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.278061424 1 1.3E-20 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 130402196 C T L3MBTL3 CCDS34537.1 r.? - - intronic 55 0 0 60 4 6.7 24 9 37.5 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 2.253006012 1.126503006 2 1.88679845 0.943399225 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000243755 1 2.39E-15 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 135194416 C T - - - - - - 10 0 0 50 0 0 40 13 32.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.95260521 0.976302605 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.3E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 139782278 A G - - - - - - 35 0 0 54 0 0 15 8 53.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 3.202272545 1.601136273 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.44E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 141230770 C G - - - - - - 43 0 0 69 0 0 35 8 22.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.375835671 1.375835671 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.15E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 141912126 T G - - - - - - 42 0 0 62 0 0 43 4 9.3 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.558745491 0.558745491 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 150610951 C T - - - - - - 41 0 0 57 1 1.8 31 8 25.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.201898618 NA 0 1.550068136 1.550068136 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.248523156 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 151726436 G T RMND1 CCDS5232.1 r.? - - intronic 35 0 0 64 4 6.2 27 6 22.2 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695428571 0.695428571 1 1.333779559 1.333779559 1 2.360540052 1.180270026 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000312605 1 4.23E-09 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 159167569 C T SYTL3 CCDS34563.1 r.? - - intronic 8 0 0 50 3 6 23 4 17.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 1.04539479 1.04539479 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002055544 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 159167583 C T SYTL3 CCDS34563.1 r.? - - intronic 7 0 0 50 1 2 25 5 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224331797 NA 0 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 159904740 C T - - - - - - 41 0 0 59 4 6.8 42 15 35.7 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 2.144861723 1.072430862 2 1.854126615 0.927063307 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 2.65E-24 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161456362 C T MAP3K4 CCDS34565.1 r.? - - intronic 42 0 0 74 0 0 31 8 25.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.550068136 1.550068136 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161628657 G A AGPAT4 CCDS5280.1 r.? - - intronic 31 0 0 60 5 8.3 36 18 50 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.930976959 0.930976959 1 3.004008016 1.502004008 2 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000136 1 3.18E-32 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161964095 A T PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 52 0 0 73 0 0 27 5 18.5 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.111482966 1.111482966 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162591037 G A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 39 0 0 63 0 0 39 5 12.8 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 163021093 A C PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 38 0 0 61 0 0 42 12 28.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.718292585 0.859146293 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.35E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 163475568 C A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 34 0 0 65 0 0 34 4 11.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.708945892 0.708945892 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 166488873 A G - - - - - - 47 0 0 76 0 0 30 8 26.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.604140281 1.604140281 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 167813773 G A - - - - - - 33 0 0 57 0 0 36 11 30.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.838452906 0.919226453 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 168419883 G A KIF25 CCDS5305.1 r.? - - intronic 26 0 0 54 0 0 30 10 33.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.000669339 1.000334669 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.68E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 169354646 A C - - - - - - 39 0 0 80 0 0 36 6 16.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 5 7 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 3400147 T C SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 46 0 0 80 0 0 45 5 11.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.66688978 0.66688978 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 4438309 T G - - - - - - 37 0 0 59 1 1.7 39 6 15.4 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.190682028 0.190682028 1 0.925234469 0.925234469 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.256019138 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 4483137 T C - - - - - - 39 0 0 43 3 7 38 7 18.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 1.10547495 1.10547495 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001328364 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6137315 G A - - - - - - 12 0 0 62 4 6.5 42 7 16.7 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.729078341 0.729078341 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000276647 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6753782 C G - - - - - - 46 0 0 65 0 0 38 8 21.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.267691383 1.267691383 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9933536 A G - - - - - - 41 0 0 61 3 4.9 45 10 22.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.549612903 0.549612903 1 1.333779559 1.333779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003623631 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 11321607 C T - - - - - - 50 0 0 68 0 0 51 5 9.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.588785571 0.588785571 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 13671255 C G - - - - - - 39 0 0 56 0 0 50 4 8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.480641283 0.480641283 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000119787 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 15901635 A G - - - - - - 49 0 0 65 2 3.1 41 6 14.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347714286 0.347714286 1 0.877170341 0.877170341 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.042252341 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18399853 A T HDAC9 ENST00000433709 r.? - - intronic 37 0 0 84 4 4.8 44 8 18.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.538396313 0.538396313 1 1.093458918 1.093458918 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000877031 1 5.9E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19263584 C A - - - - - - 41 0 0 62 3 4.8 38 8 21.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.538396313 0.538396313 1 1.267691383 1.267691383 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003793816 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 22913854 T A - - - - - - 20 0 0 36 7 19.4 29 10 34.5 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.176018433 1.088009217 2 2.072765531 1.036382766 2 1.541989664 1.541989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.74E-10 1 1.79E-16 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 22913855 C A - - - - - - 19 0 0 36 8 22.2 30 10 33.3 19 5 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.490082949 1.245041475 2 2.000669339 1.000334669 2 1.622173127 1.622173127 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.04E-11 1 2.68E-16 1 3.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 23038012 C A FAM126A CCDS5377.1 r.? - - intronic 44 0 0 71 0 0 37 6 16.2 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.973298597 0.973298597 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 24351327 G T - - - - - - 37 0 0 59 2 3.4 28 6 21.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.381364055 0.381364055 1 1.285715431 1.285715431 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.035441897 1 5.36E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 24468627 G C - - - - - - 54 0 0 52 0 0 40 6 15 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.901202405 0.901202405 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 25800990 G A - - - - - - 27 0 0 67 4 6 45 8 17.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 1.069426854 1.069426854 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000372648 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 28158117 C G JAZF1 CCDS5416.1 r.? - - intronic 18 0 0 64 0 0 36 7 19.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.16555511 1.16555511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 28462345 T G CREB5 CCDS5417.1 r.? - - intronic 46 0 0 43 0 0 38 10 26.3 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.580108216 1.580108216 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 30151375 A G PLEKHA8 ENST00000396259 r.? - - intronic 38 0 0 57 6 10.5 45 10 22.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.177741935 1.177741935 1 1.333779559 1.333779559 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33163253 A C - - - - - - 36 0 0 74 0 0 41 9 22 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.321763527 1.321763527 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.92E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33363170 C T BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 35 0 0 80 0 0 37 8 21.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.297731463 1.297731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33438543 G A BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 35 0 0 55 0 0 40 8 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.201603206 1.201603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33496011 A G BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 37 0 0 72 0 0 34 6 17.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.057410822 1.057410822 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 34281401 G A - - - - - - 38 0 0 62 2 3.2 47 9 19.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.358930876 0.358930876 1 1.147531062 1.147531062 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.038789653 1 2.24E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 34312599 G A - - - - - - 39 0 0 68 0 0 29 5 17.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.033378758 1.033378758 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 37434269 A G ELMO1 CCDS5449.1 r.? - - intronic 22 0 0 62 0 0 44 11 25 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.502004008 1.502004008 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.22E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 39810563 T C - - - - - - 35 0 0 68 2 2.9 35 6 17.1 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.325281106 0.325281106 1 1.027370741 1.027370741 1 0.487268734 0.487268734 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.045825786 1 2.24E-08 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 39810578 T A - - - - - - 40 0 0 66 2 3 34 6 17.6 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336497696 0.336497696 1 1.057410822 1.057410822 1 0.604459948 0.604459948 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.043431387 1 1.86E-08 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41561290 G C ENSG00000236089 ENST00000443116 r.? - - intronic 42 0 0 66 2 3 40 7 17.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336497696 0.336497696 1 1.051402806 1.051402806 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.043431387 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 47315464 G A TNS3 CCDS5506.2 r.6915c>u c.? p.? 3'UTR variant 20 0 0 69 3 4.3 44 7 15.9 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.482313364 0.482313364 1 0.955274549 0.955274549 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.005121501 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 47649226 C T - - - - - - 20 0 0 62 5 8.1 57 13 22.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.908543779 0.908543779 1 1.369827655 1.369827655 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000016 1 2.44E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 49435144 C T - - - - - - 49 0 0 54 0 0 51 9 17.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.057410822 1.057410822 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.92E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 53640543 A C - - - - - - 41 0 0 74 0 0 49 7 14.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 54496847 G A - - - - - - 40 0 0 73 0 0 51 11 21.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.297731463 1.297731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.94E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 54850568 G C - - - - - - 13 0 0 80 0 0 50 11 22 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.321763527 1.321763527 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.52E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55474273 G T LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 22 0 0 225 0 0 194 22 11.3 1072 1 0.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.955905812 0.988976453 4 0.082167959 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.79E-23 1 0.995361874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55499866 A G LANCL2 CCDS5517.1 r.2784a>g c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 289 0 0 238 24 10.1 1308 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.535809619 0.883952405 4 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.13E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55902918 G A Aug-10 CCDS5519.2 r.? - - intronic 13 0 0 263 8 3 201 15 7.5 929 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.656497696 1.656497696 1 2.625601202 0.875200401 3 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000645 1 2.02E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56008087 G A ZNF713 CCDS34639.1 r.1719g>a c.? p.? 3'UTR variant 16 0 0 284 2 0.7 265 11 4.2 719 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.386516129 0.386516129 1 1.470336673 1.470336673 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.415413225 1 0.00000014 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56134782 G A CCT6A CCDS5523.1 r.? - - downstream 30 0 0 123 0 0 149 7 4.7 231 1 0.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.645376754 1.645376754 1 0.328671835 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000118 1 0.685853915 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56393297 C G - - - - - - 41 0 0 106 0 0 166 6 3.6 251 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.260288577 1.260288577 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000209524 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56795672 A T - - - - - - 34 0 0 104 4 3.8 154 6 3.9 219 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958230415 0.958230415 1 1.365312625 1.365312625 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001931437 1 0.00013952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 63127884 A G - - - - - - 33 0 0 59 4 6.8 43 15 34.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.744463378 0.744463378 1 2.445797595 0.815265865 3 0.971791538 0.971791538 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 4.05E-24 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 64896891 C G - - - - - - 49 0 0 77 0 0 53 14 26.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 1.850116232 0.925058116 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.22E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 67336237 C T - - - - - - 41 0 0 68 0 0 76 11 14.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 1.016162325 1.016162325 1 0 0 1 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.08E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 69741648 A C AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 37 0 0 60 0 0 48 5 10.4 58 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0.728833667 0.728833667 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 69858930 T C AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 52 0 0 63 4 6.3 47 12 25.5 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.689723424 0.689723424 1 1.787044088 0.893522044 2 2.568844297 1.086050158 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000294233 1 1.09E-17 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 69911429 C G AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 0 0 28 4 14.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 1.002146293 1.002146293 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 71771154 A G CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 46 0 0 68 1 1.5 47 7 14.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.164219863 NA 0 1.044194389 1.044194389 1 0 0 1 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.288836448 1 4.12E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 74143562 T C GTF2I CCDS5573.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 4 8.7 40 6 15 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.952475205 0.952475205 1 1.051202405 1.051202405 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000862 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 75414580 G A CCL26 CCDS5578.1 r.? - - intronic 40 0 0 64 0 0 57 11 19.3 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 1.352547094 1.352547094 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.29E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 77438859 A C PHTF2 CCDS47622.1 r.? - - intronic 46 0 0 74 0 0 39 7 17.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 1.25443487 1.25443487 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78868724 A T MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 44 0 0 54 0 0 45 4 8.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0.623713427 0.623713427 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 79004810 G T MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 51 0 0 80 4 5 48 15 31.2 53 22 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.547399543 0.547399543 1 2.186501002 1.093250501 2 3.12630611 1.321732597 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000730349 1 2.86E-23 1 9.5E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 82787024 C A PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 47 0 0 54 0 0 54 4 7.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0.518593186 0.518593186 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000161898 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85475222 C T - - - - - - 50 0 0 85 0 0 81 6 7.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0.814593186 0.814593186 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85788790 G T - - - - - - 43 0 0 80 4 5 73 17 23.3 37 16 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.710829493 0.710829493 1 2.564867735 0.854955912 3 3.254371661 1.37587586 2.365309078 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000730349 1 1.03E-23 1 1.78E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 86708317 G T ENSG00000233957 ENST00000434831 r.? - - intronic 44 0 0 86 4 4.7 71 14 19.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.668179724 0.668179724 1 2.168579158 1.084289579 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000957637 1 1.13E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 86894041 A G - - - - - - 31 0 0 66 4 6.1 90 9 10 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.867211982 0.867211982 1 1.100801603 1.100801603 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000351793 1 9.58E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 87663661 C G ADAM22 CCDS43609.1 r.? - - intronic 52 0 0 85 0 0 60 5 8.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0.913665331 0.913665331 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000136 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 88220280 C G - - - - - - 29 0 0 77 1 1.3 77 7 9.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.184815668 NA 0 1.001729459 1.001729459 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.320206172 1 0.000000138 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 88613759 C A ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 39 0 0 102 0 0 79 5 6.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0.69350501 0.69350501 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 88765355 T A ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 45 0 0 95 0 0 83 5 6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0.660480962 0.660480962 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 89269965 C T - - - - - - 40 0 0 98 4 4.1 73 8 11 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.582880184 0.582880184 1 1.210881764 1.210881764 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001553635 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 89280200 T C - - - - - - 41 0 0 95 0 0 93 10 10.8 47 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 1.188865731 1.188865731 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 5.41E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 90467064 G C CDK14 CCDS5619.1 r.? - - intronic 39 0 0 75 0 0 53 7 13.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 1.453058116 1.453058116 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 91687574 G A AKAP9 CCDS5622.1 r.? - - intronic 42 0 0 91 3 3.3 75 10 13.3 38 0 0 154 0 0 142 8 5.6 323 32 9.9 120 0 0 FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.469147465 0.469147465 1 1.464066132 1.464066132 1 0 NA 0 1 1.089793587 1.089793587 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.010951005 0.000000723 6.02E-12 8.67E-31 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 94643796 C G PPP1R9A CCDS34683.1 r.? - - intronic 44 0 0 78 0 0 59 12 20.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 1.828627255 0.914313627 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.2E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 96113829 C G ENSG00000197851 ENST00000356686 r.? - - intronic 46 0 0 64 0 0 65 8 12.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 1.107985972 1.107985972 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 96155294 A G - - - - - - 37 0 0 68 0 0 66 10 15.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 1.369218437 1.369218437 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.6E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 96257742 G A SHFM1 ENST00000417009 r.? - - intronic 43 0 0 78 4 5.1 63 7 11.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0.690389435 0.690389435 1 0.99988978 0.99988978 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000663934 1 3.38E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 96836537 T G - - - - - - 44 0 0 85 0 0 69 4 5.8 35 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 0.52246493 0.52246493 1 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000416985 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 97938501 C T BAIAP2L1 CCDS34687.1 r.? - - intronic 28 0 0 57 4 7 54 13 24.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0.947593342 0.947593342 1 2.170931864 1.085465932 2 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 1.12E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 98495673 G C TRRAP CCDS5659.1 r.? - - intronic 29 0 0 76 0 0 64 11 17.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 14 4.365309078 5 11 2 1 3 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 2.753378758 0.917792919 3 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.85E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 99060816 C T ATP5J2 CCDS5665.1 r.? - - intronic 47 0 0 73 0 0 71 22 31 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 14 4.365309078 5 11 2 1 3 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 4.96248497 0.992496994 5 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.34E-33 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 99398161 C T - - - - - - 41 0 0 59 1 1.7 80 10 12.5 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 14 4.365309078 5 11 2 1 3 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0.230129812 NA 0 2.001002004 1.000501002 2 2.064115359 1.03205768 2 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.256019138 1 1.17E-11 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 100889407 C T FIS1 CCDS43626.1 r.? - - upstream 43 0 0 85 0 0 81 6 7.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 1.184593186 1.184593186 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 101017171 A G EMID2 ENST00000397927 r.? - - intronic 30 0 0 69 0 0 94 14 14.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 2.385194389 1.192597194 2 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.32E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102270790 T C ENSG00000214242 ENST00000344427 r.? - - intronic 8 0 0 51 2 3.9 69 6 8.7 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0.788447005 0.788447005 1 1.392697395 1.392697395 1 0.248597835 NA 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.027109304 1 0.00000143 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102886343 G T - - - - - - 37 0 0 87 0 0 81 9 11.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 0 1 1.77688978 1.77688978 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.68E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 103248033 C T RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 36 0 0 76 0 0 57 14 24.6 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 3.937971944 0.984492986 4 0.150665355 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.84E-20 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 104448455 C G LHFPL3 ENST00000424859 r.? - - intronic 42 0 0 65 0 0 49 9 18.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 1.566755926 1.566755926 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 104647947 C T - - - - - - 38 0 0 64 3 4.7 56 16 28.6 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.527179724 0.527179724 1 2.435283667 0.971408357 2.506961826 1.657318902 1.657318902 1 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004148608 1 5.26E-24 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 108824364 G A - - - - - - 23 0 0 45 5 11.1 35 26 74.3 35 13 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 1.245041475 1.245041475 1 6.326628548 1.403745759 4.506961826 2.79484233 1.181597092 2.365309078 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 1.01E-52 1 1.63E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 110675571 C T IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 32 0 0 58 0 0 52 8 15.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 1.31130659 1.31130659 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 111623331 G C DOCK4 CCDS47688.1 r.? - - intronic 52 0 0 83 0 0 63 4 6.3 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0.536443605 0.536443605 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 115294791 C T - - - - - - 40 0 0 70 0 0 55 9 16.4 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 1.396456369 1.396456369 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.01E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 117045699 C T ASZ1 CCDS5772.1 r.? - - intronic 22 0 0 74 0 0 59 23 39 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 3.320841364 0.94692829 3.506961826 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.45E-37 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119095258 A G - - - - - - 49 0 0 36 0 0 38 5 13.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 1.123977077 1.123977077 1 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119132391 A T - - - - - - 44 0 0 70 4 5.7 56 13 23.2 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.639345622 0.639345622 1 1.975474863 0.987737431 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 1.89E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119227881 A T - - - - - - 30 0 0 60 0 0 51 13 25.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 2.171319354 1.085659677 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.87E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119437909 G C - - - - - - 24 0 0 65 2 3.1 51 12 23.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.347714286 0.347714286 1 2.001019797 1.000509898 2 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.042252341 1 3.24E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125319709 G C - - - - - - 35 0 0 47 0 0 42 5 11.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.595953908 0.595953908 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125994229 A T - - - - - - 33 0 0 43 2 4.7 23 7 30.4 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.433179724 0.433179724 1 1.522436874 1.522436874 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.019709573 1 1.79E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 126694072 A G GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 36 0 0 54 0 0 35 4 11.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.570913828 0.570913828 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 128311162 C G FAM71F2 CCDS47701.1 r.? - - upstream 21 0 0 52 0 0 33 12 36.4 33 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.822917836 0.911458918 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.86E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 130463447 C T - - - - - - 33 0 0 49 0 0 34 8 23.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.176883768 1.176883768 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 141995311 G C - - - - - - 45 0 0 60 0 0 43 9 20.9 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.046675351 1.046675351 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.45E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 142233752 G A - - - - - - 50 0 0 69 0 0 29 17 58.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.934697395 1.467348697 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.74E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 145410734 C G - - - - - - 45 0 0 60 0 0 46 25 54.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.719352705 1.359676353 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.87E-45 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 146027201 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 20 0 0 35 2 5.7 37 8 21.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.525345622 0.525345622 1 1.081731463 1.081731463 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.013332991 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 146774203 T G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 46 0 0 50 3 6 39 16 41 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.552995392 0.552995392 1 2.053286573 1.026643287 2 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002055544 1 5.16E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 147404073 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 50 0 0 59 5 8.5 23 8 34.8 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783410138 0.783410138 1 1.742789579 1.742789579 1 3.177335917 1.059111972 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000125 1 1.79E-13 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 147432199 T G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 44 0 0 42 0 0 24 7 29.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.462340681 1.462340681 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 147582262 T G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 39 0 0 54 0 0 41 4 9.8 43 0 0 57 0 0 23 0 0 57 16 28.1 69 0 0 FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.490785571 0.490785571 1 0 0 1 0 1.407252505 1.407252505 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000546 7.28E-24 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 148279418 T G - - - - - - 27 0 0 64 0 0 36 4 11.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.55588978 0.55588978 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 148955840 C T ZNF212 CCDS5896.1 r.? - - downstream 31 0 0 46 4 8.7 30 6 20 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801843318 0.801843318 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000862 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 150970648 T C SMARCD3 CCDS5924.1 r.? - - intronic 7 1 14.3 51 26 51 46 20 43.5 35 13 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.700460829 4.700460829 1 2.178486974 1.089243487 2 3.030312661 1.01010422 3 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.034479353 1 3.27E-46 1 4.72E-34 1 1.63E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153514704 G A - - - - - - 35 0 0 33 0 0 24 6 25 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 155319534 C T CNPY1 CCDS43684.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 3 6.8 34 6 17.6 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.626728111 0.626728111 1 0.881410822 0.881410822 1 0 0 1 0 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00142027 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 159127059 C A - - - - - - 44 0 0 54 4 7.4 35 6 17.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000161898 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 392373 T G FBXO25 CCDS5954.1 r.? - - intronic 30 1 3.3 48 2 4.2 17 5 29.4 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 0 0 0.105989934 0 0 0 0 0 0 1 1 0.894010066 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.105989934 0.303096774 0.303096774 1 0.590356713 0.590356713 1 0.284833527 0.284833527 1 1 NA NA 0 0 0 1 3 NA 0.139615808 1 0.024220359 1 1.84E-08 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 1008794 G A C8orf68 ENST00000450568 r.? - - intronic 41 0 0 68 2 2.9 42 7 16.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.226716217 4 6 5 4 1 0 0 1 0.773283783 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.226716217 NA 0.412281106 0.412281106 1 1.208200286 1.208200286 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.045825786 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 2783286 G T - - - - - - 49 0 0 44 0 0 26 7 26.9 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.809156313 0.809156313 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.73E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 5224462 T C - - - - - - 57 1 1.8 59 0 0 17 6 35.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.061829659 1.061829659 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 0.248523156 1 1 1 1.84E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 17421401 A T SLC7A2 CCDS6002.2 r.? - - intronic 34 0 0 65 0 0 61 7 11.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.448056444 5 5 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0.805921844 0.805921844 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.69E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 21710778 C A - - - - - - 23 0 0 42 0 0 31 13 41.9 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.260358717 1.260358717 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.32E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 30538241 C T GSR CCDS34877.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 0 0 57 9 15.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0 0 1 1.107266533 1.107266533 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.42E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 32217771 G C NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 38 0 0 71 0 0 55 5 9.1 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 12 5 5 12 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.637729459 0.637729459 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 33103369 G A - - - - - - 37 0 0 46 0 0 36 7 19.4 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0.890203991 0.890203991 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.74E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35046285 G C - - - - - - 31 0 0 42 0 0 29 11 37.9 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 1.739109858 1.100239831 1.580664332 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 1.56E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 36337381 G T - - - - - - 50 0 0 52 0 0 21 4 19 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0.871849269 0.871849269 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 38127828 G C WHSC1L1 CCDS43729.1 r.? - - downstream 52 0 0 59 6 10.2 49 8 16.3 29 3 10.3 177 0 0 92 4 4.3 128 19 14.8 142 16 11.3 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 1.001718168 1.001718168 1 0.747954899 0.747954899 1 0.541759039 0.541759039 1 0.604176489 0.679124694 1.169565024 0.580664332 0.594357004 0.594357004 1 6 5 1 1 0.000000561 0.001230545 1.47E-10 2.49E-22 0.000414371 4.58E-17 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 38127852 A T WHSC1L1 CCDS43729.1 r.? - - downstream 59 0 0 63 5 7.9 47 11 23.4 27 5 18.5 170 0 0 91 4 4.4 111 18 16.2 142 17 12 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0.775840542 0.775840542 1 1.073751205 1.073751205 1 0.973062352 0.973062352 1 0.604176489 0.743366219 0.743366219 1 0.63117558 0.63117558 1 6 5 1 1 0.0000173 0.001181698 7.21E-16 5.84E-22 0.00000023 1.7E-18 YES 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 38127857 G T WHSC1L1 CCDS43729.1 r.? - - downstream 55 0 0 65 6 9.2 46 13 28.3 28 5 17.9 167 4 2.4 94 4 4.3 109 19 17.4 140 17 12.1 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0.903510504 0.903510504 1 1.298596543 1.298596543 1 0.941503573 0.941503573 1 0.604176489 0.798430383 0.798430383 1 0.636435376 0.636435376 1 6 5 #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A #N/A PD9770b 8 38299344 A C FGFR1 CCDS6107.2 r.? - - intronic 33 0 0 52 2 3.8 31 6 19.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0.373189121 0.373189121 1 0.890203991 0.890203991 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.028101652 1 1.03E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 48806037 C A PRKDC ENST00000314191 r.? - - intronic 29 0 0 66 0 0 40 4 10 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.500801603 0.500801603 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50031524 G A - - - - - - 46 0 0 70 0 0 43 10 23.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.166867735 1.166867735 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51771386 T C - - - - - - 46 0 0 72 0 0 43 10 23.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.166867735 1.166867735 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52508360 G A PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 48 0 0 55 0 0 38 12 31.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.582533066 1.582533066 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.86E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52592095 A C PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 46 0 0 95 4 4.2 34 8 23.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.48236272 0.48236272 1 1.176883768 1.176883768 1 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.001385533 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 56095290 G A XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 44 0 0 56 5 8.9 35 7 20 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 1.022149574 1.022149574 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000965 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 62217121 G C CLVS1 CCDS6176.1 r.? - - intronic 35 0 0 68 0 0 36 6 16.7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 62332370 T G CLVS1 CCDS6176.1 r.? - - intronic 29 0 0 77 0 0 32 4 12.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 63246365 A G - - - - - - 46 0 0 67 4 6 29 7 24.1 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.689089601 0.689089601 1 1.206931864 1.206931864 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000372648 1 1.11E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65046075 C G - - - - - - 43 0 0 72 0 0 39 7 17.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.89643487 0.89643487 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 70441617 A T SULF1 CCDS6204.1 r.? - - intronic 32 0 0 72 0 0 32 4 12.5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.626002004 0.626002004 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71729690 C T - - - - - - 42 0 0 60 4 6.7 33 8 24.2 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.769483387 0.769483387 1 1.21193988 1.21193988 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000243755 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71824090 G A - - - - - - 38 0 0 71 0 0 34 7 20.6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73513042 G C KCNB2 CCDS6209.1 r.? - - intronic 42 0 0 64 0 0 41 8 19.5 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.976563126 0.976563126 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.22E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 74204318 C T RDH10 CCDS6213.1 r.? - - upstream 42 0 0 75 0 0 31 7 22.6 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.131811623 1.131811623 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 77478068 C A - - - - - - 28 0 0 32 0 0 18 4 22.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000181 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 77534475 T A - - - - - - 48 0 0 90 3 3.3 45 8 17.8 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.37899928 0.37899928 1 0.891426854 0.891426854 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.01062894 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 79788650 A T - - - - - - 23 0 0 52 0 0 23 4 17.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.87139479 0.87139479 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 81455619 A G - - - - - - 24 0 0 58 0 0 35 9 25.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 82799036 T C - - - - - - 41 0 0 75 0 0 36 8 22.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.111779559 1.111779559 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 85734978 A G RALYL ENST00000399361 r.? - - intronic 43 0 0 69 0 0 34 4 11.8 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.590945892 0.590945892 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 88837257 G T - - - - - - 48 0 0 71 3 4.2 38 11 28.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.48236272 0.48236272 1 1.447316633 1.447316633 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00554578 1 5.19E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90356911 G T - - - - - - 30 0 0 70 0 0 29 4 13.8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.691106212 0.691106212 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90583889 G A - - - - - - 36 0 0 76 5 6.6 39 8 20.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.757998561 0.757998561 1 1.026643287 1.026643287 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000043 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 96504915 C G - - - - - - 42 0 0 95 0 0 43 10 23.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 1.166867735 1.166867735 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.61E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 97068476 T G - - - - - - 32 0 0 78 0 0 30 5 16.7 42 0 0 114 0 0 119 1 0.8 131 24 18.3 129 0 0 TRUE TRUE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 0.916466934 0.916466934 1 0 0 1 2 2 1 1 1 0.449260015 0.000000401 3.97E-30 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 97068506 A G - - - - - - 29 0 0 80 0 0 32 5 15.6 43 0 0 83 0 0 71 1 1.4 108 23 21.3 102 0 0 TRUE TRUE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.781250501 0.781250501 1 0 0 1 1 1.066707415 1.066707415 1 0 0 1 2 2 1 1 1 0.299450652 0.000000562 1.44E-30 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 100216071 C T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 52 0 0 205 0 0 146 10 6.8 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.42854509 1.42854509 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.66E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 100357558 T C VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 40 0 0 161 2 1.2 147 8 5.4 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.410599078 0.410599078 1 1.134432866 1.134432866 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.192829234 1 0.000000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101435256 A G - - - - - - 35 0 0 163 5 3.1 120 8 6.7 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.060714286 1.060714286 1 1.407537074 1.407537074 1 0 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001465619 1 0.0000002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101599488 T G SNX31 CCDS6288.1 r.? - - intronic 38 0 0 222 0 0 182 9 4.9 59 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.029392786 1.029392786 1 0.189855297 NA 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000443 1 0.256019138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 103504337 G T - - - - - - 36 0 0 75 0 0 46 5 10.9 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.654873747 0.654873747 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000361 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 104941508 T C RIMS2 ENST00000507740 r.? - - intronic 31 0 0 86 3 3.5 49 8 16.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.497580645 0.497580645 1 1.305306613 1.305306613 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.009396251 1 1.47E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 105992953 C G - - - - - - 44 0 0 88 0 0 42 6 14.3 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.145146293 1.145146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.02E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106292693 G A - - - - - - 34 0 0 90 0 0 48 9 18.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.505507014 1.505507014 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.75E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106665317 C G ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 48 0 0 88 3 3.4 67 5 7.5 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.483364055 0.483364055 1 0.600601202 0.600601202 1 0 0 1 1 NA NA 0 0 0 1 4 NA 1 1 0.010001517 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 111803253 C G - - - - - - 51 0 0 59 1 1.7 41 10 24.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.241682028 0.241682028 1 1.465955912 1.465955912 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.256019138 1 9.51E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114873734 G T - - - - - - 51 0 0 79 0 0 41 7 17.1 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 117629474 C T - - - - - - 30 0 0 63 4 6.3 37 6 16.2 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895645161 0.895645161 1 0.973298597 0.973298597 1 2.032568475 1.016284238 2 1 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000294233 1 3.18E-08 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 119044656 G A EXT1 CCDS6324.1 r.? - - intronic 26 0 0 73 0 0 44 7 15.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.955274549 0.955274549 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 121323516 C G COL14A1 CCDS34938.1 r.? - - intronic 42 0 0 65 3 4.6 50 4 8 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.653963134 0.653963134 1 0.480641283 0.480641283 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004333293 1 0.000119787 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 124829147 G A FAM91A1 CCDS6346.2 r.? - - downstream 42 0 0 60 4 6.7 48 27 56.2 51 23 45.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952511521 0.952511521 1 3.37650501 1.12550167 3 5.036749354 1.007349871 5 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000243755 1 1.5E-49 1 2.05E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 127834807 C A - - - - - - 44 0 0 73 0 0 37 9 24.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.459947896 1.459947896 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.14E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131649331 G C - - - - - - 37 0 0 63 2 3.2 46 10 21.7 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.454930876 0.454930876 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.03993132 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131922498 C T ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 23 0 0 82 4 4.9 43 7 16.3 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.696612903 0.696612903 1 0.979306613 0.979306613 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000801325 1 2.15E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138140428 G C - - - - - - 44 0 0 62 2 3.2 34 6 17.6 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.454930876 0.454930876 1 1.057410822 1.057410822 1 1.697529716 1.697529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.038789653 1 1.86E-08 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138859119 C T - - - - - - 36 0 0 70 0 0 36 5 13.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.835114228 0.835114228 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 141504940 T C - - - - - - 15 0 0 42 0 0 33 8 24.2 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.45393988 1.45393988 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 141587626 G C EIF2C2 ENST00000220592 r.? - - intronic 27 0 0 72 0 0 35 5 14.3 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 3195876 T C - - - - - - 41 0 0 60 3 5 17 4 23.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0.447284422 0.447284422 1 0.706883768 0.706883768 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003458198 1 0.00000141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 8239968 T G - - - - - - 43 0 0 52 0 0 15 5 33.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 1.001669339 1.001669339 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000009 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 8285831 A G - - - - - - 43 0 0 61 0 0 13 7 53.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 1.618312625 1.618312625 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.31E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 9841577 T A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 41 0 0 45 0 0 18 7 38.9 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 1.170118236 1.170118236 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.37E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 11853952 C A - - - - - - 31 0 0 46 0 0 21 5 23.8 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0.715907816 0.715907816 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.95E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 14649972 C G ZDHHC21 CCDS6475.1 r.? - - intronic 44 0 0 50 5 10 22 10 45.5 43 18 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 0 2 1 0 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 1.368647295 1.368647295 1 1.327374677 1.327374677 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000549 1 5.98E-18 1 2.06E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 15219319 C A TTC39B CCDS6477.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 0 0 24 6 25 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 1 2 2 1 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.752004008 0.752004008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.95E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 20729956 C A KIAA1797 CCDS34993.1 r.? - - intronic 35 1 2.9 47 0 0 24 7 29.2 21 0 0 102 0 0 52 1 1.9 78 12 15.4 68 0 0 TRUE TRUE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 0 0 1 0.916839646 0.916839646 1 0 0 1 1 0.483538717 0.483538717 1 0 0 1 2 2 0.16091139 1 1 0.229451111 2.51E-11 7.82E-15 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 9 20729960 C A KIAA1797 CCDS34993.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 21 6 28.6 20 0 0 104 0 0 54 0 0 79 13 16.5 71 0 0 TRUE TRUE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 0 0 1 0.898000475 0.898000475 1 0 0 1 1 0.518077197 0.518077197 1 0 0 1 2 2 1 1 1 1 7.95E-10 2.37E-16 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 9 20730336 C G KIAA1797 CCDS34993.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 0 0 19 9 47.4 25 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 TRUE FALSE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 0 0 1 1.488294494 1.488294494 1 0 0 1 1 0 NA 0 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 1.72E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 20730742 C G KIAA1797 CCDS34993.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 0 0 22 6 27.3 30 0 0 175 0 0 88 0 0 95 18 18.9 107 0 0 TRUE TRUE 2 1.131845769 2 2 1 2 0 0 0 1 0.868154231 1 NA 2 NA NA 0 NA NA 0.131845769 NA 0 0 1 0.857182272 0.857182272 1 0 0 1 1 0.59343388 0.59343388 1 0 0 1 2 2 1 1 1 1 1.09E-09 2.94E-23 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 9 22587111 G C - - - - - - 44 0 0 55 5 9.1 36 24 66.7 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838709677 0.838709677 1 4.007346693 1.001836673 4 1.534883721 1.534883721 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000883 1 7.04E-47 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22736083 C G - - - - - - 13 0 0 17 0 0 5 2 40 12 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.403206413 2.403206413 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000247509 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22837332 C T - - - - - - 45 0 0 46 0 0 38 8 21.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.267691383 1.267691383 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 23398326 G A - - - - - - 29 0 0 49 4 8.2 46 31 67.4 32 12 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755760369 0.755760369 1 4.049402806 1.012350701 4 1.937984496 0.968992248 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 2.22E-60 1 5.03E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 27696781 A G - - - - - - 39 0 0 35 0 0 26 5 19.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.153539078 1.153539078 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 28139995 T A LINGO2 CCDS6524.1 r.? - - intronic 41 0 0 63 0 0 45 10 22.2 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 2.66E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 42341551 C T - - - - - - 8 0 0 74 3 4.1 56 15 26.8 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 2 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.377880184 0.377880184 1 1.342148297 1.342148297 1 1.683852713 1.683852713 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006220661 1 4.09E-22 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 45667186 C G - - - - - - 9 0 0 12 1 8.3 7 3 42.9 8 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 2.148438878 2.148438878 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.058377193 1 0.00000431 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 67019706 G A - - - - - - 9 0 0 8 0 0 8 3 37.5 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.878006012 1.878006012 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000687 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 67019717 T C - - - - - - 8 0 0 10 1 10 10 3 30 4 1 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921658986 0.921658986 1 1.50240481 1.50240481 1 1.541989664 1.541989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.04888987 1 0.0000146 1 0.019850499 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 71405020 A T PIP5K1B CCDS6624.1 r.? - - intronic 32 0 0 52 4 7.7 40 9 22.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.709677419 0.709677419 1 1.126803607 1.126803607 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000139698 1 4.64E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74723751 C T - - - - - - 28 0 0 54 0 0 32 11 34.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.722757515 0.861378758 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 5.72E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 75349719 A G TMC1 CCDS6643.1 r.? - - intronic 48 0 0 49 5 10.2 35 12 34.3 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.940092166 0.940092166 1 1.717749499 0.858874749 2 2.245136951 1.122568475 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000496 1 1.83E-19 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 76527672 G A - - - - - - 23 0 0 48 4 8.3 24 5 20.8 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.764976959 0.764976959 1 1.041667335 1.041667335 1 0.616795866 0.616795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000102016 1 0.000000123 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 77591935 A T C9orf41 CCDS6649.1 r.? - - downstream 28 0 0 53 3 5.7 37 12 32.4 34 11 32.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.525345622 0.525345622 1 1.622597194 0.811298597 2 1.998418605 0.999209302 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002429596 1 4.03E-19 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 77836591 C T - - - - - - 33 0 0 54 0 0 30 5 16.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 78965473 A T PCSK5 ENST00000376754 r.? - - intronic 30 0 0 57 3 5.3 42 5 11.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.488479263 0.488479263 1 0.595953908 0.595953908 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002989991 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 82030673 C A - - - - - - 40 1 2.5 63 10 15.9 33 10 30.3 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.465437788 1.465437788 1 1.517428858 1.517428858 1 1.301439276 1.301439276 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 0.181679879 1 9.81E-13 1 8.14E-16 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 83583892 C T - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 37 14 37.8 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.949308756 0.949308756 1 1.89303006 0.94651503 2 2.121777778 1.060888889 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000447 1 3.35E-23 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 83648795 G A - - - - - - 40 0 0 65 2 3.1 45 19 42.2 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.285714286 0.285714286 1 2.113382766 1.056691383 2 1.541989664 1.541989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.042252341 1 4.11E-32 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 86138708 T C FRMD3 CCDS43840.1 r.? - - intronic 36 0 0 68 0 0 37 7 18.9 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.94651503 0.94651503 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 88959800 A G ZCCHC6 CCDS35057.1 r.? - - intronic 33 0 0 66 0 0 47 11 23.4 48 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.171875752 1.171875752 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 7.21E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 91327244 C T - - - - - - 30 0 0 58 4 6.9 39 16 41 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6359447 0.6359447 1 2.053286573 1.026643287 2 1.233591731 1.233591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000213772 1 5.16E-27 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 94165726 A G - - - - - - 42 0 0 52 0 0 31 5 16.1 27 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.806290581 0.806290581 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 94598211 G A ROR2 CCDS6691.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 5 10.4 32 13 40.6 32 10 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958525346 0.958525346 1 2.033254509 1.016627255 2 1.924403101 0.96220155 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 3.88E-22 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 95063123 C G NOL8 CCDS47993.1 r.? - - intronic 44 0 0 49 0 0 28 7 25 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.252004008 1.252004008 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 8.44E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 95936187 C T - - - - - - 28 0 0 34 0 0 30 8 26.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.337140281 1.337140281 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.07E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 96479287 T C - - - - - - 22 0 0 52 0 0 22 4 18.2 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000425 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 98369667 G C - - - - - - 14 0 0 67 0 0 37 6 16.2 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.811298597 0.811298597 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 99848819 C A - - - - - - 19 0 0 47 0 0 40 11 27.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.377204409 1.377204409 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.88E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 101292367 G A GABBR2 CCDS6736.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 2 5.1 29 14 48.3 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.470046083 0.470046083 1 2.418871743 1.209435872 2 1.597501292 1.597501292 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 4.41E-25 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 102628584 C T NR4A3 CCDS6742.1 r.4393c>u c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 56 0 0 33 8 24.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.21193988 1.21193988 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 103012476 A T INVS CCDS6746.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 0 0 36 11 30.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.532452906 1.532452906 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.62E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 104564645 A G - - - - - - 37 0 0 48 0 0 34 9 26.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.327124248 1.327124248 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 106616630 C G - - - - - - 46 0 0 56 5 8.9 30 5 16.7 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 0.836338677 0.836338677 1 0.561284238 0.561284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 0.000000401 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 107826918 T C - - - - - - 11 0 0 52 4 7.7 34 5 14.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.709677419 0.709677419 1 0.736178357 0.736178357 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000139698 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 108227450 C A FSD1L CCDS6765.2 r.? - - intronic 41 0 0 47 0 0 33 4 12.1 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.60596994 0.60596994 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 109802283 T C - - - - - - 40 0 0 55 0 0 51 8 15.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.786258517 0.786258517 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 2.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 110973423 A G - - - - - - 31 0 0 38 0 0 25 5 20 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 111979755 C A EPB41L4B CCDS43859.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 1 1.9 38 10 26.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.175115207 NA 0 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 113707939 G A LPAR1 CCDS6777.1 r.? - - intronic 46 0 0 45 4 8.9 36 11 30.6 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820276498 0.820276498 1 1.532452906 1.532452906 1 1.178080103 1.178080103 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 2.62E-17 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 114095754 G C OR2K2 ENST00000374428 r.? - - upstream 46 0 0 68 0 0 38 5 13.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.661058116 0.661058116 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 115404840 G A KIAA1958 CCDS35108.1 r.? - - intronic 41 0 0 46 4 8.7 34 7 20.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.801843318 0.801843318 1 1.031651303 1.031651303 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000862 1 3.73E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 117472637 G A - - - - - - 49 0 0 54 4 7.4 37 6 16.2 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.68202765 0.68202765 1 0.811298597 0.811298597 1 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000161898 1 3.18E-08 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 118173454 C T - - - - - - 46 0 0 51 0 0 42 18 42.9 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.148438878 1.074219439 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.2E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 120633160 A G - - - - - - 50 0 0 39 0 0 33 8 24.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.21193988 1.21193988 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.85E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 121276481 G A - - - - - - 24 0 0 50 0 0 33 6 18.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 123966236 C G RAB14 CCDS6827.1 r.? - - upstream 40 0 0 55 0 0 30 13 43.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.168470942 1.084235471 2 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1.35E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 126819118 A G - - - - - - 7 0 0 40 20 50 34 11 32.4 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.608294931 4.608294931 1 1.622597194 1.622597194 1 2.596710594 1.298355297 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.19E-35 1 1.26E-17 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127820486 G C SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 39 0 0 64 6 9.4 45 8 17.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866359447 0.866359447 1 1.425426854 1.425426854 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000000914 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127820921 G T SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 4 7 52 10 19.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.64516129 0.64516129 1 1.537539078 1.537539078 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000199821 1 1.28E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127821126 G C SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 1 1.8 45 7 15.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.165898618 NA 0 1.249250501 1.249250501 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.244746891 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127821500 G C SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 3 5.9 42 7 16.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.543778802 0.543778802 1 1.337338677 1.337338677 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002175924 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127888424 A C SCAI CCDS48017.1 r.? - - intronic 22 0 0 53 0 0 35 7 20 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.601603206 1.601603206 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 4.65E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 130051573 G C GARNL3 CCDS6869.2 r.? - - intronic 47 0 0 84 0 0 48 5 10.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.832833667 0.832833667 1 0 0 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 3067058 G A - - - - - - 43 0 0 57 0 0 35 6 17.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.027370741 1.027370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 3332991 C A - - - - - - 34 0 0 59 4 6.8 39 9 23.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4728731 C A - - - - - - 41 0 0 67 0 0 32 5 15.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.937250501 0.937250501 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5360505 G T - - - - - - 40 0 0 65 3 4.6 33 7 21.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.515963134 0.515963134 1 1.273699399 1.273699399 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004333293 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 6316766 G C - - - - - - 38 0 0 67 0 0 61 6 9.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.588785571 0.588785571 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 6825881 G T - - - - - - 45 0 0 63 0 0 37 4 10.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.648865731 0.648865731 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 7230043 G C STS CCDS14127.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 0 0 46 12 26.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.568092184 1.568092184 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.12E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 7347251 T C - - - - - - 48 0 0 71 4 5.6 37 11 29.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.628129032 0.628129032 1 1.784380762 0.892190381 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000464961 1 3.7E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 7505558 T G - - - - - - 30 0 0 49 0 0 33 7 21.2 40 1 2.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.273699399 1.273699399 1 0.179198966 0.179198966 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.98E-10 1 0.181679879 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 9403342 C T - - - - - - 35 0 0 56 1 1.8 42 5 11.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.201898618 0.201898618 1 0.714953908 0.714953908 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.244746891 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 9784132 C T SHROOM2 CCDS14135.1 r.? - - intronic 53 0 0 54 5 9.3 45 8 17.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.043142857 1.043142857 1 1.069426854 1.069426854 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000806 1 7.14E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 11155858 A G ARHGAP6 CCDS14140.1 r.4923u>c c.? p.? 3'UTR variant 34 0 0 60 2 3.3 39 5 12.8 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.370147465 0.370147465 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.036544784 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12059620 A G - - - - - - 37 0 0 53 4 7.5 33 4 12.1 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84124424 0.84124424 1 0.72696994 0.72696994 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 14543006 C T GLRA2 CCDS48085.1 r.? - - upstream 34 0 0 47 4 8.5 36 9 25 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.953410138 0.953410138 1 1.502004008 1.502004008 1 0.379901809 0.379901809 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000939 1 1.63E-13 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 16290263 A T - - - - - - 36 0 0 59 4 6.8 42 7 16.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.762728111 0.762728111 1 1.003338677 1.003338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00022841 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 16638783 C A CTPS2 CCDS14175.1 r.? - - intronic 28 0 0 75 0 0 42 10 23.8 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.429907816 1.429907816 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 16844500 C G CXorf15 CCDS14178.1 r.? - - intronic 35 0 0 61 3 4.9 39 11 28.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.549612903 0.549612903 1 1.694260521 0.847130261 2 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003623631 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 17131384 T C REPS2 CCDS14180.2 r.? - - intronic 24 0 0 55 0 0 38 4 10.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.630841683 0.630841683 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 17366770 G T - - - - - - 27 0 0 65 0 0 38 8 21.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.267691383 1.267691383 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 20526133 G A - - - - - - 39 0 0 79 0 0 34 6 17.6 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.057410822 1.057410822 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.86E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 21386537 G T - - - - - - 36 0 0 58 5 8.6 29 6 20.7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 1.243659319 1.243659319 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000115 1 6.72E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 26796397 T A - - - - - - 36 0 0 72 0 0 34 5 14.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.883178357 0.883178357 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 26796398 T G - - - - - - 38 0 0 73 0 0 35 5 14.3 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 26802613 T A - - - - - - 35 0 0 72 0 0 40 8 20 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.201603206 1.201603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28385055 C A - - - - - - 46 0 0 76 0 0 46 10 21.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.303739479 1.303739479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31097922 T G - - - - - - 62 0 0 54 0 0 39 5 12.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.769026052 0.769026052 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31615063 C A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 3 6 42 11 26.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 1.5741002 1.5741002 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.002055544 1 1.81E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32687413 T A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 50 0 0 52 0 0 38 8 21.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.267691383 1.267691383 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33091197 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 46 0 0 65 0 0 38 7 18.4 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.10547495 1.10547495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33091477 T C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 50 0 0 68 13 19.1 41 14 34.1 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.142368664 1.071184332 2 2.048733467 1.024366733 2 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.96E-17 1 1.9E-22 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33286796 C A DMD ENST00000288447 r.? - - intronic 39 0 0 70 0 0 37 8 21.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.297731463 1.297731463 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 34670545 C A TMEM47 CCDS14235.1 r.? - - intronic 53 0 0 71 3 4.2 29 7 24.1 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.471096774 0.471096774 1 1.447931864 1.447931864 1 1.146873385 1.146873385 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00554578 1 1.11E-10 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 34670546 C A TMEM47 CCDS14235.1 r.? - - intronic 54 0 0 72 3 4.2 29 7 24.1 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.471096774 0.471096774 1 1.447931864 1.447931864 1 1.290232558 1.290232558 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00576558 1 1.11E-10 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 35150527 C G - - - - - - 42 0 0 59 3 5.1 39 9 23.1 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.572046083 0.572046083 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.003297476 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 35602630 G A - - - - - - 22 0 0 75 5 6.7 32 8 25 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.751511521 0.751511521 1 1.502004008 1.502004008 1 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 3.69E-12 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 36598236 C T - - - - - - 44 0 0 50 5 10 39 11 28.2 47 18 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.121658986 1.121658986 1 1.694260521 0.847130261 2 2.745328165 1.372664083 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 7.2E-17 1 1.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 37689629 G A ENSG00000250349 ENST00000465127 r.? - - intronic 40 0 0 62 0 0 49 7 14.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.859146293 0.859146293 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 5.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 37854578 G T CXorf27 CCDS43929.1 r.? - - downstream 20 0 0 60 0 0 46 8 17.4 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.04539479 1.04539479 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 8.61E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 38402648 C G ENSG00000250349 ENST00000465127 r.? - - intronic 27 0 0 61 0 0 40 5 12.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.751002004 0.751002004 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 39292002 A C - - - - - - 54 0 0 60 2 3.3 34 5 14.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.370147465 0.370147465 1 0.883178357 0.883178357 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.036544784 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 40793316 A G - - - - - - 48 0 0 67 0 0 50 11 22 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.321763527 1.321763527 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.52E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43199398 C G - - - - - - 47 0 0 68 3 4.4 43 11 25.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.493529954 0.493529954 1 1.538052104 1.538052104 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.004916956 1 2.42E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 44045716 G A EFHC2 ENST00000415199 r.? - - intronic 44 0 0 57 0 0 39 7 17.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.07543487 1.07543487 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 45877085 C G - - - - - - 40 0 0 43 3 7 30 10 33.3 29 9 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78516129 0.78516129 1 2.000669339 1.000334669 2 2.222067183 1.111033592 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001328364 1 2.68E-16 1 1.79E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47753184 A T ZNF81 CCDS43933.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 1 2.2 27 6 22.2 27 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.246764977 0.246764977 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.205924651 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 49493588 G T - - - - - - 52 0 0 67 4 6 44 10 22.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.672995392 0.672995392 1 1.363819639 1.363819639 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000372648 1 2.08E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50583399 G C - - - - - - 37 0 0 65 1 1.5 37 7 18.9 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168248848 0.168248848 1 1.13551503 1.13551503 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.278061424 1 7.05E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 50756658 A C - - - - - - 33 0 0 44 0 0 33 4 12.1 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.72696994 0.72696994 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 52694446 G A SSX7 ENST00000417706 r.? - - intronic 40 0 0 51 4 7.8 42 14 33.3 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.874894009 0.874894009 1 2.000669339 1.000334669 2 2.193395349 1.096697674 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000129466 1 2.83E-22 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 54120685 C A FAM120C CCDS14356.1 r.? - - intronic 27 0 0 70 0 0 42 10 23.8 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.429907816 1.429907816 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.24E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55054569 T C ALAS2 CCDS14366.1 r.? - - intronic 31 0 0 66 0 0 46 9 19.6 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.177571142 1.177571142 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.82E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55077626 G A - - - - - - 45 0 0 80 0 0 39 9 23.1 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.387851703 1.387851703 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.62E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55843853 A G - - - - - - 32 0 0 70 4 5.7 41 6 14.6 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.639345622 0.639345622 1 0.877170341 0.877170341 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000440508 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 62344397 T C - - - - - - 46 0 0 63 0 0 54 12 22.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.333779559 1.333779559 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.9E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 64395013 G A - - - - - - 32 0 0 51 0 0 41 6 14.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0.877170341 0.877170341 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 64955245 G A MSN CCDS14382.1 r.1084g>a c.912G>A p.Q304Q silent 22 0 0 58 0 0 38 8 21.1 25 0 0 91 0 0 173 0 0 72 12 16.7 90 0 0 FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 1.267691383 1.267691383 1 0 NA 0 1 1.003338677 1.003338677 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.67E-11 2.84E-15 1 1 YES 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 65786621 G C - - - - - - 44 0 0 75 5 6.7 41 6 14.6 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0.751511521 0.751511521 1 0.877170341 0.877170341 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 70354423 G A MED12 CCDS43970.1 r.? - - intronic 21 0 0 59 0 0 32 7 21.9 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 1.315755511 1.315755511 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.36E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 71957894 A T - - - - - - 40 0 0 71 5 7 42 4 9.5 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.78516129 0.78516129 1 0.570761523 0.570761523 1 1.495628135 1.495628135 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000309 1 0.0000601 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 72312852 T A - - - - - - 47 0 0 50 0 0 37 5 13.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0.811082164 0.811082164 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74156460 A G - - - - - - 41 0 0 55 0 0 37 8 21.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 1.297731463 1.297731463 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1.33E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74613358 A G ZDHHC15 CCDS14430.1 r.? - - intronic 38 0 0 67 5 7.5 33 5 15.2 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.84124424 0.84124424 1 0.913218437 0.913218437 1 0.876933043 0.876933043 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000233 1 0.00000066 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74616653 G A ZDHHC15 CCDS14430.1 r.? - - intronic 29 0 0 49 3 6.1 33 7 21.2 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.684211982 0.684211982 1 1.273699399 1.273699399 1 1.34498933 1.34498933 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 2.98E-10 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77640939 C A - - - - - - 32 0 0 65 0 0 30 6 20 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 1.201603206 1.201603206 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77796366 C T - - - - - - 42 0 0 64 0 0 23 4 17.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 1.04539479 1.04539479 1 0 NA 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79302455 T A - - - - - - 31 0 0 51 3 5.9 40 8 20 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.581465725 0.581465725 1 0.950245052 0.950245052 1 0.850033256 0.850033256 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002175924 1 2.61E-11 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79826891 C T - - - - - - 42 0 0 61 1 1.6 35 5 14.3 28 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.15768562 0.15768562 1 0.679425212 0.679425212 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.263440347 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 80910896 G T - - - - - - 32 0 0 39 6 15.4 28 7 25 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 1.517724095 1.517724095 1 1.187806315 1.187806315 1 1.194350525 1.194350525 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.43E-08 1 8.44E-11 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 82622457 C T - - - - - - 41 0 0 49 2 4.1 27 6 22.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.404069402 0.404069402 1 1.054772008 1.054772008 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.025168485 1 4.23E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 84380495 C G - - - - - - 34 0 0 57 2 3.5 30 7 23.3 15 6 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.344937294 0.344937294 1 1.107035485 1.107035485 1 2.151982928 1.77556543 1.211998663 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.03327602 1 1.44E-10 1 7.52E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85743176 T C DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 38 0 0 60 0 0 42 7 16.7 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0.793454618 0.793454618 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85832297 G A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 4 8.3 27 6 22.2 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0.817994155 0.817994155 1 1.054772008 1.054772008 1 0.430396586 0.430396586 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000102016 1 4.23E-09 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87017855 G T - - - - - - 35 0 0 47 0 0 25 6 24 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 1.045772903 1.045772903 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.55E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87028224 T A - - - - - - 42 0 0 62 5 8.1 31 8 25.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.798283453 0.798283453 1 1.124205871 1.124205871 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000016 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87309146 C T - - - - - - 54 0 0 69 0 0 46 10 21.7 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0.945553 0.945553 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 3.38E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 88201006 C T - - - - - - 54 0 0 65 12 18.5 33 11 33.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 1.823239985 1.112571957 1.638761406 1.451009903 1.451009903 1 0.817753513 0.817753513 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 7.7E-16 1 8.54E-18 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 89369885 T C - - - - - - 41 0 0 50 0 0 32 4 12.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0.544673387 0.544673387 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92309503 G A - - - - - - 48 0 0 57 4 7 35 8 22.9 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.689874589 0.689874589 1 0.997841645 0.997841645 1 0.919972702 0.919972702 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 8.15E-12 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 93029546 G A - - - - - - 47 0 0 61 4 6.6 36 5 13.9 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.650453184 0.650453184 1 0.605676806 0.605676806 1 1.135170994 1.135170994 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.00000104 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 93030588 T G - - - - - - 52 0 0 56 2 3.6 29 9 31 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.354792646 0.354792646 1 1.35079 1.35079 1 1.388028988 1.388028988 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.032213353 1 1.79E-14 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94468569 A C - - - - - - 45 0 0 56 0 0 36 9 25 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 1.089346774 1.089346774 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94485183 G T - - - - - - 47 0 0 44 3 6.8 28 6 21.4 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.670163886 0.670163886 1 0.932480838 0.932480838 1 1.538667793 1.538667793 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00142027 1 5.36E-09 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94556985 C T - - - - - - 40 0 0 50 0 0 36 10 27.8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 1.211353613 1.211353613 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.21E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 97299794 G C - - - - - - 48 0 0 56 0 0 38 9 23.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 1.032700742 1.032700742 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 97483609 C A - - - - - - 50 0 0 56 1 1.8 33 9 27.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0.177396323 0.177396323 1 1.189566677 1.189566677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.244746891 1 6.76E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 99161981 A T - - - - - - 48 0 0 48 0 0 31 7 22.6 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0.984769484 0.984769484 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.85E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 101125547 A C - - - - - - 39 0 0 56 0 0 35 6 17.1 17 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 NA 0 0.856370741 0.856370741 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 2.24E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103375215 A G MCART6 CCDS35363.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 2 4.2 31 8 25.8 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.413924753 0.413924753 1 1.292068136 1.292068136 1 0.193678463 0.193678463 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.024220359 1 2.78E-12 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103501555 C T ESX1 CCDS14516.1 r.? - - upstream 17 0 0 63 6 9.5 33 5 15.2 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.93625837 0.93625837 1 0.761218437 0.761218437 1 1.7269663 1.7269663 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000832 1 0.00000066 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 106193861 A G MORC4 CCDS14525.2 r.? - - intronic 44 0 0 66 5 7.6 38 9 23.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.749006696 0.749006696 1 1.1868998 1.1868998 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.0000217 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107052108 C A - - - - - - 45 0 0 60 2 3.3 38 10 26.3 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.325226592 0.325226592 1 1.317108216 1.317108216 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.036544784 1 4.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107913640 T C COL4A5 CCDS35366.1 r.? - - intronic 49 0 0 47 0 0 42 11 26.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 1.3121002 1.3121002 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.81E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 108682051 T G GUCY2F CCDS14545.1 r.? - - intronic 16 0 0 71 0 0 33 6 18.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0.911458918 0.911458918 1 0 0 1 1 NA NA 1 0 NA 0 2 NA 1 1 1 1 1.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111332785 C T - - - - - - 38 0 0 64 0 0 34 9 26.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 NA 0 1.327124248 1.327124248 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 114195779 G C - - - - - - 5 0 0 56 22 39.3 24 8 33.3 38 21 55.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 3.622119816 1.811059908 2 1.334669339 1.334669339 1 3.632942959 1.816471479 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.34E-36 1 2.68E-13 1 1.27E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 115040072 G A - - - - - - 16 0 0 60 0 0 27 8 29.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 1.186372745 1.186372745 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 7.97E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 116202136 C T - - - - - - 55 0 0 52 4 7.7 36 9 25 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.709677419 0.709677419 1 1.002004008 1.002004008 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000139698 1 1.63E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 118393919 C A - - - - - - 22 0 0 47 0 0 36 6 16.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0.836338677 0.836338677 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119943835 G A ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 31 0 0 72 5 6.9 34 9 26.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.7049447 0.7049447 1 1.327124248 1.327124248 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000331 1 9.15E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 119943932 G C ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 24 0 0 51 1 2 43 12 27.9 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.204331797 NA 0 1.397236473 1.397236473 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.225579006 1 3.24E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120402325 C G - - - - - - 36 0 0 57 0 0 27 5 18.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0.926482966 0.926482966 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120812428 G A - - - - - - 52 0 0 64 5 7.8 20 7 35 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.718894009 0.718894009 1 1.402805611 1.402805611 1 1.182513079 1.182513079 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000186 1 5.72E-12 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 127909483 G T - - - - - - 49 0 0 49 0 0 28 5 17.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0.71743487 0.71743487 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 131085145 A G - - - - - - 29 0 0 49 0 0 23 6 26.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 1.046092184 1.046092184 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.47E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 134741268 C T - - - - - - 45 0 0 53 4 7.5 25 4 16 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.69124424 0.69124424 1 0.641282565 0.641282565 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000150502 1 0.00000727 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 136860618 G A - - - - - - 40 0 0 47 0 0 19 6 31.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 1.266533066 1.266533066 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 4.01E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 136886140 G A - - - - - - 42 0 0 51 5 9.8 33 8 24.2 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.903225806 0.903225806 1 0.96993988 0.96993988 1 1.070831288 1.070831288 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000606 1 4.85E-12 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 137806516 G T FGF13 CCDS14664.1 r.? - - intronic 44 0 0 70 1 1.4 42 7 16.7 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.129032258 0.129032258 1 0.669338677 0.669338677 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 0.295930304 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 138009251 C A FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 30 0 0 58 3 5.2 34 5 14.7 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0.479262673 0.479262673 1 0.589178357 0.589178357 1 1.438724246 1.438724246 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003141421 1 0.000000771 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 140051246 G A - - - - - - 27 0 0 56 0 0 23 8 34.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 1.394789579 1.394789579 1 0 0 1 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 141752548 A C - - - - - - 46 0 0 50 2 4 22 5 22.7 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.419429905 0.419429905 1 1.136819639 1.136819639 1 1.642379276 1.642379276 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.026131524 1 7.67E-08 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142112143 C G SPANXN4 CCDS48178.1 r.? - - upstream 50 0 0 54 4 7.4 34 9 26.5 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.775945325 0.775945325 1 1.327124248 1.327124248 1 1.40587666 1.40587666 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000161898 1 9.15E-14 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142208014 C G - - - - - - 28 0 0 62 0 0 25 5 20 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 1.001603206 1.001603206 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 144039579 A G - - - - - - 45 0 0 57 4 7 36 5 13.9 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.734002334 0.734002334 1 0.696114228 0.696114228 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000199821 1 0.00000104 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 144233037 G T - - - - - - 39 0 0 61 6 9.8 53 14 26.4 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.027603268 1.027603268 1 1.322116232 1.322116232 1 1.517558451 1.517558451 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000685 1 1.22E-20 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 144531274 T C - - - - - - 43 0 0 52 0 0 34 8 23.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 1.176883768 1.176883768 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 6.32E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145218618 T C - - - - - - 42 0 0 64 1 1.6 35 9 25.7 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.167771962 0.167771962 1 1.28706012 1.28706012 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.274433592 1 1.23E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146233112 C A - - - - - - 35 0 0 45 2 4.4 42 11 26.2 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.461372896 0.461372896 1 1.3121002 1.3121002 1 0.939440946 0.939440946 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.021467209 1 1.81E-16 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146671668 A G - - - - - - 31 0 0 44 5 11.4 26 13 50 34 15 44.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 1.19537523 1.19537523 1 2.504008016 1.252004008 2 2.897157043 1.448578521 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 1.2E-23 1 5.18E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 151846153 C T - - - - - - 52 0 0 90 4 4.4 49 9 18.4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.461372896 0.461372896 1 1.28947495 1.28947495 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.001134224 1 3.35E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 153109319 C T - - - - - - 40 0 0 57 4 7 43 5 11.6 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0.734002334 0.734002334 1 0.81292986 0.81292986 1 0 0 1 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000199821 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 4509402 G T - - - - - - 35 0 0 49 0 0 38 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 6889886 T A CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 22 0 0 50 0 0 36 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.11820155 1.11820155 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 7619929 G A CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 21 0 0 55 0 0 38 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483767442 1.483767442 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 9946484 C T CTNNBIP1 CCDS106.1 r.? - - intronic 11 0 0 61 2 3.3 23 2 8.7 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.337147465 0.337147465 1 0.435697395 0.435697395 1 1.849333333 0.924666667 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.037660755 1 0.00589844 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 13703399 A G PRAMEF19 ENST00000376101 r.? - - upstream 10 0 0 13 1 7.7 5 0 0 10 3 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.786677419 0.786677419 1 0 0 1 2.150387597 2.150387597 1 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.063085307 1 1 1 0.0000146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 14335538 T C C1orf196 ENST00000412667 r.? - - intronic 49 0 0 58 0 0 30 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.526775194 1.526775194 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 14379505 G T C1orf196 ENST00000412667 r.? - - intronic 22 0 0 53 0 0 35 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.774139535 0.774139535 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 14471887 T C C1orf196 ENST00000412667 r.? - - intronic 30 0 0 41 0 0 30 0 0 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.849333333 0.924666667 2 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 18701677 T C IGSF21 CCDS184.1 r.? - - intronic 36 0 0 59 0 0 39 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168377261 1.168377261 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 20660845 A G VWA5B1 CCDS44078.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 0 0 31 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 21254540 G A EIF4G3 CCDS214.1 r.? - - intronic 37 0 0 51 0 0 36 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 21809622 G A NBPF3 CCDS216.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 0 0 38 0 0 35 6 17.1 121 0 0 60 0 0 88 0 0 91 5 5.5 FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.22572093 1.22572093 1 1 0 NA 0 0.394237726 0.394237726 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 0.000101674 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 32005031 C T - - - - - - 36 0 0 50 1 2 46 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.204331797 NA 0 0 0 1 0.996346253 0.996346253 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.221687443 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 32546611 A G TMEM39B CCDS351.2 r.? - - intronic 35 0 0 63 0 0 36 0 0 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.956852713 0.978426357 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 34844257 C A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 44 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.089529716 1.089529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 37654964 C T - - - - - - 21 0 0 59 4 6.8 33 3 9.1 37 15 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.694728111 0.694728111 1 0.455729459 0.455729459 1 2.903023256 1.451511628 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00022841 1 0.000609557 1 2.58E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 38236447 G T - - - - - - 40 0 0 58 0 0 33 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 38789812 G C - - - - - - 38 0 0 59 0 0 29 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.376248062 1.376248062 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 39030893 C T - - - - - - 15 0 0 61 0 0 21 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.874490956 0.874490956 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 40084434 A G - - - - - - 31 0 0 62 0 0 45 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 47455370 C T - - - - - - 51 0 0 56 0 0 29 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 47487715 G T CYP4X1 CCDS544.1 r.? - - upstream 43 0 0 66 0 0 38 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.560080103 1.560080103 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 48548266 C T - - - - - - 30 0 0 60 0 0 30 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 48837005 T C SPATA6 CCDS551.1 r.? - - intronic 48 0 0 66 0 0 33 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.233361757 1.233361757 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 56866417 G A - - - - - - 48 0 0 73 0 0 29 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.437560724 1.437560724 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 58432397 C A DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 56 0 0 74 0 0 27 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 60565302 T G - - - - - - 29 0 0 58 0 0 39 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.628932817 0.628932817 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 62942723 G A DOCK7 CCDS30734.1 r.? - - intronic 48 0 0 66 0 0 24 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 64306672 A C ROR1 CCDS626.1 r.? - - intronic 45 0 0 58 0 0 33 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 65922757 G T LEPR CCDS631.1 r.? - - intronic 41 0 0 51 0 0 35 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 66012015 C A LEPR CCDS631.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 0 0 42 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 67911717 T A - - - - - - 11 0 0 59 0 0 32 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.127178295 1.127178295 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 69213104 G A - - - - - - 41 0 0 75 0 0 46 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.784124031 0.784124031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 69469641 G A - - - - - - 24 0 0 49 0 0 36 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225193798 1.225193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 69899826 G C - - - - - - 40 0 0 60 0 0 35 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.298705426 1.298705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 70144933 A G LRRC7 ENST00000310961 r.? - - intronic 36 0 0 74 0 0 34 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 71401959 A G PTGER3 CCDS656.1 r.? - - intronic 45 0 0 49 0 0 26 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.592751938 1.592751938 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 71905495 T C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 43 0 0 69 0 0 39 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72138845 C A NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 25 0 0 55 0 0 37 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.315041344 1.315041344 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72306961 C A NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 0 0 31 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.053666667 1.053666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 72876791 T C - - - - - - 43 0 0 54 0 0 29 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 73013845 G C - - - - - - 34 0 0 65 0 0 25 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.841299742 0.841299742 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 73310163 G A - - - - - - 49 0 0 43 0 0 31 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.143514212 1.143514212 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 73324647 C T - - - - - - 39 0 0 60 0 0 43 0 0 50 15 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.450387597 0.816795866 3 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.83E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 74688981 A G TNNI3K CCDS44161.1 r.? - - intronic 43 0 0 54 0 0 29 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 74974308 G C TNNI3K CCDS44161.1 r.? - - intronic 39 0 0 45 0 0 31 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 78432943 T A FUBP1 CCDS683.1 r.? - - intronic 41 0 0 62 1 1.6 29 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 2 2 4 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.163465438 0.163465438 1 0 0 1 0.9534677 0.9534677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.267123145 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 82102014 A G LPHN2 ENST00000370728 r.? - - intronic 40 0 0 56 0 0 38 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 0 0 1 0 0 1 0.961143353 0.961143353 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 84316383 T A - - - - - - 37 0 0 66 0 0 33 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6.639626574 2 2 5 1 1 1 1 1 0.360373426 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.639626574 0 0 1 0 0 1 0.814029574 0.814029574 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 91060136 A G - - - - - - 10 0 0 51 0 0 26 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 0 0 1 0 0 1 1.264496917 1.264496917 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 91675978 T C - - - - - - 42 0 0 72 0 0 32 0 0 81 6 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 0 0 1 0 0 1 1.10085614 1.10085614 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 91675979 T A - - - - - - 41 0 0 75 0 0 35 0 0 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 0 0 1 0 0 1 1.115732574 1.115732574 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 92415301 C G BRDT CCDS735.1 r.? - - intronic 16 0 0 51 0 0 42 0 0 66 41 62.1 237 0 0 303 2 0.7 180 0 0 300 179 59.7 TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 0 0 1 0 0 1 9.238265714 0.994268043 9.291524335 1 0 NA 0 8.88123129 0.986803477 9 1 NA 1 1 1 0.447612164 1 1 4.22E-77 0 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 92783685 C T RPAP2 CCDS740.1 r.? - - intronic 43 0 0 77 1 1.3 39 0 0 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 11.70847567 2 2 10 1 1 1 1 1 0.291524335 NA NA 10 NA NA 2 NA NA 0.708475665 0.132815668 0.132815668 1 0 0 1 1.75541925 0.877709625 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.320206172 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 93160698 A G EVI5 CCDS30774.1 r.? - - intronic 44 0 0 65 0 0 43 0 0 245 21 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 24 2 2 22 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.336444444 1.168222222 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.97E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 94020866 A T FNBP1L ENST00000370253 r.? - - downstream 37 0 0 58 0 0 31 0 0 183 8 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.195390181 1.195390181 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000048 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 95779634 C G - - - - - - 41 0 0 60 0 0 40 1 2.5 127 6 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.125200401 NA 0 1.276894057 1.276894057 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.181679879 1 0.0000482 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 95862240 C A - - - - - - 31 0 0 68 0 0 27 0 0 168 8 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.304062016 1.304062016 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000255 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 96633220 A G - - - - - - 36 0 0 68 0 0 44 0 0 127 6 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.276894057 1.276894057 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000482 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 96967630 A C - - - - - - 43 0 0 70 0 0 38 0 0 136 7 5.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.385565891 1.385565891 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 97354211 G A - - - - - - 29 0 0 57 0 0 36 0 0 114 6 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.439901809 1.439901809 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000263 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 97403336 A T - - - - - - 44 0 0 61 0 0 40 0 0 123 105 85.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 24 2 2 22 2 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 23.20143669 1.054610759 22 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-221 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 97538501 C A DPYD CCDS30777.1 r.? - - downstream 44 0 0 52 0 0 31 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.832041344 0.832041344 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 101106020 T C - - - - - - 42 0 0 66 0 0 42 0 0 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.162790698 1.162790698 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 102559857 G A - - - - - - 31 0 0 57 0 0 25 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.5374677 0.5374677 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105018932 A C - - - - - - 37 0 0 53 0 0 18 0 0 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.225193798 1.225193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105294895 T C - - - - - - 62 0 0 53 0 0 16 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.584583979 1.584583979 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 105327714 A C - - - - - - 38 0 0 53 0 0 19 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.336036176 1.168018088 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 106690143 G A - - - - - - 45 0 0 43 0 0 18 0 0 27 11 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.324359173 1.108119724 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.92E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 107436094 T C - - - - - - 48 0 0 59 0 0 20 0 0 24 9 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.062984496 1.020994832 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 113288835 G A - - - - - - 22 0 0 59 0 0 24 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.511072351 1.511072351 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 114087753 C T MAGI3 CCDS860.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 0 0 20 0 0 24 9 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 5 2 1 4 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.062984496 1.020994832 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 120593476 T C NOTCH2 CCDS908.1 r.? - - intronic 13 0 0 18 3 16.7 11 0 0 20 8 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.380785037 5 2 2 4 0 0 1 1 0.619214963 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.380785037 NA 1.539170507 1.539170507 1 0 0 1 3.267183463 1.089061154 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000964 1 1 1 4.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 142725282 G A - - - - - - 44 0 0 59 0 0 35 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.300645451 5 2 1 4 0 1 1 1 0.699354549 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.300645451 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 144045228 C T - - - - - - 69 0 0 95 5 5.3 63 2 3.2 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.300645451 5 2 1 4 0 1 1 1 0.699354549 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.300645451 NA 0.488479263 0.488479263 1 0.137877167 0.45860387 0.300645451 0.784124031 0.784124031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000124602 1 0.03993132 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 145636231 A T RNF115 CCDS922.1 r.? - - intronic 47 0 0 55 0 0 41 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 0 0 1 0.677940568 0.677940568 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 146682506 A C FMO5 CCDS926.1 r.? - - intronic 55 0 0 72 0 0 52 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 147738158 G T - - - - - - 25 0 0 70 0 0 38 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.30421058 5 2 4 4 0 1 1 1 0.69578942 1 NA 5 NA NA 1 NA NA 0.30421058 NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 152239528 G C - - - - - - 33 0 0 44 0 0 29 0 0 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.621914729 0.873971576 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 152735361 C G KPRP CCDS30862.1 r.? - - downstream 40 0 0 67 0 0 51 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.208857881 1.208857881 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 152980268 C G SPRR3 CCDS1033.1 r.? - - downstream 29 0 0 50 0 0 30 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 155743299 G T GON4L CCDS44242.1 r.? - - intronic 48 0 0 77 0 0 34 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.922979328 0.922979328 1 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 157009337 G A ARHGEF11 CCDS1163.1 r.? - - intronic 48 0 0 71 0 0 51 1 2 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.120160321 0.120160321 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.225579006 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 157323615 G A - - - - - - 27 0 0 75 0 0 45 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158711223 A C - - - - - - 42 0 0 78 0 0 43 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 158960621 T A - - - - - - 43 0 0 57 0 0 50 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 159335859 A G OR10J1 ENST00000328408 r.? - - intronic 46 0 0 84 0 0 44 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.543744186 1.543744186 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160095938 T A ATP1A2 CCDS1196.1 r.? - - intronic 48 0 0 70 0 0 38 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.66977261 0.66977261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160587949 A T SLAMF1 CCDS1207.1 r.? - - intronic 39 0 0 67 1 1.5 30 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.163119947 NA 0 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.285262761 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 160864891 C G - - - - - - 19 0 0 58 0 0 33 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.682599483 1.682599483 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 161804826 A G ATF6 CCDS1235.1 r.? - - intronic 59 0 0 75 0 0 39 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 162449083 G A - - - - - - 23 0 0 73 0 0 31 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.315041344 1.315041344 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 164385475 G C - - - - - - 54 0 0 55 0 0 44 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.796950904 0.898475452 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 164735706 C T PBX1 CCDS1246.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 0 0 54 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166140912 C T FAM78B CCDS30931.1 r.? - - upstream 47 0 0 71 0 0 55 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 166649954 C T - - - - - - 38 0 0 60 0 0 47 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 167137109 G A - - - - - - 54 0 0 61 0 0 45 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.437560724 1.437560724 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 168600179 G A - - - - - - 50 0 0 55 0 0 36 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 169027504 A C - - - - - - 44 0 0 65 0 0 50 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 170004785 A T KIFAP3 CCDS1288.1 r.? - - intronic 45 0 0 54 0 0 42 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.784124031 0.784124031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 172733690 C T - - - - - - 26 0 0 62 0 0 37 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 173766091 G A CENPL CCDS44277.1 r.? - - downstream 42 0 0 62 0 0 41 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 175766639 C T - - - - - - 59 0 0 74 0 0 36 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 176322899 G C - - - - - - 54 0 0 59 1 1.7 49 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.184869273 NA 0 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.256019138 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 177554836 A T - - - - - - 33 0 0 66 0 0 43 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.97198708 0.97198708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 181037414 G A - - - - - - 39 0 0 65 0 0 42 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.331377261 1.331377261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 181634095 A C CACNA1E ENST00000367573 r.? - - intronic 49 0 0 76 0 0 44 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 181856215 T G - - - - - - 37 0 0 79 0 0 41 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 185784748 A T HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 0 0 43 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.955651163 0.955651163 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 186080875 A G HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 0 0 40 0 0 51 6 11.8 94 0 0 54 0 0 89 0 0 94 7 7.4 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 0 0 NA 0 0.604428941 0.604428941 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 0.000000547 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 186080929 A T HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 51 0 0 65 0 0 36 0 0 57 5 8.8 140 0 0 76 0 0 118 0 0 151 10 6.6 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.718780362 0.718780362 1 0 0 NA 0 0.539085271 0.539085271 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 6.45E-09 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 186651260 T A PTGS2 CCDS1371.1 r.? - - upstream 43 0 0 63 0 0 51 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.628932817 0.628932817 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 187020650 C A - - - - - - 43 0 0 65 0 0 48 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.184354005 1.184354005 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 187371554 G T - - - - - - 40 0 0 59 0 0 42 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 187661916 C T - - - - - - 44 0 0 79 0 0 30 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.331377261 1.331377261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 188575503 G T - - - - - - 42 0 0 63 0 0 31 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.584583979 1.584583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189462666 T G - - - - - - 37 0 0 62 0 0 39 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189462667 C A - - - - - - 37 0 0 63 0 0 39 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189837234 C A - - - - - - 32 0 0 61 0 0 49 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 189849266 G A - - - - - - 47 0 0 55 0 0 38 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 190323268 C G FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 38 0 0 62 0 0 31 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 190552830 T G - - - - - - 51 0 0 63 0 0 44 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 190555716 T G - - - - - - 42 0 0 69 0 0 32 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.677940568 0.677940568 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 190988587 A G - - - - - - 41 0 0 56 0 0 43 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 191551683 G C - - - - - - 47 0 0 71 0 0 48 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 191603432 A C - - - - - - 36 0 0 56 0 0 24 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 193444393 A C - - - - - - 45 0 0 70 0 0 35 0 0 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.677940568 0.677940568 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 193596154 A C - - - - - - 42 0 0 62 0 0 49 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 193911948 T C - - - - - - 43 0 0 68 0 0 47 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.702444444 0.702444444 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 195605370 T G - - - - - - 53 0 0 73 0 0 39 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 195721115 A C - - - - - - 44 0 0 63 0 0 34 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 196229958 A G KCNT2 CCDS1384.1 r.? - - intronic 32 0 0 74 0 0 45 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 196229960 G A KCNT2 CCDS1384.1 r.? - - intronic 31 0 0 73 0 0 44 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 196531012 T C KCNT2 CCDS1384.1 r.? - - intronic 45 0 0 66 0 0 51 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.233361757 1.233361757 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 196634222 A C CFH CCDS1385.1 r.? - - intronic 45 0 0 49 0 0 35 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.653436693 0.653436693 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 198331866 C A - - - - - - 41 0 0 70 0 0 44 1 2.3 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.138184369 0.138184369 1 1.168018088 1.168018088 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.197923942 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 199078947 A T - - - - - - 49 0 0 76 0 0 42 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 200432072 A G - - - - - - 42 0 0 60 0 0 35 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.97198708 0.97198708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 201630619 A G NAV1 CCDS1414.1 r.? - - intronic 36 0 0 69 0 0 39 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 202101470 G A GPR37L1 CCDS1420.1 r.? - - downstream 22 0 0 63 0 0 42 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.429392765 1.429392765 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 202415630 G T PPP1R12B CCDS30973.1 r.? - - intronic 17 0 0 42 0 0 28 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 204143774 G A - - - - - - 23 0 0 71 0 0 46 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 204597623 C T LRRN2 CCDS1448.1 r.? - - intronic 19 0 0 82 0 0 39 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 206557661 C T SRGAP2 ENST00000367123 r.? - - intronic 25 0 0 49 0 0 28 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 206796469 C A DYRK3 ENST00000391931 r.? - - upstream 46 0 0 79 0 0 38 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.298705426 1.298705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 208157053 C A - - - - - - 28 0 0 59 0 0 24 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 208329335 T C PLXNA2 CCDS31013.1 r.? - - intronic 27 0 0 60 0 0 29 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 211622761 A T - - - - - - 30 0 0 74 0 0 32 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 212737307 C T ATF3 CCDS1506.1 r.? - - upstream 23 0 0 62 0 0 48 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.27420155 1.27420155 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 214083732 G A - - - - - - 38 0 0 61 0 0 32 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 215635835 C T - - - - - - 41 0 0 73 0 0 48 0 0 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.401379845 0.800459948 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 216859847 T G ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 30 0 0 57 0 0 38 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 217031498 G C ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 29 0 0 77 0 0 41 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 217795450 T C GPATCH2 CCDS1518.1 r.? - - intronic 44 0 0 79 0 0 42 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.053666667 1.053666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 218236751 A C - - - - - - 43 0 0 59 0 0 39 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.535576227 1.535576227 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 222904603 C T C1orf58 CCDS1534.1 r.? - - intronic 43 0 0 70 0 0 37 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.33954522 1.33954522 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 223432172 G C SUSD4 CCDS41471.1 r.? - - intronic 41 0 0 57 0 0 27 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 223533315 A C SUSD4 CCDS41471.1 r.? - - intronic 34 0 0 63 0 0 28 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.421224806 1.421224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 225008474 T G - - - - - - 41 0 0 84 0 0 31 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 228546556 A C OBSCN ENST00000366707 r.? - - intronic 8 0 0 52 0 0 39 2 5.1 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.306408818 0.306408818 1 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.016387522 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 229451678 C T - - - - - - 28 0 0 65 0 0 39 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 231488437 C G C1orf124 CCDS1594.1 r.1136c>g c.800C>G p.P267R missense 48 0 0 80 0 0 47 0 0 60 5 8.3 179 0 0 91 0 0 175 0 0 194 11 5.7 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.677940568 0.677940568 1 0 0 NA 0 0.465573643 0.465573643 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 5.81E-09 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 231727302 G T - - - - - - 25 0 0 64 0 0 45 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.637100775 0.637100775 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 231938078 G T DISC1 CCDS31055.1 r.? - - intronic 32 0 0 63 0 0 32 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 231939527 T A DISC1 CCDS31055.1 r.? - - intronic 17 0 0 46 0 0 40 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 233442310 G A - - - - - - 45 0 0 59 0 0 62 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 234958181 A G - - - - - - 37 0 0 64 0 0 46 1 2.2 49 5 10.2 236 0 0 139 0 0 244 0 0 209 10 4.8 FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0.132176353 0.132176353 1 0.833131783 0.833131783 1 0 0 NA 0 0.392062016 0.392062016 1 NA NA 1 1 1 1 0.205924651 1 0.00000496 0.000000139 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 1 237437691 T C RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 43 0 0 48 0 0 30 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 237830101 T G RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 24 0 0 66 0 0 32 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.813286822 1.813286822 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 238502309 C A - - - - - - 25 0 0 56 4 7.1 30 4 13.3 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.772101081 0.772101081 1 0.799066132 0.799066132 1 1.135346253 1.135346253 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.0000154 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 239107045 A G - - - - - - 50 0 0 62 0 0 34 0 0 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 239786793 T A - - - - - - 27 0 0 38 0 0 19 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 239985785 A G CHRM3 CCDS1616.1 r.? - - intronic 37 0 0 66 0 0 49 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 241254725 G A RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 6 0 0 47 0 0 24 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 241475911 G T RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 36 0 0 48 0 0 27 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 242092856 G T - - - - - - 43 0 0 50 0 0 41 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.988322997 0.988322997 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 243705538 G A AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 53 0 0 71 0 0 45 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 243942443 T A AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 38 0 0 52 0 0 44 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.637100775 0.637100775 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244045218 G C - - - - - - 36 0 0 70 0 0 36 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.980155039 0.980155039 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244530191 A C C1orf100 CCDS31079.1 r.? - - intronic 27 0 0 72 0 0 42 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 244661117 A T C1orf101 CCDS44340.1 r.? - - intronic 56 0 0 72 0 0 44 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 246894137 G C SCCPDH CCDS31084.1 r.? - - intronic 17 0 0 77 0 0 38 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247357256 G C - - - - - - 55 0 0 65 0 0 37 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247409300 C A - - - - - - 31 0 0 72 1 1.4 52 1 1.9 40 9 22.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0.152245284 NA 0 0.114152305 0.114152305 1 1.837790698 0.918895349 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.302953399 1 0.229451111 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247710324 A T C1orf150 CCDS1635.1 r.? - - upstream 31 0 0 78 0 0 41 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 247713566 G A C1orf150 CCDS1635.1 r.? - - intronic 27 0 0 48 0 0 40 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 248261904 G C OR2L13 CCDS1637.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 0 0 38 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 1 248519690 T G - - - - - - 35 0 0 62 0 0 39 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.658073249 4 5 2 3 4 1 1 1 0.341926751 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.658073249 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 175547 C G ZMYND11 ENST00000439456 r.? - - upstream 46 0 0 75 0 0 32 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 3.594140939 2 6.474209519 3 2 4 0 0 2 0.405859061 1 0.525790481 3 NA 5 1 NA 2 0.594140939 NA 0.474209519 0 0 1 0 NA 0 1.398114385 1.398114385 1 0 NA NA 0 9.642168175 2.15505513 4.474209519 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 970702 G A LARP4B ENST00000406525 r.? - - intronic 41 0 0 47 0 0 32 0 0 61 14 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.594140939 2 6.474209519 3 2 4 0 0 2 0.405859061 1 0.525790481 3 NA 5 1 NA 2 0.594140939 NA 0.474209519 0 0 1 0 NA 0 2.21769868 0.896326145 2.474209519 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 2594436 T G - - - - - - 41 0 0 73 0 0 60 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.452719302 9 6.474209519 3 6 4 2 3 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0 NA 0 0 0 1 0.916005977 0.916005977 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 3546348 C G - - - - - - 29 0 0 76 0 0 45 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 5 6.474209519 3 3 4 2 2 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.012427658 1.012427658 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 4740420 C G - - - - - - 57 0 0 70 0 0 42 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.452719302 5 6.474209519 3 3 4 2 2 2 0.547280698 1 0.525790481 3 NA 5 3 NA 2 0.452719302 NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.092350494 1.046175247 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 5071616 C T - - - - - - 31 0 0 130 1 0.8 117 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 13 6.474209519 12 11 4 3 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0.177732719 0.177732719 1 0 0 1 1.475251731 1.475251731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.478804693 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 6371129 G C ENSG00000215244 ENST00000399868 r.1454g>c c.? p.? 3'UTR variant 21 0 0 188 0 0 200 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.916005977 0.916005977 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 8671607 C T - - - - - - 35 0 0 128 0 0 142 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 23 24 6.474209519 21 22 4 2 2 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 NA 0 0 0 1 1.484893899 1.484893899 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9164624 C A - - - - - - 44 0 0 116 0 0 65 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 NA 0 1.089565004 1.089565004 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 9503412 C A - - - - - - 42 0 0 106 0 0 79 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 NA 0 0.877437304 0.877437304 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10131283 A C - - - - - - 42 0 0 124 0 0 103 0 0 55 4 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.703878277 0.703878277 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10344875 T A - - - - - - 49 0 0 114 0 0 96 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.050996331 1.050996331 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 10789458 C A - - - - - - 35 0 0 129 0 0 84 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.841654121 0.920827061 2 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 12490796 C T CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 35 0 0 107 0 0 76 1 1.3 49 5 10.2 216 1 0.5 298 0 0 451 0 0 225 46 20.4 TRUE TRUE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0.172463923 0.172463923 1 0.983501154 0.983501154 1 1 0 0 1 1.967002308 0.983501154 2 1 1 1 0.661323205 1 1 0.316790122 1 0.00000496 1.21E-58 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 12532836 G C CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 25 0 0 114 0 0 74 0 0 55 4 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 14 11.25843961 6.474209519 11 9 4 3 2 2 1 0.741560394 0.525790481 NA 9 5 NA 3 2 NA 0.258439606 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.703878277 0.703878277 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 13348387 G A PHYH ENST00000396920 r.? - - upstream 31 0 0 153 0 0 106 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 24 18.65430689 6.474209519 21 16 4 3 2 2 1 0.345693108 0.525790481 NA 16 5 NA 3 2 NA 0.654306892 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.436683058 1.436683058 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 13874763 C T FRMD4A CCDS7101.1 r.? - - intronic 39 0 0 51 0 0 30 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.841654121 0.920827061 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 14238934 G T FRMD4A CCDS7101.1 r.? - - intronic 43 0 0 79 0 0 23 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.070280667 1.070280667 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 15891595 T G FAM188A CCDS7110.1 r.? - - intronic 32 0 0 49 0 0 19 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.800299959 0.800299959 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 15908079 A C - - - - - - 39 0 0 66 0 0 22 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.732804781 0.732804781 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 18509358 T A CACNB2 CCDS7127.1 r.? - - intronic 19 0 0 31 0 0 23 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.648810758 1.648810758 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 18979425 A C - - - - - - 53 0 0 51 0 0 24 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.735590272 0.867795136 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 19241750 G A - - - - - - 26 0 0 64 0 0 28 0 0 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.32376253 0.939193917 2.474209519 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 19308712 T C - - - - - - 36 0 0 57 0 0 33 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.95736014 0.97868007 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 19615090 A G C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 48 0 0 48 0 0 24 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.034497485 1.017248742 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 20736618 G C - - - - - - 49 0 0 59 0 0 26 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.070280667 1.070280667 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 20754718 G T - - - - - - 29 0 0 59 0 0 28 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.272766199 1.272766199 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 21332278 A G NEBL CCDS7133.1 r.? - - intronic 45 0 0 72 0 0 33 0 0 74 29 39.2 161 0 0 71 0 0 99 0 0 187 35 18.7 TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 3.779729925 0.944932481 4 0 0 NA 0 1.803085449 0.901542724 2 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.68E-47 1.47E-43 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 21438876 A G NEBL CCDS7133.1 r.? - - intronic 20 0 0 55 0 0 25 0 0 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.265909521 0.915811496 2.474209519 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 22138889 A G DNAJC1 CCDS7136.1 r.? - - intronic 53 0 0 61 0 0 30 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.63916859 1.63916859 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 22300775 C A - - - - - - 36 0 0 55 0 0 16 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.526248062 1.021032391 2.474209519 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 22475010 C T ENSG00000224369 ENST00000412505 r.? - - intronic 45 0 0 56 0 0 30 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.877437304 0.877437304 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23063412 G T - - - - - - 43 0 0 55 0 0 24 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.070280667 1.070280667 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23512489 C A C10orf115 ENST00000399806 r.? - - intronic 40 0 0 68 0 0 28 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.166702349 1.166702349 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 23881699 G T - - - - - - 49 0 0 50 0 0 32 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.983501154 0.983501154 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 25781542 A T GPR158 CCDS31166.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 0 0 19 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.185986686 1.185986686 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 26610033 G A - - - - - - 12 0 0 43 0 0 31 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.050996331 1.050996331 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 28274633 G C ARMC4 CCDS7157.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 0 0 34 0 0 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.362331203 0.954782198 2.474209519 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 28370278 T A MPP7 CCDS7158.1 r.? - - intronic 48 0 0 52 0 0 39 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.089565004 1.089565004 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 29491742 C T - - - - - - 28 0 0 50 0 0 28 0 0 42 17 40.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 3.905078111 0.976269528 4 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 29566626 G C - - - - - - 44 0 0 56 0 0 39 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.121276999 1.060638499 2 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 34301509 T C - - - - - - 42 0 0 49 0 0 23 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.00557098 1.00278549 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 34978046 G T PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 45 0 0 57 0 0 33 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.070280667 1.070280667 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 35045466 C A PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 24 0 0 51 0 0 27 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.976644476 0.988322238 2 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 35347805 G A CUL2 CCDS7179.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 0 0 34 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.800299959 0.800299959 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 35927478 C T FZD8 CCDS7192.1 r.2885g>a c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 50 0 0 26 0 0 69 14 20.3 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.95736014 0.97868007 2 0 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.3E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 36573087 C T - - - - - - 20 0 0 74 0 0 20 0 0 54 7 13 256 0 0 213 0 0 163 0 0 223 14 6.3 TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.253481863 1.253481863 1 0 0 0 1 0.607456595 1.280987772 0.474209519 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1.31E-11 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 36573163 T C - - - - - - 18 0 0 51 0 0 22 0 0 41 6 14.6 190 0 0 137 0 0 106 0 0 163 10 6.1 TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.407756554 1.407756554 1 0 0 0 1 0.588172259 1.240321494 0.474209519 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1.34E-08 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 36735400 A C - - - - - - 39 0 0 58 0 0 19 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.53310474 1.53310474 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 36745020 A T - - - - - - 38 0 0 55 0 0 30 0 0 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 2.728733594 0.909577865 3 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 36829148 A G - - - - - - 37 0 0 63 0 0 20 1 5 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0.200400802 0.200400802 1 1.889864962 0.944932481 2 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.09538952 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 37241315 A T - - - - - - 44 0 0 45 0 0 33 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.436683058 1.436683058 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 37581221 A C - - - - - - 43 0 0 70 0 0 17 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.761731286 0.761731286 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 38100695 G A - - - - - - 26 0 0 46 0 0 22 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 1.42704089 1.42704089 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 38667870 G C ENSG00000099251 ENST00000356314 r.? - - downstream 26 0 0 60 0 0 22 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6.474209519 2 2 4 0 0 2 1 1 0.525790481 NA NA 5 NA NA 2 NA NA 0.474209519 0 0 1 0 0 1 0.800299959 0.800299959 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 42821667 G C - - - - - - 48 0 0 100 0 0 97 0 0 67 7 10.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.291683429 1.291683429 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 43473299 A G - - - - - - 19 0 0 83 0 0 87 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.850584912 1.850584912 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44497463 G T - - - - - - 35 0 0 122 0 0 89 0 0 91 6 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 0.819722176 0.819722176 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44743829 C T - - - - - - 42 0 0 123 0 0 94 1 1.1 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0.154088176 0.154088176 1 1.46556389 1.46556389 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.375734132 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44803420 C T - - - - - - 12 0 0 95 0 0 82 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.291683429 1.291683429 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 44858221 G C - - - - - - 13 0 0 107 0 0 110 0 0 69 4 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8.246637035 12 9.252074311 7 10 7 1 2 2 0.753362965 1 0.747925689 7 NA 7 2 NA 3 0.246637035 NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 0.720361912 0.720361912 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 45806240 G A OR13A1 CCDS31188.1 r.? - - upstream 39 0 0 158 0 0 150 0 0 91 8 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 1.092962901 1.092962901 1 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 46997491 T C GPRIN2 CCDS31192.1 r.? - - intronic 11 0 0 306 0 0 275 0 0 138 6 4.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.534061418 0.534061418 1 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000764 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 50540036 G C C10orf71 CCDS44387.1 r.? - - downstream 16 0 0 139 0 0 122 0 0 65 4 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.770042044 0.770042044 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 50801883 T G - - - - - - 16 0 0 128 0 0 87 0 0 74 4 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.67068178 0.67068178 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 51960715 C T ASAH2 CCDS7239.2 r.? - - intronic 18 0 0 52 1 1.9 45 0 0 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 12 9.252074311 13 10 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.422115207 0.422115207 1 0 NA 0 2.260446 2.260446 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.229451111 1 1 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 53715672 T C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 43 0 0 92 0 0 67 0 0 92 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.807302143 0.807302143 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 54456618 C T - - - - - - 31 0 0 95 0 0 77 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 1.726384582 1.726384582 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 54910292 A T - - - - - - 37 0 0 99 0 0 65 0 0 87 9 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 1.279263396 1.279263396 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 55098494 A G - - - - - - 34 0 0 93 0 0 69 0 0 77 6 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 9.252074311 7 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.968762571 0.968762571 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56302885 G T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 11 0 0 67 0 0 49 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.266843363 1.266843363 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56323263 T A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 44 0 0 93 0 0 90 1 1.1 77 6 7.8 151 2 1.3 123 0 0 257 0 0 217 12 5.5 FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0.110088176 0.110088176 1 0.968762571 0.968762571 1 0 0 NA 0 0.683101813 0.683101813 1 NA NA 1 0.17491221 1 1 0.363091174 1 0.00000273 1.58E-09 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 10 56519383 G T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 34 0 0 89 0 0 62 0 0 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.46556389 1.46556389 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56882826 G T PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 50 0 0 83 0 0 68 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.279263396 1.279263396 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 56903714 T A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 43 0 0 84 0 0 66 0 0 88 6 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 0.844562242 0.844562242 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57207456 T A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 45 0 0 94 0 0 84 0 0 84 8 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.179903132 1.179903132 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.21E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57305552 A C PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 47 0 0 100 0 0 61 0 0 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.58976422 1.58976422 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57405347 G T - - - - - - 32 0 0 82 0 0 57 0 0 52 5 9.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 1.192323165 1.192323165 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 57636398 T G - - - - - - 43 0 0 55 0 0 53 0 0 75 4 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 9.252074311 5 6 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 NA 0 0 0 1 0.658261747 0.658261747 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58352116 C A - - - - - - 34 0 0 183 0 0 166 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.279263396 1.279263396 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58399289 T A - - - - - - 41 0 0 187 0 0 132 0 0 69 4 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.720361912 0.720361912 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58448515 G T - - - - - - 51 0 0 224 0 0 194 0 0 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.807302143 0.807302143 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58564212 C T - - - - - - 48 0 0 168 0 0 175 2 1.1 79 7 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0.264088176 0.264088176 1 1.105382934 1.105382934 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.218268421 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 58924713 T C - - - - - - 34 0 0 187 0 0 180 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.00602267 1.00602267 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59247064 C A - - - - - - 33 0 0 192 0 0 146 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.155063066 1.155063066 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59499763 G T - - - - - - 50 0 0 220 2 0.9 183 0 0 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0.289949309 0.289949309 1 0 0 1 0.956342538 0.956342538 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.301061907 1 1 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59583759 C G - - - - - - 28 0 0 184 0 0 166 0 0 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.91908244 0.91908244 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59639732 A G - - - - - - 47 0 0 206 0 0 161 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.676704451 1.676704451 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59700246 G A - - - - - - 49 0 0 186 0 0 159 0 0 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 22 9.252074311 23 20 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 1.018442703 1.018442703 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 59955833 G T IPMK CCDS7250.1 r.1578c>a c.? p.? 3'UTR variant 48 0 0 69 0 0 64 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.192323165 1.192323165 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 60630349 A T - - - - - - 36 0 0 72 0 0 57 0 0 69 5 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.894242374 0.894242374 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 60805836 G C - - - - - - 40 0 0 87 0 0 57 0 0 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.030862736 1.030862736 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 60817860 T G - - - - - - 45 0 0 78 0 0 45 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.117802967 1.117802967 1 0 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 61172775 G T - - - - - - 41 0 0 71 0 0 72 0 0 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.527664055 1.527664055 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 62017106 C G ANK3 CCDS7258.1 r.? - - intronic 50 0 0 94 0 0 47 0 0 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.030862736 1.030862736 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 63108669 C G - - - - - - 43 0 0 80 0 0 74 0 0 86 6 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.869402308 0.869402308 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 64476955 G A - - - - - - 34 0 0 91 0 0 63 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.527664055 1.527664055 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 65590349 C T - - - - - - 27 0 0 70 0 0 59 1 1.7 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0.136136273 0.136136273 1 1.291683429 1.291683429 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.256019138 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66256164 A G - - - - - - 38 0 0 90 0 0 58 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 2.074145506 1.037072753 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66349239 G C - - - - - - 39 0 0 87 7 8 62 6 9.7 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 1.104728925 1.104728925 1 0.776777555 0.776777555 1 1.627024319 1.627024319 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000322 1 0.000000756 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66477091 C G - - - - - - 33 0 0 88 0 0 77 0 0 90 5 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.592521698 6 9.252074311 4 4 7 2 2 2 0.407478302 1 0.747925689 5 NA 7 2 NA 3 0.592521698 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.695521846 0.695521846 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 66720642 A G - - - - - - 37 0 0 112 0 0 91 0 0 72 5 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.856982275 0.856982275 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 68648707 C A CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 42 0 0 125 0 0 89 0 0 87 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 10 9.252074311 9 8 7 2 2 2 1 1 0.747925689 NA NA 7 NA NA 3 NA NA 0.252074311 0 0 1 0 NA 0 0.707941879 0.707941879 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 68924155 G T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 45 0 0 77 0 0 52 0 0 79 7 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.105382934 1.105382934 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69232930 A C CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 43 0 0 73 0 0 64 0 0 81 4 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.608581615 0.608581615 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000765256 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69246932 A T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 35 0 0 82 0 0 57 0 0 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.055702802 1.055702802 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 69869689 C G MYPN CCDS7275.1 r.? - - intronic 35 0 0 90 0 0 55 0 0 61 4 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 0.819722176 0.819722176 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000259828 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 70281903 G C SLC25A16 CCDS7280.1 r.? - - intronic 18 0 0 83 0 0 48 0 0 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.441662226 9 9.252074311 6 6 7 3 3 2 0.558337774 1 0.747925689 7 NA 7 3 NA 3 0.441662226 NA 0.252074311 0 0 1 0 0 1 1.092962901 1.092962901 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 75618836 C T CAMK2G CCDS7338.1 r.? - - intronic 10 0 0 138 0 0 90 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0 NA 0 1.474170543 1.474170543 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 76699422 G T MYST4 CCDS7345.1 r.? - - intronic 30 0 0 98 0 0 111 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0 NA 0 1.194971576 1.194971576 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 77373585 G A C10orf11 ENST00000354343 r.? - - intronic 28 0 0 120 0 0 70 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0 NA 0 1.395994832 1.395994832 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 79026304 A T KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 46 0 0 142 0 0 114 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 3.306688781 8 14 3 5 3 0 3 1 0.693311219 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA 0 0 1 0 NA 0 0.926940568 0.926940568 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 81800982 T C - - - - - - 48 0 0 304 0 0 236 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 83075838 G A - - - - - - 39 0 0 48 0 0 29 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 84226448 C T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 0 0 21 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3.306688781 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.693311219 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.306688781 NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 87317700 T G - - - - - - 48 0 0 55 0 0 26 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 0.8561476 0.8561476 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 89998357 G C - - - - - - 45 0 0 52 0 0 14 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.6646409 0.6646409 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 94663415 G A EXOC6 CCDS31247.1 r.? - - intronic 48 0 0 61 0 0 31 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 0.8899429 0.8899429 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 96151110 G T - - - - - - 25 0 0 56 0 0 40 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 0.94063585 0.94063585 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 96151111 A G - - - - - - 23 0 0 54 0 0 39 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.9800637 0.9800637 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 99740859 A G CRTAC1 CCDS31266.1 r.? - - intronic 37 0 0 54 0 0 25 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 1.09834725 1.09834725 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 100595135 A C HPSE2 CCDS7477.1 r.? - - intronic 44 0 0 60 0 0 24 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 0.58015265 0.58015265 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 101391350 T A - - - - - - 35 0 0 53 0 0 23 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.6871711 0.6871711 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 107273803 G T - - - - - - 45 0 0 53 0 0 30 0 0 28 10 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 2.01082035 1.005410175 2 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 108149952 T C - - - - - - 19 0 0 50 0 0 23 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 1.0927147 1.0927147 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 114538793 T G VTI1A CCDS7575.2 r.? - - intronic 50 0 0 47 0 0 34 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.8786778 0.8786778 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 117041769 A T ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 32 0 0 22 0 0 17 0 0 21 5 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 1.3405469 1.3405469 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.95E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 118229409 A C PNLIPRP3 CCDS31292.1 r.? - - intronic 40 0 0 53 0 0 28 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.7772919 0.7772919 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 118955662 T G KCNK18 CCDS7598.1 r.? - - upstream 41 0 0 53 0 0 45 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 0.8336174 0.8336174 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 119556030 C G - - - - - - 29 0 0 43 0 0 35 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 1.2053657 1.2053657 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 119877739 A T - - - - - - 42 0 0 62 0 0 26 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 0.46750165 0.46750165 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 126777824 C T CTBP2 CCDS7643.1 r.? - - intronic 46 0 0 57 0 0 27 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 1.0251241 1.0251241 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 128207329 C T C10orf90 CCDS31310.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 0 0 26 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 1.12651 1.12651 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 130348254 A G - - - - - - 36 0 0 55 0 0 34 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 1.4081375 1.4081375 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 130980167 C G - - - - - - 36 0 0 59 0 0 26 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 NA 0 0 0 1 1.2504261 1.2504261 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 10 131048652 C A - - - - - - 37 0 0 55 0 0 20 0 0 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.306688781 2.464591345 2 3 2 0 0 0 1 0.693311219 0.535408655 NA 3 3 NA 1 0 NA 0.306688781 0.464591345 0 0 1 0 0 1 1.36870965 1.36870965 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 5076135 C A OR52E2 CCDS31371.1 r.? - - downstream 48 0 0 60 0 0 31 0 0 29 12 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.139534884 1.069767442 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.17E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 6529438 A G DNHD1 CCDS44532.1 r.? - - intronic 53 0 0 53 0 0 27 1 3.7 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.148296593 0.148296593 1 1.002583979 1.002583979 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 6819723 T G OR6A2 CCDS7772.1 r.? - - upstream 43 0 0 66 0 0 22 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.702842377 0.702842377 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 7146209 C G - - - - - - 54 0 0 61 0 0 27 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795865633 0.795865633 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 13643791 C A - - - - - - 31 0 0 52 0 0 34 0 0 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.940568475 0.940568475 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 13664530 A G - - - - - - 39 0 0 54 0 0 26 0 0 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.777777778 0.888888889 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 16863912 G A PLEKHA7 CCDS31434.1 r.? - - intronic 19 0 0 46 0 0 28 0 0 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 21312913 T A NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 44 0 0 61 0 0 27 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.826873385 0.826873385 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 21962594 C A - - - - - - 37 0 0 55 0 0 33 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.826873385 0.826873385 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25636425 G T - - - - - - 36 0 0 45 0 0 19 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 25974233 T G - - - - - - 26 0 0 47 0 0 29 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.992248062 0.992248062 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 30634904 C G - - - - - - 54 0 0 60 0 0 33 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.11627907 1.11627907 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 31198246 A G ENSG00000226746 ENST00000399333 r.? - - intronic 47 0 0 48 0 0 26 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.245478036 1.245478036 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 34103158 A G CAPRIN1 CCDS31453.1 r.? - - intronic 26 0 0 68 0 0 33 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.80620155 0.80620155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 34208412 C A ABTB2 CCDS7890.1 r.? - - intronic 9 0 0 42 0 0 28 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.981912145 0.981912145 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 36821669 C T - - - - - - 40 0 0 56 0 0 32 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 37528473 G A - - - - - - 30 0 0 63 0 0 17 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.764857881 0.764857881 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 38214168 C A - - - - - - 32 0 0 40 0 0 21 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795865633 0.795865633 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 39595290 T A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 26 0 0 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.788113695 0.894056848 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 39737473 A T - - - - - - 15 0 0 67 0 0 26 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.426356589 1.426356589 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 40848125 G A - - - - - - 46 0 0 52 0 0 27 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.80620155 0.80620155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 42646138 G T - - - - - - 43 0 0 44 0 0 34 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.950904393 0.950904393 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 43545734 C A - - - - - - 47 0 0 60 0 0 26 0 0 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.328165375 1.328165375 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 45461522 T A - - - - - - 47 0 0 69 0 0 35 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.56772093 1.56772093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 46133119 G A PHF21A CCDS44578.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 0 0 33 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.999307494 0.999307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 46763333 A G CKAP5 CCDS31477.1 r.? - - downstream 37 0 0 55 0 0 47 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.935131783 0.935131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 47473456 G A RAPSN CCDS7936.1 r.? - - upstream 16 0 0 55 0 0 40 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 6 2 2 3 0 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.897767442 1.897767442 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 49134968 G C - - - - - - 38 0 0 55 0 0 25 0 0 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.136950904 1.136950904 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 51556618 G A - - - - - - 34 0 0 59 0 0 46 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.091612647 1.091612647 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55093002 C G - - - - - - 28 0 0 61 0 0 35 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.159135079 1.159135079 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55161162 T C - - - - - - 51 0 0 77 0 0 43 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.939687176 0.939687176 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 55781852 A T - - - - - - 49 0 0 65 0 0 25 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 NA 0 0.90592596 0.90592596 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 56346967 C A - - - - - - 42 0 0 82 0 0 44 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 2.458910658 2 2 1 2 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 NA 0 0.917179698 0.917179698 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 58137686 C A - - - - - - 48 0 0 59 0 0 31 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.939687176 0.939687176 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 58389828 A T ZFP91 CCDS31553.1 r.? - - downstream 47 0 0 62 0 0 30 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.502374107 1.502374107 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 58517187 T G - - - - - - 29 0 0 50 0 0 30 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.288553073 1.288553073 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 62726281 G A - - - - - - 42 0 0 68 0 0 28 0 0 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.406717329 1.406717329 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 62727895 G C - - - - - - 16 0 0 59 0 0 43 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.641463102 0.641463102 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 63549035 C T - - - - - - 30 0 0 53 0 0 29 1 3.4 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0.170272545 0.170272545 1 1.125373863 1.125373863 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.135292269 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 64412904 G A NRXN2 CCDS8077.1 r.? - - intronic 30 0 0 49 0 0 39 0 0 16 5 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.755583226 1.755583226 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000013 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 70324693 C G SHANK2 ENST00000338508 r.? - - intronic 5 0 0 66 39 59.1 31 21 67.7 33 19 57.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 6.038004608 3.019002304 2 3.390426854 1.695213427 2 3.241076725 2.221573135 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.91E-72 1 2.02E-41 1 1.46E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 74323376 C T POLD3 CCDS8233.1 r.? - - intronic 44 0 0 58 0 0 26 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.748373619 0.748373619 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 79167891 C A - - - - - - 28 0 0 32 0 0 24 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.748373619 0.748373619 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 88652427 G A GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 10 1 10 13 5 38.5 7 1 14.3 9 3 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 3.933387097 1.966693548 2 0.716146293 0.716146293 1 1.873747482 1.873747482 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.04888987 1 3.89E-09 1 0.034479353 1 0.0000103 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 93096123 A G CCDC67 CCDS44707.1 r.? - - intronic 40 0 0 62 10 16.1 29 5 17.2 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 1.644870968 1.644870968 1 0.861378758 0.861378758 1 1.547389061 1.547389061 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.29E-13 1 0.000000336 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 93793409 G C HEPHL1 CCDS44710.1 r.? - - intronic 43 0 0 41 0 0 29 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.765254227 0.765254227 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 94752394 G A - - - - - - 33 0 0 71 0 0 46 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.125373863 1.125373863 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 97007002 T C - - - - - - 43 0 0 55 0 0 43 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.720239272 0.720239272 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 97343814 G A - - - - - - 52 0 0 63 3 4.8 34 4 11.8 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.490396313 0.490396313 1 0.590945892 0.590945892 1 0.990328999 0.990328999 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003968795 1 0.0000257 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 97551981 T C - - - - - - 45 0 0 56 0 0 24 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.040970823 1.040970823 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 104540063 T C - - - - - - 42 0 0 58 0 0 33 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.967821522 0.967821522 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 104724628 A G - - - - - - 41 0 0 61 0 0 29 0 0 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.170388817 1.170388817 1 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 106987860 C A - - - - - - 36 0 0 56 0 0 32 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.939687176 0.939687176 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 107707745 G C SLC35F2 CCDS41709.1 r.? - - intronic 46 0 0 45 0 0 39 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.024090215 1.024090215 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 108214450 G A ATM CCDS31669.1 r.? - - intronic 33 0 0 52 0 0 43 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.153508209 1.153508209 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 113851721 G T HTR3A CCDS8366.1 r.? - - intronic 26 0 0 57 0 0 32 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.776507965 0.776507965 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 115055406 C A CADM1 CCDS8373.1 r.? - - intronic 47 0 0 61 0 0 31 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.776507965 0.776507965 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 117791654 G A TMPRSS13 CCDS41721.1 r.? - - intronic 32 0 0 66 0 0 40 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.091612647 1.091612647 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122599039 A T UBASH3B CCDS31694.1 r.? - - intronic 44 0 0 61 0 0 37 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.406717329 1.406717329 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 122792624 G A C11orf63 CCDS8438.1 r.? - - intronic 29 0 0 55 0 0 30 0 0 29 11 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 2.13258347 1.461764268 1.458910658 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.56E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 124352995 A G - - - - - - 54 0 0 54 0 0 37 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.82152292 0.82152292 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 124428903 G T - - - - - - 38 0 0 51 0 0 40 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.703358664 0.703358664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 127028459 A T - - - - - - 50 0 0 67 0 0 35 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.804642312 0.804642312 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 127125741 G C - - - - - - 32 0 0 45 0 0 30 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 0.782134835 0.782134835 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 128367637 T G ETS1 CCDS8475.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 0 0 28 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.159135079 1.159135079 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131343492 G T OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 45 0 0 73 0 0 41 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.040970823 1.040970823 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131374897 T C OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 0 0 23 0 0 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0 0 1 0 0 1 1.406717329 1.406717329 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 11 131646479 T A OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 37 0 0 64 3 4.7 32 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 2.458910658 2 2 1 1 1 1 1 1 0.541089342 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.458910658 0.480179724 0.480179724 1 0 0 1 0.624582494 0.624582494 1 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 0.004148608 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 810161 T C - - - - - - 43 0 0 69 0 0 45 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.836700482 0.836700482 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 1280020 T G ERC1 CCDS8508.1 r.? - - intronic 40 0 0 65 0 0 48 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.923717332 0.923717332 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 1524348 C T ERC1 CCDS8508.1 r.? - - intronic 43 0 0 65 0 0 44 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 1.204848694 1.204848694 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 3357603 T A TSPAN9 CCDS8520.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 0 0 43 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 1.164687071 1.164687071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 9143788 G A KLRG1 CCDS8599.1 r.? - - intronic 47 0 0 65 0 0 62 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.836700482 0.836700482 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 9886434 A T CLECL1 CCDS8603.1 r.? - - upstream 38 0 0 59 0 0 39 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 1.004040578 1.004040578 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 10779097 C A STYK1 CCDS8629.1 r.? - - intronic 39 0 0 65 0 0 35 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.883555709 0.883555709 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 12754926 A G - - - - - - 39 0 0 54 0 0 41 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.957185351 0.957185351 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18873539 C A PLCZ1 CCDS8680.1 r.? - - intronic 48 0 0 65 0 0 39 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.90363652 0.90363652 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 18960991 T A - - - - - - 41 0 0 88 0 0 45 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.883555709 0.883555709 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19309224 G T PLEKHA5 CCDS8682.1 r.? - - intronic 39 0 0 86 0 0 48 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.702828405 0.702828405 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 19656994 G A AEBP2 CCDS44842.1 r.? - - intronic 41 0 0 72 0 0 46 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 1.378882394 1.378882394 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 20347703 T A - - - - - - 34 0 0 67 0 0 41 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 0.609117951 0.609117951 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 21155930 C T - - - - - - 15 0 0 61 0 0 40 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.525645199 2 2 2 2 2 1 1 1 0.474354801 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.525645199 0 0 1 0 0 1 1.151299863 1.151299863 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 21831575 T C - - - - - - 43 0 0 67 0 0 43 0 0 64 19 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 NA 0 0 0 1 2.554581452 1.04983129 2.433325694 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.34E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 26216987 G A RASSF8 CCDS8705.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 1 1.8 41 0 0 51 20 39.2 169 2 1.2 134 1 0.7 194 0 0 165 37 22.4 TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.201898618 0.201898618 1 0 0 1 3.371703465 0.982051738 3.433325694 1 0 NA 0 1.926687694 0.963343847 2 1 NA 1 0.207324586 0.244746891 0.48915068 1 1 6.38E-33 3.98E-49 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 26804720 T C ITPR2 CCDS41764.1 r.? - - intronic 42 0 0 75 0 0 43 1 2.3 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 NA 0 0.138184369 0.138184369 1 0.808520729 0.808520729 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.193893409 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29489406 T C FAR2 CCDS8717.1 r.? - - downstream 42 0 0 69 1 1.4 54 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0.157032258 0.157032258 1 0 0 1 0.817122013 0.817122013 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 0.292392265 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29788324 T C TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 45 0 0 69 0 0 43 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 0 1 0 0 1 1.100964397 1.100964397 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29818753 C T TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 35 0 0 56 0 0 45 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 NA 0 0 0 1 1.58263632 1.58263632 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 29872208 G T TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 48 0 0 65 0 0 32 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 NA 0 0 0 1 1.023552838 1.023552838 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 30689135 G A - - - - - - 55 0 0 63 0 0 38 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 0 1 0 0 1 1.800805923 0.900402962 2 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 31475812 A C FAM60A CCDS8723.1 r.? - - intronic 37 0 0 71 0 0 38 0 0 58 4 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 NA 0 0 0 1 0.522082389 0.522082389 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 32909937 A T YARS2 CCDS31770.1 r.? - - upstream 53 0 0 56 0 0 30 0 0 38 5 13.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 0 1 0 0 1 0.99876631 0.99876631 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 32924162 C G - - - - - - 37 0 0 76 0 0 34 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 0 1 0 0 1 0.771773967 0.771773967 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 33687311 A T - - - - - - 19 0 0 33 0 0 22 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 0 1 0 0 1 1.119828893 1.119828893 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 33795494 G A - - - - - - 43 0 0 63 0 0 32 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 0 1 0 0 1 1.225758654 1.225758654 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 38970351 G T - - - - - - 35 0 0 63 0 0 28 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 NA 0 0 0 1 1.793239512 0.896619756 2 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 40772262 G T - - - - - - 40 0 0 60 0 0 28 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.398452785 2 2 2 2 2 2 1 1 0.601547215 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.398452785 0 NA 0 0 0 1 1.982399798 0.991199899 2 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 43876586 T G ADAMTS20 ENST00000389420 r.? - - intronic 39 0 0 38 0 0 22 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 44320452 A G TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 42 0 0 78 0 0 39 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.635299742 0.635299742 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 48673304 C T - - - - - - 46 0 0 44 0 0 25 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.801834625 0.801834625 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 54016711 G C ATF7 CCDS44905.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 0 0 24 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.541989664 1.541989664 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 62482070 A T - - - - - - 32 0 0 53 0 0 43 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.005377261 1.005377261 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 63860598 T C - - - - - - 42 0 0 60 0 0 51 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925193798 0.925193798 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 66892196 G C GRIP1 CCDS41807.1 r.? - - intronic 50 0 0 61 0 0 56 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 67873420 G A - - - - - - 26 0 0 68 0 0 40 0 0 29 9 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.912067183 0.956033592 2 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.79E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 69233811 G C MDM2 CCDS8986.2 r.1978g>c c.? p.? 3'UTR variant 32 0 0 61 0 0 44 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 69301805 C A CPM CCDS8987.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 0 0 54 0 0 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.122568475 1.122568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 70730245 G A CNOT2 CCDS31857.1 r.? - - intronic 52 0 0 62 0 0 52 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.307607235 1.307607235 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 70806880 T A KCNMB4 CCDS8997.1 r.? - - intronic 36 0 0 91 1 1.1 51 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0.129485074 0.129485074 1 0 0 1 0.795666667 0.795666667 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.366275718 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 72497434 C A - - - - - - 44 0 0 75 0 0 43 0 0 27 8 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.554780507 5 3 3 4 2 1 1 1 0.445219493 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.554780507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.825715762 1.825715762 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.97E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 75073796 G T - - - - - - 53 0 0 40 0 0 24 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1.901808767 3 1 1 2 1 0 1 1 0.098191233 1 NA 1 NA NA 1 NA NA 0.901808767 NA 0 0 1 0 NA 0 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 76186430 A G - - - - - - 37 0 0 65 0 0 39 0 0 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.245136951 1.122568475 2 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 78284867 A T NAV3 CCDS41815.1 r.? - - intronic 50 0 0 60 0 0 42 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.319943152 1.319943152 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 79252619 C T - - - - - - 31 0 0 69 0 0 54 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 179294466 C G ACTL6A CCDS3231.1 r.843c>g c.630C>G p.F210L missense 52 0 0 65 0 0 35 0 0 32 6 18.8 124 0 0 61 0 0 111 0 0 139 12 8.6 TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.535576227 1.535576227 1 0 0 0 1 0.702444444 0.702444444 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 9.05E-12 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 12 81435645 G T - - - - - - 29 0 0 55 0 0 50 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 81576157 T G ACSS3 CCDS9022.1 r.? - - intronic 43 0 0 91 0 0 39 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 86374282 A T MGAT4C CCDS9030.1 r.? - - intronic 37 0 0 91 0 0 63 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.511940568 0.511940568 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 86392556 C G MGAT4C CCDS9030.1 r.? - - intronic 45 0 0 84 0 0 63 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.857346253 0.857346253 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 87317422 A T - - - - - - 38 0 0 55 0 0 40 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 0 NA 0 0 0 1 0.666139535 0.666139535 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 90401524 A T - - - - - - 50 0 0 69 0 0 48 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.614282597 4.205807955 3 3 3 2 1 1 1 0.385717403 0.794192045 1 4 4 NA 1 1 NA 0.614282597 0.205807955 NA 0 0 1 0 0 1 0.616795866 0.616795866 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 93481424 T C - - - - - - 34 0 0 45 0 0 26 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.999209302 0.999209302 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 93505960 C A - - - - - - 34 0 0 56 0 0 23 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.504981912 1.504981912 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 93803807 G T UBE2N CCDS31875.1 r.833c>a c.? p.? 3'UTR variant 47 0 0 42 0 0 31 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.616005168 1.616005168 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 97692613 A T - - - - - - 49 0 0 40 0 0 17 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.820338501 0.820338501 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 98136842 C A - - - - - - 40 0 0 44 0 0 13 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.202751938 1.202751938 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 99838710 A T ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 33 0 0 52 0 0 28 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.851178295 0.851178295 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100051927 G A ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 39 0 0 43 0 0 20 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100324302 T A ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 33 0 0 46 0 0 23 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.666139535 0.666139535 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 100335363 C T ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 43 0 0 54 0 0 37 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 102940450 G A - - - - - - 43 0 0 50 0 0 34 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 103631314 G C C12orf42 ENST00000416544 r.? - - downstream 33 0 0 67 0 0 21 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 104607880 A T TXNRD1 ENST00000429002 r.? - - upstream 35 0 0 51 0 0 33 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 108962197 C A ISCU CCDS9118.1 r.? - - intronic 34 0 0 55 0 0 33 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.937529716 0.937529716 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 110447044 G A ANKRD13A CCDS9140.1 r.? - - intronic 13 0 0 41 0 0 25 0 0 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.400126615 1.400126615 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 110694795 G T - - - - - - 24 0 0 57 0 0 29 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 113016468 G A - - - - - - 50 0 0 59 0 0 23 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.857346253 0.857346253 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 113304045 T C RPH3A CCDS31904.1 r.? - - intronic 44 0 0 64 0 0 40 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.832674419 0.832674419 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 113522663 C T DTX1 CCDS9164.1 r.? - - intronic 46 0 0 54 0 0 26 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 116727358 C T - - - - - - 22 0 0 50 0 0 20 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 119644877 G C - - - - - - 49 0 0 72 0 0 29 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795666667 0.795666667 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 122194482 G A TMEM120B CCDS41852.1 r.? - - intronic 33 0 0 61 0 0 42 0 0 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.42479845 1.42479845 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 123561250 G A PITPNM2 CCDS9242.1 r.? - - intronic 40 0 0 55 0 0 19 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.96220155 0.96220155 1 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 127832623 G T - - - - - - 42 0 0 55 0 0 33 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.159576227 1.159576227 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 128215173 A C - - - - - - 42 0 0 50 0 0 26 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 2 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 1977106 A G WHSC1 CCDS33940.1 r.4357a>g c.3600A>G p.G1200G silent 11 0 0 51 0 0 26 0 0 25 4 16 241 0 0 252 0 0 125 0 0 125 9 7.2 FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.826873385 0.826873385 1 0 0 0 1 0.372093023 0.372093023 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1.77E-08 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 13 21624740 C A LATS2 CCDS9294.1 r.? - - intronic 17 0 0 61 0 0 26 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.981912145 0.981912145 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 25031317 T C PARP4 CCDS9307.1 r.? - - intronic 30 0 0 53 0 0 38 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816537468 0.816537468 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 26836824 A C CDK8 CCDS9317.1 r.? - - intronic 41 0 0 66 0 0 30 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.795865633 0.795865633 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 29045447 C T FLT1 CCDS9330.1 r.? - - intronic 37 0 0 52 0 0 32 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.899224806 0.899224806 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 30251246 G C - - - - - - 27 0 0 46 0 0 30 0 0 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.333333333 1.333333333 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 36233273 G A NBEA CCDS45026.1 r.? - - intronic 48 0 0 49 4 8.2 35 4 11.4 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755760369 0.755760369 1 0.570913828 0.570913828 1 1.007751938 1.007751938 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 0.0000289 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 36356028 C T DCLK1 CCDS9354.1 r.? - - intronic 40 0 0 63 0 0 36 0 0 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.240310078 1.240310078 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 40111204 C T LHFP CCDS9369.1 r.? - - intronic 30 0 0 52 0 0 34 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 41696611 A T AL157877.1 ENST00000513961 r.? - - intronic 42 0 0 52 0 0 38 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.069767442 1.069767442 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 42451446 C T KIAA0564 CCDS41881.1 r.? - - intronic 47 0 0 55 0 0 32 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.826873385 0.826873385 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 46595899 G C ZC3H13 CCDS9400.1 r.? - - intronic 45 0 0 63 0 0 33 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.832041344 0.832041344 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 48128189 G C - - - - - - 41 0 0 61 0 0 20 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.542635659 0.542635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 49430150 G A - - - - - - 36 0 0 47 0 0 33 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 51553061 G T - - - - - - 45 0 0 49 0 0 42 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.317829457 1.317829457 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 54463495 C T - - - - - - 37 0 0 52 0 0 38 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 55409836 T A - - - - - - 45 0 0 46 0 0 31 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 56931887 G T - - - - - - 35 0 0 60 0 0 28 1 3.6 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.180288577 0.180288577 1 1.069767442 1.069767442 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.130947004 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57065089 G C - - - - - - 48 0 0 55 0 0 35 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.697674419 0.697674419 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57140111 C G - - - - - - 42 0 0 62 0 0 35 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.785529716 0.785529716 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57372540 C T - - - - - - 47 0 0 66 0 0 40 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 57378593 C A - - - - - - 15 0 0 42 0 0 27 0 0 19 6 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.633074935 1.633074935 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 58330410 A G - - - - - - 46 0 0 54 0 0 28 0 0 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.390180879 1.390180879 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 62239775 G T - - - - - - 39 0 0 50 0 0 23 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 63445730 T C - - - - - - 42 0 0 67 0 0 33 0 0 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.348837209 1.348837209 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 66196819 C A - - - - - - 32 0 0 52 1 1.9 45 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.175115207 0.175115207 1 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.229451111 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 68237079 C A - - - - - - 48 0 0 47 0 0 31 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 72152271 T A DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 29 0 0 66 0 0 27 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.832041344 0.832041344 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 72374933 T G DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 44 0 0 54 0 0 40 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 72828197 C T - - - - - - 43 0 0 40 0 0 34 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.147286822 1.147286822 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 77337097 C G - - - - - - 41 0 0 48 0 0 35 0 0 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.121447028 1.121447028 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79435035 G A - - - - - - 26 0 0 59 0 0 33 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795865633 0.795865633 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 79743941 A T - - - - - - 56 0 0 52 0 0 39 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.260981912 1.260981912 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 81017789 T G - - - - - - 59 0 0 47 0 0 44 0 0 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 86651521 T C - - - - - - 34 0 0 54 0 0 30 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.214470284 1.214470284 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 86724200 G C - - - - - - 26 0 0 36 0 0 18 0 0 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.620155039 0.620155039 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 87434185 T C - - - - - - 44 0 0 53 0 0 30 0 0 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 92533732 A G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 0 0 43 0 0 13 4 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.591731266 1.591731266 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 92664576 A G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 47 0 0 53 0 0 34 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.002583979 1.002583979 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 93529907 A G - - - - - - 49 0 0 61 0 0 34 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.167958656 1.167958656 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 95046455 C T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 39 0 0 64 0 0 47 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.250645995 1.250645995 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 98467390 C G - - - - - - 40 0 0 51 0 0 26 0 0 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.720930233 1.720930233 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 98476550 G A - - - - - - 40 0 0 54 0 0 31 0 0 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.369509044 1.369509044 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 98476552 C T - - - - - - 41 0 0 57 0 0 31 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 100738236 G C PCCA CCDS9496.2 r.? - - upstream 41 0 0 51 0 0 37 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.214470284 1.214470284 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 101735573 G T NALCN CCDS9498.1 r.? - - intronic 45 0 0 51 0 0 29 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.981912145 0.981912145 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 102422024 G A FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 0 0 46 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.785529716 0.785529716 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 105015431 C A - - - - - - 43 0 0 34 0 0 29 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 105960606 G T - - - - - - 45 0 0 35 0 0 40 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.105943152 1.105943152 1 0 NA NA 1 5.167958656 5.167958656 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 107228193 T C - - - - - - 38 0 0 36 0 0 31 0 0 30 4 13.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 107655573 T C - - - - - - 42 0 0 53 0 0 26 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.002583979 1.002583979 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 13 111761243 C T - - - - - - 35 0 0 48 0 0 38 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.88372093 0.88372093 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20296908 C A OR4N2 CCDS32022.1 r.? - - downstream 86 0 0 137 0 0 111 1 0.9 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0.061148055 0.061148055 1 0.440143888 0.926790993 0.474911702 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.426726373 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 20405231 G C OR4K1 CCDS32025.1 r.? - - downstream 67 0 0 86 0 0 82 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4.786212289 2.474911702 5 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.682787313 0.682787313 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 23742482 G T HOMEZ CCDS45085.1 r.? - - downstream 49 0 0 66 0 0 39 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0 0 1 1.09471685 1.09471685 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 24979689 G T CMA1 CCDS9630.1 r.? - - upstream 44 0 0 45 0 0 40 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0 0 1 0.94235935 0.94235935 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 26476501 C T - - - - - - 23 0 0 47 0 0 25 0 0 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.786212289 2.474911702 1 2 1 1 2 1 1 0.213787711 0.525088298 NA 3 2 NA 2 1 NA 0.786212289 0.474911702 0 0 1 0 0 1 1.25271722 1.25271722 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 29368664 A T - - - - - - 29 0 0 52 3 5.8 20 0 0 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.534562212 0.534562212 1 0 NA 0 1.811361385 1.228115136 1.474911702 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002300591 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 29807366 T G - - - - - - 41 0 0 65 0 0 30 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.592501388 0.592501388 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 29877119 G A - - - - - - 37 0 0 55 3 5.5 32 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.506912442 0.506912442 1 0 NA 0 1.613860922 1.613860922 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 29988937 A T - - - - - - 16 0 0 58 0 0 18 0 0 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.25271722 1.25271722 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 33616294 A G NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 43 0 0 37 0 0 34 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.761787498 0.761787498 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 35439162 T G AL049776.2 ENST00000511927 r.? - - intronic 34 0 0 57 0 0 35 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.750501758 0.750501758 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 38750603 A G - - - - - - 50 0 0 53 0 0 24 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.744858887 0.744858887 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 38884441 T G - - - - - - 39 0 0 53 0 0 19 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.62635861 0.62635861 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40155260 C G - - - - - - 31 0 0 46 0 0 23 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.880287776 0.880287776 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 40656946 A T - - - - - - 47 0 0 60 0 0 27 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.62635861 0.62635861 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 41729349 T C - - - - - - 36 0 0 47 4 8.5 25 0 0 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.783410138 0.783410138 1 0 NA 0 1.461503423 1.461503423 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 1 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 43150572 C T - - - - - - 37 0 0 54 0 0 29 0 0 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.540503608 1.540503608 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 43299601 C T - - - - - - 39 0 0 51 0 0 35 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.648930091 0.648930091 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 43317710 C T - - - - - - 58 0 0 52 0 0 30 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.196288516 1.196288516 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 44321262 A G - - - - - - 43 0 0 52 0 0 33 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.557432219 1.557432219 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 46073029 G A - - - - - - 30 0 0 59 0 0 21 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.902859257 0.902859257 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 47764104 A C MDGA2 CCDS41948.1 r.? - - intronic 40 0 0 67 3 4.5 21 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.414746544 0.414746544 1 0 NA 0 1.162431294 1.162431294 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004717431 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 47902955 C A MDGA2 CCDS45098.1 r.? - - intronic 38 0 0 59 0 0 35 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.993145183 0.993145183 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 48641341 C T - - - - - - 37 0 0 51 0 0 16 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.444574812 1.444574812 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 48787527 A C - - - - - - 45 0 0 62 0 0 26 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.987502313 0.987502313 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 50372137 A G - - - - - - 38 0 0 65 0 0 20 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.235788608 1.235788608 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 51189144 C A NIN CCDS41952.1 r.7630g>u c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 61 0 0 26 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.337360275 1.337360275 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 54128340 C T - - - - - - 42 0 0 57 0 0 26 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.880287776 0.880287776 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 54288684 C T - - - - - - 40 0 0 53 0 0 22 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.038288146 1.038288146 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 54761020 A G - - - - - - 52 0 0 61 0 0 29 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 1.043931016 1.043931016 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 55137584 A G SAMD4A CCDS32084.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 0 0 34 0 0 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.224502868 1.224502868 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 59794701 T G DAAM1 CCDS9737.1 r.? - - intronic 28 0 0 56 0 0 23 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.581215647 0.581215647 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 63705258 A G RHOJ CCDS9757.1 r.? - - intronic 41 0 0 42 0 0 23 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.981859442 0.981859442 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 68706251 G A RAD51L1 CCDS9789.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 0 0 30 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 1.128574072 1.128574072 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 70270225 C T - - - - - - 43 0 0 59 0 0 41 0 0 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 1.472789164 1.472789164 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 72172126 G C SIPA1L1 CCDS9807.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 0 0 26 0 0 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.704146848 1.155422963 1.474911702 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 73631530 G A PSEN1 CCDS9812.1 r.? - - intronic 48 0 0 57 0 0 33 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.869002035 0.869002035 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 74061667 G A ACOT4 CCDS9817.1 r.? - - intronic 25 0 0 64 0 0 35 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.806930461 0.806930461 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 79421888 C T NRXN3 CCDS9870.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 23 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.993145183 0.993145183 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 82964994 T G - - - - - - 43 0 0 60 0 0 35 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.671501573 0.671501573 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 85904277 C A - - - - - - 17 0 0 56 0 0 28 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 1.292217312 1.292217312 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 87319696 G C - - - - - - 61 0 0 64 0 0 24 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.705358795 0.705358795 1 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 88439797 A G GALC CCDS9878.2 r.? - - intronic 34 0 0 55 0 0 34 0 0 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 0 1 0 NA 0 0.94235935 0.94235935 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 89829533 C T FOXN3 CCDS32138.1 r.? - - intronic 17 0 0 46 0 0 31 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.869002035 0.869002035 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 98233457 C T - - - - - - 11 0 0 44 0 0 20 0 0 19 6 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 1.783147033 1.783147033 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 98742008 G A - - - - - - 41 0 0 60 0 0 23 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 0.880287776 0.880287776 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 99889965 G C SETD3 CCDS9951.1 r.? - - intronic 23 0 0 22 0 0 9 2 22.2 19 6 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0.889779559 0.889779559 1 1.783147033 1.783147033 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000879235 1 4.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 101094700 G A - - - - - - 31 0 0 59 4 6.8 29 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.626728111 0.626728111 1 0 NA 0 1.010073794 1.010073794 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 101783155 C T - - - - - - 41 0 0 68 0 0 30 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0 NA 0 0 NA 0 1.060859627 1.060859627 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 14 106782262 G T - - - - - - 42 0 0 63 5 7.9 33 0 0 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.474911702 1 2 1 1 0 1 1 1 0.525088298 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.474911702 0.728110599 0.728110599 1 0 NA 0 1.41071759 1.41071759 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 21064825 T C ENSG00000230031 ENST00000454856 r.? - - intronic 8 0 0 13 0 0 9 0 0 11 3 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.956852713 1.956852713 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 22444666 G A - - - - - - 61 0 0 89 0 0 38 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.85298708 0.85298708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 26506534 C A - - - - - - 37 0 0 64 0 0 38 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.512439276 1.512439276 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 26668631 G C - - - - - - 44 0 0 51 0 0 24 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.354744186 1.354744186 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 27115004 A T GABRA5 CCDS45194.1 r.? - - intronic 52 0 0 65 0 0 22 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.867322997 0.867322997 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 29652446 G T FAM189A1 CCDS45198.1 r.? - - intronic 37 0 0 79 0 0 33 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.924666667 0.924666667 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 30134728 G A - - - - - - 28 0 0 48 0 0 22 0 0 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.956852713 1.956852713 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 30134973 C G - - - - - - 42 0 0 54 0 0 34 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.22572093 1.22572093 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 32989563 T G SCG5 CCDS45207.1 r.? - - downstream 34 0 0 55 0 0 24 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 35360646 T C - - - - - - 15 0 0 60 0 0 30 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.146873385 1.146873385 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 37125100 A G - - - - - - 55 0 0 52 1 1.9 24 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.194115207 0.194115207 1 0 NA 0 0.996346253 0.996346253 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 41901740 G A - - - - - - 37 0 0 49 0 0 30 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.698806202 1.698806202 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 126141343 G C LMNB1 CCDS4140.1 r.958g>c c.597G>C p.Q199H missense 42 0 0 80 0 0 37 0 0 31 4 12.9 213 0 0 110 0 0 173 1 0.6 154 9 5.8 TRUE TRUE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.719424043 0.719424043 1 1 0.030048096 0.030048096 1 0.323461973 0.790914886 0.408971912 1 1 1 1 1 1 1 0.579861027 0.0000177 0.000000108 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 15 44951107 T C SPG11 CCDS10112.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 0 0 25 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.953338501 0.953338501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 51619304 T C CYP19A1 CCDS10139.1 r.? - - intronic 35 0 0 59 0 0 39 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.154041344 1.154041344 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 55799506 C T DYX1C1 CCDS10154.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 0 0 28 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 56322922 G A - - - - - - 51 0 0 54 0 0 36 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 59966870 C T BNIP2 CCDS10174.2 r.? - - intronic 42 0 0 66 0 0 23 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.146873385 1.146873385 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 60034169 G C - - - - - - 39 0 0 61 0 0 37 0 0 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.856501292 1.856501292 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64172337 C G - - - - - - 14 0 0 54 0 0 29 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64553126 A G CSNK1G1 CCDS10192.2 r.? - - intronic 27 0 0 62 0 0 34 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 1.22572093 1.22572093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64710209 T G TRIP4 CCDS10194.1 r.? - - intronic 49 0 0 63 0 0 32 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 64754165 T A ZNF609 ENST00000416172 r.? - - intronic 33 0 0 60 0 0 37 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.774139535 0.774139535 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 66983768 G T - - - - - - 30 0 0 69 0 0 29 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.274370103 4 2 2 3 1 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 NA 0 0 NA 0 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 76519016 A G ETFA CCDS32299.1 r.? - - intronic 18 0 0 66 0 0 33 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.953338501 0.953338501 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 77729279 G C HMG20A CCDS10295.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 0 0 35 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.913844961 0.956922481 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 78908336 G A CHRNA3 CCDS10305.1 r.? - - intronic 19 0 0 43 0 0 17 0 0 15 3 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.433591731 1.433591731 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 79131131 T G MORF4 ENST00000379535 r.? - - upstream 32 0 0 73 0 0 27 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.161209302 1.161209302 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 80410315 G A ZFAND6 CCDS10313.1 r.? - - intronic 25 0 0 60 0 0 25 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.146873385 1.146873385 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 82571916 C T FAM154B CCDS32310.1 r.? - - intronic 33 0 0 62 0 0 27 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.053689922 1.053689922 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 86495882 G T - - - - - - 43 0 0 73 0 0 46 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.989178295 0.989178295 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 86701714 G A AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 47 0 0 71 0 0 23 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.089529716 1.089529716 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 86864221 T C AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 41 0 0 64 0 0 18 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.748981912 0.874490956 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 89337958 C T - - - - - - 26 0 0 59 0 0 28 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.917498708 0.917498708 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 89486721 C A - - - - - - 39 0 0 69 0 0 36 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.103865633 1.103865633 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 90017170 C T RHCG CCDS10351.1 r.? - - intronic 54 0 0 73 1 1.4 31 0 0 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0.185032258 0.185032258 1 0 NA 0 1.899509044 0.949754522 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.306438632 1 1 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 94974737 T A MCTP2 CCDS32338.1 r.? - - intronic 38 0 0 64 0 0 26 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.774139535 0.774139535 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 96529785 G A - - - - - - 26 0 0 47 0 0 23 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 0.996346253 0.996346253 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 97099496 C A - - - - - - 33 0 0 66 0 0 28 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.376248062 1.376248062 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 98517446 G A ARRDC4 CCDS10377.1 r.? - - downstream 31 0 0 70 0 0 29 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2.274370103 4 4 2 3 2 0 1 1 0.725629897 1 NA 3 NA NA 0 NA NA 0.274370103 NA 0 0 1 0 NA 0 1.22572093 1.22572093 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 15 100117607 G T MEF2A CCDS45362.1 r.? - - intronic 32 0 0 53 1 1.9 27 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4.158240165 4 3 4 3 2 0 1 1 0.841759835 1 NA 4 NA NA 1 NA NA 0.158240165 NA 0.232115207 0.232115207 1 0 NA 0 1.146873385 1.146873385 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.233303855 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 164449 C T C16orf35 ENST00000405960 r.? - - intronic 41 0 0 75 0 0 47 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.541989664 1.541989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 1774051 C A MAPK8IP3 CCDS10442.2 r.? - - intronic 19 0 0 49 0 0 37 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.085560724 1.085560724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 5897009 C A - - - - - - 31 0 0 52 0 0 48 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.906689922 0.906689922 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 7361756 C A - - - - - - 36 0 0 61 0 0 37 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.159576227 1.159576227 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 8063853 T G - - - - - - 44 0 0 68 0 0 44 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.666139535 0.666139535 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 8578522 G T - - - - - - 37 0 0 60 0 0 26 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 13070013 C T SHISA9 CCDS45417.1 r.? - - intronic 28 0 0 60 0 0 42 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 15745201 T C MIR484 CCDS10564.1 r.? - - intronic 21 0 0 64 0 0 41 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.770994832 0.770994832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 22906338 G A HS3ST2 CCDS10606.1 r.? - - intronic 31 0 0 71 0 0 43 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.085560724 1.085560724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 23909123 T A PRKCB CCDS10619.1 r.? - - intronic 22 0 0 56 0 0 39 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.159576227 1.159576227 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 24480530 C T - - - - - - 28 0 0 56 0 0 39 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.319943152 1.319943152 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 25317809 G A - - - - - - 51 0 0 92 0 0 44 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.752490956 0.752490956 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 26702966 G A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 41 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.356950904 1.356950904 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 33503163 T A ENSG00000214611 ENST00000398662 r.? - - upstream 65 0 0 135 0 0 83 0 0 81 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.444413437 0.444413437 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 33927300 A C - - - - - - 43 0 0 80 0 0 41 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.146873385 1.146873385 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 35149210 T C - - - - - - 43 0 0 61 0 0 42 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.519607235 1.519607235 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 48724846 A C - - - - - - 31 0 0 71 0 0 40 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.738299742 0.738299742 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 50697388 G A SNX20 CCDS10744.1 r.? - - downstream 24 0 0 75 0 0 40 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 128363317 G T FAM71F1 CCDS5804.1 r.807g>u c.754G>T p.E252* nonsense 41 0 0 51 0 0 33 0 0 50 6 12 243 0 0 174 0 0 191 1 0.5 206 16 7.8 FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.980155039 0.980155039 1 0 0.02504008 NA 0 0.637100775 0.637100775 1 NA NA 1 1 1 1 1 0.616108565 0.000000206 1.72E-14 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 16 60869702 C G - - - - - - 40 0 0 61 0 0 39 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.874490956 0.874490956 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61043027 G T - - - - - - 38 0 0 78 0 0 47 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795643411 0.795643411 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 61425786 A T - - - - - - 29 0 0 76 0 0 43 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.623612403 0.623612403 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63220459 C A - - - - - - 45 0 0 54 0 0 39 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.716795866 0.716795866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 63968187 C T - - - - - - 33 0 0 67 0 0 40 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 64779758 C G - - - - - - 43 0 0 73 0 0 43 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 65782281 C T - - - - - - 21 0 0 62 0 0 43 0 0 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.935348837 0.967674419 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 69312255 G A SNTB2 CCDS10873.1 r.? - - intronic 21 0 0 57 0 0 37 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.161209302 1.161209302 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 69360308 G C COG8 CCDS10876.1 r.? - - downstream 41 0 0 77 0 0 41 0 0 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.65579845 1.65579845 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 72357000 A T - - - - - - 40 0 0 74 0 0 33 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.666620155 0.666620155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 73408064 A G - - - - - - 35 0 0 60 0 0 35 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 74105695 A G - - - - - - 37 0 0 74 0 0 47 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.716795866 0.716795866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76250970 C G - - - - - - 58 0 0 82 0 0 50 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.974842377 0.974842377 1 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76665417 C A - - - - - - 36 0 0 67 0 0 50 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 76752826 C T - - - - - - 33 0 0 61 0 0 31 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.555447028 1.555447028 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 79107876 A T WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 33 0 0 68 0 0 46 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 79218228 A G WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 33 0 0 55 0 0 38 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.361912145 1.361912145 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 82511583 T G - - - - - - 41 0 0 58 0 0 46 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931834625 0.931834625 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 82773548 C A - - - - - - 51 0 0 58 0 0 46 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.11820155 1.11820155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83198248 T C CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 31 1 3.2 56 0 0 36 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.641462532 1.641462532 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 0.143917729 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 83962674 G A ENSG00000229561 ENST00000412414 r.? - - intronic 28 0 0 63 0 0 30 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168377261 1.168377261 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 16 87817861 C T - - - - - - 22 0 0 52 0 0 38 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.11820155 1.11820155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 3385264 C T ASPA CCDS11028.1 r.? - - intronic 53 0 0 45 0 0 28 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 3934022 G A ZZEF1 CCDS11043.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 0 0 29 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.925064599 0.925064599 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 28360573 G A FZD3 CCDS6069.1 r.521g>a c.43G>A p.V15M missense 38 0 0 69 0 0 50 0 0 45 6 13.3 197 0 0 144 0 0 296 0 0 230 14 6.1 TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0 0 1 0 0 1 1.107496432 1.107496432 1 1 0 NA 0 0.507949491 0.507949491 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1.98E-11 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 17 9682903 G T DHRS7C ENST00000330255 r.? - - intronic 37 0 0 68 0 0 23 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.759689922 0.759689922 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 12062001 A C - - - - - - 38 0 0 43 0 0 30 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 16006663 C T NCOR1 CCDS11175.1 r.? - - intronic 36 0 0 76 0 0 26 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 2 2 5 2 2 1 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.718346253 0.718346253 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 20613767 G C - - - - - - 25 0 0 20 0 0 6 1 16.7 16 4 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.669338677 0.669338677 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.029627491 1 0.00000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 22220456 G T - - - - - - 48 0 0 57 0 0 25 0 0 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.940568475 0.940568475 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071397 C T - - - - - - 40 0 0 66 4 6.1 45 3 6.7 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.562211982 0.562211982 1 0.386132308 0.511330077 0.755152738 1.469431525 1.469431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000351793 1 0.001516071 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071399 C T - - - - - - 40 0 0 66 3 4.5 45 3 6.7 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.414746544 0.414746544 1 0.386132308 0.511330077 0.755152738 1.433591731 1.433591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.004522888 1 0.001516071 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26071754 C A - - - - - - 39 0 0 66 8 12.1 45 6 13.3 71 10 14.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 4 2 2 2 0 1 2 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 1.115207373 1.115207373 1 0.766501446 0.766501446 1 1.010682171 1.010682171 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.73E-09 1 0.000000108 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 26868803 G A FOXN1 CCDS11232.1 r.? - - downstream 32 0 0 58 0 0 34 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.755152738 2 2 2 2 0 1 0 1 0.244847262 1 NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0 0 1 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 27449695 C G MYO18A CCDS45642.1 r.? - - intronic 11 0 0 77 4 5.2 34 1 2.9 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.755152738 NA 2 2 NA 0 1 NA 1 0.244847262 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.755152738 NA 0.479262673 0.479262673 1 0.167131894 0.167131894 1 NA NA 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000632383 1 0.156694864 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28346622 C T EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 27 0 0 56 0 0 27 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.888888889 0.888888889 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 28390822 C G EFCAB5 ENST00000394835 r.? - - intronic 31 0 0 61 4 6.6 34 4 11.8 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.608294931 0.608294931 1 0.472945892 0.472945892 1 1.612403101 0.80620155 2 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.0000257 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 32458872 T G ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 29 0 0 62 5 8.1 33 6 18.2 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.746543779 0.746543779 1 0.729458918 0.729458918 1 2.609136951 1.304568475 2 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000016 1 1.54E-08 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 38751786 G C - - - - - - 32 0 0 53 0 0 32 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0 0 1 0.699051396 0.699051396 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 42954491 G A EFTUD2 CCDS11489.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 0 0 21 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0 0 1 1.083800615 1.083800615 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 44911552 C T WNT9B ENST00000376843 r.? - - intronic 32 0 0 61 0 0 21 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0 0 1 1.002515569 1.002515569 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 46618094 T A HOXB2 CCDS11527.1 r.? - - downstream 43 0 0 45 0 0 29 0 0 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0 0 1 0.856202486 0.856202486 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 51716428 G T - - - - - - 42 0 0 62 0 0 40 0 0 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 1.941913666 0.970956833 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 51782526 G T - - - - - - 52 0 0 57 0 0 33 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 2.017474509 1.008737254 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 51945410 C G - - - - - - 21 0 0 55 0 0 39 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.974734875 0.974734875 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 56050042 T C VEZF1 CCDS32687.1 r.3501a>g c.? p.? 3'UTR variant 45 0 0 67 0 0 28 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.997403128 0.997403128 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 56745469 C A TEX14 CCDS32693.1 r.? - - intronic 26 0 0 57 0 0 33 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.899174032 0.899174032 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 58904730 G C BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 65 0 0 54 0 0 48 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 1.35253909 1.35253909 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59518268 A G - - - - - - 38 0 0 53 0 0 28 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.642267166 0.642267166 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 59835881 G C BRIP1 CCDS11631.1 r.? - - intronic 34 0 0 56 0 0 34 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.657379334 0.657379334 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 63841156 G A CCDC46 CCDS32710.1 r.? - - intronic 30 0 0 69 5 7.2 35 7 20 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0.73559447 0.73559447 1 1.001603206 1.001603206 1 2.765526855 1.158032392 2.388125647 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000269 1 4.65E-10 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 65589714 C T PITPNC1 ENST00000423236 r.? - - intronic 37 0 0 69 0 0 39 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 1.465880355 1.465880355 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 70320274 G C - - - - - - 54 0 0 53 0 0 35 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.388125647 2 2 2 1 1 2 1 1 0.611874353 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.388125647 0 0 1 0 0 1 0.793388852 0.793388852 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 215809 G A USP14 CCDS32780.1 r.? - - downstream 40 0 0 55 0 0 35 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 1.071738485 1.071738485 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 2232422 G A - - - - - - 48 0 0 49 0 0 23 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 0.857390788 0.857390788 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 2450791 C G - - - - - - 58 0 0 60 0 0 35 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 1.026612654 1.026612654 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4043150 T G - - - - - - 40 0 0 62 0 0 34 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 0.806624228 0.806624228 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 4610260 A T - - - - - - 48 0 0 63 0 0 24 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 0.654324549 0.654324549 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 8564302 G C - - - - - - 28 0 0 38 0 0 37 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0 0 1 0 0 1 0.868672246 0.868672246 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 10372613 C T - - - - - - 47 0 0 60 1 1.7 30 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.472770213 2 2 2 0 0 0 1 1 0.527229787 NA NA 3 NA NA 0 NA NA 0.472770213 0.156682028 0.156682028 1 0 0 1 1.252241809 1.252241809 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.259739042 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 20746130 T G CABLES1 CCDS42417.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 0 0 33 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 21432867 C A LAMA3 CCDS42419.1 r.? - - intronic 39 0 0 67 0 0 30 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.429392765 1.429392765 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22103658 C T - - - - - - 57 0 0 57 0 0 42 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.551912145 1.551912145 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22612766 A T - - - - - - 43 0 0 54 1 1.9 37 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.175115207 NA 0 0 0 1 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.237137336 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 22757380 T A ZNF521 CCDS32806.1 r.? - - intronic 44 0 0 59 0 0 22 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.988322997 0.988322997 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 24733404 G A CHST9 CCDS42422.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 0 0 27 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.208857881 1.208857881 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 26164142 A T - - - - - - 32 0 0 48 0 0 34 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 27918611 C T - - - - - - 41 0 0 66 0 0 30 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 27981192 G T - - - - - - 35 0 0 51 0 0 25 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.290537468 1.290537468 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 28833930 G A - - - - - - 39 0 0 47 0 0 23 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 32119847 A T DTNA CCDS45848.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 30 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 32481908 G C - - - - - - 41 0 0 62 0 0 23 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.76427907 1.76427907 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 33909647 G C FHOD3 CCDS32816.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 0 0 27 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 35409490 C T - - - - - - 45 0 0 48 0 0 28 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.845958656 1.845958656 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 36289483 C A - - - - - - 38 0 0 50 0 0 15 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.584583979 1.584583979 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 37476662 A T - - - - - - 38 0 0 42 0 0 34 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 39800556 A T - - - - - - 48 0 0 62 0 0 31 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.21702584 1.21702584 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 41891778 A G - - - - - - 23 0 0 40 0 0 30 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 43244058 G A SLC14A2 CCDS11924.1 r.? - - intronic 15 0 0 48 0 0 28 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225193798 1.225193798 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 46189648 G C KIAA0427 CCDS45864.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 0 0 31 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.200689922 1.200689922 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 46858691 C A DYM CCDS11937.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 0 0 33 0 0 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.287028424 1.143514212 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 47404022 C A MYO5B CCDS42436.1 r.? - - intronic 53 0 0 56 0 0 37 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.421224806 1.421224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 47430211 C T MYO5B CCDS42436.1 r.? - - intronic 19 0 0 54 0 0 26 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 49007766 T G ENSG00000227115 ENST00000435144 r.? - - intronic 8 0 0 48 0 0 30 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.511072351 1.511072351 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 49384086 A T - - - - - - 32 0 0 47 0 0 24 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 50747746 C A DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 45 0 0 56 0 0 16 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 55073221 G A - - - - - - 49 0 0 46 0 0 28 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 56972105 C T CPLX4 CCDS11973.1 r.? - - intronic 11 0 0 34 0 0 28 0 0 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.425883721 0.808627907 3 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 58522574 T C - - - - - - 46 0 0 54 0 0 30 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 58794676 G A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 30 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 59131526 G C - - - - - - 38 0 0 58 0 0 33 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 61840350 A G - - - - - - 43 0 0 54 0 0 25 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.739775194 0.869887597 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 62529996 A T - - - - - - 42 0 0 64 0 0 24 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63009157 T C - - - - - - 49 0 0 54 0 0 21 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225193798 1.225193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63183309 G T - - - - - - 36 0 0 54 0 0 28 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.731607235 1.731607235 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63605696 G A - - - - - - 29 0 0 54 0 0 32 0 0 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.115501292 1.057750646 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 63930150 C T - - - - - - 37 0 0 61 0 0 28 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 64287884 T A - - - - - - 34 0 0 63 0 0 21 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 64572924 G A - - - - - - 47 0 0 55 0 0 34 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 64811854 T A - - - - - - 34 0 0 60 0 0 24 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.690767442 1.690767442 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 65194675 C T AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 39 0 0 56 0 0 21 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.331377261 1.331377261 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 65393331 G A AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 22 0 0 57 0 0 25 0 0 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.88679845 1.88679845 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 65604333 A C - - - - - - 46 0 0 43 0 0 27 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 65622806 G T - - - - - - 41 0 0 52 0 0 34 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.775956072 0.775956072 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 66011749 A G - - - - - - 57 0 0 73 0 0 36 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67210143 C A DOK6 CCDS32841.1 r.? - - intronic 47 0 0 66 0 0 27 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67870371 G C RTTN CCDS42443.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 0 0 32 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.298705426 1.298705426 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67880643 C G - - - - - - 39 0 0 58 0 0 31 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 67880683 C G - - - - - - 38 0 0 52 0 0 39 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 68935542 T A - - - - - - 33 0 0 58 0 0 35 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.674431525 1.674431525 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69066052 A C - - - - - - 35 0 0 54 0 0 19 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69894091 G A - - - - - - 47 0 0 53 0 0 24 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 69985279 C A - - - - - - 49 0 0 55 0 0 28 1 3.6 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.144288577 0.144288577 1 0.882139535 0.882139535 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 70557863 T C - - - - - - 37 0 0 51 0 0 37 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 71369478 T C - - - - - - 38 0 0 40 0 0 32 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 71751820 T C FBXO15 CCDS12002.1 r.? - - intronic 25 0 0 59 0 0 34 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 73646646 G A - - - - - - 35 0 0 50 0 0 18 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 73989989 G C - - - - - - 46 0 0 64 0 0 19 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 74990826 A G - - - - - - 42 0 0 57 0 0 34 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 75823857 C A - - - - - - 42 0 0 69 0 0 43 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 18 76252248 C T - - - - - - 28 0 0 44 0 0 22 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.110842377 1.110842377 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 4075341 C T - - - - - - 14 0 0 51 0 0 23 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.43020155 1.43020155 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 4318689 C T FSD1 CCDS12127.1 r.? - - intronic 10 0 0 53 0 0 28 0 0 25 8 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.93374677 0.97791559 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 4440844 C T CHAF1A CCDS32875.1 r.? - - intronic 10 0 0 61 4 6.6 22 1 4.5 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.872294931 0.872294931 1 0.270360721 NA 0 2.567028424 0.855676141 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000259828 1 0.104413009 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 11631572 C T ECSIT CCDS12262.1 r.? - - intronic 19 0 0 62 0 0 33 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 6 3 2 3 3 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.879431525 0.939715762 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 15192661 C G - - - - - - 39 0 0 76 0 0 31 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.70524031 1.70524031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 25300008 C T CASC1 CCDS31759.2 r.682g>a c.616G>A p.G206R missense 42 0 0 70 0 0 35 0 0 49 5 10.2 183 0 0 85 0 0 177 0 0 229 7 3.1 TRUE FALSE 4 4 5.433325694 2 2 3 2 2 2 1 1 0.566674306 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.433325694 0 0 1 0 0 1 0.877331004 0.877331004 1 1 0 NA 0 0.266639815 0.615333498 0.433325694 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 0.000177713 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 19 18754996 T C KLHL26 CCDS12384.1 r.? - - intronic 49 0 0 58 0 0 35 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.118490956 1.118490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 20816765 A G ZNF626 CCDS42535.1 r.? - - intronic 24 0 0 65 0 0 26 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.356857881 1.356857881 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 21538415 C T ZNF738 ENST00000311015 r.? - - upstream 6 0 0 63 3 4.8 35 8 22.9 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 6 2 2 3 1 2 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.490396313 0.490396313 1 1.375835671 1.375835671 1 2.218645995 1.109322997 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003968795 1 8.15E-12 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 28412702 G C - - - - - - 44 0 0 52 0 0 23 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.70524031 1.70524031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 30251962 C T - - - - - - 13 0 0 48 0 0 43 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.274346253 1.274346253 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 31183503 G C - - - - - - 22 0 0 74 0 0 32 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.934439276 0.967219638 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 31548658 T C - - - - - - 37 0 0 51 0 0 23 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6 2 2 3 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.943607235 1.943607235 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 32248934 A G - - - - - - 32 0 0 60 0 0 36 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 0 NA 0 1.503661822 1.503661822 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 34843023 C T KIAA0355 CCDS12436.1 r.? - - intronic 22 0 0 55 0 0 34 0 0 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 0 NA 0 2.714402509 0.904800836 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 35684457 G A - - - - - - 40 0 0 56 0 0 37 0 0 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 0 NA 0 2.441009451 1.015428377 2.403920854 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 36495865 C T C19orf46 CCDS42553.1 r.? - - intronic 9 0 0 55 0 0 23 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 0 NA 0 1.396257406 1.396257406 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 36572723 C T WDR62 CCDS46059.1 r.? - - intronic 14 0 0 50 0 0 29 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 6.596079146 2 2 4 2 1 2 1 1 0.403920854 NA NA 4 NA NA 3 NA NA 0.596079146 0 0 1 0 NA 0 1.630594313 1.630594313 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 40944081 A T SERTAD3 CCDS12558.1 r.? - - downstream 24 0 0 58 0 0 31 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.99593437 0.99593437 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 43465946 A C PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 41 0 0 56 0 0 41 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.594472453 0.594472453 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 47026193 C G ENSG00000230510 ENST00000414155 r.? - - intronic 63 0 0 68 0 0 37 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.856966783 0.856966783 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 47698848 A C SAE1 ENST00000414294 r.? - - intronic 37 0 0 71 0 0 36 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 1.451439237 1.451439237 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 50851240 G A NAPSB ENST00000253720 r.? - - upstream 43 0 0 51 0 0 43 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.94189142 0.94189142 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 54551900 G T VSTM1 CCDS12872.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 0 0 28 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.856966783 0.856966783 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 55265509 T A KIR2DS2 CCDS33107.1 r.? - - downstream 11 0 0 28 0 0 18 0 0 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 1.10402027 1.10402027 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 55377124 A C KIR3DL2 CCDS12906.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 36 0 0 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0 0 1 0 NA 0 0.656235825 0.656235825 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 19 56533795 A G NLRP5 CCDS12938.1 r.? - - intronic 45 0 0 50 2 4 27 3 11.1 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 4.552462815 2 2 2 2 1 2 1 1 0.447537185 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.552462815 0.448663594 0.448663594 1 0.55588978 0.55588978 1 2.061352533 1.030676266 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.026131524 1 0.000334187 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 870520 G A - - - - - - 22 0 0 85 0 0 34 0 0 90 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 0 0 1 0 NA 0 0.918061577 0.918061577 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000679 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1091546 T A SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 41 0 0 81 0 0 36 0 0 78 4 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 0 0 1 0 NA 0 0.698822992 0.698822992 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1209899 G C SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 51 0 0 75 0 0 34 0 0 89 20 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 0 0 1 0 NA 0 3.08304261 1.02768087 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.72E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1211642 G A SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 50 0 0 72 0 0 33 0 0 81 14 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 0 0 1 0 NA 0 2.370517207 0.935317112 2.534452943 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 1211646 G A SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 50 0 0 70 0 0 30 0 0 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10.53445294 3 2 7 3 1 3 1 1 0.465547057 NA NA 8 NA NA 3 NA NA 0.534452943 0 0 1 0 NA 0 2.178683444 1.089341722 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 2380196 T C - - - - - - 35 0 0 71 0 0 33 0 0 88 6 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 1.083084194 1.083084194 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 2635094 G A - - - - - - 32 0 0 44 1 2.3 26 1 3.8 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0.303981567 NA 0 0.190304609 NA 0 1.704264835 1.704264835 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.197923942 1 0.122190858 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 3093557 T A - - - - - - 40 0 0 52 0 0 32 0 0 97 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 0.987517942 0.987517942 1 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 3119594 C T - - - - - - 16 0 0 61 0 0 35 0 0 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 1.640554 1.640554 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 3273474 T G TSSC1 CCDS1651.1 r.? - - intronic 12 0 0 64 3 4.7 30 4 13.3 98 33 33.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0.621179724 0.621179724 1 0.666066132 0.666066132 1 5.367637845 1.024309514 5.240249917 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.004148608 1 0.0000154 1 1.12E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 4117140 A C - - - - - - 59 0 0 54 0 0 31 0 0 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 1.035301068 1.035301068 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 4575137 A T ENSG00000228584 ENST00000446457 r.? - - intronic 32 0 0 51 0 0 28 0 0 70 4 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 0.907879398 0.907879398 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 4847902 C G - - - - - - 41 0 0 62 0 0 38 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 1.242361282 1.242361282 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 5214082 G C - - - - - - 15 0 0 74 1 1.4 20 0 0 73 20 27.4 148 0 0 126 0 0 123 0 0 196 32 16.3 FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0.185032258 0.185032258 1 0 NA 0 4.364192194 1.029229946 4.240249917 1 0 NA 0 2.596216524 0.865405508 3 NA NA 1 1 0.309906439 1 1 1 3.18E-29 6.16E-38 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 5214121 G C - - - - - - 23 0 0 64 0 0 27 0 0 74 21 28.4 167 0 0 133 0 0 144 0 0 249 42 16.9 FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 4.523469282 1.066793083 4.240249917 1 0 NA 0 2.691782777 0.897260926 3 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.6E-31 6.55E-50 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 5214744 G T - - - - - - 30 0 0 83 0 0 31 0 0 90 25 27.8 140 1 0.7 68 0 0 127 0 0 236 42 17.8 FALSE FALSE 6 3 12.75975008 3 2 10 3 1 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 4.427903029 1.044255201 4.240249917 1 0 NA 0 2.835132156 0.945044052 3 NA NA 1 0.504285863 1 1 1 1 2.53E-36 5.92E-51 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 7724517 A C - - - - - - 50 0 0 85 0 0 48 0 0 91 4 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 0.700819185 0.700819185 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001181698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 8225564 G C - - - - - - 35 0 0 43 0 0 36 0 0 74 4 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 12.75975008 3 2 10 3 2 2 1 1 0.240249917 NA NA 10 NA NA 3 NA NA 0.759750083 0 0 1 0 NA 0 0.860096272 0.860096272 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 8626653 A C - - - - - - 35 0 0 60 0 0 39 0 0 83 5 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.670077519 0.670077519 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 8838511 C A - - - - - - 46 0 0 90 0 0 44 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.1614677 1.1614677 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 9994119 A T TAF1B CCDS33143.1 r.? - - intronic 45 0 0 57 0 0 39 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 8 3 2 6 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.759421189 0.759421189 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 11641937 A C - - - - - - 20 0 0 71 0 0 17 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 8 2 2 6 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.791989664 0.930663221 3 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 11897928 T A LPIN1 CCDS1682.1 r.? - - intronic 27 0 0 65 1 1.5 32 1 3.1 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 8 2 2 6 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.138248848 0.138248848 1 0.124248497 0.124248497 1 1.016284238 1.016284238 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.278061424 1 0.14819814 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 15093907 G T - - - - - - 39 0 0 75 0 0 32 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 19680460 C G - - - - - - 28 0 0 59 0 0 32 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.543744186 1.543744186 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 21632071 C A - - - - - - 39 0 0 69 0 0 43 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22086568 A G - - - - - - 42 0 0 73 0 0 26 0 0 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.739775194 0.869887597 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22342992 G C - - - - - - 31 0 0 65 0 0 34 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 22904774 C A - - - - - - 16 0 0 59 0 0 43 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.486568475 1.486568475 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 23374691 G T - - - - - - 40 0 0 65 0 0 29 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.97198708 0.97198708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 31058505 C G - - - - - - 37 0 0 60 1 1.7 63 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.173682028 NA 0 0 0 1 1.674431525 1.674431525 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.259739042 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33197116 G A LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 41 0 0 73 0 0 30 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.323209302 1.323209302 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 33921599 T C - - - - - - 24 0 0 48 0 0 25 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 39195539 A G ENSG00000214694 CCDS46263.1 r.? - - intronic 44 0 0 58 0 0 33 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 39455640 G T CDKL4 CCDS33184.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 0 0 41 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.110842377 1.110842377 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 39789234 C G - - - - - - 33 0 0 67 0 0 34 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.453896641 1.453896641 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 39922619 G A TMEM178 CCDS1804.1 r.? - - intronic 47 0 0 53 0 0 38 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 40602169 G T SLC8A1 CCDS1806.1 r.? - - intronic 40 0 0 78 0 0 35 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.323209302 1.323209302 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 41086230 C A - - - - - - 42 0 0 51 0 0 32 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 41530319 G A - - - - - - 40 0 0 55 0 0 35 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 45547662 G A - - - - - - 18 0 0 56 0 0 49 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.935806202 0.967903101 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 46079028 C A PRKCE CCDS1824.1 r.? - - intronic 12 0 0 57 0 0 32 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50717179 G A NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 53 0 0 61 0 0 31 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50895209 G C NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 30 0 0 57 0 0 33 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50927868 T C NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 19 0 0 65 0 0 31 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 50958540 T A NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 45 0 0 80 0 0 42 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 52151861 T A - - - - - - 42 0 0 61 0 0 35 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 53115957 G T - - - - - - 41 0 0 54 0 0 37 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 55303016 A G RTN4 ENST00000427710 r.? - - intronic 33 0 0 62 0 0 18 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 56746434 T A - - - - - - 35 0 0 52 0 0 35 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 57754663 A G - - - - - - 45 0 0 61 0 0 33 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.070002584 1.070002584 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59261193 G T - - - - - - 41 0 0 56 0 0 38 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.903134367 0.951567183 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 59334964 G T - - - - - - 44 0 0 52 0 0 41 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.841299742 0.841299742 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 60288879 C T - - - - - - 43 0 0 54 0 0 33 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 60818304 C A - - - - - - 38 0 0 53 0 0 38 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 60868081 C G - - - - - - 26 0 0 67 0 0 37 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.135346253 1.135346253 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 61379398 C T C2orf74 CCDS46298.1 r.? - - intronic 16 0 0 57 0 0 33 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.813286822 0.906643411 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 63533740 G A C2orf86 CCDS42688.1 r.? - - intronic 43 0 0 54 0 0 18 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 5 2 1 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 66269011 G C - - - - - - 33 0 0 61 0 0 52 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.882139535 0.882139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 68850638 T A PROKR1 CCDS1889.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 0 0 53 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 70506184 C T PCYOX1 CCDS1902.1 r.3206c>u c.? p.? 3'UTR variant 27 0 0 60 0 0 35 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 76185698 G T - - - - - - 32 0 0 59 0 0 37 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.992981912 0.996490956 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 76735675 C A - - - - - - 45 0 0 69 0 0 57 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77420881 C A LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 24 0 0 54 0 0 37 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77685488 A T LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 40 0 0 54 0 0 36 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77691801 G C LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 37 0 0 52 0 0 28 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 77867775 T A - - - - - - 27 0 0 50 0 0 29 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.27420155 1.27420155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 78313621 G C - - - - - - 46 0 0 69 0 0 43 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 78726200 G C - - - - - - 29 0 0 51 0 0 52 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 2 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 79775347 C T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 44 0 0 47 0 0 43 0 0 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.911302326 0.955651163 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 80355377 G T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 40 0 0 72 0 0 27 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 81499844 A G - - - - - - 36 0 0 55 0 0 48 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.053666667 1.053666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 82634553 T G - - - - - - 29 0 0 56 0 0 44 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83769422 G C - - - - - - 35 0 0 56 0 0 26 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83955827 G T - - - - - - 26 0 0 44 0 0 31 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.200689922 1.200689922 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 83983708 C A - - - - - - 46 0 0 58 0 0 35 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.882139535 0.882139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 84098793 G C - - - - - - 32 0 0 69 0 0 37 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 97940661 T A - - - - - - 44 0 0 78 0 0 53 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.722071843 0.722071843 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 100039114 T C REV1 CCDS2045.1 r.? - - intronic 42 0 0 55 0 0 53 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.775277137 0.775277137 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 101298277 C G - - - - - - 37 0 0 67 0 0 37 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.13251268 1.13251268 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 102252995 A T - - - - - - 37 0 0 79 0 0 39 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.208520243 1.208520243 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 106316017 A G - - - - - - 47 0 0 73 0 0 52 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.086908143 1.086908143 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 109574566 A T EDAR CCDS2081.1 r.? - - intronic 47 0 0 62 0 0 52 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.216120999 1.216120999 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 110402334 C G - - - - - - 19 0 0 64 0 0 43 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.95009453 0.95009453 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 112485355 G C - - - - - - 35 0 0 59 0 0 45 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.965296043 0.965296043 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 115378341 T A DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 29 0 0 61 0 0 30 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.904489993 0.904489993 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 116796340 T A - - - - - - 36 0 0 65 0 0 30 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.200919486 1.200919486 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 117088771 T G - - - - - - 35 0 0 67 0 0 45 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 1.155314949 1.155314949 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 117739530 G C - - - - - - 30 0 0 71 0 0 49 0 0 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 2.401838973 0.98727448 2.432797586 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 118094620 C A - - - - - - 37 0 0 77 0 0 42 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.904489993 0.904489993 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 120152438 C G - - - - - - 18 0 0 44 0 0 41 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.831782254 1.831782254 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 123136608 G A - - - - - - 51 0 0 68 0 0 35 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.744874112 0.744874112 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 123856278 A T - - - - - - 40 0 0 52 0 0 40 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.782877893 0.782877893 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 123857000 A T - - - - - - 49 0 0 68 0 0 50 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.874086968 0.874086968 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 124352455 T A - - - - - - 46 0 0 77 0 0 44 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.706870331 0.706870331 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 125133135 A T CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 47 0 0 81 1 1.2 40 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.134599078 0.134599078 1 0 0 1 1.064105874 1.064105874 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.333700419 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 126961012 G A - - - - - - 38 0 0 75 0 0 40 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.520151249 1.520151249 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 127004690 C G - - - - - - 38 0 0 69 0 0 40 0 0 49 6 12.2 216 0 0 119 0 0 203 0 0 144 10 6.9 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.927292262 0.927292262 1 0 0 NA 0 0.524452181 1.211772425 0.432797586 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 4.08E-09 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 127004708 A T - - - - - - 37 0 0 67 0 0 42 0 0 49 8 16.3 237 0 0 138 1 0.7 216 0 0 161 10 6.2 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.238923268 1.238923268 1 1 0 NA 0 0.471246887 1.088838991 0.432797586 1 NA 1 1 1 0.499291294 1 1 1.47E-10 1.19E-08 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 127743517 C T - - - - - - 48 0 0 61 0 0 43 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.474546711 1.474546711 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 129033417 C G HS6ST1 CCDS42748.1 r.? - - intronic 13 0 0 50 0 0 47 1 2.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.126168337 0.126168337 1 0.919691505 0.919691505 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.209895027 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 129548729 C T - - - - - - 9 0 0 58 0 0 38 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.398539149 1.398539149 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 132357835 T A - - - - - - 42 0 0 63 0 0 50 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.428942174 1.428942174 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 133503632 A T NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 45 0 0 59 0 0 43 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.760075624 0.760075624 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 133658336 C G NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 28 0 0 71 0 0 38 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.687367886 1.687367886 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 134964827 C T MGAT5 CCDS2171.1 r.? - - intronic 29 0 0 70 0 0 32 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.805680162 0.805680162 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136001170 C G ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 33 0 0 71 0 0 48 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.881687724 0.881687724 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136093148 A T ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 41 0 0 52 0 0 38 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.01090058 1.01090058 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 136780890 T C - - - - - - 36 0 0 54 0 0 42 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.972896799 0.972896799 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 138120517 C T THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 43 0 0 81 0 0 36 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.874086968 0.874086968 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 138249862 C T THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 53 0 0 83 0 0 41 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.805680162 0.805680162 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 139132729 C A - - - - - - 24 0 0 60 1 1.7 30 1 3.3 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.190682028 0.190682028 1 0.198264529 0.198264529 1 1.360535367 1.360535367 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.259739042 1 0.139615808 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 139374486 A G - - - - - - 44 0 0 65 0 0 42 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 1.520151249 1.520151249 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140390340 C T - - - - - - 45 0 0 60 0 0 29 1 3.4 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0.204272545 0.204272545 1 1.520151249 1.520151249 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.135292269 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140503341 C A - - - - - - 45 0 0 57 0 0 51 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.775277137 0.775277137 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140696654 C A - - - - - - 41 0 0 55 0 0 38 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.813280918 0.813280918 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 140940562 A C - - - - - - 29 0 0 74 0 0 41 0 0 37 6 16.2 194 1 0.5 115 0 0 191 0 0 151 8 5.3 TRUE TRUE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.231322511 1.231322511 1 1 0 0 1 0.402840081 0.930781718 0.432797586 1 1 1 0.621838193 1 1 1 1 3.18E-08 0.00000115 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 140940651 T C - - - - - - 34 0 0 57 0 0 36 0 0 42 5 11.9 160 0 0 104 1 1 156 0 0 160 12 7.5 TRUE TRUE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.904489993 0.904489993 1 1 0 0 1 0.570056718 1.31714394 0.432797586 1 1 1 1 1 0.406254409 1 1 0.00000228 4.75E-11 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 141111000 C T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 51 0 0 72 0 0 55 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.912090749 0.912090749 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 141952609 G C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 52 0 0 60 0 0 37 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.01090058 1.01090058 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 142661787 G A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 34 0 0 57 0 0 37 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.200919486 1.200919486 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 143135852 A T - - - - - - 44 0 0 71 0 0 55 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.760075624 0.760075624 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 144274294 T G ARHGAP15 CCDS2184.1 r.? - - intronic 43 0 0 52 0 0 46 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.565755786 1.565755786 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 146419557 C T - - - - - - 44 0 0 50 1 2 33 0 0 46 5 10.9 116 0 0 50 0 0 90 0 0 123 9 7.3 TRUE TRUE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0.224331797 0.224331797 1 0 0 1 0.82848243 0.82848243 1 1 0 0 1 0.554855206 1.282020102 0.432797586 1 1 1 1 0.221687443 1 1 1 0.00000361 1.54E-08 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 2 146626091 G C - - - - - - 41 0 0 56 0 0 40 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.033702849 1.033702849 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147090374 C A - - - - - - 40 0 0 51 0 0 32 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.185717974 1.185717974 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147124600 T A - - - - - - 55 0 0 57 0 0 37 0 0 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.646064281 0.646064281 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147309413 G A - - - - - - 51 0 0 57 0 0 47 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.927292262 0.927292262 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147561085 T C - - - - - - 40 0 0 66 0 0 30 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 1.147714193 1.147714193 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147613764 C G - - - - - - 31 0 0 66 0 0 46 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 NA 0 0 0 1 0.919691505 0.919691505 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 147689237 G C - - - - - - 32 0 0 58 0 0 37 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.109710411 1.109710411 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 148308062 G A - - - - - - 35 0 0 66 0 0 42 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.216120999 1.216120999 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 152005170 A T - - - - - - 42 0 0 72 0 0 35 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.988098312 0.988098312 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 155887725 A G - - - - - - 33 0 0 59 0 0 41 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.048904361 1.048904361 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 155954093 G A - - - - - - 42 0 0 74 0 0 40 0 0 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 2.113010235 1.056505118 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 157410997 A C GPD2 CCDS2202.1 r.? - - intronic 40 0 0 67 0 0 44 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.972896799 0.972896799 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 160878709 G A PLA2R1 CCDS33309.1 r.? - - intronic 41 0 0 64 0 0 40 0 0 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.668866549 0.668866549 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 163050322 T G FAP CCDS33311.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 0 0 48 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.843683943 0.843683943 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 169476699 A C LASS6 CCDS2228.1 r.? - - intronic 28 0 0 52 0 0 45 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.31493083 1.31493083 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 169957360 C G DHRS9 CCDS2231.1 r.? - - downstream 46 0 0 47 0 0 35 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 0.95009453 0.95009453 1 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 170639840 G C - - - - - - 30 0 0 69 0 0 46 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.432797586 2 2 2 2 2 2 1 1 0.567202414 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.432797586 0 0 1 0 0 1 1.231322511 1.231322511 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 173482843 G A - - - - - - 40 0 0 67 0 0 43 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.982010336 0.982010336 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177103833 C T - - - - - - 41 0 0 53 0 0 43 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177231997 A C - - - - - - 54 0 0 56 0 0 31 1 3.2 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.192256513 0.192256513 1 1.046521964 1.046521964 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.143917729 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 177544991 C T - - - - - - 42 0 0 74 0 0 54 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795643411 0.795643411 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 179894942 C G CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 37 0 0 52 0 0 47 0 0 64 15 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.677302326 0.838651163 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 181945719 T C - - - - - - 34 0 0 65 0 0 38 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 184587789 T G - - - - - - 43 0 0 66 0 0 54 0 0 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.537596899 0.537596899 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 185361763 T C - - - - - - 42 0 0 63 0 0 48 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.673788114 0.673788114 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 186764560 T A - - - - - - 48 0 0 50 0 0 37 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483767442 1.483767442 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 188141278 G T - - - - - - 46 0 0 61 0 0 45 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.731131783 0.731131783 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 188620574 A T - - - - - - 47 0 0 70 0 0 28 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.752635659 0.752635659 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 188631545 T C - - - - - - 45 0 0 63 0 0 51 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.759803618 0.759803618 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 191370301 G C TMEM194B CCDS46476.1 r.4935c>g c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 89 0 0 42 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.254392765 1.254392765 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192130298 G A MYO1B CCDS46477.1 r.? - - intronic 32 0 0 58 0 0 35 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.766971576 0.766971576 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192269198 G A MYO1B CCDS46477.1 r.? - - intronic 53 0 0 65 0 0 47 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192909064 A T TMEFF2 CCDS2314.1 r.? - - intronic 36 0 0 71 0 0 46 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.680956072 0.680956072 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 192909065 A T TMEFF2 CCDS2314.1 r.? - - intronic 35 0 0 71 0 0 46 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.666620155 0.666620155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 193389691 C T - - - - - - 7 0 0 49 1 2 42 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224331797 0.224331797 1 0 0 1 1.627126615 1.627126615 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.217776325 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194687940 A C - - - - - - 55 0 0 55 0 0 46 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.551932817 0.551932817 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 194717185 A C - - - - - - 52 0 0 69 0 0 56 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.487421189 0.487421189 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195492968 C T - - - - - - 38 0 0 62 0 0 40 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.982010336 0.982010336 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 195822680 G T - - - - - - 44 0 0 65 0 0 41 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 198879000 T C PLCL1 ENST00000428675 r.? - - intronic 46 0 0 81 0 0 41 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.652284238 0.652284238 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 199912769 C A - - - - - - 33 0 0 74 0 0 34 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.17554522 1.17554522 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 203634903 G C FAM117B CCDS33362.1 r.? - - downstream 33 0 0 98 0 0 56 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 4 5 5 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 206717461 C A - - - - - - 47 0 0 78 0 0 37 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 206726140 C T - - - - - - 33 0 0 58 0 0 36 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 208088165 T C - - - - - - 44 0 0 50 0 0 38 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.125369509 1.125369509 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 208343344 G A - - - - - - 45 0 0 60 0 0 23 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.953338501 0.953338501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210010471 C T - - - - - - 18 0 0 63 0 0 32 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931834625 0.931834625 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210027855 C A - - - - - - 34 0 0 59 0 0 33 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.781307494 0.781307494 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210141419 G T - - - - - - 53 0 0 54 0 0 30 0 0 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.576950904 1.576950904 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210242963 C T - - - - - - 49 0 0 57 0 0 26 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931834625 0.931834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 210858434 C T UNC80 CCDS46504.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 0 0 35 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.913844961 0.956922481 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 211814053 A C - - - - - - 27 0 0 48 0 0 33 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168377261 1.168377261 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 212480876 T C ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 28 0 0 55 0 0 33 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 212482035 A G ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 39 0 0 59 0 0 38 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.731131783 0.731131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 213320775 G A ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 43 0 0 74 0 0 47 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.254392765 1.254392765 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 213568138 C G - - - - - - 48 0 0 58 0 0 33 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.924666667 0.924666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 219851092 C G FEV CCDS2428.1 r.? - - upstream 34 0 0 61 0 0 24 0 0 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.791989664 1.791989664 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 223736465 G A ACSL3 CCDS2455.1 r.? - - intronic 32 1 3.1 55 10 18.2 28 2 7.1 52 19 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859419355 0.929709677 2 0.355569138 0.355569138 1 2.61630491 1.308152455 2 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.14819814 1 2.33E-13 1 0.008668191 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 224360298 G A - - - - - - 38 0 0 44 1 2.3 31 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.234981567 0.234981567 1 0 0 1 1.942516796 0.971258398 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.197923942 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 224955812 G A - - - - - - 25 0 0 55 0 0 26 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931834625 0.931834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 226103664 C A - - - - - - 35 0 0 61 0 0 40 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.680956072 0.680956072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 226891389 G T - - - - - - 48 0 0 76 0 0 24 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.781307494 0.781307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 229221017 C A - - - - - - 44 0 0 50 0 0 37 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795643411 0.795643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 230115584 T A PID1 CCDS2471.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 0 0 32 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.652284238 0.652284238 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 234534841 C G UGT1A8 CCDS33402.1 r.? - - intronic 42 0 0 51 0 0 25 0 0 49 4 8.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.58777261 0.58777261 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 234636495 C A UGT1A6 CCDS2507.1 r.? - - intronic 35 0 0 62 0 0 36 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.917498708 0.917498708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 236270616 C T - - - - - - 36 0 0 57 0 0 47 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.050036176 1.025018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 237755235 C T - - - - - - 24 0 0 55 0 0 29 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139705426 1.139705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 239521749 G C - - - - - - 37 0 0 53 0 0 50 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.878005168 0.939002584 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 2 240040583 C G HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 14 0 0 51 0 0 24 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 2 2 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.817147287 0.817147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 578687 C T - - - - - - 28 0 0 68 0 0 42 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.347827779 1.347827779 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 1031475 G A - - - - - - 33 0 0 55 0 0 37 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.840499345 0.840499345 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 2398245 T A TGM6 CCDS13025.1 r.? - - intronic 19 0 0 75 0 0 38 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.082805463 1.082805463 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6182249 T C - - - - - - 38 0 0 61 0 0 44 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.022228934 1.022228934 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 6631604 A C - - - - - - 36 0 0 59 0 0 48 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.742062485 0.742062485 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 7040606 C A - - - - - - 36 0 0 62 0 0 39 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.150954058 1.150954058 1 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 7265890 T C - - - - - - 50 0 0 57 0 0 47 0 0 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 2.029313735 1.014656867 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 7810005 T G - - - - - - 51 0 0 75 0 0 45 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.446264639 1.446264639 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 10879008 A T - - - - - - 45 0 0 60 0 0 37 0 0 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.530044632 0.530044632 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11065543 T C - - - - - - 45 0 0 57 0 0 34 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.393260176 1.393260176 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11309887 T G - - - - - - 36 0 0 60 0 0 36 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.689058022 0.689058022 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11420798 T C - - - - - - 35 0 0 63 0 0 30 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.317539514 1.317539514 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 11799596 T A C20orf61 ENST00000427835 r.? - - intronic 22 0 0 47 0 0 31 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.431120507 1.431120507 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 12481779 C A - - - - - - 42 0 0 70 0 0 64 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.605765294 0.605765294 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13630382 G A - - - - - - 27 0 0 50 0 0 34 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.408404308 1.408404308 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13630383 C A - - - - - - 27 0 0 50 0 0 34 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.408404308 1.408404308 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 13634018 T G - - - - - - 47 0 0 51 0 0 49 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.67391389 0.67391389 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 15357902 A T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 28 0 0 61 0 0 62 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.22667472 1.22667472 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 17727910 T G - - - - - - 31 0 0 52 0 0 35 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.976309272 0.988154636 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 18779455 G A - - - - - - 39 0 0 68 0 0 31 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.007084801 1.007084801 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 18872302 G T - - - - - - 35 0 0 77 0 0 44 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.916220007 0.916220007 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 18875123 T G - - - - - - 42 0 0 51 0 0 41 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.704202154 0.704202154 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 19931962 G C RIN2 ENST00000255006 r.? - - intronic 45 0 0 66 0 0 47 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.779922816 0.779922816 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 22513905 T C - - - - - - 44 0 0 67 0 0 46 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.28725125 1.28725125 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 23002080 C A - - - - - - 34 0 0 46 0 0 39 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.264535051 1.264535051 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 23818100 G T - - - - - - 50 0 0 75 0 0 39 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.893503809 0.893503809 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 24133078 C A - - - - - - 33 0 0 65 1 1.5 43 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0.183248848 0.183248848 1 0 0 1 0.795066948 0.795066948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.278061424 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 24824939 C T - - - - - - 33 0 0 52 0 0 34 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 TRUE FALSE 5 4 4.404107518 3 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.181242323 1.181242323 1 1 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 29973161 G C DEFB119 CCDS13179.1 r.? - - intronic 20 0 0 62 0 0 35 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.658769757 0.658769757 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 12 80900384 C G PTPRQ ENST00000418574 r.2591c>g c.2591C>G p.S864C missense 41 0 0 69 0 0 55 0 0 41 7 17.1 132 0 0 87 0 0 167 0 0 104 19 18.3 TRUE FALSE 4.614282597 5 3 3 4 2 1 1 1 0.385717403 1 1 4 NA NA 1 NA NA 0.614282597 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.05472093 1.05472093 1 0 0 0 1 1.128736434 1.128736434 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 3.83E-24 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 20 35151380 G A DLGAP4 CCDS13274.1 r.? - - intronic 34 0 0 68 0 0 54 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.476552904 1.476552904 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 37478180 T C PPP1R16B CCDS13309.1 r.? - - intronic 28 0 0 55 0 0 34 0 0 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 2.188327124 0.910245115 2.404107518 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 38749031 A G - - - - - - 39 0 0 86 0 0 33 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4.404107518 2 2 2 2 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.325111581 1.325111581 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 41509972 G C PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 34 0 0 100 0 0 47 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.779922816 0.779922816 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 41960653 G C - - - - - - 22 0 0 52 0 0 43 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.817783147 0.817783147 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 42250965 G A IFT52 CCDS33470.1 r.? - - intronic 7 0 0 57 0 0 40 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.96922447 0.96922447 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 44156413 G A - - - - - - 40 0 0 70 0 0 42 0 0 39 15 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.523029634 4 4.404107518 4 2 2 2 2 2 0.476970366 1 0.595892482 4 NA 3 3 NA 2 0.523029634 NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 2.915245477 1.212610274 2.404107518 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.85E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 49207947 G A FAM65C CCDS13431.2 r.? - - intronic 52 0 0 54 0 0 47 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.12823786 1.12823786 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 50197660 G C - - - - - - 28 0 0 70 0 0 40 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.742062485 0.742062485 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 50691879 T A ZFP64 ENST00000371518 r.? - - intronic 36 0 0 73 0 0 38 0 0 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.537616698 0.537616698 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 51111982 C A - - - - - - 44 0 0 69 0 0 49 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.514413235 1.514413235 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 53507104 A C - - - - - - 51 0 0 54 0 0 48 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.605278029 1.605278029 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 57969548 C T - - - - - - 23 0 0 66 0 0 38 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.757206617 0.757206617 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 58712082 A T - - - - - - 43 0 0 73 0 0 32 0 0 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.643625625 0.643625625 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 58773361 C A - - - - - - 52 0 0 74 0 0 41 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.878359676 0.878359676 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59144660 G T ENSG00000237240 ENST00000456299 r.? - - intronic 40 0 0 59 0 0 36 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.113093728 1.113093728 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 59631037 G C - - - - - - 20 0 0 64 0 0 34 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 0.946508272 0.946508272 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 20 60720684 G A SS18L1 CCDS13491.1 r.? - - intronic 31 0 0 77 0 0 40 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4.404107518 3 2 2 3 2 2 1 1 0.595892482 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.404107518 0 0 1 0 0 1 1.393260176 1.393260176 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 10484388 G A - - - - - - 79 0 0 78 0 0 43 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.821705426 0.821705426 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 15923042 T C SAMSN1 CCDS42906.1 r.? - - upstream 41 0 0 64 0 0 31 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.61498708 0.61498708 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 17140337 G T USP25 CCDS33515.1 r.? - - intronic 43 0 0 74 0 0 26 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.971576227 0.971576227 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 24904818 G C - - - - - - 43 0 0 58 0 0 34 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 27509159 C G APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 35 0 0 67 0 0 53 1 1.9 87 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 NA 1 2 NA 1 1 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.095152305 0.095152305 1 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.233303855 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 27522632 C T APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 29 0 0 63 0 0 54 0 0 105 9 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 NA 1 2 NA 1 1 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 29266790 C T - - - - - - 49 0 0 60 0 0 69 0 0 159 7 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 16 3 5 15 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.843390181 0.843390181 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31189950 C G GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 51 0 0 67 0 0 60 0 0 148 61 41.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 0 0 1 3.583356392 1.015256538 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.75E-99 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 31239256 C G GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 40 0 0 85 0 0 53 0 0 141 93 66 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 10 5.529508314 3 8 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 0 0 1 5.740328201 1.626381833 3.529508314 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.05E-176 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 37620083 C G DOPEY2 CCDS13643.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 56 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 0 0 1 0.834956829 0.834956829 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 45042743 G A HSF2BP CCDS13697.1 r.? - - intronic 37 0 0 64 0 0 45 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 0 0 1 1.295922579 1.295922579 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 21 46303889 C G ITGB2 CCDS13716.1 r.? - - downstream 19 0 0 47 0 0 34 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5.529508314 2 2 3 1 2 2 1 1 0.470491686 NA NA 4 NA NA 2 NA NA 0.529508314 0 NA 0 0 0 1 1.087183371 1.087183371 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 17945129 G A CECR2 ENST00000400585 r.? - - intronic 30 0 0 62 0 0 36 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 3 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.727819121 0.727819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 20277590 A C - - - - - - 9 0 0 71 0 0 27 1 3.7 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.185296593 0.185296593 1 0.739018088 0.739018088 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 29467137 G A KREMEN1 CCDS43000.1 r.? - - upstream 9 0 0 32 0 0 23 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.981912145 0.981912145 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 32686786 G T - - - - - - 43 0 0 50 0 0 32 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 33069158 G A Z73979.2 CCDS11576.1 r.? - - intronic 42 0 0 70 0 0 37 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.718346253 0.718346253 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 34804064 T C - - - - - - 41 0 0 51 0 0 37 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.888888889 0.888888889 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 35161433 G T - - - - - - 37 0 0 60 0 0 27 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.992248062 0.992248062 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 35588936 C T - - - - - - 36 0 0 63 0 0 36 0 0 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.410852713 1.410852713 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 37043324 C T CACNG2 CCDS13931.1 r.? - - intronic 36 0 0 69 0 0 33 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 37928515 A C - - - - - - 22 0 0 60 1 1.7 38 2 5.3 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224682028 0.224682028 1 0.26542485 0.26542485 1 0.645994832 0.645994832 1 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.259739042 1 0.015598339 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 42137651 G T MEI1 CCDS46718.1 r.? - - intronic 27 0 0 63 0 0 37 0 0 17 5 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.519379845 1.519379845 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.84E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 42380118 T A Aug-99 CCDS14027.2 r.? - - intronic 43 0 0 67 0 0 37 0 0 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.291989664 1.291989664 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 43121900 G A - - - - - - 45 0 0 58 0 0 34 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.971576227 0.971576227 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 43814037 C T MPPED1 CCDS46723.1 r.? - - intronic 24 0 0 67 0 0 38 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.795865633 0.795865633 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 22 49159542 T G FAM19A5 ENST00000336769 r.? - - intronic 23 0 0 56 0 0 31 0 0 27 12 44.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 2 4 2 2 2 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.294573643 1.147286822 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 208758 G C - - - - - - 39 0 0 66 0 0 30 0 0 39 7 17.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 685217 A G - - - - - - 34 0 0 62 0 0 40 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.141072351 1.141072351 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 1243132 G T CNTN6 CCDS2557.1 r.? - - intronic 36 0 0 62 0 0 36 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 2708151 T A CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 45 0 0 56 0 0 37 0 0 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.740155039 0.740155039 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 3686542 C A - - - - - - 40 0 0 58 0 0 30 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.820338501 0.820338501 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 6844167 G A GRM7 ENST00000448328 r.? - - intronic 35 0 0 64 0 0 44 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925193798 0.925193798 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 7247325 G T GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 34 0 0 65 0 0 54 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 8968985 A T RAD18 CCDS2571.1 r.? - - intronic 27 0 0 61 0 0 37 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3 4 3 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.789498708 0.789498708 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 13963346 G A - - - - - - 36 0 0 69 1 1.4 65 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 0.199032258 0.199032258 1 0 NA 0 1.331377261 1.331377261 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.292392265 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 14317323 G T - - - - - - 16 0 0 59 0 0 75 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 14940705 C T FGD5 CCDS46767.1 r.? - - intronic 34 0 0 69 1 1.4 66 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 0.199032258 NA 0 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.292392265 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 15301500 C T SH3BP5 CCDS2625.2 r.? - - intronic 40 0 0 69 0 0 54 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.779810225 5 4 6 3 3 2 2 1 0.220189775 1 NA 6 NA NA 3 NA NA 0.779810225 NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 18913884 C A - - - - - - 43 0 0 69 0 0 38 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.980705426 0.980705426 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 19336829 G T KCNH8 CCDS2632.1 r.? - - intronic 40 0 0 60 0 0 44 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.974537468 0.974537468 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 21602066 C T ZNF385D CCDS2636.1 r.? - - intronic 14 0 0 67 1 1.5 39 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0.153248848 NA 0 0 0 1 1.159576227 1.159576227 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.285262761 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 22577882 T C - - - - - - 52 0 0 64 0 0 48 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 22686897 G T - - - - - - 33 0 0 53 0 0 38 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.832674419 0.832674419 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 24364919 G C THRB CCDS2641.1 r.? - - intronic 34 0 0 69 0 0 35 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.350782946 1.350782946 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 25490776 T A RARB CCDS2642.1 r.? - - intronic 20 0 0 70 0 0 36 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 27242871 C T NEK10 ENST00000396636 r.? - - intronic 53 0 0 52 0 0 55 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.801834625 0.801834625 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 27441972 G T SLC4A7 CCDS33721.1 r.? - - intronic 48 0 0 61 0 0 41 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.727819121 0.727819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 28826742 G A - - - - - - 25 0 0 61 0 0 38 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.986873385 0.986873385 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 29265974 C T - - - - - - 44 0 0 51 0 0 35 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.937529716 0.937529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 31146082 C G - - - - - - 32 0 0 49 0 0 42 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.264431525 1.264431525 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 34782484 C T - - - - - - 44 0 0 65 0 0 45 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.104064599 1.104064599 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 34996682 T C - - - - - - 45 0 0 68 0 0 37 0 0 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.998418605 0.999209302 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 35716570 C A ENSG00000172995 CCDS2661.1 r.? - - intronic 47 0 0 61 0 0 42 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 37116872 A C LRRFIP2 CCDS2664.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 0 0 50 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4.513489893 3 3 4 3 0 0 0 1 0.486510107 1 NA 5 NA NA 0 NA NA 0.513489893 NA 0 0 1 0 0 1 0.703147287 0.703147287 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 38288175 C T OXSR1 CCDS2675.1 r.? - - intronic 44 0 0 47 0 0 23 0 0 27 12 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 2.089893371 1.357947999 1.539008395 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 41276698 A G CTNNB1 CCDS2694.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 20 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 0.997877015 0.997877015 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 41735771 T G ULK4 CCDS43071.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 0 0 21 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 0.649561453 0.649561453 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 46215669 T A CCR3 CCDS2738.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 0 0 19 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 0.757821695 0.757821695 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 52610859 A T PBRM1 CCDS2859.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 0 0 18 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 0.786063498 0.786063498 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 58272419 G T ABHD6 CCDS2887.1 r.? - - intronic 35 0 0 30 0 0 15 0 0 16 5 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 1.46857372 1.46857372 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000013 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 60156195 A G FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 0 0 19 0 0 33 15 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 2.141670009 1.391590855 1.539008395 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 67984094 T A - - - - - - 35 0 0 49 0 0 22 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 1.030825784 1.030825784 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 73339459 C T AC103560.1 ENST00000509224 r.? - - intronic 26 0 0 39 0 0 21 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 1.346192577 1.346192577 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 74189136 T C - - - - - - 53 0 0 50 0 0 17 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 0.786063498 0.786063498 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 74247210 A G - - - - - - 46 0 0 46 0 0 25 0 0 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 1.412090116 1.412090116 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 74729141 C A - - - - - - 31 0 0 45 0 0 16 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 0.903737674 0.903737674 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 77041944 C A ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 31 0 0 50 0 0 19 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 1.299122906 1.299122906 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 78029244 C A - - - - - - 48 0 0 39 0 0 15 0 0 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 1.176741763 1.176741763 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 84179888 C T - - - - - - 42 0 0 58 0 0 19 0 0 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 1.567420028 1.567420028 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 84559480 T C - - - - - - 27 0 0 33 0 0 12 0 0 16 4 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 1.176741763 1.176741763 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 84581258 T A - - - - - - 37 0 0 49 0 0 16 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 0.786063498 0.786063498 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 86964924 C T - - - - - - 43 0 0 38 0 0 19 0 0 30 14 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 NA 0 2.198153613 1.428292152 1.539008395 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 87734415 A G - - - - - - 29 0 0 60 0 0 21 0 0 14 7 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 1.539008395 2 1 1 1 0 0 1 1 0.460991605 NA NA 2 NA NA 0 NA NA 0.539008395 0 0 1 0 0 1 2.353483526 1.52922072 1.539008395 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.6E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 94595593 C A - - - - - - 59 0 0 65 0 0 37 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.841299742 0.841299742 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 95599716 C T - - - - - - 40 0 0 69 0 0 33 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 95825586 G T - - - - - - 35 0 0 76 0 0 28 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 96643056 G T EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 0 0 30 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 96953110 C G EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 45 0 0 61 0 0 39 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97853252 A G OR5H1 CCDS33797.1 r.? - - downstream 47 0 0 67 0 0 51 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 97977464 C T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 32 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.470232558 1.470232558 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 102828617 C T - - - - - - 49 0 0 64 0 0 28 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.053666667 1.053666667 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 103367703 A C - - - - - - 41 0 0 63 0 0 37 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.988322997 0.988322997 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 103930262 G T - - - - - - 33 0 0 59 0 0 37 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.66977261 0.66977261 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 104697240 T A - - - - - - 34 0 0 62 0 0 31 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 107141954 G C - - - - - - 48 0 0 62 1 1.6 42 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.163465438 0.163465438 1 0 0 1 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.267123145 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 109068051 G T AC124945.1 ENST00000508178 r.? - - intronic 33 0 0 74 0 0 35 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 110786834 G T PVRL3 CCDS2957.1 r.? - - upstream 35 0 0 58 0 0 29 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.143514212 1.143514212 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 110909898 T G PVRL3 ENST00000493615 r.? - - intronic 39 0 0 53 0 0 29 0 0 44 5 11.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 111173149 G T - - - - - - 34 0 0 51 0 0 33 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 112582001 T A - - - - - - 52 0 0 60 0 0 40 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.841299742 0.841299742 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113900856 T A DRD3 CCDS2978.1 r.? - - upstream 44 0 0 70 0 0 32 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 113905426 A G DRD3 CCDS2978.1 r.? - - intronic 35 0 0 80 0 0 28 0 0 51 15 29.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.401379845 0.800459948 3 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.22E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 114575007 C A ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 43 0 0 62 0 0 31 0 0 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.903134367 1.903134367 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 114578782 T A ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 32 0 0 63 0 0 28 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.600919897 1.600919897 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 114677088 C T ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 34 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.143514212 1.143514212 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 114778018 G C ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 52 0 0 66 0 0 32 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 115380858 G A GAP43 CCDS46890.1 r.? - - intronic 39 0 0 45 0 0 40 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 116522726 C A LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 15 0 0 61 0 0 34 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 117046295 T C - - - - - - 48 0 0 68 0 0 31 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 117927049 C G - - - - - - 35 0 0 59 0 0 27 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118004248 G A - - - - - - 24 0 0 61 0 0 29 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 118118021 A C - - - - - - 50 0 0 50 0 0 46 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.628932817 0.628932817 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 120528765 A C - - - - - - 38 0 0 63 0 0 43 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 121651491 A T SLC15A2 CCDS3007.1 r.? - - intronic 34 0 0 65 0 0 27 0 0 43 4 9.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 124506016 G C ITGB5 CCDS3030.1 r.? - - intronic 50 0 0 69 0 0 26 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 125480532 G C - - - - - - 46 0 0 44 0 0 39 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 125973279 G C - - - - - - 54 0 0 69 0 0 31 0 0 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.295196382 1.147598191 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 126959618 G C - - - - - - 39 0 0 61 0 0 36 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 127551567 A T - - - - - - 36 0 0 67 0 0 44 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 127972397 C A EEFSEC CCDS33849.1 r.? - - intronic 39 0 0 64 0 0 30 0 0 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.694276486 0.694276486 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 132458417 G C - - - - - - 50 0 0 62 0 0 36 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 134358280 C T KY CCDS46920.1 r.? - - intronic 40 0 0 64 0 0 34 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.723439276 1.723439276 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 134642950 C A EPHB1 CCDS46921.1 r.? - - intronic 39 0 0 49 0 0 31 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 135962232 G A - - - - - - 37 0 0 49 0 0 24 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.429392765 1.429392765 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 137004833 A T - - - - - - 49 0 0 67 0 0 30 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 140191892 T G CLSTN2 CCDS3112.1 r.? - - intronic 36 0 0 66 0 0 37 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 140659358 C T SLC25A36 CCDS3114.1 r.? - - upstream 42 0 0 60 1 1.7 42 1 2.4 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.173682028 0.173682028 1 0.120192385 0.120192385 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.259739042 1 0.189842622 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 140699305 A G SLC25A36 CCDS3114.1 r.? - - downstream 36 0 0 51 6 11.8 36 8 22.2 48 25 52.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.205557604 1.205557604 1 1.111779559 1.111779559 1 4.25550646 1.418502153 3 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000232 1 1.04E-11 1 8.26E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 141714928 G A TFDP2 CCDS43159.1 r.? - - intronic 34 0 0 66 0 0 37 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 142242663 T C ATR CCDS3124.1 r.? - - intronic 48 0 0 55 0 0 36 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 143051143 A G SLC9A9 CCDS33872.1 r.? - - intronic 40 0 0 68 0 0 37 0 0 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.548403101 0.8494677 3 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 144189997 A G - - - - - - 45 0 0 58 0 0 31 0 0 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.24618863 1.123094315 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 145162049 C T - - - - - - 41 0 0 67 0 0 35 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 145266658 A G - - - - - - 39 0 0 52 0 0 40 1 2.5 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.125200401 0.125200401 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.181679879 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 147683560 T A - - - - - - 42 0 0 68 0 0 22 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 148038120 G T - - - - - - 50 0 0 63 0 0 25 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 149613855 G T RNF13 CCDS3146.1 r.? - - intronic 31 0 0 61 0 0 30 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.772447028 0.886223514 2 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 150421934 G T FAM194A CCDS3151.2 r.? - - upstream 15 0 0 52 0 0 25 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.462064599 1.462064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 153107418 C A - - - - - - 39 0 0 70 0 0 37 0 0 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.486568475 1.486568475 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 153636112 G T - - - - - - 45 0 0 69 0 0 35 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154140278 C G GPR149 CCDS43162.1 r.? - - intronic 47 0 0 63 0 0 38 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 154655928 A C - - - - - - 40 0 0 47 0 0 41 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.947483204 0.947483204 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 157122201 C A VEPH1 CCDS3179.1 r.? - - intronic 47 0 0 69 0 0 39 1 2.6 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.130208417 0.130208417 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.177567718 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 161963219 A G - - - - - - 50 0 0 52 0 0 35 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 162076513 C A - - - - - - 42 0 0 65 3 4.6 31 5 16.1 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.469963134 0.469963134 1 0.806290581 0.806290581 1 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.004333293 1 0.000000476 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 163957472 T C - - - - - - 44 0 0 57 0 0 27 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164002329 G A - - - - - - 50 0 0 57 0 0 33 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164485162 A C - - - - - - 40 1 2.5 59 0 0 26 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.813286822 1.813286822 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 0.181679879 1 1 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164527236 A C - - - - - - 33 0 0 59 0 0 41 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 164999935 T G - - - - - - 23 0 0 76 0 0 33 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 165735441 T G - - - - - - 31 0 0 60 0 0 33 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167505542 G A SERPINI1 CCDS3203.1 r.? - - intronic 35 0 0 73 0 0 29 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.437560724 1.437560724 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167620289 G A - - - - - - 40 0 0 77 0 0 26 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 167653826 T A - - - - - - 29 0 0 59 0 0 33 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 168118855 C A - - - - - - 29 0 0 54 0 0 31 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.135346253 1.135346253 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 169885196 G A PHC3 CCDS46952.1 r.? - - intronic 26 0 0 58 0 0 31 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 170376022 A G CLDN11 ENST00000486975 r.? - - intronic 44 0 0 57 0 0 48 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 171503025 C A PLD1 CCDS46957.1 r.? - - intronic 48 0 0 74 0 0 34 0 0 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.164509044 1.082254522 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 173041750 C G - - - - - - 42 0 0 57 0 0 37 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.192521964 1.192521964 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 174031355 A C - - - - - - 41 0 0 60 0 0 39 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.543744186 1.543744186 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 174501932 C G NAALADL2 ENST00000434257 r.? - - intronic 53 0 0 59 0 0 37 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 177204768 G A - - - - - - 41 0 0 67 0 0 27 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 177647897 C T - - - - - - 45 0 0 64 0 0 33 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 184244220 A T EIF2B5 ENST00000444495 r.? - - intronic 30 0 0 64 0 0 36 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 184463108 T G - - - - - - 31 0 0 47 0 0 35 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 184689818 C T VPS8 CCDS46971.1 r.? - - intronic 20 0 0 53 0 0 34 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 187346155 G C - - - - - - 32 0 0 60 0 0 41 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 190652816 A C - - - - - - 14 0 0 42 0 0 45 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.254356589 1.127178295 2 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 191212548 C T - - - - - - 55 0 0 62 0 0 23 0 0 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.707103359 1.707103359 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 193006299 T G ATP13A5 CCDS33914.1 r.? - - intronic 41 0 0 58 0 0 37 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.306873385 1.306873385 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 197614650 T G IQCG CCDS3331.1 r.? - - downstream 11 0 0 50 1 2 41 2 4.9 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.204331797 0.204331797 1 0.245392786 0.245392786 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.221687443 1 0.018015855 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 3 197824663 T A - - - - - - 27 0 0 51 0 0 39 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.282369509 1.282369509 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 7564313 T C SORCS2 CCDS47008.1 r.? - - intronic 40 0 0 65 0 0 20 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.666666667 0.666666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 15459982 G T - - - - - - 41 0 0 44 3 6.8 13 3 23.1 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.677194931 0.677194931 1 0.925851703 0.925851703 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000344 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 16807007 G C LDB2 CCDS3420.1 r.? - - intronic 51 0 0 50 0 0 25 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 19419071 C A - - - - - - 29 0 0 58 0 0 30 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.095607235 1.095607235 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 19865733 G C - - - - - - 38 0 0 53 0 0 27 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.80620155 0.80620155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 21444775 G A KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 43 0 0 56 0 0 23 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 21975734 G T - - - - - - 32 0 0 71 0 0 23 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 22103688 C A - - - - - - 56 0 0 61 0 0 26 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.764857881 0.764857881 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 25585662 T G - - - - - - 30 0 0 52 0 0 24 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.625322997 0.625322997 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 26781532 G C - - - - - - 51 0 0 58 1 1.7 16 2 12.5 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.169298733 NA 0 0.501002004 0.501002004 1 0.88372093 0.88372093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.252280541 1 0.002863359 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 27099269 C T - - - - - - 23 0 0 48 3 6.2 19 4 21.1 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.617442437 0.617442437 1 0.845691383 0.845691383 1 1.090439276 1.090439276 1 0 NA NA 0 5.167958656 5.167958656 1 6 NA 1 1 0.001827434 1 0.00000228 1 0.00000228 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 27372018 T G - - - - - - 39 0 0 49 0 0 17 2 11.8 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0.472945892 0.472945892 1 1.074935401 1.074935401 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 29792588 T A - - - - - - 54 0 0 65 0 0 23 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.558139535 0.558139535 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 30157471 C A ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 49 0 0 60 0 0 33 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.826873385 0.826873385 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 30213182 A G ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 46 0 0 59 0 0 26 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 31267285 G C - - - - - - 49 0 0 54 0 0 23 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 34896622 G A - - - - - - 27 0 0 65 0 0 33 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.245478036 1.245478036 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 35151605 T C - - - - - - 30 0 0 51 0 0 31 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.666666667 0.666666667 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 35396296 A C - - - - - - 46 0 0 60 0 0 34 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 35868247 A G - - - - - - 61 0 0 52 0 0 31 0 0 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.19379845 1.19379845 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 36472118 G C - - - - - - 47 0 0 55 0 0 29 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.573643411 0.573643411 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 36975946 T C - - - - - - 38 0 0 39 3 7.7 27 2 7.4 20 6 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0.766823672 0.766823672 1 0.296593186 0.296593186 1 1.550387597 1.550387597 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.00807567 1 5.7E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 44717982 A G GNPDA2 CCDS3469.1 r.? - - intronic 43 0 0 70 0 0 28 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 45964503 C T - - - - - - 34 0 0 54 0 0 37 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.888888889 0.888888889 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 45975288 A G - - - - - - 40 0 0 70 0 0 20 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.785529716 0.785529716 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 47376844 A C GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 50 0 0 73 0 0 25 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 47767795 C A CORIN CCDS3477.1 r.? - - intronic 45 0 0 51 0 0 33 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.742159126 2 2 2 1 1 0 1 1 0.257840874 1 1 2 NA NA 1 NA NA 0.742159126 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.105943152 1.105943152 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 54063532 A G SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 28 0 0 54 0 0 43 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.859791218 0.859791218 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 57255551 C G PPAT CCDS3505.1 r.? - - downstream 48 0 0 46 0 0 31 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.916039241 0.916039241 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 58637081 G A - - - - - - 45 0 0 63 0 0 19 0 0 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 0 1 0 0 1 3.632015237 0.908003809 4 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60079862 T C - - - - - - 41 0 0 62 0 0 38 0 0 51 25 49 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 3.937361651 0.984340413 4 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.52E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60669172 G C - - - - - - 43 0 0 53 0 0 41 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 0 1 0 0 1 1.124960472 1.124960472 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 60974388 C G - - - - - - 59 0 0 64 0 0 36 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 0 1 0 0 1 1.671369843 1.671369843 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 61524191 G A - - - - - - 16 0 0 63 0 0 32 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.867473284 2 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 0 1 0 0 1 0.956216401 0.956216401 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 62319960 G T LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 43 0 0 42 0 0 32 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.124960472 1.124960472 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 62349605 A G LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 29 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.430306885 1.430306885 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 62605376 T C LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 37 0 0 65 0 0 34 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.835684922 0.835684922 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63320090 C A - - - - - - 42 0 0 56 0 0 44 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.980322697 0.980322697 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63437645 C A - - - - - - 11 0 0 49 0 0 23 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.341917134 1.341917134 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 63979480 A C - - - - - - 39 0 0 43 0 0 38 0 0 49 18 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 2.949003522 0.983001174 3 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.8E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 64060978 C T - - - - - - 39 0 0 49 0 0 34 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.763366034 0.763366034 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 64135420 G A - - - - - - 16 0 0 34 0 0 14 0 0 46 35 76.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 6.114963706 1.528740927 4 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.68E-71 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 64527707 T C - - - - - - 42 0 0 57 0 0 39 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.108889608 1.108889608 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 64780717 T A - - - - - - 31 0 0 47 0 0 40 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.924074673 0.924074673 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 64924922 T C - - - - - - 44 0 0 49 0 0 39 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.74729517 0.74729517 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 65052845 A G - - - - - - 46 0 0 59 0 0 22 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.189243927 1.189243927 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66112498 G C - - - - - - 45 0 0 46 0 0 28 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.924074673 0.924074673 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66682727 G C - - - - - - 41 0 0 62 0 0 29 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.221385655 1.221385655 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 66979241 A T - - - - - - 33 0 0 50 0 0 32 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.084783312 1.084783312 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67121289 G C - - - - - - 31 0 0 46 0 0 45 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.875862081 0.875862081 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67134983 G A - - - - - - 41 0 0 62 0 0 32 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.610692827 0.610692827 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67423454 T A - - - - - - 34 0 0 56 0 0 32 0 0 70 5 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.570515668 0.570515668 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67871092 C T - - - - - - 40 0 0 48 0 0 28 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.253527383 1.253527383 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 67871388 C T - - - - - - 50 0 0 70 0 0 39 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.518696637 1.518696637 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68518366 A C UBA6 CCDS3516.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 0 0 27 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.968680825 0.984340413 2 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68518520 A G UBA6 CCDS3516.1 r.? - - intronic 10 0 0 55 0 0 39 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.309775406 1.309775406 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68520444 A C UBA6 CCDS3516.1 r.? - - intronic 44 0 0 61 0 0 38 0 0 43 14 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 2.619550812 0.873183604 3 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68893496 G T - - - - - - 46 0 0 61 0 0 33 0 0 49 21 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 3.447200302 1.1004536 3.132526716 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68922238 G C TMPRSS11F CCDS3520.1 r.? - - intronic 46 0 0 68 0 0 32 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 1.028535288 1.028535288 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 68975574 T C TMPRSS11F CCDS3520.1 r.? - - intronic 48 0 0 48 4 8.3 34 3 8.8 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0.764976959 0.764976959 1 0.440705411 0.440705411 1 2.426700446 1.137946093 2.132526716 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000102016 1 0.000666058 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 69482176 T G - - - - - - 22 0 0 50 0 0 35 0 0 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.602657395 0.602657395 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 70113905 C A - - - - - - 50 0 0 49 0 0 36 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.78747233 0.78747233 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 70197381 G T UGT2B28 ENST00000381079 r.? - - intronic 44 0 0 58 0 0 27 0 0 44 22 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 4.01771597 1.004428992 4 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.51E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 17 42742806 G A C17orf104 CCDS45703.1 r.414g>a c.414G>A p.V138V silent 41 0 0 63 0 0 29 0 0 31 5 16.1 159 1 0.6 54 0 0 115 2 1.7 107 8 7.5 TRUE FALSE 2 2 2.251044417 2 2 2 0 0 0 1 1 0.748955583 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.251044417 0 0 1 0 0 1 0.872459495 0.872459495 1 0 0.068136273 NA 0 0.40642523 0.40642523 1 1 NA 1 0.549318388 1 1 1 0.113393609 0.000000476 0.000000082 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 4 70601840 G A SULT1B1 CCDS3530.1 r.? - - intronic 51 0 0 66 0 0 43 0 0 38 15 39.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 3.173995616 1.013238163 3.132526716 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 71042262 A C - - - - - - 31 0 0 49 0 0 35 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.932110105 0.932110105 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 72698442 T A - - - - - - 25 0 0 65 0 0 20 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.867473284 1 2 4 1 1 0 1 1 0.132526716 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.867473284 0 NA 0 0 0 1 0.851755786 0.851755786 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 73298365 G T ADAMTS3 CCDS3553.1 r.? - - intronic 45 0 0 47 0 0 42 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.789498708 0.789498708 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 75683174 A T BTC CCDS3566.1 r.? - - intronic 38 0 0 63 0 0 39 0 0 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 2.000596931 1.000298465 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 76251268 C A - - - - - - 38 0 0 68 0 0 36 0 0 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.921833272 0.960916636 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 78218952 C G - - - - - - 39 0 0 56 0 0 39 0 0 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 2.866997177 0.955665726 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 78423110 G T - - - - - - 34 0 0 51 0 0 46 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.08693849 1.08693849 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 78959886 A T - - - - - - 40 0 0 54 0 0 37 0 0 28 14 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 3.938182935 1.061960758 3.708407213 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.29E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79281218 G C FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 34 0 0 56 0 0 39 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 0.81914205 0.81914205 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79281590 G T FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 38 0 0 41 0 0 31 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.748553223 1.023499087 1.708407213 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79282166 G C FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 38 0 0 54 0 0 40 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.575273174 1.575273174 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79282392 G T FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 37 0 0 48 0 0 37 0 0 42 15 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 2.811862615 1.038197876 2.708407213 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 79401585 G A FRAS1 ENST00000264895 r.? - - intronic 30 0 0 44 0 0 22 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 0.945163904 0.945163904 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 81237325 A T - - - - - - 42 0 0 51 0 0 41 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 0.677367465 0.677367465 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 81581553 A C C4orf22 CCDS3587.1 r.? - - intronic 47 0 0 47 0 0 25 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.244465807 1.244465807 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 83204862 G A - - - - - - 36 0 0 60 0 0 36 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 4.708407213 1 2 3 1 1 1 1 1 0.291592787 NA NA 4 NA NA 1 NA NA 0.708407213 0 NA 0 0 0 1 1.016051197 1.016051197 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 85507750 C T CDS1 CCDS3608.1 r.? - - intronic 16 0 0 37 0 0 38 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 87006864 C G MAPK10 CCDS3612.1 r.? - - intronic 34 0 0 59 0 0 32 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.616795866 0.616795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 89038900 G A ABCG2 CCDS3628.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 0 0 33 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.616795866 0.616795866 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91106662 G C FAM190A ENST00000509176 r.? - - intronic 45 0 0 57 0 0 49 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91107038 G C FAM190A ENST00000509176 r.? - - intronic 45 0 0 53 0 0 33 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 91121050 G A FAM190A ENST00000509176 r.? - - intronic 43 0 0 51 0 0 32 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.469431525 1.469431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 92855311 C T - - - - - - 45 0 0 56 0 0 24 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.85298708 0.85298708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 93442558 G A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 35 0 0 64 0 0 26 0 0 57 22 38.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.766832041 0.922277347 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.03E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 93756445 A T GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 44 0 0 63 0 0 27 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 96504655 C T - - - - - - 39 0 0 67 0 0 35 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.003514212 1.003514212 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 99641750 C T - - - - - - 48 0 0 58 0 0 33 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.11820155 1.11820155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100136970 T G ADH6 CCDS43255.1 r.? - - intronic 48 0 0 69 0 0 48 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.731131783 0.731131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100688880 G A - - - - - - 36 0 0 70 0 0 25 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.824315245 0.824315245 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100742503 C G DAPP1 ENST00000296414 r.? - - intronic 47 0 0 71 0 0 33 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.652284238 0.652284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 100762466 G C DAPP1 ENST00000296414 r.? - - intronic 42 0 0 61 0 0 29 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 4 1 2 3 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.774139535 0.774139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 102367576 C G BANK1 ENST00000504592 r.? - - intronic 30 0 0 75 0 0 34 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 102808054 G A BANK1 CCDS34038.1 r.? - - intronic 38 0 0 43 0 0 41 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.661498708 0.661498708 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 103893374 T G NHEDC1 CCDS34041.1 r.? - - intronic 39 0 0 57 0 0 40 1 2.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.125200401 0.125200401 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.181679879 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 107060961 T G TBCK CCDS3673.1 r.? - - intronic 48 0 0 56 0 0 34 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.713178295 0.713178295 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 111275714 C T - - - - - - 42 0 0 61 0 0 32 0 0 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.204134367 1.204134367 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 111380689 A G - - - - - - 40 0 0 49 0 0 35 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.609819121 0.609819121 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 112707589 G T - - - - - - 39 0 0 53 0 0 30 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.754521964 0.754521964 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 115478751 T G - - - - - - 59 0 0 65 0 0 43 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.950904393 0.950904393 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 116120066 T A - - - - - - 40 0 0 78 0 0 47 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 116201144 A C - - - - - - 36 0 0 67 0 0 32 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 125625521 C A ANKRD50 CCDS34060.1 r.? - - intronic 54 0 0 55 5 9.1 29 3 10.3 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747709677 0.747709677 1 0.515825651 0.515825651 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000883 1 0.000414371 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 129661799 G T - - - - - - 37 0 0 48 0 0 25 1 4 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.200320641 0.200320641 1 1.131782946 1.131782946 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130432938 T A - - - - - - 34 0 0 61 0 0 33 0 0 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.390180879 1.390180879 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130513049 A G - - - - - - 44 0 0 50 0 0 27 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 130861282 G C - - - - - - 31 0 0 51 2 3.9 29 3 10.3 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.320447005 0.320447005 1 0.515825651 0.515825651 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.027109304 1 0.000414371 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 131416576 G T - - - - - - 34 0 0 64 5 7.8 21 3 14.3 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.640894009 0.640894009 1 0.716146293 0.716146293 1 1.002583979 1.002583979 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000186 1 0.000155401 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 134254306 G T - - - - - - 48 0 0 53 0 0 34 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 135473304 C T - - - - - - 45 0 0 58 0 0 34 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 136504424 G T - - - - - - 31 0 0 49 0 0 26 0 0 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.240310078 1.240310078 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 136699429 A T - - - - - - 44 0 0 52 0 0 42 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.033591731 1.033591731 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 138920439 A C - - - - - - 41 0 0 71 0 0 38 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.625322997 0.625322997 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 142148208 A T ZNF330 CCDS3754.1 r.? - - intronic 44 0 0 50 0 0 31 0 0 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 143407887 A C INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 41 0 0 66 0 0 35 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.795865633 0.795865633 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 144221298 A C - - - - - - 42 0 0 51 0 0 27 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 149844466 A C - - - - - - 37 0 0 57 0 0 34 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 149844467 G T - - - - - - 38 0 0 59 0 0 33 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.88372093 0.88372093 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 150494378 A T - - - - - - 47 0 0 51 0 0 25 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.909560724 0.909560724 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 152089460 G A SH3D19 CCDS47144.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 0 0 44 0 0 28 10 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.84496124 1.84496124 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 153006238 C A - - - - - - 40 0 0 69 0 0 37 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.764857881 0.764857881 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 160195554 T G RAPGEF2 CCDS43277.1 r.? - - intronic 55 0 0 57 0 0 40 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.992248062 0.992248062 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 161729727 G A - - - - - - 35 0 0 59 4 6.8 24 1 4.2 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.558728111 0.558728111 1 0.210336673 0.210336673 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00022841 1 0.113346489 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 161733614 G A - - - - - - 49 0 0 64 0 0 30 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.826873385 0.826873385 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 163845253 G T - - - - - - 36 0 0 66 0 0 47 0 0 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.074935401 1.074935401 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 164347783 C A - - - - - - 36 0 0 53 0 0 27 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 164458218 A G Feb-97 CCDS3806.1 r.? - - intronic 48 0 0 53 0 0 37 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.702842377 0.702842377 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 165001656 C T Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 40 0 0 41 0 0 36 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.291989664 1.291989664 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 165129000 C A Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 16 0 0 71 0 0 26 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.167958656 1.167958656 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 165251661 A C Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 55 0 0 56 0 0 43 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.059431525 1.059431525 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 168869875 G C - - - - - - 37 0 0 60 0 0 41 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 171349172 A G - - - - - - 37 0 0 61 0 0 20 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.759689922 0.759689922 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 174517684 C G - - - - - - 20 0 0 69 0 0 41 0 0 25 9 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.860465116 1.860465116 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.71E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 174805562 G T - - - - - - 41 0 0 66 0 0 31 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.105943152 1.105943152 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 175400516 G T - - - - - - 28 0 0 54 0 0 31 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.88372093 0.88372093 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181344238 A T - - - - - - 47 0 0 49 0 0 35 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.661498708 0.661498708 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 181682466 G T - - - - - - 47 0 0 55 0 0 36 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182021988 G T - - - - - - 40 0 0 69 0 0 29 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.506459948 0.506459948 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182205968 T G - - - - - - 45 0 0 47 0 0 21 0 0 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.594315245 0.594315245 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182837900 C T - - - - - - 12 0 0 66 0 0 22 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.899224806 0.899224806 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 182860539 T C - - - - - - 36 0 0 58 0 0 23 0 0 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.509043928 1.509043928 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 4 186074137 G T - - - - - - 39 0 0 65 0 0 44 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 2 1 2 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.064599483 1.064599483 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 545683 C T - - - - - - 7 0 0 69 0 0 33 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 3542833 G T ENSG00000224512 ENST00000432338 r.? - - intronic 21 0 0 71 0 0 36 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.832674419 0.832674419 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 6060548 A G - - - - - - 19 0 0 68 0 0 36 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.912857881 0.912857881 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 7151080 T C - - - - - - 35 0 0 48 0 0 41 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.276767442 1.276767442 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 9367922 G T SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 29 0 0 78 0 0 47 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 10604251 G T ANKRD33B CCDS47191.1 r.? - - intronic 12 0 0 67 0 0 35 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.912857881 0.912857881 1 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 12292295 C G - - - - - - 39 0 0 73 0 0 54 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.752490956 0.752490956 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 13220809 A C - - - - - - 41 1 2.4 66 0 0 50 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 0.18577148 1 1 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 13481601 C T - - - - - - 42 0 0 71 0 0 47 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393958656 1.393958656 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 13790931 G A DNAH5 CCDS3882.1 r.? - - intronic 55 0 0 78 0 0 36 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.814170543 0.814170543 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 14796036 C G ANKH CCDS3885.1 r.? - - intronic 41 0 0 70 0 0 44 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.703147287 0.703147287 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 15312828 C A - - - - - - 33 0 0 79 0 0 46 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.857346253 0.857346253 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 15660757 G A FBXL7 ENST00000504595 r.? - - intronic 37 0 0 62 0 0 34 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.974537468 0.974537468 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 16038436 G T - - - - - - 37 0 0 70 0 0 42 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.752490956 0.752490956 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 18225130 T C - - - - - - 29 0 0 62 0 0 41 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.857346253 0.857346253 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 19350420 C G - - - - - - 48 0 0 64 0 0 37 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.820338501 0.820338501 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 21885325 T C CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 39 0 0 69 0 0 33 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 24252356 G T - - - - - - 39 0 0 59 0 0 35 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 24715771 G T - - - - - - 38 0 0 65 0 0 31 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.103865633 1.103865633 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25109114 A C AC106810.1 ENST00000515097 r.? - - intronic 35 0 0 60 0 0 45 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25323996 A G - - - - - - 41 0 0 60 0 0 38 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 25684279 G A - - - - - - 45 0 0 65 0 0 32 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 26032810 C T - - - - - - 18 0 0 57 0 0 42 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.967674419 0.967674419 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 27714578 C G - - - - - - 44 0 0 57 0 0 48 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.594940568 0.594940568 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 28208074 A G - - - - - - 46 0 0 56 0 0 39 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 28453039 C G - - - - - - 35 0 0 79 0 0 39 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.340155039 1.340155039 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29244795 C A - - - - - - 45 0 0 69 0 0 34 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.150299742 1.150299742 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29416885 G T - - - - - - 28 0 0 62 0 0 42 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.016284238 1.016284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29698472 A T - - - - - - 48 0 0 65 0 0 33 0 0 75 4 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.591901809 0.591901809 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29825996 C A - - - - - - 38 0 0 78 1 1.3 43 1 2.3 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.145815668 0.145815668 1 0.138184369 0.138184369 1 1.016284238 1.016284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.323605141 1 0.193893409 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 29853199 T G - - - - - - 50 0 0 61 0 0 38 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.351322997 1.351322997 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30027911 T C - - - - - - 22 0 0 64 0 0 46 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.060956072 1.060956072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30099534 T A - - - - - - 32 0 0 65 0 0 55 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.982780362 0.982780362 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30430110 C A - - - - - - 39 0 0 65 0 0 50 0 0 99 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.681245478 0.681245478 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30832299 A C - - - - - - 37 0 0 59 0 0 47 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.005116279 1.005116279 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30954558 A C - - - - - - 14 0 0 54 0 0 27 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.217307494 1.217307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 30993368 T A - - - - - - 47 0 0 63 0 0 60 0 0 94 47 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 8 2 2 6 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 5.583979328 0.930663221 6 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.17E-82 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 33133761 T G - - - - - - 44 0 0 68 0 0 35 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34924290 G T BRIX1 CCDS34143.1 r.? - - intronic 51 0 0 64 0 0 47 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 34958019 C G DNAJC21 CCDS3907.2 r.5158c>g c.? p.? 3'UTR variant 47 0 0 76 0 0 42 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.833131783 0.833131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38126603 A C - - - - - - 34 0 0 63 0 0 48 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 38544456 A G LIFR CCDS3927.1 r.? - - intronic 33 0 0 58 0 0 41 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 40971268 C A C7 CCDS47201.1 r.? - - intronic 42 0 0 56 0 0 38 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 41899063 T A - - - - - - 46 0 0 65 0 0 44 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.21702584 1.21702584 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 42226637 G A - - - - - - 55 0 0 75 0 0 35 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 42625431 T G GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 34 0 0 82 0 0 50 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 43955022 C G - - - - - - 49 0 0 68 0 0 42 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 44192299 T G - - - - - - 63 0 0 53 0 0 34 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 46135708 C A - - - - - - 44 0 0 52 0 0 53 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 2 2 3 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.710612403 0.710612403 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 51259755 C T - - - - - - 43 0 0 54 0 0 30 0 0 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.041989664 1.041989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 54369193 A C - - - - - - 39 0 0 54 0 0 30 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.733560724 0.733560724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 54839345 G A - - - - - - 13 0 0 37 0 0 24 0 0 17 5 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225379845 1.225379845 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.84E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 58007332 G C RAB3C CCDS3976.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 0 0 19 0 0 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.137852713 1.137852713 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 63386577 G A - - - - - - 48 0 0 71 0 0 29 1 3.4 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.136272545 0.136272545 1 0.758568475 0.758568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.135292269 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 71779112 T C ZNF366 CCDS4015.1 r.? - - intronic 53 0 0 58 0 0 31 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.696049096 0.696049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73249069 C T - - - - - - 22 0 0 50 0 0 36 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.608521964 0.608521964 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73371859 G T - - - - - - 39 0 0 53 0 0 27 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.733560724 0.733560724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73856822 T A - - - - - - 37 0 0 72 0 0 45 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.508490956 0.508490956 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73881157 T C - - - - - - 25 0 0 64 0 0 27 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.462643411 0.462643411 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73996876 T A HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 36 0 0 63 5 7.9 37 9 24.3 45 24 53.3 1 0 0 3 0 0 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807110599 0.807110599 1 1.216947896 1.216947896 1 2.221521964 2.221521964 1 1 0 0 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.0000173 1 2.14E-13 1 2.03E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 73997087 C A HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 39 1 2.6 57 7 12.3 30 6 20 48 21 43.8 107 0 0 57 0 0 72 10 13.9 70 29 41.4 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.256640553 1.256640553 1 1.001603206 1.001603206 1 1.825565891 1.825565891 1 1 0.696114228 0.696114228 1 1.725534884 1.725534884 1 6 5 0.177567718 1 1.66E-08 1 8.37E-09 3.95E-12 9.35E-36 6.18E-48 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 73997175 C G HEXB CCDS4022.1 r.? - - intronic 46 0 0 61 7 11.5 29 7 24.1 59 28 47.5 160 0 0 63 0 0 93 18 19.4 128 48 37.5 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 1 1 1 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174907834 1.174907834 1 1.206931864 1.206931864 1 1.979780362 1.979780362 1 1 0.97155511 0.97155511 1 1.562984496 1.562984496 1 6 5 1 1 2.69E-08 1 1.11E-10 1.95E-23 1.77E-48 1.04E-75 YES 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 5 81185396 G C - - - - - - 32 0 0 58 0 0 24 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.970385919 0.970385919 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 84647103 G A - - - - - - 46 0 0 67 0 0 32 0 0 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.394232642 1.394232642 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 86897397 G A - - - - - - 21 0 0 64 0 0 37 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.070770669 1.070770669 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 87628703 T C - - - - - - 30 0 0 73 5 6.8 36 9 25 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.694728111 0.694728111 1 1.252004008 1.252004008 1 0.697116321 0.697116321 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000354 1 1.63E-13 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 90038092 C T GPR98 CCDS47246.1 r.? - - intronic 49 0 0 72 0 0 31 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.697116321 0.697116321 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 90303979 A G GPR98 CCDS47246.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 0 0 36 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.858847307 0.858847307 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 90624457 A T - - - - - - 39 0 0 60 0 0 35 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.507500682 0.507500682 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 91686620 G A - - - - - - 46 0 0 65 0 0 29 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.394232642 1.394232642 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 92123452 C T - - - - - - 39 0 0 55 0 0 40 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.98153978 0.98153978 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 92832346 C T - - - - - - 47 0 0 53 0 0 31 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.98153978 0.98153978 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 94086415 A G MCTP1 CCDS47247.1 r.? - - intronic 34 0 0 78 0 0 43 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.797501071 0.797501071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 96787372 A C - - - - - - 40 0 0 56 0 0 44 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.635770085 0.635770085 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 99011356 A T - - - - - - 49 0 0 56 0 0 25 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.048462947 1.048462947 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 99487006 C G - - - - - - 51 0 0 56 0 0 29 0 0 26 9 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.929617976 1.369521962 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 99578843 T C - - - - - - 33 0 0 63 0 0 44 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.054039877 1.054039877 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 100153514 A G ST8SIA4 CCDS4091.1 r.? - - intronic 46 0 0 70 0 0 43 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.819808793 0.819808793 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 101007388 C T - - - - - - 48 0 0 61 0 0 32 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.680385529 0.680385529 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 103426353 T G - - - - - - 42 0 0 52 0 0 36 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.574423848 0.574423848 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 104733204 C A - - - - - - 39 0 0 60 0 0 38 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.825385724 0.825385724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 104942264 G T - - - - - - 40 0 0 74 0 0 39 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.641347015 0.641347015 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 107242945 G A FBXL17 ENST00000359660 r.? - - intronic 38 0 0 60 0 0 29 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.026155224 1.026155224 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 110428843 C G WDR36 CCDS4102.1 r.? - - intronic 49 0 0 64 0 0 31 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.970385919 0.970385919 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 111338318 A C - - - - - - 48 0 0 62 0 0 31 0 0 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.634040656 1.159739696 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 111879287 G T - - - - - - 46 0 0 56 0 0 43 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.725000974 0.725000974 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 116003100 T C - - - - - - 37 0 0 62 0 0 43 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.031732155 1.031732155 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 117180553 G C - - - - - - 42 0 0 50 0 0 35 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.719424043 0.719424043 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 123012518 G T - - - - - - 29 0 0 60 0 0 41 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.658077807 0.658077807 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 125172864 A T - - - - - - 41 0 0 60 0 0 41 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.998270572 0.998270572 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 125850318 G T - - - - - - 41 0 0 57 0 0 36 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.635770085 0.635770085 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 130130192 T C - - - - - - 53 0 0 51 0 0 39 0 0 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.56711749 1.56711749 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 138486624 G A SIL1 CCDS4209.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 0 0 29 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.847693446 0.847693446 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 144382197 A G - - - - - - 55 0 0 41 0 0 34 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.797501071 0.797501071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 147467737 C A SPINK5 CCDS47300.1 r.? - - intronic 42 0 0 58 0 0 33 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.635770085 0.635770085 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 151790149 T C - - - - - - 41 0 0 59 0 0 33 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.931347405 0.931347405 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 151884538 G T - - - - - - 51 0 0 52 0 0 38 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.08192453 1.08192453 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 152435440 T C - - - - - - 39 0 0 65 0 0 42 0 0 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.806925504 1.282442531 1.408971912 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 154580071 A C - - - - - - 21 0 0 47 0 0 27 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.825385724 0.825385724 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 158960497 G T - - - - - - 39 0 0 61 0 0 38 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.015001363 1.015001363 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 159148615 G C - - - - - - 45 0 0 59 0 0 26 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.310578683 1.310578683 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 162103539 A T - - - - - - 43 0 0 60 0 0 38 0 0 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.394232642 1.394232642 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 162452347 C A - - - - - - 40 0 0 59 1 1.7 36 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0.173682028 0.173682028 1 0 0 1 0.98153978 0.98153978 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.256019138 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 163529885 T C - - - - - - 28 0 0 66 0 0 38 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.741731766 0.741731766 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 163707164 T C - - - - - - 45 0 0 72 0 0 41 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.797501071 0.797501071 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 165202573 C T - - - - - - 37 0 0 40 0 0 27 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.892308891 0.892308891 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 169192883 C T DOCK2 CCDS4371.1 r.? - - intronic 51 0 0 49 0 0 32 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 1.539232837 1.539232837 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 169755502 G T AC034199.1 ENST00000436248 r.? - - upstream 44 0 0 61 0 0 22 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.959232058 0.959232058 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 172943239 A G - - - - - - 42 0 0 61 0 0 23 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.752885627 0.752885627 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175016577 G A - - - - - - 36 0 0 49 0 0 25 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.892308891 0.892308891 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 5 175861840 A T - - - - - - 24 0 0 66 0 0 37 0 0 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2.408971912 2 2 1 1 1 1 1 1 0.591028088 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.408971912 0 0 1 0 0 1 0.725000974 0.725000974 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 1814420 G A GMDS CCDS4474.1 r.? - - intronic 33 0 0 59 0 0 26 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.247224806 1.247224806 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 2718226 C A MYLK4 CCDS34330.1 r.? - - intronic 9 0 0 43 0 0 23 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.619958656 1.619958656 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 7973867 A T - - - - - - 32 0 0 61 0 0 25 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.845819121 0.845819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 10032470 C T OFCC1 ENST00000485268 r.? - - intronic 39 0 0 60 0 0 30 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.275896641 1.275896641 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 10946252 C G SYCP2L CCDS43423.1 r.? - - intronic 44 0 0 55 0 0 29 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.469431525 1.469431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 12015728 A C HIVEP1 CCDS43426.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 0 0 25 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.673788114 0.673788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 13753256 T C - - - - - - 28 0 0 57 0 0 24 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.361912145 1.361912145 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 15369800 A G JARID2 CCDS4533.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 0 0 27 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139705426 1.139705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 17782149 C T KIF13A CCDS47380.1 r.? - - intronic 13 0 0 42 0 0 36 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.874490956 0.874490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 18811531 A G - - - - - - 39 0 0 51 0 0 24 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 22600193 C A - - - - - - 45 0 0 59 0 0 35 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.791989664 0.895994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 22725001 C A - - - - - - 47 0 0 52 0 0 30 0 0 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.834997416 0.917498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 24147359 C T NRSN1 CCDS4549.1 r.2074c>u c.? p.? 3'UTR variant 33 0 0 54 0 0 23 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.662966408 0.831483204 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 27250721 T C POM121L2 ENST00000429945 r.? - - downstream 50 0 0 56 0 0 28 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 3 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.759803618 0.759803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 27956737 T G - - - - - - 52 0 0 46 0 0 22 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 28185432 G A - - - - - - 21 0 0 48 0 0 32 0 0 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.393211886 1.196605943 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 29133062 T A - - - - - - 40 0 0 57 0 0 26 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 30933713 G A - - - - - - 17 0 0 47 0 0 29 0 0 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 32331494 A T C6orf10 CCDS34422.1 r.? - - intronic 55 0 0 59 0 0 28 0 0 35 11 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.564739018 0.854913006 3 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.82E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 32509049 A T - - - - - - 27 0 0 39 0 0 19 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 0.832526197 5 2 0 3 0 0 2 1 0.167473803 1 NA 1 NA NA 0 NA NA 0.832526197 NA 0 0 1 0 NA 0 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 32509071 G T - - - - - - 29 0 0 38 0 0 17 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 0.832526197 5 2 0 3 0 0 2 1 0.167473803 1 NA 1 NA NA 0 NA NA 0.832526197 NA 0 0 1 0 NA 0 1.845958656 1.845958656 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 34468611 G A PACSIN1 CCDS4793.1 r.? - - intronic 39 0 0 62 0 0 31 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 37965577 C G ZFAND3 CCDS4836.1 r.? - - intronic 34 0 0 64 0 0 29 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.143514212 1.143514212 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 39286686 C T KCNK17 CCDS47419.1 r.? - - upstream 35 0 0 52 0 0 38 0 0 30 5 16.7 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 42545712 A G UBR2 CCDS4870.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 33 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 42608189 G T UBR2 CCDS4870.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 1 2.4 28 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221198157 0.221198157 1 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 43372361 T G - - - - - - 45 0 0 62 0 0 30 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 44716972 C T - - - - - - 41 0 0 65 0 0 33 0 0 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.229852713 1.114926357 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 44777069 G T - - - - - - 33 0 0 58 0 0 25 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 3 0 0 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.51924031 1.51924031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 45062287 C G SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 43 0 0 57 0 0 32 3 9.4 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.470753507 0.470753507 1 1.935806202 0.967903101 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000556213 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 45147607 G T SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 44 0 0 59 0 0 30 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 50235784 T G - - - - - - 47 0 0 55 0 0 34 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.775956072 0.775956072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 55527438 T A - - - - - - 36 0 0 56 0 0 41 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 2 2 3 0 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 56576158 A T DST CCDS47441.1 r.? - - intronic 50 0 0 46 0 0 34 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.414236321 5 2 2 3 0 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 NA 0 0 0 1 1.257865633 1.257865633 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 57712928 G T - - - - - - 46 0 0 57 0 0 40 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 0 1 0 0 1 1.135346253 1.135346253 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 58574244 A G - - - - - - 35 0 0 34 0 0 33 0 0 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 NA 0 0 0 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 62439183 G C KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 40 0 0 61 0 0 41 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 0 1 0 0 1 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 62807202 G T KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 26 0 0 71 0 0 47 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 0 1 0 0 1 1.086338501 1.086338501 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 62807225 G A KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 35 0 0 66 0 0 49 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.414236321 5 2 2 3 1 1 2 1 0.585763679 1 NA 2 NA NA 2 NA NA 0.414236321 NA 0 0 1 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 64112578 C A - - - - - - 30 0 0 63 0 0 51 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 64140315 A G - - - - - - 49 0 0 48 0 0 56 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 64157083 G C - - - - - - 19 0 0 54 0 0 48 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.462064599 1.462064599 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 65802407 A C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 40 0 0 65 0 0 53 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.323209302 1.323209302 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 66658890 G A - - - - - - 34 0 0 38 0 0 42 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.27420155 1.27420155 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 66692653 T C - - - - - - 48 0 0 76 0 0 57 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.963819121 0.963819121 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 66722430 G T - - - - - - 37 0 0 78 0 0 66 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.470232558 1.470232558 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 68253241 G T - - - - - - 38 0 0 52 0 0 60 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 6 5 2 3 3 1 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 69395958 T G BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 30 0 0 68 0 0 39 0 0 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.79229199 0.79229199 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 69729988 G C BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 36 0 0 66 0 0 36 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.637100775 0.637100775 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 69919591 G C BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 0 0 33 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 70899622 C A COL19A1 CCDS4970.1 r.? - - intronic 50 0 0 76 0 0 27 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 71159219 T C FAM135A CCDS34481.1 r.? - - intronic 44 0 0 49 0 0 34 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.225193798 1.225193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72049575 T G - - - - - - 40 0 0 51 0 0 40 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.200689922 1.200689922 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72162587 C A - - - - - - 44 0 0 64 0 0 33 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 72795675 A C RIMS1 CCDS47449.1 r.? - - intronic 39 0 0 65 0 0 36 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.66977261 0.66977261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 74845188 A T - - - - - - 45 0 0 59 0 0 29 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 75436288 G T - - - - - - 30 0 0 63 0 0 30 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 77710716 G A - - - - - - 47 0 0 69 0 0 37 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.51924031 1.51924031 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 78225735 T G - - - - - - 47 0 0 64 0 0 22 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.97198708 0.97198708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 79134009 C T - - - - - - 24 0 0 42 0 0 41 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.551912145 1.551912145 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 81720644 G T - - - - - - 28 0 0 61 0 0 24 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 84005348 C A ME1 CCDS34492.1 r.? - - intronic 43 0 0 79 0 0 25 0 0 38 12 31.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.581074935 0.860358312 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 86822825 G T - - - - - - 24 0 0 52 0 0 27 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.996490956 0.996490956 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 89060644 T C - - - - - - 11 0 0 57 0 0 27 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.882139535 0.882139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 91723393 C A - - - - - - 32 0 0 53 0 0 24 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.241529716 1.241529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 92027236 G A - - - - - - 26 0 0 61 0 0 25 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.857635659 0.857635659 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 93318126 T G - - - - - - 43 0 0 52 0 0 35 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.053666667 1.053666667 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94487516 G T - - - - - - 43 0 0 66 0 0 34 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.682599483 1.682599483 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94512695 T G - - - - - - 36 0 0 64 0 0 29 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.800459948 0.800459948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 94524864 C A - - - - - - 36 0 0 61 0 0 32 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.674431525 1.674431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 95109304 T G - - - - - - 61 0 0 56 0 0 24 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.306873385 1.306873385 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 95586708 T G - - - - - - 39 0 0 53 0 0 28 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97173817 C T - - - - - - 34 0 0 69 0 0 37 0 0 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.719930233 0.906643411 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97495221 A T KLHL32 CCDS5038.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 32 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 97766161 G A - - - - - - 34 0 0 76 0 0 31 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 98502368 T A - - - - - - 26 0 0 57 0 0 30 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.743284238 0.743284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 99484291 G T - - - - - - 34 0 0 59 0 0 27 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.364049096 1.364049096 1 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 99803587 C A - - - - - - 37 0 0 60 0 0 38 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.620097311 5 2 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.988322997 0.988322997 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102730890 T C - - - - - - 47 0 0 61 0 0 37 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.51924031 1.51924031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102733019 C G - - - - - - 47 0 0 66 0 0 50 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.225193798 1.225193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102738930 C A - - - - - - 48 0 0 67 0 0 43 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.813286822 1.813286822 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102739282 T C - - - - - - 45 0 0 52 0 0 48 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.298705426 1.298705426 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 102961453 C T - - - - - - 44 0 0 49 0 0 30 0 0 36 11 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.499395349 0.833131783 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 104127937 G A - - - - - - 33 0 0 39 0 0 46 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.241529716 1.241529716 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 106183457 G T - - - - - - 38 0 0 64 0 0 29 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.800459948 0.800459948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 110142206 T A FIG4 CCDS5078.1 r.? - - intronic 53 0 0 64 0 0 39 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.061834625 1.061834625 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 110683907 T C C6orf186 CCDS43489.1 r.? - - upstream 35 0 0 67 0 0 39 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 113307908 A T - - - - - - 39 0 0 70 0 0 37 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.759620155 0.759620155 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 113417539 T C - - - - - - 50 0 0 87 0 0 61 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 113971188 T G - - - - - - 45 0 0 65 0 0 38 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.453896641 1.453896641 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115017738 T C - - - - - - 42 0 0 63 0 0 41 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115415969 A G - - - - - - 38 0 0 72 0 0 49 0 0 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 2.425883721 0.808627907 3 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 115949309 G T - - - - - - 43 0 0 67 0 0 33 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.775956072 0.775956072 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 116119136 A G - - - - - - 42 0 0 58 0 0 40 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.020994832 1.020994832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117234723 G T RFX6 CCDS5113.1 r.? - - intronic 30 0 0 76 1 1.3 45 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.145815668 0.145815668 1 0 NA 0 1.854126615 0.927063307 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.316790122 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117472355 C A - - - - - - 39 0 0 60 0 0 43 0 0 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 1.88679845 1.88679845 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117572164 T G - - - - - - 52 0 0 55 0 0 34 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.800459948 0.800459948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 117572181 A G - - - - - - 54 0 0 61 0 0 40 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.857635659 0.857635659 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 119922054 G C - - - - - - 42 0 0 60 0 0 45 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0 0 1 0 NA 0 0.841299742 0.841299742 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 120120683 G T - - - - - - 43 0 0 68 1 1.5 45 0 0 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.620097311 5 3 1 3 1 1 2 1 0.379902689 1 NA 2 NA NA 1 NA NA 0.620097311 NA 0.168248848 0.168248848 1 0 NA 0 1.992981912 0.996490956 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.288836448 1 1 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 120332157 A G - - - - - - 40 0 0 80 0 0 35 0 0 51 19 37.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 3.046648579 1.015549526 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.94E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 122123543 A G - - - - - - 35 0 0 77 0 0 26 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.502904393 1.502904393 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123298835 C T - - - - - - 8 0 0 61 0 0 35 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123465552 G T - - - - - - 52 0 0 63 0 0 28 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123822278 G T TRDN ENST00000334268 r.? - - intronic 45 0 0 64 0 0 33 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.298705426 1.298705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 123857253 T A TRDN ENST00000334268 r.? - - intronic 39 0 0 74 0 0 46 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.906643411 0.906643411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124072423 T G - - - - - - 31 0 0 65 0 0 35 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.775956072 0.775956072 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 124974683 G T NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 47 0 0 82 0 0 37 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.331377261 1.331377261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 125533124 C A TPD52L1 CCDS43502.1 r.? - - intronic 37 0 0 65 1 1.5 30 0 0 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168248848 NA 0 0 NA 0 2.205348837 1.102674419 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.278061424 1 1 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 127189122 A T - - - - - - 38 0 0 73 0 0 34 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.800459948 0.800459948 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 127550490 A T - - - - - - 16 0 0 81 0 0 33 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.870462532 0.935231266 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 127800856 G C C6orf174 CCDS34531.1 r.? - - upstream 39 0 0 67 0 0 25 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.674431525 1.674431525 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 128553137 C T PTPRK CCDS47473.1 r.? - - intronic 44 0 0 71 0 0 39 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.127178295 1.127178295 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 130769184 T A TMEM200A CCDS5140.1 r.? - - downstream 47 0 0 51 0 0 34 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 131626254 C A - - - - - - 29 0 0 59 0 0 32 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 133311475 A T - - - - - - 37 0 0 58 0 0 41 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.710612403 0.710612403 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 133338518 G T - - - - - - 39 0 0 72 0 0 29 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.857635659 0.857635659 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 136889442 T C MAP3K5 CCDS5179.1 r.? - - intronic 43 0 0 71 0 0 33 0 0 33 12 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.973136951 0.99104565 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.86E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142155096 T A - - - - - - 44 0 0 62 0 0 40 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.816795866 0.816795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142603877 C T - - - - - - 50 0 0 80 0 0 39 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.298705426 1.298705426 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142908708 G A - - - - - - 34 0 0 58 0 0 34 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.290537468 1.290537468 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 142975762 G A - - - - - - 32 0 0 59 0 0 27 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 144114257 G T PHACTR2 CCDS47493.1 r.? - - intronic 32 0 0 60 0 0 31 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.890307494 0.890307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 147057341 A G C6orf103 CCDS47498.1 r.? - - intronic 30 0 0 59 0 0 47 0 0 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.450387597 0.816795866 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 147202823 C T - - - - - - 42 0 0 54 0 0 32 0 0 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.450387597 0.816795866 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 148768597 C G SASH1 CCDS5212.1 r.? - - intronic 29 0 0 63 0 0 35 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.462064599 1.462064599 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 153008340 T C - - - - - - 36 0 0 68 0 0 35 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.767788114 0.767788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 153864685 A G - - - - - - 41 0 0 58 0 0 38 0 0 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.952142119 0.976071059 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155059737 T G RBM16 CCDS5247.1 r.? - - intronic 35 0 0 72 0 0 37 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155292660 C G - - - - - - 50 0 0 74 0 0 33 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.061834625 1.061834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 155859121 A G - - - - - - 45 1 2.2 58 7 12.1 37 9 24.3 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357207373 1.357207373 1 1.459947896 1.459947896 1 2.041989664 1.020994832 2 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.201934322 1 1.88E-08 1 2.14E-13 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 157926483 G C ZDHHC14 CCDS5252.1 r.? - - intronic 59 0 0 75 0 0 41 0 0 42 13 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.532067183 0.844022394 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.72E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 159715140 T C - - - - - - 37 0 0 60 0 0 30 0 0 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.654586563 0.884862188 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161208540 C T - - - - - - 39 0 0 67 0 0 39 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.143514212 1.143514212 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 161722721 C T - - - - - - 39 0 0 71 0 0 30 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.045498708 1.045498708 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162720289 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 16 0 0 60 0 0 38 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 162722684 G T PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 46 0 0 66 0 0 23 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.882139535 0.882139535 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 163529858 G T PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 30 0 0 58 0 0 26 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 163616585 G A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 26 0 0 69 0 0 41 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.241529716 1.241529716 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 6 163626407 C A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 45 0 0 62 0 0 27 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 3 2 3 1 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.110842377 1.110842377 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 999760 G T ADAP1 ENST00000449296 r.? - - upstream 16 0 0 61 0 0 44 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.727819121 0.727819121 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 3558015 C G SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 46 0 0 71 0 0 45 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.851178295 0.851178295 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 3734115 T A SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 0 0 34 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.746322997 0.746322997 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6108288 G A - - - - - - 33 0 0 72 0 0 39 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 6849232 G C C7orf28B CCDS5354.1 r.? - - intronic 15 0 0 35 3 8.6 20 0 0 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0 0 1 0.974537468 0.974537468 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 7396031 A G COL28A1 CCDS43553.1 r.? - - downstream 40 0 0 45 0 0 33 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.949865633 0.949865633 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9388047 C G - - - - - - 45 0 0 82 0 0 51 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.672307494 0.672307494 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 9717205 A G - - - - - - 40 0 0 63 0 0 38 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.492645995 1.492645995 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 11426646 G T THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 33 0 0 68 0 0 45 0 0 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.122568475 1.122568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 13636741 A T - - - - - - 39 0 0 76 0 0 52 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 13640244 T A - - - - - - 45 0 0 62 0 0 35 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.184248062 1.184248062 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14242822 A G DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 32 0 0 71 0 0 43 0 0 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.609837209 1.609837209 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14435815 C T DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 42 0 0 64 0 0 40 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.752490956 0.752490956 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14620260 G C DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 36 0 0 76 0 0 47 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14803836 T C DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 46 0 0 67 0 0 50 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.789498708 0.789498708 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14899301 G C DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 39 0 0 75 0 0 41 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.900521964 0.900521964 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 14987350 G C DGKB ENST00000437998 r.? - - intronic 37 0 0 74 0 0 48 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.820338501 0.820338501 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 18651137 G A HDAC9 CCDS47554.1 r.? - - intronic 40 0 0 70 0 0 45 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.789498708 0.789498708 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 19607820 A C - - - - - - 37 0 0 89 0 0 47 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 20622885 A C - - - - - - 41 0 0 62 0 0 31 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.54894832 0.54894832 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 21192346 T A - - - - - - 43 0 0 68 0 0 51 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.134904393 1.134904393 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 24316176 A G - - - - - - 42 0 0 67 0 0 32 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.079392765 1.079392765 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 25987082 C T MIR148A ENST00000362215 r.? - - downstream 35 0 0 60 0 0 35 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.73398708 0.73398708 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 26059418 G C - - - - - - 17 0 0 63 0 0 37 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.486478036 1.486478036 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 27657511 A G HIBADH CCDS5414.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 0 0 39 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.949865633 0.949865633 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 28741493 A G CREB5 CCDS5417.1 r.? - - intronic 41 0 0 62 0 0 42 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.703147287 0.703147287 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 30574571 C A AC006978.1 ENST00000507825 r.? - - intronic 30 0 0 76 0 0 41 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.820338501 0.820338501 1 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 31352621 C G - - - - - - 24 0 0 61 0 0 25 0 0 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.727028424 1.727028424 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 31995057 C G PDE1C CCDS5437.1 r.? - - intronic 45 0 0 52 0 0 36 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795666667 0.795666667 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33002095 C T FKBP9 CCDS5439.1 r.? - - intronic 25 0 0 50 1 2 62 0 0 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.224331797 0.224331797 1 0 0 1 1.387790698 1.387790698 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.221687443 1 1 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33009590 C T FKBP9 CCDS5439.1 r.? - - intronic 29 0 0 65 1 1.5 37 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.168248848 0.168248848 1 0 0 1 1.313775194 1.313775194 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 0.278061424 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33041167 T C FKBP9 CCDS5439.1 r.? - - intronic 24 0 0 72 3 4.2 40 2 5 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.471096774 0.471096774 1 0.300400802 0.300400802 1 1.83805168 0.91902584 2 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00576558 1 0.017193422 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33041192 A G FKBP9 CCDS5439.1 r.? - - intronic 32 0 0 74 2 2.7 40 1 2.5 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.302847926 0.302847926 1 0.150200401 0.150200401 1 1.443302326 1.443302326 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.053288733 1 0.181679879 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33192227 C G BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 61 0 0 79 0 0 45 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.635299742 0.635299742 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 33617804 G T BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 36 0 0 74 0 0 44 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 37363023 G A ELMO1 CCDS5449.1 r.? - - intronic 48 0 0 57 0 0 40 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.906689922 0.906689922 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 38301083 A C - - - - - - 22 0 0 58 0 0 27 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.684643411 0.684643411 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41107710 A C - - - - - - 33 0 0 65 0 0 38 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.647635659 0.647635659 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 41480098 T A ENSG00000236089 ENST00000443116 r.? - - intronic 41 0 0 74 0 0 36 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.122568475 1.122568475 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 42192374 T C GLI3 CCDS5465.1 r.? - - intronic 49 0 0 73 0 0 51 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.202751938 1.202751938 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 42381777 G A - - - - - - 42 0 0 74 0 0 40 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 43148709 T C HECW1 CCDS5469.2 r.? - - upstream 42 0 0 68 0 0 47 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.949865633 0.949865633 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 43371859 T G HECW1 CCDS5469.2 r.? - - intronic 35 0 0 56 0 0 46 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.974537468 0.974537468 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 50561475 A C DDC CCDS5511.1 r.? - - intronic 41 0 0 66 0 0 41 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.814170543 0.814170543 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 52096983 A T - - - - - - 30 0 0 65 0 0 45 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.746322997 0.746322997 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 52617952 C G - - - - - - 48 0 0 66 0 0 34 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.05472093 1.05472093 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 53275150 G C - - - - - - 22 0 0 67 0 0 34 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.882018088 0.882018088 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55080799 G A - - - - - - 31 0 0 52 5 9.6 37 6 16.2 51 27 52.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE NA 33 NA NA 30 NA NA 3 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 5.671298597 0.945216433 6 NA NA 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000668 1 3.18E-08 1 1.52E-48 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55276313 C G EGFR CCDS5514.1 r.6813c>g c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 306 5 1.6 270 0 0 1569 272 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.883465438 0.883465438 1 0 NA 0 14.21505685 1.015361203 14 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.019718051 1 1 1 9.51057247903906e-317 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55279921 C T EGFR CCDS5514.1 r.? - - downstream 36 0 0 255 7 2.7 214 1 0.5 1230 176 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490847926 1.490847926 1 0.17504008 NA 0 11.75001809 0.979168174 12 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000340538 1 0.657910866 1 3.53E-190 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55345570 G A - - - - - - 20 0 0 250 0 0 254 0 0 1128 63 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 4.601405685 0.920281137 5 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.7E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55436056 G T LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 48 0 0 278 0 0 196 0 0 1116 50 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.69755814 0.924389535 4 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55439377 C A LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 38 0 0 246 0 0 204 0 0 986 31 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.547206718 0.849068906 3 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.23E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55463947 C G LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 13 0 0 107 3 2.8 87 5 5.7 457 17 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.546064516 1.546064516 1 1.995456914 1.995456914 1 3.04021447 1.013404823 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.016873453 1 0.0000821 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55464368 C T LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 19 0 0 273 0 0 192 0 0 1177 74 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 5.176581395 1.035316279 5 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.14E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55490550 A T LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 47 0 0 313 0 0 238 0 0 1289 35 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.218534884 1.109267442 2 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.88E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55498547 C A LANCL2 CCDS5517.1 r.? - - intronic 41 0 0 280 1 0.4 220 0 0 1326 44 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.220866359 0.220866359 1 0 NA 0 2.711542636 0.903847545 3 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.754267494 1 1 1 4.84E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55520788 A T - - - - - - 44 0 0 272 0 0 210 0 0 1354 29 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.725527132 0.862763566 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55559483 T G VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - intronic 30 0 0 275 0 0 217 0 0 1226 47 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.122382429 1.040794143 3 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55624327 G A VOPP1 CCDS47588.1 r.? - - intronic 32 0 0 288 12 4.2 174 6 3.4 1017 38 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.319096774 1.159548387 2 1.190272545 1.190272545 1 3.04021447 1.013404823 3 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 3.69E-08 1 0.000269797 1 5.54E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55831139 G T - - - - - - 22 0 0 248 0 0 200 0 0 1090 134 12.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 10.10665891 1.010665891 10 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.05E-136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55831869 G T - - - - - - 25 0 0 252 0 0 222 0 0 1106 131 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 9.695819121 0.969581912 10 1 NA NA 0 82.16795866 1.067116346 77 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.02E-131 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55835597 T A - - - - - - 42 0 0 208 0 0 236 0 0 980 49 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 4.108397933 1.027099483 4 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.32E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55960582 G A ZNF713 CCDS34639.1 r.? - - intronic 13 0 0 255 5 2 208 6 2.9 761 22 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.104331797 1.104331797 1 1.015232465 1.015232465 1 2.382870801 1.191435401 2 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.009663856 1 0.000691952 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55971248 C A ZNF713 CCDS34639.1 r.? - - intronic 34 0 0 294 0 0 204 0 0 844 145 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 14.13288889 1.009492063 14 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.51E-169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 55971443 C G ZNF713 CCDS34639.1 r.? - - intronic 32 0 0 319 0 0 284 0 0 965 143 14.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 33 79 45 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 12.16085788 1.013404823 12 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.67E-157 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56221578 T A - - - - - - 32 0 0 126 0 0 164 0 0 207 20 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 7.97029199 0.996286499 8 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.3E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56293492 A T - - - - - - 39 0 0 134 0 0 176 0 0 237 9 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 3.122382429 1.040794143 3 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56582708 G C - - - - - - 44 0 0 124 0 0 205 0 0 271 16 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 4.847909561 0.969581912 5 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56583820 G C - - - - - - 35 0 0 131 0 0 227 0 0 293 12 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 3.368886305 1.122962102 3 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.45E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56583948 G T - - - - - - 35 0 0 121 0 0 209 0 0 309 12 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 3.204550388 1.068183463 3 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56585469 G A - - - - - - 43 0 0 122 0 0 215 1 0.5 259 14 5.4 1 0 0 0 0 NA 4 0 0 2 0 0 FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.17504008 0.17504008 1 4.437069767 1.109267442 4 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.659621312 1 9.54E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 56585691 G C - - - - - - 37 0 0 124 0 0 189 0 0 282 14 5 95 0 0 142 0 0 444 0 0 464 13 2.8 FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 4.108397933 1.027099483 4 0 0 NA 0 2.300702842 1.150351421 2 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.91E-10 0.000000949 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 56585723 G C - - - - - - 46 0 0 127 0 0 184 0 0 300 14 4.7 130 0 0 188 0 0 614 1 0.2 664 27 4.1 FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 3.861894057 0.965473514 4 0 0.070016032 NA 0 3.368886305 1.122962102 3 NA NA 1 1 1 1 1 0.953934947 6.49E-10 2.93E-16 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 56585866 G C - - - - - - 45 0 0 122 0 0 228 0 0 306 8 2.6 103 0 0 183 0 0 505 0 0 592 12 2 FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.136366925 1.068183463 2 0 0 NA 0 1.643359173 1.643359173 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000182224 0.0000591 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 7 56681418 G T - - - - - - 34 0 0 138 0 0 189 0 0 263 25 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 33 79 15 30 77 3 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 7.805956072 0.975744509 8 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.93E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 57379495 T G - - - - - - 38 0 0 85 0 0 80 0 0 99 4 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 9.186357815 2 4 8 1 1 1 0.268599002 1 0.813642185 3 NA 8 1 NA 2 0.731400998 NA 0.186357815 0 NA 0 0 0 1 0.494172659 0.494172659 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001612681 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 61075568 T A - - - - - - 58 0 0 89 0 0 34 0 0 95 4 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 7 2 3 5 1 2 2 0.268599002 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.731400998 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.427054264 0.427054264 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001385533 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 61840435 A C - - - - - - 49 0 0 58 0 0 46 0 0 83 4 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 7 2 3 5 1 2 2 0.268599002 1 1 3 NA NA 1 NA NA 0.731400998 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.488062016 0.488062016 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000838577 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 62750441 G A - - - - - - 37 0 0 56 2 3.6 51 4 7.8 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0.394127671 0.394127671 1 0.546625251 0.546625251 1 1.536786618 1.536786618 1 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.032213353 1 0.000129466 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 63115721 C G - - - - - - 26 0 0 58 0 0 45 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.753326773 0.753326773 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 63274122 C G - - - - - - 30 0 0 49 0 0 49 1 2 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0.140160321 0.140160321 1 1.227922641 1.227922641 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.217776325 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 68955310 G A - - - - - - 36 0 0 67 0 0 46 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.866325789 0.866325789 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 69191449 G C AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 43 0 0 68 0 0 42 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.821126183 0.821126183 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 71659680 G A CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 17 0 0 58 0 0 41 1 2.4 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0.168192385 0.168192385 1 1.371054728 1.371054728 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.18577148 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78455367 G C MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 15 0 0 65 0 0 56 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.107390357 1.107390357 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 78662610 C A MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 41 0 0 64 0 0 45 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.941658467 0.941658467 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 79192073 A C - - - - - - 59 0 0 69 0 0 58 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.738260238 0.738260238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 79364409 T A - - - - - - 46 0 0 65 0 0 51 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.715660435 0.715660435 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 79682328 G T - - - - - - 48 0 0 69 0 0 56 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.310788586 1.310788586 1 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 81536695 G A - - - - - - 42 0 0 58 0 0 59 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.348454924 1.348454924 1 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 81643099 A T CACNA2D1 CCDS5598.1 r.? - - intronic 38 0 0 56 0 0 62 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.79852638 0.79852638 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 82492772 A T PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 55 0 0 76 0 0 50 0 0 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.534862009 0.534862009 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 82663476 A G PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 47 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.212856105 1.212856105 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 84842511 C T - - - - - - 36 0 0 64 0 0 65 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.731400998 5 4.365309078 2 3 2 1 2 2 0.268599002 1 0.634690922 3 NA 3 1 NA 2 0.731400998 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.89645886 0.89645886 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 85721699 A T - - - - - - 42 0 0 89 0 0 71 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.416254334 1.416254334 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 86155904 G T - - - - - - 33 0 0 88 0 0 61 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.723193703 0.723193703 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 91658514 A T AKAP9 CCDS5622.1 r.? - - intronic 43 0 0 93 0 0 76 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 9 4.365309078 6 7 2 1 2 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.738260238 0.738260238 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 94257854 T C SGCE CCDS47642.1 r.? - - intronic 36 0 0 81 0 0 59 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.320457884 7 4.365309078 5 5 2 1 2 2 0.679542116 1 0.634690922 5 NA 3 2 NA 2 0.320457884 NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.077257286 1.077257286 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 100206448 C A PCOLCE CCDS5700.1 r.? - - downstream 31 0 0 97 0 0 101 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 0 1 0 0 1 0.821126183 0.821126183 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 101253242 C T MYL10 CCDS34713.1 r.? - - downstream 12 0 0 70 0 0 80 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.873859057 0.873859057 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 102651671 A C FBXL13 CCDS47678.1 r.? - - intronic 37 0 0 84 0 0 90 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 14 4.365309078 10 11 2 3 3 2 1 1 0.634690922 NA NA 3 NA NA 2 NA NA 0.365309078 0 0 1 0 0 1 0.753326773 0.753326773 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 105963043 A T - - - - - - 43 0 0 81 0 0 55 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.512262206 0.512262206 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 109819412 G C - - - - - - 40 0 0 59 1 1.7 49 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0.190682028 NA 0 0 0 1 0.587594883 0.587594883 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.256019138 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 110262175 C T - - - - - - 32 0 0 62 0 0 46 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.59705276 1.59705276 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 110656056 C A IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 59 0 0 58 16 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 2.079181895 1.039590947 2 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 113467490 T G - - - - - - 23 0 0 53 0 0 59 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.227922641 1.227922641 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 113733349 C G FOXP2 ENST00000484307 r.? - - intronic 48 0 0 65 0 0 69 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.858792522 0.858792522 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 114103442 A G FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 38 0 0 68 0 0 57 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.617727954 0.617727954 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 116058285 G C - - - - - - 39 0 0 74 0 0 65 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.851259254 0.851259254 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 116768864 G A ST7OT3 CCDS5770.1 r.? - - intronic 45 0 0 55 0 0 65 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.340921657 1.340921657 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 117288906 T A CFTR CCDS5773.1 r.? - - intronic 48 0 0 74 0 0 58 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.753326773 0.753326773 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 118119179 C A - - - - - - 38 0 0 57 0 0 59 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.617727954 0.617727954 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 118967506 G C - - - - - - 28 0 0 58 0 0 54 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.919058664 0.919058664 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119179265 A T - - - - - - 41 0 0 61 0 0 56 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.512262206 0.512262206 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 119334169 T C - - - - - - 41 0 0 86 0 0 58 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 1.642252366 0.821126183 2 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 120006777 G A KCND2 CCDS5776.1 r.? - - intronic 42 0 0 49 0 0 59 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0 0 1 0.926591931 0.926591931 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 120175768 G A KCND2 CCDS5776.1 r.? - - intronic 50 0 0 69 0 0 58 1 1.7 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 4.365309078 3 4 2 1 2 2 1 0.493038174 0.634690922 NA 5 3 NA 2 2 NA 0.506961826 0.365309078 0 NA 0 0.144754624 0.144754624 1 0.821126183 0.821126183 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.252280541 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 120194436 G T KCND2 CCDS5776.1 r.? - - intronic 26 0 0 68 0 0 49 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.506961826 5 3 4 3 1 2 2 1 0.493038174 1 NA 5 NA NA 2 NA NA 0.506961826 NA 0 NA 0 0 0 1 0.8494677 0.8494677 1 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 120885934 C T C7orf58 CCDS34739.1 r.? - - intronic 17 0 0 50 0 0 40 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.336036176 1.168018088 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 121587313 A T PTPRZ1 CCDS34740.1 r.? - - intronic 29 0 0 49 0 0 34 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.633591731 1.633591731 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 124565406 T C POT1 CCDS5793.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 0 0 43 0 0 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.148173127 1.074086563 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125373646 C T - - - - - - 18 0 0 52 0 0 30 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 125881361 G A - - - - - - 40 0 0 52 0 0 32 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 126120208 G T GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 33 0 0 57 0 0 33 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.020994832 1.020994832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 127832382 C T - - - - - - 38 0 0 46 0 0 36 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 128912369 G T AHCYL2 CCDS5812.1 r.? - - intronic 38 0 0 72 0 0 34 0 0 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.393211886 1.196605943 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 129078939 G C FAM40B CCDS34752.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 0 0 30 0 0 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 129974968 C A AC024085.2 ENST00000504316 r.? - - intronic 49 0 0 51 0 0 37 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.865803618 0.865803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 130116497 T G - - - - - - 35 0 0 66 0 0 32 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.637100775 0.637100775 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 131091840 C T MKLN1 CCDS34754.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 0 0 33 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.584583979 1.584583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 133173090 T C EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 39 0 0 45 0 0 37 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.102674419 1.102674419 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 133742281 A G EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 58 0 0 49 0 0 30 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.135346253 1.135346253 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 133902791 G A LRGUK CCDS5830.1 r.? - - intronic 28 0 0 69 0 0 29 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.584583979 1.584583979 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 134750995 C G AGBL3 CCDS47718.1 r.? - - intronic 42 0 0 61 0 0 35 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.364049096 1.364049096 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 135917998 G A - - - - - - 34 0 0 54 0 0 30 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.090997416 1.045498708 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 136525507 C A - - - - - - 27 0 0 37 0 0 25 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.168018088 1.168018088 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 140146907 C G - - - - - - 23 0 0 64 0 0 37 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.72694832 0.72694832 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 141300900 A C AGK CCDS5865.1 r.? - - intronic 46 0 0 65 0 0 43 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.628932817 0.628932817 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 141707305 A T MGAM CCDS47727.1 r.? - - intronic 38 0 0 43 0 0 32 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.568248062 1.568248062 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 144093004 C G NOBOX CCDS47736.1 r.? - - downstream 48 0 0 63 0 0 42 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.841299742 0.841299742 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 144874182 T G - - - - - - 44 0 0 66 0 0 36 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.331377261 1.331377261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 145013846 G T - - - - - - 36 0 0 63 0 0 40 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.388552972 1.388552972 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 145116116 G T - - - - - - 15 0 0 43 0 0 25 0 0 35 6 17.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.39672093 1.39672093 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 145372983 A T - - - - - - 47 0 0 51 0 0 33 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.225193798 1.225193798 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 146395077 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 35 0 0 52 0 0 39 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.225193798 1.225193798 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 148488762 G A CUL1 CCDS34772.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 0 0 29 0 0 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.654586563 0.884862188 3 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 151793237 G A GALNT11 CCDS5930.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 0 0 33 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.968478036 0.984239018 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153169906 C A - - - - - - 41 0 0 49 0 0 42 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.931147287 0.931147287 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 153305963 C A - - - - - - 33 0 0 81 1 1.2 37 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.110599078 NA 0 0 0 1 1.078170543 1.078170543 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.333700419 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 154521569 C T DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 29 0 0 58 0 0 47 0 0 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.148173127 1.074086563 2 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 7 156739957 G T NOM1 CCDS34787.1 r.? - - upstream 35 0 0 52 0 0 35 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 5 1 2 3 1 1 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.323209302 1.323209302 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 2108465 C T - - - - - - 32 0 0 65 0 0 29 0 0 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.791912145 0.791912145 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 3343140 G C CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 21 0 0 36 0 0 16 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 0 0.043446688 0 0 0 0 0 0 0 1 0.956553312 1 NA 1 NA NA 0 NA NA 0.043446688 NA 0 0 1 0 0 1 0.791989664 0.791989664 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 4995995 T C - - - - - - 37 0 0 51 0 0 17 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.833591731 0.833591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 6151816 G C - - - - - - 36 0 0 55 0 0 18 0 0 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.946126615 0.946126615 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 6966354 A G - - - - - - 36 0 0 60 0 0 34 0 0 34 4 11.8 51 0 0 30 0 0 43 0 0 27 2 7.4 TRUE TRUE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.491819121 0.491819121 1 1 0 0 1 0.308428941 0.308428941 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000257 0.00807567 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 7660077 G T - - - - - - 8 0 0 2 0 0 1 0 0 6 3 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.083979328 2.083979328 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000247 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 7690331 C T DEFB106A CCDS34833.1 r.? - - downstream 15 0 0 15 2 13.3 8 2 25 13 4 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.092806452 1.092806452 1 0.752004008 0.752004008 1 1.283731266 1.283731266 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002513772 1 0.000686131 1 0.000000431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 11479191 A G - - - - - - 38 0 0 79 0 0 34 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.679377261 0.679377261 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 11524060 C T - - - - - - 46 0 0 49 0 0 32 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.612689922 0.612689922 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 11806604 T G - - - - - - 35 0 0 67 0 0 25 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.579346253 0.579346253 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 13740321 C A - - - - - - 40 0 0 48 0 0 20 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925286822 0.925286822 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 13853191 T A - - - - - - 48 0 0 61 0 0 19 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.596018088 0.596018088 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 16236999 A G - - - - - - 45 1 2.2 79 0 0 46 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 1 5 5 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.150356589 1.150356589 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 0.201934322 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 18067146 G T NAT1 CCDS6007.1 r.? - - upstream 39 0 0 65 0 0 25 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 2.007531518 1.003765759 2 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 18185517 A G - - - - - - 47 0 0 62 0 0 20 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 0.956377676 0.956377676 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 18849267 C A PSD3 CCDS43720.1 r.? - - intronic 48 0 0 46 0 0 23 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 1.042537827 1.042537827 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 19330187 T C CSGALNACT1 CCDS6010.1 r.? - - intronic 48 0 0 40 0 0 20 0 0 78 5 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 0.551424966 0.551424966 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 19540485 C G CSGALNACT1 CCDS6010.1 r.? - - upstream 30 0 0 48 0 0 18 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 0.706513238 0.706513238 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 19781714 A T - - - - - - 42 0 0 53 0 0 14 0 0 68 4 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 0.508344891 0.508344891 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 19846097 C T - - - - - - 48 0 0 44 0 0 29 0 0 56 30 53.6 281 0 0 163 0 0 151 1 0.7 259 139 53.7 TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 4.618184094 1.038247637 4.448056444 1 0.021056112 NA 0 4.626800109 1.040184667 4.448056444 1 NA 1 1 1 1 1 0.530878656 5.46E-54 1.81E-244 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 19846132 C G - - - - - - 39 0 0 46 0 0 23 0 0 69 40 58 277 0 0 156 1 0.6 161 0 0 267 139 52.1 TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 4.997288758 0.999457752 5 1 0 NA 0 4.488943867 1.0091922 4.448056444 1 NA 1 1 1 0.542489994 1 1 1.87E-73 7E-242 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 19846146 C T - - - - - - 37 0 0 43 0 0 22 0 0 62 34 54.8 272 0 0 146 0 0 159 0 0 252 129 51.2 TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 4.721576275 0.944315255 5 1 0 NA 0 4.411399731 0.991758937 4.448056444 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.78E-61 2.7E-223 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 19846152 C T - - - - - - 38 0 0 39 0 0 23 0 0 63 33 52.4 268 0 0 138 0 0 152 0 0 246 125 50.8 TRUE FALSE 1 1 5.448056444 1 1 5 0 0 0 1 1 0.551943556 NA NA 6 NA NA 0 NA NA 0.448056444 0 0 1 0 0 1 4.514791912 1.015003287 4.448056444 1 0 NA 0 4.376935671 0.984010821 4.448056444 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.66E-59 7.17E-216 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 25506494 T A - - - - - - 36 0 0 34 0 0 15 0 0 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.121180879 1.121180879 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 28136070 C A - - - - - - 32 0 0 75 0 0 58 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0 0 1 0 0 1 1.140804595 1.140804595 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 29485317 G T - - - - - - 40 0 0 74 0 0 52 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.159082185 5 5 5 0 0 0 1 1 0.840917815 NA NA 5 NA NA 1 NA NA 0.159082185 0 0 1 0 0 1 1.590464801 1.590464801 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 31767747 A T NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 49 0 0 63 0 0 48 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 12 5 5 12 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.622971576 1.622971576 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 31911921 A T NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 37 0 0 78 0 0 55 0 0 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 12 5 5 12 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.516795866 1.516795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 32048282 G T NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 37 0 0 73 0 0 63 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 12 5 5 12 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.304444444 1.304444444 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 32147012 T G NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 49 0 0 82 0 0 54 0 0 77 6 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 12 5 5 12 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.183100775 1.183100775 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 34630186 G T - - - - - - 28 1 3.6 24 2 8.3 8 1 12.5 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0.815123607 0.815123607 1 0.573585046 0.573585046 1 4.262196382 1.065549096 4 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 0.130947004 1 0.006413403 1 0.039306956 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35088718 A C UNC5D CCDS6093.2 r.? - - upstream 37 0 0 59 0 0 31 0 0 119 6 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0 0 1 0.758397933 0.758397933 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000335 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35277355 G A UNC5D CCDS6093.2 r.? - - intronic 28 0 0 49 0 0 30 0 0 79 14 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0 0 1 2.684728682 0.894909561 3 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.6E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35659931 G T - - - - - - 38 0 0 45 0 0 29 0 0 91 6 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 12 2 2 12 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0 0 1 1.001085271 1.001085271 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35874987 C T - - - - - - 43 0 0 53 0 0 28 0 0 59 37 62.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0 0 1 3.297892405 1.648946202 2 1 NA NA 1 2.629898249 2.629898249 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.86E-70 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 35875205 C T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 27 0 0 33 16 48.5 189 1 0.5 84 0 0 108 0 0 182 111 61 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0 0 1 2.551001302 1.275500651 2 1 0 0 1 3.208475864 1.604237932 2 1 1 1 0.612240666 1 1 1 1 1.64E-28 1.19E-204 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 35875280 C T - - - - - - 31 0 0 57 0 0 20 0 0 53 34 64.2 224 1 0.4 94 0 0 120 0 0 216 138 63.9 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0 0 1 3.376789352 1.688394676 2 1 0 0 1 3.361009963 1.680504981 2 1 1 1 0.674635559 1 1 1 1 6.32E-65 2.49E-258 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 35875343 C T - - - - - - 45 0 0 42 0 0 18 0 0 52 40 76.9 184 0 0 68 0 0 106 0 0 186 117 62.9 TRUE TRUE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0 0 1 4.044783507 2.022391754 2 1 0 0 1 3.308411998 1.654205999 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1.77E-81 4.82E-218 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b 8 36415060 T C - - - - - - 45 0 0 63 0 0 25 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 2.091837842 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 0.908162158 3 3 2 0 0 1 0.604176489 0.580664332 0.091837842 0 0 1 0 0 1 1.125596451 1.125596451 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 39302496 T G - - - - - - 40 0 0 56 0 0 34 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 7 2 2 7 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0 0 1 1.189651163 1.189651163 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 39314718 C A - - - - - - 51 0 0 74 0 0 30 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.604176489 2.580664332 7 2 2 7 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 0 1 0 0 1 0.894780362 0.894780362 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 40004800 G C - - - - - - 37 0 0 67 0 0 39 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.604176489 2.580664332 2 2 2 2 0 0 0 0.395823511 0.419335668 1 3 3 NA 0 0 NA 0.604176489 0.580664332 NA 0 NA 0 0 0 1 0.904392765 0.904392765 1 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 48104255 C T - - - - - - 46 0 0 61 0 0 41 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.781307494 0.781307494 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49378413 T A - - - - - - 34 0 0 61 0 0 43 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.376248062 1.376248062 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49574625 C A - - - - - - 43 0 0 68 0 0 42 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.795643411 0.795643411 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 49975147 G A - - - - - - 40 0 0 66 0 0 32 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.218552972 1.218552972 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50188976 C T - - - - - - 32 0 0 83 0 0 36 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50217898 T A - - - - - - 53 0 0 58 0 0 37 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 50801472 C A - - - - - - 28 0 0 52 0 0 22 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.053689922 1.053689922 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51370914 G A SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 44 0 0 59 0 0 41 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.261560724 1.261560724 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51718338 T G - - - - - - 39 0 0 73 0 0 27 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51864587 T A - - - - - - 55 0 0 62 0 0 45 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.827829457 0.913914729 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 51978413 T A - - - - - - 45 0 0 64 0 0 34 0 0 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.885173127 0.942586563 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52082248 C G - - - - - - 39 0 0 49 0 0 22 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.641462532 1.641462532 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52209361 G C - - - - - - 52 0 0 55 0 0 33 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.623612403 0.623612403 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 52460426 G T PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 48 0 0 58 0 0 35 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.63794832 0.63794832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 53516703 T A - - - - - - 32 0 0 68 0 0 32 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.666620155 0.666620155 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 55326682 C A - - - - - - 53 0 0 76 0 0 40 0 0 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.609276486 0.609276486 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 55889031 T C - - - - - - 48 0 0 49 0 0 25 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.050036176 1.025018088 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 55950120 C A - - - - - - 41 0 0 58 0 0 37 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.404919897 1.404919897 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 58061377 C T - - - - - - 34 0 0 51 0 0 43 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.946170543 0.946170543 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 60677240 A C - - - - - - 48 0 0 71 0 0 30 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.404919897 1.404919897 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 63946774 G A GGH CCDS6177.1 r.? - - intronic 32 0 0 51 0 0 17 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.361912145 1.361912145 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64795936 T C - - - - - - 44 0 0 60 0 0 25 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.85298708 0.85298708 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64885996 A T - - - - - - 27 0 0 61 0 0 34 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.652284238 0.652284238 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 64960652 G T - - - - - - 51 0 0 57 0 0 40 2 5 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0.250400802 0.250400802 1 0.716795866 0.716795866 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.017193422 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65122040 C A - - - - - - 31 0 0 58 0 0 22 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.874490956 0.874490956 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 65531657 G A CYP7B1 CCDS6180.1 r.? - - intronic 37 0 0 71 0 0 40 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.824315245 0.824315245 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 69998796 T C - - - - - - 51 0 0 68 0 0 40 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.949276486 0.949276486 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 71103051 G C NCOA2 CCDS47872.1 r.? - - intronic 47 0 0 70 0 0 41 0 0 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.926940568 0.926940568 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72457603 C T - - - - - - 35 0 0 61 0 0 37 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.172635659 1.172635659 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72596020 G A - - - - - - 29 0 0 68 0 0 33 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.016284238 1.016284238 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 72866539 G A AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 36 0 0 60 0 0 41 1 2.4 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.120192385 NA 0 1.451834625 1.451834625 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.18577148 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73010191 C T - - - - - - 49 0 0 59 0 0 38 0 0 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.982780362 0.982780362 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73108358 G T - - - - - - 35 0 0 77 0 0 27 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.982780362 0.982780362 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 73256380 G T - - - - - - 48 0 0 59 0 0 22 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.926940568 0.926940568 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75498407 T G - - - - - - 36 0 0 73 0 0 41 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.91577261 0.91577261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75542628 C T - - - - - - 37 0 0 89 0 0 34 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.91577261 0.91577261 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 75927733 T A CRISPLD1 CCDS6219.1 r.? - - intronic 40 0 0 66 0 0 40 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.284315245 1.284315245 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 76140252 A T AC022274.1 ENST00000504531 r.? - - intronic 45 0 0 67 0 0 33 0 0 62 4 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 8 2 2 5 2 1 3 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.725917313 0.725917313 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 76789414 T G - - - - - - 43 0 0 87 0 0 30 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.58777261 0.58777261 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 78149124 C A - - - - - - 41 0 0 78 0 0 30 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.662966408 0.831483204 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 78922527 G A - - - - - - 42 0 0 64 0 0 32 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 79427235 T G PKIA CCDS6222.1 r.? - - upstream 48 0 0 70 0 0 39 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 80118470 C A - - - - - - 40 0 0 60 1 1.7 29 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0.195242054 0.195242054 1 0 NA 0 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.259739042 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 80388122 A C - - - - - - 26 0 0 59 0 0 32 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.168377261 1.168377261 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 83262819 C T - - - - - - 41 0 0 71 0 0 42 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 83561420 A C - - - - - - 51 0 0 63 0 0 36 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.487421189 0.487421189 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 83924127 G T - - - - - - 51 0 0 80 0 0 37 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.63794832 0.63794832 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 85001135 T A - - - - - - 44 0 0 50 0 0 30 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.361912145 1.361912145 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 87853145 G T - - - - - - 48 0 0 67 0 0 36 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.688124031 0.688124031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 88679011 A C - - - - - - 40 0 0 60 0 0 29 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 88877367 G T - - - - - - 40 0 0 66 0 0 36 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.569782946 1.569782946 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 89360271 C G - - - - - - 37 0 0 61 0 0 49 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.939002584 0.939002584 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 89583488 G T - - - - - - 34 0 0 52 0 0 35 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.759803618 0.759803618 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 89771262 T C - - - - - - 45 0 0 63 0 0 41 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.318904393 1.318904393 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 90066858 T A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 33 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.974842377 0.974842377 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 91968752 G T NECAB1 CCDS47889.1 r.2345g>u c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 70 0 0 30 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.7454677 0.7454677 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 93739365 G T - - - - - - 45 0 0 69 0 0 36 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.573436693 0.573436693 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 94855200 C G - - - - - - 29 0 0 73 0 0 36 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.025018088 1.025018088 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 95834705 T A INTS8 CCDS34925.1 r.? - - upstream 20 0 0 62 0 0 36 1 2.8 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0.140224449 NA 0 2.021364341 1.010682171 2 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.165106833 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 97220202 A T - - - - - - 31 0 0 78 0 0 37 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.268236816 3 4 2 2 2 2 1 2 0.731763184 1 1 3 NA NA 2 NA NA 0.268236816 NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.878005168 0.939002584 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 101220176 C T SPAG1 CCDS34930.1 r.? - - intronic 42 0 0 192 0 0 141 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 27 19 8 24 18 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.91577261 0.91577261 1 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 103045571 G C NCALD CCDS6292.1 r.? - - intronic 43 0 0 82 0 0 51 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.859932817 0.859932817 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106548909 G T ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 42 0 0 93 0 0 51 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.183803618 1.183803618 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106838979 C G - - - - - - 51 0 0 92 0 0 63 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.217307494 1.217307494 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 106852657 C T - - - - - - 49 0 0 78 0 0 47 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.049788114 1.049788114 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 107069722 C T - - - - - - 32 0 0 83 1 1.2 43 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 6 8 5 5 5 2 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.170599078 0.170599078 1 0 NA 0 1.440666667 1.440666667 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.340346757 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 108191831 C A - - - - - - 34 0 0 69 1 1.4 56 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.199032258 0.199032258 1 0 NA 0 1.284315245 1.284315245 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.292392265 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109253931 T G EIF3E CCDS6308.1 r.? - - intronic 34 0 0 69 1 1.4 39 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.199032258 0.199032258 1 0 NA 0 1.284315245 1.284315245 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.292392265 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109293132 G T - - - - - - 42 0 0 89 0 0 44 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.418330749 1.418330749 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109614790 G A - - - - - - 58 0 0 65 0 0 51 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.317819121 1.317819121 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 109905493 A C - - - - - - 36 0 0 60 0 0 29 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.960444444 0.960444444 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 110563760 G T EBAG9 CCDS6313.1 r.? - - intronic 38 0 0 76 0 0 47 0 0 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.960444444 0.960444444 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 110849154 T A - - - - - - 47 0 0 89 0 0 41 0 0 67 5 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.837596899 0.837596899 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 112059412 G T - - - - - - 32 0 0 99 0 0 38 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.116795866 1.116795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 112246323 A T - - - - - - 43 0 0 72 0 0 39 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.904604651 0.904604651 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 113170023 T C - - - - - - 41 0 0 65 0 0 45 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.139131783 1.139131783 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 113720703 T C CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 48 0 0 74 0 0 35 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.116795866 1.116795866 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114120040 T C CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 42 0 0 87 0 0 38 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.954392765 0.977196382 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114513085 C A - - - - - - 45 0 0 80 0 0 42 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.99394832 0.99394832 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 114799669 A T - - - - - - 37 0 0 62 0 0 39 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.731033592 1.731033592 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 116185378 T C - - - - - - 33 0 0 66 0 0 50 0 0 74 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.759421189 0.759421189 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 116829368 G C - - - - - - 14 0 0 56 0 0 27 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.172635659 1.172635659 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 118004736 A T SLC30A8 CCDS6322.1 r.? - - intronic 39 0 0 66 0 0 45 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.708697674 0.854348837 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 120359484 T C - - - - - - 37 0 0 86 0 0 39 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.172635659 1.172635659 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 120884155 A C DEPDC6 CCDS6331.1 r.? - - upstream 43 0 0 93 0 0 36 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.127963824 1.127963824 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 121453594 C A MTBP CCDS6333.1 r.? - - upstream 32 0 0 89 0 0 48 0 0 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.474170543 1.474170543 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 122371933 C G - - - - - - 37 0 0 76 0 0 29 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.619354005 1.619354005 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 122884323 C T - - - - - - 45 0 0 81 0 0 34 0 0 65 5 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.859932817 0.859932817 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131299056 C T ASAP1 CCDS6362.1 r.? - - intronic 41 0 0 80 0 0 44 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.261979328 1.261979328 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131640876 C T - - - - - - 41 0 0 75 0 0 47 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.597018088 1.597018088 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 131917048 T C ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 45 0 0 78 0 0 42 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.362490956 1.362490956 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132207913 T C - - - - - - 52 0 0 64 0 0 39 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.027452196 1.027452196 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 132631076 G T - - - - - - 49 0 0 67 0 0 40 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.32898708 1.32898708 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133146307 A T KCNQ3 CCDS34943.1 r.? - - intronic 40 0 0 83 0 0 38 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.284315245 1.284315245 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 133732175 G A TMEM71 CCDS6366.1 r.? - - intronic 42 0 0 66 0 0 32 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.904604651 0.904604651 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 134674692 C T - - - - - - 35 0 0 62 0 0 32 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.340155039 1.340155039 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 136524369 T C KHDRBS3 CCDS6374.1 r.? - - intronic 26 0 0 72 0 0 46 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.865049096 1.865049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137316897 T G - - - - - - 42 0 0 81 0 0 40 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.630521964 1.630521964 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137360611 G A - - - - - - 40 0 0 79 0 0 40 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.099576227 1.049788114 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137440899 C A - - - - - - 34 0 0 69 0 0 30 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.183803618 1.183803618 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137588750 C A - - - - - - 42 0 0 70 0 0 32 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.284315245 1.284315245 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137643913 T C - - - - - - 38 0 0 64 0 0 44 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.887385013 0.943692506 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 137986869 G T - - - - - - 35 0 0 74 1 1.4 43 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.199032258 0.199032258 1 0 NA 0 1.652857881 1.652857881 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.309906439 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138254084 C G - - - - - - 29 0 0 71 0 0 25 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.094459948 1.094459948 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 138872005 C A - - - - - - 56 0 0 77 0 0 50 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.859932817 0.859932817 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139069303 T C - - - - - - 38 0 0 57 1 1.8 42 3 7.1 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.255898618 0.255898618 1 0.426569138 0.426569138 1 2.41227907 0.804093023 3 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.248523156 1 0.001240292 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 139143723 T C FAM135B CCDS6375.2 r.5507a>g c.? p.? 3'UTR variant 41 0 0 74 0 0 39 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.317819121 1.317819121 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 140086795 G C - - - - - - 27 0 0 59 0 0 30 0 0 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.792925065 0.792925065 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 140914648 C G TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 22 0 0 60 0 0 34 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.440666667 1.440666667 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 141045630 C T TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 25 0 0 57 0 0 48 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.686361757 1.686361757 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 142649697 G A - - - - - - 7 0 0 71 0 0 46 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.898552972 0.949276486 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 144149433 C G - - - - - - 39 0 0 68 0 0 44 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.865049096 1.865049096 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 144754445 A T - - - - - - 29 0 0 72 0 0 54 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.775705426 1.775705426 1 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 8 145907510 C T - - - - - - 7 0 0 47 1 2.1 35 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 8 4 3 5 3 1 3 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.298548387 0.298548387 1 0 NA 0 1.786873385 1.786873385 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.209895027 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 1121658 T C - - - - - - 36 0 0 48 0 0 23 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.147286822 1.147286822 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 1591232 G C - - - - - - 62 0 0 63 0 0 20 1 5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0.150400802 0.150400802 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.09538952 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 1968214 G T - - - - - - 41 0 0 65 0 0 22 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0 0 1 0.909560724 0.909560724 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 8518813 G A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 0 0 17 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 9077270 T G PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 51 0 0 45 0 0 21 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.971576227 0.971576227 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 11231902 G A - - - - - - 41 0 0 63 0 0 27 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.069767442 1.069767442 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 13745768 G C - - - - - - 39 0 0 63 0 0 28 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.729098581 1 2 1 1 2 0 0 0 0.270901419 1 1 2 NA NA 0 NA NA 0.729098581 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.713178295 0.713178295 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 15625194 T C C9orf93 CCDS6481.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 0 0 21 0 0 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 2 2 1 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.147286822 1.147286822 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 16199203 A C C9orf92 ENST00000380685 r.? - - downstream 45 0 0 48 0 0 16 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 2 2 1 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.764857881 0.764857881 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 16359806 G A - - - - - - 45 0 0 66 0 0 15 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 2 2 1 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.002583979 1.002583979 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 16693059 C T BNC2 CCDS6482.2 r.? - - intronic 24 0 0 44 0 0 22 0 0 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 1 2 2 1 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.121447028 1.121447028 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 17426982 G T CNTLN CCDS43789.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 0 0 26 0 0 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.674418605 0.837209302 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 17863810 G C - - - - - - 39 0 0 51 0 0 32 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925064599 0.925064599 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 19455971 G A ACER2 CCDS34992.1 r.? - - downstream 25 0 0 44 0 0 28 0 0 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.121447028 1.121447028 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 20432281 T G MLLT3 CCDS6494.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 0 0 29 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.909560724 0.909560724 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 20450998 T G MLLT3 CCDS6494.1 r.? - - intronic 51 0 0 54 0 0 28 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.516795866 0.516795866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 20575358 C G MLLT3 CCDS6494.1 r.? - - intronic 54 0 0 54 0 0 26 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.625322997 0.625322997 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22552958 C T - - - - - - 48 0 0 64 0 0 45 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.832041344 0.832041344 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 22973663 T C - - - - - - 49 0 0 66 0 0 35 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.88372093 0.88372093 1 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 23995948 C A - - - - - - 47 0 0 48 0 0 23 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.925064599 0.925064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 24090577 C T - - - - - - 30 0 0 46 0 0 49 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.785529716 0.785529716 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 30139909 C A - - - - - - 41 0 0 62 0 0 38 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.909560724 0.909560724 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 31045249 T A - - - - - - 47 0 0 46 0 0 40 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 31326530 G T - - - - - - 43 0 0 41 0 0 27 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.863049096 0.863049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 32677796 A T - - - - - - 34 0 0 65 0 0 50 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.687338501 0.687338501 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 33960779 A C UBAP2 CCDS6547.1 r.? - - intronic 34 0 0 62 3 4.8 35 1 2.9 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.442396313 0.442396313 1 0.174232465 0.174232465 1 0.50129199 0.50129199 1 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.003793816 1 0.16091139 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 35231236 A C UNC13B CCDS6579.1 r.? - - intronic 51 0 0 42 0 0 38 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.645994832 0.645994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 35683699 T C TPM2 CCDS6586.1 r.? - - intronic 41 0 0 55 0 0 41 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.739018088 0.739018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 35803822 G A NPR2 CCDS6590.1 r.? - - intronic 49 0 0 66 0 0 40 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4 2 2 4 2 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.775193798 0.775193798 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 44166573 G T - - - - - - 35 0 0 63 0 0 30 0 0 20 6 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 2 2 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.850387597 1.850387597 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.7E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 45368094 A G - - - - - - 47 0 0 78 0 0 65 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.561284238 0.561284238 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 72845836 A G MAMDC2 CCDS6631.1 r.? - - downstream 41 0 0 62 0 0 25 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.906689922 0.906689922 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 73246203 T C TRPM3 CCDS43835.1 r.? - - intronic 43 0 0 46 0 0 43 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.789498708 0.789498708 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74412419 C A - - - - - - 46 0 0 49 0 0 31 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.703147287 0.703147287 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 74735708 C A - - - - - - 36 0 0 60 0 0 30 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.646844961 1.646844961 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 76870424 G T - - - - - - 46 0 0 50 0 0 32 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.814170543 0.814170543 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 78755206 G A PCSK5 CCDS6652.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 0 0 50 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.696979328 0.696979328 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 86235354 C A C9orf103 CCDS35048.1 r.? - - upstream 44 0 0 60 0 0 41 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.604459948 0.604459948 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 87471987 T C NTRK2 CCDS35051.1 r.? - - intronic 27 0 0 61 0 0 38 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.196583979 1.196583979 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 89128651 C T - - - - - - 37 0 0 57 0 0 35 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.752490956 0.752490956 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 93093545 C A - - - - - - 40 0 0 60 0 0 41 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.14724031 1.14724031 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 95916128 T C - - - - - - 27 0 0 59 0 0 35 0 0 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.764036176 1.764036176 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 97340576 T C FBP2 CCDS6711.1 r.? - - intronic 52 0 0 59 0 0 37 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.715483204 0.715483204 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 97470264 C T C9orf118 ENST00000375325 r.? - - intronic 31 0 0 51 0 0 38 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.851178295 0.851178295 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 97752308 A T MIR24-1 CCDS6713.1 r.? - - intronic 20 0 0 43 0 0 24 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.96220155 0.96220155 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 98207773 G A PTCH1 CCDS6714.1 r.5434c>u c.? p.? 3'UTR variant 40 0 0 56 0 0 35 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.184248062 1.184248062 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 99024888 G C HSD17B3 CCDS6716.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 0 0 45 0 0 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.782540052 0.891270026 2 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 100625258 C T - - - - - - 34 0 0 51 0 0 26 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.104064599 1.104064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 105128493 C G - - - - - - 49 0 0 45 0 0 32 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.949865633 0.949865633 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 105442979 C G - - - - - - 35 0 0 60 0 0 37 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.993041344 0.993041344 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 106210936 A T - - - - - - 38 0 0 59 0 0 24 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.635299742 0.635299742 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 109192160 G C - - - - - - 50 0 0 52 0 0 34 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.629131783 0.629131783 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 111158359 C A - - - - - - 48 0 0 62 0 0 30 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 111561629 A G - - - - - - 40 0 0 59 0 0 28 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.882018088 0.882018088 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 112275359 G A - - - - - - 42 0 0 55 0 0 38 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.999209302 0.999209302 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 113359774 A T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 35 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.906689922 0.906689922 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 113373879 G T - - - - - - 32 0 0 51 0 0 36 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.727819121 0.727819121 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 116717404 T G ZNF618 CCDS48008.1 r.? - - intronic 39 0 0 46 0 0 34 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.104064599 1.104064599 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 118038552 A G Nov-97 CCDS6812.1 r.? - - intronic 16 0 0 48 0 0 42 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.814170543 0.814170543 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 123207273 C A CDK5RAP2 CCDS6823.1 r.? - - intronic 48 0 0 60 0 0 29 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.030049096 1.030049096 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 124333987 G T DAB2IP CCDS6833.2 r.? - - intronic 12 0 0 57 0 0 31 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.851178295 0.851178295 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 127581654 C G OLFML2A CCDS6857.2 r.? - - downstream 17 0 0 56 0 0 39 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.165744186 1.165744186 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 128733219 T C PBX3 CCDS6865.1 r.? - - downstream 22 0 0 43 0 0 35 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.393958656 1.393958656 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 130344497 A T FAM129B CCDS35144.1 r.? - - upstream 29 0 0 46 0 0 31 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.770994832 0.770994832 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 134957268 G A MED27 CCDS6945.1 r.? - - upstream 27 0 0 43 0 0 43 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.307607235 1.307607235 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 135509803 T C DDX31 CCDS6951.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 0 0 33 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.746322997 0.746322997 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 137341188 G A - - - - - - 35 0 0 62 0 0 34 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.159576227 1.159576227 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 138312748 C G - - - - - - 19 0 0 56 0 0 27 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.838842377 0.838842377 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 139762482 G A EDF1 CCDS7012.1 r.? - - upstream 9 0 0 56 0 0 35 0 0 21 5 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.46797416 1.46797416 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.95E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 140429912 A G PNPLA7 CCDS48070.1 r.? - - intronic 20 0 0 81 0 0 45 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.079392765 1.079392765 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 140745595 T G - - - - - - 22 0 0 80 0 0 43 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.233591731 1.233591731 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 140924472 C A CACNA1B ENST00000371372 r.? - - intronic 36 0 0 83 0 0 45 0 0 42 4 9.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.585956072 0.585956072 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b 9 141086731 G T - - - - - - 45 0 0 106 0 0 69 0 0 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 6 3 1 3 2 1 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.419421189 0.419421189 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 2825811 C G ARSD CCDS35196.1 r.? - - intronic 19 0 0 56 0 0 44 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.347576227 1.347576227 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 3417048 G T - - - - - - 41 0 0 81 1 1.2 41 0 0 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.134599078 0.134599078 1 0 0 1 1.65579845 1.65579845 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.333700419 1 1 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4279535 T A - - - - - - 47 0 0 78 0 0 41 0 0 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.007028424 1.003514212 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4755939 G A - - - - - - 48 0 0 75 0 0 40 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.22572093 1.22572093 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 4914519 C A - - - - - - 47 0 0 71 0 0 38 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.996346253 0.996346253 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5052952 G T - - - - - - 38 0 0 70 0 0 33 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.70597416 1.70597416 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5223531 G C - - - - - - 31 0 0 79 0 0 33 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.06802584 1.06802584 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5223580 G T - - - - - - 34 0 0 75 0 0 36 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.433591731 1.433591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5224029 G C - - - - - - 32 0 0 69 0 0 37 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.824315245 0.824315245 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5224364 G C - - - - - - 49 0 0 74 0 0 40 0 0 56 7 12.5 196 0 0 140 0 0 156 1 0.6 178 19 10.7 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 0.036048096 0.036048096 1 0.766971576 0.766971576 1 1 1 1 1 1 1 1 0.542489994 1.46E-08 1.56E-19 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 5224500 G C - - - - - - 34 0 0 66 0 0 43 0 0 37 5 13.5 329 2 0.6 269 1 0.4 229 0 0 282 21 7.4 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.967674419 0.967674419 1 1 0 0 1 0.530428941 0.530428941 1 1 1 1 0.489995026 1 0.740337807 1 1 0.00000119 3.57E-18 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 5224520 G A - - - - - - 44 0 0 72 0 0 45 0 0 44 6 13.6 299 0 0 250 0 0 221 1 0.5 282 20 7.1 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.974842377 0.974842377 1 1 0.03004008 0.03004008 1 0.508925065 0.508925065 1 1 1 1 1 1 1 1 0.669705878 9.37E-08 5.71E-17 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 5224563 G C - - - - - - 46 0 0 79 0 0 43 0 0 56 9 16.1 252 0 0 187 0 0 177 0 0 230 12 5.2 TRUE TRUE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.154041344 1.154041344 1 1 0 0 1 0.37273385 0.37273385 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 3.05E-09 YES 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9770b X 5225063 G A - - - - - - 31 0 0 55 0 0 30 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.616444444 0.616444444 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5225116 G A - - - - - - 34 0 0 65 0 0 35 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139705426 1.139705426 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5225118 G A - - - - - - 34 0 0 67 0 0 35 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5226112 G C - - - - - - 42 0 0 65 0 0 43 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.731131783 0.731131783 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5250759 A G - - - - - - 40 0 0 74 0 0 32 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.652284238 0.652284238 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5417019 G T - - - - - - 47 0 0 63 0 0 36 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.7454677 0.7454677 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5605050 A G - - - - - - 48 0 0 72 0 0 48 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.702459948 0.702459948 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5608776 G T - - - - - - 13 0 0 76 0 0 52 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.354744186 1.354744186 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5642291 A T - - - - - - 37 0 0 56 0 0 36 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.003514212 1.003514212 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 5752069 G T - - - - - - 36 0 0 69 0 0 39 1 2.6 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.156208417 0.156208417 1 1.605622739 1.605622739 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.177567718 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 6819886 C A - - - - - - 28 0 0 60 0 0 46 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.075193798 1.075193798 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 8316222 T G ENSG00000227978 ENST00000418307 r.? - - intronic 37 0 0 69 0 0 36 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 9611284 G A TBL1X CCDS14133.1 r.? - - intronic 35 0 0 61 0 0 41 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.748981912 0.874490956 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 11360261 A G ARHGAP6 CCDS14140.1 r.? - - intronic 29 0 0 71 0 0 38 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 11387352 C T ARHGAP6 CCDS14140.1 r.? - - intronic 45 0 0 91 0 0 39 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.716795866 0.716795866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 11449975 G C ARHGAP6 CCDS14140.1 r.? - - intronic 48 0 0 55 0 0 31 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.519607235 1.519607235 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 12595590 A G FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 0 0 39 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.731131783 0.731131783 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 13612147 C T EGFL6 CCDS14155.1 r.? - - intronic 46 0 0 62 0 0 30 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.247224806 1.247224806 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 14496773 G A - - - - - - 41 0 0 65 0 0 39 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139705426 1.139705426 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 14605030 A T GLRA2 CCDS48085.1 r.? - - intronic 53 0 0 73 0 0 55 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.232888889 1.232888889 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 14643331 C A GLRA2 CCDS48085.1 r.? - - intronic 43 0 0 51 0 0 43 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.318904393 1.318904393 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 17150166 C A REPS2 CCDS14180.2 r.? - - intronic 31 0 0 66 0 0 37 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.774139535 0.774139535 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 18308294 T C SCML2 CCDS14185.1 r.? - - intronic 39 0 0 76 0 0 53 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.838651163 0.838651163 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 18472730 G A CDKL5 CCDS14186.1 r.? - - intronic 22 0 0 63 0 0 35 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.834997416 0.917498708 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 20960626 G T - - - - - - 30 0 0 74 0 0 42 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.197049096 1.197049096 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 22045579 T A PHEX CCDS14204.1 r.? - - upstream 42 0 0 64 0 0 32 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.154041344 1.154041344 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 22395397 G T - - - - - - 33 0 0 53 0 0 46 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 23957085 G C CXorf58 CCDS14209.1 r.? - - intronic 44 0 0 62 0 0 33 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.931834625 0.931834625 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 24751749 C A POLA1 CCDS14214.1 r.? - - intronic 28 0 0 64 0 0 40 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.232888889 1.232888889 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 25718517 A T - - - - - - 40 0 0 72 0 0 42 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483767442 1.483767442 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 25734488 C T - - - - - - 45 0 0 73 0 0 20 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.168377261 1.168377261 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 25745644 C G - - - - - - 36 0 0 66 0 0 47 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.967674419 0.967674419 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 26727604 A G - - - - - - 32 0 0 57 0 0 29 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.85298708 0.85298708 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28044420 C A - - - - - - 26 0 0 55 0 0 42 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.33324031 1.33324031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28075503 G T - - - - - - 27 0 0 60 1 1.7 29 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.190682028 0.190682028 1 0 0 1 1.734645995 1.734645995 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.259739042 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28212429 G C - - - - - - 64 0 0 70 0 0 26 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.680956072 0.680956072 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28379222 G T - - - - - - 35 0 0 66 0 0 38 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.680956072 0.680956072 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 28955971 T C IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 46 0 0 67 0 0 43 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.860155039 0.860155039 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29001500 A G IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 43 0 0 63 0 0 47 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.688124031 0.688124031 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29133099 A C IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 29 0 0 68 0 0 45 1 2.2 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.132176353 0.132176353 1 0.652284238 0.652284238 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.201934322 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29179273 A T IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 19 0 0 51 0 0 39 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139705426 1.139705426 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29563880 A G IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 40 0 0 83 0 0 37 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.953338501 0.953338501 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29564356 C A IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 42 0 0 81 0 0 55 0 0 51 5 9.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.702459948 0.702459948 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 29672103 A T IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 35 0 0 73 0 0 43 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31500355 G T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 33 0 0 60 0 0 38 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31621808 A T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 44 0 0 65 0 0 36 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.11820155 1.11820155 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31621813 T A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 45 0 0 67 0 0 37 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.089529716 1.089529716 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 31893843 G C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 43 0 0 53 0 0 42 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.791989664 0.895994832 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 32783065 A G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 40 0 0 56 0 0 33 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.361912145 1.361912145 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 33398834 T C - - - - - - 39 0 0 48 0 0 35 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.845819121 0.845819121 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 34263892 T A - - - - - - 46 0 0 68 0 0 37 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.895994832 0.895994832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 34788417 G T - - - - - - 39 0 0 57 0 0 42 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 35598842 C G - - - - - - 40 0 0 55 0 0 32 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.716795866 0.716795866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 36760520 A G - - - - - - 43 0 0 70 6 8.6 38 3 7.9 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964626728 0.964626728 1 0.474633267 0.474633267 1 0.860155039 0.860155039 1 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.000925091 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 38733758 C G - - - - - - 50 0 0 67 0 0 42 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.433591731 1.433591731 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 38821880 C A - - - - - - 36 0 0 71 0 0 41 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.63794832 0.63794832 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 43132485 C G - - - - - - 38 0 0 62 0 0 42 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.831483204 0.831483204 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 44645539 T C - - - - - - 38 0 0 76 0 0 41 0 0 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.214899225 1.107449612 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 46649542 A C - - - - - - 26 0 0 61 0 0 49 0 0 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.913844961 0.956922481 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47464846 C A SYN1 CCDS14280.1 r.? - - intronic 34 0 0 63 1 1.6 31 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.179465438 0.179465438 1 0 0 1 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.27078753 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47464847 C A SYN1 CCDS14280.1 r.? - - intronic 34 0 0 63 0 0 31 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.817147287 0.817147287 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 47685181 T A - - - - - - 44 0 0 74 0 0 39 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.702459948 0.702459948 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 48023808 A G - - - - - - 35 0 0 71 0 0 48 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.874490956 0.874490956 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 48222786 G A - - - - - - 33 0 0 78 0 0 54 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.412087855 1.412087855 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 48809216 T C OTUD5 CCDS14313.1 r.? - - intronic 9 0 0 68 0 0 40 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.974842377 0.974842377 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 51085396 T C - - - - - - 43 0 0 63 0 0 41 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.404919897 1.404919897 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 51547377 C G MAGED1 CCDS14337.1 r.? - - intronic 42 0 0 76 0 0 41 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.870837209 0.935418605 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 52021074 C T - - - - - - 16 0 0 65 0 0 48 0 0 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.229235142 1.114617571 2 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 52873776 T A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 51 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.132537468 1.132537468 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 55084670 G C - - - - - - 39 0 0 64 0 0 42 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.103865633 1.103865633 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 56943057 G A - - - - - - 33 0 0 59 0 0 33 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.347576227 1.347576227 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 62117869 A G - - - - - - 38 0 0 70 0 0 41 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2 2 2 2 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.910330749 0.910330749 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63145003 G A - - - - - - 41 0 0 69 0 0 41 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 1.167627791 1.167627791 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 63571027 C A MTMR8 CCDS14379.1 r.? - - intronic 46 0 0 60 1 1.7 37 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0.190682028 0.190682028 1 0 0 1 0.917421836 0.917421836 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 0.259739042 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 64667644 C A - - - - - - 46 0 0 54 0 0 33 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 1.244614239 1.244614239 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65620329 A T - - - - - - 32 0 0 51 0 0 25 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 0.917421836 0.917421836 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 65901223 T C - - - - - - 38 0 0 77 0 0 38 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 0.712124642 0.712124642 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 66429822 T A - - - - - - 36 0 0 40 0 0 43 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 1.283107462 1.283107462 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 66541068 G A - - - - - - 36 0 0 66 0 0 49 0 0 31 11 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.247578656 2 2 2 2 2 1 1 1 0.752421344 NA NA 3 NA NA 1 NA NA 0.247578656 0 0 1 0 0 1 2.277515746 1.013319707 2.247578656 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67490983 G T OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 26 0 0 64 0 0 46 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.624075049 0.624075049 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 67979572 C G - - - - - - 22 0 0 65 0 0 33 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.634834964 0.634834964 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 69789034 C A TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 30 0 0 67 0 0 61 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.586415348 0.586415348 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 69789035 C G TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 31 0 0 66 0 0 60 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.597175262 0.597175262 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 70145503 G A SLC7A3 CCDS14404.1 r.2165c>u c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 65 0 0 46 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.597175262 0.597175262 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 70156881 C G - - - - - - 41 0 0 71 0 0 54 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.731674195 0.731674195 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 72411188 C A - - - - - - 45 0 0 45 0 0 43 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.96301236 0.96301236 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 73860170 C T - - - - - - 50 0 0 56 0 0 30 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.860793171 0.860793171 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74376540 A T ABCB7 CCDS14428.1 r.? - - upstream 33 0 0 55 0 0 36 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.796233683 0.796233683 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 74833796 G A - - - - - - 31 0 0 64 0 0 37 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.871553086 0.871553086 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 75251985 G A - - - - - - 34 0 0 50 0 0 37 0 0 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.468728348 1.468728348 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76003463 G C - - - - - - 36 0 0 49 0 0 25 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.839273342 0.839273342 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76145797 G C - - - - - - 33 0 0 55 0 0 31 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.979152232 0.979152232 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 76276052 C T - - - - - - 41 0 0 50 0 0 39 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.075991464 1.075991464 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77141237 G T MAGT1 CCDS14436.2 r.? - - intronic 25 0 0 62 0 0 38 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.919972702 0.919972702 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77432827 T C - - - - - - 30 0 0 39 3 7.7 23 2 8.7 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0.863677419 0.863677419 1 0.522697395 0.522697395 1 1.447208519 1.447208519 1 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.00589844 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 77949981 C A - - - - - - 29 0 0 73 0 0 27 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.211998663 2 2 1 2 2 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.715534323 0.715534323 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79632526 T A - - - - - - 42 0 0 45 0 0 29 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.860793171 0.860793171 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79702758 G A FAM46D CCDS14446.1 r.? - - downstream 30 0 0 83 0 0 34 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.769333897 0.769333897 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 79770907 T C - - - - - - 39 0 0 64 0 0 27 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.898452872 0.898452872 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 82620840 A G - - - - - - 26 0 0 49 0 0 24 0 0 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.96301236 0.96301236 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 83895594 T A - - - - - - 49 0 0 61 0 0 28 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.871553086 0.871553086 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 83919952 T G - - - - - - 44 0 0 49 0 0 37 0 0 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.511768007 1.511768007 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 84237321 C A - - - - - - 45 0 0 73 0 0 30 0 0 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.468728348 1.468728348 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85515668 C A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 57 0 0 57 0 0 38 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.941492531 0.941492531 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 85837372 G A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 0 0 24 0 0 32 11 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.743209227 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.256790773 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.743209227 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.850705318 1.52698627 1.211998663 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.72E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 86392567 C A - - - - - - 36 0 0 57 0 0 32 0 0 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.447208519 1.447208519 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87700866 G A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 42 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.726294238 0.726294238 1 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 87859326 C A - - - - - - 44 0 0 69 0 0 31 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.866173128 0.866173128 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 88333773 G A - - - - - - 37 0 0 61 0 0 39 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.817753513 0.817753513 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 89037436 A T - - - - - - 45 0 0 55 0 0 30 0 0 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.113651165 1.113651165 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 90831842 T G - - - - - - 19 0 0 44 0 0 32 0 0 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.221250312 1.221250312 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 91094817 C A PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 0 0 26 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.34498933 1.34498933 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 91997521 A C - - - - - - 31 0 0 55 0 0 19 0 0 23 8 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.872225147 1.544741924 1.211998663 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 92474170 C T - - - - - - 30 0 0 52 0 0 30 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.898452872 0.898452872 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 93517247 G A - - - - - - 43 0 0 67 0 0 37 0 0 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.34498933 1.34498933 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94192474 T A - - - - - - 49 0 0 62 0 0 44 0 0 32 13 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 2.184262672 1.802198912 1.211998663 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94545693 G T - - - - - - 31 0 0 61 0 0 39 1 2.6 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0.113292064 0.113292064 1 1.560187623 1.560187623 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 0.177567718 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 94695962 A G - - - - - - 42 0 0 54 0 0 13 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.806993598 0.806993598 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95114424 C A - - - - - - 42 0 0 73 0 0 42 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.710154366 0.710154366 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95156477 A T - - - - - - 31 0 0 56 0 0 41 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.74243411 0.74243411 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 95244080 G A - - - - - - 41 0 0 59 0 0 31 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.04371172 1.04371172 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 96828009 T A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 38 0 0 63 0 0 36 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.898452872 0.898452872 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 97045742 A T - - - - - - 42 0 0 77 0 0 38 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.866173128 0.866173128 1 0 0 NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 97343088 A T - - - - - - 44 0 0 66 0 0 37 0 0 23 11 47.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 2.571619599 2.121800689 1.211998663 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 98360682 C A - - - - - - 39 0 0 57 0 0 24 0 0 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.613987196 1.331674073 1.211998663 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 98561530 A T - - - - - - 39 0 0 63 0 0 31 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.04371172 1.04371172 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 99348676 C T - - - - - - 38 0 0 62 0 0 43 0 0 36 13 36.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 2.349371064 2.211998663 1 1 1 1 1 1 0.361238594 0.650628936 0.788001337 2 2 2 1 1 1 0.638761406 0.349371064 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.942164592 1.602447801 1.211998663 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.53E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 100876733 G T ARMCX3 CCDS14489.1 r.? - - upstream 49 0 0 63 0 0 32 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.559515561 0.559515561 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 101223398 A T - - - - - - 19 0 0 62 0 0 37 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 5 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.769333897 0.769333897 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 101821256 G T - - - - - - 39 0 0 54 0 0 33 0 0 23 6 26.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.40416886 1.40416886 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 102028766 G A - - - - - - 37 0 0 57 0 0 42 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.919972702 0.919972702 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103191493 C G - - - - - - 39 0 0 64 0 0 28 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.688634537 0.688634537 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103465501 A T - - - - - - 44 0 0 67 0 0 26 0 0 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.393408946 1.393408946 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103485135 A G - - - - - - 50 0 0 62 0 0 35 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.194350525 1.194350525 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 103939624 G A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 46 0 0 68 0 0 32 0 0 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.70544647 1.407135604 1.211998663 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 105264480 C G - - - - - - 44 0 0 63 0 0 33 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.688634537 0.688634537 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 106119383 G C TBC1D8B CCDS14522.1 r.? - - downstream 59 0 0 62 0 0 38 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.500336031 0.500336031 1 0 NA NA 1 5.379957319 4.438913576 1.211998663 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 107778446 T A COL4A5 CCDS35366.1 r.? - - intronic 45 0 0 80 0 0 38 0 0 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.48486822 1.48486822 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 108281927 C G - - - - - - 34 0 0 67 0 0 38 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.511095945 0.511095945 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 108905386 G C ACSL4 CCDS14548.1 r.? - - intronic 46 0 0 53 0 0 40 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.688634537 0.688634537 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 110162747 A G - - - - - - 37 0 0 62 0 0 28 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.564895519 0.564895519 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 110696989 G T - - - - - - 45 0 0 56 0 0 31 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.075991464 1.075991464 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111029016 T C TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 44 0 0 61 4 6.6 24 2 8.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0.650453184 0.650453184 1 0.415665331 0.415665331 1 0.710154366 0.710154366 1 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.006413403 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 111461066 A C - - - - - - 46 0 0 72 0 0 42 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.898452872 0.898452872 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 112047088 T G AMOT CCDS48154.1 r.? - - intronic 54 0 0 63 0 0 22 0 0 38 14 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.638761406 3 2.211998663 1 2 1 1 1 1 0.361238594 1 0.788001337 2 NA 2 1 NA 1 0.638761406 NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.979824294 1.633520196 1.211998663 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.28E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 112548867 C G - - - - - - 32 0 0 44 0 0 25 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.211998663 2 2 1 0 0 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.860793171 0.860793171 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 112612204 A G - - - - - - 51 0 0 57 0 0 30 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.211998663 2 2 1 0 0 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.828513427 0.828513427 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 112969267 G A - - - - - - 36 0 0 48 0 0 27 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.211998663 2 2 1 0 0 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 1.371889116 1.371889116 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 113234958 C T - - - - - - 28 0 0 41 0 0 21 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.211998663 2 2 1 0 0 1 1 1 0.788001337 NA NA 2 NA NA 1 NA NA 0.211998663 0 0 1 0 0 1 0.715534323 0.715534323 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 113737791 A G - - - - - - 37 0 0 48 0 0 22 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 113898615 G C HTR2C CCDS14564.1 r.? - - intronic 40 0 0 47 0 0 23 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.965719014 0.965719014 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 114162174 G C - - - - - - 40 0 0 45 0 0 24 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.15623501 1.15623501 1 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 114272001 T A - - - - - - 45 0 0 62 0 0 44 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.939440946 0.939440946 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 114686591 C T - - - - - - 33 0 0 61 0 0 33 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.681796379 1.681796379 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 116216330 G A - - - - - - 35 0 0 61 0 0 31 0 0 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.556975554 1.556975554 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 116821498 A T - - - - - - 41 0 0 50 0 0 26 0 0 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.694935413 1.694935413 1 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 116995486 G C - - - - - - 41 0 0 61 0 0 37 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 117416138 G A - - - - - - 22 0 0 50 0 0 36 0 0 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.918298994 1.918298994 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 118046997 C T - - - - - - 20 0 0 54 0 0 27 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.037983702 1.037983702 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120001548 G A CT47B1 CCDS48161.1 r.? - - downstream 45 0 0 50 0 0 37 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.15623501 1.15623501 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120270013 C G - - - - - - 23 0 0 68 0 0 48 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.90659336 0.90659336 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120464360 C A - - - - - - 10 0 0 62 0 0 21 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.484710866 1.484710866 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 120705089 T C - - - - - - 36 0 0 50 0 0 22 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.90659336 0.90659336 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121142680 G A - - - - - - 36 0 0 63 0 0 29 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.438724246 1.438724246 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121601899 A T - - - - - - 37 0 0 43 0 0 24 0 0 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.754061067 1.754061067 1 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121724806 C T - - - - - - 43 0 0 66 0 0 25 0 0 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.839464789 1.839464789 1 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 121743042 C T - - - - - - 35 0 0 39 0 0 22 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.939440946 0.939440946 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 122204913 C G - - - - - - 42 0 0 54 0 0 24 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.254777767 1.254777767 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 122511704 A G GRIA3 ENST00000264357 r.? - - intronic 48 0 0 59 0 0 29 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.037983702 1.037983702 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 123996074 G T ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 30 0 0 47 0 0 27 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.801481087 0.801481087 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 124149098 A T - - - - - - 42 0 0 53 0 0 34 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.011705634 1.011705634 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 124341383 G T - - - - - - 34 0 0 44 0 0 25 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.313903421 1.313903421 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 124490829 A G - - - - - - 44 0 0 57 0 0 31 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.873745775 0.873745775 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 125175320 G T - - - - - - 36 0 0 33 0 0 10 0 0 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.839464789 1.839464789 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 125209382 C T - - - - - - 40 0 0 62 0 0 30 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.959149497 0.959149497 1 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 125338544 C T - - - - - - 37 0 0 48 0 0 23 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.775203018 0.775203018 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 125654862 T C - - - - - - 51 0 0 53 0 0 25 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.90659336 0.90659336 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 125853477 G C - - - - - - 38 0 0 61 0 0 24 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.530697485 1.530697485 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 126368265 C A - - - - - - 48 0 0 48 0 0 23 0 0 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.970855131 0.985427566 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 126368266 A C - - - - - - 50 0 0 47 0 0 25 0 0 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.970855131 0.985427566 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 126418574 C T - - - - - - 42 0 0 66 0 0 34 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.116817908 1.116817908 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 127356729 G T - - - - - - 54 0 0 52 0 0 29 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 128096432 T G - - - - - - 48 0 0 47 0 0 35 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.721213481 1.076807268 1.598441552 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 128819484 A T - - - - - - 34 0 0 37 0 0 32 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.281055835 1.281055835 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 129128371 T G BCORL1 CCDS14616.1 r.? - - intronic 41 0 0 36 0 0 32 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.729216399 0.729216399 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 129314710 G A RAB33A CCDS14621.1 r.? - - intronic 8 0 0 46 0 0 22 0 0 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.642379276 1.642379276 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 130172280 T C - - - - - - 38 0 0 45 0 0 21 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.215360664 1.215360664 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 131562079 T A MBNL3 CCDS14633.1 r.? - - intronic 42 0 0 60 0 0 23 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.419015694 1.419015694 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 132955038 A C GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 47 0 0 46 0 0 30 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.097109356 1.097109356 1 1 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 133381799 C T CCDC160 CCDS48171.1 r.? - - downstream 30 0 0 55 0 0 25 0 0 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.438724246 1.438724246 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 133805172 T A - - - - - - 30 0 0 50 0 0 25 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 134497336 A G ZNF449 CCDS14649.1 r.? - - downstream 45 0 0 58 0 0 23 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.878881892 0.939440946 2 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 134585689 G T - - - - - - 22 0 0 42 0 0 24 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.175943562 1.175943562 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 135007563 C T - - - - - - 34 0 0 50 0 0 26 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.241638733 1.241638733 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 135232433 A C FHL1 CCDS14655.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 0 0 25 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.221930181 1.221930181 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 135823163 C T ARHGEF6 CCDS14660.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 0 0 20 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.353320523 1.353320523 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 136004872 T A - - - - - - 25 0 0 52 0 0 32 0 0 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.90659336 0.90659336 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 136117447 C A GPR101 CCDS14662.1 r.? - - upstream 32 0 0 56 0 0 23 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 138267325 C A FGF13 ENST00000436198 r.? - - intronic 39 0 0 55 0 0 35 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.729216399 0.729216399 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 138550498 G A - - - - - - 48 0 0 64 0 0 31 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.563545071 1.563545071 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 139012022 C T ATP11C ENST00000370557 r.? - - intronic 37 0 0 48 0 0 33 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 139595705 G C - - - - - - 31 0 0 53 0 0 19 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.123387425 1.123387425 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 139803936 A T - - - - - - 36 0 0 49 0 0 26 1 3.8 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3.401558448 2 2 2 0 0 1 1 1 0.598441552 NA NA 2 NA NA 2 NA NA 0.401558448 0 0 1 0.152304609 0.152304609 1 1.386168109 1.386168109 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.122190858 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 140797747 C G - - - - - - 29 0 0 45 0 0 35 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.65695171 0.65695171 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 140941526 G T MAGEC3 CCDS14676.1 r.? - - intronic 42 0 0 71 0 0 41 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.821189638 0.821189638 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 141482262 G T - - - - - - 45 0 0 53 0 0 35 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.313903421 1.313903421 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142043822 C A - - - - - - 38 0 0 57 0 0 30 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.840898189 0.840898189 1 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142393504 A T - - - - - - 33 0 0 60 0 0 22 0 0 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.709507847 0.709507847 1 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142413039 T A - - - - - - 27 0 0 54 0 0 30 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.74892495 0.74892495 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142549171 C A - - - - - - 36 0 0 59 0 0 31 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.15623501 1.15623501 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 142889112 C A - - - - - - 29 0 0 60 0 0 25 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.79491157 0.79491157 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 143725052 C A - - - - - - 53 0 0 66 0 0 30 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.386168109 1.386168109 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145012183 T A - - - - - - 30 0 0 51 0 0 33 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.169374045 1.169374045 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145248002 G T - - - - - - 45 0 0 65 0 0 30 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 1.642379276 1.642379276 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 145944501 T C - - - - - - 38 0 0 49 0 0 21 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.939440946 0.939440946 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146055026 G T - - - - - - 23 0 0 62 0 0 36 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.886884809 0.886884809 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146168867 A G - - - - - - 37 0 0 53 0 0 43 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 0.74892495 0.74892495 1 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 146245096 C T - - - - - - 40 0 0 54 0 0 42 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 3 3.401558448 2 2 2 1 1 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 NA 0 0 0 1 0.965719014 0.965719014 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 147929430 C T AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 42 0 0 48 0 0 26 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 NA 0 1.070831288 1.070831288 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 148082403 T A AFF2 CCDS14684.1 r.? - - downstream 35 0 0 58 0 0 19 0 0 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 NA 0 1.793478169 0.896739085 2 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 149518223 G T - - - - - - 50 0 0 58 0 0 39 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.269157772 2 3.401558448 2 2 2 1 0 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 NA 0 1.399307143 1.399307143 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 150304022 C T - - - - - - 39 0 0 66 0 0 61 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.195652113 1.195652113 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 152652142 C T - - - - - - 38 0 0 91 0 0 43 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.070831288 1.070831288 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9770b X 154119512 G C F8 CCDS35457.1 r.? - - intronic 39 0 0 87 0 0 50 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.269157772 5 3.401558448 2 3 2 1 2 1 0.730842228 1 0.598441552 3 NA 2 1 NA 2 0.269157772 NA 0.401558448 0 0 1 0 0 1 1.024844668 1.024844668 1 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA