Normal Chrom Pos Ref Alt Gene Transcript RNA CDS Protein Effect DIS_sample_PD9775b_depth DIS_MtAll_PD9775b DIS_MtAllPct_PD9775b DIS_sample_PD9775a_depth DIS_MtAll_PD9775a DIS_MtAllPct_PD9775a DIS_sample_PD9775c_depth DIS_MtAll_PD9775c DIS_MtAllPct_PD9775c VAL_sample_PD9775b_depth VAL_MtAll_PD9775b VAL_MtAllPct_PD9775b VAL_sample_PD9775a_depth VAL_MtAll_PD9775a VAL_MtAllPct_PD9775a VAL_sample_PD9775c_depth VAL_MtAll_PD9775c VAL_MtAllPct_PD9775c in.discovery in.validation subclonal.CN.a subclonal.CN.c nMaj1.a nMaj1.c nMin1.a nMin1.c frac1.a frac1.c nMaj2.a nMaj2.c nMin2.a nMin2.c frac2.a frac2.c mutation.copy.number.a subclonal.fraction.a no.chrs.bearing.mut.a mutation.copy.number.c subclonal.fraction.c no.chrs.bearing.mut.c val.mutation.copy.number.a val.subclonal.fraction.a val.no.chrs.bearing.mut.a val.mutation.copy.number.c val.subclonal.fraction.c val.no.chrs.bearing.mut.c discovery.DP.cluster validation.DP.cluster pbinom_dis_b pbinom_val_b pbinom_dis_a pbinom_val_a pbinom_dis_c pbinom_val_c VAL_LOCUS val_status_a val_status_c current.conf.status val.platform PD9775b 1 2240135 T C SKI CCDS39.1 r.4190u>c c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 41 8 19.5 36 1 2.8 185 0 0 390 31 7.9 230 15 6.5 TRUE TRUE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.785843362 1.785843362 1 0.262233573 0.262233573 1 0.723495516 0.723495516 1 0.60875651 0.60875651 1 3 5 1 1 3.22E-11 6.14E-27 0.165106833 1.42E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 119461234 C G TBX15 CCDS30816.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 8 16 35 0 0 213 0 0 136 8 5.9 147 5 3.4 TRUE TRUE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.465307374 1.465307374 1 0 0 1 0.540332094 0.540332094 1 0.318426482 1.165175934 0.273286182 3 6 1 1 1.74E-10 0.000000521 1 0.000927198 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 120357381 G A REG4 CCDS906.1 r.? - - upstream 36 0 0 36 6 16.7 36 1 2.8 243 1 0.4 149 21 14.1 202 15 7.4 TRUE TRUE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.529414571 1.529414571 1 0.262233573 0.262233573 1 1.291302123 1.291302123 1 0.693045872 0.693045872 1 3 6 1 0.704192881 2.68E-08 5.00E-24 0.165106833 2.17E-13 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 120357382 C T REG4 CCDS906.1 r.? - - upstream 37 0 0 35 6 17.1 35 1 2.9 242 0 0 149 21 14.1 198 14 7.1 TRUE TRUE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.566047256 1.566047256 1 0.271599058 0.271599058 1 1.291302123 1.291302123 1 0.664949418 0.664949418 1 3 6 1 1 2.24E-08 5.00E-24 0.16091139 2.64E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 150684382 T C HORMAD1 CCDS967.1 r.? - - intronic 41 0 0 41 11 26.8 38 9 23.7 144 0 0 63 22 34.9 125 36 28.8 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.743394176 0.914464725 3 2.48113768 1.043926153 2.376736776 3.572554356 1.069629067 3.339993709 3.015053383 1.005017794 3 3 6 1 1 1.34E-16 1.03E-34 2.79E-13 2.89E-52 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 154584183 C T ADAR CCDS1071.1 r.? - - upstream 25 0 0 45 8 17.8 47 6 12.8 136 0 0 326 42 12.9 185 29 15.7 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.822105087 1.822105087 1 1.340023726 1.340023726 1 1.320514361 0.985463105 1.339993709 1.643622851 0.821811426 2 3 6 1 1 7.14E-11 9.15E-45 0.000000141 5.46E-34 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 165651339 C G ALDH9A1 CCDS1250.2 r.897+5g>c c.592+5G>C p.? ess splice 36 0 0 37 9 24.3 37 4 10.8 208 0 0 270 30 11.1 176 26 14.8 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.48748054 1.06302873 2.339993709 1.130645019 1.130645019 1 1.136256543 1.136256543 1 1.549402433 1.125416608 1.376736776 3 6 1 1 2.14E-13 1.80E-30 0.0000362 6.21E-30 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 175019324 C A - - - - - - 29 0 0 42 11 26.2 34 3 8.8 175 0 0 59 8 13.6 137 15 10.9 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.681974903 0.893991634 3 0.921266311 0.921266311 1 1.392170179 1.392170179 1 1.141113954 1.141113954 1 3 6 1 1 1.81E-16 6.90E-10 0.000666058 6.68E-16 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 203710547 G A ATP2B4 CCDS1440.1 r.6306g>a c.? p.? 3'UTR variant 30 0 0 39 11 28.2 39 5 12.8 137 0 0 269 40 14.9 145 23 15.9 TRUE TRUE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.896213749 0.965404583 3 1.336574787 1.336574787 1 1.530268966 0.940956886 1.626290204 1.660276493 1.006101313 1.650208058 3 6 1 1 7.20E-17 2.66E-45 0.00000156 2.09E-27 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 204165541 G C KISS1 CCDS41454.1 r.74c>g c.? p.? 5'UTR variant 27 0 0 39 6 15.4 21 0 0 72 0 0 148 15 10.1 57 8 14 TRUE TRUE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.581620274 1.581620274 1 0 0 1 1.037296414 1.037296414 1 1.461878673 1.461878673 1 3 6 1 1 4.43E-08 2.15E-15 1 5.19E-10 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 215672552 G C - - - - - - 23 0 0 46 6 13 42 1 2.4 303 0 0 149 8 5.4 185 12 6.5 TRUE TRUE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.335133998 1.335133998 1 0.250607773 0.250607773 1 0.554594122 0.554594122 1 0.678729384 0.678729384 1 3 5 1 1 0.000000123 0.00000104 0.189842622 2.56E-10 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 223443067 A G SUSD4 CCDS41471.1 r.? - - intronic 39 0 0 46 9 19.6 45 8 17.8 197 0 0 127 12 9.4 162 15 9.3 TRUE TRUE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.012971258 1.006485629 2 1.858674313 1.858674313 1 0.965404583 0.965404583 1 0.971105119 0.971105119 1 3 6 1 1 1.82E-12 3.09E-12 7.14E-11 8.34E-15 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 10 17029123 C T CUBN CCDS7113.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 6 15.8 35 1 2.9 197 0 0 190 15 7.9 141 12 8.5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.405655172 1.405655172 1 0.263673759 0.263673759 1 0.702827586 0.702827586 1 0.772836879 0.772836879 1 3 6 1 1 3.76E-08 8.84E-14 0.16091139 1.07E-11 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 10 28678809 T C - - - - - - 45 0 0 46 6 13 28 5 17.9 171 0 0 102 12 11.8 133 5 3.8 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.286551724 1.286551724 1 1.806503546 1.806503546 1 1.167793103 1.167793103 1 0.383503546 0.383503546 1 3 5 1 1 0.000000123 2.18E-13 0.000000279 0.000591044 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 10 104381816 T C SUFU CCDS7537.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 7 21.2 46 1 2.2 37 0 0 91 6 6.6 42 6 14.3 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.886068966 1.886068966 1 0.200028369 0.200028369 1 0.587172414 0.587172414 1 1.300184397 1.300184397 1 3 6 1 1 2.98E-10 0.00000724 0.205924651 7.02E-08 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 21708570 A G - - - - - - 26 0 0 28 6 21.4 23 2 8.7 165 0 0 31 3 9.7 127 17 13.4 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.117862069 1.058931034 2 0.878021277 0.878021277 1 0.959965517 0.959965517 1 1.35235461 1.35235461 1 3 6 1 1 5.36E-09 0.000505952 0.00589844 2.42E-19 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 55247815 G A - - - - - - 51 0 0 39 7 17.9 46 1 2.2 177 0 0 56 8 14.3 120 4 3.3 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0.200028369 0.200028369 1 1.272206897 1.272206897 1 0.300042553 0.300042553 1 3 5 1 1 1.04E-09 4.48E-10 0.205924651 0.003240106 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 69661461 T A - - - - - - 41 0 0 39 4 10.3 33 5 15.2 197 0 0 181 15 8.3 125 10 8 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.534014184 1.534014184 1 0.821413793 0.821413793 1 0.807375887 0.807375887 1 3 6 1 1 0.0000447 4.33E-14 0.00000066 1.03E-09 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 72889350 T G - - - - - - 34 0 0 30 6 20 34 3 8.8 120 0 0 181 11 6.1 100 12 12 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 0.888113475 0.888113475 1 0.603689655 0.603689655 1 1.21106383 1.21106383 1 3 6 1 1 8.37E-09 2.81E-09 0.000666058 1.71E-13 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 245862231 C T KIF26B CCDS44342.1 r.6070c>u c.6070C>T p.R2024C missense 34 0 0 47 7 14.9 28 5 17.9 188 0 0 396 30 7.6 142 16 11.3 TRUE TRUE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.530268966 1.530268966 1 1.869116304 1.869116304 1 0.780539876 0.780539876 1 1.179944929 1.179944929 1 3 6 1 1 4.12E-09 1.65E-25 0.000000279 4.58E-17 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 107009237 G T - - - - - - 35 0 0 29 6 20.7 35 1 2.9 193 0 0 153 10 6.5 105 7 6.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.048586207 2.048586207 1 0.292673759 0.292673759 1 0.643275862 0.643275862 1 0.676177305 0.676177305 1 3 5 1 1 6.72E-09 7.32E-09 0.16091139 0.00000116 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 102733886 A G MMP12 ENST00000326227 r.1403u>c c.1358T>C p.F453S missense 41 0 0 27 5 18.5 35 1 2.9 214 0 0 81 8 9.9 150 13 8.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.830862069 1.830862069 1 0.292673759 0.292673759 1 0.979758621 0.979758621 1 0.878021277 0.878021277 1 3 6 1 1 0.00000023 9.08E-09 0.16091139 1.18E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 12 76087267 C G - - - - - - 34 0 0 45 6 13.3 36 1 2.8 170 0 0 62 5 8.1 144 16 11.1 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.28258156 0.28258156 1 0.80162069 0.80162069 1 1.120234043 1.120234043 1 3 6 1 1 0.000000108 0.000016 0.165106833 5.74E-17 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 13 67585013 G T PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 5 14.7 33 6 18.2 209 0 0 79 6 7.6 147 13 8.8 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 1.836780142 1.836780142 1 0.752137931 0.752137931 1 0.888113475 0.888113475 1 3 6 1 1 0.000000771 0.00000318 1.54E-08 9.12E-13 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 13 96845718 A G HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 41 0 0 49 6 12.2 30 10 33.3 236 0 0 166 16 9.6 154 31 20.1 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 3.360702128 1.120234043 3 0.950068966 0.950068966 1 2.028531915 1.014265957 2 3 6 1 1 0.000000182 5.67E-16 2.68E-16 7.93E-40 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 13 102567287 G T FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 6 17.1 35 3 8.6 247 0 0 117 5 4.3 169 10 5.9 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 0.867929078 0.867929078 1 0.425551724 0.425551724 1 0.595439716 0.595439716 1 3 5 1 1 2.24E-08 0.000329073 0.000725791 1.89E-08 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 14 44838916 T A - - - - - - 49 0 0 47 4 8.5 33 6 18.2 71 0 0 25 3 12 52 6 11.5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 1.836780142 1.836780142 1 1.187586207 1.187586207 1 1.160602837 1.160602837 1 3 6 1 1 0.0000939 0.00026475 1.54E-08 0.000000261 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 14 98686193 A G - - - - - - 23 0 0 37 6 16.2 36 1 2.8 214 0 0 253 18 7.1 173 17 9.8 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.25458156 0.25458156 1 0.631655172 0.631655172 1 0.891035461 0.891035461 1 3 6 1 1 3.18E-08 1.90E-15 0.165106833 5.07E-17 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 14 103500748 G A ENSG00000198752 CCDS9978.1 r.? - - intronic 42 0 0 32 7 21.9 23 2 8.7 130 0 0 111 5 4.5 116 8 6.9 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.948344828 1.948344828 1 0.791021277 0.791021277 1 0.400344828 0.400344828 1 0.627361702 0.627361702 1 3 5 1 1 2.36E-10 0.000258017 0.00589844 0.000000154 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 49136457 A G SHC4 CCDS10130.1 r.? - - intronic 42 0 0 44 8 18.2 30 1 3.3 247 0 0 120 18 15 161 13 8.1 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 0.333042553 0.333042553 1 1.484482759 1.484482759 1 0.817468085 0.817468085 1 3 6 1 1 5.90E-11 2.56E-21 0.139615808 2.93E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 76303828 G T NRG4 CCDS10288.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 6 15 35 0 0 198 0 0 44 3 6.8 116 10 8.6 TRUE TRUE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.634482759 1.634482759 1 0 0 1 0.740965517 0.740965517 1 0.953929078 0.953929078 1 3 6 1 1 5.18E-08 0.00142027 1 4.92E-10 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 12 44148381 T C PUS7L CCDS8743.1 r.1157a>g c.668A>G p.D223G missense 32 0 0 41 6 14.6 28 1 3.6 228 0 0 74 6 8.1 114 8 7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 0.363319149 0.363319149 1 0.80162069 0.80162069 1 0.706453901 0.706453901 1 3 6 1 1 6.05E-08 0.00000216 0.130947004 0.000000134 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 45378685 C G ITGB3 CCDS11511.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 11 26.2 27 12 44.4 181 0 0 275 60 21.8 155 53 34.2 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.116896552 1.038965517 3 5.36893617 1.073787234 5 2.593448276 0.864482759 3 4.135531915 1.033882979 4 3 6 1 1 1.81E-16 7.87E-78 3.96E-21 7.83E-81 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 46936604 A G CALCOCO2 CCDS11538.1 r.? - - intronic 42 0 0 46 15 32.6 36 7 19.4 187 0 0 88 12 13.6 148 10 6.8 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.878275862 0.969568966 4 2.345886525 1.172943262 2 1.617931034 1.617931034 1 0.822269504 0.822269504 1 3 6 1 1 1.35E-23 3.53E-14 5.74E-10 5.31E-09 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 48028916 G T - - - - - - 32 0 0 36 10 27.8 42 10 23.8 160 0 0 335 85 25.4 115 39 33.9 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.307241379 1.102413793 3 2.877943262 0.959314421 3 3.021724138 1.007241379 3 4.099255319 1.02481383 4 3 6 1 1 2.21E-15 9.51E-116 1.24E-14 9.54E-60 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 48706244 G T CACNA1G CCDS45735.1 r.? - - downstream 34 0 0 25 7 28 29 9 31 219 0 0 216 41 19 254 58 22.8 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.331034483 1.110344828 3 3.74858156 0.93714539 4 2.260344828 1.130172414 2 2.757021277 0.919007092 3 3 6 1 1 3.47E-11 5.15E-51 1.79E-14 1.45E-76 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 50232919 G A CA10 CCDS32684.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 15 30 30 6 20 238 1 0.4 156 31 19.9 242 66 27.3 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.568965517 0.892241379 4 2.418439716 0.806146572 3 2.367413793 1.183706897 2 3.301170213 1.100390071 3 3 6 1 0.696685468 5.83E-23 1.23E-39 8.37E-09 1.25E-92 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 54043765 C A - - - - - - 37 0 0 43 8 18.6 43 11 25.6 188 0 0 219 28 12.8 176 53 30.1 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.212758621 1.10637931 2 3.095602837 1.031867612 3 1.522758621 0.76137931 2 3.639751773 0.909937943 4 3 6 1 1 4.85E-11 2.72E-30 2.42E-16 2.31E-77 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 54043766 T G - - - - - - 37 0 0 43 8 18.6 42 12 28.6 187 0 0 216 27 12.5 176 52 29.5 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.212758621 1.10637931 2 3.458368794 0.864592199 4 1.487068966 0.743534483 2 3.567198582 0.891799645 4 3 6 1 1 4.85E-11 5.40E-29 2.35E-18 1.97E-75 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 54655677 A G - - - - - - 44 0 0 31 8 25.8 27 3 11.1 177 0 0 214 16 7.5 166 20 12 TRUE TRUE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.069310345 1.023103448 3 1.342234043 1.342234043 1 0.892241379 0.892241379 1 1.45106383 1.45106383 1 3 6 1 1 2.78E-12 3.13E-14 0.000334187 1.50E-21 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 16 3108534 G C MMP25 CCDS10492.1 r.1518g>c c.1281G>C p.K427N missense 28 0 0 26 4 15.4 19 2 10.5 88 0 0 144 13 9 80 4 5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.059680851 1.059680851 1 0.890689655 0.890689655 1 0.504609929 0.504609929 1 3 6 1 1 0.00000856 6.99E-13 0.004039874 0.000730349 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 74081830 A G EXOC7 CCDS45782.1 r.1751u>c c.1697T>C p.V566A missense 34 0 0 29 5 17.2 34 4 11.8 146 0 0 288 41 14.2 140 18 12.9 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.874206897 1.874206897 1 1.308879433 1.308879433 1 1.547310345 0.773655172 2 1.430893617 1.430893617 1 3 6 1 1 0.000000336 1.40E-45 0.0000257 4.55E-20 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 80890974 G C TBCD CCDS45818.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 7 25 36 12 33.3 86 0 0 173 29 16.8 79 16 20.3 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.44E-11 6.98E-35 2.73E-19 2.45E-21 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 18 19749401 T G GATA6 CCDS11872.1 r.? - - upstream 36 1 2.8 24 6 25 26 4 15.4 58 0 0 151 11 7.3 50 4 8 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.224137931 1.112068966 2 1.400198582 1.400198582 1 0.649448276 0.649448276 1 0.727375887 0.727375887 1 3 5 0.165106833 1 1.95E-09 4.13E-10 0.00000856 0.000119787 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 19 10078748 G C COL5A3 CCDS12222.1 r.4408c>g c.4322C>G p.P1441R missense 24 0 0 36 5 13.9 18 2 11.1 102 0 0 234 21 9 112 20 17.9 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.120234043 1.120234043 1 0.890689655 0.890689655 1 1.806503546 0.903251773 2 3 6 1 1 0.00000104 7.58E-20 0.003626632 4.01E-25 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 19 13795251 C T - - - - - - 36 0 0 31 8 25.8 33 1 3 182 0 0 153 9 5.9 139 7 5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.553310345 0.851103448 3 0.302765957 0.302765957 1 0.583896552 0.583896552 1 0.504609929 0.504609929 1 3 5 1 1 2.78E-12 0.000000102 0.15245715 0.00000749 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 19 58048934 G C ZNF549 CCDS12952.1 r.772g>c c.523G>C p.E175Q missense 32 0 0 34 6 17.6 38 2 5.3 208 0 0 241 15 6.2 180 13 7.2 TRUE TRUE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.565793103 1.565793103 1 0.587886525 0.587886525 1 0.551586207 0.551586207 1 0.798638298 0.798638298 1 3 5 1 1 1.86E-08 2.79E-12 0.015598339 1.21E-11 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 16154352 A C - - - - - - 43 0 0 28 6 21.4 23 0 0 101 0 0 196 20 10.2 93 21 22.6 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.965137088 1.965137088 1 0 0 1 0.936654126 0.936654126 1 2.121412459 1.060706229 2 3 6 1 1 5.36E-09 4.35E-20 1 1.25E-28 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 33254145 A T LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 6 16.7 35 1 2.9 185 0 0 130 17 13.1 199 25 12.6 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.533541559 1.533541559 1 0.272216643 0.272216643 1 1.20295775 1.20295775 1 1.18273438 1.18273438 1 3 6 1 1 2.68E-08 3.64E-19 0.16091139 5.10E-27 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 60536567 C G - - - - - - 40 0 0 49 9 18.4 33 1 3 185 0 0 135 15 11.1 179 17 9.5 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.68965058 1.68965058 1 0.281603424 0.281603424 1 1.019300078 1.019300078 1 0.891744175 0.891744175 1 3 6 1 1 3.35E-12 5.34E-16 0.15245715 9.05E-17 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 79667725 C G CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 41 0 0 42 7 16.7 32 1 3.1 265 0 0 139 7 5 200 12 6 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.533541559 1.533541559 1 0.290990205 0.290990205 1 0.459144179 0.459144179 1 0.563206848 0.563206848 1 3 5 1 1 1.81E-09 0.00000749 0.14819814 6.26E-10 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 84931260 G C DNAH6 CCDS46348.1 r.8436g>c c.8299G>C p.D2767H missense 26 0 0 42 9 21.4 23 4 17.4 260 0 0 174 22 12.6 207 18 8.7 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.965137088 0.982568544 2 1.633299858 1.633299858 1 1.157043332 1.157043332 1 0.816649929 0.816649929 1 3 6 1 1 7.51E-13 5.02E-24 0.00000513 5.53E-17 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 148208817 C A - - - - - - 39 0 0 31 4 12.9 41 1 2.4 248 0 0 214 18 8.4 210 17 8.1 TRUE TRUE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.239342477 1.239342477 1 0.242212766 0.242212766 1 0.807013706 0.807013706 1 0.817468085 0.817468085 1 3 6 1 1 0.0000177 9.99E-17 0.18577148 1.33E-15 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 168467901 T A - - - - - - 30 0 0 50 7 14 22 0 0 238 2 0.8 85 4 4.7 198 13 6.6 FALSE TRUE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.525517241 1.525517241 1 0 NA 0 0.512137931 0.512137931 1 0.600085106 0.600085106 1 NA 5 1 0.333927386 6.46E-09 0.000916711 1 3.99E-11 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 217656554 T C - - - - - - 33 0 0 32 5 15.6 21 0 0 200 0 0 171 13 7.6 139 12 8.6 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0 0 1 0.752137931 0.752137931 1 0.867929078 0.867929078 1 3 6 1 1 0.000000562 6.30E-12 1 9.05E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 242281259 G C Sep-02 CCDS2548.1 r.? - - intronic 49 0 0 51 15 29.4 27 1 3.7 282 0 0 382 61 16 179 22 12.3 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.909586207 0.969862069 3 0.373411348 0.373411348 1 1.583448276 0.791724138 2 1.241340426 1.241340426 1 3 6 1 1 8.22E-23 3.55E-70 0.126579904 9.51E-24 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 21 22439943 T A NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 7 14.9 31 1 3.2 220 0 0 69 5 7.2 149 4 2.7 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.325586207 1.325586207 1 0.290950355 0.290950355 1 0.640551724 0.640551724 1 0.245489362 0.245489362 1 3 5 1 1 4.12E-09 0.0000269 0.143917729 0.006943285 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 5163884 C A ARL8B CCDS2566.1 r.? - - upstream 28 0 0 38 10 26.3 30 3 10 69 0 0 144 24 16.7 75 12 16 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.339793103 1.169896552 2 0.909219858 0.909219858 1 1.485724138 0.742862069 2 1.454751773 1.454751773 1 3 6 1 1 4.06E-15 4.48E-29 0.000458697 4.77E-15 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 9791528 G C BRPF1 CCDS33692.1 r.? - - downstream 24 0 0 38 12 31.6 35 6 17.1 133 0 0 289 67 23.2 128 36 28.1 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.811310345 0.937103448 3 1.554765957 1.554765957 1 2.064 1.032 2 2.554907801 0.851635934 3 3 6 1 1 5.86E-19 1.15E-88 2.24E-08 7.74E-52 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 11412955 A C ATG7 CCDS2605.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 6 15.4 38 1 2.6 157 0 0 326 28 8.6 199 8 4 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 0.236397163 0.236397163 1 0.765103448 0.765103448 1 0.363687943 0.363687943 1 3 5 1 1 4.43E-08 2.06E-25 0.173434892 0.00000887 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 12269567 A G - - - - - - 34 0 0 36 10 27.8 39 6 15.4 222 1 0.5 158 41 25.9 186 43 23.1 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.473241379 0.824413793 3 1.400198582 1.400198582 1 2.304206897 1.152103448 2 2.100297872 1.050148936 2 3 6 1 0.671357349 2.21E-15 3.58E-57 4.43E-08 1.86E-57 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 12397658 A T PPARG CCDS2610.2 r.? - - intronic 33 0 0 41 13 31.7 39 8 20.5 215 0 0 82 26 31.7 171 38 22.2 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.820206897 0.940068966 3 1.863900709 1.863900709 1 2.820206897 0.940068966 3 2.018468085 1.009234043 2 3 6 1 1 1.89E-20 1.89E-39 2.09E-11 3.03E-50 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 13747903 A G - - - - - - 27 0 0 26 5 19.2 29 9 31 224 2 0.9 343 82 23.9 230 51 22.2 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.708137931 1.708137931 1 2.81858156 0.939527187 3 2.126275862 1.063137931 2 2.018468085 1.009234043 2 3 6 1 0.308396189 0.000000188 2.44E-109 1.79E-14 8.26E-67 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 17119632 C G PLCL2 CCDS33713.1 r.? - - intronic 26 0 0 32 12 37.5 35 8 22.9 183 0 0 236 42 17.8 253 53 20.9 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.336206897 1.112068966 3 2.082113475 1.041056738 2 1.583586207 0.791793103 2 1.900269504 0.950134752 2 3 6 1 1 5.03E-20 5.92E-51 8.15E-12 6.37E-68 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 20380309 A C - - - - - - 41 0 0 47 11 23.4 37 6 16.2 205 0 0 96 20 20.8 214 40 18.7 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.081793103 1.040896552 2 1.47293617 1.47293617 1 1.850482759 0.925241379 2 1.700241135 0.850120567 2 3 6 1 1 7.21E-16 1.43E-26 3.18E-08 1.60E-49 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 23085267 T G - - - - - - 52 0 0 39 12 30.8 42 10 23.8 192 0 0 89 21 23.6 153 41 26.8 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.740137931 0.91337931 3 2.163943262 1.081971631 2 2.099586207 1.049793103 2 2.43670922 0.812236407 3 3 6 1 1 8.43E-19 4.49E-29 1.24E-14 7.99E-58 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 44042239 A T - - - - - - 31 0 0 34 5 14.7 27 0 0 177 0 0 196 32 16.3 168 24 14.3 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0 0 1 1.450137931 0.725068966 2 1.300184397 1.300184397 1 3 6 1 1 0.000000771 6.16E-38 1 2.19E-27 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 72272034 G C - - - - - - 28 0 0 42 6 14.3 27 0 0 186 0 0 256 19 7.4 166 13 7.8 FALSE TRUE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.415206897 1.415206897 1 0 NA 0 0.732344828 0.732344828 1 0.657610662 0.657610662 1 NA 5 1 1 7.02E-08 1.46E-16 1 4.32E-12 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 163130057 A C - - - - - - 18 0 0 26 6 23.1 15 0 0 132 0 0 43 6 14 91 5 5.5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.055103448 2.055103448 1 0 0 1 1.245517241 1.245517241 1 0.500070922 0.500070922 1 3 6 1 1 3.30E-09 8.13E-08 1 0.000101674 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 187911880 C G LPP ENST00000448637 r.? - - intronic 26 0 0 43 5 11.6 33 5 15.2 177 0 0 182 13 7.1 142 11 7.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 1.534014184 1.534014184 1 0.702655172 0.702655172 1 0.777099291 0.777099291 1 3 6 1 1 0.00000257 1.39E-11 0.00000066 2.13E-10 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 4 22298257 A G - - - - - - 33 0 0 34 6 17.6 32 1 3.1 204 0 0 96 8 8.3 127 6 4.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741793103 1.741793103 1 0.312858156 0.312858156 1 0.821413793 0.821413793 1 0.474333333 0.474333333 1 3 5 1 1 1.86E-08 0.000000035 0.14819814 0.0000482 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 4 67460151 A T - - - - - - 44 0 0 36 5 13.9 21 0 0 233 1 0.4 76 4 5.3 128 7 5.5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0 0 1 0.471517241 0.471517241 1 0.500070922 0.500070922 1 3 5 1 0.688987522 0.00000104 0.00060191 1 0.00000435 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 4 73108653 T A - - - - - - 39 0 0 28 5 17.9 34 0 0 162 0 0 119 12 10.1 114 11 9.6 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0 0 1 0.898551724 0.898551724 1 0.872851064 0.872851064 1 3 6 1 1 0.000000279 1.41E-12 1 1.96E-11 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 64885518 G C TRIM23 CCDS3987.1 r.4175c>g c.? p.? 3'UTR variant 43 0 0 36 7 19.4 31 0 0 198 0 0 56 3 5.4 145 9 6.2 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 0 0 1 0.534413793 0.534413793 1 0.625716312 0.625716312 1 3 5 1 1 5.74E-10 0.00284314 1 6.42E-08 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 75913990 A T F2RL2 CCDS4031.1 r.746u>a c.542T>A p.I181N missense 28 0 0 27 3 11.1 30 6 20 209 0 0 399 29 7.3 186 12 6.5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 2.018439716 2.018439716 1 0.722448276 0.722448276 1 0.655992908 0.655992908 1 3 5 1 1 0.000334187 3.32E-24 8.37E-09 2.72E-10 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 111615606 G C EPB41L4A CCDS43350.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 7 16.7 26 0 0 221 0 0 176 6 3.4 197 18 9.1 TRUE TRUE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.572317831 1.572317831 1 0 0 1 0.320112612 0.617352191 0.518525109 0.870783819 0.870783819 1 3 6 1 1 1.81E-09 0.000286802 1 2.29E-17 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 121397500 T A LOX CCDS4129.1 r.? - - downstream 36 0 0 40 6 15 39 7 17.9 238 0 0 56 17 30.4 120 18 15 TRUE TRUE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.412261525 1.412261525 1 1.712860479 1.712860479 1 2.862183357 0.954061119 3 1.435357943 1.435357943 1 3 6 1 1 5.18E-08 6.22E-26 1.04E-09 2.56E-21 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 127932158 G C FBN2 ENST00000508053 r.? - - intronic 34 0 0 37 6 16.2 34 3 8.8 194 0 0 172 31 18 192 34 17.7 TRUE TRUE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.525242447 1.525242447 1 0.84207666 0.84207666 1 1.69471383 1.143936924 1.481474891 1.693722373 1.111989782 1.523145626 3 6 1 1 3.18E-08 3.21E-38 0.000666058 1.75E-41 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 157528127 T C - - - - - - 30 0 0 35 10 28.6 35 4 11.4 248 0 0 110 14 12.7 192 31 16.1 TRUE TRUE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.258413793 1.129206897 2 0.922510638 0.922510638 1 1.002862069 1.002862069 1 1.302843972 1.302843972 1 3 6 1 1 1.60E-15 7.16E-16 0.0000289 1.21E-36 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 175278352 G A CPLX2 CCDS4396.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 6 20 30 1 3.3 107 0 0 217 30 13.8 96 5 5.2 TRUE TRUE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.579310345 1.579310345 1 0.267042553 0.267042553 1 1.089724138 1.089724138 1 0.420794326 0.420794326 1 3 6 1 1 8.37E-09 2.15E-33 0.139615808 0.000130906 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 6 89240805 A C - - - - - - 35 0 0 45 7 15.6 34 3 8.8 217 0 0 296 18 6.1 179 13 7.3 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.800113475 0.800113475 1 0.542689655 0.542689655 1 0.663730496 0.663730496 1 3 5 1 1 0.000000003 2.87E-14 0.000666058 1.12E-11 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 7917914 C T ENSG00000219545 ENST00000433511 r.1159c>u c.? p.? 3'UTR variant 23 0 0 45 9 20 35 3 8.6 215 2 0.9 189 27 14.3 168 14 8.3 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 0.989655172 2 0.867929078 0.867929078 1 1.415206897 0.707603448 2 0.837652482 0.837652482 1 3 6 1 0.291875493 1.47E-12 1.30E-30 0.000725791 2.79E-13 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 36671676 G C AOAH CCDS5448.1 r.887c>g c.487C>G p.P163A missense 33 0 0 53 9 17 35 3 8.6 188 0 0 106 4 3.8 145 19 13.1 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.682413793 1.682413793 1 0.867929078 0.867929078 1 0.376068966 0.376068966 1 1.322078014 1.322078014 1 3 6 1 1 7.10E-12 0.002070303 0.000725791 2.92E-21 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 54963229 T A - - - - - - 49 0 0 39 6 15.4 34 3 8.8 154 0 0 37 6 16.2 112 13 11.6 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0.888113475 0.888113475 1 1.603241379 1.603241379 1 1.170695035 1.170695035 1 3 6 1 1 4.43E-08 3.18E-08 0.000666058 2.62E-14 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 78567730 A T MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 41 0 0 51 6 11.8 36 1 2.8 200 1 0.5 61 4 6.6 154 7 4.5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.25458156 0.25458156 1 0.587172414 0.587172414 1 0.409148936 0.409148936 1 3 5 1 0.633042178 0.000000232 0.000259828 0.165106833 0.0000146 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 142940413 G A GSTK1 ENST00000436038 r.? - - upstream 30 0 0 39 8 20.5 23 9 39.1 200 0 0 169 39 23.1 234 55 23.5 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.233793103 1.116896552 2 4.337049645 1.084262411 4 2.517103448 0.839034483 3 2.606666667 0.868888889 3 3 6 1 1 2.09E-11 3.12E-52 1.50E-15 1.84E-73 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 144712341 C T - - - - - - 46 0 0 42 10 23.8 34 7 20.6 239 1 0.4 131 43 32.8 172 37 21.5 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.59337931 0.86445977 3 2.284992908 1.142496454 2 3.574068966 0.893517241 4 2.384822695 1.192411348 2 3 6 1 0.698202041 1.24E-14 5.59E-65 3.73E-10 2.17E-48 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 145991054 C A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 7 17.9 37 12 32.4 235 0 0 95 16 16.8 160 23 14.4 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.950482759 1.950482759 1 3.59387234 0.898468085 4 1.83062069 0.915310345 2 1.597276596 0.798638298 2 3 6 1 1 1.04E-09 5.80E-20 4.03E-19 2.25E-26 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 146349890 G T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 5 11.6 33 0 0 176 0 0 70 5 7.1 176 19 10.8 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.264 1.264 1 0 0 1 0.773655172 0.773655172 1 1.197957447 1.197957447 1 3 6 1 1 0.00000257 0.0000289 1 1.25E-19 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 150890478 G C - - - - - - 38 0 0 34 9 26.5 30 5 16.7 189 0 0 412 92 22.3 229 49 21.4 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.887586207 0.962528736 3 1.852397163 1.852397163 1 2.429931034 0.809977011 3 2.373730496 1.186865248 2 3 6 1 1 9.15E-14 2.05E-119 0.000000401 2.03E-63 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 151525267 G C PRKAG2 CCDS43683.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 8 20.5 26 13 50 85 0 0 198 49 24.7 109 36 33 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.233793103 1.116896552 2 5.546099291 1.386524823 4 2.691448276 0.897149425 3 3.660425532 0.915106383 4 3 6 1 1 2.09E-11 7.31E-67 1.20E-23 8.85E-55 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 158239269 C A PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 8 24.2 31 10 32.3 65 0 0 164 39 23.8 76 19 25 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.636965517 0.878988506 3 3.582780142 0.895695035 4 2.59337931 0.86445977 3 2.773049645 0.924349882 3 3 6 1 1 4.85E-12 8.45E-53 3.94E-16 5.56E-27 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 21501527 G C - - - - - - 27 0 0 17 5 29.4 18 2 11.1 196 0 0 266 18 6.8 169 20 11.8 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.909586207 0.969862069 3 1.120234043 1.120234043 1 0.672965517 0.672965517 1 1.190879433 1.190879433 1 3 6 1 1 1.84E-08 4.54E-15 0.003626632 2.16E-21 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 95441812 A C RAD54B CCDS6262.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 5 13.2 35 3 8.6 165 0 0 47 5 10.6 141 17 12.1 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 0.867929078 0.867929078 1 1.049034483 1.049034483 1 1.221156028 1.221156028 1 3 6 1 1 0.00000137 0.00000402 0.000725791 1.50E-18 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 101503534 A T - - - - - - 38 0 0 42 4 9.5 44 8 18.2 218 0 0 365 25 6.8 212 13 6.1 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.654780142 1.654780142 1 0.604965517 0.604965517 1 0.554624113 0.554624113 1 3 5 1 1 0.0000601 1.84E-20 5.90E-11 9.34E-11 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 117249766 C G AF130342.1 ENST00000505156 r.? - - intronic 20 0 0 42 6 14.3 34 0 0 207 0 0 198 16 8.1 180 10 5.6 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0 0 1 0.72062069 0.72062069 1 0.509163121 0.509163121 1 3 5 1 1 7.02E-08 9.27E-15 1 3.44E-08 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 134973805 A T - - - - - - 26 0 0 42 8 19 39 1 2.6 165 1 0.6 71 5 7 113 5 4.4 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.690344828 1.690344828 1 0.236397163 0.236397163 1 0.622758621 0.622758621 1 0.400056738 0.400056738 1 3 5 1 0.562670954 3.96E-11 0.0000309 0.177567718 0.000280259 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 145039811 C G PLEC CCDS43769.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 6 17.1 36 1 2.8 161 0 0 284 21 7.4 131 14 10.7 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.25458156 0.25458156 1 0.658344828 0.658344828 1 0.972865248 0.972865248 1 3 6 1 1 2.24E-08 4.12E-18 0.165106833 8.65E-15 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 8427262 T A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 45 0 0 52 21 40.4 54 14 25.9 224 2 0.9 164 37 22.6 211 53 25.1 TRUE TRUE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 5.210206897 1.042041379 5 3.390879433 1.130293144 3 2.91462069 0.97154023 3 3.286141844 1.095380615 3 3 6 1 0.308396189 7.89E-35 3.10E-49 1.64E-20 1.44E-72 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 12402441 G T - - - - - - 37 0 0 58 16 27.6 51 15 29.4 150 2 1.3 74 10 13.5 132 25 18.9 TRUE TRUE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.559448276 0.889862069 4 3.849106383 0.962276596 4 1.741034483 1.741034483 1 2.474425532 0.824808511 3 3 6 1 0.17313528 1.00E-23 5.24E-12 8.22E-23 1.05E-31 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 15553498 C T C9orf93 CCDS6481.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 11 28.2 34 12 35.3 183 0 0 381 121 31.8 186 34 18.3 TRUE TRUE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.636827586 0.909206897 4 4.621546099 0.92430922 5 4.101103448 1.025275862 4 2.39587234 1.19793617 2 3 6 1 1 7.20E-17 1.20E-177 1.21E-19 5.50E-42 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 21409708 C T IFNA8 CCDS6507.1 r.563c>u c.533C>T p.S178L missense 42 0 0 46 9 19.6 35 6 17.1 182 0 0 105 13 12.4 171 19 11.1 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.743724138 1.743724138 1 1.554765957 1.554765957 1 1.103172414 1.103172414 1 1.009234043 1.009234043 1 3 6 1 1 1.82E-12 1.11E-14 2.24E-08 7.20E-20 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 23058753 A T - - - - - - 37 0 0 38 3 7.9 28 5 17.9 177 0 0 73 11 15.1 161 13 8.1 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 1.627503546 1.627503546 1 1.34337931 1.34337931 1 0.736468085 0.736468085 1 3 6 1 1 0.000925091 1.31E-13 0.000000279 2.93E-12 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b X 13148614 G C - - - - - - 25 0 0 31 7 22.6 29 0 0 190 0 0 127 7 5.5 192 15 7.8 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.01062069 1.005310345 2 0 0 1 0.489310345 0.489310345 1 0.709191489 0.709191489 1 3 5 1 1 1.85E-10 0.00000413 1 1.03E-13 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b X 151768203 A G - - - - - - 41 0 0 38 6 15.8 26 4 15.4 226 0 0 178 21 11.8 199 14 7 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.405655172 1.405655172 1 1.400198582 1.400198582 1 1.049793103 1.049793103 1 0.636453901 0.636453901 1 3 6 1 1 3.76E-08 2.34E-22 0.00000856 2.82E-12 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 2805301 A T - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.805919055 0.805919055 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 4232552 G T - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 1.37672626 1.37672626 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 6367961 C A ACOT7 CCDS30573.1 r.? - - intronic 23 0 0 43 4 9.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.851709911 0.851709911 1 0.852259113 0.852259113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 6573773 A G PLEKHG5 CCDS41240.1 r.? - - intronic 31 0 0 32 4 12.5 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 0.693045872 0.693045872 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 8541296 C G RERE CCDS41243.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 5 9.4 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.860868082 0.860868082 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000734 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 8582910 C G RERE CCDS41243.1 r.? - - intronic 23 0 0 27 3 11.1 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.01655699 1.01655699 1 0.824162659 0.824162659 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 9164710 A G GPR157 CCDS100.2 r.? - - intronic 25 0 0 39 4 10.3 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 0.814797174 0.814797174 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 10801240 A G CASZ1 CCDS41246.1 r.? - - intronic 22 0 0 36 5 13.9 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.272985781 1.272985781 1 0.505736177 0.505736177 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 11910757 G A NPPA CCDS139.1 r.? - - upstream 28 0 0 31 8 25.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 2.36280814 1.044741737 2.261619361 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.78E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 12161278 T C TNFRSF8 CCDS144.1 r.? - - intronic 21 0 0 34 5 14.7 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.346251149 1.346251149 1 0.627487479 0.627487479 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 12886079 A C PRAMEF11 ENST00000331684 r.? - - intronic 40 0 0 42 4 9.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.870026253 0.870026253 1 0.664949418 0.664949418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 17106864 G C - - - - - - 36 0 0 77 4 5.2 54 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.476224896 0.476224896 1 0.177944211 0.177944211 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000632383 1 0.237137336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 17674136 T C PADI4 CCDS180.1 r.? - - intronic 16 0 0 29 4 13.8 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.26382761 1.26382761 1 0.814797174 0.814797174 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 19195535 G C ALDH4A1 CCDS188.1 r.? - - downstream 20 0 0 39 4 10.3 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 0.496370692 0.496370692 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 20749254 A T - - - - - - 38 0 0 37 3 8.1 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.741811858 0.741811858 1 1.704518227 1.704518227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 22252927 G T HSPG2 ENST00000374695 r.? - - intronic 27 0 0 30 5 16.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.529414571 1.529414571 1 1.123858172 1.123858172 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 23501821 A G - - - - - - 46 0 0 40 5 12.5 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 0.449543269 0.449543269 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 23733452 T C TCEA3 CCDS44086.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 4 9.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.851709911 0.851709911 1 0.908452022 0.908452022 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 23779363 C T ASAP3 CCDS44087.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 5 13.5 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.236353096 1.236353096 1 1.442284654 1.442284654 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 24863080 C T RCAN3 CCDS254.1 r.2352c>u c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 50 6 12 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.09898053 1.09898053 1 0.299695512 0.299695512 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 27240816 C G NR0B2 CCDS291.1 r.? - - upstream 34 0 0 42 4 9.5 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.870026253 0.870026253 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 27734015 G C WASF4 CCDS304.1 r.2381c>g c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 39 5 12.8 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.172245899 1.172245899 1 0.964644931 0.964644931 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 28246126 C T RPA2 CCDS314.1 r.? - - upstream 25 0 0 39 6 15.4 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.410358347 1.410358347 1 0.346522936 0.346522936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 28948143 T C TAF12 CCDS326.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 5 12.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 1.386091745 1.386091745 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 30088235 C G - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 0.664949418 0.664949418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 30722065 T C - - - - - - 34 0 0 37 4 10.8 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.989082477 0.989082477 1 1.479746593 1.479746593 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 33096467 A T ZBTB8OS CCDS365.1 r.? - - intronic 21 0 0 31 4 12.9 18 1 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.18140407 1.18140407 1 0.524467147 0.524467147 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.086275114 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 34547793 C G CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 3 9.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.888342595 0.888342595 1 0.908452022 0.908452022 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 34564590 T C CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 47 0 0 34 4 11.8 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.080664188 1.080664188 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 35265290 C T GJA4 CCDS30669.1 r.? - - downstream 27 0 0 30 4 13.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.218036754 1.218036754 1 0.880355568 0.880355568 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 37616802 A T - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.805919055 0.805919055 1 0.309060997 0.309060997 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 39919699 T C MACF1 CCDS436.1 r.? - - intronic 22 0 0 29 5 17.2 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.575205427 1.575205427 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 41873437 G C - - - - - - 27 0 0 38 4 10.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.961607964 0.961607964 1 1.245609474 1.245609474 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 48674876 C A - - - - - - 34 0 0 34 4 11.8 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.080664188 1.080664188 1 1.273705928 1.273705928 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 49056317 C A AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 3 9.4 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.860868082 0.860868082 1 1.170685595 1.170685595 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 50783546 A T - - - - - - 36 0 0 38 5 13.2 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.208878583 1.208878583 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 59327979 C G - - - - - - 36 0 0 47 10 21.3 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.950690441 0.975345221 2 1.039568809 1.039568809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.27E-14 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 60253863 C G - - - - - - 36 0 0 31 3 9.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.888342595 0.888342595 1 1.564035955 1.564035955 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 60334622 A G HOOK1 ENST00000371208 r.? - - intronic 27 0 0 45 4 8.9 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.815077227 0.815077227 1 1.339264321 1.339264321 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 61459993 C A NFIA ENST00000371191 r.? - - intronic 22 0 0 40 4 10 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.915817108 0.915817108 1 0.355888421 0.355888421 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 63552736 T C - - - - - - 34 0 0 32 4 12.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 0.571294571 0.571294571 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 69205926 T A - - - - - - 35 0 0 35 5 14.3 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.309618465 1.309618465 1 0.664949418 0.664949418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 69990905 T A - - - - - - 39 0 0 42 6 14.3 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.309618465 1.309618465 1 0.309060997 0.309060997 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 72616653 G C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 39 0 0 31 4 12.9 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.18140407 1.18140407 1 0.721142327 0.721142327 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 72633771 C T NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 5 12.8 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.172245899 1.172245899 1 0.505736177 0.505736177 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 74391243 G C - - - - - - 41 0 0 29 3 10.3 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 0.964644931 0.964644931 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 76362696 T A MSH4 CCDS670.1 r.? - - intronic 45 0 0 41 5 12.2 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.117296872 1.117296872 1 0.533832632 0.533832632 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 77317877 A T - - - - - - 27 0 0 37 4 10.8 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.989082477 0.989082477 1 1.816904044 1.816904044 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 78455087 A G DNAJB4 ENST00000426517 r.? - - intronic 30 0 0 42 5 11.9 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.089822359 1.089822359 1 0.777335235 0.777335235 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 82770931 G C - - - - - - 31 0 0 33 5 15.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.392042005 1.392042005 1 1.245609474 1.245609474 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 82930226 A T - - - - - - 45 0 0 44 4 9.1 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.833393569 0.833393569 1 0.627487479 0.627487479 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 86312435 C G COL24A1 CCDS41353.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 4 9.1 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.833393569 0.833393569 1 0.758604266 0.758604266 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 86576855 G T COL24A1 CCDS41353.1 r.? - - intronic 13 0 0 19 4 21.1 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.932374099 1.932374099 1 0.936548476 0.936548476 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 89866752 C T - - - - - - 43 0 0 40 5 12.5 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 0.468274238 0.468274238 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 91932001 A G - - - - - - 27 0 0 36 7 19.4 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.77668519 1.77668519 1 0.421446814 0.421446814 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 94217046 G C BCAR3 CCDS745.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 4 12.5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.144771386 1.144771386 1 1.011472354 1.011472354 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 96022250 G T - - - - - - 33 0 0 48 5 10.4 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.952449793 0.952449793 1 1.273705928 1.273705928 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 99994956 G C - - - - - - 38 0 0 40 4 10 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.915817108 0.915817108 1 0.580660055 0.580660055 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 101075266 A C - - - - - - 32 0 0 39 4 10.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 102874086 G A - - - - - - 36 0 0 47 6 12.8 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.172245899 1.172245899 1 0.60875651 0.60875651 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 103120603 A G - - - - - - 29 0 0 39 4 10.3 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.943291622 0.943291622 1 1.564035955 1.564035955 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 105302247 G C - - - - - - 32 0 0 31 4 12.9 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.18140407 1.18140407 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 105343653 A T - - - - - - 43 0 0 37 5 13.5 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.236353096 1.236353096 1 0.299695512 0.299695512 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 105406101 T G - - - - - - 33 0 0 33 4 12.1 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.108138701 1.108138701 1 0.449543269 0.449543269 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 106662066 T C - - - - - - 39 0 0 35 5 14.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.309618465 1.309618465 1 1.423553684 1.423553684 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 107006954 T A - - - - - - 36 0 0 42 5 11.9 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.089822359 1.089822359 1 0.664949418 0.664949418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 107100219 A C - - - - - - 32 0 0 43 4 9.3 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.851709911 0.851709911 1 0.80543169 0.80543169 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 108185563 A C VAV3 CCDS785.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 7 15.9 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.456149203 1.456149203 1 0.355888421 0.355888421 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 109367505 G C AKNAD1 CCDS791.2 r.? - - intronic 31 0 0 23 3 13 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.190562241 1.190562241 1 0.964644931 0.964644931 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000205387 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 110270206 C T - - - - - - 31 0 0 39 5 12.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.172245899 1.172245899 1 0.964644931 0.964644931 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 113461927 A G SLC16A1 CCDS858.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 6 16.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.529414571 1.529414571 1 0.908452022 0.908452022 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 113917674 T C - - - - - - 31 0 0 31 5 16.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.474465545 1.474465545 1 0.936548476 0.936548476 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 116716631 G T - - - - - - 32 0 0 41 6 14.6 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.337092978 1.337092978 1 2.022944709 1.011472354 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 145167810 G A - - - - - - 48 0 0 72 5 6.9 79 6 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 4.273286182 3 2 2 2 0.660006291 0.726713818 4 3 2 2 0.339993709 0.273286182 0.706321635 0.706321635 1 0.711776842 0.711776842 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000331 1 0.00000318 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 147818873 C G - - - - - - 31 0 0 45 4 8.9 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.911052544 0.911052544 1 1.340023726 1.340023726 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 148513283 G A - - - - - - 44 0 0 52 8 15.4 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.576427997 1.576427997 1 1.392368403 1.392368403 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.42E-10 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 149089736 C A - - - - - - 30 0 0 43 8 18.6 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.903997451 0.951998725 2 2.240352166 0.942616864 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.85E-11 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 151543734 A G TUFT1 CCDS1000.1 r.? - - intronic 21 0 0 31 7 22.6 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.313459268 0.988660465 2.339993709 2.292696843 0.964640623 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.85E-10 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 151576447 G T - - - - - - 30 0 0 40 9 22.5 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.303222722 0.984285861 2.339993709 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.64E-13 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 152133719 T G RPTN CCDS41397.1 r.? - - upstream 36 0 0 39 3 7.7 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.788213998 0.788213998 1 0.345474867 0.345474867 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 152289059 A T FLG CCDS30860.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 5 14.7 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.504772179 1.504772179 1 1.392368403 1.392368403 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 152937313 G C - - - - - - 29 0 0 54 4 7.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.757504362 0.757504362 1 1.120176083 1.120176083 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 153353824 A C - - - - - - 29 0 0 53 10 18.9 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.934707087 0.967353543 2 1.005017794 1.005017794 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.57E-13 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 153897319 C A GATAD2B CCDS1054.1 r.? - - upstream 27 0 0 41 5 12.2 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.248858543 1.248858543 1 2.093787071 1.046893536 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 154489565 C G TDRD10 CCDS30878.2 r.? - - intronic 27 0 0 36 4 11.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.136256543 1.136256543 1 0.649073992 0.649073992 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 155515598 G C ASH1L CCDS1113.2 r.? - - intronic 27 0 0 49 6 12.2 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.248858543 1.248858543 1 0.74329441 0.74329441 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000182 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 156302061 C A CCT3 CCDS44244.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 4 9.8 45 2 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.003181452 1.003181452 1 0.460633156 0.460633156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 156325432 G A CCT3 ENST00000368262 r.? - - intronic 30 0 0 37 7 18.9 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.934707087 1.934707087 1 1.905346235 1.905346235 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 157810167 C A CD5L CCDS1171.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 12 26.7 35 9 25.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.733157631 0.911052544 3 2.690516387 0.896838796 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.03E-18 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 158512482 A T OR6Y1 CCDS30899.1 r.? - - downstream 30 0 0 33 6 18.2 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.863051269 1.863051269 1 1.905346235 1.905346235 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 160569232 G C - - - - - - 29 0 0 44 7 15.9 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.627610724 1.627610724 1 1.497057756 1.497057756 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 160899796 T C - - - - - - 31 0 0 35 5 14.3 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.463825997 1.463825997 1 0.994548859 0.994548859 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 161428112 C A - - - - - - 10 0 0 14 4 28.6 19 4 21.1 4 0 0 1 0 0 2 0 0 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.927651994 0.975883998 3 2.20894536 2.20894536 1 0 0 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.000000601 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 163645877 A G - - - - - - 29 0 0 46 5 10.9 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.115783452 1.115783452 1 1.497057756 1.497057756 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 164042726 T C - - - - - - 32 0 0 47 5 10.6 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.085073816 1.085073816 1 0.58626038 0.58626038 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 164380180 A G - - - - - - 32 0 0 39 4 10.3 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.05436418 1.05436418 1 1.790187946 1.790187946 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 164692439 A T PBX1 CCDS1246.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 7 14.6 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.494535633 1.494535633 1 0.973610988 0.973610988 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 167180463 G T - - - - - - 45 0 0 39 5 12.8 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.310277815 1.310277815 1 0.335005931 0.335005931 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 167312130 C G POU2F1 CCDS1259.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 5 13.9 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.422879815 1.422879815 1 1.675029657 1.675029657 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 169441667 C A SLC19A2 CCDS1280.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 4 10.5 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.07483727 1.07483727 1 0.617667186 0.617667186 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 169668650 A T SELL ENST00000236147 r.? - - intronic 28 0 0 37 3 8.1 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.82916018 0.82916018 1 0.638605057 0.638605057 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 170959475 G A C1orf129 CCDS41436.1 r.? - - intronic 37 0 0 53 6 11.3 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.156729634 1.156729634 1 2.376448326 0.999878636 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000293 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 170967533 A G C1orf129 CCDS41436.1 r.1813a>g c.1714A>G p.R572G missense 48 0 0 54 5 9.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.951998725 0.951998725 1 0.952673118 0.952673118 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000806 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 173315738 T A AL022310.2 ENST00000421168 r.? - - intronic 30 0 0 36 6 16.7 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.709503087 1.709503087 1 2.512544486 1.057140408 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 173886463 A C SERPINC1 CCDS1313.1 r.54u>g c.? p.? 5'UTR variant 34 0 0 30 6 20 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.047309087 2.047309087 1 0.596729315 0.596729315 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.37E-09 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 173919130 C G RC3H1 CCDS30940.1 r.? - - intronic 24 0 0 39 6 15.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.576427997 1.576427997 1 1.120176083 1.120176083 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 173995717 T A - - - - - - 28 0 0 30 4 13.3 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.361460543 1.361460543 1 0.774701216 0.774701216 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 174756769 G C RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 8 18.2 31 8 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.863051269 1.863051269 1 2.700985322 0.900328441 3 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.90E-11 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 175172458 T G - - - - - - 40 0 0 45 11 24.4 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.497717086 1.067403334 2.339993709 1.067831406 1.067831406 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.24E-16 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 176240060 T A - - - - - - 45 0 0 30 7 23.3 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.385115086 1.019282692 2.339993709 1.078300342 1.078300342 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.44E-10 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 176412649 C T - - - - - - 26 0 0 37 4 10.8 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.105546907 1.105546907 1 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 178019813 C T - - - - - - 33 0 0 47 11 23.4 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.395351631 1.023657295 2.339993709 2.041442395 1.020721197 2 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.21E-16 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 178032344 T C - - - - - - 34 0 0 38 7 18.4 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.88352436 1.88352436 1 0.680480798 0.680480798 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 179700468 G T - - - - - - 35 0 0 37 8 21.6 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.211093814 0.944914426 2.339993709 0.387350608 0.387350608 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.33E-11 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 179752600 A T FAM163A CCDS1333.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 3 9.7 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.992944907 0.992944907 1 2.219414296 0.933807361 2.376736776 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000505952 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 179762185 G C FAM163A CCDS1333.1 r.? - - intronic 49 0 0 51 4 7.8 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.798450544 0.798450544 1 2.439261938 1.026307146 2.376736776 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000129466 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 181269995 T A - - - - - - 43 0 0 40 7 17.5 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.791395451 1.791395451 1 0.303599125 0.303599125 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 181763717 C A CACNA1E ENST00000367573 r.? - - intronic 29 0 0 33 8 24.2 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.477243995 1.058654126 2.339993709 1.30861692 1.30861692 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.85E-12 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 183318245 G A NMNAT2 CCDS1353.1 r.? - - intronic 24 0 0 27 7 25.9 25 7 28 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.651265267 0.883755089 3 2.9313019 0.977100633 3 NA NA 0 0 NA 0 3 NA 1 1 6.36E-11 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 184075662 C T - - - - - - 31 0 0 46 5 10.9 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.115783452 1.115783452 1 1.120176083 1.120176083 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 185392216 T A - - - - - - 37 0 0 44 10 22.7 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.323695813 0.993035069 2.339993709 1.046893536 1.046893536 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.08E-14 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 186117560 C G HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 46 0 0 43 11 25.6 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.620555631 1.11989858 2.339993709 1.182989695 1.182989695 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.42E-16 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 186500599 C A - - - - - - 43 0 0 35 4 11.4 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.166966179 1.166966179 1 1.455182015 1.455182015 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 187710063 C A - - - - - - 33 0 0 47 9 19.1 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.955180178 0.977590089 2 1.570340304 1.570340304 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.24E-12 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189132617 G A - - - - - - 37 0 0 36 6 16.7 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.709503087 1.709503087 1 1.120176083 1.120176083 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189179902 A T - - - - - - 32 0 0 47 5 10.6 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.085073816 1.085073816 1 1.099238213 1.099238213 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189235951 C G - - - - - - 35 0 0 32 10 31.2 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 3.193802175 0.956229997 3.339993709 1.277210114 1.277210114 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.70E-16 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189290211 C T - - - - - - 32 0 0 33 7 21.2 32 4 12.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.170147632 0.927416011 2.339993709 1.30861692 1.30861692 1 0 NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.98E-10 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189461779 A G - - - - - - 44 0 0 37 4 10.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.105546907 1.105546907 1 0.638605057 0.638605057 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189856714 A G - - - - - - 34 0 0 41 10 24.4 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.497717086 1.067403334 2.339993709 1.591278174 1.591278174 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 9.51E-15 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 190172284 C G FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 30 0 0 46 5 10.9 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.115783452 1.115783452 1 1.790187946 1.790187946 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000361 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 190276104 C G FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 24 0 0 43 4 9.3 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.951998725 0.951998725 1 1.203927566 1.203927566 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 191681265 A G - - - - - - 36 0 0 42 9 21.4 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.190620723 0.936165219 2.339993709 0.952673118 0.952673118 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.51E-13 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 192913690 A C - - - - - - 37 0 0 38 6 15.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.617374178 1.617374178 1 1.748312205 1.748312205 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 193077386 C G GLRX2 CCDS1380.1 r.? - - upstream 38 0 0 48 4 8.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.849633271 0.849633271 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 193141637 T G CDC73 CCDS1382.1 r.? - - intronic 59 0 0 57 5 8.8 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.900815998 0.900815998 1 0.533915703 0.533915703 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000105 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 194284119 T C - - - - - - 34 0 0 22 5 22.7 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.323695813 0.993035069 2.339993709 2.177538554 2.177538554 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.67E-08 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 194870075 A T - - - - - - 30 0 0 39 6 15.4 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.576427997 1.576427997 1 2.512544486 1.057140408 2.376736776 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.43E-08 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 195185941 G C - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.166966179 1.166966179 1 2.010035589 2.010035589 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 195350355 C T - - - - - - 46 0 0 41 9 22 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 2.252039995 0.962412842 2.339993709 1.968159847 0.984079924 2 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.92E-13 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 195449980 A G - - - - - - 37 0 0 40 4 10 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.023654543 1.023654543 1 0.345474867 0.345474867 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 195960626 A G - - - - - - 43 0 0 40 6 15 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.349791942 3 3 2 2 0.660006291 0.650208058 4 3 2 3 0.339993709 0.349791942 1.535481815 1.535481815 1 0.866685213 0.866685213 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 196056252 A G - - - - - - 41 0 0 45 8 17.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.349791942 3 3 2 2 0.660006291 0.650208058 4 3 2 3 0.339993709 0.349791942 1.822105087 1.822105087 1 1.649834503 1.649834503 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.14E-11 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 196095636 T A - - - - - - 43 0 0 55 10 18.2 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.349791942 3 3 2 2 0.660006291 0.650208058 4 3 2 3 0.339993709 0.349791942 1.863051269 0.931525634 2 0.375911659 0.375911659 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.33E-13 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 197946440 G T - - - - - - 39 0 0 43 4 9.3 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.955134321 0.955134321 1 0.918895166 0.918895166 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 198777670 G C - - - - - - 36 0 0 40 6 15 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.540539228 1.540539228 1 1.702044455 1.702044455 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.18E-08 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 201195683 C T IGFN1 ENST00000451870 r.? - - intronic 25 0 0 41 7 17.1 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.75621472 1.75621472 1 1.670718484 1.670718484 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 201251819 G C PKP1 CCDS30966.1 r.? - - upstream 34 0 0 46 9 19.6 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.012971258 1.006485629 2 1.837790332 1.837790332 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.82E-12 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 201257408 C T PKP1 CCDS30966.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 5 13.2 47 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.355674521 1.355674521 1 0.219281801 0.219281801 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.209895027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 201338559 C G TNNT2 CCDS4095.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 6 15.4 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.581620274 1.581620274 1 3.028177252 1.009392417 3 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.43E-08 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 201472406 T A CSRP1 CCDS1413.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 3 7.5 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.770269614 0.770269614 1 1.263480853 1.263480853 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 202282377 G T LGR6 CCDS30971.1 r.? - - intronic 30 0 0 19 3 15.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.62270132 1.62270132 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000114071 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 202374712 C G PPP1R12B CCDS30973.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 6 14.6 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.499458182 1.499458182 1 0.647403412 0.647403412 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 202392745 T A PPP1R12B CCDS30973.1 r.? - - intronic 31 0 0 48 8 16.7 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.715133674 1.715133674 1 2.234585972 1.117292986 2 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.23E-10 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 203246057 A C - - - - - - 26 0 0 41 9 22 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.259457534 1.129728767 2 0.563867488 0.563867488 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.92E-13 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 203892028 C T - - - - - - 28 0 0 60 11 18.3 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.879457858 0.939728929 2 0.616077441 0.616077441 1 NA NA 0 0 NA 0 3 NA 1 1 1.34E-14 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 203897818 A T - - - - - - 23 0 0 37 6 16.2 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.663782366 1.663782366 1 1.096409005 1.096409005 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 205048546 G C CNTN2 CCDS1449.1 r.? - - downstream 28 0 0 37 7 18.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.941079427 1.941079427 1 1.628950522 1.628950522 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 205249437 G T - - - - - - 33 0 0 39 7 17.9 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.838376812 1.838376812 1 2.39121583 0.902274757 2.650208058 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.04E-09 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 205864650 T C ENSG00000227130 ENST00000414375 r.? - - downstream 26 0 0 27 5 18.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.899998381 1.899998381 1 1.681160474 1.681160474 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 208686733 C T - - - - - - 38 0 0 32 5 15.6 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.602160797 1.602160797 1 1.012873081 1.012873081 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 209669072 C T - - - - - - 39 0 0 35 4 11.4 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.170809813 1.170809813 1 1.347016778 1.347016778 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 209991498 T C - - - - - - 28 0 0 45 4 8.9 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.914053275 0.914053275 1 1.409668721 1.409668721 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 210875774 T C KCNH1 CCDS31015.1 r.? - - intronic 41 0 0 40 5 12.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.28378269 1.28378269 1 0.981547109 0.981547109 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 210985245 C G KCNH1 CCDS31015.1 r.? - - intronic 40 0 0 36 7 19.4 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.992430735 0.996215367 2 0.772707299 0.772707299 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 212856595 C G BATF3 CCDS1508.1 r.? - - downstream 18 0 0 38 4 10.5 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.07837746 1.07837746 1 0.39679564 0.39679564 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213698234 T A - - - - - - 38 0 0 57 7 12.3 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.263242167 1.263242167 1 1.20082891 1.20082891 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.66E-08 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213761162 G T - - - - - - 28 0 0 36 7 19.4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.992430735 0.996215367 2 1.545414598 1.545414598 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213761163 T C - - - - - - 27 0 0 36 7 19.4 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.992430735 0.996215367 2 1.440994692 1.440994692 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213816296 G C - - - - - - 42 0 0 37 5 13.5 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.386485305 1.386485305 1 1.044199052 1.044199052 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213824328 G C - - - - - - 25 0 0 27 5 18.5 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.899998381 1.899998381 1 0.417679621 0.417679621 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 214331767 G C - - - - - - 36 0 0 52 6 11.5 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.181080075 1.181080075 1 1.378342749 1.378342749 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000261 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 216315512 A G USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 8 14.8 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.519998705 1.519998705 1 1.378342749 1.378342749 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.31E-10 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 217459319 G A - - - - - - 23 0 0 46 7 15.2 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.561079751 1.561079751 1 1.931768247 1.931768247 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.53E-09 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 217949412 G T SPATA17 CCDS1519.1 r.? - - intronic 45 0 0 46 4 8.7 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.893512752 0.893512752 1 1.608066541 1.608066541 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 219126296 C A - - - - - - 27 0 0 31 5 16.1 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.653512105 1.653512105 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 219197429 C A - - - - - - 37 0 0 52 6 11.5 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.181080075 1.181080075 1 0.302817725 0.302817725 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000261 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 219242918 C G - - - - - - 32 0 0 50 6 12 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.232431382 1.232431382 1 0.678729384 0.678729384 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 219964825 G C - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.170809813 1.170809813 1 1.566298579 1.566298579 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 221423772 T G - - - - - - 40 0 0 46 4 8.7 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.893512752 0.893512752 1 1.075525024 1.075525024 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 222298739 A T - - - - - - 36 0 0 39 3 7.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.790810137 0.790810137 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 224112432 C A - - - - - - 22 0 0 34 5 14.7 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.509728443 1.509728443 1 2.088398105 2.088398105 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000771 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 227521606 C A - - - - - - 40 0 0 38 8 21.1 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.167025181 1.08351259 2 0.616077441 0.616077441 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.67E-11 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 229462145 G A C1orf96 CCDS1577.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 4 11.1 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.139999029 1.139999029 1 0.835359242 0.835359242 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 229968516 G T - - - - - - 19 0 0 45 6 13.3 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.365944782 1.365944782 1 1.127734977 1.127734977 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 230080159 G T - - - - - - 24 0 0 41 5 12.2 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.252971905 1.252971905 1 2.359889858 0.890454563 2.650208058 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 230624347 G A - - - - - - 31 0 0 30 4 13.3 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.365944782 1.365944782 1 1.20082891 1.20082891 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 230819002 T A COG2 CCDS1584.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 5 10.4 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.068107198 1.068107198 1 0.866685213 0.866685213 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 231198938 C T - - - - - - 33 0 0 29 7 24.1 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.475133026 0.942444602 2.626290204 1.357458768 1.357458768 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.11E-10 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 232791579 G A - - - - - - 22 0 0 35 4 11.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.170809813 1.170809813 1 1.075525024 1.075525024 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 235881371 C T LYST CCDS31062.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 4 10.8 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.109188244 1.109188244 1 1.743812417 1.743812417 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 236409264 C G ERO1LB CCDS31064.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 5 15.2 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.561079751 1.561079751 1 0.334143697 0.334143697 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 236527734 A C EDARADD ENST00000439430 r.? - - intronic 35 0 0 38 3 7.9 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.81135066 0.81135066 1 1.012873081 1.012873081 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 237883068 A T RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 28 0 0 32 3 9.4 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.965404583 0.965404583 1 1.305248815 1.305248815 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 238036496 G A - - - - - - 29 0 0 54 9 16.7 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.715133674 1.715133674 1 0.981547109 0.981547109 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 8.48E-12 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 238447484 C A - - - - - - 45 0 0 39 7 17.9 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.838376812 1.838376812 1 0.741381327 0.741381327 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 238622925 A T - - - - - - 47 0 0 44 5 11.4 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.170809813 1.170809813 1 0.647403412 0.647403412 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 240322079 C A FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 48 0 0 29 4 13.8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.41729609 1.41729609 1 1.493204645 1.493204645 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 240557611 A G FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 38 0 0 30 5 16.7 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.715133674 1.715133674 1 0.355027678 0.355027678 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 240785244 G C - - - - - - 41 0 0 37 4 10.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.109188244 1.109188244 1 0.950221138 0.950221138 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 241042903 T A RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 5 12.5 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.28378269 1.28378269 1 1.117292986 1.117292986 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 241291880 G A RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 43 0 0 38 6 15.8 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.62270132 1.62270132 1 1.78558038 1.78558038 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 241376964 C A RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 10 22.7 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 2.331349365 0.887696783 2.626290204 1.78558038 1.78558038 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.08E-14 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 241576111 C T - - - - - - 39 0 0 58 5 8.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.883242491 0.883242491 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 242194143 A G - - - - - - 25 0 0 28 5 17.9 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.838376812 1.838376812 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 243144321 T G - - - - - - 30 0 0 27 4 14.8 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.519998705 1.519998705 1 1.869116304 1.869116304 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00001 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 243217587 C T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 28 1 3.6 20 0 0 38 0 0 8 0 0 TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.365944782 1.365944782 1 0.375911659 0.375911659 1 0 NA 0 0 NA 0 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 245649231 T G KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 37 0 0 51 5 9.8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.006485629 1.006485629 1 1.493204645 1.493204645 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000606 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 246528726 G C SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 4 10.3 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.057836937 1.057836937 1 0.375911659 0.375911659 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 248520921 A C OR2T4 CCDS31113.1 r.? - - upstream 43 0 0 34 5 14.7 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.509728443 1.509728443 1 0.375911659 0.375911659 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 626680 T C DIP2C CCDS7054.1 r.? - - intronic 40 0 0 42 7 16.7 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 808304 G C - - - - - - 38 0 0 48 5 10.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.925241379 0.925241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 2901167 C G ENSG00000214531 ENST00000398522 r.? - - intronic 41 0 0 29 4 13.8 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 4827267 C T - - - - - - 43 0 0 47 7 14.9 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.325586207 1.325586207 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 7523816 A T - - - - - - 33 0 0 34 5 14.7 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 7591928 T C - - - - - - 28 0 0 46 5 10.9 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 7591941 G C - - - - - - 37 0 0 48 5 10.4 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.925241379 0.925241379 1 0.490978723 0.490978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 8230141 G A - - - - - - 41 0 0 22 4 18.2 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 0.427333333 0.427333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000425 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 9929764 C G - - - - - - 34 0 0 34 6 17.6 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.565793103 1.565793103 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 13218086 G T MCM10 CCDS7095.1 r.? - - intronic 25 0 0 42 5 11.9 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 13276440 C A UCMA CCDS31147.1 r.? - - upstream 35 0 0 32 5 15.6 18 2 11.1 5 0 0 4 0 0 4 0 0 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 1.009234043 1.009234043 1 0 0 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 14694039 G A FAM107B CCDS7102.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 5 15.6 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 15158661 A G NMT2 CCDS7109.1 r.? - - intronic 28 0 0 53 5 9.4 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.836275862 0.836275862 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000734 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 17467439 G A ST8SIA6 CCDS31158.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 6 16.7 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 19834302 C T C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 43 0 0 37 5 13.5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 21267955 T A NEBL CCDS7133.1 r.? - - intronic 26 0 0 48 5 10.4 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.925241379 0.925241379 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 22070281 C T DNAJC1 CCDS7136.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 5 15.2 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 1.945730496 1.945730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 23469888 T A - - - - - - 24 0 0 27 3 11.1 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 24368039 T C KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 4 8.9 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 29713631 T C - - - - - - 41 0 0 30 4 13.3 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 34415627 T A PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 25 0 0 32 4 12.5 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 34415628 C G PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 3 10 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 35109072 G A PARD3 CCDS7178.1 r.? - - upstream 33 0 0 32 5 15.6 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 37592503 A T - - - - - - 29 0 0 38 4 10.5 30 1 3.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.333042553 0.333042553 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 37644036 G A - - - - - - 30 0 0 45 8 17.8 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.761586207 1.761586207 1 0.312858156 0.312858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.14E-11 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 38484207 A C - - - - - - 38 0 0 40 5 12.5 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 38572364 A T - - - - - - 43 0 0 45 3 6.7 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 44382936 C A - - - - - - 27 0 0 51 5 9.8 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.591134752 1.591134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000606 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 47029715 C G - - - - - - 113 0 0 132 5 3.8 87 4 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 0.418241135 0.418241135 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000571166 1 0.00099983 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 47154430 T G ANXA8L1 CCDS41511.1 r.? - - downstream 73 0 0 75 4 5.3 62 3 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000572493 1 0.003793816 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 50080558 G C WDFY4 CCDS44385.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 7 14.3 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 1.436567376 1.436567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.58E-09 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 50117121 A T WDFY4 CCDS44385.1 r.? - - intronic 42 0 0 43 4 9.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 50373533 G T C10orf128 CCDS41519.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 4 11.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 50373535 G T C10orf128 CCDS41519.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 4 11.4 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 53616034 C T PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 46 0 0 53 7 13.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.85E-09 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 56353931 G A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 7 14 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 57249187 T A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 42 0 0 40 4 10 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 2.154851064 1.077425532 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 57562767 G T - - - - - - 41 0 0 37 6 16.2 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 58235917 G T - - - - - - 26 0 0 40 4 10 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 58468785 G T - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 59581080 C T - - - - - - 36 0 0 38 5 13.2 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 59962014 G A IPMK CCDS7250.1 r.? - - intronic 35 0 0 43 6 14 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 60193157 A T - - - - - - 36 0 0 41 4 9.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 63398606 G A - - - - - - 36 0 0 45 5 11.1 27 3 11.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.009234043 1.009234043 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 64000357 T C RTKN2 CCDS7263.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 4 10.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 65617196 C G - - - - - - 38 0 0 46 5 10.9 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 66511545 G T - - - - - - 40 0 0 49 5 10.2 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.907448276 0.907448276 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 67630732 C A - - - - - - 37 0 0 43 5 11.6 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.727375887 0.727375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 69018810 T A CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 45 0 0 43 3 7 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.622758621 0.622758621 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 71031531 C T HK1 CCDS7290.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 6 17.6 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.565793103 1.565793103 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 80892537 G C ZMIZ1 CCDS7357.1 r.? - - intronic 31 0 0 28 4 14.3 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 2.018468085 2.018468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 82630458 G A - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.263815603 1.263815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 84816689 A G - - - - - - 26 0 0 41 5 12.2 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 87177991 A G - - - - - - 35 0 0 47 7 14.9 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.325586207 1.325586207 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 87998879 C T GRID1 CCDS31236.1 r.? - - intronic 41 0 0 41 6 14.6 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 89391287 C T - - - - - - 33 0 0 34 4 11.8 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 90399117 T C - - - - - - 30 0 0 32 4 12.5 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.209120567 0.209120567 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 90435959 A C LIPF CCDS7389.1 r.935-7a>c c.889-7A>C p.? splice region 36 0 0 50 4 8 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.711724138 0.711724138 1 0.490978723 0.490978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 91197914 C G SLC16A12 CCDS7404.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 3 10 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 92203467 G T - - - - - - 34 0 0 41 4 9.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.436567376 1.436567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 93952210 A G CPEB3 CCDS31246.1 r.? - - intronic 50 0 0 52 4 7.7 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 94829157 T C CYP26A1 CCDS7427.1 r.? - - upstream 35 0 0 46 8 17.4 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.548 1.548 1 1.691148936 1.691148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-11 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 96552133 G T CYP2C19 CCDS7436.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 4 10.3 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 102096252 C T - - - - - - 22 0 0 35 4 11.4 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.863900709 1.863900709 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 102599989 T A - - - - - - 45 0 0 45 4 8.9 55 2 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.031164417 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 103245117 G C BTRC CCDS7512.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 103738682 G C C10orf76 CCDS41563.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 4 11.4 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 103908307 A C PPRC1 CCDS7529.1 r.? - - intronic 22 0 0 42 5 11.9 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 106409124 A G SORCS3 CCDS7558.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 6 18.8 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.860551724 1.860551724 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 109576488 T C - - - - - - 40 0 0 41 8 19.5 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.929827586 0.964913793 2 0.373411348 0.373411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.22E-11 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 110350552 G T - - - - - - 37 0 0 37 5 13.5 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 115788743 C T - - - - - - 36 0 0 29 4 13.8 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 116721713 T A TRUB1 CCDS7591.1 r.? - - intronic 51 0 0 33 4 12.1 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 120780562 A G - - - - - - 25 0 0 41 5 12.2 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 122306868 A G PPAPDC1A CCDS41573.1 r.? - - intronic 45 0 0 36 5 13.9 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 0.383503546 0.383503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 122618833 A C WDR11 CCDS7619.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 4 11.8 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 124846552 C G - - - - - - 26 0 0 25 3 12 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 127653670 C T FANK1 CCDS31309.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 5 14.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 130030586 C T - - - - - - 21 0 0 29 5 17.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.702206897 1.702206897 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 131773823 A C - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 135333693 C G - - - - - - 30 0 0 44 6 13.6 28 1 3.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 211456 G C BET1L CCDS7689.1 r.? - - upstream 30 0 0 38 5 13.2 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 2.523049645 0.841016548 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 2848198 G A KCNQ1 CCDS7736.1 r.? - - intronic 29 0 0 28 4 14.3 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.836780142 1.836780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 2899431 G C - - - - - - 28 0 0 26 6 23.1 16 4 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.286103448 1.143051724 2 2.523049645 2.523049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.30E-09 1 0.00000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 4791988 G A MMP26 CCDS7752.1 r.? - - intronic 38 0 0 40 4 10 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 8586014 A C STK33 CCDS7789.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 3 7.5 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 10224054 C G SBF2 CCDS31427.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 3 8.6 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.851103448 0.851103448 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 10450908 T C - - - - - - 28 0 0 41 4 9.8 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 10839783 C G AC116535.2 ENST00000499765 r.? - - intronic 27 0 0 36 5 13.9 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 12026985 T G DKK3 CCDS7808.1 r.? - - intronic 44 0 0 38 4 10.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 16506221 C A - - - - - - 42 0 0 32 5 15.6 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 17421946 C T ABCC8 CCDS31437.1 r.? - - intronic 33 0 0 28 4 14.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 17864396 G C SERGEF CCDS7828.1 r.? - - intronic 39 0 0 31 4 12.9 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 18530298 A C TSG101 CCDS7842.1 r.? - - intronic 42 0 0 34 3 8.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 19985360 C G NAV2 CCDS7851.2 r.? - - intronic 29 0 0 40 4 10 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 26487773 G T ANO3 CCDS31447.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 5 10.9 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 26895888 G T - - - - - - 38 0 0 31 4 12.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 30763138 G A - - - - - - 32 0 0 41 6 14.6 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 30900552 C A DCDC5 ENST00000429306 r.? - - intronic 27 0 0 36 4 11.1 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 31925458 G A - - - - - - 41 0 0 37 6 16.2 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.245489362 0.245489362 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 32269176 C T - - - - - - 29 0 0 38 4 10.5 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 34956288 G T PDHX CCDS7896.1 r.? - - intronic 31 0 0 22 3 13.6 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000179267 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 36846106 C G - - - - - - 32 0 0 37 5 13.5 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 38830190 A C - - - - - - 30 0 0 36 4 11.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 39956580 C G - - - - - - 51 0 0 38 7 18.4 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 40728958 C T - - - - - - 28 0 0 46 5 10.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 40759700 G A - - - - - - 40 0 0 46 7 15.2 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.53E-09 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 41253085 A C - - - - - - 30 0 0 32 3 9.4 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.836275862 0.836275862 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 42649469 A T - - - - - - 33 0 0 42 6 14.3 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.25458156 0.25458156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 44099053 G C ACCS CCDS7907.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 7 20 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 44813604 G A - - - - - - 32 0 0 38 5 13.2 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 45138406 A G PRDM11 CCDS7912.1 r.? - - intronic 40 0 0 43 5 11.6 32 1 3.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 46147375 A G PHF21A CCDS44578.1 r.? - - upstream 20 0 0 37 7 18.9 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.681448276 1.681448276 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 46571215 C G AMBRA1 CCDS31475.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 4 9.5 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.727375887 0.727375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 55284023 C G - - - - - - 27 0 0 31 4 12.9 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 56013582 C A OR5T3 ENST00000395188 r.? - - upstream 37 0 0 32 6 18.8 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 58400120 C G - - - - - - 34 0 0 40 7 17.5 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0.25458156 0.25458156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 60292247 C T MS4A13 CCDS31571.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 5 14.7 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 64870947 T A C11orf2 CCDS8093.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 5 10.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 65416610 G C SIPA1 CCDS8108.1 r.? - - intronic 26 0 0 43 7 16.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 65976925 C G PACS1 CCDS8129.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 4 10.3 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 67849820 C G CHKA CCDS8178.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 5 11.9 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 68340274 C T SAPS3 CCDS8182.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 5 17.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.530206897 1.530206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 69461134 C T CCND1 CCDS8191.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 6 16.7 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 70085465 A T - - - - - - 24 0 0 39 6 15.4 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 71426615 G A - - - - - - 28 0 0 34 4 11.8 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 73179160 C G FAM168A CCDS41689.1 r.? - - intronic 42 0 0 28 3 10.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058931034 1.058931034 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 73700140 C T - - - - - - 41 0 0 38 4 10.5 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 75273791 C G SERPINH1 CCDS8239.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 4 12.5 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 77563744 T C C11orf67 CCDS8254.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 4 8.3 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 79657097 C T - - - - - - 44 0 0 32 4 12.5 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 84985962 A C DLG2 CCDS44690.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 3 7.1 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 86766243 T C TMEM135 CCDS8280.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 6 18.8 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.860551724 1.860551724 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 93319732 A C - - - - - - 40 0 0 32 5 15.6 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 94019884 G A - - - - - - 33 0 0 34 4 11.8 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.402815603 1.402815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 96971238 C A - - - - - - 40 0 0 38 6 15.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 97233544 G A - - - - - - 35 0 0 36 4 11.1 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 98787916 A G - - - - - - 26 0 0 40 4 10 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 101890200 T C - - - - - - 35 0 0 43 6 14 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.385517241 1.385517241 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 105297450 T G - - - - - - 28 0 0 40 5 12.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 107009018 C G - - - - - - 31 0 0 41 6 14.6 30 3 10 15 0 0 9 1 11.1 3 0 0 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 1.009219858 1.009219858 1 1.098517241 1.098517241 1 0 0 1 3 6 1 1 6.05E-08 0.044110422 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 108146512 T A ATM CCDS31669.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 3 7.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 110640089 C A - - - - - - 44 0 0 30 4 13.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 111197254 C A - - - - - - 25 0 0 35 7 20 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 0.989655172 2 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 115439624 G C - - - - - - 31 0 0 27 5 18.5 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.830862069 1.830862069 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 118559172 G C - - - - - - 26 0 0 19 3 15.8 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000114071 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 121651622 T A - - - - - - 18 0 0 36 5 13.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 123570229 A G - - - - - - 44 0 0 34 4 11.8 17 3 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.77622695 1.77622695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000807 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 123687083 C T - - - - - - 45 0 0 38 4 10.5 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.565163121 0.565163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 124273381 C G - - - - - - 37 0 0 28 3 10.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058931034 1.058931034 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 128533979 G C - - - - - - 35 0 0 27 3 11.1 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 130828994 A T - - - - - - 28 0 0 32 3 9.4 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 131568297 C T OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 132479834 T C ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 4 11.4 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 133443914 G A - - - - - - 42 0 0 36 4 11.1 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 133550584 G A - - - - - - 30 0 0 43 4 9.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 1145083 G A ERC1 CCDS8508.1 r.? - - intronic 21 0 0 45 5 11.1 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.071544084 1.071544084 1 1.574179406 1.574179406 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3063440 G C - - - - - - 27 0 0 41 13 31.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 3.060175446 1.109966276 2.756998579 1.180634555 1.180634555 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.89E-20 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3203068 A T TSPAN9 CCDS8520.1 r.? - - intronic 42 0 0 42 4 9.5 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.917087279 0.917087279 1 0.757573839 0.757573839 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3368409 T G TSPAN9 CCDS8520.1 r.? - - intronic 42 0 0 42 7 16.7 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.612142901 1.612142901 1 1.406922844 1.406922844 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3377968 C G TSPAN9 CCDS8520.1 r.? - - intronic 12 0 0 12 6 50 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 4.826775151 1.750735451 2.756998579 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.41E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3377972 G A TSPAN9 CCDS8520.1 r.? - - intronic 11 0 0 12 5 41.7 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 4.025530476 1.460113367 2.756998579 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.40E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 3702461 A C PRMT8 CCDS8521.2 r.1688a>c c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 48 9 18.8 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.814867457 1.032936212 1.756998579 2.085787713 1.042893857 2 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.75E-12 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 5088594 G T - - - - - - 37 0 0 36 5 13.9 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.341843492 1.341843492 1 1.967724258 1.967724258 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000104 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 5305040 G C - - - - - - 31 0 0 47 6 12.8 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.235654439 1.235654439 1 1.761113211 1.761113211 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 5662938 G A - - - - - - 30 0 0 38 8 21.1 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 2.036899114 1.018449557 2 1.849660802 1.849660802 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.67E-11 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 5915105 T C ANO2 CCDS44807.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 6 15.8 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.525260948 1.525260948 1 2.105464956 1.052732478 2 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 6319817 G C CD9 CCDS8540.1 r.? - - intronic 40 0 0 28 3 10.7 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.032929882 1.032929882 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 8824602 C A - - - - - - 41 0 0 47 4 8.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.820551776 0.820551776 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 8875170 G A RIMKLB CCDS41748.1 r.? - - intronic 21 0 0 44 10 22.7 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 2.191355919 1.095677959 2 0.91499178 0.91499178 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.08E-14 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 9488889 G A - - - - - - 46 0 0 39 4 10.3 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.994315681 0.994315681 1 1.456115951 1.456115951 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 9959814 T A - - - - - - 34 0 0 33 6 18.2 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.756946155 1.756946155 1 1.790629074 1.790629074 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.54E-08 1 5.90E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 10046364 T C CLEC2A ENST00000339766 r.? - - downstream 39 0 0 40 6 15 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.448032545 1.448032545 1 1.446277329 1.446277329 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 10062401 G A CLEC2A CCDS44829.1 r.? - - downstream 30 0 0 35 7 20 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.930710061 1.930710061 1 2.813845688 1.024549383 2.746422706 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 4.65E-10 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 12858717 C G - - - - - - 31 0 0 40 4 10 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.96535503 0.96535503 1 1.29869801 1.29869801 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 13527072 T G C12orf36 CCDS8661.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 3 6.7 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.64678787 0.64678787 1 0.924830401 0.924830401 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 14505020 C A - - - - - - 33 0 0 42 5 11.9 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.148772486 1.148772486 1 0.659187626 0.659187626 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 15331986 T C RERG CCDS8673.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 5 13.2 21 3 14.3 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 1.27426864 1.27426864 1 1.406922844 1.406922844 1 9.653550303 3.501470903 2.756998579 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 0.000025 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 17973697 T A - - - - - - 35 0 0 40 3 7.5 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.724016273 0.724016273 1 0.255804153 0.255804153 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 20022347 T C - - - - - - 28 0 0 41 4 9.8 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.94604793 0.94604793 1 1.121602827 1.121602827 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 23727472 C A SOX5 CCDS8699.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 7 16.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 24626662 C G - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 25215772 T G LRMP CCDS8701.1 r.669u>g c.? p.? 5'UTR variant 33 0 0 46 6 13 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 26319856 T C - - - - - - 40 0 0 43 4 9.3 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 27009165 C G - - - - - - 31 0 0 36 6 16.7 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 28188263 G T - - - - - - 39 0 0 42 4 9.5 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 29942942 T A - - - - - - 33 0 0 46 6 13 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 29956189 C T - - - - - - 36 0 0 38 4 10.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 30514603 A G - - - - - - 30 0 0 48 4 8.3 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 33116788 G T - - - - - - 40 0 0 60 4 6.7 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000243755 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 33580909 C G SYT10 CCDS8732.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 4 8 41 2 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.711724138 0.711724138 1 0.44551773 0.44551773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.018015855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 41362944 T A CNTN1 CCDS8737.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 4 8.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.880793103 0.880793103 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 43455969 T A - - - - - - 28 0 0 56 4 7.1 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000186538 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 43794293 C T ADAMTS20 ENST00000389420 r.? - - intronic 34 0 0 35 5 14.3 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 44953798 T A NELL2 CCDS8746.1 r.? - - intronic 26 0 0 54 4 7.4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.732344828 0.732344828 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 53790657 C G SP1 CCDS8857.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 6 18.2 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 54483446 G A - - - - - - 36 0 0 44 5 11.4 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0.544978723 0.544978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 58122420 A C AGAP2 CCDS44932.1 r.? - - intronic 30 0 0 27 3 11.1 27 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 61189080 G C - - - - - - 30 0 0 33 3 9.1 28 1 3.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 64995507 C G - - - - - - 35 0 0 31 4 12.9 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 67977223 C T - - - - - - 25 0 0 28 4 14.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 68884826 G T - - - - - - 16 0 0 38 8 21.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.088172414 1.044086207 2 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.67E-11 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 70373863 G C - - - - - - 29 0 0 37 5 13.5 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 2.755170213 0.918390071 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 70548973 A G - - - - - - 43 0 0 35 4 11.4 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 70899160 G T AC025569.1 ENST00000501222 r.? - - intronic 33 0 0 31 3 9.7 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 71925645 C A LGR5 CCDS9000.1 r.? - - intronic 39 0 0 29 5 17.2 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.702206897 1.702206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 73547558 A G - - - - - - 24 0 0 28 7 25 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.474137931 0.824712644 3 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.44E-11 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 74442163 T A - - - - - - 41 0 0 34 4 11.8 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 75202863 C A - - - - - - 46 0 0 48 7 14.6 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 77622698 C G - - - - - - 43 0 0 53 4 7.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000150502 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 78370707 G A NAV3 CCDS41815.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 5 14.3 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 2.099177305 2.099177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 79584363 C T SYT1 CCDS9017.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 5 13.5 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 80614899 T G - - - - - - 34 0 0 40 5 12.5 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 80807342 C G - - - - - - 34 0 0 52 5 9.6 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.854068966 0.854068966 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000668 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 83596211 C G - - - - - - 33 0 0 46 5 10.9 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 85389346 C A - - - - - - 41 0 0 32 4 12.5 15 1 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.072431031 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 88169754 A C - - - - - - 28 0 0 36 4 11.1 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 88385938 A C C12orf50 CCDS9031.1 r.? - - intronic 43 0 0 36 4 11.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 89088051 A T - - - - - - 32 0 0 47 4 8.5 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 89832592 T G WDR51B CCDS31869.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 4 9.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 91721761 C T - - - - - - 38 0 0 47 5 10.6 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 0.727375887 0.727375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 93650878 A T - - - - - - 21 0 0 45 5 11.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 94619041 T C PLXNC1 CCDS9049.1 r.? - - intronic 23 0 0 51 10 19.6 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.743724138 0.871862069 2 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-13 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 95889884 C G METAP2 CCDS9052.1 r.1001+10c>g c.867+10C>G p.? splice region 36 0 0 40 4 10 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 96304878 T G CCDC38 CCDS9056.1 r.? - - intronic 40 0 0 39 4 10.3 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 98736810 G A - - - - - - 30 0 0 42 6 14.3 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 100259402 A G ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 43 0 0 36 4 11.1 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 101103521 T C - - - - - - 34 0 0 50 5 10 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 2.18212766 1.09106383 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000549 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 101118275 T C - - - - - - 50 0 0 44 5 11.4 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 101728628 T A UTP20 CCDS9081.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 6 18.2 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 102274962 G A DRAM1 CCDS41823.1 r.? - - intronic 36 0 0 33 6 18.2 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 102674906 T A - - - - - - 40 0 0 38 4 10.5 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 104227258 C G NT5DC3 CCDS41824.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 4 10 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 104390300 C T GLT8D2 CCDS9096.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 6 18.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 104697898 G T TXNRD1 ENST00000429002 r.? - - intronic 34 0 0 36 5 13.9 27 6 22.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 2.018468085 2.018468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 104772441 A G - - - - - - 28 0 0 42 4 9.5 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 105486264 G C - - - - - - 27 0 0 38 5 13.2 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 106035147 A G - - - - - - 33 0 0 45 4 8.9 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 106146096 A T - - - - - - 40 0 0 39 4 10.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 106399338 T A - - - - - - 29 0 0 37 5 13.5 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 106416196 G C - - - - - - 31 0 0 30 3 10 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 107971898 A G BTBD11 CCDS31893.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 7 13.2 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.85E-09 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 111349980 T G CCDC63 CCDS9151.1 r.? - - downstream 33 0 0 32 4 12.5 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 112357802 G A - - - - - - 29 0 0 45 7 15.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 112358768 C G - - - - - - 29 0 0 43 4 9.3 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 113546394 A C RASAL1 CCDS9165.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 3 7.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 113887476 A T - - - - - - 35 0 0 51 4 7.8 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.693931034 0.693931034 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000129466 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 114554744 T A - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.490978723 0.490978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 114749855 G C - - - - - - 31 0 0 46 4 8.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 115903013 G C - - - - - - 32 0 0 39 4 10.3 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 116214458 C G - - - - - - 36 0 0 57 5 8.8 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 0.481886525 0.481886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000105 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 116672505 C G MED13L CCDS9177.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 4 8.9 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 118221518 G A KSR2 ENST00000425217 r.? - - intronic 31 0 0 35 8 22.9 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.037310345 1.018655172 2 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.15E-12 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 118674145 A G TAOK3 CCDS9188.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 5 11.6 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 119410450 G A - - - - - - 31 0 0 43 6 14 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 41102307 G A ZFYVE19 CCDS42025.1 r.1124g>a c.610G>A p.A204T missense 32 0 0 22 4 18.2 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000425 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 121429751 T C HNF1A CCDS9209.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 121512923 G A - - - - - - 39 0 0 40 4 10 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 125831984 A G TMEM132B CCDS41859.1 r.? - - intronic 50 0 0 41 7 17.1 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 129501924 C A - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 130977295 T A RIMBP2 CCDS31925.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 4 10.5 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 19763787 A C CDC42BPB ENST00000382988 r.? - - downstream 18 0 0 47 7 14.9 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.474586207 1.474586207 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 19769093 T A - - - - - - 38 0 0 38 6 15.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 21341413 C A N6AMT2 CCDS9293.1 r.? - - intronic 26 0 0 25 4 16 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 21784894 G T - - - - - - 38 0 0 39 6 15.4 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 31907662 A G B3GALTL CCDS9341.1 r.? - - downstream 31 0 0 47 5 10.6 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049034483 1.049034483 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 32586145 G T - - - - - - 31 0 0 37 6 16.2 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.603241379 1.603241379 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 35480174 C T ENSG00000226451 ENST00000448215 r.? - - downstream 41 0 0 38 6 15.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 35815957 T G NBEA CCDS45026.1 r.? - - intronic 26 0 0 45 5 11.1 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 38033390 A T - - - - - - 26 0 0 41 3 7.3 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.722448276 0.722448276 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 38460767 G C - - - - - - 35 0 0 33 4 12.1 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 40122867 G C LHFP CCDS9369.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 4 10.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 40437709 C T - - - - - - 43 0 0 38 5 13.2 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 40865546 A G - - - - - - 24 0 0 32 5 15.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 44807148 C G - - - - - - 19 0 0 29 3 10.3 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 44906931 G T - - - - - - 29 0 0 37 5 13.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 45437625 G A - - - - - - 32 0 0 33 5 15.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 46432328 T G - - - - - - 30 0 0 37 5 13.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 47644734 A C - - - - - - 33 0 0 36 3 8.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 48211413 C A - - - - - - 50 0 0 42 5 11.9 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 1.332170213 1.332170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 54113184 A G - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 57174941 G T - - - - - - 46 0 0 35 6 17.1 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 57550368 T G - - - - - - 26 0 0 45 7 15.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 57656798 C A - - - - - - 50 0 0 46 5 10.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.078724138 1.078724138 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 58177478 C A - - - - - - 45 0 0 30 8 26.7 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.64237931 0.880793103 3 1.967978723 0.983989362 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.07E-12 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 58450927 T C - - - - - - 42 0 0 32 4 12.5 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.575255319 0.575255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 61781639 A G - - - - - - 31 0 0 33 4 12.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 64002998 C G - - - - - - 43 0 0 50 6 12 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 64003026 A G - - - - - - 46 0 0 51 8 15.7 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.553758621 1.553758621 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.05E-10 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 64968505 A C - - - - - - 35 0 0 37 3 8.1 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.80162069 0.80162069 1 1.725765957 1.725765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 66015877 C G - - - - - - 33 0 0 33 5 15.2 20 6 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 3.027659574 1.009219858 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 5.70E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 68588085 A G - - - - - - 46 0 0 41 9 22 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.177241379 1.08862069 2 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.92E-13 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 68768662 T A - - - - - - 48 0 0 48 4 8.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 69021296 G A - - - - - - 34 0 0 43 8 18.6 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.840758621 1.840758621 1 1.937702128 1.937702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.85E-11 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 69209516 C G - - - - - - 33 0 0 51 5 9.8 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 2.654248227 0.884749409 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000606 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 70617064 G C KLHL1 CCDS9445.1 r.? - - intronic 41 0 0 44 4 9.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 71518030 G C - - - - - - 38 0 0 43 5 11.6 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 72018631 C T DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 27 0 0 46 5 10.9 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.078724138 1.078724138 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 72317660 G T DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 28 0 0 49 4 8.2 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.811517241 0.811517241 1 0.383503546 0.383503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 78340821 T C SLAIN1 CCDS31995.1 r.? - - downstream 25 0 0 33 7 21.2 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.098068966 1.049034483 2 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.98E-10 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 78658284 C A - - - - - - 29 0 0 43 7 16.3 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.613137931 1.613137931 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 79294489 A G - - - - - - 34 0 0 34 6 17.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741793103 1.741793103 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 80167478 C A - - - - - - 36 0 0 41 4 9.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 80617818 T G - - - - - - 27 0 0 38 5 13.2 39 9 23.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 2.331297872 1.165648936 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 82476906 A T - - - - - - 52 0 0 39 7 17.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.771482759 1.771482759 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 82852360 T C - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.63493617 1.63493617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 83130505 A T - - - - - - 41 0 0 30 5 16.7 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 85748202 C A - - - - - - 35 0 0 45 10 22.2 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.197034483 1.098517241 2 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.66E-14 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 88088392 C T - - - - - - 42 0 0 38 6 15.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 88942685 G T - - - - - - 37 0 0 44 5 11.4 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 2.785446809 0.92848227 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 90637914 T A - - - - - - 40 0 0 25 4 16 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 91937230 A C - - - - - - 38 0 0 25 5 20 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000153 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 93401327 G T GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 20 0 0 37 6 16.2 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.603241379 1.603241379 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 93980325 C T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 4 11.1 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 97164031 G C HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 5 13.9 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 99061797 C G FARP1 CCDS9487.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 6 18.2 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 1.402815603 1.402815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 99416408 C T - - - - - - 34 0 0 49 5 10.2 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.009448276 1.009448276 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 101519052 C G - - - - - - 27 0 0 39 7 17.9 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.771482759 1.771482759 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 102485770 G T FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 5 13.9 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.402815603 1.402815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 103172908 C A - - - - - - 32 0 0 24 4 16.7 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000613 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 104005500 C T - - - - - - 29 0 0 37 7 18.9 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 104229414 C G - - - - - - 41 0 0 34 5 14.7 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 104494849 C T - - - - - - 42 0 0 44 5 11.4 30 4 13.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 105006997 G T - - - - - - 29 0 0 18 4 22.2 23 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.197034483 2.197034483 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.00000181 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 105603689 G C - - - - - - 34 0 0 32 5 15.6 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 2.099177305 2.099177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 108748638 A T - - - - - - 37 0 0 36 8 22.2 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.197034483 1.098517241 2 2.018439716 1.009219858 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-11 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 109499345 A T MYO16 CCDS32008.1 r.? - - intronic 42 0 0 30 5 16.7 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.756042553 1.756042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 113568406 C G MCF2L ENST00000375608 r.? - - intronic 45 0 0 36 4 11.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 114004171 G A GRTP1 CCDS9534.2 r.? - - intronic 36 0 0 36 5 13.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 114468012 T C FAM70B CCDS45071.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 5 15.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 114863727 C G RASA3 CCDS32016.1 r.? - - intronic 59 0 0 54 6 11.1 45 2 4.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.444056738 0.444056738 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000329 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 22995840 T C TRAC ENST00000446346 r.? - - intronic 32 0 0 42 6 14.3 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 23977963 G A - - - - - - 31 0 0 27 4 14.8 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316689655 1.316689655 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 24913975 C G KHNYN CCDS32058.1 r.? - - downstream 42 0 0 41 4 9.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 25931260 C T - - - - - - 33 0 0 34 7 20.6 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.832689655 1.832689655 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 26055013 C A - - - - - - 32 0 0 37 6 16.2 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 27925652 C G - - - - - - 40 0 0 34 7 20.6 30 1 3.3 263 0 0 61 2 3.3 139 7 5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.832689655 1.832689655 1 0.300042553 0.300042553 1 0.293586207 0.293586207 1 0.454609929 0.454609929 1 3 5 1 1 3.73E-10 0.037660755 0.139615808 0.00000749 YES 1_1 0_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 14 29103146 A C - - - - - - 28 0 0 39 3 7.7 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 29486040 C G - - - - - - 30 0 0 47 4 8.5 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0.25458156 0.25458156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 30470007 T C - - - - - - 38 0 0 46 6 13 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 35404580 C G AL049776.2 ENST00000511927 r.? - - intronic 28 0 0 34 7 20.6 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.832689655 1.832689655 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 36525795 A T - - - - - - 42 0 0 37 7 18.9 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 36966349 T C SFTA3 CCDS45097.1 r.? - - intronic 39 0 0 32 5 15.6 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 38147504 C T - - - - - - 30 0 0 49 5 10.2 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.009448276 1.009448276 1 1.362446809 1.362446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 39065464 G C - - - - - - 38 0 0 50 9 18 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.78137931 1.78137931 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.07E-12 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 48787688 T G - - - - - - 54 0 0 38 3 7.9 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.781827586 0.781827586 1 0.383503546 0.383503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 49379640 C T - - - - - - 21 0 0 31 4 12.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 50770411 C G L2HGDH CCDS9698.1 r.? - - intronic 20 0 0 29 4 13.8 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 51103592 G C SAV1 CCDS9701.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 5 13.5 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 52135190 A G FRMD6 CCDS9704.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 4 11.8 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 55283400 C G - - - - - - 42 0 0 34 4 11.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 57538003 C G - - - - - - 40 0 0 48 4 8.3 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0.322950355 0.322950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 57855037 G C NAA30 CCDS32088.1 r.? - - upstream 35 0 0 43 4 9.3 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 58201613 A G - - - - - - 37 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 58448035 A T - - - - - - 43 0 0 51 6 11.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000232 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 59141648 C A - - - - - - 36 0 0 31 4 12.9 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 60256789 A C RTN1 CCDS9740.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 3 8.6 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.851103448 0.851103448 1 0.595439716 0.595439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 62710883 A G - - - - - - 26 0 0 36 4 11.1 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.836780142 1.836780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 65040286 A C C14orf50 CCDS9767.1 r.? - - intronic 60 0 0 38 4 10.5 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 65879773 C A FUT8 CCDS9775.1 r.239c>a c.? p.? 5'UTR variant 28 0 0 15 3 20 12 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000544 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 66904088 T G - - - - - - 45 0 0 44 3 6.8 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.672965517 0.672965517 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 73331289 T A DPF3 CCDS45133.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 5 19.2 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.900137931 1.900137931 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000188 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 79869468 G A NRXN3 CCDS45145.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 6 13 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.286551724 1.286551724 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 81146598 A C C14orf145 CCDS32130.1 r.? - - intronic 28 0 0 44 6 13.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 83462868 A T - - - - - - 26 0 0 36 7 19.4 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 84052585 T C - - - - - - 33 0 0 31 4 12.9 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 0.312858156 0.312858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 87354122 C G - - - - - - 29 0 0 53 7 13.2 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 87762225 G A - - - - - - 32 0 0 34 5 14.7 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 90883838 C G - - - - - - 24 0 0 25 3 12 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 92462372 C G TRIP11 CCDS9899.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 3 8.3 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 95244263 T A - - - - - - 26 0 0 41 7 17.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 97674791 A T - - - - - - 33 0 0 40 3 7.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 3 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 98089077 T A - - - - - - 33 0 0 46 4 8.7 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 98747917 C T - - - - - - 40 0 0 36 4 11.1 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 101052446 T A - - - - - - 27 0 0 32 6 18.8 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 101976272 G C - - - - - - 26 0 0 31 4 12.9 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 103845700 C G - - - - - - 29 0 0 34 8 23.5 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.090689655 1.045344828 2 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.32E-12 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 104553623 A G ASPG CCDS45170.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 6 14 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 1.945730496 1.945730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 105370033 G A - - - - - - 30 0 0 46 6 13 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 105644261 C G NUDT14 CCDS10000.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 6 17.1 16 1 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.077068876 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 106142256 T A - - - - - - 47 0 0 43 4 9.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 106381089 C T KIAA0125 ENST00000429431 r.? - - upstream 32 0 0 33 6 18.2 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 23154622 A G - - - - - - 31 0 0 24 6 25 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.224137931 1.112068966 2 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.95E-09 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 26788076 C A GABRB3 CCDS10019.1 r.? - - downstream 35 0 0 45 6 13.3 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 26885046 G T GABRB3 CCDS10019.1 r.? - - intronic 26 0 0 39 4 10.3 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 27400162 A G GABRG3 CCDS45195.1 r.? - - intronic 42 0 0 46 6 13 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 27567224 G A GABRG3 CCDS45195.1 r.? - - intronic 41 0 0 55 5 9.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000883 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 28720632 G T - - - - - - 14 0 0 16 3 18.8 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000667 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 31107708 T A - - - - - - 21 0 0 46 5 10.9 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 39521817 A C - - - - - - 37 0 0 36 4 11.1 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 172725303 A G SLC25A12 CCDS33327.1 r.135u>c c.97T>C p.Y33H missense 29 0 0 41 5 12.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.32937931 1.32937931 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 45586535 C T - - - - - - 27 0 0 42 6 14.3 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 46737112 C A - - - - - - 37 0 0 30 5 16.7 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 51499228 C G CYP19A1 CCDS10139.1 r.? - - downstream 28 0 0 41 8 19.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.929827586 0.964913793 2 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.22E-11 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 55975918 C A PRTG CCDS42040.1 r.? - - intronic 39 0 0 30 4 13.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 56884755 A G - - - - - - 40 0 0 46 5 10.9 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.078724138 1.078724138 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 57493902 G C TCF12 CCDS10159.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 5 11.9 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 58264662 T C ALDH1A2 CCDS10163.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 5 13.5 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 3 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.854099291 0.854099291 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 58651270 G A - - - - - - 37 0 0 40 7 17.5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.906896552 1.906896552 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 60389565 G C - - - - - - 27 0 0 38 7 18.4 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.004965517 1.002482759 2 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 61679198 G C - - - - - - 37 0 0 32 6 18.8 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.048551724 2.048551724 1 0.654439716 0.654439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 61940862 C G - - - - - - 39 0 0 52 6 11.5 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.253103448 1.253103448 1 0.953929078 0.953929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000261 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 63217717 T A - - - - - - 36 0 0 29 3 10.3 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.122344828 1.122344828 1 0.332765957 0.332765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 65213192 C T ANKDD1A CCDS10197.2 r.? - - intronic 28 0 0 47 5 10.6 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.155034483 1.155034483 1 0.953929078 0.953929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 66283996 G T MEGF11 CCDS10213.2 r.? - - intronic 30 0 0 47 11 23.4 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.549793103 0.849931034 3 1.275602837 1.275602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.21E-16 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 68587097 A G FEM1B CCDS10228.1 r.6016a>g c.? p.? 3'UTR variant 45 0 0 35 5 14.3 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 0.621163121 0.621163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 69783489 C T - - - - - - 29 0 0 33 5 15.2 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.656275862 1.656275862 1 0.787546099 0.787546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 70142939 G C - - - - - - 27 0 0 38 4 10.5 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.144137931 1.144137931 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 70700025 A T - - - - - - 26 0 0 52 5 9.6 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.046068966 1.046068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 71160307 C G - - - - - - 28 0 0 44 4 9.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.991586207 0.991586207 1 1.64164539 1.64164539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 74038713 T A C15orf59 CCDS32289.1 r.? - - intronic 31 0 0 25 4 16 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.743448276 1.743448276 1 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 74118376 G C - - - - - - 25 0 0 26 4 15.4 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.678068966 1.678068966 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 78257910 T C - - - - - - 33 0 0 34 6 17.6 38 7 18.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.917793103 1.917793103 1 2.040964539 1.02048227 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 78601843 C A - - - - - - 31 0 0 41 7 17.1 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.863310345 1.863310345 1 2.218439716 2.218439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 78647359 A G - - - - - - 34 0 0 35 4 11.4 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.242206897 1.242206897 1 1.441985816 1.441985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 78922745 G T CHRNB4 CCDS10306.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 5 10 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089655172 1.089655172 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000549 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 83242017 T C CPEB1 CCDS42072.1 r.? - - intronic 23 0 0 49 5 10.2 30 2 6.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.111448276 1.111448276 1 0.743177305 0.743177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 84588322 G A ADAMTSL3 CCDS10326.1 r.? - - intronic 28 0 0 50 5 10 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089655172 1.089655172 1 2.174070922 1.087035461 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000549 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 84680419 G C ADAMTSL3 CCDS10326.1 r.? - - intronic 48 0 0 47 4 8.5 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.926206897 0.926206897 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 86500920 C G - - - - - - 31 0 0 44 6 13.6 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.481931034 1.481931034 1 0.743177305 0.743177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 86584158 A C - - - - - - 29 0 0 30 5 16.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.819724138 1.819724138 1 1.785843972 1.785843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 87208526 G C AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 33 0 0 31 5 16.1 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.683777194 4.770173569 2 2 2 2 0.316222806 0.229826431 3 3 2 2 0.683777194 0.770173569 1.542432956 1.542432956 1 0.818576889 0.818576889 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 95068610 C T - - - - - - 45 0 0 31 4 12.9 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.683777194 4.770173569 2 2 2 2 0.316222806 0.229826431 3 3 2 2 0.683777194 0.770173569 1.23586243 1.23586243 1 1.5582548 1.5582548 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 97041960 T C - - - - - - 35 0 0 37 4 10.8 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.683777194 4.770173569 2 2 2 2 0.316222806 0.229826431 3 3 2 2 0.683777194 0.770173569 1.034675523 1.034675523 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 97424790 G C - - - - - - 26 0 0 32 3 9.4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.683777194 4.770173569 2 2 2 2 0.316222806 0.229826431 3 3 2 2 0.683777194 0.770173569 0.900550918 0.900550918 1 1.19334703 1.19334703 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 97992514 A G - - - - - - 21 0 0 39 6 15.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 1.447832463 1.447832463 1 0.854099291 0.854099291 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 99019125 T C FAM169B CCDS45360.1 r.? - - intronic 39 0 0 49 7 14.3 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 1.344415858 1.344415858 1 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 5.58E-09 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 99163544 G C - - - - - - 32 0 0 47 5 10.6 37 2 5.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 0.996560007 0.996560007 1 0.598978723 0.598978723 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 100194857 G A MEF2A CCDS45362.1 r.? - - intronic 40 0 0 36 5 13.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 1.30680982 1.30680982 1 1.530723404 1.530723404 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 102327222 C T - - - - - - 36 0 0 33 5 15.2 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 1.429029444 1.429029444 1 2.085333333 2.085333333 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 44839090 A T CDH22 CCDS13395.1 r.1543u>a c.1142T>A p.V381E missense 34 0 0 42 5 11.9 16 1 6.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.687716312 0.687716312 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.077068876 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 2446732 C A - - - - - - 37 0 0 51 6 11.8 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.291801418 1.291801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000232 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 3839577 G C CREBBP CCDS10509.1 r.? - - intronic 24 0 0 31 3 9.7 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 0.28258156 0.28258156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 3962902 G T - - - - - - 29 0 0 23 4 17.4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.722 1.722 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000513 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 7248403 C G - - - - - - 42 0 0 27 8 29.6 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.92937931 0.97645977 3 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.97E-13 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 10694719 C T - - - - - - 32 0 0 35 6 17.1 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 1.756042553 1.756042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 10968899 C A CIITA CCDS10544.1 r.? - - upstream 29 0 0 28 5 17.9 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.771482759 1.771482759 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000279 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 12223960 C G SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 21 0 0 30 4 13.3 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 12514537 A G SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 7 14.9 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.474586207 1.474586207 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 12568663 T A SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 32 0 0 30 4 13.3 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 15642065 C T C16orf45 CCDS10561.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 6 16.2 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.603241379 1.603241379 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 17077504 C A - - - - - - 22 0 0 34 4 11.8 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 19128961 G A ITPRIPL2 CCDS32395.1 r.3680g>a c.? p.? 3'UTR variant 49 0 0 42 7 16.7 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 19129138 G C ITPRIPL2 CCDS32395.1 r.3857g>c c.? p.? 3'UTR variant 34 0 0 32 4 12.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 19141193 C G - - - - - - 25 0 0 38 6 15.8 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 22669285 T A ENSG00000224154 ENST00000430965 r.? - - intronic 58 0 0 41 5 12.2 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.262397163 0.262397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 23234831 C A - - - - - - 37 0 0 27 4 14.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 24299787 A C CACNG3 CCDS10620.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 5 11.9 19 1 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 24501925 G C - - - - - - 24 0 0 29 4 13.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 30484582 T A ITGAL CCDS32433.1 r.? - - intronic 27 0 0 24 3 12.5 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000233853 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 35048607 G T - - - - - - 31 0 0 37 4 10.8 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 50294535 T C - - - - - - 32 0 0 40 4 10 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 51232332 C G - - - - - - 41 0 0 32 3 9.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 51476748 T C - - - - - - 25 0 0 30 7 23.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.305896552 1.152948276 2 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.44E-10 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 51855459 G T - - - - - - 52 0 0 33 5 15.2 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 53221449 G A CHD9 CCDS45485.1 r.? - - intronic 40 0 0 44 8 18.2 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.90E-11 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 53551959 C A - - - - - - 29 0 0 34 4 11.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 56382762 T A GNAO1 CCDS10756.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 3 9.1 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 57837127 G C KIFC3 CCDS45493.1 r.? - - upstream 34 0 0 20 3 15 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.484482759 1.484482759 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0001337 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 60198785 G T - - - - - - 32 0 0 38 6 15.8 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 62056217 A T CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 35 0 0 26 3 11.5 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138103448 1.138103448 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000298167 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 62135717 G C - - - - - - 52 0 0 43 4 9.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 62595906 G C - - - - - - 30 0 0 29 4 13.8 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 0.312858156 0.312858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 64076254 G T - - - - - - 36 0 0 34 4 11.8 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 66857708 C T NAE1 CCDS42171.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 5 12.2 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 68966561 C G TMCO7 CCDS45516.1 r.? - - intronic 20 0 0 30 6 20 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 0.433964539 0.433964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.37E-09 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 76586618 G T CNTNAP4 ENST00000307431 r.? - - intronic 25 0 0 42 5 11.9 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 0.232120567 0.232120567 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 78061984 C T CLEC3A CCDS10927.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 5 11.9 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 80874365 C A - - - - - - 34 0 0 35 4 11.4 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 85665989 A G KIAA0182 CCDS10952.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 4 11.1 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.373411348 0.373411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 87057592 C T - - - - - - 15 0 0 24 5 20.8 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.058482759 2.058482759 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 87337551 G C ENSG00000131152 ENST00000253461 r.? - - intronic 39 0 0 46 4 8.7 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 87657474 G A JPH3 CCDS10962.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 4 11.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 88570966 G T ZFPM1 CCDS32502.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 4 11.4 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 88773043 C G CTU2 CCDS45545.1 r.? - - intronic 45 0 0 34 5 14.7 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 89171169 C G ACSF3 CCDS10974.1 r.? - - intronic 34 0 0 26 3 11.5 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138103448 1.138103448 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000298167 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 3771620 A G CAMKK1 CCDS11038.1 r.? - - intronic 29 0 0 23 5 21.7 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.147551724 2.147551724 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.75E-08 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 3940414 A T ZZEF1 CCDS11043.1 r.? - - intronic 34 0 0 24 3 12.5 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000233853 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 6697374 C T TEKT1 CCDS11083.1 r.? - - downstream 26 0 0 44 9 20.5 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.028793103 1.014396552 2 0.565163121 0.565163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.18E-12 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 8205133 C T - - - - - - 29 0 0 34 4 11.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 8679485 T C - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.989035461 0.989035461 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 12679266 A C AC005358.1 ENST00000501602 r.? - - intronic 45 0 0 35 4 11.4 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 13620181 A T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.322950355 0.322950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 18564721 G T - - - - - - 27 0 0 25 3 12 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 0.302765957 0.302765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 27300170 C G SEZ6 CCDS45639.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 4 12.1 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 29014351 T A - - - - - - 17 0 0 20 4 20 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000284 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 30066466 G A - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 31659704 T A ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 39 0 0 29 3 10.3 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 32651783 C G CCL8 CCDS11280.1 r.? - - downstream 45 0 0 54 4 7.4 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.732344828 0.732344828 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 36146174 G T - - - - - - 31 0 0 46 6 13 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.286551724 1.286551724 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 36396898 G A ENSG00000174093 ENST00000400815 r.? - - intronic 41 0 0 37 4 10.8 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.100049645 1.100049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 36849160 T A - - - - - - 21 0 0 27 6 22.2 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.197034483 1.098517241 2 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.23E-09 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 40688723 C A NAGLU CCDS11427.1 r.? - - intronic 18 0 0 19 6 31.6 33 2 6.1 11 0 0 8 0 0 12 1 8.3 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.127310345 1.042436782 3 0.615624113 0.615624113 1 0 0 1 0.837652482 0.837652482 1 3 6 1 1 4.01E-10 1 0.011909843 0.058377193 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 43162740 G C NMT1 CCDS11494.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 5 14.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 45491061 T C C17orf57 CCDS11512.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 10 21.7 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.581551724 0.860517241 3 1.729184397 1.729184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.38E-14 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 47202525 A T - - - - - - 31 0 0 42 8 19 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.260344828 1.130172414 2 1.910567376 1.910567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.96E-11 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 47289255 G A ABI3 CCDS11546.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 4 10 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.189655172 1.189655172 1 0.386950355 0.386950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 48159297 G T ITGA3 CCDS11558.1 r.? - - intronic 35 0 0 63 10 15.9 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.891551724 0.945775862 2 0.568333333 0.568333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.81E-13 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 48570774 A C - - - - - - 20 0 0 33 5 15.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.808275862 1.808275862 1 1.608262411 1.608262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 48860007 C T - - - - - - 26 0 0 45 14 31.1 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.699827586 0.924956897 4 3.228617021 1.076205674 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.81E-22 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 49094405 G T SPAG9 CCDS45740.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 8 22.9 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.724310345 0.908103448 3 2.926312057 0.975437352 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.15E-12 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 49211203 G A - - - - - - 30 0 0 31 5 16.1 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.915344828 1.915344828 1 1.124574468 1.124574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 50688954 G A - - - - - - 29 0 0 45 9 20 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.379310345 1.189655172 2 0.737624113 0.737624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-12 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 51387268 G T - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.439482759 1.439482759 1 0.894822695 0.894822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 51619781 A T - - - - - - 37 0 0 42 5 11.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415689655 1.415689655 1 1.668723404 1.668723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 51845685 A G - - - - - - 37 0 0 40 4 10 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.189655172 1.189655172 1 0.386950355 0.386950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 52713443 C A - - - - - - 37 0 0 52 11 21.2 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.522068966 0.840689655 3 2.079858156 2.079858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.44E-15 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 54622116 G C - - - - - - 35 0 0 42 4 9.5 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.130172414 1.130172414 1 1.245496454 1.245496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 55280865 C T - - - - - - 36 0 0 35 8 22.9 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.724310345 0.908103448 3 2.648191489 0.882730496 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.15E-12 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 56730425 G A TEX14 CCDS32693.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 7 15.2 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.808275862 1.808275862 1 1.862198582 1.862198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.53E-09 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 57005609 G T PPM1E CCDS11613.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 7 24.1 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 5 5 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.867068966 0.955689655 3 4.232269504 1.058067376 4 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.11E-10 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 58595770 G C APPBP2 CCDS32699.1 r.? - - intronic 20 0 0 35 5 14.3 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 1.497446809 1.497446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 58672120 G C - - - - - - 28 0 0 54 10 18.5 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.015862069 1.007931034 2 1.142496454 1.142496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.91E-13 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 59556716 A T TBX4 CCDS11629.1 r.? - - intronic 21 0 0 21 4 19 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.070344828 2.070344828 1 1.730382979 1.730382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000349 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 59813130 C G BRIP1 CCDS11631.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 7 22.6 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.46262069 0.820873563 3 1.430893617 1.430893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.85E-10 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 59885408 C G BRIP1 CCDS11631.1 r.? - - intronic 42 0 0 34 4 11.8 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.285793103 1.285793103 1 1.342156028 1.342156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 59895646 C G BRIP1 CCDS11631.1 r.? - - intronic 37 0 0 57 14 24.6 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.680551724 0.893517241 3 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.84E-20 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 61389952 G T TANC2 CCDS45754.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 7 20 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.179310345 1.089655172 2 3.028170213 1.009390071 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 62789269 A C PLEKHM1P ENST00000290422 r.? - - intronic 47 0 0 25 5 20 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.179310345 2.179310345 1 0.343858156 0.343858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000153 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 65227962 A T HELZ CCDS42374.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 3 8.3 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.904413793 0.904413793 1 2.018780142 2.018780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 66144665 A G - - - - - - 43 0 0 44 5 11.4 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.242206897 1.242206897 1 0.809730496 0.809730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 66394080 G T ARSG CCDS11676.1 r.? - - intronic 23 0 0 36 6 16.7 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.819724138 1.819724138 1 1.663829787 1.663829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 67770327 C T - - - - - - 33 0 0 29 6 20.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.255586207 1.127793103 2 1.64164539 1.64164539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.72E-09 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 68090054 G A KCNJ16 CCDS11687.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 13 26 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.833103448 0.944367816 3 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.65E-19 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 68932985 C T - - - - - - 39 0 0 34 5 14.7 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.601793103 1.601793103 1 2.10751773 1.053758865 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 69096068 T G - - - - - - 39 0 0 40 4 10 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089655172 1.089655172 1 1.109219858 1.109219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 70559483 G T - - - - - - 37 0 0 27 5 18.5 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.015862069 2.015862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 71927027 C G - - - - - - 29 0 0 41 7 17.1 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.863310345 1.863310345 1 1.686014184 1.686014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 73903510 G A FBF1 CCDS45779.1 r.? - - downstream 33 0 0 32 6 18.8 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.048551724 2.048551724 1 2.872879433 0.957626478 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 74218538 T G RNF157 CCDS32740.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 6 15.4 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.678068966 1.678068966 1 0.953929078 0.953929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 74644720 C A ST6GALNAC1 CCDS11748.1 r.? - - upstream 29 0 0 40 5 12.5 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 76177330 A G TK1 CCDS11754.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 4 12.5 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 0.621163121 0.621163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 76432602 G T DNAH17 ENST00000300671 r.? - - intronic 25 0 0 35 5 14.3 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 78764232 G C RPTOR CCDS11773.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 5 16.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.819724138 1.819724138 1 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 79244278 C T SLC38A10 CCDS42397.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 6 21.4 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.331862069 1.165931034 2 1.075943262 1.075943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.36E-09 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 81110567 G C - - - - - - 17 0 0 39 4 10.3 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 2118304 A G - - - - - - 43 0 0 33 8 24.2 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.394965517 1.197482759 2 1.189553191 1.189553191 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.85E-12 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 2921291 G A LPIN2 CCDS11829.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 9 25.7 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.543413793 0.847804598 3 1.497056738 1.497056738 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.23E-13 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 4505980 A C - - - - - - 55 0 0 47 7 14.9 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.474586207 1.474586207 1 1.553702128 1.553702128 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 9057698 A G - - - - - - 37 0 0 37 6 16.2 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 9676895 T C - - - - - - 31 0 0 25 5 20 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000153 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 10791594 G C ENSG00000175388 ENST00000383408 r.? - - upstream 35 0 0 42 3 7.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 11781295 C G GNAL CCDS11851.1 r.? - - intronic 33 0 0 28 6 21.4 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.903862069 1.903862069 1 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.36E-09 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 13550032 C G C18orf1 CCDS32793.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 5 12.2 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 13806156 G A - - - - - - 34 0 0 42 7 16.7 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 14905299 T G - - - - - - 29 0 0 39 5 12.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 20289097 C G - - - - - - 27 0 0 42 4 9.5 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 20882901 C A C18orf45 CCDS11876.2 r.? - - intronic 42 0 0 42 6 14.3 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.272765957 0.272765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 22246726 C A AC022884.1 ENST00000500155 r.? - - downstream 33 0 0 55 5 9.1 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000883 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 22247828 T C - - - - - - 32 0 0 37 6 16.2 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 22888404 C G ZNF521 CCDS32806.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 6 17.1 24 3 12.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 23684263 A C - - - - - - 36 0 0 30 3 10 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 25004426 T C - - - - - - 41 0 0 40 7 17.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 25143294 G C - - - - - - 32 0 0 37 4 10.8 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 25166937 A T - - - - - - 39 0 0 39 4 10.3 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 25762983 C G - - - - - - 41 0 0 36 4 11.1 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 26027088 G A - - - - - - 36 0 0 35 5 14.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 28404636 A G - - - - - - 37 0 0 32 6 18.8 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 30504075 C A - - - - - - 27 0 0 28 4 14.3 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 31893438 A T - - - - - - 48 0 0 44 5 11.4 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 32099405 T G DTNA CCDS45848.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 3 8.1 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 34000389 T G FHOD3 CCDS32816.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 4 10 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 37256037 G T AC105201.1 ENST00000510201 r.? - - intronic 39 0 0 53 5 9.4 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000734 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 39259629 T A - - - - - - 49 0 0 32 5 15.6 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 42597198 C A SETBP1 CCDS11923.2 r.? - - intronic 36 0 0 30 3 10 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 47185762 G A - - - - - - 41 0 0 38 7 18.4 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.820965517 1.820965517 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 47469184 T G MYO5B CCDS42436.1 r.? - - intronic 33 0 0 26 4 15.4 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 48275262 T C - - - - - - 31 0 0 42 4 9.5 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 52989031 C T TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 41 0 0 25 5 20 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000153 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 57195549 G C CCBE1 CCDS32838.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 4 8.3 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 58136539 G C - - - - - - 21 0 0 42 4 9.5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 59544814 A T RNF152 CCDS11978.1 r.? - - intronic 29 0 0 47 4 8.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 60721781 T C - - - - - - 34 0 0 43 5 11.6 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 61702014 T A - - - - - - 42 0 0 45 5 11.1 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 62475825 T C - - - - - - 41 0 0 46 4 8.7 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 65562759 A G AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 34 0 0 42 4 9.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 69630935 G T - - - - - - 47 0 0 39 4 10.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 69809978 G C - - - - - - 38 0 0 36 4 11.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 72671319 T C ZNF407 CCDS45885.1 r.? - - intronic 28 0 0 40 7 17.5 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.731896552 1.731896552 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 73589162 T A - - - - - - 33 0 0 31 4 12.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 73991072 T A - - - - - - 23 0 0 37 9 24.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.404862069 0.80162069 3 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.14E-13 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 74817899 C G MBP CCDS42450.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 6 13.6 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 76591241 G A - - - - - - 35 0 0 39 6 15.4 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 77428332 G C ENSG00000178412 ENST00000317008 r.? - - intronic 38 0 0 34 7 20.6 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.038689655 1.019344828 2 2.280836879 1.14041844 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 337461 G T MIER2 CCDS32855.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 4 11.1 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 1220113 G A STK11 CCDS45896.1 r.? - - intronic 37 0 0 30 6 20 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.37E-09 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 3890626 C G ATCAY CCDS45923.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 6 19.4 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 2.139546099 1.06977305 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 4092967 G A MAP2K2 CCDS12120.1 r.? - - intronic 46 0 0 21 6 28.6 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.830413793 0.943471264 3 1.907425532 1.907425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.95E-10 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 8679232 T A - - - - - - 20 0 0 28 7 25 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.474137931 0.824712644 3 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.44E-11 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 13218015 C G TRMT1 CCDS12293.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 4 15.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 13598333 C G CACNA1A CCDS45998.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 5 15.2 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 14781545 T C EMR3 CCDS12315.1 r.? - - intronic 39 0 0 29 4 13.8 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 15935630 C T ZNF861P ENST00000292633 r.? - - upstream 32 0 0 36 6 16.7 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 16329949 A G AP1M1 CCDS46008.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 7 19.4 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 17498303 G C BST2 ENST00000416178 r.? - - downstream 15 0 0 29 3 10.3 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 1.231234043 1.231234043 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 18594232 C T ELL CCDS12380.1 r.? - - intronic 31 0 0 54 6 11.1 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.976113475 0.976113475 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000329 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 19508057 T G GATAD2A CCDS12402.2 r.? - - intronic 37 0 0 39 4 10.3 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 1.209049645 1.209049645 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 22515289 T A - - - - - - 32 0 0 39 3 7.7 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0.765361702 0.765361702 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 24321674 A T - - - - - - 26 0 0 41 7 17.1 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.366042553 0.366042553 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 29192579 G C AC005307.1 ENST00000511462 r.? - - intronic 34 0 0 39 4 10.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 29582373 G C - - - - - - 42 0 0 55 6 10.9 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.23293617 0.23293617 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000367 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 29847591 T A - - - - - - 30 0 0 27 5 18.5 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.645862069 1.645862069 1 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 29887470 T A - - - - - - 36 0 0 34 3 8.8 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 0.377134752 0.377134752 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 30980971 C A ZNF536 CCDS32984.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 5 10.6 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 31336682 A C - - - - - - 40 0 0 36 3 8.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.720992908 0.720992908 1 NA NA 0 0 0 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 32451131 C T - - - - - - 31 0 0 46 5 10.9 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.343858156 0.343858156 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 33253702 G T TDRD12 CCDS46038.1 r.? - - intronic 49 0 0 36 7 19.4 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.725931034 1.725931034 1 2.151886525 1.075943262 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 34098671 C G - - - - - - 40 0 0 48 5 10.4 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.925241379 0.925241379 1 1.286695035 1.286695035 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 35110342 C G - - - - - - 42 0 0 41 5 12.2 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 35403811 T C - - - - - - 25 0 0 27 6 22.2 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.975034483 1.975034483 1 0.554609929 0.554609929 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 4.23E-09 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 36035375 C A GAPDHS CCDS12465.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 6 12 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.067586207 1.067586207 1 0.976113475 0.976113475 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 36241657 T C HSPB6 CCDS12475.1 r.? - - downstream 32 0 0 40 7 17.5 28 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 37060368 T A ZNF529 ENST00000334116 r.? - - intronic 24 0 0 34 3 8.8 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 0.632255319 0.632255319 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 38299708 G A ZNF573 ENST00000392138 r.? - - intronic 44 0 0 42 8 19 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.690344828 1.690344828 1 1.164680851 1.164680851 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 3.96E-11 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 41247164 T A C19orf54 CCDS12564.2 r.2350a>u c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 41 4 9.8 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.321673759 0.321673759 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 41247165 G T C19orf54 CCDS12564.2 r.2349c>a c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 40 4 10 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.321673759 0.321673759 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 41379855 C A CYP2A7 CCDS12569.1 r.? - - downstream 38 0 0 39 5 12.8 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.332765957 0.332765957 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 42010416 G C AC011526.1 CCDS4419.1 r.? - - upstream 25 0 0 35 4 11.4 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.920652482 0.920652482 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 42345057 T C LYPD4 CCDS12587.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 5 11.6 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 1.785843972 1.785843972 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 42648333 G A - - - - - - 31 0 0 40 8 20 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 0.720992908 0.720992908 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 2.61E-11 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 43067918 C G - - - - - - 39 0 0 47 6 12.8 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.765361702 0.765361702 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 43143704 C T - - - - - - 22 1 4.5 25 8 32 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.846896552 1.423448276 2 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 0.104413009 1 3.92E-13 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 43285173 G A - - - - - - 39 0 0 43 5 11.6 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.266212766 0.266212766 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 43455832 A G PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 47 0 0 48 4 8.3 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.288397163 0.288397163 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 45830825 G C CKM CCDS12659.1 r.? - - upstream 33 0 0 34 5 14.7 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.332765957 0.332765957 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 46723604 C G - - - - - - 44 0 0 42 6 14.3 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.787546099 0.787546099 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 48235715 G C EHD2 CCDS12704.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 4 10.5 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.831914894 0.831914894 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 48839320 C A TMEM143 CCDS12716.1 r.? - - intronic 33 0 0 30 4 13.3 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 51565052 A T KLK13 CCDS12822.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 3 7.9 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.720992908 0.720992908 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 52245753 C A FPR1 CCDS12839.1 r.? - - downstream 23 0 0 20 3 15 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0.476964539 0.476964539 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0001337 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 52477529 G A ZNF615 CCDS12845.1 r.? - - intronic 33 0 0 29 4 13.8 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 0.598978723 0.598978723 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 53859336 G A ZNF845 CCDS46170.1 r.? - - downstream 40 0 0 35 5 14.3 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.854099291 0.854099291 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 55442494 T A NLRP7 CCDS12912.1 r.? - - intronic 39 0 0 38 3 7.9 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.687716312 0.687716312 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 56306852 T A NLRP11 CCDS12935.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 7 17.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.720992908 0.720992908 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 56651952 C G ZNF444 CCDS12939.1 r.? - - upstream 27 0 0 27 3 11.1 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 58510151 G C ZNF606 CCDS12968.1 r.? - - intronic 28 0 0 28 3 10.7 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.951931034 0.951931034 1 0.343858156 0.343858156 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 6635499 G C - - - - - - 41 0 0 32 4 12.5 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.147860449 1.147860449 1 0.47872582 0.47872582 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 8450753 G T - - - - - - 32 0 0 35 5 14.3 27 1 3.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 0.347310889 0.347310889 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 9770661 G C YWHAQ CCDS1666.1 r.85c>g c.? p.? 5'UTR variant 34 0 0 28 3 10.7 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.982568544 0.982568544 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 11730032 G A GREB1 CCDS42655.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 5 14.7 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.349883888 1.349883888 1 0.272216643 0.272216643 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 12692625 G C - - - - - - 39 0 0 42 6 14.3 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 1.727167666 1.727167666 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 13492113 G T - - - - - - 32 0 0 49 6 12.2 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.120311798 1.120311798 1 1.821035474 1.821035474 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000182 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 14416204 A G - - - - - - 40 0 0 52 5 9.6 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.881556825 0.881556825 1 0.300376985 0.300376985 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000668 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 18155496 A G - - - - - - 42 0 0 48 5 10.4 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.955019893 0.955019893 1 1.567592392 1.567592392 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 19255159 T G - - - - - - 28 0 0 54 9 16.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.533541559 1.533541559 1 1.107640133 1.107640133 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 8.48E-12 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 20500576 C A PUM2 CCDS1698.1 r.? - - intronic 24 0 0 47 8 17 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.56109021 1.56109021 1 1.708394104 1.708394104 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.03E-10 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 20626009 A T - - - - - - 28 0 0 43 4 9.3 45 3 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.854008174 0.854008174 1 0.628914313 0.628914313 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000066 1 0.001516071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 21326946 A T - - - - - - 27 0 0 40 4 10 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.918288359 0.918288359 1 0.647687875 0.647687875 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 22353972 G C - - - - - - 34 0 0 40 7 17.5 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.607004628 1.607004628 1 1.943063624 1.943063624 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.26E-09 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 22447121 T G - - - - - - 37 0 0 49 5 10.2 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.936654126 0.936654126 1 0.581980409 0.581980409 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 22830853 C A - - - - - - 42 0 0 47 8 17 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.56109021 1.56109021 1 1.943063624 1.943063624 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1.03E-10 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 23394028 G A - - - - - - 42 0 0 42 5 11.9 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.092763147 1.092763147 1 1.764714789 1.764714789 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000228 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 26851591 G A CIB4 CCDS33160.1 r.? - - intronic 32 0 0 27 4 14.8 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.359066771 1.359066771 1 1.041932668 1.041932668 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00001 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 28007482 C G RBKS CCDS1762.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 6 15.8 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.450895607 1.450895607 1 0.300376985 0.300376985 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 28008390 G C RBKS CCDS1762.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 5 10 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.918288359 0.918288359 1 1.041932668 1.041932668 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000549 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 28897698 G C - - - - - - 34 0 0 40 3 7.5 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.688716269 0.688716269 1 0.910517737 0.910517737 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 30055852 C T ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 28 0 0 33 4 12.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.111128914 1.111128914 1 0.581980409 0.581980409 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 30457187 T G LBH CCDS33173.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 4 8.2 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.752996454 0.752996454 1 0.290990205 0.290990205 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 31031988 C A CAPN13 CCDS46252.1 r.? - - upstream 36 0 0 31 4 12.9 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.184591983 1.184591983 1 0.628914313 0.628914313 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 31883701 A C - - - - - - 30 0 0 51 4 7.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.71626492 0.71626492 1 0.882357394 0.882357394 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000129466 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 33159605 C G - - - - - - 36 0 0 37 6 16.2 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.487627142 1.487627142 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 33160149 C G - - - - - - 43 0 0 36 4 11.1 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.019300078 1.019300078 1 1.248441845 1.248441845 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 37702311 A C - - - - - - 37 0 0 35 3 8.6 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.789727989 0.789727989 1 1.952450405 1.952450405 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 38684137 T A - - - - - - 22 0 0 23 3 13 25 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.193774867 1.193774867 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000205387 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 39866863 C G - - - - - - 35 0 0 35 6 17.1 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.570273094 1.570273094 1 0.750942463 0.750942463 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 40025360 T A - - - - - - 32 0 0 44 4 9.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.835642407 0.835642407 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 40772138 G A SLC8A1 CCDS46264.1 r.? - - intronic 48 0 0 38 5 13.2 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.212140634 1.212140634 1 0.882357394 0.882357394 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 42071112 C G - - - - - - 41 0 0 43 5 11.6 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.065214496 1.065214496 1 0.760329244 0.760329244 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 45975276 T C PRKCE CCDS1824.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 4 11.4 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.046848729 1.046848729 1 1.821035474 1.821035474 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 49731027 A G - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 0.628914313 0.628914313 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 49775249 A T - - - - - - 23 0 0 35 5 14.3 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 1.173347599 1.173347599 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 49928208 A C - - - - - - 26 0 0 41 3 7.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.670350502 0.670350502 1 0.610140751 0.610140751 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 50514371 C T NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 5 11.9 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.092763147 1.092763147 1 0.46933904 0.46933904 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 50649393 A G NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 45 0 0 35 4 11.4 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.046848729 1.046848729 1 0.910517737 0.910517737 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 52788490 T G - - - - - - 42 0 0 38 5 13.2 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.212140634 1.212140634 1 0.882357394 0.882357394 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 55825288 G A SMEK2 CCDS1855.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 6 17.1 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.570273094 1.570273094 1 1.107640133 1.107640133 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 57155585 C T - - - - - - 35 0 0 43 8 18.6 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.708016348 1.708016348 1 1.041932668 1.041932668 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.85E-11 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 58128610 C T - - - - - - 35 0 0 42 11 26.2 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 2.4059155 1.052303708 2.286331865 1.745941227 1.745941227 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.81E-16 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 58342219 G C VRK2 CCDS1859.1 r.? - - intronic 23 0 0 32 4 12.5 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.147860449 1.147860449 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 58351556 A G VRK2 CCDS1859.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 5 12.2 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.120311798 1.120311798 1 0.816649929 0.816649929 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 61263938 C T PEX13 CCDS1866.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 5 12.2 45 3 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.120311798 1.120311798 1 0.628914313 0.628914313 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.001516071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 64128756 C T VPS54 CCDS33208.1 r.? - - intronic 22 0 0 46 6 13 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.193774867 1.193774867 1 1.605139515 1.605139515 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000123 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 64703139 C A - - - - - - 23 0 0 27 4 14.8 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.359066771 1.359066771 1 1.295375749 1.295375749 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00001 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 66156920 C G - - - - - - 44 0 0 33 4 12.1 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.111128914 1.111128914 1 0.300376985 0.300376985 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 67127952 C G - - - - - - 29 0 0 39 4 10.3 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.94583701 0.94583701 1 0.35669767 0.35669767 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 70829982 G C - - - - - - 36 0 0 33 4 12.1 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.111128914 1.111128914 1 0.272216643 0.272216643 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 70919380 A G ADD2 CCDS1906.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.94583701 0.94583701 1 0.722782121 0.722782121 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 71811657 G A DYSF CCDS46323.1 r.? - - intronic 35 0 0 30 5 16.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.533541559 1.533541559 1 1.107640133 1.107640133 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 73131888 T A - - - - - - 39 0 0 45 4 8.9 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.817276639 0.817276639 1 0.966838422 0.966838422 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 76947912 A C - - - - - - 43 0 0 37 3 8.1 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.743813571 0.743813571 1 0.638301094 0.638301094 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 77170406 C G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 4 10.3 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.94583701 0.94583701 1 0.985611983 0.985611983 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 77445453 G C LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 4 10 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.918288359 0.918288359 1 0.750942463 0.750942463 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 78845806 T A - - - - - - 28 0 0 42 6 14.3 19 1 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 0.497499382 0.497499382 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 78916285 G C - - - - - - 31 0 0 43 5 11.6 31 4 12.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.065214496 1.065214496 1 1.210894722 1.210894722 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 79161354 G A - - - - - - 39 0 0 40 5 12.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.147860449 1.147860449 1 0.882357394 0.882357394 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 81422919 T A - - - - - - 41 0 0 39 9 23.1 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 2.121246109 1.060623055 2 0.882357394 0.882357394 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 3.62E-13 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 81716201 A G - - - - - - 30 0 0 35 4 11.4 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.046848729 1.046848729 1 0.610140751 0.610140751 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 82999033 A T - - - - - - 29 0 0 46 4 8.7 41 2 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.798910872 0.798910872 1 0.459952259 0.459952259 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.018015855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 83170046 A T - - - - - - 34 0 0 36 6 16.7 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.533541559 1.533541559 1 0.750942463 0.750942463 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 85115354 C G - - - - - - 32 0 0 30 4 13.3 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.221323517 1.221323517 1 0.760329244 0.760329244 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 96197160 G C ENSG00000229689 ENST00000442128 r.2558g>c c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 43 5 11.6 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.065214496 1.065214496 1 0.244056301 0.244056301 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 97667689 T A FAM178B ENST00000417561 r.? - - intronic 35 0 0 35 3 8.6 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.789727989 0.789727989 1 0.694621779 0.694621779 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 98609935 A T TMEM131 CCDS46368.1 r.? - - intronic 40 0 0 37 4 10.8 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.991751428 0.991751428 1 0.290990205 0.290990205 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 99056688 C G INPP4A CCDS46369.1 r.? - - upstream 40 0 0 41 4 9.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.899922592 0.899922592 1 0.572593628 0.572593628 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 99444921 G C C2orf55 CCDS42720.1 r.? - - intronic 46 0 0 30 4 13.3 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.221323517 1.221323517 1 0.779102806 0.779102806 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 99720141 T A TSGA10 CCDS2037.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 4 8.9 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.817276639 0.817276639 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 100285300 A T AFF3 CCDS42723.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 4 9.3 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.854008174 0.854008174 1 1.267215407 1.267215407 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000066 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 101337248 C G - - - - - - 34 0 0 51 6 11.8 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.083580264 1.083580264 1 0.722782121 0.722782121 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000232 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 102355086 C G MAP4K4 ENST00000425019 r.? - - intronic 40 0 0 50 6 12 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.101946031 1.101946031 1 0.450565478 0.450565478 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 102886205 A T - - - - - - 26 0 0 44 5 11.4 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.046848729 1.046848729 1 0.938678079 0.938678079 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 103152701 T C SLC9A4 CCDS33264.1 r.? - - downstream 36 0 0 29 4 13.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.267237935 1.267237935 1 0.854197052 0.854197052 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 103152702 G T SLC9A4 CCDS33264.1 r.? - - downstream 38 0 0 29 4 13.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.267237935 1.267237935 1 0.82603671 0.82603671 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 103630834 A T - - - - - - 36 0 0 40 5 12.5 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.147860449 1.147860449 1 0.553820067 0.553820067 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 107430037 T G ST6GAL2 CCDS2073.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 4 11.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.066410968 1.066410968 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 111753678 G C ACOXL CCDS42730.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 8 17 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.633242023 1.633242023 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-10 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 114604103 T C - - - - - - 33 0 0 44 4 9.1 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.874264848 0.874264848 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 119301474 T A - - - - - - 18 0 0 29 3 10.3 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.98955252 0.98955252 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 120722422 G A PTPN4 CCDS2129.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 4 10.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.008767132 1.008767132 1 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 121296392 C G - - - - - - 35 0 0 25 6 24 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 2.305753445 0.850594777 2.710754296 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 122753286 T G - - - - - - 31 0 0 39 4 10.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.98955252 0.98955252 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 122923594 A T - - - - - - 28 0 0 32 5 15.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.498739739 1.498739739 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 123341559 G T - - - - - - 18 0 0 27 5 18.5 13 2 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.777351614 1.777351614 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.001879825 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 123816842 A G - - - - - - 39 0 0 42 5 11.9 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.143269416 1.143269416 1 0.676177305 0.676177305 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 124394704 A T - - - - - - 31 0 0 41 5 12.2 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.172091334 1.172091334 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 125478810 G C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 6 19.4 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.863817368 1.863817368 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 126712155 G A - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.13366211 1.13366211 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 127010945 C T - - - - - - 24 0 0 30 4 13.3 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.277771701 1.277771701 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 128442317 C T LIMS2 ENST00000410011 r.? - - upstream 31 0 0 37 5 13.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.296986313 1.296986313 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 133846143 C G NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 52 0 0 35 4 11.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.095232886 1.095232886 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 137463305 C A - - - - - - 36 0 0 33 3 9.1 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.874264848 0.874264848 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 137805576 C G THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 37 0 0 23 3 13 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.248949783 1.248949783 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000205387 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 138578221 T C - - - - - - 49 0 0 34 6 17.6 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.69088586 1.69088586 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 140520025 A G - - - - - - 34 0 0 45 4 8.9 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.855050236 0.855050236 1 0.514702128 0.514702128 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 143528925 G A - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.277771701 1.277771701 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 143563389 C A - - - - - - 31 0 0 54 7 13 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.248949783 1.248949783 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.13E-08 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 144572624 C A - - - - - - 43 0 0 43 4 9.3 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.89347946 0.89347946 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 144648929 A C - - - - - - 32 0 0 42 4 9.5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.912694072 0.912694072 1 1.089957447 1.089957447 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 145260330 G A ZEB2 CCDS2186.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 7 13.7 53 3 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.316200925 1.316200925 1 0.575255319 0.575255319 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 7.46E-09 1 0.002429596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 145306244 A T - - - - - - 32 0 0 47 5 10.6 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.018374438 1.018374438 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 145722957 C T - - - - - - 29 0 0 46 5 10.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.047196356 1.047196356 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 147058929 G A - - - - - - 40 0 0 53 10 18.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.815780838 1.06139195 1.710754296 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.57E-13 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 148619251 C G ACVR2A CCDS33301.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 6 16.7 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.604420105 1.604420105 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 148775494 T C MBD5 CCDS33302.1 r.? - - upstream 21 0 0 40 8 20 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.921461204 0.960730602 2 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 2.61E-11 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 149548567 G A EPC2 CCDS46422.1 r.? - - downstream 25 0 0 62 8 12.9 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.239342477 1.239342477 1 0.736730496 0.736730496 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 149935490 C T LYPD6B CCDS46423.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 5 11.1 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.066410968 1.066410968 1 0.383503546 0.383503546 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 150331396 C A LYPD6 CCDS2188.1 r.? - - downstream 26 0 0 54 4 7.4 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.710940646 0.710940646 1 0.242212766 0.242212766 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 151172443 G C - - - - - - 38 0 0 32 4 12.5 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.200913253 1.200913253 1 0.878021277 0.878021277 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 151221683 A T - - - - - - 30 0 0 30 3 10 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.960730602 0.960730602 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 151373873 A T RND3 ENST00000439275 r.? - - intronic 37 0 0 45 5 11.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.066410968 1.066410968 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 151944325 G C - - - - - - 29 0 0 32 5 15.6 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.498739739 1.498739739 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 152816130 A G CACNB4 CCDS46428.1 r.? - - intronic 38 0 0 49 6 12.2 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.172091334 1.172091334 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000182 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 153682469 T C - - - - - - 42 0 0 40 5 12.5 43 3 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.200913253 1.200913253 1 0.636453901 0.636453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.001328364 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 157900624 A C - - - - - - 42 0 0 46 4 8.7 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.835835624 0.835835624 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 158727200 A G ACVR1 CCDS2206.1 r.? - - intronic 40 0 0 40 4 10 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.960730602 0.960730602 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 158756048 C G - - - - - - 33 0 0 42 4 9.5 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.912694072 0.912694072 1 0.209120567 0.209120567 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 162724962 C G SLC4A10 CCDS46438.1 r.? - - intronic 28 0 0 53 4 7.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.817241379 0.817241379 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000150502 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 164737527 C T - - - - - - 27 0 0 37 8 21.6 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.353655172 1.176827586 2 0.618269504 0.618269504 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.33E-11 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 165355687 C A GRB14 CCDS2222.1 r.? - - intronic 45 0 0 36 4 11.1 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 167106372 C G SCN9A CCDS46441.1 r.? - - intronic 23 0 0 41 7 17.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.863310345 1.863310345 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 167677519 C T - - - - - - 29 0 0 38 7 18.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.004965517 1.002482759 2 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 167731124 T A - - - - - - 36 0 0 41 4 9.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.067862069 1.067862069 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 167987677 C G XIRP2 CCDS42769.1 r.? - - intronic 25 0 0 51 4 7.8 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.849931034 0.849931034 1 0.290950355 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 168116860 G T XIRP2 CCDS42769.1 r.? - - downstream 48 0 0 46 4 8.7 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.948 0.948 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 168359582 A C - - - - - - 36 0 0 30 6 20 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.179310345 1.089655172 2 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 8.37E-09 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 170596023 C G KLHL23 CCDS2236.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 5 13.5 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.471034483 1.471034483 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 170976597 C G - - - - - - 30 0 0 40 5 12.5 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 1.327460993 1.327460993 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000178 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 135186150 C A ENSG00000145832 CCDS43366.2 r.248c>a c.127C>A p.L43I missense 24 0 0 39 4 10.3 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 174501831 T C - - - - - - 33 0 0 48 5 10.4 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.133241379 1.133241379 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 175480085 A G WIPF1 CCDS2260.1 r.? - - intronic 27 0 0 46 5 10.9 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187724138 1.187724138 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 175728780 C T CHN1 CCDS46455.1 r.? - - intronic 37 0 0 55 6 10.9 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187724138 1.187724138 1 0.772836879 0.772836879 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000367 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 178058742 G C - - - - - - 28 0 0 35 5 14.3 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 178617343 T A PDE11A CCDS42786.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 7 24.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.626068966 0.875356322 3 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.11E-10 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 179598629 G A TTN ENST00000356127 r.11990-10c>u c.11765-10C>T p.? splice region 43 0 0 33 4 12.1 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.318482759 1.318482759 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 179791594 T G CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 42 0 0 40 4 10 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089655172 1.089655172 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 179829039 C G CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 25 0 0 42 6 14.3 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 0.891035461 0.891035461 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 180536614 C A ZNF385B CCDS33339.1 r.? - - intronic 26 0 0 51 4 7.8 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.849931034 0.849931034 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000129466 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 180765831 C T - - - - - - 43 0 0 38 4 10.5 47 3 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.144137931 1.144137931 1 0.581900709 0.581900709 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.001719595 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 180915243 A G - - - - - - 39 0 0 38 6 15.8 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.721655172 1.721655172 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 181119547 G T - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.449241379 1.449241379 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 181158045 G C - - - - - - 47 0 0 42 5 11.9 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.296689655 1.296689655 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 182491804 A C CERKL CCDS46466.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 4 8.3 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.904413793 0.904413793 1 0.236397163 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 182873066 T C PPP1R1C CCDS46468.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 5 10.4 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.133241379 1.133241379 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 185330777 G A - - - - - - 27 0 0 44 5 11.4 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.242206897 1.242206897 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 185898015 G T - - - - - - 42 0 0 49 4 8.2 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.893517241 0.893517241 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 186932730 G C - - - - - - 37 0 0 45 5 11.1 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 187779485 G C - - - - - - 41 0 0 33 5 15.2 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.656275862 1.656275862 1 0.272765957 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 191291813 C G MFSD6 CCDS2306.1 r.? - - intronic 22 0 0 41 5 12.2 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.32937931 1.32937931 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 191699681 A T - - - - - - 32 0 0 31 4 12.9 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.405655172 1.405655172 1 0.945588652 0.945588652 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 191886828 C G STAT1 ENST00000454414 r.? - - upstream 30 0 0 29 5 17.2 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.874206897 1.874206897 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 192019216 G T STAT4 CCDS2310.1 r.? - - upstream 35 0 0 47 4 8.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.926206897 0.926206897 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 193125287 A G - - - - - - 39 0 0 50 4 8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871724138 0.871724138 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 193264734 A T - - - - - - 30 0 0 37 5 13.5 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.471034483 1.471034483 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 194031438 A T - - - - - - 45 0 0 34 5 14.7 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.601793103 1.601793103 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 194760402 T C - - - - - - 44 0 0 35 7 20 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.179310345 1.089655172 2 1.60022695 1.60022695 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.65E-10 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 196957849 T A - - - - - - 43 0 0 38 3 7.9 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.860827586 0.860827586 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 199147574 A T - - - - - - 45 0 0 37 4 10.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.176827586 1.176827586 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 199291308 C G - - - - - - 32 0 0 41 5 12.2 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.32937931 1.32937931 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 199978045 T A - - - - - - 39 0 0 54 4 7.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.806344828 0.806344828 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 200654837 C G - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.242206897 1.242206897 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 201165507 G C - - - - - - 35 0 0 43 5 11.6 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.264 1.264 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 202380655 C A ALS2CR11 CCDS2349.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 5 15.2 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 207317364 C G ADAM23 CCDS2369.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 4 12.1 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 213651335 G T - - - - - - 38 0 0 37 4 10.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 213989913 A T IKZF2 CCDS2395.1 r.? - - intronic 39 0 0 56 5 8.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.880793103 0.880793103 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000965 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 217807549 G C - - - - - - 25 0 0 22 3 13.6 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000179267 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 228035333 A G COL4A3 CCDS42829.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 5 14.3 17 2 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.003234386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 232972747 C G DIS3L2 CCDS42834.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 7 18.9 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 234147666 G A ATG16L1 ENST00000431917 r.? - - intronic 25 0 0 39 5 12.8 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 234981698 A C SPP2 CCDS2511.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 4 11.8 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 236597599 C T AGAP1 CCDS33408.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 6 19.4 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 238370291 G T - - - - - - 39 0 0 30 9 30 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.968965517 0.989655172 3 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.54E-14 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 239704432 T C - - - - - - 52 0 0 34 5 14.7 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 240100230 C T HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 32 0 0 25 4 16 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 784043 T A - - - - - - 33 0 0 32 3 9.4 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 1064434 G A - - - - - - 47 0 0 35 6 17.1 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 4411663 G A - - - - - - 20 0 0 33 4 12.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 5638030 G C - - - - - - 22 0 0 35 4 11.4 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 7800178 C A - - - - - - 55 0 0 30 4 13.3 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 11013401 C G C20orf187 ENST00000378252 r.? - - downstream 35 0 0 35 5 14.3 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 11538427 A T - - - - - - 29 0 0 31 3 9.7 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 12749877 C A - - - - - - 31 0 0 37 5 13.5 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 14123214 C G MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 31 0 0 24 4 16.7 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000613 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 15416809 A G MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 32 0 0 37 4 10.8 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 15442907 C T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 51 0 0 39 7 17.9 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.771482759 1.771482759 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 16721358 G C SNRPB2 CCDS13123.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 4 7.8 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.771931034 0.771931034 1 0.595439716 0.595439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000129466 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 17993298 G C - - - - - - 27 0 0 32 4 12.5 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 20038493 C G CRNKL1 CCDS33446.1 r.? - - upstream 26 0 0 42 6 14.3 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 3.360702128 1.120234043 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 21084866 G A - - - - - - 40 0 0 23 4 17.4 16 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.722 1.722 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000513 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 22581062 C T - - - - - - 36 0 0 34 4 11.8 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 22867695 C G - - - - - - 35 0 0 40 4 10 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.756914894 0.756914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 24265666 C T - - - - - - 29 0 0 33 6 18.2 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 24769485 G C - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 24942450 G C C20orf3 CCDS13166.1 r.? - - downstream 37 0 0 51 5 9.8 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 0.302765957 0.302765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000606 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 35252486 G C SLA2 CCDS13282.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 4 10.8 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 36950166 A G BPI CCDS13303.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 4 9.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 37168031 T G RALGAPB CCDS13305.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 3 9.7 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 38317467 C A - - - - - - 45 0 0 32 5 15.6 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 40227799 G C CHD6 CCDS13317.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 4 10.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 42845939 T G - - - - - - 45 0 0 43 3 7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.622758621 0.622758621 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 44638020 G C MMP9 CCDS13390.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 6 14.6 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.787546099 0.787546099 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 135286975 C G LECT2 CCDS4190.1 r.427g>c c.226G>C p.G76R missense 34 0 0 36 4 11.1 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 46026956 T C AL031666.1 ENST00000506472 r.? - - intronic 26 0 0 30 4 13.3 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.530723404 1.530723404 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 47214141 G T - - - - - - 21 0 0 34 5 14.7 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.354950355 0.354950355 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 47381055 G C PREX1 CCDS13410.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 5 19.2 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.708137931 1.708137931 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000188 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 47942458 C G ENSG00000236127 ENST00000422874 r.? - - upstream 26 0 0 37 5 13.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.787546099 0.787546099 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 48633112 T G - - - - - - 27 0 0 31 6 19.4 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.725931034 1.725931034 1 0.687716312 0.687716312 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 50099588 C T NFATC2 CCDS33488.1 r.? - - intronic 25 0 0 34 4 11.8 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.354950355 0.354950355 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 51045613 T C - - - - - - 32 0 0 28 5 17.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 51874077 G A TSHZ2 CCDS33490.1 r.? - - intronic 27 0 0 52 6 11.5 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.023103448 1.023103448 1 0.942836879 0.942836879 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000261 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 53599986 T C - - - - - - 33 0 0 45 5 11.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.687716312 0.687716312 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 53992874 T C - - - - - - 26 0 0 45 5 11.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.530723404 1.530723404 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 54874242 A T - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.46587234 0.46587234 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 55050607 G T C20orf43 CCDS13453.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 5 16.7 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.109219858 1.109219858 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 55149078 A T - - - - - - 41 0 0 36 4 11.1 32 3 9.4 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.042666667 1.042666667 1 8.896551724 4.448275862 2 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 0.000025 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 57251610 T C STX16 CCDS13468.1 r.1965u>c c.? p.? 3'UTR variant 28 0 0 36 5 13.9 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.354950355 0.354950355 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 57801205 A G ZNF831 CCDS42894.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 4 12.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 58320397 G C PHACTR3 CCDS13480.1 r.? - - intronic 38 0 0 27 3 11.1 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.142496454 1.142496454 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 60040127 G T CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 5 13.2 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 9561612 G T - - - - - - 105 0 0 106 5 4.7 99 2 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.418137931 0.418137931 1 0.181843972 0.181843972 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 0.000208264 1 0.088307921 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 10869101 G C - - - - - - 76 0 0 74 6 8.1 69 3 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000216 1 0.005121501 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 10996705 A C - - - - - - 85 0 0 77 4 5.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.46262069 0.46262069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 15043326 A G - - - - - - 37 0 0 36 5 13.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 15318011 G T - - - - - - 22 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 21567260 T C - - - - - - 44 0 0 35 4 11.4 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 23785130 A T - - - - - - 29 0 0 46 4 8.7 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25047649 G A - - - - - - 38 0 0 36 5 13.9 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25177234 C T - - - - - - 41 0 0 44 5 11.4 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25359726 T C - - - - - - 29 0 0 23 5 21.7 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.930551724 1.930551724 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.75E-08 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25417834 G C - - - - - - 23 0 0 41 5 12.2 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25729311 C T - - - - - - 34 0 0 43 10 23.3 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.072896552 1.036448276 2 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.61E-14 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25995101 C T - - - - - - 35 0 0 40 7 17.5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 30045757 G A - - - - - - 32 0 0 36 4 11.1 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.363687943 0.363687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 32936167 T C TIAM1 CCDS13609.1 r.? - - upstream 25 0 0 39 5 12.8 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 33857603 G C C21orf63 CCDS13614.1 r.? - - intronic 28 0 0 40 5 12.5 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 34454670 A T - - - - - - 23 0 0 28 4 14.3 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.363687943 0.363687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 35860664 C G KCNE1 CCDS13636.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 5 14.7 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 37296895 G C - - - - - - 41 0 0 42 6 14.3 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 37923467 G C CLDN14 CCDS13645.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 7 17.5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 38992469 C T KCNJ6 CCDS42927.1 r.? - - downstream 32 0 0 48 9 18.8 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.75E-12 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 39817696 T A ERG CCDS13657.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 5 15.2 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 40079756 A G - - - - - - 37 0 0 36 4 11.1 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.575255319 0.575255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 40261652 T C - - - - - - 33 0 0 39 5 12.8 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 42114647 G C DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 4 11.4 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 44412460 T A PKNOX1 CCDS13692.1 r.? - - intronic 32 0 0 27 4 14.8 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 47515508 C G COL6A2 CCDS13728.1 r.? - - upstream 35 0 0 34 8 23.5 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.325689655 1.162844828 2 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.32E-12 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 18891176 G C DGCR6 CCDS13753.1 r.? - - upstream 39 0 0 35 4 11.4 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 20117617 T G ZDHHC8 CCDS13776.1 r.? - - upstream 30 0 0 45 3 6.7 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 22933844 T G - - - - - - 26 0 0 39 4 10.3 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 23028099 A G - - - - - - 30 0 0 37 7 18.9 33 2 6.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.681448276 1.681448276 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 24344819 T G GSTT1 ENST00000448934 r.? - - intronic 20 0 0 23 8 34.8 12 1 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.096 1.548 2 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.79E-13 1 0.058377193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 24905029 A T UPB1 CCDS13827.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 3 7.9 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 27047361 A C - - - - - - 36 0 0 33 5 15.2 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 29124681 G C CHEK2 CCDS33629.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 5 11.4 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 29481942 G C KREMEN1 CCDS43000.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 4 15.4 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 31515443 A T INPP5J CCDS46687.1 r.? - - upstream 37 0 0 36 6 16.7 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 32123206 G C C22orf30 CCDS13900.2 r.? - - intronic 23 0 0 20 3 15 15 2 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0001337 1 0.002513772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 32377389 A G - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 2 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 32441084 T A SLC5A1 CCDS13902.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 4 12.9 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 2 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 2.018439716 1.009219858 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 33560018 T A LARGE ENST00000452586 r.? - - downstream 35 0 0 34 3 8.8 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 34624380 T G - - - - - - 32 0 0 35 4 11.4 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 34898729 G T - - - - - - 38 0 0 47 4 8.5 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 35801918 C T MCM5 CCDS13915.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 7 19.4 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.919931034 1.919931034 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 38318489 A C MICALL1 CCDS13961.1 r.? - - intronic 21 0 0 17 3 17.6 7 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741793103 1.741793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000807 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 42029323 C G XRCC6 CCDS14021.1 r.? - - intronic 35 0 0 28 4 14.3 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 43860657 A G MPPED1 CCDS46723.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 6 13.6 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0.797283688 0.797283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 45541733 A T - - - - - - 19 0 0 34 3 8.8 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 0.826884882 0.826884882 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 45618219 C A C22orf9 CCDS33665.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 6 18.8 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 1.766526793 1.766526793 1 1.275602837 1.275602837 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 45636270 G C C22orf9 CCDS33665.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 4 9.8 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 0.920849073 0.920849073 1 0.743177305 0.743177305 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 47403709 A T TBC1D22A CCDS14078.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 4 13.8 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 1.296705837 1.296705837 1 1.275602837 1.275602837 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 47653550 C T - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 1.146363131 1.146363131 1 1.530723404 1.530723404 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 49340620 A C - - - - - - 24 0 0 41 4 9.8 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 0.920849073 0.920849073 1 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 49500047 G C - - - - - - 38 0 0 40 6 15 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 1.409462867 1.409462867 1 1.774751773 1.774751773 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 49729148 T A - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.499867386 6 3 4 1 2 0.500132614 1 3 NA 2 NA 0.499867386 NA 0.967831168 0.967831168 1 2.562297872 0.854099291 3 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 3.30E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 951854 G T - - - - - - 33 0 0 33 9 27.3 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.428758621 0.809586207 3 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.76E-14 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 1340046 A T CNTN6 CCDS2557.1 r.? - - intronic 49 0 0 42 11 26.2 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.330896552 1.165448276 2 2.482170213 0.827390071 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-16 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 1717224 G T - - - - - - 38 0 0 57 14 24.6 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.188551724 1.094275862 2 1.991191489 0.995595745 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.84E-20 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 1866973 A G - - - - - - 36 0 0 41 8 19.5 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.734827586 1.734827586 1 1.482028369 1.482028369 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.22E-11 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 2387415 G T CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 27 0 0 49 6 12.2 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.963914894 0.981957447 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000182 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 3420037 C G - - - - - - 39 0 0 41 12 29.3 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.606689655 0.868896552 3 2.409432624 0.803144208 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.69E-18 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 3491383 C G - - - - - - 30 0 0 61 18 29.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.624482759 0.874827586 3 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.08E-27 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 3848567 C A LRRN1 CCDS33685.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 5 15.2 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 4140577 A C - - - - - - 32 0 0 38 4 10.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 4478228 A G SUMF1 CCDS2564.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 8 20.5 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.823793103 1.823793103 1 2.700382979 0.90012766 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 3.70E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 5401886 A G - - - - - - 30 0 0 39 7 17.9 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 11096018 A T - - - - - - 31 0 0 46 6 13 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 11100065 A C - - - - - - 36 0 0 49 9 18.4 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.35E-12 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 11440352 G A ATG7 CCDS2605.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 13 30.2 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.686758621 0.895586207 3 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.88E-20 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 12719961 G C - - - - - - 34 0 0 37 11 29.7 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.642275862 0.880758621 3 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.70E-17 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 14973392 G C FGD5 CCDS46767.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 11 26.8 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.384275862 1.192137931 2 2.154851064 1.077425532 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.34E-16 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 15660099 C A BTD CCDS2628.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 4 11.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 15809264 G C ANKRD28 CCDS46769.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 4 13.8 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 16140257 C G - - - - - - 29 0 0 39 6 15.4 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 18806699 G T - - - - - - 43 0 0 52 4 7.7 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 19129272 A C - - - - - - 42 0 0 40 9 22.5 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.001724138 1.000862069 2 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.64E-13 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 19362538 C T KCNH8 CCDS2632.1 r.? - - intronic 43 0 0 27 6 22.2 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.975034483 1.975034483 1 3.027702128 1.009234043 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.23E-09 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 19542236 C G KCNH8 CCDS2632.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 4 9.5 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 19753203 G C - - - - - - 27 0 0 44 10 22.7 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.019517241 1.009758621 2 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.08E-14 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 20936566 A G - - - - - - 27 0 0 39 10 25.6 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.277517241 1.138758621 2 1.482028369 1.482028369 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.44E-15 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 21443498 C A - - - - - - 43 0 0 39 11 28.2 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.508827586 0.836275862 3 2.054836879 1.02741844 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.20E-17 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 22005851 C A - - - - - - 31 0 0 26 11 42.3 38 9 23.7 62 0 0 21 2 9.5 63 8 12.7 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.763241379 1.254413793 3 2.154851064 1.077425532 2 0.845172414 0.845172414 1 1.15470922 1.15470922 1 3 6 1 1 3.52E-19 0.004928472 2.79E-13 1.18E-09 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 22141126 C G - - - - - - 37 0 0 49 4 8.2 30 8 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.729517241 0.729517241 1 2.427617021 0.809205674 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 2.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 22749698 C G - - - - - - 34 0 0 45 4 8.9 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 22939785 C A - - - - - - 33 0 0 39 10 25.6 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.277517241 1.138758621 2 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.44E-15 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 25250453 A G RARB ENST00000404969 r.? - - intronic 36 0 0 56 8 14.3 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 1.272907801 1.272907801 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.48E-10 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 26059160 C G - - - - - - 36 0 0 38 11 28.9 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.571103448 0.857034483 3 2.636737589 0.87891253 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.19E-17 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 26366357 T A - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 26487358 G A - - - - - - 34 0 0 53 8 15.1 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.34337931 1.34337931 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.83E-10 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 26943055 A T - - - - - - 36 0 0 37 5 13.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 27431379 C T SLC4A7 CCDS33721.1 r.? - - intronic 36 0 0 48 7 14.6 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 27948306 A T - - - - - - 27 0 0 30 8 26.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.37537931 1.187689655 2 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.07E-12 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 28284762 G T CMC1 CCDS33722.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 6 19.4 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.725931034 1.725931034 1 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 30488325 G A - - - - - - 42 0 0 44 6 13.6 28 1 3.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 31223917 C G - - - - - - 31 0 0 50 8 16 31 4 12.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.423448276 1.423448276 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.74E-10 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 32736600 C G CNOT10 CCDS2655.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 9 22.5 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.001724138 1.000862069 2 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.64E-13 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 37015668 A G - - - - - - 26 0 0 31 8 25.8 50 3 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.295310345 1.147655172 2 0.545531915 0.545531915 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.78E-12 1 0.002055544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 37464089 G C C3orf35 CCDS43065.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 7 18.4 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 0.991049645 0.991049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 37897667 C T - - - - - - 37 0 0 32 6 18.8 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 3.027702128 1.009234043 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 38960190 A G SCN11A CCDS33737.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 7 18.4 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 39272971 T C - - - - - - 44 0 0 38 6 15.8 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.405655172 1.405655172 1 0.218212766 0.218212766 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 41033176 C G - - - - - - 34 0 0 47 5 10.6 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 41489721 G T ULK4 CCDS43071.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 7 20 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 44172414 C G - - - - - - 40 0 0 39 8 20.5 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.823793103 1.823793103 1 1.591134752 1.591134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 44879526 G C KIF15 CCDS33744.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 7 16.3 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 48793414 C T PRKAR2A CCDS2778.1 r.? - - intronic 20 0 0 23 4 17.4 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.722 1.722 1 0.320374425 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000513 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 49195745 A T CCDC71 CCDS2790.1 r.? - - downstream 34 0 0 31 3 9.7 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.959965517 0.959965517 1 0.497423449 0.497423449 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 49207330 C G KLHDC8B CCDS2791.1 r.? - - upstream 21 0 0 29 3 10.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.019344828 1.019344828 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000414371 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 50776648 C T DOCK3 CCDS46835.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 5 13.2 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.306344828 1.306344828 1 0.480561637 0.480561637 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 54162697 C G CACNA2D3 ENST00000474759 r.? - - intronic 29 0 0 31 3 9.7 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.959965517 0.959965517 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 54882734 G T CACNA2D3 ENST00000474759 r.? - - intronic 25 0 0 31 4 12.9 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.276655172 1.276655172 1 0.733488815 0.733488815 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 59154750 A T - - - - - - 43 0 0 41 4 9.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.969862069 0.969862069 1 0.86838331 0.86838331 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 61281050 T A - - - - - - 33 0 0 33 3 9.1 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.900586207 0.900586207 1 0.699765191 0.699765191 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 61370595 A G - - - - - - 39 0 0 37 6 16.2 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.603241379 1.603241379 1 0.320374425 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.18E-08 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 64283514 T A - - - - - - 24 0 0 35 3 8.6 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.851103448 0.851103448 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000725791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 65534621 G C MAGI1 CCDS33781.1 r.? - - intronic 31 0 0 29 4 13.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.365724138 1.365724138 1 0.741919721 0.741919721 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 65678796 T A MAGI1 CCDS33781.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.128206897 1.128206897 1 0.649179756 0.649179756 1 NA NA 1 8.43090592 8.43090592 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.007502227 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 68326919 A G FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 38 0 0 39 6 15.4 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.524068966 1.524068966 1 1.559717595 1.559717595 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 69656738 T G - - - - - - 31 0 0 51 4 7.8 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.771931034 0.771931034 1 0.548008885 0.548008885 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000129466 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 70525017 T G - - - - - - 48 0 0 34 3 8.8 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.870896552 0.870896552 1 1.171895923 1.171895923 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 70964132 G C - - - - - - 45 0 0 43 5 11.6 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.148 1.148 1 0.269788989 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 72856080 T G SHQ1 CCDS33788.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 4 12.1 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.197482759 1.197482759 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 73115337 C A PPP4R2 CCDS2917.1 r.1971c>a c.? p.? 3'UTR variant 28 0 0 35 6 17.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.692310345 1.692310345 1 1.163465017 1.163465017 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 74668554 G C - - - - - - 32 0 0 40 5 12.5 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.237068966 1.237068966 1 0.404683484 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 75969628 A T ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 36 0 0 39 4 10.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.019344828 1.019344828 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 77092515 T A ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 46 0 0 40 4 10 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.989655172 0.989655172 1 0.843090592 0.843090592 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 77992984 T A - - - - - - 38 0 0 32 3 9.4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.930275862 0.930275862 1 1.020139616 1.020139616 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 78642872 G A ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - downstream 34 0 0 43 6 14 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.385517241 1.385517241 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 79342336 G A ROBO1 ENST00000464233 r.? - - intronic 36 0 0 37 7 18.9 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.870448276 1.870448276 1 0.514285261 0.514285261 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 82258955 A C - - - - - - 42 0 0 37 3 8.1 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.80162069 0.80162069 1 0.699765191 0.699765191 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 84200301 C G - - - - - - 30 0 0 25 4 16 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.583448276 1.583448276 1 0.286650801 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000727 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 86687449 G T - - - - - - 44 0 0 42 6 14.3 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.415206897 1.415206897 1 0.843090592 0.843090592 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 87037988 A C VGLL3 CCDS43110.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 6 16.2 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.603241379 1.603241379 1 0.303512613 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.18E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 89089481 A T - - - - - - 37 0 0 43 5 11.6 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.148 1.148 1 0.767212439 0.767212439 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 89136601 C T - - - - - - 39 0 0 38 5 13.2 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.306344828 1.306344828 1 0.480561637 0.480561637 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 90262314 G T - - - - - - 28 0 0 57 6 10.5 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.039137931 1.039137931 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 94368726 T C - - - - - - 37 0 0 36 4 11.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.098517241 1.098517241 1 0.86838331 0.86838331 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 95259156 G T - - - - - - 30 0 0 33 6 18.2 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.801172414 1.801172414 1 0.514285261 0.514285261 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 98425540 C T - - - - - - 32 0 0 37 5 13.5 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 99502935 T C COL8A1 CCDS2934.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 5 10.6 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 0.209120567 0.209120567 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 99585735 T G FILIP1L CCDS43118.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 3 7.3 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 100933487 C A - - - - - - 32 0 0 43 7 16.3 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 101032711 A C IMPG2 CCDS2940.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 4 8.9 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 103881824 G C - - - - - - 37 0 0 28 4 14.3 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.218212766 0.218212766 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 105029295 G A - - - - - - 29 0 0 34 5 14.7 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 106814197 G C - - - - - - 36 0 0 36 5 13.9 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 106869690 C G - - - - - - 34 0 0 44 6 13.6 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 107199205 G A - - - - - - 34 0 0 44 6 13.6 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 109807758 C G - - - - - - 30 0 0 44 5 11.4 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 113486386 A T ATP6V1A CCDS2976.1 r.? - - intronic 33 0 0 29 3 10.3 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 113532387 T G ATP6V1A CCDS2976.1 r.? - - downstream 27 0 0 25 3 12 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.067586207 1.067586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 113650820 C G GRAMD1C CCDS33826.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 4 10.8 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 116155482 C A LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 42 0 0 45 6 13.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 118235489 G C - - - - - - 31 0 0 37 5 13.5 49 3 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.001939399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 120218921 A C - - - - - - 17 0 0 30 4 13.3 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 120255551 G A - - - - - - 30 0 0 43 6 14 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 120404946 G C RABL3 CCDS3001.1 r.? - - downstream 33 0 0 38 4 10.5 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 122754116 C G - - - - - - 27 0 0 53 7 13.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.85E-09 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 122901014 A C - - - - - - 45 0 0 37 4 10.8 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 123030402 C G ADCY5 CCDS3022.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 6 12.8 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 125143318 A G - - - - - - 32 0 0 40 4 10 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 127624078 G C - - - - - - 35 0 0 39 5 12.8 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 127657461 A G KBTBD12 CCDS33848.2 r.? - - intronic 37 0 0 54 4 7.4 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.658344828 0.658344828 1 0.272765957 0.272765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 129168003 C A IFT122 CCDS3060.1 r.? - - intronic 20 0 0 34 4 11.8 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 131263400 T C CPNE4 CCDS3072.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 5 11.1 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 131878832 C A CPNE4 ENST00000512055 r.? - - intronic 21 0 0 37 4 10.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 132408663 A G NPHP3 CCDS3078.1 r.? - - intronic 45 0 0 34 4 11.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 132815926 G C TMEM108 CCDS33858.1 r.? - - intronic 41 0 0 44 4 9.1 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 139090547 C G COPB2 CCDS3108.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 9 22 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.957241379 0.97862069 2 1.745702128 1.745702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.92E-13 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 139385137 C G NMNAT3 CCDS3111.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 4 9.8 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 139620511 G A - - - - - - 30 0 0 31 5 16.1 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.432344828 1.432344828 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 140359540 G T - - - - - - 36 0 0 43 5 11.6 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 141692046 C G TFDP2 CCDS43159.1 r.? - - intronic 41 0 0 38 7 18.4 16 2 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.002863359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 142063197 C G XRN1 CCDS3123.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 5 14.3 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 143325848 A T SLC9A9 CCDS33872.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 5 12.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 145223460 G A - - - - - - 41 0 0 37 4 10.8 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 145644121 A T - - - - - - 34 0 0 33 3 9.1 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 146080945 T A - - - - - - 24 0 0 40 3 7.5 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 148719581 G T GYG1 CCDS3139.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 4 10.5 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 149163922 G C - - - - - - 26 0 0 44 5 11.4 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 149616933 T A RNF13 CCDS3146.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 4 9.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 150652979 G A CLRN1 CCDS3153.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 6 21.4 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.903862069 1.903862069 1 1.72751773 1.72751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.36E-09 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 153213528 T A C3orf79 CCDS46937.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 3 8.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154133997 G C GPR149 CCDS43162.1 r.? - - intronic 34 0 0 54 5 9.3 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000806 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154348162 T C - - - - - - 39 0 0 50 6 12 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.067586207 1.067586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154685582 G A - - - - - - 37 0 0 43 5 11.6 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154771786 G A MME CCDS3172.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 5 12.2 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.945730496 1.945730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154810625 G C MME CCDS3172.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 9 19.1 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.699241379 1.699241379 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-12 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154834166 G C MME CCDS3172.1 r.? - - intronic 22 0 0 47 5 10.6 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 155287463 G C PLCH1 CCDS33881.1 r.? - - intronic 45 0 0 45 4 8.9 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.25458156 0.25458156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 157287515 G T C3orf55 CCDS46943.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 5 14.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 157430161 T A - - - - - - 25 0 0 39 3 7.7 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 157756253 C A - - - - - - 35 0 0 40 4 10 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 158642881 A G - - - - - - 30 0 0 32 4 12.5 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 159489031 G C SCHIP1 CCDS3186.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 5 14.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 160564917 T C PPM1L CCDS33886.1 r.? - - intronic 46 0 0 45 5 11.1 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 162320842 A C - - - - - - 42 0 0 41 4 9.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 162379574 A C - - - - - - 37 0 0 38 4 10.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 163332813 C G - - - - - - 52 0 0 37 5 13.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 163499703 T A - - - - - - 47 0 0 44 6 13.6 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 166962407 A T ZBBX CCDS3199.2 r.? - - intronic 28 0 0 50 4 8 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791724138 0.791724138 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 168316262 C G - - - - - - 40 0 0 44 4 9.1 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0.433964539 0.433964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 168755574 C G - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 168906192 G T MECOM ENST00000494292 r.? - - intronic 46 0 0 50 7 14 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.385517241 1.385517241 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 170795729 C G TNIK CCDS46956.1 r.? - - intronic 45 0 0 38 4 10.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 171936591 C G FNDC3B CCDS3217.1 r.? - - intronic 21 0 0 42 8 19 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.880344828 0.940172414 2 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.96E-11 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 174128602 T A - - - - - - 50 0 0 37 7 18.9 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 176096888 T A - - - - - - 32 0 0 37 4 10.8 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 178210081 C G KCNMB2 ENST00000437510 r.? - - intronic 36 0 0 34 4 11.8 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.797283688 0.797283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 184184461 C G EIF2B5 ENST00000444495 r.? - - intronic 24 0 0 27 5 18.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.830862069 1.830862069 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 185576919 A G - - - - - - 26 0 0 29 7 24.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.385068966 1.192534483 2 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.11E-10 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 186452563 G T KNG1 CCDS43183.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 5 17.2 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.702206897 1.702206897 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 191771937 C T - - - - - - 36 0 0 36 4 11.1 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 192008869 C A FGF12 CCDS3301.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 5 13.9 17 2 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.003234386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 192276168 G T FGF12 CCDS46983.1 r.? - - intronic 41 0 0 42 5 11.9 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 193868382 T G - - - - - - 43 0 0 42 6 14.3 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.322950355 0.322950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 193868398 T C - - - - - - 39 0 0 38 4 10.5 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 195601843 A G TNK2 CCDS33928.1 r.? - - intronic 14 0 0 12 5 41.7 13 1 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 4.126862069 1.37562069 3 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.40E-09 1 0.063085307 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 197735900 T C LMLN CCDS3332.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 4 9.5 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 2638561 C G FAM193A CCDS33943.1 r.? - - intronic 19 0 0 27 7 25.9 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.563206897 0.854402299 3 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.36E-11 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 5825363 T G EVC CCDS3383.1 r.6352u>g c.? p.? 3'UTR variant 27 0 0 36 4 11.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 5827758 C A EVC CCDS3383.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 5 13.5 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 6752870 C G - - - - - - 25 0 0 27 4 14.8 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 11680546 C G - - - - - - 40 0 0 44 7 15.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.573551724 1.573551724 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 12412183 T C - - - - - - 28 0 0 42 8 19 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.880344828 0.940172414 2 0.302765957 0.302765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.96E-11 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 14383270 A G - - - - - - 32 0 0 37 7 18.9 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 14904618 T C - - - - - - 33 0 0 37 5 13.5 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 17666980 C T FAM184B CCDS47033.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 5 12.8 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 17894435 C G LCORL CCDS3425.1 r.? - - intronic 44 0 0 37 5 13.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 21519263 C G KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 6 16.2 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.603241379 1.603241379 1 1.291801418 1.291801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 25604842 T A - - - - - - 39 0 0 46 4 8.7 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 28189420 A T - - - - - - 37 0 0 48 7 14.6 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 30824247 T A PCDH7 CCDS43220.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 4 10.8 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 31329495 T C - - - - - - 27 0 0 27 4 14.8 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 41253356 G C - - - - - - 32 0 0 36 4 11.1 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 43770143 C A - - - - - - 35 0 0 38 5 13.2 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45239506 T C - - - - - - 46 0 0 46 4 8.7 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45399839 T A - - - - - - 20 0 0 24 3 12.5 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.891177305 1.891177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000233853 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45413278 T C - - - - - - 41 0 0 31 4 12.9 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 0.663730496 0.663730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45899111 C T - - - - - - 28 0 0 27 5 18.5 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.645862069 1.645862069 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 46107016 A T GABRG1 CCDS3470.1 r.? - - intronic 47 0 0 41 3 7.3 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 46174685 G T - - - - - - 31 0 0 40 5 12.5 17 1 5.9 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 9.092198582 4.546099291 2 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.081683532 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 46226903 C A - - - - - - 28 0 0 47 6 12.8 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.363687943 0.363687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 52806152 T A - - - - - - 44 0 0 27 3 11.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 52929585 C G SPATA18 CCDS3489.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 4 8 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.711724138 0.711724138 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 53432336 A G - - - - - - 38 0 0 36 5 13.9 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 53975557 T A SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 35 0 0 54 4 7.4 35 2 5.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.658344828 0.658344828 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000161898 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 54958499 C G FIP1L1 ENST00000507166 r.? - - intronic 21 0 0 32 5 15.6 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 56736084 G T EXOC1 CCDS3502.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 4 8.5 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 57044545 G C ENSG00000109265 CCDS43230.1 r.? - - intronic 27 0 0 41 6 14.6 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 57469155 G T - - - - - - 38 0 0 41 5 12.2 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 57546058 A G HOPX CCDS3507.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 61565591 G A - - - - - - 35 0 0 33 6 18.2 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 65004329 T A - - - - - - 29 0 0 38 4 10.5 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 65183846 A T TECRL CCDS33990.1 r.? - - intronic 43 0 0 34 4 11.8 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 66438857 C T EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 4 9.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 66656228 T A - - - - - - 42 0 0 34 4 11.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 72480824 A T - - - - - - 50 0 0 48 4 8.3 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 72578592 A G - - - - - - 39 0 0 29 4 13.8 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 72597681 C G - - - - - - 31 0 0 36 6 16.7 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.582042553 1.582042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 73780451 G C - - - - - - 41 0 0 31 4 12.9 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 75121124 C T MTHFD2L CCDS47075.1 r.? - - intronic 42 0 0 40 4 10 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.663730496 0.663730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 77315444 T G CCDC158 CCDS43242.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 3 8.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.80162069 0.80162069 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 78062517 T C - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 80138906 A G - - - - - - 28 0 0 31 5 16.1 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.593344828 1.593344828 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 85772497 C G WDFY3 CCDS3609.1 r.? - - intronic 34 0 0 28 6 21.4 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.117862069 1.058931034 2 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.36E-09 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 86140502 C A - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 86140503 C T - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.383503546 0.383503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 88946131 A C PKD2 CCDS3627.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 6 17.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 89913590 T A FAM13A CCDS34029.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 6 15.4 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 90076312 T C - - - - - - 30 0 0 42 4 9.5 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 93083067 A T - - - - - - 46 0 0 41 5 12.2 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 2.099177305 2.099177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 94215616 T A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 42 0 0 29 3 10.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 95015903 G C - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 96642715 G A - - - - - - 28 0 0 27 6 22.2 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.197034483 1.098517241 2 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.23E-09 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 98740527 T G C4orf37 CCDS3645.1 r.? - - intronic 26 0 0 36 3 8.3 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 99490232 C T TSPAN5 CCDS3646.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 4 12.5 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 99581995 A T TSPAN5 CCDS3646.1 r.? - - upstream 34 0 0 47 3 6.4 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.63337931 0.63337931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 102837000 G T BANK1 CCDS34038.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 5 12.2 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 104164503 C A - - - - - - 36 0 0 35 4 11.4 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 104198030 A T - - - - - - 32 0 0 24 3 12.5 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000233853 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 105410094 A T CXXC4 CCDS3665.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 6 13.6 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 109007214 C A LEF1 CCDS3679.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 4 11.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 109007215 A C LEF1 CCDS3679.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 4 10.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 109262493 A T - - - - - - 42 0 0 37 5 13.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 109475311 G C - - - - - - 37 0 0 34 3 8.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 111407667 T G ENPEP CCDS3691.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 6 13.3 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 2.523049645 0.841016548 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 114160473 T G ANK2 CCDS3702.1 r.? - - intronic 39 0 0 47 5 10.6 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049034483 1.049034483 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 114710315 C G - - - - - - 37 0 0 39 5 12.8 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 117380438 G A - - - - - - 46 0 0 35 5 14.3 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.322950355 0.322950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 124688956 T C - - - - - - 35 0 0 31 4 12.9 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 130027175 T A C4orf33 CCDS3741.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 6 18.8 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.860551724 1.860551724 1 0.454148936 0.454148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 130027177 T A C4orf33 CCDS3741.1 r.? - - intronic 38 0 0 32 5 15.6 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.433964539 0.433964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 131137239 A T - - - - - - 36 0 0 30 6 20 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.37E-09 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 131569350 T A - - - - - - 39 0 0 25 3 12 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 132450879 C G - - - - - - 37 0 0 40 7 17.5 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.731896552 1.731896552 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 137450902 T A - - - - - - 32 0 0 49 4 8.2 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.811517241 0.811517241 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 147340144 C A SLC10A7 CCDS34073.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 5 13.5 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 150200101 A G - - - - - - 32 0 0 42 7 16.7 30 4 13.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.342262411 1.342262411 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 152191522 C T - - - - - - 30 0 0 49 5 10.2 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.009448276 1.009448276 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 153307870 G T FBXW7 CCDS3777.1 r.? - - intronic 25 0 0 34 8 23.5 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.325689655 1.162844828 2 0.403687943 0.403687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.32E-12 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 153335309 G C FBXW7 CCDS3777.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 5 15.6 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 154317066 G A MND1 CCDS3782.1 r.? - - intronic 23 0 0 37 5 13.5 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.336034483 1.336034483 1 0.433964539 0.433964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 157261500 C A - - - - - - 44 0 0 36 4 11.1 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 163271909 T G - - - - - - 31 0 0 36 3 8.3 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 165611777 G T - - - - - - 39 0 0 56 5 8.9 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.880793103 0.880793103 1 0.454148936 0.454148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000965 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 171160700 G C - - - - - - 35 0 0 48 5 10.4 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.029241379 1.029241379 1 0.242212766 0.242212766 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 172231248 C T - - - - - - 40 0 0 34 5 14.7 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 172300695 T A - - - - - - 40 0 0 43 5 11.6 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 172300696 A T - - - - - - 40 0 0 43 5 11.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 172302078 T C - - - - - - 32 0 0 46 6 13 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.286551724 1.286551724 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 174340259 C T - - - - - - 35 0 0 43 8 18.6 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.840758621 1.840758621 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.85E-11 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 175318625 T A - - - - - - 35 0 0 33 3 9.1 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 177303578 A G - - - - - - 38 0 0 48 4 8.3 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0.817468085 0.817468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 177972337 T C - - - - - - 28 0 0 37 4 10.8 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 180032087 A C - - - - - - 42 0 0 38 3 7.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.781827586 0.781827586 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 180447430 C A - - - - - - 45 0 0 30 4 13.3 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 2.280836879 1.14041844 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 181704665 T C - - - - - - 48 0 0 32 5 15.6 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 182055236 T A - - - - - - 34 0 0 39 5 12.8 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 182406736 T C - - - - - - 47 0 0 42 4 9.5 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 185124718 G C ENPP6 CCDS3834.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 5 13.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 186403537 T G - - - - - - 27 0 0 32 3 9.4 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.77622695 1.77622695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 5088447 C G - - - - - - 29 0 0 39 8 20.5 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.028793103 1.014396552 2 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 5507706 A G - - - - - - 42 0 0 48 4 8.3 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0.373411348 0.373411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 6143559 G C - - - - - - 36 0 0 44 5 11.4 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 2.190007092 2.190007092 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 6240661 G C - - - - - - 31 0 0 44 4 9.1 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 6938213 C G - - - - - - 38 0 0 33 4 12.1 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 8407511 C A - - - - - - 33 0 0 47 4 8.5 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 10492970 G A - - - - - - 37 0 0 29 4 13.8 14 1 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.067769881 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 10630001 G C ANKRD33B CCDS47191.1 r.? - - intronic 31 0 0 48 4 8.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 14757046 G C ANKH CCDS3885.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 4 11.8 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 14980989 C A - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 15492299 A T - - - - - - 38 0 0 36 5 13.9 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 16224359 G A - - - - - - 35 0 0 42 4 9.5 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 18268080 T C - - - - - - 37 0 0 31 4 12.9 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 18375621 C A - - - - - - 33 0 0 44 4 9.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 19241055 C T - - - - - - 49 0 0 48 6 12.5 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000016 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 19408501 A G - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 19768957 G C CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 6 13.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 20817644 A C - - - - - - 38 0 0 38 4 10.5 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 0.696361702 0.696361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 26299271 T G - - - - - - 28 0 0 35 4 11.4 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.594567376 1.594567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 27006722 C G CDH9 CCDS3893.1 r.? - - intronic 44 0 0 28 3 10.7 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058931034 1.058931034 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 31082265 G T - - - - - - 47 0 0 36 6 16.7 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.262397163 0.262397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 32563222 C G SUB1 ENST00000506237 r.? - - intronic 35 0 0 48 8 16.7 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.47293617 1.47293617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.23E-10 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 33673511 G C ADAMTS12 ENST00000504830 r.? - - intronic 18 0 0 39 4 10.3 34 1 2.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 34266533 G A - - - - - - 29 0 0 34 4 11.8 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 34765171 T C RAI14 CCDS34142.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 6 16.2 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.618269504 0.618269504 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 37018909 T A NIPBL CCDS3920.1 r.? - - intronic 44 0 0 38 5 13.2 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 40755526 G A PRKAA1 CCDS3932.2 r.? - - downstream 31 0 0 52 5 9.6 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.854068966 0.854068966 1 0.436425532 0.436425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000668 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 41292201 C T - - - - - - 29 0 0 46 6 13 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 45406353 T G HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 30 0 0 48 4 8.3 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.727375887 0.727375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 45900740 G T - - - - - - 33 0 0 35 4 11.4 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 52001159 G C - - - - - - 37 0 0 43 8 18.6 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.840758621 1.840758621 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.85E-11 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 52425188 G C - - - - - - 25 0 0 28 4 14.3 25 2 8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.807375887 0.807375887 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 57610289 T G - - - - - - 30 0 0 43 7 16.3 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.613137931 1.613137931 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 57725368 T C - - - - - - 42 0 0 46 5 10.9 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.078724138 1.078724138 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 58090996 G C RAB3C CCDS3976.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 4 10.5 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 61388531 C T - - - - - - 44 0 0 39 6 15.4 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 65196646 G A - - - - - - 32 0 0 30 5 16.7 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 67552301 G A PIK3R1 CCDS3993.1 r.? - - intronic 21 0 0 42 5 11.9 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 72166365 A C TNPO1 CCDS43329.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 4 11.1 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.575255319 0.575255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 74095375 A T FAM169A CCDS43330.1 r.? - - intronic 28 0 0 20 3 15 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.484482759 1.484482759 1 0.454148936 0.454148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0001337 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 77780524 C G LHFPL2 CCDS4042.1 r.? - - downstream 27 0 0 34 7 20.6 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.038689655 1.019344828 2 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 77800791 A C LHFPL2 CCDS4042.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 3 7.7 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 0.363319149 0.363319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 78551566 C G JMY CCDS4047.3 r.? - - intronic 40 0 0 41 4 9.8 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 80677357 G C ACOT12 CCDS4055.1 r.? - - intronic 48 0 0 38 6 15.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 80705973 A T SSBP2 CCDS4056.1 r.? - - downstream 37 0 0 41 6 14.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 81021188 G T SSBP2 CCDS4056.1 r.? - - intronic 29 0 0 29 4 13.8 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 81249007 A G - - - - - - 28 0 0 40 4 10 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 81295993 A G ATG10 CCDS4057.1 r.? - - intronic 41 0 0 45 6 13.3 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 82037409 G C - - - - - - 36 0 0 47 5 10.6 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049034483 1.049034483 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 82911199 A G - - - - - - 31 0 0 60 7 11.7 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.157896552 1.157896552 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.39E-08 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 84004307 C T - - - - - - 25 0 0 29 4 13.8 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 86125243 C T - - - - - - 33 0 0 38 6 15.8 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 89741072 G T - - - - - - 22 0 0 15 6 40 18 2 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.95862069 1.31954023 3 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.52E-11 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 91562622 A G - - - - - - 48 0 0 47 5 10.6 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049034483 1.049034483 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 92576385 G A - - - - - - 34 0 0 34 6 17.6 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741793103 1.741793103 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 99626719 G A - - - - - - 28 0 0 38 4 10.5 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.988583067 0.988583067 1 0.708109919 0.708109919 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 101856559 G A - - - - - - 26 0 0 36 5 13.9 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.30869568 1.30869568 1 1.023888666 1.023888666 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 103245859 T C - - - - - - 44 0 0 42 7 16.7 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.572317831 1.572317831 1 0.67940276 0.67940276 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 103615420 T G - - - - - - 44 0 0 50 6 12 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.12980922 1.12980922 1 0.660264654 0.660264654 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 104278412 T A ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 31 0 0 42 4 9.5 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.894432299 0.894432299 1 1.712860479 1.712860479 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 104939518 T G - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.271035372 1.271035372 1 0.3253478 0.3253478 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 111388720 C G - - - - - - 21 0 0 38 4 10.5 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.988583067 0.988583067 1 1.598031844 1.598031844 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 114065542 G C - - - - - - 37 0 0 44 7 15.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.496997216 1.496997216 1 1.234407831 1.234407831 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 114690039 C A - - - - - - 41 0 0 43 6 14 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.318110757 1.318110757 1 0.928198137 0.928198137 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 116355825 A C - - - - - - 39 0 0 32 3 9.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.885017222 0.885017222 1 1.492772261 1.492772261 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 117597412 C A - - - - - - 35 1 2.9 35 4 11.4 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.073318759 1.073318759 1 0.315778748 0.315778748 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.16091139 1 0.0000289 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 117975065 G A - - - - - - 29 0 0 48 9 18.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.770034445 1.770034445 1 1.129148249 1.129148249 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.75E-12 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 118203672 G C DTWD2 ENST00000304058 r.? - - intronic 39 0 0 38 5 13.2 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.242790142 1.242790142 1 1.68415332 1.68415332 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 119792716 A G - - - - - - 28 0 0 40 4 10 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.941507683 0.941507683 1 0.58371223 0.58371223 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 120152835 C T - - - - - - 40 0 0 40 5 12.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.176884604 1.176884604 1 1.540617526 1.540617526 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 121590969 T G - - - - - - 43 0 0 39 3 7.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.724960916 0.724960916 1 1.148286355 1.148286355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 127775329 C A FBN2 CCDS34222.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 6 13 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 1.223959988 1.223959988 1 1.511910367 1.511910367 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 134538114 T A - - - - - - 37 0 0 48 5 10.4 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.029241379 1.029241379 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 10102535 C G WWC3 CCDS14136.1 r.3053c>g c.2662C>G p.R888G missense 32 0 0 29 3 10.3 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 135253955 A T - - - - - - 21 0 0 33 3 9.1 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 144902545 A C - - - - - - 43 0 0 36 4 11.1 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.302765957 0.302765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 148055871 A C - - - - - - 33 0 0 47 4 8.5 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 151912614 T C - - - - - - 39 0 0 34 5 14.7 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 152883056 A G GRIA1 CCDS4322.1 r.? - - intronic 43 0 0 41 4 9.8 17 2 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969862069 0.969862069 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.003234386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 153828119 T A SAP30L CCDS47321.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 8 18.2 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.437172414 1.437172414 1 1.529425532 1.529425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.90E-11 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 154247219 T C CNOT8 CCDS4329.1 r.? - - intronic 22 0 0 36 5 13.9 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.09762069 1.09762069 1 0.267042553 0.267042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 157498491 G A - - - - - - 35 0 0 31 6 19.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.531931034 1.531931034 1 0.865865248 0.865865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 158394639 C G EBF1 CCDS4343.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 5 12.8 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.010758621 1.010758621 1 1.715546099 1.715546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 159323776 G A - - - - - - 39 0 0 36 5 13.9 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.09762069 1.09762069 1 2.314368794 1.157184397 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 1.60E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 160512094 G A - - - - - - 37 0 0 33 5 15.2 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.200275862 1.200275862 1 1.497056738 1.497056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 161312474 G T GABRA1 CCDS4357.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 4 11.4 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900206897 0.900206897 1 0.525992908 0.525992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 161998563 G C - - - - - - 31 0 0 44 10 22.7 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.792517241 0.896258621 2 1.618439716 1.618439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.08E-14 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 168188377 C T SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 21 0 0 26 5 19.2 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.516137931 1.516137931 1 1.666992908 1.666992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000188 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 168875937 G T - - - - - - 51 0 0 27 5 18.5 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.460862069 1.460862069 1 1.94212766 1.94212766 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 171921652 G T - - - - - - 34 0 0 29 4 13.8 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089724138 1.089724138 1 1.011524823 1.011524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 174451719 G A - - - - - - 34 0 0 39 6 15.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.216068966 1.216068966 1 0.833496454 0.833496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 179820813 A T - - - - - - 40 0 0 24 4 16.7 24 3 12.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.318724138 1.318724138 1 1.011524823 1.011524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000613 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 180479006 G C BTNL9 CCDS4460.2 r.? - - intronic 34 0 0 29 3 10.3 34 5 14.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.813344828 0.813344828 1 1.189553191 1.189553191 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 336881 C G DUSP22 CCDS4468.1 r.? - - intronic 46 0 0 56 7 12.5 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.46E-08 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 5858941 G A - - - - - - 30 0 0 38 6 15.8 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.721655172 1.721655172 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 3.76E-08 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 8573735 A G AL135912.1 ENST00000498984 r.? - - intronic 44 0 0 41 5 12.2 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.32937931 1.32937931 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 13099381 G T PHACTR1 ENST00000379350 r.? - - intronic 42 0 0 48 5 10.4 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.133241379 1.133241379 1 0.345503546 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 14347715 C T - - - - - - 38 0 0 39 6 15.4 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.678068966 1.678068966 1 2.218496454 1.109248227 2 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.43E-08 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 15221017 A G - - - - - - 27 0 0 33 4 12.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.318482759 1.318482759 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 15493253 T A JARID2 CCDS4533.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 6 15 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.634482759 1.634482759 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 16119618 C T - - - - - - 23 0 0 45 5 11.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 16883120 G A - - - - - - 27 0 0 40 6 15 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.634482759 1.634482759 1 0.25458156 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 17043344 C T - - - - - - 39 0 0 42 6 14.3 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 7.02E-08 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 19414329 A T - - - - - - 40 0 0 57 5 8.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.046896552 1.046896552 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000105 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 19539440 T G - - - - - - 38 0 0 49 4 8.2 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.975517241 0.975517241 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000110643 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 19844046 G C ID4 CCDS4544.1 r.? - - downstream 47 0 0 46 5 10.9 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.296724138 1.296724138 1 0.463702128 0.463702128 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 20512594 T G - - - - - - 38 0 0 50 8 16 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.903448276 0.951724138 2 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1.74E-10 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 21057546 G A CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 25 0 0 48 5 10.4 62 4 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237241379 1.237241379 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000447 1 0.000276647 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 21763754 C G - - - - - - 29 0 0 57 6 10.5 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.249137931 1.249137931 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000456 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 25339784 C T LRRC16A ENST00000329474 r.? - - intronic 32 0 0 37 6 16.2 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.927241379 1.927241379 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 25662002 T C SCGN CCDS4561.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 7 14.6 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.736896552 1.736896552 1 1.554765957 1.554765957 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.81E-09 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 26154778 C A HIST1H2BD CCDS4587.1 r.? - - upstream 30 0 0 35 7 20 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.379310345 1.189655172 2 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 26692695 A C - - - - - - 68 0 0 85 4 4.7 78 4 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.559137931 0.559137931 1 0.463702128 0.463702128 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000916711 1 0.000663934 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 28806469 G A - - - - - - 34 0 0 43 6 14 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.665517241 1.665517241 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 8.13E-08 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 29870738 C A - - - - - - 39 0 0 39 6 15.4 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 30197391 C G - - - - - - 32 0 0 39 9 23.1 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.055103448 1.027551724 2 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.62E-13 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 30317414 G C RPP21 CCDS4679.1 r.? - - downstream 44 0 0 37 4 10.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 30972957 T G - - - - - - 27 0 0 41 6 14.6 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 31028353 G C - - - - - - 37 0 0 36 5 13.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 32413490 A C HLA-DRA CCDS4750.1 r.? - - downstream 28 0 0 43 4 9.3 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 32769840 C T - - - - - - 35 0 0 45 5 11.1 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 34290400 C G NUDT3 CCDS4791.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 8 17 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.512413793 1.512413793 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-10 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 35305750 T C PPARD CCDS4803.1 r.? - - upstream 31 0 0 44 6 13.6 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 36885352 C G C6orf89 CCDS4827.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 5 15.6 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 37679506 G A - - - - - - 24 0 0 41 7 17.1 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 37745214 C G - - - - - - 46 0 0 28 3 10.7 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.951931034 0.951931034 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 40473532 G C LRFN2 CCDS34443.1 r.? - - intronic 43 0 0 28 4 14.3 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 42842175 G C - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 45159364 G T SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 5 11.9 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 45187627 T A SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 22 0 0 31 3 9.7 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.862965517 0.862965517 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 46313883 A T RCAN2 ENST00000371374 r.? - - intronic 39 0 0 41 5 12.2 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 48994430 T A - - - - - - 41 0 0 42 5 11.9 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 1.454751773 1.454751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 50804126 G A TFAP2B CCDS4934.2 r.? - - intronic 33 0 0 38 7 18.4 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.636965517 1.636965517 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 51232367 G T - - - - - - 25 0 0 33 4 12.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 54558832 T A - - - - - - 39 0 0 37 4 10.8 46 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.200028369 0.200028369 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.205924651 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 55615009 T A BMP5 CCDS4958.1 r.? - - downstream 46 0 0 51 5 9.8 48 2 4.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.38187234 0.38187234 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000606 1 0.024220359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 56805438 C T DST CCDS47441.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 5 11.1 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.25458156 0.25458156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 57092934 A T - - - - - - 42 0 0 40 4 10 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 58182430 C G - - - - - - 40 0 0 32 7 21.9 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.948344828 1.948344828 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.36E-10 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 63071094 C T - - - - - - 36 0 0 41 7 17.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 63348026 G T - - - - - - 54 0 0 42 6 14.3 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64012375 T G LGSN CCDS4964.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 4 11.8 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64544958 G T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 21 0 0 18 3 16.7 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000964 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64761695 A C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 28 0 0 45 6 13.3 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64914449 A G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 6 16.2 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 68345759 A T - - - - - - 42 0 0 40 4 10 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 68381449 A G - - - - - - 40 0 0 35 7 20 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 68574258 T G - - - - - - 33 0 0 45 5 11.1 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 68734156 G C - - - - - - 43 0 0 38 4 10.5 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 69156494 T A - - - - - - 51 0 0 34 5 14.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 69238464 A C - - - - - - 45 0 0 46 4 8.7 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.363687943 0.363687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 70595697 A G COL19A1 CCDS4970.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 4 9.5 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.436567376 1.436567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 71058200 A T - - - - - - 35 0 0 42 4 9.5 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 73182467 A G - - - - - - 41 0 0 37 5 13.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 75056370 G C - - - - - - 37 0 0 38 4 10.5 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 75382694 T A - - - - - - 40 0 0 36 5 13.9 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 76587534 A T MYO6 CCDS34487.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 4 8.7 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 76824242 C G - - - - - - 51 0 0 40 4 10 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 78692608 G C - - - - - - 42 0 0 46 7 15.2 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.53E-09 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 79030931 T G - - - - - - 46 0 0 46 4 8.7 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 79246125 T C - - - - - - 40 0 0 39 6 15.4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 79856405 A C - - - - - - 32 0 0 41 3 7.3 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 79989196 G C - - - - - - 41 0 0 33 4 12.1 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 1.627503546 1.627503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 82275090 A G FAM46A ENST00000412306 r.? - - intronic 37 0 0 44 4 9.1 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 82463591 G A FAM46A CCDS34489.1 r.? - - upstream 25 0 0 42 5 11.9 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 83703003 C G UBE2CBP CCDS34491.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 5 13.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 85197849 A T - - - - - - 40 0 0 46 4 8.7 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 85379469 C G - - - - - - 30 0 0 35 5 14.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 85753083 T C - - - - - - 40 0 0 39 5 12.8 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 87632504 C G - - - - - - 33 0 0 30 5 16.7 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 88670048 A G - - - - - - 35 0 0 41 4 9.8 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 88682617 A C - - - - - - 32 0 0 43 7 16.3 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 90253200 C T ANKRD6 CCDS47460.1 r.? - - intronic 23 0 0 29 4 13.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 91041701 G C - - - - - - 36 0 0 43 4 9.3 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.481886525 0.481886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 92140679 C A - - - - - - 31 0 0 36 4 11.1 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 93567289 T G - - - - - - 25 0 0 33 4 12.1 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 93797173 G C - - - - - - 38 0 0 45 6 13.3 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 94253507 G T - - - - - - 55 0 0 46 5 10.9 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.845574468 0.845574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 95673429 T A - - - - - - 47 0 0 41 4 9.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 96167369 C A - - - - - - 39 0 0 40 6 15 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 100341670 T C - - - - - - 40 0 0 40 4 10 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 102989024 T C - - - - - - 54 0 0 34 4 11.8 36 1 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.28258156 0.28258156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.165106833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 103459805 T C - - - - - - 47 0 0 34 4 11.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 104018137 G T - - - - - - 23 0 0 40 4 10 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.676177305 0.676177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 110237686 C T - - - - - - 28 0 0 46 7 15.2 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 111449302 T C SLC16A10 CCDS5089.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 5 16.7 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000401 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 112483282 C G LAMA4 CCDS34514.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 4 10.8 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.068827586 1.068827586 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 112905650 C A - - - - - - 38 0 0 44 5 11.4 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 0.898205674 0.898205674 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 118257560 C G SLC35F1 CCDS34524.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 6 16.2 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.603241379 1.603241379 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 120057668 C G - - - - - - 30 0 0 34 7 20.6 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.038689655 1.019344828 2 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 120057678 C G - - - - - - 27 0 0 35 7 20 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 0.989655172 2 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 120473516 A G - - - - - - 37 0 0 39 4 10.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 124070696 T G - - - - - - 33 0 0 46 4 8.7 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 124664394 G T NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 42 0 0 36 3 8.3 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 125853968 A C - - - - - - 34 0 0 39 4 10.3 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 130420442 C T L3MBTL3 CCDS34537.1 r.? - - intronic 37 0 0 30 8 26.7 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.64237931 0.880793103 3 0.373411348 0.373411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.07E-12 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 134487834 G T SGK1 CCDS47476.1 r.? - - downstream 30 0 0 45 5 11.1 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.333042553 0.333042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 136974576 C G MAP3K5 CCDS5179.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 4 10.3 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.029404255 1.029404255 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 141968382 C G - - - - - - 50 0 0 38 8 21.1 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.986061414 0.993030707 2 1.436821447 1.436821447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.67E-11 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 142401205 A G NMBR CCDS5196.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 10 23.8 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.240201974 0.901875016 2.483938388 0.641780246 0.641780246 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.24E-14 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 142570515 A T - - - - - - 40 0 0 38 8 21.1 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.986061414 0.993030707 2 1.331454541 1.331454541 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.67E-11 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 143431349 C G AIG1 CCDS5198.1 r.? - - intronic 38 0 0 40 9 22.5 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.117838001 1.058919 2 0.82377763 0.82377763 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.64E-13 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 144430071 T G - - - - - - 33 0 0 44 9 20.5 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.929585734 0.964792867 2 2.193547409 1.096773705 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.18E-12 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 145575418 T A - - - - - - 43 0 0 42 9 21.4 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.014299254 1.007149627 2 1.197351206 1.197351206 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.51E-13 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 147805853 G C AL034350.1 ENST00000507806 r.? - - intronic 38 0 0 37 8 21.6 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.033124481 1.01656224 2 1.91576193 1.91576193 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.33E-11 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 148955255 G A - - - - - - 31 0 0 33 4 12.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.138926214 1.138926214 1 0.957880965 0.957880965 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 150843046 A C - - - - - - 44 0 0 39 3 7.7 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.724771227 0.724771227 1 0.249049051 0.249049051 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 154147378 A T - - - - - - 34 0 0 40 5 12.5 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.176576667 1.176576667 1 1.542188353 1.542188353 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 157070424 A G - - - - - - 37 0 0 38 6 15.8 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.487192907 1.487192907 1 0.641780246 0.641780246 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 158354611 G C SNX9 CCDS5253.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 6 19.4 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.826046987 1.826046987 1 2.643751463 1.051867233 2.513388933 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.03E-08 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 159697682 G A FNDC1 CCDS47512.1 r.? - - downstream 30 0 0 37 7 18.9 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.778983921 1.778983921 1 1.475136686 1.475136686 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 160592973 C T - - - - - - 38 0 0 46 11 23.9 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.249614587 0.905664407 2.483938388 1.772079785 1.772079785 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.55E-16 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 160820313 C G SLC22A3 CCDS5277.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 6 15 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.411892 1.411892 1 1.647555259 1.647555259 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 161947982 T C PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 23 0 0 34 4 11.8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.110688374 1.110688374 1 1.36976978 1.36976978 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 162881973 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 12 27.9 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.626119121 1.05724004 2.483938388 1.523030734 1.523030734 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.24E-18 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 163644716 G C PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 20 0 0 27 4 14.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.393066774 1.393066774 1 0.402310005 0.402310005 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 163893194 A T QKI CCDS43525.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 14 34.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 3.209701148 1.069900383 3 1.408085018 1.408085018 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.90E-22 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 165521171 G A - - - - - - 37 0 0 35 6 17.1 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.609556881 1.609556881 1 0.900408107 0.900408107 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 166431396 C T - - - - - - 49 0 0 44 6 13.6 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.280115414 1.280115414 1 0.82377763 0.82377763 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 166522228 A G - - - - - - 32 0 0 48 5 10.4 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.978911787 0.978911787 1 1.91576193 1.91576193 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 168601661 C G - - - - - - 35 0 0 34 6 17.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.656619947 1.656619947 1 1.0919843 1.0919843 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 169073309 A T SMOC2 CCDS5307.1 r.? - - downstream 45 0 0 39 5 12.8 33 9 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.204814507 1.204814507 1 2.615015034 1.040433894 2.513388933 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 169441501 A G - - - - - - 29 0 0 33 5 15.2 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.430717227 1.430717227 1 1.685870498 1.685870498 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 170043527 A G WDR27 CCDS47520.1 r.? - - intronic 46 0 0 26 4 15.4 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.449542454 1.449542454 1 2.45217527 0.97564497 2.513388933 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 170362820 A G - - - - - - 42 0 0 36 9 25 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 2.353153334 0.947347706 2.483938388 0.871671678 0.871671678 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1.63E-13 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 170396793 G C - - - - - - 34 0 0 46 5 10.9 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.025974854 1.025974854 1 0.306521909 0.306521909 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 1216177 A C - - - - - - 22 0 0 34 6 17.6 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741793103 1.741793103 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 2937164 C G - - - - - - 31 0 0 28 4 14.3 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 6997247 T G - - - - - - 34 0 0 40 4 10 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.514702128 0.514702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 9841223 A T - - - - - - 42 0 0 54 5 9.3 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 0.262397163 0.262397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000806 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 10076338 C G - - - - - - 45 0 0 40 8 20 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 0.989655172 2 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.61E-11 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 10365987 A T - - - - - - 37 0 0 40 5 12.5 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 10865339 C T - - - - - - 38 0 0 49 11 22.4 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.216827586 1.108413793 2 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.19E-15 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 12583120 A T - - - - - - 39 0 0 32 3 9.4 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 14450787 C T DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 7 18.9 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 19286368 G A - - - - - - 27 0 0 26 4 15.4 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0.595439716 0.595439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 20949990 G T - - - - - - 41 0 0 38 5 13.2 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.306344828 1.306344828 1 0.676177305 0.676177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 28565200 T C CREB5 CCDS5417.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 6 14.3 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 32976552 T A AVL9 ENST00000404479 r.? - - intronic 28 0 0 36 5 13.9 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 34621266 T C - - - - - - 35 0 0 25 4 16 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 37737165 T A GPR141 CCDS5451.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 11 25.6 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.533517241 0.844505747 3 1.170695035 1.170695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.42E-16 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 38727114 G T FAM183B ENST00000409072 r.? - - upstream 28 0 0 36 5 13.9 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 0.312858156 0.312858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 39491768 T C POU6F2 CCDS34620.2 r.? - - intronic 34 0 0 29 4 13.8 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.365724138 1.365724138 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 44771064 T A - - - - - - 36 0 0 26 4 15.4 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 51965402 C G - - - - - - 31 0 0 42 8 19 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.880344828 0.940172414 2 2.159730496 1.079865248 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.96E-11 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 53132057 T A - - - - - - 38 0 0 43 4 9.3 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 0.514702128 0.514702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 55403703 G C - - - - - - 35 0 0 38 6 15.8 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.563655172 1.563655172 1 0.595439716 0.595439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.76E-08 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 62940391 T C - - - - - - 36 0 0 38 4 10.5 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 63889417 G T - - - - - - 43 0 0 39 5 12.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 64531412 A C AC073210.1 ENST00000501153 r.? - - downstream 36 0 0 46 5 10.9 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 65055208 A T - - - - - - 182 1 0.5 241 8 3.3 170 2 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.293586207 0.293586207 1 0.109106383 0.109106383 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 0.598393535 1 0.000035 1 0.209144724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 66849946 T G - - - - - - 38 0 0 43 4 9.3 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 68398722 G A - - - - - - 30 0 0 44 5 11.4 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 68769454 G C - - - - - - 38 0 0 46 5 10.9 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 70571130 G T - - - - - - 45 0 0 32 4 12.5 43 3 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.636453901 0.636453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.001328364 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 70740052 A T WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 41 0 0 29 5 17.2 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.530206897 1.530206897 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 71017315 C G WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 6 14.6 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 71185963 C G - - - - - - 42 0 0 37 7 18.9 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.681448276 1.681448276 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 72750355 G C FKBP6 CCDS43595.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 4 12.1 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 0.481886525 0.481886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 79538712 C A - - - - - - 39 0 0 36 5 13.9 36 2 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.509163121 0.509163121 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.014070883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 79581897 A C - - - - - - 38 0 0 35 5 14.3 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 81395184 C G HGF CCDS5597.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 7 17.5 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 84805158 G T SEMA3D ENST00000444867 r.? - - intronic 33 0 0 42 4 9.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 85420777 A G - - - - - - 38 0 0 41 4 9.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 85486734 G A - - - - - - 29 0 0 40 5 12.5 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 86455698 G T GRM3 CCDS5600.1 r.? - - intronic 40 0 0 45 5 11.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 86489353 T A GRM3 CCDS5600.1 r.? - - intronic 44 0 0 43 4 9.3 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.754652482 0.754652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 87686775 A G ADAM22 CCDS43609.1 r.? - - intronic 40 0 0 40 5 12.5 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 89928915 T A C7orf63 CCDS43613.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 5 15.6 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 89928916 C T C7orf63 CCDS43613.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 5 16.1 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.432344828 1.432344828 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 93402857 A G GNGT1 ENST00000455502 r.? - - intronic 30 0 0 39 7 17.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 93660817 T A - - - - - - 37 0 0 52 5 9.6 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.854068966 0.854068966 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000668 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 94730033 G A PPP1R9A CCDS34683.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 5 16.1 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.432344828 1.432344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 95292664 G A - - - - - - 41 0 0 36 4 11.1 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 96269325 C A SHFM1 ENST00000417009 r.? - - intronic 40 0 0 45 8 17.8 44 2 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583586207 1.583586207 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.14E-11 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 96960348 G A - - - - - - 27 0 0 35 5 14.3 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 98037493 T C - - - - - - 40 0 0 35 4 11.4 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 98153707 C T - - - - - - 26 0 0 40 6 15 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 98188296 A T - - - - - - 36 0 0 38 4 10.5 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 101034155 G C EMID2 ENST00000397927 r.? - - intronic 33 0 0 30 4 13.3 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 101167038 T C EMID2 ENST00000397927 r.? - - intronic 31 0 0 35 4 11.4 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.945730496 1.945730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 104941071 G C SRPK2 CCDS34724.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 6 15 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 105776524 T G - - - - - - 27 0 0 38 3 7.9 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 108166703 C G PNPLA8 CCDS34733.1 r.60g>c c.? p.? 5'UTR variant 21 0 0 40 4 10 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 110163245 C A - - - - - - 32 0 0 46 6 13 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 110477075 T G IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 27 0 0 43 7 16.3 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.15E-09 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 112047433 C A - - - - - - 40 0 0 31 5 16.1 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.432344828 1.432344828 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 113778508 G A FOXP2 ENST00000484307 r.? - - intronic 35 0 0 40 4 10 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 118182497 A G - - - - - - 42 0 0 49 6 12.2 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.736730496 0.736730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000182 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 118595369 T C - - - - - - 34 0 0 52 4 7.7 35 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 0.16091139 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 118942813 T C - - - - - - 45 0 0 28 4 14.3 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 120254449 T A KCND2 CCDS5776.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 3 7.1 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 120758295 C G C7orf58 CCDS34739.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 6 15.4 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0.292673759 0.292673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 123909431 C G - - - - - - 38 0 0 45 7 15.6 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 126623131 T G GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 3 8.8 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 131029145 C G MKLN1 CCDS34754.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 6 12 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 131668691 G T - - - - - - 26 0 0 45 4 8.9 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.880793103 0.880793103 1 0.615624113 0.615624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 132312814 G A PLXNA4 CCDS43646.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 6 13.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 133686628 C T EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 44 0 0 55 12 21.8 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.157448276 1.078724138 2 2.644156028 0.881385343 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.78E-17 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 135856837 A G - - - - - - 41 0 0 46 9 19.6 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.135724138 1.067862069 2 2.373730496 1.186865248 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.82E-12 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 136279304 C A - - - - - - 29 0 0 49 10 20.4 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.222896552 1.111448276 2 2.440283688 0.813427896 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.72E-14 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 136585115 G A CHRM2 CCDS5843.1 r.? - - intronic 43 0 0 51 7 13.7 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.492827586 1.492827586 1 0.532425532 0.532425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.46E-09 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 137616084 T G CREB3L2 CCDS34760.1 r.? - - intronic 42 0 0 44 4 9.1 44 4 9.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.991586207 0.991586207 1 1.009390071 1.009390071 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 140570757 G A BRAF CCDS5863.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 6 17.1 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.863310345 1.863310345 1 2.085333333 2.085333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 142423540 T A - - - - - - 30 0 0 27 5 18.5 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.015862069 2.015862069 1 1.33106383 1.33106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 144558386 C G - - - - - - 36 0 0 32 4 12.5 50 3 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 0.665531915 0.665531915 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.002055544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 145816387 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 9 20.5 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.233793103 1.116896552 2 2.040964539 1.02048227 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.18E-12 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146117650 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 8 17.8 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.939586207 0.969793103 2 2.218439716 1.109219858 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.14E-11 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146245191 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 28 0 0 50 5 10 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.089655172 1.089655172 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146286914 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 12 30 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.268965517 1.089655172 3 1.530723404 1.530723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.20E-18 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146315886 G C CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 9 20.9 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.27737931 1.138689655 2 1.286695035 1.286695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.45E-13 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146603827 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 28 0 0 44 15 34.1 40 6 15 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.715724138 0.928931034 4 1.663829787 1.663829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.12E-24 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 147248883 A G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 5 8.9 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969793103 0.969793103 1 1.896765957 1.896765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000965 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 147580192 T A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 21 0 0 49 4 8.2 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.893517241 0.893517241 1 0.343858156 0.343858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 147711348 G C CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 28 0 0 45 5 11.1 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 1.95222695 1.95222695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000323 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 148130448 C G ENSG00000230591 ENST00000447661 r.? - - upstream 34 0 0 31 8 25.8 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.811310345 0.937103448 3 3.59387234 0.898468085 4 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.78E-12 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 148272044 G C - - - - - - 36 0 0 52 4 7.7 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.839034483 0.839034483 1 0.343858156 0.343858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 149170003 C G ZNF746 CCDS5897.1 r.3688g>c c.? p.? 3'UTR variant 32 0 0 56 8 14.3 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 2.018780142 1.009390071 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.48E-10 1 5.90E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 150732870 C T ABCB8 CCDS5913.1 r.? - - intronic 39 0 0 43 10 23.3 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.538896552 0.846298851 3 2.850695035 0.950231678 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.61E-14 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 150736199 C T ABCB8 CCDS5913.1 r.? - - intronic 25 0 0 34 7 20.6 43 11 25.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.244689655 1.122344828 2 2.839602837 0.946534279 3 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 151557982 C T PRKAG2 CCDS43683.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 9 21.4 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.331862069 1.165931034 2 2.606666667 0.868888889 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.51E-13 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 151579609 G C - - - - - - 25 0 0 41 6 14.6 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.590896552 1.590896552 1 2.517929078 0.839309693 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 152012535 A T BAGE3 CCDS5931.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 8 18.2 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.983172414 0.991586207 2 2.917248227 0.972416076 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.90E-11 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 152664465 G T - - - - - - 30 0 0 56 6 10.7 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.165931034 1.165931034 1 0.587886525 0.587886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000409 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 153019286 C G - - - - - - 28 0 0 49 7 14.3 17 2 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.558206897 1.558206897 1 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.58E-09 1 0.003234386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 153356206 C T - - - - - - 37 0 0 40 5 12.5 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.362068966 1.362068966 1 0.255120567 0.255120567 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 153394675 A G - - - - - - 25 0 0 40 10 25 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.724137931 0.908045977 3 1.087035461 1.087035461 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.22E-15 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 154908199 T G - - - - - - 41 0 0 49 5 10.2 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.111448276 1.111448276 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 155115488 A T - - - - - - 31 0 0 31 3 9.7 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.056965517 1.056965517 1 0.765361702 0.765361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 3432785 T C CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 37 0 0 26 4 15.4 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 3966454 G A - - - - - - 27 0 0 32 4 12.5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 6438015 A C MCPH1 CCDS43689.1 r.? - - intronic 32 0 0 18 3 16.7 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000964 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 8619593 C G - - - - - - 36 0 0 31 5 16.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.593344828 1.593344828 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 16056069 T C - - - - - - 42 0 0 43 4 9.3 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 16072113 A T - - - - - - 33 0 0 34 3 8.8 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 16817642 T A AC079193.1 ENST00000513892 r.? - - intronic 29 0 0 53 5 9.4 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000734 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 17262828 G C MTMR7 CCDS34851.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 8 19.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.929827586 0.964913793 2 0.888113475 0.888113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.22E-11 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 21783050 G T XPO7 CCDS47817.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 4 9.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 26846360 G A - - - - - - 44 0 0 35 5 14.3 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.302765957 0.302765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 28165984 G A - - - - - - 34 0 0 43 5 11.6 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.148 1.148 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 30739526 T A - - - - - - 28 0 0 35 3 8.6 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.851103448 0.851103448 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 32064323 T G NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 5 16.1 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.593344828 1.593344828 1 0.807375887 0.807375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 33946939 C A - - - - - - 44 0 0 43 6 14 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.385517241 1.385517241 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 33946940 A G - - - - - - 44 0 0 42 6 14.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 36063604 G T - - - - - - 40 0 0 35 5 14.3 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 36862948 A T - - - - - - 30 0 0 34 4 11.8 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 48453989 T G KIAA0146 CCDS43737.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 4 10.3 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 48454077 T G KIAA0146 CCDS43737.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 4 9.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.940172414 0.940172414 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 49668392 G C - - - - - - 31 0 0 30 4 13.3 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 0.373411348 0.373411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 53876970 T C - - - - - - 32 0 0 44 5 11.4 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 2.290929078 1.145464539 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 57687371 C G - - - - - - 30 0 0 36 5 13.9 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.37562069 1.37562069 1 0.746822695 0.746822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 58299183 A C - - - - - - 47 0 0 32 5 15.6 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.543862069 1.543862069 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 60627111 A C - - - - - - 29 0 0 50 4 8 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791724138 0.791724138 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 61542718 G A ENSG00000228862 ENST00000437779 r.? - - intronic 31 0 0 22 4 18.2 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000425 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 62610521 A C ASPH CCDS34898.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 3 6.8 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.672965517 0.672965517 1 0.42387234 0.42387234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 63656540 T C NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 35 0 0 42 6 14.3 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 68278190 A C AC027006.1 ENST00000501209 r.? - - intronic 23 0 0 47 4 8.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 69293695 C T C8orf34 ENST00000348340 r.? - - intronic 33 0 0 50 6 12 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 0.343134752 0.343134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 73907216 G C - - - - - - 35 0 0 31 3 9.7 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 75953978 T C - - - - - - 44 0 0 42 5 11.9 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 76650642 T A - - - - - - 47 0 0 48 7 14.6 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.444896552 1.444896552 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 76900377 T G - - - - - - 41 0 0 36 4 11.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 77210370 C G - - - - - - 25 0 0 30 6 20 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.979310345 1.979310345 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.37E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 78807908 A G - - - - - - 35 0 0 35 8 22.9 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.266310345 1.133155172 2 0.676177305 0.676177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.15E-12 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 80236851 C T - - - - - - 32 0 0 27 5 18.5 26 2 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.830862069 1.830862069 1 0.777099291 0.777099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000023 1 0.007502227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 86250410 C A CA1 CCDS6237.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 8 20.5 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.028793103 1.014396552 2 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 88863137 T A - - - - - - 38 0 0 33 3 9.1 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 91554224 G C - - - - - - 28 0 0 38 7 18.4 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.820965517 1.820965517 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-10 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 91573754 G C - - - - - - 31 0 0 46 7 15.2 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.53E-09 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 94271565 A G - - - - - - 38 0 0 42 5 11.9 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 96509664 C A - - - - - - 36 0 0 45 6 13.3 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 3 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.316241379 1.316241379 1 1.72751773 1.72751773 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 98039192 G A ENSG00000104324 CCDS6273.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 5 10.9 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 99990156 C G - - - - - - 33 0 0 40 5 12.5 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 102307886 G C - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 28 1 3.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 103807508 C G - - - - - - 29 0 0 36 7 19.4 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.725931034 1.725931034 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 104244075 C G BAALC CCDS6297.1 r.? - - downstream 35 0 0 43 4 9.3 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 104575865 A C RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 35 0 0 47 6 12.8 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 105417913 G T DPYS CCDS6302.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 4 8.2 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.729517241 0.729517241 1 0.463702128 0.463702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 106776920 T C ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 4 8.5 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 107046773 T G - - - - - - 34 0 0 42 4 9.5 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.245489362 0.245489362 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 107222830 T A - - - - - - 35 0 0 47 4 8.5 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 107509698 A T OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 6 14 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 108589855 G C - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.618269504 0.618269504 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 109823171 G C - - - - - - 35 0 0 46 4 8.7 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0.490978723 0.490978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 111159080 T G - - - - - - 36 0 0 43 3 7 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.622758621 0.622758621 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 111301836 C A - - - - - - 29 0 0 48 9 18.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.75E-12 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 112558041 T C - - - - - - 43 0 0 43 4 9.3 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 112850705 G C - - - - - - 43 0 0 28 5 17.9 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000279 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 113205905 G C - - - - - - 30 0 0 42 4 9.5 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 113911520 G T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 4 11.1 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 113998753 T A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 5 10.2 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.907448276 0.907448276 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 114273628 T G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 46 0 0 42 6 14.3 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 1.818439716 0.909219858 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 118052039 T C SLC30A8 CCDS6322.1 r.? - - intronic 48 0 0 45 7 15.6 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 118079233 A T SLC30A8 CCDS6322.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 3 7.5 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 118375665 G T - - - - - - 47 0 0 44 7 15.9 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.414551724 1.414551724 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 118375670 C G - - - - - - 46 0 0 42 6 14.3 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 119919629 G T - - - - - - 36 0 0 48 7 14.6 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 120067481 G C - - - - - - 37 0 0 40 4 10 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.363687943 0.363687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 120531954 G C - - - - - - 39 0 0 48 6 12.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000016 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 121320268 T C COL14A1 CCDS34938.1 r.? - - intronic 40 0 0 59 11 18.6 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.654758621 1.654758621 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.10E-14 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 122263193 T A - - - - - - 30 0 0 39 7 17.9 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 123895531 G C ZHX2 CCDS6336.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 4 9.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 127149978 G C - - - - - - 25 0 0 62 5 8.1 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 128093046 T G - - - - - - 29 0 0 37 6 16.2 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 131703178 C G - - - - - - 31 0 0 32 5 15.6 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 132526053 G A - - - - - - 32 0 0 45 6 13.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 132596404 G T - - - - - - 28 0 0 30 4 13.3 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 132596405 G T - - - - - - 26 0 0 28 4 14.3 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 132818694 T G - - - - - - 33 0 0 43 5 11.6 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 133492042 T C KCNQ3 CCDS34943.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 4 11.8 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 134866927 C G - - - - - - 27 0 0 41 5 12.2 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 136791373 C A - - - - - - 50 0 0 42 4 9.5 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 136833047 T C - - - - - - 32 0 0 36 6 16.7 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 137555978 T G - - - - - - 40 0 0 45 4 8.9 24 1 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.38187234 0.38187234 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.113346489 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 143290045 T G TSNARE1 CCDS6384.1 r.? - - downstream 38 0 0 52 4 7.7 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 11434 T G - - - - - - 40 0 0 35 4 11.4 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 1069185 C A - - - - - - 28 0 0 49 8 16.3 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.102137931 1.051068966 2 1.413957447 1.413957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-10 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 1212769 G C - - - - - - 40 0 0 31 7 22.6 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.91462069 0.97154023 3 2.343503546 1.171751773 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.85E-10 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 1632265 C T - - - - - - 33 0 0 35 10 28.6 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.688413793 0.922103448 4 2.382780142 1.191390071 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.60E-15 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 1689052 A G - - - - - - 41 0 0 56 5 8.9 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147793103 1.147793103 1 1.230666667 1.230666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000965 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 1699483 C T - - - - - - 48 0 0 60 5 8.3 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.070413793 1.070413793 1 0.693886525 0.693886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000136 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 2092857 G A SMARCA2 CCDS34977.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 6 13.6 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.753931034 1.753931034 1 0.693886525 0.693886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 2530960 A T - - - - - - 40 0 0 45 7 15.6 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.011862069 1.005931034 2 1.597248227 1.597248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 4436458 C A - - - - - - 49 0 0 36 7 19.4 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.501931034 0.833977011 3 1.492510638 1.492510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.74E-10 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 4467005 G C - - - - - - 40 0 0 45 14 31.1 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 4.010827586 1.002706897 4 2.238765957 1.119382979 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.81E-22 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 5693209 T G KIAA1432 CCDS34982.1 r.? - - intronic 33 1 3 55 7 12.7 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.637862069 1.637862069 1 2.134028369 1.067014184 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.15245715 1 1.28E-08 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 7292288 G C - - - - - - 42 0 0 51 10 19.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.527724138 0.842574713 3 1.492510638 1.492510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-13 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 8153309 A T - - - - - - 37 0 0 44 5 11.4 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.470206897 1.470206897 1 0.955730496 0.955730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 8531133 T A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 8 20.5 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.643793103 0.881264368 3 1.872184397 1.872184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 8787639 A C PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 18 0 0 56 11 19.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.527724138 0.842574713 3 1.492510638 1.492510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.91E-15 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 9073010 T A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 38 0 0 51 10 19.6 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.527724138 0.842574713 3 3.521801418 0.880450355 4 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-13 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 9444726 G A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 6 12 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.547586207 1.547586207 1 2.618439716 0.872813239 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000206 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 10275048 G T PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 59 0 0 51 10 19.6 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.527724138 0.842574713 3 2.762453901 0.920817967 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-13 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 10953725 C G - - - - - - 35 0 0 62 9 14.5 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.87 0.935 2 1.217574468 1.217574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.12E-11 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 11631862 G A - - - - - - 32 0 0 45 8 17.8 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.295586207 1.147793103 2 3.443248227 0.860812057 4 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.14E-11 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 12686595 A T TYRP1 ENST00000473763 r.? - - intronic 32 0 0 53 12 22.6 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.91462069 0.97154023 3 3.129035461 1.04301182 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.39E-17 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 13288411 A T - - - - - - 34 0 0 52 7 13.5 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.741034483 1.741034483 1 1.636524823 1.636524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.58E-09 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 13324860 C G - - - - - - 45 0 0 49 5 10.2 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.315448276 1.315448276 1 0.471319149 0.471319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000496 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 14019530 G T - - - - - - 31 0 0 44 9 20.5 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.643793103 0.881264368 3 3.78364539 0.945911348 4 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 1.18E-12 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 14727900 A G - - - - - - 38 0 0 48 15 31.2 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 4.023724138 1.005931034 4 2.566070922 0.855356974 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.86E-23 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 14781652 G C FREM1 CCDS47952.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 11 22.4 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.888827586 0.962942529 3 3.60035461 0.900088652 4 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.19E-15 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 14962849 C T - - - - - - 23 0 0 45 9 20 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.579310345 0.859770115 3 1.872184397 1.872184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-12 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 15072541 C A - - - - - - 32 0 0 54 14 25.9 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 3.340206897 1.113402299 3 2.081659574 1.040829787 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.64E-20 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 16811442 C A BNC2 CCDS6482.2 r.? - - intronic 19 0 0 42 4 9.5 25 1 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.225172414 1.225172414 1 0.523687943 0.523687943 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.117779757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 19186660 G C - - - - - - 36 0 0 46 5 10.9 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 2 NA 2 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.163801418 1.163801418 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 19217959 T G - - - - - - 34 0 0 33 5 15.2 43 2 4.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0.427333333 0.427333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 19787357 C G SLC24A2 CCDS6493.1 r.? - - upstream 39 0 0 57 4 7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.622758621 0.622758621 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000199821 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 19972806 C G - - - - - - 28 0 0 31 4 12.9 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.147655172 1.147655172 1 0.427333333 0.427333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 20057590 G C - - - - - - 29 0 0 36 8 22.2 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.975034483 0.987517241 2 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-11 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 20386305 G A MLLT3 CCDS6494.1 r.? - - intronic 43 0 0 44 6 13.6 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 1.927546099 1.927546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 21606575 T C - - - - - - 32 0 0 45 6 13.3 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.181843972 0.181843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 22114248 C T - - - - - - 40 0 0 44 7 15.9 37 2 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.414551724 1.414551724 1 0.490978723 0.490978723 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.014826063 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 22764305 A C - - - - - - 50 0 0 37 3 8.1 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 22852335 G A - - - - - - 32 0 0 39 5 12.8 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 1.054695035 1.054695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 23016555 G A - - - - - - 35 0 0 45 9 20 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 1.863900709 0.931950355 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-12 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 23838267 T G - - - - - - 39 0 0 38 5 13.2 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 24114889 A G - - - - - - 38 0 0 37 5 13.5 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 24213290 C T - - - - - - 46 0 0 43 6 14 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 1.054695035 1.054695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 24890604 T C - - - - - - 48 0 0 49 8 16.3 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.450137931 1.450137931 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-10 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 27664588 G A - - - - - - 35 0 0 41 6 14.6 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 28052986 G T LINGO2 CCDS6524.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 4 8.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30258300 C G - - - - - - 28 0 0 48 9 18.8 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.75E-12 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30286897 C A - - - - - - 33 0 0 42 6 14.3 44 2 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30592842 A T - - - - - - 26 0 0 40 4 10 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30782651 G C - - - - - - 28 0 0 38 5 13.2 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30948816 A G - - - - - - 34 0 0 34 5 14.7 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 30968816 G C - - - - - - 38 0 0 33 3 9.1 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 31324209 T C - - - - - - 30 0 0 41 6 14.6 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.05E-08 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 32794142 G A - - - - - - 31 0 0 35 7 20 23 1 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.779310345 1.779310345 1 0.390964539 0.390964539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.65E-10 1 0.108890944 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 33162695 G A B4GALT1 CCDS6535.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 4 11.4 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 36571472 T G MELK CCDS6606.1 r.? - - upstream 39 0 0 41 3 7.3 40 2 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 37022640 C A PAX5 CCDS6607.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 5 14.3 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 38303601 G A - - - - - - 25 0 0 37 6 16.2 17 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 38663941 A C - - - - - - 42 0 0 35 4 11.4 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.263815603 1.263815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 42871665 G C - - - - - - 17 0 0 20 3 15 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0001337 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 67827366 C G - - - - - - 50 0 0 54 5 9.3 50 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.181843972 0.181843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000806 1 0.221687443 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 76880269 T G - - - - - - 42 0 0 39 5 12.8 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 77983680 T G - - - - - - 33 0 0 45 4 8.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.880793103 0.880793103 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 78818401 A C PCSK5 ENST00000376754 r.? - - intronic 37 0 0 36 4 11.1 25 4 16 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.614751773 1.614751773 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 79335407 A G PRUNE2 CCDS47982.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 4 9.1 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.937702128 1.937702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 82270551 T A TLE4 CCDS43837.1 r.? - - intronic 40 0 0 36 4 11.1 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 0.262397163 0.262397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 85701364 A G - - - - - - 33 0 0 32 4 12.5 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 0.625716312 0.625716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 86622326 T A RMI1 CCDS6669.1 r.? - - downstream 25 0 0 39 7 17.9 25 3 12 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.771482759 1.771482759 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 92146693 G A - - - - - - 33 0 0 27 4 14.8 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 92158114 C A - - - - - - 30 0 0 39 5 12.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 94597008 G C ROR2 CCDS6691.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 4 11.1 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 94609740 C G ROR2 CCDS6691.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 4 8.7 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 0.312858156 0.312858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 94905142 C G - - - - - - 34 0 0 33 6 18.2 29 7 24.1 3 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 2.432219858 0.810739953 3 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.54E-08 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 98358413 C A - - - - - - 29 0 0 39 6 15.4 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.907425532 1.907425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 98524977 A G - - - - - - 29 0 0 31 4 12.9 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.276655172 1.276655172 1 2.190007092 1.095003546 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000177 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 99755242 G A HIATL2 ENST00000375223 r.? - - intronic 10 0 0 21 5 23.8 15 1 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.35537931 1.177689655 2 0.676177305 0.676177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.95E-08 1 0.072431031 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 100384959 C G TSTD2 CCDS6727.2 r.? - - intronic 38 0 0 35 9 25.7 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.543413793 0.847804598 3 0.655992908 0.655992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.23E-13 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 103687774 C G - - - - - - 43 0 0 39 3 7.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 105595819 G A - - - - - - 30 0 0 42 5 11.9 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.177689655 1.177689655 1 3.239595745 1.079865248 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 106023890 C G - - - - - - 31 0 0 41 5 12.2 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 0.716546099 0.716546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 110687796 C A - - - - - - 28 0 0 33 5 15.2 21 1 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 0.484425532 0.484425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.099912572 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 113458698 T C MUSK CCDS48005.1 r.? - - intronic 44 0 0 40 4 10 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 113823319 G A - - - - - - 37 0 0 31 7 22.6 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.23662069 1.118310345 2 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.85E-10 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 114772316 C T - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.128206897 1.128206897 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 115208785 C T HSDL2 CCDS43864.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 6 12.5 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000016 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 115253745 C G KIAA1958 CCDS35108.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 7 20.6 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.038689655 1.019344828 2 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 115720350 C G - - - - - - 39 0 0 34 5 14.7 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.454793103 1.454793103 1 1.725765957 1.725765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 115749519 A G - - - - - - 33 0 0 42 7 16.7 24 2 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.81E-09 1 0.006413403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 116165302 T C ALAD CCDS6794.2 r.? - - upstream 36 0 0 34 7 20.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.038689655 1.019344828 2 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.73E-10 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 120843596 C G - - - - - - 28 0 0 44 8 18.2 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.801172414 1.801172414 1 0.504609929 0.504609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.90E-11 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 121415981 C T - - - - - - 29 0 0 39 6 15.4 20 2 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.004473894 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 121533242 G T - - - - - - 40 0 0 37 7 18.9 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.870448276 1.870448276 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.05E-10 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 121950280 G T DBC1 CCDS6822.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 5 12.5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 122113799 C G DBC1 CCDS6822.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 6 17.1 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.692310345 1.692310345 1 0.595439716 0.595439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 122363069 G A - - - - - - 44 0 0 32 4 12.5 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 122754652 G T - - - - - - 35 0 0 36 4 11.1 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 123521661 G A FBXW2 CCDS43872.1 r.? - - downstream 41 0 0 39 5 12.8 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0.534886525 0.534886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 128895015 A C - - - - - - 42 0 0 39 6 15.4 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 129810796 C G RALGPS1 CCDS35143.1 r.? - - intronic 35 0 0 27 4 14.8 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.464689655 1.464689655 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00001 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 131923191 C T - - - - - - 10 0 0 27 7 25.9 21 2 9.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.563206897 0.854402299 3 0.958758865 0.958758865 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.36E-11 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 133644287 T G ABL1 CCDS35165.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 5 14.3 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.937702128 1.937702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 135007549 A T - - - - - - 32 0 0 23 6 26.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.583 0.861 3 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.47E-09 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 136268978 C G C9orf96 CCDS35169.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 3 11.5 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138103448 1.138103448 1 1.756042553 1.756042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000298167 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 139338550 C A INPP5E CCDS7000.1 r.? - - upstream 39 0 0 47 6 12.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.266758621 1.266758621 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 3665409 G T - - - - - - 26 0 0 26 5 19.2 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.708137931 1.708137931 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000188 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 4584645 A G - - - - - - 32 0 0 34 6 17.6 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.565793103 1.565793103 1 0.481886525 0.481886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.86E-08 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 5444647 G A - - - - - - 51 0 0 37 4 10.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 5893531 G T NLGN4X CCDS14126.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 4 10.8 23 2 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.791021277 0.791021277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00589844 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 6387147 G T - - - - - - 43 0 0 46 8 17.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.548 1.548 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.61E-11 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 6743490 T G - - - - - - 36 0 0 35 3 8.6 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 8431918 A C VCX3B CCDS48077.1 r.? - - upstream 49 0 0 37 4 10.8 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 8904648 C T - - - - - - 43 0 0 39 7 17.9 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 53499387 C G SOAT2 CCDS8847.1 r.406c>g c.318C>G p.I106M missense 31 0 0 38 2 5.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 11259549 A T ARHGAP6 CCDS14140.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 4 8 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.711724138 0.711724138 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 13353899 A T - - - - - - 27 0 0 42 3 7.1 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 14947795 A C - - - - - - 29 0 0 32 4 12.5 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 15423109 C A PIR CCDS14167.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 4 10.3 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 16397981 A C - - - - - - 30 0 0 37 4 10.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 20654829 A G - - - - - - 40 0 0 48 5 10.4 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.925241379 0.925241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 21715941 A C - - - - - - 37 0 0 44 5 11.4 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 23123786 A G - - - - - - 30 0 0 43 5 11.6 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.032 1.032 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000257 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 23329952 C T - - - - - - 25 0 0 33 5 15.2 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.352275862 1.352275862 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 24881681 T A POLA1 CCDS14214.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 4 10.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 26849305 T G - - - - - - 29 0 0 34 3 8.8 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 27300189 C T - - - - - - 36 0 0 46 5 10.9 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 28019653 C A - - - - - - 23 0 0 36 6 16.7 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.485724138 1.485724138 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 28689953 T G IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 41 0 0 36 4 11.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 28766649 C A IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 46 0 0 32 4 12.5 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 29955265 C G IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 4 10.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 33041573 C T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 23 0 0 43 6 14 31 1 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.290950355 0.290950355 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.143917729 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 33355028 A C DMD ENST00000288447 r.? - - intronic 27 0 0 35 3 8.6 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 33694283 G T - - - - - - 34 0 0 30 4 13.3 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 34254552 T G - - - - - - 42 0 0 39 4 10.3 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 35806636 A T - - - - - - 33 0 0 44 4 9.1 29 1 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.309134752 0.309134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 43562567 C A MAOA CCDS14260.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 5 14.3 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 45590839 C G - - - - - - 32 0 0 22 4 18.2 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.619172414 1.619172414 1 0.463702128 0.463702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000425 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 47668515 G T - - - - - - 26 0 0 47 6 12.8 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 48356022 G C - - - - - - 24 0 0 43 6 14 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 48763591 C G SLC35A2 CCDS43937.1 r.? - - intronic 41 0 0 25 4 16 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.423448276 1.423448276 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 49585666 A G - - - - - - 36 0 0 47 4 8.5 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 50567941 C T - - - - - - 24 0 0 45 6 13.3 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.727375887 0.727375887 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 50884124 T G - - - - - - 31 0 0 37 4 10.8 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 1.263815603 1.263815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 50996109 T A - - - - - - 35 0 0 34 5 14.7 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307793103 1.307793103 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000771 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 51169191 T C - - - - - - 31 0 0 35 6 17.1 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 51702170 T A - - - - - - 25 0 0 38 4 10.5 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 54574054 T C GNL3L CCDS14360.1 r.? - - intronic 23 0 0 36 4 11.1 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 55144706 G C - - - - - - 26 0 0 39 8 20.5 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.823793103 1.823793103 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 55604496 A G - - - - - - 40 0 0 41 5 12.2 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 62053743 G T - - - - - - 32 0 0 37 4 10.8 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.245489362 0.245489362 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 63558451 G C MTMR8 CCDS14379.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 4 11.8 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 63688535 A C - - - - - - 26 0 0 37 4 10.8 33 1 3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.272765957 0.272765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 63907354 C G - - - - - - 28 0 0 41 4 9.8 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.436567376 1.436567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 64510089 T C - - - - - - 29 0 0 37 5 13.5 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 66275220 A T - - - - - - 27 0 0 36 5 13.9 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 66449968 A T - - - - - - 42 0 0 41 4 9.8 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.272765957 0.272765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 68135883 G A - - - - - - 33 0 0 47 5 10.6 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 69885997 A C TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 3 7.3 20 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 69967817 A C TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 73957299 G T KIAA2022 CCDS35337.1 r.7144c>a c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 36 5 13.9 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 78993596 C G - - - - - - 36 0 0 44 5 11.4 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 80635305 C T - - - - - - 27 0 0 44 6 13.6 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 80801690 A T - - - - - - 42 0 0 40 4 10 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 81759878 A C - - - - - - 36 0 0 44 4 9.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 83033530 T A - - - - - - 24 0 0 43 4 9.3 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 83033531 G T - - - - - - 23 0 0 44 4 9.1 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 83323084 T A RPS6KA6 CCDS14451.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 5 10.6 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.943034483 0.943034483 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000402 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 84302330 T C APOOL CCDS48138.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 5 12.2 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.08537931 1.08537931 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000202 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 86609493 C G - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 86610378 T C - - - - - - 28 0 0 32 10 31.2 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 2.775724138 1.387862069 2 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.70E-16 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 86894852 A G KLHL4 CCDS14457.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 5 11.4 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.582042553 1.582042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 87358158 G T - - - - - - 28 0 0 42 5 11.9 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 88498166 G A - - - - - - 14 0 0 24 5 20.8 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.850482759 1.850482759 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000123 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 88564116 A C - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 89020300 C G - - - - - - 31 0 0 41 4 9.8 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.363829787 1.363829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 90370342 C T - - - - - - 37 0 0 46 5 10.9 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.969724138 0.969724138 1 1.163801418 1.163801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000361 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 90538914 C G - - - - - - 43 0 0 40 6 15 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 91720751 C T PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 24 0 0 42 6 14.3 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 2.200312057 1.100156028 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 92957985 G A FAM133A CCDS14466.1 r.? - - intronic 27 0 0 41 4 9.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0.554624113 0.554624113 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 93527732 C G - - - - - - 41 0 0 38 4 10.5 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 94210841 G T - - - - - - 26 0 0 42 6 14.3 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 94260276 A G - - - - - - 31 0 0 40 5 12.5 19 1 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.481886525 0.481886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 94644344 T A - - - - - - 22 0 0 55 5 9.1 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.518255319 0.518255319 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000883 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 95456417 A G - - - - - - 34 0 0 37 6 16.2 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 95863009 G C - - - - - - 35 0 0 41 4 9.8 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 96975967 T A - - - - - - 36 0 0 44 4 9.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 98970573 C T - - - - - - 32 0 0 40 7 17.5 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 99718015 A C - - - - - - 27 0 0 36 4 11.1 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 100480030 A T DRP2 CCDS14480.2 r.? - - intronic 32 0 0 27 3 11.1 33 3 9.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 103371529 A T MCART6 CCDS35363.1 r.? - - intronic 25 0 0 43 4 9.3 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 104707408 A G IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 4 8.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000102016 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 105215244 T C - - - - - - 31 0 0 39 4 10.3 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.916344828 0.916344828 1 0.409148936 0.409148936 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 105867346 T G CXorf57 CCDS14519.1 r.? - - intronic 31 0 0 37 4 10.8 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 106554230 C T - - - - - - 28 0 0 38 5 13.2 38 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.173434892 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 107108281 A G MID2 CCDS14532.2 r.? - - intronic 41 0 0 45 4 8.9 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.281858156 0.281858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 107521063 C T COL4A6 CCDS14542.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 5 17.2 27 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.530206897 1.530206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 108038258 C T - - - - - - 44 0 0 40 7 17.5 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.556896552 1.556896552 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.26E-09 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 109419687 C T TMEM164 CCDS14550.2 r.4238c>u c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 35 6 17.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.24E-08 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 112153989 T C - - - - - - 26 0 0 35 4 11.4 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 114299051 T G - - - - - - 34 0 0 37 3 8.1 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 115064783 T A - - - - - - 24 0 0 40 4 10 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 115661580 G T - - - - - - 33 0 0 34 4 11.8 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 115824996 T C - - - - - - 40 0 0 47 6 12.8 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000141 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 118258852 A C KIAA1210 CCDS48156.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 6 15.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 119362381 G A - - - - - - 23 0 0 32 4 12.5 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 121557888 T A - - - - - - 42 0 0 45 4 8.9 21 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 121632540 C G - - - - - - 17 0 0 25 3 12 20 1 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.067586207 1.067586207 1 0.454609929 0.454609929 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.09538952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 121834263 C T - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.049793103 1.049793103 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 123370724 T G - - - - - - 24 0 0 38 4 10.5 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 123695713 G A ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 46 0 0 37 5 13.5 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.201034483 1.201034483 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000119 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 123904981 G C ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 3 10 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 123980877 T A ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 5 14.3 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 124043206 A T ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 5 13.2 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.336411348 0.336411348 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 124424458 T G - - - - - - 41 0 0 30 4 13.3 30 1 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.300042553 0.300042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.139615808 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 124488355 A G - - - - - - 36 0 0 40 5 12.5 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 126032494 A T - - - - - - 40 0 0 40 6 15 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 128288782 T A - - - - - - 32 0 0 37 3 8.1 25 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 128450570 C G - - - - - - 32 0 0 43 6 14 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 128768982 A C - - - - - - 38 0 0 38 3 7.9 30 2 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.609177305 0.609177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.009909649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 129722936 C A - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000108 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 130038007 C A ENOX2 CCDS14626.1 r.? - - upstream 28 0 0 39 5 12.8 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.138758621 1.138758621 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 130058109 T A - - - - - - 35 0 0 40 3 7.5 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 131656223 T A - - - - - - 33 0 0 40 4 10 32 2 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 0.563716312 0.563716312 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.011224977 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 133026199 G C GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 7 15.9 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.414551724 1.414551724 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.55E-09 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 133124368 G C GPC3 CCDS14638.1 r.? - - upstream 29 0 0 50 7 14 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 134321955 C G - - - - - - 35 0 0 42 5 11.9 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.058689655 1.058689655 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 135148581 C G - - - - - - 36 0 0 38 4 10.5 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.934137931 0.934137931 1 0.263673759 0.263673759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 135978202 G A - - - - - - 26 0 0 28 5 17.9 28 2 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.592482759 1.592482759 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000279 1 0.008668191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 139928739 G C - - - - - - 39 0 0 44 6 13.6 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209931034 1.209931034 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 9.37E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 141015357 G T - - - - - - 31 0 0 46 4 8.7 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 142228500 A T - - - - - - 40 0 0 35 4 11.4 28 1 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.327319149 0.327319149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.130947004 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 142424983 T C - - - - - - 40 0 0 44 5 11.4 29 2 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 0.627361702 0.627361702 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000288 1 0.009279585 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 142645034 T C - - - - - - 23 0 0 32 5 15.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.387862069 1.387862069 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 144680507 C T - - - - - - 32 0 0 32 6 18.8 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 145308655 T A - - - - - - 35 0 0 45 4 8.9 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 145408398 A G - - - - - - 31 0 0 41 7 17.1 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.521310345 1.521310345 1 0.427333333 0.427333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.51E-09 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 145425431 A G - - - - - - 35 0 0 45 4 8.9 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791793103 0.791793103 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 146314966 C A MIR506 ENST00000384998 r.? - - upstream 33 0 0 32 6 18.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.672551724 1.672551724 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1.27E-08 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 147417674 C T - - - - - - 30 0 0 37 4 10.8 39 1 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 0.236397163 0.236397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.177567718 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 147845132 C T AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 41 0 0 36 4 11.1 31 2 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.590992908 0.590992908 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.010558179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 148706284 C T HSFX2 CCDS48179.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 7 14.3 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.58E-09 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 149313998 G A - - - - - - 31 0 0 36 5 13.9 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.23662069 1.23662069 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 149345922 T G - - - - - - 28 0 0 40 5 12.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 149822965 T G MTM1 CCDS14694.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 4 15.4 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.370068966 1.370068966 1 0.991049645 0.991049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 149967330 C G CD99L2 CCDS35427.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 4 11.1 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.536439716 0.536439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 150961109 C G - - - - - - 40 0 0 49 7 14.3 21 2 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.58E-09 1 0.004928472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 151494131 A C GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 4 8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.711724138 0.711724138 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000119787 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 153261894 C G - - - - - - 33 0 0 32 4 12.5 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 0.672822695 0.672822695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 154024198 G A MPP1 CCDS14762.1 r.? - - intronic 41 0 0 29 5 17.2 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.530206897 1.530206897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 1741359 A G GNB1 CCDS34.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 3 7.7 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.705179174 0.705179174 1 1.245609474 1.245609474 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 3484901 C T MEGF6 CCDS41237.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 2 6.7 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.613597463 0.613597463 1 1.498477562 1.498477562 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 3644502 G A TP73 CCDS49.1 r.? - - intronic 44 0 0 36 4 11.1 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 1.01655699 1.01655699 1 1.498477562 1.498477562 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 5566024 G C - - - - - - 38 0 0 55 3 5.5 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.50369941 0.50369941 1 1.938655346 1.938655346 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.002700822 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 6548548 A G PLEKHG5 CCDS41240.1 r.? - - intronic 23 0 0 32 1 3.1 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.283903304 0.283903304 1 2.55677734 1.124705442 2.273286182 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.14819814 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 6678874 T G PHF13 CCDS85.1 r.? - - intronic 39 0 0 31 2 6.5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.595281121 0.595281121 1 1.067665263 1.067665263 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 10256289 A T - - - - - - 26 0 0 34 3 8.8 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.805919055 0.805919055 1 1.610863379 1.610863379 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 11271031 A T MTOR CCDS127.1 r.? - - intronic 19 0 0 45 1 2.2 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.201479764 0.201479764 1 0.777335235 0.777335235 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.201934322 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 11449451 T G - - - - - - 39 0 0 36 2 5.6 45 6 13.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.512857581 0.512857581 1 1.245609474 1.245609474 1 0 NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 13977451 C G - - - - - - 41 0 0 42 3 7.1 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.650230147 0.650230147 1 1.077030748 1.077030748 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 14878021 G C - - - - - - 36 0 0 35 2 5.7 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.522015752 0.522015752 1 1.826269529 1.826269529 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.013332991 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 14904047 G C - - - - - - 29 0 0 36 1 2.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.25642879 0.25642879 1 1.208147534 1.208147534 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 19332544 A G - - - - - - 37 0 0 39 3 7.7 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.705179174 0.705179174 1 2.004213739 2.004213739 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000998458 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 30676848 G C - - - - - - 35 0 0 29 0 0 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0 NA 0 0.880355568 0.880355568 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 33162830 G C SYNC CCDS367.2 r.? - - intronic 16 0 0 24 1 4.2 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.384643186 0.384643186 1 0.964644931 0.964644931 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 0.113346489 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 34869123 T A - - - - - - 34 0 0 26 0 0 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0 NA 0 1.217513019 1.217513019 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 35651987 G C SFPQ CCDS388.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 2 4.9 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.448750383 0.448750383 1 0.936548476 0.936548476 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 46826258 G C NSUN4 CCDS534.1 r.? - - intronic 28 0 0 40 3 7.5 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.686862831 0.686862831 1 1.564035955 1.564035955 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 51448955 A C - - - - - - 38 0 0 44 2 4.5 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.412117699 0.412117699 1 0.852259113 0.852259113 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.020580492 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 54655412 T A CYB5RL CCDS44151.1 r.? - - intronic 23 0 0 31 2 6.5 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.595281121 0.595281121 1 1.077030748 1.077030748 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 63176137 A C - - - - - - 33 0 0 48 3 6.2 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.567806607 0.567806607 1 0.908452022 0.908452022 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001827434 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 63408895 A T - - - - - - 33 0 0 35 2 5.7 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.522015752 0.522015752 1 0.852259113 0.852259113 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 65372632 G C JAK1 CCDS41346.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 1 3.6 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.329694159 0.329694159 1 1.938655346 1.938655346 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.130947004 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 65936132 G C LEPR CCDS631.1 r.? - - intronic 45 0 0 34 3 8.8 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.805919055 0.805919055 1 1.638959834 1.638959834 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000666058 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 69804050 T A - - - - - - 37 0 0 41 1 2.4 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.219796106 0.219796106 1 1.170685595 1.170685595 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 74627873 G C LRRIQ3 CCDS41350.1 r.? - - intronic 32 0 0 30 2 6.7 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.613597463 0.613597463 1 1.00210687 1.00210687 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 78416808 C T FUBP1 CCDS683.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 1 2.4 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.219796106 0.219796106 1 1.105127202 1.105127202 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 84607205 A T PRKACB CCDS691.1 r.? - - intronic 43 0 0 29 2 6.9 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.631913805 0.631913805 1 0.777335235 0.777335235 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 91036016 T A - - - - - - 27 0 0 42 1 2.4 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.219796106 0.219796106 1 0.702411357 0.702411357 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.189842622 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 92883583 T C - - - - - - 31 0 0 41 2 4.9 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.448750383 0.448750383 1 0.974010415 0.974010415 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 93127148 T C EVI5 CCDS30774.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 3 7.5 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.686862831 0.686862831 1 0.9833759 0.9833759 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 105766810 T G - - - - - - 35 0 0 27 2 7.4 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.67770466 0.67770466 1 1.564035955 1.564035955 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 116495375 C G - - - - - - 32 0 0 34 1 2.9 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.265586961 0.265586961 1 2.18215795 0.959913436 2.273286182 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.156694864 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 117203902 G A IGSF3 CCDS30813.1 r.? - - intronic 40 0 0 39 1 2.6 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.238112448 0.238112448 1 0.936548476 0.936548476 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 142929940 A T - - - - - - 66 0 0 74 1 1.4 51 3 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.261619361 4.273286182 2 2 2 2 0.738380639 0.726713818 3 3 2 2 0.261619361 0.273286182 0.128214395 0.128214395 1 0.552563601 0.552563601 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.309906439 1 0.002175924 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 150056054 T G VPS45 CCDS944.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 6 16.7 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.709503087 1.709503087 1 2.826612546 0.942204182 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 2.68E-08 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 152644331 A G LCE2C CCDS1019.1 r.? - - upstream 43 0 0 45 3 6.7 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.685848544 0.685848544 1 1.413306273 1.413306273 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 153945956 C T CREB3L4 CCDS1056.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 2 4.3 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.440171454 0.440171454 1 1.109707148 1.109707148 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 153945961 C G CREB3L4 CCDS1056.1 r.? - - intronic 26 0 0 46 2 4.3 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.440171454 0.440171454 1 0.931735247 0.931735247 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 154304337 A C ATP8B2 CCDS1066.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 2 4.9 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.501590726 0.501590726 1 1.088769277 1.088769277 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 154941735 C G SHC1 CCDS44233.1 r.? - - intronic 20 0 0 40 4 10 53 8 15.1 146 0 0 355 40 11.3 166 23 13.9 TRUE TRUE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.023654543 1.023654543 1 1.580809239 1.580809239 1 1.156729634 1.156729634 1 1.455182015 1.056979112 1.376736776 3 6 1 1 0.0000495 2.49E-40 2.83E-10 5.42E-26 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 156085242 C G LMNA CCDS1129.1 r.? - - intronic 28 0 0 24 0 0 38 5 13.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0 NA 0 1.381899467 1.381899467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 158252900 C A - - - - - - 43 0 0 39 3 7.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.788213998 0.788213998 1 1.685498593 1.685498593 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 159736872 T C - - - - - - 41 0 0 46 3 6.5 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.665375453 0.665375453 1 1.30861692 1.30861692 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 161499417 A G HSPA7 CCDS1231.1 r.? - - downstream 27 0 0 31 3 9.7 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.992944907 0.992944907 1 1.30861692 1.30861692 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 161576644 C G FCGR2B ENST00000367962 r.? - - intronic 34 0 0 27 3 11.1 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.136256543 1.136256543 1 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 163728998 A C - - - - - - 35 0 0 20 1 5 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.511827272 0.511827272 1 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.09538952 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 165389906 C A RXRG CCDS1248.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 1 2.7 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.276386727 0.276386727 1 1.099238213 1.099238213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.169281299 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 105418567 C T AHNAK2 CCDS45177.1 r.3341g>a c.3221G>A p.G1074E missense 29 0 0 42 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 171398017 G T - - - - - - 17 0 0 34 3 8.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.900815998 0.900815998 1 1.392368403 1.392368403 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 173731959 C A KLHL20 CCDS1310.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 4 11.8 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.207912361 1.207912361 1 1.905346235 1.905346235 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 174451257 A G RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0 NA 0 0.973610988 0.973610988 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 177475378 C G - - - - - - 39 0 0 58 1 1.7 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.174021272 0.174021272 1 1.30861692 1.30861692 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.252280541 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 186564049 C T - - - - - - 27 0 0 31 5 16.1 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 1.648083815 1.648083815 1 2.994115512 0.998038504 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000476 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189068097 C T - - - - - - 35 0 0 43 2 4.7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.481117635 0.481117635 1 1.193458631 1.193458631 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189305592 A G - - - - - - 29 0 0 33 2 6.1 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.624429271 0.624429271 1 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 189875737 C T - - - - - - 30 0 0 45 4 8.9 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.911052544 0.911052544 1 2.240352166 0.942616864 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000791 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 193842567 C A - - - - - - 34 0 0 31 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0 0 1 1.162051825 1.162051825 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 195149006 A T - - - - - - 34 0 0 30 2 6.7 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.339993709 5.376736776 3 3 2 2 0.660006291 0.623263224 4 4 2 2 0.339993709 0.376736776 0.685848544 0.685848544 1 2.240352166 0.942616864 2.376736776 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 197281222 G C CRB1 CCDS1390.1 r.? - - intronic 47 0 0 37 2 5.4 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.554594122 0.554594122 1 1.044199052 1.044199052 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 197315815 C G CRB1 CCDS1390.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 3 6.2 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.636756214 0.636756214 1 1.127734977 1.127734977 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001827434 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 197908102 C T LHX9 CCDS30962.1 r.? - - downstream 36 0 0 33 2 6.1 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.626485953 0.626485953 1 1.963094219 1.963094219 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 203507269 G C - - - - - - 29 0 0 34 3 8.8 35 6 17.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.903783014 0.903783014 1 1.78558038 1.78558038 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 206206862 G A - - - - - - 31 0 0 31 3 9.7 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.996215367 0.996215367 1 1.921326256 1.921326256 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 207580049 C T - - - - - - 29 0 0 34 2 5.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.60594543 0.60594543 1 1.232154882 1.232154882 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 209357054 G C - - - - - - 37 0 0 38 2 5.3 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.544323861 0.544323861 1 1.075525024 1.075525024 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213146581 A C VASH2 CCDS1511.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 1 2.3 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.236216015 0.236216015 1 1.545414598 1.545414598 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.197923942 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 213146582 T C VASH2 CCDS1511.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 1 2.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.236216015 0.236216015 1 1.493204645 1.493204645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.197923942 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 214152076 C T PROX1 ENST00000471129 r.? - - upstream 34 0 0 43 1 2.3 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.236216015 0.236216015 1 1.566298579 1.566298579 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.193893409 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 214240647 G A - - - - - - 37 0 0 34 3 8.8 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.903783014 0.903783014 1 1.628950522 1.628950522 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 223244912 G T - - - - - - 41 0 0 42 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0 0 1 1.451436683 1.451436683 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 223886277 G C CAPN2 ENST00000434648 r.? - - upstream 38 0 0 27 2 7.4 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.759999352 0.759999352 1 1.681160474 1.681160474 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 225639380 G A - - - - - - 33 0 0 38 3 7.9 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.81135066 0.81135066 1 1.378342749 1.378342749 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 227055551 C G PSEN2 CCDS1556.1 r.? - - upstream 30 0 0 25 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0 0 1 1.79602237 1.79602237 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 230615664 T C - - - - - - 38 0 0 46 1 2.2 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.225945753 0.225945753 1 2.025746162 1.012873081 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.205924651 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 231010254 C A - - - - - - 30 0 0 41 2 4.9 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.503242814 0.503242814 1 1.420110711 1.420110711 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 231890733 A G DISC1 CCDS31055.1 r.? - - intronic 42 0 0 43 2 4.7 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.482702291 0.482702291 1 1.451436683 1.451436683 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 232675251 C A SIPA1L2 CCDS41474.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 3 8.6 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.883242491 0.883242491 1 1.900442275 1.900442275 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 240468241 G A FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 56 1 1.8 55 3 5.5 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.564864384 0.564864384 1 2.704475546 1.02047669 2.650208058 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.244746891 1 0.002700822 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 240927612 T A - - - - - - 34 0 0 40 1 2.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.256756538 0.256756538 1 1.075525024 1.075525024 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 242847840 A G - - - - - - 24 0 0 37 4 10.8 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.109188244 1.109188244 1 2.318121896 2.318121896 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 243913910 G T AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 23 0 0 24 2 8.3 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.852431706 0.852431706 1 1.869116304 1.869116304 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006413403 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 245437390 C A KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 20 0 0 32 3 9.4 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.965404583 0.965404583 1 2.432983792 0.918035014 2.650208058 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 57549325 A T CCDC102A CCDS10784.1 r.1698u>a c.1451T>A p.L484Q missense 25 0 0 30 2 6.7 19 4 21.1 91 0 0 183 9 4.9 89 6 6.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 2.129453901 2.129453901 1 0.484931034 0.484931034 1 0.676177305 0.676177305 1 3 5 1 1 0.009909649 0.000000464 0.00000228 0.00000637 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 1 245921771 C A SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 3 7.3 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 0.749729091 0.749729091 1 0.971105119 0.971105119 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 1 246842782 C G - - - - - - 37 0 0 30 3 10 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.373709796 5.349791942 3 3 2 2 0.626290204 0.650208058 3 3 3 3 0.373709796 0.349791942 1.027026152 1.027026152 1 2.506077726 0.945615465 2.650208058 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 630871 C T DIP2C CCDS7054.1 r.? - - intronic 27 1 3.7 21 3 14.3 21 6 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 2.600368794 1.300184397 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.126579904 1 0.000155401 1 7.95E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 3802454 T G - - - - - - 24 0 0 32 3 9.4 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.836275862 0.836275862 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 4476036 A G - - - - - - 39 0 0 39 2 5.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 6070818 C T IL2RA CCDS7076.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 2 5.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.507103448 0.507103448 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 6635303 C G - - - - - - 37 0 0 22 2 9.1 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.005403392 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 6946209 A T - - - - - - 36 0 0 29 5 17.2 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.530206897 1.530206897 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000336 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 7561778 A C - - - - - - 35 0 0 40 1 2.5 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.222413793 0.222413793 1 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 7897309 G C TAF3 CCDS41487.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 3 7.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 10555290 A T - - - - - - 36 0 0 38 2 5.3 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 0.991049645 0.991049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 11176841 G A CELF2 CCDS44354.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 3 7.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 12534276 T C CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 18 0 0 28 3 10.7 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.951931034 0.951931034 1 1.882085106 1.882085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 23502058 A C C10orf115 ENST00000399806 r.? - - intronic 45 0 0 39 1 2.6 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 0.927404255 0.927404255 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 24011316 T A KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 1 2.4 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.213517241 0.213517241 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.189842622 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 38030124 C A - - - - - - 42 0 0 54 3 5.6 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.554206897 0.554206897 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00256299 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 44804222 C G - - - - - - 41 0 0 46 3 6.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 49920209 T G WDFY4 CCDS44385.1 r.? - - intronic 26 0 0 36 2 5.6 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 50750821 T C ERCC6 CCDS7229.1 r.? - - upstream 51 0 0 40 2 5 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.444827586 0.444827586 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 54392547 C T - - - - - - 44 0 0 42 3 7.1 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.47293617 1.47293617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 58050854 A T - - - - - - 44 0 0 46 1 2.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.195724138 0.195724138 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.205924651 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 66152863 G C - - - - - - 28 0 0 37 3 8.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 66998675 G A - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.882085106 1.882085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 67983747 G A CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 2 5.1 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 69062079 T C CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 2 5.6 30 4 13.3 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 71626346 C T COL13A1 CCDS44420.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 4 8.5 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.756206897 0.756206897 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 72593507 C A SGPL1 CCDS31216.1 r.? - - intronic 42 0 0 40 3 7.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 72748447 G C - - - - - - 30 0 0 45 2 4.4 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.391448276 0.391448276 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 73623137 C G - - - - - - 32 0 0 29 1 3.4 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.302482759 0.302482759 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 76988629 G A VDAC2 CCDS7348.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 3 8.6 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 77978271 G C C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 1 2.9 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 1.991191489 0.995595745 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 78262788 T A C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 2 4.8 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 79492225 G A - - - - - - 26 0 0 27 3 11.1 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.582042553 1.582042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 83621277 G C - - - - - - 39 0 0 42 4 9.5 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 84039463 C T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 1 2.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 88938878 C T FAM35A CCDS7383.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 1 2.8 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.163801418 1.163801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 89912604 C G - - - - - - 35 0 0 41 3 7.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 94103979 T G Mar-05 CCDS7420.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 2 5.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 97058514 C T - - - - - - 54 0 0 32 3 9.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.836275862 0.836275862 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 97596128 G A ENTPD1 CCDS7444.1 r.? - - intronic 43 0 0 40 3 7.5 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 100993911 C G HPSE2 CCDS7477.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 1 2.6 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 103937277 C G - - - - - - 49 0 0 31 1 3.2 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 105592401 T C SH3PXD2A CCDS31278.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 3 8.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 111030529 T C - - - - - - 47 0 0 28 1 3.6 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.356275862 0.356275862 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.130947004 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 114821603 C G TCF7L2 CCDS7576.1 r.? - - intronic 36 0 0 23 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 117285213 T A ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 1 2.8 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 132698145 C T - - - - - - 27 0 0 27 2 7.4 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.732344828 0.732344828 1 1.836780142 1.836780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 10 132960249 G T TCERG1L CCDS7662.2 r.? - - intronic 40 0 0 34 1 2.9 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 1.836780142 1.836780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.156694864 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 4677465 T A OR51E1 CCDS31358.2 r.? - - downstream 39 0 0 38 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 6668081 C T DCHS1 CCDS7771.1 r.? - - intronic 22 0 0 25 4 16 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 2.432219858 0.810739953 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 8505266 T C STK33 CCDS7789.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 1 2.8 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 11142777 C G - - - - - - 33 0 0 33 2 6.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 11552973 G C GALNTL4 CCDS7807.1 r.? - - intronic 22 0 0 39 2 5.1 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.504724138 0.504724138 1 2.442312057 0.814104019 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 15644138 C A - - - - - - 26 0 0 30 0 0 20 5 25 204 1 0.5 162 12 7.4 125 8 6.4 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.523049645 0.841016548 3 0.732344828 0.732344828 1 0.645900709 0.645900709 1 3 5 1 0.640326474 1 5.49E-11 4.55E-08 0.000000273 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 22426463 C A - - - - - - 33 0 0 45 2 4.4 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435448276 0.435448276 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 22737265 C G GAS2 CCDS7858.1 r.? - - intronic 43 0 0 29 3 10.3 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 23295788 G A - - - - - - 20 0 0 34 2 5.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 26774958 A C - - - - - - 37 0 0 32 2 6.2 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.272907801 1.272907801 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 27448385 C T LGR4 CCDS31449.1 r.? - - intronic 38 0 0 43 4 9.3 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 29253421 A T - - - - - - 41 0 0 40 6 15 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 2.100297872 1.050148936 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 3.30E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 34518997 G C ELF5 CCDS7892.1 r.? - - intronic 47 0 0 35 2 5.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.507103448 0.507103448 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 34817819 G T - - - - - - 35 0 0 46 3 6.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 35469741 T G PAMR1 CCDS7898.1 r.? - - intronic 41 0 0 43 0 0 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 35960563 A C - - - - - - 31 0 0 38 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 37849361 A T - - - - - - 42 0 0 45 2 4.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.391448276 0.391448276 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 44418947 G A - - - - - - 47 0 0 45 3 6.7 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 45881301 C G CRY2 CCDS7915.2 r.? - - intronic 26 0 0 24 2 8.3 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006413403 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 59806492 A G PLAC1L CCDS7979.1 r.? - - upstream 35 0 0 38 2 5.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 64035119 A G PLCB3 CCDS8064.1 r.3876a>g c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 28 4 14.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 65790023 G C CATSPER1 CCDS8127.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 1 2.9 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 2.063929078 2.063929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 79291176 C T - - - - - - 34 0 0 31 2 6.5 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.643275862 0.643275862 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 79725763 T C - - - - - - 32 0 0 40 0 0 21 5 23.8 244 0 0 126 17 13.5 160 12 7.5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.401943262 0.800647754 3 1.336034483 1.336034483 1 0.756914894 0.756914894 1 3 6 1 1 1 2.10E-19 5.95E-08 4.75E-11 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 11 84044357 A T DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 1 3 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.296896552 0.296896552 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.15245715 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 84706062 C G DLG2 CCDS44690.1 r.? - - intronic 33 0 0 25 0 0 20 3 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.513829787 1.513829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 88076417 T C - - - - - - 35 0 0 40 2 5 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.494827586 0.494827586 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 97046096 G C - - - - - - 31 0 0 39 3 7.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 102189092 G C BIRC3 CCDS8315.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 1 2.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.156694864 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 106317274 A G - - - - - - 44 0 0 33 2 6.1 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 109165749 T C - - - - - - 45 0 0 36 3 8.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 113289360 A T DRD2 CCDS8361.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 3 7.7 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 118841068 G C FOXR1 CCDS31688.1 r.? - - upstream 23 0 0 30 2 6.7 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 120732571 G C GRIK4 CCDS8433.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 1 3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.296896552 0.296896552 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.15245715 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 124083479 T C - - - - - - 36 0 0 29 3 10.3 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 2.42212766 0.807375887 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 11 131341518 G T OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 34 0 0 26 2 7.7 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 639884 A T B4GALNT3 CCDS8504.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 2 4.9 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.473023965 0.473023965 1 1.515147678 1.515147678 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 1921022 A G CACNA2D4 CCDS44785.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 3 9.1 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.878473078 0.878473078 1 1.820144938 1.820144938 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 2146132 G A CACNA1C ENST00000402845 r.? - - intronic 36 0 0 41 4 9.8 39 5 12.8 231 0 0 313 28 8.9 239 27 11.3 TRUE TRUE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.94604793 0.94604793 1 1.259343525 1.259343525 1 0.859165977 0.859165977 1 1.111764206 1.111764206 1 3 6 1 1 0.0000546 6.66E-26 0.00000156 8.80E-28 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 12 3045648 G T TULP3 CCDS8519.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 2 5.4 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.521291716 0.521291716 1 1.790629074 1.790629074 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 4233527 G A - - - - - - 30 0 0 51 3 5.9 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.756998579 4.746422706 2 2 2 2 0.243001421 0.253577294 3 3 2 2 0.756998579 0.746422706 0.569559468 0.569559468 1 1.436438708 1.436438708 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002175924 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 25867859 G C - - - - - - 29 0 0 26 1 3.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 28211446 G T - - - - - - 35 0 0 50 3 6 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.533793103 0.533793103 1 0.845574468 0.845574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002055544 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 32026825 A T - - - - - - 18 0 0 21 0 0 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 34119111 C T - - - - - - 43 0 0 32 2 6.2 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.963914894 0.981957447 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 49108006 G C CCNT1 CCDS8766.1 r.? - - intronic 44 0 0 30 0 0 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 49676161 G A AC125611.2 ENST00000514443 r.608c>u - - non-coding variant 29 0 0 35 3 8.6 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.851103448 0.851103448 1 2.523049645 0.841016548 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 53378168 G T - - - - - - 35 0 0 31 2 6.5 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.643275862 0.643275862 1 2.159730496 1.079865248 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 7577539 G A TP53 CCDS11118.1 r.932c>u c.742C>T p.R248W missense 33 0 0 34 3 8.8 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 62471415 T A - - - - - - 41 0 0 42 2 4.8 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.475034483 0.475034483 1 0.817468085 0.817468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 63837383 A T - - - - - - 33 0 0 30 2 6.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 71598237 A C TSPAN8 CCDS8999.1 r.? - - intronic 40 0 0 41 2 4.9 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.484931034 0.484931034 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 75027260 C T - - - - - - 45 0 0 35 1 2.9 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 78119579 A T - - - - - - 37 0 0 40 1 2.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.247413793 0.247413793 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 79269467 A T SYT1 CCDS9017.1 r.? - - intronic 57 0 0 44 1 2.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 2 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.20462069 NA 0 1.332170213 1.332170213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.197923942 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 86348652 T G - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.918453901 1.918453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 104114306 G A STAB2 CCDS31888.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 2 5.9 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 107342631 T A - - - - - - 44 0 0 46 3 6.5 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 108008513 G C BTBD11 CCDS31893.1 r.? - - intronic 38 0 0 29 2 6.9 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613862069 0.613862069 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 108168023 G T ASCL4 CCDS31894.2 r.? - - upstream 39 0 0 51 1 2 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.177931034 0.177931034 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.225579006 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 110160180 A C - - - - - - 26 0 0 38 3 7.9 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 110417337 C G GIT2 CCDS9138.1 r.? - - intronic 27 0 0 49 2 4.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.364758621 0.364758621 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.025168485 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 115049011 G C - - - - - - 25 0 0 31 2 6.5 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.163801418 1.163801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 120020506 A G AC084881.2 ENST00000509470 r.? - - intronic 35 0 0 45 2 4.4 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.391448276 0.391448276 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 127915619 C G - - - - - - 34 0 0 26 1 3.8 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 129235247 A G - - - - - - 30 0 0 37 3 8.1 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 0.845574468 0.845574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 129967736 C T TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 4 13.3 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.445659574 1.445659574 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 130221520 C T TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 0 0 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 26091866 C G ATP8A2 CCDS41873.1 r.? - - intronic 40 0 0 31 2 6.5 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.643275862 0.643275862 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 26480759 T C ATP8A2 CCDS41873.1 r.? - - intronic 38 0 0 27 3 11.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 32788058 G T FRY CCDS41875.1 r.? - - intronic 42 0 0 29 2 6.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.682862069 0.682862069 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 35284042 C A - - - - - - 32 0 0 38 2 5.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.332170213 1.332170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 38309329 T C TRPC4 CCDS45037.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 1 3.1 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.306793103 0.306793103 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.14819814 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 49667367 C A FNDC3A CCDS41886.1 r.? - - intronic 45 0 0 39 3 7.7 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 56849443 T A - - - - - - 41 0 0 23 1 4.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.425551724 0.425551724 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.108890944 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 56858448 C A - - - - - - 40 0 0 38 2 5.3 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.594567376 1.594567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 60055920 T A - - - - - - 35 0 0 40 6 15 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.484482759 1.484482759 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 62918093 C A - - - - - - 35 0 0 37 3 8.1 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.80162069 0.80162069 1 1.836780142 1.836780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 64425234 T A - - - - - - 48 0 0 32 3 9.4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 67965253 A T - - - - - - 42 0 0 36 2 5.6 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.554206897 0.554206897 1 1.089957447 1.089957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 69210053 C G - - - - - - 33 0 0 37 2 5.4 35 6 17.1 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.725765957 1.725765957 1 9.896551724 3.298850575 3 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 0.000025 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 69218963 C G - - - - - - 44 0 0 32 2 6.2 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 71667264 G A - - - - - - 35 0 0 30 2 6.7 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 2.179914894 1.089957447 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 77151867 G C - - - - - - 34 0 0 34 3 8.8 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 2.129453901 2.129453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 86669148 C G - - - - - - 32 0 0 33 2 6.1 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 93536528 G C - - - - - - 23 0 0 24 1 4.2 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.415655172 0.415655172 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.113346489 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 93555896 G A - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 94678192 A T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 2 6.9 44 10 22.7 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.682862069 0.682862069 1 2.290929078 1.145464539 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 0.005 0.009279585 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 100559061 C G - - - - - - 40 0 0 38 2 5.3 33 6 18.2 165 0 0 172 14 8.1 114 8 7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.836780142 1.836780142 1 0.80162069 0.80162069 1 0.706453901 0.706453901 1 3 6 1 1 0.015598339 3.86E-13 1.54E-08 0.000000134 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 13 108588503 C G - - - - - - 28 0 0 39 2 5.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.504724138 0.504724138 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 13 113574817 T G MCF2L ENST00000375608 r.? - - intronic 20 0 0 25 2 8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791724138 0.791724138 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006948068 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 20404966 A G OR4K1 CCDS32025.1 r.? - - downstream 75 0 0 69 2 2.9 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.04704084 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 22105513 C G OR10G2 CCDS32047.1 r.? - - upstream 16 0 0 23 3 13 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.156551724 1.156551724 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000205387 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 22302925 C G - - - - - - 33 0 0 38 2 5.3 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 25472481 A T STXBP6 CCDS9634.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 3 8.8 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 25565645 C A - - - - - - 41 0 0 44 3 6.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 27922407 G A - - - - - - 36 0 0 46 2 4.3 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 1.263815603 1.263815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 28691468 C T - - - - - - 40 0 0 43 1 2.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.20462069 0.20462069 1 1.200170213 1.200170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.193893409 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 30171592 C A PRKD1 CCDS9637.1 r.? - - intronic 41 0 0 40 5 12.5 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000178 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 30548275 T C - - - - - - 38 0 0 28 3 10.7 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.951931034 0.951931034 1 1.454751773 1.454751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 36540239 C A - - - - - - 30 0 0 27 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.402815603 1.402815603 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 40299298 A T - - - - - - 34 0 0 39 4 10.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 40693904 T G - - - - - - 31 0 0 26 4 15.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.524068966 1.524068966 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000856 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 47698873 T A MDGA2 CCDS41948.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 1 2.8 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 49474313 G C - - - - - - 34 0 0 37 2 5.4 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 49485368 A G - - - - - - 39 0 0 35 2 5.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 51455918 G A TRIM9 CCDS9703.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 3 9.4 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 2.210191489 1.105095745 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 55984775 A G - - - - - - 39 0 0 31 3 9.7 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 66986411 G C GPHN CCDS9777.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 2 5.4 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 70044840 C G - - - - - - 37 0 0 35 1 2.9 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 71632634 C G - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 72726525 C A RGS6 CCDS9808.1 r.? - - intronic 28 0 0 33 3 9.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 77187456 G T - - - - - - 16 0 0 22 3 13.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.345931034 1.345931034 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000179267 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 87277724 T G - - - - - - 45 0 0 43 2 4.7 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 88246828 G A - - - - - - 35 0 0 33 3 9.1 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 88303597 G A - - - - - - 39 0 0 52 3 5.8 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.574 0.574 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002300591 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 91984346 A G - - - - - - 28 0 0 41 1 2.4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.237517241 0.237517241 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 100902932 C A WDR25 CCDS32157.1 r.? - - intronic 20 0 0 31 3 9.7 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.862965517 0.862965517 1 1.718425532 1.718425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 102360365 G A PPP2R5C CCDS9964.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 3 7.9 39 7 17.9 125 0 0 173 9 5.2 126 15 11.9 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 1.627503546 1.627503546 1 0.46262069 0.46262069 1 1.081971631 1.081971631 1 3 6 1 1 0.000925091 0.000000289 1.04E-09 1.87E-16 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 14 103712558 A T - - - - - - 39 0 0 31 2 6.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 104004339 T A TRMT61A CCDS41994.1 r.? - - downstream 39 0 0 33 2 6.1 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 14 104772992 G C - - - - - - 35 0 0 21 1 4.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.099912572 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 18150645 C G FLII CCDS11192.1 r.2566g>c c.2514G>C p.W838C missense 25 0 0 15 0 0 9 4 44.4 181 0 0 310 16 5.2 179 9 5 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 4.48093617 1.49364539 3 0.51462069 0.51462069 1 0.504609929 0.504609929 1 3 5 1 1 1 8.97E-12 7.72E-08 0.000000386 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 25033319 G T - - - - - - 31 0 0 41 2 4.9 33 5 15.2 196 0 0 72 4 5.6 173 6 3.5 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 1.382014184 1.382014184 1 0.498206897 0.498206897 1 0.31822695 0.31822695 1 3 5 1 1 0.018015855 0.000490365 0.00000066 0.000261597 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 25587092 A G UBE3A CCDS45191.1 r.? - - intronic 41 0 0 39 1 2.6 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 26800642 C T GABRB3 CCDS10019.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 0 0 26 5 19.2 234 0 0 365 16 4.4 185 17 9.2 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.745702128 1.745702128 1 0.391448276 0.391448276 1 0.83648227 0.83648227 1 1 5 1 1 1 1.00E-10 0.000000188 1.58E-16 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 28234849 C T OCA2 CCDS10020.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 3 7.3 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 29891031 G C - - - - - - 29 0 0 39 2 5.1 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 40549032 G A PAK6 CCDS10054.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 2 6.1 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 47042198 T C - - - - - - 34 0 0 35 2 5.7 21 5 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 2.401943262 0.800647754 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 5.95E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 47165898 G T - - - - - - 24 0 0 33 4 12.1 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.197482759 1.197482759 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 61574082 A G - - - - - - 40 0 0 33 1 3 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.326896552 0.326896552 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.15245715 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 62184789 G C VPS13C CCDS32257.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 4 10.8 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.176827586 1.176827586 1 1.342156028 1.342156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 63499367 A T RAB8B CCDS10183.1 r.? - - intronic 39 0 0 52 1 1.9 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.207034483 0.207034483 1 1.686014184 1.686014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.229451111 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 66162617 C G RAB11A CCDS10212.1 r.? - - intronic 25 0 0 29 0 0 25 4 16 99 0 0 204 16 7.8 68 5 7.4 TRUE TRUE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.774751773 1.774751773 1 0.849931034 0.849931034 1 0.820822695 0.820822695 1 3 6 1 1 1 1.48E-14 0.00000727 0.0000251 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 15 67270212 G A - - - - - - 30 0 0 34 4 11.8 20 4 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.285793103 1.285793103 1 2.218439716 2.218439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 70043742 A C - - - - - - 25 0 0 37 3 8.1 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.88262069 0.88262069 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 75605992 C T - - - - - - 38 0 0 34 4 11.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.285793103 1.285793103 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 76201192 C G FBXO22OS CCDS10287.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 3 6.4 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.69737931 0.69737931 1 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001719595 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 78190719 G C - - - - - - 26 0 0 43 3 7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762758621 0.762758621 1 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 79462472 A T - - - - - - 39 0 0 34 2 5.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.642896552 0.642896552 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 80054104 C A - - - - - - 41 0 0 30 2 6.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.730068966 0.730068966 1 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 80229937 G C - - - - - - 40 0 0 57 3 5.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.577517241 0.577517241 1 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002989991 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 80495372 G C - - - - - - 47 0 0 33 0 0 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.186865248 1.186865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 85492577 A G SLC28A1 CCDS10334.1 r.? - - downstream 41 0 0 42 1 2.4 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 3 3 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.261517241 0.261517241 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.189842622 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 15 99639641 C T - - - - - - 23 0 0 39 3 7.7 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.504957774 6 3 4 1 2 0.495042226 1 3 NA 2 NA 0.504957774 NA 0.723916231 0.723916231 1 1.630553191 1.630553191 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 5179482 A G - - - - - - 45 0 0 23 2 8.7 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.861 0.861 1 2.280836879 1.14041844 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00589844 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 5929987 G T - - - - - - 37 0 0 38 1 2.6 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 6548037 G T - - - - - - 33 0 0 27 0 0 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.159730496 1.079865248 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 11172542 G C CLEC16A CCDS45409.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 2 5.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 11492165 C G - - - - - - 31 0 0 38 2 5.3 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 16698950 C G - - - - - - 24 0 0 26 1 3.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.376068966 0.376068966 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 17249909 C G XYLT1 CCDS10569.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 3 11.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 20697879 C T ACSM1 CCDS10587.1 r.? - - intronic 43 0 0 30 2 6.7 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 46761729 C A MYLK3 CCDS10723.2 r.? - - intronic 17 0 0 30 2 6.7 37 4 10.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.089957447 1.089957447 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 49757625 C G ZNF423 CCDS32445.1 r.? - - intronic 51 0 0 29 2 6.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.682862069 0.682862069 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 52992692 G A ENSG00000236037 ENST00000416537 r.? - - downstream 30 0 0 29 1 3.4 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.336482759 0.336482759 1 2.099177305 2.099177305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 57235049 C T RSPRY1 CCDS10775.1 r.? - - intronic 29 0 0 18 1 5.6 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.554206897 0.554206897 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.086275114 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 57582877 A T GPR114 CCDS10785.1 r.? - - intronic 39 0 0 47 2 4.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.425551724 0.425551724 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.02328732 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 59439408 G T - - - - - - 22 0 0 21 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 59456639 C G - - - - - - 31 0 0 35 2 5.7 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 1.907425532 1.907425532 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 62045302 A G CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 48 0 0 38 0 0 30 5 16.7 183 0 0 245 6 2.4 117 3 2.6 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.685397163 1.685397163 1 0.237517241 0.237517241 1 0.262397163 0.262397163 1 3 5 1 1 1 0.001599472 0.000000401 0.021321371 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 16 80607577 C T AC108097.1 ENST00000507138 r.? - - upstream 26 0 0 39 3 7.7 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 80938935 G C - - - - - - 33 0 0 26 2 7.7 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.160602837 1.160602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 81520295 C G - - - - - - 35 0 0 30 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.06977305 1.06977305 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 83273871 C T CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 31 0 0 36 3 8.3 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 2.159730496 1.079865248 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 84252466 G C KCNG4 CCDS10945.1 r.? - - downstream 35 0 0 31 3 9.7 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 16 88082839 C T BANP CCDS10966.2 r.? - - intronic 32 0 0 22 2 9.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.005403392 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 4956047 A T - - - - - - 36 0 0 26 1 3.8 28 3 10.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.376068966 0.376068966 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 169348412 T C DDX60L CCDS47161.1 r.1960a>g c.1739A>G p.Q580R missense 44 0 0 38 2 5.3 26 6 23.1 240 0 0 66 2 3 178 11 6.2 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 2.331297872 1.165648936 2 0.296896552 0.296896552 1 0.625716312 0.625716312 1 3 5 1 1 0.015598339 0.043431387 3.30E-09 2.36E-09 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 16784364 T A - - - - - - 32 0 0 33 5 15.2 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.504275862 1.504275862 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000066 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 16988722 G A MPRIP CCDS32578.1 r.? - - intronic 32 0 0 27 0 0 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 17667542 G A RAI1 CCDS11188.1 r.? - - intronic 42 0 0 43 3 7 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.692758621 0.692758621 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 21751011 C A - - - - - - 30 0 0 24 2 8.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006413403 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 28882430 C G TBC1D29 CCDS32606.1 r.? - - upstream 37 0 0 38 3 7.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.781827586 0.781827586 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 33489886 C G UNC45B CCDS11292.1 r.? - - intronic 29 0 0 40 3 7.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 34293314 T G - - - - - - 33 0 0 42 3 7.1 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 35337330 A C AATF CCDS32632.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 3 6.7 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 40753466 C G FAM134C CCDS11432.1 r.? - - intronic 21 0 0 27 3 11.1 14 4 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 2.886368794 0.962122931 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.000000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 59384330 C G BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 38 0 0 27 3 11.1 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 1.896765957 1.896765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 62556033 T C SMURF2 CCDS32707.1 r.? - - intronic 26 0 0 15 1 6.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.730068966 0.730068966 1 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.072431031 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 62795517 A T PLEKHM1P ENST00000290422 r.? - - intronic 27 0 0 40 2 5 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.544827586 0.544827586 1 1.109219858 1.109219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 63150603 G C RGS9 CCDS42373.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 1 2.4 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.261517241 0.261517241 1 2.773049645 0.924349882 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 66815039 G C - - - - - - 29 0 0 46 3 6.5 39 7 17.9 271 0 0 246 32 13 220 36 16.4 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.708275862 0.708275862 1 1.985503546 0.992751773 2 1.416551724 0.708275862 2 1.819120567 0.909560284 2 3 6 1 1 0.001615827 1.23E-34 1.04E-09 1.63E-42 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b X 70316411 G C FOXO4 CCDS43969.1 r.365g>c c.33G>C p.E11D missense 32 0 0 28 1 3.6 24 4 16.7 133 0 0 241 18 7.5 116 6 5.2 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 1.518397163 1.518397163 1 0.667241379 0.667241379 1 0.472794326 0.472794326 1 3 5 1 1 0.130947004 8.12E-16 0.00000613 0.000029 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 17 76780173 G A CYTH1 CCDS42392.2 r.? - - upstream 24 0 0 37 4 10.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.176827586 1.176827586 1 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 80798996 T G TBCD CCDS45818.1 r.? - - intronic 17 0 0 25 1 4 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.117779757 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 80853689 C A TBCD CCDS45818.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 4 12.5 34 12 35.3 177 0 0 319 79 24.8 190 44 23.2 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 9.17E-107 1.21E-19 8.61E-59 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 18 868498 C G - - - - - - 38 0 0 29 1 3.4 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.336482759 0.336482759 1 0.793035461 0.793035461 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 1438863 T C - - - - - - 27 0 0 33 3 9.1 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 3 2 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 2.11206383 1.056031915 2 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000609557 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 9224593 G C ANKRD12 CCDS42411.1 r.? - - intronic 40 0 0 30 2 6.7 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 13224603 C G C18orf1 CCDS32793.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 2 6.5 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 14424717 T A - - - - - - 25 0 0 32 2 6.2 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 15310994 T C - - - - - - 34 0 0 41 1 2.4 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.213517241 0.213517241 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 24701686 G T CHST9 CCDS42422.1 r.? - - intronic 22 0 0 36 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 24838874 G C - - - - - - 33 0 0 40 0 0 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.582042553 1.582042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 26010716 G A - - - - - - 32 0 0 35 1 2.9 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 26405044 C T - - - - - - 41 0 0 49 3 6.1 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001939399 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 26469090 G C - - - - - - 47 0 0 36 1 2.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 28646566 T G DSC2 CCDS11892.1 r.4565a>c c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 43 3 7 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.622758621 0.622758621 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 28902867 A T DSG1 CCDS11896.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 1 3.8 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 1.945730496 1.945730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 31391709 A T - - - - - - 33 0 0 40 6 15 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.334482759 1.334482759 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 5.18E-08 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 32275396 C A DTNA CCDS45848.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 4 9.8 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.47293617 1.47293617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 34376679 C G C18orf10 CCDS32817.1 r.1420g>c c.? p.? 3'UTR variant 41 0 0 50 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 38789330 G T - - - - - - 44 0 0 36 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 39710686 A T - - - - - - 36 0 0 32 0 0 28 5 17.9 183 0 0 147 13 8.8 129 5 3.9 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.806503546 1.806503546 1 0.870896552 0.870896552 1 0.393595745 0.393595745 1 3 5 1 1 1 9.12E-13 0.000000279 0.000514532 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 18 42784318 G C - - - - - - 43 0 0 38 2 5.3 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 42999565 C A - - - - - - 37 0 0 32 3 9.4 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.291801418 1.291801418 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 51262834 T A - - - - - - 15 0 0 32 3 9.4 15 3 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 52914716 A C TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 2 6.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 68151685 G A AC013558.1 ENST00000511515 r.? - - intronic 38 0 0 39 3 7.7 28 4 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 73575502 A T - - - - - - 31 0 0 32 2 6.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 75958293 T A - - - - - - 44 0 0 43 2 4.7 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 18 77327055 C G - - - - - - 39 0 0 43 2 4.7 32 5 15.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 10393317 C A ICAM1 CCDS12231.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 1 3.4 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.336482759 0.336482759 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 11130797 C G SMARCA4 CCDS45971.1 r.? - - intronic 26 0 0 30 0 0 34 5 14.7 129 0 0 205 23 11.2 104 7 6.7 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.483553191 1.483553191 1 1.108413793 1.108413793 1 0.676177305 0.676177305 1 3 6 1 1 1 7.91E-24 0.000000771 0.00000109 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 19 11862906 C G - - - - - - 29 0 0 34 3 8.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.089957447 1.089957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 15986541 A C CYP4F2 CCDS12336.1 r.? - - downstream 39 0 0 32 1 3.1 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.306793103 0.306793103 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.14819814 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 16775690 A T C19orf42 CCDS12348.2 r.? - - upstream 35 0 0 44 3 6.8 41 4 9.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.087035461 1.087035461 1 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 16777156 G C TMEM38A CCDS12349.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 1 3 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.266896552 NA 0 2.085333333 2.085333333 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 20249366 A G ZNF90 ENST00000427401 r.? - - intronic 33 0 0 30 2 6.7 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.142496454 1.142496454 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 22018813 C T ZNF43 CCDS12413.2 r.? - - intronic 37 0 0 37 4 10.8 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.960827586 0.960827586 1 2.58448227 0.86149409 3 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000362 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 22161809 G A ZNF208 ENST00000397126 r.? - - intronic 35 0 0 42 2 4.8 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 2.151886525 1.075943262 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 22682182 C T - - - - - - 24 0 0 37 1 2.7 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.240206897 NA 0 2.052056738 2.052056738 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 23340818 T A - - - - - - 33 0 0 31 2 6.5 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.142496454 1.142496454 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 24302886 A T ZNF254 CCDS32983.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 2 4.9 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 1.586184397 1.586184397 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 30317390 T G CCNE1 CCDS12419.1 r.? - - downstream 35 0 0 32 2 6.2 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.774751773 1.774751773 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 31331360 A T - - - - - - 31 0 0 25 1 4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.355862069 NA 0 1.64164539 1.64164539 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.117779757 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 32267039 G C - - - - - - 45 0 0 36 2 5.6 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 0.987205674 0.987205674 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 41133987 G C LTBP4 ENST00000308370 r.? - - intronic 24 0 0 23 1 4.3 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 NA 0 1.342156028 1.342156028 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 41817070 T C HNRNPUL1 CCDS12576.1 r.? - - downstream 30 0 0 36 1 2.8 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 NA 0 1.109219858 1.109219858 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.165106833 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 42459555 G T RABAC1 CCDS12593.1 r.? - - downstream 33 0 0 26 3 11.5 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.023103448 1.023103448 1 1.79693617 1.79693617 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000298167 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 47754456 C G - - - - - - 40 0 0 26 2 7.7 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 2.351546099 1.17577305 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 48526298 C G ELSPBP1 CCDS12708.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 2 5.1 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.275602837 1.275602837 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 49063647 C T SULT2B1 CCDS12723.1 r.? - - intronic 19 0 0 23 2 8.7 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00589844 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 50016588 G C FCGRT CCDS12770.1 r.97g>c c.? p.? 5'UTR variant 21 0 0 23 0 0 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.218439716 2.218439716 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 50449717 T C SIGLEC11 CCDS12790.2 r.? - - downstream 42 0 0 42 2 4.8 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 1.164680851 1.164680851 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 153196239 C T NAA10 CCDS14737.1 r.767g>a c.448G>A p.D150N missense 34 0 0 31 1 3.2 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.72751773 1.72751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 153583325 C G FLNA CCDS48194.1 r.5322g>c c.5085G>C p.E1695D missense 41 0 0 30 4 13.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.183241379 1.183241379 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000154 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 52923611 A C ZNF528 CCDS33091.1 r.? - - downstream 21 0 0 33 1 3 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.266896552 NA 0 2.10751773 2.10751773 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 52923612 G C ZNF528 CCDS33091.1 r.? - - downstream 14 0 0 17 1 5.9 14 4 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 NA 0 3.172368794 1.057456265 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.081683532 1 0.000000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 55944004 C G SHISA7 CCDS46193.1 r.? - - downstream 32 0 0 30 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 2710007 C T - - - - - - 30 0 0 33 2 6.1 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.560155899 0.560155899 1 1.267215407 1.267215407 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 4305996 A G - - - - - - 43 0 0 30 1 3.3 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.303035158 0.303035158 1 1.013772326 1.013772326 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.139615808 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 6845094 C T - - - - - - 32 0 0 27 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0 NA 0 1.173347599 1.173347599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 10191405 C T KLF11 CCDS1668.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 5 13.9 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.276420819 1.276420819 1 1.445564242 1.445564242 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 12172305 C T - - - - - - 24 0 0 38 1 2.6 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.238754973 0.238754973 1 1.708394104 1.708394104 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 12526706 T G - - - - - - 28 0 0 40 2 5 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.459144179 0.459144179 1 1.42679068 1.42679068 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 12551268 T A - - - - - - 43 0 0 40 1 2.5 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.22957209 0.22957209 1 1.821035474 1.821035474 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 13165223 T C - - - - - - 39 0 0 36 4 11.1 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.019300078 1.019300078 1 0.957451641 0.957451641 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 13486908 T G - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.495875714 0.495875714 1 0.741555683 0.741555683 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 16882300 A T - - - - - - 35 0 0 42 2 4.8 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.440778412 0.440778412 1 0.938678079 0.938678079 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 18376602 T A - - - - - - 49 0 0 46 4 8.7 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.798910872 0.798910872 1 1.041932668 1.041932668 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 22058219 A G - - - - - - 32 0 0 33 1 3 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.275486508 NA 0 0.938678079 0.938678079 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 22926077 T A - - - - - - 34 0 0 45 3 6.7 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.615253201 0.615253201 1 1.445564242 1.445564242 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 24919704 G C NCOA1 CCDS1713.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 2 6.2 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.569338783 0.569338783 1 1.041932668 1.041932668 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 26636028 G T C2orf39 CCDS1723.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 1 2.7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.247937857 NA 0 1.07009301 1.07009301 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 34312233 A G - - - - - - 34 0 0 29 2 6.9 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.633618968 0.633618968 1 1.389243557 1.389243557 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 35625381 A T - - - - - - 34 0 0 28 1 3.6 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.330583809 NA 0 1.210894722 1.210894722 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 36160018 G A - - - - - - 29 0 0 34 1 2.9 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.266303624 NA 0 1.821035474 1.821035474 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.156694864 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 36211113 A C - - - - - - 27 0 0 35 2 5.7 22 6 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.523424365 0.523424365 1 2.562591156 1.11680076 2.29458221 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 1.09E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 39823893 C T - - - - - - 28 0 0 25 2 8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.734630687 0.734630687 1 1.013772326 1.013772326 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006948068 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 45382014 T C - - - - - - 34 0 0 45 7 15.6 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.43252984 1.43252984 1 1.511271707 1.511271707 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000003 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 54923564 T A - - - - - - 32 0 0 33 2 6.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.560155899 0.560155899 1 0.938678079 0.938678079 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 56728600 T A - - - - - - 44 0 0 33 2 6.1 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.560155899 0.560155899 1 1.77410157 1.77410157 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 58280318 G C VRK2 CCDS1859.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 2 4.3 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.394863994 0.394863994 1 1.933676843 1.933676843 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 62110323 C T CCT4 CCDS33206.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 2 6.5 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.596887433 0.596887433 1 1.248441845 1.248441845 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 63914211 A T - - - - - - 41 0 0 31 3 9.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.890739708 0.890739708 1 1.342309653 1.342309653 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 64331232 G C PELI1 CCDS1876.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 4 9.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.854008174 0.854008174 1 0.910517737 0.910517737 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 67977503 C G - - - - - - 30 0 0 38 3 7.9 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.725447804 0.725447804 1 0.938678079 0.938678079 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 70827136 C T - - - - - - 34 0 0 44 3 6.8 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.624436084 0.624436084 1 1.464337804 1.464337804 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 72335305 G A - - - - - - 43 0 0 40 3 7.5 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.688716269 0.688716269 1 1.42679068 1.42679068 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 79546218 T A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 37 0 0 46 3 6.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.596887433 0.596887433 1 1.267215407 1.267215407 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 81967276 T A - - - - - - 35 0 0 45 2 4.4 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.404046878 0.404046878 1 1.501884927 1.501884927 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 83286032 A G - - - - - - 36 0 0 34 2 5.9 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.541790132 0.541790132 1 1.210894722 1.210894722 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 86207282 C T AC012511.1 ENST00000503875 r.? - - upstream 20 0 0 36 2 5.6 33 11 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.514241481 0.514241481 1 3.125798004 1.362251476 2.29458221 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 8.54E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 96071756 G A FAHD2A CCDS2014.1 r.? - - intronic 35 0 0 29 2 6.9 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.633618968 0.633618968 1 1.511271707 1.511271707 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 96628806 G T ENSG00000174501 ENST00000456556 r.? - - intronic 50 0 0 65 4 6.2 66 4 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.569338783 0.569338783 1 0.572593628 0.572593628 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000331785 1 0.000351793 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 97229082 T A - - - - - - 35 0 0 38 2 5.3 39 6 15.4 226 0 0 235 11 4.7 179 23 12.8 TRUE TRUE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.48669283 0.48669283 1 1.445564242 1.445564242 1 0.431595529 1.507326221 0.286331865 1.201507941 1.201507941 1 3 6 1 1 0.015598339 4.18E-08 4.43E-08 3.26E-25 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 2 97788004 C G ANKRD36 ENST00000461153 r.? - - intronic 16 0 0 15 1 6.7 12 4 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.615253201 0.615253201 1 3.125798004 1.362251476 2.29458221 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.072431031 1 0.0000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 98993266 T A CNGA3 CCDS2034.1 r.? - - intronic 40 0 0 45 2 4.4 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.404046878 0.404046878 1 1.126413695 1.126413695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 100792911 G C - - - - - - 38 0 0 41 3 7.3 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 0.670350502 0.670350502 1 1.464337804 1.464337804 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 102942908 C T IL1RL1 CCDS2057.1 r.? - - intronic 29 0 0 21 3 14.3 19 5 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.286331865 4.29458221 2 2 2 2 0.713668135 0.70541779 3 3 2 2 0.286331865 0.29458221 1.313152353 1.313152353 1 2.468723348 1.075892307 2.29458221 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000155401 1 3.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 105468746 G C POU3F3 CCDS33265.1 r.? - - upstream 36 0 0 35 1 2.9 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.278611875 NA 0 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 106333263 C G - - - - - - 26 0 0 34 3 8.8 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.84544293 0.84544293 1 1.372539007 1.372539007 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 117767433 T C - - - - - - 27 0 0 32 3 9.4 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.903086766 0.903086766 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 121425405 G A - - - - - - 29 0 0 28 2 7.1 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.682118727 0.682118727 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 124476320 C G - - - - - - 44 0 0 35 3 8.6 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.826228318 0.826228318 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 126696316 A C - - - - - - 35 0 0 30 2 6.7 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.643689503 0.643689503 1 1.21106383 1.21106383 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 126701783 A G - - - - - - 40 0 0 30 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0 NA 0 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 126767950 T C - - - - - - 34 0 0 35 1 2.9 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.278611875 NA 0 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 127978764 C T CYP27C1 CCDS33285.1 r.? - - upstream 38 0 0 35 3 8.6 28 6 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.826228318 0.826228318 1 2.159730496 1.079865248 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 5.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 131066519 G A - - - - - - 29 0 0 27 2 7.4 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.710940646 0.710940646 1 2.613879433 0.871293144 3 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 136106008 G C ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 27 0 0 30 1 3.3 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.317041099 NA 0 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 136497337 A G UBXN4 CCDS42761.1 r.? - - upstream 30 0 0 35 3 8.6 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.826228318 0.826228318 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 136991882 C T - - - - - - 33 0 0 45 3 6.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.643689503 0.643689503 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 139703772 C G - - - - - - 33 0 0 38 2 5.3 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.509187219 0.509187219 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 140168359 A T - - - - - - 37 0 0 40 0 0 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0 NA 0 2.270744681 1.13537234 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 140307447 C A - - - - - - 37 0 0 46 2 4.3 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.413114159 0.413114159 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 142996922 A G - - - - - - 47 0 0 56 3 5.4 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.518794525 0.518794525 1 2.018439716 1.009219858 2 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00284314 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 144515258 A G ARHGAP15 CCDS2184.1 r.? - - intronic 41 0 0 49 3 6.1 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.586045667 0.586045667 1 1.725765957 1.725765957 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001939399 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 147047960 G T - - - - - - 44 0 0 44 2 4.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.432328771 0.432328771 1 1.362446809 1.362446809 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.020580492 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 148028370 G T - - - - - - 39 0 0 40 2 5 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.480365301 0.480365301 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 148129275 G C - - - - - - 31 0 0 40 3 7.5 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.720547952 0.720547952 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 150241462 C A LYPD6 CCDS2188.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 1 2.9 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.278611875 NA 0 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 150430926 G T MMADHC CCDS2189.1 r.? - - intronic 46 0 0 46 1 2.2 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.211360732 NA 0 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.205924651 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 150756147 T G - - - - - - 40 0 0 39 2 5.1 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.489972607 0.489972607 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 150983735 G T - - - - - - 32 0 0 38 2 5.3 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.509187219 0.509187219 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 151740494 A C - - - - - - 31 0 0 22 1 4.5 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.710754296 5 2 3 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.432328771 NA 0 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.104413009 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 152136617 G C NMI CCDS2192.1 r.? - - intronic 42 0 0 39 6 15.4 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 1.479525127 1.479525127 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.43E-08 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 154776161 A T GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 1 3.2 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.307433793 0.307433793 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 156457475 T A - - - - - - 26 0 0 32 3 9.4 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.903086766 0.903086766 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 157989863 A C - - - - - - 29 0 0 28 2 7.1 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0.682118727 0.682118727 1 2.11848227 1.059241135 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 159185531 C T CCDC148 CCDS33304.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.710754296 4 2 2 2 2 0.289245704 1 3 NA 2 NA 0.710754296 NA 0 0 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 160131181 G T WDSUB1 CCDS2208.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 4 11.1 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.209517241 1.209517241 1 2.11848227 1.059241135 2 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000324 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 161142131 C T RBMS1 CCDS2213.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 5 11.9 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.296689655 1.296689655 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 163424467 T C KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 35 0 0 46 2 4.3 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.468551724 0.468551724 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 165055327 G A - - - - - - 33 0 0 27 2 7.4 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.806344828 0.806344828 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 165081378 T A - - - - - - 41 0 0 43 3 7 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762758621 0.762758621 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 168124061 A C - - - - - - 33 0 0 40 2 5 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.544827586 0.544827586 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 169344253 A G LASS6 CCDS2228.1 r.? - - intronic 38 0 0 47 4 8.5 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.926206897 0.926206897 1 1.672964539 1.672964539 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000939 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 171491854 G T MYO3B CCDS42773.1 r.? - - intronic 32 0 0 23 1 4.3 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.468551724 0.468551724 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.108890944 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 172820593 G C HAT1 CCDS2245.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 3 9.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.991586207 0.991586207 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 174493542 C A - - - - - - 36 0 0 43 3 7 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762758621 0.762758621 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 179781168 A G CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 41 0 0 33 3 9.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.991586207 0.991586207 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 181024914 G C - - - - - - 27 0 0 32 3 9.4 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.024275862 1.024275862 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 182766203 T A SSFA2 CCDS46467.1 r.? - - intronic 46 0 0 38 2 5.3 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.577517241 0.577517241 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 183969271 G C DUSP19 CCDS2289.1 r.? - - downstream 37 0 0 29 2 6.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.751862069 0.751862069 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 188109801 C G - - - - - - 42 0 0 54 3 5.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.610206897 0.610206897 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00256299 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 188237136 A C CALCRL CCDS2293.1 r.? - - intronic 42 0 0 36 2 5.6 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.610206897 0.610206897 1 1.47293617 1.47293617 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.014070883 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 191180594 G C HIBCH CCDS46475.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 1 2.4 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.261517241 0.261517241 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 193113874 G T - - - - - - 42 0 0 45 2 4.4 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.479448276 0.479448276 1 1.554765957 1.554765957 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.021467209 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 194515459 A T - - - - - - 52 0 0 40 3 7.5 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.817241379 0.817241379 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 196485133 G T SLC39A10 ENST00000458054 r.? - - intronic 42 0 0 34 3 8.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.958896552 0.958896552 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 197837640 T C ANKRD44 ENST00000424317 r.? - - intronic 31 0 0 35 2 5.7 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.621103448 0.621103448 1 0.845574468 0.845574468 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 199482853 G T - - - - - - 36 0 0 43 1 2.3 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.25062069 0.25062069 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.193893409 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 201628338 C A - - - - - - 23 0 0 42 3 7.1 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 3 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.773655172 0.773655172 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 203544577 C G FAM117B CCDS33362.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 4 11.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 206411178 A T PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 2 5.9 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 214726698 T G SPAG16 CCDS2396.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 1 2.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 216876970 G T MREG CCDS46513.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 4 11.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.167793103 1.167793103 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 217164499 C G Mar-04 CCDS33376.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 1 3.6 33 4 12.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.356275862 0.356275862 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.130947004 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 219189293 T A PNKD CCDS2411.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 2 4.7 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.079865248 1.079865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 223387489 C T SGPP2 CCDS2453.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 2 6.5 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.643275862 0.643275862 1 2.240468085 1.120234043 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 234780286 T A - - - - - - 43 0 0 39 2 5.1 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.504724138 0.504724138 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 236323058 T C - - - - - - 27 0 0 29 2 6.9 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.682862069 0.682862069 1 1.756042553 1.756042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 2 239233489 C T TRAF3IP1 CCDS33415.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 5 14.3 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.937702128 1.937702128 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000895 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 2133359 C G STK35 CCDS13024.1 r.? - - downstream 31 0 0 36 3 8.3 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.957886525 1.957886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 4518090 G A - - - - - - 40 0 0 38 1 2.6 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 5444921 G C - - - - - - 40 0 0 43 3 7 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.692758621 0.692758621 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 12611260 G T - - - - - - 39 0 0 34 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.059680851 1.059680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 30685094 T C HCK CCDS33460.1 r.? - - intronic 28 0 0 32 2 6.2 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 32467205 G T - - - - - - 41 0 0 36 3 8.3 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 33587877 C G MYH7B CCDS42869.1 r.? - - intronic 30 0 0 23 3 13 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.286551724 1.286551724 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000205387 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 39407242 G C - - - - - - 26 0 0 46 4 8.7 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.774 0.774 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000862 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 40406620 T G - - - - - - 53 0 0 55 2 3.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 1.630553191 1.630553191 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.031164417 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 41469135 C T PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 41 0 0 32 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.774751773 1.774751773 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 43568990 C A PABPC1L CCDS42878.1 r.? - - downstream 31 0 0 28 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.342156028 1.342156028 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 44090543 T C - - - - - - 29 0 0 30 2 6.7 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.386524823 1.386524823 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 44770243 C A - - - - - - 27 0 0 33 2 6.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 48106607 T G - - - - - - 32 0 0 32 2 6.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 48217260 G C - - - - - - 28 0 0 34 2 5.9 30 5 16.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.852397163 1.852397163 1 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 50002343 A T NFATC2 CCDS33488.1 r.? - - downstream 36 0 0 33 4 12.1 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 1.308879433 1.308879433 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 53630637 A T - - - - - - 30 0 0 16 2 12.5 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.930042553 1.930042553 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002863359 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 58862440 G A - - - - - - 36 0 0 44 3 6.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 62090725 G T KCNQ2 CCDS13520.1 r.? - - intronic 28 0 0 21 0 0 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.852397163 1.852397163 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 20 62322155 C A RTEL1 CCDS13530.2 r.2739-3c>a c.2414-3C>A p.? splice region 41 0 0 24 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.508539007 1.508539007 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 10005186 C A - - - - - - 140 0 0 133 3 2.3 105 4 3.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.20462069 0.20462069 1 0.345503546 0.345503546 1 NA NA 1 0 0 1 2 NA 1 1 0.029641573 1 0.002000038 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 15539416 G A LIPI CCDS13564.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 2 6.7 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.973007092 1.973007092 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 15695278 T A - - - - - - 41 0 0 47 3 6.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.56937931 0.56937931 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001719595 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 21357297 G A - - - - - - 38 0 0 36 1 2.8 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 21651778 T C - - - - - - 43 0 0 45 1 2.2 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.195724138 0.195724138 1 2.636737589 1.318368794 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.201934322 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 22048253 G T - - - - - - 24 0 0 31 3 9.7 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.862965517 0.862965517 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 22334870 G C - - - - - - 27 0 0 31 2 6.5 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 24085762 G A - - - - - - 35 0 0 31 1 3.2 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 25806033 C T - - - - - - 34 0 0 52 4 7.7 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 2.054836879 1.02741844 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000139698 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 26117831 G C - - - - - - 27 0 0 43 2 4.7 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.418137931 0.418137931 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 27121713 C A GABPA CCDS13575.1 r.? - - intronic 41 0 0 39 2 5.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 27666374 T C - - - - - - 36 0 0 38 2 5.3 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 27845677 T G CYYR1 CCDS13578.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 3 8.6 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 28250365 G A - - - - - - 40 0 0 41 4 9.8 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.60022695 1.60022695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 28929890 T G - - - - - - 38 0 0 44 2 4.5 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.400344828 0.400344828 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.020580492 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 32824015 T G TIAM1 CCDS13609.1 r.? - - intronic 16 0 0 17 0 0 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 36136344 G C - - - - - - 25 0 0 35 2 5.7 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.507103448 0.507103448 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 38426155 C G - - - - - - 48 0 0 42 2 4.8 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 38505201 G C TTC3L CCDS13651.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 2 6.2 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 0.809205674 0.809205674 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 39742057 A C - - - - - - 33 0 0 36 3 8.3 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 40553902 C T BRWD1 CCDS13662.1 r.? - - downstream 29 0 0 25 2 8 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.791724138 0.791724138 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006948068 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 21 41235263 G C PCP4 CCDS33563.1 r.? - - upstream 15 0 0 34 2 5.9 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 2.35148227 1.175741135 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 16404553 C G - - - - - - 11 0 0 7 1 14.3 8 3 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.272206897 1.272206897 1 3.409574468 1.704787234 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.034479353 1 0.00000687 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 22357644 T G - - - - - - 19 0 0 38 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 22404065 G A - - - - - - 48 0 0 24 2 8.3 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.006413403 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 25488307 G A KIAA1671 CCDS46676.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 1 3.3 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.293586207 0.293586207 1 1.436567376 1.436567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.139615808 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 25860406 T A - - - - - - 40 0 0 35 2 5.7 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.507103448 0.507103448 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 26441846 A G - - - - - - 27 0 0 36 1 2.8 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 33349411 G C SYN3 CCDS13908.1 r.? - - intronic 44 0 0 48 1 2.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.207827586 0.207827586 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.213845552 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 39008739 G T ENSG00000184949 ENST00000406767 r.? - - intronic 23 0 0 31 3 9.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.959965517 0.959965517 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 22 39390080 T A APOBEC3B CCDS13982.1 r.? - - downstream 29 0 0 26 1 3.8 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.376068966 0.376068966 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 3834751 C T - - - - - - 31 1 3.2 37 6 16.2 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.441241379 1.441241379 1 2.273049645 1.136524823 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.143917729 1 3.18E-08 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 7506785 C T GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 40 0 0 44 4 9.1 33 11 33.3 271 0 0 192 58 30.2 275 52 18.9 TRUE TRUE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 3.027702128 1.009234043 3 2.686758621 0.895586207 3 1.718425532 0.859212766 2 3 6 1 1 0.0000723 1.36E-84 8.54E-18 3.72E-64 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 8563959 G A LMCD1 CCDS33688.1 r.? - - intronic 30 0 0 52 5 9.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.854068966 0.854068966 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000668 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 12263340 C G - - - - - - 34 0 0 43 2 4.7 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.418137931 0.418137931 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 12375893 C T PPARG CCDS2610.2 r.? - - intronic 40 0 0 41 4 9.8 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 15181229 C A - - - - - - 33 0 0 43 6 14 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.245517241 1.245517241 1 0.745560284 0.745560284 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 18175130 G C AC139618.1 ENST00000448265 r.? - - intronic 31 0 0 54 3 5.6 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.482028369 1.482028369 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00256299 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 27082074 T A - - - - - - 37 0 0 36 3 8.3 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 27471078 T G SLC4A7 CCDS33721.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 3 6.2 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001827434 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 28646184 C G - - - - - - 23 0 0 27 3 11.1 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 2.600368794 0.866789598 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 30998559 T A - - - - - - 42 0 0 42 3 7.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 35961988 G C - - - - - - 32 0 0 36 3 8.3 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 40121496 C G MYRIP CCDS2689.1 r.? - - intronic 44 0 0 42 3 7.1 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.200170213 1.200170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 51976289 C A PARP3 CCDS43097.1 r.? - - upstream 40 0 0 39 3 7.7 19 3 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.762034483 0.762034483 1 1.332083135 1.332083135 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000114071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 56070130 T G ERC2 CCDS46851.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 2 5.1 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.504724138 0.504724138 1 1.112879581 1.112879581 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 58472257 G T - - - - - - 53 0 0 39 4 10.3 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 1.019344828 1.019344828 1 1.23934317 1.23934317 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 61130873 G A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 41 0 0 29 1 3.4 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.336482759 0.336482759 1 1.05386324 1.05386324 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 61207729 G C FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 35 0 0 28 2 7.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.702655172 0.702655172 1 0.817797874 0.817797874 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 68559206 C T FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 25 0 0 36 1 2.8 26 5 19.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.277103448 0.277103448 1 1.618733937 1.618733937 1 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 70624009 A C - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.870896552 0.870896552 1 1.264635888 1.264635888 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.000666058 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 73248513 T C AC103560.1 ENST00000509224 r.? - - intronic 34 0 0 40 1 2.5 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.247413793 0.247413793 1 0.994846899 0.994846899 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.181679879 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 74331837 A T CNTN3 CCDS33790.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 2 5.4 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.534413793 0.534413793 1 0.792505157 0.792505157 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 75849866 C T - - - - - - 69 0 0 87 5 5.7 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.564103448 0.564103448 1 0.666041568 0.666041568 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000821 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 86884310 G A - - - - - - 37 0 0 37 1 2.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3.338707339 3 2 2 1 1 0.661292661 NA 2 NA 2 NA 0.338707339 0.267206897 0.267206897 1 1.407961289 1.407961289 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.169281299 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 98152366 G T - - - - - - 33 1 3 32 2 6.2 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 2.273049645 1.136524823 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.15245715 1 0.011224977 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 101693638 A C - - - - - - 34 0 0 36 3 8.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 104861670 C A - - - - - - 27 0 0 41 1 2.4 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.213517241 0.213517241 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 105693721 T A - - - - - - 37 0 0 36 2 5.6 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 110960339 T C PVRL3 ENST00000485506 r.? - - intronic 29 0 0 36 2 5.6 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 113232089 A T CCDC52 CCDS2973.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 2 5.3 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 116593588 G T LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 30 0 0 26 1 3.8 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 118091188 C G - - - - - - 40 0 0 44 3 6.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 119410407 G A - - - - - - 29 0 0 33 2 6.1 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 121529107 C A IQCB1 CCDS33837.1 r.? - - intronic 36 0 0 26 2 7.7 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 1.363829787 1.363829787 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 127939709 C G EEFSEC CCDS33849.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 3 7.3 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 128569520 C T - - - - - - 26 0 0 31 1 3.2 39 6 15.4 181 0 0 270 23 8.5 124 11 8.9 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.400198582 1.400198582 1 0.756206897 0.756206897 1 0.809205674 0.809205674 1 3 6 1 1 0.143917729 4.48E-21 4.43E-08 4.92E-11 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 3 130663087 C T ATP2C1 CCDS46914.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 2 5.9 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 134494456 C T EPHB1 ENST00000460895 r.? - - intronic 25 0 0 37 1 2.7 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.240206897 0.240206897 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.169281299 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 135401649 C T - - - - - - 34 0 0 45 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 139269020 G A - - - - - - 33 0 0 43 4 9.3 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.82737931 0.82737931 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 143665948 C T - - - - - - 34 0 0 46 2 4.3 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 143992134 C G - - - - - - 32 0 0 27 2 7.4 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.658344828 0.658344828 1 1.200170213 1.200170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 145098323 A G - - - - - - 36 0 0 44 3 6.8 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 146808378 A T - - - - - - 36 0 0 35 3 8.6 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 1.482028369 1.482028369 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 147500116 T C - - - - - - 49 0 0 50 1 2 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.177931034 0.177931034 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.221687443 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 154235779 T A - - - - - - 40 0 0 46 2 4.3 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 155760927 C G KCNAB1 ENST00000472028 r.? - - intronic 34 0 0 41 4 9.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 157506916 T A - - - - - - 38 0 0 32 2 6.2 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 161768185 T C - - - - - - 32 0 0 38 1 2.6 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 1.463843972 1.463843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 162258651 A T - - - - - - 53 0 0 29 1 3.4 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.302482759 0.302482759 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 166650678 C A - - - - - - 34 0 0 33 2 6.1 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 166949286 T A - - - - - - 42 0 0 43 2 4.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 172748798 A C SPATA16 CCDS3221.1 r.? - - intronic 43 0 0 30 2 6.7 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.594567376 1.594567376 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 172887872 T C - - - - - - 40 0 0 37 2 5.4 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.089957447 1.089957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 177114819 G C - - - - - - 38 0 0 40 2 5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.494827586 0.494827586 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 184674542 C G VPS8 CCDS46971.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 2 5.7 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 3 185640258 G C TRA2B CCDS33905.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 1 2.3 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.22762069 0.22762069 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.193893409 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 987366 G C SLC26A1 CCDS33934.1 r.? - - upstream 41 0 0 32 3 9.4 24 7 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 2.946921986 0.982307329 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 2.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 5668156 C A EVC2 CCDS3382.2 r.? - - intronic 36 0 0 29 3 10.3 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000414371 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 17473922 G C QDPR ENST00000513615 r.? - - intronic 35 0 0 27 0 0 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 18198781 C T - - - - - - 30 0 0 35 3 8.6 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.851103448 0.851103448 1 1.089957447 1.089957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 24793957 C G SOD3 CCDS3430.1 r.? - - upstream 37 0 0 31 1 3.2 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.316689655 0.316689655 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 28319999 A T - - - - - - 31 0 0 46 3 6.5 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.643275862 0.643275862 1 0.837652482 0.837652482 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 32126479 T G - - - - - - 43 0 0 47 3 6.4 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.63337931 0.63337931 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001719595 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 33956316 G C - - - - - - 39 0 0 33 3 9.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 34466291 T A - - - - - - 35 0 0 32 2 6.2 18 4 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 2.240468085 2.240468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 42598161 A G ATP8A1 CCDS3466.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 3 7.3 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45279514 T G - - - - - - 42 0 0 33 2 6.1 25 3 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.09106383 1.09106383 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00026475 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 45873144 A T - - - - - - 43 0 0 33 2 6.1 33 5 15.2 179 1 0.6 68 5 7.4 136 8 5.9 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.382014184 1.382014184 1 0.658344828 0.658344828 1 0.536439716 0.536439716 1 3 5 1 0.592308691 0.011909843 0.0000251 0.00000066 0.000000521 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 4 47082802 C A GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 49550433 A T - - - - - - 24 1 4.2 25 0 0 17 5 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.673106383 1.336553191 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.113346489 1 1 1 1.84E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 57575529 T G - - - - - - 35 0 0 38 2 5.3 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 58927347 G C - - - - - - 44 0 0 44 3 6.8 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 61058186 T C - - - - - - 34 0 0 25 1 4 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.355862069 0.355862069 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.117779757 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 61425984 G A - - - - - - 46 0 0 48 3 6.2 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001827434 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 63319020 C G - - - - - - 23 0 0 31 3 9.7 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.862965517 0.862965517 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 64603956 G C - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 67406574 C G - - - - - - 32 0 0 48 2 4.2 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.373655172 0.373655172 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.024220359 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 67908690 C G - - - - - - 41 0 0 36 2 5.6 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 68316213 A C - - - - - - 46 0 0 31 2 6.5 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 0.772836879 0.772836879 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 69458653 T C - - - - - - 37 0 0 35 3 8.6 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 74386516 G C - - - - - - 29 0 0 32 0 0 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 75614136 G A - - - - - - 37 0 0 36 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 77780822 C G - - - - - - 35 0 0 51 2 3.9 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.385965517 0.385965517 1 0.938574468 0.938574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.027109304 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 79822636 T C BMP2K CCDS47083.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 2 5.4 33 6 18.2 184 1 0.5 68 8 11.8 110 7 6.4 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.836780142 1.836780142 1 1.167793103 1.167793103 1 0.645900709 0.645900709 1 3 6 1 0.602399559 0.014826063 2.21E-09 1.54E-08 0.00000159 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 4 83490888 C G - - - - - - 38 0 0 45 3 6.7 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 0.817468085 0.817468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 86594557 T G ARHGAP24 CCDS34025.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 2 6.2 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.231248227 1.231248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 90314340 G T - - - - - - 28 0 0 33 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 93100741 C G - - - - - - 38 0 0 39 1 2.6 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 100568022 A G ENSG00000248713 ENST00000511828 r.? - - intronic 39 0 0 32 2 6.2 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 117044908 C T - - - - - - 39 0 0 36 4 11.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 123267695 G T KIAA1109 CCDS43267.1 r.? - - intronic 53 0 0 38 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 125639300 C T - - - - - - 42 0 0 40 2 5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.494827586 0.494827586 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 130633886 A T - - - - - - 40 0 0 25 0 0 43 3 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.706453901 0.706453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.001328364 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 139629166 T A - - - - - - 35 0 0 37 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 142040387 C T RNF150 ENST00000306799 r.? - - intronic 42 0 0 43 4 9.3 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.92037931 0.92037931 1 1.766134752 1.766134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000066 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 143530436 C A INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 2 5.7 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 1.77622695 1.77622695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 150457179 G A - - - - - - 26 0 0 39 2 5.1 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.504724138 0.504724138 1 2.139546099 1.06977305 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 164333912 T A - - - - - - 38 0 0 34 2 5.9 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 2.613879433 0.871293144 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 168993532 C G - - - - - - 34 0 0 50 3 6 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.593793103 0.593793103 1 1.806503546 1.806503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002055544 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 12 121134236 C A MLEC CCDS9206.1 r.918c>a c.767C>A p.S256* nonsense 25 0 0 29 4 13.8 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.227724138 1.227724138 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000134 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 171580809 T A - - - - - - 32 0 0 35 2 5.7 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.564103448 0.564103448 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 175991408 C G - - - - - - 30 0 0 42 0 0 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 4 190962591 G A - - - - - - 19 0 0 14 1 7.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.067769881 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 3824442 G A - - - - - - 38 0 0 36 3 8.3 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 5824908 G A - - - - - - 33 0 0 38 3 7.9 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.781827586 0.781827586 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 7734262 G C ADCY2 CCDS3872.2 r.? - - intronic 38 0 0 43 2 4.7 33 6 18.2 284 0 0 119 5 4.2 211 13 6.2 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.465137931 0.465137931 1 1.836780142 1.836780142 1 0.415655172 0.415655172 1 0.625716312 0.625716312 1 3 5 1 1 0.019709573 0.000355764 1.54E-08 8.81E-11 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 8220724 C T - - - - - - 31 0 0 34 3 8.8 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 11434885 G T CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 1 2.8 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 1.91751773 1.91751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 14281101 C T TRIO CCDS3883.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 0 0 30 7 23.3 228 0 0 161 11 6.8 143 7 4.9 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.35148227 1.175741135 2 0.672965517 0.672965517 1 0.49451773 0.49451773 1 3 5 1 1 1 8.17E-10 1.44E-10 0.00000902 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 14484008 G T TRIO CCDS3883.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 3 9.1 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 21894042 G C CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 3 7.7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.150510638 1.150510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 28983078 G C - - - - - - 31 0 0 32 3 9.4 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.77622695 1.77622695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 34177352 C T ENSG00000215159 ENST00000399708 r.? - - intronic 47 0 0 40 1 2.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.222413793 0.222413793 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 34177631 G A ENSG00000215159 ENST00000399708 r.? - - intronic 13 0 0 19 1 5.3 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 2.527631206 1.263815603 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.090843738 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 36147403 G C LMBRD2 CCDS34145.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 3 8.3 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 38340819 G C EGFLAM CCDS3924.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 3 6.7 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 39526328 C T - - - - - - 35 0 0 28 2 7.1 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 41064771 A G HEATR7B2 CCDS47202.1 r.? - - intronic 42 0 0 39 2 5.1 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 41463169 G C PLCXD3 CCDS34150.1 r.? - - intronic 42 0 0 24 1 4.2 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.373655172 0.373655172 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.113346489 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 42460191 G C GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 3 7.1 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 43871089 T C - - - - - - 31 0 0 32 4 12.5 23 5 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.112068966 1.112068966 1 1.973007092 1.973007092 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 9.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 49675597 G A - - - - - - 34 0 0 36 0 0 22 5 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.290929078 1.145464539 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 7.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 54143084 C G - - - - - - 29 0 0 36 1 2.8 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.277103448 0.277103448 1 1.009219858 1.009219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 55760420 A G - - - - - - 37 0 0 34 3 8.8 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 56195885 C G MAP3K1 CCDS43318.1 r.? - - downstream 27 0 0 27 2 7.4 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.732344828 0.732344828 1 0.867929078 0.867929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 62303112 C G - - - - - - 40 0 0 26 2 7.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 51217067 G T SHANK1 CCDS12799.1 r.799c>a c.780C>A p.C260* nonsense 28 0 0 27 3 11.1 44 7 15.9 176 0 0 291 21 7.2 138 8 5.8 TRUE TRUE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 1.763659574 1.763659574 1 0.640551724 0.640551724 1 0.643347518 0.643347518 1 3 5 1 1 0.000334187 6.77E-18 2.55E-09 0.000000582 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 75915522 T C IQGAP2 CCDS34188.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 1 2.3 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.22762069 0.22762069 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.197923942 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 79957143 C G MSH3 CCDS34195.1 r.? - - intronic 44 0 0 28 2 7.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 81752977 C T - - - - - - 40 0 0 23 4 17.4 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.722 1.722 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000513 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 82156189 G C - - - - - - 40 0 0 24 4 16.7 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.652724138 1.652724138 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000613 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 82565715 A G XRCC4 CCDS4058.1 r.? - - intronic 31 0 0 25 3 12 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.187586207 1.187586207 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 87882927 G A - - - - - - 39 0 0 29 1 3.4 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.336482759 0.336482759 1 2.078992908 1.039496454 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 88666910 G C - - - - - - 17 0 0 37 2 5.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 90828725 A C - - - - - - 39 0 0 38 1 2.6 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 90860071 C G - - - - - - 41 0 0 47 4 8.5 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.841206897 0.841206897 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000939 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 92703640 T G - - - - - - 37 0 0 26 1 3.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.376068966 0.376068966 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 92831250 G C - - - - - - 32 0 0 39 1 2.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 96343929 T A LNPEP CCDS4087.1 r.? - - intronic 20 0 0 41 2 4.9 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.484931034 0.484931034 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 102838152 G T - - - - - - 35 0 0 44 3 6.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.640225225 0.640225225 1 1.033457719 1.033457719 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 104283207 T C ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 23 0 0 44 3 6.8 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.640225225 0.640225225 1 1.033457719 1.033457719 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 107168312 G A - - - - - - 42 0 0 42 4 9.5 50 9 18 242 0 0 152 15 9.9 210 10 4.8 TRUE TRUE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.894432299 0.894432299 1 1.722429532 1.722429532 1 0.932092606 0.932092606 1 0.459314542 0.963217635 0.476854374 3 6 1 1 0.0000601 3.21E-15 4.07E-12 0.000000146 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 107442143 T C FBXL17 ENST00000359660 r.? - - intronic 45 0 0 40 3 7.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.706130762 0.706130762 1 1.291822149 1.291822149 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 116098679 G T - - - - - - 33 0 0 47 1 2.1 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.197716613 0.197716613 1 1.540617526 1.540617526 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.209895027 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 119558017 G A - - - - - - 37 0 0 55 3 5.5 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.517829226 0.517829226 1 1.550186579 1.550186579 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002700822 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 121882522 A T - - - - - - 34 0 0 44 1 2.3 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.216546767 0.216546767 1 2.392263239 0.948127295 2.523145626 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.197923942 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 125873616 G C ALDH7A1 CCDS4137.2 r.? - - downstream 27 0 0 43 3 7 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.518525109 4.476854374 3 3 1 1 0.481474891 0.523145626 3 3 2 2 0.518525109 0.476854374 0.659055378 0.659055378 1 1.665015214 1.665015214 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 129249397 G A CHSY3 CCDS34223.1 r.? - - intronic 42 0 0 26 2 7.7 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.762034483 0.762034483 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 129272945 G T CHSY3 CCDS34223.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 3 8.3 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 130010417 G T - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.624843972 1.624843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 135932452 T G - - - - - - 36 0 0 34 3 8.8 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.870896552 0.870896552 1 1.725765957 1.725765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 145530141 G C LARS CCDS34265.1 r.? - - intronic 24 0 0 22 1 4.5 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.445344828 0.445344828 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.104413009 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 145737007 A T - - - - - - 29 0 0 38 0 0 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 145826912 A C TCERG1 CCDS4282.1 r.38a>c c.? p.? 5'UTR variant 33 0 0 27 3 11.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000334187 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 147520457 C G SPINK5 CCDS47300.1 r.? - - downstream 31 0 0 33 2 6.1 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.170695035 1.170695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 148262665 C G - - - - - - 29 0 0 37 3 8.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.80162069 0.80162069 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 152185994 G T - - - - - - 44 0 0 42 3 7.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 152276716 A C - - - - - - 39 0 0 36 3 8.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 156658127 G T ITK CCDS4336.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 3 6.8 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.536965517 0.536965517 1 0.809219858 0.809219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 159031396 C G - - - - - - 35 0 0 34 3 8.8 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.694896552 0.694896552 1 1.351397163 1.351397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 164355994 G A - - - - - - 31 0 0 41 3 7.3 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.576448276 0.576448276 1 1.157184397 1.157184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 165522519 A G - - - - - - 51 0 0 37 0 0 36 7 19.4 227 0 0 57 2 3.5 168 13 7.7 TRUE TRUE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.569886525 1.569886525 1 0.27637931 0.27637931 1 0.623099291 0.623099291 1 1 5 1 1 1 0.03327602 5.74E-10 5.03E-12 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 5 168875936 T C - - - - - - 50 1 2 27 5 18.5 24 6 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.460862069 1.460862069 1 2.023049645 2.023049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 0.221687443 1 0.00000023 1 1.95E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 170910233 G A - - - - - - 24 0 0 33 2 6.1 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.481689655 0.481689655 1 0.979156028 0.979156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 171695506 C A UBTD2 CCDS4379.2 r.? - - intronic 32 0 0 33 1 3 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.236896552 0.236896552 1 1.618439716 1.618439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.15245715 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 174498633 G C - - - - - - 32 0 0 37 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.618439716 1.618439716 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 176010514 C G CDHR2 CCDS34297.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.043893617 1.043893617 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 5 177956140 C T COL23A1 CCDS4436.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 2 5.7 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.450103448 0.450103448 1 1.472780142 1.472780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 461495 G C ENSG00000237960 ENST00000449432 r.? - - intronic 29 0 0 48 2 4.2 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.457655172 0.457655172 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.024220359 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 1287748 G C - - - - - - 25 0 0 26 2 7.7 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.839034483 0.839034483 1 1.745702128 1.745702128 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 1645184 A T GMDS CCDS4474.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 0 0 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.736468085 0.736468085 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 5856334 A T - - - - - - 35 0 0 32 2 6.2 26 4 15.4 167 0 0 305 11 3.6 171 14 8.2 TRUE TRUE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.675586207 0.675586207 1 1.400198582 1.400198582 1 0.392275862 0.392275862 1 0.745560284 0.745560284 1 3 5 1 1 0.011224977 0.000000565 0.00000856 3.56E-13 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 6 11366151 G C NEDD9 ENST00000504387 r.? - - intronic 43 0 0 36 2 5.6 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.610206897 0.610206897 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 11392909 G A - - - - - - 27 0 0 40 3 7.5 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.817241379 0.817241379 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 14088847 C G - - - - - - 34 0 0 47 7 14.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.623586207 1.623586207 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 4.12E-09 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 14617979 G C - - - - - - 38 0 0 42 3 7.1 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.773655172 0.773655172 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 16106130 T C - - - - - - 36 0 0 38 4 10.5 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 3 2 1 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.144137931 1.144137931 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 23342840 G T - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.225344828 1.225344828 1 2.100297872 1.050148936 2 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.0000447 1 3.30E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 28630454 A G - - - - - - 32 0 0 39 5 12.8 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 4 4 2 3 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.522758621 1.522758621 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.00000156 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 40462569 C G LRFN2 CCDS34443.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 1 2.4 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.213517241 0.213517241 1 0.891035461 0.891035461 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 49321317 G T - - - - - - 34 0 0 40 3 7.5 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 50513450 C G - - - - - - 35 0 0 32 2 6.2 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 0.854666667 0.854666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 51643452 T C PKHD1 CCDS4935.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 3 7.9 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 54346463 T A - - - - - - 35 0 0 35 1 2.9 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 0.645546099 0.645546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 57730156 C T - - - - - - 34 0 0 41 4 9.8 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.871862069 0.871862069 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 62522421 G T KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 4 12.1 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.076482759 1.076482759 1 1.927546099 1.927546099 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000228 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 62951130 A T KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 3 7.9 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702827586 0.702827586 1 0.681914894 0.681914894 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 63747780 C T - - - - - - 42 0 0 32 2 6.2 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64473462 G C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 0 0 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 64486613 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 2 6.9 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613862069 0.613862069 1 1.582042553 1.582042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 65340595 C A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 1 2.9 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 0.954680851 0.954680851 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 66956387 G C - - - - - - 50 0 0 36 2 5.6 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 68744421 C G - - - - - - 60 0 0 37 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.845574468 0.845574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 73859202 G C KCNQ5 CCDS4976.1 r.? - - intronic 45 0 0 37 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 74281038 G T - - - - - - 31 0 0 40 2 5 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.444827586 0.444827586 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 76850267 C G - - - - - - 36 0 0 37 3 8.1 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.72062069 0.72062069 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 76854618 G A - - - - - - 48 0 0 34 2 5.9 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.554765957 1.554765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 82625757 A C - - - - - - 36 0 0 43 2 4.7 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.418137931 0.418137931 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 85703313 T A - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.454751773 1.454751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 88891618 T C - - - - - - 32 0 0 35 1 2.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 94399459 T C - - - - - - 46 0 0 28 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.627503546 1.627503546 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 95401760 C G - - - - - - 36 0 0 47 3 6.4 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.56937931 0.56937931 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001719595 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 96000493 C G - - - - - - 34 0 0 41 2 4.9 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 97622998 A G C6orf167 CCDS5039.1 r.? - - intronic 43 0 0 33 2 6.1 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.227446809 1.227446809 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 97840841 T C - - - - - - 29 0 0 48 2 4.2 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.373655172 0.373655172 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.024220359 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 98508226 T G - - - - - - 34 0 0 39 3 7.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 113467142 A G - - - - - - 33 0 0 43 3 7 26 6 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.692758621 0.692758621 1 2.331297872 1.165648936 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 3.30E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 116856664 C T FAM26D CCDS5109.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 3 9.1 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 2.129453901 2.129453901 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 119592231 C A MAN1A1 CCDS5122.1 r.? - - intronic 40 0 0 40 4 10 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 2.139546099 1.06977305 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 127988763 T G - - - - - - 27 0 0 18 2 11.1 16 4 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 2.523049645 2.523049645 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.003626632 1 0.00000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 132543365 G A - - - - - - 38 0 0 36 4 11.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.098517241 1.098517241 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 140178913 G C - - - - - - 39 0 0 27 2 7.4 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.732344828 0.732344828 1 1.039496454 1.039496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00807567 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 142369647 G A - - - - - - 26 0 0 38 4 10.5 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.9883244 0.9883244 1 2.193547409 1.096773705 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000403 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 148963196 G A - - - - - - 42 0 0 33 3 9.1 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.856547814 0.856547814 1 1.819973833 1.819973833 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 156315460 C G - - - - - - 36 0 0 28 3 10.7 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.007149627 1.007149627 1 1.599661211 1.599661211 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000372895 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 156879995 A G - - - - - - 31 0 0 23 3 13 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 1.223639734 1.223639734 1 1.963655978 0.981827989 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000205387 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 163293307 G T PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 1 2.6 26 7 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.244727947 0.244727947 1 2.576699795 1.025189441 2.513388933 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.177567718 1 4.73E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 165758813 T G PDE10A CCDS5289.1 r.? - - intronic 29 0 0 49 2 4.1 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.385917147 0.385917147 1 1.024932632 1.024932632 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.025168485 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 6 168551804 C G - - - - - - 24 0 0 34 2 5.9 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.516061612 4.486611067 3 3 1 1 0.483938388 0.513388933 3 3 2 2 0.516061612 0.486611067 0.555344187 0.555344187 1 1.839131452 1.839131452 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 702551 C G PRKAR1B CCDS34579.1 r.? - - intronic 27 0 0 22 1 4.5 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.445344828 0.445344828 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.104413009 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 6887677 C T - - - - - - 33 0 0 28 4 14.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.415206897 1.415206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000116 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 13766438 A G - - - - - - 41 0 0 39 4 10.3 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 22794711 G A - - - - - - 27 0 0 37 2 5.4 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 23741454 C G C7orf46 CCDS5385.1 r.? - - intronic 46 0 0 32 3 9.4 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 26327271 T C SNX10 CCDS5399.1 r.? - - upstream 43 0 0 37 2 5.4 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.534413793 0.534413793 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 26327273 A T SNX10 CCDS5399.1 r.? - - upstream 44 0 0 38 2 5.3 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 27280074 T A EVX1 CCDS5413.1 r.? - - upstream 33 0 0 34 2 5.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 31132043 T G ADCYAP1R1 CCDS5433.1 r.? - - intronic 47 0 0 40 4 10 32 3 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.989655172 0.989655172 1 0.948666667 0.948666667 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000495 1 0.000556213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 33076508 C G NT5C3 CCDS34617.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 3 7.3 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.722448276 0.722448276 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 34948691 A C - - - - - - 30 0 0 25 4 16 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 2.018439716 2.018439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 39838369 A T - - - - - - 31 0 0 33 2 6.1 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.603689655 0.603689655 1 1.77622695 1.77622695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 43627900 G C STK17A CCDS5470.1 r.? - - intronic 24 0 0 32 2 6.2 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 57871091 C A - - - - - - 29 0 0 49 6 12.2 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.20737931 1.20737931 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000000182 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 64635364 A G - - - - - - 11 0 0 26 0 0 15 3 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 68000431 G C - - - - - - 11 0 0 24 1 4.2 16 3 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.373655172 0.373655172 1 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.113346489 1 0.0000667 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 68547272 G C - - - - - - 25 0 0 32 2 6.2 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 70709806 C A WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 2 6.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.542689655 0.542689655 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 83627077 G C SEMA3A CCDS5599.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 83983969 C T SEMA3A ENST00000424555 r.? - - intronic 41 0 0 33 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 85004609 A C - - - - - - 42 0 0 40 3 7.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.667241379 0.667241379 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 89610371 G C - - - - - - 37 0 0 50 1 2 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.177931034 0.177931034 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.221687443 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 90369885 G C CDK14 CCDS5619.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 2 6.2 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 90949807 T A - - - - - - 37 0 0 41 2 4.9 39 3 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 0.700099291 0.700099291 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000998458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 93401143 T G GNGT1 ENST00000455502 r.? - - intronic 32 0 0 37 2 5.4 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.480413793 0.480413793 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 95332823 T A - - - - - - 29 0 0 37 1 2.7 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.240206897 0.240206897 1 0.663730496 0.663730496 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.169281299 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 97300316 T G - - - - - - 33 0 0 38 1 2.6 37 4 10.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 105879769 C G - - - - - - 31 0 0 30 0 0 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 109244992 A T - - - - - - 26 0 0 28 0 0 31 6 19.4 210 0 0 65 5 7.7 140 6 4.3 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.763886525 1.763886525 1 0.685034483 0.685034483 1 0.390964539 0.390964539 1 3 5 1 1 1 0.0000201 1.03E-08 0.0000827 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 110435502 A G IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 43 0 0 43 1 2.3 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.20462069 0.20462069 1 1.272907801 1.272907801 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.193893409 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 111157826 G T IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 2 5.9 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 112252566 G T - - - - - - 36 0 0 37 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 116720710 T A ST7OT3 CCDS5770.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 0 0 38 6 15.8 215 0 0 81 0 0 130 9 6.9 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.436567376 1.436567376 1 0 0 1 0.627361702 0.627361702 1 3 5 1 1 1 1 3.76E-08 0.000000025 YES 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 7 121783282 C T AASS CCDS5783.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 2 4.8 25 4 16 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.475034483 0.475034483 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 126176780 G C GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 26 0 0 40 3 7.5 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 126200200 G T GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 3 8.3 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.483553191 1.483553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 126764253 A C GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 4 10.3 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.019344828 1.019344828 1 1.534014184 1.534014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 128093362 C T C7orf68 CCDS5802.1 r.? - - upstream 24 0 0 32 4 12.5 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.237068966 1.237068966 1 1.554198582 1.554198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000201 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 131880383 T A PLXNA4 CCDS43646.1 r.? - - intronic 45 0 0 41 1 2.4 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.237517241 0.237517241 1 0.989035461 0.989035461 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 134674169 C G AGBL3 CCDS47718.1 r.? - - intronic 42 0 0 36 2 5.6 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.554206897 0.554206897 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 135690806 A T - - - - - - 24 0 0 30 2 6.7 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.730068966 0.730068966 1 1.264510638 1.264510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 142192781 G A - - - - - - 39 0 0 46 3 6.5 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.708275862 0.708275862 1 2.284992908 1.142496454 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 146504023 A T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 36 0 0 46 2 4.3 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.468551724 0.468551724 1 1.430893617 1.430893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 155173936 G A ENSG00000218672 ENST00000401499 r.? - - upstream 29 0 0 25 3 12 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.307586207 1.307586207 1 1.475262411 1.475262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00026475 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 155270426 T G CNPY1 CCDS43684.1 r.? - - intronic 47 0 0 44 3 6.8 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.740965517 0.740965517 1 1.009390071 1.009390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 7 157981022 C G PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 1 2.9 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.316 0.316 1 1.031574468 1.031574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.156694864 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 2854603 T A CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 35 0 0 39 2 5.1 30 5 16.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.504724138 0.504724138 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 10297588 C G - - - - - - 37 0 0 41 2 4.9 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.484931034 0.484931034 1 0.958758865 0.958758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 14999524 C A SGCZ CCDS5992.2 r.? - - intronic 30 0 0 28 2 7.1 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.867056738 1.867056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 16160874 A G - - - - - - 45 0 0 44 2 4.5 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.445344828 0.445344828 1 1.897333333 1.897333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.020580492 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 19531830 G C CSGALNACT1 CCDS6010.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 3 9.4 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.930275862 0.930275862 1 1.200971631 1.200971631 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 22788669 A G PEBP4 CCDS43724.1 r.? - - upstream 22 0 0 38 2 5.3 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524517241 0.524517241 1 1.685397163 1.685397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 24800473 C T - - - - - - 33 0 0 28 2 7.1 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.702655172 0.702655172 1 1.49364539 1.49364539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 25078584 C T DOCK5 CCDS6047.1 r.? - - intronic 44 0 0 36 3 8.3 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.821413793 0.821413793 1 1.756042553 1.756042553 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 31372042 C T - - - - - - 39 0 0 32 2 6.2 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613586207 0.613586207 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 36536454 C T - - - - - - 35 0 0 35 1 2.9 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 1.725765957 1.725765957 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 37018304 T C - - - - - - 43 0 0 34 2 5.9 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.583896552 0.583896552 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 37806355 G A - - - - - - 29 0 0 35 1 2.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 1.574382979 1.574382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 41119717 A C SFRP1 CCDS34886.1 r.4228u>g c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 39 1 2.6 28 5 17.9 206 0 0 168 11 6.5 177 12 6.8 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 1.806503546 1.806503546 1 0.643275862 0.643275862 1 0.686269504 0.686269504 1 3 5 1 1 0.177567718 1.28E-09 0.000000279 1.54E-10 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 50716174 T C - - - - - - 42 0 0 51 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 52395479 G A PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 3 6.7 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.443184397 1.443184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 61443469 G A RAB2A CCDS6175.1 r.? - - intronic 28 0 0 19 2 10.5 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.039137931 1.039137931 1 1.614751773 1.614751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.004039874 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 64625164 C T - - - - - - 33 0 0 40 2 5 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.494827586 0.494827586 1 1.766134752 1.766134752 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.017193422 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 70557522 G C SULF1 CCDS6204.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 1 2.9 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 0.918390071 0.918390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 74951047 C T - - - - - - 33 0 0 45 2 4.4 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435448276 0.435448276 1 1.392723404 1.392723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.021467209 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 79997000 A T - - - - - - 37 0 0 38 1 2.6 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.257310345 0.257310345 1 1.342262411 1.342262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 81520592 G T - - - - - - 29 0 0 36 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.301893617 1.301893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 82967509 T G - - - - - - 21 0 0 25 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.261524823 1.261524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 93244549 A T - - - - - - 37 0 0 30 2 6.7 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.190879433 1.190879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 93263095 A C - - - - - - 29 0 0 33 1 3 39 6 15.4 159 0 0 124 21 16.9 119 4 3.4 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.296896552 0.296896552 1 1.554198582 1.554198582 1 1.672517241 0.836258621 2 0.343134752 0.343134752 1 3 5 1 1 0.15245715 8.67E-26 4.43E-08 0.003144426 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 102405351 C A - - - - - - 26 0 0 46 2 4.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 1.200170213 1.200170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 104674218 A G RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 43 0 0 34 3 8.8 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.782896552 0.782896552 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 104781620 C T RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 32 0 0 32 1 3.1 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.275793103 0.275793103 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.14819814 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 105881573 T C - - - - - - 37 0 0 35 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 106005124 A G - - - - - - 39 0 0 38 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 108587400 T A - - - - - - 48 0 0 53 2 3.8 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.338068966 0.338068966 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.029108399 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 109905396 A T - - - - - - 38 0 0 30 2 6.7 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.181985816 1.181985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 114897113 G T - - - - - - 36 0 0 45 3 6.7 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 0.981957447 0.981957447 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 120103340 A G COLEC10 CCDS6327.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 2 5.6 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 126871716 C T - - - - - - 32 0 0 42 3 7.1 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 128695700 G A - - - - - - 23 0 0 42 3 7.1 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 129966747 A T - - - - - - 35 0 0 31 1 3.2 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 134194264 T A - - - - - - 40 0 0 35 1 2.9 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.258 0.258 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 134648764 A T - - - - - - 29 0 0 31 3 9.7 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.862965517 0.862965517 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000505952 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 140851716 G A TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 2 5.9 33 6 18.2 140 0 0 244 24 9.8 114 5 4.4 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.654780142 1.654780142 1 0.871862069 0.871862069 1 0.400056738 0.400056738 1 3 5 1 1 0.012612579 2.05E-23 1.54E-08 0.00029191 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 8 141202807 C G TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 30 0 0 55 4 7.3 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 1.200170213 1.200170213 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000173903 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 142526690 A T ENSG00000226490 ENST00000427937 r.? - - intronic 37 0 0 36 4 11.1 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.987517241 0.987517241 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000324 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 8 144395542 G T TOP1MT CCDS6400.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 1 2.4 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.213517241 0.213517241 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.18577148 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 327201 C T DOCK8 CCDS6440.1 r.? - - intronic 25 0 0 45 0 0 35 6 17.1 204 0 0 358 46 12.8 241 30 12.4 TRUE TRUE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.238765957 1.119382979 2 1.650758621 0.82537931 2 1.623432624 0.811716312 2 3 6 1 1 1 8.20E-49 2.24E-08 5.54E-32 YES 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 1290528 G A - - - - - - 52 0 0 55 2 3.6 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.464275862 0.464275862 1 1.780539007 1.780539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.031164417 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 5974375 G A KIAA2026 CCDS47950.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 0 0 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.584156028 1.584156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 8254958 T A - - - - - - 42 0 0 39 3 7.7 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.993034483 0.993034483 1 1.217574468 1.217574468 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 10501676 G A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 4 9.5 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.225172414 1.225172414 1 2.775546099 0.925182033 3 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 11385978 A T - - - - - - 29 0 0 35 2 5.7 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.735103448 0.735103448 1 1.636524823 1.636524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 13411262 G A - - - - - - 24 0 0 44 3 6.8 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.876965517 0.876965517 1 1.636524823 1.636524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 13693865 G A - - - - - - 21 0 0 31 1 3.2 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.412689655 0.412689655 1 1.741262411 1.741262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 16719135 T A BNC2 CCDS6482.2 r.? - - intronic 22 0 0 37 3 8.1 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 5 5 3 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.04462069 1.04462069 1 2.107843972 2.107843972 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 17 61571293 C A ACE CCDS11637.1 r.3171c>a c.3147C>A p.I1049I silent 28 0 0 38 5 13.2 29 5 17.2 133 0 0 343 58 16.9 132 17 12.9 TRUE TRUE 6 6 4 4 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.438344828 1.438344828 1 1.907858156 1.907858156 1 1.841517241 0.920758621 2 1.430893617 1.430893617 1 3 6 1 1 0.00000137 2.43E-68 0.000000336 4.76E-19 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 24103694 A T - - - - - - 32 0 0 48 7 14.6 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.298896552 1.298896552 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 4.81E-09 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 24932634 T A - - - - - - 36 0 0 41 3 7.3 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 24932644 A T - - - - - - 41 0 0 39 2 5.1 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 26866310 G T C9orf82 CCDS6516.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 3 8.3 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 29314335 G C - - - - - - 47 0 0 34 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.009234043 1.009234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 31091028 C G - - - - - - 34 0 0 45 3 6.7 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.709333333 1.709333333 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001516071 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 31419805 A T - - - - - - 34 0 0 44 2 4.5 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.400344828 0.400344828 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.020580492 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 34793525 G C - - - - - - 49 0 0 38 5 13.2 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.174344828 1.174344828 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000137 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 36239237 T G GNE CCDS47965.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 3 7.3 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 1.109248227 1.109248227 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 36422420 A T - - - - - - 24 0 0 29 2 6.9 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.613862069 0.613862069 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009279585 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 67891138 C T - - - - - - 68 0 0 84 3 3.6 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008812993 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 68745163 A C - - - - - - 20 0 0 20 0 0 22 3 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.236539007 1.236539007 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 68811841 T G - - - - - - 33 0 0 38 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 68811844 T G - - - - - - 31 0 0 38 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 73399421 C G TRPM3 CCDS43835.1 r.? - - intronic 25 0 0 25 4 16 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.583448276 1.583448276 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00000727 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 77138750 C G RORB CCDS6646.1 r.? - - intronic 31 0 0 37 3 8.1 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.80162069 0.80162069 1 0.978943262 0.978943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000855237 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 79084480 C G GCNT1 CCDS6653.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 1 3.7 27 3 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.366172414 0.366172414 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.126579904 1 0.000334187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 85365476 G A - - - - - - 40 0 0 43 3 7 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.692758621 0.692758621 1 0.989035461 0.989035461 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 91066974 G A SPIN1 CCDS43843.1 r.? - - intronic 41 0 0 44 3 6.8 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.672965517 0.672965517 1 2.089085106 2.089085106 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 92742383 G C - - - - - - 29 0 0 43 3 7 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.692758621 0.692758621 1 2.240468085 1.120234043 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001328364 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 100150662 G C - - - - - - 32 0 0 38 3 7.9 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.781827586 0.781827586 1 1.735858156 1.735858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000925091 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 107045137 G T - - - - - - 36 0 0 33 3 9.1 33 5 15.2 262 1 0.4 82 13 15.9 171 16 9.4 TRUE TRUE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.900586207 0.900586207 1 1.534014184 1.534014184 1 1.573551724 1.573551724 1 0.948666667 0.948666667 1 3 6 1 0.731065106 0.000609557 3.95E-16 0.00000066 9.11E-16 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b 9 121549436 C T - - - - - - 31 0 0 47 1 2.1 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.207827586 0.207827586 1 1.170695035 1.170695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.209895027 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 124439390 C G DAB2IP CCDS6833.2 r.? - - intronic 29 0 0 40 3 7.5 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.742241379 0.742241379 1 1.120234043 1.120234043 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 125959024 G A STRBP CCDS6851.1 r.? - - intronic 50 0 0 35 1 2.9 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.287 0.287 1 1.311985816 1.311985816 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.16091139 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 9 129460417 G T LMX1B CCDS6866.1 r.? - - downstream 33 0 0 30 2 6.7 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3 3 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.663068966 0.663068966 1 1.221156028 1.221156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 5383212 A T - - - - - - 26 0 0 46 2 4.3 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.022369545 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 9003920 A T FAM9B CCDS14132.1 r.? - - upstream 26 0 0 26 2 7.7 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.007502227 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 10489160 G C MID1 CCDS14138.1 r.? - - intronic 20 0 0 30 2 6.7 15 3 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000544 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 13612356 T A EGFL6 CCDS14155.1 r.? - - intronic 51 0 0 48 0 0 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 16770974 G A SYAP1 CCDS14177.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 1 3.2 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 22446989 G T - - - - - - 33 0 0 36 1 2.8 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 0.827390071 0.827390071 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 24650672 T C PCYT1B CCDS14213.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 4 11.4 32 6 18.8 2 0 0 4 1 25 2 0 0 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.709333333 1.709333333 1 2.224137931 2.224137931 1 0 0 1 3 6 1 1 0.0000289 0.019850499 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 25756583 A G - - - - - - 25 0 0 36 1 2.8 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 25951547 A T - - - - - - 28 0 0 31 1 3.2 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 26187529 C T - - - - - - 38 0 0 44 3 6.8 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 28262305 C G - - - - - - 30 0 0 44 3 6.8 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 0.781929078 0.781929078 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 29649243 G A IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 3 8.3 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 31185473 G T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 42 0 0 35 0 0 22 4 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00000425 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 31476319 C G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 29 0 0 49 4 8.2 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.729517241 0.729517241 1 1.172893617 1.172893617 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 33032420 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 2 5.7 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.507103448 0.507103448 1 1.654780142 1.654780142 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.013332991 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 40543852 G A MED14 CCDS14254.1 r.? - - intronic 30 0 0 38 1 2.6 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 1.072879433 1.072879433 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 43835472 T G NDP CCDS14262.1 r.? - - upstream 35 0 0 37 2 5.4 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.480413793 0.480413793 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014826063 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 51775468 C G - - - - - - 30 0 0 28 1 3.6 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.130947004 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 52820776 C T SSX2B CCDS48129.1 r.? - - downstream 29 0 0 39 2 5.1 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.209262411 1.209262411 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 53901647 A G - - - - - - 37 0 0 30 2 6.7 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.596068966 0.596068966 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 57728374 C A - - - - - - 37 0 0 47 2 4.3 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.382551724 0.382551724 1 1.418382979 1.418382979 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.02328732 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 67353991 T A OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 3 7.7 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 67719654 T A YIPF6 CCDS14389.1 r.? - - intronic 35 0 0 28 2 7.1 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 2.018468085 1.009234043 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.008668191 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 69329841 A C - - - - - - 34 0 0 46 3 6.5 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 74866336 G T - - - - - - 35 0 0 49 4 8.2 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.729517241 0.729517241 1 2.527631206 1.263815603 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000110643 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 80750433 A T - - - - - - 47 0 0 41 2 4.9 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 81103649 G C - - - - - - 31 0 0 44 3 6.8 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 82380349 C A - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 82891507 T C - - - - - - 33 0 0 31 1 3.2 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.284689655 0.284689655 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 82891508 G T - - - - - - 33 0 0 32 1 3.1 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.275793103 0.275793103 1 1.763886525 1.763886525 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.14819814 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 83071806 A T - - - - - - 47 0 0 35 3 8.6 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.765103448 0.765103448 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000725791 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 83990147 T A - - - - - - 28 0 0 48 3 6.2 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001827434 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 84080193 T A - - - - - - 37 0 0 28 1 3.6 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 1.382014184 1.382014184 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.130947004 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 87842283 T G - - - - - - 34 0 0 43 1 2.3 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.20462069 0.20462069 1 1.054695035 1.054695035 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.193893409 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 88745429 G C - - - - - - 31 0 0 36 1 2.8 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.249103448 0.249103448 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 90306475 T C - - - - - - 35 0 0 36 2 5.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.498206897 0.498206897 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 91570249 T A PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 1 3.4 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.302482759 0.302482759 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.135292269 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 92833720 C A - - - - - - 30 0 0 32 0 0 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.34564539 1.34564539 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 93761882 C G - - - - - - 39 0 0 48 2 4.2 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.373655172 0.373655172 1 1.045602837 1.045602837 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.024220359 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 98660005 A G - - - - - - 37 0 0 42 3 7.1 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 0.863758865 0.863758865 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 100181540 T C XKRX CCDS14476.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 2 5.9 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.524896552 0.524896552 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 101819124 G C - - - - - - 49 0 0 38 1 2.6 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.231310345 0.231310345 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.173434892 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 103924134 G A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 3 6.2 39 7 17.9 198 0 0 166 6 3.6 145 9 6.2 TRUE TRUE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.551586207 0.551586207 1 1.627503546 1.627503546 1 0.320275862 0.320275862 1 0.563716312 0.563716312 1 3 5 1 1 0.001827434 0.000209524 1.04E-09 6.42E-08 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b X 104298919 C T IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 3 7.7 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 105932477 G C RNF128 CCDS14520.1 r.? - - upstream 29 0 0 35 4 11.4 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.014206897 1.014206897 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 106236915 C G MORC4 CCDS14525.2 r.? - - intronic 33 0 0 38 2 5.3 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.136524823 1.136524823 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 110630591 C A DCX CCDS14556.1 r.? - - intronic 39 0 0 44 3 6.8 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.604965517 0.604965517 1 1.036510638 1.036510638 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.00142027 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 111730862 G A - - - - - - 25 0 0 32 1 3.1 24 4 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.275793103 0.275793103 1 1.518397163 1.518397163 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.14819814 1 0.00000613 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 113955951 T A HTR2C CCDS14564.1 r.? - - intronic 10 0 0 20 0 0 21 3 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000155401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 116476304 G C - - - - - - 44 0 0 46 3 6.5 31 3 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.578275862 0.578275862 1 0.881943262 0.881943262 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001615827 1 0.000505952 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 117707160 C G DOCK11 CCDS35373.1 r.? - - intronic 43 0 0 55 3 5.5 33 4 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.489310345 0.489310345 1 1.100156028 1.100156028 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.002700822 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 118296356 A T - - - - - - 38 0 0 44 2 4.5 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.400344828 0.400344828 1 0.718283688 0.718283688 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.020580492 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 123569695 C T ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 1 3 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.266896552 0.266896552 1 1.991191489 0.995595745 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.15245715 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 125464256 A T - - - - - - 40 0 0 28 1 3.6 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.320275862 0.320275862 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.130947004 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 126273689 C T - - - - - - 36 0 0 48 1 2.1 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.186827586 0.186827586 1 1.254723404 1.254723404 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.213845552 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 130121356 G T - - - - - - 23 0 0 42 3 7.1 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.631655172 0.631655172 1 0.972865248 0.972865248 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001240292 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 130168324 G A - - - - - - 33 0 0 44 4 9.1 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.809586207 0.809586207 1 1.336553191 1.336553191 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000723 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 131255456 A G FRMD7 CCDS35397.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 3 10 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.889655172 0.889655172 1 1.454751773 1.454751773 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000458697 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 132531949 C T GPC4 CCDS14637.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 2 5.1 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.453724138 0.453724138 1 1.563858156 1.563858156 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.016387522 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 135609601 C G VGLL1 CCDS14658.1 r.? - - upstream 38 0 0 32 3 9.4 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.836275862 0.836275862 1 2.018468085 2.018468085 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000556213 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 138453663 T C - - - - - - 38 0 0 36 3 8.3 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.738413793 0.738413793 1 1.60022695 1.60022695 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000788827 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 138707781 G C MCF2 CCDS48175.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 2 5.3 26 4 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.471517241 0.471517241 1 1.400198582 1.400198582 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000856 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 139789741 T C ENSG00000203930 ENST00000370535 r.? - - upstream 29 0 0 39 3 7.7 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.685034483 0.685034483 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000998458 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 146200028 C T - - - - - - 31 0 0 41 2 4.9 25 5 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.435931034 0.435931034 1 1.818439716 1.818439716 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018015855 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 147860169 T C AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 2 4.8 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 1.300184397 1.300184397 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 149156806 A G - - - - - - 49 0 0 42 4 9.5 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.845172414 0.845172414 1 0.936496454 0.936496454 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 150782217 C T PASD1 CCDS35431.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 3 7.3 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.649448276 0.649448276 1 2.11848227 1.059241135 2 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.001155993 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 150952986 T A - - - - - - 45 0 0 42 2 4.8 34 3 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.427034483 0.427034483 1 0.800113475 0.800113475 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.018854633 1 0.000666058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b X 150972127 T G - - - - - - 27 0 0 28 0 0 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.909219858 0.909219858 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA PD9775b 19 51217066 G A SHANK1 CCDS12799.1 r.800c>u c.781C>T p.L261L silent 26 0 0 28 3 10.7 44 7 15.9 183 2 1.1 292 20 6.8 137 8 5.8 TRUE TRUE 4 6 2 3 2 3 1 1 NA NA NA NA NA NA 0.951931034 0.951931034 1 1.763659574 1.763659574 1 0.604965517 0.604965517 1 0.643347518 0.643347518 1 3 5 1 0.232931651 0.000372895 1.12E-16 2.55E-09 0.000000551 YES 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9775b X 154062938 C G F8 CCDS35457.1 r.? - - downstream 36 0 0 26 3 11.5 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2 2 2 2 1 1 NA NA NA NA NA NA 1.023103448 1.023103448 1 1.682056738 1.682056738 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.000298167 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NO inad_validation_depth inad_validation_depth NA