Normal	Chrom	Pos	Ref	Alt	Gene	Transcript	RNA	CDS	Protein	Effect	DIS_sample_PD9769d2_depth	DIS_MtAll_PD9769d2	DIS_MtAllPct_PD9769d2	DIS_sample_PD9769a_depth	DIS_MtAll_PD9769a	DIS_MtAllPct_PD9769a	DIS_sample_PD9769c_depth	DIS_MtAll_PD9769c	DIS_MtAllPct_PD9769c	VAL_sample_WGA_PD9769d2_depth	VAL_MtAll_WGA_PD9769d2	VAL_MtAllPct_WGA_PD9769d2	VAL_sample_WGA_PD9769a_depth	VAL_MtAll_WGA_PD9769a	VAL_MtAllPct_WGA_PD9769a	VAL_sample_WGA_PD9769c_depth	VAL_MtAll_WGA_PD9769c	VAL_MtAllPct_WGA_PD9769c	in.discovery	in.validation	subclonal.CN.a	subclonal.CN.c	nMaj1.a	nMaj1.c	nMin1.a	nMin1.c	frac1.a	frac1.c	nMaj2.a	nMaj2.c	nMin2.a	nMin2.c	frac2.a	frac2.c	mutation.copy.number.a	subclonal.fraction.a	no.chrs.bearing.mut.a	mutation.copy.number.c	subclonal.fraction.c	no.chrs.bearing.mut.c	val.mutation.copy.number.a	val.subclonal.fraction.a	val.no.chrs.bearing.mut.a	val.mutation.copy.number.c	val.subclonal.fraction.c	val.no.chrs.bearing.mut.c	discovery.DP.cluster	validation.DP.cluster	pbinom_dis_a	pbinom_val_a	pbinom_dis_c	pbinom_val_c	VAL_LOCUS	val_status_a	val_status_c	current.conf.status	val.status
PD9769d2	1	80458	A	C	-	-	-	-	-	-	12	0	0	3	2	66.7	7	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	0.0000748	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	3082179	T	C	PRDM16	CCDS44048.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	17	3	17.6	33	7	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.427703524	0.427703524	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.0000807	1	2.98E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	4371702	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	42	21	50	45	4	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.420803783	0.420803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-37	1	0.0000791	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	4388584	C	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	32	24	75	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	5668099	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	36	83.7	36	9	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	1.63E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	6170551	T	C	CHD5	CCDS57.1	r.5385a>g	c.5285A>G	p.D1762G	missense	16	0	0	31	29	93.5	53	21	39.6	10	0	0	8	4	50	3066	4	0.1	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.27217497	1.136087485	2	1.872340426	0.936170213	2	1.215066829	1.215066829	1	0.004728132	0.004728132	1	6	7	8.58E-65	4.31E-08	1.30E-34	0.99984255	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	7176374	A	T	CAMTA1	CCDS30576.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	33	28	84.8	39	15	38.5	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.820330969	0.910165485	2	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	8.63E-60	1	6.85E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	8299329	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	32	6	18.8	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.456865128	0.456865128	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-08	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	10264183	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	26	7	26.9	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.653705954	0.653705954	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.73E-11	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	10912916	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	31	83.8	46	23	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	8.79E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	10998331	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	55	49	89.1	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.165249089	1.082624544	2	1.957446809	0.978723404	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.00E-106	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	12758925	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	46	43	93.5	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.27217497	1.136087485	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-95	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	12936385	C	T	PRAMEF23	CCDS30592.1	r.?	-	-	downstream	24	0	0	20	6	30	25	1	4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.729040097	0.729040097	1	0.189125296	0.189125296	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-10	1	0.117779757	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	13974556	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	35	83.3	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	14087061	C	T	PRDM2	CCDS150.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	43	38	88.4	53	30	56.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	2.676122931	1.338061466	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	5.19E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	14106273	C	T	PRDM2	CCDS150.1	r.2839c>u	c.1983C>T	p.P661P	silent	22	0	0	31	25	80.6	43	20	46.5	214	0	0	310	266	85.8	219	111	50.7	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	2.19858156	1.09929078	2	2.085054678	1.042527339	2	2.397163121	1.19858156	2	6	8	2.13E-52	0	8.21E-35	1.00E-191	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	14286974	C	T	C1orf196	ENST00000412667	r.?	-	-	intronic	20	0	0	31	27	87.1	41	16	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	1.843971631	0.921985816	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	1.40E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	14576961	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	14	35.9	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	1.115839243	1.115839243	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-23	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	14866674	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	41	35	85.4	65	26	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	1.24E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	15855322	C	G	DNAJC16	CCDS30606.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	51	23	45.1	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.095990279	1.095990279	1	0.874704492	0.874704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.05E-39	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	16330652	C	A	C1orf64	CCDS166.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	38	17	44.7	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.99E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	16400616	C	G	FAM131C	CCDS41270.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	35	11	31.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.763061968	0.763061968	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.82E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	17190970	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	87	37	42.5	89	24	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	1.276595745	1.276595745	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.87E-61	1	1.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	17549462	C	A	PADI1	CCDS178.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	14	4	28.6	32	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.000000601	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	17930779	G	T	ARHGEF10L	CCDS182.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	40	12	30	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.729040097	0.729040097	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-18	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	18331344	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	20	47.6	43	7	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.156743621	1.156743621	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-35	1	2.15E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	18543542	A	T	IGSF21	CCDS184.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	28	17	60.7	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.47509113	0.737545565	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.56E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	18749845	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	47	35	74.5	70	33	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.810449575	0.905224787	2	2.226950355	1.113475177	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.43E-70	1	9.75E-57	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	21367642	G	A	EIF4G3	CCDS214.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	51	16	31.4	72	11	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.763061968	0.763061968	1	0.723404255	0.723404255	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.28E-25	1	1.12E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	23873469	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	34	87.2	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	24321823	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	39	36	92.3	66	25	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	1.791962175	0.895981087	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-79	1	2.57E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	25369252	G	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	47	22	46.8	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.137302552	1.137302552	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-38	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	28361708	T	G	EYA3	CCDS316.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	45	26	57.8	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.404617254	0.702308627	2	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.32E-48	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	29091242	A	G	YTHDF2	CCDS41296.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	29	29	100	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.86E-67	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	29325434	C	A	EPB41	CCDS331.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	32	28	87.5	51	26	51	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.411347518	1.205673759	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-60	1	3.27E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	29407878	C	A	EPB41	CCDS331.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	44	33	75	51	22	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.46E-67	1	3.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	30085730	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	33	17	51.5	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.251518834	1.251518834	1	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.25E-31	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	30475957	C	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	33	15	45.5	47	0	0	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.105710814	1.105710814	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.91E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	31184887	G	A	MATN1	CCDS336.1	r.3069c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	22	0	0	37	29	78.4	43	24	55.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	2.638297872	1.319148936	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	4.35E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	31469785	G	C	PUM1	CCDS44099.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	38	13	34.2	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	32456089	T	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	43	11	25.6	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.42E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	32990744	C	A	ZBTB8B	ENST00000291374	r.?	-	-	intronic	32	0	0	44	37	84.1	49	24	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	3.34E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	33592497	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	57	47	82.5	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.92E-98	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	34155110	G	A	CSMD2	CCDS380.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	27	11	40.7	32	7	21.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.989064399	0.989064399	1	1.035460993	1.035460993	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.92E-19	1	2.36E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	34332624	C	A	CSMD2	CCDS380.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	50	15	30	55	0	0	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.729040097	0.729040097	1	0	0	1	0	0	1	NA	NA	1	5	NA	5.83E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	34520102	C	T	CSMD2	CCDS380.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	50	44	88	40	22	55	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.138517618	1.069258809	2	2.600472813	1.300236407	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.77E-95	1	2.48E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	35161159	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	48	34	70.8	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.720534629	0.860267315	2	1.929078014	0.964539007	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.62E-67	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	35347841	G	T	DLGAP3	CCDS30670.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	34	21	61.8	36	17	47.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.5018226	0.7509113	2	2.231678487	1.115839243	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.16E-40	1	6.00E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	36255225	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	51	45	88.2	52	25	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.143377886	1.071688943	2	2.274231678	1.137115839	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-97	1	1.25E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	36400097	C	A	EIF2C3	CCDS399.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	57	48	84.2	48	23	47.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	2.264775414	1.132387707	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-101	1	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	37461733	G	T	GRIK3	CCDS416.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	33	29	87.9	35	8	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	8.15E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	39529399	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	47	22	46.8	54	5	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.137302552	1.137302552	1	0.439716312	0.439716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-38	1	0.00000806	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	39960952	G	A	BMP8A	CCDS437.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	41	16	39	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	40473100	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	46	36	78.3	48	27	56.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.902794654	0.951397327	2	2.657210402	1.328605201	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.65E-74	1	1.50E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	41369488	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	41	21	51.2	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.244228433	1.244228433	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.17E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	41644092	T	C	SCMH1	CCDS461.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	30	24	80	38	11	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.44E-50	1	5.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	41644097	G	T	SCMH1	CCDS461.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	31	24	77.4	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-49	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	41744362	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	39	14	35.9	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.19E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	41871163	A	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	40	34	85	58	27	46.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	2.203309693	1.101654846	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	1.68E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	42812564	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	33	31	93.9	59	23	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.281895504	1.140947752	2	1.843971631	0.921985816	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.43E-69	1	1.45E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	43308424	A	C	ERMAP	CCDS475.1	r.1193a>c	c.949A>C	p.K317Q	missense	32	0	0	36	28	77.8	57	19	33.3	169	0	0	177	160	90.4	178	30	16.9	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	1.574468085	0.787234043	2	2.196840826	1.098420413	2	0.799054374	0.799054374	1	6	8	1.08E-57	0	1.01E-29	4.18E-36	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	44412612	G	C	IPO13	CCDS503.1	r.2g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	10	0	0	40	36	90	54	24	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-78	1	7.24E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	44701265	C	G	ERI3	CCDS30696.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	42	18	42.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.20E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	44812413	C	T	ERI3	CCDS30696.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	46	41	89.1	47	19	40.4	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.165249089	1.082624544	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.08E-89	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	47562182	G	C	CYP4Z1	CCDS545.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	48	20	41.7	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	49369752	A	T	AGBL4	CCDS44137.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	30	4	13.3	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.323207776	0.323207776	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000154	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	53105030	T	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	40	18	45	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.093560146	1.093560146	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.90E-31	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	57244473	T	G	C1orf168	CCDS30729.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	44	22	50	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	1.030732861	1.030732861	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.51E-39	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	58433798	C	A	DAB1	CCDS607.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	33	15	45.5	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.105710814	1.105710814	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.91E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	59307235	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	38	14	36.8	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.894289186	0.894289186	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.28E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	59620519	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	40	21	52.5	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.27582017	1.27582017	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.72E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	60072896	C	T	FGGY	CCDS44155.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	42	15	35.7	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	60638519	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	37	27	73	50	23	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	2.174940898	1.087470449	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	1.13E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	63304831	G	A	ATG4C	CCDS623.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	49	41	83.7	46	14	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.437352246	1.437352246	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-86	1	1.26E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	63559150	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	38	14	36.8	43	8	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.894289186	0.894289186	1	0.879432624	0.879432624	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.28E-23	1	4.85E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	64157596	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	28	13	46.4	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.127582017	1.127582017	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.26E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	64894180	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	33	19	57.6	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.399756987	0.699878493	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.46E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	67862750	G	A	IL12RB2	CCDS638.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	44	19	43.2	54	4	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0.349881797	0.349881797	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-32	1	0.000161898	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	68786227	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	39	15	38.5	34	12	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	1.669030733	0.834515366	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.85E-25	1	1.21E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	69326636	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	44	37	84.1	60	28	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	3.31E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	69753395	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	32	76.2	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851761847	0.925880923	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	69859184	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	30	76.9	46	21	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	2.94E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	70162748	T	A	LRRC7	ENST00000310961	r.?	-	-	intronic	35	0	0	38	13	34.2	50	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0.094562648	0.094562648	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	0.221687443	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	70280847	G	T	LRRC7	CCDS645.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	23	10	43.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.057108141	1.057108141	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.05E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	70532441	C	T	LRRC7	CCDS645.1	r.?	-	-	intronic	30	1	3.3	49	40	81.6	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.763593381	0.88179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-83	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	70618327	G	A	LRRC40	CCDS646.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	54	8	14.8	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.359659781	0.359659781	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	3.31E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	71299154	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	31	27	87.1	34	15	44.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	2.085106383	1.042553191	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	5.18E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	72016353	C	G	NEGR1	CCDS661.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	25	22	88	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.138517618	1.069258809	2	1.120567376	1.120567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.41E-48	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	73290651	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	33	78.6	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.763593381	0.88179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	74193905	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	43	41	95.3	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.315917375	1.157958688	2	2.250591017	1.125295508	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.07E-92	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	74718799	A	G	TNNI3K	CCDS44161.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	31	23	74.2	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.803159174	0.901579587	2	1.527186761	0.763593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.05E-47	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	75131769	T	A	C1orf173	CCDS30755.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	39	30	76.9	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	77098187	T	C	ST6GALNAC3	CCDS672.1	r.4762u>c	c.?	p.?	3'UTR variant	28	0	0	50	12	24	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.583232078	0.583232078	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.49E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	79593986	G	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	31	27	87.1	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	83032898	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	55	27	49.1	51	13	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.193195626	1.193195626	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-47	1	4.87E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	84726733	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	42	16	38.1	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	1.059101655	1.059101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.25E-26	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	85766834	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	37	27	73	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	1.924349882	0.962174941	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	88803607	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	53	46	86.8	43	27	62.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	2.969267139	1.48463357	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.12E-98	1	1.83E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	89623807	C	G	GBP7	CCDS720.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	49	15	30.6	34	7	20.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0.973995272	0.973995272	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.10E-23	1	3.73E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	90973325	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	8	18.6	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.45200486	0.45200486	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.85E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	92079269	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	32	80	53	26	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.321513002	1.160756501	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	92604375	T	C	BTBD8	CCDS737.1	r.?	-	-	intronic	46	0	0	49	17	34.7	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.843256379	0.843256379	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.26E-27	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	95406918	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	45	37	82.2	40	16	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.997569866	0.998784933	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-77	1	8.56E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	95901036	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	50	21	42	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.020656136	1.020656136	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.79E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	97321620	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	29	76.3	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.854191981	0.92709599	2	1.602836879	0.80141844	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-59	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	97757074	T	C	DPYD	CCDS30777.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	43	19	44.2	32	6	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.074119077	1.074119077	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.36E-32	1	1.27E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	97797593	C	G	DPYD	CCDS30777.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	53	25	47.2	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.147023086	1.147023086	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.35E-43	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	98416850	A	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	31	24	77.4	61	20	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	1.550827423	0.775413712	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-49	1	4.89E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	98439447	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	34	11	32.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	98977836	T	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	41	35	85.4	48	19	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	1.92E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	99672894	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	36	30	83.3	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	100978606	T	C	CDC14A	CCDS769.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	41	34	82.9	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	102563053	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	41	37	90.2	44	24	54.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.191980559	1.095990279	2	2.576832151	1.288416076	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.23E-81	1	9.53E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	102664616	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	40	32	80	43	21	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	4.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	104211371	T	C	AMY1A	CCDS30782.1	r.?	-	-	downstream	41	0	0	31	22	71	48	5	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.725394897	0.862697448	2	0.491725768	0.491725768	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.60E-44	1	0.00000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	104457626	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	37	31	83.8	53	20	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	1.78250591	0.891252955	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	1.65E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	106292932	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	48	41	85.4	58	19	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.550827423	0.775413712	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-87	1	1.50E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	107018271	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	48	37	77.1	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.602836879	0.80141844	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	109688811	G	A	KIAA1324	CCDS794.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	46	32	69.6	64	30	46.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.691373026	0.845686513	2	2.21749409	1.108747045	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.22E-63	1	1.28E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	111519706	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	56	14	25	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.91E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	111607399	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	17	45.9	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.115431349	1.115431349	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.10E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	112026161	T	C	ADORA3	CCDS838.1	r.1326a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	31	0	0	37	17	45.9	43	8	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.115431349	1.115431349	1	0.879432624	0.879432624	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-29	1	4.85E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	112047402	T	C	ADORA3	CCDS839.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	44	40	90.9	48	23	47.9	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	2.264775414	1.132387707	2	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	1.21E-87	0.000025	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	114374530	C	G	PTPN22	CCDS863.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	45	24	53.3	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.295261239	1.295261239	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.03E-43	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	115067201	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	43	38	88.4	52	24	46.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	2.184397163	1.092198582	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	2.22E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	118686187	A	G	SPAG17	CCDS899.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	43	14	32.6	40	2	5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.792223572	0.792223572	1	0.236406619	0.236406619	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.18E-22	1	0.017193422	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	119053836	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	32	84.2	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	1.806146572	0.903073286	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-68	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	119425258	G	A	TBX15	CCDS30816.1	r.?	-	-	downstream	38	0	0	39	19	48.7	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183475091	1.183475091	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.20E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	143734029	G	A	-	-	-	-	-	-	50	0	0	75	32	42.7	83	16	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.037667072	1.037667072	1	0.912529551	0.912529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-53	1	5.75E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	144391452	T	A	AL592284.1	CCDS3072.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	12	3	25	25	5	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.0000266	1	0.000000153	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	145135605	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	77	22	28.6	78	14	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.058200284	2	3	2	0	0	0.941799716	1	3	NA	1	NA	0.058200284	NA	0.997663507	0.997663507	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.86E-32	1	4.63E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	145725937	C	T	PDZK1	CCDS924.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	34	25	73.5	37	16	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.058200284	2	3	2	0	0	0.941799716	1	3	NA	1	NA	0.058200284	NA	2.563925447	0.871549967	2.941799716	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-50	1	1.78E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	146771887	G	A	CHD1L	CCDS927.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	103	25	24.3	90	7	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	0.940736755	0.940736755	1	0.581244515	0.581244515	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-34	1	0.000000406	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	146852587	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	85	38	44.7	57	13	22.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	1.730491068	1.110150945	1.558788987	1.699022428	0.985671726	1.723720365	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.02E-64	1	2.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	146979007	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	88	17	19.3	75	10	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	0.747169521	0.747169521	1	0.991096416	0.991096416	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.34E-22	1	6.02E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	146997627	T	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	102	17	16.7	94	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	0.64651456	0.64651456	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.90E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	147712183	T	C	-	-	-	-	-	-	63	0	0	163	18	11	149	9	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	0.425847914	0.965179701	0.441211013	0.447111165	0.617795473	0.723720365	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.46E-19	1	8.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	148003172	G	C	NBPF14	CCDS30836.1	r.?	-	-	downstream	17	0	0	19	3	15.8	24	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	0.611672458	0.611672458	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000114071	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	148643390	C	G	NBPF15	ENST00000442702	r.?	-	-	intronic	13	0	0	12	5	41.7	15	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.441211013	4.723720365	2	2	1	2	0.558788987	0.276279635	2	3	2	2	0.441211013	0.723720365	1.614350728	1.614350728	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.40E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	149514259	G	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	7	5	71.4	8	1	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	4.723720365	NA	2	NA	2	NA	0.276279635	NA	3	NA	2	NA	0.723720365	NA	NA	1	0.931481594	0.931481594	1	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.51E-11	1	0.039306956	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	149674213	G	A	ENSG00000203815	ENST00000369173	r.?	-	-	upstream	6	0	0	23	16	69.6	26	14	53.8	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	4.387556347	1.096889087	4	4.009096781	1.471919376	2.723720365	NA	NA	0	7.451852753	2.735909621	2.723720365	6	NA	3.62E-32	1	5.57E-26	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	149861810	A	T	HIST2H2BE	CCDS936.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	131	17	13	114	15	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	0.819514835	0.819514835	1	0.983644563	0.983644563	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.17E-19	1	4.00E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	149922410	G	C	OTUD7B	CCDS41389.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	113	12	10.6	85	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	0.668219789	0.668219789	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	7.57E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	150323436	T	A	PRPF3	CCDS951.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	50	6	12	61	4	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	0.756475232	0.756475232	1	0.491822282	0.491822282	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	0.000000206	1	0.000259828	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	150325605	T	A	PRPF3	CCDS951.1	r.2367u>a	c.?	p.?	3'UTR variant	34	0	0	127	82	64.6	81	39	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	4.072358334	1.018089583	4	3.584341174	1.315972528	2.723720365	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	8.77E-155	1	3.00E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	150515674	C	T	-	-	-	-	-	-	6	0	0	76	7	9.2	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	0.544663343	0.544663343	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000126	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	152524715	C	A	LCE3C	ENST00000419212	r.?	-	-	intronic	35	0	0	94	39	41.5	87	16	18.4	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	2.456905299	0.978893562	2.509879924	1.371140906	1.371140906	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.84E-64	1	1.29E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	152767882	T	C	LCE1D	CCDS1025.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	76	34	44.7	73	20	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	2.646353419	1.054374512	2.509879924	2.041807654	1.020903827	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.16E-57	1	3.18E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	153689680	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	83	22	26.5	65	14	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	1.568867239	1.039067554	1.509879924	1.602148342	0.929471145	1.723720365	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-31	1	2.93E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	154618877	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	113	14	12.4	96	15	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	0.734111463	0.734111463	1	1.162489029	1.162489029	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.05E-15	1	2.73E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	154618878	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	114	17	14.9	98	16	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	0.882117806	0.882117806	1	1.214651999	1.214651999	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.58E-20	1	9.83E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	155111199	C	T	RAG1AP1	CCDS1093.1	r.1170c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	28	0	0	68	29	42.6	77	31	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	2.522028091	1.004840139	2.509879924	3.003096659	1.102571577	2.723720365	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.12E-48	1	1.20E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	155402807	A	T	ASH1L	CCDS1113.2	r.?	-	-	intronic	26	0	0	90	18	20	80	10	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	1.184050747	1.184050747	1	0.931481594	0.931481594	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-23	1	1.17E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	156373380	T	G	C1orf61	CCDS1142.1	r.?	-	-	downstream	19	0	0	57	10	17.5	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	1.036044403	1.036044403	1	1.423303876	1.423303876	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.40E-13	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	156621354	G	T	BCAN	CCDS1149.1	r.1506g>u	c.1170G>T	p.L390L	silent	16	0	0	91	46	50.5	74	39	52.7	160	2	1.2	126	76	60.3	83	27	32.5	TRUE	TRUE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	2.989728136	0.996576045	3	3.927126401	1.441824371	2.723720365	3.569913001	1.189971	3	2.421852145	0.889170627	2.723720365	6	8	2.34E-80	4.28E-140	2.41E-69	2.90E-41	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	156675202	A	T	CRABP2	CCDS1152.1	r.192u>a	c.37T>A	p.S13T	missense	11	0	0	75	11	14.7	96	11	11.5	52	0	0	27	8	29.6	69	9	13	TRUE	TRUE	6.337691424	4.723720365	4	2	2	2	0.662308576	0.276279635	4	3	3	2	0.337691424	0.723720365	0.994870287	0.994870287	1	0.856963067	0.856963067	1	2.003276224	1.001638112	2	0.968740858	0.968740858	1	6	8	1.78E-13	7.97E-13	2.92E-12	8.45E-11	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	157182653	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	135	23	17	83	11	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.337691424	4.723720365	4	2	2	2	0.662308576	0.276279635	4	3	3	2	0.337691424	0.723720365	1.150530264	1.150530264	1	0.991096416	0.991096416	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.67E-28	1	5.66E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	157401602	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	101	13	12.9	80	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.337691424	4.723720365	4	2	2	2	0.662308576	0.276279635	4	3	3	2	0.337691424	0.723720365	0.873049435	0.873049435	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.62E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	157600089	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	71	34	47.9	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.122034022	1.061017011	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.02E-58	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	158422254	G	T	-	-	-	-	-	-	42	1	2.4	75	31	41.3	75	25	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.8296452	0.9148226	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.27E-51	1	1.23E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	158444843	C	G	OR10R2	CCDS30898.1	r.?	-	-	upstream	19	0	0	91	12	13.2	81	10	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.584777643	0.584777643	1	0.827560284	0.827560284	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.35E-14	1	1.33E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	158500695	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	88	19	21.6	95	10	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95690887	0.95690887	1	0.706453901	0.706453901	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-25	1	6.70E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	158977311	G	A	IFI16	CCDS1180.3	r.?	-	-	upstream	28	0	0	73	33	45.2	73	19	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002420413	1.001210207	2	1.749314421	0.87465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	2.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159078931	C	G	AIM2	ENST00000411768	r.?	-	-	intronic	32	0	0	73	11	15.1	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.668950182	0.668950182	1	0	0	1	NA	NA	1	0	0	1	5	NA	1.31E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159292530	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	68	35	51.5	77	25	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.281518834	1.140759417	2	2.186643026	1.093321513	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.85E-62	1	2.69E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159328244	T	C	OR10J1	ENST00000328408	r.?	-	-	intronic	37	0	0	68	17	25	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.107533414	1.107533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.69E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159382017	A	T	OR10J1	ENST00000328408	r.?	-	-	intronic	20	1	5	67	27	40.3	50	25	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.785343864	0.892671932	2	3.364066194	1.682033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-44	1	3.34E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159626683	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	93	23	24.7	76	11	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.094243013	1.094243013	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-32	1	2.08E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	159626812	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	84	19	22.6	69	11	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001210207	1.001210207	1	1.06977305	1.06977305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.62E-26	1	6.82E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	160000199	T	C	PIGM	CCDS1192.1	r.1585a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	40	0	0	71	14	19.7	77	7	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.87273633	0.87273633	1	0.612260047	0.612260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-18	1	0.000000138	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	160444913	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	68	13	19.1	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.846155529	0.846155529	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.96E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	161244579	G	C	PCP4L1	ENST00000504449	r.?	-	-	intronic	28	0	0	65	11	16.9	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.41E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	161442673	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	66	16	24.2	73	11	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.072092345	1.072092345	1	1.015947991	1.015947991	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-22	1	1.31E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	162388977	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	83	24	28.9	62	3	4.8	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.280308627	1.280308627	1	0.322950355	0.322950355	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-35	1	0.003793816	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	163807262	C	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	61	16	26.2	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.898695018	0.898695018	1	0.824070392	0.824070392	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.50E-23	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	163838643	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	57	14	24.6	61	14	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.84381288	0.84381288	1	1.280649933	1.280649933	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.84E-20	1	1.10E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	164117258	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	66	16	24.2	42	6	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.830092345	0.830092345	1	0.796230176	0.796230176	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-22	1	7.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	164337682	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	19	34.5	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	1.183396112	1.183396112	1	1.091336465	1.091336465	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.51E-30	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	164339029	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	53	18	34	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	1.166245443	1.166245443	1	0.640324967	0.640324967	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.09E-28	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	164646625	G	A	PBX1	CCDS1246.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	49	14	28.6	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.981018226	0.981018226	1	0.857478651	0.857478651	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.50E-21	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	165163714	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	77	14	18.2	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2.839910801	2	1	2	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.806284326	0.806284326	1	0.723845615	0.723845615	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.82E-18	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	166266148	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	41	17	41.5	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	1.423505468	1.423505468	1	0.968839515	0.968839515	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-28	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	166304607	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	47	30	63.8	61	18	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	2.188425273	1.094212637	2	1.642572741	0.892745855	1.839910801	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.35E-57	1	4.08E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	166386439	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	50	9	18	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0.617424058	0.617424058	1	1.091336465	1.091336465	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.07E-12	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	166782858	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	40	32	80	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	166841679	C	T	TADA1	CCDS1255.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	49	41	83.7	57	24	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-86	1	3.83E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	168384464	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	72	7	9.7	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.332722965	0.332722965	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	8.66E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	170003711	C	T	KIFAP3	CCDS1288.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	67	20	29.9	72	19	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.025609964	1.025609964	1	1.51222695	0.756113475	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.42E-30	1	1.75E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	170642785	C	T	PRRX1	CCDS1291.1	r.?	-	-	intronic	46	0	0	86	23	26.7	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.182845687	1.182845687	1	0.841016548	0.841016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.16E-33	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	170922206	C	T	C1orf129	CCDS41436.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	70	21	30	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.329040097	1.329040097	1	1.298529551	1.298529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.45E-31	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	171897591	G	A	DNM3	CCDS44276.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	80	11	13.8	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.611358445	0.611358445	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.73E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	172027838	G	T	DNM3	CCDS44276.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	45	12	26.7	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.182845687	1.182845687	1	0.941938534	0.941938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-18	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	172202196	G	C	DNM3	CCDS44276.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	58	16	27.6	75	7	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.222716889	1.222716889	1	0.625716312	0.625716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-23	1	0.000000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	172473156	A	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	96	16	16.7	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.739832321	0.739832321	1	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.93E-20	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	172542173	A	C	C1orf9	CCDS1303.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	82	39	47.6	73	18	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.108743621	1.05437181	2	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.69E-67	1	1.62E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	173263651	T	C	AL022310.2	ENST00000421168	r.?	-	-	intronic	35	0	0	91	17	18.7	80	13	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.828434994	0.828434994	1	1.089957447	1.089957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.18E-22	1	2.82E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	173279413	G	A	AL022310.2	ENST00000421168	r.?	-	-	intronic	46	0	0	71	12	16.9	84	9	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0.719910165	0.719910165	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.38E-15	1	5.13E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	174421889	C	T	RABGAP1L	CCDS1314.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	67	30	44.8	69	18	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.984699878	0.992349939	2	1.756042553	0.878021277	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.78E-51	1	5.16E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	174570159	T	G	RABGAP1L	CCDS1314.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	91	14	15.4	76	11	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.682240583	0.682240583	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.55E-17	1	2.08E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	175339656	G	A	TNR	CCDS1318.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	52	25	48.1	65	19	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.130894289	1.065447145	2	1.964614657	0.982307329	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.25E-43	1	1.89E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	175512851	C	T	TNR	CCDS1318.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	106	53	50	68	18	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	1.782955083	0.891477541	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.37E-92	1	3.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	175591659	C	T	TNR	CCDS1318.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	82	11	13.4	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.59363791	0.59363791	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.94E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	175597088	C	T	TNR	CCDS1318.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	64	9	14.1	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.624648846	0.624648846	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.20E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	176221157	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	76	18	23.7	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.049941677	1.049941677	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.63E-25	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	176304881	T	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	59	30	50.8	76	21	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.250507898	1.125253949	2	1.856964539	0.92848227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.78E-53	1	1.07E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	176793088	C	T	PAPPA2	CCDS41438.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	87	17	19.5	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.863876063	0.863876063	1	1.002491726	1.002491726	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	2.71E-22	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	177268707	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	79	33	41.8	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851795869	0.925897934	2	1.460004728	1.460004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-54	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	177621292	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	71	12	16.9	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.38E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178019443	A	C	-	-	-	-	-	-	16	0	0	67	25	37.3	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.652439854	0.826219927	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.07E-40	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178097737	A	T	RASAL2	CCDS1321.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	86	15	17.4	90	14	15.6	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.770843256	0.770843256	1	1.049588652	1.049588652	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	4.76E-19	1	3.87E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178114602	C	T	RASAL2	CCDS1321.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	75	38	50.7	85	20	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.246077764	1.123038882	2	1.581111111	0.790555556	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-66	1	9.82E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178194733	T	A	RASAL2	CCDS1321.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	58	16	27.6	66	17	25.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.222716889	1.222716889	1	1.735858156	0.867929078	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-23	1	1.52E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178314911	C	G	RASAL2	CCDS1322.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	69	32	46.4	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055582017	1.027791009	2	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.19E-55	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178387777	G	A	RASAL2	CCDS1322.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	74	29	39.2	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.736612394	0.868306197	2	2.321205674	1.160602837	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.68E-47	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178405111	G	A	RASAL2	CCDS1322.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	92	42	45.7	76	16	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024571081	1.012285541	2	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.18E-71	1	1.25E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178698554	C	T	RALGPS2	CCDS1325.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	67	17	25.4	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125253949	1.125253949	1	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.03E-24	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	179001802	G	A	FAM20B	CCDS1328.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	82	24	29.3	64	12	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.298029162	1.298029162	1	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-35	1	6.30E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	179177293	T	A	ABL2	CCDS44283.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	65	10	15.4	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.682240583	0.682240583	1	1.123598109	1.123598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.36E-12	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	179292925	G	C	SOAT1	CCDS1330.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	84	14	16.7	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.739832321	0.739832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	179719551	G	T	FAM163A	CCDS1333.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	82	18	22	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.974629405	0.974629405	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.65E-24	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	179958472	G	A	CEP350	CCDS1336.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	90	46	51.1	88	17	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.263798299	1.131899149	2	1.298529551	1.298529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.16E-80	1	3.34E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	180939149	G	A	STX6	CCDS1341.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	82	43	52.4	65	22	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.321390036	1.160695018	2	2.274108747	1.137054374	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.62E-76	1	2.36E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	181105486	T	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	68	30	44.1	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953688943	0.976844471	2	1.480189125	1.480189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.38E-50	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	181698949	G	A	CACNA1E	ENST00000367573	r.?	-	-	intronic	30	0	0	79	17	21.5	81	15	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.952478736	0.952478736	1	1.244704492	1.244704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.55E-23	1	1.82E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	181819894	G	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	71	15	21.1	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.934758202	0.934758202	1	1.177423168	1.177423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.15E-20	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	182727609	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	77	13	16.9	82	6	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0.491153664	0.491153664	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.67E-16	1	0.00000395	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	183412398	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	110	60	54.5	87	37	42.5	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	6	3	4	2	2	0.526328689	1	4	NA	2	NA	0.473671311	NA	3.217573708	1.072524569	3	3.709456265	0.927364066	4	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.25E-107	1	2.87E-61	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	183428108	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	115	66	57.4	83	43	51.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	6	3	4	2	2	0.526328689	1	4	NA	2	NA	0.473671311	NA	3.388784052	0.975562668	3.473671311	4.521172577	1.130293144	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.40E-120	1	7.48E-76	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	183636905	C	T	RGL1	CCDS1359.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	114	38	33.3	83	22	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	3.535731944	3	2	2	1	0.526328689	0.464268056	4	2	2	2	0.473671311	0.535731944	1.965967055	0.982983527	2	1.659924048	1.133620338	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.47E-58	1	1.23E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	183940970	G	T	GLT25D2	CCDS1360.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	106	47	44.3	84	24	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	3.535731944	3	2	2	1	0.526328689	0.464268056	4	2	2	2	0.473671311	0.535731944	2.615385601	1.057289054	2.473671311	1.791465199	0.895732599	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-78	1	2.87E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	184440225	G	A	C1orf21	CCDS1362.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	106	16	15.1	86	12	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	3.535731944	3	2	2	1	0.526328689	0.464268056	4	2	2	2	0.473671311	0.535731944	0.89147455	0.89147455	1	0.876941006	0.876941006	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.68E-19	1	2.65E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	184440226	G	T	C1orf21	CCDS1362.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	106	16	15.1	86	12	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.473671311	3.535731944	3	2	2	1	0.526328689	0.464268056	4	2	2	2	0.473671311	0.535731944	0.89147455	0.89147455	1	0.876941006	0.876941006	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.68E-19	1	2.65E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	184750078	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	76	27	35.5	77	19	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.572697448	0.786348724	2	1.54717449	1.056619711	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.67E-42	1	7.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	184834983	G	A	FAM129A	CCDS1364.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	74	29	39.2	75	18	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.736612394	0.868306197	2	1.50332744	1.026675023	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.68E-47	1	2.78E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	184899951	G	A	FAM129A	CCDS1364.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	57	13	22.8	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.010070474	1.010070474	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	185000374	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	68	13	19.1	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0.846155529	0.846155529	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.96E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	185524348	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	58	17	29.3	73	8	11	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.298029162	1.298029162	1	0.689025077	0.689025077	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.24E-25	1	3.93E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	185551513	A	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	72	31	43.1	73	10	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.909387606	0.954693803	2	0.858149413	0.858149413	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.50E-52	1	4.56E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	186116940	C	T	HMCN1	CCDS30956.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	79	13	16.5	73	8	11	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0.730972053	0.730972053	1	0.689025077	0.689025077	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.37E-16	1	3.93E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	187557354	T	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	120	47	39.2	83	22	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	2.128612394	1.064306197	2	1.659924048	1.133620338	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.87E-75	1	1.23E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	187599546	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	82	37	45.1	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	2.448990279	0.816330093	3	1.008482157	1.008482157	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.69E-62	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	187609671	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	95	9	9.5	53	0	0	222	0	0	454	45	9.9	228	0	0	FALSE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0.515862697	0.515862697	1	0	NA	0	0.537583232	0.537583232	1	0	NA	0	NA	NA	1.56E-09	1.24E-42	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	187928514	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	73	11	15.1	63	7	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0.819950182	0.819950182	1	0.695288941	0.695288941	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-13	1	3.38E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	188175302	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	103	20	19.4	80	13	16.2	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.05344593	1.05344593	1	1.014746022	1.014746022	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	6.62E-26	1	2.82E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	188842911	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	99	41	41.4	95	23	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	2.248075334	1.124037667	2	1.515855168	1.035230648	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-67	1	5.51E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	188940429	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	78	27	34.6	72	15	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.878826245	0.939413123	2	1.302883781	1.302883781	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.90E-42	1	2.70E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	188987966	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	85	25	29.4	76	25	32.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.596459295	0.798229648	2	2.060811365	1.030405683	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.87E-37	1	1.83E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	189045499	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	86	16	18.6	74	12	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.01000486	1.01000486	1	1.014746022	1.014746022	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.06E-20	1	4.02E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	189179875	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	108	19	17.6	80	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0.955703524	0.955703524	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.24E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	189201336	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	91	22	24.2	80	15	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.314092345	1.314092345	1	1.177606494	1.177606494	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.20E-30	1	1.49E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	189681008	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	64	24	37.5	68	16	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.661300122	0.830650061	2	1.472008118	1.472008118	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-38	1	1.75E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	190080955	C	T	FAM5C	CCDS1373.1	r.?	-	-	intronic	40	1	2.5	79	35	44.3	67	24	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.96254921	0.981274605	2	2.242463431	1.121231715	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.65E-59	1	4.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	190596555	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	76	33	43.4	59	15	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.922678007	0.961339004	2	1.59102154	1.086564399	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.39E-55	1	9.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	190707625	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	59	20	33.9	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.50181531	0.750907655	2	1.954325672	0.977162836	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.21E-31	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	190929531	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	84	32	38.1	58	20	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	1.687880923	0.843940462	2	2.161033195	1.080516597	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.82E-51	1	1.47E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191009429	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	121	57	47.1	89	38	42.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	2.496301461	0.832100487	3	2.67467007	1.337335035	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.97E-97	1	5.77E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191052107	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	91	53	58.2	84	27	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	3.084601806	1.028200602	3	2.010700451	1.005350225	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.57E-97	1	4.25E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191052724	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	86	17	19.8	62	5	8.1	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	1.049400614	1.049400614	1	0.507373011	0.507373011	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	2.19E-22	1	0.000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191360302	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	93	15	16.1	77	9	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	0.853300499	0.853300499	1	0.732872127	0.732872127	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.65E-18	1	2.32E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191723330	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	82	43	52.4	71	30	42.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	2.777201626	0.925733875	3	2.649614612	1.324807306	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.62E-76	1	7.32E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	191934175	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	101	31	30.7	103	34	33	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	1.627100952	0.813550476	2	2.06707523	1.033537615	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.17E-46	1	8.15E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	192020911	G	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	131	23	17.6	88	13	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	0.932800546	0.932800546	1	0.927051921	0.927051921	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-28	1	1.03E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	192172774	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	117	45	38.5	86	21	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.869869445	3.535731944	3	2	1	1	0.130130555	0.464268056	3	2	2	2	0.869869445	0.535731944	2.040501194	1.020250597	2	1.528382897	1.043786273	1.464268056	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-71	1	2.01E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	193663528	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	75	18	24	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.063232078	1.063232078	1	1.063044917	1.063044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.78E-25	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	193950055	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	87	22	25.3	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.120823815	1.120823815	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.97E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194000836	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	76	20	26.3	69	8	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.165125152	1.165125152	1	0.780463357	0.780463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.96E-29	1	2.49E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194284029	G	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	61	6	9.8	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.434153098	0.434153098	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000685	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194686446	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	71	18	25.4	71	13	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125253949	1.125253949	1	1.231248227	1.231248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.22E-26	1	5.42E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194747794	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	85	23	27.1	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.200566221	1.200566221	1	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-33	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194816941	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	74	9	12.2	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.540476306	0.540476306	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.61E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194953036	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	80	21	26.2	74	6	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.160695018	1.160695018	1	0.544978723	0.544978723	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.63E-30	1	0.00000216	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	195050794	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	69	36	52.2	57	17	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.312529769	1.156264885	2	2.004983452	1.002491726	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.56E-64	1	8.82E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	195074056	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	76	34	44.7	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.980269745	0.990134872	2	2.771990544	1.385995272	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.16E-57	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	195394123	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	71	13	18.3	79	13	16.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.810714459	0.810714459	1	1.110141844	1.110141844	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.42E-17	1	2.37E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	195817137	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	66	12	18.2	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.806284326	0.806284326	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.36E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	196442746	A	T	KCNT2	CCDS1384.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	66	31	47	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082162819	1.041081409	2	2.785446809	1.392723404	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-53	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	196510645	C	T	KCNT2	CCDS1384.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	74	34	45.9	71	18	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.033431349	1.016715674	2	1.708945626	0.854472813	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.58E-58	1	9.22E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	196846166	G	A	CFHR2	ENST00000367421	r.?	-	-	intronic	15	0	0	46	14	30.4	63	15	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.346760632	1.346760632	1	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-21	1	2.97E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	197111250	G	A	ASPM	CCDS1389.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	78	17	21.8	69	13	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.965769137	0.965769137	1	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-23	1	3.64E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	197638422	C	G	DENND1B	CCDS44289.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	99	19	19.2	73	14	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.850585662	0.850585662	1	1.291801418	1.291801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-24	1	1.71E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	197683621	T	A	DENND1B	CCDS44289.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	89	27	30.3	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.342330498	1.342330498	1	0.995763593	0.995763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.66E-40	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	198070753	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	88	18	20.5	69	7	10.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9081774	0.9081774	1	0.679541371	0.679541371	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.62E-24	1	6.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199070892	T	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	57	13	22.8	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.782070474	0.782070474	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199365715	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	61	15	24.6	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.84381288	0.84381288	1	1.290598109	1.290598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.73E-21	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199593769	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	6	13	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.445917375	0.445917375	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000000123	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199796386	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	41	7	17.1	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.586552855	0.586552855	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.51E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199823953	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	61	34	55.7	53	18	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910584447	0.955292224	2	2.627565012	0.875855004	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.06E-62	1	2.09E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	200017612	A	T	NR5A2	CCDS1401.1	r.1022a>u	c.776A>T	p.Q259L	missense	31	0	0	50	10	20	62	10	16.1	133	0	0	124	22	17.7	69	10	14.5	TRUE	TRUE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.686026731	0.686026731	1	1.244229314	1.244229314	1	0.607133657	0.607133657	1	1.120579196	1.120579196	1	6	8	8.36E-14	2.04E-27	8.29E-13	2.54E-12	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	201248166	G	A	PKP1	CCDS30966.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	106	13	12.3	103	14	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	0.850355169	0.850355169	1	1.051026005	1.051026005	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-14	1	2.77E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	201248170	A	G	PKP1	CCDS30966.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	103	14	13.6	101	11	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	0.940230106	0.940230106	1	0.84236643	0.84236643	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.77E-16	1	5.14E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	201336097	C	T	TNNT2	CCDS4095.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	90	13	14.4	86	5	5.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	0.995537759	0.995537759	1	0.448231678	0.448231678	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.40E-15	1	0.0000777	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	201343708	C	T	TNNT2	CCDS4095.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	110	29	26.4	79	10	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	1.825152558	0.912576279	2	0.981472813	0.981472813	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.90E-41	1	1.03E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	201351008	G	A	LAD1	CCDS1410.1	r.1864c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	11	0	0	84	15	17.9	122	15	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	1.237508742	1.237508742	1	0.950560284	0.950560284	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.27E-19	1	1.14E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	201579210	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	77	37	48.1	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.483323002	5	4	3	2	2	0.516676998	1	4	NA	3	NA	0.483323002	NA	3.325372653	0.94560082	3.516676998	2.341624113	1.170812057	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.74E-64	1	3.11E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	202273971	G	T	LGR6	CCDS30971.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	63	13	20.6	77	11	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.154434919	5	2	3	2	2	0.845565081	1	3	NA	2	NA	0.154434919	NA	0.944421127	0.944421127	1	1.105122931	1.105122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.01E-17	1	2.41E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	203288747	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	19	38.8	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.330891859	1.330891859	1	1.120579196	1.120579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.12E-31	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	203888896	G	C	-	-	-	-	-	-	7	0	0	102	11	10.8	108	2	1.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5	2	3	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.478454435	0.478454435	1	0.146834515	0.146834515	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	5.73E-12	1	0.102203269	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	204797704	G	C	NFASC	CCDS30982.1	r.?	-	-	upstream	8	0	0	55	30	54.5	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.869422843	0.934711422	2	2.573468085	0.857822695	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.55E-54	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	205733134	C	T	RAB7L1	CCDS44301.1	r.?	-	-	downstream	28	0	0	65	16	24.6	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.84381288	0.84381288	1	1.731101655	0.865550827	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.85E-23	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	206173784	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	71	20	28.2	74	11	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.967297691	0.967297691	1	1.151491726	1.151491726	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-29	1	1.53E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	207132513	T	A	FCAMR	CCDS41460.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	67	16	23.9	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.738127529	5	2	3	1	2	0.261872471	1	2	NA	2	NA	0.738127529	NA	0.996214424	0.996214424	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.35E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	207135641	G	A	FCAMR	CCDS41460.1	r.986c>u	c.569C>T	p.P190L	missense	29	0	0	52	13	25	48	0	0	86	0	0	23	6	26.1	22	0	0	TRUE	TRUE	3.738127529	5	2	3	1	2	0.261872471	1	2	NA	2	NA	0.738127529	NA	1.042065297	1.042065297	1	0	0	1	1.08791617	1.08791617	1	0	0	1	5	7	6.47E-19	1.47E-09	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	207483738	T	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	84	38	45.2	62	21	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.738127529	5	2	3	1	2	0.261872471	1	2	NA	2	NA	0.738127529	NA	1.884054056	0.942027028	2	2.619836879	0.87327896	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.35E-64	1	7.22E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	207601102	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	77	40	51.9	74	24	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.738127529	5	2	3	1	2	0.261872471	1	2	NA	2	NA	0.738127529	NA	2.163327556	1.081663778	2	2.503914894	0.834638298	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.81E-71	1	8.21E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	208381538	A	C	PLXNA2	CCDS31013.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	55	17	30.9	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.0599113	1.0599113	1	1.831567376	0.915783688	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.35E-26	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	208662081	C	T	-	-	-	-	-	-	5	0	0	64	13	20.3	70	30	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.696317132	0.696317132	1	3.315368794	1.105122931	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	4.25E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	209038679	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	18	41.9	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-30	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	210937249	A	G	KCNH1	CCDS31015.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	44	37	84.1	32	13	40.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	1.919621749	0.959810875	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	3.88E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	213139075	C	T	VASH2	CCDS44315.1	r.532c>u	c.182C>T	p.T61I	missense	36	0	0	44	15	34.1	40	0	0	124	0	0	95	45	47.4	136	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.828675577	0.828675577	1	0	0	1	1.151883354	1.151883354	1	0	0	1	5	7	6.12E-24	6.32E-77	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	213776659	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	34	15	44.1	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.071688943	1.071688943	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.18E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	215847109	G	A	USH2A	CCDS31025.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	45	32	71.1	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.72782503	0.863912515	2	1.952718676	0.976359338	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-63	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	216384229	G	A	USH2A	CCDS31025.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	25	10	40	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.98E-17	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	216410965	G	T	USH2A	CCDS31025.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	47	9	19.1	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.464155529	0.464155529	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.24E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	216908136	C	G	ESRRG	CCDS1517.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	50	22	44	40	4	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.069258809	1.069258809	1	0.472813239	0.472813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.85E-37	1	0.0000495	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	218790479	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	39	29	74.4	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-58	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	219964146	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	29	76.3	40	24	60	1	0	0	2	0	0	1	1	100	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.854191981	0.92709599	2	2.836879433	1.418439716	2	0	0	1	4.728132388	4.728132388	1	6	8	2.91E-59	1	3.47E-45	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	220183352	C	T	EPRS	CCDS31027.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	44	17	38.6	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.938031592	0.938031592	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.61E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	221055546	G	T	HLX	CCDS1527.1	r.1270g>u	c.813G>T	p.T271T	silent	13	0	0	34	28	82.4	57	19	33.3	86	0	0	80	35	43.8	41	14	34.1	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	1.574468085	0.787234043	2	1.064398542	1.064398542	1	1.612293144	0.806146572	2	6	8	4.87E-59	1.35E-58	1.01E-29	1.90E-22	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	221161754	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	36	18	50	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-32	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	221173221	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	31	79.5	44	20	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	1.50E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	221237927	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	49	17	34.7	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.843256379	0.843256379	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.26E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	221678554	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	35	15	42.9	43	11	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.210401891	1.210401891	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.02E-26	1	2.42E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	222334895	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	28	23	82.1	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.673758865	0.836879433	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.14E-48	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	222444170	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	24	15	62.5	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.518833536	0.759416768	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.82E-29	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	222481541	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	40	34	85	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	222882875	G	A	C1orf58	CCDS1534.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	45	20	44.4	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.078979344	1.078979344	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	223005255	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	48	20	41.7	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	223077280	C	T	DISP1	ENST00000360254	r.?	-	-	intronic	31	0	0	39	6	15.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.374240583	0.374240583	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.43E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	224412916	T	A	NVL	CCDS1541.1	r.?	-	-	downstream	22	0	0	77	26	33.8	75	7	9.3	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.159385176	1.159385176	1	0.532716312	0.532716312	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	2.70E-40	1	0.000000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	224711050	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	59	8	13.6	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.466498177	0.466498177	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.90E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	224971824	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	66	40	60.6	54	25	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.078660996	1.039330498	2	2.652125296	1.326062648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.32E-74	1	4.36E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	225038500	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	64	15	23.4	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.802651276	0.802651276	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.87E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	225217102	C	T	DNAH14	CCDS44321.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	87	20	23	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.788930741	0.788930741	1	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.65E-27	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	226109311	C	G	PYCR2	CCDS31043.1	r.723g>c	c.574G>C	p.G192R	missense	15	0	0	52	9	17.3	63	0	0	84	0	0	30	1	3.3	21	0	0	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.593413123	0.593413123	1	0	0	1	0.113194411	0.113194411	1	0	0	1	5	3	5.92E-12	0.139615808	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	227901426	G	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	41	15	36.6	56	15	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.889428919	0.889428919	1	1.26713948	1.26713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-24	1	4.09E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	228307859	C	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	40	28	70	37	16	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.70109356	0.85054678	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.96E-55	1	1.78E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	228626422	C	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	33	10	30.3	41	11	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.736330498	0.736330498	1	1.26713948	1.26713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.14E-16	1	1.34E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	231759235	G	C	DISC1	CCDS31056.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	51	12	23.5	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	2	3	2	2	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.276081409	1.276081409	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.24E-17	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233029452	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	121	16	13.2	95	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.716777643	0.716777643	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.33E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233034815	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	129	17	13.2	98	14	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.716777643	0.716777643	1	1.145703308	1.145703308	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-19	1	1.34E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233462143	T	A	ENSG00000143674	CCDS1598.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	94	16	17	66	5	7.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.923122722	0.923122722	1	0.608905255	0.608905255	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.85E-20	1	0.0000217	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233538366	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	100	29	29	76	15	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.574738761	0.78736938	2	1.578346516	0.789173258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-42	1	6.51E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233539015	G	A	-	-	-	-	-	-	43	1	2.3	85	34	40	86	26	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.172053463	1.086026731	2	2.419597197	1.05947088	2.283778859	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.79E-55	1	8.05E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233677642	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	82	32	39	78	12	15.4	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.117752126	1.058876063	2	1.233834332	1.233834332	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-51	1	7.82E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233746207	C	A	KCNK1	CCDS1599.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	93	13	14	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.760218712	0.760218712	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.18E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233746208	T	A	KCNK1	CCDS1599.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	93	13	14	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.760218712	0.760218712	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.18E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	233761020	C	T	KCNK1	CCDS1599.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	102	16	15.7	84	9	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.852530984	0.852530984	1	0.857274503	0.857274503	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-19	1	5.13E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	234121991	C	G	SLC35F3	CCDS1600.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	115	29	25.2	73	5	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.368393682	0.684196841	2	0.544809965	0.544809965	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-40	1	0.0000354	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	234131784	G	C	SLC35F3	CCDS1600.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	98	6	6.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.331238153	0.331238153	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000111	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	234391327	G	T	SLC35F3	CCDS1600.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	98	40	40.8	77	20	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.215494532	1.107747266	2	2.083096924	1.041548462	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.37E-65	1	1.07E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	234816848	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	110	35	31.8	78	13	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	5.283778859	4	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.044782503	1.022391252	2	1.337989178	1.337989178	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-52	1	1.99E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	235637899	C	G	B3GALNT2	CCDS1606.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	74	44	59.5	72	27	37.5	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	5.283778859	4	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	3.825929526	0.956482382	4	3.004466718	1.001488906	3	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	2.30E-81	1	2.82E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	236448804	T	C	ERO1LB	CCDS31064.1	r.?	-	-	upstream	48	0	0	116	18	15.5	119	15	12.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	5.283778859	4	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.996670717	0.996670717	1	1.009500817	1.009500817	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.35E-21	1	7.75E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	236881006	C	T	ACTN2	CCDS1613.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	107	36	33.6	57	13	22.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	5.283778859	4	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.160524909	1.080262454	2	1.826715764	0.913357882	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.99E-55	1	2.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	237032717	C	G	MTR	CCDS1614.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	93	19	20.4	71	11	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.107747266	1.107747266	1	1.241846243	1.241846243	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.86E-25	1	9.49E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	237098436	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	78	31	39.7	80	22	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.155763062	1.077881531	2	2.203275593	0.964749973	2.283778859	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-50	1	4.89E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	237269092	G	A	RYR2	ENST00000366574	r.?	-	-	intronic	13	0	0	83	22	26.5	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.438985419	0.71949271	2	1.970930167	0.985465083	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-31	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	237360365	G	T	RYR2	ENST00000366574	r.?	-	-	intronic	39	0	0	97	31	32	72	20	27.8	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.73764277	0.868821385	2	2.227311327	0.975274518	2.283778859	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	7.26E-47	1	2.32E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	238436861	T	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	59	14	23.7	42	7	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.286941677	1.286941677	1	1.337989178	1.337989178	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.58E-20	1	1.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	238765958	T	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	81	23	28.4	68	19	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.542157959	0.771078979	2	2.235323238	0.9787827	2.283778859	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.61E-34	1	5.06E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	239151117	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	128	29	22.7	74	8	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.23264034	1.23264034	1	0.865286415	0.865286415	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.39E-39	1	4.39E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	239276818	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	83	43	51.8	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.812809235	0.937603078	3	2.82820467	0.94273489	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-76	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	239651921	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	79	13	16.5	67	4	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.895972053	0.895972053	1	0.480714675	0.480714675	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.37E-16	1	0.000372648	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	239840780	G	C	CHRM3	CCDS1616.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	75	12	16	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.868821385	0.868821385	1	1.193774776	1.193774776	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.77E-15	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	239854867	G	C	CHRM3	CCDS1616.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	66	11	16.7	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.906832321	0.906832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.07E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240476795	T	G	FMN2	CCDS31069.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	82	32	39	63	18	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.117752126	1.058876063	2	2.291406617	1.003339972	2.283778859	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-51	1	7.98E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240487912	G	T	FMN2	CCDS31069.2	r.?	-	-	intronic	18	0	0	71	29	40.8	64	10	15.6	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.215494532	1.107747266	2	1.249858155	1.249858155	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-47	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240491666	A	G	FMN2	CCDS31069.2	r.?	-	-	intronic	30	0	0	78	14	17.9	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0.971993925	0.971993925	1	1.434132113	1.434132113	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.63E-18	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240597955	G	A	FMN2	CCDS31069.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	71	24	33.8	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	1.835385176	0.917692588	2	1.738584741	0.86929237	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-37	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240639319	T	C	FMN2	CCDS31069.2	r.?	-	-	downstream	36	0	0	86	44	51.2	89	30	33.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	2.780228433	0.926742811	3	2.70001409	0.900004697	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.00E-77	1	3.14E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240950721	C	T	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	79	30	38	64	17	26.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.06345079	1.031725395	2	1.789683215	0.894841608	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.07E-48	1	8.43E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240964831	G	C	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	87	17	19.5	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.058876063	1.058876063	1	1.251432624	1.251432624	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.71E-22	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241023991	A	G	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	83	8	9.6	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.521292831	0.521292831	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000011	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241093755	C	A	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	89	37	41.6	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.258935601	1.129467801	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.39E-61	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241128627	T	A	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	85	11	12.9	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.700487242	0.700487242	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.42E-13	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241456901	A	T	RGS7	CCDS31071.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	99	30	30.3	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.645330498	0.822665249	2	1.480189125	1.480189125	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.37E-44	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241528417	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	80	32	40	55	10	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.172053463	1.086026731	2	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.04E-52	1	2.33E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	241716205	C	A	KMO	CCDS1618.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	82	32	39	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.117752126	1.058876063	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-51	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	242519515	C	T	PLD5	CCDS1621.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	96	30	31.2	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.694201701	0.847100851	2	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.64E-45	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	242534542	C	G	PLD5	CCDS1621.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	82	10	12.2	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.662476306	0.662476306	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.51E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	242731732	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	86	12	14	64	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.760218712	0.760218712	1	0.107650118	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.65E-14	1	0.274433592	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	242853034	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	86	13	15.1	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.819950182	0.819950182	1	0.995763593	0.995763593	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.57E-16	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	242956238	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	68	28	41.2	60	19	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.237215067	1.118607533	2	2.132817967	1.066408983	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.06E-46	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243015891	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	85	34	40	67	17	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.172053463	1.086026731	2	1.708945626	0.854472813	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.79E-55	1	2.03E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243034674	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	81	29	35.8	71	22	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.943987849	0.971993925	2	2.08572104	1.04286052	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-45	1	2.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243231997	C	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	44	21	47.7	34	11	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.590173755	0.863391252	3	2.179914894	1.089957447	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.60E-37	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243668238	G	A	AKT3	CCDS31077.1	r.1954c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	43	0	0	71	15	21.1	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.145758202	1.145758202	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.15E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243836459	G	T	AKT3	CCDS31077.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	107	17	15.9	73	14	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.863391252	0.863391252	1	1.291801418	1.291801418	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-20	1	1.71E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243948406	G	A	AKT3	CCDS31077.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	54	21	38.9	39	10	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.112321993	1.056160996	2	1.722401891	0.861200946	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.12E-34	1	5.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243990856	T	G	AKT3	CCDS31077.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	106	20	18.9	59	1	1.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.026295261	1.026295261	1	0.114378251	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.23E-25	1	0.256019138	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	244102526	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	80	28	35	47	13	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.90054678	0.95027339	2	1.863692671	0.931846336	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.43E-44	1	1.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	244341549	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	81	15	18.5	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.004574727	1.004574727	1	0.87465721	0.87465721	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.82E-19	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	244493204	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	110	22	20	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086026731	1.086026731	1	0.87465721	0.87465721	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.19E-28	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	244872925	G	C	PPPDE1	CCDS1626.1	r.?	-	-	downstream	31	0	0	86	7	8.1	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.439840826	0.439840826	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000297	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	245182211	C	T	EFCAB2	CCDS44341.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	121	26	21.5	95	19	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.167478736	1.167478736	1	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.83E-34	1	5.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	245478091	C	T	KIF26B	CCDS44342.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	119	35	29.4	91	26	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.596459295	0.798229648	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.15E-51	1	4.43E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	245952802	A	C	SMYD3	CCDS31083.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	100	39	39	68	18	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.117752126	1.058876063	2	1.782955083	0.891477541	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.22E-62	1	3.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246511727	A	T	SMYD3	CCDS31083.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	67	7	10.4	52	3	5.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.5647339	0.5647339	1	0.506231678	0.506231678	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.23E-08	1	0.002300591	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246670944	A	C	SMYD3	CCDS31083.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	83	6	7.2	84	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.390969623	0.390969623	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000424	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246868076	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	99	38	38.4	81	17	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.085171324	1.042585662	2	1.832907801	0.916453901	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.49E-61	1	7.24E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246912964	C	T	SCCPDH	CCDS31084.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	93	31	33.3	80	25	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808234508	0.904117254	2	2.723177305	0.907725768	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.54E-47	1	8.31E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246982722	T	C	-	-	-	-	-	-	10	0	0	36	20	55.6	38	17	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.019154313	1.006384771	3	3.901475177	0.975368794	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.46E-37	1	1.99E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247182961	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	79	36	45.6	74	15	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.476140948	0.825380316	3	1.771810875	0.885905437	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.70E-61	1	4.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247255543	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	88	10	11.4	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.619035237	0.619035237	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.09E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247397992	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	114	32	28.1	83	20	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.525867558	0.762933779	2	2.103479905	1.051739953	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.18E-46	1	5.78E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247503890	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	99	35	35.4	84	16	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922267315	0.961133657	2	1.658345154	0.829172577	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-54	1	7.07E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247716619	G	T	C1orf150	CCDS1635.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	82	11	13.4	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.72763791	0.72763791	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.94E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247748051	C	A	OR2G2	CCDS31092.1	r.?	-	-	upstream	13	0	0	74	5	6.8	63	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.369249089	0.369249089	1	0.139650118	0.139650118	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000378	1	0.27078753	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248235802	G	A	OR2L13	CCDS1637.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	80	40	50	66	28	42.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.715066829	0.905022276	3	3.700728132	0.925182033	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.04E-70	1	1.06E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248319575	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	101	53	52.5	73	39	53.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.85082017	0.95027339	3	4.660822695	1.165205674	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.56E-93	1	1.14E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248645770	G	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	96	25	26	116	27	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.411834751	0.705917375	2	2.033654846	1.016827423	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.59E-35	1	9.15E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248751694	C	T	OR2T10	CCDS31121.1	r.?	-	-	downstream	18	0	0	44	18	40.9	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.220924666	1.110462333	2	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.47E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	527439	A	T	DIP2C	CCDS7054.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	59	28	47.5	81	20	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.104313487	1.052156744	2	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.77E-48	1	3.35E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	1246581	G	A	ADARB2	CCDS7058.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	59	11	18.6	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.82400486	0.82400486	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-14	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	1810613	T	A	-	-	-	-	-	-	9	0	0	30	15	50	38	12	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	2.126089835	1.063044917	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-27	1	5.86E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2018626	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	80	13	16.2	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.717681652	0.717681652	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.82E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2210961	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	64	34	53.1	60	19	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.352400972	1.176200486	2	2.132817967	1.066408983	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.15E-61	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2263265	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	66	13	19.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.87273633	0.87273633	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.95E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2802848	T	A	ENSG00000214531	ENST00000398522	r.?	-	-	intronic	28	0	0	67	29	43.3	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.918247874	0.959123937	2	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-48	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2843570	C	A	ENSG00000214531	ENST00000398522	r.?	-	-	intronic	38	0	0	71	32	45.1	88	25	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.997990279	0.99899514	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.05E-54	1	1.33E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	2998643	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	71	20	28.2	80	7	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.249297691	1.249297691	1	0.59207565	0.59207565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-29	1	0.00000018	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	3852429	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	53	10	18.9	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.837295261	0.837295261	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.57E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	4875956	T	C	AKR1E2	CCDS31134.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	65	14	21.5	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.952478736	0.952478736	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.93E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	5158506	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	72	32	44.4	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.966979344	0.983489672	2	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.47E-54	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	5902455	C	T	ANKRD16	CCDS31136.1	r.?	-	-	downstream	33	0	0	87	13	14.9	85	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.660089915	0.660089915	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.85E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	6013452	C	T	IL15RA	CCDS7075.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	74	33	44.6	80	28	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.975839611	0.987919806	2	2.354846336	1.177423168	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.09E-55	1	8.43E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	6023075	G	A	IL15RA	CCDS7075.1	r.?	-	-	upstream	45	0	0	78	40	51.3	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.272658566	1.136329283	2	1.581111111	1.581111111	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.00E-70	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	6647603	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	59	27	45.8	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.029001215	1.014500608	2	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.09E-46	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	6767412	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	64	30	46.9	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.077732685	1.038866343	2	1.480189125	1.480189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.28E-51	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	7468896	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	78	35	44.9	62	18	29	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.989130012	0.994565006	2	1.951158392	0.975579196	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.28E-59	1	5.72E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	7477590	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	81	40	49.4	70	20	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.188486027	1.094243013	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.58E-69	1	1.22E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	7502698	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	67	27	40.3	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.785343864	0.892671932	2	1.641664303	1.641664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-44	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	8536277	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	77	13	16.9	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.67E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	8740435	T	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	61	21	34.4	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.523965978	0.761982989	2	1.244704492	1.244704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.80E-33	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	8759004	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	56	20	35.7	61	18	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.581557716	0.790778858	2	1.984799054	0.992399527	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.31E-32	1	4.08E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	9529392	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	65	33	50.8	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.250507898	1.125253949	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.60E-58	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	10494897	C	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	77	34	44.2	92	29	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958119077	0.979059538	2	2.119361702	1.059680851	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.84E-57	1	9.74E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	12109632	C	G	DHTKD1	CCDS7087.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	94	22	23.4	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.036651276	1.036651276	1	1.298529551	1.298529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.67E-30	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	14224878	G	C	FRMD4A	CCDS7101.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	83	21	25.3	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.120823815	1.120823815	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.70E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15086158	T	A	OLAH	CCDS7106.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	75	32	42.7	57	19	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.891667072	0.945833536	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-53	1	1.01E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15214081	C	T	NMT2	CCDS7109.1	r.?	-	-	upstream	8	0	0	63	29	46	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.037861482	1.018930741	2	1.480189125	1.480189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-49	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15239242	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	73	33	45.2	72	19	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002420413	1.001210207	2	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	1.75E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15239243	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	73	33	45.2	72	19	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002420413	1.001210207	2	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	1.75E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15534526	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	62	31	50	74	21	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.86E-54	1	5.60E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15564640	C	T	ITGA8	CCDS31155.1	r.?	-	-	intronic	39	1	2.6	81	24	29.6	78	12	15.4	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.311319563	1.311319563	1	1.036132388	1.036132388	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-35	1	7.82E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	15847122	C	T	FAM188A	CCDS7110.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	86	18	20.9	75	10	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925897934	0.925897934	1	0.894841608	0.894841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.22E-24	1	6.02E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	16017298	A	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	86	33	38.4	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.701171324	0.850585662	2	2.200099291	1.100049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.87E-53	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	16283489	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	72	33	45.8	74	14	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.029001215	1.014500608	2	1.271617021	1.271617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.33E-56	1	2.10E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	16307202	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	69	37	53.6	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.37455164	1.18727582	2	1.594567376	0.797283688	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-66	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	18795423	C	A	CACNB2	CCDS7125.1	r.677c>a	c.617C>A	p.S206Y	missense	31	0	0	74	16	21.6	59	0	0	168	1	0.6	627	23	3.7	190	0	0	TRUE	TRUE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95690887	0.95690887	1	0	0	1	0.163914945	0.163914945	1	0	0	1	5	3	7.81E-22	3.69E-13	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	10	19425465	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	73	38	52.1	71	21	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.308099635	1.154049818	2	1.991527187	0.995763593	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.54E-67	1	2.05E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	19457031	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	79	28	35.4	62	12	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.568267315	0.784133657	2	1.305257683	1.305257683	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.51E-44	1	4.19E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	19508457	C	A	C10orf112	ENST00000377266	r.?	-	-	intronic	29	0	0	74	37	50	69	15	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	1.460004728	1.460004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-64	1	1.34E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	19890203	T	A	C10orf112	ENST00000377266	r.?	-	-	intronic	44	0	0	88	7	8	81	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.354410693	0.354410693	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000348	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	19929509	A	G	C10orf112	ENST00000377266	r.?	-	-	intronic	33	0	0	68	33	48.5	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148614824	1.074307412	2	2.166458629	1.083229314	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.71E-57	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	20301967	T	C	PLXDC2	CCDS7132.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	81	39	48.1	77	23	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.130894289	1.065447145	2	2.011711584	1.005855792	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.00E-67	1	2.24E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	20560625	C	G	PLXDC2	CCDS7132.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	72	35	48.6	63	17	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.153044957	1.076522479	2	1.816595745	0.908297872	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-60	1	6.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	20801338	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	82	33	40.2	79	26	32.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.78091373	0.890456865	2	2.213555556	1.106777778	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.26E-54	1	5.99E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	21205792	T	A	NEBL	CCDS7133.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	74	17	23	72	13	18.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018930741	1.018930741	1	1.217791962	1.217791962	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-23	1	6.58E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	22269687	C	T	DNAJC1	CCDS7136.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	73	33	45.2	78	19	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002420413	1.001210207	2	1.641664303	0.820832151	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	9.67E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	22910831	G	T	PIP4K2A	CCDS7141.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	88	20	22.7	71	9	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.00564034	1.00564034	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.12E-27	1	1.10E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	23084230	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	56	22	39.3	79	18	22.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.741042527	0.870521264	2	1.534014184	0.767007092	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.34E-36	1	7.86E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	23132144	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	57	24	42.1	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.86508627	0.932543135	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.83E-40	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	23417584	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	71	29	40.8	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.807494532	0.903747266	2	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-47	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	23885752	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	86	35	40.7	77	22	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.803064399	0.901532199	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.43E-57	1	1.86E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	24204745	G	A	KIAA1217	CCDS41496.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	48	9	18.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.832865128	0.832865128	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.75E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	24383600	G	A	KIAA1217	CCDS41496.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	54	21	38.9	80	24	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.723321993	0.861660996	2	2.018439716	1.009219858	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.12E-34	1	7.39E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	24604796	T	G	KIAA1217	CCDS31165.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	75	12	16	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.708821385	0.708821385	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.77E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	25339511	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	68	26	38.2	71	17	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.692311057	0.846155529	2	1.608023641	0.80401182	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.33E-42	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	25580533	A	G	GPR158	CCDS31166.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	69	36	52.2	57	15	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.312529769	1.156264885	2	1.769498818	0.884749409	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.56E-64	1	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	25859805	C	T	GPR158	CCDS31166.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	61	9	14.8	71	1	1.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.655659781	0.655659781	1	0.094193853	0.094193853	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-11	1	0.299450652	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	25942252	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	84	37	44	71	22	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.949258809	0.974629405	2	2.08572104	1.04286052	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.39E-62	1	2.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26102050	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	66	14	21.2	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.939188335	0.939188335	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.71E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26180802	A	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	96	21	21.9	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.970199271	0.970199271	1	1.177423168	1.177423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.61E-28	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26227793	A	T	MYO3A	CCDS7148.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	82	36	43.9	50	11	22	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944828676	0.972414338	2	1.480189125	1.480189125	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	2.70E-60	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26351884	T	C	MYO3A	CCDS7148.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	72	19	26.4	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.169555286	1.169555286	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.75E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26464242	C	T	MYO3A	CCDS7148.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	79	42	53.2	64	23	35.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.356831106	1.178415553	2	2.415399527	1.207699764	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.78E-75	1	1.44E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	26508391	C	A	GAD2	CCDS7149.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	89	12	13.5	89	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.598068044	0.598068044	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.06E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	27276975	G	C	ANKRD26	ENST00000445828	r.?	-	-	downstream	26	0	0	74	9	12.2	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.540476306	0.540476306	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.61E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	27289482	A	G	ANKRD26	CCDS41499.1	r.?	-	-	downstream	25	0	0	82	41	50	52	18	34.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	2.327933806	1.163966903	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.58E-71	1	1.39E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	27789889	G	A	RAB18	CCDS7155.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	66	28	42.4	74	24	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.878376671	0.939188335	2	2.179914894	1.089957447	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-46	1	8.21E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	28409972	C	T	MPP7	CCDS7158.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	76	9	11.8	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.522755772	0.522755772	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.06E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	29464591	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	75	35	46.7	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.068872418	1.034436209	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.05E-60	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	29472774	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	68	20	29.4	70	5	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.302459295	1.302459295	1	0.4776974	0.4776974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.23E-30	1	0.0000289	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	29615206	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	77	19	24.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.094243013	1.094243013	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.35E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	30970916	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	89	18	20.2	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.894886999	0.894886999	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.26E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	32884144	C	G	C10orf68	CCDS31177.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	69	32	46.4	81	23	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055582017	1.027791009	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.19E-55	1	8.61E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	32957860	G	T	C10orf68	CCDS31177.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	69	38	55.1	79	15	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.441003645	1.220501823	2	1.278345154	1.278345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-68	1	1.22E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	33297831	C	T	ITGB1	ENST00000475184	r.?	-	-	upstream	27	0	0	73	18	24.7	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.094243013	1.094243013	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.62E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	33961141	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	61	32	52.5	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.32582017	1.162910085	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-57	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	34834744	C	T	PARD3	CCDS7178.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	89	37	41.6	80	19	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.842935601	0.921467801	2	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.39E-61	1	1.65E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	34888218	C	T	PARD3	CCDS7178.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	57	30	52.6	64	16	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.330250304	1.165125152	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.15E-53	1	5.94E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	35468416	C	T	CREM	CCDS7184.1	r.848c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	28	0	0	83	19	22.9	72	5	6.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.014500608	1.014500608	1	0.464241135	0.464241135	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.60E-26	1	0.0000331	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	36142847	A	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	44	7	15.9	60	4	6.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.704391252	0.704391252	1	0.45078487	0.45078487	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.55E-09	1	0.000243755	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	36258446	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	70	20	28.6	66	8	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.267018226	1.267018226	1	0.814104019	0.814104019	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-29	1	1.73E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	36489862	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	76	17	22.4	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.992349939	0.992349939	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.21E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37139156	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	85	41	48.2	71	19	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.135324423	1.067662211	2	1.80313948	0.90156974	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.16E-70	1	1.29E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37222373	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	77	32	41.6	72	22	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.842935601	0.921467801	2	2.058808511	1.029404255	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-53	1	3.36E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37326913	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	58	16	27.6	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.222716889	1.222716889	1	1.460004728	1.460004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-23	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37453136	G	A	ANKRD30A	CCDS7193.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	37	14	37.8	38	10	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.674590522	0.837295261	2	1.769498818	0.884749409	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.35E-23	1	4.06E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37489847	G	A	ANKRD30A	CCDS7193.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	84	40	47.6	84	24	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.108743621	1.05437181	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.12E-68	1	2.87E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37734517	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	71	30	42.3	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.873946537	0.936973269	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.32E-50	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37736842	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	83	5	6	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.265808019	0.265808019	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000656	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	38950607	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	63	10	15.9	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.704391252	0.704391252	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.81E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	42677060	G	C	-	-	-	-	-	-	48	0	0	108	23	21.3	90	19	21.1	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.943618469	0.943618469	1	1.419635934	1.419635934	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-30	1	1.95E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	42733686	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	56	8	14.3	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.633509113	0.633509113	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.48E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	44285243	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	88	27	30.7	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.360051033	0.680025516	2	0.995763593	0.995763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.86E-40	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	44540713	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	58	29	50	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215066829	1.107533414	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-51	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	44949686	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	52	24	46.2	63	21	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.04672175	1.023360875	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.22E-41	1	1.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45163205	G	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	65	27	41.5	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.838505468	0.919252734	2	1.466732861	1.466732861	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.98E-45	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45214269	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	79	31	39.2	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.736612394	0.868306197	2	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.23E-50	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45299938	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	60	23	38.3	70	16	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.696741191	0.848370595	2	1.540742317	0.770371158	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.33E-37	1	2.93E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45307036	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	62	12	19.4	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85944593	0.85944593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.19E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45422545	T	A	TMEM72	CCDS41504.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	74	38	51.4	53	15	28.3	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.2770887	1.13854435	2	1.904061466	0.952030733	2	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	5.19E-67	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	45726950	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	86	20	23.3	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032221142	1.032221142	1	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-27	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	47140956	G	A	-	-	-	-	-	-	61	0	0	169	12	7.1	118	6	5.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.31453949	0.31453949	1	0.343134752	0.343134752	1	NA	NA	1	NA	NA	1	2	NA	8.99E-11	1	0.0000319	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	47625929	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	67	16	23.9	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.058801944	1.058801944	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.35E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	47670338	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	56	33	58.9	66	26	39.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.609348724	1.304674362	2	2.650884161	1.32544208	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-61	1	2.03E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	48310674	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	77	39	50.6	73	18	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.241647631	1.120823815	2	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-68	1	1.62E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	48350915	A	G	ZNF488	CCDS7217.1	r.?	-	-	upstream	45	0	0	73	36	49.3	76	25	32.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.184055893	1.092027947	2	2.213555556	1.106777778	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-62	1	1.83E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	48455742	T	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	66	35	53	72	20	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.347970838	1.173985419	2	1.870420804	0.935210402	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-62	1	2.32E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	48626957	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	70	22	31.4	72	17	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.391061968	1.391061968	1	1.587839243	0.793919622	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-33	1	7.97E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	49626253	G	A	MAPK8	CCDS7224.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	75	32	42.7	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.891667072	0.945833536	2	1.648392435	0.824196217	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-53	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	49737295	C	T	ARHGAP22	CCDS7227.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	77	40	51.9	72	28	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.299239368	1.149619684	2	2.617243499	1.308621749	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.81E-71	1	2.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	49751961	G	C	ARHGAP22	CCDS7227.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	70	10	14.3	92	12	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.633509113	0.633509113	1	0.87465721	0.87465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-12	1	6.12E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	49792467	C	A	ARHGAP22	CCDS7227.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	75	6	8	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.354410693	0.354410693	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000234	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	50219047	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	78	19	24.4	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.080952612	1.080952612	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.67E-27	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	50510478	T	A	C10orf71	CCDS44387.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	79	29	36.7	56	16	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.625859052	0.812929526	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.86E-46	1	5.26E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	50805536	T	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	63	12	19	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.841725395	0.841725395	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.15E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52222470	G	A	SGMS1	CCDS7240.1	r.?	-	-	intronic	48	0	0	80	35	43.8	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.940398542	0.970199271	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.35E-58	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52273325	A	G	SGMS1	CCDS7240.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	73	33	45.2	62	17	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002420413	1.001210207	2	1.843508274	0.921754137	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	4.56E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52432657	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	65	11	16.9	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0.746822695	0.746822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.41E-14	1	0.000000329	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52682268	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	64	14	21.9	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.970199271	0.970199271	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.31E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52729469	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	56	22	39.3	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.741042527	0.870521264	2	1.594567376	0.797283688	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.34E-36	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52839860	G	T	PRKG1	CCDS7244.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	71	33	46.5	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060012151	1.030006075	2	1.94443026	0.97221513	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.81E-56	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	53295317	G	A	PRKG1	CCDS7244.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	81	36	44.4	76	14	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.966979344	0.983489672	2	1.237976359	1.237976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-60	1	3.14E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	54258029	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	55	25	45.5	57	25	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.015710814	1.007855407	2	2.953650118	1.476825059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.96E-43	1	2.54E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	55466487	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	60	25	41.7	72	19	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.847365735	0.923682868	2	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-41	1	1.75E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	55624967	G	T	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	72	24	33.3	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.475234508	0.737617254	2	2.597059102	1.298529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.76E-37	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	55960610	G	T	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	52	28	53.8	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.383411908	1.191705954	2	2.475952719	1.237976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.41E-50	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56052126	T	A	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	82	40	48.8	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.161905225	1.080952612	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.07E-69	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56222130	G	A	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	52	12	23.1	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.023360875	1.023360875	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.19E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56275754	C	T	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	66	19	28.8	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.275878493	1.275878493	1	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.64E-28	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56375864	C	A	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	75	36	48	56	17	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.126464156	1.063232078	2	2.045352246	1.022676123	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.93E-62	1	6.22E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56524701	G	A	PCDH15	CCDS44404.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	83	9	10.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.478454435	0.478454435	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.60E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	57212814	C	G	PCDH15	ENST00000373957	r.?	-	-	intronic	25	0	0	71	15	21.1	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.934758202	0.934758202	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.15E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	57442834	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	71	17	23.9	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.058801944	1.058801944	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.12E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	57686147	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	71	30	42.3	58	19	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.873946537	0.936973269	2	2.206827423	1.103413712	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.32E-50	1	1.50E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	57832548	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	75	22	29.3	86	1	1.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.298029162	1.298029162	1	0.080737589	0.080737589	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.55E-33	1	0.350192164	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	58280823	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	77	37	48.1	73	20	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.130894289	1.065447145	2	1.843508274	0.921754137	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.74E-64	1	3.18E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	58518557	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	31	29	93.5	28	16	57.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.14217497	2.071087485	2	3.841763593	1.920881797	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.58E-65	1	4.39E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	59451401	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	80	6	7.5	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.332260024	0.332260024	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000342	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	60169703	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	71	13	18.3	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.810714459	0.810714459	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.42E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	60290887	T	C	BICC1	CCDS31206.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	79	32	40.5	55	15	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.794204131	0.897102066	2	1.836780142	0.918390071	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.44E-52	1	3.01E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	62689830	C	G	RHOBTB1	CCDS7261.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	81	17	21	74	12	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.930328068	0.930328068	1	1.089957447	1.089957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.24E-23	1	4.02E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	62909480	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	81	22	27.2	63	10	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.204996355	1.204996355	1	1.06977305	1.06977305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.68E-32	1	9.81E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	63279585	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	68	31	45.6	67	17	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.020140948	1.010070474	2	1.708945626	0.854472813	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.53E-53	1	2.03E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	63571025	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	67	28	41.8	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851795869	0.925897934	2	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.81E-46	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	64164374	T	C	ZNF365	CCDS31209.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	67	14	20.9	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925897934	0.925897934	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.66E-19	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	64888458	C	A	NRBF2	CCDS7268.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	63	22	34.9	67	9	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.546116646	0.773058323	2	0.90156974	0.90156974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-34	1	6.43E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67217751	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	71	28	39.4	65	20	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.745472661	0.87273633	2	2.072264775	1.036132388	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-45	1	2.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67242863	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	68	11	16.2	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.717681652	0.717681652	1	0.76027896	0.76027896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-14	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67352240	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	55	23	41.8	61	25	41	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851795869	0.925897934	2	2.758534279	1.379267139	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.91E-38	1	2.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67634823	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	64	16	25	73	8	11	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.107533414	1.107533414	1	0.740094563	0.740094563	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.94E-23	1	3.93E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67785097	A	G	CTNNA3	CCDS7269.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	76	19	25	46	3	6.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.107533414	1.107533414	1	0.437328605	0.437328605	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.56E-27	1	0.001615827	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	67922708	G	A	CTNNA3	CCDS7269.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	49	16	32.7	57	14	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.448653706	1.448653706	1	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.37E-25	1	3.84E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	68369321	A	C	CTNNA3	CCDS7269.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	69	28	40.6	63	16	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.798634265	0.899317132	2	1.708945626	0.854472813	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.13E-46	1	4.48E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	68377521	G	T	CTNNA3	CCDS7269.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	9	19.6	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.868306197	0.868306197	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.82E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	69120813	T	C	CTNNA3	CCDS7269.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	68	9	13.2	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.584777643	0.584777643	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.38E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	69476674	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	66	12	18.2	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.806284326	0.806284326	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.36E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	69499602	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	77	33	42.9	70	20	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.900527339	0.95026367	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.91E-55	1	1.22E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	70505554	C	G	CCAR1	CCDS7282.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	67	17	25.4	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125253949	1.125253949	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.03E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	70920205	C	T	VPS26A	CCDS7286.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	56	19	33.9	71	13	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.50181531	0.750907655	2	1.231248227	1.231248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.79E-30	1	5.42E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	71333192	C	A	NEUROG3	CCDS31212.1	r.?	-	-	upstream	10	0	0	84	33	39.3	77	18	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.741042527	0.870521264	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.24E-53	1	4.71E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	71485069	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	66	29	43.9	67	23	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944828676	0.972414338	2	2.307749409	1.153874704	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.96E-49	1	5.12E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	73713042	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	68	18	26.5	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.173985419	1.173985419	1	1.271617021	1.271617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.83E-26	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	73713043	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	66	18	27.3	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.209426488	1.209426488	1	1.318713948	1.318713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.08E-26	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	74714151	G	C	PLA2G12B	CCDS7319.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	66	31	47	74	25	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082162819	1.041081409	2	2.274108747	1.137054374	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-53	1	8.25E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	74859492	C	T	P4HA1	CCDS41537.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	66	27	40.9	73	16	21.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.811924666	0.905962333	2	1.473460993	1.473460993	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-44	1	6.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	75305064	G	A	USP54	CCDS7329.2	r.?	-	-	intronic	36	0	0	64	17	26.6	84	10	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.178415553	1.178415553	1	0.800647754	0.800647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-25	1	1.93E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	75381093	C	A	USP54	CCDS7329.2	r.?	-	-	intronic	10	0	0	63	10	15.9	79	10	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.704391252	0.704391252	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.81E-13	1	1.03E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	75523716	C	G	SEC24C	CCDS7332.1	r.1364c>g	c.1202C>G	p.P401R	missense	25	0	0	70	31	44.3	68	18	26.5	173	0	0	364	160	44	274	78	28.5	TRUE	TRUE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.96254921	0.981274605	2	1.782955083	0.891477541	2	1.949258809	0.974629405	2	1.91751773	0.958758865	2	6	8	2.75E-52	2.72E-262	3.83E-26	8.01E-111	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	10	75911266	A	G	AP3M1	CCDS7342.1	r.?	-	-	upstream	9	0	0	81	37	45.7	73	19	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	NA	2	NA	2	NA	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024571081	1.012285541	2	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	9.30E-63	1	2.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	76960460	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	26	7	26.9	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.653705954	0.653705954	1	0.806942892	0.806942892	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.73E-11	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	76960461	T	A	-	-	-	-	-	-	9	0	0	27	8	29.6	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.719319563	0.719319563	1	0.82507644	0.82507644	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.97E-13	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	77988032	C	T	C10orf11	CCDS7351.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	44	20	45.5	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	1.105710814	1.105710814	1	1.083479501	1.083479501	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-34	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	78367678	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	51	20	39.2	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.952612394	0.952612394	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.38E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	81638096	A	G	-	-	-	-	-	-	13	0	0	14	7	50	17	4	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	1.215066829	1.215066829	1	1.065345953	1.065345953	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.60E-13	1	0.00000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	82497085	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	54	7	13	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	FALSE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.315917375	0.315917375	1	0	NA	0	NA	NA	1	0	NA	0	NA	NA	1.13E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83037662	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	44	15	34.1	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.828675577	0.828675577	1	0.94747789	0.94747789	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.12E-24	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83339829	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	28	20	71.4	30	12	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	1.735115431	0.867557716	2	1.813354813	1.004486995	1.805254645	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.85E-40	1	1.94E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83832168	G	A	NRG3	CCDS31233.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	41	34	82.9	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	2.014580802	1.007290401	2	1.958423198	1.084845954	1.805254645	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-71	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83993842	T	A	NRG3	CCDS31233.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	39	9	23.1	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.561360875	0.561360875	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.62E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	85010977	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	38	32	84.2	39	11	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	2.046172539	1.02308627	2	1.278415143	1.278415143	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.24E-68	1	7.20E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	85488774	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	46	38	82.6	43	15	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	2.007290401	1.0036452	2	1.582152075	0.876414903	1.805254645	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.13E-80	1	4.05E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	86359976	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	34	28	82.4	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	2.002430134	1.001215067	2	2.157892228	1.195339524	1.805254645	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.87E-59	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	86569318	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	7	18.9	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.459295261	0.459295261	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.05E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	87193188	T	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	47	21	44.7	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	1.086269745	1.086269745	1	1.834995421	0.96244986	1.906588071	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.29E-36	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	87198804	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	78	24	30.8	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	0.748481166	0.748481166	1	0.955016204	0.955016204	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.63E-36	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	87804115	A	G	GRID1	CCDS31236.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	69	66	95.7	55	36	65.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	2.32563791	1.162818955	2	4.468111528	1.117027882	4	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	7.00E-148	1	3.72E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	87878620	A	T	GRID1	CCDS31236.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	78	21	26.9	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	0.653705954	0.653705954	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	1.99E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	88316451	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	72	63	87.5	60	36	60	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	2.12636695	1.063183475	2	4.09292659	1.023231648	4	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	8.83E-135	1	4.67E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	88635824	A	T	BMPR1A	CCDS7378.1	r.597a>u	c.49A>T	p.I17F	missense	40	0	0	92	39	42.4	69	24	34.8	180	1	0.6	322	132	41	179	72	40.2	TRUE	TRUE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	1.030376671	1.030376671	1	2.373897422	0.816729913	2.906588071	0.9963548	0.9963548	1	2.742260815	0.943463865	2.906588071	6	8	2.00E-64	1.44E-211	1.11E-37	1.85E-115	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	10	88802418	G	T	AC025268.1	ENST00000513247	r.?	-	-	intronic	16	0	0	71	32	45.1	65	16	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	1.095990279	1.095990279	1	1.678099902	0.880158608	1.906588071	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.05E-54	1	7.85E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	88908664	G	A	FAM35A	CCDS7383.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	8	3	37.5	18	5	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	0.069482658	0	0	0	0	0	0.930517342	1	1	NA	0	NA	0.069482658	NA	0.187356118	0.187356118	1	0.758420804	0.758420804	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.00000687	1	2.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	89138005	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	5	3	60	21	1	4.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	0.069482658	0	0	0	0	0	0.930517342	1	1	NA	0	NA	0.069482658	NA	0.299769789	0.299769789	1	0.130950355	0.130950355	1	NA	NA	1	NA	NA	0	3	NA	0.00000124	1	0.099912572	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	93925244	G	T	CPEB3	CCDS31246.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	44	37	84.1	49	21	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	1.63E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	94150031	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	27	81.8	56	30	53.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.53427896	1.26713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	5.46E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	96738429	G	C	CYP2C9	CCDS7437.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	36	29	80.6	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	98549731	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	43	7	16.3	25	0	0	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.396111786	0.396111786	1	0	0	1	0	0	1	NA	NA	1	3	NA	2.15E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	99355120	G	A	DHDPSL	CCDS7467.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	47	41	87.2	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-88	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	100635620	A	G	HPSE2	CCDS7477.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	34	15	44.1	43	12	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.071688943	1.071688943	1	1.319148936	1.319148936	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.18E-26	1	3.24E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	101881591	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	25	19	76	38	12	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.84690158	0.92345079	2	1.494089835	1.494089835	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.28E-39	1	5.86E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	102682705	G	T	FAM178A	CCDS7500.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	34	31	91.2	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.216281896	1.108140948	2	2.009456265	1.004728132	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.75E-68	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	104590495	C	G	CYP17A1	CCDS7541.1	r.1663g>c	c.1491G>C	p.Q497H	missense	25	0	0	38	33	86.8	46	25	54.3	88	0	0	75	51	68	137	85	62	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	2.567375887	1.283687943	2	1.652490887	0.826245443	2	2.93144208	1.46572104	2	6	9	5.70E-71	1.02E-98	1.87E-45	4.41E-158	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	10	106568662	G	T	SORCS3	CCDS7558.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	37	32	86.5	36	14	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.839243499	0.919621749	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	2.09E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	106630364	C	G	SORCS3	CCDS7558.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	33	13	39.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.957472661	0.957472661	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.37E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	107249920	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	33	27	81.8	37	11	29.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.404255319	1.404255319	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	3.70E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	108041054	G	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	36	29	80.6	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	108390407	G	A	SORCS1	CCDS7559.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	46	38	82.6	42	16	38.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	1.80141844	0.90070922	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	2.25E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	108457741	A	G	SORCS1	CCDS7559.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	49	15	30.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.10E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	108497827	G	A	SORCS1	CCDS7559.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	32	24	75	43	19	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	108533194	C	T	SORCS1	CCDS7559.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	26	25	96.2	36	11	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.337788578	1.168894289	2	1.446808511	1.446808511	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.71E-57	1	2.62E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	109219522	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	35	30	85.7	51	13	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-64	1	4.87E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	110276591	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	17	40.5	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	1.252955083	1.252955083	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.73E-28	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	110685439	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	40	31	77.5	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.883353584	0.941676792	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-63	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	110939758	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	47	16	34	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.826245443	0.826245443	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.98E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	111107950	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	44	21	47.7	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.159173755	1.159173755	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.60E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	111215608	C	A	-	-	-	-	-	-	49	0	0	36	30	83.3	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.952718676	0.976359338	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	111429719	T	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	46	14	30.4	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738760632	0.738760632	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	111540812	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	30	13	43.3	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.052247874	1.052247874	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.35E-22	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	112217347	G	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	29	13	44.8	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.088699878	1.088699878	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.69E-23	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	112480775	C	G	RBM20	CCDS44477.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	31	29	93.5	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.27217497	1.136087485	2	2.250591017	1.125295508	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.58E-65	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	112803997	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	34	87.2	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.189125296	1.094562648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	113422640	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	40	87	36	11	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.446808511	1.446808511	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	2.62E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	113637823	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	34	87.2	43	10	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.101654846	1.101654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	1.61E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	113721974	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	42	34	81	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.61E-71	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	114341906	G	A	VTI1A	CCDS7575.2	r.?	-	-	intronic	42	0	0	43	20	46.5	33	6	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.130012151	1.130012151	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.21E-35	1	1.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	116501149	T	C	-	-	-	-	-	-	12	0	0	28	16	57.1	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.387606318	1.387606318	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.39E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	117208177	C	T	ATRNL1	CCDS7592.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	47	43	91.5	51	26	51	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.223572296	1.111786148	2	2.411347518	1.205673759	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.99E-94	1	3.27E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	119008716	A	G	SLC18A2	CCDS7599.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	34	25	73.5	38	15	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.786148238	0.893074119	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-50	1	4.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	123165231	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	112	26	23.2	107	29	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.563791009	0.563791009	1	1.823323877	0.911661939	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.99E-35	1	1.56E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	125110763	T	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	42	36	85.7	56	22	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.858156028	0.929078014	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.41E-77	1	4.34E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	127278870	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	46	14	30.4	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738760632	0.738760632	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	127866398	T	C	ADAM12	CCDS7653.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	53	43	81.1	56	23	41.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	1.943262411	0.971631206	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.11E-89	1	3.22E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	128388324	A	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	40	30	75	44	20	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.52E-61	1	1.50E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	129487071	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	50	26	52	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.263669502	1.263669502	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.61E-46	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	129546915	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	16	34.8	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	129643367	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	43	13	30.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.733900365	0.733900365	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.88E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	130096302	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	41	20	48.8	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.185905225	1.185905225	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-35	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	132287487	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	52	48	92.3	48	23	47.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	2.264775414	1.132387707	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.43E-106	1	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	132518489	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	46	40	87	47	15	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.508274232	1.508274232	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	1.97E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	132755008	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	42	30	71.4	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.735115431	0.867557716	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.72E-60	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	133046893	G	A	TCERG1L	CCDS7662.2	r.?	-	-	intronic	8	0	0	34	29	85.3	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.07290401	1.036452005	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	133250407	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	27	25	92.6	27	5	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.250303767	1.125151883	2	0.874704492	0.874704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-55	1	0.00000023	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	133601888	C	T	ENSG00000189275	ENST00000341866	r.?	-	-	downstream	18	0	0	35	33	94.3	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.291616039	1.145808019	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.86E-74	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	134049827	G	A	STK32C	CCDS7666.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	41	34	82.9	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	134061712	G	C	STK32C	CCDS7666.1	r.?	-	-	intronic	4	0	0	39	32	82.1	68	21	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.460992908	0.730496454	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	7.15E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	134330797	G	C	-	-	-	-	-	-	7	0	0	35	31	88.6	43	23	53.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.529550827	1.264775414	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-67	1	1.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	134629084	G	A	C10orf92	ENST00000368586	r.?	-	-	intronic	6	0	0	44	38	86.4	47	34	72.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	3.418439716	1.709219858	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	7.69E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	135446983	A	G	-	-	-	-	-	-	50	0	0	116	13	11.2	89	5	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	4.16E-14	1	0.0000915	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	813934	C	A	PNPLA2	CCDS7718.1	r.?	-	-	upstream	20	0	0	43	14	32.6	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.118223572	1.118223572	1	1.873099291	0.936549645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.18E-22	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	879014	T	C	CHID1	CCDS7722.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	48	28	58.3	60	6	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.999767922	0.999883961	2	0.572813239	0.572813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.66E-52	1	0.000000621	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	1514730	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	21	36.8	73	32	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.262289186	1.262289186	1	2.508921986	1.254460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.56E-34	1	9.69E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	1729534	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	64	17	26.6	74	20	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.912415553	0.912415553	1	1.546595745	0.773297872	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-25	1	4.34E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	1798495	G	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	40	10	25	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	1.79863357	0.899316785	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.22E-15	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	2085349	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	66	14	21.2	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.727188335	0.727188335	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.71E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	2609188	G	T	KCNQ1	CCDS7736.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	42	26	61.9	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.123252734	1.061626367	2	0.733200946	0.733200946	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-49	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	4022007	C	G	STIM1	CCDS7749.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	44	12	27.3	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.936426488	0.936426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	4585913	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	53	13	24.5	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840382746	0.840382746	1	2.245427896	1.122713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.53E-19	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	4760857	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	62	39	62.9	57	4	7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15755407	1.078777035	2	0.400969267	0.400969267	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.70E-74	1	0.000199821	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	4988077	G	A	MMP26	CCDS7752.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	55	22	40	49	9	18.4	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.372053463	1.372053463	1	1.053976359	1.053976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.65E-36	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	5123005	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	62	16	25.8	44	11	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.884974484	0.884974484	1	1.432033097	1.432033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.36E-23	1	3.22E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	5344491	C	A	HBG2	CCDS7755.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	22	45.8	72	4	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.571001215	0.785500608	2	0.320775414	0.320775414	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-38	1	0.000490365	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	5364250	A	G	OR51B5	CCDS31378.1	r.505u>c	c.505T>C	p.S169P	missense	17	0	0	50	11	22	63	19	30.2	262	0	0	155	54	34.8	90	22	24.4	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.754629405	0.754629405	1	1.729895981	0.864947991	2	1.193686513	1.193686513	1	1.397664303	1.397664303	1	6	8	1.52E-15	7.43E-83	9.48E-29	9.17E-31	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	6128970	T	A	OR56B4	CCDS31406.1	r.57u>a	c.?	p.?	5'UTR variant	36	0	0	59	18	30.5	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.046190765	1.046190765	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.03E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	7588401	C	T	PPFIBP2	CCDS31419.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	53	14	26.4	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.905555286	0.905555286	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.22E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	8733799	A	T	ST5	CCDS7791.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	59	45	76.3	91	19	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.617191981	1.30859599	2	1.197179669	1.197179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.53E-91	1	2.46E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	9467198	T	A	IPO7	CCDS31425.1	r.3716u>a	c.?	p.?	3'UTR variant	35	0	0	62	32	51.6	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.769948967	0.884974484	2	0.819122931	0.819122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.07E-57	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	9929523	G	C	SBF2	CCDS31427.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	55	18	32.7	54	5	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.121653706	1.121653706	1	0.532716312	0.532716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.61E-28	1	0.00000806	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	10578425	C	A	LYVE1	CCDS7804.1	r.?	-	-	downstream	29	0	0	48	11	22.9	37	12	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.785500608	0.785500608	1	1.855914894	0.927957447	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.31E-16	1	4.03E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	11479221	G	A	GALNTL4	CCDS7807.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	35	22	62.9	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15755407	1.078777035	2	1.369023641	1.369023641	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.31E-42	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	11783443	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	75	21	28	54	1	1.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.960437424	0.960437424	1	0.108834515	0.108834515	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.75E-31	1	0.237137336	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	11810743	T	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	27	5	18.5	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.634574727	0.634574727	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.00000023	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	11824323	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	59	16	27.1	49	0	0	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.929566221	0.929566221	1	0	0	1	0	0	1	NA	NA	1	5	NA	1.37E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	13520081	C	T	PTH	CCDS7812.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	66	21	31.8	76	28	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.090782503	1.090782503	1	2.107952719	1.053976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-32	1	1.47E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	14124493	G	A	SPON1	ENST00000310358	r.?	-	-	intronic	28	0	0	61	35	57.4	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968896719	0.98444836	2	0.779026005	0.779026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.12E-64	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	15121388	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	56	17	30.4	60	22	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042760632	1.042760632	1	2.102224586	1.051112293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.22E-26	1	2.81E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	15414140	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	57	16	28.1	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.963867558	0.963867558	1	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.28E-24	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	15472951	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	67	33	49.3	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.691055893	0.845527947	2	1.122713948	1.122713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-57	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	15634104	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	51	13	25.5	54	18	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874684083	0.874684083	1	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-19	1	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	16357267	C	G	SOX6	CCDS7821.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	34	20	58.8	70	10	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.016918591	1.008459295	2	0.819122931	0.819122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-37	1	2.95E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	16363777	A	T	SOX6	CCDS7821.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	63	11	17.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.60027339	0.60027339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.37E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	16970489	C	T	PLEKHA7	CCDS31434.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	62	17	27.4	52	21	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.939856622	0.939856622	1	2.314165485	1.157082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.56E-25	1	7.89E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	18417457	C	G	LDHA	CCDS7839.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	83	44	53	65	6	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.817970838	0.908985419	2	0.52698818	0.52698818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-78	1	0.000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	18519740	G	T	TSG101	CCDS7842.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	53	21	39.6	59	7	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.358332928	1.358332928	1	0.681647754	0.681647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-34	1	2.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	18745163	C	A	IGSF22	CCDS41625.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	73	17	23.3	63	23	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.799221142	0.799221142	1	2.090768322	1.045384161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-23	1	9.25E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	18779608	T	A	PTPN5	CCDS41626.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	72	14	19.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.66544593	0.66544593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.39E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	19574560	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	54	9	16.7	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.572832321	0.572832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.48E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	21369796	A	G	NELL1	CCDS7855.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	65	33	50.8	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.742507898	0.871253949	2	1.220092199	1.220092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.60E-58	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	21955463	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	51	14	27.5	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.943286756	0.943286756	1	1.563780142	1.563780142	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.64E-21	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	22468164	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	66	39	59.1	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.027208991	1.013604496	2	0.916501182	0.916501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.91E-72	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	22786567	C	G	GAS2	CCDS7858.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	62	39	62.9	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15755407	1.078777035	2	1.0081513	1.0081513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.70E-74	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	22788526	C	T	GAS2	CCDS7858.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	62	35	56.5	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.938025516	0.969012758	2	0.687375887	0.687375887	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	7.14E-64	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	23045178	A	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	66	18	27.3	45	2	4.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.936426488	0.936426488	1	0.252037825	0.252037825	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.08E-26	1	0.021467209	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	23120662	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	46	17	37	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.269149453	1.269149453	1	2.245427896	1.122713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.16E-27	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	23896588	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	63	40	63.5	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.178134872	1.089067436	2	0.538444444	0.538444444	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.64E-76	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	24000997	C	T	-	-	-	-	-	-	47	0	0	57	6	10.5	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.360164034	0.360164034	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000456	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	24437600	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	52	24	46.2	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.58472175	0.792360875	2	2.388631206	1.194315603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.22E-41	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	24681402	A	T	LUZP2	CCDS31446.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	45	6	13.3	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.456207776	0.456207776	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000108	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	24961214	A	G	LUZP2	CCDS31446.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	51	27	52.9	56	4	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.814540705	0.907270352	2	0.4066974	0.4066974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-48	1	0.000186538	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	25686106	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	10	23.8	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.81637181	0.81637181	1	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-14	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	25725986	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	53	27	50.9	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.745938032	0.872969016	2	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.40E-48	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	25829543	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	52	14	26.9	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.922705954	0.922705954	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.04E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	25958746	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	67	17	25.4	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.871253949	0.871253949	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.03E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	26048699	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	50	12	24	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.823232078	0.823232078	1	0.64727896	0.64727896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-17	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	26394602	G	T	ANO3	CCDS31447.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	69	38	55.1	66	10	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890003645	0.945001823	2	0.870676123	0.870676123	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-68	1	1.60E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	26713999	C	T	SLC5A12	CCDS7860.2	r.?	-	-	intronic	47	0	0	48	11	22.9	63	0	0	221	1	0.5	172	39	22.7	133	0	0	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.785500608	0.785500608	1	0	0	1	0.77864034	0.77864034	1	0	0	1	5	7	9.31E-16	6.68E-52	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	27218809	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	44	22	50	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.715066829	0.857533414	2	1.03106383	1.03106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.51E-39	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	27304163	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	49	6	12.2	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.418476306	0.418476306	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000182	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	27818769	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	8	21.6	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.74090887	0.74090887	1	2.03921513	1.019607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.33E-11	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	27961787	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	45	9	20	56	15	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.686026731	0.686026731	1	1.53513948	0.76756974	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-12	1	4.09E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	28240419	C	T	METT5D1	CCDS31450.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	42	12	28.6	75	28	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.981018226	0.981018226	1	2.136593381	1.06829669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-18	1	9.34E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	28242616	G	T	METT5D1	CCDS31450.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	58	32	55.2	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.893433779	0.946716889	2	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.55E-58	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	28454216	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	74	40	54.1	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.855702309	0.927851154	2	0.853491726	0.853491726	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-71	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	29300659	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	52	34	65.4	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243307412	1.121653706	2	0.88786052	0.88786052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.28E-65	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	29882887	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	48	15	31.2	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.070201701	1.070201701	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.86E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	29885837	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	68	38	55.9	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.917444714	0.958722357	2	1.168539007	1.168539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.62E-69	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	30040265	G	A	KCNA4	CCDS41629.1	r.?	-	-	upstream	14	0	0	39	12	30.8	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.056481166	1.056481166	1	2.03921513	1.019607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-19	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	30495668	A	G	MPPED2	CCDS44560.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	59	12	20.3	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.696317132	0.696317132	1	1.769992908	0.884996454	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-16	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	30940439	C	A	DCDC5	ENST00000406071	r.?	-	-	intronic	43	0	0	74	11	14.9	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.511089915	0.511089915	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.53E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	30940440	A	G	DCDC5	ENST00000406071	r.?	-	-	intronic	43	0	0	73	10	13.7	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.469928311	0.469928311	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.56E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	31001462	A	C	ENSG00000226746	ENST00000399333	r.?	-	-	intronic	33	0	0	47	14	29.8	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	0.847763593	0.847763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-21	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	32614288	G	T	EIF3M	CCDS7880.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	68	37	54.4	62	15	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.86599271	0.932996355	2	1.386208038	1.386208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.37E-66	1	2.28E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	33818481	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	64	24	37.5	68	28	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.286300122	1.286300122	1	2.359990544	1.179995272	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-38	1	3.06E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	33986379	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	71	22	31	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.063341434	1.063341434	1	1.987661939	0.993830969	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.34E-33	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	34508893	A	G	ELF5	CCDS7892.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	55	30	54.5	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.869422843	0.934711422	2	1.12844208	1.12844208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.55E-54	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	34947664	C	A	PDHX	CCDS7896.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	73	30	41.1	54	23	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.409784933	0.704892467	2	2.440184397	1.220092199	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.11E-49	1	1.12E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	35044215	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	52	19	36.5	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.251998785	1.251998785	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.24E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	35208089	C	G	CD44	CCDS7897.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	44	26	59.1	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.027208991	1.013604496	2	1.002423168	1.002423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.41E-48	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	36067707	G	T	LDLRAD3	CCDS31462.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	60	22	36.7	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.258859052	1.258859052	1	1.380479905	1.380479905	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.81E-35	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	36564569	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	57	17	29.8	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	1.844458629	0.922229314	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.82E-26	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	37296694	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	65	21	32.3	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.107933171	1.107933171	1	1.122713948	1.122713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-32	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	37317331	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	44	10	22.7	35	14	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77864034	0.77864034	1	2.291252955	1.145626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.08E-14	1	1.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	37700324	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	61	32	52.5	68	10	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.80082017	0.900410085	2	0.842035461	0.842035461	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-57	1	2.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	38117527	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	54	21	38.9	75	8	10.7	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.334321993	1.334321993	1	0.612910165	0.612910165	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	2.12E-34	1	4.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	38547601	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	53	31	58.5	82	16	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.00662819	1.003314095	2	1.116985816	1.116985816	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.94E-57	1	4.67E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39068288	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	39	12	30.8	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.056481166	1.056481166	1	1.214364066	1.214364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-19	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39735790	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	16	35.6	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.221127582	1.221127582	1	1.838730496	0.919365248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.61E-26	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39759777	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	57	18	31.6	44	16	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.083922236	1.083922236	1	2.085040189	1.042520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.84E-28	1	5.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	40821019	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	57	32	56.1	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924304982	0.962152491	2	1.575236407	0.787618203	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.05E-58	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	40897124	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	50	12	24	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.823232078	0.823232078	1	1.357567376	1.357567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-17	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	41076075	C	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	74	48	64.9	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.226156744	1.113078372	2	1.483586288	1.483586288	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.07E-91	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	41342336	T	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	58	9	15.5	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.531670717	0.531670717	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.67E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	41691724	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	53	24	45.3	67	23	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.553850547	0.776925273	2	1.964749409	0.982374704	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.04E-41	1	5.12E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	42063469	T	A	-	-	-	-	-	-	44	1	2.3	57	16	28.1	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.963867558	0.963867558	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.28E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	42800167	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	38	13	34.2	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.173105711	1.173105711	1	0.801938534	0.801938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.88E-21	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	42800178	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	12	33.3	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.142234508	1.142234508	1	0.916501182	0.916501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.73E-19	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	43125539	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	64	22	34.4	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.179965978	1.179965978	1	1.483586288	1.483586288	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.57E-34	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	43786975	G	A	HSD17B12	CCDS7905.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	60	21	35	62	15	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.20054678	1.20054678	1	1.386208038	1.386208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.16E-33	1	2.28E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	44011140	A	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	39	15	38.5	77	28	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.320601458	1.320601458	1	2.085040189	1.042520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.85E-25	1	2.30E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	44710688	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	48	31	64.6	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215866343	1.107933171	2	0.819122931	0.819122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.82E-59	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	44927350	C	T	TSPAN18	CCDS7910.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	50	24	48	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.646464156	0.823232078	2	0.836307329	0.836307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.39E-42	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	46153946	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	54	12	22.2	78	24	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.761489672	0.761489672	1	1.764264775	0.882132388	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.90E-17	1	3.63E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	47070977	C	T	C11orf49	CCDS41641.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	64	18	28.1	80	23	28.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.963867558	0.963867558	1	1.643973995	0.821986998	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-26	1	6.19E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	47680943	A	G	AGBL2	CCDS7944.1	r.?	-	-	downstream	32	0	0	54	31	57.4	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968896719	0.98444836	2	0.933685579	0.933685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.52E-57	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48221305	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	57	20	35.1	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.203976914	1.203976914	1	2.090768322	1.045384161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.67E-32	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48283616	C	T	OR4X1	CCDS31487.1	r.?	-	-	upstream	26	0	0	54	28	51.9	74	10	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.780239368	0.890119684	2	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.17E-50	1	5.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48413989	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	55	24	43.6	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.495538275	0.747769137	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.28E-40	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48434782	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	55	11	20	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.686026731	0.686026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.77E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48478535	C	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	44	10	22.7	46	10	21.7	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77864034	0.77864034	1	1.243004728	1.243004728	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	2.08E-14	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48633058	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	42	11	26.2	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.898695018	0.898695018	1	1.970477541	0.985238771	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.81E-16	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	48654633	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	46	15	32.6	55	9	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.118223572	1.118223572	1	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.35E-23	1	1.01E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	49104931	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	49	12	24.5	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840382746	0.840382746	1	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.90E-17	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	49547835	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	59	16	27.1	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.929566221	0.929566221	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.37E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	49602296	G	T	ENSG00000205035	ENST00000357667	r.?	-	-	intronic	31	0	0	44	28	63.6	49	4	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.181565006	1.090782503	2	0.469706856	0.469706856	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-53	1	0.000110643	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	49618357	T	C	ENSG00000205035	ENST00000357667	r.?	-	-	intronic	31	0	0	52	14	26.9	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.922705954	0.922705954	1	1.706983452	0.853491726	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.04E-21	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	49783292	C	A	ENSG00000205035	ENST00000357667	r.?	-	-	intronic	38	0	0	70	24	34.3	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.176535844	1.176535844	1	1.792905437	0.896452719	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-37	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	51320759	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	75	35	46.7	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.601872418	0.800936209	2	1.386208038	1.386208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.05E-60	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	55615233	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	14	32.6	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.118223572	1.118223572	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.18E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	56451682	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	55	32	58.2	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.996337789	0.998168894	2	0.761841608	0.761841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.89E-59	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	56451683	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	55	32	58.2	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.996337789	0.998168894	2	0.779026005	0.779026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.89E-59	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	57369056	G	C	SERPING1	CCDS7962.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	49	30	61.2	49	12	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.099241798	1.049620899	2	1.403392435	1.403392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-56	1	1.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	57372892	C	A	SERPING1	CCDS7962.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	52	33	63.5	64	6	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.178134872	1.089067436	2	0.538444444	0.538444444	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.10E-63	1	0.000000914	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	57638243	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	12	30.8	68	23	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.056481166	1.056481166	1	1.936108747	0.968054374	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-19	1	7.70E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	58926400	G	T	FAM111A	CCDS7973.1	r.?	-	-	downstream	47	0	0	63	17	27	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.926136087	0.926136087	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.22E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	59271301	C	A	OR4D11	CCDS31563.1	r.253c>a	c.253C>A	p.L85I	missense	38	0	0	59	17	28.8	46	0	0	227	0	0	178	39	21.9	194	0	0	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.987878493	0.987878493	1	0	0	1	0.751199271	0.751199271	1	0	0	1	5	7	1.74E-25	2.93E-51	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	59809715	C	G	PLAC1L	CCDS7979.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	11	23.9	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.819801944	0.819801944	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.55E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	60121195	T	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	57	12	21.1	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.723758202	0.723758202	1	1.197179669	1.197179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-16	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	60245212	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	50	13	26	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891834751	0.891834751	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.65E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	61102807	C	T	DDB1	CCDS31576.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	68	22	32.4	52	21	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.111363305	1.111363305	1	2.314165485	1.157082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.67E-34	1	7.89E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	61780317	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	52	17	32.7	57	26	45.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.121653706	1.121653706	1	2.612028369	1.306014184	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-26	1	1.57E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	61807499	A	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	53	35	66	61	14	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.263888214	1.131944107	2	1.317470449	1.317470449	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-67	1	1.10E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	62390159	C	T	GANAB	CCDS41656.1	r.?	-	-	downstream	13	0	0	55	32	58.2	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.996337789	0.998168894	2	1.059704492	1.059704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.89E-59	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	64222957	G	A	ENSG00000181908	ENST00000316124	r.?	-	-	downstream	8	0	0	46	24	52.2	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.790529769	0.895264885	2	0.882132388	0.882132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.23E-43	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	65271710	A	G	MALAT1	ENST00000508832	r.?	-	-	downstream	40	0	0	73	19	26	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891834751	0.891834751	1	1.432033097	1.432033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-27	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	65561501	G	A	OVOL1	CCDS8112.1	r.417-1g>a	c.101-1G>A	p.?	ess splice	11	0	0	52	18	34.6	50	13	26	29	0	0	17	1	5.9	11	3	27.3	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.186826245	1.186826245	1	1.489314421	1.489314421	1	0.202377886	0.202377886	1	1.563780142	1.563780142	1	6	8	1.39E-28	0.081683532	3.65E-19	0.00002	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	66207079	G	A	MRPL11	CCDS8140.1	r.?	-	-	upstream	33	0	0	62	33	53.2	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.824831106	0.912415553	2	0.589997636	0.589997636	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.14E-59	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	66439299	C	A	RBM4B	CCDS8149.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	57	38	66.7	65	6	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.287899149	1.143949575	2	0.52698818	0.52698818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.11E-73	1	0.000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	68141911	G	A	LRP5	CCDS8181.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	44	14	31.8	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.090782503	1.090782503	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.10E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	69189334	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	63	26	41.3	68	24	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.4166452	0.7083226	2	2.022030733	1.011015366	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.45E-43	1	7.25E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	70913986	C	A	SHANK2	ENST00000413503	r.?	-	-	intronic	27	0	0	58	19	32.8	63	25	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12508384	1.12508384	1	2.274068558	1.137034279	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-29	1	6.06E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	71389108	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	46	23	50	70	9	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.715066829	0.857533414	2	0.738929078	0.738929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-41	1	9.65E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	71591072	C	G	ENSG00000225805	ENST00000411709	r.?	-	-	intronic	31	0	0	68	43	63.2	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167844471	1.083922236	2	0.486891253	0.486891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.66E-81	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	71610966	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	48	15	31.2	61	23	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.070201701	1.070201701	1	2.15950591	1.079752955	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.86E-23	1	3.73E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	72329960	T	A	PDE2A	CCDS8216.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	46	14	30.4	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042760632	1.042760632	1	2.090768322	1.045384161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-21	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	73397180	G	C	RAB6A	CCDS8223.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	60	15	25	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	2.148049645	1.074024823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-21	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	73495677	T	G	MRPL48	CCDS44676.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	43	12	27.9	55	23	41.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95700729	0.95700729	1	2.394359338	1.197179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-18	1	1.91E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	74436785	C	G	CHRDL2	CCDS8234.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	57	17	29.8	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.82E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	74526924	C	G	RNF169	CCDS41691.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	58	25	43.1	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.478387606	0.739193803	2	1.059704492	1.059704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-42	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	74945794	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	70	39	55.7	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910584447	0.955292224	2	0.486891253	0.486891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.12E-70	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	75085258	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	67	18	26.9	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.922705954	0.922705954	1	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.83E-26	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	75247300	A	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	44	16	36.4	51	15	29.4	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.248568651	1.248568651	1	1.684070922	0.842035461	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.57E-26	1	8.22E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	75857498	G	C	UVRAG	CCDS8241.1	r.?	-	-	downstream	20	0	0	50	9	18	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.617424058	0.617424058	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.07E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	76337494	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	17	28.8	56	15	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.987878493	0.987878493	1	1.53513948	0.76756974	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-25	1	4.09E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	77246847	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	65	20	30.8	57	19	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.056481166	1.056481166	1	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.18E-30	1	1.01E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	77770878	C	T	THRSP	CCDS8256.1	r.?	-	-	upstream	33	0	0	53	27	50.9	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.745938032	0.872969016	2	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.40E-48	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78038747	T	C	GAB2	CCDS8260.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	47	29	61.7	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116392467	1.058196233	2	0.899316785	0.899316785	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.80E-55	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78064312	C	G	GAB2	CCDS8259.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	53	14	26.4	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.905555286	0.905555286	1	2.245427896	1.122713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-20	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78146358	T	C	NARS2	CCDS8261.1	r.?	-	-	downstream	33	0	0	52	32	61.5	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109532199	1.0547661	2	0.475434988	0.475434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.66E-60	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78523781	G	T	ODZ4	CCDS44688.1	r.?	-	-	intronic	27	1	3.7	45	12	26.7	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.915845687	0.915845687	1	1.804361702	0.902180851	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-18	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78715458	C	T	ODZ4	CCDS44688.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	63	37	58.7	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.013488457	1.006744228	2	0.704560284	0.704560284	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.29E-68	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	78825638	C	T	ODZ4	CCDS44688.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	57	39	68.4	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.346211422	1.173105711	2	1.460673759	1.460673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.17E-76	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79173365	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	66	27	40.9	59	29	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.402924666	0.701462333	2	2.818241135	1.409120567	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-44	1	9.52E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79567508	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	57	17	29.8	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	1.706983452	0.853491726	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.82E-26	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79669753	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	65	36	55.4	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.900294046	0.950147023	2	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.17E-65	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79958487	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	31	6	19.4	54	5	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.66544593	0.66544593	1	0.532716312	0.532716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-08	1	0.00000806	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79995149	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	61	23	37.7	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.293160389	1.293160389	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.73E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	80723278	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	63	22	34.9	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.197116646	1.197116646	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.03E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	81186732	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	56	21	37.5	60	21	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.286300122	1.286300122	1	2.004846336	1.002423168	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.43E-34	1	3.16E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82065756	A	T	AP002802.1	ENST00000500502	r.?	-	-	intronic	25	0	0	54	11	20.4	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.699747266	0.699747266	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.84E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82214685	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	45	9	20	70	22	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.686026731	0.686026731	1	1.79863357	0.899316785	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-12	1	1.63E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82422189	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	52	12	23.1	60	22	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.792360875	0.792360875	1	2.102224586	1.051112293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.19E-17	1	2.81E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82432319	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	61	13	21.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.730618469	0.730618469	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.41E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	83587890	A	T	DLG2	CCDS41696.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	55	12	21.8	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.747769137	0.747769137	1	1.769992908	0.884996454	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.78E-17	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	83678117	T	C	DLG2	CCDS41696.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	60	15	25	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	84001319	G	C	DLG2	CCDS41696.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	62	20	32.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.107933171	1.107933171	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.19E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	84017144	T	C	DLG2	CCDS41696.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	50	5	10	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.343013366	0.343013366	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000549	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	84191884	C	T	DLG2	CCDS41696.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	50	23	46	69	8	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.577861482	0.788930741	2	0.664463357	0.664463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-39	1	2.49E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	85041564	C	T	DLG2	CCDS44690.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	26	15	57.7	25	5	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97918712	0.98959356	2	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.24E-28	1	0.000000153	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	85226992	T	C	DLG2	CCDS44690.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	63	36	57.1	66	13	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958606318	0.979303159	2	1.12844208	1.12844208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-66	1	1.95E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	85464167	G	A	SYTL2	CCDS31649.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	66	44	66.7	62	15	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.287899149	1.143949575	2	1.386208038	1.386208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.30E-85	1	2.28E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	86450548	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	55	35	63.6	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.181565006	1.090782503	2	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.33E-66	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	86488867	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	60	40	66.7	49	5	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.287899149	1.143949575	2	0.584269504	0.584269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-77	1	0.00000496	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	86658566	C	T	FZD4	CCDS8279.1	r.5538g>a	c.?	p.?	3'UTR variant	25	0	0	57	13	22.8	67	28	41.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.782070474	0.782070474	1	2.394359338	1.197179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	1	1.81E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	86933726	G	T	TMEM135	CCDS8280.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	47	14	29.8	53	18	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	1.947565012	0.973782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-21	1	2.09E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	87340454	A	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	50	14	28	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.960437424	0.960437424	1	1.237276596	1.237276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.84E-21	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	87387732	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	45	9	20	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.686026731	0.686026731	1	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-12	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	87601815	G	A	-	-	-	-	-	-	37	1	2.7	50	14	28	60	22	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.960437424	0.960437424	1	2.102224586	1.051112293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.84E-21	1	2.81E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	87760877	A	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	36	16	44.4	42	3	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.522979344	0.761489672	2	0.4066974	0.4066974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-27	1	0.001240292	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	88104910	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	58	13	22.4	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.768349939	0.768349939	1	1.243004728	1.243004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.12E-18	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	89319405	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	56	39	69.6	68	6	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.387373026	1.193686513	2	0.50407565	0.50407565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-76	1	0.00000131	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	89503958	C	T	TRIM77	ENST00000398290	r.?	-	-	intronic	6	0	0	30	14	46.7	27	8	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.601872418	0.800936209	2	1.695527187	1.695527187	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.24E-25	1	7.97E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	89601397	T	A	TRIM64B	ENST00000329862	r.?	-	-	downstream	74	0	0	100	14	14	109	8	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.480218712	0.480218712	1	0.418153664	0.418153664	1	NA	NA	1	NA	NA	1	4	NA	1.80E-16	1	9.48E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	89655924	C	A	TRIM49L	CCDS44700.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	55	18	32.7	61	21	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.121653706	1.121653706	1	1.970477541	0.985238771	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.61E-28	1	4.80E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	90039205	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	43	16	37.2	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.276009721	1.276009721	1	0.819122931	0.819122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.56E-26	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	90298831	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	52	18	34.6	50	18	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.186826245	1.186826245	1	2.06212766	1.03106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.39E-28	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	90611590	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	59	18	30.5	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.046190765	1.046190765	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.03E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	90929788	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	9	17.3	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.593413123	0.593413123	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.92E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	91144782	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	51	16	31.4	60	24	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.077061968	1.077061968	1	2.291252955	1.145626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.28E-25	1	1.81E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	91284041	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	52	14	26.9	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.922705954	0.922705954	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.04E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	92069226	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	43	15	34.9	46	18	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.197116646	1.197116646	1	2.239699764	1.119849882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.05E-24	1	9.41E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	92139651	A	G	FAT3	CCDS44706.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	74	19	25.7	72	31	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.88154435	0.88154435	1	2.468825059	1.23441253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-27	1	8.50E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	92308216	C	A	FAT3	CCDS44706.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	46	8	17.4	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.596843256	0.596843256	1	0.761841608	0.761841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.61E-11	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	92410008	G	T	FAT3	CCDS44706.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	56	29	51.8	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.776809235	0.888404617	2	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.21E-51	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	93028227	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	37	7	18.9	43	10	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.648295261	0.648295261	1	1.334654846	1.334654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.05E-10	1	1.61E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	93080151	C	A	CCDC67	CCDS44707.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	56	15	26.8	43	15	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.91927582	0.91927582	1	1.999118203	0.999559102	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.09E-22	1	4.05E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	93720890	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	58	19	32.8	49	23	46.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12508384	1.12508384	1	2.68649409	1.343247045	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-29	1	6.14E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	96057116	G	A	MAML2	CCDS44714.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	73	33	45.2	60	6	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.550420413	0.775210207	2	0.572813239	0.572813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	0.000000621	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	96491425	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	62	17	27.4	73	4	5.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.939856622	0.939856622	1	0.315047281	0.315047281	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.56E-25	1	0.000516741	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	97544778	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	59	14	23.7	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.812941677	0.812941677	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.58E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	98061378	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	21	38.2	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.310311057	1.310311057	1	1.214364066	1.214364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.41E-34	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	99291884	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	65	35	53.8	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.845411908	0.922705954	2	1.197179669	1.197179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.57E-63	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	99362162	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	56	13	23.2	45	17	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.795791009	0.795791009	1	2.165234043	1.082617021	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-18	1	7.37E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	100060802	A	G	CNTN5	ENST00000279463	r.?	-	-	intronic	40	0	0	49	21	42.9	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.471527339	0.73576367	2	0.779026005	0.779026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-35	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	100221059	C	G	CNTN5	ENST00000279463	r.?	-	-	intronic	27	0	0	43	23	53.5	59	7	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.835121507	0.917560753	2	0.681647754	0.681647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-41	1	2.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	101115474	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	43	9	20.9	58	21	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.716897934	0.716897934	1	2.073583924	1.036791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.45E-13	1	1.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	102114939	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	65	42	64.6	50	3	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.215866343	1.107933171	2	0.343687943	0.343687943	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.61E-80	1	0.002055544	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	102299962	T	C	TMEM123	CCDS41702.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	66	15	22.7	49	12	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77864034	0.77864034	1	1.403392435	1.403392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.45E-21	1	1.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	102895110	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	44	7	15.9	58	21	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.545391252	0.545391252	1	2.073583924	1.036791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.55E-09	1	1.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	103093718	G	A	DYNC2H1	CCDS44717.1	r.9400g>a	c.9256G>A	p.A3086T	missense	43	0	0	59	22	37.3	61	29	47.5	244	1	0.4	233	64	27.5	144	67	46.5	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.279439854	1.279439854	1	2.720862884	1.360431442	2	0.943286756	0.943286756	1	2.66358156	1.33179078	2	6	9	1.79E-35	4.21E-90	3.48E-50	4.86E-113	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	103102438	G	T	DYNC2H1	CCDS44717.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	61	8	13.1	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.449347509	0.449347509	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	9.09E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	103507553	T	C	-	-	-	-	-	-	16	0	0	46	16	34.8	43	13	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.193686513	1.193686513	1	1.729895981	0.864947991	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-25	1	3.88E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	103971334	A	T	PDGFD	CCDS41703.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	37	6	16.2	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.555681652	0.555681652	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	104091701	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	41	23	56.1	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924304982	0.962152491	2	0.64727896	0.64727896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.21E-42	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	104148661	T	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	53	21	39.6	49	12	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.358332928	1.358332928	1	1.403392435	1.403392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-34	1	1.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	104773267	A	T	ENSG00000235505	ENST00000412702	r.?	-	-	intronic	26	0	0	49	9	18.4	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.631144593	0.631144593	1	2.010574468	1.005287234	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.35E-12	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	106426938	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	28	63.6	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.181565006	1.090782503	2	0.853491726	0.853491726	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-53	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	106495653	T	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	57	17	29.8	63	20	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02217983	1.02217983	1	1.815817967	0.907908983	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.82E-26	1	1.05E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	106547714	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	60	14	23.3	64	8	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.799221142	0.799221142	1	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.54E-20	1	1.35E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	106883506	A	G	GUCY1A2	CCDS8335.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	67	39	58.2	64	10	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.996337789	0.998168894	2	0.893588652	0.893588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.30E-72	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	107558566	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	52	19	36.5	46	15	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.251998785	1.251998785	1	1.867371158	0.933685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-30	1	1.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	107849866	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	57	13	22.8	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.782070474	0.782070474	1	1.941836879	0.97091844	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	108396819	T	A	EXPH5	CCDS8341.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	52	33	63.5	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.178134872	1.089067436	2	1.174267139	1.174267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.10E-63	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	109011674	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	47	5	10.6	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.363594168	0.363594168	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000402	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	109290223	G	A	C11orf87	CCDS31672.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	60	16	26.7	56	16	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.915845687	0.915845687	1	1.638245863	0.819122931	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.86E-23	1	5.26E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	109350701	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	59	15	25.4	37	5	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.871253949	0.871253949	1	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.90E-22	1	0.00000119	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	109528189	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	58	17	29.3	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.005029162	1.005029162	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.24E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	109854916	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	59	5	8.5	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.291561361	0.291561361	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000125	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	110033419	T	C	ZC3H12C	CCDS44727.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	59	12	20.3	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.696317132	0.696317132	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.20E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	111023711	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	69	19	27.5	42	11	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.943286756	0.943286756	1	1.500770686	1.500770686	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.95E-28	1	1.81E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	111844052	C	T	DIXDC1	ENST00000389821	r.?	-	-	intronic	21	0	0	47	9	19.1	39	4	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.655155529	0.655155529	1	0.589997636	0.589997636	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.24E-12	1	0.0000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	112100320	G	T	PTS	CCDS8359.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	47	12	25.5	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874684083	0.874684083	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.09E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	112326693	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	58	21	36.2	42	13	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.241708384	1.241708384	1	1.77572104	0.88786052	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-33	1	2.72E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	112495946	A	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	71	17	23.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.819801944	0.819801944	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.12E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	113023639	A	T	NCAM1	ENST00000404693	r.?	-	-	intronic	24	0	0	56	11	19.6	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.672306197	0.672306197	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.91E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	113363001	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	54	9	16.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.572832321	0.572832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.48E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	113881743	G	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	62	17	27.4	46	14	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.939856622	0.939856622	1	1.741352246	0.870676123	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.56E-25	1	1.26E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	114375133	C	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	54	14	25.9	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.888404617	0.888404617	1	1.970477541	0.985238771	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-20	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	114558827	C	T	FAM55B	CCDS44738.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	58	7	12.1	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.415046173	0.415046173	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.88E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	114564558	A	G	FAM55B	CCDS44738.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	44	11	25	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.22E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	115011990	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	51	31	60.8	59	10	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.085521264	1.042760632	2	0.968054374	0.968054374	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.28E-58	1	4.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	115838024	G	A	-	-	-	-	-	-	9	0	0	62	39	62.9	51	15	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15755407	1.078777035	2	1.684070922	0.842035461	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.70E-74	1	8.22E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	116683700	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	58	28	48.3	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.656754557	0.828377278	2	0.618638298	0.618638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.36E-49	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	116774987	C	G	SIK3	CCDS8379.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	56	14	25	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	2.365718676	1.182859338	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-20	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	116940894	G	A	SIK3	CCDS8379.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	50	13	26	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891834751	0.891834751	1	0.882132388	0.882132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.65E-19	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	117225865	G	A	CEP164	CCDS31683.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	53	13	24.5	60	20	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840382746	0.840382746	1	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.53E-19	1	3.30E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	117476700	A	C	DSCAML1	CCDS8384.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	62	17	27.4	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.939856622	0.939856622	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.56E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	118125383	T	C	MPZL2	CCDS8393.1	r.1367a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	33	0	0	69	18	26.1	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.895264885	0.895264885	1	2.010574468	1.005287234	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.16E-26	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	118257650	C	T	UBE4A	CCDS8396.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	64	32	50	75	14	18.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.715066829	0.857533414	2	1.071160757	1.071160757	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.65E-56	1	2.57E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	118699762	T	G	-	-	-	-	-	-	13	0	0	43	12	27.9	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95700729	0.95700729	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.24E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	118988257	G	A	C2CD2L	CCDS8413.1	r.?	-	-	downstream	37	0	0	55	20	36.4	57	18	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.248568651	1.248568651	1	1.810089835	0.905044917	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.08E-32	1	9.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	119538109	C	A	PVRL1	CCDS8426.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	58	18	31	59	17	28.8	12	0	0	1	0	0	1	0	0	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.063341434	1.063341434	1	1.649702128	0.824851064	2	0	0	1	0	0	1	6	NA	1.42E-27	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	120104820	T	A	OAF	CCDS8430.1	r.?	-	-	downstream	15	0	0	60	38	63.3	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.259487989	1.056152534	2.139357637	0.996695035	0.996695035	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.62E-72	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	121277851	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	54	15	27.8	67	24	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.99231858	0.99231858	1	2.050671395	1.025335697	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-22	1	4.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	121476142	G	C	SORL1	CCDS8436.1	r.4890g>c	c.4810G>C	p.E1604Q	missense	37	0	0	45	10	22.2	45	8	17.8	197	0	0	120	25	20.8	50	8	16	TRUE	TRUE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.792427067	0.792427067	1	1.019607565	1.019607565	1	0.742454189	0.742454189	1	0.916501182	0.916501182	1	6	8	2.66E-14	7.87E-33	7.14E-11	1.74E-10	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	123121788	C	A	ENSG00000224741	ENST00000435687	r.?	-	-	intronic	15	0	0	43	14	32.6	52	15	28.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.163654162	1.163654162	1	1.649702128	0.824851064	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.18E-22	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	123567601	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	38	21	55.3	41	5	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.973928686	0.986964343	2	0.698832151	0.698832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-38	1	0.00000202	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	124406527	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	35	77.8	39	8	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.777064227	1.298083209	2.139357637	1.174267139	1.174267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.84E-72	1	2.09E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	124669607	C	T	C11orf61	CCDS8454.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	55	29	52.7	76	12	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.881121912	0.940560956	2	0.905044917	0.905044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.85E-52	1	5.63E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	125465832	C	T	STT3A	CCDS8458.1	r.132c>u	c.22C>T	p.R8*	nonsense	34	0	0	58	16	27.6	78	24	30.8	200	0	0	329	88	26.7	233	87	37.3	TRUE	TRUE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.985179597	0.985179597	1	1.764264775	0.882132388	2	0.953054176	0.953054176	1	2.136593381	1.06829669	2	6	8	1.00E-23	4.61E-122	3.63E-36	1.23E-135	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	127232750	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	41	22	53.7	69	13	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.916816825	0.958408412	2	1.076888889	1.076888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.33E-40	1	3.64E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	127287832	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	34	54.8	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.956081229	0.978040615	2	0.618638298	0.618638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.78E-61	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	127296146	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	63	20	31.7	61	20	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.13152874	1.13152874	1	1.878827423	0.939413712	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-30	1	4.89E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	127437717	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	56	16	28.6	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.02087451	1.02087451	1	1.706983452	0.853491726	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.26E-24	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	128267134	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	46	24	52.2	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.863274455	0.931637228	2	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.23E-43	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	128660340	C	G	FLI1	CCDS44768.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	62	24	38.7	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.381393131	1.212431537	1.139357637	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.81E-39	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	128661897	C	A	FLI1	CCDS44768.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	58	33	56.9	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.031040546	1.015520273	2	0.973782506	0.973782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.80E-60	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	129328849	C	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	73	22	30.1	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.07441688	1.07441688	1	1.369023641	1.369023641	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.79E-33	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	130188980	G	A	ZBTB44	CCDS44776.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	59	32	54.2	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.934664281	0.967332141	2	0.847763593	0.847763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.88E-58	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	130455244	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	62	19	30.6	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.092264336	1.092264336	1	0.801938534	0.801938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.66E-29	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	130703172	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	33	57.9	61	11	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.066735459	1.03336773	2	1.03106383	1.03106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.79E-61	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131124805	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	25	41.7	57	25	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.48847787	0.744238935	2	2.514650118	1.257325059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-41	1	2.54E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131319717	C	T	OPCML	CCDS41733.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	52	12	23.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.824552489	0.824552489	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.19E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131460077	T	G	OPCML	CCDS41733.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	51	14	27.5	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.981610106	0.981610106	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.64E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131472576	T	C	OPCML	CCDS41733.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	62	11	17.7	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.631799959	0.631799959	1	1.609605201	0.8048026	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.96E-14	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131496318	G	T	OPCML	CCDS41733.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	63	41	65.1	63	11	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.323738832	1.086185307	2.139357637	1.002423168	1.002423168	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.15E-78	1	2.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131937134	G	C	OPCML	CCDS8491.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	57	36	63.2	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.255918498	1.054484047	2.139357637	0.750385343	0.750385343	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.80E-68	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132018405	T	C	OPCML	CCDS8491.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	49	33	67.3	57	5	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.402267641	1.122892031	2.139357637	0.50407565	0.50407565	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.61E-64	1	0.0000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132311445	C	A	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	45	28	62.2	55	5	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.220223585	1.037799172	2.139357637	0.521260047	0.521260047	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.78E-53	1	0.00000883	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132342106	T	G	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	57	11	19.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.68891182	0.68891182	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.29E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132519146	G	C	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	66	47	71.2	74	4	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.541477801	1.18796304	2.139357637	0.309319149	0.309319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.12E-92	1	0.00054411	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132526201	C	T	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	48	17	35.4	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.263599918	1.263599918	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.80E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132677108	A	T	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	48	0	0	56	46	82.1	60	7	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.930552352	1.369828168	2.139357637	0.670191489	0.670191489	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.82E-96	1	2.39E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132695026	C	A	ENSG00000183715	CCDS8492.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	59	17	28.8	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.028013493	1.028013493	1	1.540867612	0.770433806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.74E-25	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	132843607	A	G	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	55	20	36.4	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.299294831	1.299294831	1	2.359990544	1.179995272	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.08E-32	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133022253	G	T	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	47	13	27.7	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.988749088	0.988749088	1	2.371446809	1.185723404	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.47E-19	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133035796	T	A	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	47	30	63.8	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.277335446	1.064494971	2.139357637	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.35E-57	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133037195	G	A	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	78	46	59	72	14	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	2.105999863	0.984407575	2.139357637	1.111257683	1.111257683	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.50E-85	1	1.39E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133080281	G	A	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	50	11	22	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.785288085	0.785288085	1	1.403392435	1.403392435	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-15	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133321490	C	T	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	43	14	32.6	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.163654162	1.163654162	1	1.374751773	1.374751773	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.18E-22	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133411344	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	49	17	34.7	50	19	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.238613479	1.238613479	1	2.176690307	1.088345154	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.26E-27	1	5.00E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133445132	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	72	23	31.9	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.138667723	1.138667723	1	0.675919622	0.675919622	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.67E-35	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133624051	A	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	57	19	33.3	68	22	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.188640601	1.188640601	1	1.855914894	0.927957447	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.01E-29	1	7.67E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133661639	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	52	14	26.9	55	0	0	96	0	0	176	13	7.4	212	1	0.5	TRUE	TRUE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.960193158	0.960193158	1	0	0	1	0.264142356	0.264142356	1	0.028640662	0.028640662	1	5	3	9.04E-21	9.08E-12	1	0.654464146	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	134130356	A	G	ACAD8	CCDS8498.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	56	16	28.6	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	1.02087451	1.02087451	1	1.672614657	0.836307329	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.26E-24	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	134831442	T	A	-	-	-	-	-	-	6	1	16.7	47	10	21.3	44	26	59.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0.760301646	0.760301646	1	3.385326241	1.692663121	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.27E-14	1	1.41E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	730722	C	A	NINJ2	CCDS8505.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	104	24	23.1	120	19	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.485360875	0.742680437	2	1.695044917	0.847522459	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.41E-33	1	6.88E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	790706	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	107	20	18.7	97	4	4.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.202434994	1.202434994	1	0.439853428	0.439853428	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.51E-25	1	0.001496109	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	1085056	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	119	20	16.8	98	13	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.080262454	1.080262454	1	1.426841608	1.426841608	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.46E-24	1	4.42E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	1626957	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	124	42	33.9	79	12	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.17981531	1.089907655	2	1.630676123	1.630676123	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.43E-64	1	9.17E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	1851772	C	A	ADIPOR2	CCDS8511.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	113	30	26.5	115	24	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.703985419	0.85199271	2	2.242179669	1.121089835	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.33E-42	1	1.34E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	2256686	C	T	CACNA1C	CCDS44794.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	118	16	13.6	111	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874498177	0.874498177	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.20E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	2401247	C	T	CACNA1C	CCDS44794.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	117	29	24.8	107	24	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.594673147	0.797336574	2	2.403101655	0.801033885	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.94E-40	1	2.00E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	3263436	G	A	TSPAN9	CCDS8520.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	121	9	7.4	105	13	12.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.475829891	0.475829891	1	1.330288416	1.330288416	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.33E-08	1	1.11E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	3303569	T	C	TSPAN9	CCDS8520.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	103	9	8.7	93	0	0	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.559421628	0.559421628	1	0	0	1	6.430133657	1.607533414	4	NA	NA	1	5	NA	3.21E-09	0.000025	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4285161	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	93	30	32.3	102	19	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.076933171	1.038466586	2	1.995432624	0.997716312	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.51E-45	1	2.57E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4324663	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	106	25	23.6	110	32	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.517511543	0.758755772	2	3.121886525	1.040628842	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-34	1	8.49E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4398760	C	A	CCND2	CCDS8524.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	92	28	30.4	89	17	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.954760632	0.977380316	2	2.049073286	1.024536643	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.79E-42	1	4.11E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4653807	G	C	RAD51AP1	CCDS44805.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	128	6	4.7	106	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.302216282	0.302216282	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000503	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	5026110	C	G	KCNA1	CCDS8535.1	r.6671c>g	c.?	p.?	3'UTR variant	37	0	0	107	31	29	95	24	25.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.864738761	0.93236938	2	2.714217494	0.904739165	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.55E-45	1	8.29E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	5262720	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	97	14	14.4	98	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925939247	0.925939247	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.16E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	6415415	C	G	PLEKHG6	CCDS8541.1	r.?	-	-	upstream	20	0	0	114	33	28.9	108	21	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.858308627	0.929154313	2	2.081257683	1.040628842	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.97E-48	1	3.87E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	7053201	G	A	ATN1	CCDS31734.1	r.?	-	-	downstream	16	0	0	114	28	24.6	113	28	24.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.58181288	0.79090644	2	2.660576832	0.886858944	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.46E-39	1	6.41E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	7368571	A	T	PEX5	CCDS44823.1	r.?	-	-	downstream	14	0	0	123	14	11.4	123	9	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.733035237	0.733035237	1	0.783153664	0.783153664	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.54E-15	1	1.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	7441509	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	126	46	36.5	128	39	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.346998785	1.173499392	2	3.272080378	1.090693459	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.78E-72	1	1.35E-57	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	7783822	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	104	32	30.8	104	21	20.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.980481166	0.990240583	2	2.167082742	1.083541371	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.05E-47	1	1.64E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8035424	T	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	102	29	28.4	106	21	19.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.826157959	0.913078979	2	2.124170213	1.062085106	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.18E-42	1	2.53E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8056493	G	C	NANOGP1	ENST00000316043	r.?	-	-	downstream	28	0	0	113	40	35.4	102	14	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.276267315	1.138133657	2	1.469754137	1.469754137	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.89E-62	1	2.41E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8182562	A	T	FOXJ2	CCDS8587.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	140	37	26.4	109	25	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.697555286	0.848777643	2	2.456742317	0.818914106	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.35E-52	1	5.58E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8233790	C	A	NECAP1	CCDS8589.1	r.?	-	-	upstream	37	0	0	120	74	61.7	106	58	54.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.967392467	0.991848117	4	5.868288416	0.978048069	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.55E-137	1	1.08E-103	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8728620	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	100	8	8	124	18	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.514410693	0.514410693	1	1.555579196	0.777789598	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.83E-08	1	4.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8915347	G	C	RIMKLB	CCDS41748.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	112	10	8.9	93	6	6.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.572281896	0.572281896	1	0.697328605	0.697328605	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.48E-10	1	0.00000821	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	9413477	T	C	-	-	-	-	-	-	46	0	0	105	66	62.9	96	54	56.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.04455407	1.011138518	4	6.029210402	1.0048684	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-123	1	1.38E-97	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	9425716	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	124	16	12.9	91	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.829487242	0.829487242	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.98E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	9446957	G	A	DDX11L8	ENST00000341155	r.?	-	-	intronic	16	0	0	130	53	40.8	168	48	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.623494532	0.874498177	3	3.068245863	1.022748621	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.92E-86	1	6.00E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	9459393	A	C	DDX11L8	ENST00000341155	r.?	-	-	intronic	8	0	0	55	6	10.9	54	1	1.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.700884569	0.700884569	1	0.203834515	0.203834515	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000000367	1	0.237137336	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	9957590	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	117	29	24.8	117	22	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.594673147	0.797336574	2	2.016888889	1.008444444	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.94E-40	1	5.17E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10794470	G	A	STYK1	CCDS8629.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	132	43	32.6	70	10	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.096223572	1.048111786	2	1.534122931	1.534122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.24E-65	1	2.95E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10994178	T	C	PRR4	CCDS41756.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	114	20	17.5	90	5	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12527339	1.12527339	1	0.600775414	0.600775414	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.86E-25	1	0.0000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	11524328	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	119	18	15.1	100	5	5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.970950182	0.970950182	1	0.536406619	0.536406619	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.18E-21	1	0.000158599	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	11779603	G	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	106	12	11.3	108	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.726605103	0.726605103	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.48E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	12102495	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	103	24	23.3	119	30	25.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.498221142	0.749110571	2	2.703489362	0.901163121	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.27E-33	1	7.70E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13271039	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	113	22	19.5	106	11	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.253876063	1.253876063	1	1.115725768	1.115725768	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.26E-28	1	8.78E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13447869	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	107	24	22.4	83	14	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.440349939	0.72017497	2	1.813054374	0.906527187	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.00E-32	1	1.17E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13510302	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	89	28	31.5	74	19	25.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.025492102	1.012746051	2	2.757130024	0.919043341	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.96E-42	1	3.14E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13678273	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	120	9	7.5	86	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.482260024	0.482260024	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	1.24E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13778516	G	T	GRIN2B	CCDS8662.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	124	24	19.4	107	11	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.24744593	1.24744593	1	1.104997636	1.104997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.58E-31	1	9.74E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	14298685	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	139	9	6.5	137	9	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.417958688	0.417958688	1	0.708056738	0.708056738	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.46E-08	1	3.93E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	15307269	C	G	RERG	CCDS8673.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	113	39	34.5	106	18	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.218396112	1.109198056	2	1.823782506	0.911891253	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.19E-60	1	2.43E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	15563954	C	G	PTPRO	CCDS8675.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	114	31	27.2	117	20	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.748996355	0.874498177	2	1.834510638	0.917255319	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-44	1	1.02E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	15669456	A	T	PTPRO	CCDS8675.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	84	10	11.9	71	9	12.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.765185905	0.765185905	1	1.362472813	1.362472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.93E-11	1	1.10E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	15924082	C	T	EPS8	CCDS31753.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	110	40	36.4	98	16	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.340568651	1.170284326	2	1.748685579	0.87434279	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.05E-62	1	9.83E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16661348	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	129	39	30.2	109	23	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.941900365	0.970950182	2	2.263635934	1.131817967	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.92E-57	1	1.82E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16708659	C	T	LMO3	CCDS8678.1	r.?	-	-	intronic	46	0	0	127	34	26.8	116	23	19.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.72327582	0.86163791	2	2.124170213	1.062085106	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.27E-48	1	8.65E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17206684	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	87	16	18.4	112	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183144593	1.183144593	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.29E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17229401	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	115	14	12.2	108	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.784476306	0.784476306	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.36E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17714557	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	101	10	9.9	93	7	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.636583232	0.636583232	1	0.804609929	0.804609929	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.24E-10	1	0.000000508	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17860840	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	98	36	36.7	117	16	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.359859052	1.179929526	2	1.469754137	1.469754137	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.66E-57	1	1.91E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17959175	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	84	6	7.1	93	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.45653949	0.45653949	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000455	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	19194786	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	120	11	9.2	106	7	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.591572296	0.591572296	1	0.708056738	0.708056738	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.44E-11	1	0.00000124	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	19543639	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	90	12	13.3	86	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.855207776	0.855207776	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.66E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	20502746	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	99	28	28.3	130	31	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.819727825	0.909863913	2	2.553295508	0.851098503	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.51E-41	1	2.43E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21169396	A	G	ENSG00000205754	CCDS44843.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	102	64	62.7	97	52	53.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.031693803	1.007923451	4	5.75027896	0.958379827	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.51E-120	1	1.77E-92	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21334996	C	T	SLCO1B1	CCDS8685.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	108	7	6.5	101	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.417958688	0.417958688	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000014	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21572529	A	T	SLCO1A2	ENST00000435179	r.?	-	-	upstream	10	0	0	84	20	23.8	109	16	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.53037181	0.765185905	2	1.577035461	0.78851773	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.54E-28	1	5.87E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21969804	C	T	ABCC9	CCDS8693.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	106	24	22.6	112	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.453210207	0.726605103	2	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.56E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	22509158	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	123	75	61	83	44	53	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.922381531	0.980595383	4	5.685910165	0.947651694	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.23E-139	1	3.42E-78	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	22696151	C	G	KIAA0528	CCDS31758.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	107	12	11.2	99	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.72017497	0.72017497	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.90E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	22882041	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	122	38	31.1	106	17	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.999771567	0.999885784	2	1.716501182	0.858250591	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.38E-56	1	9.78E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	22909059	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	107	29	27.1	128	17	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.742566221	0.871283111	2	1.426841608	1.426841608	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.56E-41	1	2.78E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23351223	C	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	106	41	38.7	89	16	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.488461725	0.829487242	3	1.93106383	0.965531915	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.37E-65	1	1.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23580499	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	102	30	29.4	101	18	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890459295	0.945229648	2	1.909607565	0.954803783	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.89E-44	1	9.60E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23673012	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	103	36	35	99	17	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.25054678	1.12527339	2	1.845238771	0.922619385	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.66E-56	1	2.86E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24193751	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	83	32	38.6	112	25	22.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.482031592	0.827343864	3	2.392373522	1.196186761	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.76E-51	1	1.18E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24292282	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	88	11	12.5	122	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.803766707	0.803766707	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.10E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24453300	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	122	77	63.1	111	56	50.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.057414338	1.014353584	4	5.417706856	1.083541371	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.01E-144	1	2.07E-97	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24694537	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	107	22	20.6	92	11	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.324607533	1.324607533	1	1.287375887	1.287375887	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.15E-29	1	1.81E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	25064034	A	T	BCAT1	CCDS44845.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	79	10	12.7	115	7	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.816626974	0.816626974	1	0.654416076	0.654416076	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-11	1	0.00000214	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	25285419	T	A	CASC1	CCDS41763.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	103	5	4.9	134	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.315076549	0.315076549	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000182144	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	25545349	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	128	45	35.2	123	23	18.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.263407047	1.131703524	2	2.006160757	1.003080378	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.55E-69	1	3.71E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	26366605	T	G	SSPN	CCDS8707.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	112	43	38.4	104	27	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.469171324	0.823057108	3	2.789314421	0.929771474	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.55E-68	1	3.35E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	27128214	A	C	TM7SF3	CCDS8710.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	145	23	15.9	115	7	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.022391252	1.022391252	1	0.654416076	0.654416076	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.09E-27	1	0.00000214	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	27329926	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	129	11	8.5	111	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.546561361	0.546561361	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.56E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	27576419	C	G	ARNTL2	CCDS8712.1	r.?	-	-	downstream	11	0	0	71	23	32.4	102	18	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.083363305	1.041681652	2	1.8881513	0.94407565	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.51E-35	1	1.16E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	28027384	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	124	17	13.7	114	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.880928311	0.880928311	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.59E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	28897835	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	89	14	15.7	91	7	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.009530984	1.009530984	1	0.826066194	0.826066194	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.28E-17	1	0.000000438	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29128565	C	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	121	33	27.3	93	19	20.4	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.755426488	0.877713244	2	2.188539007	1.094269504	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	3.81E-47	1	3.86E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29154504	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	106	14	13.2	100	0	0	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.848777643	0.848777643	1	0	0	1	0	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.20E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29812791	T	A	TMTC1	CCDS8718.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	96	10	10.4	93	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.6687339	0.6687339	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.45E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29913577	C	T	TMTC1	CCDS8718.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	124	83	66.9	94	48	51.1	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.301759417	1.075439854	4	5.48207565	0.913679275	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.63E-159	1	4.51E-84	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29935209	A	T	TMTC1	CCDS8718.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	101	25	24.8	106	16	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.594673147	0.797336574	2	1.619947991	0.809973995	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.66E-35	1	3.68E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29994218	T	A	-	-	-	-	-	-	29	1	3.4	106	33	31.1	98	16	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.999771567	0.999885784	2	1.748685579	0.87434279	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.41E-49	1	9.83E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30353349	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	124	10	8.1	94	12	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.520840826	0.520840826	1	1.373200946	1.373200946	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.49E-10	1	7.98E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30548550	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	108	7	6.5	90	2	2.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.417958688	0.417958688	1	0.236018913	0.236018913	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000014	1	0.075041956	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30548551	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	108	6	5.6	92	5	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.360087485	0.360087485	1	0.579319149	0.579319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.0000193	1	0.000107074	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31250135	A	T	DDX11	CCDS41767.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	39	9	23.1	17	4	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.485360875	1.485360875	1	2.521111111	2.521111111	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.62E-13	1	0.00000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31570183	C	T	DENND5B	CCDS44857.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	86	14	16.3	102	8	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.048111786	1.048111786	1	0.836794326	0.836794326	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.98E-17	1	5.64E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31635547	C	G	DENND5B	CCDS44857.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	97	11	11.3	114	9	7.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.726605103	0.726605103	1	0.847522459	0.847522459	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.27E-12	1	7.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31663935	C	T	DENND5B	CCDS44857.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	127	82	64.6	114	64	56.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.153866343	1.038466586	4	6.01848227	1.003080378	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.77E-155	1	2.79E-115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31998374	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	107	31	29	105	16	15.2	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.864738761	0.93236938	2	1.630676123	0.815338061	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	2.55E-45	1	3.14E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	32331814	C	G	BICD1	CCDS8726.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	96	10	10.4	83	7	8.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.6687339	0.6687339	1	0.901163121	0.901163121	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.45E-11	1	0.000000233	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	32773584	C	G	FGD4	CCDS8727.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	90	16	17.8	100	6	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.144563791	1.144563791	1	0.643687943	0.643687943	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.31E-20	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	32946771	C	T	PKP2	CCDS8731.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	82	29	35.4	102	13	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.276267315	1.138133657	2	1.362472813	1.362472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-45	1	7.55E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33409673	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	100	18	18	97	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.157424058	1.157424058	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.93E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33479066	C	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	110	68	61.8	110	55	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.9738226	0.99345565	4	5.364066194	1.072813239	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-126	1	2.09E-95	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33994264	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	109	17	15.6	97	0	0	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.003100851	1.003100851	1	0	0	1	NA	NA	0	0	0	1	5	NA	1.61E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	34095354	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	113	29	25.7	90	18	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.65254435	0.826272175	2	2.145626478	1.072813239	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.44E-41	1	1.03E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	34113798	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	121	23	19	104	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.221725395	1.221725395	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.47E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	34188168	A	T	AC046130.1	ENST00000501954	r.?	-	-	intronic	37	0	0	110	11	10	117	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.643013366	0.643013366	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.32E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	34241211	G	A	AC046130.1	ENST00000501954	r.?	-	-	intronic	30	0	0	77	26	33.8	80	19	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.173385176	1.086692588	2	2.553295508	0.851098503	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.70E-40	1	1.65E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	34358992	C	T	AC046130.1	ENST00000501954	r.?	-	-	intronic	13	0	0	78	13	16.7	94	10	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.073832321	1.073832321	1	1.137182033	1.137182033	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.99E-16	1	6.03E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	38543346	C	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	31	13	41.9	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-22	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	40578031	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	34	28	82.4	56	23	41.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	1.943262411	0.971631206	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-59	1	3.22E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	42094255	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	34	82.9	45	21	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	44491009	C	A	TMEM117	CCDS8745.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	34	26	76.5	36	12	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.859052248	0.929526124	2	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.60E-53	1	2.73E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	45273097	G	A	NELL2	CCDS8746.1	r.?	-	-	upstream	44	0	0	33	16	48.5	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.178614824	1.178614824	1	0.817966903	0.817966903	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-28	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	45902041	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	49	21	42.9	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.63E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	46400422	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	42	82.4	41	16	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	1.843971631	0.921985816	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.62E-88	1	1.40E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	49688429	C	T	PRPH	CCDS8783.1	r.945c>u	c.?	p.?	5'UTR variant	13	0	0	35	16	45.7	33	6	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.66E-28	1	1.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	50510971	A	T	C12orf62	CCDS8800.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	43	35	81.4	33	18	54.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	2.576832151	1.288416076	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	3.68E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	51050739	T	G	DIP2B	CCDS31799.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	56	27	48.2	62	16	25.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.171324423	1.171324423	1	1.219858156	1.219858156	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.78E-47	1	3.36E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	51324515	C	T	METTL7A	CCDS8804.1	r.1605c>u	c.?	p.?	3'UTR variant	15	0	0	34	27	79.4	36	9	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.929526124	0.964763062	2	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.87E-56	1	1.63E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	51617213	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	31	26	83.9	52	28	53.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	2.543735225	1.271867612	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	1.41E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	52794954	G	A	KRT82	CCDS8826.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	33	26	78.8	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	53016271	G	A	KRT73	CCDS8834.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	43	35	81.4	52	18	34.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	1.635933806	0.817966903	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	1.39E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	53927283	G	A	ATF7	CCDS44905.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	47	40	85.1	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.068043742	1.034021871	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.53E-85	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	55281024	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	43	37	86	37	18	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	6.16E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	55306728	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	36	30	83.3	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	56421780	G	C	IKZF4	CCDS44917.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	21	7	33.3	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.54E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	57864292	G	C	GLI1	CCDS8940.1	r.1847g>c	c.1769G>C	p.R590P	missense	10	0	0	38	17	44.7	42	10	23.8	41	0	0	22	9	40.9	66	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	1.125295508	1.125295508	1	0.993924666	0.993924666	1	0	0	1	6	7	1.99E-29	9.16E-16	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	58013355	G	A	ENSG00000240771	CCDS8947.1	r.?	-	-	downstream	12	0	0	33	27	81.8	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	58505397	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	32	7	21.9	35	5	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.532199271	0.532199271	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.36E-10	1	0.000000895	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	59352839	C	G	-	-	-	-	-	-	45	0	0	44	37	84.1	40	11	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	9.88E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	61060321	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	35	29	82.9	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.328605201	1.328605201	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	61850560	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	35	29	82.9	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	64313683	T	A	SRGAP1	CCDS8967.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	34	14	41.2	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.74E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	65892034	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	43	35	81.4	68	37	54.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	2.572104019	1.286052009	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	1.37E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	66073166	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	47	15	31.9	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.775212637	0.775212637	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.97E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	67409558	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	49	19	38.8	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.942891859	0.942891859	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.12E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	68280540	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	43	33	76.7	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.863912515	0.931956258	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-67	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	70198168	G	C	RAB3IP	CCDS44942.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	24	12	50	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.25E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	71883495	C	T	LGR5	CCDS9000.1	r.?	-	-	intronic	28	1	3.6	45	16	35.6	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.865127582	0.865127582	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.61E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	72293595	C	T	TBC1D15	CCDS31858.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	37	28	75.7	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.839611179	0.919805589	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-57	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	72591643	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	43	36	83.7	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	73118689	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	42	35	83.3	49	22	44.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.122931442	1.061465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	1.04E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	73473840	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	35	14	40	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.28E-23	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	74146445	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	26	11	42.3	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.027946537	1.027946537	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.52E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	75882279	T	C	GLIPR1	CCDS9011.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	33	27	81.8	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	78049669	T	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	18	9	50	26	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.12E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	78049670	T	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	19	9	47.4	26	1	3.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.151883354	1.151883354	1	0.179669031	0.179669031	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-16	1	0.122190858	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	78087238	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	38	86.4	55	24	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	2.061465721	1.030732861	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	1.28E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	78400858	G	A	NAV3	CCDS41815.1	r.1713g>a	c.1540G>A	p.A514T	missense	30	0	0	44	39	88.6	47	20	42.6	319	0	0	163	119	73	390	55	14.1	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.014184397	1.007092199	2	1.77399757	0.886998785	2	0.666666667	0.666666667	1	6	8	1.93E-84	1.64E-234	8.18E-34	2.49E-60	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	12	79807570	A	C	SYT1	CCDS9017.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	46	40	87	41	11	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.26713948	1.26713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	1.34E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	81357508	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	44	7	15.9	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.386391252	0.386391252	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.55E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	81387413	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	52	47	90.4	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.196840826	1.098420413	2	1.602836879	0.80141844	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.80E-102	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	81554905	A	T	ACSS3	CCDS9022.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	51	43	84.3	39	15	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.048602673	1.024301337	2	1.820330969	0.910165485	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.96E-91	1	6.85E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	81690231	C	T	PPFIA2	ENST00000443686	r.?	-	-	intronic	30	0	0	39	34	87.2	62	26	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	2.63E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	82305069	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	36	30	83.3	54	20	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	2.61E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	83741072	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	40	20	50	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.19E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	85353596	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	33	27	81.8	38	10	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.243498818	1.243498818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	4.06E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	85826896	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	11	29.7	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.721749696	0.721749696	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.70E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	86203089	C	G	RASSF9	CCDS44950.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	44	13	29.5	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.716889429	0.716889429	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.49E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	86550418	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	38	32	84.2	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	1.640661939	0.820330969	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-68	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	86618294	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	30	76.9	35	14	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	1.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	86811019	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	45	39	86.7	45	21	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	87216409	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	13	31.7	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.770352369	0.770352369	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	88369223	T	C	C12orf50	CCDS9031.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	44	41	93.2	48	24	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.264884569	1.132442284	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.93E-91	1	1.71E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	88646228	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	14	30.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738760632	0.738760632	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	90675881	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	37	27	73	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	1.725768322	0.862884161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	90841346	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	32	86.5	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91460885	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	35	29	82.9	50	18	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.70212766	0.85106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91484267	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	26	7	26.9	23	4	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.653705954	0.653705954	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.73E-11	1	0.00000513	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91546001	C	T	DCN	CCDS9039.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	57	23	40.4	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.981773998	0.981773998	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.38E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91700636	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	47	15	31.9	51	13	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.775212637	0.775212637	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-23	1	4.87E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91700637	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	48	15	31.2	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.758201701	0.758201701	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.86E-23	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	91996044	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	53	14	26.4	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.641555286	0.641555286	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.22E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	93133693	C	G	PLEKHG7	CCDS31873.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	33	19	57.6	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.399756987	0.699878493	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.46E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	93203344	G	A	EEA1	CCDS31874.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	23	20	87	35	12	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.621749409	0.810874704	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.66E-43	1	1.83E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	95047201	A	T	TMCC3	CCDS31877.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	39	14	35.9	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0.704491726	0.704491726	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	8.19E-23	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	95201707	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	38	20	52.6	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.278250304	1.278250304	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.94E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	95981189	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	45	36	80	35	17	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-74	1	3.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	96504447	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	41	34	82.9	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	96772921	T	A	CDK17	CCDS9061.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	38	27	71.1	48	19	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.72782503	0.863912515	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.50E-54	1	1.92E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	97804124	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	50	24	48	43	7	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.166464156	1.166464156	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.39E-42	1	2.15E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	98139278	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	41	32	78	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.895504253	0.947752126	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-66	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	99154141	C	T	ANKS1B	ENST00000329257	r.?	-	-	intronic	36	0	0	35	25	71.4	48	23	47.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.735115431	0.867557716	2	2.264775414	1.132387707	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.21E-50	1	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	99903487	C	G	ANKS1B	ENST00000329257	r.?	-	-	intronic	29	0	0	45	9	20	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.47E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	100142507	G	T	ANKS1B	ENST00000329257	r.?	-	-	intronic	44	0	0	32	8	25	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.69E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	100288569	C	A	ANKS1B	ENST00000329257	r.?	-	-	intronic	26	0	0	50	20	40	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.90E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	100344523	C	T	ANKS1B	ENST00000329257	r.?	-	-	intronic	36	0	0	36	11	30.6	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.62E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	100794703	A	C	SLC17A8	CCDS9077.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	56	45	80.4	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953827461	0.97691373	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-93	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	101088981	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	29	9	31	25	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.79E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	101101957	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	44	13	29.5	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.716889429	0.716889429	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.49E-20	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	103465707	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	34	26	76.5	40	12	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.859052248	0.929526124	2	1.418439716	1.418439716	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.60E-53	1	1.20E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	103580160	T	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	52	45	86.5	48	21	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.67E-96	1	9.35E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	103672725	G	C	C12orf42	ENST00000416544	r.?	-	-	intronic	30	0	0	29	25	86.2	46	18	39.1	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.094775213	1.047387606	2	1.848699764	0.924349882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.94E-54	1	9.41E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	104781079	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	39	34	87.2	49	21	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	1.63E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	104892587	C	A	CHST11	CCDS9099.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	47	34	72.3	49	22	44.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.756986634	0.878493317	2	2.122931442	1.061465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.69E-68	1	1.04E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	104968881	G	C	CHST11	CCDS9099.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	50	24	48	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.166464156	1.166464156	1	0.921985816	0.921985816	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.39E-42	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	105085928	A	C	CHST11	CCDS9099.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	43	39	90.7	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.204131227	1.102065614	2	1.806146572	0.903073286	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-85	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	105981236	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	40	19	47.5	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.154313487	1.154313487	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-33	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	107799972	G	A	BTBD11	CCDS31893.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	38	33	86.8	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	107883025	C	T	BTBD11	CCDS31893.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	41	33	80.5	37	13	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	1.659574468	0.829787234	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	3.89E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	108168952	G	C	ASCL4	CCDS31894.2	r.791g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	17	0	0	45	26	57.8	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.404617254	0.702308627	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.32E-48	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	108648353	C	A	WSCD2	CCDS41828.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	56	43	76.8	34	11	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.866342649	0.933171324	2	1.531914894	1.531914894	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.02E-87	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	108648369	A	G	WSCD2	CCDS41828.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	58	45	77.6	32	9	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.885783718	0.942891859	2	1.328605201	1.328605201	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.41E-92	1	4.94E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	111286037	A	G	CCDC63	CCDS9151.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	37	4	10.8	48	5	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.262454435	0.262454435	1	0.491725768	0.491725768	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.0000362	1	0.00000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	112664090	C	G	C12orf51	CCDS44978.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	50	40	80	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.90E-83	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	114994057	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	37	80.4	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953827461	0.97691373	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.67E-77	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	116491852	G	A	MED13L	CCDS9177.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	39	16	41	58	14	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	1.139479905	1.139479905	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.16E-27	1	5.04E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	117688041	C	A	NOS1	CCDS41842.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	53	42	79.2	37	17	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	2.170212766	1.085106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-86	1	1.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	117851871	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	41	12	29.3	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.712029162	0.712029162	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.69E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	118141309	T	C	KSR2	ENST00000425217	r.?	-	-	intronic	26	0	0	44	39	88.6	31	10	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.527186761	1.527186761	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	3.94E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	118301375	A	T	KSR2	ENST00000425217	r.?	-	-	intronic	28	0	0	39	18	46.2	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12272175	1.12272175	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.15E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	119352493	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	30	25	83.3	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.15E-53	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	119852947	G	A	CCDC60	CCDS9190.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	13	31.7	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.770352369	0.770352369	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	122741675	G	A	VPS33A	CCDS9231.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	41	8	19.5	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.473876063	0.473876063	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	3.22E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	123347888	C	A	HIP1R	CCDS31922.1	r.?	-	-	downstream	9	0	0	41	33	80.5	42	19	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	2.137115839	1.06855792	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	7.64E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	124858268	C	T	NCOR2	CCDS41858.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	107	23	21.5	131	13	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.522478736	0.522478736	1	0.468085106	0.468085106	1	NA	NA	1	NA	NA	1	4	NA	1.14E-30	1	2.05E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	125754572	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	30	11	36.7	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891859052	0.891859052	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	126100932	A	C	TMEM132B	CCDS41859.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	31	28	90.3	33	18	54.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.194410693	1.097205346	2	2.576832151	1.288416076	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.65E-61	1	3.68E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	126247569	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	7	16.7	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.405832321	0.405832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.81E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	126292694	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	10	27	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.656136087	0.656136087	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.01E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	126741396	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	41	15	36.6	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.889428919	0.889428919	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.71E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127232012	G	A	ENSG00000189238	ENST00000345111	r.?	-	-	downstream	33	0	0	44	9	20.5	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.4981774	0.4981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.18E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127425597	A	C	AC078878.2	ENST00000512624	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	37	80.4	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953827461	0.97691373	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.67E-77	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127748189	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	41	34	82.9	39	20	51.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.425531915	1.212765957	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	6.00E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127749271	C	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	33	29	87.9	36	9	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	1.63E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127795189	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	44	10	22.7	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.55164034	0.55164034	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.08E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	128570571	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	47	18	38.3	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.930741191	0.930741191	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-29	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	128823353	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	17	40.5	44	13	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	1.394799054	1.394799054	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.73E-28	1	5.49E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	128945242	G	T	TMEM132C	CCDS45009.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	48	38	79.2	32	14	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-78	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	129429287	C	A	GLT1D1	CCDS9265.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	34	8	23.5	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.571081409	0.571081409	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.32E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	129477094	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	30	81.1	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	130111128	G	C	TMEM132D	CCDS9266.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	34	31	91.2	42	25	59.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.216281896	1.108140948	2	2.813238771	1.406619385	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.75E-68	1	6.99E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	130232738	G	T	TMEM132D	CCDS9266.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	33	28	84.8	47	15	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.508274232	1.508274232	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	1.97E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131006588	A	C	RIMBP2	CCDS31925.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	31	16	51.6	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.253948967	1.253948967	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.27E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131022045	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	35	17	48.6	33	7	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.181044957	1.181044957	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-30	1	2.98E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131043063	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	36	21	58.3	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.416767922	0.708383961	2	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-39	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131615918	G	T	GPR133	CCDS9272.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	35	12	34.3	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.833535844	0.833535844	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.83E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131739979	G	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	40	32	80	37	17	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.170212766	1.085106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	131988293	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	35	27	77.1	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-55	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	133802398	C	T	ENSG00000227059	ENST00000419717	r.?	-	-	intronic	15	0	0	34	16	47.1	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.144592953	1.144592953	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.09E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	19533004	C	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	45	22	48.9	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.188335358	1.188335358	1	0.737588652	0.737588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-39	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	20895789	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	45	41	91.1	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.213851762	1.106925881	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.64E-90	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	23055895	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	48	36	75	58	22	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.791962175	0.895981087	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.56E-73	1	1.13E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	23753889	A	C	SGCG	CCDS9299.1	r.?	-	-	upstream	20	0	0	57	49	86	56	23	41.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.943262411	0.971631206	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.82E-104	1	3.22E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	23807666	G	T	SGCG	CCDS9299.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	43	34	79.1	44	16	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922235723	0.961117861	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-70	1	5.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	24090496	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	49	42	85.7	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-89	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	26423460	G	A	ATP8A2	CCDS41873.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	37	7	18.9	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.459295261	0.459295261	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	7.05E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	27213208	C	G	WASF3	CCDS9318.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	35	16	45.7	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.66E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	28836999	G	C	PAN3	CCDS9329.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	42	31	73.8	49	24	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.793438639	0.89671932	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-62	1	3.34E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	29142614	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	7	18.9	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.459295261	0.459295261	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	7.05E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	29288068	C	A	SLC46A3	CCDS9332.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	36	7	19.4	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.47144593	0.47144593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.74E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	29481513	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	6	14.6	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.354799514	0.354799514	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.05E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	29702326	C	T	MTUS2	CCDS45022.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	29	26	89.7	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.37E-57	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	30431356	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	30	75	52	27	51.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.453900709	1.226950355	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.52E-61	1	3.15E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	31079955	C	A	HMGB1	CCDS9335.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	46	22	47.8	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.161603888	1.161603888	1	1.163120567	1.163120567	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-38	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	31364739	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	34	15	44.1	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.071688943	1.071688943	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.18E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	31767761	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	46	35	76.1	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.849331713	0.924665857	2	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.68E-71	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	31991722	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	52	48	92.3	40	14	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	1.654846336	0.827423168	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.43E-106	1	1.25E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	34303163	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	37	33	89.2	49	21	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	1.63E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	35193770	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	30	15	50	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-27	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	35446362	G	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	35	27	77.1	56	22	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.858156028	0.929078014	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-55	1	4.34E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	36349163	C	T	DCLK1	CCDS9354.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	37	32	86.5	60	25	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	1.31E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	37011342	A	T	CCNA1	CCDS45030.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	43	18	41.9	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-30	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	37553616	C	T	ALG5	CCDS9361.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	44	17	38.6	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.938031592	0.938031592	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.61E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	39217388	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	27	21	77.8	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.37E-43	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	39826213	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	36	90	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-78	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	42083770	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	42	34	81	49	26	53.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	2.510638298	1.255319149	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.61E-71	1	7.78E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	46459111	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	29	82.9	45	20	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	2.68E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	47177705	A	G	LRCH1	CCDS31972.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	49	20	40.8	40	3	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.991494532	0.991494532	1	0.354609929	0.354609929	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-33	1	0.001075403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	47262304	G	A	LRCH1	CCDS31972.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	46	16	34.8	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	47680740	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	50	22	44	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.069258809	1.069258809	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.85E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	47937309	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	47	41	87.2	37	18	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-88	1	6.16E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	48548811	A	T	SUCLA2	CCDS9406.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	46	35	76.1	56	25	44.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.849331713	0.924665857	2	2.108747045	1.054373522	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.68E-71	1	1.43E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	48548812	A	C	SUCLA2	CCDS9406.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	46	36	78.3	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.902794654	0.951397327	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.65E-74	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	50051309	C	T	SETDB2	CCDS9417.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	47	38	80.9	65	30	46.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.965978129	0.982989064	2	2.184397163	1.092198582	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-79	1	2.36E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	52801220	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	42	21	50	59	12	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.959810875	0.959810875	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-37	1	2.20E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	54940837	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	44	22	50	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.51E-39	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	55296670	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	39	10	25.6	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.44E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	55979911	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	43	36	83.7	61	23	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.78250591	0.891252955	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	3.73E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	56474273	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	32	80	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	57772211	G	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	35	35	100	37	19	51.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	2.430260047	1.215130024	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-81	1	3.09E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	58560950	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	15	29.4	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.714459295	0.714459295	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.22E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	58634316	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	36	24	66.7	52	24	46.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.620899149	0.810449575	2	2.184397163	1.092198582	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.04E-47	1	2.22E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	58959828	A	C	-	-	-	-	-	-	25	1	4	63	51	81	57	27	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.12E-105	1	9.04E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	61337227	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	23	59	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.433778858	0.716889429	2	1.323877069	1.323877069	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.16E-43	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	61764283	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	51	39	76.5	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.859052248	0.929526124	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.72E-79	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	62135335	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	32	11	34.4	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.835965978	0.835965978	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.72E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	62560336	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	40	30	75	53	23	43.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.052009456	1.026004728	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.52E-61	1	6.43E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	62687590	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	44	37	84.1	53	25	47.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	2.231678487	1.115839243	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	2.35E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	63022861	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	10	23.8	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.57837181	0.57837181	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.24E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	63738290	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	29	23	79.3	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.92709599	0.963547995	2	1.947990544	0.973995272	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.50E-48	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	65007577	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	32	12	37.5	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.03E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	65247457	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	27	26	96.3	40	25	62.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.340218712	1.170109356	2	2.955082742	1.477541371	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.00E-59	1	1.12E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	65510348	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	40	33	82.5	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.522458629	0.761229314	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	66794486	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	34	11	32.4	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	67443540	A	T	PCDH9	CCDS9443.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	38	11	28.9	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.702308627	0.702308627	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.19E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	67918979	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	32	15	46.9	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.139732685	1.139732685	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.59E-26	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	68820048	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	35	15	42.9	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.02E-26	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	68840355	A	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	31	24	77.4	52	21	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-49	1	7.89E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	72501823	A	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	49	24	49	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.190765492	1.190765492	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.34E-42	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	72644755	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	33	82.5	40	16	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	8.56E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	73052935	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	36	30	83.3	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	74000748	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	39	84.8	47	29	61.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.917257683	1.458628842	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	7.80E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	76428510	A	G	LMO7	CCDS9454.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	58	49	84.5	49	22	44.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.05346294	1.02673147	2	2.122931442	1.061465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.81E-103	1	1.04E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	76552525	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	49	43	87.8	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.133657351	1.066828676	2	2.189125296	1.094562648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.54E-92	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	76653056	A	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	26	4	15.4	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.374240583	0.374240583	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000856	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	77740262	C	G	MYCBP2	CCDS31994.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	50	24	48	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.166464156	1.166464156	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.39E-42	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	77838444	G	A	MYCBP2	CCDS31994.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	37	31	83.8	66	29	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	2.075650118	1.037825059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	6.96E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	78148370	T	C	SCEL	CCDS9458.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	38	17	44.7	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	0.85106383	0.85106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.99E-29	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	78757276	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	51	47	92.2	63	27	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.240583232	1.120291616	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-103	1	3.06E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	79328044	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	39	30	76.9	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	79653891	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	35	10	28.6	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.60E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	80387242	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	39	34	87.2	57	24	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	3.83E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	80583758	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	44	19	43.2	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.39E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	81328851	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	39	6	15.4	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.374240583	0.374240583	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.43E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	82303803	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	44	15	34.1	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.828675577	0.828675577	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.12E-24	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	82303809	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	17	40.5	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.73E-28	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	82382000	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	32	26	81.2	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-54	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	82485001	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	31	11	35.5	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.862697448	0.862697448	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.77E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	83809226	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	39	97.5	38	16	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.369380316	1.184690158	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.24E-89	1	3.06E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	83817273	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	36	7	19.4	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.47144593	0.47144593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.74E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	84238295	C	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	41	33	80.5	47	20	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	2.014184397	1.007092199	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	8.18E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	85036043	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	31	27	87.1	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	85070342	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	43	38	88.4	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	86130088	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	34	13	38.2	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.928311057	0.928311057	1	1.673758865	0.836879433	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-21	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	86143597	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	44	36	81.8	52	27	51.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.453900709	1.226950355	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	3.15E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	86492357	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	7	16.7	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.405832321	0.405832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.81E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	89091006	G	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	19	18	94.7	17	9	52.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.301336574	1.150668287	2	2.501182033	1.250591017	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.21E-41	1	4.58E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	89362574	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	26	11	42.3	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.027946537	1.027946537	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.52E-19	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	89952576	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	39	33	84.6	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	90808402	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	37	32	86.5	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	90956501	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	46	93.9	56	25	44.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.281895504	1.140947752	2	2.108747045	1.054373522	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-102	1	1.43E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	91179685	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	52	21	40.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.981773998	0.981773998	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.89E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	92115084	C	A	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	39	33	84.6	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	93002015	G	C	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	43	36	83.7	42	15	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.687943262	0.843971631	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	93006420	G	C	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	38	15	39.5	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	0.817966903	0.817966903	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	93078586	C	G	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	38	33	86.8	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.489361702	0.744680851	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	93497316	G	A	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	40	17	42.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.07E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	93572555	A	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	45	16	35.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.865127582	0.865127582	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.61E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	94084487	C	A	GPC6	CCDS9469.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	45	34	75.6	60	23	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.810874704	0.905437352	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.60E-69	1	2.33E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	94277616	C	T	GPC6	CCDS9469.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	54	47	87	42	14	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-100	1	2.83E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	97438541	C	A	HS6ST3	CCDS9481.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	41	6	14.6	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.354799514	0.354799514	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.05E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	99277500	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	38	79.2	46	18	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	1.848699764	0.924349882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-78	1	9.41E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	100576579	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	56	23	41.1	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.998784933	0.998784933	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.22E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	101137256	G	A	PCCA	CCDS9496.2	r.?	-	-	intronic	22	0	0	41	17	41.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.008505468	1.008505468	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.03E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	101936593	C	T	NALCN	CCDS9498.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	58	52	89.7	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.73E-113	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	102030231	C	T	NALCN	CCDS9498.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	16	40	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.56E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	104498201	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	38	10	26.3	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.639125152	0.639125152	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.06E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	104598632	A	T	-	-	-	-	-	-	34	1	2.9	55	18	32.7	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.794653706	0.794653706	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.61E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	105189047	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	31	75.6	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-63	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	107891310	G	A	FAM155A	CCDS32006.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	40	6	15	40	0	0	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.364520049	0.364520049	1	0	0	1	0	0	1	NA	NA	1	3	NA	5.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	108334103	C	T	FAM155A	CCDS32006.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	28	23	82.1	56	28	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.14E-48	1	2.49E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	108446194	T	G	FAM155A	CCDS32006.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	59	4	6.8	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.165249089	0.165249089	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00022841	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	108532543	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	48	40	83.3	52	20	38.5	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.820330969	0.910165485	2	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	0.000025	1.03E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	110010890	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	42	14	33.3	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.83E-22	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	110874872	G	C	COL4A1	CCDS9511.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	45	12	26.7	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.648845687	0.648845687	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.03E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	111576410	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	33	80.5	38	19	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	6.16E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	112228359	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	40	32	80	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	112309587	C	T	ENSG00000204398	ENST00000375713	r.?	-	-	intronic	18	0	0	43	32	74.4	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-64	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	112873238	A	G	-	-	-	-	-	-	19	1	5.3	28	10	35.7	28	4	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.18E-16	1	0.0000116	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	112873240	G	A	-	-	-	-	-	-	18	1	5.6	29	10	34.5	27	3	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.838396112	0.838396112	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-16	1	0.000334187	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	112958519	G	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	7	7	100	19	8	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-17	1	2.81E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	113746730	C	T	MCF2L	CCDS9527.2	r.?	-	-	intronic	8	0	0	23	7	30.4	35	7	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738760632	0.738760632	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-11	1	4.65E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	114211043	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	38	15	39.5	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.24E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	114824559	C	A	RASA3	CCDS32016.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	35	29	82.9	34	11	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.531914894	1.531914894	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	19410773	A	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	22	5	22.7	16	1	6.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.55164034	0.55164034	1	0.280171668	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.67E-08	1	0.077068876	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	20372163	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	35	25	71.4	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.735115431	0.867557716	2	1.31951818	1.31951818	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.21E-50	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	20931151	A	T	TMEM55B	CCDS9551.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	47	6	12.8	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.311057108	0.311057108	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000141	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	21345470	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	41	20	48.8	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.185905225	1.185905225	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.32E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	21539377	G	A	ENSG00000165801	CCDS32041.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	50	39	78	44	23	52.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.895504253	0.947752126	2	2.36338359	1.319761635	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.44E-80	1	2.17E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	23047458	G	A	DAD1	CCDS9571.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	49	20	40.8	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.991494532	0.991494532	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.35E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	23349202	G	A	LRP10	CCDS9578.1	r.5195g>a	c.?	p.?	3'UTR variant	20	0	0	40	34	85	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.065613609	1.032806804	2	1.906974904	1.064893709	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.17E-72	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	24134921	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	42	37	88.1	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.140947752	1.070473876	2	2.21425996	1.236487956	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.04E-80	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	24415194	G	C	ENSG00000215256	ENST00000399886	r.?	-	-	intronic	24	0	0	55	6	10.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.264884569	0.264884569	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000367	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	26869885	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	16	43.2	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.04981774	1.04981774	1	0.921855167	0.921855167	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.78E-27	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	27144692	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	12	9	75	16	7	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.822600243	0.911300122	2	1.97927727	1.105268826	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.24E-19	1	8.59E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	27201317	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	38	31	81.6	51	26	51	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.982989064	0.991494532	2	2.304637917	1.286956852	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.68E-65	1	3.27E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	28323269	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	30	25	83.3	39	19	48.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.024301337	1.012150668	2	2.200703266	1.228917622	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.15E-53	1	1.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	28346450	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	47	20	42.6	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.035236938	1.035236938	1	1.012233124	1.012233124	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.18E-34	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	28930226	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	35	26	74.3	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.805589307	0.902794654	2	2.1284009	1.188542505	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.01E-52	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	29210320	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	46	19	41.3	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.0036452	1.0036452	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.97E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	29332362	T	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	53	8	15.1	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.366950182	0.366950182	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.83E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	31665035	A	C	HECTD1	CCDS41939.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	38	31	81.6	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.982989064	0.991494532	2	1.848229232	1.032088927	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.68E-65	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	31958384	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	38	20	52.6	55	10	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.278250304	1.278250304	1	0.822439414	0.822439414	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.94E-36	1	2.33E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	32634120	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	42	35	83.3	56	22	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.024301337	1.012150668	2	1.775926866	0.99171381	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.59E-74	1	4.34E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	34006026	A	T	NPAS3	CCDS9645.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	37	77.1	57	18	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.87363305	0.936816525	2	1.427971729	1.427971729	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.56E-75	1	9.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	34156460	T	A	NPAS3	CCDS9645.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	45	16	35.6	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.865127582	0.865127582	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.61E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	35822489	A	C	-	-	-	-	-	-	30	1	3.3	40	5	12.5	39	3	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.303766707	0.303766707	1	0.347955137	0.440023169	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.00000178	1	0.000998458	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	36473006	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	39	90.7	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.204131227	1.102065614	2	1.599689848	0.893299462	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.20E-85	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	37600131	G	A	SLC25A21	CCDS9663.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	35	32	91.4	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.221142163	1.110571081	2	2.150995389	1.201159729	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-70	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	38636555	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	39	7	17.9	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.434993925	0.434993925	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.04E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	38838361	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	56	6	10.7	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.260024301	0.260024301	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000409	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	39292190	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	20	39.2	42	11	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.952612394	0.952612394	1	1.183951244	1.183951244	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.38E-33	1	1.81E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	39918018	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	29	22	75.9	45	17	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.844471446	0.922235723	2	1.708143397	0.953862138	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.60E-45	1	7.37E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	39976867	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	40	14	35	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.85054678	0.85054678	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.25E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	40069089	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	44	18	40.9	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.993924666	0.993924666	1	0.655240192	0.655240192	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.47E-30	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	40172641	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	25	20	80	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.944106926	0.972053463	2	1.938607189	1.082557823	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.95E-42	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	40444157	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	35	28	80	44	16	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.944106926	0.972053463	2	1.644878827	0.91853391	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.42E-58	1	5.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	40940773	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	58	48	82.8	40	16	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.012150668	1.006075334	2	1.807559151	1.009377923	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-100	1	8.56E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	41482206	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	19	43.2	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.04981774	1.04981774	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.39E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	42138292	G	C	LRFN5	CCDS9678.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	34	30	88.2	54	24	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.143377886	1.071688943	2	2.006390657	1.120409495	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.24E-65	1	7.24E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	43956375	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	8	21.1	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.512758202	0.512758202	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.67E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	44183279	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	33	14	42.4	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.030376671	1.030376671	1	0.718504762	0.718504762	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.57E-24	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	45947839	C	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	18	8	44.4	16	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.078979344	1.078979344	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.63E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	46462383	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	53	21	39.6	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.962332928	0.962332928	1	0.65975909	0.65975909	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.30E-34	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	47411657	A	T	MDGA2	CCDS41948.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	42	13	31	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.753341434	0.753341434	1	0.854071699	0.854071699	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.72E-20	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	47433416	T	A	MDGA2	CCDS41948.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	48	44	91.7	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.228432564	1.114216282	2	1.694586704	0.946291803	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-96	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	49033076	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	37	33	89.2	48	16	33.3	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.167679222	1.083839611	2	1.504792993	0.840307121	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.54E-72	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	49164782	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	47	38	80.9	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.965978129	0.982989064	2	1.536425278	0.857971235	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.74E-79	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	49475537	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	45	38	84.4	65	30	46.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.051032807	1.025516403	2	2.087730819	1.165831502	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-80	1	2.36E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	49477240	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	49	16	32.7	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.794653706	0.794653706	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.37E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	50738346	C	T	L2HGDH	CCDS9698.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	51	39	76.5	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.859052248	0.929526124	2	1.884380415	1.052276485	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.72E-79	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	51015289	G	A	ATL1	CCDS32077.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	37	32	86.5	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.102065614	1.051032807	2	1.694586704	0.946291803	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.91E-69	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	51581892	C	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	44	36	81.8	55	23	41.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.987849332	0.993924666	2	1.888899312	1.05479993	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.48E-75	1	1.91E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	52589639	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	30	27	90	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.187120292	1.093560146	2	1.784964661	0.996760699	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.98E-59	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	54353524	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	38	13	34.2	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.831105711	0.831105711	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	55149282	C	T	SAMD4A	CCDS32084.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	31	15	48.4	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.17618469	1.17618469	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.51E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	55780979	T	A	FBXO34	CCDS32086.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	48	39	81.2	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.97326853	0.986634265	2	2.155514287	1.203683174	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.92E-81	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	56397291	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	30	81.1	59	31	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.970838396	0.985419198	2	2.372421385	1.324808525	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.27E-63	1	2.25E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	57249649	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	26	19	73.1	53	18	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.776427704	0.888213852	2	1.536425278	0.857971235	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.21E-38	1	2.09E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	58228670	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	40	34	85	63	23	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.065613609	1.032806804	2	1.649397725	0.921057355	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.17E-72	1	9.25E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	59710749	C	T	DAAM1	CCDS9737.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	45	19	42.2	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.025516403	1.025516403	1	1.012233124	1.012233124	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.11E-32	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	60073176	G	T	RTN1	CCDS9740.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	37	14	37.8	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.918590522	0.918590522	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.35E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	60188556	C	G	RTN1	CCDS9740.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	50	43	86	53	24	45.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.089914945	1.044957473	2	2.047060738	1.143120498	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.10E-91	1	4.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	60381124	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	44	34	77.3	49	15	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.878493317	0.939246659	2	1.38278275	1.38278275	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.38E-69	1	4.10E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	61616684	T	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	41	20	48.8	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.185905225	1.185905225	1	1.025789818	1.025789818	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.32E-35	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	62157118	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	48	21	43.8	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.064398542	1.064398542	1	0.718504762	0.718504762	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.35E-36	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	62430114	A	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	46	38	82.6	55	27	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.007290401	1.0036452	2	2.218778857	1.239011401	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.13E-80	1	2.49E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	62737120	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	29	13	44.8	41	5	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.088699878	1.088699878	1	0.551305541	0.551305541	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.69E-23	1	0.00000202	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	63349449	T	A	KCNH5	CCDS9756.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	48	41	85.4	35	17	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.075334143	1.037667072	2	2.196184368	1.226394177	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.24E-87	1	3.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	64182687	A	T	SGPP1	CCDS9760.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	50	24	48	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.166464156	1.166464156	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.39E-42	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	64294831	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	37	13	35.1	32	4	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.852976914	0.852976914	1	0.564862235	0.564862235	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.89E-21	1	0.0000201	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	65512617	C	G	FNTB	CCDS9769.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	49	19	38.8	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.942891859	0.942891859	1	0.980600839	0.980600839	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.12E-31	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	66251339	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	40	34	85	54	27	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.065613609	1.032806804	2	2.259448938	1.261722404	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.17E-72	1	1.27E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	66357734	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	50	18	36	49	14	28.6	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.874848117	0.874848117	1	1.292404793	1.292404793	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.92E-29	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	67046094	A	G	GPHN	CCDS9777.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	46	32	69.6	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.691373026	0.845686513	2	2.069655228	1.155737722	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.22E-63	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	68654984	C	G	RAD51L1	CCDS9789.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	42	9	21.4	35	4	11.4	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.520048603	0.520048603	1	0.515154358	0.515154358	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.51E-13	1	0.0000289	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	68801974	A	G	RAD51L1	CCDS9789.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	39	11	28.2	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.685297691	0.685297691	1	0.786288231	0.786288231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.20E-17	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	72464813	T	C	RGS6	CCDS9808.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	35	18	51.4	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.2490887	1.2490887	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.60E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	73423074	C	A	DCAF4	CCDS9810.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	34	29	85.3	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.07290401	1.036452005	2	2.1284009	1.188542505	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.06E-62	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	76267935	C	A	TTLL5	CCDS32124.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	42	18	42.9	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.042527339	1.042527339	1	1.025789818	1.025789818	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.20E-30	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	76805560	C	T	ESRRB	ENST00000512784	r.?	-	-	intronic	27	0	0	37	9	24.3	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.590522479	0.590522479	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.14E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	76959485	C	G	ESRRB	CCDS9850.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	33	31	93.9	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.281895504	1.140947752	2	2.150995389	1.201159729	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.43E-69	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	78659339	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	40	15	37.5	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.911300122	0.911300122	1	1.446047321	1.446047321	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.09E-24	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	80472785	G	A	-	-	-	-	-	-	50	0	0	46	18	39.1	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.95018226	0.95018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.41E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	81314616	G	C	C14orf145	CCDS32130.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	45	20	44.4	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.078979344	1.078979344	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.68E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	83660858	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	45	22	48.9	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.188335358	1.188335358	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.79E-39	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	84402390	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	50	17	34	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.826245443	0.826245443	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.43E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	84728848	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	12	28.6	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.695018226	0.695018226	1	0.813401618	0.813401618	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.35E-18	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	85599369	G	C	-	-	-	-	-	-	46	0	0	47	40	85.1	57	23	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.068043742	1.034021871	2	1.825634742	1.019471703	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.53E-85	1	5.38E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	85700460	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	29	9	31	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.753341434	0.753341434	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.79E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	85987257	C	A	ENSG00000205562	ENST00000380722	r.?	-	-	downstream	33	0	0	31	25	80.6	45	24	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.958687728	0.979343864	2	2.408572568	1.344996083	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.13E-52	1	2.03E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	86285222	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	23	11	47.8	39	11	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.161603888	1.161603888	1	1.274329201	1.274329201	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.25E-20	1	7.20E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	86662676	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	42	33	78.6	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.910085055	0.955042527	2	1.920531598	1.072464044	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.97E-68	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	86774299	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	40	5	12.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.303766707	0.303766707	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000178	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	87365724	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	41	8	19.5	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.473876063	0.473876063	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.22E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	87368046	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	36	30	83.3	40	19	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.024301337	1.012150668	2	2.146476491	1.198636284	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-63	1	2.27E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	87390540	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	45	38	84.4	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.051032807	1.025516403	2	1.224621325	1.224621325	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-80	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	87826894	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	28	10	35.7	43	1	2.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.867557716	0.867557716	1	0.103934651	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.18E-16	1	0.193893409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	88752516	G	T	KCNK10	CCDS9881.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	32	28	87.5	40	14	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.12636695	1.063183475	2	1.581614257	0.883205683	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-60	1	1.25E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	89657846	G	T	FOXN3	CCDS32138.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	38	16	42.1	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.02308627	1.02308627	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.06E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	96750593	C	T	ATG2B	CCDS9944.2	r.8630g>a	c.?	p.?	3'UTR variant	23	0	0	39	37	94.9	53	20	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.306196841	1.15309842	2	1.7036245	0.951338693	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.34E-83	1	1.65E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	97234150	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	41	30	73.2	43	23	53.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.778857837	0.889428919	2	2.417610364	1.350042973	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.79E-60	1	1.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	98628204	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	49	23	46.9	47	15	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.139732685	1.139732685	1	1.441528423	1.441528423	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.14E-40	1	1.97E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	98730102	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	43	17	39.5	40	4	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.959902795	0.959902795	1	0.451889788	0.571458661	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.84E-28	1	0.0000495	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	99152131	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	39	12	30.8	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.748481166	0.748481166	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.43E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	99508792	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	33	28	84.8	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.060753341	1.030376671	2	1.920531598	1.072464044	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.63E-60	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	99669592	A	G	BCL11B	CCDS9949.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	36	32	88.9	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.160388821	1.080194411	2	1.938607189	1.082557823	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.35E-69	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	102735235	G	C	RAGE	CCDS9971.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	32	14	43.8	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.064398542	1.064398542	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.65E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	103183684	G	C	RCOR1	CCDS9974.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	38	33	86.8	54	25	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.109356015	1.054678007	2	2.092249717	1.168354946	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.70E-71	1	4.36E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	104736592	C	A	-	-	-	-	-	-	7	0	0	28	21	75	39	15	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.822600243	0.911300122	2	1.739775683	0.971526251	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.46E-43	1	6.85E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	106740174	A	G	AB019439.17	ENST00000443661	r.?	-	-	downstream	35	0	0	50	42	84	50	18	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	2.041312272	1.020656136	2	1.626803236	0.908440131	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-88	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	106789191	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	20	3	15	43	4	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.364520049	0.364520049	1	0.420257503	0.531456555	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	0.0001337	1	0.000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	107009131	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	39	32	82.1	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	1.995139733	0.997569866	2	1.608727644	0.898346352	1.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.46E-67	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	107262749	C	T	-	-	-	-	-	-	55	0	0	89	36	40.4	85	22	25.9	0	0	NA	0	0	NA	3	0	0	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.981773998	0.981773998	1	1.17039455	1.17039455	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	1.17E-58	1	2.23E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	20104850	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	38	21	55.3	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.343863913	1.343863913	1	1.200951075	1.200951075	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.27E-38	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	20709231	G	C	-	-	-	-	-	-	6	0	0	22	5	22.7	23	1	4.3	2	0	0	0	0	NA	4	0	0	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.55164034	0.55164034	1	0.206563585	0.206563585	1	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	7.67E-08	1	0.108890944	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	20755881	G	A	-	-	-	-	-	-	7	0	0	29	7	24.1	37	10	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.585662211	0.585662211	1	1.297027161	1.297027161	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.11E-10	1	3.01E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	21998641	C	T	-	-	-	-	-	-	51	0	0	100	32	32	119	19	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.075671912	2	2	1	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.09764277	1.09764277	1	0.768608688	0.768608688	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.39E-48	1	5.82E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	22420446	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	71	26	36.6	73	12	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.075671912	2	2	1	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.255428919	1.255428919	1	0.787823905	0.787823905	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.11E-41	1	3.39E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	23049915	C	T	NIPA1	CCDS10011.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	38	33	86.8	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.109356015	1.054678007	2	2.248180412	1.124090206	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	23104720	G	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	24	7	29.2	35	8	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.709599028	0.709599028	1	1.100071185	1.100071185	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.51E-11	1	8.15E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	23668192	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	33	27	81.8	31	14	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.987849332	0.993924666	2	2.171319543	1.085659772	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	1.49E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	23974915	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	44	22	50	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.215066829	1.215066829	1	1.090463576	1.090463576	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.51E-39	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	24120328	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	26	60.5	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.470230863	0.735115431	2	1.700546722	0.883709349	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.78E-49	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	24188562	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	42	33	78.6	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.910085055	0.955042527	2	2.200142369	1.100071185	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	24262991	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	50	44	88	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.138517618	1.069258809	2	2.224161391	1.112080695	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.77E-95	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	24668921	G	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	43	38	88.4	43	20	46.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.148238153	1.074119077	2	2.233768999	1.1168845	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	8.21E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	25076953	C	A	SNRPN	CCDS10017.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	44	38	86.4	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.09963548	1.04981774	2	1.695742918	0.881212995	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	25096630	G	T	SNRPN	CCDS10017.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	56	52	92.9	37	14	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.257594168	1.128797084	2	1.815838025	0.943621847	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.00E-115	1	3.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	25107035	T	A	SNRPN	CCDS10017.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	36	18	50	38	11	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.215066829	1.215066829	1	1.388299443	1.388299443	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-32	1	5.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26079739	G	T	ATP10A	CCDS32178.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	36	14	38.9	52	15	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.945321993	0.945321993	1	1.383495638	1.383495638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.09E-23	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26079741	T	C	ATP10A	CCDS32178.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	39	16	41	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.9963548	0.9963548	1	1.292223357	1.292223357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.16E-27	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26471581	C	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	32	25	78.1	41	16	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.897934386	0.948967193	2	1.873483677	0.973578096	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.70E-52	1	1.40E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26786835	T	C	GABRB3	CCDS10019.1	r.?	-	-	downstream	29	0	0	47	35	74.5	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.810449575	0.905224787	2	1.98877498	0.99438749	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.43E-70	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	29998281	G	A	TJP1	CCDS42007.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	46	37	80.4	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.953827461	0.97691373	2	2.291414651	1.145707325	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.67E-77	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	31064485	C	A	ENSG00000203289	ENST00000366119	r.?	-	-	downstream	41	0	0	38	30	78.9	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.917375456	0.958687728	2	1.883091285	0.978570805	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.38E-62	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	31539698	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	55	21	38.2	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.928311057	0.928311057	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.41E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	31930641	G	T	OTUD7A	CCDS10026.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	26	19	73.1	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.776427704	0.888213852	2	2.224161391	1.112080695	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.21E-38	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	33262909	C	T	FMN1	CCDS45209.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	48	37	77.1	46	12	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.87363305	0.936816525	2	1.253792922	1.253792922	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	8.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	34432821	C	T	C15orf29	CCDS10034.1	r.?	-	-	downstream	40	0	0	42	15	35.7	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	36603186	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	43	16	37.2	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.904009721	0.904009721	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.56E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	36642083	G	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	28	9	32.1	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.780072904	0.780072904	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.24E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	37544481	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	40	15	37.5	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.911300122	0.911300122	1	1.311438574	1.311438574	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.09E-24	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	37921076	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	46	19	41.3	43	13	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.0036452	1.0036452	1	1.450748898	1.450748898	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.97E-32	1	3.88E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	40770916	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	61	31	50.8	45	15	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.234507898	1.234507898	1	1.599666832	0.831285913	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.37E-55	1	9.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	41375230	C	T	INO80	CCDS10071.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	30	25	83.3	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.024301337	1.012150668	2	1.92152172	0.998541637	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.15E-53	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	42165470	G	A	MAPKBP1	CCDS45239.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	26	21	80.8	46	14	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.963547995	0.981773998	2	1.460356507	1.460356507	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.06E-44	1	1.26E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	42668300	G	A	CAPN3	CCDS45245.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	41	34	82.9	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.014580802	1.007290401	2	1.897502698	0.986059867	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.26E-71	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	43350370	A	C	UBR1	CCDS10091.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	40	31	77.5	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.883353584	0.941676792	2	1.835053242	0.953607264	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.22E-63	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	45769544	C	T	SLC30A4	CCDS10125.1	r.?	-	-	downstream	19	0	0	40	15	37.5	30	6	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.911300122	0.911300122	1	0.96076086	0.96076086	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.09E-24	1	8.37E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	47318443	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	39	5	12.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.311057108	0.311057108	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	3	NA	0.00000156	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	48769753	T	A	FBN1	CCDS32232.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	43	41	95.3	50	22	44	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.315917375	1.157958688	2	2.113673892	1.056836946	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.07E-92	1	1.85E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	50131327	G	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	55	19	34.5	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.838396112	0.838396112	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	4.51E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	50205624	G	T	ATP8B4	CCDS32238.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	59	23	39	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.947752126	0.947752126	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.45E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	50884329	C	G	TRPM7	CCDS42035.1	r.4368g>c	c.4103G>C	p.R1368T	missense	29	0	0	42	17	40.5	40	10	25	175	0	0	199	60	30.2	127	16	12.6	TRUE	TRUE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.984204131	0.984204131	1	1.200951075	1.200951075	1	0.733900365	0.733900365	1	0.605279342	0.605279342	1	6	8	1.73E-28	2.15E-87	7.22E-15	7.39E-18	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	15	54353032	G	C	UNC13C	CCDS45264.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	35	8	22.9	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.556500608	0.556500608	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	8.15E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	54434951	T	C	UNC13C	CCDS45264.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	42	17	40.5	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.984204131	0.984204131	1	0.749393471	0.749393471	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.73E-28	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	54540986	C	A	UNC13C	CCDS45264.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	31	15	48.4	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.17618469	1.17618469	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.51E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	56523147	T	G	RFX7	ENST00000423270	r.?	-	-	intronic	30	0	0	43	29	67.4	48	26	54.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.637910085	0.818955043	2	2.60366193	1.301830965	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.36E-56	1	3.67E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	58463307	A	T	AQP9	CCDS10165.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	19	4	21.1	29	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.512758202	0.512758202	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.00000228	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	60957787	A	C	RORA	CCDS10177.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	52	23	44.2	43	11	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.074119077	1.074119077	1	1.229773901	1.229773901	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.66E-39	1	2.42E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	61225660	C	T	RORA	CCDS10177.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	45	36	80	47	16	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.944106926	0.972053463	2	1.633293462	0.848760392	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-74	1	1.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	62626878	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	32	15	46.9	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.139732685	1.139732685	1	0.855077165	0.855077165	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.59E-26	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	66537070	G	A	MEGF11	CCDS10213.2	r.?	-	-	intronic	36	0	0	34	9	26.5	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.643985419	0.643985419	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	9.15E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	67536249	T	G	AAGAB	CCDS42050.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	33	25	75.8	32	9	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.842041312	0.921020656	2	1.349869008	1.349869008	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.98E-51	1	4.94E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	69057253	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	50	47	94	62	29	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.284325638	1.142162819	2	2.248180412	1.124090206	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.37E-104	1	6.51E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	69781386	A	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	31	25	80.6	41	13	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.958687728	0.979343864	2	1.522805963	1.522805963	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.13E-52	1	1.89E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	70067828	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	52	23	44.2	51	4	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.074119077	1.074119077	1	0.374696735	0.374696735	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.66E-39	1	0.000129466	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	70493632	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	57	25	43.9	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.066828676	1.066828676	1	0.509203256	0.509203256	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.54E-42	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	73715363	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	35	28	80	43	19	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.944106926	0.972053463	2	2.1232815	1.06164075	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.42E-58	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	75162261	C	G	SCAMP2	CCDS10271.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	48	44	91.7	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.228432564	1.114216282	2	1.599666832	0.831285913	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-96	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	75966864	C	A	CSPG4	CCDS10284.1	r.8089g>u	c.?	p.?	3'UTR variant	8	0	0	32	7	21.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.532199271	0.532199271	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.36E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	76345773	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	42	34	81	29	11	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.968408262	0.984204131	2	1.82064183	0.946118201	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.61E-71	1	1.56E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	76994366	C	T	SCAPER	ENST00000303521	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	21	45.7	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.110571081	1.110571081	1	0.653317385	0.653317385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.94E-36	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	77526664	A	G	ENSG00000173517	CCDS42062.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	13	32.5	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.789793439	0.789793439	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.30E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	77917919	T	C	LINGO1	CCDS45313.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	41	33	80.5	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.956257594	0.978128797	2	1.268204335	1.268204335	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.07E-68	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	81008777	G	T	FAM108C1	CCDS45323.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	52	19	36.5	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.886998785	0.886998785	1	1.023210316	1.023210316	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.24E-30	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	83306445	G	T	CPEB1	CCDS42072.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	41	11	26.8	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.65127582	0.65127582	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.34E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	83973416	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	37	15	40.5	40	11	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.984204131	0.984204131	1	1.321046182	1.321046182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-25	1	9.88E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	84254031	G	T	SH3GL3	CCDS10325.2	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	20	44.4	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.078979344	1.078979344	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	84549583	G	T	ADAMTSL3	CCDS10326.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	52	25	48.1	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.168894289	1.168894289	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.25E-43	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	85131525	T	C	-	-	-	-	-	-	19	0	0	33	31	93.9	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.281895504	1.140947752	2	1.767799982	0.918658306	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.43E-69	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	86824923	G	T	AGBL1	ENST00000421325	r.?	-	-	intronic	26	0	0	38	5	13.2	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.320777643	0.320777643	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000137	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	87371317	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	38	31	81.6	36	13	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.982989064	0.991494532	2	1.734173352	0.901183828	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	2.53E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	88677593	A	C	NTRK3	CCDS10340.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	50	18	36	34	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.874848117	0.874848117	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.92E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	88864530	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	40	83.3	48	25	52.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.024301337	1.012150668	2	2.50278204	1.25139102	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	1	8.26E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	89184441	G	T	ISG20	CCDS10345.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	38	33	86.8	40	19	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.109356015	1.054678007	2	2.281807042	1.140903521	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	2.27E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	89351844	A	G	ACAN	ENST00000439576	r.?	-	-	intronic	24	0	0	41	35	85.4	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.075334143	1.037667072	2	1.777407591	0.923651015	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	90699383	C	T	-	-	-	-	-	-	10	1	10	22	21	95.5	40	24	60	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.320777643	1.160388821	2	2.88228258	1.44114129	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-47	1	3.47E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	90993143	G	A	IQGAP1	CCDS10362.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	43	34	79.1	58	20	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.922235723	0.961117861	2	1.657312483	0.861242162	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-70	1	1.47E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	92416157	A	G	SLCO3A1	CCDS10371.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	46	38	82.6	47	25	53.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.007290401	1.0036452	2	2.555623887	1.277811944	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	3.98E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	92609145	A	C	SLCO3A1	CCDS10371.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	56	20	35.7	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.31E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	92831905	G	A	AC116903.2	ENST00000502597	r.?	-	-	intronic	30	0	0	46	35	76.1	42	15	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.849331713	0.924665857	2	1.714958135	0.891198411	1.924328088	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.68E-71	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	95102018	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	41	16	39	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.947752126	0.947752126	1	0.840665752	0.840665752	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-26	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	95392381	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	14	35.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.872417983	0.872417983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.19E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	95470961	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	37	15	40.5	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.984204131	0.984204131	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.58E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	96273349	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	31	13	41.9	35	4	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.018226002	1.018226002	1	0.54763369	0.54763369	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-22	1	0.0000289	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	97047837	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	35	28	80	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.944106926	0.972053463	2	1.599666832	0.831285913	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.42E-58	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	97522986	T	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	52	40	76.9	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.868772783	0.934386391	2	1.570844006	0.816307789	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.77E-81	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	97669224	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	41	13	31.7	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.770352369	0.770352369	1	0	0	1	NA	NA	0	0	0	1	5	NA	1.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	97683983	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	35	85.4	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.075334143	1.037667072	2	1.738977156	0.903680182	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	97733813	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	31	30	96.8	52	18	34.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.35236938	1.17618469	2	1.662116288	0.863738516	1.924328088	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.87E-68	1	1.39E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	98105202	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	25	24	96	40	12	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.332928311	1.166464156	2	1.44114129	1.44114129	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.48E-54	1	1.20E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	99015224	T	C	FAM169B	CCDS45360.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	21	43.8	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	1.064398542	1.064398542	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.35E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	101172225	G	A	ASB7	CCDS10387.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	35	12	34.3	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.833535844	0.833535844	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	1.83E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	101444430	G	A	ALDH1A3	CCDS10389.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	33	28	84.8	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	2.060753341	1.030376671	2	2.291414651	1.145707325	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	8.63E-60	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	686662	G	A	WFIKKN1	CCDS10414.1	r.?	-	-	downstream	14	0	0	63	19	30.2	63	11	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.035900365	1.035900365	1	1.023521552	1.023521552	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	9.48E-29	1	2.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	843525	C	T	CHTF18	CCDS45371.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	55	31	56.4	65	28	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.934595383	0.967297691	2	2.520787366	1.260393683	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.03E-56	1	6.12E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	1257315	G	T	CACNA1H	CCDS45375.1	r.3196g>u	c.2948G>T	p.G983V	missense	15	0	0	43	25	58.1	43	13	30.2	10	0	0	3	3	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.992907655	0.996453827	2	1.766305764	0.939805383	1.879437804	3.430133657	1.715066829	2	NA	NA	0	6	NA	1.66E-46	0.000000125	3.88E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	1280169	C	T	TPSG1	CCDS10430.1	r.?	-	-	upstream	7	0	0	29	8	27.6	36	8	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.946716889	0.946716889	1	1.298410198	1.298410198	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.53E-12	1	1.04E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	1997221	G	T	RPL3L	CCDS10450.1	r.709c>a	c.662C>A	p.A221D	missense	12	0	0	46	19	41.3	66	11	16.7	30	0	0	12	5	41.7	22	0	0	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.4166452	0.7083226	2	0.976731995	0.976731995	1	1.430365735	1.430365735	1	0	NA	0	6	NA	6.97E-32	2.40E-09	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	2339486	G	A	ABCA3	CCDS10466.1	r.3208c>u	c.2649C>T	p.G883G	silent	13	0	0	51	12	23.5	60	9	15	20	0	0	145	125	86.2	11	0	0	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.806081409	0.806081409	1	0.877304188	0.877304188	1	2.956775213	1.478387606	2	0	NA	0	6	NA	3.24E-17	3.74E-264	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	2429259	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	67	19	28.4	63	10	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.974157959	0.974157959	1	0.929942439	0.929942439	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.67E-28	1	9.81E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	2531703	C	T	TBC1D24	CCDS42107.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	47	25	53.2	50	19	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.824831106	0.912415553	2	2.222503942	1.111251971	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.98E-45	1	5.00E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	2738065	C	T	KCTD5	CCDS10475.1	r.?	-	-	intronic	4	0	0	45	9	20	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.686026731	0.686026731	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	1.47E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	4793692	C	T	C16orf71	CCDS10521.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	38	10	26.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.902125152	0.902125152	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	4.06E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	5153095	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	65	34	52.3	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.793959903	0.896979951	2	1.643483178	0.874454677	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.70E-60	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	5591853	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	54	33	61.1	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	2.095811665	1.047905832	2	2.029497021	1.01474851	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.47E-62	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	5935760	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	58	29	50	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.715066829	0.857533414	2	2.509089976	1.254544988	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.87E-51	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6139136	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	66	36	54.5	58	18	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.869422843	0.934711422	2	1.813095321	0.964700889	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.94E-65	1	1.42E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6337946	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	62	18	29	67	14	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.994738761	0.994738761	1	1.222377168	1.222377168	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.72E-27	1	4.66E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6827029	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	56	8	14.3	53	0	0	106	0	0	137	17	12.4	149	0	0	TRUE	TRUE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.490509113	0.490509113	1	0	0	1	0.425336574	0.425336574	1	0	0	1	3	6	4.48E-10	9.11E-19	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	7044206	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	24	66.7	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	2.287899149	1.143949575	2	2.754735149	1.377367574	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	7.04E-47	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7068160	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	54	41	75.9	35	12	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	2.603471446	1.301735723	2	2.006102242	1.003051121	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.73E-83	1	1.83E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7197218	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	69	18	26.1	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.895264885	0.895264885	1	1.275015419	1.275015419	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.16E-26	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7269594	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	55	15	27.3	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.936426488	0.936426488	1	1.169738917	1.169738917	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.01E-22	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7354566	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	44	24	54.5	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	2.462145804	0.845390836	2.912434934	1.672726651	0.890014369	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	9.53E-44	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7514834	G	A	ENSG00000078328	CCDS45405.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	55	38	69.1	38	11	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	3.121729818	1.040576606	3	1.690272735	0.899350184	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.29E-74	1	5.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	7724928	T	A	ENSG00000078328	CCDS45405.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	79	52	65.8	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	2.97264576	0.99088192	3	1.982707464	0.991353732	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.98E-99	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	8128915	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	64	29	45.3	61	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	2.046517522	1.023258761	2	0.093579113	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	2.18E-49	1	0.263440347	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	8460619	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	72	54	75	75	20	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	3.388274042	1.129424681	3	1.561601454	0.83088754	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.10E-108	1	5.89E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	9144964	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	64	44	68.8	79	25	31.6	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	3.108176722	1.036058907	3	1.848187488	0.98337252	1.879437804	NA	NA	0	0	NA	0	6	NA	1.01E-85	1	5.74E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	9924757	G	C	GRIN2A	CCDS10539.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	74	17	23	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.039070706	1.039070706	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1.34E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	10096932	C	G	GRIN2A	CCDS10539.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	86	6	7	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.316238911	0.316238911	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.00000522	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	10225157	C	G	GRIN2A	CCDS10539.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	83	17	20.5	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.926128238	0.926128238	1	0.48544165	0.48544165	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.14E-22	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	10233192	G	A	GRIN2A	CCDS10539.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	92	21	22.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.030035309	1.030035309	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	9.72E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	10274025	G	T	GRIN2A	CCDS10539.1	r.554c>a	c.244C>A	p.L82I	missense	9	0	0	66	15	22.7	80	0	0	85	0	0	104	17	16.3	37	0	0	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.02551761	1.02551761	1	0	NA	0	0.736384892	0.736384892	1	0	NA	0	NA	NA	6.45E-21	6.94E-21	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	10954831	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	93	31	33.3	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.504393675	0.786637834	1.912434934	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1.54E-47	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	11211163	G	A	CLEC16A	CCDS45409.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	85	23	27.1	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.224296354	1.224296354	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.06E-33	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	11385280	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	66	38	57.6	55	18	32.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	2.602194465	0.893477287	2.912434934	1.912523129	1.017603841	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.08E-69	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	12900291	C	T	CPPED1	CCDS42120.1	r.?	-	-	upstream	19	0	0	51	15	29.4	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.328203425	1.328203425	1	1.193133695	1.193133695	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	8.22E-23	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	13449701	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	71	49	69	59	15	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	3.117212119	1.039070706	3	1.485568424	1.485568424	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.98E-95	1	9.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	13500480	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	67	18	26.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.215260957	1.215260957	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	2.83E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	15149732	G	A	RRN3	CCDS10559.1	r.?	-	-	downstream	9	0	0	66	16	24.2	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.093283091	1.093283091	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1.03E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	15464632	G	A	-	-	-	-	-	-	14	1	7.1	62	11	17.7	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.799632674	0.799632674	1	0.660902488	0.660902488	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.96E-14	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	15507199	G	T	MPV17L	CCDS45421.1	r.?	-	-	downstream	39	0	0	58	16	27.6	69	14	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.246884848	1.246884848	1	1.187285001	1.187285001	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.00E-23	1	7.30E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	15850010	T	A	MYH11	CCDS45424.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	68	22	32.4	39	6	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.463734386	0.765377352	1.912434934	0.900698966	0.900698966	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	7.67E-34	1	4.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	15960535	T	A	C16orf63	CCDS10567.1	r.1317a>u	c.?	p.?	3'UTR variant	30	0	0	72	9	12.5	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.56471234	0.56471234	1	0.91824505	0.91824505	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.25E-10	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	16997527	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	72	22	30.6	62	6	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	1.382415809	1.382415809	1	0.567323375	0.567323375	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.36E-33	1	0.000000756	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	17653001	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	51	19	37.3	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.279439854	1.279439854	1	1.087857193	1.087857193	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.94E-31	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	17777474	T	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	48	16	33.3	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.142234508	1.142234508	1	0.619961626	0.619961626	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.96E-25	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	17809677	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	47	19	40.4	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.385773998	1.385773998	1	1.146344138	1.146344138	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.16E-31	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	18001936	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	68	15	22.1	77	7	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.758059538	0.758059538	1	0.532231207	0.532231207	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.06E-20	1	0.000000138	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	18049784	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	48	27	56.2	42	12	28.6	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.927735115	0.963867558	2	1.672726651	0.890014369	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.50E-49	1	2.35E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	18214560	T	G	-	-	-	-	-	-	7	0	0	16	3	18.8	17	2	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.644865128	0.644865128	1	0.690145961	0.690145961	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.0000667	1	0.003234386	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	18851211	G	A	SMG1	CCDS45430.1	r.7117c>u	c.6754C>T	p.L2252F	missense	36	0	0	72	19	26.4	46	8	17.4	224	0	0	272	64	23.5	295	53	18	TRUE	TRUE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.905555286	0.905555286	1	1.017672858	1.017672858	1	0.806081409	0.806081409	1	1.052765025	1.052765025	1	6	8	1.75E-27	3.12E-85	8.61E-11	4.34E-64	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	19699798	C	A	C16orf62	CCDS32397.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	52	17	32.7	59	7	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.121653706	1.121653706	1	0.695994655	0.695994655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.42E-26	1	2.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	20337183	A	G	GP2	CCDS42128.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	47	21	44.7	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.533269745	0.766634872	2	2.017799631	1.008899816	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.29E-36	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	21210121	A	T	ZP2	CCDS10596.1	r.2473u>a	c.1990T>A	p.S664T	missense	25	0	0	71	6	8.5	65	0	0	78	0	0	139	16	11.5	62	0	0	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.383954351	0.383954351	1	0	NA	0	0.519467651	0.519467651	1	0	NA	0	NA	NA	0.00000169	3.23E-17	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	21526451	G	A	SLC7A5P2	ENST00000435197	r.?	-	-	downstream	19	0	0	146	13	8.9	96	1	1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.402022791	0.402022791	1	0.058486946	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	8.35E-13	1	0.381961184	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	21683116	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	69	26	37.7	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.702950473	0.890187882	1.913023651	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	8.50E-42	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	22347805	A	C	POLR3E	CCDS10605.1	r.?	-	-	downstream	25	0	0	77	18	23.4	67	14	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.057003742	1.057003742	1	1.222377168	1.222377168	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.71E-25	1	4.66E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	22488125	G	A	ENSG00000224154	ENST00000430965	r.?	-	-	intronic	17	0	0	36	8	22.2	28	4	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.002798421	1.002798421	1	0.836363325	0.836363325	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.04E-11	1	0.0000116	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	22782549	C	T	ENSG00000224154	ENST00000430965	r.?	-	-	intronic	34	0	0	90	14	15.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.704669161	0.704669161	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	3.87E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	23153772	A	C	USP31	CCDS10607.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	71	18	25.4	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.147345942	1.147345942	1	1.234074557	1.234074557	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.22E-26	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	23239431	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	77	55	71.4	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	3.225216545	1.075072182	3	1.690272735	0.899350184	1.879437804	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.53E-108	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	24386715	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	60	21	35	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.580988502	0.826434374	1.913023651	1.286712808	1.286712808	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.16E-33	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	25326292	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	70	11	15.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.709186271	0.709186271	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.06E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	25777210	G	A	HS3ST4	ENST00000331351	r.?	-	-	intronic	25	0	0	50	12	24	52	8	15.4	0	0	NA	2	0	0	2	0	0	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.084106402	1.084106402	1	0.900698966	0.900698966	1	0	0	1	0	NA	0	6	NA	2.49E-17	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	25868790	T	A	HS3ST4	ENST00000331351	r.?	-	-	intronic	23	0	0	78	13	16.7	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.754357371	0.754357371	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.99E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26012376	G	C	HS3ST4	ENST00000331351	r.?	-	-	intronic	44	0	0	86	18	20.9	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.944075991	0.944075991	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.22E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26013854	G	C	HS3ST4	ENST00000331351	r.?	-	-	intronic	33	0	0	82	19	23.2	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.047969522	1.047969522	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.79E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26095934	T	A	HS3ST4	ENST00000331351	r.?	-	-	intronic	30	0	0	72	5	6.9	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.31168059	0.31168059	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000331	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26175119	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	78	17	21.8	52	2	3.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.984729981	0.984729981	1	0.222250394	0.222250394	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.59E-23	1	0.028101652	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26437732	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	61	9	14.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.668532281	0.668532281	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.68E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26810805	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	60	6	10	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.451711001	0.451711001	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000621	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	26878741	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	75	21	28	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.264790802	1.264790802	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.75E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	27059527	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	71	18	25.4	54	9	16.7	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.147345942	1.147345942	1	0.976731995	0.976731995	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	9.22E-26	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	27668634	G	T	KIAA0556	CCDS32415.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	69	14	20.3	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.916973331	0.916973331	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.30E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	28643481	A	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	63	39	61.9	58	22	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	2.796091094	0.9598587	2.913023651	2.216655247	1.108327624	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.53E-73	1	1.13E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	29301389	A	G	ENSG00000158527	ENST00000289484	r.?	-	-	upstream	11	0	0	63	16	25.4	76	15	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.147345942	1.147345942	1	1.152192833	1.152192833	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.48E-23	1	6.51E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	29487186	C	A	ENSG00000232171	ENST00000434681	r.?	-	-	upstream	22	0	0	84	15	17.9	68	7	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.808562691	0.808562691	1	0.602415542	0.602415542	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.27E-19	1	0.000000058	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	29640029	A	G	-	-	-	-	-	-	8	0	0	79	15	19	55	5	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.858250901	0.858250901	1	0.532231207	0.532231207	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.22E-19	1	0.00000883	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	30459110	C	T	SEPHS2	ENST00000478753	r.?	-	-	upstream	28	0	0	90	25	27.8	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.255756582	1.255756582	1	1.082008498	1.082008498	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.53E-36	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	30801242	C	T	ZNF629	CCDS45463.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	78	55	70.5	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	3.184562555	1.061520852	3	1.982707464	0.991353732	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.55E-108	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	31113040	C	T	BCKDK	CCDS10705.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	72	19	26.4	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	1.192517042	1.192517042	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.75E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	31613230	G	A	ZNF720P1	ENST00000398707	r.796c>u	c.796C>T	p.R266C	missense	30	0	0	78	58	74.4	48	18	37.5	208	0	0	344	204	59.3	280	88	31.4	TRUE	TRUE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	3.360729845	1.120243282	3	2.193260469	1.096630234	2	2.678646234	0.919541533	2.913023651	1.836490099	0.977148643	1.879437804	6	8	6.23E-116	0	2.42E-29	3.18E-129	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	31852551	T	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	77	14	18.2	44	3	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0.822114021	0.822114021	1	0.397711232	0.397711232	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.82E-18	1	0.00142027	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	32354423	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	72	11	15.3	94	1	1.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.37181045	0.37181045	1	0.06433564	0.06433564	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	1.12E-13	1	0.375734132	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	32369172	T	C	-	-	-	-	-	-	64	0	0	115	19	16.5	110	15	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.400972053	0.400972053	1	0.795422463	0.795422463	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	2.93E-23	1	2.30E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	32572848	G	A	-	-	-	-	-	-	52	0	0	73	21	28.8	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.699878493	0.699878493	1	1.111251971	1.111251971	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.03E-31	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	33336682	C	T	-	-	-	-	-	-	73	0	0	107	18	16.8	98	15	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.408262454	0.408262454	1	0.894850271	0.894850271	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	2.90E-22	1	3.78E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	34362934	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	49	22	44.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.091130012	1.091130012	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.04E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	34442645	C	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	25	15	60	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.458080194	1.458080194	1	2.070437883	1.035218941	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.52E-29	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	34613658	G	T	ENSG00000237113	ENST00000425453	r.?	-	-	intronic	49	0	0	39	14	35.9	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.872417983	0.872417983	1	1.169738917	1.169738917	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.19E-23	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	35075191	A	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	36	15	41.7	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.013365735	1.013365735	1	1.052765025	1.052765025	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.54E-25	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47173883	A	G	NETO2	CCDS10727.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	55	20	36.4	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.884568651	0.884568651	1	0.871455493	0.871455493	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.08E-32	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47617577	G	C	PHKB	CCDS42161.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	19	42.2	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.025516403	1.025516403	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.11E-32	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47855343	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	16	40	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.972053463	0.972053463	1	1.029370247	1.029370247	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.56E-27	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47904881	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	36	16	44.4	63	22	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.078979344	1.078979344	1	2.04119441	1.020597205	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.01E-27	1	1.03E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	49857838	T	C	ZNF423	CCDS32445.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	41	12	29.3	42	14	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.712029162	0.712029162	1	1.947615296	0.973807648	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.69E-18	1	2.83E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	51128815	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	41	17	41.5	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.008505468	1.008505468	1	1.549904065	1.549904065	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-28	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	51344321	A	G	-	-	-	-	-	-	50	0	0	42	13	31	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.753341434	0.753341434	1	1.029370247	1.029370247	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.72E-20	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	52822791	G	T	ENSG00000227450	ENST00000430771	r.?	-	-	intronic	44	0	0	43	20	46.5	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.130012151	1.130012151	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.21E-35	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	53314039	G	A	CHD9	CCDS45485.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	35	13	37.1	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.901579587	0.901579587	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.63E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	54045251	C	A	FTO	CCDS32448.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	57	24	42.1	71	25	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.02308627	1.02308627	1	2.058740494	1.029370247	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.83E-40	1	2.38E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	54074433	A	T	FTO	CCDS32448.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	45	26	57.8	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.404617254	1.404617254	1	1.140495444	1.140495444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.32E-48	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	56091379	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	17	42.5	61	13	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.032806804	1.032806804	1	1.245771946	1.245771946	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.07E-29	1	6.41E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	57110759	G	A	NLRC5	CCDS10773.1	r.5005g>a	c.4780G>A	p.G1594S	missense	32	0	0	37	13	35.1	44	15	34.1	33	0	0	39	8	20.5	25	9	36	TRUE	TRUE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.852976914	0.852976914	1	1.994404853	0.997202427	2	0.4981774	0.4981774	1	2.10553005	1.052765025	2	6	8	3.89E-21	2.09E-11	6.12E-24	3.71E-15	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	57117081	T	C	NLRC5	CCDS10773.1	r.6467u>c	c.?	p.?	3'UTR variant	25	0	0	33	11	33.3	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.54E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	57431031	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	51	22	43.1	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.047387606	1.047387606	1	0.48544165	0.48544165	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.24E-37	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	58708863	C	G	SLC38A7	CCDS10800.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	30	12	40	54	7	13	0	0	NA	1	1	100	1	1	100	TRUE	TRUE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.972053463	0.972053463	1	0.760330296	0.760330296	1	2.430133657	2.430133657	1	5.848694584	5.848694584	1	6	8	1.94E-20	0.005	1.13E-08	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	58835474	G	A	AC106793.1	ENST00000500117	r.?	-	-	intronic	31	0	0	39	20	51.3	59	22	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.246658566	1.246658566	1	2.18156308	1.09078154	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.00E-36	1	1.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	58863824	G	A	AC106793.1	ENST00000500117	r.?	-	-	intronic	24	0	0	43	16	37.2	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.904009721	0.904009721	1	0.836363325	0.836363325	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.56E-26	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	59027499	G	T	AC106793.1	ENST00000500117	r.?	-	-	intronic	13	0	0	29	15	51.7	34	11	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.256379101	1.256379101	1	1.894977045	1.008268026	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.22E-27	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	59324193	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	34	7	20.6	45	12	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.500607533	0.500607533	1	1.561601454	1.561601454	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.73E-10	1	6.03E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	59820335	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	53	23	43.4	51	7	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.054678007	1.054678007	1	0.801271158	0.801271158	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.43E-39	1	7.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	60569469	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	38	12	31.6	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.767922236	0.767922236	1	0.853909409	0.853909409	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.86E-19	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	60756845	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	47	14	29.8	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.72417983	0.72417983	1	1.169738917	1.169738917	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.79E-21	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	60759316	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	48	20	41.7	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.013365735	1.013365735	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.40E-33	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	60920856	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	52	21	40.4	74	17	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.981773998	0.981773998	1	1.345199754	1.345199754	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.89E-35	1	1.34E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	62681409	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	30	16	53.3	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.295261239	1.295261239	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.08E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	63061841	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	20	38.5	55	9	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.935601458	0.935601458	1	0.959185912	0.959185912	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-32	1	1.01E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	63094566	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	39	17	43.6	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.059538275	1.059538275	1	0.824665936	0.824665936	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.51E-29	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	63316347	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	33	13	39.4	41	13	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.957472661	0.957472661	1	1.854036183	0.986484458	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.37E-22	1	1.89E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	63622509	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	50	23	46	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.117861482	1.117861482	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.13E-39	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	63758796	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	18	46.2	36	5	13.9	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.12272175	1.12272175	1	0.812968547	0.812968547	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.15E-31	1	0.00000104	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	64215722	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	26	10	38.5	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.935601458	0.935601458	1	1.994404853	0.997202427	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.82E-17	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	64949549	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	45	20	44.4	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.078979344	1.078979344	1	1.082008498	1.082008498	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.68E-34	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	65107520	G	T	CDH11	CCDS10803.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	52	21	40.4	72	14	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.981773998	0.981773998	1	1.134646749	1.134646749	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.89E-35	1	1.39E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	65302045	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	33	18	54.5	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.324422843	1.324422843	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.68E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	66280879	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	19	51.4	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.2490887	1.2490887	1	0.824665936	0.824665936	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.09E-34	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	66599406	G	A	CMTM1	CCDS10812.2	r.?	-	-	upstream	29	0	0	34	13	38.2	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.928311057	0.928311057	1	1.994404853	0.997202427	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-21	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	67029442	G	T	CES8	CCDS42174.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	32	11	34.4	67	22	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.835965978	0.835965978	1	1.918371823	1.02071578	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.72E-18	1	5.21E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	67653065	G	A	CTCF	CCDS10841.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	37	11	29.7	60	7	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.721749696	0.721749696	1	0.684297266	0.684297266	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.70E-17	1	2.39E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	67722902	G	A	GFOD2	CCDS10845.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	34	11	32.4	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.787363305	0.787363305	1	0.924093744	0.924093744	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	67887310	G	T	NUTF2	CCDS10848.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	43	14	32.6	60	1	1.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.792223572	0.792223572	1	0.099427808	0.099427808	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.18E-22	1	0.259739042	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	68727204	G	A	CDH3	CCDS10868.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	43	19	44.2	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.074119077	1.074119077	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.36E-32	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	68901611	G	C	TMCO7	CCDS45516.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	38	13	34.2	53	7	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.831105711	0.831105711	1	0.772027685	0.772027685	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.88E-21	1	9.85E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	69785199	C	T	NOB1	CCDS10884.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	52	16	30.8	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.748481166	0.748481166	1	1.912523129	1.017603841	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.33E-24	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	70304506	C	T	AARS	CCDS32474.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	41	18	43.9	72	27	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.066828676	1.066828676	1	2.193260469	1.096630234	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.91E-31	1	2.82E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	72503066	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	48	18	37.5	68	26	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.911300122	0.911300122	1	2.234201331	1.117100666	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.42E-29	1	5.33E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	72969772	A	T	ZFHX3	CCDS10908.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	38	16	42.1	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.02308627	1.02308627	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.06E-27	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	73369958	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	14	36.8	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.894289186	0.894289186	1	1.514811897	1.514811897	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.28E-23	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	73420545	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	17	40.5	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.984204131	0.984204131	1	0.70184335	0.70184335	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.73E-28	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	73584350	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	39	15	38.5	75	9	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.935601458	0.935601458	1	0.70184335	0.70184335	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.85E-25	1	1.82E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	73592445	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	35	12	34.3	59	27	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.833535844	0.833535844	1	2.678702119	1.33935106	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.83E-19	1	3.09E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	74371844	G	C	ENSG00000214331	ENST00000429810	r.?	-	-	intronic	33	0	0	55	15	27.3	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.01E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	74654474	G	A	RFWD3	CCDS32486.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	38	16	42.1	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.02308627	1.02308627	1	1.643483178	0.874454677	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.06E-27	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	75336784	T	G	CFDP1	CCDS10916.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	33	17	51.5	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.251518834	1.251518834	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.25E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	75415135	G	A	CFDP1	CCDS10916.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	57	19	33.3	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.809234508	0.809234508	1	1.286712808	1.286712808	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.01E-29	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	75511760	C	G	CHST6	CCDS10918.1	r.2147g>c	c.?	p.?	3'UTR variant	13	0	0	35	11	31.4	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.763061968	0.763061968	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.82E-17	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	76414020	T	A	CNTNAP4	ENST00000307431	r.?	-	-	intronic	39	0	0	49	18	36.7	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.891859052	0.891859052	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.80E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	76455559	C	A	CNTNAP4	ENST00000307431	r.?	-	-	intronic	51	0	0	49	18	36.7	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.891859052	0.891859052	1	1.807246626	0.961588951	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.80E-29	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	76662011	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	40	10	25	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.607533414	0.607533414	1	0.649205099	0.649205099	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.22E-15	1	0.000000329	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	77394570	C	G	ADAMTS18	CCDS10926.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	53	23	43.4	72	34	47.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.054678007	1.054678007	1	2.760583844	1.380291922	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.43E-39	1	1.92E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	77521694	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	46	16	34.8	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	77801101	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	22	46.8	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.137302552	1.137302552	1	1.269166725	1.269166725	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.14E-38	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	77852306	A	G	VAT1L	CCDS32492.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	40	17	42.5	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.032806804	1.032806804	1	1.912523129	1.017603841	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.07E-29	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	78049957	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	44	20	45.5	56	3	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.105710814	1.105710814	1	0.315829508	0.315829508	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.50E-34	1	0.00284314	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	78115548	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	51	24	47.1	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.144592953	1.144592953	1	2.18156308	1.09078154	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-41	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	78467163	G	A	WWOX	CCDS42196.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	35	13	37.1	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.901579587	0.901579587	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.63E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	78774711	C	T	WWOX	CCDS42196.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	54	24	44.4	53	8	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.078979344	1.078979344	1	0.883152882	0.883152882	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.24E-41	1	2.83E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	79810970	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	45	14	31.1	54	3	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.755771567	0.755771567	1	0.327526897	0.327526897	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.81E-22	1	0.00256299	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	80142284	A	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	46	16	34.8	41	10	24.4	131	0	0	151	37	24.5	152	28	18.4	TRUE	TRUE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.845686513	0.845686513	1	1.427081478	1.427081478	1	0.595382746	0.595382746	1	1.076159803	1.076159803	1	6	8	1.31E-25	1.03E-50	9.51E-15	5.84E-35	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	80142460	G	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	34	13	38.2	53	0	0	86	0	0	80	25	31.2	89	0	0	TRUE	TRUE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.928311057	0.928311057	1	0	0	1	0.758201701	0.758201701	1	0	0	1	5	7	1.03E-21	8.31E-38	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	80443514	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	50	5	10	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.243013366	0.243013366	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000549	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	81228548	C	G	PKD1L2	CCDS42202.1	r.1621+5g>c	c.1621+5G>C	p.?	ess splice	25	0	0	36	9	25	59	8	13.6	114	0	0	92	59	64.1	135	15	11.1	TRUE	TRUE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.607533414	0.607533414	1	0.795422463	0.795422463	1	1.557715674	1.557715674	1	0.649205099	0.649205099	1	6	8	1.63E-13	1.52E-111	6.90E-10	5.34E-16	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	81595450	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	41	19	46.3	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.125151883	1.125151883	1	1.216528473	1.216528473	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.20E-33	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82748971	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	43	13	30.2	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.733900365	0.733900365	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.88E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82791475	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	37	12	32.4	50	5	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.787363305	0.787363305	1	0.584869458	0.584869458	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.03E-19	1	0.00000549	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82928537	G	A	CDH13	ENST00000268613	r.?	-	-	intronic	37	0	0	37	15	40.5	32	5	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.984204131	0.984204131	1	0.912396355	0.912396355	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.58E-25	1	0.000000562	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82935664	C	A	CDH13	ENST00000268613	r.?	-	-	intronic	32	0	0	52	22	42.3	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.027946537	1.027946537	1	1.883279656	1.00204415	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.59E-37	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	83431112	A	T	CDH13	ENST00000268613	r.?	-	-	intronic	31	0	0	39	18	46.2	57	4	7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.12272175	1.12272175	1	0.409408621	0.409408621	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.15E-31	1	0.000199821	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	83998480	C	T	OSGIN1	CCDS10938.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	28	8	28.6	36	13	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.695018226	0.695018226	1	2.111378745	1.055689372	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.11E-12	1	2.53E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	84922256	C	T	CRISPLD2	CCDS10949.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	44	17	38.6	61	19	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.938031592	0.938031592	1	1.818944016	0.967812828	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.61E-28	1	4.64E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	85224727	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	33	14	42.4	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.030376671	1.030376671	1	0.672599877	0.672599877	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.57E-24	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	86227359	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	53	21	39.6	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.962332928	0.962332928	1	1.783851848	0.949141198	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.30E-34	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	86355076	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	35	22	62.9	58	21	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.52855407	1.52855407	1	2.117227439	1.05861372	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.31E-42	1	1.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	86888151	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	34	10	29.4	78	15	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.714459295	0.714459295	1	1.12294936	1.12294936	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-15	1	9.92E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	87195387	T	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	41	18	43.9	47	16	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.066828676	1.066828676	1	1.988556158	0.994278079	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.91E-31	1	1.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	87317988	T	A	AC010531.2	ENST00000507682	r.?	-	-	intronic	20	0	0	25	8	32	41	4	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.77764277	0.77764277	1	0.573172069	0.573172069	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-13	1	0.0000546	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	87422490	C	T	MAP1LC3B	CCDS10960.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	42	18	42.9	31	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.20E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	88090771	G	A	BANP	CCDS10966.2	r.?	-	-	intronic	15	0	0	38	13	34.2	61	11	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.831105711	0.831105711	1	1.052765025	1.052765025	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.88E-21	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	89518009	G	A	ANKRD11	CCDS32513.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	32	9	28.1	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.682867558	0.682867558	1	0	0	1	NA	NA	0	0	0	1	5	NA	4.94E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	89531987	C	T	ANKRD11	CCDS32513.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	36	12	33.3	45	12	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.809234508	0.809234508	1	1.561601454	1.561601454	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.73E-19	1	6.03E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	89779953	C	T	C16orf7	CCDS42220.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	27	9	33.3	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.809234508	0.809234508	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.44E-15	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	89929856	A	G	SPIRE2	CCDS32516.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	26	11	42.3	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	1.027946537	1.027946537	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.52E-19	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	237384	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	50	9	18	80	4	5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.437424058	0.437424058	1	0.236406619	0.236406619	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.07E-12	1	0.000730349	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	953119	A	G	ABR	CCDS10999.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	26	21	80.8	31	14	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.963547995	0.981773998	2	2.137115839	1.06855792	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-44	1	1.49E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	982009	G	C	ABR	CCDS10999.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	46	38	82.6	57	25	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	2.075650118	1.037825059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	2.54E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	1095139	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	49	36	73.5	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.786148238	0.893074119	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-72	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	1146650	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	31	26	83.9	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	2.009456265	1.004728132	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	1597905	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	46	22	47.8	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.161603888	1.161603888	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.68E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	2140822	G	C	SMG6	CCDS11016.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	53	46	86.8	54	20	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.12E-98	1	2.61E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	2378513	C	T	METT10D	CCDS42232.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	46	18	39.1	33	11	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95018226	0.95018226	1	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-30	1	8.54E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	4112215	G	A	ANKFY1	CCDS42236.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	21	8	38.1	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.50E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	4159113	T	C	ANKFY1	CCDS42236.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	41	4	9.8	47	3	6.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.238153098	0.238153098	1	0.302600473	0.302600473	1	NA	NA	1	NA	NA	1	2	NA	0.0000546	1	0.001719595	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	4971103	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	33	11	33.3	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.54E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	5835343	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	34	15	44.1	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.071688943	1.071688943	1	0.73286052	0.73286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.18E-26	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	6278283	G	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	43	18	41.9	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	1.120567376	1.120567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-30	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	7578406	C	T	TP53	CCDS11118.1	r.714g>a	c.524G>A	p.R175H	missense	8	0	0	25	22	88	46	24	52.2	175	0	0	187	170	90.9	59	29	49.2	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.138517618	1.069258809	2	2.468085106	1.234042553	2	2.208991495	1.104495747	2	2.326241135	1.163120567	2	6	8	5.41E-48	0	4.23E-43	9.52E-51	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	17	10873217	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	39	32	82.1	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.669030733	0.834515366	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	10882878	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	18	40	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.76E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	11406753	G	A	SHISA6	CCDS45615.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	41	35	85.4	60	20	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	3.30E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	12264280	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	31	25	80.6	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-52	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	13208113	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	39	86.7	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	13473209	A	G	HS3ST3A1	CCDS11165.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	31	23	74.2	52	23	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.803159174	0.901579587	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.05E-47	1	3.66E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	14429549	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	47	16	34	36	5	13.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.826245443	0.826245443	1	0.657210402	0.657210402	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.98E-25	1	0.00000104	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	14635208	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	46	42	91.3	37	18	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.218712029	1.109356015	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.64E-92	1	6.16E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	14988908	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	46	38	82.6	35	11	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	1.82E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	15266737	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	40	16	40	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.56E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	16875350	G	A	TNFRSF13B	CCDS11181.1	r.53c>u	c.40C>T	p.R14C	missense	7	0	0	35	26	74.3	47	21	44.7	93	0	0	31	25	80.6	36	8	22.2	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	2.113475177	1.056737589	2	1.958687728	0.979343864	2	1.04964539	1.04964539	1	6	8	1.01E-52	2.13E-52	5.29E-36	1.04E-11	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	17	17517282	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	42	33	78.6	38	15	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	4.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	18551871	G	A	TBC1D28	CCDS42273.1	r.?	-	-	upstream	7	0	0	24	7	29.2	63	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.709599028	0.709599028	1	0.075650118	0.075650118	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.51E-11	1	0.27078753	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	19387859	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	25	14	56	29	14	48.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.360874848	1.360874848	1	2.283687943	1.141843972	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-26	1	4.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	20347345	C	T	-	-	-	-	-	-	4	0	0	20	16	80	42	25	59.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.813238771	1.406619385	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.25E-34	1	6.99E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	20634630	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	30	12	40	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	0	0	1	5	NA	1.94E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	21514034	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	35	10	28.6	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-15	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	21883303	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	35	27	77.1	41	16	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.843971631	0.921985816	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-55	1	1.40E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	21972499	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	33	30	90.9	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	2.255319149	1.127659574	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.01E-66	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	22209655	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	46	38	82.6	36	12	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	2.73E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	25330105	C	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	63	27	42.9	60	11	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0.865248227	0.865248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-45	1	1.34E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	26551389	G	T	-	-	-	-	-	-	10	1	10	90	22	24.4	95	17	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.592952612	0.592952612	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.17E-31	1	1.35E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	26551390	C	T	-	-	-	-	-	-	10	1	10	89	21	23.6	93	17	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.573511543	0.573511543	1	0.865248227	0.865248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.49E-29	1	9.19E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	28446299	T	A	CCDC55	CCDS11255.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	49	40	81.6	63	31	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	2.326241135	1.163120567	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-83	1	3.65E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	29780545	C	G	RAB11FIP4	CCDS11267.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	40	12	30	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.729040097	0.729040097	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.20E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	31441551	G	C	ACCN1	CCDS11276.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	43	16	37.2	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.904009721	0.904009721	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.56E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	31527545	A	G	ACCN1	CCDS11276.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	44	35	79.5	42	10	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	1.125295508	1.125295508	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-72	1	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	31549243	C	T	ACCN1	CCDS11276.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	24	50	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-42	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	32188359	G	A	ACCN1	CCDS42296.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	45	39	86.7	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	32367835	C	A	ACCN1	CCDS42296.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	29	9	31	35	5	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-14	1	0.000000895	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	33062316	A	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	39	6	15.4	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.374240583	0.374240583	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.43E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	35486168	A	T	ACACA	CCDS11317.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	34	13	38.2	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.928311057	0.928311057	1	1.130023641	1.130023641	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-21	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	35760194	A	G	ACACA	CCDS11317.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	48	38	79.2	55	28	50.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	2.406619385	1.203309693	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-78	1	1.25E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	38768141	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	27	73	49	19	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	1.834515366	0.917257683	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	3.12E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	39222547	C	T	KRTAP2-3	CCDS32648.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	43	35	81.4	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	41156732	G	A	IFI35	CCDS11450.1	r.?	-	-	upstream	26	0	0	49	26	53.1	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.290400972	1.290400972	1	1.271867612	1.271867612	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.78E-47	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	41316011	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	48	37	77.1	55	23	41.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.976359338	0.988179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	1.91E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	42350990	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	33	30	90.9	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.01E-66	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	43117212	A	G	DCAKD	CCDS11493.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	38	19	50	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.16E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	45869315	T	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	70	13	18.6	72	15	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.45200486	0.45200486	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-17	1	2.70E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	46204987	C	T	SNX11	CCDS11526.1	r.?	-	-	downstream	18	0	0	47	13	27.7	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.673147023	0.673147023	1	0.420803783	0.420803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-19	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	47058186	A	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	48	40	83.3	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	47285521	T	C	ABI3	CCDS11546.1	r.?	-	-	upstream	19	0	0	35	26	74.3	46	16	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	1.645390071	0.822695035	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	1.31E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	47853403	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	31	86.1	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.092345079	1.046172539	2	1.120567376	1.120567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-66	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	47863338	G	A	MYST2	CCDS11554.1	r.?	-	-	upstream	38	0	0	43	37	86	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.924349882	0.962174941	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	48075488	C	G	DLX3	CCDS11556.1	r.?	-	-	upstream	6	0	0	39	34	87.2	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	48270301	G	A	COL1A1	CCDS11561.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	44	39	88.6	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	48376064	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	36	30	83.3	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	4.728132388	4.728132388	1	6	NA	1.76E-63	1	8.79E-21	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	49426947	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	14	35.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.19E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	49873129	G	A	CA10	CCDS32684.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	43	32	74.4	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-64	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	51460035	G	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	26	10	38.5	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.82E-17	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	51707801	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	26	9	34.6	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840826245	0.840826245	1	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.65E-15	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52160698	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	44	40	90.9	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.21E-87	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52185410	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	31	6	19.4	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.47144593	0.47144593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.03E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52355909	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	30	12	40	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.94E-20	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52624972	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	41	32	78	33	17	51.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.895504253	0.947752126	2	2.43498818	1.21749409	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-66	1	8.25E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52626824	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	46	39	84.8	62	31	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	1.86E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52639284	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	38	86.4	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	1.513002364	0.756501182	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	52846908	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	39	32	82.1	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	53380330	C	T	HLF	CCDS11585.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	45	40	88.9	47	16	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-86	1	1.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	54226748	G	T	ANKFN1	CCDS32686.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	38	13	34.2	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	55181665	T	C	AKAP1	CCDS11594.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	49	13	26.5	39	8	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.643985419	0.643985419	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.71E-19	1	2.09E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	55694368	C	A	MSI2	CCDS11597.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	36	13	36.1	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.87727825	0.87727825	1	0.893617021	0.893617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.53E-21	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	55705625	G	T	MSI2	CCDS11597.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	35	32	91.4	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.221142163	1.110571081	2	1.640661939	0.820330969	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-70	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	56646431	T	A	TEX14	CCDS32693.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	37	18	48.6	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.181044957	1.181044957	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.16E-32	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	57819222	C	G	TMEM49	CCDS11619.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	70	11	15.7	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.695530984	0.695530984	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.06E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	58095501	G	A	ENSG00000238283	ENST00000407042	r.?	-	-	intronic	12	0	0	75	31	41.3	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.8296452	0.9148226	2	2.497736391	0.917419613	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.27E-51	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	59640110	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	81	19	23.5	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.041081409	1.041081409	1	0.848589928	0.848589928	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.15E-26	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	60911136	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	71	67	94.4	57	30	52.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	4.182046173	1.045511543	4	4.210927378	1.052731844	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.46E-149	1	1.15E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	61299632	C	A	TANC2	CCDS45754.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	70	17	24.3	69	16	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.076522479	1.076522479	1	1.857291163	0.928645581	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.68E-24	1	2.27E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	62054641	G	C	SCN4A	CCDS45761.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	72	21	29.2	70	10	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.293599028	1.293599028	1	1.144795846	1.144795846	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.89E-31	1	2.95E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	62248784	A	G	TEX2	CCDS11658.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	80	29	36.2	92	34	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.603708384	0.801854192	2	2.962059182	0.987353061	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.59E-46	1	7.87E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	62714005	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	67	15	22.4	80	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.992349939	0.992349939	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.27E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	63751274	T	C	CCDC46	CCDS32710.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	76	6	7.9	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.349980559	0.349980559	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000253	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	64135111	G	A	CCDC46	CCDS32710.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	87	13	14.9	74	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.660089915	0.660089915	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.85E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	65301780	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	90	25	27.8	84	8	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.231577157	1.231577157	1	0.760528709	0.760528709	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.53E-36	1	1.21E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	65634303	G	T	PITPNC1	ENST00000423236	r.?	-	-	intronic	22	0	0	78	16	20.5	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.9081774	0.9081774	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.96E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	65671845	C	G	PITPNC1	ENST00000423236	r.?	-	-	intronic	22	0	0	72	5	6.9	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.305679222	0.305679222	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000331	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	65963499	G	A	BPTF	CCDS11673.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	50	19	38	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.68345079	0.841725395	2	2.201530473	1.100765237	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.00E-31	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66094956	G	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	52	25	48.1	77	18	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.130894289	1.065447145	2	1.873302294	0.936651147	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-43	1	4.71E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66178467	T	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	74	36	48.6	75	21	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.153044957	1.076522479	2	2.2415583	1.12077915	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.06E-62	1	7.75E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66502912	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	85	45	52.9	70	22	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.343540705	1.171770352	2	2.513747522	0.923300508	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.74E-80	1	1.63E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66978241	G	C	ABCA9	CCDS11681.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	86	9	10.5	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.465164034	0.465164034	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	6.35E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66978794	A	G	ABCA9	CCDS11681.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	68	15	22.1	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.979059538	0.979059538	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.06E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	67518226	A	C	MAP2K6	CCDS11686.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	65	7	10.8	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.478454435	0.478454435	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	4.22E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	67871504	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	84	13	15.5	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.686670717	0.686670717	1	0.944656712	0.944656712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.49E-16	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	69542437	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	98	23	23.5	90	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.041081409	1.041081409	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.22E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	69571492	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	43	14	32.6	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.444223572	1.444223572	1	1.969369078	0.984684539	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.18E-22	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	70980780	G	A	SLC39A11	CCDS11690.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	68	30	44.1	71	25	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.953688943	0.976844471	2	2.817959006	1.035037512	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.38E-50	1	2.38E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	71518356	G	A	SDK2	CCDS45769.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	69	62	89.9	50	30	60	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	3.982690158	0.995672539	4	4.803339214	1.017103449	4.722567031	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.26E-134	1	3.98E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	71989017	C	G	-	-	-	-	-	-	13	0	0	47	43	91.5	46	26	56.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	4.053572296	1.013393074	4	4.523144427	0.957772414	4.722567031	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.99E-94	1	7.59E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	72185785	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	97	10	10.3	82	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.456303767	0.456303767	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	3	NA	8.27E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	72695486	C	T	CD300LF	CCDS11704.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	86	20	23.3	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.032221142	1.032221142	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.27E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	73296946	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	71	63	88.7	77	46	59.7	1	0	0	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	3.929528554	0.982382139	4	4.779322518	1.012017932	4.722567031	NA	NA	0	0	NA	0	6	NA	1.11E-135	1	3.92E-85	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	73632839	A	C	RECQL5	CCDS42380.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	40	7	17.5	77	8	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.77527339	0.77527339	1	0.832578797	0.832578797	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.26E-09	1	6.05E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	73685745	G	C	SAP30BP	CCDS11726.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	94	21	22.3	74	4	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.987919806	0.987919806	1	0.432300529	1.558216136	0.277432969	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.60E-28	1	0.00054411	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	74041560	A	G	SRP68	CCDS11738.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	84	16	19	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.841725395	0.841725395	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.07E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	75296043	G	A	38595	CCDS45790.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	65	22	33.8	62	22	35.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.497385176	0.748692588	2	2.841975702	1.043858854	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.36E-34	1	6.75E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	75579777	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	51	40	78.4	60	28	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	3.473224787	0.868306197	4	3.738599022	1.004306703	3.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.10E-82	1	3.31E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	75736775	C	G	-	-	-	-	-	-	16	0	0	69	16	23.2	63	8	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.027791009	1.027791009	1	1.0167068	1.0167068	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.27E-22	1	1.18E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	76169534	G	C	SYNGR2	CCDS11753.1	r.?	-	-	downstream	18	0	0	75	8	10.7	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.474024301	0.474024301	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	4.89E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77141426	C	T	ENSG00000167281	CCDS45805.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	61	13	21.3	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.943618469	0.943618469	1	1.2248515	1.2248515	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.41E-18	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77306983	G	A	ENSG00000167281	CCDS45805.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	78	35	44.9	69	24	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	1.989130012	0.994565006	2	2.785936744	1.023275722	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.28E-59	1	1.11E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77349831	G	T	ENSG00000167281	CCDS45805.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	54	26	48.1	76	24	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.130894289	1.065447145	2	2.529758653	0.929181403	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-45	1	1.75E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77365683	G	A	ENSG00000167281	CCDS45805.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	48	42	87.5	70	37	52.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	3.87636695	0.969091738	4	4.234944074	1.058736018	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.71E-90	1	6.21E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77852208	A	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	60	28	46.7	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.068872418	1.034436209	2	2.233552735	1.116776367	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.31E-48	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77883913	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	105	50	47.6	68	21	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	2.108743621	1.05437181	2	2.473719695	0.90859827	2.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.90E-85	1	7.15E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	78850521	G	A	RPTOR	CCDS11773.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	50	34	68	55	35	63.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	3.012490887	1.004163629	3	5.091539567	1.018307913	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.65E-66	1	1.33E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	80308197	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	72	7	9.7	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	8.66E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	80327607	C	T	UTS2R	CCDS11810.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	79	20	25.3	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1.91E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	80502676	C	G	FOXK2	CCDS11813.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	64	32	50	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	3.65E-56	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	81045995	C	T	METRNL	CCDS32779.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	72	64	88.9	59	38	64.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	6.24E-138	1	1.70E-72	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	81119343	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	64	16	25	78	11	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	5.94E-23	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	325283	C	T	COLEC12	CCDS32782.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	50	7	14	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.340218712	0.340218712	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.46E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	1212052	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	42	12	28.6	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-18	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	2411233	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	37	14	37.8	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.918590522	0.918590522	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.35E-23	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	6559775	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	41	17	41.5	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.008505468	1.008505468	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-28	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	6696170	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	45	40	88.9	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	1.924349882	0.962174941	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-86	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	6847893	C	T	ARHGAP28	CCDS32785.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	45	38	84.4	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-80	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	7121083	T	C	LAMA1	CCDS32787.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	53	44	83	45	22	48.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.017010936	1.008505468	2	2.312056738	1.156028369	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.41E-92	1	8.79E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	7294418	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	32	11	34.4	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.835965978	0.835965978	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.72E-18	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	7328206	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	27	23	85.2	29	18	62.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.070473876	1.035236938	2	2.936170213	1.468085106	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.05E-49	1	1.25E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	8281386	C	A	PTPRM	CCDS11840.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	41	32	78	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.895504253	0.947752126	2	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-66	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	8464273	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	30	68.2	48	29	60.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.657351154	0.828675577	2	2.855791962	1.427895981	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-58	1	1.96E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	11346255	A	C	-	-	-	-	-	-	48	0	0	41	15	36.6	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.889428919	0.889428919	1	0.775413712	0.775413712	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	1.71E-24	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	11488586	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	20	54.1	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.314702309	1.314702309	1	0.73286052	0.73286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-36	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	12139045	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	40	25	62.5	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.518833536	0.759416768	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.12E-47	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	13512397	T	C	C18orf1	CCDS32793.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	46	38	82.6	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	13703303	G	A	C18orf19	CCDS11866.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	43	7	16.3	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.396111786	0.396111786	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.15E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	14292563	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	43	37	86	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.725768322	0.862884161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	18661566	G	C	ROCK1	CCDS11870.2	r.?	-	-	intronic	35	1	2.9	28	11	39.3	47	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.955042527	0.955042527	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.70E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	18822193	A	G	GREB1L	CCDS45836.1	r.?	-	-	upstream	12	0	0	37	16	43.2	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.78E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	20402019	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	51	41	80.4	57	31	54.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953827461	0.97691373	2	2.572104019	1.286052009	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.53E-85	1	5.02E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	20904172	G	T	C18orf45	CCDS11876.2	r.?	-	-	intronic	24	0	0	42	33	78.6	42	17	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	1.73E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	21622433	G	A	TTC39C	CCDS45839.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	26	12	46.2	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12272175	1.12272175	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.21E-21	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	22042493	G	T	HRH4	CCDS11887.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	39	35	89.7	33	16	48.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	2.293144208	1.146572104	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-76	1	1.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	24992014	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	32	20	62.5	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.518833536	0.759416768	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.03E-38	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	25361525	C	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	53	19	35.8	35	6	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.869987849	0.869987849	1	0.808510638	0.808510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-30	1	2.24E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	25663085	C	A	CDH2	CCDS11891.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	33	27	81.8	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.631205674	0.815602837	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	25689164	A	G	CDH2	CCDS11891.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	44	35	79.5	46	22	47.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.260047281	1.130023641	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-72	1	1.68E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	26100864	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	35	29	82.9	37	18	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	6.16E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	26436212	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	34	5	14.7	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.357229648	0.357229648	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000771	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	27098655	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	54	46	85.2	59	25	42.4	2	0	0	0	0	NA	5	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.070473876	1.035236938	2	2.004728132	1.002364066	2	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	1.42E-97	1	7.66E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	27647894	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	31	26	83.9	45	20	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	2.68E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	27740261	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	15	39.5	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	28032745	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	50	40	80	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.90E-83	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	30760751	C	G	C18orf34	CCDS42424.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	40	13	32.5	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.789793439	0.789793439	1	0.543735225	0.543735225	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-20	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	32568198	T	C	MAPRE2	CCDS45850.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	29	25	86.2	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.094775213	1.047387606	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.94E-54	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	33342658	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	37	10	27	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.656136087	0.656136087	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.01E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	34349718	G	C	FHOD3	CCDS32816.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	26	23	88.5	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.150668287	1.075334143	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-50	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	36380807	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	35	74.5	40	15	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.810449575	0.905224787	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.43E-70	1	1.09E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	37606804	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	35	26	74.3	44	20	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	1.50E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	37837755	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	58	47	81	40	14	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	1.654846336	0.827423168	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.53E-97	1	1.25E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	37945654	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	30	81.1	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	38446700	G	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	46	21	45.7	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	1.323877069	1.323877069	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	38756987	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	39	31	79.5	44	16	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	5.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	40749335	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	49	19	38.8	65	20	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.942891859	0.942891859	1	1.456264775	0.728132388	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.12E-31	1	2.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	41078506	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	43	5	11.6	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.281895504	0.281895504	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000257	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	41440970	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	51	47	92.2	52	32	61.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2	3	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.162583232	1.054194411	3	2.907801418	1.453900709	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-103	1	2.66E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	41577095	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	86	61	70.9	61	28	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.431964763	0.810654921	3	3.088212766	1.029404255	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.18E-119	1	6.09E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	41770699	A	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	79	12	15.2	89	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.521380316	0.521380316	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	9.17E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	42337437	C	T	SETBP1	CCDS11923.2	r.?	-	-	intronic	21	0	0	61	11	18	75	13	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.617424058	0.617424058	1	1.163966903	1.163966903	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.62E-14	1	1.16E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	43120695	G	C	AC091151.1	ENST00000513717	r.?	-	-	intronic	22	0	0	57	10	17.5	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.60027339	0.60027339	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.40E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	43726787	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	69	61	88.4	64	35	54.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.032238153	1.010746051	3	3.680288416	0.920072104	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.49E-131	1	3.51E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	43736812	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	70	63	90	61	41	67.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.087120292	1.029040097	3	4.521304965	1.130326241	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-136	1	2.57E-79	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	45282131	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	71	18	25.4	63	11	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.871253949	0.871253949	1	1.177423168	1.177423168	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.22E-26	1	2.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	45316758	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	82	77	93.9	71	40	56.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.220895504	1.073631835	3	3.787938534	0.946984634	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.76E-170	1	9.91E-73	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	46049993	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	70	64	91.4	85	48	56.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.135142163	1.045047388	3	3.801394799	0.9503487	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.90E-140	1	4.88E-87	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	46539255	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	57	42	73.7	63	25	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.528008505	0.842669502	3	2.671068558	0.890356186	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.66E-84	1	6.06E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	46788551	G	C	DYM	CCDS11937.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	75	16	21.3	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.730618469	0.730618469	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.88E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	46869659	A	G	DYM	CCDS11937.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	86	80	93	62	36	58.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.190024301	1.063341434	3	3.909044917	0.977261229	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.78E-176	1	2.69E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	47294801	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	66	53	80.3	60	37	61.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.754397327	0.918132442	3	4.151257683	1.037814421	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.13E-109	1	1.52E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	47962801	A	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	64	54	84.4	82	49	59.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.895032807	0.965010936	3	4.023423168	1.005855792	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.00E-114	1	1.36E-90	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	49555367	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	68	58	85.3	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.92590401	0.975301337	3	2.926737589	0.975579196	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.60E-123	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	49746564	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	71	11	15.5	63	11	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.531670717	0.531670717	1	1.177423168	1.177423168	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.49E-14	1	2.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	50150906	T	C	DCC	CCDS11952.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	66	63	95.5	62	42	67.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.275777643	1.091925881	3	4.554945626	1.138736407	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.89E-141	1	1.90E-81	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	50185730	G	T	DCC	CCDS11952.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	69	61	88.4	67	36	53.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.032238153	1.010746051	3	3.613007092	0.903251773	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.49E-131	1	1.49E-64	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	50959581	C	A	DCC	CCDS11952.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	78	69	88.5	64	45	70.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.035668287	1.011889429	3	4.729877069	1.182469267	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.96E-148	1	2.26E-88	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	51149904	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	54	41	75.9	66	30	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.603471446	0.867823815	3	3.061300236	1.020433412	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.73E-83	1	4.31E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	52420388	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	42	73.7	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.528008505	0.842669502	3	1.867089712	1.058856294	1.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.66E-84	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	53376664	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	50	12	24	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.823232078	0.823232078	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.49E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	54048916	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	53	47	88.7	72	35	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.042528554	1.014176185	3	2.66884	0.965813459	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.58E-101	1	1.05E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	54395997	C	A	WDR7	CCDS11962.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	71	59	83.1	56	33	58.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.850441069	0.950147023	3	3.234458354	1.170502319	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.09E-123	1	3.30E-61	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	54832529	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	64	14	21.9	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.751199271	0.751199271	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.31E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	54913137	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	53	5	9.4	45	0	0	190	1	0.5	255	44	17.3	219	2	0.9	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.322432564	0.322432564	1	0	NA	0	0.593413123	0.593413123	1	0.049422963	NA	0	NA	NA	0.00000734	1.14E-52	1	0.299226148	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	18	55021331	C	T	ST8SIA3	CCDS32834.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	65	10	15.4	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.528240583	0.528240583	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.36E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	55185215	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	49	43	87.8	59	34	57.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.011657351	1.003885784	3	3.163069629	1.144667803	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.54E-92	1	1.56E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	55757898	C	T	NEDD4L	CCDS45872.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	63	19	30.2	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	1.035900365	1.035900365	1	1.032390782	1.032390782	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.48E-29	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	56893027	C	A	GRP	CCDS11971.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	59	5	8.5	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.291561361	0.291561361	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000125	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	56927220	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	53	11	20.8	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.713467801	0.713467801	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.07E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	57119715	A	G	CCBE1	CCDS32838.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	60	47	78.3	42	26	61.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.685794654	0.895264885	3	3.399201564	1.230120434	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.44E-96	1	2.30E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	60502767	A	C	PHLPP1	CCDS45881.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	52	17	32.7	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	1.121653706	1.121653706	1	1.230082634	1.230082634	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.42E-26	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	60600569	A	C	PHLPP1	CCDS45881.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	65	60	92.3	58	35	60.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.166013366	1.055337789	3	3.311338518	1.198324106	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.99E-132	1	2.29E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	61065922	G	C	VPS4B	CCDS11983.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	43	12	27.9	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.95700729	0.95700729	1	0.851173251	0.851173251	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.24E-18	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	63271506	T	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	55	15	27.3	65	17	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.936426488	0.936426488	1	1.438757366	1.438757366	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.01E-22	1	1.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	64735756	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	38	88.4	47	28	59.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.032238153	1.010746051	3	3.272898436	1.184413213	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.42E-82	1	2.37E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	64918938	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	35	87.5	55	33	60	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.00136695	1.00045565	3	3.294864197	1.192362295	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-75	1	1.36E-61	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	65455429	G	A	AC114689.1	ENST00000500778	r.?	-	-	intronic	26	0	0	62	55	88.7	68	35	51.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.042528554	1.014176185	3	2.828091769	1.023444303	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.32E-118	1	6.85E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	65465069	G	A	AC114689.1	ENST00000500778	r.?	-	-	intronic	35	0	0	56	51	91.1	53	26	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.124851762	1.041617254	3	2.696297201	0.975749811	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.66E-111	1	1.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	65721082	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	5	7.8	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.267550425	0.267550425	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000186	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	65844827	A	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	60	52	86.7	50	27	54	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.973925881	0.991308627	3	2.965377778	1.073126065	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.46E-111	1	7.20E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	66872602	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	50	45	90	59	29	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.087120292	1.029040097	3	2.701788642	0.977737082	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.88E-98	1	9.52E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	67407072	G	A	DOK6	CCDS32841.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	41	85.4	46	25	54.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.929334143	0.976444714	3	2.981852099	1.079087877	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.24E-87	1	1.87E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	67522912	A	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	52	6	11.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.394465371	0.394465371	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000261	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	68675102	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	65	20	30.8	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	1.056481166	1.056481166	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.18E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	68718888	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	68	61	89.7	48	34	70.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.076829891	1.025609964	3	3.887939753	1.406987508	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-132	1	2.62E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	69560772	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	68	17	25	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.857533414	0.857533414	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.69E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	70718970	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	13	23.6	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.809511543	0.809511543	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.46E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	70908059	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	63	16	25.4	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.871253949	0.871253949	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	71860275	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	57	48	84.2	37	20	54.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.888172539	0.96272418	3	2.970869218	1.075113336	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.06E-101	1	1.40E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	72627178	G	A	ZNF407	CCDS45885.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	51	13	25.5	50	0	0	172	0	0	244	74	30.3	190	0	0	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.874684083	0.874684083	1	0	NA	0	1.039330498	1.039330498	1	0	NA	0	NA	NA	4.87E-19	1.34E-107	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	18	72802553	G	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	47	41	87.2	57	26	45.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.991076549	0.997025516	3	2.50409679	0.906195344	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.74E-88	1	1.57E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	74261385	G	A	AC034110.2	ENST00000501504	r.?	-	-	intronic	12	0	0	51	43	84.3	64	32	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.891602673	0.963867558	3	2.745720164	0.993635245	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.96E-91	1	3.65E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	74379291	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	43	35	81.4	47	25	53.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.792128797	0.930709599	3	2.921446255	1.057227901	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-73	1	3.98E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	75158937	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	51	6	11.8	45	0	0	189	0	0	142	11	7.7	187	0	0	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.404755772	0.404755772	1	0	NA	0	0.264120292	0.264120292	1	0	NA	0	NA	NA	0.000000232	2.13E-10	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	18	75365671	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	55	50	90.9	60	30	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.117991495	1.039330498	3	2.745720164	0.993635245	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.01E-109	1	9.52E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	75649695	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	3	8.1	42	1	2.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.277840826	0.277840826	1	0.131794568	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000855237	1	0.189842622	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	75656725	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	49	41	83.7	59	27	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.871021871	0.95700729	3	2.515079671	0.910169885	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.97E-86	1	3.09E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	75945605	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	72	16	22.2	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.761489672	0.761489672	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.82E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	76168766	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	52	48	92.3	57	34	59.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.166013366	1.055337789	3	3.272898436	1.184413213	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.43E-106	1	2.76E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	76182527	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	45	41	91.1	63	29	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.124851762	1.041617254	3	2.526062551	0.914144426	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.64E-90	1	1.20E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	76410536	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	52	45	86.5	45	20	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.967065614	0.989021871	3	2.438199506	0.882348098	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.67E-96	1	2.68E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	76450272	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	57	12	21.1	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.723758202	0.723758202	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.40E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	76710624	G	C	-	-	-	-	-	-	18	0	0	47	32	68.1	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.335921021	1.16796051	2	1.773735226	1.005913479	1.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.63E-62	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	77061918	C	A	ATP9B	CCDS12014.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	51	47	92.2	74	31	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	3.162583232	1.054194411	3	2.300913498	1.150456749	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-103	1	2.52E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	77129169	C	T	ATP9B	CCDS12014.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	43	37	86	69	41	59.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	2.949914945	0.983304982	3	3.261915555	1.180438672	2.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.31E-79	1	6.65E-76	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	77676274	C	G	PQLC1	CCDS12020.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	33	10	30.3	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	1.039330498	1.039330498	1	2.289930617	1.144965309	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.14E-16	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	77866482	A	G	ADNP2	CCDS32853.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	21	4	19	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.651725395	0.651725395	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000349	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	304851	G	C	MIER2	CCDS32855.1	r.?	-	-	downstream	7	0	0	35	29	82.9	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	917831	C	T	C19orf22	CCDS12048.1	r.?	-	-	upstream	7	0	0	36	11	30.6	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.62E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	1030882	C	T	CNN2	CCDS12053.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	44	14	31.8	75	15	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.772782503	0.772782503	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.10E-22	1	5.25E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	1065204	C	A	ABCA7	CCDS12055.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	59	15	25.4	68	16	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.617253949	0.617253949	1	1.111111111	1.111111111	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.90E-22	1	1.75E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	1245392	C	G	MIDN	CCDS32864.1	r.?	-	-	upstream	9	0	0	39	17	43.6	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.059538275	1.059538275	1	0.799054374	0.799054374	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.51E-29	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	2003674	G	T	BTBD2	CCDS12078.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	29	7	24.1	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.585662211	0.585662211	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.11E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	2032578	G	T	MKNK2	CCDS12080.1	r.?	-	-	downstream	15	0	0	39	12	30.8	60	11	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748481166	0.748481166	1	0.865248227	0.865248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.43E-19	1	1.34E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	2194088	C	T	DOT1L	CCDS42460.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	38	34	89.5	67	33	49.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.174969623	1.087484812	2	2.330969267	1.165484634	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.21E-74	1	1.40E-57	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	3734341	C	T	TJP3	CCDS32873.1	r.993c>u	c.993C>T	p.A331A	silent	10	0	0	35	29	82.9	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	3998548	G	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	33	26	78.8	69	27	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	1.848699764	0.924349882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	6.80E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	4465406	C	G	-	-	-	-	-	-	9	0	0	42	16	38.1	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.25E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	5868318	C	T	FUT5	CCDS12154.1	r.?	-	-	upstream	10	0	0	32	27	84.4	37	17	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	2.170212766	1.085106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.46E-57	1	1.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	6095944	G	T	RFX2	CCDS12157.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	35	6	17.1	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.415552855	0.415552855	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.24E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	6455391	C	A	SLC25A23	CCDS32882.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	40	14	35	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85054678	0.85054678	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.25E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	6702342	T	C	C3	CCDS32883.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	43	19	44.2	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.074119077	1.074119077	1	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.36E-32	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	7178270	T	C	INSR	CCDS12176.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	15	4	26.7	22	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.648845687	0.648845687	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.000000816	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	7191017	A	G	INSR	CCDS12176.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	27	13	48.1	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.168894289	1.168894289	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.29E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	7456724	G	A	ARHGEF18	CCDS12177.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	41	33	80.5	30	16	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	2.520094563	1.260047281	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	2.08E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	12930816	G	A	-	-	-	-	-	-	7	0	0	6	6	100	33	12	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-14	1	7.86E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	13892824	G	A	C19orf53	CCDS12298.1	r.?	-	-	downstream	29	0	0	51	25	49	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.190765492	1.190765492	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.52E-44	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	13905308	A	G	ZSWIM4	CCDS32924.1	r.?	-	-	upstream	10	0	0	30	10	33.3	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	14404238	C	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	20	7	35	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85054678	0.85054678	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.72E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	16185108	C	A	TPM4	CCDS12338.1	r.?	-	-	upstream	16	0	0	35	14	40	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.28E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	16605909	C	T	C19orf44	CCDS12345.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	33	26	78.8	42	15	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	1.687943262	0.843971631	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	17255982	A	G	MYO9B	CCDS46010.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	29	12	41.4	38	11	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.006075334	1.006075334	1	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.17E-20	1	5.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	18971731	G	T	UPF1	CCDS12386.1	r.2672g>u	c.2397G>T	p.Q799H	missense	11	0	0	41	35	85.4	56	18	32.1	17	0	0	5	5	100	4	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.517730496	0.758865248	2	2.430133657	1.215066829	2	0	0	1	6	8	1.27E-74	3.13E-12	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	20133742	C	A	ZNF682	CCDS42533.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	27	11	40.7	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.989064399	0.989064399	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.92E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	20157927	C	T	ZNF90	ENST00000427401	r.?	-	-	intronic	11	0	0	35	26	74.3	43	25	58.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	2.747044917	1.373522459	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	1.66E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	21379202	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	32	26	81.2	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-54	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	21734720	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	29	9	31	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-14	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	22414541	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	31	79.5	63	28	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	1.98E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	22695842	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	33	26	78.8	53	20	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	1.78250591	0.891252955	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	1.65E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	22746421	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	13	39.4	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.957472661	0.957472661	1	0.827423168	0.827423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.37E-22	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	22769055	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	32	21	65.6	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.594167679	0.79708384	2	2.250591017	1.125295508	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.84E-41	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	22912269	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	29	13	44.8	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.088699878	1.088699878	1	0.964539007	0.964539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.69E-23	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	23145003	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	45	34	75.6	40	15	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.60E-69	1	1.09E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	23641269	T	A	ENSG00000235694	ENST00000439808	r.?	-	-	intronic	46	0	0	30	24	80	44	25	56.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.685579196	1.342789598	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.44E-50	1	3.83E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	23641661	G	T	ENSG00000235694	ENST00000439808	r.?	-	-	intronic	33	0	0	36	29	80.6	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	23651554	C	T	ENSG00000235694	ENST00000439808	r.?	-	-	upstream	20	0	0	39	5	12.8	29	5	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.311057108	0.311057108	1	0.813238771	0.813238771	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.00000156	1	0.000000336	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28270453	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	69	21	30.4	92	47	51.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	0.738760632	0.738760632	1	6.091222517	1.015203753	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.02E-31	1	2.29E-82	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28270964	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	56	19	33.9	117	58	49.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	0.82381531	0.82381531	1	5.912419508	0.985403251	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.79E-30	1	3.16E-100	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28271201	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	10	21.3	101	48	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	0.517618469	0.517618469	1	5.662095295	0.943682549	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.27E-14	1	4.86E-82	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28272279	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	66	28	42.4	85	53	62.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	1.030376671	1.030376671	1	7.438205187	1.03422339	7.192068233	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.06E-46	1	2.38E-99	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28272900	C	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	56	15	26.8	95	53	55.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	0.65127582	0.65127582	1	6.651471946	0.950210278	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.09E-22	1	1.55E-95	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28273373	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	54	21	38.9	108	61	56.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	9.192068233	2	7	0	0	1	-1.192068233	NA	8	NA	0	NA	2.192068233	0.945321993	0.945321993	1	6.734913351	0.962130479	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.12E-34	1	3.47E-110	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28799449	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	33	12	36.4	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1.676344037	2	1	0	0	1	0.323655963	NA	2	NA	0	NA	0.676344037	0.884568651	0.884568651	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.86E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28876157	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	38	92.7	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.676344037	2	1	0	0	1	0.323655963	NA	2	NA	0	NA	0.676344037	2.2527339	1.12636695	2	1.440263791	1.440263791	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.82E-84	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	28994368	G	T	AC005307.1	ENST00000511462	r.?	-	-	intronic	36	0	0	44	11	25	99	8	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.544978723	0.544978723	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.22E-16	1	4.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29100614	C	A	AC005307.1	ENST00000511462	r.?	-	-	intronic	32	0	0	46	35	76.1	36	12	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.849331713	0.924665857	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.68E-71	1	2.73E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29223992	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	61	19	31.1	113	18	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.999771567	0.999885784	2	3.034387075	1.011462358	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.64E-29	1	8.20E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29278397	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	94	19	20.2	204	62	30.4	177	0	0	254	46	18.1	984	92	9.3	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.298886999	1.298886999	1	5.801595414	1.02793413	5.643936945	1.163854192	1.163854192	1	1.774830176	1.079621807	1.643936945	6	8	4.81E-25	5.07E-56	1.68E-90	5.47E-83	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	29278483	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	92	21	22.8	167	50	29.9	54	0	0	105	15	14.3	398	32	8	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.466070474	0.733035237	2	5.706174437	1.011027319	5.643936945	0.919509113	0.919509113	1	1.526735635	0.928706931	1.643936945	6	8	9.72E-29	1.11E-17	6.22E-73	6.53E-28	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	29288138	A	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	101	13	12.9	217	0	0	276	2	0.7	625	75	12	618	2	0.3	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.829487242	0.829487242	1	0	0	1	0.771616039	0.771616039	1	0.057252586	0.057252586	1	5	7	6.62E-15	3.37E-76	1	0.814632804	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	29470770	T	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	130	21	16.2	207	14	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.041681652	1.041681652	1	1.29772529	1.29772529	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.48E-25	1	4.81E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29543366	A	C	-	-	-	-	-	-	9	0	0	86	10	11.6	147	22	15	0	0	NA	4	2	50	3	0	0	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.745895504	0.745895504	1	2.862629316	0.954209772	3	3.215066829	3.215066829	1	0	0	1	6	8	2.45E-11	0.000149002	1.07E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29610061	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	100	26	26	171	17	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.671834751	0.835917375	2	1.889335349	0.944667674	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.29E-37	1	4.16E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29649387	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	124	116	93.5	184	152	82.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	6.01217497	1.002029162	6	15.76354544	1.007645677	15.64393695	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.27E-255	1	9.64585032082488e-315	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29760734	G	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	58	8	13.8	169	29	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.887358445	0.887358445	1	3.282481616	1.094160539	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.99E-10	1	3.39E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29770659	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	104	14	13.5	188	21	11.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.868068044	0.868068044	1	2.13742989	1.068714945	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.19E-16	1	7.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30099991	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	115	12	10.4	213	48	22.5	69	0	0	175	24	13.7	208	15	7.2	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.6687339	0.6687339	1	4.293943975	1.073485994	4	0.880928311	0.880928311	1	1.374062072	1.374062072	1	6	8	9.35E-13	6.06E-27	2.37E-63	3.32E-13	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30100014	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	125	12	9.6	206	39	18.9	69	0	0	167	23	13.8	184	15	8.2	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.617292831	0.617292831	1	3.606912939	0.989839559	3.643936945	0.887358445	0.887358445	1	1.564904026	1.564904026	1	6	8	2.55E-12	6.26E-26	1.47E-48	5.51E-14	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30100291	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	137	23	16.8	207	43	20.8	1	0	0	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.080262454	1.080262454	1	3.969512652	0.992378163	4	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	5.26E-28	1	2.97E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30100589	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	130	18	13.8	221	45	20.4	94	0	0	124	18	14.5	134	10	7.5	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.887358445	0.887358445	1	3.89317587	0.973293968	4	0.93236938	0.93236938	1	1.431314658	1.431314658	1	6	8	1.15E-20	4.73E-21	2.56E-57	2.03E-09	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30100666	C	A	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	101	16	15.8	207	38	18.4	90	0	0	114	22	19.3	132	20	15.2	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.015961118	1.015961118	1	3.511491961	0.963653327	3.643936945	1.241015796	1.241015796	1	2.900797707	0.966932569	3	6	8	1.63E-19	2.79E-28	8.28E-47	1.30E-23	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30101190	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	119	22	18.5	203	44	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.189574727	1.189574727	1	4.141270411	1.035317603	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.72E-28	1	2.16E-57	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30101748	C	T	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	104	16	15.4	187	26	13.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.990240583	0.990240583	1	2.652703166	1.003315594	2.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.67E-19	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30182339	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	123	17	13.8	163	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.887358445	0.887358445	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.38E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30272697	A	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	115	15	13	258	7	2.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.835917375	0.835917375	1	0.515273277	1.447140528	0.356063055	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.57E-17	1	0.000365209	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30323625	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	126	26	20.6	198	65	32.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.324607533	1.324607533	1	6.259616105	1.043269351	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.80E-34	1	2.27E-97	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30324540	C	G	-	-	-	-	-	-	13	0	0	110	31	28.2	202	74	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.813297691	0.906648846	2	6.984815532	0.99783079	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.85E-45	1	7.06E-115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30325070	C	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	125	42	33.6	213	81	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.160524909	1.080262454	2	7.251994268	1.035999181	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.14E-64	1	3.35E-127	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30325433	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	137	41	29.9	209	69	33	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.922609964	0.961304982	2	6.297784496	1.049630749	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.30E-60	1	1.86E-103	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30325734	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	96	37	38.5	220	76	34.5	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.475601458	0.825200486	3	6.584047428	0.990985839	6.643936945	NA	NA	0	19.08419544	1.192762215	16	6	NA	2.83E-59	1	1.42E-115	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30326178	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	141	42	29.8	203	73	36	58	0	0	167	66	39.5	388	108	27.8	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.91617983	0.958089915	2	6.870310359	0.981472908	7	2.539902795	0.846634265	3	5.305406333	0.940018711	5.643936945	6	8	2.03E-61	2.41E-105	1.25E-112	1.56E-151	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30326179	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	139	43	30.9	202	74	36.6	59	0	0	172	69	40.1	396	111	28	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.9869113	0.99345565	2	6.984815532	0.99783079	7	2.578483597	0.859494532	3	5.343574724	0.946781436	5.643936945	6	8	1.14E-63	1.28E-110	7.06E-115	4.42E-156	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30326220	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	140	47	33.6	217	80	36.9	84	0	0	272	113	41.5	607	185	30.5	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.160524909	1.080262454	2	7.042068118	1.006009731	7	2.668505468	0.889501823	3	5.82067961	0.970113268	6	6	8	2.03E-71	3.26E-182	2.54E-124	1.07E-266	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30326411	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	130	36	27.7	249	84	33.7	108	0	0	386	156	40.4	962	305	31.7	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.781147023	0.890573512	2	6.431373864	0.968006457	6.643936945	2.597773998	0.865924666	3	6.049689955	1.008281659	6	6	8	1.47E-51	1.80E-248	1.64E-126	0	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30326895	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	113	41	36.3	220	90	40.9	81	0	0	326	113	34.7	763	205	26.9	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.334138518	1.167069259	2	7.805435936	1.021127724	7.643936945	2.231256379	1.11562819	2	5.133648574	1.026729715	5	6	8	3.48E-64	3.60E-171	1.01E-144	2.68E-282	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30326896	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	114	41	36	224	89	39.7	81	0	0	329	114	34.7	769	207	26.9	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.314848117	1.157424058	2	7.576425591	0.991167986	7.643936945	2.231256379	1.11562819	2	5.133648574	1.026729715	5	6	8	5.41E-64	1.20E-172	1.04E-141	3.16E-285	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30327003	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	99	37	37.4	196	86	43.9	123	0	0	387	124	32	987	310	31.4	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.404869988	0.801623329	3	8.377961799	0.96922986	8.643936945	2.05764277	1.028821385	2	5.992437369	0.998739561	6	6	8	1.16E-58	1.42E-182	9.89E-142	0	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30327033	C	T	-	-	-	-	-	-	20	1	5	118	48	40.7	205	83	40.5	142	0	0	420	136	32.4	1093	340	31.1	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.617064399	0.8723548	3	7.729099154	1.011141145	7.643936945	2.083363305	1.041681652	2	5.935184783	0.989197464	6	6	8	7.94E-78	8.43E-201	3.94E-133	0	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30327039	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	124	51	41.1	206	84	40.8	144	0	0	411	133	32.4	1083	338	31.2	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.642784933	0.880928311	3	7.78635174	1.018631079	7.643936945	2.083363305	1.041681652	2	5.954268978	0.992378163	6	6	8	6.74E-83	2.28E-196	4.83E-135	0	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30327046	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	131	56	42.7	213	89	41.8	144	0	0	402	128	31.8	1084	337	31.1	TRUE	TRUE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	2.745667072	0.915222357	3	7.977193695	0.997149212	8	2.044782503	1.022391252	2	5.935184783	0.989197464	6	6	8	4.61E-92	5.48E-188	3.54E-144	0	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	30385682	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	125	12	9.6	250	42	16.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.617292831	0.617292831	1	3.206144834	1.068714945	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.55E-12	1	7.84E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30396825	G	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	112	24	21.4	177	53	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.376048603	1.376048603	1	5.706174437	1.011027319	5.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.70E-32	1	3.28E-77	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30457446	C	A	C19orf2	CCDS12420.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	169	13	7.7	222	22	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.495120292	0.495120292	1	1.889335349	0.944667674	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.43E-12	1	1.16E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30638872	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	89	23	25.8	121	40	33.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.626974484	0.626974484	1	6.316868691	0.950771921	6.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.02E-32	1	1.05E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30805947	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	69	30	43.5	143	14	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	1.057108141	1.057108141	1	1.870251153	0.935125577	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-50	1	2.97E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30824544	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	85	30	35.3	175	17	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.857837181	0.857837181	1	1.851166958	0.925583479	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.97E-47	1	6.17E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30900235	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	81	25	30.9	154	54	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.7509113	0.7509113	1	6.6985526	1.008220375	6.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-37	1	4.87E-83	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30900628	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	92	23	25	119	43	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.607533414	0.607533414	1	6.889394555	0.984199222	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.41E-32	1	3.83E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30900769	C	G	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	104	29	27.9	146	45	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.67800729	0.67800729	1	5.877932196	0.979655366	6	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.08E-42	1	1.81E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30902484	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	95	29	30.5	159	44	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.741190765	0.741190765	1	5.286322138	1.057264428	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.90E-43	1	1.23E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30907048	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	60	17	28.3	148	50	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.687727825	0.687727825	1	6.45045806	0.97087888	6.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.41E-25	1	4.89E-76	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30907077	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	66	20	30.3	132	40	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.736330498	0.736330498	1	5.782511219	1.024552768	5.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.11E-30	1	6.39E-59	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30907103	C	A	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	75	23	30.7	137	35	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.746051033	0.746051033	1	4.866469838	0.973293968	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.10E-34	1	8.93E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30907121	C	G	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	80	26	32.5	128	25	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.789793439	0.789793439	1	3.721418111	1.021263037	3.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.83E-40	1	4.56E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30910109	C	T	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	81	21	25.9	157	47	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16.35606305	2	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.629404617	0.629404617	1	5.706174437	1.011027319	5.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.88E-30	1	1.18E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30974974	C	A	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	76	20	26.3	142	37	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	NA	2	NA	0	NA	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.639125152	0.639125152	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	7.96E-29	1	7.89E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	31044157	A	C	ZNF536	CCDS32984.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	34	30	88.2	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.143377886	1.071688943	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-65	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	31354395	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	35	30	85.7	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-64	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	31599187	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	35	26	74.3	40	19	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	2.245862884	1.122931442	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	2.27E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	31795655	T	C	TSHZ3	CCDS12421.2	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	35	87.5	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.87E-75	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	32025840	C	A	ENSG00000232700	ENST00000441786	r.?	-	-	intronic	13	0	0	21	18	85.7	37	11	29.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.404255319	1.404255319	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.00E-39	1	3.70E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	32108420	C	G	ENSG00000232700	ENST00000441786	r.?	-	-	intronic	16	0	0	35	8	22.9	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.556500608	0.556500608	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.15E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	32316023	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	13	39.4	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.957472661	0.957472661	1	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.37E-22	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	33031135	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	33	28	84.8	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	36925058	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	37	34	91.9	40	21	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.233292831	1.116646416	2	2.482269504	1.241134752	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.46E-75	1	5.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	37896459	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	33	78.6	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	38724015	G	T	DPF1	CCDS46065.1	r.?	-	-	upstream	14	0	0	30	25	83.3	29	10	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.631205674	1.631205674	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.15E-53	1	1.79E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	39743318	G	A	ENSG00000213926	ENST00000396851	r.?	-	-	downstream	23	0	0	59	20	33.9	90	33	36.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.82381531	0.82381531	1	1.735224586	0.867612293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.21E-31	1	3.72E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	40791353	A	G	AKT2	CCDS12552.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	52	11	21.2	115	20	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	13.30355788	2	13	0	0	1	0.696442119	NA	13	NA	1	NA	0.303557881	0.515188335	0.515188335	1	2.789514107	1.03451659	2.696442119	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-15	1	7.05E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	42196191	T	A	CEACAM7	CCDS12583.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	43	37	86	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	2.089914945	1.044957473	2	2.353446967	1.176723483	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	42633905	C	T	POU2F2	CCDS33035.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	38	12	31.6	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	0.767922236	0.767922236	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.86E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	43322423	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	34	29	85.3	53	22	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	2.07290401	1.036452005	2	1.993225492	0.996612746	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	9.50E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	43594389	G	C	PSG1	ENST00000449000	r.?	-	-	intronic	43	0	0	35	14	40	51	15	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	0.972053463	0.972053463	1	1.41206818	1.41206818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.28E-23	1	8.22E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	43596885	A	T	PSG1	ENST00000449000	r.?	-	-	intronic	37	0	0	39	8	20.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	0.4981774	0.4981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.09E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	43744255	G	T	PSG9	ENST00000433626	r.?	-	-	intronic	35	0	0	46	26	56.5	52	21	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	1.373025516	0.686512758	2	1.940393009	1.00790244	1.925179395	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-48	1	7.89E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45861252	G	C	ERCC2	CCDS33049.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	80	17	21.2	120	19	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.515188335	0.515188335	1	2.959044917	0.986348306	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.75E-23	1	6.88E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46063655	C	T	OPA3	CCDS12668.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	34	31	91.2	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.216281896	1.108140948	2	9.139328605	1.015480956	9	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.75E-68	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46355918	C	A	SYMPK	CCDS12676.2	r.?	-	-	intronic	25	0	0	122	86	70.5	239	198	82.8	11	0	0	14	8	57.1	37	29	78.4	TRUE	TRUE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.713244228	0.856622114	2	15.50689362	1.033792908	15	1.387606318	1.387606318	1	14.68285579	0.978857053	15	6	8	1.18E-167	1.14E-15	0	6.92E-60	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46789974	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	73	32	43.8	125	65	52	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	1.064398542	1.064398542	1	3.18122643	1.06040881	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.69E-54	1	5.53E-114	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	47598792	C	T	ZC3H4	CCDS42582.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	39	34	87.2	40	21	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	2.119076549	1.059538275	2	3.211815145	1.070605048	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	5.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	47622927	C	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	41	19	46.3	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	1.125151883	1.125151883	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.20E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	47654631	C	T	SAE1	ENST00000414294	r.?	-	-	intronic	28	0	0	41	38	92.7	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	2.2527339	1.12636695	2	2.398155308	0.918696438	2.610389254	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.82E-84	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	48061787	C	A	ZNF541	CCDS46133.1	r.?	-	-	upstream	8	1	12.5	45	35	77.8	50	29	58	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	1.890643985	0.945321993	2	3.548291018	1.182763673	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.84E-72	1	1.13E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	48649805	C	T	LIG1	CCDS12711.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	24	7	29.2	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	0.709599028	0.709599028	1	0.954367929	0.954367929	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.51E-11	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	49396616	G	T	TULP2	CCDS12739.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	25	12	48	37	7	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	1.166464156	1.166464156	1	1.156253452	1.156253452	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-21	1	7.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50128183	C	T	PRR12	CCDS46143.1	r.5804c>u	c.5804C>T	p.P1935L	missense	9	0	0	31	10	32.3	38	0	0	16	0	0	29	9	31	20	0	0	TRUE	TRUE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	0.784933171	0.784933171	1	0	0	1	0.753341434	0.753341434	1	0	0	1	5	7	3.94E-16	1.79E-14	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50323603	C	A	MED25	CCDS33075.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	19	39.6	28	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	0.962332928	0.962332928	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.92E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50856421	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	56	11	19.6	137	50	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	8.480351243	2	8	0	0	1	0.519648757	NA	8	NA	1	NA	0.480351243	0.476306197	0.476306197	1	4.091096525	1.022774131	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.91E-15	1	4.53E-78	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50907288	T	C	POLD1	CCDS12795.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	54	7	13	83	24	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	8.480351243	2	8	0	0	1	0.519648757	NA	8	NA	1	NA	0.480351243	0.315917375	0.315917375	1	3.239251769	0.920333815	3.519648757	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1.13E-08	1	2.06E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50986673	T	G	C19orf63	CCDS42594.1	r.?	-	-	downstream	16	0	0	45	40	88.9	88	65	73.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	8.480351243	2	8	0	0	1	0.519648757	NA	8	NA	1	NA	0.480351243	2.160388821	1.080194411	2	8.283069403	1.035383675	8	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.08E-86	1	2.10E-129	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	51805544	G	T	-	-	-	-	-	-	46	0	0	51	48	94.1	51	23	45.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	2.286755772	1.143377886	2	2.180853077	1.090426538	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.29E-107	1	2.05E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	52361482	C	G	ZNF577	ENST00000412216	r.?	-	-	intronic	41	0	0	36	12	33.3	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.73E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	52617891	G	T	ZNF616	CCDS33090.1	r.2809c>a	c.?	p.?	3'UTR variant	31	0	0	37	30	81.1	31	13	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	1.970838396	0.985419198	2	2.026114056	1.013057028	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	2.32E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	53050572	A	G	ZNF808	CCDS46167.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	48	37	77.1	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	1.87363305	0.936816525	2	1.764991958	0.932605831	1.892537983	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	53677581	T	C	ZNF28	CCDS33093.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	46	39	84.8	40	16	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	2.060753341	1.030376671	2	1.934237762	1.022033787	1.892537983	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	8.56E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	54500288	G	T	CACNG6	CCDS12870.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	33	32	97	49	24	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	2.357229648	1.178614824	2	2.369441258	1.184720629	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.65E-73	1	3.34E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	54709649	G	C	RPS9	CCDS12884.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	48	23	47.9	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	1.164034022	1.164034022	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.27E-40	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	55306146	T	C	KIR2DL4	ENST00000396284	r.?	-	-	intronic	41	0	0	40	33	82.5	58	31	53.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	2.004860267	1.002430134	2	2.582207412	1.291103706	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	1.07E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	56058116	C	A	ENSG00000231274	ENST00000429736	r.?	-	-	upstream	11	0	0	42	32	76.2	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	1.851761847	0.925880923	2	2.026114056	1.013057028	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	57183826	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	37	15	40.5	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0.984204131	0.984204131	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.58E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	57652380	C	A	ZIM3	CCDS33125.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	46	16	34.8	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	857324	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	36	18	50	37	9	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.715066829	0.857533414	2	1.319374519	1.319374519	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.18E-32	1	2.14E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	1012575	G	A	SNTG2	CCDS46220.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	55	11	20	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.686026731	0.686026731	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.77E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	1560388	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	43	14	32.6	68	13	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.118223572	1.118223572	1	1.037039231	1.037039231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.18E-22	1	2.96E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	1863247	A	G	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	41	26	63.4	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.174704739	1.087352369	2	2.209816581	1.298828304	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.79E-50	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2020111	G	T	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	50	24	48	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.646464156	0.823232078	2	1.998065115	1.174370555	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.39E-42	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2108035	G	A	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	58	17	29.3	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.005029162	1.005029162	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.24E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2189345	C	T	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	23	5	21.7	36	3	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.744339004	0.744339004	1	0.450650556	0.450650556	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.75E-08	1	0.000788827	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2294094	C	T	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	56	31	55.4	60	23	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.900294046	0.950147023	2	2.079507986	1.22223892	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.30E-56	1	2.33E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2449972	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	38	12	31.6	53	8	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.083922236	1.083922236	1	0.81985824	0.81985824	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.86E-19	1	2.83E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2657396	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	53	18	34	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.166245443	1.166245443	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.09E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2734187	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	48	21	43.8	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.502398542	0.751199271	2	1.009891607	1.009891607	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.35E-36	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	2798286	T	C	-	-	-	-	-	-	13	0	0	45	24	53.3	52	15	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.828261239	0.91413062	2	1.563703133	0.919072608	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.03E-43	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	3193078	G	C	TSSC1	CCDS1651.1	r.1384c>g	c.?	p.?	3'UTR variant	18	0	0	57	36	63.2	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.167844471	1.083922236	2	2.150091808	1.263724837	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.80E-68	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	3643125	C	T	COLEC11	CCDS1650.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	41	10	24.4	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.836952612	0.836952612	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.51E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	3935596	C	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	67	23	34.3	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.176535844	1.176535844	1	0.863294438	0.863294438	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.12E-36	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	3971259	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	36	12	33.3	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0.776422042	0.776422042	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.73E-19	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	4061613	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	24	63.2	58	16	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.167844471	1.083922236	2	1.498548836	1.498548836	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.39E-46	1	1.00E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	5295744	T	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	58	38	65.5	58	16	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.246737546	1.123368773	2	1.498548836	1.498548836	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.09E-73	1	1.00E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	5600060	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	64	36	56.2	42	12	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.927735115	0.963867558	2	1.552844084	1.552844084	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.42E-65	1	2.35E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	5693567	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	58	32	55.2	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.893433779	0.946716889	2	1.536555509	0.903116487	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.55E-58	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	6425604	T	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	52	14	26.9	63	0	0	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.922705954	0.922705954	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.04E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	6505490	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	86	25	29.1	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.998168894	0.998168894	1	0.80899919	0.80899919	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.84E-37	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	7259816	A	T	ENSG00000234603	ENST00000441133	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	26	63.4	54	14	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.174704739	1.087352369	2	1.406246915	1.406246915	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.79E-50	1	1.64E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	7671186	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	15	31.2	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.070201701	1.070201701	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.86E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	8508410	C	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	55	31	56.4	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.934595383	0.967297691	2	1.916622243	1.12650219	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-56	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	9401597	G	A	ASAP2	CCDS1661.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	44	12	27.3	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.936426488	0.936426488	1	1.05875733	1.05875733	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.44E-18	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	9652745	A	G	ADAM17	CCDS1665.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	59	17	28.8	40	6	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.987878493	0.987878493	1	0.814428715	0.814428715	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-25	1	5.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	10399217	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	50	13	26	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.891834751	0.891834751	1	0.857864913	0.857864913	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.65E-19	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	10673013	A	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	47	19	40.4	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.385773998	1.385773998	1	0.999032557	0.999032557	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-31	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	11225351	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	54	27	50	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.715066829	0.857533414	2	1.840608896	1.08182505	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.27E-47	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	13047480	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	21	56.8	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.948315917	0.974157959	2	1.085904954	1.085904954	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.69E-39	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	13587756	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	59	17	28.8	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.987878493	0.987878493	1	0.961025884	0.961025884	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-25	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	14013505	A	G	-	-	-	-	-	-	50	0	0	60	43	71.7	53	15	28.3	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.459405832	1.229702916	2	1.536555509	0.903116487	1.701392381	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	4.05E-85	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	14410791	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	55	35	63.6	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.181565006	1.090782503	2	1.737447926	1.021191787	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-66	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	14713426	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	59	17	28.8	55	10	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.987878493	0.987878493	1	0.988173508	0.988173508	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-25	1	2.33E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	15198078	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	50	12	24	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.823232078	0.823232078	1	0.836146814	0.836146814	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.49E-17	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	15346280	G	C	NBAS	CCDS1685.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	41	4	9.8	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.336153098	0.336153098	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000546	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	15576302	A	C	NBAS	CCDS1685.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	46	8	17.4	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.596843256	0.596843256	1	0.483227704	0.688954881	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.61E-11	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	16674179	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	68	20	29.4	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.008459295	1.008459295	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.23E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	17988043	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	57	12	21.1	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.723758202	0.723758202	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.40E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	18142084	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	56	27	48.2	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.653324423	0.826662211	2	1.324804043	1.324804043	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.78E-47	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	19235221	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	72	22	30.6	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.049620899	1.049620899	1	1.221643073	1.221643073	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.36E-33	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	19872475	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	86	58	67.4	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.311910085	1.155955043	2	2.242393729	1.31797565	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.02E-111	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	20486124	T	A	PUM2	CCDS1698.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	66	34	51.5	66	24	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.766518834	0.883259417	2	1.976347016	1.161605658	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.49E-60	1	3.04E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	20996735	G	A	C2orf43	CCDS1702.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	69	25	36.2	71	12	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.241708384	1.241708384	1	0.917589686	0.917589686	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.00E-39	1	2.38E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	21425998	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	50	16	32	55	9	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.09764277	1.09764277	1	0.890442062	0.890442062	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-25	1	1.01E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	21763157	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	56	16	28.6	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.981018226	0.981018226	1	1.037039231	1.037039231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.26E-24	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	21837000	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	55	35	63.6	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.181565006	1.090782503	2	1.28679737	1.28679737	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-66	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22021503	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	49	6	12.2	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.418476306	0.418476306	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000182	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22180121	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	47	24	51.1	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.752798299	0.876399149	2	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.60E-43	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22180392	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	63	21	33.3	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0.868723963	0.868723963	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-32	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22217889	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	21	44.7	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.533269745	0.766634872	2	1.281367845	1.281367845	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.29E-36	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22472299	T	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	64	33	51.6	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.769948967	0.884974484	2	1.840608896	1.08182505	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.78E-58	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22562788	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	56	10	17.9	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.613993925	0.613993925	1	0.776422042	0.776422042	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.82E-13	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22688417	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	62	17	27.4	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.939856622	0.939856622	1	1.335663093	1.335663093	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.56E-25	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	22877484	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	60	15	25	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.760133468	0.760133468	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-21	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	23426098	A	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	48	12	25	44	4	9.1	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.494086754	0.494086754	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	1.44E-17	1	0.0000723	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	23774491	A	G	KLHL29	ENST00000486442	r.?	-	-	intronic	37	0	0	58	31	53.4	58	21	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.831691373	0.915845687	2	1.965487966	1.155223209	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.07E-55	1	1.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	24908246	C	T	NCOA1	CCDS1713.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	63	14	22.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.761489672	0.761489672	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.81E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	25323278	C	T	EFR3B	CCDS46231.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	49	7	14.3	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.490509113	0.490509113	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.58E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	25607257	C	T	DTNB	CCDS46237.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	61	34	55.7	51	15	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.910584447	0.955292224	2	1.596280282	0.938219954	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.06E-62	1	8.22E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	25810920	G	A	DTNB	CCDS46237.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	52	17	32.7	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.121653706	1.121653706	1	1.134770677	1.134770677	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.42E-26	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27203224	G	A	MAPRE3	CCDS1731.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	50	30	60	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.058080194	1.029040097	2	1.183636399	1.183636399	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.98E-56	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27406049	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	50	9	18	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.617424058	0.617424058	1	0.776422042	0.776422042	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.07E-12	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27417534	C	T	SLC5A6	CCDS1740.1	r.?	-	-	downstream	18	0	0	47	16	34	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.166245443	1.166245443	1	1.324804043	1.324804043	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.98E-25	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27517147	C	T	TRIM54	CCDS1745.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	54	17	31.5	46	4	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.080492102	1.080492102	1	0.472368655	0.472368655	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.02E-26	1	0.0000862	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27520786	C	T	TRIM54	CCDS1745.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	44	15	34.1	40	10	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.169675577	1.169675577	1	1.357381192	1.357381192	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.12E-24	1	7.22E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	27634360	G	A	PPM1G	CCDS1752.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	50	19	38	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.30345079	1.30345079	1	0.602677249	0.602677249	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.00E-31	1	0.000000329	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	28046366	C	T	RBKS	CCDS1762.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	48	33	68.8	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.359931956	1.179965978	2	1.569132658	1.569132658	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-64	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	28065196	C	T	RBKS	CCDS1762.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	53	26	49.1	53	23	43.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.684195626	0.842097813	2	2.356413749	1.384991361	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.27E-45	1	6.43E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	28427491	C	T	BRE	CCDS1764.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	62	21	33.9	65	15	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.16281531	1.16281531	1	1.254220221	1.254220221	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.22E-33	1	5.00E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	28924855	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	48	12	25	46	7	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.825287765	0.825287765	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.44E-17	1	3.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	29631095	C	T	ALK	CCDS33172.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	51	10	19.6	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.672306197	0.672306197	1	1.422535489	1.422535489	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.04E-13	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	30797013	A	T	LCLAT1	CCDS1772.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	55	16	29.1	56	10	17.9	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.998168894	0.998168894	1	0.971884934	0.971884934	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.78E-24	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	31058186	A	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	66	18	27.3	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.936426488	0.936426488	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.08E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	31528234	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	60	18	30	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.029040097	1.029040097	1	1.145629726	1.145629726	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.89E-27	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	31956193	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	60	38	63.3	40	14	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.171274605	1.085637303	2	1.900333669	1.116928517	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.62E-72	1	1.25E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	32484403	C	T	NLRC4	CCDS33174.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	28	11	39.3	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.348042527	1.348042527	1	1.221643073	1.221643073	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.70E-19	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	33599132	G	A	LTBP1	CCDS33177.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	52	29	55.8	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.914014581	0.95700729	2	1.998065115	1.174370555	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.88E-53	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	34016010	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	59	33	55.9	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.917444714	0.958722357	2	2.074078461	1.219047696	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-60	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	34697611	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	43	17	39.5	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.354902795	1.354902795	1	1.085904954	1.085904954	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.84E-28	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	34865805	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	31	9	29	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.994738761	0.994738761	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.57E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	35176374	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	50	16	32	48	4	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.09764277	1.09764277	1	0.450650556	0.450650556	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-25	1	0.000102016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	35187358	G	A	-	-	-	-	-	-	50	0	0	54	19	35.2	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.207407047	1.207407047	1	0.510375328	0.510375328	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.97E-30	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	35537896	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	53	14	26.4	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.905555286	0.905555286	1	0.857864913	0.857864913	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.22E-20	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	37553330	T	C	PRKD3	ENST00000443187	r.?	-	-	upstream	27	0	0	71	41	57.7	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.97918712	0.98959356	2	1.748306975	1.027574236	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.76E-75	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38377565	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	72	26	36.1	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.23827825	1.23827825	1	1.129341152	1.129341152	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.29E-41	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38498414	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	57	21	36.8	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.262289186	1.262289186	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.56E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38641084	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	55	27	49.1	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.684195626	0.842097813	2	1.579991708	0.928646281	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.49E-47	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38686629	C	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	77	16	20.8	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.713467801	0.713467801	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.56E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38708587	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	76	35	46.1	69	15	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.581291616	0.790645808	2	1.178206875	1.178206875	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.30E-59	1	1.34E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	39404110	C	G	CDKL4	CCDS33184.1	r.?	-	-	downstream	20	0	0	55	20	36.4	51	7	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.248568651	1.248568651	1	0.743844893	0.743844893	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.08E-32	1	7.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	39893769	G	A	TMEM178	CCDS1804.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	42	21	50	53	17	32.1	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.715066829	0.857533414	2	1.742877451	1.024383012	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.32E-37	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40061072	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	52	16	30.8	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.056481166	1.056481166	1	0.906730636	0.906730636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-24	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40215440	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	48	24	50	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.715066829	0.857533414	2	1.737447926	1.021191787	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.71E-42	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40270410	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	73	23	31.5	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.080492102	1.080492102	1	0.760133468	0.760133468	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.33E-35	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40420999	A	C	SLC8A1	CCDS1806.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	44	12	27.3	46	5	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.936426488	0.936426488	1	0.5918182	0.5918182	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.44E-18	1	0.00000361	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40478266	C	T	SLC8A1	CCDS1806.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	51	32	62.7	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.150693803	1.075346902	2	1.433394539	1.433394539	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-60	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	40775322	C	T	SLC8A1	CCDS46264.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	29	8	27.6	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.946716889	0.946716889	1	0.46693913	0.665731683	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.53E-12	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	41145818	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	46	14	30.4	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.042760632	1.042760632	1	0.890442062	0.890442062	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-21	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	41529863	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	52	36	69.2	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.373652491	1.186826245	2	1.41167644	1.41167644	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-70	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	41534126	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	52	28	53.8	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.845411908	0.922705954	2	1.254220221	1.254220221	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.41E-50	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	41951457	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	82	45	54.9	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.883143378	0.941571689	2	1.579991708	0.928646281	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.84E-81	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	42848940	C	A	MTA3	CCDS46267.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	43	31	72.1	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.473126367	1.236563183	2	1.737447926	1.021191787	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.74E-62	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	43457038	C	T	THADA	CCDS46268.1	r.?	-	-	downstream	16	0	0	46	26	56.5	55	10	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.938025516	0.969012758	2	0.988173508	0.988173508	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.59E-48	1	2.33E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	44698721	A	G	C2orf34	CCDS1820.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	53	20	37.7	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.293160389	1.293160389	1	0.906730636	0.906730636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.65E-32	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	45141420	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	42	23	54.8	54	15	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.879713244	0.939856622	2	1.509407886	1.509407886	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.86E-42	1	2.20E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	45202857	T	C	-	-	-	-	-	-	16	0	0	44	26	59.1	46	14	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.027208991	1.013604496	2	1.65057553	0.970132198	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.41E-48	1	1.26E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	46502092	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	71	24	33.8	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.159385176	1.159385176	1	0.879583012	0.879583012	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.52E-37	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	46525257	T	G	EPAS1	CCDS1825.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	52	32	61.5	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.109532199	1.0547661	2	1.590850757	0.93502873	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.66E-60	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	47149013	C	A	MCFD2	CCDS33192.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	73	12	16.4	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.56254192	0.56254192	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.39E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	47182938	C	A	TTC7A	CCDS33193.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	64	16	25	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.906730636	0.906730636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.94E-23	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	47242226	T	C	TTC7A	CCDS33193.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	44	26	59.1	46	14	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.027208991	1.013604496	2	1.65057553	0.970132198	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.41E-48	1	1.26E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	47848919	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	47	21	44.7	65	17	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.533269745	0.766634872	2	1.422535489	1.422535489	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.29E-36	1	1.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	48805144	G	A	STON1	CCDS1841.1	r.?	-	-	upstream	37	0	0	55	24	43.6	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.495538275	0.747769137	2	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.28E-40	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	49080910	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	53	13	24.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.840382746	0.840382746	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.53E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	49124366	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	55	12	21.8	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.747769137	0.747769137	1	1.004462082	1.004462082	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.78E-17	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	49535151	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	50	30	60	52	22	42.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.058080194	1.029040097	2	2.296688977	1.349887894	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.98E-56	1	5.59E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	50338546	G	A	NRXN1	CCDS46282.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	72	16	22.2	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.761489672	0.761489672	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.82E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	50456863	C	T	NRXN1	CCDS46282.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	53	33	62.3	33	10	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.136973269	1.068486634	2	1.645146005	1.645146005	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.14E-62	1	8.14E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	51361025	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	61	13	21.3	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.730618469	0.730618469	1	1.384528816	1.384528816	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.41E-18	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	51385762	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	75	18	24	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.823232078	0.823232078	1	1.107623053	1.107623053	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.78E-25	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	51574620	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	52	18	34.6	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.186826245	1.186826245	1	0.836146814	0.836146814	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-28	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	51772275	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	50	29	58	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.989477521	0.994738761	2	2.025212739	1.190326677	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-53	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	51920993	T	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	57	13	22.8	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.782070474	0.782070474	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	52200107	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	64	19	29.7	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.018749696	1.018749696	1	0.667831546	0.667831546	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.34E-28	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	52449328	T	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	59	32	54.2	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.859132442	0.929566221	2	1.037039231	1.037039231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.88E-58	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	52993185	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	55	18	32.7	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.121653706	1.121653706	1	1.194495449	1.194495449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.61E-28	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	53039989	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	56	13	23.2	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.795791009	0.795791009	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.89E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	53053534	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	58	34	58.6	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.010058323	1.005029162	2	2.329266126	1.36903524	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.65E-63	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	53182025	A	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	60	12	20	44	0	0	166	1	0.6	254	64	25.2	258	0	0	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.686026731	0.686026731	1	0	NA	0	0.864393682	0.864393682	1	0	NA	0	NA	NA	2.74E-16	2.27E-87	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	53656985	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	15	39.5	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.354902795	1.354902795	1	1.107623053	1.107623053	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.24E-25	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	53868059	G	A	ASB3	ENST00000406053	r.?	-	-	intronic	34	0	0	44	29	65.9	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.26045808	1.13022904	2	1.563703133	0.919072608	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.98E-56	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	54294541	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	57	16	28.1	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.963867558	0.963867558	1	0.868723963	0.868723963	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.28E-24	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	54813098	G	A	SPTBN1	CCDS33199.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	65	37	56.9	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.951746051	0.975873026	2	1.699441252	0.998853217	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-67	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	55930468	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	23	39	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.337752126	1.337752126	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.45E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56051820	G	C	-	-	-	-	-	-	9	0	0	57	19	33.3	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0.765562992	0.765562992	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.01E-29	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56333595	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	45	25	55.6	42	15	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.907154313	0.953577157	2	1.938340342	1.139267088	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.58E-46	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56753969	A	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	47	9	19.1	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.655155529	0.655155529	1	1.183636399	1.183636399	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.24E-12	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56811088	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	52	33	63.5	59	21	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.178134872	1.089067436	2	1.932910818	1.136075863	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.10E-63	1	2.06E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56896321	C	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	49	26	53.1	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.821400972	0.910700486	2	0.792710616	0.792710616	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.78E-47	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56945655	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	59	9	15.3	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.52481045	0.52481045	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.96E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	56985238	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	53	22	41.5	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.423505468	0.711752734	2	1.004462082	1.004462082	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.50E-37	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	57300506	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	62	25	40.3	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.382343864	0.691171932	2	1.194495449	1.194495449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.68E-41	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	57640637	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	51	29	56.9	43	11	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.951746051	0.975873026	2	1.389958341	1.389958341	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.61E-53	1	2.42E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	58494883	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	50	18	36	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.234848117	1.234848117	1	0.602677249	0.602677249	1	NA	NA	1	5.429524768	3.191224335	1.701392381	6	NA	5.92E-29	1	0.000000329	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	58887929	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	34	9	26.5	48	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.908985419	0.908985419	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.15E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	59494547	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	37	23	62.2	46	10	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.133543135	1.066771567	2	1.178206875	1.178206875	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.81E-44	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63097471	A	G	EHBP1	CCDS1872.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	64	15	23.4	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.802651276	0.802651276	1	1.313944994	1.313944994	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.87E-21	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63150224	G	A	EHBP1	CCDS1872.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	52	23	44.2	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.516119077	0.758059538	2	1.677723153	0.98608832	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.66E-39	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63340473	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	58	16	27.6	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.946716889	0.946716889	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.00E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63446907	G	A	C2orf86	CCDS42688.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	53	16	30.2	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.035900365	1.035900365	1	1.069616379	1.069616379	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.90E-24	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63543397	A	T	C2orf86	CCDS42688.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	47	18	38.3	74	13	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.313741191	1.313741191	1	0.955596359	0.955596359	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-29	1	9.62E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63842931	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	68	19	27.9	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.95700729	0.95700729	1	1.113052577	1.113052577	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.06E-28	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63917763	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	57	15	26.3	48	5	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.902125152	0.902125152	1	0.564670576	0.564670576	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.53E-22	1	0.00000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63951379	A	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	55	14	25.5	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.874684083	0.874684083	1	0.667831546	0.667831546	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.19E-20	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	64392471	C	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	44	11	25	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	1.031609706	1.031609706	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.22E-16	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	64999542	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	73	42	57.5	62	22	35.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.972326853	0.986163426	2	1.927481293	1.132884639	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.56E-77	1	6.75E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	65097411	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	55	32	58.2	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.996337789	0.998168894	2	1.775454599	1.043530358	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.89E-59	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	65524462	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	54	29	53.7	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.841981774	0.920990887	2	2.236964205	1.314784426	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.78E-52	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	65563074	C	T	SPRED2	CCDS33211.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	73	11	15.1	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.517950182	0.517950182	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.31E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	65720822	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	48	25	52.1	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.787099635	0.893549818	2	1.748306975	1.027574236	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.26E-45	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	67087722	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	48	18	37.5	40	0	0	204	0	0	184	77	41.8	68	0	0	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.286300122	1.286300122	1	0	NA	0	1.433795869	0.716897934	2	0	NA	0	NA	NA	2.42E-29	4.88E-125	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	67193179	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	59	17	28.8	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.987878493	0.987878493	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.74E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	67242004	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	68	19	27.9	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.95700729	0.95700729	1	0.46693913	0.665731683	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.06E-28	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	67947106	C	T	-	-	-	-	-	-	46	0	0	70	13	18.6	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.63800486	0.63800486	1	0.874153488	0.874153488	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.44E-17	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	68280966	A	C	C1D	CCDS1883.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	47	13	27.7	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.950147023	0.950147023	1	1.107623053	1.107623053	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.47E-19	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	69219827	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	61	37	60.7	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.08209113	1.041045565	2	1.775454599	1.043530358	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.85E-69	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	69547569	T	G	GFPT1	CCDS33216.1	r.?	-	-	downstream	25	0	0	58	12	20.7	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.710037667	0.710037667	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.76E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	70931021	C	A	ADD2	CCDS1906.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	38	11	28.9	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.991308627	0.991308627	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.19E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	71636978	A	C	ZNF638	CCDS1917.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	68	22	32.4	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.111363305	1.111363305	1	0.890442062	0.890442062	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.67E-34	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	71842318	C	T	DYSF	CCDS46323.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	53	18	34	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.166245443	1.166245443	1	0.450650556	0.642508485	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.09E-28	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	72067761	T	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	68	26	38.2	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.310311057	1.310311057	1	0.857864913	0.857864913	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.33E-42	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	72643952	G	T	EXOC6B	CCDS46333.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	61	22	36.1	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.23827825	1.23827825	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.38E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	72705809	A	G	EXOC6B	CCDS46333.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	64	38	59.4	71	20	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.037499392	1.018749696	2	1.531125985	0.899925262	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.93E-70	1	1.68E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	73799513	G	C	ALMS1	CCDS42697.1	r.10617g>c	c.10506G>C	p.K3502N	missense	29	0	0	55	14	25.5	53	0	0	258	0	0	286	98	34.3	241	0	0	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.874684083	0.874684083	1	0	NA	0	1.176535844	1.176535844	1	0	NA	0	NA	NA	2.19E-20	4.25E-148	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	75981381	T	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	65	15	23.1	46	5	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.792360875	0.792360875	1	0.5918182	0.5918182	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.00E-21	1	0.00000361	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	76166033	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	45	31	68.9	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.36336209	1.181681045	2	1.590850757	1.590850757	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.26E-61	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	76236029	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	57	34	59.6	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.04435966	1.02217983	2	1.656005054	0.973323422	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.76E-63	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	76880223	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	43	11	25.6	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.878114216	0.878114216	1	0.80899919	0.80899919	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.42E-16	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	76992007	G	C	LRRTM4	CCDS46346.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	17	41.5	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.423505468	1.423505468	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.03E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	76995059	T	A	LRRTM4	CCDS46346.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	53	33	62.3	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.136973269	1.068486634	2	1.520266935	1.520266935	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.14E-62	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	77185560	G	A	LRRTM4	CCDS46346.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	63	16	25.4	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.871253949	0.871253949	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78101915	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	7	16.7	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.572832321	0.572832321	1	0.94473731	0.94473731	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.81E-09	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78341653	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	57	21	36.8	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.262289186	1.262289186	1	0.955596359	0.955596359	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.56E-34	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78427920	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	38	63.3	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.171274605	1.085637303	2	1.357381192	1.357381192	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.62E-72	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78616706	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	52	32	61.5	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.109532199	1.0547661	2	1.422535489	1.422535489	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.66E-60	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78745007	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	27	43.5	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.492108141	0.74605407	2	1.129341152	1.129341152	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-45	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	78832191	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	15	34.9	72	13	18.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.197116646	1.197116646	1	0.982743983	0.982743983	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.05E-24	1	6.58E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	79749148	G	A	CTNNA2	CCDS42703.2	r.?	-	-	intronic	35	0	0	56	35	62.5	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.143833536	1.071916768	2	1.569132658	1.569132658	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.54E-66	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	79922832	G	A	CTNNA2	CCDS42703.2	r.?	-	-	intronic	35	0	0	55	19	34.5	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.183396112	1.183396112	1	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.51E-30	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	80246537	C	A	CTNNA2	CCDS42703.2	r.?	-	-	intronic	30	0	0	67	30	44.8	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.536699878	0.768349939	2	0.950166834	0.950166834	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.78E-51	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	80592841	G	T	CTNNA2	CCDS42703.2	r.?	-	-	intronic	32	0	0	60	21	35	60	19	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.20054678	1.20054678	1	1.721159352	1.011618114	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.16E-33	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	80750781	G	C	CTNNA2	CCDS42703.2	r.?	-	-	intronic	20	0	0	42	11	26.2	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.898695018	0.898695018	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.81E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	80808870	G	A	CTNNA2	CCDS42703.2	r.2657g>a	c.1933G>A	p.E645K	missense	31	0	0	38	13	34.2	54	13	24.1	244	0	0	347	109	31.4	211	35	16.6	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.173105711	1.173105711	1	1.308515469	1.308515469	1	1.077061968	1.077061968	1	0.901301112	0.901301112	1	6	8	5.88E-21	1.34E-159	1.12E-18	1.35E-41	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	81524556	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	65	18	27.7	63	11	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.950147023	0.950147023	1	0.950166834	0.950166834	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-26	1	2.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	82478410	A	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	53	19	35.8	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.227987849	1.227987849	1	0.738415368	0.738415368	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.93E-30	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	82524466	T	G	-	-	-	-	-	-	35	1	2.9	57	34	59.6	64	21	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.04435966	1.02217983	2	1.780884124	1.046721582	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.76E-63	1	1.60E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	82590492	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	55	6	10.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.373884569	0.373884569	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000367	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	82631389	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	10	21.7	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.744339004	0.744339004	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.38E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	82782340	T	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	55	16	29.1	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.998168894	0.998168894	1	1.569132658	1.569132658	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.78E-24	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	83928136	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	74	8	10.8	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.370454435	0.370454435	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.39E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	84473925	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	56	15	26.8	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.91927582	0.91927582	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.09E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	84569022	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	50	27	54	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.852272175	0.926136087	2	2.025212739	1.190326677	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.20E-49	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	87352771	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	16	4	25	21	1	4.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.260617189	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000108	1	0.099912572	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	88432450	A	T	FABP1	CCDS2001.1	r.?	-	-	upstream	26	0	0	64	20	31.2	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.070201701	1.070201701	1	1.227072598	1.227072598	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-30	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	88651878	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	44	26	59.1	62	18	29	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.027208991	1.013604496	2	1.574562183	0.925455057	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.41E-48	1	5.72E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	88776108	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	76	24	31.6	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.083922236	1.083922236	1	0	NA	0	NA	NA	1	0	NA	0	NA	NA	1.75E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	89467975	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	51	14	27.5	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.943286756	0.943286756	1	1.085904954	1.085904954	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.64E-21	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	89881609	G	C	-	-	-	-	-	-	68	0	0	108	37	34.3	100	17	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.176535844	1.176535844	1	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.82E-57	1	3.43E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	89890445	C	T	-	-	-	-	-	-	73	0	0	113	31	27.4	113	19	16.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.939856622	0.939856622	1	0.912160161	0.912160161	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.79E-44	1	2.06E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	89976859	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	55	17	30.9	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.0599113	1.0599113	1	0.847005864	0.847005864	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.35E-26	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	90134837	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	50	28	56	40	11	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.920874848	0.960437424	2	1.493119311	1.493119311	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.97E-51	1	9.88E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	91695434	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	93	19	20.4	86	3	3.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.699747266	0.699747266	1	0.190033367	0.190033367	1	NA	NA	1	NA	NA	0	4	NA	3.86E-25	1	0.009396251	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	92187691	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	34	6	17.6	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.603703524	0.603703524	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.86E-08	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	95447068	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	52	18	34.6	37	9	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.186826245	1.186826245	1	1.319374519	1.319374519	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-28	1	2.14E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	95845966	G	C	ZNF2	ENST00000453539	r.306g>c	c.223G>C	p.V75L	missense	27	0	0	51	29	56.9	55	18	32.7	224	0	0	202	116	57.4	120	42	35	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.951746051	0.975873026	2	1.775454599	1.043530358	1.701392381	1.968896719	0.98444836	2	1.900333669	1.116928517	1.701392381	6	8	2.61E-53	3.06E-209	4.61E-28	6.53E-65	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	97794650	A	T	ANKRD36	ENST00000461153	r.?	-	-	intronic	22	0	0	54	34	63	63	22	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.160984204	1.080492102	2	1.894904144	1.113737293	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-64	1	1.03E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	98756876	C	T	VWA3B	CCDS42718.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	39	9	23.1	45	5	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.792360875	0.792360875	1	0.602677249	0.602677249	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.62E-13	1	0.00000323	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	99670872	C	G	TSGA10	CCDS2037.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	59	9	15.3	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.52481045	0.52481045	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.96E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	99700392	A	G	TSGA10	CCDS2037.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	61	17	27.9	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.95700729	0.95700729	1	0.640683923	0.640683923	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.33E-25	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	100309541	G	A	AFF3	CCDS42723.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	68	24	35.3	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.210837181	1.210837181	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.25E-38	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	100331466	G	C	AFF3	CCDS42723.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	73	17	23.3	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.799221142	0.799221142	1	1.069616379	1.069616379	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-23	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	100687041	G	T	AFF3	CCDS42723.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	67	24	35.8	74	15	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.227987849	1.227987849	1	1.102193528	1.102193528	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.72E-38	1	4.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	101271048	T	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	56	16	28.6	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.981018226	0.981018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.26E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	101417094	T	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	54	12	22.2	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.761489672	0.761489672	1	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.90E-17	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	101959899	G	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	57	13	22.8	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.782070474	0.782070474	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	102210738	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	52	34	65.4	48	24	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.243307412	1.121653706	2	2.714762384	1.595612167	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.28E-65	1	1.71E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	102332410	G	T	MAP4K4	ENST00000425019	r.?	-	-	intronic	21	0	0	66	22	33.3	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0.624395348	0.624395348	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.52E-34	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	102453347	A	G	MAP4K4	ENST00000425019	r.?	-	-	intronic	22	0	0	46	12	26.1	54	4	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.895264885	0.895264885	1	0.401784833	0.57283889	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.12E-18	1	0.000161898	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	103156346	C	G	-	-	-	-	-	-	12	0	0	50	12	24	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.823232078	0.823232078	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.49E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	103479029	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	54	29	53.7	72	23	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.841981774	0.920990887	2	1.732018401	1.018000563	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.78E-52	1	3.67E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	103681562	T	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	62	12	19.4	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.66544593	0.66544593	1	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.19E-16	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	103828206	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	53	13	24.5	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.840382746	0.840382746	1	0.602677249	0.602677249	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.53E-19	1	0.000000329	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	103945436	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	71	25	35.2	44	14	31.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.207407047	1.207407047	1	1.726588876	1.014809339	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.38E-39	1	6.10E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104244455	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	47	28	59.6	64	19	29.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.04435966	1.02217983	2	1.612568856	0.947793627	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.37E-52	1	1.34E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104283833	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	25	54.3	53	19	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.862562576	0.931281288	2	1.943769867	1.142458312	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-45	1	1.93E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104465321	G	A	-	-	-	-	-	-	30	1	3.3	59	29	49.2	78	31	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.687625759	0.84381288	2	2.155521333	1.266916061	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.52E-51	1	1.97E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104624476	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	58	17	29.3	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.005029162	1.005029162	1	0.575529625	0.575529625	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.24E-25	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104886176	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	50	30	60	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.058080194	1.029040097	2	1.677723153	0.98608832	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.98E-56	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104917944	T	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	35	9	25.7	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.88154435	0.88154435	1	0.760133468	0.760133468	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-13	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	105175978	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	44	14	31.8	46	0	0	301	0	0	242	52	21.5	148	0	0	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.090782503	1.090782503	1	0	NA	0	0.737478736	0.737478736	1	0	NA	0	NA	NA	6.10E-22	2.65E-67	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	105492831	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	54	33	61.1	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.095811665	1.047905832	2	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.47E-62	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	107240617	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	56	38	67.9	36	14	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.329060753	1.164530377	2	2.112085135	1.241386266	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.07E-74	1	2.09E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	107450598	A	C	ST6GAL2	CCDS2073.1	r.1559u>g	c.948T>G	p.S316S	silent	35	0	0	52	18	34.6	60	8	13.3	129	1	0.8	139	63	45.3	60	8	13.3	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.186826245	1.186826245	1	0.722126794	0.722126794	1	1.553850547	0.776925273	2	0.722126794	0.722126794	1	6	8	1.39E-28	1.92E-105	7.93E-10	7.93E-10	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	107770656	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	62	16	25.8	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.884974484	0.884974484	1	1.243361172	1.243361172	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.36E-23	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	108316272	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	67	38	56.7	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.944885784	0.972442892	2	2.150091808	1.263724837	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.49E-69	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	108531322	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	36	10	27.8	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.953577157	0.953577157	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.21E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	108595772	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	65	40	61.5	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.109532199	1.0547661	2	1.254220221	1.254220221	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.25E-75	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	108756706	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	59	15	25.4	69	12	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.871253949	0.871253949	1	0.94473731	0.94473731	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.90E-22	1	1.65E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	109372857	G	A	RANBP2	CCDS2079.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	72	37	51.4	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.7630887	0.88154435	2	1.270508796	1.270508796	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.64E-65	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	109720954	T	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	40	9	22.5	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.771780073	0.771780073	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.64E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	109721397	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	34	18	52.9	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.814540705	0.907270352	2	1.846038421	1.085016274	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.79E-33	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	110032583	T	C	SH3RF3	ENST00000309415	r.?	-	-	intronic	15	0	0	46	15	32.6	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.118223572	1.118223572	1	0.624395348	0.624395348	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.35E-23	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	110328685	T	A	38960	CCDS46383.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	56	33	58.9	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.020348724	1.010174362	2	2.242393729	1.31797565	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.30E-61	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	112373552	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	61	12	19.7	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.67573633	0.67573633	1	1.194495449	1.194495449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.39E-16	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	113552653	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	43	7	16.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.559111786	0.559111786	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.15E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	115264825	C	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	33	21	63.6	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.181565006	1.090782503	2	1.129341152	1.129341152	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-40	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	115643805	T	G	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	74	18	24.3	39	11	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.833522479	0.833522479	1	1.531125985	1.531125985	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.13E-25	1	7.20E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	115724222	C	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	64	41	64.1	55	17	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.198715674	1.099357837	2	1.677723153	0.98608832	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.96E-78	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116009243	C	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	48	12	25	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.58095915	0.58095915	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.44E-17	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116292239	C	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	24	8	33.3	32	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.68E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116418981	G	A	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	73	20	27.4	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.939856622	0.939856622	1	0.971884934	0.971884934	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.18E-29	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116475873	C	A	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	62	10	16.1	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.552251519	0.552251519	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.29E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116532034	G	A	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	17	41.5	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.423505468	1.423505468	1	1.265079271	1.265079271	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-28	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116576233	G	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	49	14	28.6	46	7	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.981018226	0.981018226	1	0.825287765	0.825287765	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.50E-21	1	3.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116596045	A	G	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	65	35	53.8	61	20	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.845411908	0.922705954	2	1.780884124	1.046721582	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.57E-63	1	4.89E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116652646	C	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	53	17	32.1	47	7	14.9	0	0	NA	2	1	50	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.101072904	1.101072904	1	0.80899919	0.80899919	1	1.715066829	1.715066829	1	NA	NA	0	6	NA	2.08E-26	0.009975	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	117612644	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	63	38	60.3	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.068370595	1.034185298	2	1.694011728	0.995661993	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.87E-71	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	117648850	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	16	31.4	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.077061968	1.077061968	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.28E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	117876222	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	54	20	37	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.269149453	1.269149453	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.61E-32	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	118113257	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	74	19	25.7	59	6	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.88154435	0.88154435	1	0.553811526	0.553811526	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.14E-27	1	0.000000561	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	118414709	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	51	16	31.4	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.077061968	1.077061968	1	1.107623053	1.107623053	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.28E-25	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	118514390	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	72	20	27.8	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.953577157	0.953577157	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.32E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	119410292	T	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	67	25	37.3	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.279439854	1.279439854	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.07E-40	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	119444688	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	55	5	9.1	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.312142163	0.312142163	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000883	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	119516819	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	57	11	19.3	77	10	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.662015796	0.662015796	1	0.70583822	0.70583822	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.29E-15	1	7.90E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120969171	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	75	18	24	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.823232078	0.823232078	1	0.586388675	0.586388675	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.78E-25	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	122324932	T	C	CLASP1	ENST00000263710	r.?	-	-	intronic	24	0	0	68	44	64.7	46	12	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.219296476	1.109648238	2	1.417105965	1.417105965	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.60E-84	1	8.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	123400457	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	64	24	37.5	44	11	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.286300122	1.286300122	1	1.357381192	1.357381192	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-38	1	3.22E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	123485188	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	56	35	62.5	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.143833536	1.071916768	2	1.998065115	1.174370555	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.54E-66	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	123522801	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	59	11	18.6	47	7	14.9	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.63800486	0.63800486	1	0.80899919	0.80899919	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.10E-14	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124019493	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	12	21.8	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.747769137	0.747769137	1	1.04789828	1.04789828	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.78E-17	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124246044	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	44	25	56.8	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.948315917	0.974157959	2	1.330233568	1.330233568	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.83E-46	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124333869	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	61	36	59	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.023778858	1.011889429	2	2.209816581	1.298828304	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-66	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124514553	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	57	11	19.3	74	12	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.662015796	0.662015796	1	0.879583012	0.879583012	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.29E-15	1	4.02E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124638295	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	46	5	10.9	59	12	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.373884569	0.373884569	1	1.102193528	1.102193528	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	0.00000361	1	2.20E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124649940	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	48	19	39.6	63	20	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.358332928	1.358332928	1	1.721159352	1.011618114	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.92E-31	1	1.05E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124854156	A	C	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	56	14	25	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	0.852435389	0.852435389	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.91E-20	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	124981292	A	T	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	51	19	37.3	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.279439854	1.279439854	1	0.988173508	0.988173508	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.94E-31	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125095932	T	G	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	52	27	51.9	43	12	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.780239368	0.890119684	2	1.51483741	1.51483741	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.15E-48	1	3.24E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125281541	T	G	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	51	4	7.8	50	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.267550425	0.267550425	1	0.108590495	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000129466	1	0.221687443	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125405888	G	T	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	55	26	47.3	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.62245322	0.81122661	2	1.742877451	1.024383012	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.61E-45	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125488641	C	G	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	38	9	23.7	48	5	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.812941677	0.812941677	1	0.564670576	0.564670576	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.79E-13	1	0.00000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125574458	A	G	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	64	32	50	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.715066829	0.857533414	2	1.672293629	0.982897095	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.65E-56	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125863344	A	G	-	-	-	-	-	-	48	0	0	58	36	62.1	77	20	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.130113001	1.065056501	2	1.41167644	1.41167644	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.35E-68	1	1.07E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125915871	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	56	14	25	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	1.438824064	1.438824064	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.91E-20	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	126402627	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	59	15	25.4	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.871253949	0.871253949	1	1.303085944	1.303085944	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.90E-22	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	126475790	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	22	34.9	50	5	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.197116646	1.197116646	1	0.542952477	0.542952477	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-34	1	0.00000549	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	126557375	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	68	25	36.8	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.262289186	1.262289186	1	0.760133468	0.760133468	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.41E-40	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127051145	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	39	5	12.8	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.439057108	0.439057108	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000156	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127084979	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	71	14	19.7	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.67573633	0.67573633	1	0.977314458	0.977314458	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-18	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127092655	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	31	11	35.5	41	5	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.217697448	1.217697448	1	0.662402022	0.662402022	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.77E-18	1	0.00000202	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127187078	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	67	19	28.4	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.974157959	0.974157959	1	0.939307785	0.939307785	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.67E-28	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127634524	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	43	19	44.2	38	12	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.516119077	0.758059538	2	1.715729827	1.00842689	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.36E-32	1	5.86E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	127884927	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	53	31	58.5	50	18	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.00662819	1.003314095	2	1.954628917	1.148840761	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.94E-57	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	128067110	G	C	MAP3K2	CCDS46404.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	55	13	23.6	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.809511543	0.809511543	1	0.847005864	0.847005864	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.46E-18	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	128358705	T	G	MYO7B	CCDS46405.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	57	20	35.1	63	7	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.203976914	1.203976914	1	0.602677249	0.602677249	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.67E-32	1	3.38E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	129605326	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	44	7	15.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.545391252	0.545391252	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.55E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	130620003	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	45	14	31.1	47	4	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.066771567	1.066771567	1	0.461509605	0.461509605	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.81E-22	1	0.0000939	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	131361805	G	T	CFC1	CCDS2162.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	37	8	21.6	48	2	4.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.74090887	0.74090887	1	0.22804004	0.325124775	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-11	1	0.024220359	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	131711721	C	T	ARHGEF4	CCDS42754.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	56	17	30.4	61	11	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.042760632	1.042760632	1	0.977314458	0.977314458	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.22E-26	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	131816150	C	T	FAM168B	CCDS42755.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	58	36	62.1	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.130113001	1.065056501	2	1.384528816	1.384528816	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.35E-68	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	132274189	A	G	-	-	-	-	-	-	9	0	0	48	27	56.2	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.927735115	0.963867558	2	1.932910818	1.136075863	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-49	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	132776847	G	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	82	19	23.2	85	8	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.795791009	0.795791009	1	0.510375328	0.727660212	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.79E-26	1	1.34E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	133258063	G	C	GPR39	CCDS2170.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	55	16	29.1	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.998168894	0.998168894	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.78E-24	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	134132941	G	A	NCKAP5	CCDS46418.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	76	25	32.9	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.128513973	1.128513973	1	1.042468756	1.042468756	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.83E-38	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	134393587	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	57	12	21.1	54	14	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.723758202	0.723758202	1	1.406246915	1.406246915	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.40E-16	1	1.64E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	135281524	T	C	TMEM163	CCDS2172.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	64	30	46.9	57	15	26.3	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.608732685	0.804366343	2	1.427965014	1.427965014	1	3.430133657	3.430133657	1	NA	NA	0	6	NA	1.28E-51	0.000025	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	136188837	G	C	ZRANB3	CCDS46419.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	71	19	26.8	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.91927582	0.91927582	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.29E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	136468280	C	T	R3HDM1	CCDS2177.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	70	10	14.3	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.490509113	0.490509113	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.95E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	136651210	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	51	27	52.9	65	22	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.814540705	0.907270352	2	1.835179372	1.078633825	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-48	1	2.36E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	137303955	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	52	28	53.8	61	24	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.845411908	0.922705954	2	2.133803234	1.254151164	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.41E-50	1	2.97E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	137936424	T	G	THSD7B	ENST00000409968	r.?	-	-	intronic	31	0	0	44	27	61.4	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.106102066	1.053051033	2	2.095796561	1.231812593	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.71E-51	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	138553239	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	56	14	25	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.857533414	0.857533414	1	1.107623053	1.107623053	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.91E-20	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	138667224	A	G	-	-	-	-	-	-	50	0	0	76	44	57.9	47	12	25.5	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.986047388	0.993023694	2	1.384528816	1.384528816	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-80	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	139315966	A	G	SPOPL	CCDS33298.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	60	33	55	58	14	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.886573512	0.943286756	2	1.308515469	1.308515469	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.98E-60	1	5.04E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	139848142	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	49	15	30.6	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.049620899	1.049620899	1	0.667831546	0.667831546	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.10E-23	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	139906624	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	55	12	21.8	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.747769137	0.747769137	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.78E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140069497	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	47	7	14.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.511089915	0.511089915	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.12E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140553755	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	30	54.5	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.869422843	0.934711422	2	1.41167644	1.41167644	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.55E-54	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140792103	A	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	51	10	19.6	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.672306197	0.672306197	1	1.41167644	1.41167644	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.04E-13	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140794371	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	46	15	32.6	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.118223572	1.118223572	1	0.80899919	0.80899919	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.35E-23	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140906682	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	43	27	62.8	65	25	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.154123937	1.077061968	2	2.090367036	1.228621369	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.83E-51	1	1.60E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140939545	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	38	4	10.5	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.360164034	0.360164034	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000403	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	140992207	A	G	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	50	20	40	51	3	5.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.372053463	1.372053463	1	0.320341961	0.456722899	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.90E-33	1	0.002175924	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141158436	C	G	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	68	25	36.8	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.262289186	1.262289186	1	0.510375328	0.510375328	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.41E-40	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141470963	C	T	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	46	0	0	55	15	27.3	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.936426488	0.936426488	1	1.009891607	1.009891607	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.01E-22	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141883364	G	T	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	39	8	20.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.7031774	0.7031774	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.09E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141900702	G	A	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	38	13	34.2	67	7	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.173105711	1.173105711	1	0.564670576	0.564670576	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.88E-21	1	5.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141908052	T	G	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	45	27	60	60	19	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.058080194	1.029040097	2	1.721159352	1.011618114	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-50	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	142038904	G	A	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	49	29	59.2	57	18	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.030639125	1.015319563	2	1.715729827	1.00842689	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.78E-54	1	9.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	142147688	C	A	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	46	25	54.3	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.862562576	0.931281288	2	0.841576339	0.841576339	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-45	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	142204117	C	A	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	47	16	34	41	0	0	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.166245443	1.166245443	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.98E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	143669498	G	A	KYNU	CCDS2183.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	65	27	41.5	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.423505468	0.711752734	2	1.129341152	1.129341152	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.98E-45	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	144033444	G	C	ARHGAP15	CCDS2184.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	55	15	27.3	58	8	13.8	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.936426488	0.936426488	1	0.749274418	0.749274418	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	3.01E-22	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	144265346	G	A	ARHGAP15	CCDS2184.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	29	60.4	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.071800729	1.035900365	2	1.123911627	1.123911627	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.96E-54	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	144478595	C	T	ARHGAP15	CCDS2184.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	29	16	55.2	42	11	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.893433779	0.946716889	2	1.422535489	1.422535489	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.74E-30	1	1.81E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	145447458	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	38	8	21.1	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.723758202	0.723758202	1	0.977314458	0.977314458	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.67E-11	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	146118191	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	60	20	33.3	52	4	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	0.418073407	0.596062088	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.30E-31	1	0.000139698	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	146822369	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	16	42.1	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.44408627	1.44408627	1	1.672293629	0.982897095	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.06E-27	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	146995682	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	58	33	56.9	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.951746051	0.975873026	2	1.932910818	1.136075863	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.80E-60	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	147525656	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	63	40	63.5	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.178134872	1.089067436	2	1.851467946	1.088207498	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.64E-76	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	148597656	C	T	ACVR2A	CCDS33301.1	r.?	-	-	upstream	35	0	0	55	12	21.8	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.747769137	0.747769137	1	1.422535489	1.422535489	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.78E-17	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	149211329	T	G	MBD5	CCDS33302.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	46	14	30.4	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.042760632	1.042760632	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	149588900	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	34	13	38.2	38	4	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.310311057	1.310311057	1	0.570100101	0.570100101	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-21	1	0.0000403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	150016926	A	G	LYPD6B	CCDS46423.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	66	16	24.2	49	3	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.830092345	0.830092345	1	0.331201011	0.472205031	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-22	1	0.001939399	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	150350864	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	54	30	55.6	69	30	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.907154313	0.953577157	2	2.361843274	1.388182586	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-54	1	2.44E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	150593996	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	58	15	25.9	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.888404617	0.888404617	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.42E-22	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	151152168	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	56	18	32.1	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.101072904	1.101072904	1	1.085904954	1.085904954	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.76E-28	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	151924232	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	62	20	32.3	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.107933171	1.107933171	1	0.950166834	0.950166834	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	7.19E-31	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	154128262	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	60	16	26.7	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.915845687	0.915845687	1	0.80899919	0.80899919	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.86E-23	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	154156595	A	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	57	17	29.8	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.02217983	1.02217983	1	1.216213548	1.216213548	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.82E-26	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	154743884	G	A	GALNT13	CCDS2199.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	56	9	16.1	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.552251519	0.552251519	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.20E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	154851495	T	C	GALNT13	CCDS2199.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	59	39	66.1	69	14	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.267318348	1.133659174	2	1.102193528	1.102193528	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.61E-75	1	7.30E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	155282756	A	C	GALNT13	CCDS2199.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	60	39	65	45	15	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	2.229586877	1.114793439	2	1.808031748	1.062677704	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-74	1	9.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	155615368	G	T	KCNJ3	CCDS2200.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	54	9	16.7	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.572832321	0.572832321	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.48E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	155637527	C	T	KCNJ3	CCDS2200.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	54	18	33.3	49	15	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	1.661434579	0.976514647	1.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.12E-28	1	4.10E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	156338884	G	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	56	16	28.6	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.981018226	0.981018226	1	1.243361172	1.243361172	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.26E-24	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	157567465	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	58	19	32.8	83	12	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.12508384	1.12508384	1	0.787281091	0.787281091	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-29	1	1.70E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	157578441	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	41	13	31.7	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.087352369	1.087352369	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	157742263	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	38	14	36.8	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.262289186	1.262289186	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.28E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	159261526	T	A	CCDC148	CCDS33304.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	73	25	34.2	57	6	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.173105711	1.173105711	1	0.570100101	0.570100101	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.49E-39	1	0.000000456	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	159458576	A	T	PKP4	CCDS33306.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	60	19	31.7	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.087352369	1.087352369	1	0.814428715	0.814428715	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.21E-29	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	159752138	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	41	13	31.7	56	4	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.087352369	1.087352369	1	0.385496259	0.549615692	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.89E-20	1	0.000186538	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	160190687	A	G	BAZ2B	CCDS2209.2	r.?	-	-	intronic	40	0	0	57	16	28.1	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.963867558	0.963867558	1	1.216213548	1.216213548	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.28E-24	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	160416588	G	T	BAZ2B	CCDS2209.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	57	16	28.1	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.963867558	0.963867558	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.28E-24	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	160422041	G	T	BAZ2B	CCDS2209.2	r.?	-	-	intronic	17	0	0	49	13	26.5	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.908985419	0.908985419	1	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.71E-19	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	162122427	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	59	19	32.2	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.104503038	1.104503038	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.20E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	162163648	C	T	PSMD14	CCDS46437.1	r.?	-	-	upstream	14	0	0	53	31	58.5	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.00662819	1.003314095	2	1.608436545	0.942936014	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.94E-57	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	162176226	C	G	PSMD14	CCDS46437.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	53	13	24.5	62	12	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.840382746	0.840382746	1	1.054178006	1.054178006	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.53E-19	1	4.19E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	163319866	C	A	KCNH7	CCDS2219.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	57	29	50.9	32	5	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.745938032	0.872969016	2	0.84768953	0.84768953	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.45E-51	1	0.000000562	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	164045732	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	51	28	54.9	58	18	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.883143378	0.941571689	2	1.684511246	0.987534339	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.56E-51	1	1.42E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	164607408	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	47	23	48.9	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.677335358	0.838667679	2	1.494324493	1.494324493	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.71E-40	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	165269069	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	59	13	22	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.754629405	0.754629405	1	1.037876284	1.037876284	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.99E-18	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	165328304	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	39	10	25.6	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.878114216	0.878114216	1	1.472588864	1.472588864	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.44E-15	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	166017412	A	C	SCN3A	CCDS33312.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	42	15	35.7	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.224557716	1.224557716	1	0.80965218	0.80965218	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.65E-24	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	166136636	G	C	SCN2A	CCDS33314.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	62	22	35.5	53	7	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.217697448	1.217697448	1	0.717275756	0.717275756	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.75E-35	1	9.85E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	166955121	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	57	37	64.9	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.226156744	1.113078372	2	1.907301443	1.118143719	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.99E-71	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	168129242	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	43	23	53.5	59	25	42.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.835121507	0.917560753	2	2.303976672	1.350692128	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.04E-41	1	7.66E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	168330522	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	55	17	30.9	65	16	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.0599113	1.0599113	1	1.336741182	1.336741182	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.35E-26	1	7.85E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	168803058	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	61	6	9.8	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.336153098	0.336153098	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000685	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	169958620	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	50	11	22	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.754629405	0.754629405	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.52E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	170278978	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	42	16	38.1	61	18	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.306880923	1.306880923	1	1.603002637	0.939750419	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.25E-26	1	4.08E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	170282556	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	46	17	37	60	7	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.269149453	1.269149453	1	0.635767148	0.635767148	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-27	1	2.39E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	170625966	G	T	KLHL23	ENST00000437875	r.?	-	-	intronic	34	0	0	50	16	32	72	20	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.09764277	1.09764277	1	1.510626214	0.88559531	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-25	1	2.32E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	171500069	C	T	MYO3B	CCDS42773.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	62	35	56.5	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.938025516	0.969012758	2	1.711680782	1.003462312	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.14E-64	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	171656725	G	T	ENSG00000204334	ENST00000375280	r.?	-	-	downstream	31	0	0	65	23	35.4	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.214267315	1.214267315	1	1.06504582	1.06504582	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.21E-36	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	172149296	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	8	18.6	69	12	17.4	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.63800486	0.63800486	1	0.945499861	0.945499861	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.85E-11	1	1.65E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	172399829	G	A	CYBRD1	CCDS2244.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	52	17	32.7	58	10	17.2	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.121653706	1.121653706	1	0.934632046	0.934632046	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	1.42E-26	1	4.10E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	172807355	G	A	HAT1	CCDS2245.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	54	30	55.6	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.907154313	0.953577157	2	1.564965287	0.917451257	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-54	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	172866990	A	C	ENSG00000172878	CCDS2246.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	60	16	26.7	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.915845687	0.915845687	1	0.739011385	0.739011385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.86E-23	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	173538399	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	63	16	25.4	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.871253949	0.871253949	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	173788396	C	T	RAPGEF4	CCDS42775.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	57	12	21.1	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.723758202	0.723758202	1	1.336741182	1.336741182	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.40E-16	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	173947253	C	T	ENSG00000091436	CCDS2251.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	52	19	36.5	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.251998785	1.251998785	1	0.945499861	0.945499861	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.24E-30	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	174066782	A	T	ENSG00000091436	CCDS2251.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	51	13	25.5	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.874684083	0.874684083	1	1.06504582	1.06504582	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.87E-19	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	174206341	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	41	18	43.9	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.505828676	0.752914338	2	1.608436545	0.942936014	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.91E-31	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	176102481	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	61	36	59	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.023778858	1.011889429	2	1.852962371	1.086287772	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-66	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	176342527	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	68	22	32.4	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.111363305	1.111363305	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.67E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	177118263	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	52	12	23.1	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.792360875	0.792360875	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.19E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	177372969	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	22	34.4	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.179965978	1.179965978	1	0.858557345	0.858557345	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.57E-34	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	179224772	G	A	OSBPL6	CCDS2277.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	46	15	32.6	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.118223572	1.118223572	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.35E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	180053723	G	C	SESTD1	CCDS33338.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	66	9	13.6	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.466498177	0.466498177	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.59E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	180195192	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	53	20	37.7	63	17	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.293160389	1.293160389	1	1.467154956	1.467154956	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.65E-32	1	6.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	183145663	C	T	PDE1A	CCDS2285.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	66	34	51.5	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.766518834	0.883259417	2	1.961640516	1.149999665	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.49E-60	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	183273688	G	T	PDE1A	CCDS2285.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	49	29	59.2	48	15	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.030639125	1.015319563	2	1.695379061	0.993905528	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.78E-54	1	2.86E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	183761075	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	80	21	26.2	69	14	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.898695018	0.898695018	1	1.103083171	1.103083171	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.63E-30	1	7.30E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	184362615	T	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	54	30	55.6	70	28	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.907154313	0.953577157	2	2.173562898	1.274237856	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.16E-54	1	8.50E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	184654338	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	56	18	32.1	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.101072904	1.101072904	1	0.90746251	0.90746251	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.76E-28	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	184848776	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	48	23	47.9	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.643034022	0.821517011	2	1.298703832	1.298703832	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.27E-40	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185104662	C	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	70	18	25.7	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.88154435	0.88154435	1	0.96723549	0.96723549	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.91E-26	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185326682	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	48	19	39.6	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.358332928	1.358332928	1	0.923764232	0.923764232	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.92E-31	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185637211	A	C	ZNF804A	CCDS2291.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	49	14	28.6	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.981018226	0.981018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.50E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185986657	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	54	11	20.4	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.699747266	0.699747266	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.84E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	186037230	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	56	16	28.6	57	0	0	261	0	0	262	64	24.4	492	2	0.4	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.981018226	0.981018226	1	0	NA	0	0.836952612	0.836952612	1	0.021735629	NA	0	NA	NA	5.26E-24	2.13E-86	1	0.705163873	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	186978295	A	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	54	17	31.5	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.080492102	1.080492102	1	1.108517078	1.108517078	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.02E-26	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	186993382	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	45	15	33.3	29	7	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.142234508	1.142234508	1	1.309571646	1.309571646	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.14E-24	1	1.11E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	187008703	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	58	15	25.9	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.888404617	0.888404617	1	0.961801582	0.961801582	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.42E-22	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	187708787	A	T	ZSWIM2	CCDS33348.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	54	28	51.9	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.780239368	0.890119684	2	1.711680782	1.003462312	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.17E-50	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	187796657	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	30	19	63.3	37	12	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.171274605	1.085637303	2	1.760585948	1.032132664	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.89E-37	1	4.03E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	187907057	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	50	27	54	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.852272175	0.926136087	2	1.543229658	0.904708878	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.20E-49	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	188255061	G	A	CALCRL	CCDS2293.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	53	27	50.9	69	16	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.745938032	0.872969016	2	1.260666481	1.260666481	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-48	1	2.27E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	188532806	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	20	33.9	46	7	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.16281531	1.16281531	1	0.825953901	0.825953901	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.21E-31	1	3.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	188932921	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	69	24	34.8	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.193686513	1.193686513	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.11E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	189048854	T	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	31	8	25.8	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.884974484	0.884974484	1	1.276968203	1.276968203	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.78E-12	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	189648374	G	A	DIRC1	CCDS2296.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	46	13	28.3	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.970727825	0.970727825	1	0.739011385	0.739011385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.07E-19	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	191367454	T	C	TMEM194B	CCDS46476.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	53	27	50.9	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.745938032	0.872969016	2	0.929198139	0.929198139	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-48	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192302962	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	55	12	21.8	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.747769137	0.747769137	1	0.733577478	0.733577478	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.78E-17	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192352514	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	20	32.3	62	6	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.107933171	1.107933171	1	0.527089003	0.527089003	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.19E-31	1	0.000000756	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192585593	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	48	9	18.8	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.644865128	0.644865128	1	0.652068869	0.652068869	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.75E-12	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192693909	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	62	37	59.7	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.047789793	1.023894897	2	1.331307275	1.331307275	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.49E-69	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192952150	T	C	TMEFF2	CCDS2314.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	53	27	50.9	57	15	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.745938032	0.872969016	2	1.429117606	1.429117606	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-48	1	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	193278717	G	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	42	28	66.7	56	18	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.287899149	1.143949575	2	1.744284226	1.02257588	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.84E-54	1	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	193835361	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	52	12	23.1	66	13	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.792360875	0.792360875	1	1.070479727	1.070479727	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.19E-17	1	1.95E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	193963358	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	47	30	63.8	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.188425273	1.094212637	2	1.434551513	1.434551513	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.35E-57	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	194949860	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	18	31.6	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.083922236	1.083922236	1	0.679238406	0.679238406	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.84E-28	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	196623092	T	G	DNAH7	CCDS42794.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	55	32	58.2	49	26	53.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.996337789	0.998168894	2	2.885404747	1.691550754	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.89E-59	1	7.78E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	196838299	G	A	DNAH7	CCDS42794.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	52	16	30.8	46	5	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.056481166	1.056481166	1	0.59229589	0.59229589	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-24	1	0.00000361	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	197833350	G	A	ANKRD44	ENST00000424317	r.?	-	-	intronic	24	0	0	61	17	27.9	65	13	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.95700729	0.95700729	1	1.086781449	1.086781449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.33E-25	1	1.57E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	198853527	T	C	PLCL1	ENST00000428675	r.?	-	-	intronic	33	0	0	63	21	33.3	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.142234508	1.142234508	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.08E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	199925651	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	11	23.9	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.819801944	0.819801944	1	0.69010622	0.69010622	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.55E-16	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	201917461	G	C	FAM126B	CCDS2335.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	56	19	33.9	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.16281531	1.16281531	1	1.130252707	1.130252707	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.79E-30	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	201943746	G	A	NDUFB3	CCDS2336.1	r.463+1g>a	c.140+1G>A	p.?	ess splice	22	0	0	55	8	14.5	49	0	0	212	0	0	183	14	7.7	126	1	0.8	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.49736938	0.49736938	1	0	NA	0	0.264120292	0.264120292	1	0.043471258	NA	0	NA	NA	3.86E-10	9.02E-13	1	0.468249173	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	202834901	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	52	11	21.2	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.727188335	0.727188335	1	0.483617745	0.685229488	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.44E-15	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	203038844	G	A	ENSG00000182329	ENST00000498697	r.?	-	-	intronic	24	0	0	58	19	32.8	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.12508384	1.12508384	1	1.749718133	1.025761474	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-29	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	204370735	G	A	RAPH1	CCDS2359.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	64	20	31.2	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.070201701	1.070201701	1	1.108517078	1.108517078	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-30	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	204421994	A	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	62	27	43.5	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.492108141	0.74605407	2	0.858557345	0.858557345	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-45	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	205745055	G	T	PARD3B	CCDS42806.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	50	28	56	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.920874848	0.960437424	2	1.75515204	1.028947069	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.97E-51	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	207041475	G	A	GPR1	CCDS2368.1	r.879c>u	c.497C>T	p.S166F	missense	27	1	3.7	76	26	34.2	58	8	13.8	140	0	0	133	30	22.6	71	4	5.6	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.173105711	1.173105711	1	0.7498792	0.7498792	1	0.775210207	0.775210207	1	0.304298806	0.431155633	0.705774858	6	8	1.80E-40	3.20E-40	5.99E-10	0.000464961	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	207457272	C	A	ADAM23	CCDS2369.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	46	25	54.3	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.862562576	0.931281288	2	1.75515204	1.028947069	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-45	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	208647700	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	54	28	51.9	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.780239368	0.890119684	2	1.809491113	1.060803015	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.17E-50	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	208897436	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	62	39	62.9	59	23	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.15755407	1.078777035	2	2.119223826	1.24238191	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.70E-74	1	1.45E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	209479292	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	63	22	34.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.197116646	1.197116646	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.03E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	209631222	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	40	23	57.5	33	8	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.972326853	0.986163426	2	1.315005553	1.315005553	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.75E-43	1	4.85E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	210034957	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	63	18	28.6	61	7	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.981018226	0.981018226	1	0.624899333	0.624899333	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.98E-27	1	2.69E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	210449506	T	A	MAP2	CCDS2384.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	54	5	9.3	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.31900243	0.31900243	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000806	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	210523456	C	G	MAP2	CCDS2384.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	60	13	21.7	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.744339004	0.744339004	1	0.880292974	0.880292974	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.07E-18	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	210649860	G	C	UNC80	CCDS46504.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	39	11	28.2	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.967297691	0.967297691	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.20E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	212948144	C	G	ERBB4	CCDS2394.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	52	15	28.8	61	7	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.987878493	0.987878493	1	0.624899333	0.624899333	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.15E-22	1	2.69E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	213062618	G	C	ERBB4	CCDS2394.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	54	11	20.4	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.699747266	0.699747266	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.84E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	213479353	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	70	17	24.3	68	9	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.833522479	0.833522479	1	0.717275756	0.717275756	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.68E-24	1	7.38E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214062809	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	13	21	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.720328068	0.720328068	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.08E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214418086	C	T	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	57	26	45.6	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.564140948	0.782070474	2	1.309571646	1.309571646	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.57E-44	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214607681	G	A	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	48	32	66.7	58	14	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.287899149	1.143949575	2	1.309571646	1.309571646	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.86E-62	1	5.04E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214674864	T	C	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	60	15	25	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.857533414	0.857533414	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.31E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214789713	T	A	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	48	9	18.8	66	12	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.644865128	0.644865128	1	0.988971119	0.988971119	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.75E-12	1	9.36E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214949422	G	C	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	57	6	10.5	61	0	0	228	1	0.4	361	25	6.9	211	0	0	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.360164034	0.360164034	1	0	NA	0	0.236679222	0.236679222	1	0	NA	0	NA	NA	0.000000456	1.41E-20	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	214984304	A	T	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	40	21	52.5	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.80082017	0.900410085	2	1.537795751	0.901523283	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.72E-38	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	215216466	T	C	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	55	31	56.4	53	8	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.934595383	0.967297691	2	0.820519994	0.820519994	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-56	1	2.83E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	215473634	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	36	27	75	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.572600243	1.286300122	2	2.026847403	1.188226801	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.72E-55	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	215900344	G	A	ABCA12	CCDS33372.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	38	21	55.3	44	11	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.896863913	0.948431956	2	1.358476811	1.358476811	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.27E-38	1	3.22E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	216635308	A	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	54	27	50	46	10	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.715066829	0.857533414	2	1.179157872	1.179157872	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.27E-47	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	216698809	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	62	41	66.1	59	22	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.267318348	1.133659174	2	2.026847403	1.188226801	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.56E-79	1	1.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	217211265	G	C	36585	CCDS33376.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	41	12	29.3	39	9	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.005029162	1.005029162	1	1.255232574	1.255232574	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.69E-18	1	3.62E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	217432374	T	C	RPL37A	ENST00000446558	r.?	-	-	intronic	26	0	0	45	8	17.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.610563791	0.610563791	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.14E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	217454303	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	61	21	34.4	77	16	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.179965978	1.179965978	1	1.130252707	1.130252707	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.80E-33	1	1.56E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	217737889	A	G	ENSG00000223874	ENST00000456163	r.?	-	-	downstream	26	0	0	60	11	18.3	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.627714459	0.627714459	1	0.940065953	0.940065953	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.34E-14	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	219207389	C	T	PNKD	CCDS2411.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	51	15	29.4	75	11	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.008459295	1.008459295	1	0.798784365	0.798784365	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.22E-23	1	1.78E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	221183641	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	62	14	22.6	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.775210207	0.775210207	1	0.760747014	0.760747014	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.42E-19	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	221957692	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	56	16	28.6	70	13	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.981018226	0.981018226	1	1.010706748	1.010706748	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.26E-24	1	4.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	222098508	T	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	62	40	64.5	54	20	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.212436209	1.106218104	2	2.010545681	1.178670017	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.80E-76	1	2.61E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	222351790	T	C	EPHA4	CCDS2447.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	57	37	64.9	58	20	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.226156744	1.113078372	2	1.874698	1.099030151	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.99E-71	1	1.47E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	222828360	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	49	30	61.2	53	22	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.099241798	1.049620899	2	2.255071507	1.322021776	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-56	1	9.50E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	222894007	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	45	10	22.2	56	16	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.761489672	0.761489672	1	1.554097472	0.911080067	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.66E-14	1	5.26E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	224219196	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	71	5	7	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.240109356	0.240109356	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000309	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	224796599	C	T	WDFY1	CCDS33387.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	39	12	30.8	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.056481166	1.056481166	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.43E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	225735327	G	A	DOCK10	CCDS46528.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	53	29	54.7	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.876283111	0.938141555	2	1.537795751	1.537795751	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.29E-52	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	226235483	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	66	36	54.5	62	17	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.869422843	0.934711422	2	1.488890585	0.872852932	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.94E-65	1	4.56E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	226691282	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	52	15	28.8	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.987878493	0.987878493	1	0.874859067	0.874859067	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.15E-22	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	226710568	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	45	27	60	75	21	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.058080194	1.029040097	2	1.521494029	0.891966499	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-50	1	7.75E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	227122083	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	55	19	34.5	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.183396112	1.183396112	1	1.086781449	1.086781449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.51E-30	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	227128195	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	70	19	27.1	67	19	28.4	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.929566221	0.929566221	1	1.543229658	0.904708878	1.705774858	3.430133657	3.430133657	1	NA	NA	0	6	NA	9.50E-28	0.000025	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	227259445	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	64	21	32.8	67	12	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.12508384	1.12508384	1	0.972669397	0.972669397	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-32	1	1.14E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	227385031	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	15	27.3	42	10	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.936426488	0.936426488	1	1.293269924	1.293269924	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.01E-22	1	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	227969604	G	A	COL4A4	CCDS42828.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	23	12	52.2	40	12	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.790529769	0.895264885	2	1.630172174	0.955678392	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.14E-22	1	1.20E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	229214973	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	42	12	28.6	70	17	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.981018226	0.981018226	1	1.320439461	1.320439461	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.35E-18	1	4.68E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	230599140	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	54	13	24.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.826662211	0.826662211	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.12E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	231200127	G	C	SP140L	CCDS46538.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	56	14	25	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.857533414	0.857533414	1	0.624899333	0.624899333	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.91E-20	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	231272357	A	G	SP140L	CCDS46538.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	58	30	51.7	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.773379101	0.88668955	2	1.592134823	0.93337923	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.36E-53	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	231786829	C	A	GPR55	CCDS2480.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	46	11	23.9	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.819801944	0.819801944	1	0.84768953	0.84768953	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.55E-16	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	232224286	G	T	ARMC9	ENST00000359743	r.?	-	-	intronic	21	0	0	49	12	24.5	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.840382746	0.840382746	1	0.999838933	0.999838933	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.90E-17	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	232804472	A	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	64	15	23.4	66	12	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.802651276	0.802651276	1	0.988971119	0.988971119	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.87E-21	1	9.36E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	233788877	G	A	NGEF	CCDS2500.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	30	8	26.7	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.915845687	0.915845687	1	1.228063038	1.228063038	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.07E-12	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	235889301	T	G	SH3BP4	CCDS2513.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	50	8	16	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.548821385	0.548821385	1	1.1248188	1.1248188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-10	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	237642142	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	27	51.9	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.780239368	0.890119684	2	1.994243959	1.169113233	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.15E-48	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	238185567	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	50	16	32	54	6	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.09764277	1.09764277	1	0.603163704	0.603163704	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.40E-25	1	0.000000329	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	240083747	C	A	HDAC4	CCDS2529.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	44	7	15.9	58	0	0	29	0	0	8	2	25	18	0	0	FALSE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.545391252	0.545391252	1	0	NA	0	0.857533414	0.857533414	1	0	NA	0	NA	NA	2.55E-09	0.000686131	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	240386292	G	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	53	15	28.3	68	10	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.970727825	0.970727825	1	0.798784365	0.798784365	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-22	1	2.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	240547079	C	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	40	21	52.5	58	19	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	1.80082017	0.900410085	2	1.782321577	1.044875042	1.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.72E-38	1	1.50E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	242277128	A	C	36038	CCDS2548.1	r.1045a>c	c.517A>C	p.N173H	missense	22	0	0	53	34	64.2	60	19	31.7	240	0	0	140	84	60	102	26	25.5	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	2.202145808	1.101072904	2	1.722548597	1.009833501	1.705774858	2.058080194	1.029040097	2	1.385646348	0.812326633	1.705774858	6	8	6.32E-65	2.24E-154	3.21E-29	1.31E-36	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	20	1977669	C	T	PDYN	CCDS13023.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	55	10	18.2	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.59600406	0.705652656	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.33E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	2212273	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	59	17	28.8	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.943127304	0.943127304	1	0.832307823	0.832307823	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-25	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	3657301	G	A	ADAM33	CCDS13058.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	43	11	25.6	28	5	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.838335381	0.838335381	1	0.948936944	0.948936944	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-16	1	0.000000279	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	3697253	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	49	15	30.6	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.002072761	1.002072761	1	0.768691938	0.768691938	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.10E-23	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	3926191	G	A	RNF24	CCDS13074.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	58	20	34.5	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.129787916	1.129787916	1	1.081470037	1.081470037	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-31	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	3926192	T	G	RNF24	CCDS13074.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	59	21	35.6	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.16581014	1.16581014	1	1.081470037	1.081470037	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-33	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	4001883	A	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	61	15	24.6	55	3	5.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.805587906	0.805587906	1	0.291572804	0.508683213	0.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.73E-21	1	0.002700822	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	4512530	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	49	9	18.4	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.602553555	0.71340708	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.35E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	5606842	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	38	15	39.5	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.293525296	1.293525296	1	1.192797835	1.192797835	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6078151	A	C	FERMT1	CCDS13098.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	62	9	14.5	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.4748384	0.562195797	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.12E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6123504	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	75	18	24	48	1	2.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.78593942	0.78593942	1	0.111327798	0.111327798	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.78E-25	1	0.213845552	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6168457	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	67	8	11.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.389694962	0.389694962	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.96E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6187580	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	53	7	13.2	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.432266681	0.511792036	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.85E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6317387	A	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	64	8	12.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.409343448	0.409343448	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.35E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6339826	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	76	19	25	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.818686896	0.818686896	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.56E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6368996	A	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	45	8	17.8	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.58290507	0.690143806	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.14E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6482640	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	49	8	16.3	47	2	4.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.533783856	0.63198562	0.844613927	0.22795692	0.397697785	0.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-10	1	0.02328732	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	6813367	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	45	31	68.9	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	2.256301085	1.223183373	1.844613927	1.388946812	1.388946812	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.26E-61	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	7392704	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	58	18	31	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.015171751	1.015171751	1	1.25641372	1.25641372	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-27	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	7395064	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	59	31	52.5	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.719242482	0.932033775	1.844613927	1.373042841	1.373042841	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.25E-55	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	7982314	T	C	TMX4	CCDS13101.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	45	8	17.8	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.58290507	0.690143806	0.844613927	0.455913839	0.795395569	0.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.14E-11	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	7987410	T	C	TMX4	CCDS13101.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	54	32	59.3	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.941925317	1.05275434	1.844613927	1.553287847	0.987348343	1.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-59	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	9750931	C	T	PAK7	CCDS13107.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	57	14	24.6	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.805587906	0.805587906	1	1.081470037	1.081470037	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.84E-20	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	9859486	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	48	28	58.3	46	12	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.909177841	1.035001316	1.844613927	1.383645489	1.383645489	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.66E-52	1	8.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	10823256	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	55	17	30.9	58	0	0	325	0	0	384	105	27.3	213	0	0	TRUE	TRUE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.011897003	1.011897003	1	0	0	1	0.89400609	0.89400609	1	0	0	1	5	7	4.35E-26	1.92E-146	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	20	11819359	C	T	C20orf61	ENST00000427835	r.?	-	-	intronic	25	0	0	42	13	31	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.015171751	1.015171751	1	0.816403852	0.816403852	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.72E-20	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	11847343	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	44	27	61.4	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	2.010695017	1.090035691	1.844613927	1.526781229	0.970499396	1.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.71E-51	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	12143008	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	8	14.5	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.4748384	0.562195797	0.844613927	1.001950181	1.001950181	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.86E-10	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	12215726	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	56	10	17.9	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.586179818	0.694021018	0.844613927	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.82E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	12509817	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	56	32	57.1	72	28	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.86988087	1.013697687	1.844613927	2.062214924	1.310848142	1.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.02E-59	1	2.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13041598	C	T	SPTLC3	CCDS13115.2	r.?	-	-	intronic	27	0	0	44	11	25	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.818686896	0.818686896	1	0.614953551	0.614953551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.22E-16	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13502199	T	A	TASP1	CCDS13116.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	42	5	11.9	36	3	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.389694962	0.461388275	0.844613927	0.440009868	0.440009868	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000228	1	0.000788827	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13959741	C	T	SEL1L2	CCDS42852.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	51	18	35.3	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	1.155985897	1.155985897	1	1.017854153	1.017854153	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.10E-29	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	14482986	G	T	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	25	0	0	57	15	26.3	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.861258615	0.861258615	1	0.74218532	0.74218532	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.53E-22	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15162025	A	G	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	38	0	0	67	6	9	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	0.385169413	0.385169413	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000012	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15167562	C	A	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	39	0	0	74	40	54.1	62	17	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	2.315296138	1.076644806	2.150473512	1.843508274	0.921754137	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.06E-71	1	4.56E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15307345	G	T	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	37	0	0	50	7	14	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	0.59915242	0.59915242	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.46E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15317976	A	G	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	29	0	0	57	6	10.5	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	0.449364315	0.528958569	0.849526488	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000456	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15397226	C	T	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	16	0	0	49	13	26.5	78	22	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	1.134109938	1.134109938	1	1.897333333	0.948666667	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.71E-19	1	2.58E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	16814491	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	46	29	63	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.07514695	1.11342536	1.863750391	1.762770686	0.881385343	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.00E-55	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	17586220	C	G	DSTN	CCDS13127.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	59	13	22	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.724654491	0.724654491	1	1.177423168	1.177423168	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.99E-18	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	17859966	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	53	26	49.1	66	22	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.617297068	0.867764844	1.863750391	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.27E-45	1	3.52E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	18343577	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	10	21.7	63	6	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.714772838	0.714772838	1	0.639172577	0.639172577	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.38E-14	1	0.000000832	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	19212683	T	G	SLC24A3	CCDS13140.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	41	17	41.5	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.36696188	1.36696188	1	2.136593381	1.06829669	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-28	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	20310121	T	A	C20orf26	CCDS33447.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	51	29	56.9	64	28	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.874220023	1.005617508	1.863750391	2.508921986	1.254460993	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.61E-53	1	3.50E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	20487382	T	C	RALGAPA2	CCDS46584.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	52	17	32.7	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.077100084	1.077100084	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.42E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	20868128	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	50	16	32	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.054042895	1.054042895	1	0.876404255	0.876404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.40E-25	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	21282813	C	A	XRN2	CCDS13144.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	57	17	29.8	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.981577446	0.981577446	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.82E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	21457092	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	48	17	35.4	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.166034953	1.166034953	1	0.509803783	0.509803783	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.80E-27	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	21784481	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	10	22.7	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.747711679	0.747711679	1	1.03106383	1.03106383	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.08E-14	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	21956579	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	48	33	68.8	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.266192225	1.215931187	1.863750391	2.148049645	1.074024823	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.18E-64	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	22369347	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	27	61.4	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.022444805	1.085147891	1.863750391	2.027758865	1.013879433	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.71E-51	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	22771422	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	40	7	17.5	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.576429708	0.576429708	1	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-09	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23159409	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	60	10	16.7	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.550078636	0.636849074	0.863750391	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.86E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23292856	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	26	59.1	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.946685472	1.044499028	1.863750391	2.073583924	1.036791962	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.41E-48	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23564069	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	58	25	43.1	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.419664025	0.761724334	1.863750391	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.44E-42	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23646176	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	57	36	63.2	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.081734718	1.116960044	1.863750391	2.40008747	1.200043735	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.80E-68	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23660610	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	53	28	52.8	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.739170777	0.933156492	1.863750391	2.085040189	1.042520095	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.98E-50	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23737767	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	47	29	61.7	61	18	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.032326458	1.090449916	1.863750391	1.689799054	0.844899527	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.80E-55	1	4.08E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	24438089	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	60	6	10	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.329388405	0.329388405	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000000621	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	24585906	C	T	TMEM90B	CCDS13164.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	43	25	58.1	59	21	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.913746632	1.02682561	1.863750391	2.03921513	1.019607565	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.66E-46	1	2.06E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	24705575	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	44	12	27.3	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.899230345	0.899230345	1	1.185723404	1.185723404	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.44E-18	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	24722932	C	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	31	8	25.8	59	15	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.849822084	0.849822084	1	1.454945626	1.454945626	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.78E-12	1	9.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	25066101	C	T	VSX1	CCDS13168.1	r.?	-	-	upstream	6	0	0	38	19	50	37	13	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.646942024	0.883670921	1.863750391	2.010574468	1.005287234	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.16E-34	1	3.89E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	25551458	C	T	NINL	CCDS33452.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	48	12	25	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.823471012	0.823471012	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.44E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	29460414	G	T	-	-	-	-	-	-	49	0	0	75	31	41.3	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.360374112	0.729912181	1.863750391	1.27164539	1.27164539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.27E-51	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	29569718	A	G	-	-	-	-	-	-	66	0	0	85	7	8.2	102	5	4.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.270098492	0.270098492	1	0.280678487	0.280678487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	2	NA	0.000000274	1	0.000174019	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	30396315	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	45	14	31.1	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.024397939	1.024397939	1	0.74465721	0.74465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.81E-22	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	31536886	C	G	EFCAB8	CCDS46588.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	64	16	25	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.823471012	0.823471012	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.94E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	31771624	A	T	C20orf70	CCDS13214.1	r.?	-	-	downstream	43	0	0	55	15	27.3	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.899230345	0.899230345	1	0.589997636	0.589997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.01E-22	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	32163157	C	G	CBFA2T2	CCDS13221.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	70	8	11.4	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.375502781	0.375502781	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	2.80E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	32674200	G	T	EIF2S2	CCDS13231.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	56	14	25	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.823471012	0.823471012	1	1.208635934	1.208635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.91E-20	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	33246465	G	A	PIGU	CCDS13239.1	r.?	-	-	intronic	5	0	0	48	13	27.1	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.892642577	0.892642577	1	0.836307329	0.836307329	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.00E-19	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	33950469	G	C	UQCC	CCDS13252.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	50	15	30	66	15	22.7	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.988165214	0.988165214	1	1.300286052	1.300286052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.83E-23	1	6.45E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	34233104	G	C	RBM12	CCDS13261.1	r.?	-	-	downstream	23	0	0	43	14	32.6	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.0738062	1.0738062	1	0.899316785	0.899316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.18E-22	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	34375965	G	T	PHF20	CCDS13268.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	45	15	33.3	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.096863388	1.096863388	1	1.088345154	1.088345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.14E-24	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	35306283	C	T	NDRG3	CCDS13285.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	41	12	29.3	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.965108026	0.965108026	1	0.847763593	0.847763593	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.69E-18	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	37819201	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	49	8	16.3	59	6	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.5369031	0.621595204	0.863750391	0.584269504	0.584269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.47E-10	1	0.000000561	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	38329954	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	52	29	55.8	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.837987299	0.986176748	1.863750391	1.873099291	0.936549645	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.88E-53	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40767949	G	T	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	64	17	26.6	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.876173157	0.876173157	1	1.088345154	1.088345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.43E-25	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40820724	T	A	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	49	17	34.7	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.142977765	1.142977765	1	0.882132388	0.882132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.26E-27	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40892280	A	T	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	47	14	29.8	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.981577446	0.981577446	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.79E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40909997	C	G	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	50	11	22	41	0	0	363	0	0	402	53	13.2	291	0	0	TRUE	TRUE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.724654491	0.724654491	1	0	0	1	0.434792694	0.434792694	1	0	0	1	5	6	1.52E-15	1.36E-56	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	20	40995245	G	C	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	47	14	29.8	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.981577446	0.981577446	1	1.397664303	1.397664303	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.79E-21	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	41491512	T	A	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	14	33.3	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.096863388	1.096863388	1	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.83E-22	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	41937324	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	48	8	16.7	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.550078636	0.636849074	0.863750391	1.260189125	1.260189125	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.23E-10	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	41976461	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	34	15	44.1	50	15	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.452602865	1.452602865	1	1.718439716	0.859219858	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.18E-26	1	5.83E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	42442734	G	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	45	6	13.3	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.438086578	0.507191178	0.863750391	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000108	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	42636079	G	A	TOX2	CCDS42875.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	61	23	37.7	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.241794286	1.241794286	1	1.260189125	1.260189125	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.73E-37	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	43387562	T	A	RIMS4	CCDS13338.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	45	23	51.1	78	26	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.683174748	0.903111681	1.863750391	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.42E-41	1	4.04E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	43579835	G	T	TOMM34	CCDS13340.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	64	22	34.4	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.133096112	1.133096112	1	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.57E-34	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	43884334	A	T	SLPI	CCDS13347.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	48	12	25	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.823471012	0.823471012	1	0.899316785	0.899316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-17	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	44364335	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	58	42	72.4	65	19	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.384772051	1.279555493	1.863750391	1.672614657	0.836307329	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-83	1	1.89E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	44871061	C	T	CDH22	CCDS13395.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	61	16	26.2	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.862997621	0.862997621	1	0.876404255	0.876404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.50E-23	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	45794782	A	G	EYA2	CCDS13403.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	46	29	63	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.07514695	1.11342536	1.863750391	1.552323877	0.776161939	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	3.00E-55	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	46034878	C	G	AL031666.1	ENST00000506472	r.?	-	-	intronic	29	0	0	75	14	18.7	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.615956317	0.713118424	0.863750391	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.57E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	46121431	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	49	14	28.6	64	8	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.942050838	0.942050838	1	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.50E-21	1	1.35E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	46739732	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	57	15	26.3	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.866291505	0.866291505	1	0.807666667	0.807666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.53E-22	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	47365314	C	T	PREX1	CCDS13410.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	47	27	57.4	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.890689444	1.014454217	1.863750391	2.188146572	1.094073286	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.60E-50	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	48798348	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	81	40	49.4	96	35	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.682486027	0.894162009	3	2.820768322	0.940256107	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.58E-69	1	4.09E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49185216	C	T	PTPN1	CCDS13430.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	81	12	14.8	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.803659781	0.803659781	1	1.329238771	1.329238771	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-14	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49304907	G	C	FAM65C	CCDS13431.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	90	15	16.7	85	9	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.906832321	0.906832321	1	0.819182033	0.819182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.83E-19	1	5.71E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49392965	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	100	20	20	88	10	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086026731	1.086026731	1	0.881007092	0.881007092	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.49E-26	1	3.09E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49409540	A	G	BCAS4	CCDS33487.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	85	70	82.4	81	47	58	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.474430134	1.118607533	4	4.482316785	1.120579196	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.41E-145	1	4.57E-86	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	50073488	T	C	NFATC2	CCDS33488.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	89	16	18	96	12	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.977424058	0.977424058	1	0.966016548	0.966016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.91E-20	1	1.03E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	50262947	A	T	ATP9A	CCDS33489.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	87	19	21.8	97	15	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183769137	1.183769137	1	1.19786052	1.19786052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.64E-26	1	3.21E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	50873261	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	78	16	20.5	82	14	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.1131774	1.1131774	1	1.321510638	1.321510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.96E-21	1	9.77E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	51207192	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	72	53	73.6	49	27	55.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.996578372	0.999144593	4	4.258200946	1.064550236	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.19E-105	1	3.33E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	51350409	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	79	12	15.2	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.825380316	0.825380316	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.17E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	52435189	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	98	60	61.2	73	37	50.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.323241798	1.107747266	3	3.918163121	0.97954078	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-111	1	5.33E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	52609785	G	A	BCAS1	CCDS13444.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	85	58	68.2	74	40	54.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.703351154	0.925837789	4	4.180919622	1.045229905	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.34E-112	1	1.06E-71	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	52991923	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	29	60.4	64	28	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.279800729	1.09326691	3	3.384921986	1.128307329	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.96E-54	1	3.50E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	53521765	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	86	10	11.6	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.629895504	0.629895504	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.45E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	53950137	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	84	12	14.3	95	10	10.5	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.776509113	0.776509113	1	0.811453901	0.811453901	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	1.98E-14	1	6.70E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	54101641	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	87	71	81.6	83	35	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.430989064	1.107747266	4	3.261271868	1.087090623	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.64E-147	1	7.09E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	54222576	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	101	17	16.8	68	9	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.912262454	0.912262454	1	1.020113475	1.020113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.10E-21	1	7.38E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	54673876	A	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	61	10	16.4	68	9	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.89054192	0.89054192	1	1.020113475	1.020113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.98E-13	1	7.38E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	54673886	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	9	14.3	65	8	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.776509113	0.776509113	1	0.950560284	0.950560284	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.62E-11	1	1.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	54693816	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	76	11	14.5	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.78736938	0.78736938	1	0.656891253	0.656891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.08E-13	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	55856471	C	G	-	-	-	-	-	-	10	0	0	72	16	22.2	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.205489672	1.205489672	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.82E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	55902036	C	T	SPO11	CCDS13456.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	89	17	19.1	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.037155529	1.037155529	1	1.00465721	1.00465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.11E-22	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	56325337	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	93	75	80.6	89	43	48.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.376687728	1.094171932	4	3.732687943	0.933171986	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-154	1	4.51E-74	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	57133840	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	83	12	14.5	69	0	0	2	0	0	4	0	0	1	0	0	TRUE	TRUE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.78736938	0.78736938	1	0	0	1	0	0	1	0	0	1	5	NA	1.70E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	57640458	C	A	ENSG00000234857	ENST00000445014	r.?	-	-	intronic	13	0	0	88	12	13.6	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738498177	0.738498177	1	1.221044917	1.221044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.53E-14	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	57646172	A	C	ENSG00000234857	ENST00000445014	r.?	-	-	intronic	28	0	0	77	16	20.8	70	4	5.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.129467801	1.129467801	1	0.440503546	0.440503546	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-21	1	0.000440508	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	58082777	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	96	18	18.8	65	6	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.020865128	1.020865128	1	0.71098818	0.71098818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.60E-23	1	0.000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	58460485	G	C	SYCP2	CCDS13482.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	90	22	24.4	75	4	5.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.324952612	1.324952612	1	0.409591017	0.409591017	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.17E-31	1	0.000572493	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	58793832	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	91	17	18.7	89	10	11.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.015434994	1.015434994	1	0.865550827	0.865550827	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.18E-22	1	3.47E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	59418202	C	T	ENSG00000237240	ENST00000456299	r.?	-	-	intronic	17	0	0	83	62	74.7	60	30	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.056309842	1.014077461	4	3.864066194	0.966016548	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.80E-124	1	9.52E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	60026953	A	G	CDH4	CCDS13488.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	105	63	60	91	31	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.258080194	1.086026731	3	2.635293144	0.878431048	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-116	1	6.88E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	60449026	C	A	CDH4	CCDS13488.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	68	47	69.1	90	52	57.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.752222357	0.938055589	4	4.46686052	1.11671513	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-91	1	6.49E-95	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	60971599	C	T	CABLES2	CCDS33503.1	r.421g>a	c.412G>A	p.V138M	missense	9	0	0	78	11	14.1	83	0	0	8	0	0	12	1	8.3	3	0	0	TRUE	TRUE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.765648846	0.765648846	1	0	0	1	0.450701094	0.450701094	1	0	0	1	5	8	2.79E-13	0.058377193	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	60991803	G	C	C20orf151	CCDS13498.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	62	48	77.4	79	49	62	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.202923451	1.050730863	4	4.79144208	1.19786052	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.64E-98	1	8.50E-92	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	61916174	G	A	ARFGAP1	CCDS13516.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	75	55	73.3	75	42	56	13	0	0	27	19	70.4	9	6	66.7	TRUE	TRUE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.980287971	0.995071993	4	4.327754137	1.081938534	4	3.822814095	0.955703524	4	5.154664303	1.288666076	4	6	8	2.02E-109	4.08E-38	3.93E-76	1.30E-12	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	61960474	C	T	COL20A1	CCDS46628.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	77	58	75.3	73	37	50.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.088890644	1.022222661	4	3.918163121	0.97954078	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-116	1	5.33E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	62240973	C	A	GMEB2	CCDS13528.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	32	6	18.8	31	2	6.5	2	0	0	1	0	0	5	0	0	TRUE	TRUE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.020865128	1.020865128	1	0.502328605	0.502328605	1	0	0	1	0	0	1	6	NA	1.27E-08	1	0.010558179	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	62474746	C	G	C20orf181	ENST00000429183	r.?	-	-	downstream	11	0	0	81	15	18.5	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.004574727	1.004574727	1	1.306054374	1.306054374	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.82E-19	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	62691662	G	A	TCEA2	CCDS13554.1	r.?	-	-	upstream	15	0	0	90	17	18.9	75	10	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.026295261	1.026295261	1	1.027841608	1.027841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.05E-22	1	6.02E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	9739867	C	T	CR381670.1	ENST00000512548	r.?	-	-	intronic	14	0	0	26	9	34.6	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840826245	0.840826245	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.65E-15	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	9830893	C	T	-	-	-	-	-	-	124	3	2.4	148	40	27	188	24	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.656136087	0.656136087	1	0.605200946	0.605200946	1	NA	NA	0	NA	NA	0	4	NA	1.27E-56	1	3.58E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	10402086	C	T	-	-	-	-	-	-	100	1	1	104	32	30.8	144	13	9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748481166	0.748481166	1	0.425531915	0.425531915	1	NA	NA	0	NA	NA	0	4	NA	1.05E-47	1	6.99E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	10496476	A	G	-	-	-	-	-	-	74	0	0	100	32	32	152	20	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77764277	0.77764277	1	0.624113475	0.624113475	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.39E-48	1	2.45E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	10586895	A	G	-	-	-	-	-	-	83	0	0	93	10	10.8	130	3	2.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.262454435	0.262454435	1	0.108747045	0.108747045	1	NA	NA	0	NA	NA	0	3	NA	5.41E-11	1	0.027968975	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	10595511	C	G	-	-	-	-	-	-	75	0	0	102	12	11.8	94	10	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.286755772	0.286755772	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	2.18E-13	1	6.03E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	11012167	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	88	24	27.3	86	15	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.03E-34	1	4.76E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	14591447	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	29	26	89.7	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.37E-57	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	14679628	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	13	31	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.72E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	14808050	C	A	-	-	-	-	-	-	38	1	2.6	67	18	26.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.653705954	0.653705954	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.83E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	15076738	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	38	19	50	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.16E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	15714323	G	T	ENSG00000233112	ENST00000450407	r.?	-	-	upstream	39	0	0	43	18	41.9	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-30	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	15784239	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	42	5	11.9	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.289185905	0.289185905	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000228	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	16034886	T	A	ENSG00000243440	ENST00000400562	r.?	-	-	upstream	28	0	0	40	36	90	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-78	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	20040641	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	41	34	82.9	39	16	41	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.938534279	0.969267139	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	5.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	20590301	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	34	11	32.4	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	22149880	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	32	84.2	49	21	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-68	1	1.63E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	23128965	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	49	40	81.6	39	14	35.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.697399527	0.848699764	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-83	1	8.19E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	23238130	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	11	33.3	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.54E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	23627728	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	34	81	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.61E-71	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	23970898	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	34	17	50	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.64E-30	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	24409349	T	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	35	7	20	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.65E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	25089496	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	21	50	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-37	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	25264835	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	47	39	83	30	12	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.017010936	1.008505468	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.50E-82	1	1.94E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	27071850	C	G	JAM2	CCDS42911.1	r.?	-	-	intronic	5	0	0	26	22	84.6	40	16	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.50E-47	1	8.56E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	27364309	C	T	APP	CCDS33523.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	39	15	38.5	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.85E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	29450173	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	48	18	37.5	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-29	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	31902730	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	35	15	42.9	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.06855792	1.06855792	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.02E-26	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	32379579	A	T	TIAM1	ENST00000461148	r.?	-	-	intronic	34	0	0	31	29	93.5	43	19	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.27217497	1.136087485	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.58E-65	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	33295890	G	C	HUNK	CCDS13610.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	27	5	18.5	30	4	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.449574727	0.449574727	1	0.628841608	0.628841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000023	1	0.0000154	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	34500283	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	29	70.7	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.718104496	0.859052248	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.39E-57	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	36249413	C	T	RUNX1	CCDS42922.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	35	13	37.1	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.901579587	0.901579587	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.63E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	36250343	G	T	RUNX1	CCDS42922.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	32	15	46.9	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.139732685	1.139732685	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.59E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	36250345	C	A	RUNX1	CCDS42922.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	33	16	48.5	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.178614824	1.178614824	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.64E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	36539699	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	42	19	45.2	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.098420413	1.098420413	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.64E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	38488956	T	A	TTC3L	CCDS13651.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	49	15	30.6	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.10E-23	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	38495133	A	G	TTC3L	CCDS13651.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	26	21	80.8	39	17	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.963547995	0.981773998	2	2.061465721	1.030732861	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-44	1	3.51E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	39095435	C	T	KCNJ6	CCDS42927.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	45	43	95.6	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.323207776	1.161603888	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-96	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	39751066	C	A	ERG	CCDS13657.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	46	38	82.6	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.007290401	1.0036452	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.13E-80	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	40476688	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	35	15	42.9	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.02E-26	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	41218496	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	41	15	36.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.889428919	0.889428919	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.71E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	41446656	G	T	DSCAM	CCDS42929.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	55	45	81.8	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.929078014	0.964539007	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.92E-94	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	42866011	C	T	TMPRSS2	CCDS33564.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	44	15	34.1	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.828675577	0.828675577	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.12E-24	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	43895957	G	A	RSPH1	CCDS13688.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	37	31	83.8	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	44880703	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	48	41	85.4	62	23	37.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.754137116	0.877068558	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-87	1	5.90E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	45942263	G	A	C21orf29	CCDS13712.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	34	12	35.3	57	14	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857837181	0.857837181	1	1.163120567	1.163120567	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.21E-19	1	3.84E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	16309717	C	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	18	12	66.7	29	9	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.287899149	1.143949575	2	1.490456154	1.490456154	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.41E-24	1	1.79E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	16560733	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	42	27	64.3	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.205575942	1.102787971	2	0.701956769	0.701956769	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.84E-52	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	17174510	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	55	48	87.3	66	25	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.994506683	0.998168894	3	1.822202847	0.948960531	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.97E-103	1	2.57E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	17576632	G	T	IL17RA	CCDS13739.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	76	67	88.2	34	13	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.025377886	1.008459295	3	1.836626616	0.956472092	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.23E-144	1	1.03E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18172608	C	T	BCL2L13	CCDS13746.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	20	6	30	11	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.029040097	1.029040097	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.70E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18226220	C	T	BID	CCDS13747.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	51	47	92.2	56	23	41.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.162583232	1.054194411	3	1.976056385	0.988028193	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-103	1	3.22E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18226626	C	A	BID	CCDS13747.1	r.631g>u	c.304G>T	p.E102*	nonsense	11	0	0	48	45	93.8	58	22	37.9	11	0	0	7	7	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.217465371	1.072488457	3	1.822202847	0.948960531	1.920209309	3.430133657	1.143377886	3	NA	NA	0	6	NA	4.84E-100	7.81E-17	1.13E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18289219	A	G	ENSG00000093100	CCDS46659.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	42	8	19	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.651725395	0.651725395	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.96E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18574359	G	C	PEX26	CCDS13750.1	r.?	-	-	downstream	24	0	0	57	50	87.7	50	22	44	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.008227217	1.002742406	3	2.115486154	1.057743077	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.27E-107	1	1.85E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	19241335	C	T	ENSG00000249108	ENST00000505027	r.?	-	-	intronic	18	0	0	59	14	23.7	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.812941677	0.812941677	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.58E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	19243019	G	A	ENSG00000249108	ENST00000505027	r.?	-	-	intronic	22	0	0	59	10	16.9	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.579692588	0.579692588	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.91E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	19468731	C	A	CDC45L	CCDS13762.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	47	9	19.1	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.655155529	0.655155529	1	1.312563	1.312563	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.24E-12	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	20046438	A	G	C22orf25	CCDS13772.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	59	52	88.1	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.021947752	1.007315917	3	1.572190847	0.818760142	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.32E-112	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	21124465	G	C	PI4KA	CCDS33603.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	53	10	18.9	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.648295261	0.648295261	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.57E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	21538027	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	131	43	32.8	93	22	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.12508384	1.12508384	1	1.13947777	1.13947777	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.59E-65	1	2.05E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	21663428	G	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	89	15	16.9	74	10	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.579692588	0.579692588	1	0.649069616	0.649069616	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.23E-19	1	5.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	21767878	C	A	HIC2	CCDS13789.1	r.?	-	-	upstream	9	0	0	43	24	55.8	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.914014581	0.95700729	2	0.557719077	0.557719077	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.35E-44	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	21875589	G	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	10	5	50	3	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.715066829	1.715066829	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.71E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	24151526	C	A	SMARCB1	CCDS13817.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	45	13	28.9	45	1	2.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.991308627	0.991308627	1	0.105774308	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.68E-20	1	0.201934322	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	25065799	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	49	18	36.7	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.258859052	1.258859052	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.80E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	25579108	C	T	KIAA1671	CCDS46676.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	47	40	85.1	37	13	35.1	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.919043742	0.973014581	3	1.687581	0.878852629	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.53E-85	1	3.89E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	26241839	G	A	MYO18B	ENST00000335473	r.?	-	-	intronic	27	0	0	60	55	91.7	39	23	59	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.145432564	1.048477521	3	2.836674616	1.418337308	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.48E-120	1	4.16E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	26269557	G	A	MYO18B	ENST00000335473	r.?	-	-	intronic	15	0	0	45	39	86.7	46	25	54.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.973925881	0.991308627	3	2.610702231	1.305351116	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.44E-83	1	1.87E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	26471478	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	52	46	88.5	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.035668287	1.011889429	3	1.543343308	0.80373702	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.81E-99	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	27421927	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	55	10	18.2	36	7	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.624284326	0.624284326	1	0.932737077	0.932737077	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.33E-13	1	5.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	28137701	A	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	46	11	23.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.819801944	0.819801944	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.55E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	29555899	G	C	KREMEN1	CCDS13849.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	53	8	15.1	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.517950182	0.517950182	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.83E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	30357097	G	C	MTMR3	CCDS13871.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	43	4	9.3	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.31900243	0.31900243	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000066	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	31370091	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	47	44	93.6	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.210605103	1.070201701	3	1.903937539	0.991526043	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.08E-98	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	32030437	C	T	PISD	CCDS13899.1	r.?	-	-	upstream	18	0	0	58	52	89.7	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.076829891	1.025609964	3	2.07702277	1.038511385	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.73E-113	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	32038737	C	T	PISD	ENST00000439502	r.?	-	-	intronic	11	0	0	53	47	88.7	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.042528554	1.014176185	3	1.961632616	0.980816308	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.58E-101	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	32620109	G	A	SLC5A4	CCDS13903.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	56	46	82.1	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.816139733	0.938713244	3	2.004903924	1.002451962	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.82E-96	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	32768906	T	C	RFPL3S	ENST00000400234	r.?	-	-	upstream	22	0	0	65	58	89.2	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.059679222	1.019893074	3	1.778931539	0.926425849	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.33E-125	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	32772871	C	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	34	7	20.6	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.706607533	0.706607533	1	1.101014385	1.101014385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.73E-10	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	33557859	G	T	LARGE	ENST00000452586	r.?	-	-	downstream	40	0	0	69	60	87	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	2.984216282	0.994738761	3	1.769315693	0.921418141	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.70E-128	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	33672459	C	G	LARGE	CCDS13912.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	53	5	9.4	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.322432564	0.322432564	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000734	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	33712758	G	T	LARGE	CCDS13912.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	45	41	91.1	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.124851762	1.041617254	3	1.70200477	0.88636419	1.920209309	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.64E-90	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	33791005	G	T	LARGE	CCDS13912.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	45	25	55.6	36	8	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.907154313	0.953577157	2	1.067358923	1.067358923	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.58E-46	1	1.04E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	34631309	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	65	25	38.5	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	1.320601458	1.320601458	1	1.048127231	1.048127231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.60E-40	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	35086734	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	48	12	25	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.857533414	0.857533414	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.44E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	35223775	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	38	35	92.1	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	3.159153098	1.053051033	3	1.980864308	0.990432154	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.42E-77	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	37232249	A	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	72	65	90.3	60	28	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	3.097410693	1.032470231	3	3.79479984	0.94869996	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.86E-141	1	3.31E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	37917105	C	T	CARD10	CCDS13948.1	r.?	-	-	upstream	20	0	0	60	50	83.3	70	41	58.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.857301337	0.952433779	3	4.761783097	1.034670298	4.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.38E-105	1	1.60E-75	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	38749463	T	C	CSNK1E	CCDS13970.1	r.?	-	-	intronic	3	0	0	52	43	82.7	75	42	56	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.836720535	0.945573512	3	4.550509444	0.988763425	4.602222666	3.430133657	3.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	4.00E-90	0.000025	3.93E-76	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	39757160	C	T	SYNGR1	CCDS13989.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	58	37	63.8	53	7	13.2	33	1	3	27	11	40.7	68	33	48.5	TRUE	TRUE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.188425273	1.094212637	2	1.072620083	1.072620083	1	1.396064399	1.396064399	1	3.941066215	0.985266554	4	6	8	2.20E-70	5.92E-19	9.85E-09	2.71E-57	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	39757170	G	A	SYNGR1	CCDS13989.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	60	36	60	56	7	12.5	36	0	0	27	11	40.7	78	40	51.3	TRUE	TRUE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.058080194	1.029040097	2	1.015738715	1.015738715	1	1.396064399	1.396064399	1	4.168591687	1.042147922	4	6	8	4.67E-67	5.92E-19	1.46E-08	2.00E-70	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	41128129	G	C	Z98048.1	ENST00000499213	r.?	-	-	intronic	30	0	0	46	39	84.8	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.908753341	0.969584447	3	4.241724875	1.060431219	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	41383421	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	60	53	88.3	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	3.028808019	1.009602673	3	2.153366076	1.076683038	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.14E-114	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	41673724	C	G	RANGAP1	CCDS14012.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	55	33	60	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.058080194	1.029040097	2	1.503293299	1.503293299	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.36E-61	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	42112603	C	T	MEI1	CCDS46718.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	52	32	61.5	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.109532199	1.0547661	2	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.66E-60	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	43965725	C	A	EFCAB6	CCDS14049.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	65	21	32.3	79	32	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	1.107933171	1.107933171	1	3.290993437	0.91360078	3.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.35E-32	1	2.44E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	44144116	A	T	EFCAB6	CCDS14049.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	68	17	25	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.857533414	0.857533414	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.69E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	45237366	C	T	ARHGAP8	CCDS33664.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	42	14	33.3	76	37	48.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	1.142234508	1.142234508	1	3.957318035	0.989329509	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.83E-22	1	4.04E-64	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	45822091	G	A	RIBC2	ENST00000342894	r.?	-	-	intronic	6	0	0	44	9	20.5	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.7031774	0.7031774	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.18E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	45950135	T	G	FBLN1	CCDS14067.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	48	14	29.2	48	16	33.3	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	1.001599028	1.001599028	1	2.705927937	1.039852574	2.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.51E-21	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47059387	G	T	GRAMD4	CCDS33672.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	42	12	28.6	50	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.981018226	0.981018226	1	0.162518194	0.162518194	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.35E-18	1	0.221687443	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47876302	T	C	ENSG00000218357	ENST00000405369	r.?	-	-	intronic	43	0	0	63	57	90.5	53	29	54.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	3.10427096	1.034756987	3	4.444872618	0.965809988	4.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.58E-124	1	1.29E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47970508	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	64	53	82.8	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.840150668	0.946716889	3	3.876058937	0.969014734	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.82E-111	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	48361043	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	62	55	88.7	39	17	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	3.042528554	1.014176185	3	3.542896639	0.983530716	3.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.32E-118	1	3.51E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	49361798	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	49	24	49	71	11	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	1.680765492	0.840382746	2	1.259516007	1.259516007	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.34E-42	1	9.49E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	50222422	G	A	BRD1	CCDS14080.1	r.?	-	-	upstream	9	0	0	45	39	86.7	58	30	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	2.973925881	0.991308627	3	4.201095326	1.050273832	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	2.36E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	50239685	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	48	45	93.8	62	28	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	3.217465371	1.072488457	3	3.672911194	1.019623587	3.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.84E-100	1	1.10E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	316776	C	G	CHL1	CCDS2556.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	73	39	53.4	57	13	22.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.365691373	1.182845687	2	1.446938039	1.446938039	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.14E-69	1	2.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	322318	C	A	CHL1	CCDS2556.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	62	5	8.1	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.358840826	0.358840826	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000016	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	611205	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	72	68	94.4	70	48	68.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	4.182046173	1.045511543	4	4.353506555	1.203261961	3.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.42E-151	1	2.74E-93	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	795885	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	71	12	16.9	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.748692588	0.748692588	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.38E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	810204	T	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	93	18	19.4	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.85944593	0.85944593	1	0.996356456	0.996356456	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.95E-23	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	905416	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	72	64	88.9	59	31	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	3.938388821	0.984597205	4	3.331765221	0.920863746	3.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.24E-138	1	2.25E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	1104436	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	67	61	91	35	16	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	4.031421628	1.007855407	4	2.900222297	0.966740766	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.20E-133	1	5.66E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	1342195	A	G	CNTN6	CCDS2557.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	80	8	10	42	2	4.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.443013366	0.443013366	1	0.304618534	0.492840805	0.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.22E-09	1	0.018854633	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	2165209	G	A	CNTN4	CCDS43041.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	90	32	35.6	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.577127582	0.788563791	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.22E-50	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	2300389	G	T	CNTN4	CCDS43041.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	78	19	24.4	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.080952612	1.080952612	1	0.920201823	0.920201823	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.67E-27	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	2478103	C	G	CNTN4	CCDS43041.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	94	11	11.7	66	0	0	286	0	0	603	66	10.9	303	1	0.3	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.518325638	0.518325638	1	0	NA	0	0.482884569	0.482884569	1	0.019038658	NA	0	NA	NA	2.30E-12	1.39E-64	1	0.781025539	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	3	2505950	T	A	CNTN4	CCDS43041.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	106	59	55.7	60	17	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.467584447	0.822528149	3	1.795980109	0.897990055	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.40E-106	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	3260515	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	83	14	16.9	67	7	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.748692588	0.748692588	1	0.660006825	0.660006825	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-17	1	5.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	3806175	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	97	40	41.2	58	16	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.825215067	0.912607533	2	1.751556573	1.082485977	1.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.00E-65	1	1.00E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	3938631	T	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	94	87	92.6	65	35	53.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	4.102303767	1.025575942	4	3.414266074	0.943666086	3.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.39E-191	1	7.57E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	4621665	C	T	ITPR1	CCDS46740.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	86	16	18.6	81	1	1.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.82400486	0.82400486	1	0.076154634	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.06E-20	1	0.333700419	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	4661302	C	T	ITPR1	CCDS46740.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	18	14	77.8	21	13	61.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	3.446643985	0.861660996	4	3.928309851	1.085742207	3.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.83E-29	1	2.39E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	4793051	C	A	ITPR1	CCDS46740.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	88	16	18.2	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.806284326	0.806284326	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.57E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	4953121	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	97	17	17.5	93	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.77527339	0.77527339	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.97E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6043680	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	89	16	18	77	9	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.797424058	0.797424058	1	0.742507678	0.742507678	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.91E-20	1	2.32E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6047314	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	81	44	54.3	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.405562576	0.801854192	3	1.662709501	1.027577268	1.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.51E-79	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6281062	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	87	29	33.3	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.475234508	0.737617254	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.43E-44	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6295741	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	70	32	45.7	75	16	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.024571081	1.012285541	2	1.351744747	1.351744747	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.68E-54	1	9.88E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6666549	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	70	63	90	79	44	55.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	3.987120292	0.996780073	4	3.534844244	0.976992583	3.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-136	1	1.56E-79	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6669421	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	99	28	28.3	61	21	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.253727825	1.253727825	1	2.183099497	1.091549748	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.51E-41	1	4.80E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6933526	G	T	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	83	30	36.1	68	29	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.59927825	0.799639125	2	2.703489493	1.032620158	2.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.51E-47	1	2.12E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6961007	G	A	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	61	44	72.1	47	23	48.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	3.194126367	1.064708789	3	3.10330132	1.034433773	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.81E-87	1	1.71E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	7057502	G	A	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	78	53	67.9	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	3.008060753	1.002686918	3	1.999059132	0.999529566	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.68E-102	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	7383170	C	A	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	94	22	23.4	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.036651276	1.036651276	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.67E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	7467559	T	G	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	75	6	8	55	0	0	182	0	0	395	19	4.8	228	1	0.4	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.354410693	0.354410693	1	0	NA	0	0.212646416	0.212646416	1	0.025384878	NA	0	NA	NA	0.00000234	3.66E-13	1	0.681094206	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	3	7506388	G	A	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	69	34	49.3	75	17	22.7	0	0	NA	1	1	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.184055893	1.092027947	2	1.440591819	1.440591819	1	4.430133657	4.430133657	1	NA	NA	0	6	NA	2.75E-59	0.005	1.72E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	7507283	G	T	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	34	1	2.9	88	31	35.2	68	14	20.6	0	0	NA	4	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.559407047	0.779703524	2	1.30732121	1.30732121	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	1.97E-48	1	5.84E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	7730789	G	A	GRM7	CCDS43042.1	r.?	-	-	intronic	51	0	0	63	11	17.5	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.77527339	0.77527339	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.37E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	8014665	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	67	13	19.4	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.85944593	0.85944593	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.41E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	8109509	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	89	27	30.3	69	17	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	1.342330498	1.342330498	1	1.561169989	0.964824457	1.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.66E-40	1	3.56E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	8367451	C	A	ENSG00000234563	ENST00000446572	r.?	-	-	intronic	27	0	0	111	62	55.9	89	26	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.476444714	0.825481571	3	1.853096085	0.926548042	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.57E-111	1	2.27E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	8371721	C	T	ENSG00000234563	ENST00000446572	r.?	-	-	intronic	31	0	0	92	10	10.9	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.482884569	0.482884569	1	0.818662311	0.818662311	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	4.85E-11	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	8833879	C	A	RAD18	ENST00000427329	r.?	-	-	intronic	46	0	0	77	17	22.1	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.979059538	0.979059538	1	1.091549748	1.091549748	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.82E-23	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	13142144	A	G	-	-	-	-	-	-	10	0	0	50	8	16	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.708821385	0.708821385	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.74E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	13486854	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	78	16	20.5	58	8	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.9081774	0.9081774	1	0.875778287	0.875778287	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.96E-21	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	14988282	T	C	NR2C2	CCDS2621.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	81	39	48.1	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	2.130894289	1.065447145	2	2.049828888	1.024914444	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.00E-67	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	18344742	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	42	35	83.3	42	24	57.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.699763593	1.349881797	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	1.93E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	18476413	C	G	SATB1	CCDS2631.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	26	6	23.1	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.561360875	0.561360875	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.30E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	19166763	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	5	11.4	51	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.277035237	0.277035237	1	0.094562648	0.094562648	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000288	1	0.225579006	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	20304105	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	50	20	40	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.90E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	22995817	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	29	18	62.1	50	21	42	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.509113001	0.754556501	2	1.985815603	0.992907801	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.25E-34	1	2.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	23493117	A	G	UBE2E2	CCDS2637.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	54	48	88.9	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.91E-104	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	25012409	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	17	43.6	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.059538275	1.059538275	1	0.747044917	0.747044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.51E-29	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	26413946	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	38	33	86.8	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	26597541	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	40	31	77.5	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.883353584	0.941676792	2	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-63	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	28400852	G	C	ZCWPW2	CCDS33723.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	44	41	93.2	47	16	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.264884569	1.132442284	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.93E-91	1	1.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	28787100	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	45	18	40	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-30	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	29335014	A	G	RBMS3	CCDS33725.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	36	33	91.7	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.228432564	1.114216282	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-73	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	29859202	A	G	RBMS3	CCDS33725.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	30	22	73.3	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.781287971	0.890643985	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-44	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	31387274	A	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	42	15	35.7	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0.964539007	0.964539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.65E-24	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	31862012	G	A	OSBPL10	CCDS2651.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	34	6	17.6	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.427703524	0.427703524	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.86E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	32308712	C	T	CMTM8	CCDS2652.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	31	23	74.2	37	18	48.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.803159174	0.901579587	2	2.29787234	1.14893617	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.05E-47	1	6.16E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	32518000	G	T	CMTM6	CCDS2653.1	r.?	-	-	downstream	21	0	0	34	31	91.2	66	27	40.9	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.216281896	1.108140948	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	4.728132388	4.728132388	1	6	NA	2.75E-68	1	1.51E-44	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	34660938	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	34	82.9	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.673758865	0.836879433	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	35184495	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	30	78.9	58	23	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.917375456	0.958687728	2	1.877068558	0.938534279	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.38E-62	1	8.87E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	35796383	T	A	ENSG00000172995	CCDS2661.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	37	32	86.5	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	36660015	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	34	30	88.2	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.143377886	1.071688943	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-65	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	37562892	C	A	ITGA9	CCDS2669.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	40	17	42.5	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.07E-29	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	38045959	G	A	VILL	CCDS2670.2	r.?	-	-	intronic	8	0	0	44	18	40.9	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.993924666	0.993924666	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.47E-30	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	38569637	C	T	EXOG	CCDS2680.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	45	26	57.8	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.404617254	0.702308627	2	1.115839243	1.115839243	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.32E-48	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	38860099	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	30	23	76.7	37	17	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.863912515	0.931956258	2	2.170212766	1.085106383	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-47	1	1.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	42020499	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	40	35	87.5	40	18	45	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.127659574	1.063829787	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.87E-75	1	3.90E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	42781613	C	T	CCDC13	CCDS2705.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	48	16	33.3	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.96E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	44002185	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	35	11	31.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.763061968	0.763061968	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.82E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	45212751	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	44	39	88.6	46	17	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	1.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	45692205	C	T	LIMD1	CCDS2729.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	46	21	45.7	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	45829913	A	C	SLC6A20	CCDS43077.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	37	16	43.2	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.78E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	47216178	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	42	38	90.5	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.19927096	1.09963548	2	1.408983452	1.408983452	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.99E-83	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	49266672	A	T	CCDC36	CCDS33755.2	r.?	-	-	intronic	21	0	0	44	38	86.4	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	1.763593381	0.88179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	52914024	C	T	TMEM110	CCDS2866.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	47	21	44.7	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.29E-36	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	55531783	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	29	12	41.4	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.006075334	1.006075334	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.17E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	59720740	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	27	5	18.5	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.449574727	0.449574727	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000023	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	60455586	G	A	FHIT	CCDS2894.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	50	42	84	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.041312272	1.020656136	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.17E-88	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	61933182	G	A	PTPRG	CCDS2895.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	38	15	39.5	36	8	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	1.04E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	62308283	G	T	C3orf14	CCDS2896.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	51	19	37.3	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.906439854	0.906439854	1	0.8321513	0.8321513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.94E-31	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	62837568	G	C	CADPS	CCDS46858.1	r.?	-	-	intronic	25	1	4	10	8	80	19	4	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-17	1	0.00000228	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	63236241	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	26	21	80.8	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.963547995	0.981773998	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-44	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	63603817	G	A	SYNPR	CCDS46859.1	r.?	-	-	downstream	9	0	0	33	25	75.8	54	18	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.842041312	0.921020656	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.98E-51	1	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	63761426	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	35	32	91.4	36	18	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.221142163	1.110571081	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-70	1	3.18E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	63799308	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	44	18	40.9	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.993924666	0.993924666	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.47E-30	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	64272626	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	17	43.6	45	15	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.059538275	1.059538275	1	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.51E-29	1	9.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	64718988	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	56	21	37.5	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.43E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	65492744	A	C	MAGI1	CCDS33781.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	29	14	48.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.173754557	1.173754557	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.41E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	66667108	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	42	87.5	34	10	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	1.390070922	1.390070922	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.71E-90	1	1.15E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	67237329	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	30	26	86.7	29	15	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.444444444	1.222222222	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-56	1	2.22E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	68691381	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	37	8	21.6	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.52490887	0.52490887	1	1.139479905	1.139479905	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.33E-11	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	72907473	G	A	AC103560.1	ENST00000509224	r.?	-	-	intronic	14	0	0	28	25	89.3	55	31	56.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.170109356	1.085054678	2	2.666666667	1.333333333	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.62E-55	1	1.03E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	73582865	T	C	PDZRN3	CCDS33789.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	28	25	89.3	45	24	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.170109356	1.085054678	2	2.520094563	1.260047281	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.62E-55	1	2.03E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	75491382	T	C	-	-	-	-	-	-	6	0	0	39	13	33.3	34	11	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	1.531914894	1.531914894	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-21	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	75560230	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	43	20	46.5	34	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.130012151	1.130012151	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.21E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	75815209	G	C	ZNF717	CCDS46871.1	r.?	-	-	intronic	68	0	0	64	6	9.4	88	6	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.228432564	0.228432564	1	0.321513002	0.321513002	1	NA	NA	1	NA	NA	1	2	NA	0.000000914	1	0.00000596	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	75924815	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	26	78.8	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	76467537	G	A	ROBO2	ENST00000487694	r.?	-	-	intronic	23	0	0	45	31	68.9	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.67436209	0.837181045	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.26E-61	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	76965653	C	A	ROBO2	ENST00000487694	r.?	-	-	intronic	21	0	0	31	23	74.2	37	10	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.803159174	0.901579587	2	1.276595745	1.276595745	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.05E-47	1	3.01E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	77287665	A	C	ROBO2	CCDS43109.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	45	17	37.8	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.918590522	0.918590522	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.37E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	78527361	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	44	5	11.4	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.277035237	0.277035237	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000288	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	78944062	C	G	ROBO1	CCDS46872.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	51	21	41.2	62	14	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	1.06855792	1.06855792	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.73E-35	1	1.42E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	79721290	C	G	ROBO1	ENST00000464233	r.?	-	-	intronic	36	0	0	42	32	76.2	56	18	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851761847	0.925880923	2	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	80141980	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	43	35	81.4	39	17	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	2.061465721	1.030732861	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	3.51E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	80352222	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	32	28	87.5	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	1.323877069	1.323877069	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-60	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	80710606	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	41	10	24.4	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.592952612	0.592952612	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.51E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	81464123	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	36	31	86.1	59	25	42.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.092345079	1.046172539	2	2.004728132	1.002364066	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-66	1	7.66E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	81590121	C	T	GBE1	ENST00000429644	r.?	-	-	intronic	23	0	0	45	23	51.1	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.241798299	1.241798299	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.42E-41	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	82696939	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	35	9	25.7	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.62454435	0.62454435	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.23E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	82988314	C	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	25	20	80	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.95E-42	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	85596484	C	T	CADM2	ENST00000383699	r.?	-	-	intronic	27	0	0	53	41	77.4	47	20	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	2.014184397	1.007092199	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.14E-83	1	8.18E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	86341624	A	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	36	14	38.9	30	4	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.945321993	0.945321993	1	0.628841608	0.628841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.09E-23	1	0.0000154	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	86450138	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	14	35.9	55	9	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0.775413712	0.775413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-23	1	1.01E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	87375277	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	44	38	86.4	54	18	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	87832100	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	39	33	84.6	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.063829787	1.063829787	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	89071526	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	36	28	77.8	55	25	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-57	1	7.96E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	89542286	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	43	38	88.4	45	15	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	9.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	89754191	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	5	11.9	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.289185905	0.289185905	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000228	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	89930793	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	29	74.4	68	21	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	1.460992908	0.730496454	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-58	1	7.15E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	93603470	C	A	PROS1	CCDS2923.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	62	57	91.9	38	16	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.233292831	1.116646416	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.38E-125	1	3.06E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	94761999	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	44	35	79.5	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.226950355	1.113475177	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-72	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	96197301	A	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	40	17	42.5	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.07E-29	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	99281180	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	35	12	34.3	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.833535844	0.833535844	1	1.030732861	1.030732861	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.83E-19	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	102758648	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	9	24.3	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.590522479	0.590522479	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.14E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	102924629	G	A	-	-	-	-	-	-	47	0	0	44	7	15.9	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.386391252	0.386391252	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.55E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	103668174	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	37	11	29.7	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.721749696	0.721749696	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.70E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	103684263	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	11	29.7	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.721749696	0.721749696	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.70E-17	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	103773084	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	49	3	6.1	47	1	2.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.148238153	0.148238153	1	0.09929078	0.09929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.001939399	1	0.209895027	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	104190605	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	32	80	56	20	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.687943262	0.843971631	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	6.31E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	104418445	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	41	34	82.9	42	23	54.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.591016548	1.295508274	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	4.86E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	105511212	G	A	CBLB	CCDS2948.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	40	8	20	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.61E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	108734929	G	A	MORC1	CCDS2955.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	47	6	12.8	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.311057108	0.311057108	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000141	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	108956082	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	45	22	48.9	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.188335358	1.188335358	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-39	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	108983133	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	41	16	39	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	1.163120567	1.163120567	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-26	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	110132666	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	36	81.8	36	14	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.839243499	0.919621749	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	2.09E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	110148460	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	35	24	68.6	45	21	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.667071689	0.833535844	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.36E-47	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	112161661	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	46	25	54.3	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.319562576	1.319562576	1	0.548463357	0.548463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.87E-45	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	112161833	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	16	43.2	47	4	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0.401891253	0.401891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.78E-27	1	0.0000939	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	114018597	G	A	TIGIT	CCDS2980.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	43	12	27.9	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.67800729	0.67800729	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.24E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	114253862	C	G	ZBTB20	CCDS2981.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	48	44	91.7	39	16	41	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.228432564	1.114216282	2	1.938534279	0.969267139	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-96	1	5.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	115305042	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	40	13	32.5	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.789793439	0.789793439	1	0.85106383	0.85106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-20	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	115790296	T	A	LSAMP	CCDS2982.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	33	31	93.9	47	15	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.281895504	1.140947752	2	1.508274232	1.508274232	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.43E-69	1	1.97E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	116036751	G	A	LSAMP	CCDS2982.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	32	13	40.6	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.986634265	0.986634265	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.88E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	116624762	C	G	LSAMP	ENST00000474851	r.?	-	-	intronic	30	0	0	53	10	18.9	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.459295261	0.459295261	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.57E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	116667729	G	T	LSAMP	ENST00000474851	r.?	-	-	intronic	40	0	0	44	23	52.3	34	6	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.270959903	1.270959903	1	0.8321513	0.8321513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-41	1	1.86E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	117332669	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	38	19	50	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.16E-34	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	117402236	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	47	15	31.9	54	0	0	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.775212637	0.775212637	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.97E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	117425252	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	51	13	25.5	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.619684083	0.619684083	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-19	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	117988335	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	36	31	86.1	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.092345079	1.046172539	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-66	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	120053197	C	A	LRRC58	CCDS46892.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	33	12	36.4	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.884568651	0.884568651	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.86E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	120105292	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	49	9	18.4	37	3	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.447144593	0.447144593	1	0.382978723	0.382978723	1	NA	NA	1	NA	NA	1	4	NA	3.35E-12	1	0.000855237	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	120105302	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	46	10	21.7	36	6	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.527339004	0.527339004	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.38E-14	1	2.68E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	121249585	G	A	POLQ	CCDS33833.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	33	13	39.4	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.957472661	0.957472661	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.37E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	122901287	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	37	86	37	14	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.787234043	0.893617021	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	3.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	123081935	A	C	ADCY5	CCDS3022.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	34	27	79.4	40	21	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.929526124	0.964763062	2	2.482269504	1.241134752	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.87E-56	1	5.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	125143505	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	52	20	38.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.03E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	125464301	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	38	31	81.6	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	125537245	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	26	20	76.9	49	24	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-41	1	3.34E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	125614654	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	49	17	34.7	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.843256379	0.843256379	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.26E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	125998619	G	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	50	23	46	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.117861482	1.117861482	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-39	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	126196081	C	T	ZXDC	CCDS43146.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	32	24	75	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.189125296	1.094562648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	126385953	G	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	32	14	43.8	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064398542	1.064398542	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	127191599	G	A	ENSG00000230883	ENST00000455379	r.?	-	-	intronic	10	0	0	21	17	81	45	20	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.48E-36	1	2.68E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	127810773	A	G	RUVBL1	CCDS3047.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	44	36	81.8	38	17	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	1.99E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	130748503	A	C	NEK11	CCDS3069.1	r.244a>c	c.?	p.?	5'UTR variant	41	0	0	51	47	92.2	54	23	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.240583232	1.120291616	2	2.014184397	1.007092199	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.74E-103	1	1.12E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	131482453	C	T	CPNE4	CCDS3072.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	31	13	41.9	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-22	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	132259547	A	G	DNAJC13	CCDS33857.1	r.?	-	-	downstream	34	0	0	46	33	71.7	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.742405832	0.871202916	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-65	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	132317441	G	A	ACAD11	CCDS3074.1	r.?	-	-	intronic	31	1	3.2	50	42	84	44	21	47.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.041312272	1.020656136	2	2.255319149	1.127659574	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.17E-88	1	8.60E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	134967318	C	G	EPHB1	CCDS46921.1	r.3027c>g	c.2657C>G	p.A886G	missense	15	0	0	44	36	81.8	59	23	39	105	0	0	59	50	84.7	55	17	30.9	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.843971631	0.921985816	2	2.058323208	1.029161604	2	1.460992908	1.460992908	1	6	9	2.48E-75	1.07E-105	1.45E-37	4.35E-26	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	3	136652159	C	T	NCK1	CCDS3092.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	53	21	39.6	30	7	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.962332928	0.962332928	1	1.101654846	1.101654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-34	1	1.44E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	137057452	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	49	7	14.3	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.58E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	139594790	A	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	32	29	90.6	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.201701094	1.100850547	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.11E-64	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	139625446	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	11	27.5	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.668286756	0.668286756	1	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.88E-17	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	140388309	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	37	28	75.7	31	13	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.839611179	0.919805589	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-57	1	2.32E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	140533216	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	44	22	50	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.51E-39	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	141205008	G	C	RASA2	CCDS3117.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	50	14	28	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.680437424	0.680437424	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.84E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	143703481	T	G	C3orf58	CCDS3130.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	51	28	54.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.334143378	0.667071689	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.56E-51	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	145087248	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	33	29	87.9	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	146574782	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	31	79.5	53	22	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	9.50E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	147850255	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	34	15	44.1	44	11	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.071688943	1.071688943	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.18E-26	1	3.22E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	147964558	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	32	16	50	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.51E-29	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	150416694	G	C	FAM194A	CCDS3151.2	r.?	-	-	intronic	42	0	0	45	13	28.9	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.702308627	0.702308627	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.68E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	150920785	T	A	MED12L	CCDS33876.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	41	6	14.6	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.354799514	0.354799514	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.05E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	151541083	T	A	AADAC	CCDS33877.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	37	20	54.1	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.314702309	1.314702309	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-36	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	151854383	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	18	39.1	43	12	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95018226	0.95018226	1	1.319148936	1.319148936	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-30	1	3.24E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	152351549	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	26	23	88.5	30	10	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.150668287	1.075334143	2	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-50	1	2.68E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	153658555	A	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	39	16	41	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.16E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	153667189	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	48	22	45.8	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.113001215	1.113001215	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-38	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	153916960	T	A	ENSG00000114790	CCDS46938.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	42	13	31	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.72E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	155530048	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	36	97.3	63	25	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.364520049	1.182260024	2	1.877068558	0.938534279	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.36E-82	1	6.06E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	155818155	G	A	KCNAB1	ENST00000472028	r.?	-	-	intronic	26	0	0	30	22	73.3	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.781287971	0.890643985	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-44	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	155825589	G	C	KCNAB1	ENST00000472028	r.?	-	-	intronic	23	0	0	36	28	77.8	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-57	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	156412290	A	C	TIPARP	CCDS3177.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	39	35	89.7	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	1.442080378	1.442080378	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-76	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	156875297	A	C	CCNL1	CCDS3178.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	88	47	53.4	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.297691373	1.297691373	1	1.026004728	1.026004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.25E-83	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	157674834	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	76	15	19.7	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.87273633	0.87273633	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.51E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	157722664	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	67	12	17.9	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.792993925	0.792993925	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.14E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	158520387	G	T	MFSD1	CCDS3185.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	76	35	46.1	82	32	39	210	0	0	138	47	34.1	65	15	23.1	TRUE	TRUE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	2.042291616	1.021145808	2	2.472441069	0.946765785	2.611460098	1.510675577	0.755337789	2	1.464445864	1.464445864	1	6	8	1.30E-59	8.99E-72	1.08E-51	5.00E-21	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	3	159035552	G	T	SCHIP1	CCDS3186.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	61	26	42.6	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.887236938	0.943618469	2	1.293276867	1.293276867	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.53E-43	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	159207116	G	T	SCHIP1	CCDS3186.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	67	29	43.3	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.918247874	0.959123937	2	1.0967495	1.0967495	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.22E-48	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	159226744	G	T	SCHIP1	CCDS3186.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	67	28	41.8	69	15	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.851795869	0.925897934	2	1.375691569	1.375691569	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.81E-46	1	1.34E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	159408959	C	G	SCHIP1	CCDS3186.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	78	30	38.5	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.705601458	0.852800729	2	1.825802636	0.912901318	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.54E-48	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	159409139	C	G	SCHIP1	CCDS3186.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	76	30	39.5	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.749902795	0.874951397	2	1.584898121	0.983516827	1.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.63E-49	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	160630963	C	A	PPM1L	CCDS33886.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	75	16	21.3	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.943618469	0.943618469	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.88E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	161342774	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	76	11	14.5	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.64236938	0.64236938	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.08E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	161564210	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	76	70	92.1	79	46	58.2	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.080153098	1.020038275	4	3.689642827	1.02164851	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.80E-153	1	2.26E-84	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	161645693	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	76	32	42.1	77	25	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.86508627	0.932543135	2	2.060367558	1.030183779	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.07E-53	1	2.69E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	161918517	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	73	23	31.5	81	18	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.395492102	0.697746051	2	1.407389532	1.407389532	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.33E-35	1	1.29E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	161954443	T	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	66	59	89.4	69	34	49.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	3.96053949	0.990134872	4	3.125419095	1.041806365	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-127	1	2.75E-59	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	162050200	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	81	38	46.9	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	2.077732685	1.038866343	2	1.781425488	1.105472913	1.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.41E-65	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	162850759	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	75	64	85.3	61	34	55.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	3.77890401	0.944726002	4	3.531153014	0.977763264	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.52E-135	1	8.06E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	163098344	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	75	14	18.7	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.828434994	0.828434994	1	0.862184578	0.862184578	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.57E-18	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	163865076	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	86	14	16.3	79	7	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.722111786	0.722111786	1	0.564223731	0.564223731	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.98E-17	1	0.000000165	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	164147389	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	65	29	44.6	76	26	34.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.975839611	0.987919806	2	2.16814063	1.084070315	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.92E-49	1	1.80E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	165217870	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	80	30	37.5	44	11	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.661300122	0.830650061	2	1.584898121	1.584898121	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.48E-48	1	3.22E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	165576715	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	105	15	14.3	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.633509113	0.633509113	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.11E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	165741054	T	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	18	5	27.8	18	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.231577157	1.231577157	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.54E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	166453670	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	29	49.2	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	2.179625759	1.08981288	2	2.288592887	0.876365252	2.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.52E-51	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	166528980	A	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	82	46	56.1	65	23	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	2.485304982	0.828434994	3	2.24421574	1.12210787	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.77E-83	1	2.21E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	167054322	C	A	ZBBX	CCDS3199.2	r.?	-	-	intronic	26	0	0	80	36	45	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.993560146	0.996780073	2	1.673652416	1.038593769	1.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.50E-61	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	168103972	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	77	11	14.3	64	7	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.633509113	0.633509113	1	0.691015581	0.691015581	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.41E-13	1	3.78E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	168118833	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	69	63	91.3	61	38	62.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.044712029	1.011178007	4	3.949566118	1.093620312	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-137	1	1.22E-71	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	168514963	A	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	53	9	17	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.753122722	0.753122722	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.10E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	168641722	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	61	23	37.7	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.670160389	0.835080194	2	1.616596084	1.003187163	1.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.73E-37	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	169024608	A	G	MECOM	ENST00000494292	r.?	-	-	intronic	36	0	0	73	16	21.9	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.970199271	0.970199271	1	1.07139113	1.07139113	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.15E-22	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	170429458	C	G	CLDN11	ENST00000486975	r.?	-	-	intronic	32	0	0	94	87	92.6	82	57	69.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.102303767	1.025575942	4	4.406016777	1.220009818	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.39E-191	1	4.64E-111	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	170476572	G	T	CLDN11	ENST00000486975	r.?	-	-	intronic	33	0	0	73	27	37	83	20	24.1	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.639149453	0.819574727	2	1.527841789	0.948110221	1.611460098	NA	NA	1	6.339592485	1.75540981	3.611460098	6	NA	4.45E-43	1	5.78E-28	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	170683684	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	75	6	8	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.354410693	0.354410693	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000234	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	170803096	C	T	TNIK	CCDS46956.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	75	11	14.7	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.651229648	0.651229648	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.78E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	171613652	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	74	67	90.5	65	32	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.00927096	1.00231774	4	3.119079503	1.039693168	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-145	1	7.16E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	171860144	T	C	FNDC3B	CCDS3217.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	80	73	91.2	73	46	63	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.040281896	1.010070474	4	3.993943266	1.105908181	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.25E-159	1	9.29E-87	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	172645691	C	T	SPATA16	CCDS3221.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	64	13	20.3	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.899317132	0.899317132	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.26E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	173263661	A	T	NLGN1	CCDS3222.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	80	15	18.8	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.832865128	0.832865128	1	0.767090691	0.767090691	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.49E-19	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	173318925	C	T	NLGN1	CCDS3222.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	75	15	20	70	8	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.886026731	0.886026731	1	0.722713543	0.722713543	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.25E-20	1	2.80E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	173958557	T	C	NLGN1	CCDS3222.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	69	64	92.8	65	36	55.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	4.111164034	1.027791009	4	3.512134237	0.972497035	3.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.94E-141	1	3.17E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	174070222	A	G	-	-	-	-	-	-	32	1	3.1	62	7	11.3	49	5	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.500605103	0.500605103	1	0.646638434	0.646638434	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.02E-08	1	0.00000496	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	174141860	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	63	18	28.6	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.267018226	1.267018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.98E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	174340382	G	A	NAALADL2	ENST00000434257	r.?	-	-	intronic	20	0	0	62	27	43.5	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.927108141	0.96355407	2	1.584898121	0.983516827	1.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-45	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	174781767	T	A	NAALADL2	CCDS46960.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	80	15	18.8	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.832865128	0.832865128	1	1.318635237	1.318635237	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.49E-19	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	175566167	T	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	70	31	44.3	58	19	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.96254921	0.981274605	2	2.079386335	1.039693168	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.75E-52	1	1.50E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	175608907	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	62	27	43.5	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.927108141	0.96355407	2	1.825802636	0.912901318	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.76E-45	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	176010416	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	72	21	29.2	86	10	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.293599028	1.293599028	1	0.735392728	0.735392728	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.89E-31	1	2.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	176469038	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	58	12	20.7	66	0	0	20	0	0	77	14	18.2	149	0	0	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.917037667	0.917037667	1	0	NA	0	0.806284326	0.806284326	1	0	NA	0	NA	NA	1.76E-16	3.82E-18	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	176556406	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	69	6	8.7	73	1	1.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.385421628	0.385421628	1	0.088754295	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000143	1	0.306438632	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	177076618	G	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	71	26	36.6	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.621428919	0.810714459	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.11E-41	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	177505827	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	89	19	21.3	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.943618469	0.943618469	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.55E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	177534501	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	69	15	21.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.961339004	0.961339004	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.34E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	178540293	G	C	KCNMB2	CCDS3223.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	75	14	18.7	76	0	0	41	0	0	70	11	15.7	38	0	0	FALSE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.828434994	0.828434994	1	0	NA	0	0.695530984	0.695530984	1	0	NA	0	NA	NA	2.57E-18	8.06E-14	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	3	178547854	C	T	KCNMB2	CCDS3223.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	69	30	43.5	71	21	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.927108141	0.96355407	2	1.876519376	0.938259688	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.44E-50	1	2.05E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	178847715	G	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	40	17	42.5	40	3	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	1.882806804	0.941403402	2	0.475469436	0.475469436	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.07E-29	1	0.001075403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179095347	G	C	MFN1	CCDS3228.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	84	16	19	75	8	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	NA	4	NA	0	NA	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.841725395	0.841725395	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	7.07E-21	1	4.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179142807	T	A	GNB4	CCDS3230.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	68	31	45.6	57	14	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.020140948	1.010070474	2	1.163120567	1.163120567	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.53E-53	1	3.84E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179143098	T	G	GNB4	CCDS3230.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	59	25	42.4	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.878376671	0.939188335	2	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.66E-42	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179950920	T	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	47	16	34	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.506245443	0.753122722	2	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.98E-25	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	180237447	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	35	18	51.4	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.2770887	1.13854435	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.60E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	180415962	C	T	CCDC39	ENST00000273654	r.?	-	-	intronic	26	0	0	42	37	88.1	46	16	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.902947752	0.975736938	4	1.645390071	0.822695035	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.04E-80	1	1.31E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	180686414	T	G	FXR1	CCDS33894.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	74	27	36.5	64	16	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.616998785	0.808499392	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.97E-43	1	5.94E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	181148772	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	20	35.1	63	26	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.554976914	0.777488457	2	2.778718676	0.926239559	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.67E-32	1	4.45E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	181386541	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	100	38	38	81	23	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.68345079	0.841725395	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-60	1	8.61E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	182883553	G	T	LAMP3	CCDS3242.1	r.?	-	-	upstream	35	0	0	76	22	28.9	67	24	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.280308627	1.280308627	1	2.408671395	0.802890465	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-32	1	4.72E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	183219490	C	A	KLHL6	CCDS3245.2	r.?	-	-	intronic	19	0	0	94	16	17	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753122722	0.753122722	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.85E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	183811736	C	A	HTR3E	ENST00000415389	r.?	-	-	upstream	20	0	0	67	15	22.4	72	15	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.992349939	0.992349939	1	1.399451537	1.399451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-21	1	2.70E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	184320756	T	A	EIF2B5	ENST00000444495	r.?	-	-	intronic	7	0	0	60	10	16.7	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.739832321	0.739832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.86E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	186690739	G	C	ST6GAL1	CCDS3285.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	89	26	29.2	69	14	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.293599028	1.293599028	1	1.365810875	1.365810875	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-38	1	7.30E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	187081841	T	A	RTP4	CCDS33910.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	90	6	6.7	61	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.296818955	0.296818955	1	0.107650118	0.107650118	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000679	1	0.263440347	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	187308241	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	73	35	47.9	54	19	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.122034022	1.061017011	2	2.3683026	1.1841513	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.00E-60	1	2.97E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	187914083	T	A	LPP	ENST00000448637	r.?	-	-	intronic	41	0	0	83	73	88	51	29	56.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.898517618	0.974629405	4	3.828307329	0.957076832	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.45E-156	1	2.61E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	187958192	A	C	LPP	CCDS3291.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	60	6	10	56	3	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.443013366	0.443013366	1	0.363319149	0.363319149	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.000000621	1	0.00284314	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	189617184	C	T	TP63	CCDS3293.1	r.?	-	-	downstream	33	0	0	83	16	19.3	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.855015796	0.855015796	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.75E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	189709086	A	C	LEPREL1	CCDS3294.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	58	14	24.1	63	10	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.067662211	1.067662211	1	1.06977305	1.06977305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.04E-20	1	9.81E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	190649365	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	56	24	42.9	75	19	25.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.900527339	0.95026367	2	1.702217494	0.851108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.23E-40	1	4.19E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	191239306	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	81	17	21	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.930328068	0.930328068	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.24E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	191844956	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	50	48	96	68	37	54.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.252928311	1.063232078	4	3.660104019	0.915026005	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-108	1	1.37E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	192096754	G	T	FGF12	CCDS3301.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	79	12	15.2	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.673380316	0.673380316	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.17E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	192317717	T	A	FGF12	CCDS46983.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	60	12	20	63	8	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.886026731	0.886026731	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.74E-16	1	1.18E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	193053833	A	C	ATP13A5	CCDS33914.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	81	22	27.2	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.204996355	1.204996355	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.68E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	193533997	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	54	25	46.3	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051151883	1.025575942	2	1.641664303	1.641664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.36E-43	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	193899557	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	65	15	23.1	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.023360875	1.023360875	1	0.87465721	0.87465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.00E-21	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	195067049	C	T	ACAP2	CCDS33924.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	87	21	24.1	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.067662211	1.067662211	1	0.76027896	0.76027896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.64E-29	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	195700840	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	98	21	21.4	88	16	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.948048603	0.948048603	1	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.19E-28	1	1.57E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	195734113	T	C	-	-	-	-	-	-	13	0	0	59	9	15.3	47	3	6.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.67781045	0.67781045	1	0.430600473	0.430600473	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.96E-11	1	0.001719595	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	196091182	G	T	UBXN7	CCDS43191.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	70	40	57.1	79	17	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.529606318	0.843202106	3	1.446548463	1.446548463	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.35E-73	1	4.55E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	196128699	A	G	UBXN7	CCDS43191.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	54	8	14.8	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.655659781	0.655659781	1	1.285073286	1.285073286	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.31E-10	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	196267746	T	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	52	7	13.5	64	5	7.8	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.598068044	0.598068044	1	0.524794326	0.524794326	1	4.430133657	1.107533414	4	NA	NA	1	6	NA	8.58E-09	0.000025	0.0000186	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	196806881	A	C	DLG1	CCDS3327.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	96	37	38.5	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.705601458	0.852800729	2	2.428855792	0.809618597	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.83E-59	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	196850010	C	T	DLG1	CCDS3327.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	69	29	42	86	29	33.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.860656136	0.930328068	2	2.267380615	1.133690307	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.64E-48	1	9.55E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	197674137	C	T	IQCG	CCDS3331.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	94	50	53.2	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.356831106	1.178415553	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.62E-89	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	872309	G	T	GAK	CCDS3340.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	35	12	34.3	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.833535844	0.833535844	1	0.742316785	0.742316785	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.83E-19	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	969988	C	T	DGKQ	CCDS3342.1	r.?	-	-	upstream	6	0	0	44	11	25	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.22E-16	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	972754	G	A	SLC26A1	CCDS33933.1	r.?	-	-	downstream	25	0	0	48	14	29.2	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.709599028	0.709599028	1	0.728132388	0.728132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.51E-21	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	1778299	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	40	33	82.5	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	3018388	C	T	GRK4	CCDS33946.1	r.?	-	-	intronic	21	1	4.8	14	12	85.7	13	5	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.820330969	1.820330969	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-26	1	3.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	3591160	A	T	ENSG00000216560	ENST00000514422	r.931a>u	c.?	p.?	3'UTR variant	43	0	0	74	28	37.8	108	25	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.918590522	0.918590522	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.88E-45	1	4.32E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	3803439	A	G	-	-	-	-	-	-	13	0	0	28	17	60.7	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.47509113	0.737545565	2	1.139479905	1.139479905	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-32	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	3849327	C	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	40	34	85	42	19	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	2.137115839	1.06855792	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	7.64E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	5013640	G	T	CYTL1	CCDS3379.1	r.?	-	-	downstream	29	0	0	37	33	89.2	48	21	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	9.35E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	5304159	G	A	STK32B	CCDS3380.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	39	12	30.8	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748481166	0.748481166	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.43E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	6053154	G	A	JAKMIP1	CCDS47005.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	26	23	88.5	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.150668287	1.075334143	2	1.929078014	0.964539007	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-50	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	6816769	C	T	KIAA0232	CCDS43209.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	54	47	87	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-100	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	7578644	C	T	SORCS2	CCDS47008.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	35	31	88.6	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-67	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	8170401	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	50	20	40	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0.912529551	0.912529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.90E-33	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	10055823	G	T	SLC2A9	ENST00000506583	r.?	-	-	intronic	31	0	0	41	7	17.1	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.415552855	0.415552855	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.51E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	10828409	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	13	5	38.5	23	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.89E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	11909028	A	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	34	14	41.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.74E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	12234645	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	38	15	39.5	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	12370836	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	31	26	83.9	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	12796476	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	32	15	46.9	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.139732685	1.139732685	1	0.93144208	0.93144208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.59E-26	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	13494910	G	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	54	19	35.2	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.855407047	0.855407047	1	0.978723404	0.978723404	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.97E-30	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	14113587	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	31	25	80.6	41	18	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	2.075650118	1.037825059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-52	1	6.91E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	14522258	T	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	40	38	95	59	27	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.308626974	1.154313487	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.81E-85	1	3.09E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	18291902	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	32	16	50	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.51E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	19207477	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	44	33	75	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.46E-67	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	19617327	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	35	5	14.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000895	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	22762354	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	8	20	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.61E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	23315209	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	39	34	87.2	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	23955632	C	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	46	16	34.8	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	24488008	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	29	82.9	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	26171534	C	G	RBPJ	ENST00000512351	r.?	-	-	intronic	10	0	0	39	16	41	50	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	0.094562648	0.094562648	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.16E-27	1	0.221687443	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	27437177	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	34	73.9	46	16	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.795868773	0.897934386	2	1.645390071	0.822695035	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.14E-68	1	1.31E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	28411180	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	39	34	87.2	45	20	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	2.68E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	28929468	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	32	24	75	53	27	50.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.406619385	1.203309693	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	6.40E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	29314088	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	42	13	31	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.753341434	0.753341434	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.72E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	30061817	G	A	ENSG00000237496	ENST00000424014	r.?	-	-	intronic	36	0	0	35	16	45.7	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.66E-28	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	30304487	C	A	ENSG00000237496	ENST00000424014	r.?	-	-	intronic	40	0	0	48	40	83.3	52	20	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.820330969	0.910165485	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	1	1.03E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	30375142	T	C	ENSG00000237496	ENST00000424014	r.?	-	-	intronic	37	0	0	45	33	73.3	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.781287971	0.890643985	2	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.16E-66	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	31130431	C	T	PCDH7	CCDS43220.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	35	22	62.9	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.52855407	0.764277035	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.31E-42	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	31480438	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	36	80	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-74	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	33158793	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	32	86.5	58	30	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	2.444444444	1.222222222	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	2.36E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	34666064	A	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	28	20	71.4	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.735115431	0.867557716	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.85E-40	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	35603328	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	43	34	79.1	57	27	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922235723	0.961117861	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-70	1	9.04E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	36487729	G	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	47	40	85.1	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.068043742	1.034021871	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.53E-85	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	38916686	G	C	FAM114A1	CCDS3447.1	r.1113g>c	c.937G>C	p.E313Q	missense	29	0	0	48	10	20.8	47	0	0	214	0	0	232	39	16.8	255	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.505467801	0.505467801	1	0	0	1	0.408262454	0.408262454	1	0	0	1	3	6	5.37E-14	2.11E-46	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	4	39851784	C	T	PDS5A	CCDS47045.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	40	32	80	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	39981054	A	G	PDS5A	CCDS47045.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	37	28	75.7	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.839611179	0.919805589	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-57	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	39986140	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	39	14	35.9	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-23	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	40295365	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	53	46	86.8	41	17	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.12E-98	1	1.03E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	40999068	C	T	APBB2	CCDS3837.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	44	23	52.3	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.270959903	1.270959903	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.17E-41	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	42165478	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	40	36	90	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-78	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	43238144	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	42	82.4	47	21	44.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	2.113475177	1.056737589	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.62E-88	1	5.29E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	43925658	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	6	15.8	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.383961118	0.383961118	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	3.76E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	44393286	A	T	KCTD8	CCDS3467.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	46	39	84.8	49	19	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.834515366	0.917257683	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	3.12E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	44500982	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	38	11	28.9	45	3	6.7	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.702308627	0.702308627	1	0.31678487	0.31678487	1	NA	NA	1	4.728132388	2.364066194	2	6	NA	5.19E-17	1	0.001516071	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	44725271	T	A	GNPDA2	CCDS3469.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	44	36	81.8	62	22	35.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.678486998	0.839243499	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	6.75E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	44914963	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	34	29	85.3	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.07290401	1.036452005	2	1.673758865	0.836879433	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	45479322	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	15	11	73.3	40	11	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.781287971	0.890643985	2	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.54E-23	1	9.88E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	45994093	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	36	32	88.9	37	16	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.35E-69	1	1.78E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	46491441	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	34	27	79.4	48	22	45.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.929526124	0.964763062	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.87E-56	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	46510771	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	29	13	44.8	43	7	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.088699878	1.088699878	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.69E-23	1	2.15E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	47048767	A	T	GABRB1	CCDS3474.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	63	28	44.4	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.078979344	1.078979344	1	0.827423168	0.827423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.98E-47	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	47426928	C	G	GABRB1	CCDS3474.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	28	10	35.7	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.18E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	48299605	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	43	34	79.1	53	21	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922235723	0.961117861	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-70	1	1.30E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	49578803	T	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	42	18	42.9	75	16	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-30	1	9.88E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	49612879	A	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	32	9	28.1	42	2	4.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.682867558	0.682867558	1	0.226950355	0.226950355	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.94E-14	1	0.018854633	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	52742521	G	A	DCUN1D4	CCDS33982.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	39	31	79.5	32	13	40.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	1.919621749	0.959810875	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	3.88E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	53050462	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	47	38	80.9	46	21	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.965978129	0.982989064	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-79	1	2.94E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	54696601	C	A	AC110792.1	ENST00000511394	r.?	-	-	intronic	32	0	0	47	15	31.9	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.775212637	0.775212637	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.97E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	54736903	C	G	AC110792.1	ENST00000511394	r.?	-	-	intronic	22	0	0	48	20	41.7	39	6	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	0.728132388	0.728132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-33	1	4.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	56051938	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	47	42	89.4	63	25	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.17253949	1.086269745	2	1.877068558	0.938534279	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.40E-91	1	6.06E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	56185436	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	6	15	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.364520049	0.364520049	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	56735947	C	T	EXOC1	CCDS3502.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	15	33.3	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.14E-24	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	56853792	C	G	CEP135	CCDS33986.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	48	30	62.5	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.518833536	0.759416768	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.24E-57	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	57095656	T	A	ENSG00000109265	CCDS43230.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	58	19	32.8	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.79708384	0.79708384	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.50E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	59398005	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	39	79.6	39	12	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.934386391	0.967193196	2	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-80	1	8.43E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	61504532	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	49	39	79.6	34	15	44.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.934386391	0.967193196	2	2.085106383	1.042553191	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-80	1	5.18E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	61976769	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	37	10	27	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.656136087	0.656136087	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.01E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	62337571	C	T	LPHN3	ENST00000512091	r.?	-	-	intronic	38	0	0	26	24	92.3	46	23	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-53	1	8.79E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	62352020	G	C	LPHN3	ENST00000512091	r.?	-	-	intronic	32	0	0	44	12	27.3	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	63929887	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	49	14	28.6	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.50E-21	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	64292594	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	31	25	80.6	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.947990544	0.973995272	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-52	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	65613073	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	12	32.4	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.03E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	66144317	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	32	8	25	39	2	5.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.241134752	0.241134752	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-12	1	0.016387522	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	66595336	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	38	33	86.8	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.328605201	1.328605201	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	68693514	T	G	TMPRSS11D	CCDS3518.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	36	12	33.3	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.73E-19	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	69393632	T	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	45	22	48.9	36	10	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.188335358	1.188335358	1	1.314420804	1.314420804	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-39	1	2.21E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	69847031	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	43	11	25.6	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.42E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	70010064	A	G	UGT2B11	CCDS3527.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	40	9	22.5	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.546780073	0.546780073	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.64E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	70013781	C	A	UGT2B11	CCDS3527.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	51	20	39.2	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.952612394	0.952612394	1	0.709219858	0.709219858	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.38E-33	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	70017186	C	T	UGT2B11	CCDS3527.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	54	19	35.2	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.855407047	0.855407047	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.97E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	72365986	G	T	SLC4A4	CCDS3549.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	52	46	88.5	59	26	44.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.150668287	1.075334143	2	2.085106383	1.042553191	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.81E-99	1	5.03E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	72813640	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	44	36	81.8	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	72856136	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	32	78	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.895504253	0.947752126	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-66	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	73274697	G	A	ADAMTS3	CCDS3553.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	49	40	81.6	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-83	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	73482578	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	60	49	81.7	63	26	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.985419198	0.992709599	2	1.952718676	0.976359338	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.77E-102	1	4.45E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	74366083	A	G	AFM	CCDS3557.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	41	32	78	52	29	55.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.895504253	0.947752126	2	2.638297872	1.319148936	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.81E-66	1	5.88E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	74988669	A	C	MTHFD2L	ENST00000433372	r.?	-	-	upstream	30	0	0	41	35	85.4	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	76487739	A	G	C4orf26	CCDS3569.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	29	22	75.9	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.844471446	0.922235723	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.60E-45	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	76494021	A	C	C4orf26	CCDS3569.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	37	34	91.9	54	26	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.233292831	1.116646416	2	2.274231678	1.137115839	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.46E-75	1	2.44E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	76497222	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	38	32	84.2	56	29	51.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	2.449172577	1.224586288	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-68	1	1.21E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	78128730	A	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	42	38	90.5	59	32	54.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.19927096	1.09963548	2	2.562647754	1.281323877	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.99E-83	1	9.88E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	78326302	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	29	8	27.6	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.670716889	0.670716889	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.53E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	79179554	G	A	FRAS1	ENST00000264895	r.?	-	-	intronic	32	0	0	37	31	83.8	48	24	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	1.71E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	79350668	G	A	FRAS1	ENST00000264895	r.?	-	-	intronic	30	0	0	36	6	16.7	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.405832321	0.405832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.68E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	80796466	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	45	36	80	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-74	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	82035679	A	T	PRKG2	CCDS3589.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	34	13	38.2	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.928311057	0.928311057	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.03E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	82174139	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	46	33	71.7	40	23	57.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.742405832	0.871202916	2	2.718676123	1.359338061	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-65	1	9.75E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	82597225	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	41	31	75.6	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-63	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	83158136	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	35	16	45.7	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.66E-28	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	83158235	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	50	21	42	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.020656136	1.020656136	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.79E-35	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	83437000	G	C	TMEM150C	CCDS47087.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	46	39	84.8	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	86815722	A	T	ARHGAP24	CCDS34025.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	51	40	78.4	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.10E-82	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	88318525	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	48	41	85.4	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-87	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	88834094	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	16	43.2	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.78E-27	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	90357177	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	38	34	89.5	50	19	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.174969623	1.087484812	2	1.796690307	0.898345154	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.21E-74	1	5.00E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	91745264	A	C	FAM190A	CCDS47099.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	33	11	33.3	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.54E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	92406320	T	A	FAM190A	CCDS47099.1	r.?	-	-	intronic	30	1	3.3	54	13	24.1	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.585662211	0.585662211	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.12E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	94091638	C	T	GRID2	CCDS3637.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	58	21	36.2	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.879708384	0.879708384	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.34E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	94213602	G	C	GRID2	CCDS3637.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	40	5	12.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000178	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	94242215	T	G	GRID2	CCDS3637.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	40	6	15	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.364520049	0.364520049	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	95032460	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	47	37	78.7	59	29	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.912515188	0.956257594	2	2.326241135	1.163120567	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-76	1	9.52E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	95726310	C	G	BMPR1B	ENST00000515059	r.?	-	-	intronic	31	0	0	28	10	35.7	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.18E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	96638193	C	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	34	11	32.4	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	97490787	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	28	75.7	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.839611179	0.919805589	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-57	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	97506611	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	37	29	78.4	55	27	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	2.321513002	1.160756501	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	2.49E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	98299038	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	55	44	80	52	15	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.361702128	1.361702128	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.44E-91	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	98688809	T	C	C4orf37	CCDS3645.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	50	8	16	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.388821385	0.388821385	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.74E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	99473837	A	C	TSPAN5	CCDS3646.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	43	15	34.9	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.848116646	0.848116646	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.05E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	99631480	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	13	37.1	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.901579587	0.901579587	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.63E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	100705018	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	41	29	70.7	51	21	41.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.718104496	0.859052248	2	1.947990544	0.973995272	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.39E-57	1	4.73E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	100968015	A	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	14	14	100	11	7	63.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	3.007092199	1.503546099	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.10E-33	1	2.53E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	101252273	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	39	35	89.7	56	28	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-76	1	2.49E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	101272025	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	15	35.7	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0.808510638	0.808510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.65E-24	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	101996041	A	G	PPP3CA	CCDS34037.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	43	34	79.1	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922235723	0.961117861	2	1.725768322	0.862884161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.14E-70	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	102744112	G	C	BANK1	CCDS34038.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	45	35	77.8	39	14	35.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	1.697399527	0.848699764	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.84E-72	1	8.19E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	103396523	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	38	31	81.6	37	15	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	2.58E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	103421225	G	A	NFKB1	CCDS3657.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	39	30	76.9	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	104690825	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	31	22	71	50	16	32	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.725394897	0.862697448	2	1.513002364	0.756501182	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.60E-44	1	6.40E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	104727537	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	50	5	10	48	1	2.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.243013366	0.243013366	1	0.09929078	0.09929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000549	1	0.213845552	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	105361060	C	G	-	-	-	-	-	-	16	0	0	41	15	36.6	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.889428919	0.889428919	1	0.874704492	0.874704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-24	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	105361437	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	45	21	46.7	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.134872418	1.134872418	1	1.252955083	1.252955083	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-36	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	105362958	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	27	16	59.3	28	5	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.441069259	0.720534629	2	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-30	1	0.000000279	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	105982921	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	42	19	45.2	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.098420413	1.098420413	1	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.64E-33	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	106784672	C	G	INTS12	ENST00000510876	r.?	-	-	intronic	35	0	0	44	39	88.6	48	19	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	1.92E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	107031629	T	C	TBCK	CCDS3673.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	37	18	48.6	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.181044957	1.181044957	1	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.16E-32	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	107079037	C	T	TBCK	CCDS3673.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	43	11	25.6	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.42E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	107825198	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	30	10	33.3	50	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0.094562648	0.094562648	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-16	1	0.221687443	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	108962691	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	57	26	45.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.108140948	1.108140948	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.57E-44	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	110177201	C	G	COL25A1	CCDS43258.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	37	33	89.2	48	21	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	9.35E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	110468723	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	28	22	78.6	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.957446809	0.978723404	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.73E-46	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	112588006	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	32	76.2	62	29	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851761847	0.925880923	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	6.51E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	113820693	C	T	ANK2	ENST00000506722	r.?	-	-	intronic	40	0	0	37	34	91.9	38	12	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.233292831	1.116646416	2	1.494089835	1.494089835	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.46E-75	1	5.86E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	114467672	C	G	CAMK2D	CCDS3704.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	54	26	48.1	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.168894289	1.168894289	1	0.728132388	0.728132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.44E-45	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	115861146	C	A	NDST4	CCDS3706.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	32	26	81.2	36	14	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	1.839243499	0.919621749	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-54	1	2.09E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	115944612	G	T	NDST4	CCDS3706.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	33	10	30.3	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.736330498	0.736330498	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.14E-16	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	115945925	G	A	NDST4	CCDS3706.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	34	9	26.5	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.643985419	0.643985419	1	0.75177305	0.75177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.15E-14	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	116114775	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	16	32.7	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.794653706	0.794653706	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.37E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	116197327	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	40	32	80	43	22	51.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.420803783	1.210401891	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	2.27E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	116326919	A	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	31	27	87.1	41	19	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	2.189125296	1.094562648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	4.20E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	116556584	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	12	31.6	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.767922236	0.767922236	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.86E-19	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	117036181	T	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	40	32	80	53	24	45.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.141843972	1.070921986	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	4.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	117806707	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	36	14	38.9	56	11	19.6	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.945321993	0.945321993	1	0.926713948	0.926713948	1	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	2.09E-23	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	117855264	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	49	38	77.6	56	21	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.885783718	0.942891859	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-77	1	5.43E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	119056602	G	A	NDST3	CCDS3708.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	45	37	82.2	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.997569866	0.998784933	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-77	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	119223829	G	A	PRSS12	CCDS3709.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	29	25	86.2	58	21	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.094775213	1.047387606	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.94E-54	1	1.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	119772269	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	50	22	44	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.069258809	1.069258809	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.85E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	122402568	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	30	90.9	53	19	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	1.692671395	0.846335697	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.01E-66	1	1.93E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	124368400	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	38	31	81.6	49	27	55.1	1	0	0	0	0	NA	2	1	50	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.982989064	0.991494532	2	3.006616591	1.101921313	2.728522042	NA	NA	1	2.728327215	2.728327215	1	6	NA	5.68E-65	1	3.33E-49	0.009975	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	124423966	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	29	25	86.2	50	29	58	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.094775213	1.047387606	2	3.164859569	1.159917172	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.94E-54	1	1.13E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	125122650	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	13	31.7	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.770352369	0.770352369	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	127451808	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	27	9	33.3	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	8.44E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	127936098	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	21	45.7	62	19	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.110571081	1.110571081	1	1.669736255	0.965990722	1.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.94E-36	1	6.66E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	128899555	T	G	C4orf29	CCDS47131.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	40	36	90	77	37	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.187120292	1.093560146	2	2.624650781	0.961931309	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.30E-78	1	7.74E-64	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	129515843	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	35	31	88.6	52	25	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.15309842	1.07654921	2	2.624650781	0.961931309	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.39E-67	1	1.25E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	129682594	T	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	30	27	90	41	24	58.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.187120292	1.093560146	2	3.192142841	1.169916457	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.98E-59	1	8.33E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	130303502	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	48	39	81.2	50	23	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.97326853	0.986634265	2	2.510061038	0.919934308	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.92E-81	1	1.13E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	131017247	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	12	31.6	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.767922236	0.767922236	1	0.57840537	0.57840537	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.86E-19	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	131112565	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	31	11	35.5	59	0	0	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.862697448	0.862697448	1	0	0	1	0	0	1	NA	NA	0	5	NA	3.77E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134016915	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	50	45	90	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.187120292	1.093560146	2	2.00804883	1.004024415	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.88E-98	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134054671	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	18	46.2	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.12272175	1.12272175	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.15E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134135256	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	51	44	86.3	59	25	42.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.097205346	1.048602673	2	2.313621478	0.84793945	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.36E-94	1	7.66E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134255454	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	40	33	82.5	58	30	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.004860267	1.002430134	2	2.82109034	1.033926168	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.10E-69	1	2.36E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134395121	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	30	9	30	60	17	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.729040097	0.729040097	1	1.544233204	0.893383576	1.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.54E-14	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	135966688	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	41	13	31.7	67	0	0	147	0	0	94	16	17	107	0	0	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.770352369	0.770352369	1	0	0	1	0.413122722	0.413122722	1	0	NA	0	5	NA	1.89E-20	4.85E-20	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	4	136680272	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	39	20	51.3	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.246658566	1.246658566	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	6.00E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	137068763	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	34	28	82.4	59	32	54.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.002430134	1.001215067	2	2.957506701	1.083922598	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.87E-59	1	9.88E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	137364507	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	38	30	78.9	52	28	53.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.917375456	0.958687728	2	2.935680083	1.075923169	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.38E-62	1	1.41E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	137953035	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	41	38	92.7	54	26	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.2527339	1.12636695	2	2.624650781	0.961931309	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.82E-84	1	2.44E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	138176245	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	32	28	87.5	61	27	44.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.12636695	1.063183475	2	2.417297912	0.885936736	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-60	1	9.98E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	138695048	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	19	48.7	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.183475091	1.183475091	1	2.182661772	1.091330886	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.20E-33	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	139721310	G	C	-	-	-	-	-	-	47	0	0	53	22	41.5	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.008505468	1.008505468	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	9.50E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	141924940	C	A	RNF150	ENST00000306799	r.?	-	-	intronic	40	0	0	48	43	89.6	58	32	55.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.177399757	1.088699878	2	3.012073245	1.10392117	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.90E-93	1	4.55E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	142169949	G	A	ENSG00000230981	ENST00000438406	r.?	-	-	intronic	39	0	0	71	16	22.5	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.546780073	0.546780073	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	3	NA	3.77E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	142183894	G	T	ENSG00000230981	ENST00000438406	r.?	-	-	intronic	26	0	0	61	21	34.4	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.835965978	0.835965978	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.80E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	142382237	T	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	62	15	24.2	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.588092345	0.588092345	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.28E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	142446941	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	30	78.9	63	37	58.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.917375456	0.958687728	2	3.20305615	1.173916172	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.38E-62	1	2.29E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	144268694	C	T	GAB1	CCDS3760.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	33	9	27.3	47	0	0	0	0	NA	1	1	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	0	5	NA	6.76E-14	0.005	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	144387229	G	A	GAB1	CCDS3760.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	48	13	27.1	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.658566221	0.658566221	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.00E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	144885003	T	G	-	-	-	-	-	-	11	0	0	36	34	94.4	66	43	65.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.294046173	1.147023086	2	3.557738688	1.303906889	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.63E-76	1	3.54E-82	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	145299611	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	41	36	87.8	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.133657351	1.066828676	2	2.67376067	0.979930024	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.06E-77	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	148015280	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	44	15	34.1	28	10	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.828675577	0.828675577	1	1.948025631	0.974012816	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.12E-24	1	1.18E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	148560355	G	C	TMEM184C	CCDS3770.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	38	8	21.1	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.512758202	0.512758202	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.67E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	149580665	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	40	17	42.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.032806804	1.032806804	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	6.07E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	151814255	G	A	LRBA	CCDS3773.1	r.2358c>u	c.2114C>T	p.S705L	missense	28	0	0	45	39	86.7	58	26	44.8	198	0	0	138	116	84.1	109	42	38.5	TRUE	TRUE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.106925881	1.05346294	2	2.444581184	0.895936022	2.728522042	2.043742406	1.021871203	2	2.100811955	1.050405978	2	6	8	1.44E-83	1.96E-242	2.83E-44	4.62E-67	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	4	155840603	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	45	37	82.2	53	29	54.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.997569866	0.998784933	2	2.984789973	1.093921884	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.51E-77	1	1.29E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	156897793	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	43	33	76.7	51	23	45.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.863912515	0.931956258	2	2.460951148	0.901935594	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.13E-67	1	2.05E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	157526850	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	25	16	64	38	11	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.555285541	0.77764277	2	1.57697313	1.57697313	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.99E-31	1	5.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	157683084	G	C	PDGFC	ENST00000502773	r.2687c>g	c.?	p.?	3'UTR variant	30	0	0	37	6	16.2	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.393681652	0.393681652	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	3	NA	3.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	158472335	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	43	17	39.5	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.959902795	0.959902795	1	0.8621514	0.8621514	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.84E-28	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	159393613	T	C	RXFP1	ENST00000460056	r.?	-	-	intronic	16	0	0	26	13	50	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.20E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	160447457	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	45	19	42.2	87	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.025516403	1.025516403	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.11E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	160597876	G	A	-	-	-	-	-	-	7	0	0	35	28	80	62	27	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.944106926	0.972053463	2	2.373644677	0.869937879	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.42E-58	1	1.76E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	161493526	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	37	88.1	57	28	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.140947752	1.070473876	2	2.679217325	0.981929881	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.04E-80	1	4.87E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	161661116	C	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	52	42	80.8	64	32	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.963547995	0.981773998	2	2.728327215	0.999928596	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.43E-87	1	3.65E-56	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	161736239	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	36	78.3	47	25	53.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.902794654	0.951397327	2	2.902940156	1.063924026	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.65E-74	1	3.98E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	163574722	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	15	34.1	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.828675577	0.828675577	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	6.12E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	164930991	C	G	35489	CCDS45732.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	33	14	42.4	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.030376671	1.030376671	1	0.834868128	0.834868128	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.57E-24	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	165398468	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	54	40	74.1	47	26	55.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.80072904	0.90036452	2	3.017529899	1.105921027	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.76E-80	1	1.69E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	165632309	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	34	30	88.2	42	19	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.143377886	1.071688943	2	2.466407802	0.903935451	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.24E-65	1	7.64E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	166304229	C	T	CPE	CCDS3810.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	45	15	33.3	52	22	42.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.809234508	0.809234508	1	2.308164824	0.845939592	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.14E-24	1	5.59E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	166510970	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	50	21	42	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.020656136	1.020656136	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.79E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	166524786	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	36	29	80.6	64	29	45.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.958687728	0.979343864	2	2.471864457	0.905935308	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-60	1	2.18E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	166751044	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	32	28	87.5	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.12636695	1.063183475	2	2.275424897	1.137712449	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-60	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	166795815	A	T	TLL1	CCDS3811.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	40	11	27.5	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.668286756	0.668286756	1	0.76393162	0.76393162	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.88E-17	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	167624989	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	28	23	82.1	50	23	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.995139733	0.997569866	2	2.510061038	0.919934308	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.14E-48	1	1.13E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	167991923	C	T	SPOCK3	CCDS34095.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	41	18	43.9	60	17	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.066828676	1.066828676	1	1.544233204	0.893383576	1.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.91E-31	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	168576996	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	27	73	42	21	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.77399757	0.886998785	2	2.728327215	0.999928596	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.47E-54	1	2.32E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	169010770	G	A	ANXA10	CCDS34096.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	49	15	30.6	63	13	20.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.743620899	0.743620899	1	1.124070812	1.124070812	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.10E-23	1	1.01E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	169395039	C	G	DDX60L	CCDS47161.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	52	37	71.2	54	30	55.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.730255164	0.865127582	2	3.033899863	1.111920599	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.03E-73	1	1.16E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	169982993	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	36	33	91.7	63	37	58.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.228432564	1.114216282	2	3.20305615	1.173916172	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.19E-73	1	2.29E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	171416324	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	51	39	76.5	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.859052248	0.929526124	2	1.986222212	0.993111106	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.72E-79	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	171442528	C	T	-	-	-	-	-	-	47	0	0	38	12	31.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.767922236	0.767922236	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	5.86E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	172401957	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	40	81.6	66	33	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.982989064	0.991494532	2	2.728327215	0.999928596	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.79E-83	1	7.16E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	172477114	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	43	32	74.4	60	37	61.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.808019441	0.904009721	2	3.366755783	1.233911888	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.27E-64	1	1.52E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	172904022	G	T	GALNTL6	CCDS34104.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	38	32	84.2	65	36	55.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.046172539	1.02308627	2	3.022986554	1.107920885	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.24E-68	1	3.17E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	173541486	T	C	GALNTL6	CCDS34104.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	38	10	26.3	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.639125152	0.639125152	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.06E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	174647787	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	35	81.4	60	33	55	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.978128797	0.989064399	2	3.001159936	1.099921456	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-73	1	8.98E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	174677329	G	T	-	-	-	-	-	-	35	1	2.9	52	25	48.1	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.168894289	1.168894289	1	0.709365076	0.709365076	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-43	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	175191929	G	C	FBXO8	CCDS3820.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	27	24	88.9	57	23	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.160388821	1.080194411	2	2.204488389	1.102244195	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.72E-52	1	5.38E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	176630847	C	G	GPM6A	CCDS3824.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	26	10	38.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.82E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	177935495	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	46	19	41.3	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.0036452	1.0036452	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	6.97E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	178033307	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	33	27	81.8	57	32	56.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.987849332	0.993924666	2	3.061183135	1.121919885	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.02E-57	1	2.05E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	179197433	T	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	33	30	90.9	42	16	38.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.208991495	1.104495747	2	2.078985338	1.039492669	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.01E-66	1	2.25E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	179711428	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	37	13	35.1	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.852976914	0.852976914	1	1.178637357	1.178637357	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.89E-21	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	179747730	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	31	75.6	69	32	46.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.837181045	0.918590522	2	2.531887655	0.927933737	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.97E-63	1	9.19E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	179768843	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	25	22	88	64	35	54.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.138517618	1.069258809	2	2.984789973	1.093921884	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.41E-48	1	3.51E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	179992689	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	55	24	43.6	54	18	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.059538275	1.059538275	1	1.817065925	1.051225198	1.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.28E-40	1	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	180030088	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	27	23	85.2	47	28	59.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.070473876	1.035236938	2	3.25216604	1.191914887	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.05E-49	1	2.37E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	180289520	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	35	87.5	61	36	59	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.12636695	1.063183475	2	3.219426113	1.179915743	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-75	1	1.13E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	180648851	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	31	12	38.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.940461725	0.940461725	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	3.16E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	180941287	C	T	-	-	-	-	-	-	28	1	3.6	42	36	85.7	59	30	50.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.082624544	1.041312272	2	2.77198045	1.015927454	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.41E-77	1	4.78E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181349371	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	44	39	88.6	58	31	53.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.15309842	1.07654921	2	2.913853465	1.067923741	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.93E-84	1	1.07E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181548940	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	43	35	81.4	36	19	52.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.978128797	0.989064399	2	2.881113539	1.055924598	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.06E-73	1	1.51E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181738824	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	27	69.2	65	35	53.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.681652491	0.840826245	2	2.935680083	1.075923169	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.75E-53	1	7.57E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181745349	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	26	78.8	41	23	56.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.914945322	0.957472661	2	3.061183135	1.121919885	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.15E-54	1	2.21E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181909041	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	34	16	47.1	74	14	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.144592953	1.144592953	1	1.031307687	1.031307687	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.09E-28	1	2.10E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181913291	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	35	29	82.9	49	27	55.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.014580802	1.007290401	2	3.006616591	1.101921313	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	3.33E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181986812	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	35	89.7	62	33	53.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.179829891	1.089914945	2	2.902940156	1.063924026	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.35E-76	1	4.14E-59	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	182185528	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	39	19	48.7	52	0	0	254	0	0	191	60	31.4	226	0	0	TRUE	TRUE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.183475091	1.183475091	1	0	0	1	0.763061968	0.763061968	1	0	0	1	5	7	1.20E-33	1.19E-88	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	4	182640158	G	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	33	29	87.9	63	29	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.136087485	1.068043742	2	2.510061038	0.919934308	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	1.20E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	183214335	C	T	ODZ3	ENST00000511685	r.?	-	-	intronic	22	0	0	35	27	77.1	52	23	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.87363305	0.936816525	2	2.411841258	0.883936879	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.69E-55	1	3.66E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	183246459	G	A	ODZ3	CCDS47165.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	30	13	43.3	60	0	0	182	0	0	137	47	34.3	154	0	0	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.052247874	1.052247874	1	0	0	1	0.833535844	0.833535844	1	0	NA	0	5	NA	1.35E-22	5.96E-72	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	4	184074773	T	G	WWC2	CCDS34109.2	r.?	-	-	intronic	39	1	2.6	41	37	90.2	40	22	55	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.191980559	1.095990279	2	3.001159936	1.099921456	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.23E-81	1	2.48E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	184770899	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	33	28	84.8	54	24	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.060753341	1.030376671	2	2.422754567	0.887936593	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.63E-60	1	7.24E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	186047210	G	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	31	20	64.5	55	30	54.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.567436209	0.783718104	2	2.973876664	1.08992217	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.66E-39	1	2.55E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	187984607	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	12	8	66.7	37	16	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	1.620899149	1.620899149	1	2.357274714	0.863938307	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.90E-16	1	1.78E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	188784978	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	51	10	19.6	65	11	16.9	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.476306197	0.476306197	1	0.922174599	0.922174599	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.04E-13	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	188946885	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	27	24	88.9	49	29	59.2	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.160388821	1.080194411	2	3.230339422	1.183915458	2.728522042	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.72E-52	1	4.78E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	189995360	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	37	84.1	71	29	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	2.043742406	1.021871203	2	2.226315007	1.113157504	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.69E-78	1	1.04E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	787785	G	A	ZDHHC11	CCDS3857.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	118	32	27.1	145	21	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	2	3	2	2	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.471566221	0.735783111	2	0.685579196	0.685579196	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-45	1	2.76E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	2960718	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	33	10	30.3	37	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.736330498	0.736330498	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.14E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	3383968	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	43	11	25.6	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-16	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	4398722	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	43	21	48.8	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.185905225	1.185905225	1	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.52E-37	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	6100336	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	31	27	87.1	45	14	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	1.470449173	1.470449173	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	8.81E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	6272010	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	35	17	48.6	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.181044957	1.181044957	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.18E-30	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	6931678	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	31	79.5	45	24	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.520094563	1.260047281	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	2.03E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	7031846	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	29	26	89.7	29	18	62.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	2.936170213	1.468085106	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.37E-57	1	1.25E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	8463168	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	36	29	80.6	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.725768322	0.862884161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	8472878	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	27	20	74.1	37	19	51.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.80072904	0.90036452	2	2.430260047	1.215130024	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-41	1	3.09E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	8985924	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	35	13	37.1	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.901579587	0.901579587	1	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-21	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9005173	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	27	9	33.3	26	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.44E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9271621	A	G	SEMA5A	CCDS3875.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	34	16	47.1	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.144592953	1.144592953	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.09E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9635129	T	A	TAS2R1	CCDS3876.1	r.?	-	-	upstream	36	0	0	52	18	34.6	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840826245	0.840826245	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.39E-28	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9636015	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	39	16	41	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.16E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9647338	G	T	-	-	-	-	-	-	50	0	0	50	41	82	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.992709599	0.9963548	2	1.673758865	0.836879433	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.09E-85	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9648407	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	39	86.7	47	18	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.810874704	0.905437352	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	1.52E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	10939412	C	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	33	14	42.4	33	1	3	2	0	0	1	1	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.030376671	1.030376671	1	0.141843972	0.141843972	1	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	4.57E-24	0.005	0.15245715	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	13615072	T	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	40	87	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	13663716	G	C	-	-	-	-	-	-	15	0	0	45	13	28.9	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.702308627	0.702308627	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.68E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	16103865	T	C	39141	CCDS47192.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	30	27	90	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.98E-59	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	16141191	C	T	39141	CCDS47192.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	42	35	83.3	46	22	47.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.260047281	1.130023641	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	1.68E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	16508733	A	C	FAM134B	CCDS43305.1	r.375u>g	c.?	p.?	5'UTR variant	32	0	0	43	19	44.2	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.074119077	1.074119077	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.36E-32	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	16601643	T	A	FAM134B	CCDS43304.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	30	14	46.7	39	11	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.134872418	1.134872418	1	1.333333333	1.333333333	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.24E-25	1	7.20E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	19139106	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	21	56.8	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.380315917	0.690157959	2	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.69E-39	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	20362616	G	T	CDH18	CCDS3652.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	32	29	90.6	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.201701094	1.100850547	2	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.11E-64	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	22722971	A	T	CDH12	CCDS3890.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	56	43	76.8	54	20	37	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.866342649	0.933171324	2	1.749408983	0.874704492	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.02E-87	1	2.61E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	23596425	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	23	63.9	46	27	58.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.552855407	0.776427704	2	2.775413712	1.387706856	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.59E-44	1	2.82E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	23841585	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	11	29.7	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.721749696	0.721749696	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.70E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	24473960	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	36	27	75	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.72E-55	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	24530857	G	T	CDH10	CCDS3892.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	45	20	44.4	42	10	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.078979344	1.078979344	1	1.125295508	1.125295508	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.68E-34	1	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	24550107	G	C	CDH10	CCDS3892.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	36	20	55.6	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.351154313	1.351154313	1	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.46E-37	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	24811082	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	32	7	21.9	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.532199271	0.532199271	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.36E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	24862144	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	33	24	72.7	42	14	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.766707169	0.883353584	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-48	1	2.83E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	25272524	A	G	-	-	-	-	-	-	47	0	0	51	43	84.3	49	21	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.048602673	1.024301337	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.96E-91	1	1.63E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	27353090	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	50	43	86	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-91	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	27559563	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	51	38	74.5	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.810449575	0.905224787	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-76	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	27741025	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	51	22	43.1	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.047387606	1.047387606	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-37	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	27803105	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	26	24	92.3	51	19	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	1.763593381	0.88179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-53	1	7.94E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	28968744	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	38	30	78.9	50	19	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.917375456	0.958687728	2	1.796690307	0.898345154	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.38E-62	1	5.00E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	29569461	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	34	73.9	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.795868773	0.897934386	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.14E-68	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30114379	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	48	22	45.8	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.113001215	1.113001215	1	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-38	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30159078	G	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	40	34	85	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30190831	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	46	39	84.8	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30937897	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	44	34	77.3	58	25	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.878493317	0.939246659	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.38E-69	1	4.44E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30955377	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	36	85.7	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.41E-77	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	31016306	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	39	32	82.1	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	31085580	T	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	37	29	78.4	38	16	42.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	1.990543735	0.995271868	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	3.06E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	32101308	G	A	PDZD2	CCDS34137.1	r.8704g>a	c.8316G>A	p.T2772T	silent	23	0	0	35	19	54.3	60	19	31.7	123	0	0	57	17	29.8	60	20	33.3	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.319562576	1.319562576	1	1.498817967	0.749408983	2	0.72417983	0.72417983	1	1.574468085	0.787234043	2	6	8	7.18E-35	8.82E-26	3.21E-29	3.30E-31	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	5	32222051	T	C	ENSG00000215163	ENST00000399714	r.?	-	-	intronic	37	0	0	48	21	43.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064398542	1.064398542	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.35E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	32338968	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	30	26	86.7	46	21	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-56	1	2.94E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	33687370	A	G	ADAMTS12	ENST00000504830	r.?	-	-	intronic	32	0	0	39	32	82.1	61	24	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	1.858156028	0.929078014	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	2.97E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	35247753	C	G	-	-	-	-	-	-	16	0	0	35	9	25.7	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.62454435	0.62454435	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-13	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	35487991	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	47	19	40.4	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.981773998	0.981773998	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.16E-31	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	35678656	T	C	SPEF2	CCDS43309.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	21	43.8	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064398542	1.064398542	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.35E-36	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	36045186	T	C	UGT3A2	CCDS3914.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	39	33	84.6	60	32	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	2.520094563	1.260047281	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	2.11E-57	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	36406441	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	43	12	27.9	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.67800729	0.67800729	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.24E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	36434629	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	54	25	46.3	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125151883	1.125151883	1	0.761229314	0.761229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.36E-43	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	36655511	A	G	SLC1A3	CCDS3919.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	42	36	85.7	60	27	45	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.127659574	1.063829787	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.41E-77	1	5.59E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	38154416	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	38	29	76.3	39	21	53.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.854191981	0.92709599	2	2.543735225	1.271867612	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-59	1	2.73E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	38213906	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	31	7	22.6	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.549210207	0.549210207	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.85E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	39472416	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	35	33	94.3	39	17	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.291616039	1.145808019	2	2.061465721	1.030732861	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.86E-74	1	3.51E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	39651372	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	40	32	80	34	13	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.806146572	0.903073286	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.03E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	40456332	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	37	92.5	61	30	49.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.247873633	1.123936817	2	2.326241135	1.163120567	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.08E-82	1	1.86E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	40804293	C	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	38	31	81.6	50	19	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.796690307	0.898345154	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	5.00E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	41042930	C	T	HEATR7B2	CCDS47202.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	38	20	52.6	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.278250304	1.278250304	1	1.323877069	1.323877069	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	41510763	C	G	PLCXD3	CCDS34150.1	r.?	-	-	upstream	14	0	0	25	20	80	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.95E-42	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	41965341	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	51	26	51	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.239368165	1.239368165	1	1.252955083	1.252955083	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-46	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	42034605	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	40	16	40	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.56E-27	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	43339600	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	38	9	23.7	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.575941677	0.575941677	1	0.817966903	0.817966903	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.79E-13	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	43835085	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	36	11	30.6	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.62E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	43867185	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	19	47.5	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.154313487	1.154313487	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.27E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	44129977	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	43	10	23.3	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.566221142	0.566221142	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.61E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	44799174	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	46	32	69.6	59	24	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.691373026	0.845686513	2	1.924349882	0.962174941	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.22E-63	1	1.09E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	45246799	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	34	27	79.4	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.929526124	0.964763062	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.87E-56	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	45348186	T	A	HCN1	CCDS3952.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	49	40	81.6	53	19	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.692671395	0.846335697	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.79E-83	1	1.93E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	45636246	C	A	HCN1	CCDS3952.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	35	30	85.7	55	28	50.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.406619385	1.203309693	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-64	1	1.25E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	45807089	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	20	4	20	34	2	5.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0.278959811	0.278959811	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000284	1	0.012612579	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	50078621	C	A	PARP8	CCDS3954.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	33	30	90.9	51	22	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.01E-66	1	3.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	51146000	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	34	29	85.3	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.07290401	1.036452005	2	2.226950355	1.113475177	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	52454975	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	17	40.5	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.73E-28	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	52525805	A	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	37	30	81.1	50	22	44	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	2.080378251	1.040189125	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	1.85E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	54919023	T	C	SLC38A9	CCDS3968.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	36	26	72.2	43	23	53.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.754556501	0.87727825	2	2.529550827	1.264775414	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.61E-52	1	1.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	54924624	T	G	SLC38A9	CCDS3968.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	42	36	85.7	58	25	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.41E-77	1	4.44E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	54987635	G	A	SLC38A9	CCDS3968.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	36	31	86.1	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.092345079	1.046172539	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-66	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	55034755	C	T	DDX4	CCDS47208.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	48	6	12.5	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000016	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	55249826	A	C	IL6ST	CCDS3971.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	33	9	27.3	32	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.76E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	55322591	A	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	40	28	70	58	24	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.70109356	0.85054678	2	1.957446809	0.978723404	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.96E-55	1	6.49E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	56752246	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	51	31	60.8	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.477521264	0.738760632	2	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.28E-58	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	57079551	A	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	32	13	40.6	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.986634265	0.986634265	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.88E-22	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	57539980	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	17	45.9	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.115431349	1.115431349	1	1.06855792	1.06855792	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-29	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	57603889	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	53	28	52.8	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.283110571	1.283110571	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.98E-50	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	57920211	C	A	RAB3C	CCDS3976.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	41	19	46.3	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125151883	1.125151883	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.20E-33	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	59615476	A	T	PDE4D	CCDS47032.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	39	31	79.5	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.76E-64	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	59881709	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	32	22	68.8	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.671931956	0.835965978	2	1.408983452	1.408983452	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.47E-43	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	60368721	G	A	NDUFAF2	CCDS3979.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	32	8	25	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.69E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	61341873	A	G	-	-	-	-	-	-	51	0	0	35	26	74.3	42	15	35.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	1.687943262	0.843971631	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	2.65E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	61561529	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	26	23	88.5	38	18	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.150668287	1.075334143	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-50	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	62266166	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	46	39	84.8	66	30	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	4.31E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	62714475	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	47	41	87.2	54	24	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-88	1	7.24E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	63028530	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	43	20	46.5	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.130012151	1.130012151	1	1.073286052	1.073286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.21E-35	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	63245232	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	35	83.3	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	63369500	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	35	83.3	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	63704121	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	47	39	83	37	13	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.017010936	1.008505468	2	1.659574468	0.829787234	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.50E-82	1	3.89E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	63989170	G	C	FAM159B	CCDS47220.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	40	15	37.5	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.09E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	66150665	T	G	MAST4	CCDS47225.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	48	21	43.8	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064398542	1.064398542	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.35E-36	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	67439762	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	40	87	42	14	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	2.83E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	67892697	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	15	45.5	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.105710814	1.105710814	1	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-26	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	71387560	C	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	42	8	19	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.461725395	0.461725395	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	3.96E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	71701535	T	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	15	25	63	8	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.600472813	0.600472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-21	1	1.18E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	71760135	C	A	ZNF366	CCDS4015.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	59	20	33.9	70	13	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.82381531	0.82381531	1	0.879432624	0.879432624	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.21E-31	1	4.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	71918412	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	30	10	33.3	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.68E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	72425463	G	C	TMEM171	CCDS4017.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	23	11	47.8	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.161603888	1.161603888	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.25E-20	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	74760580	T	C	COL4A3BP	CCDS47235.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	42	16	38.1	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.25E-26	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	77599839	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	31	15	48.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.17618469	1.17618469	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.51E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	78043116	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	35	19	54.3	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.319562576	1.319562576	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.18E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	78253606	G	A	ARSB	CCDS4043.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	37	32	86.5	58	30	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	2.444444444	1.222222222	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	2.36E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	79034604	C	T	CMYA5	CCDS47238.1	r.10088c>u	c.10016C>T	p.A3339V	missense	27	0	0	29	24	82.8	53	19	35.8	331	3	0.9	639	593	92.8	118	36	30.5	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.012150668	1.006075334	2	1.692671395	0.846335697	2	2.255164034	1.127582017	2	1.442080378	0.721040189	2	6	8	6.91E-51	0	1.93E-30	2.58E-53	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	5	80588119	C	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	53	21	39.6	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.962332928	0.962332928	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.30E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	80658006	C	T	ACOT12	CCDS4055.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	25	21	84	30	9	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.041312272	1.020656136	2	1.418439716	1.418439716	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.92E-45	1	2.54E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81064992	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	15	32.6	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.792223572	0.792223572	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.35E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81075987	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	14	42.4	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.030376671	1.030376671	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.57E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81236439	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	28	23	82.1	29	14	48.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	2.283687943	1.141843972	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.14E-48	1	4.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81780288	C	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	43	37	86	60	31	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	2.444444444	1.222222222	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	4.63E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81818355	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	10	27	35	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.656136087	0.656136087	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.01E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	82136527	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	40	5	12.5	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000178	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	82352563	G	T	TMEM167A	ENST00000502346	r.732c>a	c.?	p.?	3'UTR variant	30	0	0	47	37	78.7	36	12	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.912515188	0.956257594	2	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-76	1	2.73E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	83920127	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	35	8	22.9	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.556500608	0.556500608	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.15E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	84107214	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	18	34.6	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840826245	0.840826245	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.39E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	84875333	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	46	19	41.3	42	6	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.0036452	1.0036452	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.97E-32	1	7.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	85190516	T	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	43	32	74.4	40	23	57.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	2.718676123	1.359338061	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-64	1	9.75E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	87257758	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	50	38	76	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.84690158	0.92345079	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.17E-77	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	87468890	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	43	11	25.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.622114216	0.622114216	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.42E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	87963451	C	A	MIR9-2	ENST00000384838	r.?	-	-	upstream	14	0	0	28	21	75	30	12	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.46E-43	1	1.94E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	88854450	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	33	8	24.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.588092345	0.588092345	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.85E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	88988176	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	30	26	86.7	38	18	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-56	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	89272095	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	50	10	20	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	8.36E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	89523501	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	30	24	80	48	15	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.475177305	1.475177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.44E-50	1	2.86E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	89594279	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	31	29	93.5	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.27217497	1.136087485	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.58E-65	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	90618285	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	51	46	90.2	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.191980559	1.095990279	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-100	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	90680470	A	C	ARRDC3	CCDS34202.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	40	32	80	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	90950544	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	31	24	77.4	44	14	31.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	1.503546099	1.503546099	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-49	1	6.10E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	92127607	T	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	32	76.2	59	26	44.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851761847	0.925880923	2	2.085106383	1.042553191	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	5.03E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	93142724	T	A	MIR2277	CCDS4069.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	41	16	39	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	93185407	T	A	MIR2277	CCDS4069.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	52	20	38.5	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	1.059101655	1.059101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-32	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	94037888	C	G	ANKRD32	CCDS4071.2	r.?	-	-	downstream	37	0	0	35	24	68.6	58	18	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.667071689	0.833535844	2	1.46572104	0.73286052	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.36E-47	1	1.42E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	95120449	C	G	RHOBTB3	CCDS4077.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	37	14	37.8	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.918590522	0.918590522	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.35E-23	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	95598207	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	34	14	41.2	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.74E-24	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	96685594	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	41	83.7	65	27	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-86	1	8.98E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	97452342	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	21	19	90.5	30	13	43.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.19927096	1.09963548	2	2.047281324	1.023640662	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.97E-42	1	1.35E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	97919673	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	37	15	40.5	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-25	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	98073494	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	43	31	72.1	48	23	47.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.752126367	0.876063183	2	2.264775414	1.132387707	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.74E-62	1	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	98597970	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	16	40	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.56E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	100431569	T	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	22	18	81.8	57	18	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.494089835	0.747044917	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.74E-38	1	9.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	101552536	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	19	41.3	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.0036452	1.0036452	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.97E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	101595386	G	A	SLCO4C1	CCDS34205.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	35	30	85.7	51	22	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.95E-64	1	3.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	101675326	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	41	20	48.8	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.185905225	1.185905225	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.32E-35	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	103590288	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	37	17	45.9	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.115431349	1.115431349	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-29	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	105130204	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	33	28	84.8	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	106098998	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	37	18	48.6	61	13	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.181044957	1.181044957	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.16E-32	1	6.41E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	108378477	C	T	FER	CCDS4098.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	30	24	80	42	17	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.44E-50	1	1.73E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	108643325	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	30	11	36.7	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891859052	0.891859052	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.44E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	110677051	C	A	CAMK4	CCDS4103.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	34	28	82.4	46	18	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	1.848699764	0.924349882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-59	1	9.41E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	110870090	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	31	81.6	53	23	43.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	2.052009456	1.026004728	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	6.43E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	111921576	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	33	28	84.8	30	15	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	4.41E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	112409641	C	T	MCC	CCDS4111.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	35	31	88.6	57	28	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.321513002	1.160756501	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-67	1	4.87E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	113368469	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	30	76.9	44	24	54.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	2.576832151	1.288416076	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-61	1	9.53E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	114315203	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	53	45	84.9	46	15	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.063183475	1.031591738	2	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-95	1	1.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	114322862	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	39	16	41	62	13	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	0.992907801	0.992907801	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.16E-27	1	8.08E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	115637657	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	38	16	42.1	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.02308627	1.02308627	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-27	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	115935850	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	47	82.5	35	16	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.92E-98	1	5.66E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	116383210	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	20	45.5	59	12	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.105710814	1.105710814	1	0.959810875	0.959810875	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-34	1	2.20E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	117348088	C	G	ENSG00000230431	ENST00000438991	r.?	-	-	intronic	28	0	0	47	7	14.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.362089915	0.362089915	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.12E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	118714567	G	C	TNFAIP8	CCDS47257.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	29	20	69	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.676792224	0.838396112	2	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.15E-40	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	118938853	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	31	26	83.9	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	119901816	G	A	PRR16	CCDS4127.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	38	31	81.6	51	25	49	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	2.31678487	1.158392435	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	120510923	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	28	84.8	57	29	50.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.406619385	1.203309693	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	2.45E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	121099478	A	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	32	4	12.5	33	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000201	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	123133281	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	43	18	41.9	44	5	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	0.539007092	0.539007092	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.06E-30	1	0.00000288	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	123409729	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	43	38	88.4	51	27	52.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	2.501182033	1.250591017	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	1.52E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	124029685	T	G	ZNF608	CCDS34219.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	26	20	76.9	32	9	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	1.328605201	1.328605201	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-41	1	4.94E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	124029686	T	A	ZNF608	CCDS34219.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	23	20	87	32	11	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.626477541	1.626477541	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.66E-43	1	5.72E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	125645826	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	56	7	12.5	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.46E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	128380028	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	35	14	40	46	15	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.28E-23	1	1.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	128520783	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	10	27.8	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.675577157	0.675577157	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.21E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	128788246	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	40	15	37.5	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.09E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	128870976	C	A	ADAMTS19	CCDS4146.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	48	19	39.6	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.962332928	0.962332928	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-31	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	129123643	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	38	20	52.6	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.278250304	1.278250304	1	1.134751773	1.134751773	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	129209107	G	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	42	19	45.2	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.098420413	1.098420413	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.64E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	129221795	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	7	16.3	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.396111786	0.396111786	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.15E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	132365182	C	T	ZCCHC10	CCDS4165.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	37	30	81.1	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	2.009456265	1.004728132	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	132561951	C	T	FSTL4	CCDS34238.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	38	34	89.5	53	16	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.174969623	1.087484812	2	1.427895981	1.427895981	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.21E-74	1	1.90E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	132613836	C	T	FSTL4	CCDS34238.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	32	30	93.8	44	13	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.279465371	1.139732685	2	1.394799054	1.394799054	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.57E-67	1	5.49E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	133436258	G	C	-	-	-	-	-	-	8	0	0	37	31	83.8	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	133720248	G	A	UBE2B	CCDS4174.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	34	85	60	28	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	3.31E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	135194624	G	T	ENSG00000145832	CCDS43366.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	37	88.1	36	16	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.140947752	1.070473876	2	2.09929078	1.04964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.04E-80	1	1.01E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	135267226	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	37	6	16.2	35	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.393681652	0.393681652	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	3.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	135758302	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	40	32	80	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	138186929	C	G	CTNNA1	CCDS34243.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	31	12	38.7	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.940461725	0.940461725	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.16E-20	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	139769220	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	40	93	43	19	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.260024301	1.130012151	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-88	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	140118569	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	26	24	92.3	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	1.806146572	0.903073286	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-53	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	140586983	T	G	PCDHB12	CCDS4254.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	56	19	33.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.82381531	0.82381531	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.79E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	140614154	C	T	PCDHB18	ENST00000274705	r.217c>u	c.?	p.?	5'UTR variant	28	0	0	46	21	45.7	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	140814457	G	T	PCDHGA12	CCDS47291.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	53	41	77.4	57	27	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.14E-83	1	9.04E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	141003274	G	A	DIAPH1	CCDS43374.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	40	32	80	48	23	47.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.264775414	1.132387707	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	3.27E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	141558484	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	37	33	89.2	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	141558485	G	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	38	34	89.5	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.174969623	1.087484812	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.21E-74	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	143737212	T	A	KCTD16	CCDS34260.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	45	6	13.3	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.323207776	0.323207776	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000108	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	143936567	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	39	19	48.7	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183475091	1.183475091	1	0.605200946	0.605200946	1	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	1.20E-33	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	144383586	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	34	17	50	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.64E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	144383590	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	33	17	51.5	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.251518834	1.251518834	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.25E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	144712911	A	T	-	-	-	-	-	-	26	1	3.8	49	16	32.7	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.794653706	0.794653706	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.37E-25	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	144823368	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	48	40	83.3	36	18	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	1	3.18E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	147162582	G	A	JAKMIP2	CCDS4285.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	42	38	90.5	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.19927096	1.09963548	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.99E-83	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	148959514	G	C	ENSG00000183111	CCDS43385.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	49	43	87.8	42	23	54.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.133657351	1.066828676	2	2.591016548	1.295508274	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.54E-92	1	4.86E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	151724018	T	C	-	-	-	-	-	-	19	0	0	22	4	18.2	22	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.442284326	0.442284326	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000425	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	152172085	A	T	-	-	-	-	-	-	54	0	0	36	19	52.8	36	10	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.283110571	1.283110571	1	1.314420804	1.314420804	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-34	1	2.21E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	152650691	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	32	25	78.1	30	4	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.897934386	0.948967193	2	0.628841608	0.628841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.70E-52	1	0.0000154	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	152689698	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	40	34	85	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.065613609	1.032806804	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.17E-72	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	153278651	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	46	16	34.8	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.845686513	0.845686513	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.31E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	153569987	C	T	GALNT10	CCDS4325.1	r.?	-	-	upstream	8	0	0	44	23	52.3	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.270959903	1.270959903	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.17E-41	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	155792082	A	T	SGCD	CCDS47325.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	52	22	42.3	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.027946537	1.027946537	1	1.073286052	1.073286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.59E-37	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	155817305	T	C	SGCD	CCDS47325.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	52	16	30.8	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748481166	0.748481166	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.33E-24	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	156665500	A	T	ITK	CCDS4336.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	45	6	13.3	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.323207776	0.323207776	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000108	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	157323261	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	58	51	87.9	48	21	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.29E-109	1	9.35E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	157766752	T	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	40	32	80	38	19	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	6.16E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	157809655	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	28	13	46.4	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.127582017	1.127582017	1	1.144208038	1.144208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.26E-23	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	159113049	A	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	41	16	39	38	8	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.40E-26	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	160052718	C	G	ATP10B	CCDS43394.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	44	17	38.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.938031592	0.938031592	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.61E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	160240166	C	T	ATP10B	CCDS43394.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	46	37	80.4	55	26	47.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.953827461	0.97691373	2	2.236406619	1.11820331	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.67E-77	1	4.61E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	161327803	A	T	GABRA1	CCDS4357.1	r.?	-	-	downstream	15	0	0	28	10	35.7	54	8	14.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.18E-16	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	163042934	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	43	17	39.5	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.84E-28	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	163208002	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	25	8	32	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77764277	0.77764277	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.92E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	163817369	G	T	AC008446.1	ENST00000486913	r.?	-	-	intronic	29	0	0	35	26	74.3	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	164416953	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	31	88.6	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-67	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	164845017	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	39	33	84.6	42	18	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	1.20E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	165306057	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	37	11	29.7	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.721749696	0.721749696	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.70E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	165892890	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	42	15	35.7	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.867557716	0.867557716	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	165980877	T	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	35	31	88.6	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-67	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	166163144	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	29	82.9	46	16	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.645390071	0.822695035	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	1.31E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	167358017	T	C	ODZ2	ENST00000403607	r.?	-	-	intronic	35	0	0	34	7	20.6	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.500607533	0.500607533	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.73E-10	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	168800461	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	29	5	17.2	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.417982989	0.417982989	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000000336	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	168850311	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	45	19	42.2	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.025516403	1.025516403	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.11E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	169441663	G	A	DOCK2	CCDS4371.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	35	29	82.9	34	20	58.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.780141844	1.390070922	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	1.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	170570712	A	T	RANBP17	CCDS34287.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	33	29	87.9	53	24	45.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	2.141843972	1.070921986	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	4.04E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	170756222	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	31	28	90.3	46	18	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.194410693	1.097205346	2	1.848699764	0.924349882	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.65E-61	1	9.41E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	171959864	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	51	44	86.3	34	10	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.097205346	1.048602673	2	1.390070922	1.390070922	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.36E-94	1	1.15E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	172006046	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	30	14	46.7	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.134872418	1.134872418	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.24E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	174701948	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	58	48	82.8	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.012150668	1.006075334	2	1.527186761	0.763593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-100	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	174733013	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	19	43.2	47	11	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	1.106382979	1.106382979	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-32	1	7.21E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	174846156	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	43	16	37.2	46	12	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.904009721	0.904009721	1	1.234042553	1.234042553	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.56E-26	1	8.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	175111832	G	T	HRH2	CCDS4395.1	r.?	-	-	downstream	33	0	0	46	11	23.9	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.580801944	0.580801944	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.55E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	175137738	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	42	37	88.1	42	21	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.140947752	1.070473876	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.04E-80	1	2.32E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	176429826	G	A	UIMC1	CCDS4408.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	37	20	54.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.314702309	1.314702309	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	176429829	G	A	UIMC1	CCDS4408.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	38	21	55.3	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.343863913	1.343863913	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.27E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	179427563	C	T	RNF130	CCDS4451.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	41	31	75.6	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-63	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	179453857	C	A	RNF130	CCDS4451.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	50	43	86	57	30	52.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	2.486997636	1.243498818	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.10E-91	1	1.15E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	180721834	T	C	-	-	-	-	-	-	5	0	0	18	5	27.8	16	2	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.675577157	0.675577157	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.54E-08	1	0.002863359	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	307644	C	T	DUSP22	CCDS4468.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	78	18	23.1	82	6	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.561360875	0.561360875	1	0.345153664	0.345153664	1	NA	NA	1	NA	NA	1	4	NA	6.10E-25	1	0.00000395	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	315674	G	T	DUSP22	CCDS4468.1	r.?	-	-	intronic	60	0	0	95	24	25.3	110	7	6.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.614823815	0.614823815	1	0.302600473	0.302600473	1	NA	NA	1	NA	NA	1	4	NA	8.29E-34	1	0.00000159	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	344324	C	T	DUSP22	CCDS4468.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	65	16	24.6	123	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.59781288	0.59781288	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.85E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	1362018	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	44	41	93.2	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.264884569	1.132442284	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.93E-91	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	3118569	G	C	RIPK1	CCDS4482.1	r.?	-	-	downstream	12	0	0	58	52	89.7	67	31	46.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	2.189125296	1.094562648	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.73E-113	1	4.66E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	3309655	C	T	SLC22A23	CCDS47363.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	42	37	88.1	42	22	52.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.140947752	1.070473876	2	2.477541371	1.238770686	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.04E-80	1	1.11E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	3466629	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	57	12	21.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.512758202	0.512758202	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.40E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	4674769	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	23	18	78.3	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.902794654	0.951397327	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.25E-37	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	6164148	G	C	F13A1	CCDS4496.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	29	14	48.3	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.173754557	1.173754557	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.41E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	6250708	C	T	F13A1	CCDS4496.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	42	10	23.8	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.57837181	0.57837181	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.24E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	6762697	C	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	23	17	73.9	48	21	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.795868773	0.897934386	2	2.070921986	1.035460993	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.49E-35	1	9.35E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	8362891	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	48	38	79.2	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	1.290780142	1.290780142	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-78	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	8856825	A	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	35	13	37.1	56	17	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.901579587	0.901579587	1	1.437352246	1.437352246	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-21	1	6.22E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	9738200	C	T	OFCC1	ENST00000460363	r.?	-	-	intronic	31	0	0	36	11	30.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.62E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	11061210	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	50	18	36	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874848117	0.874848117	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.92E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	11201592	T	G	NEDD9	CCDS4520.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	33	27	81.8	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.009456265	1.004728132	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	12865071	G	T	PHACTR1	ENST00000379350	r.?	-	-	intronic	31	0	0	45	38	84.4	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	1.735224586	0.867612293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-80	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	13641758	A	T	RANBP9	CCDS4529.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	43	39	90.7	35	11	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.204131227	1.102065614	2	1.48463357	1.48463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.20E-85	1	1.82E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	13708348	A	G	RANBP9	CCDS4529.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	57	49	86	46	23	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.82E-104	1	8.79E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	14343707	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	33	89.2	46	21	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	2.94E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	16307594	C	T	ATXN1	CCDS34342.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	26	10	38.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.82E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	16648094	G	T	ATXN1	CCDS34342.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	34	32	94.1	52	28	53.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.286755772	1.143377886	2	2.543735225	1.271867612	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.29E-71	1	1.41E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	17548190	A	G	CAP2	CCDS4539.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	38	13	34.2	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	18231738	G	C	DEK	CCDS34344.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	47	19	40.4	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.981773998	0.981773998	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.16E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	18993684	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	40	32	80	60	24	40	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	0	0	1	6	NA	1.72E-66	1	1.81E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	19776873	T	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	37	29	78.4	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	20696871	T	A	CDKAL1	CCDS4546.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	46	33	71.7	49	23	46.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.742405832	0.871202916	2	2.21749409	1.108747045	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-65	1	6.14E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	22118670	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	48	15	31.2	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.758201701	0.758201701	1	0.600472813	0.600472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.86E-23	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	22717753	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	39	35	89.7	64	24	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.179829891	1.089914945	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-76	1	1.23E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	23180884	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	38	7	18.4	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.447144593	0.447144593	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	8.61E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	24234633	C	T	DCDC2	CCDS4550.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	34	75.6	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.60E-69	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	25985321	A	G	TRIM38	CCDS4568.1	r.3228a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	22	0	0	36	29	80.6	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	26951600	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	30	15	50	42	11	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	1.238770686	1.238770686	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.41E-27	1	1.81E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	27587163	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	55	21	38.2	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.928311057	0.928311057	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.41E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	28105148	G	A	ZNF192	CCDS4645.1	r.?	-	-	upstream	21	0	0	37	30	81.1	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.970838396	0.985419198	2	1.432624113	0.716312057	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.27E-63	1	3.11E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	28160627	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	28	26	92.9	37	14	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.257594168	1.128797084	2	1.787234043	0.893617021	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.58E-58	1	3.35E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	28560317	C	T	AL049543.2	ENST00000499525	r.?	-	-	downstream	37	0	0	36	29	80.6	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.735224586	0.867612293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	29172192	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	16	35.6	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.865127582	0.865127582	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.61E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	30146637	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	13	34.2	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	30615614	G	T	C6orf136	CCDS4684.1	r.417g>u	c.?	p.?	5'UTR variant	13	0	0	43	34	79.1	55	29	52.7	18	0	0	7	1	14.3	2	2	100	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.922235723	0.961117861	2	2.491725768	1.245862884	2	0.347509113	0.347509113	1	4.728132388	2.364066194	2	6	8	3.14E-70	0.034479353	5.85E-52	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	32873277	C	A	AL669918.1	ENST00000499196	r.?	-	-	downstream	38	0	0	49	42	85.7	51	24	47.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.226950355	1.113475177	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-89	1	1.20E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	35412777	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	39	34	87.2	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	36566336	T	C	SFRS3	CCDS4823.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	36	29	80.6	54	21	38.9	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.839243499	0.919621749	2	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	2.12E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	37169203	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	39	32	82.1	49	22	44.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.995139733	0.997569866	2	2.122931442	1.061465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.46E-67	1	1.04E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	39393952	C	T	KIF6	CCDS4844.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	51	21	41.2	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.73E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	39776991	C	A	DAAM2	ENST00000398904	r.?	-	-	intronic	22	0	0	29	10	34.5	40	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.838396112	0.838396112	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.79E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	40729804	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	40	13	32.5	35	8	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.789793439	0.789793439	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-20	1	8.15E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	42253941	G	T	TRERF1	CCDS4867.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	7	3	42.9	9	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.00000431	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	42755055	G	A	KIAA0240	CCDS34451.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	44	19	43.2	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-32	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	43765442	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	31	25	80.6	53	22	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-52	1	9.50E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	44718019	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	30	23	76.7	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.863912515	0.931956258	2	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.35E-47	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	44880814	C	G	SUPT3H	CCDS34466.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	37	14	37.8	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.918590522	0.918590522	1	1.137054374	1.137054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.35E-23	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	44912886	T	A	SUPT3H	CCDS34466.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	16	38.1	66	12	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.25E-26	1	9.36E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	45686801	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	39	19	48.7	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183475091	1.183475091	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.20E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	45863314	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	18	42.9	80	15	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-30	1	1.49E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	45994740	C	T	CLIC5	CCDS47438.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	42	30	71.4	84	22	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.735115431	0.867557716	2	1.762770686	0.881385343	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.72E-60	1	1.66E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	46394290	G	C	RCAN2	ENST00000371374	r.?	-	-	intronic	43	0	0	31	9	29	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.704738761	0.704738761	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.57E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	47190285	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	63	43	68.3	72	26	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.659781288	0.829890644	2	2.428855792	1.214427896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.39E-83	1	3.29E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	49826950	G	A	CRISP1	CCDS4931.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	24	10	41.7	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.80E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	50018878	G	A	DEFB112	CCDS34476.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	41	37	90.2	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.191980559	1.095990279	2	2.428855792	1.214427896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.23E-81	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	50044443	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	41	34	82.9	82	23	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	1.883877069	0.941938534	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	1.19E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	50532086	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	47	17	36.2	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.879708384	0.879708384	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.81E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	51283647	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	35	6	17.1	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.415552855	0.415552855	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	2.24E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	51617685	C	A	PKHD1	CCDS4935.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	34	18	52.9	73	9	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.285540705	1.285540705	1	0.827560284	0.827560284	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.79E-33	1	1.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	52495080	C	A	-	-	-	-	-	-	34	1	2.9	33	29	87.9	67	20	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136087485	1.068043742	2	2.011711584	1.005855792	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.48E-63	1	4.42E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	52565161	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	45	39	86.7	68	29	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.866184397	1.433092199	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	2.12E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	52674176	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	33	89.2	86	29	33.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.267380615	1.133690307	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	9.55E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	53146782	T	G	ELOVL5	CCDS4951.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	39	33	84.6	61	21	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	2.314477541	1.157238771	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	4.80E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	53652095	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	46	31	67.4	80	20	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.637910085	0.818955043	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.22E-60	1	2.53E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	55991473	C	T	COL21A1	ENST00000244728	r.?	-	-	intronic	43	0	0	44	35	79.5	71	25	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.0163026	1.0081513	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.97E-72	1	2.38E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	57329274	G	A	PRIM2	ENST00000425433	r.?	-	-	intronic	54	0	0	106	29	27.4	109	11	10.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	1	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.665856622	0.665856622	1	0.578541371	0.578541371	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-41	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	57593833	A	G	-	-	-	-	-	-	62	0	0	99	41	41.4	90	11	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	1	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.006075334	1.006075334	1	0.698832151	0.698832151	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.06E-67	1	1.41E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	57821964	G	A	-	-	-	-	-	-	47	1	2.1	65	29	44.6	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	1	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.083839611	1.083839611	1	2.067855792	1.033927896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-49	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	57996734	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	76	27	35.5	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	1	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.862697448	0.862697448	1	1.79863357	0.899316785	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.67E-42	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	58015477	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	73	9	12.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3	1	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.29890644	0.29890644	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	1.42E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	58772401	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	38	5	13.2	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	1.750847937	3	1	2	0	1	0.249152063	1	2	NA	0	NA	0.750847937	NA	0.28788957	0.28788957	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000137	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62019882	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	50	18	36	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.594848117	0.797424058	2	1.941836879	0.97091844	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.92E-29	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62285139	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	69	14	20.3	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.899317132	0.899317132	1	1.208635934	1.208635934	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.30E-19	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62387080	A	C	KHDRBS2	CCDS4963.1	r.?	-	-	downstream	32	0	0	79	43	54.4	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.40999271	1.204996355	2	1.621061466	0.810530733	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.79E-77	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62598641	C	G	KHDRBS2	CCDS4963.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	56	16	28.6	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.267018226	1.267018226	1	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.26E-24	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62694304	C	T	KHDRBS2	CCDS4963.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	74	30	40.5	47	18	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.794204131	0.897102066	2	2.193874704	1.096937352	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.53E-49	1	1.52E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62820207	G	T	KHDRBS2	CCDS4963.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	73	29	39.7	71	24	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.758763062	0.879381531	2	1.936108747	0.968054374	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.86E-47	1	2.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	63157416	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	73	41	56.2	57	25	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.489735115	1.244867558	2	2.514650118	1.257325059	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.97E-74	1	2.54E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	63415674	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	61	31	50.8	67	7	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.250507898	1.125253949	2	0.595725768	0.595725768	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.37E-55	1	5.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	63535114	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	79	31	39.2	62	16	25.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.736612394	0.868306197	2	1.477858156	1.477858156	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.23E-50	1	3.36E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	64000677	C	A	LGSN	CCDS4964.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	81	36	44.4	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.966979344	0.983489672	2	1.122713948	1.122713948	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-60	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	64074930	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	71	12	16.9	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748692588	0.748692588	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.38E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	64754182	G	T	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	74	32	43.2	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.91381774	0.95690887	2	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-53	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	64880452	G	A	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	61	26	42.6	63	27	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.887236938	0.943618469	2	2.457368794	1.228684397	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.53E-43	1	3.06E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	65506713	G	A	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	83	18	21.7	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.961339004	0.961339004	1	1.334654846	1.334654846	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.09E-24	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	66037545	A	G	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	76	40	52.6	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.330250304	1.165125152	2	0.773297872	0.773297872	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.74E-71	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	66045478	C	A	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	77	33	42.9	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.900527339	0.95026367	2	2.085040189	1.042520095	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.91E-55	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	66772505	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	72	14	19.4	65	14	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85944593	0.85944593	1	1.231548463	1.231548463	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-18	1	2.93E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	67335635	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	75	11	14.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.651229648	0.651229648	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.78E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	67542488	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	79	43	54.4	57	14	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.40999271	1.204996355	2	1.409120567	1.409120567	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.79E-77	1	3.84E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68048282	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	72	35	48.6	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.153044957	1.076522479	2	0.876404255	0.876404255	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.05E-60	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68135930	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	61	34	55.7	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.467584447	1.233792224	2	1.002423168	1.002423168	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.06E-62	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68138064	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	62	30	48.4	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.14418469	1.072092345	2	1.053976359	1.053976359	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.60E-52	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68336283	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	66	24	36.4	57	17	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.612568651	0.806284326	2	1.706983452	0.853491726	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.04E-38	1	8.82E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68971527	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	86	34	39.5	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.749902795	0.874951397	2	0.830579196	0.830579196	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.60E-55	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	69284093	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	64	13	20.3	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.899317132	0.899317132	1	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.26E-17	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	69461860	C	A	BAI3	CCDS4968.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	66	11	16.7	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.739832321	0.739832321	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.07E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	69546724	T	A	BAI3	CCDS4968.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	73	32	43.8	61	11	18	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.940398542	0.970199271	2	1.03106383	1.03106383	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.69E-54	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	69864579	G	A	BAI3	CCDS4968.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	66	24	36.4	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.612568651	0.806284326	2	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.04E-38	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	70060379	C	G	BAI3	CCDS4968.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	71	37	52.1	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.308099635	1.154049818	2	2.067855792	1.033927896	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.29E-65	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	70402251	G	C	LMBRD1	CCDS4969.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	67	12	17.9	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.792993925	0.792993925	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.14E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	70903826	C	G	COL19A1	CCDS4970.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	112	25	22.3	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.210919806	1.210919806	1	0.985238771	0.985238771	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-33	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	71068061	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	81	30	37	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.009149453	1.004574727	2	1.185723404	1.185723404	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.02E-47	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	71087917	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	107	39	36.4	70	12	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.976568651	0.988284326	2	0.979510638	0.979510638	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.16E-61	1	1.99E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	71097720	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	80	36	45	82	22	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.443560146	0.814520049	3	1.53513948	0.76756974	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.50E-61	1	9.09E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	71463871	C	T	SMAP1	CCDS43478.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	99	11	11.1	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.602744836	0.602744836	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.11E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	72517433	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	110	13	11.8	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.640755772	0.640755772	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.06E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	72553532	A	T	-	-	-	-	-	-	32	1	3.1	104	62	59.6	75	27	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.23635966	1.078786553	3	2.06212766	1.03106383	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.11E-114	1	1.08E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	72859722	T	A	RIMS1	CCDS47449.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	92	32	34.8	75	7	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.889686513	0.944843256	2	0.532716312	0.532716312	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.88E-50	1	0.000000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	73238852	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	109	43	39.4	96	11	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.139472661	1.06973633	2	0.658735225	0.658735225	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.61E-69	1	2.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	73633305	A	T	KCNQ5	CCDS4976.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	99	12	12.1	80	10	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.657046173	0.657046173	1	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.51E-13	1	1.17E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	73997873	G	A	KHDC1	CCDS43480.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	92	43	46.7	62	17	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.535872418	0.845290806	3	1.569508274	0.784754137	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.03E-73	1	4.56E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74084420	C	T	OOEP	CCDS47451.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	92	34	37	78	19	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.009149453	1.004574727	2	1.397664303	1.397664303	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.87E-54	1	9.67E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74302474	C	A	SLC17A5	CCDS4981.1	r.?	-	-	downstream	20	0	0	83	13	15.7	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.852530984	0.852530984	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.66E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74724533	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	97	17	17.5	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95027339	0.95027339	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.97E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74744326	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	86	51	59.3	83	27	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.220069259	1.07335642	3	1.861643026	0.930821513	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.65E-94	1	2.90E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74913722	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	99	18	18.2	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.988284326	0.988284326	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.53E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74961386	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	90	7	7.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.423550425	0.423550425	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000406	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	75211403	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	98	53	54.1	61	26	42.6	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.937702309	0.979234103	3	2.440184397	1.220092199	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.64E-94	1	1.53E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	75424514	C	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	112	17	15.2	66	3	4.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.825380316	0.825380316	1	0.257765957	0.257765957	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.62E-20	1	0.004522888	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	76254008	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	88	23	26.1	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.417264885	0.708632442	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.59E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	77676415	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	84	43	51.2	72	28	38.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.780228433	0.926742811	3	2.228243499	1.114121749	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.53E-75	1	2.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78311493	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	57	53	93	52	29	55.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.190024301	1.063341434	3	3.196297872	1.065432624	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.30E-117	1	5.88E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78348022	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	54	49	90.7	56	30	53.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.111131227	1.037043742	3	3.07027896	1.02342632	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.48E-107	1	5.46E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78603315	T	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	55	9	16.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.56254192	0.56254192	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.01E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78684842	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	51	15	29.4	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.008459295	1.008459295	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.22E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78831377	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	46	21	45.7	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.567571081	0.783785541	2	1.168539007	1.168539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.94E-36	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78888800	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	68	23	33.8	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.159385176	1.159385176	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.70E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	79248433	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	64	53	82.8	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.840150668	0.946716889	3	1.976205674	0.988102837	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.82E-111	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	80663375	C	A	-	-	-	-	-	-	22	1	4.5	49	46	93.9	64	38	59.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.220895504	1.073631835	3	3.402510638	1.134170213	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-102	1	1.93E-70	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	83031059	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	67	62	92.5	60	31	51.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.172873633	1.057624544	3	2.961444444	0.987148148	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.04E-136	1	4.63E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	83340630	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	62	14	22.6	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.775210207	0.775210207	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.42E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	84168448	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	38	62.3	58	10	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.136973269	1.068486634	2	0.985238771	0.985238771	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-71	1	4.10E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	84211451	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	73	64	87.7	62	34	54.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.008227217	1.002742406	3	3.139016548	1.046338849	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.03E-137	1	1.78E-61	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	84360073	T	A	SNAP91	CCDS47455.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	57	15	26.3	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.902125152	0.902125152	1	0.905044917	0.905044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.53E-22	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	84655447	G	A	CYB5R4	CCDS5000.2	r.?	-	-	intronic	36	0	0	53	7	13.2	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.452777643	0.452777643	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	9.85E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	84760396	G	T	MRAP2	CCDS5001.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	65	58	89.2	56	25	44.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.059679222	1.019893074	3	2.554747045	0.851582348	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.33E-125	1	1.43E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85469268	A	C	TBX18	CCDS34495.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	67	4	6	71	1	1.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.205808019	0.205808019	1	0.080193853	0.080193853	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000372648	1	0.299450652	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85810616	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	71	4	5.6	84	1	1.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.192087485	0.192087485	1	0.068737589	0.068737589	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000464961	1	0.343645023	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85814045	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	52	41	78.8	82	52	63.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.702945322	0.900981774	3	3.631635934	1.210545311	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.60E-84	1	4.26E-98	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85817971	C	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	40	35	87.5	60	37	61.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.00136695	1.00045565	3	3.534257683	1.178085894	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.87E-75	1	1.52E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85822842	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	42	91.3	59	39	66.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.131712029	1.04390401	3	3.786295508	1.262098503	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.64E-92	1	4.61E-75	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85839645	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	67	58	86.6	66	29	43.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.970495747	0.990165249	3	2.514650118	0.838216706	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-123	1	6.96E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	85993073	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	57	51	89.5	73	37	50.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.069969623	1.023323208	3	2.904163121	0.968054374	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-110	1	5.33E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	86827347	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	72	17	23.6	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809511543	0.809511543	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.97E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	86942285	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	49	42	85.7	56	28	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.939624544	0.979874848	3	2.864066194	0.954688731	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-89	1	2.49E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	87203414	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	60	8	13.3	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.456207776	0.456207776	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	7.93E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	87280931	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	72	62	86.1	57	29	50.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.953345079	0.98444836	3	2.915619385	0.971873128	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-131	1	2.45E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	87594681	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	10	18.2	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.624284326	0.624284326	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.33E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	87802132	G	A	CGA	CCDS5007.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	58	52	89.7	62	39	62.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.076829891	1.025609964	3	3.602995272	1.200998424	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.73E-113	1	9.70E-74	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	87978989	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	48	5	10.4	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.3567339	0.3567339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000447	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	89319890	G	A	RNGTT	CCDS5017.1	r.?	-	-	downstream	28	0	0	55	51	92.7	53	32	60.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.1797339	1.0599113	3	3.459791962	1.153263987	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.49E-112	1	6.69E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	90802313	T	C	BACH2	CCDS5026.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	50	27	54	39	13	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.852272175	0.926136087	2	1.907468085	0.953734043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.20E-49	1	8.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	91882597	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	50	11	22	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.754629405	0.754629405	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.52E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	92375610	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	52	88.1	57	30	52.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.021947752	1.007315917	3	3.012997636	1.004332545	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.32E-112	1	1.15E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	92423480	G	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	54	18	33.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.142234508	1.142234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.12E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	92572727	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	50	18	36	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.234848117	1.234848117	1	2.102224586	1.051112293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.92E-29	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	92611283	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	43	36	83.7	63	33	52.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.871021871	0.95700729	3	3.001541371	1.00051379	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	8.66E-59	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	93332438	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	36	26	72.2	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.476556501	0.825518834	3	1.987661939	0.993830969	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.61E-52	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	93862011	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	48	5	10.4	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.3567339	0.3567339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000447	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	94284864	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	46	14	30.4	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042760632	1.042760632	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	94597032	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	52	45	86.5	53	33	62.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.967065614	0.989021871	3	3.568626478	1.189542159	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.67E-96	1	2.14E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	97729759	A	G	C6orf167	CCDS5039.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	73	21	28.8	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.987878493	0.987878493	1	1.67834279	0.839171395	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.03E-31	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	98644817	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	61	33	54.1	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.855702309	0.927851154	2	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.95E-59	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	98734923	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	69	6	8.7	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.298421628	0.298421628	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000143	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	100320463	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	51	44	86.3	80	39	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.960205346	0.986735115	3	2.795328605	0.931776202	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.36E-94	1	1.56E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	101010833	T	A	ASCC3	CCDS5046.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	56	5	8.9	57	1	1.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.305281896	0.305281896	1	0.103106383	0.103106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000965	1	0.248523156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	101428460	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	47	82.5	52	27	51.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.829860267	0.943286756	3	2.972900709	0.990966903	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.92E-98	1	3.15E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	101771324	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	64	54	84.4	56	32	57.1	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.895032807	0.965010936	3	3.270763593	1.090254531	3	NA	NA	1	5.728132388	1.909377463	3	6	NA	8.00E-114	1	9.02E-59	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	102338982	A	C	GRIK2	CCDS5049.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	74	13	17.6	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.603703524	0.603703524	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.62E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	103357363	T	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	50	45	90	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.087120292	1.029040097	3	2.090768322	1.045384161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.88E-98	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	103547766	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	62	21	33.9	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.16281531	1.16281531	1	1.432033097	1.432033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.22E-33	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	104137292	A	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	48	40	83.3	64	24	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.857301337	0.952433779	3	2.148049645	1.074024823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.30E-84	1	1.23E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	108079584	G	A	SCML4	CCDS5060.2	r.?	-	-	intronic	29	0	0	56	48	85.7	58	36	62.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.939624544	0.979874848	3	3.557170213	1.185723404	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.85E-102	1	7.35E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	109095274	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	22	33.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.142234508	1.142234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.52E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	111591411	G	A	KIAA1919	CCDS5090.1	r.4999g>a	c.?	p.?	3'UTR variant	43	0	0	66	58	87.9	41	25	61	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.048753845	3	3	3	0	0	0.951246155	1	3	NA	1	NA	0.048753845	NA	3.057942115	1.019314038	3	3.494160757	1.164720252	3	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.92E-124	1	2.84E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	112327864	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	67	9	13.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.048753845	3	3	3	0	0	0.951246155	1	3	NA	1	NA	0.048753845	NA	0.466170925	0.466170925	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	3	NA	6.43E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	114005985	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	80	15	18.8	81	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	3	3	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.020865128	1.020865128	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.49E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	115823400	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	48	44	91.7	55	24	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.762966508	3	2	0	0	1	0.237033492	NA	3	NA	0	NA	0.762966508	3.145432564	1.048477521	3	2.394119118	0.866503127	2.762966508	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.08E-96	1	1.28E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	117768175	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	67	19	28.4	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.762966508	3	2	0	0	1	0.237033492	NA	3	NA	0	NA	0.762966508	0.974157959	0.974157959	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.67E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	117956576	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	54	6	11.1	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	2.762966508	3	2	0	0	1	0.237033492	NA	3	NA	0	NA	0.762966508	0.380744836	0.380744836	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000329	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	118571071	C	T	SLC35F1	CCDS34524.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	79	27	34.2	68	7	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.857105711	0.928552855	2	1.001997636	1.001997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.90E-42	1	0.000000058	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	118793076	T	C	C6orf204	CCDS43498.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	88	59	67	69	24	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.63818955	1.21272985	3	3.385390071	1.128463357	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.27E-113	1	1.11E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	120007842	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	97	11	11.3	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.613605103	0.613605103	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.27E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	120260718	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	91	49	53.8	96	34	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.921411908	0.973803969	3	3.443758865	0.860939716	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.29E-87	1	4.59E-53	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	120268378	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	80	14	17.5	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95027339	0.95027339	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.76E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	120714471	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	90	14	15.6	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.847100851	0.847100851	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.87E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	121135970	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	91	35	38.5	70	10	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.090601458	1.045300729	2	1.391122931	1.391122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.08E-56	1	2.95E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	121561052	T	C	C6orf170	CCDS43501.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	95	10	10.5	88	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.570164034	0.570164034	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.70E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122077869	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	81	47	58	91	27	29.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.149477521	1.04982584	3	2.889255319	0.963085106	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.57E-86	1	5.35E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122308878	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	84	28	33.3	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808234508	0.904117254	2	2.616867612	0.872289204	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.34E-43	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122445133	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	97	37	38.1	83	26	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.068880923	1.034440462	2	3.044905437	1.014968479	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.56E-59	1	2.73E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122472147	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	85	7	8.2	71	2	2.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.44527096	0.44527096	1	0.272387707	0.272387707	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000000274	1	0.04950591	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122523342	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	81	26	32.1	64	16	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.743072904	0.871536452	2	2.432033097	0.810677699	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.29E-39	1	5.94E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122745688	C	T	HSF2	CCDS47470.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	106	18	17	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.923122722	0.923122722	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.43E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122752723	A	G	HSF2	CCDS47470.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	99	17	17.2	77	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.933982989	0.933982989	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.86E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123038856	C	A	PKIB	CCDS5126.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	99	31	31.3	80	24	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.699631835	0.849815917	2	2.918439716	0.972813239	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.53E-46	1	7.39E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123095856	C	G	FABP7	CCDS5127.1	r.?	-	-	upstream	19	0	0	71	13	18.3	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.993714459	0.993714459	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.42E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123383085	C	T	CLVS2	CCDS34525.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	93	20	21.5	76	8	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.167478736	1.167478736	1	1.021453901	1.021453901	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.16E-27	1	5.44E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123612539	C	A	TRDN	ENST00000334268	r.?	-	-	intronic	19	0	0	67	10	14.9	69	7	10.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809089915	0.809089915	1	0.982541371	0.982541371	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.87E-12	1	6.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123914322	G	A	TRDN	ENST00000334268	r.?	-	-	intronic	36	0	0	84	9	10.7	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.581024301	0.581024301	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.13E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	124031898	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	73	13	17.8	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.966563791	0.966563791	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.97E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	124310875	A	T	NKAIN2	CCDS34526.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	78	15	19.2	71	9	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042585662	1.042585662	1	1.235472813	1.235472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.92E-20	1	1.10E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	124740368	C	A	NKAIN2	CCDS34526.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	86	7	8.1	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.439840826	0.439840826	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000000297	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	125393796	C	T	RNF217	CCDS5129.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	92	18	19.6	79	21	26.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064306197	1.064306197	1	2.587683215	0.862561072	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.58E-23	1	2.69E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	126478995	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	98	30	30.6	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.661620899	0.83081045	2	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.60E-45	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	126761121	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	73	5	6.8	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.369249089	0.369249089	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000354	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	126834834	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	84	15	17.9	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.971993925	0.971993925	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.27E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	127087435	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	98	28	28.6	76	13	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.553018226	0.776509113	2	1.663510638	0.831755319	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.85E-41	1	1.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	127175671	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	74	17	23	71	7	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.248930741	1.248930741	1	0.963085106	0.963085106	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-23	1	7.85E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	127290336	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	80	34	42.5	86	19	22.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.307806804	1.153903402	2	2.149917258	1.074958629	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.05E-56	1	7.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	127385370	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	105	6	5.7	83	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.309517618	0.309517618	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000165	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	129746628	T	A	LAMA2	CCDS5138.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	111	65	58.6	75	21	28	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.182058323	1.060686108	3	2.723877069	0.907959023	3	NA	NA	0	9.728132388	9.728132388	1	6	NA	8.39E-119	1	7.75E-31	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130433048	G	T	L3MBTL3	CCDS34537.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	80	26	32.5	82	10	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.764793439	0.882396719	2	1.186832151	1.186832151	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.83E-40	1	1.51E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130433049	C	T	L3MBTL3	CCDS34537.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	81	26	32.1	81	11	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.743072904	0.871536452	2	1.323026005	1.323026005	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.29E-39	1	4.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130872623	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	99	53	53.5	76	31	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.905121507	0.968373836	3	3.969078014	0.992269504	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.51E-94	1	7.17E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130932369	T	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	108	35	32.4	78	11	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.759363305	0.879681652	2	1.371666667	1.371666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.85E-53	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	131997792	T	C	ENPP3	CCDS5148.1	r.?	-	-	intronic	36	1	2.8	109	26	23.9	76	15	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.297801944	1.297801944	1	1.91644208	0.95822104	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.06E-36	1	6.51E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	132508854	A	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	107	49	45.8	90	23	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.487001215	0.829000405	3	2.490401891	0.830133964	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-82	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	133015572	C	A	VNN1	CCDS5159.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	91	48	52.7	68	27	39.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.861680437	0.953893479	3	3.862068558	0.965517139	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.19E-85	1	4.16E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	133302853	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	90	31	34.4	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.867965978	0.933982989	2	2.432033097	0.810677699	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.56E-48	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	133399123	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	88	7	8	82	1	1.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.434410693	0.434410693	1	0.116737589	0.116737589	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.000000348	1	0.337031917	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	134387355	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	87	32	36.8	96	20	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.998289186	0.999144593	2	2.023451537	1.011725768	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.12E-50	1	1.43E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	134581520	C	A	SGK1	CCDS47476.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	65	12	18.5	36	5	13.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.004574727	1.004574727	1	1.352210402	1.352210402	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.70E-16	1	0.00000104	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	134909249	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	121	37	30.6	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.661620899	0.83081045	2	1.595413712	1.595413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.57E-55	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	137120872	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	125	11	8.8	99	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.653851762	0.653851762	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.37E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	137121624	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	172	25	14.5	124	8	6.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.07736938	1.07736938	1	0.632328605	0.632328605	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.17E-28	1	0.000000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	137329835	C	A	IL20RA	CCDS5181.1	r.861g>u	c.625G>T	p.E209*	nonsense	14	0	0	106	15	14.2	76	0	0	156	0	0	188	7	3.7	73	0	0	TRUE	TRUE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.055078979	1.055078979	1	0	0	1	0.274914945	0.274914945	1	0	0	1	5	3	1.29E-17	0.0000522	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	6	137865436	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	125	34	27.2	91	24	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.020996355	1.010498177	2	2.56822695	0.85607565	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-48	1	2.58E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	138474665	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	146	18	12.3	112	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.91390644	0.91390644	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.89E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	139249470	G	A	REPS1	CCDS47488.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	131	52	39.7	115	38	33	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.949763062	0.983254354	3	3.210283688	1.070094563	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.77E-83	1	9.62E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	139582368	C	G	TXLNB	CCDS34545.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	146	25	17.1	101	6	5.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.270552855	1.270552855	1	0.573959811	0.573959811	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-30	1	0.0000132	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	139615481	T	A	TXLNB	CCDS34545.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	113	12	10.6	117	19	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787594168	0.787594168	1	1.575957447	0.787978723	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.57E-13	1	4.14E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	139758819	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	142	40	28.2	116	25	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.095297691	1.047648846	2	2.101276596	1.050638298	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.90E-57	1	3.11E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140258210	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	124	23	18.5	95	15	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.374574727	1.374574727	1	1.537044917	1.537044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.54E-29	1	2.31E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140361155	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	125	70	56	102	41	40.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.160874848	1.040218712	4	3.91070922	0.977677305	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.99E-126	1	1.91E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140542305	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	106	11	10.4	102	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.7727339	0.7727339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.78E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140554252	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	134	35	26.1	96	26	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.939264885	0.969632442	2	2.636323877	0.878774626	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.71E-49	1	2.18E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140600672	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	123	6	4.9	111	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.364076549	0.364076549	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000403	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140926347	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	115	13	11.3	92	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.839605103	0.839605103	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.71E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	141218071	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	123	16	13	98	19	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.965917375	0.965917375	1	1.887257683	0.943628842	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.36E-18	1	1.13E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	141561106	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	144	16	11.1	89	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.824744836	0.824744836	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.74E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	142285027	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	131	18	13.7	91	13	14.3	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.017928311	1.017928311	1	1.391122931	1.391122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.32E-20	1	1.63E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	142360239	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	120	11	9.2	87	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.683572296	0.683572296	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.44E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	143099487	A	G	HIVEP2	CCDS43510.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	112	44	39.3	85	23	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.920042527	0.973347509	3	2.636323877	0.878774626	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-70	1	3.06E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	143291583	C	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	128	6	4.7	102	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.349216282	0.349216282	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000503	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144124448	G	A	PHACTR2	CCDS47493.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	141	15	10.6	108	20	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787594168	0.787594168	1	1.799704492	0.899852246	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.03E-15	1	1.84E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144515703	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	114	62	54.4	79	40	50.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.04199271	1.010498177	4	4.922434988	1.230608747	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-110	1	4.04E-70	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144654007	G	A	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	136	50	36.8	79	24	30.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.734289186	0.911429729	3	2.957352246	0.985784082	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.89E-78	1	5.20E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145047194	G	A	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	121	61	50.4	84	36	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.744787363	0.936196841	4	4.173368794	1.043342199	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.18E-106	1	8.26E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145785872	A	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	114	38	33.3	108	29	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.474234508	0.824744836	3	2.616867612	0.872289204	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.47E-58	1	2.13E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145856574	G	T	EPM2A	ENST00000450221	r.?	-	-	intronic	36	0	0	117	34	29.1	72	26	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.162168894	1.081084447	2	3.511855792	0.877963948	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.32E-49	1	3.29E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145943321	T	C	EPM2A	CCDS5206.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	146	36	24.7	121	24	19.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.835243013	0.917621507	2	1.926170213	0.963085106	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-49	1	5.07E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	146079884	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	111	46	41.4	100	24	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.076075334	1.025358445	3	2.334751773	1.167375887	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-75	1	3.30E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	146277049	A	T	SHPRH	CCDS43513.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	130	59	45.4	92	30	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3.37328068	1.124426893	3	3.171371158	1.057123719	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.70E-99	1	1.03E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	146639212	G	C	GRM1	CCDS47497.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	111	14	12.6	109	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.936196841	0.936196841	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.15E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	146825564	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	120	34	28.3	104	22	21.2	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102727825	1.051363913	2	2.062364066	1.031182033	2	0	0	1	NA	NA	1	6	NA	3.58E-49	1	3.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	146829960	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	110	33	30	107	19	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.229040097	1.114520049	2	1.731607565	0.865803783	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-48	1	6.82E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	147368002	A	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	131	44	33.6	104	20	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.496524909	0.83217497	3	1.867801418	0.933900709	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.61E-67	1	8.16E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	147863764	G	T	SAMD5	CCDS34548.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	102	9	8.8	81	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.653851762	0.653851762	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.94E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	148356343	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	116	14	12.1	99	6	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.899046173	0.899046173	1	0.593416076	0.593416076	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.53E-15	1	0.0000118	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	148569590	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	136	49	36	106	28	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.674848117	0.891616039	3	2.56822695	0.85607565	3	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.31E-76	1	8.48E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	149069598	G	T	UST	CCDS5213.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	86	21	24.4	66	15	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.812952612	0.906476306	2	2.208286052	1.104143026	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.01E-29	1	6.45E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	149219606	G	C	UST	CCDS5213.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	125	77	61.6	103	40	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4.576962333	1.144240583	4	3.774515366	0.943628842	4	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.45E-143	1	4.09E-64	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	150428626	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	13	19.7	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	0.67573633	0.67573633	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.95E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	150585283	C	A	-	-	-	-	-	-	7	0	0	32	15	46.9	29	9	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	1.608732685	0.804366343	2	1.804243548	0.945624317	1.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.59E-26	1	1.79E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	150758658	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	57	51	89.5	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	3.069969623	1.023323208	3	2.496840264	0.858613208	2.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.56E-110	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	151207400	T	A	MTHFD1L	CCDS5228.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	61	55	90.2	70	38	54.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	3.093980559	1.031326853	3	3.160336279	1.053445426	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.50E-119	1	2.71E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	151216538	A	G	MTHFD1L	CCDS5228.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	62	55	88.7	58	32	55.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	3.042528554	1.014176185	3	3.212717543	1.070905848	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.32E-118	1	4.55E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	152278214	G	C	ESR1	CCDS5234.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	27	23	85.2	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	2.922473876	0.974157959	3	2.840228553	0.976697542	2.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.05E-49	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	153082075	A	G	VIP	CCDS5240.1	r.?	-	-	downstream	22	0	0	54	16	29.6	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	1.015319563	1.015319563	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.69E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	153212899	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	50	46	92	52	25	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	3.155722965	1.051907655	3	2.799487569	0.962687537	2.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.21E-101	1	1.25E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	154648122	G	T	IPCEF1	CCDS47509.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	47	14	29.8	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	1.02217983	1.02217983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.79E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	156761555	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	73	66	90.4	43	24	55.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	3.100840826	1.033613609	3	3.247638386	1.082546129	3	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.13E-143	1	4.35E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	156818668	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	57	20	35.1	60	17	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	1.203976914	1.203976914	1	1.647099755	0.863263489	1.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.67E-32	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	158234124	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	65	55	84.6	51	25	49	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	2.901893074	0.967297691	3	2.851868833	0.980700401	2.907991911	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.73E-116	1	6.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	161153594	A	G	PLG	CCDS5279.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	39	30	76.9	34	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.89E-61	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	161214426	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	12	28.6	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.35E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	161723319	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	32	28	87.5	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	0.909664303	0.909664303	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-60	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	162033146	A	G	PARK2	CCDS5281.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	42	6	14.3	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.02E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	163999817	G	A	QKI	CCDS5285.1	r.?	-	-	downstream	39	0	0	41	31	75.6	39	9	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	0.861198582	0.861198582	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.97E-63	1	3.62E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	164201032	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	50	38	76	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.84690158	0.92345079	2	1.07743026	1.07743026	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.17E-77	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	164773987	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	39	31	79.5	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.76E-64	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	165678707	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	31	86.1	30	12	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.092345079	1.046172539	2	1.491252955	1.491252955	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.71E-66	1	1.94E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	165750099	G	A	PDE10A	CCDS5289.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	13	11	84.6	31	7	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	0.84255792	0.84255792	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.77E-24	1	1.85E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	166116662	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	30	10	33.3	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.68E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	167630869	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	39	34	87.2	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	0.883567376	0.883567376	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.27E-73	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	167636729	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	14	28.6	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.50E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	169331011	T	C	-	-	-	-	-	-	33	1	3	33	10	30.3	30	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.736330498	0.736330498	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.14E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	169963215	C	T	WDR27	CCDS47520.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	38	33	86.8	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	0.883567376	0.883567376	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.70E-71	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	872417	G	A	SUN1	CCDS47525.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	23	50	46	9	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.79E-41	1	1.82E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	2744646	C	A	AMZ1	CCDS34589.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	31	13	41.9	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.018226002	1.018226002	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.32E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	2968252	C	A	CARD11	CCDS5336.2	r.2138g>u	c.1734G>T	p.K578N	missense	5	0	0	36	30	83.3	51	23	45.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.132387707	1.066193853	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	2.05E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	3228112	A	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	44	39	88.6	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	3359278	G	C	SDK1	CCDS34590.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	30	24	80	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.44E-50	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	3642658	G	C	SDK1	CCDS34590.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	42	6	14.3	43	1	2.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	0.108747045	0.108747045	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	7.02E-08	1	0.193893409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	3751448	A	T	SDK1	CCDS34590.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	30	26	86.7	41	14	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.612293144	0.806146572	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.01E-56	1	1.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	4237129	A	T	SDK1	CCDS34590.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	48	41	85.4	45	14	31.1	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	1.470449173	1.470449173	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-87	1	8.81E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	4348558	G	C	-	-	-	-	-	-	16	0	0	40	16	40	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	1.120567376	1.120567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.56E-27	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	4423917	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	28	12	42.9	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.90E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	5338518	G	A	SLC29A4	CCDS5340.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	51	9	17.6	71	4	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.427703524	0.427703524	1	0.264775414	0.264775414	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.92E-12	1	0.000464961	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	5338531	C	T	SLC29A4	CCDS5340.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	58	14	24.1	72	9	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.585662211	0.585662211	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.04E-20	1	1.25E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	5338552	G	A	SLC29A4	CCDS5340.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	57	14	24.6	71	8	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.59781288	0.59781288	1	0.53427896	0.53427896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.84E-20	1	3.14E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	5579717	A	G	ACTB	ENST00000443528	r.?	-	-	intronic	7	0	0	22	4	18.2	22	2	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.442284326	0.442284326	1	0.430260047	0.430260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000425	1	0.005403392	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	5654917	G	A	RNF216	CCDS34595.1	r.?	-	-	downstream	6	0	0	28	24	85.7	54	26	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.274231678	1.137115839	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-51	1	2.44E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	6419746	C	T	RAC1	CCDS5348.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	41	37	90.2	66	27	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.191980559	1.095990279	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.23E-81	1	1.51E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	8470811	C	G	NXPH1	CCDS47540.1	r.?	-	-	upstream	40	0	0	39	19	48.7	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183475091	1.183475091	1	0.628841608	0.628841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-33	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	8814009	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	27	24	88.9	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-52	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	13435076	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	50	44	88	46	19	41.3	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.138517618	1.069258809	2	1.952718676	0.976359338	2	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	8.77E-95	0.000025	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	13512735	G	C	-	-	-	-	-	-	27	1	3.7	29	13	44.8	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.088699878	1.088699878	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.69E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	14268585	A	C	DGKB	CCDS47547.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	44	16	36.4	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.884568651	0.884568651	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.57E-26	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	14557719	A	C	DGKB	CCDS47547.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	43	27	62.8	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.526123937	0.763061968	2	1.669030733	0.834515366	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.83E-51	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	14688105	C	A	DGKB	CCDS47547.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	36	28	77.8	28	12	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.890643985	0.945321993	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-57	1	6.90E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	14704843	G	A	DGKB	CCDS47547.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	37	29	78.4	32	17	53.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	2.510638298	1.255319149	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	4.02E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	15871438	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	14	28.6	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.50E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	18499698	A	G	HDAC9	ENST00000433709	r.?	-	-	intronic	30	0	0	28	24	85.7	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-51	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	19579405	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	50	40	80	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.90E-83	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	21019741	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	41	21	51.2	26	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.244228433	1.244228433	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.17E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	21097597	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	47	39	83	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.017010936	1.008505468	2	1.711583924	0.855791962	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.50E-82	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	21705323	G	C	DNAH11	ENST00000424253	r.?	-	-	intronic	41	0	0	49	41	83.7	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.735224586	0.867612293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-86	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	21785998	G	A	DNAH11	ENST00000424253	r.?	-	-	intronic	43	0	0	32	10	31.2	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.758201701	0.758201701	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.70E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	23805761	G	T	STK31	CCDS43556.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	35	33	94.3	50	22	44	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.291616039	1.145808019	2	2.080378251	1.040189125	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.86E-74	1	1.85E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	24130726	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	48	10	20.8	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.505467801	0.505467801	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.37E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	25315410	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	38	31	81.6	33	12	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.982989064	0.991494532	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.68E-65	1	7.86E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	27194884	G	T	HOXA7	CCDS5408.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	33	9	27.3	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.76E-14	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	28542022	G	A	CREB5	CCDS5417.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	53	45	84.9	43	21	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.063183475	1.031591738	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-95	1	4.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	29346860	A	C	CHN2	CCDS5420.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	40	11	27.5	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.668286756	0.668286756	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.88E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	30267501	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	56	49	87.5	43	21	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.98E-105	1	4.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	31285671	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	41	7	17.1	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.415552855	0.415552855	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.51E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	32484475	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	34	11	32.4	62	10	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.787363305	0.787363305	1	0.761229314	0.761229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	8.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	33167066	C	A	BBS9	CCDS43566.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	62	23	37.1	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.901579587	0.901579587	1	0	0	1	NA	NA	1	0	0	1	5	NA	5.90E-37	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	34476452	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	46	39	84.8	46	19	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.952718676	0.976359338	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.41E-83	1	6.97E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	34866178	A	T	NPSR1	CCDS5444.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	27	7	25.9	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.629404617	0.629404617	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.36E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	35316614	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	40	11	27.5	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.668286756	0.668286756	1	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.88E-17	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	36265688	C	G	EEPD1	CCDS34619.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	54	21	38.9	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.945321993	0.945321993	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.12E-34	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	36470619	A	G	ANLN	CCDS5447.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	35	14	40	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.28E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	36671010	C	T	AOAH	CCDS5448.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	27	8	29.6	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.719319563	0.719319563	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.97E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	36842997	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	36	80	51	22	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.037825059	1.01891253	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-74	1	3.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	37171815	C	A	ELMO1	CCDS5449.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	44	37	84.1	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	38748311	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	26	11	42.3	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.027946537	1.027946537	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.52E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	38764807	T	G	VPS41	CCDS5457.1	r.3659a>c	c.?	p.?	3'UTR variant	37	0	0	38	33	86.8	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.541371158	0.770685579	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	39134966	C	G	POU6F2	CCDS34620.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	45	38	84.4	41	21	51.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	2.420803783	1.210401891	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-80	1	1.17E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	40288588	G	A	C7orf10	ENST00000309930	r.?	-	-	intronic	26	0	0	29	25	86.2	37	19	51.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.094775213	1.047387606	2	2.430260047	1.215130024	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.94E-54	1	3.09E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	40819936	G	A	C7orf10	ENST00000309930	r.?	-	-	intronic	37	0	0	49	16	32.7	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.794653706	0.794653706	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.37E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	42895742	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	14	36.8	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.894289186	0.894289186	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.28E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	43883940	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	54	46	85.2	43	13	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.070473876	1.035236938	2	1.427895981	1.427895981	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-97	1	3.88E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	46151783	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	45	37	82.2	59	22	37.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.997569866	0.998784933	2	1.763593381	0.88179669	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-77	1	1.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	48747263	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	50	23	46	55	9	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.117861482	1.117861482	1	0.775413712	0.775413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.13E-39	1	1.01E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	48862242	C	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	40	17	42.5	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.07E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	49588702	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	40	20	50	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.19E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	50348813	G	C	IKZF1	ENST00000331340	r.?	-	-	intronic	30	0	0	37	7	18.9	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.459295261	0.459295261	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.05E-10	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	51674210	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	40	35	87.5	59	27	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.87E-75	1	3.09E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	51967165	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	48	33	68.8	59	31	52.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.671931956	0.835965978	2	2.482269504	1.241134752	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.18E-64	1	2.25E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	52702958	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	36	30	83.3	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-63	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	52727034	T	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	45	36	80	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.23E-74	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	53742572	A	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	43	32	74.4	53	20	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.808019441	0.904009721	2	1.78250591	0.891252955	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-64	1	1.65E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	54512175	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	32	28	87.5	35	16	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-60	1	5.66E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	55726042	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	40	17	42.5	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.07E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	56416672	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	35	15	42.9	30	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.02E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	56606954	T	G	-	-	-	-	-	-	10	0	0	27	9	33.3	42	12	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	1.352245863	1.352245863	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.44E-15	1	2.35E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	56744687	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	53	45	84.9	40	19	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.063183475	1.031591738	2	2.245862884	1.122931442	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-95	1	2.27E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	56866941	T	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	35	27	77.1	47	16	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-55	1	1.98E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	56871429	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	34	28	82.4	57	25	43.9	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	2.075650118	1.037825059	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-59	1	2.54E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	57312659	G	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	30	15	50	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.41E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	57606064	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	33	25	75.8	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.842041312	0.921020656	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.98E-51	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	57699853	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	29	15	51.7	27	9	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.256379101	1.256379101	1	1.574468085	1.574468085	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.22E-27	1	8.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	61056925	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	24	6	25	24	4	16.7	12	0	0	4	1	25	4	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	0.789598109	0.789598109	1	0.607533414	0.607533414	1	0	0	1	6	8	1.95E-09	0.019850499	0.00000613	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	62473667	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	8	20	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.61E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	62583230	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	41	35	85.4	47	22	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.075334143	1.037667072	2	2.212765957	1.106382979	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.27E-74	1	3.14E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	63103181	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	12	5	41.7	23	5	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	1.026004728	1.026004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.40E-09	1	9.75E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	63777131	T	A	ZNF736	ENST00000423484	r.?	-	-	intronic	30	0	0	43	37	86	33	15	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	2.91E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	64814563	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	48	37	77.1	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	68237284	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	38	33	86.8	37	12	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.109356015	1.054678007	2	1.531914894	1.531914894	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.70E-71	1	4.03E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70580394	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	22	36.1	59	13	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	0.87727825	0.87727825	1	1.373454474	1.373454474	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.38E-35	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70584343	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	59	22	37.3	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	0.906439854	0.906439854	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	1.79E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70678225	T	C	WBSCR17	CCDS5540.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	70	58	82.9	58	36	62.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	2.014580802	1.007290401	2	3.876887402	1.103004589	3.514842494	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.48E-121	1	7.35E-68	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70842679	G	C	WBSCR17	CCDS5540.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	66	14	21.2	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	0.515188335	0.515188335	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	3	NA	3.71E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70858208	G	T	WBSCR17	CCDS5540.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	67	34	50.7	61	19	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	1.232077764	1.232077764	1	1.941565188	0.970782594	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.05E-60	1	4.64E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	70897763	G	T	WBSCR17	CCDS5540.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	60	13	21.7	73	9	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	0.527339004	0.527339004	1	0.767885911	0.767885911	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.07E-18	1	1.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	71095161	G	T	WBSCR17	CCDS5540.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	73	61	83.6	66	40	60.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	2.031591738	1.015795869	2	3.783242779	1.076361966	3.514842494	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	7.52E-128	1	1.32E-74	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	71277100	G	C	CALN1	CCDS47603.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	60	58	96.7	70	46	65.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	2.349939247	1.174969623	2	4.101634498	1.166946884	3.514842494	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.08E-131	1	4.43E-88	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	71412986	G	A	CALN1	CCDS47603.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	76	20	26.3	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.514842494	2	3	0	0	1	0.485157506	NA	4	NA	0	NA	0.514842494	0.639125152	0.639125152	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	0	5	NA	7.96E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	71840046	T	G	CALN1	CCDS47603.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	44	38	86.4	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	72167678	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	34	14	41.2	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.74E-24	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	75719386	A	C	AC006330.1	ENST00000514862	r.?	-	-	intronic	30	0	0	24	19	79.2	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.924665857	0.962332928	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.92E-40	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	78497284	C	T	MAGI2	CCDS5594.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	32	26	81.2	41	17	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-54	1	1.03E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	79386863	T	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	40	5	12.5	48	1	2.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0.09929078	0.09929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000178	1	0.213845552	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	81570624	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	46	40	87	41	16	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	1.843971631	0.921985816	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	1.40E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	81668331	C	A	CACNA2D1	CCDS5598.1	r.?	-	-	intronic	39	1	2.6	45	34	75.6	59	21	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.837181045	0.918590522	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.60E-69	1	2.06E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	81897797	A	G	CACNA2D1	CCDS5598.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	40	6	15	36	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.364520049	0.364520049	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	5.18E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	81946560	A	T	CACNA2D1	CCDS5598.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	31	24	77.4	35	12	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.880923451	0.940461725	2	1.621749409	0.810874704	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.52E-49	1	1.83E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	82117289	C	T	-	-	-	-	-	-	46	0	0	65	50	76.9	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.868772783	0.934386391	2	1.735224586	0.867612293	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.71E-101	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	82205307	A	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	56	49	87.5	45	21	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.12636695	1.063183475	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.98E-105	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	83092456	C	G	SEMA3E	CCDS34674.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	16	3	18.8	24	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.456865128	0.456865128	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.0000667	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	84360540	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	39	33	84.6	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.640661939	0.820330969	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.69E-70	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	84581422	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	40	33	82.5	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.929078014	0.964539007	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	86510964	G	A	KIAA1324L	CCDS47632.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	26	22	84.6	26	8	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.055893074	1.027946537	2	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.50E-47	1	5.63E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	86636848	G	T	KIAA1324L	CCDS47632.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	36	5	13.9	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.337788578	0.337788578	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000104	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	87491352	G	A	SLC25A40	CCDS5610.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	34	81	41	17	41.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.968408262	0.984204131	2	1.962174941	0.98108747	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.61E-71	1	1.03E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	87521672	G	A	DBF4	CCDS5611.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	55	22	40	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-36	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	88559001	A	T	ZNF804B	CCDS5613.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	37	32	86.5	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	88945661	G	A	ZNF804B	CCDS5613.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	38	29	76.3	42	16	38.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.854191981	0.92709599	2	1.80141844	0.90070922	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.91E-59	1	2.25E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	89630347	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	44	38	86.4	50	23	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.09963548	1.04981774	2	2.174940898	1.087470449	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.49E-81	1	1.13E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	90884194	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	41	12	29.3	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.712029162	0.712029162	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-18	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	93239605	G	T	GNGT1	ENST00000455502	r.?	-	-	intronic	40	0	0	52	45	86.5	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.67E-96	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	93459077	G	A	GNGT1	ENST00000455502	r.?	-	-	intronic	34	0	0	33	23	69.7	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.693803159	0.84690158	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-45	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	93467779	C	A	GNGT1	ENST00000455502	r.?	-	-	intronic	34	0	0	31	8	25.8	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.626974484	0.626974484	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.78E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	93952238	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	31	83.8	46	21	45.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	2.160756501	1.080378251	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	2.94E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	94770492	C	G	PPP1R9A	CCDS34683.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	54	38	70.4	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.710814095	0.855407047	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.10E-75	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	95319780	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	35	11	31.4	43	11	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.763061968	0.763061968	1	1.210401891	1.210401891	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.82E-17	1	2.42E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	96963913	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	34	30	88.2	38	22	57.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.143377886	1.071688943	2	2.737588652	1.368794326	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-65	1	4.91E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	97227302	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	6	18.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.442284326	0.442284326	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.54E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	97333533	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	20	11	55	28	7	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.336573512	1.336573512	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.87E-21	1	8.44E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	97352655	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	37	13	35.1	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.852976914	0.852976914	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.89E-21	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	98639291	G	A	SMURF1	CCDS34690.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	34	28	82.4	49	15	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	1.446808511	1.446808511	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-59	1	4.10E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	101126495	T	G	ENSG00000214248	ENST00000397924	r.329u>g	c.329T>G	p.L110R	missense	16	0	0	27	23	85.2	49	22	44.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.070473876	1.035236938	2	2.122931442	1.061465721	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.05E-49	1	1.04E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	101839956	G	A	CUX1	CCDS5721.1	r.1303g>a	c.1265G>A	p.R422H	missense	9	0	0	34	30	88.2	44	23	52.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.143377886	1.071688943	2	2.472813239	1.236406619	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-65	1	2.17E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	101854396	G	C	CUX1	CCDS5721.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	29	10	34.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.838396112	0.838396112	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.79E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	102428714	C	A	FAM185A	CCDS47677.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	16	38.1	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.25E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	103059873	C	T	SLC26A5	CCDS5733.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	44	18	40.9	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.993924666	0.993924666	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.47E-30	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	103979433	C	T	LHFPL3	ENST00000424859	r.?	-	-	intronic	19	0	0	38	27	71.1	43	20	46.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.72782503	0.863912515	2	2.19858156	1.09929078	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.50E-54	1	8.21E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	106644657	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	48	4	8.3	51	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.201701094	0.201701094	1	0.094562648	0.094562648	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000102016	1	0.225579006	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	108656747	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	45	18	40	43	7	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.76E-30	1	2.15E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	109130648	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	45	38	84.4	58	27	46.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	2.203309693	1.101654846	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-80	1	1.68E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	110547930	A	C	IMMP2L	CCDS5753.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	42	18	42.9	44	13	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.042527339	1.042527339	1	1.394799054	1.394799054	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.20E-30	1	5.49E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	111942649	C	T	ZNF277	CCDS5755.2	r.?	-	-	intronic	38	0	0	38	13	34.2	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.88E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	112237161	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	54	45	83.3	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.45E-94	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	112755975	T	C	ENSG00000214194	ENST00000397764	r.?	-	-	downstream	28	0	0	31	30	96.8	53	26	49.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.35236938	1.17618469	2	2.321513002	1.160756501	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.87E-68	1	1.27E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	113912594	T	C	FOXP2	ENST00000484307	r.?	-	-	intronic	35	0	0	44	36	81.8	65	26	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	1.24E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	115175989	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	40	37	92.5	36	19	52.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.247873633	1.123936817	2	2.496453901	1.24822695	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.08E-82	1	1.51E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	115850482	G	A	TES	CCDS5763.1	r.?	-	-	upstream	8	1	12.5	26	24	92.3	56	43	76.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	3.631205674	1.815602837	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-53	1	2.02E-87	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	116109046	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	58	23	39.7	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.964763062	0.964763062	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.87E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	117090689	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	9	20.5	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.4981774	0.4981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.18E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	117799901	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	44	14	31.8	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.772782503	0.772782503	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.10E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	118199164	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	33	82.5	55	22	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	2.65E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	119301367	G	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	45	39	86.7	40	19	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.245862884	1.122931442	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	2.27E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	119659856	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	45	40	88.9	43	19	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.08E-86	1	1.36E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	120942022	G	A	C7orf58	CCDS34739.1	r.?	-	-	downstream	31	0	0	38	32	84.2	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.046172539	1.02308627	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.24E-68	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	121323594	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	36	15	41.7	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.013365735	1.013365735	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.54E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	122197088	T	G	CADPS2	CCDS47691.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	30	28	93.3	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.267314702	1.133657351	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-62	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	122861350	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	32	80	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	124191766	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	39	36	92.3	55	25	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.243013366	1.121506683	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.31E-79	1	7.96E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	124566468	T	C	POT1	CCDS5793.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	35	7	20	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.65E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	124922287	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	50	20	40	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.972053463	0.972053463	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.90E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	125610530	A	G	ENSG00000230519	ENST00000420567	r.?	-	-	intronic	32	0	0	36	29	80.6	57	26	45.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	2.156028369	1.078014184	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	1.57E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	125683108	A	G	ENSG00000230519	ENST00000420567	r.?	-	-	intronic	29	0	0	47	21	44.7	40	10	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.29E-36	1	7.22E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	126195716	C	T	GRM8	CCDS5794.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	37	34	91.9	45	21	46.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.233292831	1.116646416	2	2.208037825	1.104018913	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.46E-75	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	126237633	C	G	GRM8	CCDS5794.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	46	14	30.4	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.738760632	0.738760632	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.26E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	126511708	C	A	GRM8	CCDS5794.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	48	39	81.2	57	23	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.92E-81	1	5.38E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	126570492	G	T	GRM8	CCDS5794.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	44	35	79.5	51	27	52.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.501182033	1.250591017	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.97E-72	1	1.52E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	127230286	G	A	GCC1	CCDS5796.1	r.?	-	-	upstream	21	0	0	31	25	80.6	45	24	53.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	2.520094563	1.260047281	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-52	1	2.03E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	127590298	C	T	SND1	CCDS34747.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	31	27	87.1	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	130526488	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	31	27	87.1	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	130975060	C	T	MKLN1	ENST00000421797	r.?	-	-	intronic	39	0	0	43	9	20.9	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.507897934	0.507897934	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	9.45E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	131614284	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	47	35	74.5	57	17	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.810449575	0.905224787	2	1.408983452	1.408983452	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.43E-70	1	8.82E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	133745345	T	A	EXOC4	CCDS5829.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	35	7	20	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.65E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	134172884	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	40	5	12.5	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.303766707	0.303766707	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000178	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	134542764	C	G	CALD1	CCDS5836.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	36	25	69.4	50	21	42	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.686512758	0.843256379	2	1.985815603	0.992907801	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-49	1	2.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	135356517	G	A	ENSG00000243317	ENST00000507606	r.?	-	-	intronic	26	0	0	32	16	50	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.51E-29	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	135654994	A	C	LUZP6	CCDS5842.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	41	16	39	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	135995156	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	33	14	42.4	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.030376671	1.030376671	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.57E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	136104931	G	C	-	-	-	-	-	-	19	0	0	32	16	50	40	3	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0.354609929	0.354609929	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.51E-29	1	0.001075403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	136873048	T	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	36	25	69.4	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.686512758	0.843256379	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-49	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	137317477	C	T	DGKI	CCDS5845.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	34	29	85.3	47	20	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.07290401	1.036452005	2	2.014184397	1.007092199	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	8.18E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	137365478	G	C	DGKI	CCDS5845.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	28	13	46.4	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.127582017	1.127582017	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.26E-23	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	139985507	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	55	42	76.4	59	27	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.856622114	0.928311057	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.10E-85	1	3.09E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140131536	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	22	6	27.3	20	2	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0.472813239	0.472813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.09E-09	1	0.004473894	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140438238	G	T	BRAF	CCDS5863.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	38	17	44.7	42	7	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.086269745	1.086269745	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.99E-29	1	1.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140471196	G	A	BRAF	CCDS5863.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	32	14	43.8	48	0	0	0	0	NA	1	1	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.064398542	1.064398542	1	0	0	1	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	5	NA	2.65E-24	0.005	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140477620	T	C	BRAF	CCDS5863.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	48	39	81.2	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.97326853	0.986634265	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.92E-81	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140817060	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	47	14	29.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.72417983	0.72417983	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.79E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	142533593	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	36	27	75	38	15	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.72E-55	1	4.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	142812481	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	5	10.2	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.247873633	0.247873633	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000496	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	143456799	C	T	-	-	-	-	-	-	62	0	0	114	45	39.5	100	17	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.52E-72	1	3.43E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	143614945	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	36	11	30.6	43	9	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.743620899	0.743620899	1	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.62E-17	1	9.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	145657480	C	T	ENSG00000237800	ENST00000439291	r.?	-	-	intronic	12	0	0	45	39	86.7	32	15	46.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	2.21749409	1.108747045	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	1.59E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	145661831	T	A	ENSG00000237800	ENST00000439291	r.?	-	-	intronic	34	0	0	49	10	20.4	47	1	2.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.495747266	0.495747266	1	0.09929078	0.09929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	6.72E-14	1	0.209895027	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146092743	C	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	39	6	15.4	34	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.374240583	0.374240583	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	4.43E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146366021	C	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	49	36	73.5	55	21	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.786148238	0.893074119	2	1.806146572	0.903073286	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-72	1	3.41E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146387488	C	T	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	31	7	22.6	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.549210207	0.549210207	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.85E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146716255	A	G	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	41	36	87.8	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.133657351	1.066828676	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-77	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146726896	G	T	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	44	20	45.5	46	10	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.105710814	1.105710814	1	1.026004728	1.026004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-34	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146812495	G	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	39	1	2.6	44	17	38.6	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.938031592	0.938031592	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.61E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146824599	G	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	47	32	68.1	53	25	47.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.654921021	0.82746051	2	2.231678487	1.115839243	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.63E-62	1	2.35E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146850769	C	T	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	37	33	89.2	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	1.725768322	0.862884161	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	147061076	C	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	51	22	43.1	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.047387606	1.047387606	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.24E-37	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	147490013	G	A	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	33	28	84.8	51	27	52.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.501182033	1.250591017	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	1.52E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	147535654	T	C	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	48	37	77.1	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-75	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	148388791	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	17	39.5	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.84E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	148499279	G	C	CUL1	CCDS34772.1	r.?	-	-	downstream	10	0	0	30	8	26.7	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.648845687	0.648845687	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.07E-12	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	148711884	C	T	PDIA4	CCDS5893.1	r.?	-	-	intronic	5	0	0	42	32	76.2	31	13	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.851761847	0.925880923	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.26E-65	1	2.32E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	150808860	A	G	AGAP3	CCDS43681.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	43	36	83.7	41	20	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	2.32E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	152696854	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	32	27	84.4	46	22	47.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	2.260047281	1.130023641	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.46E-57	1	1.68E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	152950937	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	43	36	83.7	56	22	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.034021871	1.017010936	2	1.858156028	0.929078014	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.53E-76	1	4.34E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	153113972	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	33	5	15.2	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.369380316	0.369380316	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000066	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	153633457	T	A	DPP6	ENST00000404039	r.?	-	-	intronic	9	0	0	35	11	31.4	52	1	1.9	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.763061968	0.763061968	1	0.089834515	0.089834515	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.82E-17	1	0.229451111	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	153822874	T	A	DPP6	ENST00000404039	r.?	-	-	intronic	25	0	0	46	5	10.9	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.264884569	0.264884569	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000361	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	153896996	T	A	DPP6	ENST00000404039	r.?	-	-	intronic	35	0	0	37	19	51.4	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.2490887	1.2490887	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.09E-34	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	153927541	C	A	DPP6	ENST00000404039	r.?	-	-	intronic	29	0	0	35	28	80	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-58	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	154680650	C	A	DPP6	ENST00000404039	r.?	-	-	intronic	38	0	0	43	22	51.2	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.244228433	1.244228433	1	0.548463357	0.548463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-39	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	155726409	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	40	17	42.5	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.032806804	1.032806804	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.07E-29	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	156470968	C	T	LMBR1	CCDS5945.1	r.?	-	-	downstream	24	0	0	35	27	77.1	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.87363305	0.936816525	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-55	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	156676459	C	T	LMBR1	CCDS5945.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	30	27	90	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.98E-59	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	156713640	C	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	31	12	38.7	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.940461725	0.940461725	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.16E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	157561278	C	A	PTPRN2	CCDS5949.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	29	23	79.3	58	28	48.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.92709599	0.963547995	2	2.283687943	1.141843972	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.50E-48	1	9.36E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	157689702	C	T	PTPRN2	CCDS5949.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	21	18	85.7	44	20	45.5	1	0	0	1	0	0	1	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	2.151300236	1.075650118	2	0	0	1	0	0	1	6	NA	5.00E-39	1	1.50E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	158502694	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	35	28	80	37	16	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.42E-58	1	1.78E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	899610	G	A	C8orf68	ENST00000450568	r.?	-	-	intronic	8	0	0	60	16	26.7	68	2	2.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.105119673	1.105119673	1	0.166115839	0.166115839	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.86E-23	1	0.045825786	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	1066038	G	A	C8orf68	ENST00000450568	r.?	-	-	intronic	15	0	0	68	8	11.8	57	0	0	112	0	0	106	25	23.6	51	0	0	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	0.488404949	0.688970121	0.708891335	0	0	1	0.976809898	0.976809898	1	0	NA	0	5	NA	2.21E-09	2.57E-34	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	1277140	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	61	35	57.4	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	2.375800346	1.187900173	2	1.706983452	0.853491726	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.12E-64	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	1339732	T	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	55	14	25.5	49	4	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.055451373	1.055451373	1	0.469706856	0.469706856	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.19E-20	1	0.000110643	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2015996	C	A	MYOM2	CCDS5957.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	69	21	30.4	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.258263598	1.258263598	1	0.727472813	0.727472813	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.02E-31	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2282508	T	A	-	-	-	-	-	-	61	0	0	132	35	26.5	108	21	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.096841623	1.096841623	1	1.111257683	1.111257683	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.04E-49	1	3.87E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2859289	T	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	24	0	0	58	28	48.3	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.999149071	0.999574536	2	1.082617021	1.082617021	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.36E-49	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2916634	C	T	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	19	0	0	59	30	50.8	66	5	7.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	2.102624696	1.051312348	2	0.435338061	0.435338061	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.78E-53	1	0.0000217	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2965174	C	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	39	0	0	77	39	50.6	51	15	29.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	2.094346646	1.047173323	2	1.684070922	0.842035461	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.06E-68	1	8.22E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3022525	A	G	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	38	0	0	69	40	58	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	2.400634496	1.200317248	2	1.792905437	0.896452719	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.87E-73	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3083843	G	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	18	0	0	69	31	44.9	44	16	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.858422222	0.929211111	2	2.085040189	1.042520095	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.54E-52	1	5.57E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3119067	G	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	35	0	0	65	20	30.8	58	8	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.274819698	1.274819698	1	0.79048227	0.79048227	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.18E-30	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3140192	G	T	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	33	0	0	62	15	24.2	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.001644048	1.001644048	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.28E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3203611	A	C	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	30	0	0	69	35	50.7	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	2.098485671	1.049242836	2	1.082617021	1.082617021	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.38E-61	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3286181	A	C	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	33	0	0	54	24	44.4	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	1.837727097	0.918863548	2	2.148049645	1.074024823	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.24E-41	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3392639	T	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	32	0	0	47	14	29.8	37	4	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	0.616882442	0.9639667	0.639941652	0.618638298	0.618638298	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.79E-21	1	0.0000362	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3443324	G	A	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	30	0	0	32	24	75	60	26	43.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	1.552556482	0.946714464	1.639941652	2.480281324	1.240140662	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	8.84E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3631009	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	35	29	82.9	42	16	38.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	1.716092431	1.046435054	1.639941652	2.18241844	1.09120922	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.94E-61	1	2.25E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3656804	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	53	33	62.3	44	15	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	1.289656918	0.786404148	1.639941652	1.953293144	0.976646572	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.14E-62	1	6.12E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3672963	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	62	10	16.1	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.456102913	1.132320586	0.402803693	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.29E-13	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3683021	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	47	9	19.1	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.541091034	1.343311999	0.402803693	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.24E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3713391	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	47	12	25.5	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.722399024	0.722399024	1	0.801938534	0.801938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-17	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3726515	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	69	23	33.3	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.943368138	0.943368138	1	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-35	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3743692	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	19	42.2	43	14	32.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	1.195499562	1.195499562	1	1.867371158	0.933685579	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.11E-32	1	4.18E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3770011	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	62	29	46.8	58	8	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	1.32581468	0.945117757	1.402803693	0.79048227	0.79048227	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.51E-50	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3770869	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	46	19	41.3	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	1.170003126	1.170003126	1	0.74465721	0.74465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.97E-32	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3775525	G	A	-	-	-	-	-	-	50	0	0	77	38	49.4	62	19	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	1.399471051	0.997624299	1.402803693	1.752808511	0.876404255	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.09E-66	1	6.66E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3776808	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	74	10	13.5	57	1	1.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.382446542	0.949461361	0.402803693	0.103106383	0.103106383	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.24E-12	1	0.248523156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3798526	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	53	22	41.5	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	1.175669	1.175669	1	2.010574468	1.005287234	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.50E-37	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3804131	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	83	16	19.3	61	2	3.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.402803693	3	1	2	1	1	0.597196307	1	2	NA	1	NA	0.402803693	NA	0.546756909	1.357378094	0.402803693	0.189028369	0.189028369	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.75E-21	1	0.037660755	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3943869	T	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	60	19	31.7	56	1	1.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.926054858	1.487303753	2	1	0	0	0.073945142	0.512696247	2	2	1	0	0.926054858	0.487303753	1.063911759	1.063911759	1	0.075877851	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.21E-29	1	0.244746891	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4003008	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	61	31	50.8	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.926054858	1.487303753	2	1	0	0	0.073945142	0.512696247	2	2	1	0	0.926054858	0.487303753	1.704943766	0.852471883	2	1.403740235	1.403740235	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.37E-55	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4061910	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	52	33	63.5	53	22	41.5	212	0	0	262	167	63.7	220	42	19.1	TRUE	TRUE	2.926054858	1.487303753	2	1	0	0	0.073945142	0.512696247	2	2	1	0	0.926054858	0.487303753	2.131179707	1.065589854	2	1.749405998	1.17622644	1.487303753	2.137892084	1.068946042	2	0.805148303	0.805148303	1	6	8	8.10E-63	5.61494436317104e-312	9.50E-37	2.48E-52	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	4061942	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	26	55.3	53	20	37.7	205	1	0.5	220	139	63.2	228	51	22.4	TRUE	TRUE	2.926054858	1.487303753	2	1	0	0	0.073945142	0.512696247	2	2	1	0	0.926054858	0.487303753	1.855972249	0.927986124	2	1.589219425	1.068523778	1.487303753	2.121111142	1.060555571	2	0.944257696	0.944257696	1	6	8	1.69E-47	3.93E-259	1.65E-32	5.04E-67	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	4269869	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	65	34	52.3	39	11	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.926054858	1.487303753	2	1	0	0	0.073945142	0.512696247	2	2	1	0	0.926054858	0.487303753	1.755286593	0.877643297	2	1.188752992	1.188752992	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-60	1	7.20E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4348922	T	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	51	26	51	29	12	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.926054858	3	2	2	0	1	0.073945142	1	2	NA	1	NA	0.926054858	NA	1.711656143	0.855828071	2	2.371446809	1.185723404	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.27E-46	1	1.17E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4392562	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	40	26	65	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.926054858	3	2	2	0	1	0.073945142	1	2	NA	1	NA	0.926054858	NA	2.181522535	1.090761267	2	1.27164539	1.27164539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.23E-50	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4406720	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	31	4	12.9	50	0	0	412	0	0	443	130	29.3	222	0	0	TRUE	TRUE	2.926054858	3	2	2	0	1	0.073945142	1	2	NA	1	NA	0.926054858	NA	0.432948318	0.467519084	0.926054858	0	0	1	0.983363235	0.983363235	1	0	0	1	5	7	0.0000177	1.77E-185	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	4406856	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	44	6	13.6	48	0	0	111	0	0	129	53	41.1	75	0	0	TRUE	TRUE	2.926054858	3	2	2	0	1	0.073945142	1	2	NA	1	NA	0.926054858	NA	0.456441638	0.492888336	0.926054858	0	0	1	1.37939348	1.284417077	1.073945142	0	0	1	5	7	9.37E-08	4.71E-86	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	4411215	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	47	10	21.3	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.926054858	3	2	2	0	1	0.073945142	1	2	NA	1	NA	0.926054858	NA	0.714868154	0.714868154	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.27E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4414354	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	14	11	78.6	30	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	0.737098234	3	0	2	0	1	0.262901766	1	1	NA	0	NA	0.737098234	NA	0.917444267	0.917444267	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.75E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	4453701	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	19	14	73.7	40	0	0	152	1	0.7	69	35	50.7	78	0	0	TRUE	TRUE	0.737098234	3	0	2	0	1	0.262901766	1	1	NA	0	NA	0.737098234	NA	0.860249904	0.860249904	1	0	0	1	0.591786569	0.591786569	1	0	0	1	5	6	6.93E-29	1.38E-61	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	4918421	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	67	16	23.9	67	1	1.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.988386775	0.988386775	1	0.085921986	0.085921986	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.35E-22	1	0.285262761	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5220833	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	61	25	41	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.695558903	0.847779451	2	0.88786052	0.88786052	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.20E-41	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5306846	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	63	16	25.4	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.050419418	1.050419418	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5372154	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	75	8	10.7	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.442499519	0.627324442	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	4.89E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5372639	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	87	32	36.8	56	12	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.521867503	1.175528447	1.294624139	1.225820331	1.225820331	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.12E-50	1	1.11E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5530673	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	65	26	40	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.654203807	0.827101904	2	1.311742317	1.311742317	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.24E-42	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5671012	A	C	-	-	-	-	-	-	33	1	3	63	23	36.5	53	19	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.509460974	1.165945334	1.294624139	2.050671395	1.025335697	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.25E-37	1	1.93E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5671013	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	62	22	35.5	54	19	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.468105879	1.134001627	1.294624139	2.0163026	1.0081513	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.75E-35	1	2.97E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5696502	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	62	21	33.9	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.401937727	1.401937727	1	1.27164539	1.27164539	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.22E-33	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	5892430	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	80	34	42.5	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.757591545	0.878795773	2	1.386208038	1.386208038	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.05E-56	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	8091536	G	A	ENSG00000164845	ENST00000427893	r.?	-	-	intronic	12	0	0	52	7	13.5	44	2	4.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.558293785	0.558293785	1	0.257765957	0.257765957	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.58E-09	1	0.020580492	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	8230344	G	A	ENSG00000182319	CCDS43706.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	62	25	40.3	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.666610336	0.833305168	2	0.853491726	0.853491726	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.68E-41	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	8401201	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	77	38	49.4	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.042941702	1.021470851	2	0.589997636	0.589997636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.09E-66	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	8977105	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	74	44	59.5	54	19	35.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.460628164	1.230314082	2	2.0163026	1.0081513	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.30E-81	1	2.97E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	9375392	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	58	16	27.6	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.141400627	1.141400627	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	1.00E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	9970126	T	C	MSRA	CCDS47799.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	65	16	24.6	54	2	3.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.017335342	1.017335342	1	0.211940898	0.211940898	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.85E-23	1	0.030129377	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	10137892	A	T	MSRA	CCDS47799.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	65	4	6.2	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.25640159	0.25640159	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	3	NA	0.000331785	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	10546837	C	G	C8orf74	CCDS47800.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	71	14	19.7	71	9	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.814695375	0.814695375	1	0.727472813	0.727472813	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.13E-18	1	1.10E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	10921490	A	T	XKR6	CCDS5978.2	r.?	-	-	intronic	38	0	0	75	20	26.7	68	13	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.104181042	1.104181042	1	1.094073286	1.094073286	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.89E-29	1	2.96E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	11056221	G	C	XKR6	CCDS5978.2	r.?	-	-	intronic	22	0	0	70	19	27.1	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.12072308	1.12072308	1	1.099801418	1.099801418	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.50E-28	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	11385285	A	T	BLK	CCDS5982.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	72	6	8.3	51	2	3.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.34324729	0.486616156	0.705375861	0.223397163	0.223397163	1	NA	NA	1	NA	NA	0	3	NA	0.00000184	1	0.027109304	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	11420643	G	A	BLK	CCDS5982.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	73	30	41.1	72	9	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.699694412	0.849847206	2	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.11E-49	1	1.25E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	11604539	C	T	GATA4	CCDS5983.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	91	37	40.7	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.683152374	0.841576187	2	0.830579196	0.830579196	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.38E-60	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	12431060	G	A	AC130352.2	ENST00000500162	r.?	-	-	intronic	83	0	0	193	33	17.1	194	26	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.707172128	1.002546538	0.705375861	0.76756974	0.76756974	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.95E-40	1	8.65E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	12930621	C	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	56	13	23.2	49	8	16.3	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.959438208	0.959438208	1	0.933685579	0.933685579	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.89E-18	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13028633	A	G	DLC1	CCDS5989.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	47	22	46.8	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.935418455	0.967709227	2	1.237276596	1.237276596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.14E-38	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13057491	T	C	DLC1	CCDS5989.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	89	37	41.6	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.72037196	0.86018598	2	1.970477541	0.985238771	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.39E-61	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13267237	C	A	DLC1	CCDS5989.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	74	27	36.5	61	14	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.509460974	1.165945334	1.294624139	1.317470449	1.317470449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.97E-43	1	1.10E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13272178	G	A	DLC1	CCDS5989.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	51	25	49	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.026399664	1.013199832	2	1.076888889	1.076888889	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.52E-44	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13406681	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	65	37	56.9	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.353104916	1.176552458	2	1.552323877	1.552323877	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-67	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13507027	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	65	21	32.3	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.335769575	1.335769575	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.35E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	13515326	T	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	72	24	33.3	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.37712467	1.06372547	1.294624139	1.489314421	1.489314421	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.76E-37	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	14237246	C	T	SGCZ	CCDS5992.2	r.?	-	-	intronic	27	0	0	73	9	12.3	59	3	5.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.508667671	0.721129966	0.705375861	0.292134752	0.292134752	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.42E-10	1	0.003297476	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	15344586	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	65	24	36.9	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.526003012	1.178722818	1.294624139	1.088345154	1.088345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.94E-38	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	15751209	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	61	16	26.2	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.083503494	1.083503494	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.50E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	15812904	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	68	30	44.1	72	13	18.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.823759698	0.911879849	2	1.036791962	1.036791962	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.38E-50	1	6.58E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	15897316	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	73	30	41.1	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.699694412	0.849847206	2	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.11E-49	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	16519480	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	29	45.3	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.873385812	0.936692906	2	1.208635934	1.208635934	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.18E-49	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	16717363	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	62	13	21	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.868456999	0.868456999	1	0.819122931	0.819122931	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.08E-18	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	16960863	A	T	EFHA2	CCDS5999.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	78	11	14.1	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.583106842	0.82666118	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	0	5	NA	2.79E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	17353247	C	T	SLC7A2	CCDS6002.2	r.?	-	-	upstream	6	0	0	50	22	44	53	4	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.819624188	0.909812094	2	0.429609929	0.429609929	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.85E-37	1	0.000150502	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	17774878	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	80	33	41.2	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.703829922	0.851914961	2	0.675919622	0.675919622	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.95E-54	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	18119339	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	23	37.7	47	17	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.559087089	1.204277784	1.294624139	2.073583924	1.036791962	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.73E-37	1	1.81E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	18441273	A	T	PSD3	CCDS43720.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	55	25	45.5	50	21	42	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.881656831	0.940828416	2	2.405815603	1.202907801	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.96E-43	1	2.79E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	18879170	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	78	16	20.5	47	3	6.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.847779451	0.847779451	1	0.366600473	0.366600473	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.96E-21	1	0.001719595	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	18954627	C	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	70	11	15.7	53	9	17	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.649274994	0.649274994	1	0.973782506	0.973782506	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	8.06E-14	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	19468697	G	A	CSGALNACT1	CCDS6010.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	62	26	41.9	53	25	47.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.732778488	0.866389244	2	2.703678487	1.351839243	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.63E-43	1	2.35E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	19899371	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	64	30	46.9	51	22	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.939553964	0.969776982	2	2.468825059	1.23441253	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.28E-51	1	3.24E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	20437778	C	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	58	23	39.7	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.641797279	0.820898639	2	0.979510638	0.979510638	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.87E-38	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	21079039	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	72	36	50	58	25	43.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.067754759	1.03387738	2	2.468825059	1.23441253	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.40E-63	1	4.44E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	21244446	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	82	33	40.2	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.662474827	0.831237413	2	0.779026005	0.779026005	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.26E-54	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	22581326	C	T	PEBP4	CCDS43724.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	47	17	36.2	65	8	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.497054446	1.156362222	1.294624139	0.704560284	0.704560284	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.81E-27	1	1.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	22625245	C	G	PEBP4	CCDS43724.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	73	36	49.3	70	30	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.038806193	1.019403096	2	2.457368794	1.228684397	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.06E-62	1	4.25E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	23338922	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	58	25	43.1	66	21	31.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.782404603	0.891202301	2	1.821546099	0.91077305	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.44E-42	1	3.42E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	23343654	C	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	54	8	14.8	38	7	18.4	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.612055409	0.612055409	1	1.053976359	1.053976359	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	3.31E-10	1	8.61E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	23343658	T	G	-	-	-	-	-	-	19	0	0	53	6	11.3	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.467312576	0.662501513	0.705375861	0.716016548	0.716016548	1	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	0.000000293	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	23374756	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	78	21	26.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.112452061	1.112452061	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.99E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	23827751	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	64	34	53.1	52	18	34.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	2.195955554	1.097977777	2	1.981933806	0.990966903	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.15E-61	1	1.39E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	24526428	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	66	6	9.1	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.376331366	0.533518918	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.0000011	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	24576113	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	68	17	25	52	4	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.03387738	1.03387738	1	0.441066194	0.441066194	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-24	1	0.000139698	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	24924901	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	14	24.6	39	0	0	164	1	0.6	292	56	19.2	267	1	0.4	TRUE	TRUE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.017335342	1.017335342	1	0	0	1	0.794017828	1.125666288	0.705375861	0.02291253	0.02291253	1	5	7	3.84E-20	2.49E-69	1	0.73772158	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	24970738	T	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	69	5	7.2	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.297756685	0.297756685	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000269	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	25561026	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	61	12	19.7	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.814695375	0.814695375	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.39E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	25662512	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	78	11	14.1	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.583106842	0.82666118	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.79E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	27016742	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	72	28	38.9	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.608713203	0.804356601	2	0.973782506	0.973782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.27E-45	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	27531525	G	A	SCARA3	CCDS34871.1	r.?	-	-	downstream	20	0	0	64	15	23.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.967709227	0.967709227	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.87E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	28130792	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	63	10	15.9	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.657546013	0.657546013	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.81E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	28316073	T	C	FBXO16	CCDS6068.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	50	16	32	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	1.323363046	1.323363046	1	1.621061466	0.810530733	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.40E-25	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	29039468	C	T	KIF13B	ENST00000357808	r.612g>a	c.553G>A	p.G185R	missense	30	0	0	59	29	49.2	47	13	27.7	194	0	0	326	115	35.3	308	85	27.6	TRUE	TRUE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.034670683	1.017335342	2	1.670179123	0.983265241	1.698604866	1.45983486	1.127612885	1.294624139	1.664149596	0.979715547	1.698604866	6	8	9.52E-51	3.13E-175	1.47E-19	2.75E-119	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	29942128	T	G	TMEM66	CCDS6074.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	66	14	21.2	63	7	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.876728018	0.876728018	1	0.669277555	0.669277555	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.71E-19	1	3.38E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	30415616	G	C	RBPMS	CCDS6077.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	58	25	43.1	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.782404603	0.891202301	2	1.839005894	0.919502947	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.44E-42	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	30565259	G	T	GSR	CCDS34877.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	67	37	55.2	75	25	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.282801254	1.141400627	2	2.007832665	1.003916332	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.28E-67	1	1.23E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	30851362	G	C	PURG	CCDS34878.1	r.?	-	-	downstream	33	0	0	72	34	47.2	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.951960493	0.975980246	2	0.621041335	0.621041335	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-58	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	31364915	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	51	19	37.3	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.54254505	1.191500301	1.294624139	1.591795266	0.937119219	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.94E-31	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	31426854	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	69	29	42	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.736913998	0.868456999	2	1.634001958	0.961967077	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.64E-48	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	31469710	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	54	10	18.5	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.765069261	0.765069261	1	0.783838578	0.783838578	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.91E-13	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	32143043	C	T	NRG1	CCDS47836.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	49	13	26.5	67	9	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.095910022	1.095910022	1	0.807956688	0.807956688	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.71E-19	1	6.43E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	32585089	G	A	NRG1	CCDS6086.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	79	44	55.7	63	22	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.303478802	1.151739401	2	2.104305105	1.052152552	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.56E-79	1	1.03E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	32916085	C	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	75	5	6.7	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.277079138	0.277079138	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000403	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	33046338	T	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	68	15	22.1	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.913947604	0.913947604	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.06E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	33060303	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	80	16	20	70	12	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.827101904	0.827101904	1	1.031049206	1.031049206	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.04E-21	1	1.99E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	33294099	C	T	FUT10	CCDS6088.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	69	28	40.6	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.679016865	0.839508432	2	1.857094477	0.928547238	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.13E-46	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	33379759	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	27	42.9	65	13	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.774133584	0.887066792	2	1.205905504	1.205905504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.06E-45	1	1.57E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	33610964	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	67	36	53.7	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.220768612	1.110384306	2	2.074157467	1.037078734	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.49E-64	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34090116	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	24	36.4	71	20	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.505325465	1.162750964	1.294624139	1.700326761	1.001013711	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.04E-38	1	1.68E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34159218	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	74	32	43.2	70	18	25.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.786540112	0.893270056	2	1.549588573	0.912271361	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-53	1	6.91E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34167465	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	92	12	13	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.537616237	0.762169883	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.12E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34224242	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	56	5	8.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.368060347	0.521793227	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.00000965	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34242555	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	70	31	44.3	53	19	35.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.832030717	0.916015358	2	2.158570853	1.079285426	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.75E-52	1	1.93E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34261272	T	G	-	-	-	-	-	-	45	0	0	75	22	29.3	63	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.211704289	1.211704289	1	0.09647244	0.09647244	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.55E-33	1	0.27078753	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34806208	A	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	73	34	46.6	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.927147436	0.963573718	2	1.380761802	1.380761802	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.57E-58	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35034787	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	56	16	28.6	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.182755722	1.182755722	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.26E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35147581	G	T	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	37	0	0	67	28	41.8	62	13	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.728642979	0.864321489	2	1.26620078	1.26620078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.81E-46	1	8.08E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35213507	G	A	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	32	0	0	70	36	51.4	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.125651893	1.062825946	2	2.128423215	1.064211608	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.34E-63	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35297759	A	C	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	38	0	0	63	34	54	60	17	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.23317514	1.11658757	2	1.706356289	1.004563405	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.84E-61	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35311238	C	T	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	19	0	0	62	27	43.5	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.798946641	0.89947332	2	1.254141724	1.254141724	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.76E-45	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35364531	G	T	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	42	5	11.9	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.492125633	0.697678585	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.00000228	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35400663	A	C	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	37	0	0	62	5	8.1	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.334976271	0.474890465	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	0.000016	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35528379	G	T	UNC5D	CCDS6093.2	r.?	-	-	intronic	50	0	0	70	35	50	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.067754759	1.03387738	2	1.284289362	1.284289362	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.75E-61	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35779108	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	81	31	38.3	38	8	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.583900146	0.791950073	2	1.272230307	1.272230307	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.47E-50	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	35888430	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	65	35	53.8	72	15	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.224904121	1.112452061	2	1.254141724	1.254141724	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.57E-63	1	2.70E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36055417	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	66	28	42.4	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.753456036	0.876728018	2	1.145610229	1.145610229	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.06E-46	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36078395	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	67	35	52.2	50	17	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.158735969	1.079367984	2	2.050039357	1.025019679	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.34E-62	1	6.43E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36253773	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	76	36	47.4	72	9	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.960231512	0.980115756	2	0.75369094	0.75369094	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.44E-62	1	1.25E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36515426	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	73	6	8.2	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.339111781	0.480753311	0.705375861	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.000002	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36540797	A	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	82	37	45.1	85	19	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.865114793	0.932557396	2	1.350614165	1.350614165	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.69E-62	1	5.93E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	37864922	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	72	16	22.2	64	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.918083113	0.918083113	1	0.09647244	0.09647244	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.82E-22	1	0.274433592	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	38359472	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	66	21	31.8	67	0	0	106	0	0	261	73	28	252	0	0	TRUE	TRUE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.315092027	1.315092027	1	0	0	1	1.157942665	1.157942665	1	0	0	1	5	7	3.42E-32	3.47E-103	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	38444629	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	69	10	14.5	53	3	5.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.59964888	0.850112561	0.705375861	0.343683069	1.140307292	0.301395134	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.54E-12	1	0.002429596	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	38752250	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	71	37	52.1	52	22	42.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.154600459	1.07730023	2	2.550490142	1.275245071	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.29E-65	1	5.59E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	40820334	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	73	33	45.2	62	19	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.869250302	0.934625151	2	1.845035422	0.922517711	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.05E-56	1	6.66E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	41075135	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	90	12	13.3	72	16	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.550022766	0.779758418	0.705375861	1.33855511	1.33855511	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.66E-14	1	4.82E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	41076299	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	70	15	21.4	59	4	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.884999037	0.884999037	1	0.410007871	1.360366594	0.301395134	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-20	1	0.00022841	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	41286028	G	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	44	15	34.1	40	13	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.410208746	1.410208746	1	1.959596444	0.979798222	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.12E-24	1	1.30E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	42082322	A	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	65	41	63.1	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.609506506	1.304753253	2	1.254141724	1.254141724	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.61E-77	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	42509180	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	80	31	38.8	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.604577693	0.802288847	2	1.621942903	0.954867689	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.25E-50	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	42731180	T	C	RNF170	CCDS6138.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	65	34	52.3	74	20	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	2.162871478	1.081435739	2	1.627972431	0.958417383	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-60	1	4.34E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	42835552	A	G	HOOK3	CCDS6139.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	77	35	45.5	61	19	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.881656831	0.940828416	2	1.875183059	0.93759153	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.37E-59	1	4.64E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	43154970	A	G	POTEA	CCDS43735.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	65	30	46.2	50	18	36	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.910605398	0.955302699	2	2.170629908	1.085314954	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.36E-51	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	48340433	G	T	KIAA0146	CCDS43737.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	65	26	40	65	16	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	1.654203807	0.827101904	2	1.48326377	1.48326377	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.24E-42	1	7.85E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	49560646	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	75	10	13.3	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.693498395	0.693498395	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.02E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	49580882	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	90	18	20	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.042854729	1.042854729	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.03E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	49592685	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	89	45	50.6	60	22	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.638422463	0.879474154	3	2.2128366	1.1064183	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.19E-78	1	2.81E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50022539	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	88	26	29.5	51	13	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.538210725	0.769105362	2	1.537529518	1.537529518	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.61E-38	1	4.87E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50074442	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	111	21	18.9	58	1	1.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.985497719	0.985497719	1	0.102501968	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.20E-27	1	0.252280541	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50123617	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	77	10	13	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.677855574	0.677855574	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.90E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50377469	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	75	24	32	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.668567566	0.834283783	2	1.447086605	1.447086605	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.20E-36	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50458848	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	91	19	20.9	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.089783191	1.089783191	1	1.121492119	1.121492119	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.46E-25	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50492922	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	91	58	63.7	70	21	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.321492311	1.107164104	3	1.808858256	1.064908203	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.95E-109	1	1.45E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50581872	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	102	51	50	48	18	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.607136821	0.869045607	3	2.261072821	1.13053641	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.38E-88	1	2.42E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50762747	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	97	53	54.6	58	20	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.846993409	0.948997803	3	2.080186995	1.040093497	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.57E-95	1	1.47E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50794497	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	78	45	57.7	65	22	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.008635892	1.002878631	3	2.037980302	1.018990151	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.64E-82	1	2.36E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50870239	T	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	84	45	53.6	79	25	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.794850673	0.931616891	3	1.905330697	0.952665348	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.19E-80	1	5.74E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50878804	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	82	29	35.4	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.84585287	0.922926435	2	1.006931096	1.006931096	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.81E-45	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	50920886	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	78	21	26.9	65	15	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.40263961	1.40263961	1	1.392820857	1.392820857	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.99E-30	1	5.00E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	51185348	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	86	20	23.3	51	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.214925759	1.214925759	1	0.12059055	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.27E-27	1	0.225579006	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	51490055	T	A	SNTG1	CCDS6147.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	71	23	32.4	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.68942466	0.84471233	2	1.254141724	1.254141724	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.51E-35	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	51655160	T	C	SNTG1	CCDS6147.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	86	54	62.8	80	28	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.274563848	1.091521283	3	2.110334633	1.055167316	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.89E-101	1	8.43E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	51869949	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	73	17	23.3	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.214925759	1.214925759	1	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-23	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	52046845	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	93	33	35.5	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.851067143	0.925533572	2	1.163698812	1.163698812	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-51	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	52959297	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	85	17	20	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.042854729	1.042854729	1	0.80192716	0.80192716	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.77E-22	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	53841823	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	92	60	65.2	76	22	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.399706415	1.133235472	3	1.742533454	1.025861569	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.21E-114	1	1.34E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	54605379	A	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	87	25	28.7	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.496496536	1.230813184	1.215860014	1.537529518	1.537529518	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.55E-37	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	54882859	T	A	TCEA1	CCDS47858.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	96	49	51	57	21	36.8	199	0	0	222	149	67.1	108	39	36.1	TRUE	TRUE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.659279558	0.886426519	3	2.218866128	1.109433064	2	3.498777614	1.166259205	3	2.176659435	1.088329718	2	6	8	8.89E-86	6.41E-284	8.56E-34	4.93E-61	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	55089147	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	72	17	23.6	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.23056858	1.23056858	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	7.97E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	55332176	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	67	14	20.9	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.089783191	1.089783191	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.66E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	55486096	T	C	RP1	ENST00000427058	r.?	-	-	intronic	40	0	0	82	46	56.1	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.925207514	0.975069171	3	2.586667307	1.293333653	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.77E-83	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	55645128	C	A	RP1	ENST00000427058	r.?	-	-	intronic	24	0	0	81	32	39.5	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.059638089	1.029819044	2	0.639129917	0.639129917	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.65E-52	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	55997807	C	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	81	27	33.3	63	8	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.736353123	0.868176562	2	0.765749995	0.765749995	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.32E-41	1	1.18E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56102913	G	T	XKR4	CCDS34893.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	93	25	26.9	72	18	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.40263961	1.153619326	1.215860014	1.50738188	0.887423503	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.46E-36	1	1.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56135462	G	T	XKR4	CCDS34893.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	77	11	14.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.745641131	0.745641131	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.41E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56220596	C	T	XKR4	CCDS34893.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	69	21	30.4	62	15	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.585139187	0.792569594	2	1.45914566	1.45914566	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.02E-31	1	2.28E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56282470	C	T	XKR4	CCDS34893.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	76	9	11.8	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.61528429	0.61528429	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.06E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56494655	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	92	28	30.4	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.585139187	0.792569594	2	1.043108261	1.043108261	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.79E-42	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	56858382	A	G	ENSG00000249529	ENST00000502902	r.?	-	-	intronic	23	0	0	76	52	68.4	47	19	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.566563172	1.188854391	3	2.435929119	1.217964559	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.43E-101	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	58047339	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	79	14	17.7	50	3	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.922926435	0.922926435	1	0.361771651	1.200323465	0.301395134	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.60E-18	1	0.002055544	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	58221506	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	76	49	64.5	61	19	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.3632065	1.121068833	3	1.875183059	0.93759153	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.43E-93	1	4.64E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	58911908	A	C	FAM110B	CCDS6170.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	94	36	38.3	68	17	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.997066805	0.998533403	2	1.50738188	0.887423503	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.36E-57	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	58929418	C	A	FAM110B	CCDS6170.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	80	17	21.2	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.105426012	1.105426012	1	0.820015743	0.820015743	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.75E-23	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	59109039	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	79	13	16.5	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.860355151	0.860355151	1	1.157669284	1.157669284	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.37E-16	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	60647158	G	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	84	14	16.7	59	1	1.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.870783698	0.870783698	1	0.102501968	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.40E-17	1	0.256019138	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	61108126	G	C	CA8	CCDS6174.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	95	13	13.7	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.714355489	0.714355489	1	0.952665348	0.952665348	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.91E-15	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	61227539	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	69	43	62.3	62	25	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.24849248	1.082830827	3	2.429899591	1.214949796	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.03E-81	1	3.68E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	61942876	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	85	50	58.8	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.065992902	1.021997634	3	1.50738188	1.50738188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.70E-92	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	63000184	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	69	6	8.7	63	0	0	290	0	0	485	50	10.3	211	1	0.5	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.453641807	0.578521457	0.784139986	0	NA	0	0.537070185	0.537070185	1	0.030147638	NA	0	NA	NA	0.00000143	4.88E-48	1	0.652727785	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	63381067	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	7	10.6	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.552713006	0.552713006	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000047	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	63886738	A	T	ENSG00000213006	ENST00000391688	r.?	-	-	upstream	35	0	0	92	11	12	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.625712837	0.625712837	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.81E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64054757	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	81	20	24.7	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.28792559	1.28792559	1	1.706356289	1.004563405	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.35E-28	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64436260	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	93	16	17.2	49	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.896855067	0.896855067	1	0.12059055	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.04E-20	1	0.217776325	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64461495	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	70	25	35.7	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.861495691	0.930747845	2	1.272230307	1.272230307	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.55E-39	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64594313	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	95	63	66.3	62	15	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.457063425	1.152354475	3	1.45914566	1.45914566	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.83E-120	1	2.28E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64688828	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	39	24	61.5	27	7	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.20677829	1.068926097	3	1.561647628	1.561647628	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-45	1	6.36E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64802193	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	72	12	16.7	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.870783698	0.870783698	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.84E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	64990899	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	79	10	12.7	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.662212753	0.662212753	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.03E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65013396	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	79	54	68.4	62	25	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.566563172	1.188854391	3	2.429899591	1.214949796	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.23E-104	1	3.68E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65150887	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	95	7	7.4	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.38585625	0.492075722	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000588	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65239903	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	78	25	32.1	42	6	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.673781839	0.83689092	2	0.862222436	0.862222436	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.94E-38	1	7.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65291703	C	T	MIR124-2	ENST00000385081	r.?	-	-	upstream	37	0	0	81	39	48.1	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.508065622	1.131870067	2.215860014	2.454017701	1.227008851	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.00E-67	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65292911	C	A	MIR124-2	ENST00000385081	r.?	-	-	downstream	15	0	0	94	18	19.1	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.995926266	0.995926266	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	2.40E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65390583	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	70	39	55.7	54	14	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.904350419	0.968116806	3	1.561647628	0.919370749	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.12E-70	1	1.64E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65446348	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	66	28	42.4	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.210852025	0.997739934	2.215860014	2.04400983	1.022004915	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.06E-46	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65454135	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	90	14	15.6	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.813426688	0.813426688	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.87E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65759306	T	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	81	18	22.2	81	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.157568749	1.157568749	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.29E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	65991330	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	95	19	20	61	7	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.042854729	1.042854729	1	0.693395665	0.693395665	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.98E-25	1	2.69E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	66369310	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	80	17	21.2	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.105426012	1.105426012	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	5.75E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	66408127	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	91	9	9.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.516213091	0.65831752	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.06E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	68459532	C	T	CPA6	CCDS6200.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	77	44	57.1	57	19	33.3	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.97735025	0.992450083	3	2.007832665	1.003916332	2	NA	NA	1	0	NA	0	6	NA	3.04E-80	1	1.01E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69001930	C	A	PREX2	CCDS6201.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	90	50	55.6	57	19	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.899136145	0.966378715	3	2.007832665	1.003916332	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.37E-90	1	1.01E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69134274	A	G	PREX2	CCDS6201.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	81	41	50.6	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.638422463	0.879474154	3	2.007832665	1.003916332	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.94E-72	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69179209	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	86	19	22.1	68	0	0	299	2	0.7	743	75	10.1	255	0	0	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.152354475	1.152354475	1	0	NA	0	0.526641638	0.526641638	1	0	NA	0	NA	NA	7.57E-26	1.73E-70	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	69572728	C	T	C8orf34	CCDS6203.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	69	27	39.1	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.038780994	1.019390497	2	1.254141724	1.254141724	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.80E-44	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69583069	A	T	C8orf34	CCDS6203.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	94	32	34	56	13	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.772853039	0.886426519	2	1.398850385	1.398850385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.26E-49	1	1.89E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69734232	G	T	C8orf34	CCDS6203.1	r.?	-	-	downstream	38	0	0	85	32	37.6	50	15	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.96056689	0.980283445	2	1.808858256	1.064908203	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.51E-51	1	5.83E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69864712	A	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	97	40	41.2	72	7	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.148280741	0.969502011	2.215860014	0.58486417	0.58486417	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.00E-65	1	8.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	69906774	T	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	77	10	13	72	9	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.677855574	0.677855574	1	0.75369094	0.75369094	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.90E-12	1	1.25E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	70144501	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	82	56	68.3	62	23	37.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.561348898	1.187116299	3	2.23695471	1.118477355	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.02E-108	1	5.90E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	70144502	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	82	56	68.3	63	23	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.561348898	1.187116299	3	2.200777545	1.100388773	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.02E-108	1	9.25E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	70347847	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	76	18	23.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.235782853	1.235782853	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.63E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	71887164	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	92	9	9.8	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.510998817	0.651667848	0.784139986	0.741631885	0.741631885	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-09	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	72024814	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	80	23	28.7	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.496496536	1.230813184	1.215860014	1.50738188	1.50738188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.19E-34	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	72272750	C	T	EYA1	CCDS34906.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	89	50	56.2	62	18	29	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.930421787	0.976807262	3	1.748562981	1.029411263	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.95E-90	1	5.72E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	72461394	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	84	5	6	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.312856419	0.312856419	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000695	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	72699085	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	82	42	51.2	69	28	40.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.669708105	0.889902702	3	2.447988174	1.223994087	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.75E-74	1	5.13E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73001564	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	76	48	63.2	70	21	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.295420942	1.098473647	3	1.808858256	1.064908203	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.54E-90	1	1.45E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73009341	A	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	80	48	60	63	20	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.128564186	1.042854729	3	1.911360224	0.955680112	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.65E-89	1	1.05E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73056660	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	73	11	15.1	47	4	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.78735532	0.78735532	1	0.512509839	0.512509839	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.31E-13	1	0.0000939	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73120574	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	87	30	34.5	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.798924407	0.899462203	2	1.097374009	1.097374009	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.39E-46	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73506304	C	T	KCNB2	CCDS6209.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	74	42	56.8	62	23	37.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.961707429	0.98723581	3	2.23695471	1.118477355	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.74E-76	1	5.90E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	73546419	T	C	KCNB2	CCDS6209.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	88	47	53.4	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.784422125	0.928140708	3	1.682238178	0.990364629	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-83	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	75433992	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	76	46	60.5	74	27	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.154635554	1.051545185	3	2.200777545	1.100388773	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.58E-85	1	6.97E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	75568863	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	86	5	5.8	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.302427871	0.302427871	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000777	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	75813708	T	C	-	-	-	-	-	-	19	0	0	110	11	10	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.521427364	0.664967192	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.32E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	75886540	C	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	92	40	43.5	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.268209035	1.023624696	2.215860014	0.566775587	0.566775587	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.33E-66	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	75968775	C	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	96	54	56.2	71	28	39.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.930421787	0.976807262	3	2.375633843	1.187816922	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.38E-97	1	1.40E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	76048047	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	77	18	23.4	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.220140032	1.220140032	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.71E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	76130661	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	59	38	64.4	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.357992226	1.119330742	3	1.947537389	0.973768695	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-72	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	76812653	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	82	13	15.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.829069509	0.829069509	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.95E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	77559400	A	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	76	24	31.6	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.647710471	0.823855236	2	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.75E-36	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	78711149	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	76	43	56.6	56	23	41.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.951278882	0.983759627	3	2.478135811	1.239067906	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.48E-78	1	3.22E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	79898779	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	82	29	35.4	77	23	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.84585287	0.922926435	2	1.802828729	1.061358509	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.81E-45	1	2.24E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	80289559	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	75	24	32	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.668567566	0.834283783	2	1.145610229	1.145610229	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.20E-36	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	80534083	T	C	STMN2	CCDS43748.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	99	12	12.1	76	20	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.630927111	0.804610302	0.784139986	1.585765738	0.933569525	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.51E-13	1	7.96E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	80873614	C	T	MRPS28	CCDS6226.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	84	44	52.4	59	23	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.732279389	0.910759796	3	2.351515733	1.175757867	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.14E-78	1	1.45E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	80955772	G	C	TPD52	CCDS34912.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	94	36	38.3	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.997066805	0.998533403	2	1.857094477	0.928547238	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.36E-57	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83104533	G	T	-	-	-	-	-	-	5	0	0	88	13	14.8	59	15	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.771712499	0.771712499	1	1.53149999	0.901622279	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.03E-15	1	9.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83214610	C	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	97	32	33	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.720710302	0.860355151	2	0.946635821	0.946635821	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.52E-49	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83254807	T	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	84	33	39.3	62	8	12.9	177	0	0	244	53	21.7	232	112	48.3	TRUE	TRUE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.049209542	1.024604771	2	0.77780905	0.77780905	1	1.131497381	1.131497381	1	2.912261793	1.456130896	2	6	9	2.24E-53	7.72E-69	1.04E-09	3.34E-190	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	83254814	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	88	33	37.5	63	7	11.1	169	0	0	238	53	22.3	220	104	47.3	TRUE	TRUE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.955352616	0.977676308	2	0.669277555	0.669277555	1	1.162783022	1.162783022	1	2.851966518	1.425983259	2	6	9	1.50E-52	1.80E-69	3.38E-08	1.81E-175	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	83704894	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	74	8	10.8	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.563141553	0.718164567	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.39E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83711050	A	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	83	27	32.5	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.694638934	0.847319467	2	1.50738188	1.50738188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.90E-41	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83753243	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	88	52	59.1	72	29	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.081635723	1.027211908	3	2.429899591	1.214949796	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.15E-95	1	1.73E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	84351344	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	69	19	27.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.433925252	1.433925252	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	6.95E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	84574535	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	95	58	61.1	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.185921196	1.061973732	3	1.50738188	1.50738188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.23E-108	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	84599801	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	86	31	36	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.877138511	0.938569256	2	1.50738188	1.50738188	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.27E-49	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85346830	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	99	51	51.5	57	22	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.685350926	0.895116975	3	2.327397623	1.163698812	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.70E-89	1	7.03E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85400570	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	87	29	33.3	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.736353123	0.868176562	2	1.121492119	1.121492119	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.43E-44	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85660363	A	C	RALYL	ENST00000399361	r.?	-	-	intronic	29	0	0	85	35	41.2	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.148280741	0.969502011	2.215860014	0.964724403	0.964724403	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.04E-57	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85773732	C	T	RALYL	ENST00000399361	r.?	-	-	intronic	38	0	0	96	31	32.3	69	12	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.684210387	0.842105193	2	1.049137789	1.049137789	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.97E-47	1	1.65E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85804194	C	A	RALYL	ENST00000399361	r.?	-	-	intronic	31	0	0	72	41	56.9	41	21	51.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.966921703	0.988973901	3	3.087118091	1.543559045	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.70E-75	1	1.17E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	85923021	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	79	13	16.5	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.860355151	0.860355151	1	0.693395665	0.693395665	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.37E-16	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	87003049	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	95	6	6.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.32849924	0.32849924	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000928	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	89147204	T	C	MMP16	CCDS6246.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	94	53	56.4	62	25	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.940850335	0.980283445	3	2.429899591	1.214949796	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.90E-96	1	3.68E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	89776257	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	99	39	39.4	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.054423815	1.027211908	2	1.037078734	1.037078734	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.46E-63	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	89813405	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	68	26	38.2	62	17	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.991852532	0.995926266	2	1.652090541	0.972616159	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.33E-42	1	4.56E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	90177043	T	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	58	18	31	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.616424829	0.808212415	2	1.151639757	1.151639757	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.42E-27	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	90195292	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	61	22	36.1	45	12	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.882352785	0.941176393	2	1.609883848	1.609883848	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.38E-35	1	6.03E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	90336313	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	89	29	32.6	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.699853208	0.849926604	2	0.80192716	0.80192716	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.13E-44	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	91444774	T	G	-	-	-	-	-	-	47	0	0	91	52	57.1	59	24	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.97735025	0.992450083	3	2.454017701	1.227008851	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.51E-94	1	1.09E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	91463287	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	95	33	34.7	57	9	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.809352954	0.904676477	2	0.952665348	0.952665348	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.26E-51	1	1.42E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93064518	G	T	RUNX1T1	CCDS47891.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	65	18	27.7	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.444353799	1.444353799	1	1.591795266	0.937119219	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.52E-26	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93178187	G	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	52	25	48.1	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.508065622	1.131870067	2.215860014	1.025019679	1.025019679	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.25E-43	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93184733	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	84	30	35.7	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.861495691	0.930747845	2	1.428998023	1.428998023	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.88E-47	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93211934	A	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	86	29	33.7	63	17	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.757210218	0.878605109	2	1.627972431	0.958417383	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.55E-45	1	6.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93279481	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	82	6	7.3	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.380641976	0.48542605	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.00000395	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93290033	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	80	43	53.8	67	27	40.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.80527922	0.935093073	3	2.429899591	1.214949796	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.16E-77	1	2.52E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93390067	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	85	16	18.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.980283445	0.980283445	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	8.67E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93693930	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	88	48	54.5	66	15	22.7	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.841779135	0.947259712	3	1.368702747	1.368702747	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.35E-86	1	6.45E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93728517	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	84	28	33.3	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.736353123	0.868176562	2	0.68133661	0.68133661	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.34E-43	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93819341	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	81	10	12.3	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.641355658	0.641355658	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.33E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	93946023	A	G	C8orf83	ENST00000378861	r.?	-	-	intronic	38	0	0	79	26	32.9	59	13	22	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.715496029	0.857748014	2	1.326496055	1.326496055	1	0	0	1	NA	NA	0	6	NA	5.99E-40	1	3.99E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	94135228	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	83	9	10.8	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.563141553	0.718164567	0.784139986	1.181787394	1.181787394	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.60E-10	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	94392860	T	A	AC011118.2	ENST00000501400	r.?	-	-	intronic	29	0	0	104	13	12.5	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.651784205	0.651784205	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	9.78E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	94393362	T	A	AC011118.2	ENST00000501400	r.?	-	-	intronic	38	0	0	86	30	34.9	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.819781501	0.909890751	2	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	9.12E-47	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	94393363	C	A	AC011118.2	ENST00000501400	r.?	-	-	intronic	37	0	0	85	30	35.3	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.840638596	0.920319298	2	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	5.97E-47	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	94704098	T	A	AC011118.2	ENST00000501400	r.?	-	-	intronic	26	0	0	103	34	33	73	20	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.720710302	0.860355151	2	1.652090541	0.972616159	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.15E-52	1	3.18E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	95402182	G	C	RAD54B	CCDS6262.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	92	9	9.8	63	15	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.510998817	0.651667848	0.784139986	1.43502755	1.43502755	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.17E-09	1	2.97E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	95618228	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	65	11	16.9	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.881212246	0.881212246	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.41E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	96085772	T	G	AC068189.1	ENST00000501164	r.?	-	-	upstream	10	0	0	73	15	20.5	57	1	1.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.068926097	1.068926097	1	0.108531495	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	3.38E-20	1	0.248523156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	96182371	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	83	34	41	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.137852194	0.964795691	2.215860014	0.820015743	0.820015743	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.01E-55	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	96931530	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	93	60	64.5	60	20	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.3632065	1.121068833	3	2.007832665	1.003916332	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-113	1	3.30E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	96945717	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	73	10	13.7	59	3	5.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.714355489	0.714355489	1	0.307505904	1.020274945	0.301395134	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.56E-12	1	0.003297476	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	97857324	T	A	ENSG00000104324	CCDS6273.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	89	26	29.2	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.522567904	0.761283952	2	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.27E-38	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	98053955	C	T	ENSG00000104324	CCDS6273.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	78	45	57.7	59	17	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.008635892	1.002878631	3	1.736503926	1.022311875	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.64E-82	1	1.74E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	98850246	T	G	LAPTM4B	CCDS6275.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	101	52	51.5	65	5	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.685350926	0.895116975	3	0.464273619	0.464273619	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.35E-91	1	0.0000201	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	99042907	T	C	MATN2	ENST00000254898	r.?	-	-	intronic	24	0	0	81	29	35.8	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.866709964	0.933354982	2	1.706356289	1.004563405	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.18E-45	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	99156361	G	C	POP1	CCDS6277.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	56	20	35.7	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.861495691	0.930747845	2	1.706356289	1.004563405	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.31E-32	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	99503051	C	T	ENSG00000104375	CCDS47900.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	83	53	63.9	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.331920858	1.110640286	3	1.688267706	0.993914323	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	3.33E-100	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	99890217	G	A	ENSG00000104375	ENST00000354930	r.?	-	-	intronic	23	0	0	87	7	8	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.417141891	0.531973754	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000322	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	99981466	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	90	31	34.4	68	19	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.793710133	0.896855067	2	1.682238178	0.990364629	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.56E-48	1	5.06E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	100108314	G	C	VPS13B	CCDS6280.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	92	7	7.6	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.396284797	0.505375066	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.000000472	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	100203901	C	T	VPS13B	CCDS6280.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	67	11	16.4	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.855140877	0.855140877	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	4.85E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	100435209	A	G	VPS13B	CCDS6280.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	96	59	61.5	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.20677829	1.068926097	3	2.080186995	1.040093497	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	7.51E-110	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	100796779	C	G	VPS13B	CCDS6280.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	69	5	7.2	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.375427702	0.478776378	0.784139986	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	0.0000269	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	101060380	A	G	RGS22	CCDS43758.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	82	49	59.8	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.118135638	1.039378546	3	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.36E-90	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	101595893	A	G	SNX31	CCDS6288.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	94	59	62.8	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.274563848	1.091521283	3	1.694297234	0.997464017	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.11E-110	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	101929584	G	A	YWHAZ	CCDS6290.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	80	32	40	73	9	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.085709457	1.042854729	2	0.741631885	0.741631885	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.04E-52	1	1.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	102033119	C	T	AC018781.4	ENST00000512945	r.?	-	-	downstream	23	0	0	88	31	35.2	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.835424322	0.917712161	2	1.736503926	1.022311875	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.97E-48	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	102112479	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	99	14	14.1	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.735212584	0.735212584	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0	NA	NA	1.56E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	103219502	T	C	RRM2B	CCDS34932.1	r.2159a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	36	0	0	99	32	32.3	57	14	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.684210387	0.842105193	2	1.48326377	1.48326377	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.64E-48	1	3.84E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	103542505	G	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	97	57	58.8	55	20	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.065992902	1.021997634	3	2.194748018	1.097374009	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.66E-104	1	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	104518152	T	A	RIMS2	ENST00000504942	r.?	-	-	intronic	35	0	0	97	37	38.1	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.986638258	0.993319129	2	0.976783458	0.976783458	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.56E-59	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	104624647	C	A	RIMS2	ENST00000504942	r.?	-	-	intronic	27	0	0	71	31	43.7	73	17	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.278637582	1.028331017	2.215860014	1.404879912	1.404879912	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	4.86E-52	1	1.03E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	105409977	G	A	DPYS	CCDS6302.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	101	60	59.4	77	21	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.097278544	1.032426181	3	1.646061013	0.969066465	1.698604866	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.40E-110	1	1.46E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	105688103	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	85	36	42.4	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.210852025	0.997739934	2.215860014	1.308407472	1.308407472	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	1.43E-59	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	106252446	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	86	26	30.2	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.57471064	0.78735532	2	1.404879912	1.404879912	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.05E-39	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	106699065	T	C	ZFPM2	CCDS47908.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	94	38	40.4	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.106566552	0.95067673	2.215860014	1.055167316	1.055167316	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.09E-62	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107214951	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	93	36	38.7	72	14	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.0179239	1.00896195	2	1.169728339	1.169728339	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.46E-58	1	1.39E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107605295	C	T	OXR1	CCDS47909.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	82	33	40.2	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.096138004	1.048069002	2	0.77780905	0.77780905	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	8.26E-54	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107701074	C	G	OXR1	CCDS47909.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	91	32	35.2	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.835424322	0.917712161	2	1.350614165	1.350614165	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	6.48E-50	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107985930	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	59	31	52.5	69	25	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.737493663	0.912497888	3	2.182688963	1.091344481	2	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.25E-55	1	1.00E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	108212282	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	112	22	19.6	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.021997634	1.021997634	1	1.350614165	1.350614165	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.83E-28	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	110388137	C	G	PKHD1L1	CCDS47911.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	79	26	32.9	72	16	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.715496029	0.857748014	2	1.33855511	1.33855511	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.99E-40	1	4.82E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111174013	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	79	48	60.8	66	23	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.170278375	1.056759458	3	2.098275577	1.049137789	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.67E-89	1	3.38E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111175922	T	C	-	-	-	-	-	-	47	1	2.1	76	40	52.6	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.742707936	0.914235979	3	1.579736211	0.930019831	1.698604866	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.74E-71	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111260106	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	89	50	56.2	58	26	44.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.930421787	0.976807262	3	2.70122833	1.350614165	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.95E-90	1	2.83E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111518176	T	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	78	12	15.4	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.802998141	0.802998141	1	0.874281491	0.874281491	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	7.82E-15	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111545746	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	87	31	35.6	64	13	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.856281417	0.928140708	2	1.223994087	1.223994087	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.28E-48	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111646245	G	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	87	51	58.6	40	15	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.055564355	1.018521452	3	2.261072821	1.13053641	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.36E-93	1	1.09E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111652579	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	95	19	20	66	3	4.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.042854729	1.042854729	1	0.271328738	0.900242599	0.301395134	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.98E-25	1	0.004522888	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	111979150	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	89	23	25.8	65	18	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.3452826	1.3452826	1	1.670179123	0.983265241	1.698604866	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.02E-32	1	1.52E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112197141	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	85	38	44.7	49	15	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.330780318	1.051862619	2.215860014	1.845035422	0.922517711	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	6.02E-64	1	4.10E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112232426	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	72	44	61.1	48	17	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.185921196	1.061973732	3	2.134452743	1.067226371	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.74E-82	1	2.80E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112246387	C	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	105	29	27.6	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.439139525	1.183639159	1.215860014	1.561647628	0.919370749	1.698604866	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	8.36E-42	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112251884	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	89	28	31.5	63	6	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.642496198	0.821248099	2	0.572805115	0.572805115	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.96E-42	1	0.000000832	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112460725	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	67	17	25.4	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.324425505	1.324425505	1	0.970753931	0.970753931	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.03E-24	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112661963	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	78	26	33.3	79	15	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.736353123	0.868176562	2	1.145610229	1.145610229	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.04E-40	1	1.22E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112857223	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	81	47	58	60	21	35	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.024278713	1.008092904	3	2.110334633	1.055167316	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	4.57E-86	1	3.16E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	112927218	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	82	19	23.2	60	2	3.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.209711485	1.209711485	1	0.198974408	0.660177906	0.301395134	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.79E-26	1	0.036544784	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113077371	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	90	16	17.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.928140708	0.928140708	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	2.31E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113148049	T	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	72	40	55.6	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.899136145	0.966378715	3	1.537529518	1.537529518	1	NA	NA	0	0	NA	0	6	NA	2.22E-72	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113222843	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	79	12	15.2	65	1	1.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.792569594	0.792569594	1	0.090442913	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	9.17E-15	1	0.278061424	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113339540	G	C	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	80	20	25	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.303568411	1.303568411	1	0.699425192	0.699425192	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.53E-28	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113517806	T	C	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	77	42	54.5	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.841779135	0.947259712	3	1.181787394	1.181787394	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.92E-75	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114092396	T	G	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	86	13	15.1	65	0	0	180	0	0	167	27	16.2	71	0	0	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.78735532	0.78735532	1	0	NA	0	0.84471233	0.84471233	1	0	NA	0	NA	NA	7.57E-16	3.89E-32	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	114291061	T	G	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	62	11	17.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.922926435	0.922926435	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1.96E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114294749	C	T	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	63	40	63.5	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.311063763	1.103687921	3	1.115462591	1.115462591	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	7.64E-76	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114375039	C	G	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	77	9	11.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.610070016	0.610070016	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	2.32E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114831111	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	85	31	36.5	59	7	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.90320988	0.95160494	2	0.717513775	0.717513775	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.32E-49	1	2.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114915596	A	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	63	5	7.9	63	1	1.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.411927618	0.525324082	0.784139986	0.09647244	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.0000173	1	0.27078753	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	115025252	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	88	57	64.8	58	18	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.378849321	1.126283107	3	1.869153532	0.934576766	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.32E-108	1	1.42E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	115174247	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	84	17	20.2	61	13	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.053283276	1.053283276	1	1.284289362	1.284289362	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.42E-22	1	6.41E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	115497386	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	86	11	12.8	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.667427026	0.667427026	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	8.47E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	115497643	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	70	15	21.4	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	1.11585456	1.11585456	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1.70E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	115562540	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	82	41	50	76	30	39.5	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	2.607136821	0.869045607	3	2.381663371	1.190831685	2	NA	NA	0	0	NA	0	6	NA	1.58E-71	1	9.63E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	116158593	T	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	68	8	11.8	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.61528429	0.61528429	1	0.68133661	0.68133661	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	2.21E-09	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	116246879	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	83	49	59	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	3.076421449	1.025473816	3	1.33855511	1.33855511	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	3.30E-90	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	116321302	T	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	99	17	17.2	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.896855067	0.896855067	1	0	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	2.86E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	116745492	T	C	TRPS1	ENST00000422939	r.?	-	-	intronic	30	0	0	113	78	69	92	45	48.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.800885617	1.060343165	4.527671585	4.757056738	0.951411348	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.31E-151	1	9.08E-78	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	118066603	G	A	SLC30A8	CCDS6322.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	95	63	66.3	82	39	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.613024875	1.018851476	4.527671585	4.630591017	0.926118203	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.83E-120	1	5.69E-67	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	118136429	C	G	SLC30A8	CCDS6322.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	102	19	18.6	81	8	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.294151775	1.294151775	1	0.963085106	0.963085106	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-24	1	9.08E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	118623571	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	96	67	69.8	81	36	44.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.856548059	1.072636999	4.527671585	4.31929078	1.079822695	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-130	1	1.52E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	119452673	G	C	SAMD12	CCDS47913.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	96	6	6.2	75	0	0	223	0	0	702	10	1.4	463	0	0	TRUE	TRUE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.431383925	0.817523508	0.527671585	0	0	1	0.097409273	0.097409273	1	0	0	1	5	3	0.00000986	0.003290153	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	120740749	T	C	TAF2	CCDS34937.1	r.?	-	-	downstream	25	0	0	79	21	26.6	75	14	18.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.850776194	0.925388097	2	1.819160757	0.909580378	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.69E-30	1	2.57E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	121067835	T	A	DEPDC6	CCDS6331.1	r.?	-	-	downstream	31	0	0	92	12	13	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.904514681	0.904514681	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.12E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	121447871	G	A	MRPL13	CCDS6332.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	103	22	21.4	88	18	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.488970322	0.974666503	1.527671585	1.994267139	0.99713357	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.46E-29	1	6.62E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	122770860	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	114	17	14.9	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.036712981	1.036712981	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.58E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	123007630	C	G	-	-	-	-	-	-	59	0	0	99	8	8.1	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.563582225	0.563582225	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.46E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	123165612	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	116	8	6.9	89	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.480088562	0.909824549	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000154	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	123589934	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	106	72	67.9	69	35	50.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.724349759	1.043439143	4.527671585	4.932163121	0.986432624	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.13E-138	1	1.38E-61	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	123860604	G	T	ZHX2	CCDS6336.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	101	60	59.4	63	29	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.132936314	1.033234078	4	4.474940898	0.89498818	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.40E-110	1	1.20E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	124060872	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	112	28	25	86	12	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.73945131	0.869725655	2	1.361938534	1.361938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.85E-39	1	2.65E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	124312147	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	100	9	9	90	6	6.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.626202472	0.626202472	1	0.65178487	0.65178487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.47E-09	1	0.00000679	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	125566678	A	T	MTSS1	CCDS6353.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	89	15	16.9	107	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.175869086	1.175869086	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.23E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	125770472	G	C	ENSG00000235517	ENST00000422573	r.?	-	-	intronic	21	0	0	105	16	15.2	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.057586397	1.057586397	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.14E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	126562211	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	51	11	21.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.502885932	1.502885932	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.94E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	127777994	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	130	17	13.1	97	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.911472487	0.911472487	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.64E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128046401	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	114	21	18.4	82	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.280236165	1.280236165	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.32E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128254869	T	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	114	18	15.8	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.099333228	1.099333228	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.69E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128380730	A	T	AC018714.1	ENST00000502082	r.?	-	-	intronic	25	0	0	100	5	5	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.347890262	0.659293152	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000158599	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128599593	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	115	18	15.7	73	0	0	185	0	0	446	61	13.7	363	0	0	TRUE	TRUE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.092375423	1.092375423	1	0	0	1	0.953219318	0.953219318	1	0	0	1	5	7	1.14E-21	7.05E-66	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	129043521	G	T	PVT1	CCDS3617.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	92	62	67.4	61	29	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.689560733	1.035755497	4.527671585	4.620862884	0.924172577	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.79E-119	1	3.48E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	129369910	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	85	37	43.5	77	20	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	3.02664528	1.00888176	3	2.529314421	0.843104807	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.49E-62	1	1.07E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	129703071	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	101	62	61.4	79	38	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.272092419	0.943551744	4.527671585	4.679231678	0.935846336	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.63E-115	1	1.52E-65	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	130412128	T	A	AC013300.1	ENST00000446592	r.?	-	-	intronic	24	0	0	71	5	7	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.487046367	0.487046367	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.0000309	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	131088661	C	A	ASAP1	CCDS6362.1	r.2671-9g>u	c.2643-9G>T	p.?	splice region	30	0	0	118	38	32.2	72	12	16.7	202	0	0	292	91	31.2	142	15	10.6	TRUE	TRUE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.240413288	0.886354581	2.527671585	1.624598109	1.624598109	1	2.170835235	1.085417618	2	1.031182033	1.031182033	1	6	8	3.08E-57	3.57E-133	2.84E-15	1.15E-15	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	131173497	C	G	ASAP1	CCDS6362.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	112	15	13.4	75	2	2.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.932345902	0.932345902	1	0.262659574	0.262659574	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.04E-17	1	0.054571821	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	131778390	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	103	16	15.5	67	4	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.078459813	1.078459813	1	0.583687943	0.583687943	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.27E-19	1	0.000372648	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	131957466	C	A	ADCY8	CCDS6363.1	r.?	-	-	intronic	45	0	0	109	68	62.4	78	37	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.341670471	0.958919036	4.527671585	4.611134752	0.92222695	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.82E-127	1	1.47E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132140429	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	99	63	63.6	73	32	43.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.425164134	0.977359787	4.527671585	4.260921986	1.065230496	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-118	1	9.69E-54	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132407055	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	105	30	28.6	78	15	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.989932299	0.99496615	2	1.867801418	0.933900709	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.06E-43	1	9.92E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132553826	T	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	101	13	12.9	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.897556876	0.897556876	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.62E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132606823	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	88	29	33	71	12	16.9	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.29607573	0.908375813	2.527671585	1.644054374	1.644054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.12E-44	1	2.38E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132645755	G	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	106	67	63.2	109	63	57.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.397332913	0.97121287	4.527671585	5.62286052	1.124572104	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.61E-126	1	1.14E-114	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132756156	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	111	5	4.5	76	2	2.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.313101236	0.593363837	0.527671585	0.252931442	0.252931442	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000258017	1	0.055865747	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132879540	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	100	69	69	63	36	57.1	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.800885617	1.060343165	4.527671585	5.554763593	1.110952719	5	6.957805242	1.536729224	4.527671585	NA	NA	1	6	NA	9.64E-134	0.000025	6.24E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	132915363	C	T	EFR3A	CCDS34942.2	r.?	-	-	upstream	22	0	0	85	56	65.9	73	41	56.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.585193654	1.012704559	4.527671585	5.467210402	1.09344208	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.39E-107	1	1.97E-74	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133004797	G	A	EFR3A	CCDS34942.2	r.?	-	-	intronic	41	0	0	98	14	14.3	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.99496615	0.99496615	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.34E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133109978	C	A	OC90	CCDS47920.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	113	11	9.7	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.674907108	0.674907108	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.78E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133280093	G	A	KCNQ3	CCDS34943.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	113	14	12.4	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.86276785	0.86276785	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.05E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133299132	G	C	KCNQ3	CCDS34943.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	115	6	5.2	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.361805873	0.685664878	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.0000276	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133359721	C	T	KCNQ3	CCDS34943.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	82	13	15.9	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.106291033	1.106291033	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.95E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133436067	C	G	KCNQ3	CCDS34943.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	80	11	13.8	92	14	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.960177123	0.960177123	1	1.478676123	1.478676123	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.73E-13	1	5.34E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133438638	A	C	KCNQ3	CCDS34943.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	95	63	66.3	85	39	45.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.613024875	1.018851476	4.527671585	4.465212766	0.893042553	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.83E-120	1	3.65E-66	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133543377	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	104	13	12.5	79	0	0	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.869725655	0.869725655	1	0	0	1	0	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.78E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	133567941	A	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	84	10	11.9	85	3	3.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.827978824	0.827978824	1	0.340484634	0.340484634	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.93E-11	1	0.009101881	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	134241618	G	A	WISP1	CCDS6371.1	r.?	-	-	downstream	31	0	0	124	82	66.1	95	48	50.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.599109265	1.015778017	4.527671585	4.912706856	0.982541371	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.79E-156	1	9.08E-84	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	135433533	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	107	60	56.1	93	39	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	3.903328741	0.975832185	4	4.07608747	1.019021868	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-108	1	3.43E-64	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	135844729	T	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	96	9	9.4	82	4	4.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.654033693	0.654033693	1	0.476678487	0.476678487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.71E-09	1	0.000801325	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	135929953	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	95	26	27.4	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.906438636	0.953219318	2	1.459219858	1.459219858	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.60E-37	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	135964070	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	92	64	69.6	79	40	50.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.842632448	1.06956354	4.527671585	4.922434988	0.984486998	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-124	1	4.04E-70	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	136369747	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	110	15	13.6	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.946261513	0.946261513	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.30E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	136574041	A	C	KHDRBS3	CCDS6374.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	96	20	20.8	76	3	3.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.44722349	0.947339405	1.527671585	0.379397163	0.379397163	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.43E-26	1	0.006696581	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	137824696	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	105	54	51.4	96	28	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	3.576311894	1.013788219	3.527671585	2.840614657	0.946871552	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.30E-94	1	3.52E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	137897911	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	105	5	4.8	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.333974652	0.632921426	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000199261	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	137970310	T	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	104	31	29.8	87	20	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.073425962	1.036712981	2	2.237470449	1.118735225	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.15E-46	1	1.65E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138070088	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	111	16	14.4	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.001923955	1.001923955	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.95E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138203775	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	116	15	12.9	95	0	0	244	0	0	413	52	12.6	122	0	0	TRUE	TRUE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.897556876	0.897556876	1	0	0	1	0.87668346	0.87668346	1	0	0	1	5	7	5.23E-17	1.75E-54	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	138426806	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	82	49	59.8	73	39	53.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.160767535	1.040191884	4	5.194822695	1.038964539	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.36E-90	1	1.14E-69	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138435341	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	86	19	22.1	80	14	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.537674958	1.006548118	1.527671585	1.702423168	0.851211584	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.57E-26	1	6.76E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138644173	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	90	13	14.4	74	10	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.001923955	1.001923955	1	1.313297872	1.313297872	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.40E-15	1	5.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138708293	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	79	54	68.4	77	33	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.759138785	1.051122789	4.527671585	4.173368794	1.043342199	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.23E-104	1	5.91E-55	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	138835783	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	94	24	25.5	68	13	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.774240337	0.887120168	2	1.858073286	0.929036643	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.23E-34	1	2.96E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139066152	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	78	17	21.8	59	10	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.516801543	0.992884569	1.527671585	1.644054374	1.644054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.59E-23	1	4.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139090688	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	93	54	58.1	66	34	51.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.042484846	1.010621211	4	5.00998818	1.001997636	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.13E-98	1	3.49E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139092615	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	89	61	68.5	79	37	46.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.766096591	1.052659519	4.527671585	4.552765957	0.910553191	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.03E-118	1	2.74E-63	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139166687	T	G	FAM135B	CCDS6375.2	r.?	-	-	intronic	25	0	0	91	6	6.6	83	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.459215146	0.87026696	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.00000724	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139190749	C	G	FAM135B	CCDS6375.2	r.?	-	-	intronic	27	0	0	103	55	53.4	83	42	50.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	3.715467999	1.053235232	3.527671585	4.922434988	0.984486998	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.38E-97	1	1.56E-73	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139192008	C	T	FAM135B	CCDS6375.2	r.?	-	-	intronic	30	0	0	91	7	7.7	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.535751004	1.015311454	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000438	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139443755	C	T	FAM135B	CCDS6375.2	r.?	-	-	intronic	21	0	0	106	11	10.4	91	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.723611745	0.723611745	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.78E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139812385	C	T	COL22A1	CCDS6376.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	102	31	30.4	75	10	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.115172794	1.057586397	2	1.293841608	1.293841608	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.54E-46	1	6.02E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	139840149	G	A	COL22A1	CCDS6376.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	83	25	30.1	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.094299378	1.047149689	2	1.439763593	1.439763593	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-37	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140096432	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	114	22	19.3	82	0	0	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.342856412	1.342856412	1	0	0	1	0	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.79E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140239947	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	112	9	8	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.556624419	1.054869043	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.75E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140382148	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	102	12	11.8	70	0	0	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.821021019	0.821021019	1	0	0	1	0	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.18E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140457405	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	108	36	33.3	77	10	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.316949146	0.916633775	2.527671585	1.26465721	1.26465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.96E-55	1	7.90E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140849385	C	A	TRAPPC9	CCDS34946.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	101	26	25.7	63	9	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.788155947	0.894077974	2	1.391122931	1.391122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.78E-37	1	3.62E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	141751173	G	A	PTK2	CCDS6381.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	102	23	22.5	85	20	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.565506179	1.024766184	1.527671585	2.286111111	1.143055556	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.39E-31	1	9.82E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142105663	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	108	67	62	90	51	56.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.31383925	0.952772119	4.527671585	5.515851064	1.103170213	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.01E-125	1	1.72E-92	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142300349	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	49	9	18.4	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.280236165	1.280236165	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.35E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142333657	C	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	99	58	58.6	91	52	57.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.077273872	1.019318468	4	5.554763593	1.110952719	5	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.36E-106	1	1.51E-94	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142736457	A	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	93	15	16.1	74	13	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.120206644	1.120206644	1	1.7121513	0.85607565	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.65E-18	1	9.62E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142865076	G	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	85	25	29.4	90	10	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.045594741	1.022797371	2	1.079822695	1.079822695	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.87E-37	1	3.88E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142882666	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	118	15	12.7	93	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.883641266	0.883641266	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.81E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143058307	G	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	73	50	68.5	55	24	43.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.766096591	1.052659519	4.527671585	4.241465721	1.06036643	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.51E-97	1	1.28E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143384622	C	T	TSNARE1	CCDS6384.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	99	65	65.7	83	37	44.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.571278044	1.0096311	4.527671585	4.338747045	1.084686761	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.78E-124	1	3.03E-62	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143628192	G	T	BAI1	ENST00000323289	r.?	-	-	downstream	15	0	0	89	24	27	86	14	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.878607415	0.939303708	2	1.585685579	0.79284279	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.41E-34	1	1.98E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143804818	C	T	C8orf55	CCDS6386.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	111	31	27.9	70	9	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.941227663	0.970613831	2	1.254929078	1.254929078	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.46E-45	1	9.65E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143894986	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	119	72	60.5	95	43	45.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	4.209472171	1.052368043	4	4.406843972	1.101710993	4	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.91E-133	1	1.87E-72	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	144114588	C	G	ENSG00000233536	ENST00000441886	r.?	-	-	intronic	19	0	0	74	7	9.5	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.660991498	0.660991498	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000105	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	144397756	T	C	TOP1MT	CCDS6400.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	100	33	33	95	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	2.29607573	0.908375813	2.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.48E-50	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	144654661	A	T	C8orf73	CCDS47928.1	r.268u>a	c.224T>A	p.V75D	missense	8	0	0	95	13	13.7	82	5	6.1	8	0	0	7	4	57.1	6	0	0	TRUE	TRUE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.953219318	0.953219318	1	0.593416076	0.593416076	1	3.972906793	0.993226698	4	0	0	1	6	8	2.91E-15	2.16E-08	0.0000619	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	144864894	C	A	ENSG00000214733	ENST00000398876	r.?	-	-	intronic	22	0	0	108	20	18.5	98	0	0	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	1.28719397	1.28719397	1	0	0	1	NA	NA	0	0	0	1	5	NA	1.84E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	146243698	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	129	10	7.8	86	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.542708809	1.028497317	0.527671585	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.40E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	1162168	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	33	27	81.8	51	26	51	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.411347518	1.205673759	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.02E-57	1	3.27E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	1261161	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	19	45.2	52	15	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.098420413	1.098420413	1	1.361702128	1.361702128	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.64E-33	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	4022605	C	T	GLIS3	CCDS6451.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	33	30	90.9	46	25	54.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	2.567375887	1.283687943	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.01E-66	1	1.87E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	5330520	C	G	RLN1	CCDS6462.1	r.?	-	-	downstream	21	0	0	25	8	32	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77764277	0.77764277	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.92E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	6552613	G	A	GLDC	CCDS34987.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	33	26	78.8	44	20	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.914945322	0.957472661	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.15E-54	1	1.50E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	6947497	T	C	KDM4C	CCDS6471.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	38	13	34.2	64	17	26.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.831105711	0.831105711	1	1.257683215	1.257683215	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.88E-21	1	8.43E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	7873541	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	17	43.6	48	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.059538275	1.059538275	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.51E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	8260696	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	33	8	24.2	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.588092345	0.588092345	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.85E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	8643992	G	A	PTPRD	CCDS43786.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	42	35	83.3	32	11	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.024301337	1.012150668	2	1.626477541	1.626477541	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.59E-74	1	5.72E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	8660811	A	G	PTPRD	CCDS43786.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	45	38	84.4	57	21	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-80	1	8.56E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	9028859	C	T	PTPRD	CCDS43786.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	39	31	79.5	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.931956258	0.965978129	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	4.728132388	2.364066194	2	6	NA	2.76E-64	1	4.72E-34	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	10087486	T	G	PTPRD	CCDS43786.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	30	28	93.3	38	18	47.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.267314702	1.133657351	2	2.241134752	1.120567376	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.60E-62	1	1.16E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	10353212	C	A	PTPRD	CCDS43786.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	53	24	45.3	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.100850547	1.100850547	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.04E-41	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	11991576	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	36	81.8	47	28	59.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	2.817966903	1.408983452	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	2.37E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	12356461	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	30	23	76.7	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.863912515	0.931956258	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.35E-47	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	12959386	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	34	9	26.5	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.643985419	0.643985419	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.15E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	15037299	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	42	22	52.4	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.273390036	1.273390036	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-39	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	15942819	T	C	C9orf93	CCDS6481.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	37	33	89.2	40	17	42.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	2.009456265	1.004728132	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	6.07E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	16201281	T	C	C9orf92	ENST00000380685	r.?	-	-	downstream	26	0	0	46	40	87	42	19	45.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.114216282	1.057108141	2	2.137115839	1.06855792	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.27E-86	1	7.64E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	16706768	A	T	BNC2	CCDS6482.2	r.?	-	-	intronic	27	0	0	46	18	39.1	39	1	2.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95018226	0.95018226	1	0.122931442	0.122931442	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	9.41E-30	1	0.177567718	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	16764885	G	C	BNC2	CCDS6482.2	r.?	-	-	intronic	32	0	0	40	30	75	39	20	51.3	0	0	NA	2	2	100	1	1	100	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	2.425531915	1.212765957	2	2.430133657	2.430133657	1	4.728132388	4.728132388	1	6	8	7.52E-61	0.000025	6.00E-36	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	17372778	T	A	CNTLN	CCDS43789.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	40	20	50	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.19E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	17759080	G	T	SH3GL2	CCDS6483.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	35	10	28.6	42	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.695018226	0.695018226	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.60E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	22671502	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	38	15	39.5	28	6	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.959902795	0.959902795	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.24E-25	1	5.36E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	24238836	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	37	27	73	60	27	45	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	2.127659574	1.063829787	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	5.59E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	24477810	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	43	20	46.5	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.130012151	1.130012151	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.21E-35	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	24931097	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	39	15	38.5	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.935601458	0.935601458	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.85E-25	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	25025044	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	42	33	78.6	43	21	48.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	2.307328605	1.153664303	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.97E-68	1	4.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	25572896	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	41	17	41.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.008505468	1.008505468	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.03E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	26542482	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	45	37	82.2	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.997569866	0.998784933	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-77	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	26753186	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	41	16	39	35	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.947752126	0.947752126	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.40E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	27245664	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	36	6	16.7	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.405832321	0.405832321	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	2.68E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28545020	C	A	LINGO2	CCDS6524.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	37	33	89.2	36	15	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.167679222	1.083839611	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.54E-72	1	1.54E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28718177	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	40	4	10	43	1	2.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.243013366	0.243013366	1	0.108747045	0.108747045	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.0000495	1	0.193893409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28812067	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	38	30	78.9	45	16	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.917375456	0.958687728	2	1.68321513	0.841607565	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.38E-62	1	8.61E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28993661	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	37	9	24.3	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.590522479	0.590522479	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.14E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	29082350	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	27	12	44.4	31	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.078979344	1.078979344	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.96E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	29119239	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	15	40.5	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.984204131	0.984204131	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.58E-25	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	29330339	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	39	13	33.3	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.809234508	0.809234508	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.79E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	29468597	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	37	24	64.9	62	27	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.577156744	0.788578372	2	2.056737589	1.028368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.99E-46	1	1.76E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	30695249	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	43	35	81.4	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.978128797	0.989064399	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.06E-73	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	32311824	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	16	38.1	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.25E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	32729337	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	37	27	73	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.77399757	0.886998785	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-54	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	33129817	G	C	B4GALT1	CCDS6535.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	43	37	86	48	19	39.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.089914945	1.044957473	2	1.872340426	0.936170213	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.31E-79	1	1.92E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	33144042	C	T	B4GALT1	CCDS6535.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	33	28	84.8	42	17	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	1.73E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	33445547	C	G	AQP3	CCDS6542.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	36	33	91.7	50	24	48	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.228432564	1.114216282	2	2.269503546	1.134751773	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-73	1	6.39E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	34574667	G	A	CNTFR	CCDS6558.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	44	37	84.1	52	24	46.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.043742406	1.021871203	2	2.184397163	1.092198582	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.69E-78	1	2.22E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	35443657	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	46	22	47.8	62	12	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.161603888	1.161603888	1	0.917257683	0.917257683	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.68E-38	1	4.19E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	37024213	C	T	PAX5	CCDS6607.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	44	36	81.8	43	17	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.987849332	0.993924666	2	1.867612293	0.933806147	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.48E-75	1	2.84E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	37524767	G	A	FBXO10	CCDS47966.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	52	28	53.8	42	6	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.307411908	1.307411908	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.41E-50	1	7.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	39808203	T	C	-	-	-	-	-	-	13	0	0	10	10	100	16	5	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	1.215066829	2	1.475177305	1.475177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.77E-24	1	0.000000013	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	40614375	A	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	11	3	27.3	6	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00002	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	43137801	G	A	ANKRD20A1	CCDS35029.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	23	9	39.1	14	3	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.95018226	0.95018226	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-15	1	0.0000437	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	45427442	C	G	-	-	-	-	-	-	7	0	0	19	7	36.8	12	3	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.894289186	0.894289186	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.73E-12	1	0.0000266	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46375710	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	17	5	29.4	15	3	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.714459295	0.714459295	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.84E-08	1	0.0000544	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46375744	T	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	20	7	35	20	5	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85054678	0.85054678	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.72E-12	1	4.55E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46375749	A	G	-	-	-	-	-	-	14	0	0	20	7	35	22	5	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.85054678	0.85054678	1	1.073286052	1.073286052	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.72E-12	1	7.67E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46846346	A	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	29	23	79.3	41	21	51.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.92709599	1.92709599	1	2.420803783	1.210401891	2	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	5.50E-48	1	1.17E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	68226408	A	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	43	6	14	46	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.340218712	0.340218712	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	8.13E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	68262203	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	25	19	76	43	18	41.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.84690158	0.92345079	2	1.98108747	0.990543735	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.28E-39	1	2.06E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	68370887	A	T	-	-	-	-	-	-	5	0	0	29	7	24.1	28	2	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.585662211	0.585662211	1	0.3356974	0.3356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.11E-10	1	0.008668191	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	69124208	G	C	-	-	-	-	-	-	10	0	0	37	16	43.2	23	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.78E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	69924605	A	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	19	5	26.3	31	10	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.639125152	0.639125152	1	1.527186761	1.527186761	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.43E-08	1	3.94E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	70632030	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	22	12	54.5	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.324422843	1.324422843	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.51E-22	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	71199668	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	41	34	82.9	31	16	51.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.439716312	1.219858156	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	4.27E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	72528290	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	34	14	41.2	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.001215067	1.001215067	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.74E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	73391028	A	C	TRPM3	CCDS43835.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	43	23	53.5	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.300121507	1.300121507	1	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-41	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	74430350	C	G	-	-	-	-	-	-	9	0	0	33	9	27.3	28	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.76E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	74718321	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	41	34	82.9	42	20	47.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.014580802	1.007290401	2	2.250591017	1.125295508	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.26E-71	1	4.41E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	75959385	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	32	80	55	29	52.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.491725768	1.245862884	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	5.85E-52	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	76269065	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	32	24	75	51	20	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.853427896	0.926713948	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	6.38E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	76565098	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	33	28	84.8	33	15	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.060753341	1.030376671	2	2.151300236	1.075650118	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.63E-60	1	2.91E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	76953197	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	37	5	13.5	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.328068044	0.328068044	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000119	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	77397807	G	T	TRPM6	CCDS6647.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	36	32	88.9	58	32	55.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.160388821	1.080194411	2	2.609929078	1.304964539	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.35E-69	1	4.55E-58	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	78374187	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	36	29	80.6	55	22	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.958687728	0.979343864	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-60	1	2.65E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	78724744	G	T	PCSK5	CCDS6652.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	39	18	46.2	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.12272175	1.12272175	1	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.15E-31	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	79320989	C	T	PRUNE2	CCDS47982.1	r.6325g>a	c.6201G>A	p.A2067A	silent	31	0	0	39	34	87.2	53	17	32.1	166	0	0	103	85	82.5	56	9	16.1	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	1.517730496	0.758865248	2	2.004860267	1.002430134	2	0.761229314	0.761229314	1	6	8	3.27E-73	1.30E-176	2.08E-26	1.20E-11	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	9	80162252	C	G	GNA14	CCDS6657.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	50	8	16	41	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.388821385	0.388821385	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	1.74E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	80411500	C	G	GNAQ	CCDS6658.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	44	39	88.6	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.15309842	1.07654921	2	1.602836879	0.80141844	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.93E-84	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	83354261	A	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	42	16	38.1	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.925880923	0.925880923	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.25E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	84041935	C	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	49	36	73.5	43	15	34.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.786148238	0.893074119	2	1.650118203	0.825059102	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.59E-72	1	4.05E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	85148247	C	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	50	18	36	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874848117	0.874848117	1	1.101654846	1.101654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.92E-29	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	85317635	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	55	50	90.9	48	15	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.208991495	1.104495747	2	1.475177305	1.475177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.01E-109	1	2.86E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	85537664	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	26	9	34.6	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.840826245	0.840826245	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.65E-15	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	86719906	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	31	26	83.9	61	29	47.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	2.245862884	1.122931442	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	3.48E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	86980701	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	52	23	44.2	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.074119077	1.074119077	1	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.66E-39	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	87447051	T	A	NTRK2	CCDS35051.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	43	15	34.9	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.848116646	0.848116646	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.05E-24	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	88178947	G	A	AGTPBP1	CCDS6672.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	38	34	89.5	48	22	45.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.174969623	1.087484812	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.21E-74	1	5.76E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	90502746	G	A	C9orf79	CCDS6676.1	r.3410g>a	c.3344G>A	p.R1115H	missense	7	0	0	31	26	83.9	63	29	46	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.038882139	1.019441069	2	2.174940898	1.087470449	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.47E-55	1	1.20E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	91214322	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	27	6	22.2	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.539489672	0.539489672	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	4.23E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	91282914	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	37	29	78.4	52	22	42.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.905224787	0.952612394	2	2	1	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.92E-60	1	5.59E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	91369448	A	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	33	14	42.4	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.030376671	1.030376671	1	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.57E-24	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	91899320	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	43	16	37.2	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.904009721	0.904009721	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.56E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	94790698	G	C	SPTLC1	CCDS6692.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	48	19	39.6	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.962332928	0.962332928	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.92E-31	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	95798658	T	A	FGD3	CCDS43849.1	r.?	-	-	downstream	7	0	0	32	15	46.9	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.139732685	1.139732685	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.59E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	97870857	G	A	FANCC	CCDS35071.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	34	32	94.1	57	23	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.286755772	1.143377886	2	1.910165485	0.955082742	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.29E-71	1	5.38E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	102539324	A	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	49	11	22.4	37	6	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.544349939	0.544349939	1	0.765957447	0.765957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.19E-15	1	3.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	103870425	C	A	ENSG00000148123	CCDS6751.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	35	26	74.3	22	8	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.805589307	0.902794654	2	1.721040189	1.721040189	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.01E-52	1	1.17E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	103917262	A	T	ENSG00000148123	CCDS6751.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	32	24	75	37	13	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.659574468	0.829787234	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.03E-49	1	3.89E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	104215214	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	36	26	72.2	33	12	36.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.754556501	0.87727825	2	1.721040189	0.860520095	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.61E-52	1	7.86E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	104782095	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	33	75	50	20	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.822600243	0.911300122	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.46E-67	1	3.90E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105002627	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	32	80	44	19	43.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	2.042553191	1.021276596	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	2.39E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105095455	A	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	35	32	91.4	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.221142163	1.110571081	2	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.50E-70	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105138885	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	45	39	86.7	53	18	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.607565012	0.803782506	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	2.09E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105156434	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	34	26	76.5	46	16	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.859052248	0.929526124	2	1.645390071	0.822695035	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.60E-53	1	1.31E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105477710	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	40	31	77.5	49	16	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.883353584	0.941676792	2	1.546099291	0.773049645	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.22E-63	1	4.37E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105716020	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	35	16	45.7	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.110571081	1.110571081	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.66E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	106147161	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	40	33	82.5	43	12	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.004860267	1.002430134	2	1.319148936	1.319148936	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.10E-69	1	3.24E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	106538968	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	39	16	41	44	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.9963548	0.9963548	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	5.16E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	107893974	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	31	27	87.1	52	23	44.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.116646416	1.058323208	2	2.089834515	1.044917258	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.30E-58	1	3.66E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	108507122	G	C	TMEM38B	CCDS6768.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	37	32	86.5	46	24	52.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.102065614	1.051032807	2	2.468085106	1.234042553	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	9.91E-69	1	4.23E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	109288219	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	39	14	35.9	43	4	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.872417983	0.872417983	1	0.439716312	0.439716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.19E-23	1	0.000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	110362195	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	46	42	91.3	42	25	59.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.218712029	1.109356015	2	2.813238771	1.406619385	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.64E-92	1	6.99E-47	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	110977028	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	34	26	76.5	45	19	42.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.859052248	0.929526124	2	1.995271868	0.997635934	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.60E-53	1	4.11E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	111931023	G	A	EPB41L4B	CCDS43859.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	25	18	72	40	22	55	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.749696233	0.874848117	2	2.600472813	1.300236407	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.77E-36	1	2.48E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	112855790	G	T	PALM2-AKAP2	CCDS35100.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	40	37	92.5	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.247873633	1.123936817	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.08E-82	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	113165975	C	T	SVEP1	CCDS48004.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	47	13	27.7	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.673147023	0.673147023	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.47E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	114872467	A	C	SUSD1	CCDS6783.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	48	19	39.6	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.962332928	0.962332928	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.92E-31	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	115271204	A	G	KIAA1958	CCDS35108.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	32	27	84.4	38	14	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	1.739952719	0.869976359	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.46E-57	1	5.28E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	115294012	A	G	KIAA1958	CCDS35108.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	47	38	80.9	56	21	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.965978129	0.982989064	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.74E-79	1	5.43E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	118419862	C	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	48	15	31.2	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.758201701	0.758201701	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.86E-23	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	119264243	A	T	ASTN2	CCDS48009.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	31	7	22.6	29	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.549210207	0.549210207	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.85E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	120510830	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	24	72.7	55	20	36.4	2	0	0	3	3	100	2	0	0	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.766707169	0.883353584	2	1.721040189	0.860520095	2	2.430133657	2.430133657	1	0	0	1	6	8	2.20E-48	0.000000125	4.08E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	120673497	A	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	18	40.9	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.993924666	0.993924666	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.47E-30	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	120700066	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	32	27	84.4	44	17	38.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	1.825059102	0.912529551	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.46E-57	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	120758792	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	49	42	85.7	39	16	41	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.082624544	1.041312272	2	1.938534279	0.969267139	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.89E-89	1	5.16E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121070435	A	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	46	12	26.1	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.634264885	0.634264885	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	8.12E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121089111	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	34	29	85.3	49	20	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.07290401	1.036452005	2	1.929078014	0.964539007	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.06E-62	1	2.35E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121189021	T	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	42	5	11.9	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.289185905	0.289185905	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	3	NA	0.00000228	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121490832	C	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	43	33	76.7	35	13	37.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.863912515	0.931956258	2	1.754137116	0.877068558	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.13E-67	1	1.63E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121502724	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	50	17	34	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.826245443	0.826245443	1	0.576832151	0.576832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.43E-27	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	121520865	A	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	33	12	36.4	39	8	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.884568651	0.884568651	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.86E-20	1	2.09E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	122034608	G	A	DBC1	CCDS6822.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	37	31	83.8	37	8	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.036452005	1.018226002	2	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.05E-65	1	1.33E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	122234811	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	49	38	77.6	48	20	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.885783718	0.942891859	2	1.971631206	0.985815603	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.00E-77	1	1.40E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	122406848	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	41	33	80.5	44	10	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.956257594	0.978128797	2	1.073286052	1.073286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.07E-68	1	2.08E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	122566508	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	45	39	86.7	42	17	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106925881	1.05346294	2	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.44E-83	1	1.73E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	122770569	T	G	-	-	-	-	-	-	20	1	5	44	19	43.2	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	2.39E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	124018894	G	T	GSN	CCDS6829.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	44	19	43.2	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.39E-32	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	124458754	C	T	DAB2IP	CCDS6833.2	r.?	-	-	intronic	18	0	0	23	21	91.3	50	24	48	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.218712029	1.109356015	2	2.269503546	1.134751773	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.19E-46	1	6.39E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	125515567	C	A	OR1L6	CCDS35130.1	r.?	-	-	downstream	41	0	0	41	19	46.3	56	12	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.125151883	1.125151883	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.20E-33	1	1.11E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	126588193	A	T	DENND1A	CCDS35133.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	40	32	80	55	19	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.944106926	0.972053463	2	1.631205674	0.815602837	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.72E-66	1	4.51E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	126625758	C	G	DENND1A	CCDS35133.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	20	50	40	11	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.19E-35	1	9.88E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	126848372	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	36	25	69.4	34	12	35.3	0	0	NA	2	2	100	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.686512758	0.843256379	2	1.669030733	0.834515366	2	2.430133657	2.430133657	1	NA	NA	1	6	NA	1.70E-49	0.000025	1.21E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	127008348	C	G	-	-	-	-	-	-	11	0	0	31	9	29	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.704738761	0.704738761	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	3.57E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	128004300	C	T	HSPA5	CCDS6863.1	r.?	-	-	upstream	12	0	0	42	37	88.1	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.140947752	1.070473876	2	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.04E-80	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	128325512	C	T	MAPKAP1	CCDS35140.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	54	23	42.6	47	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.035236938	1.035236938	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.12E-38	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	130502970	T	A	SH2D3C	CCDS6877.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	33	9	27.3	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0.576832151	0.576832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.76E-14	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	130734407	C	T	FAM102A	CCDS35150.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	39	34	87.2	44	22	50	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.119076549	1.059538275	2	2.364066194	1.182033097	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.27E-73	1	4.51E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	131567991	G	T	TBC1D13	CCDS6911.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	32	12	37.5	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.911300122	0.911300122	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	5.03E-20	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	131918268	G	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	43	38	88.4	40	13	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.148238153	1.074119077	2	1.536643026	1.536643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.42E-82	1	1.30E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	133983373	G	A	AIF1L	CCDS6939.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	42	19	45.2	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.098420413	1.098420413	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	7.64E-33	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	135093576	C	T	NTNG2	CCDS6946.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	29	24	82.8	44	18	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.012150668	1.006075334	2	1.933806147	0.966903073	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.91E-51	1	3.47E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	135750072	C	T	C9orf98	CCDS6954.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	42	37	88.1	56	22	39.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.140947752	1.070473876	2	1.858156028	0.929078014	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	6.04E-80	1	4.34E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	136167143	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	40	36	90	54	26	48.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.187120292	1.093560146	2	2.274231678	1.137115839	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.30E-78	1	2.44E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	136654790	G	C	VAV2	CCDS48053.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	32	27	84.4	35	15	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.051032807	1.025516403	2	2.028368794	1.014184397	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.46E-57	1	9.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	137711040	G	T	COL5A1	CCDS6982.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	23	6	26.1	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.634264885	0.634264885	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	1.47E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	138131089	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	34	28	82.4	56	26	46.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.002430134	1.001215067	2	2.193853428	1.096926714	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	4.87E-59	1	8.57E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	138225943	G	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	36	13	36.1	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.87727825	0.87727825	1	0.8321513	0.8321513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.53E-21	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	139583856	A	T	AGPAT2	CCDS7003.1	r.?	-	-	upstream	13	0	0	28	22	78.6	32	12	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.910085055	0.955042527	2	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.73E-46	1	5.03E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	139922085	G	C	C9orf139	CCDS7023.1	r.170g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	7	0	0	33	9	27.3	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.663426488	0.663426488	1	0	0	1	NA	NA	1	NA	NA	1	5	NA	6.76E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	140050836	G	A	GRIN1	CCDS7031.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	27	8	29.6	24	7	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.719319563	0.719319563	1	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	7.97E-13	1	2.51E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	140919618	G	A	CACNA1B	ENST00000277549	r.3283g>a	c.3283G>A	p.V1095I	missense	10	0	0	39	27	69.2	37	14	37.8	110	0	0	59	51	86.4	45	26	57.8	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.681652491	0.840826245	2	1.787234043	0.893617021	2	2.09963548	1.04981774	2	2.73286052	1.36643026	2	6	9	2.75E-53	9.47E-109	3.35E-23	3.32E-48	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	9	140923508	G	A	CACNA1B	ENST00000371372	r.?	-	-	intronic	41	0	0	47	36	76.6	45	18	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.861482382	0.930741191	2	1.891252955	0.945626478	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.40E-73	1	5.76E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	3235434	G	A	MXRA5	CCDS14124.1	r.6445c>u	c.6288C>T	p.H2096H	silent	11	0	0	70	12	17.1	66	22	33.3	136	0	0	131	24	18.3	46	21	45.7	TRUE	TRUE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.586552855	0.586552855	1	2.240468085	1.120234043	2	0.627714459	0.627714459	1	3.074756501	1.537378251	2	6	8	1.99E-15	3.97E-30	3.52E-34	2.94E-36	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	3367468	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	68	21	30.9	86	12	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.0599113	1.0599113	1	0.941938534	0.941938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.15E-32	1	2.65E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	4090598	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	58	13	22.4	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.768349939	0.768349939	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.12E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	4426695	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	41	11	26.8	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.91927582	0.91927582	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.34E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	4530648	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	38	57.6	80	30	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.975756987	0.987878493	2	2.523049645	1.261524823	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.08E-69	1	6.48E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	4827539	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	52	5	9.6	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.329292831	0.329292831	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000668	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	4951031	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	55	19	34.5	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.183396112	1.183396112	1	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.51E-30	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	5490479	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	71	11	15.5	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.531670717	0.531670717	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	9.49E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	5676704	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	60	14	23.3	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.799221142	0.799221142	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.54E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	6221840	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	42	7	16.7	47	11	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.456663358	1.5003192	0.304377467	1.574382979	1.574382979	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-09	1	7.21E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	6494553	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	64	44	68.8	66	14	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	1.881343653	1.442330691	1.304377467	1.426364066	1.426364066	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.01E-85	1	3.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	6588739	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	61	16	26.2	56	18	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.716441915	0.716441915	1	2.159730496	1.079865248	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.50E-23	1	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	6787096	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	72	18	25	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.683627781	0.683627781	1	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.22E-25	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	7043873	C	G	HDHD1A	CCDS48075.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	60	37	61.7	59	19	32.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	1.687193364	1.293485518	1.304377467	2.166458629	1.083229314	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-69	1	2.20E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	7063899	C	A	HDHD1A	CCDS48075.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	52	9	17.3	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.473070424	0.473070424	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	5.92E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	7151968	G	A	STS	CCDS14127.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	45	14	31.1	57	17	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.85043296	0.85043296	1	2.004983452	1.002491726	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.81E-22	1	8.82E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	7199362	G	T	STS	CCDS14127.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	61	41	67.2	76	17	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	1.837591476	1.408788117	1.304377467	1.507101655	0.753550827	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-79	1	2.21E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	7589219	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	20	33.3	66	18	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	0.910592204	0.910592204	1	1.836780142	0.918390071	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.30E-31	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	8060047	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	57	33	57.9	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.304377467	4	1	2	1	2	0.695622533	1	2	NA	1	NA	0.304377467	NA	1.583281941	1.213821904	1.304377467	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.79E-61	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	8981799	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	66	22	33.3	77	19	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.068870208	1.068870208	1	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.52E-34	1	7.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	9001926	C	G	FAM9B	CCDS14132.1	r.243g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	7	0	0	38	10	26.3	39	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.844182777	0.844182777	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.06E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	9403163	T	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	45	33	73.3	76	21	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	2.352798387	1.322029473	1.779686788	1.856964539	0.92848227	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.16E-66	1	1.07E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10395270	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	71	22	31	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.995044338	0.995044338	1	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.34E-33	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10409804	G	A	MID1	CCDS14138.1	r.?	-	-	downstream	24	0	0	54	36	66.7	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	2.140950237	1.202992713	1.779686788	1.554198582	1.554198582	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.29E-69	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10710066	T	A	MID1	CCDS14138.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	67	14	20.9	55	17	30.9	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.670852473	0.860412775	0.779686788	2.078992908	1.039496454	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.66E-19	1	4.35E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10881171	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	62	17	27.4	64	5	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.879490802	0.879490802	1	0.524794326	0.524794326	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.56E-25	1	0.0000186	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10941195	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	65	14	21.5	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.690111396	0.690111396	1	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.93E-19	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	10964612	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	64	15	23.4	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.751097984	0.751097984	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.87E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11030029	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	65	18	27.7	64	21	32.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.889120263	0.889120263	1	2.206827423	1.103413712	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-26	1	1.60E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11252338	G	T	ARHGAP6	CCDS14140.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	12	25	66	27	40.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.802455111	0.802455111	1	2.751806147	1.375903073	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-17	1	1.51E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11280287	C	A	ARHGAP6	CCDS14140.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	50	17	34	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.091338952	1.091338952	1	1.587839243	1.587839243	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.43E-27	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11286051	G	T	ARHGAP6	CCDS14140.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	51	17	33.3	62	13	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.068870208	1.068870208	1	1.412907801	1.412907801	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.59E-27	1	8.08E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11400766	G	A	ARHGAP6	CCDS14140.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	55	15	27.3	84	13	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.876280982	0.876280982	1	1.04286052	1.04286052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.01E-22	1	5.49E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11893194	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	60	34	56.7	71	19	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.819968193	1.022633985	1.779686788	1.80313948	0.90156974	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.58E-62	1	1.29E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	11959608	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	44	14	31.8	56	0	0	201	1	0.5	316	20	6.3	151	1	0.7	TRUE	TRUE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.020722902	1.020722902	1	0	0	1	0.202218688	0.202218688	1	0.047096927	0.047096927	1	5	3	6.10E-22	5.10E-16	1	0.530878656	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	12033698	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	59	13	22	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.706160498	0.706160498	1	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.99E-18	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	12554724	G	A	FRMPD4	CCDS35201.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	49	12	24.5	77	17	22.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.786406009	0.786406009	1	1.486917258	1.486917258	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.90E-17	1	2.82E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	12848850	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	53	32	60.4	77	30	39	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.938731549	1.089366714	1.779686788	2.623971631	1.311985816	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.69E-60	1	1.57E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	12852889	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	51	32	62.7	62	20	32.3	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	2.012557419	1.130849222	1.779686788	2.173186761	1.086593381	2	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-60	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	13051054	G	A	FAM9C	CCDS35203.1	r.?	-	-	downstream	38	0	0	41	19	46.3	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.486146866	0.835060909	1.779686788	1.628208038	0.814104019	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.20E-33	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	13066425	C	A	FAM9C	CCDS35203.1	r.?	-	-	upstream	21	0	0	56	15	26.8	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.860231879	0.860231879	1	1.715673759	0.857836879	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.09E-22	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	13180172	A	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	54	5	9.3	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.298513301	0.298513301	1	0.692997636	0.692997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.00000806	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	13648423	G	A	EGFL6	CCDS14155.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	61	12	19.7	83	13	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.632334628	0.811011084	0.779686788	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.39E-16	1	4.66E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	14317289	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	45	24	53.3	72	16	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.710834298	0.961312018	1.779686788	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.03E-43	1	4.82E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	14607509	C	G	GLRA2	CCDS48085.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	45	8	17.8	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.571348039	0.732791741	0.779686788	1.036132388	1.036132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.14E-11	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15079121	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	55	14	25.5	70	16	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.818504214	0.818504214	1	1.540742317	0.770371158	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.19E-20	1	2.93E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15154208	A	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	30	6	20	29	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.641964089	0.641964089	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.37E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15232223	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	59	34	57.6	60	20	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.848856577	1.038866271	1.779686788	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.56E-62	1	3.30E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15594495	T	C	ACE2	CCDS14169.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	65	19	29.2	67	26	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.93726757	0.93726757	1	2.610515366	1.305257683	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.89E-28	1	3.31E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	16016847	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	51	16	31.4	70	24	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.00788362	1.00788362	1	2.307749409	1.153874704	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.28E-25	1	1.68E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	17024452	G	C	REPS2	CCDS14180.2	r.553g>c	c.382G>C	p.E128Q	missense	27	0	0	52	8	15.4	72	0	0	420	0	0	371	31	8.4	331	1	0.3	TRUE	TRUE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.494312349	0.63398836	0.779686788	0	0	1	0.269624917	0.269624917	1	0.020184397	0.020184397	1	5	3	2.42E-10	1.34E-27	1	0.809699589	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	17770390	C	T	SCML1	CCDS14182.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	49	13	26.5	63	20	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.850602418	0.850602418	1	2.132817967	1.066408983	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.71E-19	1	1.05E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	17838428	G	C	RAI2	CCDS14183.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	52	38	73.1	66	23	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	2.346378746	1.318422298	1.779686788	2.341390071	1.170695035	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.01E-76	1	3.38E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	18519875	G	A	CDKL5	CCDS14186.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	57	13	22.8	73	26	35.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.731839062	0.731839062	1	2.39521513	1.197607565	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	1	5.09E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	18771818	T	C	PPEF1	CCDS14188.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	53	16	30.2	81	26	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.969365775	0.969365775	1	2.159730496	1.079865248	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.90E-24	1	1.29E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19080325	G	A	GPR64	CCDS43923.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	55	14	25.5	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.818504214	0.818504214	1	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.19E-20	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19148339	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	69	10	14.5	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.465423965	0.596937093	0.779686788	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.54E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19307188	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	63	19	30.2	63	17	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.969365775	0.969365775	1	1.816595745	0.908297872	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.48E-29	1	6.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19430670	C	G	MAP3K15	CCDS35212.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	33	9	27.3	54	0	0	3	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.876280982	0.876280982	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.76E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19843548	C	T	SH3KBP1	CCDS14193.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	45	31	68.9	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	2.211566287	1.242671633	1.779686788	2.738349882	1.369174941	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.26E-61	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20249417	A	G	RPS6KA3	CCDS14197.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	54	14	25.9	74	21	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.831343495	0.831343495	1	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.64E-20	1	5.60E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20463549	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	55	15	27.3	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.876280982	0.876280982	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.01E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20931223	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	75	13	17.3	74	18	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.555298937	0.712207704	0.779686788	1.63493617	0.817468085	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.16E-16	1	2.13E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	21608712	A	T	CNKSR2	CCDS14198.1	r.1667a>u	c.1631A>T	p.Q544L	missense	36	0	0	49	12	24.5	62	9	14.5	162	0	0	122	13	10.7	99	9	9.1	TRUE	TRUE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.786406009	0.786406009	1	0.975579196	0.975579196	1	0.343450788	0.343450788	1	0.612260047	0.612260047	1	6	2	1.90E-17	8.08E-14	3.12E-11	2.25E-09	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	22040927	G	C	-	-	-	-	-	-	7	0	0	31	19	61.3	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.967619933	1.105599	1.779686788	2.159730496	1.079865248	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.54E-36	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22614720	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	12	21.1	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.677272114	0.677272114	1	1.94443026	0.97221513	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.40E-16	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22704903	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	52	18	34.6	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	1.110597874	1.110597874	1	0.719910165	0.719910165	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.39E-28	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22935033	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	55	15	27.3	64	10	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	1.082467764	1.082467764	1	1.049588652	1.049588652	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.01E-22	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	23487207	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	53	15	28.3	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	1.122118598	1.122118598	1	1.823323877	0.911661939	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.60E-22	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	23523954	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	62	10	16.1	73	14	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0.638378425	0.638378425	1	1.291801418	1.291801418	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.29E-13	1	1.71E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	24756094	G	A	POLA1	CCDS14214.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	57	33	57.9	71	20	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.986047388	0.993023694	2	1.897333333	0.948666667	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.79E-61	1	1.68E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	24977846	C	A	POLA1	CCDS14214.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	60	40	66.7	76	31	40.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.287899149	1.143949575	2	2.745078014	1.372539007	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.46E-77	1	7.17E-51	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25158513	C	G	-	-	-	-	-	-	47	0	0	81	21	25.9	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.888404617	0.888404617	1	0.908297872	0.908297872	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.88E-30	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25349488	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	66	17	25.8	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.884974484	0.884974484	1	1.089957447	1.089957447	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-24	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25789700	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	44	11	25	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.22E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25789701	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	44	10	22.7	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.77864034	0.77864034	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.08E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25925366	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	52	13	25	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	1.036132388	1.036132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.47E-19	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	26078725	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	64	16	25	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.857533414	0.857533414	1	1.883877069	0.941938534	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.94E-23	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	26494642	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	50	13	26	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.891834751	0.891834751	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.65E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	26642836	G	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	49	13	26.5	62	12	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.908985419	0.908985419	1	1.305257683	1.305257683	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.71E-19	1	4.19E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27103238	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	43	31	72.1	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.473126367	1.236563183	2	2.200099291	1.100049645	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.74E-62	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27304658	G	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	44	15	34.1	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.169675577	1.169675577	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.12E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27690149	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	58	11	19	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.651725395	0.651725395	1	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.96E-15	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27727697	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	40	7	17.5	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.60027339	0.60027339	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.26E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27789956	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	48	15	31.2	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.070201701	1.070201701	1	1.877148936	0.938574468	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.86E-23	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	27983657	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	50	15	30	76	18	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.029040097	1.029040097	1	1.594567376	0.797283688	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.83E-23	1	3.63E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28361322	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	67	14	20.9	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.716897934	0.716897934	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.66E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28808788	T	A	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	54	0	0	55	14	25.5	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.874684083	0.874684083	1	0.692997636	0.692997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.19E-20	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28827667	G	C	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	57	15	26.3	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.902125152	0.902125152	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.53E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28938553	C	T	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	61	41	67.2	61	19	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.305049818	1.152524909	2	2.092449173	1.046224586	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-79	1	4.64E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	29027657	G	A	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	59	16	27.1	72	11	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.929566221	0.929566221	1	1.029404255	1.029404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.37E-23	1	1.12E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	29494311	C	G	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	48	0	0	59	21	35.6	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.221127582	1.221127582	1	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.06E-33	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30223448	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	59	31	52.5	73	21	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.80082017	0.900410085	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.25E-55	1	4.03E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30235912	G	C	MAGEB2	CCDS14219.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	48	6	12.5	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.428766707	0.428766707	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.00000016	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30253364	T	C	MAGEB3	CCDS14220.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	44	27	61.4	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.106102066	1.053051033	2	2.314477541	1.157238771	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.71E-51	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30728975	G	A	GK	CCDS48090.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	70	15	21.4	70	10	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.734048603	0.734048603	1	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.70E-20	1	2.95E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30752175	G	A	GK	CCDS48090.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	45	7	15.6	67	12	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.535100851	0.535100851	1	1.204335697	1.204335697	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000000003	1	1.14E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30967329	C	T	TAB3	CCDS14226.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	59	13	22	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.754629405	0.754629405	1	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.99E-18	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30974328	A	T	TAB3	CCDS14226.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	53	17	32.1	83	12	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.101072904	1.101072904	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.08E-26	1	1.70E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	31399304	C	G	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	34	5	14.7	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.504229648	0.504229648	1	1.291801418	1.291801418	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000000771	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	32239749	C	G	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	38	12	31.6	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.828272155	0.828272155	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.86E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33098877	T	C	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	52	16	30.8	57	15	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.807303239	0.807303239	1	1.769498818	0.884749409	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.33E-24	1	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33210281	A	C	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	60	11	18.3	78	23	29.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.479663938	0.479663938	1	1.984799054	0.992399527	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-14	1	3.16E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33236657	A	T	DMD	ENST00000288447	r.?	-	-	intronic	39	0	0	48	8	16.7	77	23	29.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.437726107	0.437726107	1	2.011711584	1.005855792	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.23E-10	1	2.24E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33368107	T	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	62	13	21	53	1	1.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.550434027	0.550434027	1	0.127834515	0.127834515	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	8.08E-18	1	0.233303855	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	34046399	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	56	38	67.9	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	1.779736687	1.494345461	1.190980756	2.119361702	1.059680851	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.07E-74	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	34150138	G	C	FAM47A	CCDS43926.1	r.291c>g	c.258C>G	p.P86P	silent	7	0	0	54	11	20.4	67	19	28.4	250	1	0.4	174	79	45.4	42	13	31	TRUE	TRUE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.53470734	0.53470734	1	1.910789598	0.955394799	2	1.189985944	0.999164712	1.190980756	2.08572104	1.04286052	2	6	8	3.84E-15	7.19E-132	3.67E-28	2.72E-20	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	34748123	T	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	60	38	63.3	55	22	40	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	1.659165423	1.393108508	1.190980756	2.691252955	1.345626478	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.62E-72	1	2.65E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	34810365	T	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	50	27	54	66	23	34.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	1.415401783	1.188433798	1.190980756	2.341390071	1.170695035	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.20E-49	1	3.38E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	34813480	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	56	14	25	63	26	41.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.655278603	0.655278603	1	2.778718676	1.389359338	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.91E-20	1	4.45E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	34831633	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	55	33	60	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	1.572668648	1.320481998	1.190980756	1.628208038	0.814104019	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.36E-61	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35922600	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	50	10	20	64	19	29.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.663275245	0.663275245	1	1.998255319	0.99912766	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.36E-14	1	1.34E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35964632	G	C	CXorf22	CCDS14237.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	59	12	20.3	78	20	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.673224374	0.673224374	1	1.722401891	0.861200946	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.20E-16	1	1.43E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	36048924	A	C	CXorf59	ENST00000449698	r.?	-	-	upstream	31	0	0	57	9	15.8	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.523987444	0.591246079	0.886242569	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.42E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	36105994	G	A	CXorf59	CCDS14238.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	55	13	23.6	63	18	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.78266479	0.78266479	1	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.46E-18	1	7.98E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	36273220	G	T	CXorf30	ENST00000378653	r.?	-	-	intronic	30	0	0	48	12	25	70	24	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.829094057	0.829094057	1	2.307749409	1.153874704	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-17	1	1.68E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	37040205	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	57	20	35.1	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	1.164048056	1.164048056	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.67E-32	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	37501251	C	T	LANCL3	CCDS14240.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	64	9	14.1	84	15	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.467609048	0.467609048	1	1.204335697	1.204335697	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.20E-11	1	3.27E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	37814810	G	C	ENSG00000250349	ENST00000465127	r.?	-	-	intronic	35	0	0	50	11	22	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.72960277	0.72960277	1	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-15	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	37861950	C	A	SYTL5	CCDS14244.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	61	17	27.9	81	17	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.925268967	0.925268967	1	1.412907801	1.412907801	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.33E-25	1	7.24E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	37981148	A	T	SYTL5	CCDS14244.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	65	38	58.5	74	19	25.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	1.940080093	1.028542206	1.886242569	1.729130024	0.864565012	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.62E-70	1	3.14E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	38140088	G	C	RPGR	CCDS35229.1	r.?	-	-	downstream	26	0	0	66	11	16.7	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.55383483	0.624924653	0.886242569	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.07E-14	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	38258239	C	T	OTC	CCDS14247.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	54	26	48.1	49	15	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	1.595176965	0.845690258	1.886242569	2.058808511	1.029404255	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-45	1	4.10E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	38956006	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	50	13	26	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.862257819	0.862257819	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.65E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	39143577	G	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	74	21	28.4	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.941850848	0.941850848	1	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	5.60E-31	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	39396095	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	39	12	30.8	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	1.021443878	1.021443878	1	1.991527187	0.995763593	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.43E-19	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	39994137	C	A	BCOR	CCDS14250.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	68	14	20.6	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.683173503	0.683173503	1	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.84E-19	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	40035600	C	T	BCOR	CCDS14250.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	57	13	22.8	92	27	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.75613378	0.75613378	1	1.97134279	0.985671395	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	1	7.54E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	40090625	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	37	9	24.3	79	20	25.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.805879423	0.805879423	1	1.702217494	0.851108747	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.14E-13	1	1.91E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	40300603	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	49	14	28.6	80	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.948483601	0.948483601	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.50E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	41525816	A	G	CASK	CCDS48095.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	64	16	25	84	23	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0.829094057	0.829094057	1	1.843508274	0.921754137	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.94E-23	1	2.25E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	41730031	G	T	CASK	CCDS48095.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	48	31	64.6	60	22	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	2.142379042	1.135791906	1.886242569	2.469224586	1.234612293	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.82E-59	1	2.81E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	41849776	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	60	16	26.7	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.134073706	1.134073706	1	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.86E-23	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	42034945	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	66	27	40.9	71	26	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.737214029	0.868607015	2	2.462496454	1.231248227	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.51E-44	1	2.11E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	42780004	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	63	30	47.6	67	26	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.021794322	1.010897161	2	2.610515366	1.305257683	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.83E-52	1	3.31E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	42973304	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	60	7	11.7	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.496953646	0.608018273	0.817333407	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.39E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	44407798	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	59	24	40.7	75	20	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.728719095	0.864359548	2	1.796411348	0.898205674	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-39	1	5.89E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	44633176	A	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	44	19	43.2	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.834905772	0.917452886	2	2.105905437	1.052952719	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.39E-32	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	45102716	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	63	16	25.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.078856634	1.078856634	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	45135358	C	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	68	27	39.7	70	14	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.686244424	0.843122212	2	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.16E-44	1	9.08E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	45521000	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	75	28	37.3	76	29	38.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.584305215	0.792152607	2	2.570146572	1.285073286	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.34E-45	1	1.22E-46	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	46313726	G	C	ZNF673	CCDS48097.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	66	31	47	65	15	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.99630952	0.99815476	2	1.554198582	0.777099291	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.52E-53	1	5.00E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	46653079	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	65	31	47.7	72	22	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.02604179	1.013020895	2	2.058808511	1.029404255	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-53	1	3.36E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	46929405	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	87	46	52.9	77	26	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.246910077	1.123455038	2	2.274108747	1.137054374	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.33E-81	1	2.70E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	46996921	G	A	NDUFB11	CCDS48100.1	r.?	-	-	downstream	17	0	0	47	18	38.3	77	14	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.626779886	0.813389943	2	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-29	1	3.82E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	47806420	C	T	ZNF81	ENST00000376950	r.?	-	-	intronic	31	0	0	49	25	51	72	22	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.166208203	1.083104101	2	2.058808511	1.029404255	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-44	1	3.36E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	47892350	A	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	62	12	19.4	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.82400861	0.82400861	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.19E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48184112	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	70	33	47.1	60	23	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.000556987	1.000278494	2	2.576874704	1.288437352	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.75E-57	1	2.33E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48292270	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	49	19	38.8	71	19	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.648017221	0.82400861	2	1.80313948	0.90156974	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.12E-31	1	1.29E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48338863	G	T	FTSJ1	CCDS14295.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	50	14	28	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.189290778	1.189290778	1	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.84E-21	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48339261	A	T	FTSJ1	CCDS14295.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	47	16	34	65	20	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.444138802	1.444138802	1	2.072264775	1.036132388	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.98E-25	1	2.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48404818	A	G	TBC1D25	CCDS35242.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	59	24	40.7	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.728719095	0.864359548	2	1.594567376	0.797283688	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-39	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48482926	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	53	10	18.9	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.802771275	0.802771275	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.57E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48645312	G	T	GATA1	CCDS14305.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	56	21	37.5	67	14	20.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.592800149	0.796400075	2	1.406179669	1.406179669	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.43E-34	1	4.66E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48985253	T	C	-	-	-	-	-	-	10	0	0	69	27	39.1	72	21	29.2	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.660759622	0.830379811	2	1.964614657	0.982307329	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	6.80E-44	1	2.89E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	49057787	T	A	CACNA1F	CCDS35253.1	r.?	-	-	downstream	23	0	0	80	17	21.2	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.900463018	0.900463018	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.75E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	49147301	T	C	PPP1R3F	CCDS35254.1	r.?	-	-	downstream	23	0	0	51	7	13.7	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.581902988	0.581902988	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.46E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	49589640	T	A	PAGE4	CCDS35274.1	r.?	-	-	upstream	42	0	0	77	39	50.6	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.149218334	1.074609167	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.06E-68	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	49613603	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	60	21	35	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.486613472	0.743306736	2	2.455768322	1.227884161	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.16E-33	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50086014	A	C	CCNB3	CCDS14331.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	80	36	45	72	20	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.911360179	0.955680089	2	1.870420804	0.935210402	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.50E-61	1	2.32E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50236403	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	68	9	13.2	49	1	2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.560665652	0.685969334	0.817333407	0.134562648	0.134562648	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.38E-11	1	0.217776325	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50273741	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	13	20.3	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.862235814	0.862235814	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.26E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50692600	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	56	13	23.2	64	16	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.985412359	0.985412359	1	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.89E-18	1	5.94E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51256312	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	70	32	45.7	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.941092448	0.970546224	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-54	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51281383	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	70	30	42.9	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.82216337	0.911081685	2	1.823323877	0.911661939	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.25E-50	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51446761	G	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	47	10	21.3	40	2	5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.904710485	0.904710485	1	0.336406619	0.336406619	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.27E-14	1	0.017193422	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51717425	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	63	15	23.8	57	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.010897161	1.010897161	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.97E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51840418	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	64	22	34.4	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.46112867	1.235452729	1.182666593	0.894841608	0.894841608	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.57E-34	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51918120	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	66	16	24.2	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.027887029	1.027887029	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.03E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	52084113	A	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	57	21	36.8	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.56306788	0.78153394	2	1.97134279	0.985671395	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.56E-34	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	52099793	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	63	16	25.4	52	4	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.078856634	1.078856634	1	0.518066194	0.518066194	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.48E-23	1	0.000139698	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	52612761	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	54	22	40.7	78	18	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.728719095	0.864359548	2	1.554198582	0.777099291	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.60E-36	1	6.10E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	53763291	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	71	42	59.2	65	17	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.514500502	1.257250251	2	1.762770686	0.881385343	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.35E-77	1	1.14E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	54096794	A	C	FAM120C	CCDS14356.1	r.6020u>g	c.?	p.?	3'UTR variant	26	0	0	57	26	45.6	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.936844981	0.968422491	2	2.052080378	1.026040189	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.57E-44	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	54172879	C	G	FAM120C	CCDS14356.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	75	18	24	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.019392095	1.019392095	1	1.648392435	0.824196217	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.78E-25	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	54706228	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	74	14	18.9	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.802771275	0.802771275	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.10E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	55340094	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	71	33	46.5	58	20	34.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.975072185	0.987536092	2	2.321205674	1.160602837	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-56	1	1.47E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	55513834	G	A	USP51	ENST00000500968	r.1622c>u	c.1539C>T	p.D513D	silent	28	0	0	67	20	29.9	58	25	43.1	102	0	0	74	20	27	32	12	37.5	TRUE	TRUE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.269992652	1.269992652	1	2.899825059	1.44991253	2	1.146816107	1.146816107	1	2.523049645	1.261524823	2	6	8	4.42E-30	4.34E-29	4.44E-42	5.03E-20	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	55576099	A	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	70	32	45.7	69	17	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.941092448	0.970546224	2	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-54	1	3.56E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56001303	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	72	30	41.7	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.771193766	0.885596883	2	1.480189125	1.480189125	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-49	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56012631	C	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	67	38	56.7	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.408313825	1.204156913	2	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.49E-69	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56486017	G	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	64	12	18.8	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.798523808	0.798523808	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.30E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56631726	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	75	32	42.7	73	22	30.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.813668436	0.906834218	2	2.025167849	1.012583924	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.95E-53	1	4.79E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56698578	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	35	54.7	74	24	32.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.323364484	1.161682242	2	2.179914894	1.089957447	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.51E-63	1	8.21E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56752450	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	60	13	21.7	65	8	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.921700353	0.921700353	1	0.827560284	0.827560284	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.07E-18	1	1.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56918957	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	68	27	39.7	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.686244424	0.843122212	2	2.099177305	1.049588652	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.16E-44	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57101399	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	62	30	48.4	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.055774059	1.027887029	2	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.60E-52	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57151299	C	T	SPIN2B	CCDS35311.1	r.?	-	-	upstream	33	0	0	60	13	21.7	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.921700353	0.921700353	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.07E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57194128	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	71	10	14.1	72	0	0	201	1	0.5	205	21	10.2	195	0	0	TRUE	TRUE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.598892856	0.73273997	0.817333407	0	0	1	0.433241641	0.433241641	1	0	0	1	5	6	3.42E-12	4.73E-21	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	57340279	C	T	FAAH2	CCDS14375.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	64	15	23.4	82	16	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.993907293	0.993907293	1	1.311985816	1.311985816	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.87E-21	1	4.67E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57427623	C	T	FAAH2	CCDS14375.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	84	30	35.7	85	29	34.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.516345742	0.758172871	2	2.294293144	1.147146572	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.88E-47	1	6.36E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57518301	G	C	FAAH2	CCDS14375.1	r.?	-	-	downstream	39	0	0	71	30	42.3	73	19	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.796678568	0.898339284	2	1.749314421	0.87465721	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.32E-50	1	2.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57766261	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	72	13	18.1	61	5	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.768791539	0.768791539	1	0.551706856	0.551706856	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.58E-17	1	0.0000147	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	57937585	C	A	ZXDA	CCDS14376.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	67	43	64.2	62	18	29	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.726873855	1.363436928	2	1.951158392	0.975579196	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.83E-82	1	5.72E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	58504678	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	77	19	24.7	47	2	4.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.049124365	1.049124365	1	0.289309693	0.289309693	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.35E-27	1	0.02328732	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	62665740	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	76	17	22.4	79	15	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.951432622	0.951432622	1	1.278345154	1.278345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.21E-23	1	1.22E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	63124996	A	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	62	27	43.5	78	27	34.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.847648173	0.923824086	2	2.327933806	1.163966903	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.76E-45	1	3.90E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	63435276	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	71	12	16.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.717821934	0.717821934	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.38E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	63913587	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	22	34.9	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.482366005	1.253409891	1.182666593	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-34	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64108301	C	T	-	-	-	-	-	-	48	0	0	82	35	42.7	66	15	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.813668436	0.906834218	2	1.527286052	1.527286052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.12E-58	1	6.45E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64196841	G	C	ZC4H2	CCDS14380.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	55	24	43.6	46	10	21.7	1	0	0	2	2	100	1	1	100	TRUE	TRUE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.85189564	0.92594782	2	1.460004728	1.460004728	1	4.247467064	2.123733532	2	6.728132388	6.728132388	1	6	8	1.28E-40	0.000025	3.38E-14	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64403474	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	76	28	36.8	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.56306788	0.78153394	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.47E-44	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64602012	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	60	23	38.3	58	18	31	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.626779886	0.813389943	2	2.08572104	1.04286052	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.33E-37	1	1.42E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64607593	T	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	56	13	23.2	67	9	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.985412359	0.985412359	1	0.90156974	0.90156974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.89E-18	1	6.43E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64607594	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	57	13	22.8	67	9	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.968422491	0.968422491	1	0.90156974	0.90156974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	1	6.43E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65089271	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	79	12	15.2	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.645614994	0.645614994	1	0.719910165	0.719910165	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.17E-15	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65243935	G	A	VSIG4	CCDS14383.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	79	18	22.8	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.968422491	0.968422491	1	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.86E-25	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65419080	C	T	HEPH	CCDS14384.2	r.?	-	-	intronic	44	0	0	86	31	36	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.529088143	0.764544072	2	2.428855792	1.214427896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.27E-49	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65538052	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	71	26	36.6	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.554572945	0.777286473	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.11E-41	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65666468	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	57	29	50.9	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.161960736	1.080980368	2	1.883877069	0.941938534	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.45E-51	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65781881	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	57	26	45.6	55	13	23.6	0	0	NA	1	0	0	1	0	0	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.936844981	0.968422491	2	1.587839243	1.587839243	1	0	NA	0	0	0	1	6	NA	1.57E-44	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65989081	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	54	20	37	62	19	30.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.571562814	0.785781407	2	2.058808511	1.029404255	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.61E-32	1	6.66E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66099305	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	65	29	44.6	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.894370311	0.947185155	2	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-49	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66162853	A	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	62	27	43.5	52	21	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.847648173	0.923824086	2	2.718165485	1.359082742	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.76E-45	1	7.89E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66163082	C	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	56	18	32.1	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.363436928	1.363436928	1	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.76E-28	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66248400	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	76	33	43.4	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.843400706	0.921700353	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.39E-55	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66351338	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	66	31	47	64	23	35.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.99630952	0.99815476	2	2.415399527	1.207699764	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.52E-53	1	1.44E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66617702	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	84	17	20.2	65	9	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.857988347	0.857988347	1	0.92848227	0.92848227	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.42E-22	1	4.85E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66622071	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	79	28	35.4	63	15	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.503603341	0.75180167	2	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.51E-44	1	2.97E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66932541	A	G	AR	CCDS14387.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	65	19	29.2	61	23	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.240260383	1.240260383	1	2.53650591	1.268252955	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.89E-28	1	3.73E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	67379127	G	A	OPHN1	CCDS14388.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	41	11	26.8	61	22	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.138321173	1.138321173	1	2.428855792	1.214427896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-16	1	4.38E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	67406701	T	A	OPHN1	CCDS14388.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	66	30	45.5	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.932597514	0.966298757	2	2.038624113	1.019312057	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.31E-51	1	3.11E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	67627109	G	C	OPHN1	CCDS14388.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	83	20	24.1	64	13	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.023639562	1.023639562	1	1.365810875	1.365810875	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.78E-28	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	67655236	T	C	OPHN1	CCDS14388.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	65	40	61.5	60	25	41.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.612192244	1.306096122	2	2.805631206	1.402815603	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.25E-75	1	1.31E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68171160	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	65	37	56.9	77	26	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.416808759	1.20840438	2	2.274108747	1.137054374	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-67	1	2.70E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68250938	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	79	33	41.8	52	15	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.775441233	0.887720616	2	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.74E-54	1	1.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68337913	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	60	23	38.3	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.626779886	0.813389943	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.33E-37	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68378751	A	C	PJA1	CCDS14393.1	r.?	-	-	downstream	27	0	0	61	32	52.5	47	15	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.229920209	1.114960104	2	2.146274232	1.073137116	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.41E-57	1	1.97E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68946769	C	T	EDA	CCDS14394.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	69	34	49.3	74	23	31.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.094001263	1.047000631	2	2.092449173	1.046224586	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.75E-59	1	7.70E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68978347	A	T	EDA	CCDS14394.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	55	17	30.9	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.312467323	1.312467323	1	2.200099291	1.100049645	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.35E-26	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	69116132	C	G	EDA	CCDS14394.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	55	27	49.1	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.085506328	1.042753164	2	1.97134279	0.985671395	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.49E-47	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	69621853	C	T	KIF4A	CCDS14401.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	61	30	49.2	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	2.089753796	1.044876898	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.86E-52	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70282892	A	T	SNX12	CCDS14405.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	66	13	19.7	45	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.836751012	0.836751012	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.95E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70330722	C	A	IL2RG	CCDS14406.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	64	25	39.1	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.660759622	0.830379811	2	1.554198582	1.554198582	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.90E-41	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70642051	G	T	TAF1	CCDS35325.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	58	18	31	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	1.31671479	1.31671479	1	1.991527187	0.995763593	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.42E-27	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70775220	C	G	OGT	CCDS14414.1	r.1126c>g	c.909C>G	p.L303L	silent	22	0	0	51	9	17.6	52	0	0	242	0	0	304	43	14.1	169	0	0	TRUE	TRUE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.747554203	0.747554203	1	0	0	1	0.598892856	0.598892856	1	0	0	1	5	6	4.92E-12	1.34E-47	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	72241519	G	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	38	13	34.2	73	15	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.416070822	1.416070822	1	1.379267139	1.379267139	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.88E-21	1	3.38E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	72550168	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	58	32	55.2	53	17	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.285587994	1.142793997	2	2.159730496	1.079865248	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.55E-58	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	72664707	C	A	CDX4	CCDS14424.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	68	12	17.6	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.728738201	0.728738201	1	1.123598109	1.123598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.37E-15	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	72731976	G	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	51	13	25.5	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.05584228	1.05584228	1	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	4.87E-19	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	72830183	C	T	CHIC1	CCDS35335.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	59	24	40.7	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.68520709	0.842603545	2	1.594567376	1.594567376	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-39	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73130534	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	50	6	12	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.496866955	0.699394648	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000206	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73554205	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	72	33	45.8	75	25	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.896375546	0.948187773	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.33E-56	1	1.23E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73640062	C	T	SLC16A2	CCDS14426.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	63	22	34.9	71	22	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.445054728	1.120566037	1.289575697	2.08572104	1.04286052	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-34	1	2.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73659056	T	C	SLC16A2	CCDS14426.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	70	10	14.3	49	4	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.592099788	0.833445289	0.710424303	0.551706856	0.551706856	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.95E-12	1	0.000110643	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73659071	T	C	SLC16A2	CCDS14426.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	71	7	9.9	58	3	5.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.409915238	0.577000585	0.710424303	0.349862884	0.349862884	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.85E-08	1	0.003141421	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73669109	A	G	SLC16A2	CCDS14426.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	52	22	42.3	52	16	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.751456017	0.875728009	2	2.072264775	1.036132388	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.59E-37	1	1.33E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	74228841	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	78	13	16.7	74	7	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.691473179	0.691473179	1	0.639172577	0.639172577	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.99E-16	1	0.000000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	74755842	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	54	20	37	69	25	36.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.532006445	1.187992647	1.289575697	2.435583924	1.217791962	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.61E-32	1	1.00E-39	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	74815125	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	95	27	28.4	56	13	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.175918461	1.175918461	1	1.560926714	1.560926714	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.05E-39	1	1.89E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	74945275	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	71	35	49.3	61	14	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.041295074	1.020647537	2	1.547470449	1.547470449	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.40E-61	1	1.10E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	75698610	C	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	85	38	44.7	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.850829408	0.925414704	2	1.150510638	1.150510638	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.02E-64	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	75814065	C	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	54	19	35.2	75	20	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.457476402	1.13019841	1.289575697	1.796411348	0.898205674	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.97E-30	1	5.89E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	76589034	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	66	12	18.2	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.753581549	0.753581549	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.36E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	76592033	T	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	16	25.8	69	12	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.068263954	1.068263954	1	1.170695035	1.170695035	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.36E-23	1	1.65E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	76635015	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	72	30	41.7	66	17	25.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.726612669	0.863306335	2	1.735858156	0.867929078	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-49	1	1.52E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	77098365	A	T	MAGT1	CCDS14436.2	r.?	-	-	intronic	17	0	0	57	21	36.8	67	16	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.523725329	1.181571065	1.289575697	1.608023641	0.80401182	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.56E-34	1	1.35E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	77363157	G	A	PGK1	CCDS14438.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	72	21	29.2	69	22	31.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.209042924	1.209042924	1	2.146274232	1.073137116	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.89E-31	1	1.12E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	77730017	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	73	32	43.8	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.813564387	0.906782193	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.69E-54	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	77779006	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	53	16	30.2	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.250448504	1.250448504	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.90E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78008865	A	G	LPAR4	CCDS14441.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	68	13	19.1	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.79084657	0.79084657	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.96E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78391075	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	60	14	23.3	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.964750005	0.964750005	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.54E-20	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78645389	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	55	20	36.4	82	8	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.507163098	1.168727901	1.289575697	0.659356974	0.659356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.08E-32	1	0.00000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78735255	C	T	-	-	-	-	-	-	54	0	0	70	17	24.3	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.006155584	1.006155584	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.68E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78874437	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	59	13	22	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.910922751	0.910922751	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.99E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78888764	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	63	14	22.2	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.919203867	0.919203867	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.81E-19	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78964935	A	G	-	-	-	-	-	-	47	0	0	84	17	20.2	77	10	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.836392708	0.836392708	1	0.87465721	0.87465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.42E-22	1	7.90E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79193653	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	27	45	68	19	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.863251082	0.931625541	2	1.877148936	0.938574468	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.59E-46	1	5.06E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79363564	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	69	17	24.6	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.018577258	1.018577258	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.56E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79412395	C	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	49	23	46.9	58	22	37.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.941921683	0.970960842	2	2.549962175	1.274981087	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.14E-40	1	1.13E-35	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79477272	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	67	32	47.8	52	17	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.979186705	0.989593353	2	2.200099291	1.100049645	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.63E-55	1	1.42E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79598129	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	71	24	33.8	75	9	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.399508591	1.085247337	1.289575697	0.807375887	0.807375887	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.52E-37	1	1.82E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79670029	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	70	33	47.1	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.950202799	0.9751014	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.75E-57	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79689115	T	A	FAM46D	CCDS14446.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	64	29	45.3	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.875672756	0.937836378	2	1.957886525	0.978943262	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.18E-49	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	79840852	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	27	42.9	61	17	27.9	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.776299365	0.888149682	2	1.877148936	0.938574468	2	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.06E-45	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	80047629	C	A	BRWD3	CCDS14447.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	82	31	37.8	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.565130909	1.213678974	1.289575697	1.823323877	0.911661939	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.35E-49	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	80359565	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	73	17	23.3	69	8	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.964750005	0.964750005	1	0.780463357	0.780463357	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-23	1	2.49E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	80783544	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	10	18.2	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.753581549	0.753581549	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.33E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81013688	A	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	78	26	33.3	75	19	25.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.378805801	1.069193382	1.289575697	1.702217494	0.851108747	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.04E-40	1	4.19E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81114351	T	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	55	24	43.6	66	15	22.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.805283271	0.902641635	2	1.527286052	1.527286052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.28E-40	1	6.45E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81266468	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	74	33	44.6	56	13	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	1.560926714	1.560926714	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-55	1	1.89E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81427728	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	58	27	46.6	69	27	39.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.92950001	0.964750005	2	2.630699764	1.315349882	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-46	1	6.80E-44	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81461682	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	70	13	18.6	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.770143781	0.770143781	1	1.096685579	1.096685579	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.44E-17	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81530998	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	67	11	16.4	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.679051505	0.679051505	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.85E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81773967	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	5	10.9	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.451320818	0.635283472	0.710424303	1.298529551	1.298529551	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.00000361	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81953133	C	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	64	28	43.8	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.813564387	0.906782193	2	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.50E-47	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	82096131	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	64	32	50	69	26	37.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.07027898	1.03513949	2	2.53650591	1.268252955	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.65E-56	1	8.50E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	82321316	C	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	58	21	36.2	63	15	23.8	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.498881982	1.162306319	1.289575697	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-33	1	2.97E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	82464721	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	54	19	35.2	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.457476402	1.13019841	1.289575697	1.190879433	1.190879433	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.97E-30	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	82554450	T	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	60	10	16.7	61	4	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.691473179	0.691473179	1	0.444056738	0.444056738	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.86E-13	1	0.000259828	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83162614	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	69	23	33.3	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.378805801	1.378805801	1	1.278345154	1.278345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.15E-35	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83235986	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	62	24	38.7	63	15	23.8	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.602395931	0.801197965	2	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	0	6.728132388	6.728132388	1	6	NA	4.81E-39	1	2.97E-21	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83324822	C	T	RPS6KA6	CCDS14451.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	59	7	11.9	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.492726397	0.693566359	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.12E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83376307	G	C	RPS6KA6	CCDS14451.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	60	15	25	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.03513949	1.03513949	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.31E-21	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83490945	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	64	13	20.3	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.840533266	0.840533266	1	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-17	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83575196	G	T	HDX	CCDS35342.1	r.3886c>a	c.?	p.?	3'UTR variant	38	0	0	60	28	46.7	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.933640567	0.966820284	2	1.567654846	0.783827423	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.31E-48	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	84093201	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	69	16	23.2	52	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.960609447	0.960609447	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.27E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	84197265	G	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	43	19	44.2	65	18	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.830126618	0.915063309	2	1.863692671	0.931846336	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.36E-32	1	1.52E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85074757	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	58	24	41.4	78	21	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.714190996	0.857095498	2	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.49E-40	1	1.99E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85391888	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	63	29	46	49	17	34.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.904656662	0.952328331	2	2.334661939	1.167330969	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-49	1	4.26E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85489908	G	T	DACH2	CCDS48140.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	48	22	45.8	50	18	36	3	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.896375546	0.948187773	2	2.42212766	1.21106383	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.76E-38	1	5.92E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85586662	C	G	DACH2	CCDS48140.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	82	30	36.6	60	19	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.515444213	1.175149483	1.289575697	2.132817967	1.066408983	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.61E-47	1	3.21E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85725560	A	T	DACH2	CCDS48140.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	67	23	34.3	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.42021138	1.101301291	1.289575697	1.157238771	1.157238771	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.12E-36	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86264535	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	64	21	32.8	65	18	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.358103011	1.358103011	1	1.863692671	0.931846336	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.60E-32	1	1.52E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86405907	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	47	24	51.1	71	19	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.115825118	1.057912559	2	1.80313948	0.90156974	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.60E-43	1	1.29E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86433220	T	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	83	24	28.9	62	10	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.196621251	1.196621251	1	1.083229314	1.083229314	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.06E-35	1	8.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86456763	T	A	-	-	-	-	-	-	46	0	0	89	38	42.7	68	18	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.768018249	0.884009125	2	1.782955083	0.891477541	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.77E-63	1	3.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86690183	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	72	9	12.5	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.517569745	0.728536092	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.25E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86944181	C	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	63	16	25.4	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.051701722	1.051701722	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.48E-23	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	87022712	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	67	31	46.3	58	16	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.917078336	0.958539168	2	1.856964539	0.92848227	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.66E-53	1	1.00E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	87479304	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	56	9	16.1	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.666629832	0.666629832	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.20E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	87963410	T	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	48	14	29.2	65	20	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.209042924	1.209042924	1	2.072264775	1.036132388	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.51E-21	1	2.18E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88002536	A	T	CPXCR1	CCDS14458.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	65	10	15.4	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.637645926	0.637645926	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.36E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88078930	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	72	29	40.3	76	21	27.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.668644858	0.834322429	2	1.856964539	0.92848227	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.73E-47	1	1.07E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88196152	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	70	29	41.4	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.714190996	0.857095498	2	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.18E-48	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88686872	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	52	25	48.1	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.991608379	0.995804189	2	2.738349882	1.369174941	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-43	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88691323	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	23	52.3	56	12	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.165511813	1.082755907	2	1.439820331	1.439820331	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.17E-41	1	1.11E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	88784211	A	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	71	28	39.4	77	25	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.631379836	0.815689918	2	2.186643026	1.093321513	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.40E-45	1	2.69E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	89972182	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	40	19	47.5	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.966765031	0.983382516	2	1.567654846	0.783827423	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.27E-33	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	89987639	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	63	10	15.9	40	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.658348716	0.658348716	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.81E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90308771	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	57	16	28.1	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.163496787	1.163496787	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.28E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90311789	C	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	71	37	52.1	71	16	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.157230697	1.078615349	2	1.513829787	1.513829787	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.29E-65	1	3.77E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90348553	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	65	5	7.7	62	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.318822963	0.448778232	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000201	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90456262	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	10	25.6	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.059982838	1.059982838	1	1.083229314	1.083229314	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.44E-15	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90519669	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	65	11	16.9	69	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.699754295	0.699754295	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.41E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90525804	A	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	69	11	15.9	81	14	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.658348716	0.658348716	1	1.163966903	1.163966903	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.82E-14	1	8.14E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90790263	A	C	-	-	-	-	-	-	13	0	0	37	6	16.2	30	5	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.67077039	0.67077039	1	1.123598109	1.123598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.18E-08	1	0.000000401	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	91526028	G	A	PCDH11X	CCDS14461.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	59	30	50.8	64	18	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.103403444	1.051701722	2	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.78E-53	1	1.10E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	91764922	C	G	PCDH11X	CCDS14461.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	69	24	34.8	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.44091417	1.117355246	1.289575697	0.726638298	0.726638298	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.11E-37	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	92474318	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	66	13	19.7	73	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.815689918	0.815689918	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.95E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	92480342	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	48	8	16.7	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.691473179	0.691473179	1	0.854472813	0.854472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.23E-10	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	92822525	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	85	27	31.8	51	17	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.316697431	1.316697431	1	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.20E-41	1	9.59E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	93441827	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	51	25	49	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.028873401	1.0144367	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.52E-44	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	93514477	G	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	53	11	20.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.861236056	0.861236056	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.07E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	93996921	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	62	11	17.7	79	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.732878759	0.732878759	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.96E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	94606972	T	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	68	28	41.2	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.70590988	0.85295494	2	1.957886525	0.978943262	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.06E-46	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	94732835	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	75	20	26.7	70	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.105528975	1.105528975	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.89E-29	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	94765367	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	67	14	20.9	77	11	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.865376614	0.865376614	1	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.66E-19	1	2.41E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	94892833	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	62	30	48.4	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.004030053	1.002015026	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.60E-52	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	95636859	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	71	14	19.7	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.815689918	0.815689918	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.13E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	95648892	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	60	26	43.3	56	19	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.792861597	0.896430798	2	2.280836879	1.14041844	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.84E-44	1	6.79E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96119667	T	G	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	71	12	16.9	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.699754295	0.699754295	1	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.38E-15	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96316785	C	T	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	38	7	18.4	42	5	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.761862665	0.761862665	1	0.800647754	0.800647754	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.61E-10	1	0.00000228	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96436040	G	T	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	73	26	35.6	73	18	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.474038634	1.143041574	1.289575697	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.09E-41	1	1.62E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96676450	G	A	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	59	7	11.9	75	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.492726397	0.693566359	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.12E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96808283	T	A	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	59	5	8.5	56	1	1.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.351947427	0.495404542	0.710424303	0.121106383	0.121106383	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000125	1	0.244746891	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97237691	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	67	23	34.3	70	22	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.42021138	1.101301291	1.289575697	2.11263357	1.056316785	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.12E-36	1	1.63E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97297949	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	68	25	36.8	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.523725329	1.181571065	1.289575697	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.41E-40	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97476845	C	T	-	-	-	-	-	-	46	0	0	65	29	44.6	95	20	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-49	1	1.14E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97552839	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	80	11	13.8	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.571396999	0.804303845	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.73E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97711530	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	59	34	57.6	67	23	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.384961385	1.192480693	2	2.307749409	1.153874704	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.56E-62	1	5.12E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97833606	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	56	25	44.6	54	22	40.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	2.738349882	1.369174941	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.43E-42	1	1.60E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	97901987	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	70	12	17.1	61	3	4.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.708035411	0.708035411	1	0.329678487	0.329678487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.99E-15	1	0.003623631	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98122785	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	58	10	17.2	70	6	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.712175969	0.712175969	1	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.10E-13	1	0.00000156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98620276	T	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	46	31	67.4	71	15	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.790736065	1.395368033	2	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.22E-60	1	2.15E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98699754	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	62	5	8.1	61	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.335385195	0.472091387	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000016	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98743275	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	60	13	21.7	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.898501077	0.898501077	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.07E-18	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98791899	G	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	76	45	59.2	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.451210313	1.225605156	2	2.314477541	1.157238771	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.68E-83	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98855727	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	63	30	47.6	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.970905589	0.985452795	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.83E-52	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98858043	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	55	23	41.8	59	18	30.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.730753227	0.865376614	2	2.052080378	1.026040189	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.91E-38	1	2.03E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98909759	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	68	5	7.4	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.306401289	0.306401289	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000251	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	99190177	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	71	29	40.8	67	18	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.689347648	0.844673824	2	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.04E-47	1	2.83E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	99481021	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	87	10	11.5	67	4	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.476164165	0.670253204	0.710424303	0.403687943	0.403687943	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.75E-11	1	0.000372648	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	99630653	T	C	PCDH19	CCDS43976.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	71	34	47.9	60	16	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.983327263	0.991663632	2	1.796411348	0.898205674	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.02E-58	1	1.86E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	99925768	A	G	SYTL4	CCDS14472.1	r.?	-	-	downstream	31	0	0	63	19	30.2	69	13	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.250448504	1.250448504	1	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.48E-29	1	3.64E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	100446388	G	A	-	-	-	-	-	-	10	0	0	45	25	55.6	72	26	36.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.302150226	1.151075113	2	2.428855792	1.214427896	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.58E-46	1	3.29E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	100976646	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	61	20	32.8	76	13	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.358103011	1.358103011	1	1.150510638	1.150510638	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.89E-31	1	1.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	101209327	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	61	25	41	82	29	35.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.697628764	0.848814382	2	2.381758865	1.190879433	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.20E-41	1	1.81E-45	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	101360105	C	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	70	21	30	48	3	6.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.242167388	1.242167388	1	0.417144208	0.417144208	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.45E-31	1	0.001827434	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	101593276	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	54	20	37	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.532006445	1.187992647	1.289575697	1.244704492	1.244704492	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.61E-32	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	101935592	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	80	20	25	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.03513949	1.03513949	1	1.244704492	1.244704492	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.53E-28	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	102000085	A	C	BHLHB9	CCDS14502.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	70	22	31.4	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.3001352	1.3001352	1	1.581111111	1.581111111	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.63E-33	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	102650014	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	67	23	34.3	71	22	31	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.42021138	1.101301291	1.289575697	2.08572104	1.04286052	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.12E-36	1	2.34E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	102756454	G	C	RAB40A	CCDS35357.1	r.1350c>g	c.?	p.?	5'UTR variant	41	0	0	64	11	17.2	68	13	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.712175969	0.712175969	1	1.285073286	1.285073286	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.85E-14	1	2.96E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	102869598	G	C	TCEAL3	CCDS14511.1	r.?	-	-	downstream	32	0	0	72	29	40.3	65	14	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.668644858	0.834322429	2	1.446548463	1.446548463	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.73E-47	1	2.93E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	102909563	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	77	27	35.1	71	12	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.453335844	1.126987619	1.289575697	1.137054374	1.137054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-42	1	2.38E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103010568	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	83	18	21.7	78	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.898501077	0.898501077	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.09E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103495020	C	T	ESX1	CCDS14516.1	r.1194g>a	c.1110G>A	p.P370P	silent	10	0	0	54	20	37	80	15	18.8	78	0	0	92	36	39.1	31	6	19.4	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.532006445	1.187992647	1.289575697	1.264888889	1.264888889	1	1.618958162	0.809479081	2	1.305257683	1.305257683	1	6	8	2.61E-32	5.21E-58	1.49E-19	1.03E-08	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	103495074	C	T	ESX1	CCDS14516.1	r.1140g>a	c.1056G>A	p.P352P	silent	8	0	0	48	9	18.8	72	7	9.7	41	0	0	54	0	0	17	0	0	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.778424897	0.778424897	1	0.652628842	0.652628842	1	0	NA	0	0	0	1	6	NA	2.75E-12	1	8.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103517327	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	75	16	21.3	61	0	0	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.881938846	0.881938846	1	0	0	1	0	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.88E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103669719	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	62	25	40.3	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.668644858	0.834322429	2	1.749314421	0.87465721	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.68E-41	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103686420	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	49	16	32.7	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.353962453	1.353962453	1	1.567654846	0.783827423	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.37E-25	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	103844898	A	T	IL1RAPL2	CCDS14517.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	43	20	46.5	66	13	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.925359452	0.962679726	2	1.32544208	1.32544208	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.21E-35	1	1.95E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	104271696	A	C	IL1RAPL2	CCDS14517.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	65	29	44.6	76	17	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	1.507101655	0.753550827	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.92E-49	1	2.21E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	104318440	C	A	IL1RAPL2	CCDS14517.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	65	32	49.2	63	25	39.7	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.037154516	1.018577258	2	2.671068558	1.335534279	2	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.16E-56	1	6.06E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105148411	C	T	-	-	-	-	-	-	40	1	2.5	72	27	37.5	68	21	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.552709235	1.204046601	1.289575697	2.078992908	1.039496454	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.82E-43	1	7.15E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105374004	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	72	34	47.2	48	13	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.954343357	0.977171679	2	1.823323877	0.911661939	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.92E-58	1	2.00E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105521960	T	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	62	25	40.3	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.668644858	0.834322429	2	2.361574468	1.180787234	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.68E-41	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105574603	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	78	14	17.9	81	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.741159875	0.741159875	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.63E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105644802	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	60	32	53.3	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.206917393	1.103458696	2	1.957886525	0.978943262	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.11E-57	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	105696569	A	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	67	30	44.8	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.854969966	0.927484983	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.78E-51	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106018333	G	A	RNF128	CCDS14521.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	65	23	35.4	73	21	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.465757518	1.136619992	1.289575697	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.21E-36	1	4.03E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106210042	G	T	MORC4	CCDS14525.2	r.?	-	-	intronic	20	0	0	61	16	26.2	54	14	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.084826186	1.084826186	1	1.742586288	0.871293144	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.50E-23	1	1.64E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106443720	G	T	NUP62CL	CCDS14527.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	61	13	21.3	48	4	8.3	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.881938846	0.881938846	1	0.558434988	0.558434988	1	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.41E-18	1	0.000102016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106677202	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	61	24	39.3	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.627239278	0.813619639	2	1.621479905	0.810739953	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.97E-39	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106937909	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	74	19	25.7	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.064123396	1.064123396	1	0.814104019	0.814104019	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.14E-27	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	106965263	C	A	TSC22D3	CCDS14530.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	60	25	41.7	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.726612669	0.863306335	2	2.105905437	1.052952719	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.31E-41	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	107164726	C	G	MID2	CCDS14532.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	64	13	20.3	51	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.840533266	0.840533266	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.26E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	107867492	G	T	COL4A5	CCDS35366.1	r.3188g>u	c.2944G>T	p.G982C	missense	25	0	0	76	34	44.7	68	12	17.6	99	0	0	132	31	23.5	97	16	16.5	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.850829408	0.925414704	2	1.1841513	1.1841513	1	0.973031121	0.973031121	1	1.110141844	1.110141844	1	6	8	2.16E-57	4.11E-42	1.37E-15	8.26E-20	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	107886866	G	C	COL4A5	CCDS35366.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	59	14	23.7	58	17	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.981312237	0.981312237	1	1.97134279	0.985671395	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.58E-20	1	1.24E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	108121587	T	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	58	25	43.1	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.784580481	0.89229024	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.44E-42	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	108201604	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	61	11	18	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.745300433	0.745300433	1	1.036132388	1.036132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.62E-14	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	108510710	C	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	69	23	33.3	78	0	0	191	0	0	172	36	20.9	140	0	0	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.378805801	1.378805801	1	0	0	1	0.865376614	0.865376614	1	0	0	1	5	7	1.15E-35	1.18E-46	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	108676030	C	T	GUCY2F	CCDS14545.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	70	24	34.3	71	24	33.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.42021138	1.101301291	1.289575697	2.274108747	1.137054374	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-37	1	2.52E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109017189	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	54	18	33.3	46	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.378805801	1.378805801	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	3.12E-28	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109117079	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	12	19	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.786706012	0.786706012	1	1.143782506	1.143782506	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.15E-16	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109332503	G	A	TMEM164	CCDS14550.2	r.?	-	-	intronic	21	0	0	72	7	9.7	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.401634122	0.565344007	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	8.66E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109381918	T	C	TMEM164	CCDS14550.2	r.?	-	-	intronic	36	0	0	72	33	45.8	76	27	35.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.896375546	0.948187773	2	2.388486998	1.194243499	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.33E-56	1	1.67E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109418571	C	A	TMEM164	CCDS14550.2	r.3122c>a	c.?	p.?	3'UTR variant	16	0	0	72	30	41.7	69	17	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.726612669	0.863306335	2	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-49	1	3.56E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109644876	A	C	AMMECR1	ENST00000372057	r.?	-	-	intronic	29	0	0	71	19	26.8	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.109669533	1.109669533	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.29E-27	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109999151	C	A	CHRDL1	CCDS48149.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	74	33	44.6	73	18	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	1.6618487	0.83092435	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.09E-55	1	1.62E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	110001209	C	A	CHRDL1	CCDS48149.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	58	14	24.1	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.997874468	0.997874468	1	0.867929078	0.867929078	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.04E-20	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	110348771	C	A	PAK3	CCDS48153.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	79	28	35.4	81	19	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.465757518	1.136619992	1.289575697	1.581111111	0.790555556	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.51E-44	1	2.15E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	110843045	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	44	17	38.6	65	21	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.598255373	0.799127686	2	2.173186761	1.086593381	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.61E-28	1	2.35E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	111268748	T	A	TRPC5	CCDS14561.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	67	8	11.9	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.492726397	0.693566359	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.96E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	111268749	T	G	TRPC5	CCDS14561.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	69	10	14.5	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.600380904	0.845101866	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.54E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	111720512	T	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	61	26	42.6	63	19	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.763877691	0.881938846	2	2.031895981	1.015947991	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.53E-43	1	9.48E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	112043928	G	T	AMOT	CCDS48154.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	58	21	36.2	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.498881982	1.162306319	1.289575697	1.877148936	0.938574468	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-33	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	112161446	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	9	17.3	49	3	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.716316527	0.716316527	1	0.410416076	0.410416076	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.92E-12	1	0.001939399	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	112301389	G	T	-	-	-	-	-	-	17	0	0	81	36	44.4	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.838407734	0.919203867	2	1.581111111	1.581111111	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-60	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	112782987	T	G	-	-	-	-	-	-	47	0	0	51	24	47.1	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.950202799	0.9751014	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.20E-41	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	113193020	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	57	6	10.5	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.434758586	0.611970317	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000456	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	113430916	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	54	17	31.5	60	17	28.3	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.304275758	1.304275758	1	1.904061466	0.952030733	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.02E-26	1	2.41E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	114476066	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	72	31	43.1	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.784580481	0.89229024	2	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.50E-52	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	114878030	C	T	PLS3	CCDS14568.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	59	11	18.6	67	0	0	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.770143781	0.770143781	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.10E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	114912247	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	60	22	36.7	57	17	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.519584771	1.178360274	1.289575697	2.004983452	1.002491726	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.81E-35	1	8.82E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	115095564	T	C	-	-	-	-	-	-	18	0	0	64	26	40.6	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.681066532	0.840533266	2	1.029404255	1.029404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.46E-43	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	115542979	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	59	14	23.7	69	10	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.981312237	0.981312237	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.58E-20	1	2.54E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	115810321	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	74	30	40.5	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.676925974	0.838462987	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.53E-49	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	115932230	G	A	-	-	-	-	-	-	45	0	0	69	13	18.8	60	11	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.778424897	0.778424897	1	1.231248227	1.231248227	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.64E-17	1	1.34E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	116173668	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	28	45.9	54	18	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.900516104	0.950258052	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.09E-48	1	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	116392041	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	73	18	24.7	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.022717816	1.022717816	1	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.62E-25	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	116497943	C	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	26	45.6	52	19	36.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.88809443	0.944047215	2	2.455768322	1.227884161	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.57E-44	1	1.24E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	116941988	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	64	23	35.9	72	19	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.486460308	1.152673946	1.289575697	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-36	1	1.75E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	116977769	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	64	19	29.7	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.229745714	1.229745714	1	1.123598109	1.123598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-28	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	117860586	C	T	IL13RA1	CCDS14573.1	r.?	-	-	upstream	26	0	0	72	32	44.4	61	14	23	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.838407734	0.919203867	2	1.547470449	1.547470449	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.47E-54	1	1.10E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	117905442	T	C	IL13RA1	CCDS14573.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	57	26	45.6	57	15	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.88809443	0.944047215	2	1.769498818	0.884749409	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.57E-44	1	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	118038422	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	63	6	9.5	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.393353006	0.55368743	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000832	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	118056238	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	72	33	45.8	67	19	28.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.896375546	0.948187773	2	1.910789598	0.955394799	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.33E-56	1	3.67E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	118605036	T	A	SLC25A5	CCDS14578.1	r.1028u>a	c.?	p.?	3'UTR variant	35	0	0	65	11	16.9	78	10	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.699754295	0.699754295	1	0.861200946	0.861200946	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.41E-14	1	9.02E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	118921670	G	A	RPL39	CCDS14586.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	66	33	50	55	25	45.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.07027898	1.03513949	2	3.061300236	1.530650118	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.16E-58	1	7.96E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	120502577	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	77	12	15.6	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.645927042	0.645927042	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	6.64E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	121087090	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	58	8	13.8	69	8	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.571396999	0.804303845	0.710424303	0.780463357	0.780463357	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.99E-10	1	2.49E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	121160329	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	65	18	27.7	68	16	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.146934555	1.146934555	1	1.581111111	0.790555556	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.52E-26	1	1.75E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	121645370	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	68	29	42.6	84	25	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.763877691	0.881938846	2	2.004983452	1.002491726	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.12E-48	1	3.46E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	121919291	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	75	41	54.7	67	26	38.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.264885204	1.132442602	2	2.610515366	1.305257683	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.67E-74	1	3.31E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	121920291	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	56	23	41.1	68	25	36.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.701769322	0.850884661	2	2.475952719	1.237976359	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.22E-38	1	6.41E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	122410969	A	C	GRIA3	ENST00000264357	r.?	-	-	intronic	24	0	0	63	22	34.9	63	9	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.445054728	1.120566037	1.289575697	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-34	1	3.62E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123007695	A	T	XIAP	CCDS14606.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	73	11	15.1	60	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.625224252	0.880071599	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.31E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123106285	T	A	STAG2	CCDS14607.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	49	12	24.5	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.0144367	1.0144367	1	1.991527187	0.995763593	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.90E-17	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123187247	G	A	STAG2	CCDS14607.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	69	15	21.7	64	13	20.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.898501077	0.898501077	1	1.365810875	1.365810875	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-20	1	1.26E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123187265	C	A	STAG2	CCDS14607.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	76	18	23.7	64	12	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.981312237	0.981312237	1	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.63E-25	1	6.30E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123624277	C	T	ODZ1	CCDS14609.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	58	26	44.8	50	14	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.854969966	0.927484983	2	1.883877069	0.941938534	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.83E-44	1	4.84E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	123786889	G	T	ODZ1	CCDS14609.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	60	29	48.3	78	19	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.999889495	0.999944747	2	1.641664303	0.820832151	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.83E-50	1	9.67E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124146564	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	52	18	34.6	72	16	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.432633054	1.432633054	1	1.49364539	1.49364539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.39E-28	1	4.82E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124159475	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	58	24	41.4	68	19	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.714190996	0.857095498	2	1.877148936	0.938574468	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.49E-40	1	5.06E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124304545	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	80	9	11.2	54	0	0	272	0	0	531	25	4.7	277	0	0	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.463742492	0.652768338	0.710424303	0	0	1	0.194606224	0.194606224	1	0	0	1	5	3	3.29E-10	1.27E-16	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	124459385	C	A	ENSG00000230242	ENST00000419530	r.?	-	-	downstream	38	0	0	73	23	31.5	73	14	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.304275758	1.304275758	1	1.291801418	1.291801418	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.33E-35	1	1.71E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124719952	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	77	15	19.5	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.807408802	0.807408802	1	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.05E-20	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124733461	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	23	41.8	66	22	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.730753227	0.865376614	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.91E-38	1	3.52E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124977864	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	49	21	42.9	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.776299365	0.888149682	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.63E-35	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124986639	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	58	23	39.7	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.64380151	0.821900755	2	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.87E-38	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	125335084	G	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	65	27	41.5	80	26	32.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.718331554	0.859165777	2	2.186643026	1.093321513	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.98E-45	1	8.83E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	125435335	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	67	26	38.8	79	31	39.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.606536489	0.803268244	2	2.637427896	1.318713948	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.31E-42	1	3.23E-50	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	125518113	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	63	19	30.2	68	19	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.250448504	1.250448504	1	1.877148936	0.938574468	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.48E-29	1	5.06E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	125686242	C	A	DCAF12L1	CCDS14610.1	r.593g>u	c.350G>T	p.C117F	missense	10	0	0	40	12	30	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.242167388	1.242167388	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.20E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126015795	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	63	23	36.5	59	20	33.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.511303656	1.171938692	1.289575697	2.280836879	1.14041844	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.25E-37	1	2.21E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126020843	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	54	35	64.8	67	21	31.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.683081558	1.341540779	2	2.105905437	1.052952719	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.87E-67	1	4.96E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126259738	C	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	57	11	19.3	72	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.799127686	0.799127686	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	7.29E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126295880	T	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	51	4	7.8	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.322963521	0.454606521	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000129466	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126467196	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	56	13	23.2	82	12	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.960609447	0.960609447	1	0.982307329	0.982307329	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.89E-18	1	1.46E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126670440	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	73	29	39.7	61	11	18	159	0	0	249	118	47.4	108	47	43.5	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.64380151	0.821900755	2	1.21106383	1.21106383	1	1.962624473	0.981312237	2	2.926737589	1.463368794	2	6	9	2.86E-47	5.11E-199	1.62E-14	5.32E-78	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	126670456	T	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	78	29	37.2	61	15	24.6	164	0	0	240	111	46.2	108	50	46.3	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.540287561	1.194414229	1.289575697	1.655120567	0.827560284	2	1.912937778	0.956468889	2	3.115125296	1.557562648	2	6	9	3.09E-46	9.41E-186	1.73E-21	1.24E-84	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	126743469	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	67	10	14.9	49	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.616943136	0.616943136	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.87E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126910532	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	62	25	40.3	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.668644858	0.834322429	2	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.68E-41	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126934250	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	41	22	53.7	53	16	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.223479625	1.111739812	2	2.031895981	1.015947991	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.33E-40	1	1.90E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	127181020	G	A	ACTRT1	CCDS14611.1	r.?	-	-	downstream	22	0	0	54	28	51.9	55	16	29.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.148949581	1.074474791	2	1.957886525	0.978943262	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.17E-50	1	3.78E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	127181021	C	A	ACTRT1	CCDS14611.1	r.?	-	-	downstream	22	0	0	52	24	46.2	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.912937778	0.956468889	2	1.77622695	0.888113475	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.22E-41	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	127786611	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	82	24	29.3	63	15	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.213183482	1.213183482	1	1.601295508	0.800647754	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.47E-35	1	2.97E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	127926561	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	45	9	20	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.828111592	0.828111592	1	1.21106383	1.21106383	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.47E-12	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	128023275	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	59	18	30.5	76	30	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.262870178	1.262870178	1	2.657612293	1.328806147	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.03E-27	1	9.63E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	128472602	G	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	47	8	17	43	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.703894853	0.703894853	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.03E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	128496682	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	67	26	38.8	69	16	23.2	196	0	0	337	67	19.9	132	23	17.4	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.606536489	0.803268244	2	1.560926714	0.780463357	2	0.823971034	1.159829458	0.710424303	1.170695035	1.170695035	1	6	8	3.31E-42	9.63E-84	2.27E-22	2.12E-28	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	128496690	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	66	25	37.9	63	14	22.2	203	1	0.5	330	63	19.1	130	22	16.9	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.569271467	0.784635733	2	1.49364539	1.49364539	1	0.79084657	1.113203148	0.710424303	1.137054374	1.137054374	1	6	8	2.57E-40	1.21E-77	1.81E-19	6.17E-27	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	128624691	T	A	SMARCA1	CCDS14612.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	70	9	12.9	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.534131977	0.751849246	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.65E-11	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	128799170	A	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	62	26	41.9	79	17	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.734893785	0.867446893	2	1.446548463	1.446548463	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.63E-43	1	4.55E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129029034	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	79	30	38	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.573412025	0.786706012	2	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.07E-48	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129143347	G	A	BCORL1	CCDS14616.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	58	17	29.3	64	16	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.213183482	1.213183482	1	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.24E-25	1	5.94E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129173658	C	T	BCORL1	CCDS14616.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	21	43.8	71	15	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.813564387	0.906782193	2	1.419635934	1.419635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.35E-36	1	2.15E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129524883	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	69	12	17.4	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.720457085	0.720457085	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.65E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129616191	T	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	70	31	44.3	59	14	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.834267176	0.917133588	2	1.594567376	0.797283688	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.75E-52	1	6.58E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129627074	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	77	11	14.3	56	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.592099788	0.833445289	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.41E-13	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129735783	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	75	26	34.7	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.436773612	1.114144455	1.289575697	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.19E-40	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129844973	T	A	ENOX2	CCDS14626.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	69	32	46.4	69	18	26.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.921218894	0.960609447	2	1.756042553	0.878021277	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.19E-55	1	5.16E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129969362	G	A	ENOX2	CCDS14626.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	59	27	45.8	69	26	37.7	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.896375546	0.948187773	2	2.53650591	1.268252955	2	NA	NA	0	0	0	1	6	NA	3.09E-46	1	8.50E-42	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	130256720	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	75	35	46.7	79	30	38	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.933640567	0.966820284	2	2.556690307	1.278345154	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.05E-60	1	4.07E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131001434	G	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	71	14	19.7	67	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.815689918	0.815689918	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.13E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131076972	T	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	68	17	25	50	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.03513949	1.03513949	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.69E-24	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131102027	G	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	79	13	16.5	74	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.683192063	0.683192063	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.37E-16	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131219754	C	G	FRMD7	CCDS35397.1	r.676g>c	c.500G>C	p.G167A	missense	27	0	0	75	18	24	51	10	19.6	192	0	0	347	129	37.2	262	132	50.4	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.99373391	0.99373391	1	1.318713948	1.318713948	1	1.540287561	1.194414229	1.289575697	3.390978723	1.695489362	2	6	9	2.78E-25	6.13E-200	1.04E-13	3.48E-227	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	131282930	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	75	15	20	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.828111592	0.828111592	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.25E-20	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131624241	C	T	MBNL3	ENST00000370844	r.?	-	-	upstream	22	0	0	67	16	23.9	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.989593353	0.989593353	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.35E-22	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131628235	C	T	MBNL3	ENST00000370844	r.?	-	-	upstream	33	0	0	67	18	26.9	77	8	10.4	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.113810091	1.113810091	1	0.699725768	0.699725768	1	0	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.83E-26	1	6.05E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131856094	T	C	HS6ST2	CCDS48169.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	41	7	17.1	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.708035411	0.708035411	1	1.372539007	1.372539007	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.51E-09	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131923324	C	G	HS6ST2	CCDS48169.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	52	9	17.3	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.716316527	0.716316527	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.92E-12	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	132112505	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	66	25	37.9	69	16	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.569271467	0.784635733	2	1.560926714	0.780463357	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.57E-40	1	2.27E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	133392964	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	72	31	43.1	55	18	32.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.784580481	0.89229024	2	2.200099291	1.100049645	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.50E-52	1	4.61E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	134043023	C	T	MOSPD1	CCDS14645.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	45	19	42.2	72	20	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.747315459	0.87365773	2	1.870420804	0.935210402	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.11E-32	1	2.32E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	134326785	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	73	14	19.2	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.794987128	0.794987128	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.71E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136000009	T	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	49	15	30.6	54	23	42.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.267010736	1.267010736	1	2.866184397	1.433092199	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.10E-23	1	1.12E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136201873	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	68	7	10.3	68	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.42647747	0.600313739	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000058	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136399720	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	55	22	40	75	16	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.656223184	0.828111592	2	1.433092199	1.433092199	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.65E-36	1	9.88E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136541247	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	40	10	25	28	2	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.03513949	1.03513949	1	0.4776974	0.4776974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.22E-15	1	0.008668191	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136713985	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	67	12	17.9	71	12	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.741159875	0.741159875	1	1.137054374	1.137054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.14E-15	1	2.38E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136792596	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	66	26	39.4	70	14	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.631379836	0.815689918	2	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.03E-42	1	9.08E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136814368	T	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	62	10	16.1	76	11	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.666629832	0.666629832	1	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.29E-13	1	2.08E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	136829558	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	52	28	53.8	89	26	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.227620183	1.113810091	2	1.964614657	0.982307329	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.41E-50	1	2.27E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	137032803	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	70	33	47.1	63	19	30.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.950202799	0.9751014	2	2.031895981	1.015947991	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.75E-57	1	9.48E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	137056863	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	82	14	17.1	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.708035411	0.708035411	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	9.77E-18	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	137837456	A	G	FGF13	ENST00000370603	r.?	-	-	intronic	36	0	0	60	11	18.3	66	9	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.757722107	0.757722107	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.34E-14	1	5.59E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138314938	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	65	18	27.7	63	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.146934555	1.146934555	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.52E-26	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138494278	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	63	24	38.1	69	12	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.577552583	0.788776291	2	1.170695035	1.170695035	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.74E-39	1	1.65E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138518291	G	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	46	14	30.4	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.25872962	1.25872962	1	1.439820331	1.439820331	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.26E-21	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138679874	C	A	MCF2	CCDS48175.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	74	25	33.8	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.399508591	1.085247337	1.289575697	1.157238771	1.157238771	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.25E-39	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138679875	A	T	MCF2	CCDS48175.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	72	24	33.3	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.378805801	1.069193382	1.289575697	1.157238771	1.157238771	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.76E-37	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138773101	G	A	MCF2	CCDS48175.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	61	7	11.5	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.476164165	0.670253204	0.710424303	0.76027896	0.76027896	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.69E-08	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138791227	C	A	MCF2	CCDS48175.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	76	30	39.5	53	18	34	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.635520394	0.817760197	2	2.287565012	1.143782506	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.63E-49	1	2.09E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138915044	A	G	ATP11C	CCDS14668.1	r.?	-	-	upstream	39	0	0	73	11	15.1	59	10	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.625224252	0.880071599	0.710424303	1.137054374	1.137054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.31E-13	1	4.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138929944	C	G	ATP11C	ENST00000370557	r.?	-	-	intronic	41	0	0	58	7	12.1	66	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.501007513	0.705222937	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.88E-08	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	139424300	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	64	23	35.9	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.486460308	1.152673946	1.289575697	1.466732861	1.466732861	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.44E-36	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	140033423	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	55	24	43.6	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.805283271	0.902641635	2	1.009219858	1.009219858	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.28E-40	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	140200455	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	24	52.2	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.161371255	1.080685628	2	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.23E-43	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	140310444	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	76	9	11.8	47	0	0	88	0	0	182	32	17.6	137	0	0	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.488585839	0.68773807	0.710424303	0	0	1	0.728738201	1.025778817	0.710424303	0	0	1	5	7	2.06E-10	4.95E-39	1	1	YES	1_1	0_0	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	140953382	A	T	MAGEC3	CCDS14676.1	r.249a>u	c.249A>T	p.T83T	silent	26	0	0	69	33	47.8	51	11	21.6	275	0	0	245	124	50.6	187	90	48.1	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.979186705	0.989593353	2	1.453276596	1.453276596	1	2.095122328	1.047561164	2	3.236231678	1.618115839	2	6	9	5.18E-57	7.28E-214	1.94E-15	5.01E-153	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	141118810	C	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	70	8	11.4	53	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.472023607	0.664424915	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.80E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	141510965	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	60	24	40	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.656223184	0.828111592	2	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-39	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	141724632	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	71	32	45.1	84	22	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.86739164	0.93369582	2	1.762770686	0.881385343	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.05E-54	1	1.66E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	142249938	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	76	38	50	73	20	27.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.07027898	1.03513949	2	1.843508274	0.921754137	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.08E-66	1	3.18E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	142608174	G	C	SPANXN3	CCDS35418.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	44	10	22.7	38	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.939906657	0.939906657	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	2.08E-14	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	142897182	C	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	48	18	37.5	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.552709235	1.204046601	1.289575697	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.42E-29	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143038262	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	59	22	37.3	50	15	30	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.544428119	1.197625019	1.289575697	2.018439716	1.009219858	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.79E-35	1	5.83E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143311751	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	67	37	55.2	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	2	2	100	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.285587994	1.142793997	2	2.038624113	1.019312057	2	NA	NA	0	6.728132388	3.364066194	2	6	NA	6.28E-67	1	3.11E-30	0.000025	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143347350	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	68	39	57.4	56	18	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.376680269	1.188340135	2	2.159730496	1.079865248	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.17E-71	1	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143422616	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	66	13	19.7	55	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.815689918	0.815689918	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.95E-17	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143493251	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	65	26	40	56	24	42.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.656223184	0.828111592	2	2.886368794	1.443184397	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.24E-42	1	2.23E-40	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143630167	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	53	24	45.3	57	20	35.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.875672756	0.937836378	2	2.361574468	1.180787234	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.04E-41	1	9.67E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143635576	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	65	20	30.8	64	22	34.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.275291852	1.275291852	1	2.314477541	1.157238771	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.18E-30	1	1.57E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143654354	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	75	20	26.7	66	12	18.2	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.105528975	1.105528975	1	1.224520095	1.224520095	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.89E-29	1	9.36E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	143781197	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	14	21.2	61	6	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.877798288	0.877798288	1	0.659356974	0.659356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.71E-19	1	0.000000685	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	144142989	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	67	10	14.9	64	7	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.616943136	0.616943136	1	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.87E-12	1	3.78E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	144168599	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	54	31	57.4	56	16	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.376680269	1.188340135	2	1.924245863	0.962122931	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.52E-57	1	5.26E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	144386324	T	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	72	32	44.4	61	13	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.838407734	0.919203867	2	1.433092199	1.433092199	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.47E-54	1	6.41E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	144408335	G	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	70	29	41.4	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.714190996	0.857095498	2	2.038624113	1.019312057	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.18E-48	1	3.11E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	144723985	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	74	7	9.5	71	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.393353006	0.55368743	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000105	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145038743	A	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	80	43	53.8	78	16	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.227620183	1.113810091	2	1.379267139	1.379267139	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.16E-77	1	1.96E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145079080	T	A	MIR891B	ENST00000401245	r.?	-	-	downstream	35	0	0	64	28	43.8	78	22	28.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.813564387	0.906782193	2	1.897333333	0.948666667	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.50E-47	1	2.58E-32	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145096289	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	58	27	46.6	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.92950001	0.964750005	2	1.809867612	0.904933806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.68E-46	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145125768	T	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	58	8	13.8	65	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.571396999	0.804303845	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.99E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145261438	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	60	24	40	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.656223184	0.828111592	2	1.237976359	1.237976359	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.81E-39	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145398205	T	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	77	40	51.9	65	29	44.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.148949581	1.074474791	2	3.000747045	1.500373522	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.81E-71	1	3.92E-49	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145411611	G	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	57	8	14	76	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.579678114	0.579678114	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.19E-10	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145446445	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	61	6	9.8	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.40577468	0.571172296	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000685	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145616926	C	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	82	37	45.1	72	27	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.86739164	0.93369582	2	2.523049645	1.261524823	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.69E-62	1	2.82E-43	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145645587	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	62	13	21	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.869517172	0.869517172	1	1.392723404	1.392723404	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	8.08E-18	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	145722257	C	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	28	57.1	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.364258595	1.182129298	2	1.466732861	1.466732861	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.31E-51	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	146165637	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	68	12	17.6	58	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.728738201	0.728738201	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	1.37E-15	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	146343690	A	G	MIR509-1	ENST00000385265	r.?	-	-	upstream	38	0	0	63	23	36.5	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.511303656	1.171938692	1.289575697	1.278345154	1.278345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.25E-37	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	146454165	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	33	57.9	57	23	40.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.397383059	1.19869153	2	2.718165485	1.359082742	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.79E-61	1	5.38E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	146730948	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	55	28	50.9	57	15	26.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.107544002	1.053772001	2	1.769498818	0.884749409	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.25E-49	1	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	146875221	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	66	31	47	62	18	29	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.946062241	0.973031121	2	1.951158392	0.975579196	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.52E-53	1	5.72E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	147521036	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	56	25	44.6	70	22	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.84668885	0.923344425	2	2.11263357	1.056316785	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.43E-42	1	1.63E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	147640229	C	A	AFF2	CCDS14684.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	75	38	50.7	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.099262886	1.049631443	2	2.099177305	1.049588652	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.05E-66	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	147697544	C	G	AFF2	CCDS14684.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	64	33	51.6	64	20	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.136527908	1.068263954	2	2.099177305	1.049588652	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.78E-58	1	1.52E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149216233	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	63	22	34.9	75	21	28	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.445054728	1.120566037	1.289575697	1.883877069	0.941938534	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-34	1	7.75E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149276461	T	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	64	5	7.8	54	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.322963521	0.454606521	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	3	NA	0.0000186	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149696871	T	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	75	32	42.7	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.768018249	0.884009125	2	2.004983452	1.002491726	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.95E-53	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149730984	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	47	7	14.9	59	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.616943136	0.616943136	1	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	4.12E-09	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149786011	G	A	MTM1	CCDS14694.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	77	33	42.9	67	23	34.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.776299365	0.888149682	2	2.307749409	1.153874704	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.91E-55	1	5.12E-36	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149894299	C	T	MTMR1	CCDS14695.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	57	20	35.1	65	14	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.453335844	1.126987619	1.289575697	1.446548463	1.446548463	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.67E-32	1	2.93E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	150388318	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	55	34	61.8	81	25	30.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.558864819	1.27943241	2	2.078992908	1.039496454	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.42E-64	1	1.20E-37	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	150733689	A	T	PASD1	CCDS35431.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	55	14	25.5	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.05584228	1.05584228	1	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.19E-20	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	150803936	C	T	PASD1	CCDS35431.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	68	14	20.6	67	1	1.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.85295494	0.85295494	1	0.100921986	0.100921986	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	5.84E-19	1	0.285262761	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	151073639	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	69	45	65.2	54	18	33.3	5	0	0	1	1	100	2	0	0	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.69964379	1.349821895	2	2.240468085	1.120234043	2	4.14055796	4.14055796	1	0	0	1	6	8	5.83E-86	0.005	3.12E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	151412732	C	A	GABRA3	CCDS14706.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	75	30	40	55	23	41.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.656223184	0.828111592	2	2.812359338	1.406179669	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.85E-49	1	1.91E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	151556850	T	A	GABRA3	CCDS14706.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	66	14	21.2	64	7	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.877798288	0.877798288	1	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.71E-19	1	3.78E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152012570	A	T	NSDHL	CCDS14717.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	61	10	16.4	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.679051505	0.679051505	1	0.894841608	0.894841608	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.98E-13	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152468805	G	A	-	-	-	-	-	-	8	0	0	55	20	36.4	74	20	27	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.507163098	1.168727901	1.289575697	1.816595745	0.908297872	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.08E-32	1	4.34E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152500791	G	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	73	33	45.2	52	16	30.8	4	0	0	6	0	0	6	2	33.3	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.871532198	0.935766099	2	2.072264775	1.036132388	2	0	NA	0	2.240468085	2.240468085	1	6	NA	6.05E-56	1	1.33E-24	0.000370028	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152583058	G	T	-	-	-	-	-	-	5	0	0	47	9	19.1	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.79084657	0.79084657	1	0.713182033	0.713182033	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.24E-12	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152793778	C	T	ATP2B3	CCDS35440.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	64	6	9.4	64	0	0	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.389212448	0.547859141	0.710424303	0	0	1	NA	NA	0	NA	NA	1	5	NA	0.000000914	1	1	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152828328	A	T	ATP2B3	CCDS35440.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	84	19	22.6	69	6	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.935766099	0.935766099	1	0.585347518	0.585347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.62E-26	1	0.00000143	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152896879	G	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	113	39	34.5	72	17	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.428492496	1.107722873	1.289575697	1.587839243	0.793919622	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.19E-60	1	7.97E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152926890	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	96	37	38.5	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.594114815	0.797057407	2	1.682033097	0.841016548	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.83E-59	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	152930425	A	C	PNCK	CCDS48189.1	r.?	-	-	downstream	28	0	0	86	29	33.7	66	13	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.395368033	1.082036546	1.289575697	1.32544208	1.32544208	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.55E-45	1	1.95E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	153063991	C	T	PDZD4	CCDS14732.1	r.?	-	-	downstream	5	0	0	68	26	38.2	70	29	41.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.581693141	0.79084657	2	2.785446809	1.392723404	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	5.33E-42	1	6.18E-48	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	153133547	G	A	L1CAM	CCDS14733.1	r.1924c>u	c.1734C>T	p.I578I	silent	11	0	0	48	20	41.7	57	15	26.3	27	0	0	1406	4	0.3	3	0	0	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.726612669	0.863306335	2	1.769498818	0.884749409	2	0.012421674	NA	0	0	0	1	6	NA	1.40E-33	0.920301655	5.53E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	153690995	C	A	PLXNA3	CCDS14752.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	66	23	34.8	57	16	28.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.44091417	1.117355246	1.289575697	1.890605201	0.9453026	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.38E-36	1	7.28E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	153698477	C	T	PLXNA3	CCDS14752.1	r.5128c>u	c.4953C>T	p.S1651S	silent	9	0	0	61	31	50.8	57	24	42.1	9	0	0	4	2	50	3	2	66.7	TRUE	TRUE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.103403444	1.051701722	2	2.832543735	1.416271868	2	2.07027898	2.07027898	1	4.487664303	2.243832151	2	6	8	9.37E-55	0.000149002	3.83E-40	0.0000748	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	154096037	C	G	F8	CCDS35457.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	62	24	38.7	66	14	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.602395931	0.801197965	2	1.426364066	1.426364066	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.81E-39	1	3.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	154640806	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	65	34	52.3	70	17	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	2.165511813	1.082755907	2	1.63493617	0.817468085	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.70E-60	1	4.68E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	154736348	C	T	TMLHE	CCDS14768.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	69	32	46.4	64	15	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.921218894	0.960609447	2	1.574382979	0.787191489	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	9.19E-55	1	3.87E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	2213794	C	T	SKI	CCDS39.1	r.?	-	-	intronic	7	1	14.3	29	0	0	34	7	20.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.973995272	0.973995272	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	3.73E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	2380929	G	C	-	-	-	-	-	-	9	0	0	22	1	4.5	48	4	8.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.109356015	0.109356015	1	0.392434988	0.392434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.104413009	NA	0.000102016	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	2695808	C	G	TTC34	ENST00000401094	r.?	-	-	intronic	22	0	0	49	0	0	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.581560284	0.581560284	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	12991879	A	T	PRAMEF23	ENST00000376192	r.?	-	-	intronic	7	0	0	4	2	50	10	3	30	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.215066829	1.215066829	1	1.418439716	1.418439716	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.000149002	NA	0.0000146	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	15395388	C	T	ENSG00000189337	CCDS152.2	r.?	-	-	intronic	14	0	0	37	0	0	63	12	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.15E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	26418417	A	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	23	0	0	30	7	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.101654846	1.101654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.44E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	29562576	A	G	PTPRU	CCDS335.1	r.?	-	-	upstream	21	0	0	41	0	0	54	15	27.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.314420804	1.314420804	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.20E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	34668143	A	T	C1orf94	CCDS381.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	45	0	0	53	4	7.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.354609929	0.354609929	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000150502	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	36258826	G	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	34	1	2.9	53	14	26.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.070473876	0.070473876	1	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.156694864	NA	1.22E-20	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	38504025	T	C	-	-	-	-	-	-	18	0	0	27	0	0	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	38595302	C	G	-	-	-	-	-	-	10	0	0	36	2	5.6	40	6	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.136087485	0.136087485	1	0.709219858	0.709219858	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.014070883	NA	5.18E-08	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	46669401	C	G	C1orf190	CCDS30703.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	37	0	0	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.444444444	0.444444444	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	47939674	T	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	34	0	0	54	4	7.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.349881797	0.349881797	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000161898	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	58335666	T	C	DAB1	CCDS607.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	28	1	3.6	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.087484812	0.087484812	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.130947004	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	71528497	G	C	ZRANB2	CCDS659.1	r.?	-	-	downstream	30	0	0	35	0	0	30	5	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000401	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	77427635	G	A	ST6GALNAC5	CCDS673.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	41	0	0	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	78195490	G	A	USP33	CCDS679.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	35	0	0	45	12	26.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.262411348	1.262411348	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.03E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	85394909	G	C	MCOLN2	CCDS30762.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	52	0	0	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	90427985	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	0	0	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	97522443	G	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	46	0	0	43	5	11.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.548463357	0.548463357	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000257	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	100691913	C	A	DBT	CCDS767.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	42	0	0	49	4	8.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.387706856	0.387706856	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000110643	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	101419816	C	A	SLC30A7	CCDS776.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	44	0	0	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.605200946	0.605200946	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	102737513	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	41	0	0	37	4	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.510638298	0.510638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000362	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	106257076	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	41	0	0	53	15	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.60E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	108361173	G	C	VAV3	CCDS785.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	37	0	0	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.567375887	0.567375887	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	109204061	G	A	C1orf59	CCDS787.1	r.88c>u	c.?	p.?	5'UTR variant	7	0	0	47	42	89.4	59	27	45.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.17253949	1.086269745	2	2.165484634	1.082742317	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.40E-91	NA	3.09E-46	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	111335142	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	43	0	0	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	111631690	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	36	0	0	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.134751773	1.134751773	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	116834683	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	47	0	0	37	7	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.893617021	0.893617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	117404811	G	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	38	0	0	41	6	14.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	6.05E-08	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	119938009	G	A	HAO2	CCDS901.1	r.?	-	-	downstream	19	0	0	32	0	0	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	121198661	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	44	0	0	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.059101655	1.059101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	143743574	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	178	17	9.6	169	14	8.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.233292831	0.233292831	1	0.392434988	0.392434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	2	NA	8.23E-17	NA	3.03E-13	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	149286234	G	C	-	-	-	-	-	-	57	0	0	145	0	0	171	7	4.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	4.723720365	2	2	0	2	1	0.276279635	NA	3	NA	2	NA	0.723720365	0	NA	0	0.305525963	0.305525963	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000286	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	150277906	G	C	MRPS21	CCDS950.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	150	0	0	96	7	7.3	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5.873826612	4.723720365	4	2	1	2	0.126173388	0.276279635	4	3	2	2	0.873826612	0.723720365	0	NA	0	0.543985251	0.543985251	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.000000631	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	151529786	A	G	TUFT1	CCDS1000.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	118	0	0	85	8	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	0	0	1	0.700474159	0.700474159	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.34E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	156509454	T	G	IQGAP3	CCDS1144.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	87	0	0	61	6	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5.490120076	4.723720365	3	2	2	2	0.509879924	0.276279635	3	3	3	2	0.490120076	0.723720365	0	0	1	0.73028157	0.73028157	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000685	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	162313217	A	G	NOS1AP	CCDS1237.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	71	0	0	70	13	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.251432624	1.251432624	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	163657707	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	54	0	0	61	7	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.839910801	2	1	1	1	1	0.160089199	NA	2	NA	1	NA	0.839910801	0	0	1	0.640324967	0.640324967	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.69E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	168862475	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	77	0	0	65	7	10.8	377	0	0	816	0	0	398	26	6.5	TRUE	FALSE	3.86020157	3	2	2	1	1	0.13979843	1	2	NA	2	NA	0.86020157	NA	0	0	1	0.618638298	0.618638298	1	0	NA	0	0.372328605	0.372328605	1	1	NA	1	1	4.22E-08	1.06E-20	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	1	177246551	G	C	FAM5B	CCDS1320.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	77	0	0	62	10	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.083229314	1.083229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	178700927	G	A	RALGPS2	CCDS1325.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	86	0	0	66	10	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.022676123	1.022676123	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.60E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	183411026	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	113	1	0.9	81	7	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5.473671311	6	3	4	2	2	0.526328689	1	4	NA	2	NA	0.473671311	NA	0.053134245	NA	0	0.750619385	0.750619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.432444778	1	0.000000197	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	185388275	T	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	69	0	0	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0	0	1	0.70781667	0.70781667	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	186895289	C	T	PLA2G4A	CCDS1372.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	95	0	0	86	10	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3.535731944	3	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0	0	1	0.726608263	0.726608263	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	192737872	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	78	0	0	81	11	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.535731944	2	2	2	1	1	0.464268056	NA	2	NA	2	NA	0.535731944	0	0	1	0.851885549	0.851885549	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194396840	G	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	84	0	0	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	1	0	0	1	1	NA	1	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	194723639	C	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	65	27	41.5	46	20	43.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.838505468	0.919252734	2	2.926737589	1.463368794	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	8.98E-45	1	4.72E-34	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	195031090	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	86	0	0	74	8	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.726638298	0.726638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.39E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	196068637	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	72	0	0	80	10	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.841016548	0.841016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.17E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	199812277	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	58	0	0	69	13	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.452888889	1.452888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.64E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	204987257	T	G	NFASC	CCDS30982.1	r.5387u>g	c.?	p.?	3'UTR variant	18	0	0	54	0	0	60	4	6.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.51778487	0.51778487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000243755	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	205182330	G	A	DSTYK	CCDS1451.1	r.?	-	-	upstream	32	0	0	60	0	0	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.290598109	1.290598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	205182345	G	T	DSTYK	CCDS1451.1	r.?	-	-	upstream	34	0	0	63	0	0	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.290598109	1.290598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	205631485	C	G	SLC45A3	CCDS1458.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	47	1	2.1	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5	2	3	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.072032807	NA	0	1.081938534	1.081938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.209895027	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	208927790	C	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	42	0	0	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	211250163	G	T	KCNH1	CCDS31015.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	51	1	2	38	9	23.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.048602673	0.048602673	1	1.120567376	1.120567376	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.225579006	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	215947644	C	G	USH2A	CCDS31025.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	38	0	0	51	5	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.463356974	0.463356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000606	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	216594988	T	C	USH2A	CCDS31025.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	51	0	0	36	4	11.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000324	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	222022094	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	52	0	0	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.111111111	1.111111111	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	225074344	T	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	74	0	0	58	8	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.79048227	0.79048227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	229977766	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	47	0	0	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.964539007	0.964539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	230489065	A	T	PGBD5	CCDS1583.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	26	0	0	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.827423168	0.827423168	1	NA	NA	1	0	0	1	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	232381795	G	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	92	0	0	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	1.337989178	1.337989178	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	234036225	A	C	SLC35F3	CCDS1600.1	r.?	-	-	upstream	35	0	0	82	0	0	105	13	12.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	0.993476995	0.993476995	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.11E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	235133094	G	A	-	-	-	-	-	-	9	0	0	123	0	0	104	7	6.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	5.283778859	4	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	0.536798054	0.536798054	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000109	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240806885	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	83	0	0	86	14	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	1.305941533	1.305941533	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.98E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240811858	T	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	96	0	0	72	7	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	0.777155391	0.777155391	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	240811859	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	96	0	0	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5.283778859	3	3	2	2	1	0.716221141	NA	4	NA	2	NA	0.283778859	0	0	1	0.945405527	0.945405527	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243034492	G	A	-	-	-	-	-	-	25	0	0	90	0	0	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.426364066	1.426364066	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	243411234	C	T	CEP170	CCDS44339.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	85	0	0	59	5	8.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	5	4	3	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.571891253	0.571891253	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.0000125	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	246365897	G	T	SMYD3	CCDS31083.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	131	0	0	79	5	6.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	6	5	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.54987234	0.54987234	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000518	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247136162	C	T	ZNF695	ENST00000366504	r.?	-	-	intronic	9	0	0	71	6	8.5	88	10	11.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.461561361	0.461561361	1	0.995007092	0.995007092	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.00000169	NA	3.09E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	247636084	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	75	0	0	87	7	8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.698250591	0.698250591	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000322	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248372323	T	A	OR2M3	CCDS31107.1	r.?	-	-	downstream	40	0	0	76	0	0	73	10	13.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.195754137	1.195754137	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	4.56E-12	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248372333	T	G	OR2M3	CCDS31107.1	r.?	-	-	downstream	41	0	0	70	0	0	80	10	12.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.091016548	1.091016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	1.17E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	1	248726657	G	T	OR2T29	ENST00000328570	r.?	-	-	upstream	25	0	0	56	6	10.7	38	8	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	6	3	4	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.581024301	0.581024301	1	1.841635934	1.841635934	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000000409	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	6692523	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	91	0	0	76	7	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61898818	0.61898818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000126	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	9458828	A	C	-	-	-	-	-	-	50	0	0	70	0	0	72	6	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.558434988	0.558434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000184	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	10790091	A	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	64	0	0	64	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.417144208	0.417144208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000312605	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	12311745	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	61	0	0	82	9	11	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.740094563	0.740094563	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.12E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	19834969	A	C	C10orf112	ENST00000377266	r.?	-	-	intronic	36	0	0	54	0	0	65	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.417144208	0.417144208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000331785	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	22449557	A	G	ENSG00000224369	ENST00000412505	r.?	-	-	intronic	35	0	0	85	0	0	54	5	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.625716312	0.625716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000806	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	29068205	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	79	0	0	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.793919622	0.793919622	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	32515390	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	73	0	0	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.726638298	0.726638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	33610812	C	T	NRP1	CCDS7177.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	66	0	0	76	6	7.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.531522459	0.531522459	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000253	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	37935095	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	71	1	1.4	56	9	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.062021871	0.062021871	1	1.083229314	1.083229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.299450652	1	1.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	38086734	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	83	1	1.2	78	11	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.053161604	0.053161604	1	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.340346757	1	2.79E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	38543713	A	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	80	0	0	64	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.417144208	0.417144208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000312605	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	39145280	G	T	ENSG00000234412	ENST00000430255	r.?	-	-	intronic	31	0	0	87	0	0	77	6	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524794326	0.524794326	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000273	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	47001627	G	A	GPRIN2	CCDS31192.1	r.?	-	-	downstream	34	0	0	133	1	0.8	129	9	7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.035441069	0.035441069	1	0.470969267	0.470969267	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.486583598	1	2.33E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	52178898	A	T	SGMS1	CCDS7240.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	96	0	0	70	8	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.767007092	0.767007092	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.80E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	53961680	G	A	PRKG1	CCDS7244.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	73	0	0	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56734043	C	G	PCDH15	ENST00000373957	r.?	-	-	intronic	38	0	0	87	0	0	61	11	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.21106383	1.21106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	56988269	C	G	PCDH15	ENST00000373957	r.?	-	-	intronic	31	0	0	55	0	0	69	7	10.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.679541371	0.679541371	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	58314470	T	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	74	6	8.1	67	15	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.358840826	0.358840826	1	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000216	1	8.27E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	62388983	A	C	ANK3	ENST00000373827	r.?	-	-	intronic	32	0	0	100	0	0	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.713182033	0.713182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	63313070	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	80	1	1.2	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.053161604	0.053161604	1	0.571891253	0.571891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.33035218	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	66435962	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	65	0	0	65	6	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61898818	0.61898818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	66832045	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	58	0	0	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	73861993	G	C	ASCC1	CCDS31219.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	76	0	0	68	10	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.989035461	0.989035461	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	75048586	A	T	TTC18	CCDS7324.2	r.?	-	-	intronic	36	0	0	91	1	1.1	86	12	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.04873147	0.04873147	1	0.941938534	0.941938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.366275718	1	2.65E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	75475347	C	T	-	-	-	-	-	-	6	0	0	55	0	0	75	12	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	4	2	2	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.076501182	1.076501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	4.77E-15	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	80730400	C	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	28	0	0	51	16	31.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0	0	1	1.423483528	1.423483528	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.28E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83100846	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	0	0	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0	0	1	0.707208377	0.707208377	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	83308746	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	26	3	11.5	44	5	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.805254645	2	1	0	0	1	0.194745355	NA	2	NA	0	NA	0.805254645	0.279465371	0.279465371	1	0.516806122	0.516806122	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.000298167	1	0.00000288	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	87399289	C	G	GRID1	CCDS31236.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	72	0	0	99	17	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	4.093411929	2	4	0	0	1	0.906588071	NA	4	NA	1	NA	0.093411929	0	NA	0	1.173305623	1.173305623	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	2.86E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	93880589	C	T	CPEB3	CCDS31246.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	29	0	0	37	10	27	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.276595745	1.276595745	1	NA	NA	1	4.728132388	4.728132388	1	1	NA	1	1	3.01E-15	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	97232453	G	C	SORBS1	CCDS31255.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	40	0	0	57	5	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.41607565	0.41607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	99176282	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	34	0	0	51	18	35.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.669030733	0.834515366	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.10E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	102455840	C	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	27	0	0	29	7	24.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.139479905	1.139479905	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	1.11E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	113609093	A	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	34	0	0	39	6	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.728132388	0.728132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	113691518	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	36	0	0	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	118483345	G	C	HSPA12A	CCDS41569.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	45	0	0	50	8	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.756501182	0.756501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	1.74E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	128326649	G	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	35	0	0	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	130255957	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	36	1	2.8	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.068043742	0.068043742	1	0.8321513	0.8321513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.165106833	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	130915228	G	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	28	0	0	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	131862968	A	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	31	0	0	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.53427896	0.53427896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	132220207	G	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	34	0	0	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.115839243	1.115839243	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	10	133379025	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	49	0	0	47	4	8.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.401891253	0.401891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000939	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	7260776	C	A	MIR302E	ENST00000408776	r.?	-	-	downstream	44	0	0	55	0	0	55	5	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.521260047	0.521260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000883	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	7895998	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	47	0	0	54	5	9.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.532716312	0.532716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000806	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	8177346	G	T	RIC3	CCDS7788.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	61	1	1.6	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.054882139	0.054882139	1	1.288829787	1.288829787	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.263440347	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	8982621	A	C	TMEM9B	CCDS7796.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	26	1	3.8	45	4	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.130345079	0.130345079	1	0.509803783	0.509803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.122190858	1	0.0000791	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	11158030	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	59	0	0	61	4	6.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.378056738	0.378056738	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000259828	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	13491345	T	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	69	0	0	51	4	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.446794326	0.446794326	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000129466	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	20362892	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	65	0	0	41	4	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.561356974	0.561356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000546	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	20818345	C	A	NELL1	CCDS7855.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	66	0	0	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.738929078	0.738929078	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	22788066	A	T	GAS2	CCDS7858.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	60	1	1.7	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.058312272	0.058312272	1	0.761841608	0.761841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.259739042	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	23140109	T	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	51	0	0	70	6	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.492619385	0.492619385	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	24749496	G	A	LUZP2	CCDS31446.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	53	1	1.9	72	7	9.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065172539	0.065172539	1	0.555628842	0.555628842	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.233303855	1	8.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	28220352	T	G	METT5D1	CCDS31450.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	58	0	0	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	29477367	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	45	0	0	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.761841608	0.761841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	31553117	G	C	ELP4	CCDS7875.2	r.?	-	-	intronic	42	0	0	50	0	0	59	6	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.584269504	0.584269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000561	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	33843437	G	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	66	0	0	60	11	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.048248227	1.048248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.34E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39253340	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	51	0	0	49	5	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.584269504	0.584269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000496	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39387819	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.612910165	0.612910165	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	39465332	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	50	0	0	29	5	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.985238771	0.985238771	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000336	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	40370222	A	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	0	0	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.979510638	0.979510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	43310524	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	59	0	0	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	45893156	G	C	CRY2	CCDS7915.2	r.?	-	-	intronic	12	0	0	43	0	0	71	5	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.400969267	0.400969267	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000309	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	57364433	G	T	SERPING1	CCDS7962.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	15	1	6.7	39	6	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.229818955	0.229818955	1	0.882132388	0.882132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.072431031	1	4.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	57418911	G	T	YPEL4	CCDS7963.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	50	0	0	72	11	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.876404255	0.876404255	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.12E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	59970091	G	A	MS4A4E	ENST00000427611	r.?	-	-	intronic	33	0	0	50	0	0	74	12	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.927957447	0.927957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.02E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	61544807	C	A	C11orf9	CCDS44622.1	r.1758c>a	c.1662C>A	p.V554V	silent	8	0	0	38	0	0	67	13	19.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.111257683	1.111257683	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	2.41E-17	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	62504030	G	C	TTC9C	CCDS8033.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	42	0	0	48	11	22.9	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.311742317	1.311742317	1	0	0	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	62986106	C	G	SLC22A25	CCDS31592.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	66	1	1.5	81	15	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.051452005	0.051452005	1	1.059704492	1.059704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.281671117	1	1.82E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	64810142	G	C	NAALADL1	CCDS31604.1	r.?	-	-	downstream	11	0	0	56	0	0	61	10	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.939413712	0.939413712	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.98E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	67719715	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	56	1	1.8	53	7	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.061742406	0.061742406	1	0.756113475	0.756113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.244746891	1	9.85E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	69035872	G	C	-	-	-	-	-	-	17	0	0	55	0	0	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.323198582	1.323198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	70745593	G	A	SHANK2	ENST00000338508	r.?	-	-	intronic	21	0	0	68	0	0	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.059704492	1.059704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	74384761	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	72	0	0	61	11	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.03106383	1.03106383	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.62E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	79669852	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	49	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	81389144	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	48	1	2.1	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.072032807	0.072032807	1	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.213845552	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82018700	A	T	AP002802.1	ENST00000500502	r.?	-	-	intronic	30	0	0	50	1	2	56	14	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.068602673	0.068602673	1	1.432033097	1.432033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.221687443	1	2.91E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	82829544	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	60	1	1.7	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.058312272	0.058312272	1	1.185723404	1.185723404	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.259739042	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	83156049	C	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	65	0	0	55	6	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.62436643	0.62436643	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000367	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	86333896	C	G	ME3	CCDS8277.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	54	2	3.7	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.126914945	0.126914945	1	1.12844208	1.12844208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.030129377	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	88642892	T	G	GRM5	CCDS44694.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	47	0	0	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.082617021	1.082617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	89709812	A	G	ENSG00000237706	ENST00000442514	r.?	-	-	downstream	19	0	0	31	1	3.2	21	4	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.109764277	0.109764277	1	1.088345154	1.088345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.143917729	1	0.00000349	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	92524184	G	A	FAT3	CCDS44706.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	62	0	0	39	9	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.323198582	1.323198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.62E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	94241117	G	C	-	-	-	-	-	-	20	0	0	53	0	0	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.74465721	0.74465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	95890313	G	C	MAML2	CCDS44714.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	64	0	0	50	12	24	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.374751773	1.374751773	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.49E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	97515431	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	42	0	0	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.191451537	1.191451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	97515454	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	46	0	0	46	10	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.243004728	1.243004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	98622299	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	58	2	3.4	61	15	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.116624544	0.116624544	1	1.409120567	1.409120567	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.034352256	1	1.73E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	98808250	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	47	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	99703067	C	G	CNTN5	ENST00000279463	r.?	-	-	intronic	19	0	0	62	0	0	46	4	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.498347518	0.498347518	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000862	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	101105222	T	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	66	0	0	48	8	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.23E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	105088822	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	59	0	0	60	7	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.670191489	0.670191489	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.39E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	106558316	A	C	GUCY1A2	CCDS8335.1	r.2548u>g	c.2158T>G	p.Y720D	missense	29	0	0	41	0	0	34	4	11.8	300	2	0.7	264	7	2.7	232	12	5.2	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.675919622	0.675919622	1	0.092613609	0.092613609	1	0.297862884	0.297862884	1	1	2	1	0.000418838	0.0000257	3.36E-09	YES	0_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	106773329	C	G	GUCY1A2	CCDS8335.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	52	1	1.9	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065172539	0.065172539	1	0.847763593	0.847763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.229451111	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	107411820	G	C	ALKBH8	CCDS8337.2	r.?	-	-	intronic	37	0	0	36	0	0	49	4	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.469706856	0.469706856	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000110643	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	107775041	C	G	SLC35F2	CCDS41709.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	43	0	0	52	5	9.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.549900709	0.549900709	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000668	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	108302500	C	G	C11orf65	CCDS8340.1	r.217g>c	c.147G>C	p.Q49H	missense	41	0	0	47	0	0	52	12	23.1	198	1	0.5	169	0	0	91	18	19.8	TRUE	TRUE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.323198582	1.323198582	1	0	0	1	1.134170213	1.134170213	1	1	1	1	1	4.19E-17	1.27E-23	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	110811072	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	52	0	0	44	4	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.521260047	0.521260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000723	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	111372517	C	T	BTG4	CCDS8346.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	62	0	0	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.698832151	0.698832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	112274514	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	49	0	0	38	4	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.601453901	0.601453901	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	117580108	T	G	DSCAML1	CCDS8384.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	44	0	0	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.27164539	1.27164539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	117682477	G	A	AP000757.1	ENST00000514385	r.?	-	-	intronic	17	0	0	44	3	6.8	65	6	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	2	2	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.233249089	0.233249089	1	0.52698818	0.52698818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.00142027	1	0.000001	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	124121094	C	A	OR8G1	ENST00000341493	r.672c>a	c.672C>A	p.S224R	missense	36	0	0	41	0	0	49	8	16.3	273	0	0	276	1	0.4	267	63	23.6	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0	0	1	0.933685579	0.933685579	1	0.014277965	NA	0	1.351839243	0.675919622	2	1	NA	1	0.749290791	1.47E-10	5.16E-84	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	11	125286448	C	A	PKNOX2	CCDS41730.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	44	0	0	69	9	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0	0	1	0.74465721	0.74465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	131983919	A	G	OPCML	CCDS8491.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	74	0	0	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0	0	1	1.237276596	1.237276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	11	133380468	G	T	ENSG00000183715	CCDS31722.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	49	0	0	40	7	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.139357637	3	2	2	1	1	0.860642363	1	3	NA	1	NA	0.139357637	NA	0	0	1	1.002423168	1.002423168	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.26E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	492414	C	A	KDM5A	CCDS41736.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	110	0	0	121	11	9.1	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.976260047	0.976260047	1	NA	NA	0	0	0	1	NA	NA	1	1	3.76E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	1744330	G	A	WNT5B	CCDS8510.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	100	0	0	113	8	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.7616974	0.7616974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	2259592	G	T	CACNA1C	CCDS44794.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	86	0	0	108	11	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.094269504	1.094269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.08E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	3257527	C	T	TSPAN9	CCDS8520.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	102	0	0	129	7	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.579319149	0.579319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000458	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4212527	A	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	95	0	0	112	11	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.051356974	1.051356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4492209	A	C	FGF23	CCDS8526.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	80	1	1.2	109	5	4.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.077161604	NA	0	0.49349409	0.49349409	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.33035218	1	0.000237142	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	4593377	C	T	C12orf4	CCDS8528.1	r.?	-	-	downstream	21	0	0	89	0	0	88	9	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.094269504	1.094269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.82E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	5515681	G	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	101	4	4	128	9	7	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.257205346	0.257205346	1	0.750969267	0.750969267	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.001735416	1	2.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	5652525	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	117	0	0	122	9	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.793881797	0.793881797	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.43E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	5889787	G	A	ANO2	CCDS44807.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	122	2	1.6	118	12	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.102882139	NA	0	1.094269504	1.094269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.124879602	1	1.28E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	6808798	C	A	C12orf53	CCDS44818.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	100	0	0	105	9	8.6	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.922619385	0.922619385	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	6830658	C	T	COPS7A	CCDS8558.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	114	2	1.8	122	12	9.8	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.115742406	NA	0	1.051356974	1.051356974	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.111776077	1	1.91E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	7409971	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	115	0	0	89	9	10.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.083541371	1.083541371	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.66E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	8964325	C	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	45	3	6.7	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.430818955	0.430818955	1	2.145626478	1.072813239	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.001516071	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10210280	A	G	CLEC9A	CCDS8611.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	137	0	0	117	8	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.729513002	0.729513002	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000164	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10477738	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	114	0	0	92	5	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.579319149	0.579319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000107074	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10661497	A	G	ENSG00000180574	ENST00000322446	r.?	-	-	intronic	34	0	0	105	0	0	104	6	5.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.622231678	0.622231678	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000156	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	10833618	A	G	-	-	-	-	-	-	44	0	0	136	0	0	111	6	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.579319149	0.579319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000226	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	11060379	T	A	TAS2R13	CCDS8635.1	r.?	-	-	downstream	24	1	4.2	82	13	15.9	73	17	23.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.022391252	1.022391252	1	2.499654846	0.833218282	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.95E-16	NA	1.03E-23	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	11060380	T	A	TAS2R13	CCDS8635.1	r.?	-	-	downstream	25	1	4	82	12	14.6	73	13	17.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.938799514	0.938799514	1	1.909607565	0.954803783	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.46E-14	NA	7.97E-17	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	11705856	G	A	AC007450.2	ENST00000499291	r.?	-	-	intronic	41	0	0	142	0	0	131	9	6.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.740241135	0.740241135	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.67E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	12823477	G	A	GPR19	CCDS8652.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	129	0	0	117	6	5.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.547134752	0.547134752	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000304	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13033471	G	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	95	0	0	83	10	12	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.287375887	1.287375887	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.70E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13182817	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	110	1	0.9	112	10	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.057871203	NA	0	0.954803783	0.954803783	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.423845601	1	3.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13648214	T	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	107	2	1.9	120	18	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.122172539	NA	0	1.609219858	0.804609929	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.100630843	1	2.56E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	13682811	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	105	0	0	103	6	5.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.622231678	0.622231678	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000148	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	14109639	A	G	GRIN2B	CCDS8662.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	97	1	1	103	12	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.064301337	NA	0	1.255191489	1.255191489	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.385051378	1	2.45E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	15603259	G	T	PTPRO	CCDS8675.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	108	0	0	89	8	9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.965531915	0.965531915	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.92E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16116372	G	C	DERA	CCDS44838.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	114	0	0	110	5	4.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.482765957	0.482765957	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000247412	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16443312	A	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	129	0	0	117	9	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.826066194	0.826066194	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.92E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16623409	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	115	2	1.7	115	15	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.109312272	NA	0	1.39465721	1.39465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.113393609	1	4.57E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	16694911	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	93	1	1.1	98	6	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.07073147	NA	0	0.654416076	0.654416076	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.372597118	1	0.0000111	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17365869	T	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	105	1	1	105	13	12.4	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.064301337	NA	0	1.330288416	1.330288416	1	NA	NA	0	0	0	1	NA	NA	0.409223137	1	1.11E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17506267	A	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	112	0	0	106	10	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.008444444	1.008444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.01E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17572534	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	93	1	1.1	98	7	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.07073147	NA	0	0.7616974	0.7616974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.372597118	1	0.000000726	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17626782	G	T	-	-	-	-	-	-	37	1	2.7	96	20	20.8	99	23	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.337467801	1.337467801	1	2.488926714	0.829642238	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.43E-26	1	1.58E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	17701002	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	96	0	0	94	8	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.911891253	0.911891253	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.97E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	18718862	G	C	PIK3C2G	CCDS44839.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	117	1	0.9	100	10	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.057871203	NA	0	1.072813239	1.072813239	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.443711032	1	1.12E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	20246429	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	111	3	2.7	133	13	9.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.173613609	0.173613609	1	1.051356974	1.051356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.018583229	NA	2.50E-13	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	20973797	C	T	SLCO1B3	CCDS8684.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	95	1	1.1	75	7	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.07073147	NA	0	0.997716312	0.997716312	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.378855462	1	0.000000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21134864	A	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	108	0	0	95	7	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.793881797	0.793881797	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000588	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	21701114	C	G	GYS2	CCDS8690.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	105	1	1	102	6	5.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.064301337	NA	0	0.632959811	0.632959811	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.409223137	1	0.000014	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23291668	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	123	0	0	125	13	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.115725768	1.115725768	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.11E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23360816	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	93	1	1.1	98	8	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.07073147	NA	0	0.879706856	0.879706856	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.372597118	1	4.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23440907	C	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	126	2	1.6	110	9	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.102882139	NA	0	0.879706856	0.879706856	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.13156272	1	5.76E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	23736776	C	T	SOX5	CCDS8699.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	111	1	0.9	109	13	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.057871203	NA	0	1.276647754	1.276647754	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.426726373	1	1.83E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24341020	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	104	0	0	90	7	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.836794326	0.836794326	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000406	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	24551443	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	101	1	1	99	9	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.064301337	NA	0	0.976260047	0.976260047	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.397258416	1	2.25E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	25650196	C	T	IFLTD1	CCDS44849.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	80	0	0	100	13	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.39465721	1.39465721	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.79E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	26372046	G	C	SSPN	CCDS8707.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	112	0	0	111	11	9.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.062085106	1.062085106	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.46E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	26722514	A	G	ITPR2	CCDS41764.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	96	5	5.2	95	11	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.33436695	0.33436695	1	1.244463357	1.244463357	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000130906	1	2.59E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	27905417	A	G	MRPS35	CCDS8714.1	r.?	-	-	intronic	47	0	0	96	0	0	91	5	5.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.590047281	0.590047281	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000101674	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	28901058	T	C	-	-	-	-	-	-	42	0	0	130	3	2.3	112	15	13.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.147893074	0.147893074	1	1.43756974	1.43756974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.027968975	1	3.04E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29647871	G	A	OVCH1	ENST00000318184	r.?	-	-	intronic	27	0	0	93	0	0	101	10	9.9	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.062085106	1.062085106	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.24E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	29677248	C	T	TMTC1	CCDS8718.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	109	0	0	127	9	7.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.7616974	0.7616974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.04E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30145355	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	99	7	7.1	76	9	11.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.45653949	0.45653949	1	1.265919622	1.265919622	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000000778	NA	2.06E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30151172	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	131	4	3.1	89	5	5.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.199334143	0.199334143	1	0.600775414	0.600775414	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.004426282	1	0.0000915	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30482077	T	A	-	-	-	-	-	-	42	0	0	109	1	0.9	117	7	6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.057871203	NA	0	0.643687943	0.643687943	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.420950353	1	0.0000024	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	30545525	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	127	0	0	113	6	5.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.568591017	0.568591017	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000025	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31005092	T	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	117	0	0	109	5	4.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.49349409	0.49349409	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000237142	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31117732	G	T	TSPAN11	CCDS31765.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	146	0	0	96	10	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.115725768	1.115725768	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.45E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	31985416	G	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	121	0	0	97	9	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.997716312	0.997716312	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.88E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33144743	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	110	0	0	97	10	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.104997636	1.104997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.27E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33169836	G	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	105	1	1	77	8	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.064301337	NA	0	1.115725768	1.115725768	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.409223137	1	6.05E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33695866	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	87	0	0	108	8	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.793881797	0.793881797	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.82E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33712432	T	C	-	-	-	-	-	-	30	0	0	110	3	2.7	101	8	7.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.173613609	0.173613609	1	0.847522459	0.847522459	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.018147123	1	5.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	33834952	T	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	120	0	0	122	8	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	8	4	6	2	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.708056738	0.708056738	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000227	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	38515203	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	33	0	0	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	41391300	G	C	CNTN1	CCDS8737.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	38	0	0	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	42728428	T	G	PPHLN1	CCDS31777.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	42	0	0	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	44150539	G	A	PUS7L	CCDS8743.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	37	1	2.7	66	12	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065613609	0.065613609	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.169281299	1	9.36E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	49644214	G	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	36	0	0	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	54256763	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	0	0	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.964539007	0.964539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	58729396	A	G	-	-	-	-	-	-	8	0	0	7	1	14.3	8	3	37.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	1.773049645	1.773049645	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.034479353	NA	0.00000687	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	68485308	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	53	1	1.9	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.046172539	0.046172539	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.233303855	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	69502574	G	A	-	-	-	-	-	-	12	0	0	43	0	0	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.921985816	0.921985816	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	71607150	C	G	TSPAN8	CCDS8999.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	47	0	0	41	4	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.463356974	0.463356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000546	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	80643512	G	T	C12orf64	ENST00000455751	r.?	-	-	intronic	9	0	0	38	0	0	43	6	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	8.13E-08	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	80828318	C	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	37	0	0	60	6	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.472813239	0.472813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000621	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	85707689	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	16	43.2	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.04981774	1.04981774	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.78E-27	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	93924234	T	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	0	0	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.638297872	0.638297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	95033879	C	G	TMCC3	CCDS31877.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	47	1	2.1	54	12	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.051032807	0.051032807	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.209895027	1	6.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	107686202	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	37	0	0	48	15	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.475177305	1.475177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.86E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127349827	G	T	AC078878.1	ENST00000507482	r.?	-	-	downstream	32	0	0	44	0	0	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.271867612	1.271867612	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	127599264	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	46	0	0	49	12	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.158392435	1.158392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	129414312	C	G	GLT1D1	CCDS9265.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	42	0	0	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	133025424	G	C	ENSG00000236291	ENST00000446891	r.?	-	-	intronic	13	0	0	39	0	0	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	12	133375560	C	T	GOLGA3	CCDS9281.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	34	0	0	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.399527187	1.399527187	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	40256269	C	G	COG6	CCDS45042.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	38	0	0	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.392434988	0.392434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	45196059	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	35	0	0	42	7	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	47234157	C	G	LRCH1	CCDS31972.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	14	0	0	18	3	16.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000964	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	50947837	C	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	45	0	0	63	8	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.600472813	0.600472813	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	51489893	C	T	RNASEH2B	CCDS9425.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	42	0	0	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	54233860	A	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	44	0	0	66	8	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.572104019	0.572104019	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.73E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	55445267	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	46	0	0	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.728132388	0.728132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	56706745	A	T	-	-	-	-	-	-	22	1	4.5	22	1	4.5	34	5	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.109356015	0.109356015	1	0.695035461	0.695035461	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.104413009	1	0.000000771	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	56856585	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	33	0	0	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	61341180	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	48	0	0	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	67352900	A	T	PCDH9	CCDS9443.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	0	0	47	18	38.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.810874704	0.905437352	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.52E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	68618116	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	36	0	0	58	5	8.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.406619385	0.406619385	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000115	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	73746689	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	39	0	0	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	76069553	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	51	0	0	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	76255332	T	C	LMO7	CCDS9454.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	38	0	0	53	7	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.624113475	0.624113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.85E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	78865095	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	37	1	2.7	54	11	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065613609	0.065613609	1	0.964539007	0.964539007	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.169281299	1	3.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	79588958	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	40	2	5	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.121506683	0.121506683	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.017193422	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	81274914	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	49	0	0	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.756501182	0.756501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	85217865	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	41	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.059101655	1.059101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	92526372	A	C	GPC5	CCDS9468.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	40	1	2.5	61	17	27.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.060753341	0.060753341	1	1.319148936	1.319148936	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.181679879	1	3.33E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	100844150	A	C	PCCA	CCDS9496.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	39	0	0	55	6	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.51536643	0.51536643	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000367	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	105424873	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	33	0	0	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	108510428	G	C	FAM155A	CCDS32006.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	38	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.505910165	0.505910165	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	110173859	A	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	28	0	0	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	13	111312201	C	A	CARS2	CCDS9514.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	45	0	0	44	4	9.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.430260047	0.430260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000723	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	19049969	A	T	-	-	-	-	-	-	59	0	0	94	0	0	113	12	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	19498827	C	A	-	-	-	-	-	-	11	0	0	18	1	5.6	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.136087485	0.136087485	1	0.881185086	0.881185086	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.086275114	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	34578075	T	C	EGLN3	ENST00000487915	r.?	-	-	intronic	25	0	0	40	0	0	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	1.152318959	1.152318959	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	38852141	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	50	0	0	62	13	21	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.948968554	0.948968554	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	8.08E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	42262044	G	C	LRFN5	CCDS9678.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	33	2	6.1	42	11	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.148238153	0.148238153	1	1.183951244	1.183951244	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.011909843	1	1.81E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	46187979	G	A	-	-	-	-	-	-	53	0	0	35	0	0	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.564862235	0.564862235	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	53129510	C	A	ERO1L	CCDS9709.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	41	0	0	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.903779575	0.903779575	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	53271896	T	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.786288231	0.786288231	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	57397300	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	1	2.9	35	5	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.070473876	0.070473876	1	0.646202396	0.646202396	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.16091139	1	0.000000895	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	58285069	A	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	39	0	0	49	4	8.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.370549626	0.468596102	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.000110643	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	73960062	G	A	HEATR4	CCDS9815.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	35	0	0	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.65975909	0.65975909	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	74056658	G	A	ACOT4	CCDS9817.1	r.?	-	-	upstream	15	0	0	34	0	0	44	5	11.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.515154358	0.515154358	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000288	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	76596242	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	39	1	2.6	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.063183475	0.063183475	1	0.57390003	0.57390003	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.177567718	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	80108485	T	A	NRXN3	CCDS45145.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	51	0	0	46	4	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.393144115	0.497169035	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000862	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	80256690	T	G	NRXN3	CCDS45145.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	28	0	0	52	4	7.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.347955137	0.440023169	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.000139698	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	81398061	T	G	C14orf145	CCDS32130.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	49	0	0	42	5	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.537748847	0.537748847	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000228	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	83984394	T	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.713985865	0.713985865	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	85901575	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	49	0	0	40	6	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.677834682	0.677834682	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	86824756	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	45	0	0	46	4	8.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.393144115	0.497169035	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.0000862	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	93264853	T	C	GOLGA5	CCDS9905.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	38	0	0	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.858590597	0.858590597	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	93409608	C	T	ITPK1	CCDS9907.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	31	0	0	32	8	25	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	1.129724469	1.129724469	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	3.69E-12	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	95245542	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	43	0	0	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.578418928	0.578418928	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	97304075	C	G	VRK1	CCDS9947.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	46	0	0	63	15	23.8	111	0	0	75	0	0	89	8	9	TRUE	TRUE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	1.075497695	1.075497695	1	0	0	1	0.406700809	0.406700809	1	1	2	1	1	2.97E-21	1.92E-08	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	14	102148897	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	41	1	2.4	66	11	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0.058323208	0.058323208	1	0.754655945	0.754655945	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.18577148	1	4.07E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	102919393	G	A	TECPR2	CCDS32162.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	36	0	0	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.546786643	0.69146498	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	14	103052348	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	31	0	0	57	5	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1.790765489	2	1	0	0	1	0.209234511	NA	2	NA	0	NA	0.790765489	0	0	1	0.397663013	0.502883622	0.790765489	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26910306	G	T	GABRB3	CCDS10019.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	32	0	0	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.783020101	0.783020101	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	26910308	C	A	GABRB3	CCDS10019.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	32	0	0	44	5	11.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.54763369	0.54763369	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000288	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	40827194	C	G	AC091045.2	ENST00000501408	r.?	-	-	intronic	38	0	0	55	0	0	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.557241299	0.557241299	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	42448504	C	T	VPS39	CCDS10083.1	r.?	-	-	downstream	10	0	0	28	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	1.076052163	1.076052163	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	44633050	G	C	CASC4	CCDS10108.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	48	0	0	32	6	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.903115208	0.903115208	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.27E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	48334034	T	C	-	-	-	-	-	-	43	0	0	42	0	0	55	14	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	1.224970096	1.224970096	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.19E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	53003731	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	40	0	0	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.888703795	0.888703795	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	58160944	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	1	2.4	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.058323208	NA	0	0.715766841	0.715766841	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.189842622	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	59999934	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	35	0	0	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	1.172128249	1.172128249	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	79165761	G	C	MORF4	CCDS10307.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	26	2	7.7	52	11	21.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.187120292	0.187120292	1	1.018406512	1.018406512	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.007502227	NA	2.44E-15	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	85046478	T	C	-	-	-	-	-	-	8	0	0	37	1	2.7	56	12	21.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.065613609	0.065613609	1	1.02801412	1.02801412	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.169281299	NA	1.11E-16	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	85046479	T	C	-	-	-	-	-	-	8	0	0	38	1	2.6	56	12	21.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0.063183475	0.063183475	1	1.02801412	1.02801412	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.173434892	NA	1.11E-16	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	86648538	G	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	49	0	0	44	4	9.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.437146191	0.437146191	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000723	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	87150488	C	G	AGBL1	ENST00000421325	r.?	-	-	intronic	40	0	0	37	0	0	53	11	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.999191294	0.999191294	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	90186873	T	G	KIF7	CCDS32325.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	36	0	0	43	7	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.783020101	0.783020101	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.15E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	15	95578340	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	30	0	0	44	6	13.6	220	1	0.5	177	0	0	136	36	26.5	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	0.653317385	0.653317385	1	0	NA	0	1.273008139	1.273008139	1	1	NA	1	1	9.37E-08	9.42E-51	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	15	99083990	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	41	0	0	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.075671912	2	2	0	0	1	0.924328088	NA	2	NA	1	NA	0.075671912	0	0	1	1.224970096	1.224970096	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	972714	G	T	LMF1	CCDS45373.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	64	1	1.6	62	9	14.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.054882139	0.054882139	1	0.848060715	0.848060715	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.274433592	NA	3.12E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	2016178	G	C	RPS2	CCDS10452.1	r.?	-	-	upstream	16	0	0	54	0	0	58	8	13.8	21	0	0	8	0	0	4	0	0	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	0.807119853	0.807119853	1	0	NA	0	0	0	1	1	NA	1	1	5.99E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	5116949	A	C	ALG1	CCDS10528.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	55	1	1.8	59	10	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.061742406	0.061742406	1	0.988429385	0.988429385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.240951649	1	4.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	5646734	G	T	-	-	-	-	-	-	40	0	0	59	0	0	64	10	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	0.912396355	0.912396355	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6168962	A	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	43	0	0	51	7	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	0.801271158	0.801271158	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6510281	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	50	0	0	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	0.929942439	0.929942439	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6684628	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	71	0	0	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	1.409535395	1.409535395	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	6808280	G	T	-	-	-	-	-	-	45	0	0	56	0	0	82	19	23.2	345	1	0.3	537	2	0.4	399	18	4.5	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	1.356897143	1.356897143	1	0.013720535	NA	0	0.263191256	0.263191256	1	1	NA	1	0.749378054	2.79E-26	4.37E-12	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	8457744	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	69	0	0	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0	0	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	8836659	G	A	ABAT	CCDS10534.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	61	0	0	57	8	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0	0	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.19E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	11375683	G	C	PRM1	CCDS10547.1	r.?	-	-	upstream	21	0	0	55	1	1.8	69	10	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.081318577	0.081318577	1	0.848060715	0.848060715	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.240951649	1	2.54E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	11701543	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	69	0	0	48	5	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0	0	1	0.608264237	0.608264237	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000447	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	17040680	C	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	63	1	1.6	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.087565066	3.120562196	3	2	1	1	0.912434934	0.879437804	3	2	2	2	0.087565066	0.120562196	0.07228318	0.07228318	1	0.818817242	0.818817242	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.27078753	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	18577016	G	A	NOMO2	CCDS10570.1	r.?	-	-	upstream	28	0	0	65	0	0	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.120562196	2	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	0	1	0.994278079	0.994278079	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	20400066	C	T	PDILT	CCDS10584.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	68	0	0	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.023521552	1.023521552	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	20434259	G	C	ACSM5	CCDS10585.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	81	0	0	63	13	20.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.204831084	1.204831084	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.01E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	21623361	G	T	METTL9	CCDS10598.2	r.?	-	-	intronic	35	0	0	76	0	0	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.035218941	1.035218941	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	22229433	C	G	EEF2K	CCDS10604.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	78	0	0	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	0.619961626	0.619961626	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	23521800	C	G	GGA2	CCDS10611.1	r.16g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	9	0	0	96	0	0	62	14	22.6	8	0	0	3	0	0	10	0	0	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.321804976	1.321804976	1	0	NA	0	0	NA	0	1	NA	1	1	1.42E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	24663270	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	72	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	0.62581032	0.62581032	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	24976093	G	A	ARHGAP17	CCDS32409.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	81	0	0	58	15	25.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.514811897	1.514811897	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	7.42E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	31342780	T	C	ITGAM	CCDS45470.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	60	0	0	41	5	12.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	0.713540739	0.713540739	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000202	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	31985943	T	G	ENSG00000214627	ENST00000398685	r.?	-	-	upstream	20	0	0	56	0	0	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.086976349	3.120562196	3	2	1	1	0.913023651	0.879437804	3	2	2	2	0.086976349	0.120562196	0	0	1	1.169738917	1.169738917	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	32857865	G	T	-	-	-	-	-	-	7	0	0	58	12	20.7	74	12	16.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.503037667	0.503037667	1	0.947488523	0.947488523	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	1.76E-16	NA	4.02E-15	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	32959455	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	56	0	0	67	7	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.608264237	0.608264237	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	5.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	33822910	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	39	1	2.6	64	7	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.063183475	NA	0	0.63750771	0.63750771	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.177567718	1	3.78E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	34437475	A	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	38	0	0	40	7	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.023521552	1.023521552	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	1.26E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	46942697	G	A	GPT2	CCDS10725.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	36	0	0	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.619961626	0.619961626	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47013665	G	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	51	2	3.9	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.094775213	0.094775213	1	0.672599877	0.672599877	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.027109304	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	47615060	C	G	PHKB	CCDS42161.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	62	0	0	63	5	7.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.462046872	0.462046872	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.0000173	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	49325835	G	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	46	1	2.2	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.05346294	NA	0	1.216528473	1.216528473	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.205924651	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	52379206	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	47	0	0	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.660902488	0.660902488	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	53295173	G	C	CHD9	CCDS45485.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	42	0	0	48	4	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.48544165	0.48544165	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.000102016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	55447186	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	41	0	0	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.532357981	0.815327848	1.879437804	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	56102159	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	52	0	0	51	8	15.7	134	0	0	105	0	0	233	5	2.1	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.91824505	0.91824505	1	0	NA	0	0.122822586	1.018748747	0.120562196	NA	NA	1	1	2.05E-10	0.006702478	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	16	62127069	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	40	0	0	51	7	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.801271158	0.801271158	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	7.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	65853841	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	42	0	0	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.169738917	1.169738917	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	66057153	G	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	44	2	4.5	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.109356015	0.109356015	1	0.90654766	0.90654766	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.020580492	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	67695916	C	A	PARD6A	CCDS10843.1	r.487c>a	c.407C>A	p.P136H	missense	15	0	0	45	0	0	60	8	13.3	16	0	0	5	0	0	1	0	0	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.77787638	0.77787638	1	0	NA	0	0	NA	0	NA	NA	1	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	68740775	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	1	2.7	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.065613609	NA	0	0.900698966	0.900698966	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	0.169281299	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	69801677	G	A	WWP2	CCDS10885.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	57	0	0	51	5	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.573172069	0.573172069	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.00000606	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	74778311	C	G	FA2H	CCDS10911.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	47	2	4.3	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.104495747	0.104495747	1	0.976731995	0.976731995	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.02328732	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	75754822	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	36	0	0	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.690145961	0.690145961	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	75881499	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	32	0	0	61	4	6.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.386013843	0.386013843	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	0.000259828	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	76957053	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	36	1	2.8	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.068043742	NA	0	1.000126774	1.000126774	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.165106833	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	79482191	A	G	-	-	-	-	-	-	18	0	0	34	0	0	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.117100666	1.117100666	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	81145059	C	G	ENSG00000232329	ENST00000453104	r.?	-	-	intronic	25	0	0	27	1	3.7	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0.089914945	NA	0	0.900698966	0.900698966	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.126579904	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82876014	A	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	30	0	0	29	6	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.210679779	1.210679779	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.72E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	82939331	G	T	CDH13	ENST00000268613	r.?	-	-	intronic	24	0	0	47	0	0	54	13	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.409535395	1.409535395	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	84851069	C	A	CRISPLD2	CCDS10949.1	r.?	-	-	upstream	15	0	0	35	0	0	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.713540739	0.713540739	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	85593614	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	34	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.310107587	1.310107587	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	85864399	C	G	-	-	-	-	-	-	12	0	0	37	0	0	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.824665936	0.824665936	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	85942905	C	A	IRF8	CCDS10956.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	37	0	0	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.900698966	0.900698966	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	87604040	G	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	40	0	0	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	1.064462414	1.064462414	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	16	88872476	C	T	CDT1	CCDS32510.1	r.934c>u	c.880C>T	p.R294*	nonsense	16	0	0	31	0	0	46	7	15.2	4	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3.120562196	1	2	1	1	1	0.879437804	NA	2	NA	2	NA	0.120562196	0	NA	0	0.889001577	0.889001577	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	237201	C	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	43	4	9.3	54	7	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.22600243	0.22600243	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.000066	NA	1.13E-08	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	3374657	A	C	ASPA	CCDS11028.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	45	0	0	39	9	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.62E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	3756017	G	A	AC087742.1	ENST00000500236	r.?	-	-	intronic	22	0	0	39	0	0	32	5	15.6	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.737588652	0.737588652	1	0	0	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000562	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	4624815	T	A	ARRB2	CCDS11050.1	r.?	-	-	downstream	17	0	0	47	0	0	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	9130939	G	C	NTN1	CCDS11148.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	29	2	6.9	31	3	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.167679222	0.167679222	1	0.458628842	0.458628842	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.009279585	1	0.000505952	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	16719300	C	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	39	0	0	42	8	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.898345154	0.898345154	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	18966933	C	T	SNORD3B-1	ENST00000363359	r.?	-	-	downstream	7	0	0	7	0	0	31	5	16.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.761229314	0.761229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000000476	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	26426985	G	A	NLK	CCDS11224.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	46	0	0	50	10	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.36E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	26619438	T	C	-	-	-	-	-	-	38	0	0	60	0	0	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.808510638	0.808510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	26730027	G	A	TMEM199	ENST00000457710	r.?	-	-	downstream	35	0	0	42	0	0	46	7	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.718676123	0.718676123	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	28536153	C	T	SLC6A4	CCDS11256.1	r.1711+8g>a	c.1549+8G>A	p.?	splice region	15	0	0	39	0	0	42	10	23.8	224	3	1.3	124	0	0	95	17	17.9	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.125295508	1.125295508	1	0	0	1	0.846335697	0.846335697	1	1	1	1	1	1.24E-14	1.35E-21	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	17	31941437	C	A	ACCN1	CCDS42296.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	35	0	0	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	38771087	G	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	33	0	0	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	40356435	G	C	STAT5B	CCDS11423.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	34	1	2.9	40	6	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.070473876	0.070473876	1	0.709219858	0.709219858	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.156694864	1	5.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	41110415	G	C	AARSD1	CCDS45691.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	30	0	0	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.704491726	0.704491726	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	56334594	C	A	LPO	CCDS32689.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	34	0	0	60	13	21.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.026004728	1.026004728	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	56718179	C	G	TEX14	CCDS32693.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	46	0	0	35	9	25.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.215130024	1.215130024	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.23E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	59354526	G	A	BCAS3	CCDS45749.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	81	0	0	70	9	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.032717931	1.032717931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.65E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	59876486	G	A	BRIP1	CCDS11631.1	r.1456c>u	c.1315C>T	p.R439*	nonsense	31	0	0	93	0	0	74	11	14.9	261	0	0	389	0	0	248	74	29.8	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.192829238	1.192829238	1	0	NA	0	2.385658476	0.876253348	2.722567031	NA	NA	1	1	1.53E-13	5.47E-107	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	17	60141457	G	C	MED13	CCDS42366.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	75	0	0	90	12	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.064740192	1.064740192	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	60365708	A	G	ENSG00000238209	ENST00000424665	r.615u>c	c.615T>C	p.G205G	silent	19	0	0	71	0	0	41	8	19.5	65	0	0	171	2	1.2	160	22	13.8	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.561085245	1.561085245	1	0.053161604	NA	0	1.104768019	1.104768019	1	NA	NA	1	0.210966477	3.22E-11	7.46E-25	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	17	65698729	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	58	0	0	64	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	0.496345052	0.496345052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000312605	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	66066801	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	67	0	0	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.128784715	1.128784715	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	69893135	A	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	74	6	8.1	77	4	5.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.358840826	0.358840826	1	0.416289399	1.500504427	0.277432969	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.00000216	NA	0.000632383	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	70971485	G	T	SLC39A11	CCDS11690.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	85	0	0	80	14	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.400973937	1.400973937	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.76E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	70990103	G	A	SLC39A11	CCDS11690.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	68	0	0	79	7	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	0.712495317	0.712495317	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000165	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	71342653	C	G	SDK2	CCDS45769.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	50	0	0	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.376957241	1.376957241	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	72758076	G	A	SLC9A3R1	CCDS11705.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	67	9	13.4	55	6	10.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.59363791	0.59363791	1	0.872606624	0.872606624	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	6.43E-11	NA	0.000000367	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	74891434	C	G	MGAT5B	CCDS11751.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	94	0	0	75	15	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	1.601113071	0.929492463	1.722567031	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.25E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	76412611	C	A	PGS1	CCDS42391.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	66	1	1.5	65	8	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0.066452005	NA	0	0.984684539	0.984684539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.281671117	1	1.53E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	77775096	C	G	CBX8	CCDS11765.1	r.?	-	-	upstream	12	0	0	81	0	0	67	8	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4	5.277432969	4	5	0	0	1	0.722567031	NA	5	NA	1	NA	0.277432969	0	NA	0	0.952662277	0.952662277	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	17	80740275	T	G	TBCD	CCDS45818.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	62	1	1.6	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	NA	0.267123145	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	9835208	T	C	RAB31	CCDS45826.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	29	0	0	41	12	29.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.38534279	1.38534279	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.69E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	11457490	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	37	0	0	47	11	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.106382979	1.106382979	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.21E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	12069424	G	A	ENSG00000231452	ENST00000455542	r.?	-	-	upstream	28	0	0	41	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.747044917	0.747044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	12850189	C	G	PTPN2	CCDS11865.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	42	0	0	49	5	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.482269504	0.482269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000496	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	19432318	G	C	MIB1	CCDS11871.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	44	1	2.3	57	6	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.055893074	0.055893074	1	0.496453901	0.496453901	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.197923942	1	0.000000456	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	19717283	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	44	0	0	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	22436656	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	35	0	0	42	5	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.562647754	0.562647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000228	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	24851963	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	39	0	0	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.638297872	0.638297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	32045538	C	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	40	0	0	66	13	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.93144208	0.93144208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.95E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	33211794	C	A	GALNT1	ENST00000392829	r.?	-	-	intronic	37	0	0	40	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.505910165	0.505910165	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	34402325	G	C	C18orf10	CCDS32817.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	40	0	0	41	7	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.808510638	0.808510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.51E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	38004719	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	23	4	17.4	39	10	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.422843256	0.422843256	1	1.210401891	1.210401891	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000513	1	5.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	38192830	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	31	0	0	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	39743729	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	43	0	0	41	6	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.05E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	41298284	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	0	0	40	4	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.472813239	0.472813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000495	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	42468097	C	A	SETBP1	CCDS11923.2	r.?	-	-	intronic	33	0	0	73	0	0	64	12	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.264888889	1.264888889	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.30E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	44160505	T	C	LOXHD1	ENST00000398722	r.?	-	-	intronic	36	0	0	74	0	0	64	6	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000914	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	49535639	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	84	0	0	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	FALSE	FALSE	3	4	3	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.827560284	0.827560284	1	NA	NA	0	0	0	1	NA	NA	1	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	53277787	C	T	TCF4	ENST00000398339	r.?	-	-	intronic	29	0	0	44	0	0	72	6	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.455789547	0.597124074	0.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000184	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	53974013	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	53	0	0	53	8	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.82920749	0.82920749	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.83E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	55794113	C	G	NEDD4L	CCDS45872.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	65	0	0	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	1.081813745	1.081813745	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	56642103	C	T	ZNF532	CCDS11969.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	0	0	68	14	20.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	1.131236708	1.131236708	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.84E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	57227616	G	A	CCBE1	CCDS32838.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	45	0	0	53	5	9.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.516195391	0.516195391	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000734	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	60658084	T	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	65	0	0	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.565618354	0.565618354	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	65524885	A	C	AC114689.1	ENST00000500778	r.?	-	-	intronic	54	0	0	54	0	0	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.466772428	0.611512606	0.763307941	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	66530076	C	G	CCDC102B	CCDS11996.2	r.?	-	-	intronic	32	0	0	51	1	2	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.068602673	0.068602673	1	0.713887243	0.713887243	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.225579006	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	68814098	T	C	-	-	-	-	-	-	22	0	0	61	0	0	65	16	24.6	274	0	0	398	1	0.3	363	73	20.1	TRUE	TRUE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	1.350894321	1.350894321	1	0.010290401	0.010290401	1	1.103779506	1.103779506	1	1	1	1	0.86398521	7.85E-23	1.77E-91	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	18	72477802	C	T	ZNF407	CCDS45885.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	63	0	0	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.66995572	0.66995572	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	73578307	A	G	-	-	-	-	-	-	12	0	0	55	1	1.8	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0.061742406	0.061742406	1	1.120253827	1.120253827	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.240951649	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	18	75912927	G	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	46	0	0	63	8	12.7	118	0	0	259	1	0.4	309	34	11	TRUE	TRUE	3	2.763307941	3	2	0	0	1	0.236692059	NA	3	NA	0	NA	0.763307941	0	0	1	0.697412922	0.697412922	1	0.013720535	0.013720535	1	0.604058436	0.791369254	0.763307941	1	1	1	0.726990403	1.18E-09	3.58E-34	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	1204753	G	T	STK11	CCDS45896.1	r.?	-	-	upstream	12	0	0	17	1	5.9	29	6	20.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.143377886	0.143377886	1	0.978723404	0.978723404	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.081683532	NA	6.72E-09	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	1670181	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	10	1	10	17	4	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.243013366	0.243013366	1	1.111111111	1.111111111	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.04888987	1	0.00000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	1980480	A	G	CSNK1G2	CCDS12077.1	r.2048a>g	c.?	p.?	3'UTR variant	6	0	0	46	1	2.2	58	8	13.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.05346294	0.05346294	1	0.65248227	0.65248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.205924651	NA	5.99E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	2746866	G	T	AC005258.1	ENST00000507172	r.?	-	-	intronic	9	0	0	25	0	0	47	12	25.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	1.09E-17	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	4090126	C	T	MAP2K2	CCDS12120.1	r.?	-	-	downstream	13	0	0	31	0	0	40	7	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.827423168	0.827423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.26E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	4583364	G	C	-	-	-	-	-	-	10	0	0	38	0	0	58	9	15.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.73286052	0.73286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	1.67E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	6315178	G	T	ACER1	CCDS12161.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	43	0	0	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.06855792	1.06855792	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	6934997	G	A	EMR1	CCDS12175.1	r.2328-1g>a	c.2290-1G>A	p.?	ess splice	26	0	0	41	0	0	38	7	18.4	163	0	0	127	0	0	114	21	18.4	TRUE	TRUE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.869976359	0.869976359	1	0	0	1	0.869976359	0.869976359	1	1	1	1	1	8.61E-10	1.32E-26	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	19	8249436	G	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	33	0	0	39	10	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.210401891	1.210401891	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	8265695	C	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	31	0	0	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	8552544	T	A	HNRNPM	CCDS12203.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	40	0	0	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	11302132	C	T	KANK2	CCDS12255.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	36	1	2.8	47	13	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.068043742	0.068043742	1	1.309692671	1.309692671	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.165106833	1	1.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	11996736	C	G	ZNF69	CCDS32914.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	33	0	0	41	5	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.576832151	0.576832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000202	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	12930800	T	G	-	-	-	-	-	-	8	0	0	2	2	100	33	10	30.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.430133657	2.430133657	1	1.432624113	1.432624113	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.000025	NA	8.14E-16	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	20844507	G	T	ZNF626	CCDS42535.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	43	0	0	36	4	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000324	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29379334	C	G	-	-	-	-	-	-	22	0	0	175	6	3.4	307	8	2.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.218624544	0.218624544	1	0.496189082	1.393542731	0.356063055	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000278198	1	0.000186283	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29412885	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	92	0	0	142	21	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0	NA	0	2.824460925	0.941486975	3	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.74E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	29853797	G	A	-	-	-	-	-	-	19	0	0	90	3	3.3	167	15	9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.212194411	0.212194411	1	1.71757759	1.044795297	1.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.01062894	1	1.31E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30101660	C	A	POP4	CCDS12416.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	111	10	9	193	17	8.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.578712029	0.578712029	1	1.679409199	1.021577624	1.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.18E-10	NA	3.23E-16	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30324072	T	C	-	-	-	-	-	-	8	0	0	103	6	5.8	177	11	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0.372947752	0.372947752	1	1.183220117	1.183220117	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.0000148	NA	2.22E-09	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	30501393	A	T	C19orf2	CCDS12420.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	95	0	0	135	26	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6	16.35606305	6	16	0	0	1	0.643936945	NA	16	NA	1	NA	0.356063055	0	NA	0	3.68324972	1.010788544	3.643936945	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.07E-33	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	40007763	A	T	ENSG00000186838	ENST00000423711	r.?	-	-	intronic	15	0	0	38	1	2.6	27	5	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	0.874704492	0.874704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.173434892	1	0.00000023	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	40007764	T	G	ENSG00000186838	ENST00000423711	r.?	-	-	intronic	15	0	0	39	1	2.6	27	5	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	0.874704492	0.874704492	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.177567718	1	0.00000023	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	42259868	G	C	CEACAM6	CCDS12585.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	43	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	0	0	1	0.835713821	0.835713821	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	43384188	G	T	PSG1	CCDS12612.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	25	0	0	40	4	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.074820605	2	2	0	0	1	0.925179395	NA	2	NA	1	NA	0.074820605	0	0	1	0.480295299	0.480295299	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000495	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45121251	C	T	ENSG00000216588	ENST00000402988	r.?	-	-	intronic	29	0	0	80	15	18.8	129	51	39.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.456865128	0.456865128	1	7.397612293	1.056801756	7	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.49E-19	1	8.57E-82	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45301954	C	T	CBLC	CCDS12643.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	75	0	0	157	8	5.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.955134752	0.955134752	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.00000154	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45338535	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	90	0	0	178	19	10.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	2.003910165	1.001955083	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	1.56E-19	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45344584	T	C	PVRL2	CCDS42576.1	r.?	-	-	upstream	29	0	0	74	2	2.7	127	11	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065613609	0.065613609	1	1.629347518	1.629347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.053288733	1	6.38E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	45377897	G	T	PVRL2	CCDS42576.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	74	0	0	149	14	9.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.760444444	0.880222222	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	5.28E-14	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46354191	G	A	SYMPK	CCDS12676.2	r.?	-	-	intronic	23	0	0	98	1	1	304	14	4.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.024301337	NA	0	0.86149409	0.86149409	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.388126122	NA	7.69E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46601962	T	G	-	-	-	-	-	-	41	0	0	87	0	0	181	15	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.554434988	1.554434988	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.33E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	46615791	G	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	92	1	1.1	172	18	10.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	16	2	15	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.02673147	NA	0	1.966453901	0.98322695	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.36944434	NA	1.98E-18	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	49199740	C	T	FUT2	CCDS33069.1	r.?	-	-	intronic	13	0	0	35	0	0	46	6	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	3.389610746	2	3	0	0	1	0.610389254	NA	3	NA	1	NA	0.389610746	0	NA	0	0.795306607	0.795306607	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000000123	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	50830398	G	C	ENSG00000251295	CCDS12793.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	71	1	1.4	69	5	7.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	8.480351243	2	8	0	0	1	0.519648757	NA	8	NA	1	NA	0.480351243	0.034021871	NA	0	0.807010821	0.807010821	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.299450652	1	0.0000269	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	55272275	G	A	KIR2DS2	ENST00000434419	r.?	-	-	intronic	11	0	0	31	0	0	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0	0	1	1.281432517	1.281432517	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	56718898	T	C	ZSCAN5C	ENST00000376267	r.?	-	-	intronic	16	0	0	39	0	0	39	7	17.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0	NA	0	0.865571398	0.865571398	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	1.04E-09	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	57375593	G	A	-	-	-	-	-	-	15	0	0	30	0	0	71	9	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0	NA	0	0.614120489	0.614120489	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.10E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	19	59089596	G	A	MZF1	CCDS12988.1	r.?	-	-	upstream	18	0	0	43	0	0	58	14	24.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.107462017	2	2	0	0	1	0.892537983	NA	2	NA	1	NA	0.107462017	0	0	1	1.165378252	1.165378252	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.04E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	1646795	C	G	PXDN	CCDS46221.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	52	0	0	63	7	11.1	99	0	0	95	0	0	266	19	7.1	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.602677249	0.602677249	1	0	0	1	0.385496259	0.385496259	1	1	2	1	1	3.38E-08	2.97E-16	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	1690426	C	A	PXDN	CCDS46221.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	53	0	0	63	13	20.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.118482102	1.118482102	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.01E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	1827431	T	C	MYT1L	CCDS46222.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	22	3	13.6	29	8	27.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.466498177	0.466498177	1	1.498548836	1.498548836	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	0.000179267	NA	1.53E-12	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	6605931	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	53	0	0	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.765562992	0.765562992	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	7467033	G	T	ENSG00000234603	ENST00000441133	r.?	-	-	intronic	28	0	0	46	0	0	79	7	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.483227704	0.688954881	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000165	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	7535597	T	A	ENSG00000234603	ENST00000441133	r.?	-	-	intronic	34	0	0	45	0	0	57	6	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.570100101	0.570100101	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000456	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	7848437	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	61	0	0	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	14871126	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	60	1	1.7	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.058312272	0.058312272	1	0.852435389	0.852435389	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.259739042	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	24214910	C	T	UBXN2A	CCDS1704.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	52	1	1.9	71	12	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.065172539	0.065172539	1	0.917589686	0.917589686	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.229451111	1	2.38E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	25789928	T	C	DTNB	CCDS46237.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	50	0	0	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.183636399	1.183636399	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	26845056	C	G	CIB4	CCDS33160.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	64	0	0	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	38344140	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	68	0	0	49	4	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.445221031	0.634767419	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000110643	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	44008526	C	G	DYNC2LI1	CCDS1813.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	63	1	1.6	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.054882139	0.054882139	1	1.031609706	1.031609706	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.27078753	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	63356791	C	T	C2orf86	CCDS42688.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	61	0	0	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.923019211	0.923019211	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	64044078	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	51	0	0	43	4	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.504945803	0.504945803	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	67209142	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	61	1	1.6	50	11	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.054882139	0.054882139	1	1.194495449	1.194495449	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.263440347	1	1.52E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	68900713	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	71	0	0	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.559241051	0.559241051	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	75731489	A	C	FAM176A	CCDS1959.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	54	0	0	64	10	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.847005864	0.847005864	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	77468728	G	A	LRRTM4	CCDS46346.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	47	0	0	43	5	11.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.629824873	0.629824873	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000257	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	84987918	G	A	DNAH6	CCDS46348.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	66	0	0	53	11	20.8	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.129341152	1.129341152	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.07E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	85327657	G	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	60	0	0	62	14	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.227072598	1.227072598	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.42E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	86422187	G	T	MRPL35	CCDS1988.1	r.?	-	-	upstream	8	0	0	62	0	0	70	6	8.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.46693913	0.665731683	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000156	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	89446958	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	45	0	0	51	12	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.275938321	1.275938321	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.24E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	90272535	C	T	-	-	-	-	-	-	8	0	0	9	3	33.3	16	4	25	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	1.142234508	1.142234508	1	1.357381192	1.357381192	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	0.0000103	NA	0.00000108	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	104230430	C	T	-	-	-	-	-	-	46	0	0	41	0	0	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.803569666	0.803569666	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	105687650	G	A	MRPS9	CCDS2065.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	56	0	0	61	9	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.803569666	0.803569666	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.68E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	107224297	T	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	54	0	0	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.145629726	1.145629726	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	109517706	A	G	EDAR	CCDS2081.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	65	0	0	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.678690596	0.678690596	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	112563708	C	G	ANAPC1	CCDS2093.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	20	0	0	20	3	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.814428715	0.814428715	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.0001337	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	116152006	C	T	DPP10	CCDS46400.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	50	0	0	47	8	17	130	0	0	108	0	0	65	4	6.2	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.923019211	0.923019211	1	0	0	1	0.336630536	0.479946097	0.701392381	1	1	1	1	1.03E-10	0.000331785	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	117472206	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	54	0	0	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.064186855	1.064186855	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	118028301	A	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	64	1	1.6	64	14	21.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.054882139	0.054882139	1	1.189065924	1.189065924	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.274433592	1	2.31E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120186333	G	T	TMEM37	CCDS33281.1	r.?	-	-	upstream	36	0	0	56	0	0	72	12	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.906730636	0.906730636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.84E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120220389	T	A	SCTR	CCDS2127.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	68	1	1.5	65	10	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.051452005	0.051452005	1	0.836146814	0.836146814	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.288836448	1	1.36E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120257455	C	G	SCTR	CCDS2127.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	71	0	0	79	12	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.825287765	0.825287765	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.17E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120326959	G	T	ENSG00000163075	CCDS33282.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	53	0	0	63	5	7.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.428932457	0.611544221	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000173	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	120831877	C	G	EPB41L5	CCDS2130.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	49	0	0	57	6	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.570100101	0.570100101	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000456	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	125671351	G	C	CNTNAP5	CCDS46401.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	53	0	0	54	8	14.8	254	0	0	246	0	0	256	31	12.1	TRUE	TRUE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.803569666	0.803569666	1	0	0	1	0.656972497	0.936668996	0.701392381	1	1	1	1	3.31E-10	1.29E-32	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	126921370	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	56	0	0	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.711267745	0.711267745	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	128759136	T	A	SAP130	CCDS2153.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	50	0	0	60	13	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.178206875	1.178206875	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.07E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	129591590	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	0	0	51	7	13.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.743844893	0.743844893	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	7.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	130434367	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	62	0	0	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.868723963	0.868723963	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	132652962	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	0	0	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.254220221	1.254220221	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	132705007	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	38	4	10.5	30	5	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.360164034	0.360164034	1	0.906730636	0.906730636	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	0.0000403	1	0.000000401	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	136240046	G	C	ZRANB3	CCDS46419.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	19	0	0	21	5	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.292226895	1.292226895	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.95E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	137233095	T	A	-	-	-	-	-	-	47	0	0	72	0	0	51	4	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.423502932	0.603803154	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000129466	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	137994646	A	C	THSD7B	ENST00000409968	r.?	-	-	intronic	24	0	0	25	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.857864913	0.857864913	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	141302085	C	G	LRP1B	CCDS2182.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	54	0	0	67	8	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.646113447	0.646113447	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.96E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	146054001	A	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	60	0	0	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	1.042468756	1.042468756	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	146565034	C	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	43	0	0	51	5	9.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.532093427	0.532093427	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000606	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	148155477	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	56	0	0	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.613536299	0.613536299	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	148168187	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	44	0	0	49	4	8.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.445221031	0.634767419	0.701392381	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.000110643	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	152727146	C	T	CACNB4	CCDS46428.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	49	0	0	52	5	9.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.521234378	0.521234378	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000668	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	157678867	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	62	1	1.6	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0.054882139	0.054882139	1	1.042468756	1.042468756	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.267123145	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	159730867	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	53	0	0	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.701392381	2	1	1	1	1	0.298607619	NA	2	NA	1	NA	0.701392381	0	0	1	0.651542972	0.651542972	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	164300165	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	51	0	0	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.06504582	1.06504582	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	166440792	G	A	CSRNP3	CCDS2225.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	55	0	0	39	8	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.113950985	1.113950985	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.09E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	166977314	C	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	30	8	26.7	61	13	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.915845687	0.915845687	1	1.157422243	1.157422243	1	NA	NA	1	NA	NA	0	6	NA	2.07E-12	1	6.41E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	167034515	C	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	56	0	0	60	15	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.358476811	1.358476811	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.31E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	169223013	C	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	81	0	0	59	8	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.739011385	0.739011385	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.90E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	169598721	C	G	LASS6	CCDS2228.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	70	0	0	61	5	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.445580394	0.631335034	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000147	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	170552470	C	A	C2orf77	CCDS46445.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	61	0	0	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.950933768	0.950933768	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	175570830	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	49	0	0	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.108517078	1.108517078	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	177131443	G	C	MTX2	CCDS2272.1	r.?	-	-	upstream	26	0	0	40	0	0	56	12	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.162856151	1.162856151	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.11E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	178384089	C	T	AGPS	CCDS2275.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	49	0	0	60	10	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.90746251	0.90746251	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.86E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	178837787	A	G	PDE11A	CCDS42786.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	39	0	0	53	8	15.1	320	0	0	290	1	0.3	85	17	20	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.820519994	0.820519994	1	0.010290401	0.010290401	1	1.086781449	1.086781449	1	1	1	1	0.766281325	2.83E-10	1.77E-22	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	178968882	C	G	PDE11A	CCDS42786.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	42	0	0	50	9	18	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.978103304	0.978103304	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.07E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	181960739	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	52	0	0	46	5	10.9	202	0	0	129	0	0	89	5	5.6	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.59229589	0.59229589	1	0	0	1	0.304298806	0.431155633	0.705774858	1	2	1	1	0.00000361	0.0000915	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	182446400	C	A	CERKL	CCDS46466.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	55	0	0	49	10	20.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.108517078	1.108517078	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.72E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185127350	T	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	62	0	0	61	5	8.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.445580394	0.631335034	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.0000147	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	185811865	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	57	0	0	46	5	10.9	298	0	0	358	4	1.1	370	27	7.3	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.59229589	0.59229589	1	0.03773147	0.03773147	1	0.396675229	0.396675229	1	1	2	1	0.106622264	0.00000361	1.08E-22	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	186689003	G	T	FSIP2	ENST00000424728	r.?	-	-	intronic	45	0	0	40	0	0	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.668370591	0.668370591	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	192469431	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	62	1	1.6	66	10	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.054882139	0.054882139	1	0.825953901	0.825953901	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.267123145	1	1.60E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	196928934	G	C	DNAH7	CCDS42794.1	r.?	-	-	intronic	6	0	0	37	0	0	42	10	23.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.293269924	1.293269924	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	1.24E-14	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	202844386	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	41	0	0	54	6	11.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.603163704	0.603163704	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.000000329	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	205980943	G	C	PARD3B	CCDS42806.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	59	0	0	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.467316023	0.662131865	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	207869007	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	55	5	9.1	65	9	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.312142163	0.312142163	1	0.7498792	0.7498792	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.00000883	1	4.85E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	211699167	G	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	43	0	0	37	6	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.880292974	0.880292974	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	214787419	T	A	SPAG16	CCDS2396.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	46	0	0	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.760747014	0.760747014	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	218388224	G	A	-	-	-	-	-	-	20	0	0	48	0	0	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	1.027008469	1.027008469	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	220634505	C	G	-	-	-	-	-	-	20	0	0	47	0	0	62	10	16.1	387	0	0	315	0	0	193	71	36.8	TRUE	TRUE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.874859067	0.874859067	1	0	0	1	1.999677866	1.172298828	1.705774858	1	1	1	1	8.29E-13	1.89E-110	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	2	226719532	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	60	0	0	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.815086087	0.815086087	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	228047650	T	C	COL4A3	CCDS42829.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	42	1	2.4	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.082323208	0.082323208	1	1.298703832	1.298703832	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.189842622	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	229212588	T	C	-	-	-	-	-	-	18	0	0	41	3	7.3	31	5	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.250399757	0.250399757	1	0.874859067	0.874859067	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.001155993	1	0.000000476	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	232038353	G	A	PSMD1	CCDS2482.1	r.?	-	-	downstream	40	0	0	63	1	1.6	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.054882139	0.054882139	1	1.043310191	1.043310191	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.27078753	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	232281234	G	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	0	0	68	5	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.402109136	0.569741372	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000251	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	238014910	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	42	0	0	53	8	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.820519994	0.820519994	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.83E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	239612507	A	C	-	-	-	-	-	-	12	0	0	44	2	4.5	50	6	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.154356015	0.154356015	1	0.652068869	0.652068869	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.020580492	NA	0.000000206	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	240405916	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	40	0	0	52	5	9.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.521655096	0.521655096	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000668	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	240652683	A	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	55	1	1.8	54	5	9.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0.061742406	0.061742406	1	0.505353374	0.505353374	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.240951649	NA	0.00000806	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	241486614	T	G	ANKMY1	CCDS2536.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	57	0	0	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.483617745	0.685229488	0.705774858	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	2	241920488	C	T	ENSG00000226321	ENST00000443866	r.?	-	-	intronic	13	0	0	48	0	0	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.705774858	2	1	1	1	1	0.294225142	NA	2	NA	1	NA	0.705774858	0	0	1	0.711841849	0.711841849	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	2535452	T	A	TMC2	CCDS13029.2	r.?	-	-	intronic	28	0	0	33	1	3	40	3	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0.098242428	0.098242428	1	0.397599278	0.397599278	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.15245715	1	0.001075403	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	9951143	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	58	0	0	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	0	1	0.933032973	0.933032973	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	10915591	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	54	0	0	64	11	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	0	1	0.911827678	0.911827678	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13388867	T	G	TASP1	CCDS13116.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	60	0	0	64	5	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	NA	0	0.413503249	0.721405284	0.573191324	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000186	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13555055	G	T	TASP1	CCDS13116.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	53	0	0	45	4	8.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	0	1	0.47181781	0.47181781	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000791	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	13707952	C	T	ESF1	CCDS13117.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	70	0	0	54	5	9.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	0	1	0.493023105	0.493023105	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000806	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	14945872	C	T	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	25	0	0	29	0	0	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	NA	0	0.678569435	0.678569435	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	14970079	A	T	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	32	0	0	31	0	0	51	4	7.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2.844613927	2.573191324	1	1	1	1	0.155386073	0.426808676	2	2	1	1	0.844613927	0.573191324	0	0	1	0.413503249	0.721405284	0.573191324	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000129466	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	15246659	C	A	MACROD2	CCDS13120.2	r.?	-	-	intronic	31	0	0	62	0	0	62	6	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.849526488	4	3	3	0	1	0.150473512	1	3	NA	1	NA	0.849526488	NA	0	NA	0	0.652628842	0.652628842	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000756	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	16606278	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	56	1	1.8	76	12	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.059289913	NA	0	1.063044917	1.063044917	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.244746891	1	5.63E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	17097041	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	46	24	52.2	45	17	37.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	4	1	3	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	1.719407473	0.922552441	1.863750391	2.543234043	0.847744681	3	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	4.23E-43	1	7.37E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	22560268	A	C	FOXA2	CCDS13147.1	r.?	-	-	downstream	12	0	0	45	0	0	63	14	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	1.27164539	1.27164539	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.81E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23029004	G	C	THBD	CCDS13148.1	r.1375c>g	c.1138C>G	p.P380A	missense	6	0	0	39	27	69.2	67	18	26.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	2.279367761	1.223000555	1.863750391	1.540867612	0.770433806	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.75E-53	NA	2.83E-26	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	23833957	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	52	0	0	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.727472813	0.727472813	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	24708972	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	0	0	71	5	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.400969267	0.400969267	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000309	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	25913095	G	T	-	-	-	-	-	-	53	0	0	75	21	28	75	8	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.922287533	0.922287533	1	0.612910165	0.612910165	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	7.75E-31	1	4.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	30540542	C	T	PDRG1	CCDS13194.1	r.?	-	-	upstream	11	0	0	60	0	0	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	1.334654846	1.334654846	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	31579341	C	G	SUN5	CCDS13209.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	45	0	0	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.698832151	0.698832151	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	39505568	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	51	0	0	50	6	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.687375887	0.687375887	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000206	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40048433	C	G	CHD6	CCDS13317.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	48	0	0	46	4	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.498347518	0.498347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000862	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	40438160	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	43	0	0	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.675919622	0.675919622	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	41344734	C	G	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	48	0	0	45	1	2.2	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0.072465449	NA	0	0.830579196	0.830579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.201934322	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	41690874	T	G	PTPRT	CCDS42874.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	54	0	0	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.863750391	3	1	2	1	1	0.136249609	1	2	NA	1	NA	0.863750391	NA	0	NA	0	0.738929078	0.738929078	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49729830	T	C	-	-	-	-	-	-	10	0	0	52	6	11.5	48	7	14.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.624465371	0.624465371	1	1.128307329	1.128307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.000000261	NA	4.81E-09	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	49729838	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	57	3	5.3	47	7	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.287797084	0.287797084	1	1.151491726	1.151491726	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.002989991	1	4.12E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	51225512	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	80	0	0	85	8	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.726444444	0.726444444	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.34E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	51850838	G	T	TSHZ2	CCDS33490.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	95	0	0	90	7	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.602794326	0.602794326	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000406	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	52448539	T	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	92	0	0	82	6	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.564153664	0.564153664	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000395	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	53449225	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	78	0	0	73	7	9.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.741900709	0.741900709	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	53771606	G	A	-	-	-	-	-	-	17	0	0	62	8	12.9	69	6	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.700487242	0.700487242	1	0.672347518	0.672347518	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	1.04E-09	1	0.00000143	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	58277960	G	C	PHACTR3	CCDS13480.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	92	0	0	62	10	16.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.244229314	1.244229314	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	58564824	G	C	CDH26	CCDS13485.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	90	0	0	85	16	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.452888889	1.452888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.67E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	60628162	C	A	MIR1257	CCDS33500.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	64	0	0	52	8	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.190132388	1.190132388	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.42E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	61594515	G	A	SLC17A9	CCDS42901.1	r.?	-	-	intronic	11	0	0	83	1	1.2	98	19	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065161604	0.065161604	1	1.499257683	0.749628842	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.340346757	1	1.13E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	20	62511630	C	T	TPD52L2	CCDS13542.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	70	6	8.6	67	7	10.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	5	4	4	1	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.466991495	0.466991495	1	0.803725768	0.803725768	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00000156	1	5.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	10900450	C	T	-	-	-	-	-	-	53	0	0	89	0	0	87	10	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.543735225	0.543735225	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	2.75E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	17864300	A	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	39	0	0	47	12	25.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.205673759	1.205673759	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.09E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	19801889	C	T	PRSS7	ENST00000422787	r.?	-	-	intronic	27	0	0	29	0	0	52	13	25	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	22071971	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	36	0	0	36	4	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000324	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	30722073	C	G	BACH1	CCDS13585.1	r.?	-	-	downstream	22	0	0	40	0	0	47	4	8.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.401891253	0.401891253	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000939	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	37507772	C	G	CBR3	CCDS13642.1	r.563c>g	c.282C>G	p.A94A	silent	6	0	0	43	4	9.3	52	16	30.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.22600243	0.22600243	1	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.000066	NA	1.33E-24	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	39081506	C	T	KCNJ6	CCDS42927.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	42	0	0	45	9	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.47E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	41787801	C	A	DSCAM	CCDS42929.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	44	0	0	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	41787847	A	C	DSCAM	CCDS42929.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	38	1	2.6	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	0.638297872	0.638297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.173434892	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	21	41820198	A	T	DSCAM	CCDS42929.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	33	0	0	43	4	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.439716312	0.439716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	17934460	G	C	CECR2	ENST00000400585	r.?	-	-	intronic	23	0	0	50	0	0	32	10	31.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0	0	1	1.500072	1.500072	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	18113948	C	T	ATP6V1E1	CCDS13745.1	r.?	-	-	upstream	18	0	0	50	0	0	38	8	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0	0	1	1.01447177	1.01447177	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	19595235	A	T	-	-	-	-	-	-	13	0	0	42	5	11.9	60	9	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.408185905	0.408185905	1	0.721188462	0.721188462	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	0.00000228	NA	2.29E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	20213825	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	61	2	3.3	39	15	38.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.113194411	0.113194411	1	1.851050385	0.963983653	1.920209309	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.037660755	1	6.85E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	29075353	C	A	TTC28	CCDS46678.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	50	1	2	64	13	20.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0.068602673	0.068602673	1	0.976008385	0.976008385	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.221687443	NA	1.26E-17	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	30056037	G	T	NF2	CCDS13861.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	56	0	0	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0	0	1	0.913505385	0.913505385	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	30417876	G	C	MTMR3	CCDS13871.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	46	0	0	54	5	9.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0	0	1	0.447136846	0.447136846	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000806	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	34890824	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	74	0	0	40	13	32.5	350	0	0	262	0	0	129	24	18.6	TRUE	FALSE	3	2.079790691	3	2	0	0	1	0.920209309	NA	2	NA	1	NA	0.079790691	0	0	1	1.562575	1.562575	1	0	NA	0	0.894273693	0.894273693	1	1	NA	1	1	1.30E-20	2.67E-30	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	39472487	A	T	APOBEC3G	CCDS13984.1	r.?	-	-	upstream	24	0	0	44	2	4.5	59	4	6.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.154356015	0.154356015	1	0.552561861	0.552561861	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.020580492	1	0.00022841	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	41500593	C	A	MIR1281	CCDS14010.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	51	0	0	83	36	43.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	3.526644819	0.979019108	3.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.75E-60	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	43140515	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	42	0	0	77	9	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	0.950731437	0.950731437	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.32E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	43147372	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	54	0	0	90	15	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.357026924	1.357026924	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.83E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	45523787	G	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	53	0	0	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	0.836968701	0.836968701	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	45810461	C	A	SMC1B	CCDS43027.1	r.?	-	-	upstream	41	0	0	52	0	0	76	18	23.7	120	0	0	90	0	0	106	6	5.7	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.925840604	0.962920302	2	0	NA	0	0.463176854	1.164412384	0.397777334	NA	NA	1	1	3.63E-25	0.0000174	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	45810530	C	T	SMC1B	CCDS43027.1	r.?	-	-	upstream	37	0	0	40	0	0	78	18	23.1	240	0	0	212	0	0	220	14	6.4	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.877085146	0.938542573	2	0	NA	0	0.520058222	1.307410396	0.397777334	NA	NA	1	1	6.10E-25	1.09E-11	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	45810549	C	T	SMC1B	CCDS43027.1	r.?	-	-	upstream	36	0	0	39	0	0	79	18	22.8	267	0	0	230	1	0.4	267	20	7.5	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.852707417	0.926353708	2	0.013720535	NA	0	0.609443229	0.609443229	1	NA	NA	1	0.684275291	7.86E-25	1.97E-17	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	45810579	C	A	SMC1B	CCDS43027.1	r.?	-	-	upstream	37	0	0	48	0	0	82	15	18.3	283	0	0	256	0	0	301	29	9.6	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.487041479	1.487041479	1	0	NA	0	0.780087333	0.780087333	1	NA	NA	1	1	2.22E-19	1.06E-27	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	45810587	C	T	SMC1B	CCDS43027.1	r.?	-	-	upstream	37	0	0	51	0	0	82	15	18.3	294	2	0.7	271	2	0.7	312	30	9.6	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.487041479	1.487041479	1	0.024010936	NA	0	0.780087333	0.780087333	1	NA	NA	1	0.392844877	2.22E-19	1.42E-28	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	47497999	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	47	0	0	82	27	32.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	2.673424299	1.027361853	2.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-41	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47498106	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	55	1	1.8	79	17	21.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.061742406	NA	0	1.74707059	1.090404366	1.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.240951649	1	4.55E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47498405	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	62	1	1.6	64	17	26.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.054882139	NA	0	2.161491986	1.080745993	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.267123145	1	8.43E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47498728	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	49	0	0	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.730818771	1.08026107	1.602222666	NA	NA	0	0	0	1	NA	NA	1	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47499427	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	64	1	1.6	84	14	16.7	103	1	1	172	2	1.2	162	31	19.1	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.054882139	NA	0	1.357026924	1.357026924	1	0.041161604	NA	0	1.552048757	0.968684809	1.602222666	NA	NA	0.274433592	0.212789784	1.40E-17	4.35E-39	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	47499523	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	43	0	0	49	0	0	72	20	27.8	39	0	0	98	2	2	97	17	17.5	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	2.259002903	1.129501451	2	0.068602673	NA	0	1.422034201	1.422034201	1	NA	NA	1	0.086801297	2.32E-29	1.97E-21	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	22	47501029	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	55	0	0	76	25	32.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	2.673424299	1.027361853	2.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.83E-38	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47501884	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	58	0	0	83	16	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.568300576	0.978828105	1.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.75E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47501891	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	60	0	0	87	18	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.682063312	1.04983118	1.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.29E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47501923	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	61	0	0	94	15	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.300145556	1.300145556	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47501949	G	C	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	72	0	0	96	18	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.527671028	0.953469864	1.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.60E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47502033	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	54	0	0	77	19	24.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	2.007099701	1.003549851	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.35E-27	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47502087	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	48	0	0	78	16	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.665811493	1.039687884	1.602222666	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47502160	G	T	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	48	0	0	84	14	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.357026924	1.357026924	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.40E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47502342	G	C	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	59	1	1.7	80	14	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.058312272	NA	0	1.422034201	1.422034201	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.256019138	1	6.76E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	47502640	G	A	TBC1D22A	CCDS14078.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	55	1	1.8	95	12	12.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0.061742406	NA	0	1.023864625	1.023864625	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.240951649	1	9.09E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	22	48934701	G	A	FAM19A5	CCDS46728.1	r.?	-	-	intronic	9	0	0	43	0	0	51	9	17.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	3	5.397777334	3	5	0	0	1	0.602222666	NA	5	NA	1	NA	0.397777334	0	NA	0	1.430160111	1.430160111	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	4.92E-12	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	844986	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	80	0	0	74	6	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	0.514043777	0.831668859	0.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000216	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	992520	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	78	0	0	63	6	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	0.602890849	0.602890849	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000832	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	2448890	T	C	CNTN4	CCDS43041.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	86	1	1.2	75	8	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0.053161604	0.053161604	1	0.679045483	0.679045483	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.350192164	1	4.89E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	6605294	T	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	77	0	0	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	0.685391703	0.685391703	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	12030619	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	79	0	0	92	8	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	0.552121094	0.89327396	0.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000025	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	13863956	C	A	WNT7A	CCDS2616.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	86	0	0	71	5	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	0.444235363	0.718726175	0.61808708	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.0000309	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	15671191	C	G	BTD	CCDS2628.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	62	0	0	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.61808708	4	3	0	0	1	0.38191292	NA	4	NA	0	NA	0.61808708	0	0	1	1.174050602	1.174050602	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	23151411	C	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	36	0	0	40	8	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	27516192	G	C	SLC4A7	ENST00000454389	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	0	0	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	28138147	G	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	49	0	0	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.699763593	0.699763593	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	30299662	A	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	37	0	0	36	8	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.04964539	1.04964539	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	35801802	T	A	ENSG00000172995	CCDS2661.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	39	0	0	47	6	12.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.605200946	0.605200946	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000141	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	37194936	C	A	LRRFIP2	CCDS2664.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	45	0	0	53	10	18.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.893617021	0.893617021	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.57E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	43219872	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	0	0	37	15	40.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.914893617	0.957446809	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.58E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	44075863	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	30	0	0	37	6	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.765957447	0.765957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	46467903	G	T	-	-	-	-	-	-	47	0	0	47	1	2.1	42	10	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.051032807	0.051032807	1	1.125295508	1.125295508	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.209895027	1	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	55879005	G	C	ERC2	CCDS46851.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	33	0	0	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	61037667	C	T	FHIT	CCDS2894.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	38	0	0	39	12	30.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.456264775	1.456264775	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.43E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	62738756	C	T	CADPS	CCDS46858.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	48	0	0	39	9	23.1	0	0	NA	0	0	NA	2	0	0	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	0	0	1	1	NA	1	1	3.62E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	64145767	G	C	PRICKLE2	CCDS2902.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	33	0	0	41	13	31.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.498817967	1.498817967	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.89E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	67842944	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	31	0	0	37	8	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.33E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	69120359	G	A	UBA3	CCDS2909.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	49	1	2	41	11	26.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.048602673	0.048602673	1	1.26713948	1.26713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.217776325	1	1.34E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	70584963	G	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.747044917	0.747044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	76261588	G	T	ROBO2	ENST00000487694	r.?	-	-	intronic	26	0	0	34	0	0	41	4	9.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.463356974	0.463356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000546	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	76331446	G	T	ROBO2	ENST00000487694	r.?	-	-	intronic	29	0	0	37	0	0	52	12	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.19E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	76620475	A	C	ROBO2	ENST00000487694	r.?	-	-	intronic	29	0	0	47	1	2.1	38	8	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.051032807	0.051032807	1	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.209895027	1	1.67E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	80597948	G	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	45	0	0	71	13	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.865248227	0.865248227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.42E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	83498668	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	35	0	0	43	4	9.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.439716312	0.439716312	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	94484831	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	40	0	0	42	4	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.449172577	0.449172577	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000601	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	100601313	G	T	ABI3BP	CCDS46880.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	46	1	2.2	33	5	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.05346294	0.05346294	1	0.718676123	0.718676123	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.205924651	1	0.00000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	103084056	G	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	50	0	0	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.8321513	0.8321513	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	110341751	A	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	0	0	26	6	23.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.092198582	1.092198582	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.30E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	113876191	G	C	DRD3	CCDS2978.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	43	0	0	37	4	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.510638298	0.510638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000362	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	115561232	C	G	LSAMP	CCDS2982.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	48	0	0	60	14	23.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.101654846	1.101654846	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.54E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	117376599	G	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	44	0	0	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	118122882	A	T	-	-	-	-	-	-	22	0	0	32	0	0	48	12	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.44E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	126330952	G	A	TXNRD3IT1	CCDS33846.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	27	0	0	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.638297872	0.638297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	127181328	G	T	ENSG00000230883	ENST00000455379	r.?	-	-	intronic	14	0	0	34	1	2.9	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.070473876	0.070473876	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.156694864	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	128735211	G	T	CCDC48	ENST00000480450	r.?	-	-	intronic	26	0	0	41	0	0	47	5	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000402	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	133005932	C	T	TMEM108	CCDS33858.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	37	0	0	42	9	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.51E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	136801005	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	45	0	0	49	8	16.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.770685579	0.770685579	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.47E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	140980349	A	C	ACPL2	CCDS3116.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	45	0	0	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.252955083	1.252955083	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	152208577	G	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	41	0	0	48	9	18.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	155054697	T	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	46	0	0	33	7	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.002364066	1.002364066	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.98E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	156759847	G	T	LEKR1	CCDS33883.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	33	0	0	54	7	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	164413785	A	C	-	-	-	-	-	-	37	0	0	73	0	0	67	5	7.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.475469436	0.777596835	0.611460098	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000233	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	165645539	G	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	70	0	0	74	8	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.684675988	0.684675988	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.39E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	169506310	A	G	MYNN	CCDS3207.1	r.?	-	-	downstream	34	0	0	79	0	0	66	8	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.767090691	0.767090691	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.73E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	170382096	A	G	CLDN11	ENST00000486975	r.?	-	-	intronic	32	1	3.1	98	7	7.1	61	7	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0.31453949	0.31453949	1	0.729053136	0.729053136	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.000000726	1	2.69E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	171034271	C	T	TNIK	CCDS46956.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	71	0	0	71	13	18.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	1.160145425	1.160145425	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.42E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	174840289	G	A	NAALADL2	CCDS46960.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	67	0	0	73	16	21.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	1.388370754	1.388370754	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	6.15E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	175358361	C	T	NAALADL2	CCDS46960.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	103	0	0	74	7	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.602261286	0.602261286	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	175542982	C	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	49	0	0	54	10	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	1.17282461	1.17282461	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.91E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	176754187	C	G	TBL1XR1	CCDS46961.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	73	0	0	63	9	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.906561725	0.906561725	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.62E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	177620464	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	68	0	0	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3.611460098	4	3	0	0	1	0.388539902	NA	4	NA	0	NA	0.611460098	0	0	1	0.792449061	0.792449061	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179142716	G	C	GNB4	CCDS3230.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	80	0	0	56	11	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.926713948	0.926713948	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	5.91E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	179860859	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	43	0	0	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	2	4	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	181975374	G	T	-	-	-	-	-	-	41	0	0	74	1	1.4	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.062021871	0.062021871	1	1.089957447	1.089957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.309906439	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	185855332	G	C	-	-	-	-	-	-	12	0	0	65	0	0	65	9	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.92848227	0.92848227	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.85E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	188099236	A	G	LPP	CCDS3291.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	84	1	1.2	79	14	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.053161604	0.053161604	1	1.190879433	1.190879433	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.343645023	1	5.60E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	189392749	C	G	TP63	CCDS3293.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	93	0	0	57	5	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.59207565	0.59207565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	3	195644086	G	C	-	-	-	-	-	-	16	0	0	64	2	3.1	56	5	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	4	4	4	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.137334143	0.137334143	1	0.598803783	0.598803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.041085601	1	0.00000965	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	467274	G	T	ABCA11P	ENST00000338977	r.?	-	-	intronic	10	0	0	41	0	0	55	5	9.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.430260047	0.430260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000883	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	991260	G	C	SLC26A1	CCDS33934.1	r.?	-	-	upstream	8	0	0	51	49	96.1	75	44	58.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2.335358445	1.167679222	2	2.775413712	1.387706856	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.24E-110	1	5.54E-81	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	2043944	G	A	C4orf48	CCDS47000.1	r.?	-	-	intronic	8	0	0	32	1	3.1	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.075334143	0.075334143	1	1.290780142	1.290780142	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.14819814	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	6977817	A	C	TBC1D14	CCDS3394.2	r.?	-	-	intronic	27	0	0	46	0	0	64	6	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.444444444	0.444444444	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000914	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	7218501	A	C	SORCS2	CCDS47008.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	27	0	0	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.229314421	1.229314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	10793295	C	G	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	0	0	45	5	11.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000323	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	12728597	G	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	37	0	0	49	5	10.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.482269504	0.482269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000496	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	12744224	T	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	44	0	0	45	4	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.420803783	0.420803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000791	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	17574057	G	T	LAP3	CCDS3422.1	r.?	-	-	upstream	7	0	0	31	3	9.7	45	7	15.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.235722965	0.235722965	1	0.737588652	0.737588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.000505952	NA	0.000000003	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	18355300	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	40	1	2.5	38	7	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.060753341	0.060753341	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.181679879	1	8.61E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	21192287	G	C	KCNIP4	CCDS43217.1	r.?	-	-	intronic	38	0	0	39	1	2.6	35	4	11.4	0	0	NA	1	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	0.539007092	0.539007092	1	0	0	1	NA	NA	1	1	NA	0.177567718	1	0.0000289	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	21746718	G	C	KCNIP4	CCDS43216.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	40	1	2.5	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.060753341	0.060753341	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.181679879	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	22499046	G	T	GPR125	CCDS33964.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	25	0	0	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.75177305	0.75177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	24555820	G	A	DHX15	CCDS33966.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	40	0	0	42	7	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	28342598	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	36	0	0	45	8	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.841607565	0.841607565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.14E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	30203959	C	A	ENSG00000237496	ENST00000424014	r.?	-	-	intronic	30	0	0	44	1	2.3	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.055893074	0.055893074	1	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.197923942	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	36351407	C	T	DTHD1	CCDS47039.1	r.?	-	-	downstream	47	0	0	50	0	0	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	38174349	T	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	39	0	0	49	9	18.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.869976359	0.869976359	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.35E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	39043282	C	T	KLHL5	CCDS33975.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	38	0	0	47	5	10.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000402	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	48998513	A	G	CWH43	CCDS3486.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	45	0	0	48	9	18.8	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.888888889	0.888888889	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.75E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	56289290	C	T	TMEM165	CCDS3499.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	34	0	0	37	8	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.33E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	59391857	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	32	0	0	36	4	11.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000324	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	61128490	A	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	28	0	0	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.756501182	0.756501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	63003225	G	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	43	0	0	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	64763782	C	A	-	-	-	-	-	-	41	0	0	59	1	1.7	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.041312272	0.041312272	1	0.742316785	0.742316785	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.256019138	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	65396318	A	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	31	0	0	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	66300509	C	A	EPHA5	CCDS3513.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	35	1	2.9	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.070473876	0.070473876	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.16091139	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	73388570	A	G	ADAMTS3	CCDS3553.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	54	0	0	66	18	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.290780142	1.290780142	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.08E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	77138635	C	G	SCARB2	CCDS3577.1	r.?	-	-	upstream	30	0	0	37	0	0	37	8	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.33E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	79467919	G	C	ANXA3	CCDS3584.1	r.?	-	-	upstream	17	0	0	43	0	0	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	83955537	C	A	COPS4	CCDS3600.1	r.?	-	-	upstream	10	0	0	40	0	0	56	13	23.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.096926714	1.096926714	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.89E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	91930708	G	T	FAM190A	CCDS47099.1	r.?	-	-	intronic	20	0	0	25	0	0	37	6	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.765957447	0.765957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	93775347	G	C	GRID2	CCDS3637.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	38	0	0	53	6	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.53427896	0.53427896	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000293	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	95204595	G	C	SMARCAD1	CCDS47101.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	42	0	0	49	6	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.576832151	0.576832151	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000182	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	95228233	G	A	HPGDS	CCDS3640.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	42	0	0	47	8	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.03E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	105811382	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	0	0	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.628841608	0.628841608	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	110629222	G	T	CASP6	CCDS3684.1	r.?	-	-	upstream	32	0	0	51	0	0	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.685579196	0.685579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	114511743	A	C	CAMK2D	CCDS3704.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	49	0	0	44	12	27.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.290780142	1.290780142	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.44E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	121737825	G	C	PRDM5	CCDS3716.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	46	0	0	44	4	9.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.430260047	0.430260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000723	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	122480132	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	43	1	2.3	53	9	17	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.055893074	0.055893074	1	0.803782506	0.803782506	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.193893409	1	7.10E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	123180127	G	C	KIAA1109	CCDS43267.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	37	1	2.7	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065613609	0.065613609	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.169281299	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	123517390	C	T	-	-	-	-	-	-	16	0	0	52	0	0	44	5	11.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.539007092	0.539007092	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000288	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	123819541	G	A	FGF2	CCDS34059.1	r.?	-	-	downstream	36	0	0	41	0	0	59	7	11.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.562647754	0.562647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	2.12E-08	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	125909459	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	46	1	2.2	58	12	20.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.05346294	0.05346294	1	1.129527467	1.129527467	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.205924651	1	1.76E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	126391921	C	T	FAT4	CCDS3732.3	r.?	-	-	intronic	48	0	0	43	0	0	63	9	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.780301583	0.780301583	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.62E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	131058678	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	33	0	0	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.71482173	0.71482173	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	132669037	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	73	3	4.1	92	7	7.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.09963548	0.09963548	1	0.414705737	0.569242539	0.728522042	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.005990531	1	0.000000472	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	134677242	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	35	0	0	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.643885223	0.643885223	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	137850649	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	37	0	0	49	7	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.780301583	0.780301583	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	140019477	G	A	ELF2	CCDS3744.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	41	0	0	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.769388275	0.769388275	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	146341172	T	C	-	-	-	-	-	-	26	0	0	29	0	0	47	13	27.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	1.511493277	1.511493277	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	151032018	T	G	DCLK2	CCDS34076.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	26	0	0	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.725735039	0.725735039	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	151820124	A	C	LRBA	CCDS3773.1	r.?	-	-	intronic	53	0	0	45	0	0	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.736648348	0.736648348	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	153659929	T	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	34	0	0	60	8	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.725735039	0.725735039	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.93E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	159294895	G	C	RXFP1	ENST00000460056	r.?	-	-	intronic	32	0	0	31	0	0	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.643885223	0.643885223	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	171590798	T	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	38	0	0	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.703908421	0.703908421	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	178983438	T	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	41	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	0.949457871	0.949457871	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181038896	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	40	0	0	46	10	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	1.184094011	1.184094011	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.38E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	181136942	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	39	0	0	69	15	21.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	1.184094011	1.184094011	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.34E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	182967238	G	T	-	-	-	-	-	-	34	0	0	33	0	0	45	10	22.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0	0	1	1.211377283	1.211377283	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.66E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	187742900	A	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	55	6	10.9	70	8	11.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.264884569	0.264884569	1	0.622058605	0.622058605	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000000367	1	2.80E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	4	187891843	C	G	-	-	-	-	-	-	10	0	0	30	11	36.7	35	14	40	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2.728522042	2	2	0	0	1	0.271477958	NA	3	NA	0	NA	0.728522042	0.891859052	0.891859052	1	2.182661772	1.091330886	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.44E-18	NA	1.28E-23	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	213227	G	A	CCDC127	CCDS3852.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	34	0	0	43	9	20.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3.130662418	2	3	2	0	0	0.869337582	1	3	NA	1	NA	0.130662418	NA	0	0	1	0.988179669	0.988179669	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	9.45E-13	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	847491	C	T	ZDHHC11	CCDS3857.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	64	9	14.1	89	13	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.342648846	0.342648846	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	4.20E-11	1	1.21E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	6474987	C	A	UBE2QL1	CCDS47189.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	35	0	0	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	9101937	G	A	SEMA5A	CCDS3875.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	34	0	0	36	6	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.68E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	11004082	C	A	CTNND2	CCDS3881.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	49	0	0	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.756501182	0.756501182	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	15485880	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	35	0	0	48	7	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.690307329	0.690307329	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	15739325	A	T	FBXL7	ENST00000504595	r.?	-	-	intronic	30	0	0	31	0	0	36	9	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.63E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	17527322	A	G	-	-	-	-	-	-	48	0	0	78	5	6.4	117	9	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.155528554	0.155528554	1	0.364066194	0.364066194	1	NA	NA	1	NA	NA	1	2	NA	0.0000487	1	9.92E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	21922255	T	G	CDH12	CCDS3890.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	41	0	0	42	6	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	22951930	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	38	0	0	60	5	8.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.392434988	0.392434988	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000136	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	28273904	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	39	0	0	44	6	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.643026005	0.643026005	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.37E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	28916426	G	C	-	-	-	-	-	-	45	0	0	34	0	0	45	5	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.524822695	0.524822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000323	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30276822	A	T	-	-	-	-	-	-	49	0	0	51	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30540621	C	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	39	0	0	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.661938534	0.661938534	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	30856303	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	45	0	0	50	5	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.472813239	0.472813239	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000549	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	33999074	C	T	AMACR	CCDS3902.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	51	0	0	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.912529551	0.912529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	38010579	G	T	-	-	-	-	-	-	44	0	0	53	0	0	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	43880565	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	52	0	0	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	46108207	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	34	0	0	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	49712476	G	T	EMB	CCDS3953.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	38	0	0	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	49712477	G	C	EMB	CCDS3953.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	38	0	0	46	13	28.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.338061466	1.338061466	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.07E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	49943308	A	G	-	-	-	-	-	-	6	0	0	44	5	11.4	40	15	37.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.277035237	0.277035237	1	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.00000288	NA	1.09E-24	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	53546581	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	0	0	62	20	32.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.527186761	0.763593381	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.19E-31	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	55884198	G	A	ENSG00000225940	ENST00000438651	r.?	-	-	intronic	28	0	0	36	0	0	47	14	29.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.408983452	1.408983452	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.79E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	57853943	C	G	ENSG00000250127	ENST00000504333	r.?	-	-	intronic	8	0	0	40	3	7.5	58	9	15.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.182260024	0.182260024	1	0.73286052	0.73286052	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.001075403	NA	1.67E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	58868455	C	T	PDE4D	CCDS47213.1	r.?	-	-	intronic	10	0	0	23	0	0	41	10	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.51E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	58954964	A	C	PDE4D	CCDS47213.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	52	0	0	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.557919622	0.557919622	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	72278386	G	T	FCHO2	CCDS47230.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	32	0	0	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.827423168	0.827423168	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	74307806	G	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	47	1	2.1	48	11	22.9	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.051032807	0.051032807	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.209895027	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	81181542	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	38	0	0	53	7	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.624113475	0.624113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.85E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	83070640	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	39	0	0	59	16	27.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.281323877	1.281323877	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.37E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	90018672	T	C	GPR98	CCDS47246.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	31	0	0	35	6	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.808510638	0.808510638	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.24E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	93198961	G	T	MIR2277	CCDS4069.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	56	1	1.8	33	8	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.043742406	0.043742406	1	1.144208038	1.144208038	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.244746891	1	4.85E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	96409923	C	T	-	-	-	-	-	-	12	0	0	34	0	0	41	9	22	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.040189125	1.040189125	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.92E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	96409953	C	T	-	-	-	-	-	-	9	0	0	36	0	0	40	8	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	2.61E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	108689846	T	G	PJA2	CCDS4099.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	42	3	7.1	35	9	25.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.17253949	0.17253949	1	1.215130024	1.215130024	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.001240292	1	1.23E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	109369101	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	39	0	0	55	8	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.685579196	0.685579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.86E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	110665365	G	C	CAMK4	CCDS4103.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	43	0	0	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.557919622	0.557919622	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	112487835	C	T	MCC	CCDS4111.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	49	0	0	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.572104019	0.572104019	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	129545046	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	40	0	0	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.638297872	0.638297872	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	133022019	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	46	0	0	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	133433324	C	T	-	-	-	-	-	-	11	0	0	44	0	0	56	18	32.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.517730496	0.758865248	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.76E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	134070755	C	A	CAMLG	CCDS4178.1	r.?	-	-	upstream	22	0	0	34	1	2.9	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.070473876	0.070473876	1	0.737588652	0.737588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.156694864	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	134243367	C	T	PCBD2	CCDS43364.1	r.?	-	-	intronic	14	0	0	38	0	0	49	11	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.059101655	1.059101655	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.19E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	149749567	G	A	TCOF1	CCDS43388.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	41	0	0	42	10	23.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.125295508	1.125295508	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.24E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	151767103	C	G	NMUR2	CCDS4321.1	r.?	-	-	downstream	32	0	0	54	0	0	42	7	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.81E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	161397737	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	37	0	0	70	15	21.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.011820331	1.011820331	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.70E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	162987761	C	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	43	0	0	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	170368673	C	T	RANBP17	CCDS34287.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	42	0	0	42	5	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.562647754	0.562647754	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000228	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	171454697	T	C	-	-	-	-	-	-	24	0	0	31	0	0	38	12	31.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.494089835	1.494089835	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.86E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	171525281	A	C	STK10	CCDS34290.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	44	0	0	65	19	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.89E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	173563776	A	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	41	0	0	45	11	24.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.153664303	1.153664303	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.24E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	5	176514025	G	C	FGFR4	CCDS4410.1	r.139g>c	c.?	p.?	5'UTR variant	6	0	0	27	4	14.8	46	7	15.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.359659781	0.359659781	1	0.718676123	0.718676123	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.00001	NA	3.53E-09	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	7287596	C	G	SSR1	CCDS4499.1	r.3449g>c	c.?	p.?	3'UTR variant	46	0	0	52	0	0	40	6	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.709219858	0.709219858	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	9659866	C	T	ENSG00000228565	ENST00000455975	r.?	-	-	intronic	26	0	0	35	0	0	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	16233965	C	A	GMPR	CCDS4537.1	r.?	-	-	upstream	25	0	0	38	0	0	44	4	9.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.430260047	0.430260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000723	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	16269929	G	A	GMPR	CCDS4537.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	42	0	0	54	17	31.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.489361702	0.744680851	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.02E-26	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	22617471	C	A	-	-	-	-	-	-	40	0	0	39	0	0	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	30775482	G	A	-	-	-	-	-	-	6	0	0	40	0	0	64	9	14.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.666666667	0.666666667	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	4.20E-11	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	35823245	C	G	SRPK1	CCDS47415.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	51	0	0	45	13	28.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.36643026	1.36643026	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.68E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	35823745	C	G	SRPK1	CCDS47415.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	46	0	0	59	15	25.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.200945626	1.200945626	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.90E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	45158787	T	C	SUPT3H	CCDS34466.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	52	0	0	66	20	30.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	2.038624113	1.019312057	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.11E-30	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	45705806	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	38	0	0	73	11	15.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.015947991	1.015947991	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.31E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	47772049	A	T	OPN5	CCDS47439.1	r.?	-	-	intronic	19	0	0	38	0	0	81	11	13.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.915026005	0.915026005	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.29E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	48730736	T	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	43	0	0	73	5	6.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.457513002	0.457513002	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000354	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	50514193	C	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	37	0	0	66	19	28.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	4	2	2	0	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.937702128	0.968851064	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.64E-28	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	55208095	C	T	GFRAL	CCDS4957.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	27	0	0	52	11	21.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.214364066	1.214364066	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.44E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	55573859	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	34	0	0	51	8	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.899316785	0.899316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.05E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	55712113	G	A	BMP5	CCDS4958.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	37	0	0	59	6	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.584269504	0.584269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000561	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	56299709	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	44	0	0	65	12	18.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.059704492	1.059704492	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.70E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	57195783	G	A	PRIM2	ENST00000425433	r.?	-	-	intronic	18	0	0	33	0	0	71	8	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2	3	2	2	0	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.64727896	0.64727896	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.14E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	58669588	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	50	0	0	75	13	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	1.750847937	3	1	2	0	1	0.249152063	1	2	NA	0	NA	0.750847937	NA	0	NA	0	0.990966903	0.990966903	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.16E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	61959590	C	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	71	0	0	56	10	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.025335697	1.025335697	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.82E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	62620076	G	C	KHDRBS2	CCDS4963.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	89	1	1.1	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.04873147	0.04873147	1	0.847763593	0.847763593	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.359890627	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	65617439	G	T	EYS	CCDS47445.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	76	1	1.3	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.057591738	0.057591738	1	1.12844208	1.12844208	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.316790122	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	68780329	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	0	0	72	11	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4	3	2	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.876404255	0.876404255	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.12E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	73770475	G	C	KCNQ5	CCDS4976.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	86	1	1.2	79	7	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.065161604	0.065161604	1	0.509803783	0.509803783	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	0.350192164	1	0.000000165	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	74798519	A	C	-	-	-	-	-	-	27	0	0	79	0	0	82	5	6.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.349416076	0.349416076	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000619	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	75720936	A	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	79	0	0	70	4	5.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.326503546	0.326503546	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000440508	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	77490684	A	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	97	0	0	63	5	7.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.452522459	0.452522459	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000173	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	77769267	G	A	-	-	-	-	-	-	37	0	0	88	0	0	82	7	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.486891253	0.486891253	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000214	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	77913373	A	G	-	-	-	-	-	-	36	0	0	102	0	0	84	8	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	5	3	3	2	2	1	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.544172577	0.544172577	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.21E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78596523	C	A	-	-	-	-	-	-	39	0	0	59	0	0	61	12	19.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.12844208	1.12844208	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.39E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	78906057	A	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	40	0	0	63	6	9.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.544172577	0.544172577	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000832	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	82309717	G	A	FAM46A	ENST00000412306	r.?	-	-	intronic	25	0	0	60	0	0	66	6	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.521260047	0.521260047	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000011	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	86209542	G	T	NT5E	CCDS5002.1	r.?	-	-	downstream	28	0	0	53	0	0	69	10	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.830579196	0.830579196	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.54E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	86794033	C	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	37	0	0	65	13	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.145626478	1.145626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.57E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	88290295	G	A	RARS2	CCDS5011.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	59	1	1.7	50	13	26	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.058312272	0.058312272	1	1.489314421	1.489314421	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.256019138	1	3.65E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	88643390	T	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	49	0	0	52	4	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.441066194	0.441066194	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000139698	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	89146997	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	65	0	0	57	5	8.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.50407565	0.50407565	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000105	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	93322018	C	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	59	0	0	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.492619385	0.492619385	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	93351766	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	49	0	0	65	5	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.441066194	0.441066194	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000201	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	100028901	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	44	0	0	49	13	26.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.517955083	1.517955083	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.71E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	102961156	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	49	0	0	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.013879433	1.013879433	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	104455954	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	52	0	0	51	10	19.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3	3	3	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.122713948	1.122713948	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	110158375	A	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	64	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.048753845	3	3	3	0	0	0.951246155	1	3	NA	1	NA	0.048753845	NA	0	0	1	1.283101655	1.283101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	110706350	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	55	0	0	57	6	10.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.048753845	3	3	3	0	0	0.951246155	1	3	NA	1	NA	0.048753845	NA	0	0	1	0.601453901	0.601453901	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000456	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	112497477	C	T	LAMA4	CCDS34514.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	83	0	0	91	14	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.048753845	3	3	3	0	0	0.951246155	1	3	NA	1	NA	0.048753845	NA	0	0	1	0.882132388	0.882132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.55E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	114673439	C	G	-	-	-	-	-	-	32	0	0	65	0	0	45	6	13.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.762966508	3	2	0	0	1	0.237033492	NA	3	NA	0	NA	0.762966508	0	0	1	0.730316153	0.730316153	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	118433100	G	T	SLC35F1	CCDS34524.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	55	0	0	47	11	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	2.762966508	3	2	0	0	1	0.237033492	NA	3	NA	0	NA	0.762966508	0	0	1	1.284917142	1.284917142	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	7.21E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	122521468	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	96	0	0	84	10	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.157647754	1.157647754	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.93E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	123141670	T	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	95	0	0	66	16	24.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	2.354208038	1.177104019	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.03E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	124395391	C	T	NKAIN2	CCDS34526.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	97	0	0	69	11	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.54677305	1.54677305	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.82E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	125295099	A	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	80	0	0	94	5	5.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.515591017	0.515591017	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000118532	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	126641553	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	82	0	0	65	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.603144208	0.603144208	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000331785	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130178621	C	G	C6orf191	CCDS34536.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	93	0	0	68	11	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.575957447	1.575957447	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.76E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130202071	C	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	99	0	0	85	9	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.031182033	1.031182033	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	5.71E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	130256444	A	T	-	-	-	-	-	-	30	0	0	101	1	1	88	8	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.054301337	NA	0	0.885260047	0.885260047	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.397258416	1	1.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	133398823	T	G	-	-	-	-	-	-	38	0	0	79	0	0	83	9	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.050638298	1.050638298	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.60E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	134692659	A	C	-	-	-	-	-	-	41	0	0	122	0	0	98	5	5.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.496134752	0.496134752	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000144245	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	136063987	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	118	0	0	105	7	6.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.65178487	0.65178487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000116	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	136110142	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	133	0	0	112	6	5.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.525319149	0.525319149	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000238	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	136415987	C	G	PDE7B	CCDS5175.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	147	1	0.7	102	7	6.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	5	7	3	4	2	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.038010936	NA	0	0.671241135	0.671241135	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.521377766	1	0.000000953	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	137277354	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	146	0	0	98	9	9.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.89498818	0.89498818	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.06E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	140763134	C	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	128	0	0	93	10	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.050638298	1.050638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.41E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	141307267	T	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	109	0	0	97	10	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.001997636	1.001997636	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.27E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	143144640	A	C	HIVEP2	CCDS43510.1	r.?	-	-	intronic	32	0	0	118	0	0	90	6	6.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.65178487	0.65178487	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000679	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144799250	C	T	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	131	0	0	96	17	17.7	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.721879433	0.860939716	2	0	0	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144847081	G	A	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	126	0	0	106	14	13.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.284113475	1.284113475	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.20E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	144915965	C	G	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	39	0	0	127	0	0	96	11	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.118735225	1.118735225	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145113218	G	A	UTRN	CCDS34547.1	r.?	-	-	intronic	44	0	0	143	1	0.7	99	14	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.052010936	0.052010936	1	1.371666667	1.371666667	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.511684459	1	1.56E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	145399193	C	G	-	-	-	-	-	-	37	0	0	132	0	0	94	6	6.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.622600473	0.622600473	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000873	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	148751071	A	T	SASH1	CCDS5212.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	119	0	0	90	4	4.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.428037825	0.428037825	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.001134224	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	149265182	G	A	UST	CCDS5213.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	132	0	0	108	12	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	7	7	4	4	3	3	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.079822695	1.079822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.37E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	154234567	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	61	1	1.6	59	7	11.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	0.054882139	0.054882139	1	0.692596717	0.692596717	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.263440347	1	2.12E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	154515618	A	G	IPCEF1	CCDS47509.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	58	1	1.7	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	0.058312272	0.058312272	1	0.762438402	0.762438402	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.252280541	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	158192974	G	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	64	0	0	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	3.092008089	3	3	0	0	1	0.907991911	NA	3	NA	1	NA	0.092008089	0	0	1	0.704236998	0.704236998	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	6	168274648	G	T	MLLT4	CCDS47516.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	44	0	0	52	14	26.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	1	2	1	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.002867612	1.002867612	1	NA	NA	1	NA	NA	0	1	NA	1	1	9.04E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	15176827	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	42	0	0	59	11	18.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.879432624	0.879432624	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.10E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	16248122	A	G	ISPD	CCDS47550.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	46	0	0	45	7	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.737588652	0.737588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000003	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	21103716	G	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	42	0	0	46	4	8.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.411347518	0.411347518	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000862	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	27530537	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	47	0	0	57	11	19.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.912529551	0.912529551	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	7.29E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	28316972	G	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	43	0	0	54	16	29.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.399527187	1.399527187	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.69E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	30230795	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	50	0	0	66	7	10.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.501182033	0.501182033	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000000047	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	33246230	T	G	BBS9	CCDS43566.1	r.?	-	-	intronic	25	0	0	40	0	0	57	10	17.5	5	0	0	4	0	0	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.827423168	0.827423168	1	0	0	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	38757518	C	T	-	-	-	-	-	-	20	0	0	26	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.747044917	0.747044917	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	43458471	G	A	HECW1	CCDS5469.2	r.?	-	-	intronic	35	0	0	43	3	7	52	9	17.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.170109356	0.170109356	1	0.817966903	0.817966903	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.001328364	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	46010712	A	T	RNU7-76P	ENST00000458888	r.?	-	-	downstream	41	0	0	42	0	0	48	6	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	50201548	G	C	C7orf72	CCDS47585.1	r.?	-	-	downstream	32	0	0	39	0	0	45	4	8.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.420803783	0.420803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000791	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	50651871	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	44	0	0	61	5	8.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.387706856	0.387706856	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000147	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	51212933	G	C	COBL	CCDS34637.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	36	0	0	51	4	7.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.368794326	0.368794326	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000129466	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	52229562	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	37	0	0	40	5	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.591016548	0.591016548	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000178	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	54824528	T	C	SEC61G	CCDS5513.1	r.?	-	-	intronic	15	0	0	41	0	0	32	5	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.737588652	0.737588652	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000562	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	63497388	C	T	-	-	-	-	-	-	14	0	0	28	4	14.3	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.347509113	0.347509113	1	1.574468085	0.787234043	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.0000116	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	78891150	C	A	MAGI2	CCDS5594.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	41	0	0	52	10	19.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.907801418	0.907801418	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.28E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	81461075	G	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	35	0	0	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.921985816	0.921985816	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	88357985	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	42	1	2.4	44	7	15.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.058323208	0.058323208	1	0.75177305	0.75177305	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.189842622	1	2.55E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	89574839	A	T	-	-	-	-	-	-	15	0	0	33	7	21.2	44	9	20.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.515188335	0.515188335	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	2.98E-10	NA	1.18E-12	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	90000511	G	C	GTPBP10	CCDS5617.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	40	1	2.5	55	11	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.060753341	0.060753341	1	0.945626478	0.945626478	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.181679879	1	4.77E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	92611779	T	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	25	0	0	23	3	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000205387	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	95971965	C	G	-	-	-	-	-	-	29	0	0	34	0	0	51	6	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.557919622	0.557919622	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000232	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	96609467	G	T	-	-	-	-	-	-	18	0	0	43	0	0	51	11	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.021276596	1.021276596	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.94E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	106416228	C	G	-	-	-	-	-	-	27	0	0	37	0	0	52	13	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.182033097	1.182033097	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.47E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	107220161	A	T	BCAP29	CCDS34731.1	r.?	-	-	upstream	12	0	0	31	0	0	51	5	9.8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.463356974	0.463356974	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.00000606	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	108482902	A	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	45	0	0	48	10	20.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.983451537	0.983451537	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.37E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	112629741	A	G	-	-	-	-	-	-	31	0	0	42	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	115613259	G	C	TFEC	CCDS5762.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	37	2	5.4	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.131227217	0.131227217	1	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.014826063	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	123521829	T	C	HYAL4	CCDS5789.1	r.?	-	-	downstream	28	0	0	49	1	2	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.048602673	0.048602673	1	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.217776325	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	127078418	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	50	0	0	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.61465721	0.61465721	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	127180245	T	G	-	-	-	-	-	-	15	0	0	33	0	0	28	4	14.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.0000116	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	127982172	C	T	RBM28	CCDS5801.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	38	1	2.6	57	12	21.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	0.997635934	0.997635934	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.173434892	1	1.40E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	135908832	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	53	0	0	36	6	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.68E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	135962102	G	C	-	-	-	-	-	-	40	0	0	49	0	0	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.799054374	0.799054374	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	136006654	G	T	-	-	-	-	-	-	25	0	0	45	0	0	55	12	21.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.030732861	1.030732861	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.78E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	140432132	T	C	BRAF	CCDS5863.1	r.?	-	-	downstream	23	0	0	37	0	0	53	13	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.158392435	1.158392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.53E-19	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	146051167	T	C	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	37	0	0	49	12	24.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.158392435	1.158392435	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.90E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	147345479	C	T	CNTNAP2	CCDS5889.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	38	0	0	48	11	22.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.082742317	1.082742317	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	9.31E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	152833900	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	1	2.3	44	8	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.055893074	0.055893074	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.197923942	1	5.90E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	7	157066574	A	C	UBE3C	CCDS34789.1	r.?	-	-	downstream	17	0	0	39	1	2.6	53	12	22.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.063183475	0.063183475	1	1.06855792	1.06855792	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.177567718	1	5.39E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	2554614	T	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	66	0	0	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.708891335	3	2	2	1	1	0.291108665	1	2	NA	2	NA	0.708891335	NA	0	0	1	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3568278	G	C	CSMD1	ENST00000318252	r.?	-	-	intronic	20	0	0	48	1	2.1	47	4	8.5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	0.043471581	NA	0	0.486891253	0.486891253	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.213845552	NA	0.0000939	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3617507	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	36	0	0	43	6	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	1.639941652	3	1	2	0	1	0.360058348	1	2	NA	0	NA	0.639941652	NA	0	NA	0	0.801938534	0.801938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.13E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	3891936	C	T	ENSG00000215389	ENST00000400186	r.?	-	-	upstream	32	0	0	36	0	0	33	8	24.2	114	0	0	39	0	0	41	8	19.5	TRUE	TRUE	2	1.487303753	2	1	0	0	1	0.512696247	NA	2	NA	0	NA	0.487303753	0	0	1	1.020135546	1.020135546	1	0	0	1	0.822010047	0.822010047	1	1	1	1	1	4.85E-12	3.22E-11	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	5042058	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	66	0	0	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	0.830579196	0.830579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	6949441	G	T	-	-	-	-	-	-	10	0	0	78	17	21.8	72	12	16.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.901541075	0.901541075	1	0.956598109	0.956598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	3.59E-23	NA	2.84E-15	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	6984755	C	A	-	-	-	-	-	-	23	0	0	48	0	0	33	5	15.2	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	0.870676123	0.870676123	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.00000066	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	7250221	C	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	80	0	0	95	8	8.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	0.481163121	0.481163121	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.23E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	8048152	C	A	-	-	-	-	-	-	16	0	0	28	3	10.7	16	4	25	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0.442499519	0.442499519	1	1.432033097	1.432033097	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000372895	1	0.00000108	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	17430321	C	T	SLC7A2	CCDS6002.2	r.?	-	-	downstream	36	0	0	63	0	0	43	11	25.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	1.466401891	1.466401891	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.42E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	18064237	G	C	NAT1	CCDS6007.1	r.?	-	-	upstream	16	0	0	72	0	0	61	6	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	0.561356974	0.561356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000685	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	19030442	A	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	45	0	0	38	6	15.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	0	1	0.905044917	0.905044917	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.76E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	19866774	G	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	63	0	0	51	12	23.5	213	2	0.9	382	1	0.3	166	18	10.8	FALSE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	NA	0	1.346111111	1.346111111	1	0.012406529	NA	0	0.618638298	0.618638298	1	NA	NA	1	0.852627366	3.24E-17	1.04E-18	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	24996532	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	63	0	0	55	4	7.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.705375861	3	2	2	1	1	0.294624139	1	2	NA	2	NA	0.705375861	NA	0	NA	0	0.418153664	0.418153664	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000173903	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	31607664	C	A	NRG1	CCDS47836.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	71	1	1.4	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0.057897133	0.057897133	1	0.72957283	0.72957283	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.299450652	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	31844145	A	G	NRG1	CCDS47836.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	66	0	0	62	5	8.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	0	1	0.488391729	0.488391729	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	NA	0.000016	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	32239434	A	C	NRG1	CCDS47836.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	75	0	0	46	6	13	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	0	1	0.783838578	0.783838578	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000123	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	34123473	C	G	-	-	-	-	-	-	48	0	0	69	0	0	57	10	17.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	0	1	1.055167316	1.055167316	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.40E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	36945318	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	77	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	0	1	0.645159445	0.645159445	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	42964447	G	C	ENSG00000185900	CCDS6141.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	64	0	0	62	7	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	0	1	0.68133661	0.68133661	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.02E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	48797089	G	A	PRKDC	ENST00000314191	r.?	-	-	intronic	16	0	0	73	0	0	73	13	17.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.705375861	3.301395134	2	2	1	1	0.294624139	0.698604866	2	2	2	2	0.705375861	0.301395134	0	NA	0	1.073255899	1.073255899	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.97E-17	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	52108079	A	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	94	0	0	41	8	19.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	1.175757867	1.175757867	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	3.22E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	53968910	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	84	0	0	70	12	17.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	1.031049206	1.031049206	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.99E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	58184902	C	A	-	-	-	-	-	-	27	0	0	86	0	0	54	5	9.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.560746059	0.560746059	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.00000806	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	63340167	C	A	-	-	-	-	-	-	35	0	0	86	0	0	59	5	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.512509839	0.512509839	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000125	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	63769609	G	T	NKAIN3	ENST00000328472	r.?	-	-	intronic	37	0	0	77	2	2.6	58	7	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.135571115	0.135571115	1	0.72957283	0.72957283	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.057170369	1	1.88E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	66198591	C	T	-	-	-	-	-	-	23	0	0	51	0	0	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.988842514	0.988842514	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	71176427	G	A	NCOA2	CCDS47872.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	65	0	0	58	9	15.5	0	0	NA	0	0	NA	1	1	100	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.934576766	0.934576766	1	NA	NA	0	6.029527521	6.029527521	1	1	NA	1	1	1.67E-11	0.005	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	77553310	G	A	-	-	-	-	-	-	28	0	0	94	1	1.1	55	7	12.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.05735701	0.05735701	1	0.765749995	0.765749995	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.375734132	1	1.28E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	79428957	A	T	PKIA	CCDS6222.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	87	0	0	79	11	13.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	NA	0	0.838104325	0.838104325	1	NA	NA	0	NA	NA	0	NA	NA	1	1	3.23E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	83426337	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	75	0	0	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	1.205905504	1.205905504	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	84006656	C	T	-	-	-	-	-	-	47	0	0	114	0	0	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.77780905	0.77780905	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	88861963	G	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	77	0	0	34	5	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.886340546	0.886340546	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000000771	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	92801258	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	80	0	0	67	10	14.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.898399601	0.898399601	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.87E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	97418050	T	G	-	-	-	-	-	-	43	0	0	83	0	0	77	13	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	1.018990151	1.018990151	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.67E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	100096566	C	G	VPS13B	CCDS6280.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	87	0	0	58	4	6.9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.416037399	1.380371985	0.301395134	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	NA	0.000213772	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	101736039	C	T	PABPC1	CCDS6289.1	r.?	-	-	upstream	6	0	0	62	6	9.7	53	8	15.1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.505784543	0.645018176	0.784139986	0.910458656	0.910458656	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	0.000000756	NA	2.83E-10	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	101947744	C	T	YWHAZ	CCDS6290.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	102	0	0	64	9	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.850163381	0.850163381	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	4.20E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107786572	A	G	ABRA	CCDS6305.1	r.?	-	-	upstream	31	0	0	77	0	0	74	9	12.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.735602358	0.735602358	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	1.61E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	107978710	T	A	-	-	-	-	-	-	34	0	0	76	0	0	50	4	8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.482362202	0.482362202	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.000119787	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	110744220	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	97	0	0	67	6	9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.542657477	0.542657477	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000012	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	110770236	G	C	-	-	-	-	-	-	25	0	0	97	0	0	65	5	7.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.464273619	0.464273619	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	1	1	0.0000201	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	113168474	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	98	2	2	57	7	12.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0.104285473	0.104285473	1	0.741631885	0.741631885	1	NA	NA	0	NA	NA	0	1	NA	0.086801297	1	1.66E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	114218829	A	G	CSMD3	CCDS6315.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	71	0	0	63	10	15.9	183	0	0	314	0	0	241	26	10.8	TRUE	FALSE	4.784139986	3.301395134	3	2	1	1	0.215860014	0.698604866	3	2	2	2	0.784139986	0.301395134	0	0	1	0.958694876	0.958694876	1	0	NA	0	0.651188972	0.651188972	1	1	NA	1	1	9.81E-13	2.77E-26	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	8	116510431	C	G	TRPS1	CCDS6318.2	r.?	-	-	intronic	24	0	0	68	0	0	47	11	23.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	2.276382979	1.138191489	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.21E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	117593447	C	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	107	0	0	75	6	8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.778250591	0.778250591	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000234	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	117771187	C	G	EIF3H	CCDS6319.1	r.?	-	-	upstream	23	0	0	99	0	0	100	5	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.486406619	0.486406619	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000158599	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	118243599	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	106	0	0	95	7	7.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.719881797	0.719881797	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000588	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	118593308	G	T	-	-	-	-	-	-	42	0	0	127	0	0	79	5	6.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.61287234	0.61287234	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000518	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	120398931	T	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	102	0	0	88	19	21.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	2.101276596	1.050638298	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.22E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	124058588	G	C	DERL1	CCDS6337.1	r.?	-	-	upstream	19	0	0	95	1	1.1	71	11	15.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.076535858	NA	0	1.50786052	1.50786052	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.378855462	1	9.49E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	126845955	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	89	0	0	84	12	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	1.391122931	1.391122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.98E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	127276956	G	C	-	-	-	-	-	-	33	0	0	91	0	0	79	12	15.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	1.478676123	1.478676123	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.17E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128125248	A	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	103	0	0	80	10	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	1.216016548	1.216016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.17E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	128897991	T	C	PVT1	CCDS3617.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	108	1	0.9	84	11	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.062620247	NA	0	1.274385343	1.274385343	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.418040556	1	6.49E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	130311641	G	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	99	0	0	87	11	12.6	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	1.225744681	1.225744681	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.65E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	135937445	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	99	0	0	76	4	5.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.515591017	0.515591017	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.00060191	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	140609571	G	C	-	-	-	-	-	-	28	0	0	93	0	0	79	5	6.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	0.61287234	0.61287234	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000518	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	142867608	C	G	-	-	-	-	-	-	21	0	0	98	0	0	78	8	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0	NA	0	1.001997636	1.001997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.71E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143013339	G	C	-	-	-	-	-	-	14	0	0	70	2	2.9	78	9	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.201776352	0.382390028	0.527671585	1.118735225	1.118735225	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.048267597	1	2.61E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	8	143013340	T	A	-	-	-	-	-	-	14	0	0	68	1	1.5	75	6	8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	6.527671585	7	4	5	2	2	0.472328415	1	5	NA	2	NA	0.527671585	NA	0.104367079	NA	0	0.778250591	0.778250591	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.288836448	1	0.00000234	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	1723633	G	A	-	-	-	-	-	-	22	0	0	44	0	0	53	14	26.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.24822695	1.24822695	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.22E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	15708993	T	C	C9orf93	CCDS6481.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	42	0	0	40	15	37.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.773049645	0.886524823	2	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.09E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	21785513	G	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	52	0	0	47	9	19.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.903073286	0.903073286	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.24E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	25403037	T	A	-	-	-	-	-	-	38	0	0	46	4	8.7	30	5	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.211421628	0.211421628	1	0.789598109	0.789598109	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.0000862	1	0.000000401	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28245178	C	G	LINGO2	CCDS6524.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	39	0	0	35	5	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.000000895	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	28799062	G	T	-	-	-	-	-	-	39	0	0	39	0	0	47	10	21.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.007092199	1.007092199	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.27E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	37839534	G	A	DCAF10	CCDS6613.2	r.?	-	-	intronic	26	0	0	37	0	0	51	14	27.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.300236407	1.300236407	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	6.64E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	39163632	A	T	CNTNAP3	CCDS6616.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	51	5	9.8	49	5	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.238153098	0.238153098	1	0.482269504	0.482269504	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	0.00000606	1	0.00000496	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46047717	A	T	-	-	-	-	-	-	6	0	0	13	4	30.8	11	3	27.3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.748481166	0.748481166	1	1.290780142	1.290780142	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	0.000000431	NA	0.00002	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	46124236	A	C	-	-	-	-	-	-	11	0	0	10	2	20	21	3	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	1	2	1	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.486026731	0.486026731	1	0.676122931	0.676122931	1	NA	NA	0	NA	NA	0	6	NA	0.001095391	1	0.000155401	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	68750950	G	C	-	-	-	-	-	-	7	0	0	8	2	25	15	4	26.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.607533414	0.607533414	1	1.262411348	1.262411348	1	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	0.000686131	NA	0.000000816	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	71934007	A	C	-	-	-	-	-	-	29	0	0	43	0	0	44	9	20.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.969267139	0.969267139	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	77267427	T	A	RORB	CCDS6646.1	r.?	-	-	intronic	40	0	0	45	0	0	45	4	8.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.420803783	0.420803783	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000791	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	79406560	A	T	PRUNE2	CCDS47982.1	r.?	-	-	intronic	41	0	0	34	0	0	37	4	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.510638298	0.510638298	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	0.0000362	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	82464927	G	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	37	0	0	46	8	17.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.822695035	0.822695035	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	8.61E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	83604498	C	T	-	-	-	-	-	-	37	0	0	42	0	0	48	14	29.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.380614657	1.380614657	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.51E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	90571191	G	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	36	0	0	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.130023641	1.130023641	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	94974964	C	T	IARS	CCDS6694.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	36	0	0	41	13	31.7	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.498817967	1.498817967	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.89E-20	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	96744969	C	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	31	0	0	39	7	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.846335697	0.846335697	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	101189440	C	A	GABBR2	CCDS6736.1	r.?	-	-	intronic	22	0	0	44	0	0	37	6	16.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.765957447	0.765957447	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.18E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	105581635	C	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	44	0	0	55	10	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.33E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	108306586	C	G	FSD1L	CCDS6765.2	r.?	-	-	intronic	20	0	0	33	25	75.8	41	15	36.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.842041312	0.921020656	2	1.730496454	0.865248227	2	NA	NA	1	NA	NA	1	6	NA	3.98E-51	1	1.71E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	108676467	C	A	-	-	-	-	-	-	44	0	0	39	0	0	33	6	18.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	0.860520095	0.860520095	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	1.54E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	111028781	T	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	40	0	0	46	11	23.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.130023641	1.130023641	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	5.55E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	132220167	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	44	0	0	40	9	22.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.063829787	1.063829787	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	4.64E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	133423770	G	C	-	-	-	-	-	-	47	0	0	41	0	0	49	14	28.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.352245863	1.352245863	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	3.50E-21	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	9	139307965	G	C	SDCCAG3	CCDS6999.2	r.?	-	-	upstream	17	0	0	33	0	0	61	16	26.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2	2	2	2	0	0	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	0	1	1.238770686	1.238770686	1	NA	NA	1	NA	NA	1	1	NA	1	1	2.50E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	3876227	C	G	-	-	-	-	-	-	17	0	0	66	0	0	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.773735225	0.773735225	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	5438505	A	G	-	-	-	-	-	-	28	0	0	46	1	2.2	55	6	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.07546294	NA	0	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.205924651	1	0.000000367	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	5655536	A	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	55	0	0	74	8	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.726638298	0.726638298	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.39E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	5811477	G	C	NLGN4X	CCDS14126.1	r.2460c>g	c.1832C>G	p.T611R	missense	29	0	0	49	3	6.1	65	16	24.6	140	0	0	144	6	4.2	64	5	7.8	TRUE	TRUE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.209238153	0.209238153	1	1.655120567	0.827560284	2	0.144065614	0.144065614	1	0.524794326	0.524794326	1	1	2	0.001939399	0.0000966	7.85E-23	0.0000186	YES	1_1	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	9572448	C	T	TBL1X	CCDS14133.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	50	0	0	72	9	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	0.841016548	0.841016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.25E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	12443224	G	T	FRMPD4	CCDS35201.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	54	0	0	71	6	8.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	0.571891253	0.571891253	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000169	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	14519331	T	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	69	0	0	66	7	10.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	0.713182033	0.713182033	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000047	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15532718	C	T	BMX	CCDS14168.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	56	0	0	64	10	15.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	1.049588652	1.049588652	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.16E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	15798617	G	A	INE2	CCDS14171.1	r.?	-	-	intronic	16	0	0	42	0	0	72	14	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	1.305257683	1.305257683	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.39E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19836873	C	T	SH3KBP1	CCDS14193.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	58	0	0	78	12	15.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	1.036132388	1.036132388	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.82E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	19947486	G	A	CXorf23	CCDS14194.2	r.?	-	-	intronic	43	0	0	44	1	2.3	71	8	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.07382587	NA	0	0.76027896	0.76027896	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.197923942	1	3.14E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20511918	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	52	3	5.8	65	16	24.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.186169586	0.186169586	1	1.655120567	0.827560284	2	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.002300591	1	7.85E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20878418	C	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	57	1	1.8	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.057776768	NA	0	0.867929078	0.867929078	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.248523156	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	20979987	A	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	69	4	5.8	73	6	8.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0.186169586	0.186169586	1	0.551706856	0.551706856	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000416985	1	0.000002	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	21352325	C	G	-	-	-	-	-	-	25	0	0	57	0	0	81	7	8.6	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000197	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22485056	T	A	-	-	-	-	-	-	21	0	0	48	0	0	58	5	8.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2.779686788	4	1	2	1	2	0.220313212	1	2	NA	1	NA	0.779686788	NA	0	NA	0	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000115	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22891559	G	T	-	-	-	-	-	-	38	0	0	62	0	0	68	8	11.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0	NA	0	0.793919622	0.793919622	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.21E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	22988621	G	T	-	-	-	-	-	-	28	0	0	49	0	0	62	9	14.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0	NA	0	0.975579196	0.975579196	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.12E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	23395743	A	G	PTCHD1	CCDS35215.2	r.?	-	-	intronic	25	0	0	40	2	5	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0.198254169	0.370603365	0.534949728	0.908297872	0.908297872	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.017193422	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	24015725	G	A	KLHL15	CCDS35217.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	45	5	11.1	49	18	36.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0.440124256	0.82273947	0.534949728	2.469224586	1.234612293	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.00000323	1	3.80E-29	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	24164745	C	G	ZFX	CCDS14211.1	r.?	-	-	upstream	42	0	0	80	0	0	70	17	24.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.534949728	4	2	2	1	2	0.465050272	1	2	NA	2	NA	0.534949728	NA	0	NA	0	1.63493617	0.817468085	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.68E-24	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25065662	C	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	55	3	5.5	82	12	14.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.188657351	0.188657351	1	0.982307329	0.982307329	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.002700822	1	1.46E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25065663	C	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	54	4	7.4	81	13	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.253829891	0.253829891	1	1.076501182	1.076501182	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000161898	1	3.34E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25575890	T	G	-	-	-	-	-	-	34	0	0	43	0	0	64	8	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.841016548	0.841016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.35E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	25902793	A	C	-	-	-	-	-	-	44	0	0	56	0	0	61	4	6.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.444056738	0.444056738	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000259828	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	26698572	A	T	-	-	-	-	-	-	26	0	0	51	0	0	91	11	12.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.814104019	0.814104019	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.60E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	26783675	T	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	57	6	10.5	71	8	11.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.360164034	0.360164034	1	0.76027896	0.76027896	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000000456	1	3.14E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28619926	T	A	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	17	0	0	29	3	10.3	46	5	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.353303767	0.353303767	1	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	0.000414371	1	0.00000361	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	28743903	G	A	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	63	0	0	77	9	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.787191489	0.787191489	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.32E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	29581835	C	T	IL1RAPL1	CCDS14218.1	r.?	-	-	intronic	27	0	0	46	0	0	72	8	11.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	0.746822695	0.746822695	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.52E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30640448	G	C	-	-	-	-	-	-	23	0	0	55	4	7.3	55	13	23.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.250399757	0.250399757	1	1.587839243	1.587839243	1	NA	NA	0	NA	NA	1	1	NA	0.000173903	1	1.46E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	30917839	A	G	TAB3	CCDS14226.1	r.?	-	-	intronic	21	0	0	65	0	0	62	11	17.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.190879433	1.190879433	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	31095769	T	A	-	-	-	-	-	-	31	0	0	62	0	0	72	11	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3	4	2	2	1	2	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0	NA	0	1.029404255	1.029404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.12E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	32232412	T	G	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	23	0	0	41	0	0	50	5	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0	NA	0	0.672813239	0.672813239	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000549	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	32827382	T	A	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	59	1	1.7	75	9	12	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.044558945	NA	0	0.807375887	0.807375887	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.256019138	1	1.82E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33151390	G	A	DMD	CCDS14233.1	r.?	-	-	intronic	46	0	0	55	1	1.8	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.047180059	NA	0	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.240951649	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	33453994	G	C	-	-	-	-	-	-	31	0	0	63	1	1.6	68	16	23.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.190980756	4	1	2	1	2	0.809019244	1	2	NA	1	NA	0.190980756	NA	0.041937831	NA	0	1.581111111	0.790555556	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.27078753	1	1.75E-22	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35057551	C	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	53	0	0	64	6	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000914	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35094720	T	G	-	-	-	-	-	-	42	0	0	49	0	0	64	4	6.2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	0.417144208	0.417144208	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000312605	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35239499	T	A	-	-	-	-	-	-	18	0	0	56	0	0	67	11	16.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.85E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	35335505	T	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	58	0	0	64	7	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.78E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	38263009	G	T	OTC	CCDS14247.1	r.?	-	-	intronic	34	0	0	58	0	0	52	4	7.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	0.518066194	0.518066194	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000139698	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	38400963	G	A	ENSG00000250349	ENST00000465127	r.?	-	-	intronic	27	0	0	50	0	0	68	10	14.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	2.886242569	4	1	2	1	2	0.113757431	1	2	NA	1	NA	0.886242569	NA	0	NA	0	0.989035461	0.989035461	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.18E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	45945340	G	C	-	-	-	-	-	-	32	0	0	72	0	0	62	5	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.544978723	0.544978723	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000016	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	48639396	G	A	-	-	-	-	-	-	26	0	0	68	0	0	50	8	16	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	1.076501182	1.076501182	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.74E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50155790	C	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	84	0	0	74	6	8.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.544978723	0.544978723	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000216	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	50641833	A	G	-	-	-	-	-	-	26	0	0	79	1	1.3	62	6	9.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.055217072	NA	0	0.652628842	0.652628842	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.326987115	1	0.000000756	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	51655515	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	67	0	0	62	8	12.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.867929078	0.867929078	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.04E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	53606322	G	T	HUWE1	CCDS35301.1	r.?	-	-	intronic	7	0	0	59	12	20.3	67	11	16.4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.862235814	0.862235814	1	1.103413712	1.103413712	1	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	2.20E-16	NA	4.85E-14	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	54229312	C	G	WNK3	CCDS35302.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	71	0	0	58	11	19	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	1.278345154	1.278345154	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.96E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	54465533	T	G	TSR2	CCDS14358.1	r.?	-	-	upstream	27	0	0	66	0	0	85	8	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.34E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	56028306	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	57	0	0	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	1.009219858	1.009219858	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	63073500	C	T	-	-	-	-	-	-	27	0	0	81	0	0	60	7	11.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.787191489	0.787191489	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.39E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	64594994	C	T	-	-	-	-	-	-	32	0	0	64	0	0	70	7	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.672813239	0.672813239	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.11E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	65087831	C	A	-	-	-	-	-	-	43	0	0	72	0	0	88	9	10.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.686269504	0.686269504	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	7.82E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	66593078	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	67	1	1.5	87	12	13.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0.063712006	NA	0	0.92848227	0.92848227	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.285262761	1	3.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	67539347	G	A	OPHN1	CCDS14388.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	61	0	0	80	11	13.8	1	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.92848227	0.92848227	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.73E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	68705360	C	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	63	0	0	69	6	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.585347518	0.585347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000143	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	69183287	G	A	EDA	CCDS14394.1	r.?	-	-	intronic	30	0	0	53	0	0	65	11	16.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	1.137054374	1.137054374	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.41E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70027722	G	A	TEX11	CCDS35323.1	r.?	-	-	intronic	12	0	0	67	0	0	58	5	8.6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.0000115	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	70280003	C	T	SNX12	CCDS14405.1	r.1469g>a	c.?	p.?	3'UTR variant	30	0	0	63	0	0	56	6	10.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.817333407	4	2	2	1	2	0.182666593	1	2	NA	2	NA	0.817333407	NA	0	NA	0	0.719910165	0.719910165	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000409	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73365209	G	C	-	-	-	-	-	-	36	0	0	81	0	0	66	6	9.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.612260047	0.612260047	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000011	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	73818942	G	T	RLIM	CCDS14427.1	r.?	-	-	intronic	36	0	0	57	0	0	56	7	12.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.841016548	0.841016548	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.46E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	75476071	A	T	-	-	-	-	-	-	33	0	0	81	0	0	54	9	16.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.123598109	1.123598109	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	8.48E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78206224	C	G	P2RY10	CCDS14442.1	r.?	-	-	intronic	37	0	0	50	0	0	61	6	9.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.659356974	0.659356974	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000685	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	78562585	C	G	-	-	-	-	-	-	40	0	0	79	1	1.3	59	9	15.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.053827253	NA	0	1.029404255	1.029404255	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.326987115	1	1.96E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	80246533	C	A	-	-	-	-	-	-	32	0	0	70	0	0	60	6	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.672813239	0.672813239	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000621	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	81650435	G	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	64	0	0	58	13	22.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.507101655	1.507101655	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.12E-18	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	83288590	G	T	-	-	-	-	-	-	24	0	0	69	0	0	64	5	7.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.524794326	0.524794326	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000186	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	84149649	G	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	60	0	0	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	85028497	T	G	-	-	-	-	-	-	39	0	0	64	0	0	58	5	8.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.578619385	0.578619385	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.0000115	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86229194	C	T	-	-	-	-	-	-	31	0	0	56	0	0	54	8	14.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.995763593	0.995763593	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.31E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86378650	C	T	-	-	-	-	-	-	29	0	0	76	0	0	52	6	11.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.773735225	0.773735225	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000261	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	86884287	A	C	KLHL4	CCDS14457.1	r.?	-	-	intronic	33	0	0	73	0	0	60	4	6.7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.45078487	0.45078487	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	NA	0.000243755	NA	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	89396435	A	C	-	-	-	-	-	-	21	0	0	67	0	0	67	5	7.5	0	0	NA	0	0	NA	1	0	0	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.504609929	0.504609929	1	NA	NA	0	0	0	1	NA	NA	1	1	0.0000233	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	89480249	C	A	-	-	-	-	-	-	13	0	0	56	0	0	58	6	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.692997636	0.692997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000506	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90032099	C	T	-	-	-	-	-	-	19	0	0	45	0	0	53	5	9.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.632444444	0.632444444	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000734	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	90035823	C	G	-	-	-	-	-	-	24	0	0	52	0	0	51	9	17.6	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.1841513	1.1841513	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	92023253	T	G	-	-	-	-	-	-	35	0	0	60	0	0	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	93383144	T	C	-	-	-	-	-	-	35	0	0	58	0	0	61	8	13.1	156	0	0	293	0	0	204	16	7.8	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.881385343	0.881385343	1	0	NA	0	0.524794326	0.524794326	1	NA	NA	1	1	9.09E-10	1.48E-14	YES	0_0	1_1	somatic	custom.pulldown.HiSeq
PD9769d2	X	94164898	T	A	-	-	-	-	-	-	24	0	0	54	0	0	60	9	15	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.009219858	1.009219858	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.29E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	96123459	A	T	DIAPH2	CCDS14467.1	r.?	-	-	intronic	26	0	0	70	0	0	62	12	19.4	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.305257683	1.305257683	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.19E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98145284	C	T	-	-	-	-	-	-	21	0	0	64	0	0	50	7	14	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.941938534	0.941938534	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	6.46E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	98651591	C	G	-	-	-	-	-	-	33	0	0	72	0	0	56	8	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.48E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	107931684	G	A	COL4A5	CCDS35366.1	r.?	-	-	intronic	24	0	0	29	0	0	69	6	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.585347518	0.585347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000143	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	108118343	G	A	-	-	-	-	-	-	30	0	0	68	1	1.5	70	11	15.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.062108369	NA	0	1.056316785	1.056316785	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.288836448	1	8.06E-14	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109469557	G	T	AMMECR1	CCDS14551.1	r.?	-	-	intronic	31	0	0	69	0	0	65	7	10.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.726638298	0.726638298	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.22E-08	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	109750327	A	T	-	-	-	-	-	-	35	0	0	63	0	0	55	6	10.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.73336643	0.73336643	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000367	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	112712724	T	C	-	-	-	-	-	-	39	0	0	68	0	0	68	7	10.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.692997636	0.692997636	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.000000058	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	113647268	C	G	-	-	-	-	-	-	23	0	0	60	0	0	61	8	13.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.881385343	0.881385343	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	9.09E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	124450839	A	C	ENSG00000230242	ENST00000419530	r.?	-	-	upstream	27	0	0	59	1	1.7	63	9	14.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.070389485	NA	0	0.962122931	0.962122931	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.256019138	1	3.62E-11	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	126029706	A	C	-	-	-	-	-	-	34	0	0	71	0	0	67	12	17.9	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.204335697	1.204335697	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.14E-15	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	127645504	A	T	-	-	-	-	-	-	36	0	0	59	0	0	69	6	8.7	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.585347518	0.585347518	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000143	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	129882694	G	T	ENOX2	CCDS14626.1	r.?	-	-	intronic	42	0	0	75	0	0	58	10	17.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.157238771	1.157238771	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	4.10E-13	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	131621635	G	A	MBNL3	ENST00000370844	r.?	-	-	intronic	26	0	0	78	0	0	60	12	20	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.345626478	1.345626478	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	2.74E-16	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	132170933	G	C	USP26	CCDS14635.1	r.?	-	-	intronic	28	0	0	56	1	1.8	80	9	11.2	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.074530043	NA	0	0.753550827	0.753550827	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.244746891	1	3.29E-10	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	133068676	C	A	GPC3	CCDS14638.1	r.?	-	-	intronic	18	0	0	65	1	1.5	52	9	17.3	2	0	0	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.062108369	NA	0	1.163966903	1.163966903	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.278061424	1	5.92E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	133921410	G	T	FAM122B	CCDS14643.1	r.?	-	-	intronic	29	0	0	75	0	0	67	8	11.9	0	0	NA	2	0	0	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.800647754	0.800647754	1	0	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	1.96E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	138822090	A	T	ATP11C	CCDS14668.1	r.?	-	-	intronic	35	0	0	66	0	0	71	10	14.1	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.948666667	0.948666667	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.42E-12	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	141392406	C	A	-	-	-	-	-	-	36	0	0	64	1	1.6	52	7	13.5	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0.066248927	NA	0	0.908297872	0.908297872	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	0.274433592	1	8.58E-09	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	141679238	G	A	-	-	-	-	-	-	33	0	0	73	0	0	62	16	25.8	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	1.735858156	0.867929078	2	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	3.36E-23	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	147382339	C	A	-	-	-	-	-	-	29	0	0	52	20	38.5	48	16	33.3	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	TRUE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	1.594114815	0.797057407	2	2.240468085	1.120234043	2	NA	NA	0	NA	NA	1	6	NA	1.03E-32	1	2.96E-25	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA
PD9769d2	X	149328694	G	T	-	-	-	-	-	-	43	0	0	90	0	0	50	5	10	0	0	NA	0	0	NA	0	0	NA	FALSE	FALSE	3.710424303	4	2	2	1	2	0.289575697	1	2	NA	2	NA	0.710424303	NA	0	NA	0	0.672813239	0.672813239	1	NA	NA	0	NA	NA	1	NA	NA	1	1	0.00000549	1	NO	inad_validation_depth	inad_validation_depth	NA	NA